begin_src sh :dir ~/Downloads
comm -23 t2t-genes.txt hg38-genes.txt | wc -l
#+end_src
#+RESULTS:
: 3154
Gènes uniquements dans GRCh38
#+begin_src sh :dir ~/Downloads
comm -13 t2t-genes.txt hg38-genes.txt | wc -l
#+end_src
#+RESULTS:
: 12621
*** TODO OMIM sur nom du gène :annotation:
*** PROJ Mobidetails API
*** PROJ Franklin API
https://www.postman.com/genoox-ps/workspace/franklin-api-documentation-s-public-workspace/documentation/6621518-4335389d-12e3-445f-8182-339df95b2a09
*** TODO Regarder si clinique disponible avec vep :annotation:
** TODO [#B] Indicateurs qualité :qualité:
*** Idée
Raredisease:
- FastQC : nombreuses statistiques. Non disponible Nix
- Mosdepth : calcule la profondeur (2x plus rapide que samtools depth). Nix
- MultiQC : fusionne juste les résultats des analyses. Non disponible nix
- Picard's CollectMutipleMetrics, CollectHsMetrics, and CollectWgsMetrics
- Qualimap : alternative fastqc ? Non disponible nix
- Sentieon's WgsMetricsAlgo : propriétaire
- TIDDIT's cov : TIDIT = remaninement chromosomique
Sarek:
- alignment statistics : samtools stats, mosdepth
- QC : MultiQC
MultiQC : non disponible Nix
*** DONE FastqQC
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE Mosdepth
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
Pour exomple, il faut le fichier de capture
subworkflows/local/bam_markduplicates/
*** DONE Samtools stats
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE [#B] Compte-redu exécution avec MultiQC
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE Résultats sur NA12878 : 98% à 20x
CLOSED: [2023-08-19 Sat 20:45] SCHEDULED: <2023-08-17 Thu>
**** DONE Comprendre 91% à 20x seulement: SNVs inséré
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
***** DONE Tester autre kit : Twist exome comprehensive
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:24]
Moins bon
***** DONE Tester génome sans alt
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
Idem
***** DONE Tester NA12878 sans SNVs inséré: cause !!
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
***** DONE Tester hg19 sur NA12878 non inséré
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
**** DONE Comprendre pourquoi SNVs diminuent le score: reads manquants
CLOSED: [2023-08-19 Sat 20:34] SCHEDULED: <2023-08-18 Fri>
Voir [[id:5c1c36f3-f68e-4e6d-a7b6-61dca89abc37][Bug: perte de nombreux reads avec NA12878]]
*** TODO Relancer résultats avec NA1287 et NA12878 + sanger
SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
*** DONE Comparer avec hg19
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
*** DONE Comparer avec autres kit de capture
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
*** DONE Comparer avec no-alt
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
** HOLD vérifier si normalisation
** KILL [#B] Vérification nomenclature hgvs :hgvs:
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-15 Tue>
*** KILL mutalyzer
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** KILL API variantvalidator
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
** DONE Exécution
CLOSED: [2022-09-13 Tue 21:37]
*** KILL test Bionix
*** KILL Implémenter execution avec Nix ?
Voir https://academic.oup.com/gigascience/article/9/11/giaa121/5987272?login=false
pour un exemple.
Probablement plus simple d’utiliser Nix pour gestion de l’environnement et snakemake pour l’exécution
Pas d’accès internet depuis le cluster
*** DONE nextflow
CLOSED: [2022-09-13 Tue 21:37]
**** TODO Bug scheduler SGE
Le job se fait tuer car l'utilisateur n'est pas passé correctement à nextflow
***** DONE Forcer l'utilisateur à l'exécution
CLOSED: [2023-04-01 Sat 17:57]
NXF_OPTS=-D"user.name=alex"
***** DONE Vérifier si le problème persiste avec 22.10.6
CLOSED: [2023-04-01 Sat 18:38] SCHEDULED: <2023-04-01 Sat>
oui
***** KILL Packager l'utilisateur dans le programme ?
Mauvaise idée..
