Pas très concluant…
AZYRMLWV65VAHND5G3SXGB6DLWR2DO64T7H6C3NIFHW2EBXP3KTQC 32QB2VUPHXYATA4CKX65QOK5QWKULJK36RJCEYRYS2LGA3C3WLHAC Y2SHXHEPVYTZSL3ZW222W7E76VCBHEVZLFLPAMW6Y5CKAHPK6RPAC 2QF7HCG5CLNOBSZUKSHRI2MR4FHHXWY22ZP7JMWD52ZSO2LO2DLAC EXXDISQ3I67ZY3JZP7BFBDXLHLL5YIPQMXYMN4IPTNYJFOFPLOPAC D7C6HJBOMSGMIVHXWDTYRK5GJ2LWWPKQKI3GFQLHN3XHGH4KEKXQC VF7UKNIF73KICCJULRNI4TBTFIRQDFXIP2SEFXPK7NX5H3B4XMCQC #+title: Thursday 25 July 2024 15:51#+date: [2024-07-25 Thu 15:51]#+filetags: :journal:#+identifier: 20240725T155128Biblio facebook sur modèle stat: se base sur le 2 nucléotides adjacent- 1er modèle [cite:@kryukov2007most] mais ne donne pas de matrice de mutation- [cite:@neale2012patterns] idem et complète avec 1000 Genomes. Ne la donne pas non plus- [cite:@samocha2014framework] idem avec des scores d’ajustement. Ne donne que des scores par gènes...Reproductibilité pour l’instant compliqué (je veux la matrice !)
#+title: Neighboring-nucleotide effects on the rates of germ-line single-base-pair substitution in human genes#+date: [2024-07-25 Thu 16:23]#+filetags: :bib:facebook:#+identifier: 20240725T162345#+reference: krawczak1998neighboringAlgorithme en bref : maximiser la probabilité d’une mutation (?)- en supposant que la probabilité d’une mutation $x$ et d’une conséquence "phénotypique" $\alpha$ est le produit de la probabilité de la mutation de l’ADN $\mu(x)$ et de l’"observation clinique" L(\alpha)Le phénotype est simplement la distance de GranthamPas clair comment sont calculées
#+title: Most rare missense alleles are deleterious in humans: implications for complex disease and association studies#+date: [2024-07-25 Thu 15:36]#+filetags: :bib:facebook:#+identifier: 20240725T153619#+reference: kryukov2007mostCité par [cite:@neale2012patterns] pour construction d’une matrice de mutation.Non donnée dans l’article...* Contexte- CpG = plus de mutation- transition plus fréquente que transversion- Différents modèle* MatriceSNV seuls. Il y a 64 triplets possible donc 64x3 permutations possible.Méthode précise non claire- "second-ordre" sur les voisins- calculée à partir du génome humain, chimpanzé et babouins- les mutation humaines après divergence du chimpazée sont obtenues- par alignement humain-chimpanze et humain-macacque- filtre dbSNP- macque comme controlePas lu le reste
Pour calculer le taux de mutation, estimation avec le modèle statistique si dessusNB: les variant semblent avoir été confirmés en Sanger
* Calcul du taux de mutationVeulent tout l’exome mais ce qui nous intéresse est la probabilité d’une mutation d’une base.Justification pour utiliser le contexte : GC 50% en exome alors que 4 en génome. Les sites les plus cournats sont C->T sur CpG.Hypothèse : la connaissance des 2 nucléotides adjacent suffit pour estimer la probabilité.Pré-requis : la probabilité de chaque permutation de chaque triplet soit une matrice 64x3 car- 4 nucléotides sur 3 position donc 4^3 triplets- 3 permutations possibles** Algorithme- Une estimation de cette matrice donnée par [cite:@kryukov2007most] en utilisant des différences humain-chimpanzée-babouin. Matrice non disponible dans l’article original ! Et méthode non facilement reproductible...- Une autre estimation est donnée par les auteurs avec donnée 1000Genome- restreint aux régions intergéniques orthologues (=ancêtre commun) entre humain et chimpanzé- toutes les mutations 1000Genomes en supposant que l’allèle du chimpanzé = ancetre et ALT est l’allèle dérivée- arrive à un compte pour tous les configurations + matrice- la probabilité d’un trinuclétodie = nombre de mutation dans ce contexte / nb occurrence trinuclétodie, le tout pondér par une constante $\lambda$- le taux de mutation de ce nucléotide est donc divisé entre les 3 trinuclétodie possibles
* Modèle de baseÀ noter que[cite:@krawczak1998neighboring] conseille d’inclure les 5’ et 3’1. table de probabilité de mutation d’un nucléotide (en se basant sur trinucléotide): idem que [cite:@neale2012patterns] (détaillé dans la note) avec al matrice 1000 génomeOn a donc 64x3 possibilités2. probabilité par gène: pour chaque base du gène, on détermine le trinucléotide et on somme les probabilités dans la table pour les 3 possibilité (3 autres nucléotides possibles)* Ajustement- sur la profondeur: on calcule la probabilité d’appeler un variant de novo donc cela dépend de la qualité du séquencage- sur leur cohorte, s’il y a des trios avec < 10x couverture sur cette base, la