## Variables
- nativeBuildInput : si exécuté durant le build (ex: cmake)
- buildInputs : si utilisé à l'exécution ou ajouté dans la sortie (ex: zlib). Attention, il peut falloir ajouter aux 2 !

[./lol.md]

# 2024-05-05 Bike + walking
- 54min vélo : les bons -> parking fort de la batterie
- 25min marche parking -> fort

Dépendences à installer avec nix 
- Aligneur
	- Non: BWA-mem, bwa-mem2 (déjà disponibles), Sentieon (payant)
	- TODO Dragmap

#nix #bisonex
Dépendences non présentes nix (mais peuvent être désactivées avec --skip_assembly)
- fermi2: facile, se compile juste avec make
- ropebwt2: idem compile facilement
Autres dépendences
- python3 (=> 3.8)
- cython
- pysam
- Numpy.

#nix #bisonex
Semble très compliqué. Installable depuis docker ou script ubuntu
Il faut bazel et tensorflow...
- dépendences :  https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/run-prereq.sh
- puis https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/build-prereq.sh

#bisonex #articles
# JOSS
Objectifs:
- fournir dépendences de sarek  *constit*
- fournir données de réference humaine (génome, dbsnp) avec scidataflow
##  Dépendences dans nix 
- [ ] Aligneur
	- [x] (BWA-mem/mem2 : déjà disponibles)
	- [x] (Sentieon : payant)
	- [ ]   Dragmap : PR soumis
- [x] mosdepth
- [ ] Appel de variants (constit !)
    - [x] (CNVkit : déjà disponible)
    - [ ]  [[Packaging DeepVariant]]
    - [x] (freebayes : déjà disponible)
    - [x] GATK HaplotypeCaller: fait
    - [x] (Manta : déjà disponible)
    - [x] (mpileup : déjà disponible dans samtools
    - [x] (Sentieon Haplotyper : payant)
    - [x] (Strelka2 : déjà disponible)
    - [ ] [[Packaging TIDDIT]]
- [ ] Annotation
	- [x] (snpeff : déjà disponible)
	- [ ]  vep : PR soumiss
- [ ] multiqc

- Dragmap : 
	- correction PR
	- compliation ne fonctionne plus avec glibc : explique nixpkgs review. Mise àjour glibc 
	https://github.com/bminor/glibc/commit/64b1a44183a3094672ed304532bedb9acc707554
	fait le 16 mai donc il faut <= glibc-2.37.9000.
	On patche simplement la ligne fautive, en supprimant le pclose 

{
  "folder": "daily"
}

  "theme": "system",

  "theme": "obsidian",