** TODO Preprocessing avec nextflow
*** TODO Map to reference
**** TODO Sample ID dans header
/Work/Users/apraga/bisonex/out/63003856_S135/preprocessing/baserecalibrator
*** DONE Mark duplicate
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
*** DONE Recalibrate base quality score
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
** DONE Variant calling avec Nextflow
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter variants
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter common snp not clinvar path
CLOSED: [2022-11-07 Mon 23:00]
Voir [[*common dbSNP not clinvar patho][common dbSNP not clinvar patho]]
*** DONE Filter variant only in consensual sequence
CLOSED: [2022-11-08 Tue 22:23]
*** DONE Filter technical variants
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Utilise AVX pour accélerer l'exécution
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
Sans cela, on a l'avertissement
#+begin_quote
17:28:00.720 INFO  PairHMM - OpenMP multi-threaded AVX-accelerated native PairHMM implementation is not supported
17:28:00.721 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_utils.so from jar:file:/nix/store/cy9ckxqwrkifx7wf02hm4ww1p6lnbxg9-gatk-4.2.4.1/bin/gatk-package-4.2.4.1-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_utils.so
17:28:00.733 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_utils.so from native/libgkl_utils.so (/Work/Users/apraga/bisonex/out/NA12878_NIST7035/preprocessing/applybqsr/libgkl_utils821485189051585397.so: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)
17:28:00.733 WARN  IntelPairHmm - Intel GKL Utils not loaded
17:28:00.733 WARN  PairHMM - ***WARNING: Machine does not have the AVX instruction set support needed for the accelerated AVX PairHmm. Falling back to the MUCH slower LOGLESS_CACHING implementation!
17:28:00.763 INFO  ProgressMeter - Starting traversal
#+end_quote
libgomp.so est fourni par gcc donc il faut charger le module
 module load gcc@11.3.0/gcc-12.1.0
** KILL Utiliser subworkflow
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08]
Notre version permet d'être plus souple
*** KILL Alignement
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
*** KILL Vep
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
vcf_annotate_ensemblvep
** TODO Annotation avec nextflow :annotation:
*** KILL VEP : --gene-phenotype ?
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Vu avec alexis : bases de données non à jour
https://www.ensembl.org/info/genome/variation/phenotype/sources_phenotype_documentation.html
*** DONE plugin VEP
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Cloner dépôt git avec plugin
Puis utiliser --dir_plugins
*** HOLD Utiliser code d’Alexis
*** TODO Nouvelle version avec VEP
Example avec --custom
https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html
**** DONE Ajout spliceAI
CLOSED: [2023-05-18 Thu 11:02] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
plugin VEP
***** DONE Télécharger les données
CLOSED: [2023-05-11 Thu 19:01]
Difficile d'automatiser, le lien est temporaire...
***** DONE PLugin
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
***** DONE Séparer score en plusieurs colonnes
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
Test avec ce fichier pour avoir une ligne avec annotation et une ligne sans
#CHROM	POS	ID	REF	ALT
1	9091	.	A	C
1	69091	.	A	C
et
#+begin_src sh
rm -f postvep.tsv* && vep -i testspliceai.vcf.gz -o postvep.tsv --tab  --dir 109 --merged --pick --use_given_ref   --offline  --plugin SpliceAI,snv=spliceai_scores.raw.snv.hg38.vcf.gz,indel=spliceai_scores.raw.indel.hg38.vcf.gz
#+end_src
#+begin_src
$ bgzip postvep.tsv
$ python spliceai.py
$ cat postvep2.tsv
,variation,Location,Allele,Gene,Feature,Feature_type,Consequence,cDNA_position,CDS_position,Protein_position,Amino_acids,Codons,Existing_variation,IMPACT,DISTANCE,STRAND,FLAGS,REFSEQ_MATCH,SOURCE,REFSEQ_OFFSET,SpliceAI_AG,SpliceAI_AL,SpliceAI_DG,SpliceAI_DL
0,1_9091_A/C,1:9091,C,ENSG00000290825,ENST00000456328,Transcript,upstream_gene_variant,-,-,-,-,-,-,MODIFIER,2778,1,-,-,Ensembl,-,,,,
1,1_69091_A/C,1:69091,C,ENSG00000186092,ENST00000641515,Transcript,missense_variant,124,64,22,M/L,Atg/Ctg,-,MODERATE,-,1,-,-,Ensembl,-,0.01,0.00,0.00,0.01
#+end_src
Test
cp work/bf/437ae511958509e43072f032f4d495/small.tab.gz tests/vep-spip.tab.gz
cp work/d5/3b1244b5ae83d54409ee0d456e8c55/small_cadd.tab.gz tests/vep-cadd-splice.tab.gz