probabilité est multilié par un facteur entre 0.9 et 1 (non clair comment)- sur la divergence avec les singe : pour capture la déviation du taux de mutation- score de divergence = nombre de sites divergence/site examens pour la région contenant le gène +/-1 MB. Puis modèle liéaire- score moyen si pas de score de divergence- sauf que le taux de mutation prédit a été augmenté donc les probabilité ont été ajusté pour lue la somme soit identique après le score- (timing de réplication ADN (si tardif, plus de mutation): utilisation des Z-score de Koren et al. -> retiré car n’apporte pas d’information !)Résultat- [[https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fng.3050/MediaObjects/41588_2014_BFng3050_MOESM12_ESM.xls][excel avec mutation par gène]]
:END:****** TODO A framework for the interpretation of de novo mutation in human disease:PROPERTIES::TITLE: A framework for the interpretation of de novo mutation in human disease:BTYPE: article:CUSTOM_ID: samocha2014framework:AUTHOR: Kaitlin E Samocha and Elise B Robinson and Stephan J Sanders and Christine Stevens and Aniko Sabo and Lauren M McGrath and Jack A Kosmicki and Karola Rehnström and Swapan Mallick and Andrew Kirby and Dennis P Wall and Daniel G MacArthur and Stacey B Gabriel and Mark DePristo and Shaun M Purcell and Aarno Palotie and Eric Boerwinkle and Joseph D Buxbaum and Edwin H Cook and Richard A Gibbs and Gerard D Schellenberg and James S Sutcliffe and Bernie Devlin and Kathryn Roeder and Benjamin M Neale and Mark J Daly:JOURNAL: Nature Genetics:YEAR: 2014:VOLUME: 46:NUMBER: 9:PAGES: 944-950:DOI: 10.1038/ng.3050:URL: http://dx.doi.org/10.1038/ng.3050
:END:****** DONE Most rare missense alleles are deleterious in humans: implications for complex disease and association studiesCLOSED: [2024-07-25 Thu 15:40]:PROPERTIES::TITLE: Most rare missense alleles are deleterious in humans: implications for complex disease and association studies:BTYPE: article:CUSTOM_ID: kryukov2007most:AUTHOR: Kryukov, Gregory V and Pennacchio, Len A and Sunyaev, Shamil R:JOURNAL: The American Journal of Human Genetics:VOLUME: 80:NUMBER: 4:PAGES: 727--739:YEAR: 2007:PUBLISHER: Elsevier:END:****** KILL Neighboring-nucleotide effects on the rates of germ-line single-base-pair substitution in human genesCLOSED: [2024-07-25 Thu 17:13]:PROPERTIES::TITLE: Neighboring-nucleotide effects on the rates of germ-line single-base-pair substitution in human genes:BTYPE: article:CUSTOM_ID: krawczak1998neighboring:AUTHOR: Krawczak, Michael and Ball, Edward V and Cooper, David N:JOURNAL: The American Journal of Human Genetics:VOLUME: 63:NUMBER: 2:PAGES: 474--488:YEAR: 1998:PUBLISHER: Elsevier:END:****** DONE A framework for the interpretation of de novo mutation in human diseaseCLOSED: [2024-07-25 Thu 17:49]:PROPERTIES::TITLE: A framework for the interpretation of de novo mutation in human disease:BTYPE: article:CUSTOM_ID: samocha2014framework:AUTHOR: Kaitlin E Samocha and Elise B Robinson and Stephan J Sanders and Christine Stevens and Aniko Sabo and Lauren M McGrath and Jack A Kosmicki and Karola Rehnström and Swapan Mallick and Andrew Kirby and Dennis P Wall and Daniel G MacArthur and Stacey B Gabriel and Mark DePristo and Shaun M Purcell and Aarno Palotie and Eric Boerwinkle and Joseph D Buxbaum and Edwin H Cook and Richard A Gibbs and Gerard D Schellenberg and James S Sutcliffe and Bernie Devlin and Kathryn Roeder and Benjamin M Neale and Mark J Daly:JOURNAL: Nature Genetics:YEAR: 2014:VOLUME: 46:NUMBER: 9:PAGES: 944-950:DOI: 10.1038/ng.3050:URL: http://dx.doi.org/10.1038/ng.3050
}@article{kryukov2007most,author={Kryukov, Gregory V and Pennacchio, Len A and Sunyaev, Shamil R},title={Most rare missense alleles are deleterious in humans: implications for complex disease and association studies},journal={The American Journal of Human Genetics},year={2007},volume={80},number={4},pages={727--739}}@article{krawczak1998neighboring,author={Krawczak, Michael and Ball, Edward V and Cooper, David N},title={Neighboring-nucleotide effects on the rates of germ-line single-base-pair substitution in human genes},journal={The American Journal of Human Genetics},year={1998},volume={63},number={2},pages={474--488}
** TODO MR-2300938SCHEDULED: <2024-07-26 Fri>/Entered on/ [2024-07-25 Thu 11:35]Suite à auramatcher pour http://172.25.219.90:8080/aurapport/app/#/main/summary?case=MR-2401008-tTNRC6B diag ?* Interprétation génomes/Montpellier