match "notes/bacteriologie.org" $ do

    match "notes/index.org" $ do
        route $ setExtension "html"
        compile $ pandocCompiler
            >>= loadAndApplyTemplate "templates/notitle.html" defaultContext
            >>= relativizeUrls
    match "notes/*bacteriologie.org" $ do

 21:34]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter variants
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter common snp not clinvar path
CLOSED: [2022-11-07 Mon 23:00]
Voir [[*common dbSNP not clinvar patho][common dbSNP not clinvar patho]]
*** DONE Filter variant only in consensual sequence
CLOSED: [2022-11-08 Tue 22:23]
*** DONE Filter technical variants
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Utilise AVX pour accélerer l'exécution
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
Sans cela, on a l'avertissement
#+begin_quote
17:28:00.720 INFO  PairHMM - OpenMP multi-threaded AVX-accelerated native PairHMM implementation is not supported
17:28:00.721 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_utils.so from jar:file:/nix/store/cy9ckxqwrkifx7wf02hm4ww1p6lnbxg9-gatk-4.2.4.1/bin/gatk-package-4.2.4.1-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_utils.so
17:28:00.733 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_utils.so from native/libgkl_utils.so (/Work/Users/apraga/bisonex/out/NA12878_NIST7035/preprocessing/applybqsr/libgkl_utils821485189051585397.so: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)
17:28:00.733 WARN  IntelPairHmm - Intel GKL Utils not loaded
17:28:00.733 WARN  PairHMM - ***WARNING: Machine does not have the AVX instruction set support needed for the accelerated AVX PairHmm. Falling back to the MUCH slower LOGLESS_CACHING implementation!
17:28:00.763 INFO  ProgressMeter - Starting traversal
#+end_quote
libgomp.so est fourni par gcc donc il faut charger le module
 module load gcc@11.3.0/gcc-12.1.0
** KILL Utiliser subworkflow
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08]
Notre version permet d'être plus souple
*** KILL Alignement
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
*** KILL Vep
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
vcf_annotate_ensemblvep
** TODO Annotation avec nextflow :annotation:
*** KILL VEP : --gene-phenotype ?
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Vu avec alexis : bases de données non à jour
https://www.ensembl.org/info/genome/variation/phenotype/sources_phenotype_documentation.html
*** DONE plugin VEP
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Cloner dépôt git avec plugin
Puis utiliser --dir_plugins
*** HOLD Utiliser code d’Alexis
*** TODO Nouvelle version avec VEP
Example avec --custom
https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html
**** TODO Ajout spliceAI
SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
plugin VEP
***** STRT Télécharger les données
Difficile d'automatiser, le lien est temporaire...
***** TODO PLugin
**** TODO Ajout pLI
plugin VEP
**** KILL Ajout LOEUF
CLOSED: [2023-04-19 mer. 16:32]
plugin VEP
**** DONE Spip
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
BED ne semble pas bien marcher (il faut définir une zone)
VCF : trop d’information
Attention, plusieurs transcripts mais résultats identiques. On supprimer les doublons
***** DONE interpretation + score + intervalle de confiance séparé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Tests :
dans tests/
vep -i 63004925-small.vcf -o postvep.vcf --vcf --fasta genomeRef.fna --dir 109 --merged --pick  --offline --custom ../script/spip_annotation.vcf.gz,SPIP,vcf,exact,0,spipInterp,spipScore,spipConfidence
***** DONE Score
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:30]
**** DONE CADD: remplacer par plugin VEP
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
***** Test
#+begin_src
vep  -i test.vcf  -o lol.vcf --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --dir_plugins ../VEP_plugins/ -v
#+end_src
Test
#+begin_src sh
vep --id "1  230710048 230710048 A/G 1"   --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --hgvsg --plugin pLI --plugin LOEUF -o lol
#+end_src
CSQ=G|missense_variant|MODERATE|AGT|ENSG00000135744|Transcript|ENST00000366667|protein_coding|2/5||||843|776|259|M/T|aTg/aCg|||-1||HGNC|HGNC:333||Ensembl||A|A||1:g.230710048A>G|0.347|-0.277922|
Correspond bien à https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VEP/Results?tl=I7ZsIbrj14P6lD43-9115494
***** DONE Utiliser whole genome
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
***** KILL Renommer les chromosome avant ...
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:14] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Trop long !
- Téléchargement de CADD: 4h20
- renommer les chromosome pour SNV : 6h20
- tabix sur les SNV : job tué au bout de 21h....
***** DONE annoter séparément et fusionner les tableaux
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NB: on pourrait filtrer CADD avec tabix pour se restreindre à nos variants
**** DONE clinvar
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:31]
**** KILL Vérifier résultats HGVS avec mutalyzer
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:26]
**** TODO Parallélisation
***** HOLD par chromosome avec workflow VEP
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/blob/release/109/nextflow/workflows/run_vep.nf
***** HOLD Avec option --fork
**** TODO Utiliser la version de nf-core de VEP
SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
**** DONE OMIM
CLOSED: [2023-05-08 Mon 15:02] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO Grantham
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO ACMG incidental
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO Gnomad ?
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** DONE Filtrer après VEP avec filter_vep
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:47]
nNon testé
*** HOLD Ancienne version
**** TODO HGVS
**** TODO Filtrer après VEP
**** TODO OMIM
**** TODO clinvar
**** TODO ACMG incidental
**** TODO Grantham
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** TODO Gnomad
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** STRT Tester version d'alexis avec Nix
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** TODO Filter
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** TODO variant annotation
Besoin de vep
*** TODO Variant calling
* Amélioration :amelioration:
* Documentation :doc:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Manuscript :manuscript:
* Tests :tests:
** WAIT Non régression : version prod
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > new.txt
$ wc -l new.txt
21174578 new.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref | uniq > ref.txt
$ wc -l ref.txt
21107155 ref.txt
Si on regarde la différence
 comm -23 ref.txt old.txt
rs1052692
rs105751