**** HOLD Package Nix spliceAI ?
nix profile install nixpkgs#python3Packages.tensorflow
+ ajouter dépendencs ("grep import" ou cnad)
**** TODO Ajout LOEUF et pli
plugin VEP
**** TODO NMD
plugin VEP
**** KILL Ajout LOEUF
CLOSED: [2023-04-19 mer. 16:32]
plugin VEP
**** DONE Spip
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
BED ne semble pas bien marcher (il faut définir une zone)
VCF : trop d’information
Attention, plusieurs transcripts mais résultats identiques. On supprimer les doublons
***** DONE interpretation + score + intervalle de confiance séparé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Tests :
dans tests/
vep -i 63004925-small.vcf -o postvep.vcf --vcf --fasta genomeRef.fna --dir 109 --merged --pick  --offline --custom ../script/spip_annotation.vcf.gz,SPIP,vcf,exact,0,spipInterp,spipScore,spipConfidence
***** DONE Score
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:30]
**** DONE CADD: remplacer par plugin VEP
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
***** Test
#+begin_src
vep  -i test.vcf  -o lol.vcf --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --dir_plugins ../VEP_plugins/ -v
#+end_src
Test
#+begin_src sh
vep --id "1  230710048 230710048 A/G 1"   --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --hgvsg --plugin pLI --plugin LOEUF -o lol
#+end_src
CSQ=G|missense_variant|MODERATE|AGT|ENSG00000135744|Transcript|ENST00000366667|protein_coding|2/5||||843|776|259|M/T|aTg/aCg|||-1||HGNC|HGNC:333||Ensembl||A|A||1:g.230710048A>G|0.347|-0.277922|
Correspond bien à https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VEP/Results?tl=I7ZsIbrj14P6lD43-9115494
***** DONE Utiliser whole genome
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
***** KILL Renommer les chromosome avant ...
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:14] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Trop long !
- Téléchargement de CADD: 4h20
- renommer les chromosome pour SNV : 6h20
- tabix sur les SNV : job tué au bout de 21h....
***** DONE annoter séparément et fusionner les tableaux
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NB: on pourrait filtrer CADD avec tabix pour se restreindre à nos variants
**** DONE clinvar
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:31]
**** KILL Vérifier résultats HGVS avec mutalyzer
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:26]
**** HOLD Parallélisation
***** HOLD par chromosome avec workflow VEP
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/blob/release/109/nextflow/workflows/run_vep.nf
***** HOLD Avec option --fork
**** DONE Utiliser la version de nf-core de VEP
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:27] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
**** TODO OMIM
SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
**** PROJ Grantham
**** PROJ ACMG incidental
**** TODO Gnomad ?
**** DONE Sortie VCF (pour avoir la fraction allélique AF)
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22]
**** TODO VCF -> tsv avec bcftools
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
**** TODO Un seul transcrit après VEP avec filter_vep :filter:
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
Avec mise à jour VEP 110, pick_flag semble fonctionner.
***** DONE Test chr20: Pas de variant "perdus"
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:31] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
contrairement au résultat communqié à alexis par mail
#+begin_src sh :dir out/annotate
$ bcftools +counts vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz
#+end_src
Number of samples: 1
Number of SNPs:    123
Number of INDELs:  32
Number of MNPs:    53
Number of others:  0
Number of sites:   208
#+begin_src  sh
[apraga@mesointeractive annotate]$ filter_vep -i vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' | bcftools +counts
#+end_src
Number of samples: 1
Number of SNPs:    123
Number of INDELs:  32
Number of MNPs:    53
Number of others:  0
Number of sites:   208
2nd vérification
#+begin_src sh :dir out/annotate
 filter_vep -i vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' --soft_filter | grep fail
