* Notes
** Nextflow
*** afficher les résultats d'un process/workflow
#+begin_src
lol.out.view()
#+end_src
Attention, ne fonctionne pas si plusieurs sortie:
#+begin_src
lol.out[0].view()
#+end_src
ou si /a/ est le nom de la sortie
#+begin_src
lol.out.a.view()
#+end_src

***** DONE mark duplicate
CLOSED: [2022-12-26 Mon 22:27]
Alexis
$ samtools view -c /Work/Groups/bisonex/ref_63003856_S135/63003856_S135_marked_dup.bam
128077207
Nous (pas de sortie dans out/)
$ samtools view -c  work/46/bd75b4547452af36ee2c6b45362
922/63003856_S135
128077211
** TODO Test analytique : SimuSCop
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03665-5
https://github.com/qasimyu/simuscop
*** TODO Crééer un modèle depuis bam + vcf : Setoprofile
*** TODO Génerer données NGS