apraga/org - Change 2V5FSCDK24GEKDAEIOM3IFRQYQC2TMJXABXS4WF4F23XCN4GUNUQC

Bacteriology : culture

Created by Alexis Praga on May 14, 2023

2V5FSCDK24GEKDAEIOM3IFRQYQC2TMJXABXS4WF4F23XCN4GUNUQC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Replacement in projects/bisonex.org at line 44 [3.35]

B:BD[2.24678] → [2.24678:31246]

        C               321       128         453
  26 │ NC_000015.10  48488437  g.48488437T>C  snv          heterozygous  T          C               356       132         488
CLOSED: [2023-05-01 Mon 17:18]
***** KILL Chromosome1 15 :Test haplotype caller : échec car CIGARE non mis à jour
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
#+begin_src
julia -Jbisonex.so --project=. insertVariants.jl `63003856_S135_chr15.bam` 63003856_S135_chr15_inserted.bam
scp 63003856_S135_chr15_inserted.bam* meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic/
#+end_src
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic :results silent
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/dbSNP.gz .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/dbSNP.gz.tbi
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.dict .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna.fai .
#+end_src
puis
#+begin_src
gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam --output testchr15.vcf.gz --reference genomeRef.fna  --tmp-dir . -L NC_000015.10
#+end_src
scp meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic/testchr15.vcf.gz haplotypecaller-chr15.vcf.gz
Aucun variant inséré
- base quality ok
  -
****** DONE bam out : non appelé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 21:57]
gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam     --output haplotypecaller-chr15.vcf.gz --reference genomeRef.f
na  --tmp-dir . -L NC_000015.10  --bam-output debug.bam
****** DONE --linked-de-bruijn-graph : idem
CLOSED: [2023-05-01 Mon 21:57]
readlink testchr15.vcf.gz -f^C
[apraga@mesointeractive synthetic]$ gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam     --output haplotypecaller-chr15.vcf.gz --reference genomeRef.fna  --tmp-dir . -L NC_000015.10  --linked-de-bruijn-graph
****** KILL regénérer fastq
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29]
Non
***** KILL Générer bam données pour tous les chromosomes
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29]
 timeit julia -Jbisonex.so --project=. insertVariants.jl ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/63003856_S135.bam 63003856_S135_inserted.bam
40min 516ms 835µs 405ns
Avertissement:
 [W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated
Inserted.bam et excluded.bam (fichier avant le merge)  ont l'air ok...
On réessaie à la main : ça passe
#+begin_src
samtools merge test-all.bam inserted.bam excluded.bam
❯ mv test-all.bam `63003856_S135_inserted.bam` -f
❯ mv test-all.bam.bai `63003856_S135_chr15_inserted.bam.bai` -f
#+end_src
***** DONE BAm2fastq pour avoir CIGAR à jour : échec (variants "cachés")
CLOSED: [2023-05-04 Thu 20:30] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
On lance la génération de bam depuis le mesocentro (la copie plante via le VPN)
#+begin_src sh
cd /Work/Users/apraga/recherche/bisonex/generate
julia --project=. insertVariants.jl  ../../../bisonex/out/63003856_S135/preprocessing/applybqsr/63003856_S135.bam 63003856_S135_inserted.bam
#+end_src
Workflow après avec désactivé storeDir pour SAMTOOLS_BAM2FQ dans nextflow.config (pourquoi ??)
#+begin_src nextflow
include { SAMTOOLS_BAM2FQ }                            from "${params.modulesDir}/samtools/bam2fq/main"
include { SAMTOOLS_SORT as sortBamByName }             from "${params.modulesDir}/samtools/sort/main"
workflow {
    f = Channel.fromPath("${params.dataDir}/synthetic/63003856_S135_inserted.bam",
                         checkIfExists: true).map{it -> [["id": "synthetic_63003856"], it]}
    // Important: use "-n" option !!
    sortBamByName(f)
    SAMTOOLS_BAM2FQ(sortBamByName.out.bam, true)
}
#+end_src
Puis
#+begin_src
cp work/34/fb2fc136f6f6d7f42d0960512f06de/*.fq.gz /Work/Groups/bisonex/data/synthetic/
#+end_src
***** KILL Lancer pipeline
CLOSED: [2023-05-04 Thu 20:30] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NXF_OPTS=-D"user.name=apraga" nextflow run   main.nf -c nextflow.config  -profile standard,helios -bg --input="/Work/Groups/bisonex/data/synthetic/synthetic_63003856_{1,2}.fq.gz" --outdir out/synthetic_63003856
*** TODO Bamsurgeon
**** DONE Package nix
CLOSED: [2023-05-13 Sat 22:03]
**** TODO Test sur mini-bam
❯ samtools view -h ~/code/bisonex/simuscop-centogene-200x/cento/preprocessing/mapped/cento.bam | head -n700 | samtools view -Sb - > mini.bam
❯ samtools index mini.bam
Dans snv.txt:
#+begin_quote
NC_000001.11	17651	17651
#+end_quote
./result/bin/addsnv -v snv.txt -f mini.bam -r ../data/genomeRef.fna -o test.bam
Il faut le jar de picard
❯ ../result/bin/addsnv -v snv.txt -f mini.bam -r ../data/genomeRef.fna -o test.bam --aligner mem --picardjar /nix/store/sjwrhvwwfr9gf7zzwk3kzihhckn5jpjw-picard-tools-2.27.4/libexec/picard/picard.jar
ne fonctionne pas mais le test de bamsurgeon oui
#+begin_src sh
head ~/code/bamsurgeon/test_data/random_snvs.txt  -n8 > random_snvs.txt
 ../result/bin/addsnv -v random_snv.txt -f ~/code/bamsurgeon/test_data/testregion_realign.bam -r ~/code/bamsurgeon/test_data/Homo_sapiens_chr22_assembly19.fasta -o test.bam --aligner mem --picardjar /nix/store/sjwrhvwwfr9gf7zzwk3kzihhckn5jpjw-picard-tools-2.27.4/libexec/picard/picard.jar
#+end_src
Il manque les dict ? On teste sur le mésocentre
#+begin_src
samtools view -h ../simuscop-centogene-200x/cento/preprocessing/mapped/cento.bam  | head -n1000 | samtools view -Sb - > mini.bam
[apraga@mesointeractive tests]$ samtools index mini.bam
 ln -s /Work/Groups/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/bwa/* .
[apraga@mesointeractive tests]$ ls
#+end_src
Idem...
#+begin_src
addsnv -v snv.txt -f mini.bam -r genomeRef.fna -o test.bam --aligner mem --picardjar=/nix/store/sjwrhvwwfr9gf7zzwk3kzihhckn5jpjw-picard-tools-2.27.4/libexec/picard/picard.jar
#+end_src
On essaye sur un chromosome entier
#+begin_src
samtools view ../simuscop-centogene-50x/cento/preprocessing/mapped/cento.bam NC_000022.11 -b > chr22.bam
#+end_src
Idem
addsnv -v snv.txt -f chr22.bam -r genomeRef.fna -o test.bam --aligner mem --picardjar=/nix/store/sjwrhvwwfr9gf7zzwk3kzihhckn5jpjw-picard-tools-2.27.4/libexec/picard/picard.jar
Problème avec la référence : ne trouve pas les index
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]
* DONE Plot : ashkenazim trio
CLOSED: [2023-04-18 Tue 21:28] SCHEDULED: <2023-04-16 Sun>
/Entered on/ [2023-04-16 Sun 17:29]

[2.24678]