#+end_src
***** TODO Test NA12878 + variants sanger : variants perdus avec --pick ?
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
***** TODO Test NA12878 + variants sanger: vérifier sortie
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
*** KILL Comparer les annotations sur 63003856
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:28]
**** Relancer le nouveau pipeline
*** KILL Ancienne version
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL HGVS
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Filtrer après VEP
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL OMIM
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL clinvar
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL ACMG incidental
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Grantham
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** KILL Gnomad
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** KILL Tester version d'alexis avec Nix
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** KILL Filter
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** KILL variant annotation
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
Besoin de vep
*** KILL Variant calling
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
** KILL Tester sarek
CLOSED: [2023-08-12 Sat 15:53]
#+begin_src sh
 module load apptainer/1.1.8
 nextflow run nf-core/sarek -profile test,singularity --outdir test-sarek
#+end_src
Les dépendences ne se téléchargent pas correctement, on les extrait à la main
#+begin_src sh
 rg -IN galaxyproject modules  | sed 's/ //g;s/:$//' | sort | uniq > deps.txt
#+end_src
 Nettoyage à la main
 Puis
 #+begin_src sh
 cat deps.txt | xargs -L1 singularity pull
 #+end_src
** DONE Support pour samplesheet
CLOSED: [2023-08-03 Thu 14:24] SCHEDULED: <2023-08-03 Thu 13:00>
/Entered on/ [2023-08-03 Thu 13:12]
** DONE Petit jeu de données : chr22 sur HG001
CLOSED: [2023-08-05 Sat 14:21] SCHEDULED: <2023-08-05 Sat>
* Amélioration :amelioration:
* Documentation
:PROPERTIES:
:CATEGORY: doc
:END:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Manuscript
:PROPERTIES:
:CATEGORY: manuscript
:END:
* Tests :tests:
** KILL Non régression : version prod
CLOSED: [2023-05-23 Tue 08:46]
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt |

begin_src sh :dir ~/Downloads
comm -23 t2t-genes.txt hg38-genes.txt | wc -l
#+end_src
#+RESULTS:
: 3154
Gènes uniquements dans GRCh38
#+begin_src sh :dir ~/Downloads
comm -13 t2t-genes.txt hg38-genes.txt | wc -l
#+end_src
#+RESULTS:
: 12621
*** TODO OMIM sur nom du gène :annotation:
*** PROJ Mobidetails API
*** PROJ Franklin API
https://www.postman.com/genoox-ps/workspace/franklin-api-documentation-s-public-workspace/documentation/6621518-4335389d-12e3-445f-8182-339df95b2a09
*** TODO Regarder si clinique disponible avec vep :annotation:
** TODO [#B] Indicateurs qualité :qualité:
*** Idée
Raredisease:
- FastQC : nombreuses statistiques. Non disponible Nix
- Mosdepth : calcule la profondeur (2x plus rapide que samtools depth). Nix
- MultiQC : fusionne juste les résultats des analyses. Non disponible nix
- Picard's CollectMutipleMetrics, CollectHsMetrics, and CollectWgsMetrics
- Qualimap : alternative fastqc ? Non disponible nix
- Sentieon's WgsMetricsAlgo : propriétaire
- TIDDIT's cov : TIDIT = remaninement chromosomique
Sarek:
- alignment statistics : samtools stats, mosdepth
- QC : MultiQC
MultiQC : non disponible Nix
*** DONE FastqQC
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE Mosdepth
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
Pour exomple, il faut le fichier de capture
subworkflows/local/bam_markduplicates/
*** DONE Samtools stats
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE [#B] Compte-redu exécution avec MultiQC
CLOSED: [2023-08-15 Tue 21:43] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** DONE Résultats sur NA12878 : 98% à 20x
CLOSED: [2023-08-19 Sat 20:45] SCHEDULED: <2023-08-17 Thu>
**** DONE Comprendre 91% à 20x seulement: SNVs inséré
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
***** DONE Tester autre kit : Twist exome comprehensive
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:24]
Moins bon
***** DONE Tester génome sans alt
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
Idem
***** DONE Tester NA12878 sans SNVs inséré: cause !!
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
***** DONE Tester hg19 sur NA12878 non inséré
CLOSED: [2023-08-18 Fri 22:25]
**** DONE Comprendre pourquoi SNVs diminuent le score: reads manquants
CLOSED: [2023-08-19 Sat 20:34] SCHEDULED: <2023-08-18 Fri>
Voir [[id:5c1c36f3-f68e-4e6d-a7b6-61dca89abc37][Bug: perte de nombreux reads avec NA12878]]
*** DONE Relancer résultats avec NA1287 et NA12878 + sanger
CLOSED: [2023-08-29 Tue 10:30] SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
*** DONE Comparer avec hg19
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
*** DONE Comparer avec autres kit de capture
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
*** DONE Comparer avec no-alt
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22] SCHEDULED: <2023-08-20 Sun>
** HOLD vérifier si normalisation
** KILL [#B] Vérification nomenclature hgvs :hgvs:
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-15 Tue>
*** KILL mutalyzer
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
*** KILL API variantvalidator
CLOSED: [2023-08-16 Wed 19:07] SCHEDULED: <2023-08-13 Sun>
** DONE Exécution
CLOSED: [2022-09-13 Tue 21:37]
