apraga/org - Change EBFLN6GQZOT5RSTNMZRBJ2SYHHUOW7QRCJZRLSHAKDWIIIZKXH7AC

Review: 2nd pass (underway)

Created by Alexis Praga on November 29, 2023

EBFLN6GQZOT5RSTNMZRBJ2SYHHUOW7QRCJZRLSHAKDWIIIZKXH7AC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Replacement in projects/bisonex.org at line 2 [4.35]

B:BD[3.8219] → [2.27:8219]

0 WES 111.90×
*** TODO Comment télécharger
**** TODO ligne de commande
SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
***** KILL Tester aws
CLOSED: [2023-11-28 Tue 23:47] SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
Semble télécharger le .sra vu la taille (manque l'extension)
#+begin_src
aws s3 cp s3://sra-pub-run-odp/sra/SRR1611178/SRR1611178 --no-sign-request .
#+end_src
***** TODO Tester sra faster dump
SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
Selon la doc https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump, il faut faire un "pré" - téléchargement
#+begin_src sh
prefetch  SRR1611178
fastqer-dump  SRR1611178
#+end_src
Note fasterq-dump créé un répertoire temporaire de la taille de prefetch et le supprime. Les fastq ne sont pas compressés
**** TODO Nextflow
SCHEDULED: <2023-11-29 Wed>
***** channel ok pour gros fichiers
**** TODO DataToolkit.jl avec storage "maison"
SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
*** Zone de capture GIAB fourni le .bed pour l'exome . INfo : https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/nextera-rapid-capture-exome-kit/downloads.html
*** Valider la méthode
- 1000 genomes + SureSelect human all exon v2 target capture kit : non disponible sur le site d'agilent (V6 ou plus)
  https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2928-9
- GIAB + liftover du fichire de capture en hg38
Ce qui est aussi fait par
https://bcbio-nextgen.readthedocs.io/en/stable/contents/germline_variants.html
Mais avec UCSC liftover
** Centogène
https://www.twistbioscience.com/node/23906
Bed non fourni pour exactement cette capture
On prend https://www.twistbioscience.com/resources/data-files/twist-alliance-vcgs-exome-401mb-bed-files
qui content la majeure partie
* Réunion
** <2023-08-10 Thu> Alexis
Ok pour bloquer le développment d'ici mardi prochain
Dév:
- pipeline jusque VEP en T2T + GRCh38
- ok pour valider spip T2T sur quelques variant => à intégrer au pipeline
- annotation :
  - ok pour mobidetails hg38
  - +OMIM T2T+ non
  - +franklin hg38+ non pour le moment
- métriques (fastq a minima) + rapport multiqc
- optionnel
  - reformater la sortie
- on abandonne
  - XAMScissors ave indel
  - parallélisation haplotype caller
  - spliceai à la vollée
  - pangolin
Test
- GIAB:
  - hg38: ok pour refaire les tests NA12878 avec données cento, sinon ok pour "c'est difficile" sur les 3 fichiers de capture
  - T2T: ok pour faire des tests rapides mais probablement pas assez de temps !
- patient de synthèse : variant cento confirém par sanger seuls
Résultats
- ok pour scale up bwa mem et haplotyecaller
Manuscrit
- validation de méthode : laisser tomber la version actuelle et faire comme strasbourg (cf ngs diag) dans la présentatino
- a envoyé le powerponit avec les références des différsences articles
- ok pour robo4 si résultat
- architecture cible = VM : 78 coeurs 54Go RAUM et 1To espace disque
Passage en production : ok pour présentation rapide du code
* Nixpkgs :nix:
** DONE GATK
CLOSED: [2023-05-06 Sat 08:51]
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/185819][Binaire]]
CLOSED: [2022-09-10 Sat 23:53] SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
*** KILL Corriger code pour utiliser source
CLOSED: [2022-09-11 Sun 22:05]
*** DONE Corriger PATH pour include java et python
CLOSED: [2022-10-11 Tue 11:46]
https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/191548
Review <2022-10-10 Mon> , corrigé dans la journée
*** DONE Update 4.3.0.0
CLOSED: [2023-04-13 Thu 09:01]
** HOLD Nextflow
*** KILL version script seule
CLOSED: [2023-04-01 Sat 18:29]
Fix pour SGE et nextflow
https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/192396
*** KILL Version avec gradle
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:51]
*** HOLD [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/192396][Bug report Version 22.10.6]]
**** Notes
Erreur :
ERROR: Cannot download nextflow required file -- make sure you can connect to the internet
