- JOSS : packaging dépendences sarek + bases de données avec scidataflow

-[[id:e2286a36-c6dd-45ae-b887-7feec35aa929][Article JOSS bisonex]]

***** PROJ Dépendences Sarek [0/1]

***** STRT Dépendences Sarek [0/6]
****** WAIT Package nix Dragmap
PR soumis
****** TODO Package nix Deepvariant

Packagé mais manque pysam exécution...

- tiddit package ok
- Manque fermi2 : ajouteer dans wrapper

****** WAIT Package nix vep
PR soumis
****** WAIT Package nix multiqc
PR soumis

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:END:
#+title: Article JOSS bisonex
#+filetags: bisonex recherche article
Avantages:
- Publication "facile" dans JOSS : 1h max pour écrire les contributions d'après le journal.
- critère : >= 3 mois de travail.
- Contributions dans un project acceptés
- Continuation logique de la thèse
Objectifs :
- dépendences de sarek
- fournir les basse de données avec scidataflow (CLI en rust)
Quantité de travail :
- quelques logiciels restants à packager (deepvariant = difficile par contre)
- créer un répo pour les /assets/ et mettre en issue
Stratégie
1. packages nix vu le délai d'acceptation...
2. repo /assets/
Dépendences
- [-] Aligneur
  - [X] (BWA-mem/mem2 : déjà disponibles)
  - [X] (Sentieon : payant)
  - [ ] Dragmap
- [X] mosdepth
- [-] Appel de variants (constit !)
  - [X] (CNVkit : déjà disponible)
  - [ ] Deepvariant
  - [X] (freebayes : déjà disponible)
  - [X] GATK HaplotypeCaller: fait
  - [X] (Manta : déjà disponible)
  - [X] (mpileup : déjà disponible dans samtools
  - [X] (Sentieon Haplotyper : payant)
  - [X] (Strelka2 : déjà disponible)
  - [ ] Tiddit
- [-] Annotation
  - [X] (snpeff : déjà disponible)
  - [ ] vep : PR soumiss
- [ ] multiqc : PR soumis

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