*** KILL test Bionix
*** KILL Implémenter execution avec Nix ?
Voir https://academic.oup.com/gigascience/article/9/11/giaa121/5987272?login=false
pour un exemple.
Probablement plus simple d’utiliser Nix pour gestion de l’environnement et snakemake pour l’exécution
Pas d’accès internet depuis le cluster
*** DONE nextflow
CLOSED: [2022-09-13 Tue 21:37]
**** TODO Bug scheduler SGE
Le job se fait tuer car l'utilisateur n'est pas passé correctement à nextflow
***** DONE Forcer l'utilisateur à l'exécution
CLOSED: [2023-04-01 Sat 17:57]
NXF_OPTS=-D"user.name=alex"
***** DONE Vérifier si le problème persiste avec 22.10.6
CLOSED: [2023-04-01 Sat 18:38] SCHEDULED: <2023-04-01 Sat>
oui
***** KILL Packager l'utilisateur dans le programme ?
Mauvaise idée..
** TODO Preprocessing avec nextflow
*** TODO Map to reference
**** TODO Sample ID dans header
/Work/Users/apraga/bisonex/out/63003856_S135/preprocessing/baserecalibrator
*** DONE Mark duplicate
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
*** DONE Recalibrate base quality score
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
** DONE Variant calling avec Nextflow
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter variants
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter common snp not clinvar path
CLOSED: [2022-11-07 Mon 23:00]
Voir [[*common dbSNP not clinvar patho][common dbSNP not clinvar patho]]
*** DONE Filter variant only in consensual sequence
CLOSED: [2022-11-08 Tue 22:23]
*** DONE Filter technical variants
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Utilise AVX pour accélerer l'exécution
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
Sans cela, on a l'avertissement
#+begin_quote
17:28:00.720 INFO  PairHMM - OpenMP multi-threaded AVX-accelerated native PairHMM implementation is not supported
17:28:00.721 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_utils.so from jar:file:/nix/store/cy9ckxqwrkifx7wf02hm4ww1p6lnbxg9-gatk-4.2.4.1/bin/gatk-package-4.2.4.1-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_utils.so
17:28:00.733 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_utils.so from native/libgkl_utils.so (/Work/Users/apraga/bisonex/out/NA12878_NIST7035/preprocessing/applybqsr/libgkl_utils821485189051585397.so: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)
17:28:00.733 WARN  IntelPairHmm - Intel GKL Utils not loaded
17:28:00.733 WARN  PairHMM - ***WARNING: Machine does not have the AVX instruction set support needed for the accelerated AVX PairHmm. Falling back to the MUCH slower LOGLESS_CACHING implementation!
17:28:00.763 INFO  ProgressMeter - Starting traversal
#+end_quote
libgomp.so est fourni par gcc donc il faut charger le module
 module load gcc@11.3.0/gcc-12.1.0
** KILL Utiliser subworkflow
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08]
Notre version permet d'être plus souple
*** KILL Alignement
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
*** KILL Vep
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
vcf_annotate_ensemblvep
** TODO Annotation avec nextflow :annotation:
*** KILL VEP : --gene-phenotype ?
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Vu avec alexis : bases de données non à jour
https://www.ensembl.org/info/genome/variation/phenotype/sources_phenotype_documentation.html
*** DONE plugin VEP
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Cloner dépôt git avec plugin
Puis utiliser --dir_plugins
*** HOLD Utiliser code d’Alexis
*** TODO Nouvelle version avec VEP
Example avec --custom
https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html
**** DONE Ajout spliceAI
CLOSED: [2023-05-18 Thu 11:02] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
plugin VEP
***** DONE Télécharger les données
CLOSED: [2023-05-11 Thu 19:01]
Difficile d'automatiser, le lien est temporaire...