Alternatively you can try to download this file:
    https://www.nextflow.io/releases/v22.10.6/nextflow-22.10.6-all.jar
and save it as:
    .//nix/store/md2b1ah4d7ivj82k8xxap30dmdci00pa-nextflow-22.10.6/bin/.nextflow-wrapped
Dans la mise à jour, il y a la création d'un environnement virtuel qui casse l'exécution de nextflow (besoin de télécharger)
Fix = désactiver
**** KILL Patch NXF_OFFLINE=true
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:02] SCHEDULED: <2023-06-11 Sun>
** WAIT [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/249329][Multiqc]]
HG002,sanger-chr20,data/HG002-sanger-inserted-chr20_1.fq.gz,data/HG002-sanger-inserted-chr20_2.fq.gz
** KILL Mutalyzer
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
Packaging faisable mais nombreux paquet python
** TODO Variant validator -> hgvs
C'est juste une interface autour d'hgvs mais il faut
- postgresql
- un accès ou télécharger des bases de données
  Dépendences
  s: wcwidth, pyee, pure-eval, ptyprocess, pickleshare, parsley, parse, fake-useragent, executing, backcall, appdirs, zipp, websockets, w3lib, urllib3, traitlets, tqdm, tabulate, sqlparse, soupsieve, six, pygments, psycopg2, prompt-toolkit, pexpect, parso, lxml, idna, humanfriendly, decorator, cython, cssselect, configparser, charset-normalizer, certifi, attrs, requests, pysam, pyquery, matplotlib-inline, jedi, importlib-metadata, coloredlogs, beautifulsoup4, asttokens, yoyo-migrations, stack-data, pyppeteer, bs4, bioutils, requests-html, ipython, biocommons.seqrepo, hgvs
** TODO SPIP :spip:
*** DONE PR upstream
CLOSED: [2023-08-12 Sat 18:23] SCHEDULED: <2023-08-12 Sat 18:00>
*** DONE Mail R. Lemann :T2T:
CLOSED: [2023-08-12 Sat 18:23] SCHEDULED: <2023-08-12 Sat 18:00>
*** KILL Mise à jour T2T :T2T:
*** WAIT Corriger PR
SCHEDULED: <2023-12-03 Sun>
** TODO VEP :vep:
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/185691][BioPerl]]
SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
*** TODO BioDBBBigFile
:PROPERTIES:
:ORDERED:  t
:END:
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
On utilise la dernière version de kent, donc plus de problème.
PRête à être mergé. Rebase faite<2023-07-02 Sun>
**** DONE Venrsion de kent déjà packagée : forcer version  335
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:20]
***** KILL [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/206991][Restore building kent 404]]
CLOSED: [2023-05-06 Sat 17:40]
Review faite <2023-03-26 Sun> , atteinte merge]
Relancé <2023-05-06 Sat>
Kent 446 n'a pas ce problème donc PR inutile
***** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/223411][Ajouter les header to package]] (inc folder)
CLOSED: [2023-05-08 Mon 10:18] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
Review à faire
https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/223411
Corrigé et plus besoin de la PR précédente
***** KILL [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186462][BioDBBBigFile]] avec ces 2 changements
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:20]
**** KILL Version de kent déjà packagée : 404
CLOSED: [2023-03-27 Mon 16:43]
Compile mais les tests de passent pas
**** DONE Modifier selon PR https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186462
CLOSED: [2023-07-30 Sun 22:01] SCHEDULED: <2023-07-30 Sun 20:00>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2023-07-30 Sun 19:13]--[2023-07-30 Sun 20:50] =>  1:37
:END:
Modification nécessaire pour kent :
- plus de patch
- suppression d'une boucle dans postPatch
On supprime aussi NIX_BUILD_TOP
**** WAIT Corriger PR biobigfile
SCHEDULED: <2023-12-05 Tue>
/Entered on/ [2023-10-15 Sun 17:21]
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186459][BioDBHTS]]
CLOSED: [2023-05-06 Sat 08:49] SCHEDULED: <2023-04-15 Sat>
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
Correction pour review faites <2022-10-10 Mon>
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186464][BioExtAlign]]
CLOSED: [2022-10-22 Sat 12:43] SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
Review <2022-10-10 Mon>, correction dans la journée.
Correction 2e passe, attente
Impossible de faire marcher les tests Car il ne trouve pas le module Bio::Tools::Align, qui est dans un dossier ailleurs dans le dépôt. Même en compilant tout le dépôt, cela ne fonctionne pas... On skip les tests.
*** TO