        C               321       128         453
  26 │ NC_000015.10  48488437  g.48488437T>C  snv          heterozygous  T          C               356       132         488
CLOSED: [2023-05-01 Mon 17:18]
***** KILL Chromosome1 15 :Test haplotype caller : échec car CIGARE non mis à jour
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
#+begin_src
julia -Jbisonex.so --project=. insertVariants.jl `63003856_S135_chr15.bam` 63003856_S135_chr15_inserted.bam
scp 63003856_S135_chr15_inserted.bam* meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic/
#+end_src
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic :results silent
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/dbSNP.gz .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/dbSNP.gz.tbi
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.dict .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna .
ln -s /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna.fai .
#+end_src
puis
#+begin_src
gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam --output testchr15.vcf.gz --reference genomeRef.fna  --tmp-dir . -L NC_000015.10
#+end_src
scp meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/synthetic/testchr15.vcf.gz haplotypecaller-chr15.vcf.gz
Aucun variant inséré
- base quality ok
  -
****** DONE bam out : non appelé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 21:57]
gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam     --output haplotypecaller-chr15.vcf.gz --reference genomeRef.f
na  --tmp-dir . -L NC_000015.10  --bam-output debug.bam
****** DONE --linked-de-bruijn-graph : idem
CLOSED: [2023-05-01 Mon 21:57]
readlink testchr15.vcf.gz -f^C
[apraga@mesointeractive synthetic]$ gatk --java-options "-Xmx3072M" HaplotypeCaller --input 63003856_S135_chr15_inserted.bam     --output haplotypecaller-chr15.vcf.gz --reference genomeRef.fna  --tmp-dir . -L NC_000015.10  --linked-de-bruijn-graph
****** KILL regénérer fastq
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29]
Non
***** KILL Générer bam données pour tous les chromosomes
CLOSED: [2023-05-13 Sat 18:29]
 timeit julia -Jbisonex.so --project=. insertVariants.jl ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/63003856_S135.bam 63003856_S135_inserted.bam
40min 516ms 835µs 405ns
Avertissement:
 [W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated
Inserted.bam et excluded.bam (fichier avant le merge)  ont l'air ok...
On réessaie à la main : ça passe
#+begin_src
samtools merge test-all.bam inserted.bam excluded.bam
❯ mv test-all.bam `63003856_S135_inserted.bam` -f
❯ mv test-all.bam.bai `63003856_S135_chr15_inserted.bam.bai` -f
#+end_src
***** DONE BAm2fastq pour avoir CIGAR à jour : échec (variants "cachés")
CLOSED: [2023-05-04 Thu 20:30] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
On lance la génération de bam depuis le mesocentro (la copie plante via le VPN)
#+begin_src sh
cd /Work/Users/apraga/recherche/bisonex/generate
julia --project=. insertVariants.jl  ../../../bisonex/out/63003856_S135/preprocessing/applybqsr/63003856_S135.bam 63003856_S135_inserted.bam
#+end_src
Workflow après avec désactivé storeDir pour SAMTOOLS_BAM2FQ dans nextflow.config (pourquoi ??)
#+begin_src nextflow
include { SAMTOOLS_BAM2FQ }                            from "${params.modulesDir}/samtools/bam2fq/main"
include { SAMTOOLS_SORT as sortBamByName }             from "${params.modulesDir}/samtools/sort/main"
workflow {
    f = Channel.fromPath("${params.dataDir}/synthetic/63003856_S135_inserted.bam",
                         checkIfExists: true).map{it -> [["id": "synthetic_63003856"], it]}
    // Important: use "-n" option !!
    sortBamByName(f)
    SAMTOOLS_BAM2FQ(sortBamByName.out.bam, true)
}
#+end_src
Puis
#+begin_src
cp work/34/fb2fc136f6f6d7f42d0960512f06de/*.fq.gz /Work/Groups/bisonex/data/synthetic/
#+end_src
***** KILL Lancer pipeline
CLOSED: [2023-05-04 Thu 20:30] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NXF_OPTS=-D"user.name=apraga" nextflow run   main.nf -c nextflow.config  -profile standard,helios -bg --input="/Work/Groups/bisonex/data/synthetic/synthetic_63003856_{1,2}.fq.gz" --outdir out/synthetic_63003856
*** TODO Bamsurgeon
**** TODO Package nix
1. Patcher la recherche du génome de référence pour bien trouver les index (en utilisant une regexp comme nf-core)
2. Rajouter le chemin de picard dans les arguments
3. Option -O3 pour performance
**** DONE Test sur mini-bam: échec
CLOSED: [2023-05-14 Sun 21:12]
❯ samtools view -h ~/code/bisonex/simuscop-centogene-200x/cento/preprocessing/mapped/cento.bam | head -n1000 | samtools view -Sb - > mini.bam
❯ samtools index mini.bam
Sans spécfier le variant:
#+begin_quote
NC_000001.11	17651	17651
#+end_quote
./result/bin/addsnv -v snv.txt -f mini.bam -r ../data/genomeRef.fna -o test.bam
**** TODO Test chr22
Pas assez de reads, on prend le chromosome 22
#+begin_src sh
samtools view ../simuscop-centogene-200x/cento/preprocessing/mapped/cento.bam NC_000022.11 -b -o chr22.bam
samtools index chr22.bam
#+end_src
***** TODO SNV aléatoire: ok, vérifier IGV
Position 17499704
On retrouve bien un variant à cette position A > T
***** TODO SNV avec ALT prédéfini
NC_000022.11	17499704	17499704    0.2 G
***** DONE Vérifier qu'il faut POS et POS+1: non
CLOSED: [2023-05-14 Sun 21:21]
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]
* DONE Plot : ashkenazim trio
CLOSED: [2023-04-18 Tue 21:28] SCHEDULED: <2023-04-16 Sun>
/Entered on/ [2023-04-16 Sun 17:29]

Insertion in notes/20230511180745-bacteriologie.org at line 7 [5.3565]

[4.10079]

* Culture
:PROPERTIES:
:ID:       c191b424-bbcd-4ead-a5ef-2057bd766b60
:END:
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en anaérobie) -> prélèvement profonds, IO
- Chromogène urinaire = non sélectif
  - rose = activité \beta-galactosidase
  - bleue = activité \beta-glucotosidase
  - violet = les 2
  - brun = tryptophane désaminase
** Autres
- Chocolat enrichi :bactéries exigeants (prélèvmente profond)
- HAE2 :inhibie bactéries gram + -> Haemophilus spp
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine, Triméthoprime)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose ->
  - jaunes = BGN fermentant lactose
  - bleu = BGN ne fermentant pas le lactose
- Cétrimide (ammoniuum)) -> P. aeruginosa (production pycyanine)
- BCSA : inhibe gram+ ->_Burkholderia
- Chappman : NaCL, mannital
  - jaune = fermente mannitol -> S. aureus
- CAP = inhibie Gram - () -> streptocoque+++, listeria, corynebcaterie, uropathogène émergents
- Granada (MTX) : inhibe Gram - -> S. agalactiae
- BCYE : Legionnella)
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas
  - rouge en haut = pas de fermentation de lactose. Sinon jaune
  - rouge en bas = pas de fermentation du glucose. Sinon jaune
    Exemple:
    - Shigella = lactose-, glucose+
    - Pseudomonas aeruginosa = lactose-, glucose - (tout rouge)
    - Salmonella = tout noir (production H2S)
    - E.coli = tout jaune (lactose+, glucose+)
** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
  - centre noir = formation de H2S ->_Salmonelle
  - vert/bleu = pas de fermetation -> Salmonelle/Shigelle
  - jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shiguelle : inhibiteur gram+, _lactose_
  - centre noir = H2S -> Salmonelle
  - jaune = pas de fermentation -> Salmonelle/Shigelle
  - rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont Pseudomonas aeruginosa)
  - rouge = fermente mannitol -> Yersinia