***** DONE PLugin
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
***** DONE Séparer score en plusieurs colonnes
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
Test avec ce fichier pour avoir une ligne avec annotation et une ligne sans
#CHROM	POS	ID	REF	ALT
1	9091	.	A	C
1	69091	.	A	C
et
#+begin_src sh
rm -f postvep.tsv* && vep -i testspliceai.vcf.gz -o postvep.tsv --tab  --dir 109 --merged --pick --use_given_ref   --offline  --plugin SpliceAI,snv=spliceai_scores.raw.snv.hg38.vcf.gz,indel=spliceai_scores.raw.indel.hg38.vcf.gz
#+end_src
#+begin_src
$ bgzip postvep.tsv
$ python spliceai.py
$ cat postvep2.tsv
,variation,Location,Allele,Gene,Feature,Feature_type,Consequence,cDNA_position,CDS_position,Protein_position,Amino_acids,Codons,Existing_variation,IMPACT,DISTANCE,STRAND,FLAGS,REFSEQ_MATCH,SOURCE,REFSEQ_OFFSET,SpliceAI_AG,SpliceAI_AL,SpliceAI_DG,SpliceAI_DL
0,1_9091_A/C,1:9091,C,ENSG00000290825,ENST00000456328,Transcript,upstream_gene_variant,-,-,-,-,-,-,MODIFIER,2778,1,-,-,Ensembl,-,,,,
1,1_69091_A/C,1:69091,C,ENSG00000186092,ENST00000641515,Transcript,missense_variant,124,64,22,M/L,Atg/Ctg,-,MODERATE,-,1,-,-,Ensembl,-,0.01,0.00,0.00,0.01
#+end_src
Test
cp work/bf/437ae511958509e43072f032f4d495/small.tab.gz tests/vep-spip.tab.gz
cp work/d5/3b1244b5ae83d54409ee0d456e8c55/small_cadd.tab.gz tests/vep-cadd-splice.tab.gz
**** HOLD Package Nix spliceAI ?
nix profile install nixpkgs#python3Packages.tensorflow
+ ajouter dépendencs ("grep import" ou cnad)
**** TODO Ajout LOEUF et pli
plugin VEP
**** TODO NMD
plugin VEP
**** KILL Ajout LOEUF
CLOSED: [2023-04-19 mer. 16:32]
plugin VEP
**** DONE Spip
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
BED ne semble pas bien marcher (il faut définir une zone)
VCF : trop d’information
Attention, plusieurs transcripts mais résultats identiques. On supprimer les doublons
***** DONE interpretation + score + intervalle de confiance séparé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Tests :
dans tests/
vep -i 63004925-small.vcf -o postvep.vcf --vcf --fasta genomeRef.fna --dir 109 --merged --pick  --offline --custom ../script/spip_annotation.vcf.gz,SPIP,vcf,exact,0,spipInterp,spipScore,spipConfidence
***** DONE Score
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:30]
**** DONE CADD: remplacer par plugin VEP
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
***** Test
#+begin_src
vep  -i test.vcf  -o lol.vcf --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --dir_plugins ../VEP_plugins/ -v
#+end_src
Test
#+begin_src sh
vep --id "1  230710048 230710048 A/G 1"   --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --hgvsg --plugin pLI --plugin LOEUF -o lol
#+end_src
CSQ=G|missense_variant|MODERATE|AGT|ENSG00000135744|Transcript|ENST00000366667|protein_coding|2/5||||843|776|259|M/T|aTg/aCg|||-1||HGNC|HGNC:333||Ensembl||A|A||1:g.230710048A>G|0.347|-0.277922|
Correspond bien à https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VEP/Results?tl=I7ZsIbrj14P6lD43-9115494
***** DONE Utiliser whole genome
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
***** KILL Renommer les chromosome avant ...
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:14] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Trop long !
- Téléchargement de CADD: 4h20
- renommer les chromosome pour SNV : 6h20
- tabix sur les SNV : job tué au bout de 21h....
***** DONE annoter séparément et fusionner les tableaux
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NB: on pourrait filtrer CADD avec tabix pour se restreindre à nos variants
**** DONE clinvar
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:31]
**** KILL Vérifier résultats HGVS avec mutalyzer
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:26]
**** HOLD Parallélisation
***** HOLD par chromosome avec workflow VEP
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/blob/release/109/nextflow/workflows/run_vep.nf
***** HOLD Avec option --fork
**** DONE Utiliser la version de nf-core de VEP
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:27] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
**** TODO OMIM
SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
**** PROJ Grantham
**** PROJ ACMG incidental
**** TODO Gnomad ?
**** DONE Sortie VCF (pour avoir la fraction allélique AF)
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:22]
**** TODO VCF -> tsv avec bcftools
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
**** TODO Un seul transcrit après VEP avec filter_vep :filter:
SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
Avec mise à jour VEP 110, pick_flag semble fonctionner.