[3.8219]

[2.8219]

0 WES 111.90×
*** TODO Comment télécharger
**** TODO Tester ligne de commande
SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
***** KILL Tester aws
CLOSED: [2023-11-28 Tue 23:47] SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
Semble télécharger le .sra vu la taille (manque l'extension)
#+begin_src
aws s3 cp s3://sra-pub-run-odp/sra/SRR1611178/SRR1611178 --no-sign-request .
#+end_src
***** KILL Tester sra faster dump
CLOSED: [2023-11-29 Wed 22:20] SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
Selon la doc https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump, il faut faire un "pré" - téléchargement
#+begin_src sh
prefetch  SRR1611178
fastqer-dump  SRR1611178
#+end_src
Note fasterq-dump créé un répertoire temporaire de la taille de prefetch et le supprime. Les fastq ne sont pas compressés
***** TODO Passer par ENA qui donne un lien vers FTP directement
**** TODO Nextflow
SCHEDULED: <2023-11-29 Wed>
***** TODO channel ok pour gros fichiers ?
**** TODO DataToolkit.jl
SCHEDULED: <2023-11-28 Tue>
- plusieurs datasets par patient appelé NA12878 par exemple mais avec attributs différents (séquencer, kit, pair1, pair2)
- FTP depuis ENA (FTP)
*** Zone de capture GIAB fourni le .bed pour l'exome . INfo : https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/nextera-rapid-capture-exome-kit/downloads.html
*** Valider la méthode
- 1000 genomes + SureSelect human all exon v2 target capture kit : non disponible sur le site d'agilent (V6 ou plus)
  https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2928-9
- GIAB + liftover du fichire de capture en hg38
Ce qui est aussi fait par
https://bcbio-nextgen.readthedocs.io/en/stable/contents/germline_variants.html
Mais avec UCSC liftover
** Centogène
https://www.twistbioscience.com/node/23906
Bed non fourni pour exactement cette capture
On prend https://www.twistbioscience.com/resources/data-files/twist-alliance-vcgs-exome-401mb-bed-files
qui content la majeure partie
* Réunion
** <2023-08-10 Thu> Alexis
Ok pour bloquer le développment d'ici mardi prochain
Dév:
- pipeline jusque VEP en T2T + GRCh38
- ok pour valider spip T2T sur quelques variant => à intégrer au pipeline
- annotation :
  - ok pour mobidetails hg38
  - +OMIM T2T+ non
  - +franklin hg38+ non pour le moment
- métriques (fastq a minima) + rapport multiqc
- optionnel
  - reformater la sortie
- on abandonne
  - XAMScissors ave indel
  - parallélisation haplotype caller
  - spliceai à la vollée
  - pangolin
Test
- GIAB:
  - hg38: ok pour refaire les tests NA12878 avec données cento, sinon ok pour "c'est difficile" sur les 3 fichiers de capture
  - T2T: ok pour faire des tests rapides mais probablement pas assez de temps !
- patient de synthèse : variant cento confirém par sanger seuls
Résultats
- ok pour scale up bwa mem et haplotyecaller
Manuscrit
- validation de méthode : laisser tomber la version actuelle et faire comme strasbourg (cf ngs diag) dans la présentatino
- a envoyé le powerponit avec les références des différsences articles
- ok pour robo4 si résultat
- architecture cible = VM : 78 coeurs 54Go RAUM et 1To espace disque
Passage en production : ok pour présentation rapide du code
* Nixpkgs :nix:
** DONE GATK
CLOSED: [2023-05-06 Sat 08:51]
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/185819][Binaire]]
CLOSED: [2022-09-10 Sat 23:53] SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
*** KILL Corriger code pour utiliser source
CLOSED: [2022-09-11 Sun 22:05]
*** DONE Corriger PATH pour include java et python
CLOSED: [2022-10-11 Tue 11:46]
https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/191548
Review <2022-10-10 Mon> , corrigé dans la journée
*** DONE Update 4.3.0.0
CLOSED: [2023-04-13 Thu 09:01]
** HOLD Nextflow
*** KILL version script seule
CLOSED: [2023-04-01 Sat 18:29]
Fix pour SGE et nextflow
https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/192396
*** KILL Version avec gradle
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:51]
*** HOLD [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/192396][Bug report Version 22.10.6]]
**** Notes
Erreur :
ERROR: Cannot download nextflow required file -- make sure you can connect to the internet
Alternatively you can try to download this file:
    https://www.nextflow.io/releases/v22.10.6/nextflow-22.10.6-all.jar
and save it as:
    .//nix/store/md2b1ah4d7ivj82k8xxap30dmdci00pa-nextflow-22.10.6/bin/.nextflow-wrapped
Dans la mise à jour, il y a la création d'un environnement virtuel qui casse l'exécution de nextflow (besoin de télécharger)
Fix = désactiver
**** KILL Patch NXF_OFFLINE=true
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:02] SCHEDULED: <2023-06-11 Sun>
** WAIT [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/249329][Multiqc]]
HG002,sanger-chr20,data/HG002-sanger-inserted-chr20_1.fq.gz,data/HG002-sanger-inserted-chr20_2.fq.gz
** KILL Mutalyzer
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
Packaging faisable mais nombreux paquet python
** TODO Variant validator -> hgvs
C'est juste une interface autour d'hgvs mais il faut
- postgresql
- un accès ou télécharger des bases de données
  Dépendences
  s: wcwidth, pyee, pure-eval, ptyprocess, pickleshare, parsley, parse, fake-useragent, executing, backcall, appdirs, zipp, websockets, w3lib, urllib3, traitlets, tqdm, tabulate, sqlparse, soupsieve, six, pygments, psycopg2, prompt-toolkit, pexpect, parso, lxml, idna, humanfriendly, decorator, cython, cssselect, configparser, charset-normalizer, certifi, attrs, requests, pysam, pyquery, matplotlib-inline, jedi, importlib-metadata, coloredlogs, beautifulsoup4, asttokens, yoyo-migrations, stack-data, pyppeteer, bs4, bioutils, requests-html, ipython, biocommons.seqrepo, hgvs
** TODO SPIP :spip:
*** DONE PR upstream
CLOSED: [2023-08-12 Sat 18:23] SCHEDULED: <2023-08-12 Sat 18:00>
*** DONE Mail R. Lemann :T2T:
CLOSED: [2023-08-12 Sat 18:23] SCHEDULED: <2023-08-12 Sat 18:00>
*** KILL Mise à jour T2T :T2T:
*** WAIT Corriger PR
SCHEDULED: <2023-12-03 Sun>
** TODO VEP :vep:
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/185691][BioPerl]]
SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
*** TODO BioDBBBigFile
:PROPERTIES:
:ORDERED:  t
:END:
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
On utilise la dernière version de kent, donc plus de problème.
PRête à être mergé. Rebase faite<2023-07-02 Sun>
**** DONE Venrsion de kent déjà packagée : forcer version  335
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:20]
***** KILL [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/206991][Restore building kent 404]]
CLOSED: [2023-05-06 Sat 17:40]
Review faite <2023-03-26 Sun> , atteinte merge]
Relancé <2023-05-06 Sat>
Kent 446 n'a pas ce problème donc PR inutile
***** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/223411][Ajouter les header to package]] (inc folder)
CLOSED: [2023-05-08 Mon 10:18] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
Review à faire
https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/223411
Corrigé et plus besoin de la PR précédente
***** KILL [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186462][BioDBBBigFile]] avec ces 2 changements
CLOSED: [2023-07-02 Sun 11:20]
**** KILL Version de kent déjà packagée : 404
CLOSED: [2023-03-27 Mon 16:43]
Compile mais les tests de passent pas
**** DONE Modifier selon PR https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186462
CLOSED: [2023-07-30 Sun 22:01] SCHEDULED: <2023-07-30 Sun 20:00>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2023-07-30 Sun 19:13]--[2023-07-30 Sun 20:50] =>  1:37
:END:
Modification nécessaire pour kent :
- plus de patch
- suppression d'une boucle dans postPatch
On supprime aussi NIX_BUILD_TOP
**** WAIT Corriger PR biobigfile
SCHEDULED: <2023-12-05 Tue>
/Entered on/ [2023-10-15 Sun 17:21]
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186459][BioDBHTS]]
CLOSED: [2023-05-06 Sat 08:49] SCHEDULED: <2023-04-15 Sat>
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
Correction pour review faites <2022-10-10 Mon>
*** DONE [[https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/186464][BioExtAlign]]
CLOSED: [2022-10-22 Sat 12:43] SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]
Review <2022-10-10 Mon>, correction dans la journée.
Correction 2e passe, attente
Impossible de faire marcher les tests Car il ne trouve pas le module Bio::Tools::Align, qui est dans un dossier ailleurs dans le dépôt. Même en compilant tout le dépôt, cela ne fonctionne pas... On skip les tests.
*** TO

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 1 [5.9011]
B:BD[5.9011] → [6.9139:9162]
```
Commentaires globaux :
```
[5.9011]
[6.9162]
```
* Notes
** Commentaires globaux :
```

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 15 [5.9011]

B:BD[5.9717] → [5.9717:9832]

* Intro
- Contexte: https://link.springer.com/article/10.1007/s13143-018-0066-3 Ajout de la grêle dans le modèle

[5.9717]

[5.9832]

** 1 Intro
- SIMT : mettre acronymoe (single execution, multiple threads)
- Dire que WSM7 est un modèle de microphysique seule ? La phre suivante prête à confusion
#+begin_quote
The most recent model of this category is the WRF Single-Moment 7-class (WSM7) model
#+end_quote

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 22 [5.9011]

B:BD[5.9870] → [5.9870:9988]

- Étendue du modèle (national probablement)
* 3
Argument sur le choix du C au lieu de Fortran n'est pas très clair

[5.9870]

[5.9988]

- Préciser étendue du modèle (national probablement)
- typo: ": A higher"
- fusionner ces phrase
#+begin_quote
Additionally, the capabilities of GPUs can be utilized which allows
for a hybrid CPU/GPU implementation of the WSM7 simulations. This requires an
analysis of data structures and data transfers which introduces the additional pos-
sibility of a hybrid execution on CPU and GPU.
#+end_quote
- fusionner

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 33 [5.9011]

B:BD[5.10002] → [5.10002:10243]

for this work the Fortran version is reimplemented in C++ using CUDA due
to the extensive usage of object orientation for the creation of GPU tasks, which only
can be represented insufficiently in Fortran based approaches like CUDA-Fortran.

[5.10002]

[5.10243]

 the simulation is split into separate tasks for
which the placement on CPU or GPU can be determined individually in each simula-
tion time step. This allows for a dynamic load balancing mechanism to be introduced

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 37 [5.9011]

B:BD[5.10255] → [5.10255:10402]

** Parallélisation :
- comment sont réparties les tâches de calcul (1 colonne = 1 tache a priori) ? Simple pile ou algorithme plus compliqué ?

[5.10255]

[5.10402]

ex:
#+begin_src
 the simulation is split into separate tasks mapped to either CPU or GPU through a custom load-balancing algorithm
#+end_src
- La partie "In detail, this article provides the following contributions:" peut être fusionnée avec la structure de l'article.
- Changer tasks -> model

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 44 [5.9011]

B:BD[5.10416] → [5.10416:10581]

Each column can be simulated in parallel allowing for a simultane-
ous calculation along the horizontal mesh points following the longitude and latitude
coordinates

[5.10416]

[5.10581]

 a C/CPU parallelization for the WSM7 tasks
• a CUDA/GPU parallelization for the WSM7 tasks

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 47 [5.9011]

B:BD[5.10593] → [5.10593:10854]

Cette phrase peut être supprimée car redondante
- Question: charge de calcul équilibrée horizontalement ? Et verticalement ? Il serait intéressant de voir la charge de calcul au cours du temps
Figure 2 : type "Daten" -> data, type "direkt" -> direct
* 4

[5.10593]

[5.10854]

Notes:
- la version en fortran est séquentielle
- Contexte: https://link.springer.com/article/10.1007/s13143-018-0066-3 Ajout de la grêle dans le modèle
** 2
Speed-up: préciser que c'est pour le GPU et qu'il  fsemble être plus intéressant de la bibliography (ou dans l'introduction)
** 3
- Les 2 phrases peuvent être résumée en : "a custom dynamic load balancing method for heterogenous architecture is presented to achieve the lowest execution tme for each time step"
#+begin_quote
 Finally, a dynamic task distribution method is presented, which
focuses on reaching the lowest possible execution time in every time step. In order to
achieve this, the workload has to be distributed among the heterogeneous system such
that the execution time of the components match.
#+end_quote
*** 3.1
- C++ ? Remplacer les mentions de C dans le reste de l'article alors
- Préciser la phrase suivante ("insufficiently" ?)
#+begin_quote
due to the extensive usage of object orientation for the creation of GPU tasks, which only
can be represented insufficiently in Fortran based approaches like CUDA-Fortran.
#+end_quote
- Ce qui manque est la définition d'une tache au sens GPU (et CPU) : a priori, correspond à un ensemble de colonnes
*** 3.2
- Fig 2 : représentation de la donnée en mémoire ? à préciser dans la légende
- À part les optimisations, les données ont-elles été resstructurées ?
- Figure 2 : type "Daten" -> data, type "direkt" -> direct
** 4

Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 82 [5.9011]
B:BD[5.11261] → [6.9482:9497]
```
* 5 Résultats
```
[5.11261]
[6.9497]
```
** 5 Résultats
```
Replacement in notes/reviews/jakobs2023.org at line 104 [5.9011]
B:BD[6.10812] → [6.10812:10825]
```
* Conclusion
```
[6.10812]
[6.10825]
```
NB: regarder rapidement s'il y a des stratégies connnues de load balancing pour GPU
** Conclusion
```

Insertion in notes/reviews/jakobs2023.org at line 107 [5.9011]

[6.10901]

- test autre algorithm de load balacing ? ex: J. Fang, J. Zhang, S. Lu and H. Zhao, "Exploration on Task Scheduling Strategy for CPU-GPU Heterogeneous Computing System," 2020 IEEE Computer Society Annual Symposium on VLSI (ISVLSI), Limassol, Cyprus, 2020, pp. 306-311, doi: 10.1109/ISVLSI49217.2020.00063.
- étude de la charge de calcul spatialement pour adapter algorithme
* Rapport
** Key results
# Please summarize what you consider to be the outstanding features of the work.
** alidity
# Does the manuscript have flaws which should prohibit its publication? If so, please provide details.
** Originality and significance
# If the conclusions are not original, please provide relevant references.
** ata & methodology
# Please comment on the validity of the approach, quality of the data and quality of presentation. Please note that we expect our reviewers to review all data, including any extended data and supplementary information. Is the reporting of data and methodology sufficiently detailed and transparent to enable reproducing the results?
** Appropriate use of statistics and treatment of uncertainties
# All error bars should be defined in the corresponding figure legends; please comment if that’s not the case. Please include in your report a specific comment on the appropriateness of any statistical tests, and the accuracy of the description of any error bars and probability values. Evaluation checklists can be found here.
** Conclusions
# Do you find that the conclusions and data interpretation are robust, valid and reliable?
** Inflammatory material:
# Does the manuscript contain any language that is inappropriate or potentially libelous?
** Suggested improvements:
# Please list suggestions that could help strengthen the work in a revision.
** References:
# Does this manuscript reference previous literature appropriately? If not, what references should be included or excluded? Attempts at reviewer-coerced citation will be noted against your record in our database.
** Clarity and context:
# Is the abstract clear, accessible? Are abstract, introduction and conclusions appropriate?
** Please indicate any particular part of the manuscript, data, or analyses that you feel is outside the scope of your expertise, or that you were unable to assess fully.
** Please address any other specific questions asked by the editor.
** Please make sure to check if author(s) have followed our Sex and Gender in Research (SAGER Guidelines).