 21:34]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter variants
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
*** DONE Filter common snp not clinvar path
CLOSED: [2022-11-07 Mon 23:00]
Voir [[*common dbSNP not clinvar patho][common dbSNP not clinvar patho]]
*** DONE Filter variant only in consensual sequence
CLOSED: [2022-11-08 Tue 22:23]
*** DONE Filter technical variants
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:34]
*** DONE Utilise AVX pour accélerer l'exécution
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
Sans cela, on a l'avertissement
#+begin_quote
17:28:00.720 INFO  PairHMM - OpenMP multi-threaded AVX-accelerated native PairHMM implementation is not supported
17:28:00.721 INFO  NativeLibraryLoader - Loading libgkl_utils.so from jar:file:/nix/store/cy9ckxqwrkifx7wf02hm4ww1p6lnbxg9-gatk-4.2.4.1/bin/gatk-package-4.2.4.1-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_utils.so
17:28:00.733 WARN  NativeLibraryLoader - Unable to load libgkl_utils.so from native/libgkl_utils.so (/Work/Users/apraga/bisonex/out/NA12878_NIST7035/preprocessing/applybqsr/libgkl_utils821485189051585397.so: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)
17:28:00.733 WARN  IntelPairHmm - Intel GKL Utils not loaded
17:28:00.733 WARN  PairHMM - ***WARNING: Machine does not have the AVX instruction set support needed for the accelerated AVX PairHmm. Falling back to the MUCH slower LOGLESS_CACHING implementation!
17:28:00.763 INFO  ProgressMeter - Starting traversal
#+end_quote
libgomp.so est fourni par gcc donc il faut charger le module
 module load gcc@11.3.0/gcc-12.1.0
** KILL Utiliser subworkflow
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08]
Notre version permet d'être plus souple
*** KILL Alignement
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
*** KILL Vep
CLOSED: [2023-04-02 Sun 18:08] SCHEDULED: <2023-04-05 Wed>
vcf_annotate_ensemblvep
** TODO Annotation avec nextflow :annotation:
*** KILL VEP : --gene-phenotype ?
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Vu avec alexis : bases de données non à jour
https://www.ensembl.org/info/genome/variation/phenotype/sources_phenotype_documentation.html
*** DONE plugin VEP
CLOSED: [2023-04-18 mar. 18:32]
Cloner dépôt git avec plugin
Puis utiliser --dir_plugins
*** HOLD Utiliser code d’Alexis
*** TODO Nouvelle version avec VEP
Example avec --custom
https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html
**** TODO Ajout spliceAI
SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
plugin VEP
***** DONE Télécharger les données
CLOSED: [2023-05-11 Thu 19:01]
Difficile d'automatiser, le lien est temporaire...
***** DONE PLugin
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
***** DONE Séparer score en plusieurs colonnes
CLOSED: [2023-05-11 Thu 20:16]
Test avec ce fichier pour avoir une ligne avec annotation et une ligne sans
#CHROM	POS	ID	REF	ALT
1	9091	.	A	C
1	69091	.	A	C
et
#+begin_src sh
rm -f postvep.tsv* && vep -i testspliceai.vcf.gz -o postvep.tsv --tab  --dir 109 --merged --pick --use_given_ref   --offline  --plugin SpliceAI,snv=spliceai_scores.raw.snv.hg38.vcf.gz,indel=spliceai_scores.raw.indel.hg38.vcf.gz
#+end_src
#+begin_src
$ bgzip postvep.tsv
$ python spliceai.py
$ cat postvep2.tsv
,variation,Location,Allele,Gene,Feature,Feature_type,Consequence,cDNA_position,CDS_position,Protein_position,Amino_acids,Codons,Existing_variation,IMPACT,DISTANCE,STRAND,FLAGS,REFSEQ_MATCH,SOURCE,REFSEQ_OFFSET,SpliceAI_AG,SpliceAI_AL,SpliceAI_DG,SpliceAI_DL
0,1_9091_A/C,1:9091,C,ENSG00000290825,ENST00000456328,Transcript,upstream_gene_variant,-,-,-,-,-,-,MODIFIER,2778,1,-,-,Ensembl,-,,,,
1,1_69091_A/C,1:69091,C,ENSG00000186092,ENST00000641515,Transcript,missense_variant,124,64,22,M/L,Atg/Ctg,-,MODERATE,-,1,-,-,Ensembl,-,0.01,0.00,0.00,0.01
#+end_src
Test
cp work/bf/437ae511958509e43072f032f4d495/small.tab.gz tests/vep-spip.tab.gz
cp work/d5/3b1244b5ae83d54409ee0d456e8c55/small_cadd.tab.gz tests/vep-cadd-splice.tab.gz
**** TODO Ajout LOEUF et pli
plugin VEP
**** TODO NMD
**** KILL Ajout LOEUF
CLOSED: [2023-04-19 mer. 16:32]
plugin VEP
**** DONE Spip
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
BED ne semble pas bien marcher (il faut définir une zone)
VCF : trop d’information
Attention, plusieurs transcripts mais résultats identiques. On supprimer les doublons
***** DONE interpretation + score + intervalle de confiance séparé
CLOSED: [2023-05-01 Mon 23:07] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Tests :
dans tests/
vep -i 63004925-small.vcf -o postvep.vcf --vcf --fasta genomeRef.fna --dir 109 --merged --pick  --offline --custom ../script/spip_annotation.vcf.gz,SPIP,vcf,exact,0,spipInterp,spipScore,spipConfidence
***** DONE Score
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:30]
**** DONE CADD: remplacer par plugin VEP
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
***** Test
#+begin_src
vep  -i test.vcf  -o lol.vcf --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --dir_plugins ../VEP_plugins/ -v
#+end_src
Test
#+begin_src sh
vep --id "1  230710048 230710048 A/G 1"   --offline --dir  /Work/Projects/bisonex/data/vep/GRCh38/ --merged --vcf --fasta /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/genomeRef.fna --plugin CADD,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.snv.tsv.gz,/Work/Users/apraga/bisonex/work/13/9287a7fef17ab9365f5696f20710cd/gnomad.genomes.r3.0.indel.tsv.gz  --hgvsg --plugin pLI --plugin LOEUF -o lol
#+end_src
CSQ=G|missense_variant|MODERATE|AGT|ENSG00000135744|Transcript|ENST00000366667|protein_coding|2/5||||843|776|259|M/T|aTg/aCg|||-1||HGNC|HGNC:333||Ensembl||A|A||1:g.230710048A>G|0.347|-0.277922|
Correspond bien à https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VEP/Results?tl=I7ZsIbrj14P6lD43-9115494
***** DONE Utiliser whole genome
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:46]
***** KILL Renommer les chromosome avant ...
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:14] SCHEDULED: <2023-04-30 Sun>
Trop long !
- Téléchargement de CADD: 4h20
- renommer les chromosome pour SNV : 6h20
- tabix sur les SNV : job tué au bout de 21h....
***** DONE annoter séparément et fusionner les tableaux
CLOSED: [2023-05-07 Sun 14:45] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
NB: on pourrait filtrer CADD avec tabix pour se restreindre à nos variants
**** DONE clinvar
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:31]
**** KILL Vérifier résultats HGVS avec mutalyzer
CLOSED: [2023-05-01 Mon 09:26]
**** TODO Parallélisation
***** HOLD par chromosome avec workflow VEP
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/blob/release/109/nextflow/workflows/run_vep.nf
***** HOLD Avec option --fork
**** TODO Utiliser la version de nf-core de VEP
SCHEDULED: <2023-05-07 Sun>
**** DONE OMIM
CLOSED: [2023-05-08 Mon 15:02] SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO Grantham
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO ACMG incidental
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** TODO Gnomad ?
SCHEDULED: <2023-05-01 Mon>
**** DONE Filtrer après VEP avec filter_vep
CLOSED: [2023-04-29 Sat 15:47]
nNon testé
*** HOLD Ancienne version
**** TODO HGVS
**** TODO Filtrer après VEP
**** TODO OMIM
**** TODO clinvar
**** TODO ACMG incidental
**** TODO Grantham
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** TODO Gnomad
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** STRT Tester version d'alexis avec Nix
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** TODO Filter
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** TODO variant annotation
Besoin de vep
*** TODO Variant calling
* Amélioration :amelioration:
* Documentation :doc:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Manuscript :manuscript:
* Tests :tests:
** WAIT Non régression : version prod
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > new.txt
$ wc -l new.txt
21174578 new.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref | uniq > ref.txt
$ wc -l ref.txt
21107155 ref.txt
Si on regarde la différence
 comm -23 ref.txt old.txt
rs1052692
rs105751

:PROPERTIES:
:ID:       faf4db9f-b704-4aaf-abbd-a270ba18b80b
:END:
#+title: Antibiotiques
#+filetags: medecine bacterio
* Aminosides
Action = bactéridice, concentration dépendantes. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: Maladies
#+filetags: medecine bacterio
* TODO Infection urinaire
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte

* Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en ama : aérobie +/- anaérobie. Immobiles
*** Facteurs de virulence
- *coagulase*
  - liée = récepteur au fibrinègène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline
- hémolysine : lyse des hématies
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* : leucocidine de Panton et Valentine (LPV), toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T), exfoliatines, entérotoxines thermostables
*** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
*** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
*** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: beta-hemolytique (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++
Opportuniste :
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose
Facteurs de virulence : exotoine, exoproténies, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
*** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non selectic.
- Milieu sélecttif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries), Catalasoe positif - lactose négatif
*** Résistance
Faible perméabilité membranaire : résistance naturelle pénicillines, C1G et C2G +/- certaines C3G
* TODO Pseudomonas aeruginosa
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
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#+title: Bactéries
#+filetags: bacterio medecine

- [[file:mail][Mail in the command line (updated)]]
- [[file:emacs][Life in Emacs]]
- [[file:stream-media][Streaming media in FreeBSD]]
- [[file:command-line-tips][Command-line tips (updated)]]
- [[file:presentations/git.pdf][Introduction to git]]

[[file:20230511180745-bacteriologie.html][Bactériologie]]

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#+title: Bactériologie
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[[id:f5c8ce47-78a7-4a57-8688-53de40f1673e][Bactéries]]
[[id:2841ec8a-e37d-4eb1-8029-a1e204cd509e][Maladies]][[id:faf4db9f-b704-4aaf-abbd-a270ba18b80b][Antibiotiques]]

* Bactéries
** Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en ama : aérobie +/- anaérobie. Immobiles
**** Facteurs de virulence
- *coagulase*
  - libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
  - liée = récepteur au fibrinègène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline
- hémolysine : lyse des hématies
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* : leucocidine de Panton et Valentine (LPV), toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T), exfoliatines, entérotoxines thermostables
**** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
**** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
**** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: beta-hemolytique (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +
** TODO Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++
Opportuniste :
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose
Facteurs de virulence : exotoine, exoproténies, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
**** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non selectic.
- Milieu sélecttif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries), Catalasoe positif - lactose négatif
**** Résistance
Faible perméabilité membranaire : résistance naturelle pénicillines, C1G et C2G +/- certaines C3G
* Maladies
** TODO Infection urinaire
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte
* Antibiotiques
** Aminosides
Action = bactéridice, concentration dépendantes. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/

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#+title: Bactériologie
#+filetags: medecine bacterio

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