***** DONE Test chr20: Pas de variant "perdus"
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:31] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
contrairement au résultat communiqué à alexis par mail
#+begin_src sh :dir out/annotate
bcftools +counts vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz
#+end_src
Number of samples: 1
Number of SNPs:    123
Number of INDELs:  32
Number of MNPs:    53
Number of others:  0
Number of sites:   208
#+begin_src  sh
filter_vep -i vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' | bcftools +counts
#+end_src
Number of samples: 1
Number of SNPs:    123
Number of INDELs:  32
Number of MNPs:    53
Number of others:  0
Number of sites:   208
2nd vérification
#+begin_src sh :dir out/annotate
 filter_vep -i vep/NA12878-sanger-chr20-GRCh38/NA12878-sanger-chr20-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' --soft_filter | grep fail
#+end_src
***** DONE Test NA12878 + variants sanger : variants perdus avec --pick ?
CLOSED: [2023-08-29 Tue 10:36] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/out/annotate
~/.nix-profile/bin/bcftools +counts vep/NA12878-sanger-all-GRCh38/NA12878-sanger-all-GRCh38.vep.vcf.gz
#+end_src
#+RESULTS:
| Number | of | samples: |    1 |
| Number | of | SNPs:    | 6293 |
| Number | of | INDELs:  | 1515 |
| Number | of | MNPs:    | 1588 |
| Number | of | others:  |    0 |
| Number | of | sites:   | 9322 |
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/out/annotate
~/.nix-profile/bin/filter_vep -i vep/NA12878-sanger-all-GRCh38/NA12878-sanger-all-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' | bcftools +counts
#+end_src
| Number | of | samples: |    1 |
| Number | of | SNPs:    | 6293 |
| Number | of | INDELs:  | 1515 |
| Number | of | MNPs:    | 1588 |
| Number | of | others:  |    0 |
| Number | of | sites:   | 9322 |
***** DONE Test NA12878 + variants sanger: vérifier sortie avec julia : ok
CLOSED: [2023-08-29 Tue 10:21] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
143 variants/146 comme avant
***** TODO Relancer en T2T pour vérifier compatibilité :T2T:
SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
*** KILL Comparer les annotations sur 63003856
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:28]
**** Relancer le nouveau pipeline
*** KILL Ancienne version
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL HGVS
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Filtrer après VEP
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL OMIM
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL clinvar
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL ACMG incidental
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Grantham
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** KILL Gnomad
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** KILL Tester version d'alexis avec Nix
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** KILL Filter
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** KILL variant annotation
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
Besoin de vep
*** KILL Variant calling
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
** KILL Tester sarek
CLOSED: [2023-08-12 Sat 15:53]
#+begin_src sh
 module load apptainer/1.1.8
 nextflow run nf-core/sarek -profile test,singularity --outdir test-sarek
#+end_src
Les dépendences ne se téléchargent pas correctement, on les extrait à la main
#+begin_src sh
 rg -IN galaxyproject modules  | sed 's/ //g;s/:$//' | sort | uniq > deps.txt
#+end_src
 Nettoyage à la main
 Puis
 #+begin_src sh
 cat deps.txt | xargs -L1 singularity pull
 #+end_src
** DONE Support pour samplesheet
CLOSED: [2023-08-03 Thu 14:24] SCHEDULED: <2023-08-03 Thu 13:00>
/Entered on/ [2023-08-03 Thu 13:12]
** DONE Petit jeu de données : chr22 sur HG001
CLOSED: [2023-08-05 Sat 14:21] SCHEDULED: <2023-08-05 Sat>
* Amélioration :amelioration:
* Documentation
:PROPERTIES:
:CATEGORY: doc
:END:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Manuscript
:PROPERTIES:
:CATEGORY: manuscript
:END:
* Tests :tests:
** KILL Non régression : version prod
CLOSED: [2023-05-23 Tue 08:46]
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt |