apraga/org - Change B2YQPU5UAXLACFYTD3FXVUP7AUC24GRHE6RR63CVFONRW6F7HMVQC

Bisonex

Created by Alexis Praga on December 22, 2022

B2YQPU5UAXLACFYTD3FXVUP7AUC24GRHE6RR63CVFONRW6F7HMVQC

Dependencies

[2] FXA3ZBV64FML7W47IPHTAJFJHN3J3XHVHFVNYED47XFSBIGMBKRQC

In channels

main

Change contents

Insertion in projects/bisonex.org at line 32 [2.35]

[2.1180]

* Données
** TODO Vérifier qualité données sur mesocentre
*** STRT BAM
picard ValidateSamFile
On regarde juste le code d'erreur (0 = pas d'erreur)
*** STRT Fastq
fastqc
Il faut ensuite extraire les zip and chercher les erreur dedans
** TODO Lister données sur mesocentre

Replacement in projects/bisonex.org at line 1071 [2.35]

B:BD[2.34363] → [2.34363:34437]

  Alexis : 886164
  nouveau : 958401
  Vient du génome de référence ??

[2.34363]

[2.34437]

On en a en plus
$ grep '^NC' filter-depth.vcf | wc -l
86580

Insertion in projects/bisonex.org at line 1075 [2.35]

[2.34438]

Alexis
$  zgrep '^NC' 63003856_S135_DP_over_30.vcf  | wc -l
82033
Ne vient pas du filtre sur la profondeur
On a testé
bcftools filter -i 'FORMAT/AD[0:1]<=10' 63003856_S135_DP_over_30.vcf
cftools filter -i 'FORMAT/DP<=30' 63003856_S135_DP_over_30.vcf
Idem pour notre version. Rien ne sort.
Haplotypecaller a les même arguments ??