* <2023-03-10 Fri> Workout
** RTO
 - 32 23 5
** L-sit
 - 3x1
 - 3x1
 - 3x1
** Muscle-up
 - 2+1+1 + 4 neg
 - 2+1+1 + 4 neg
 - 2+1+1 + 4 neg
** Extension:
 - 22
 - 22
 - 22
** FL tucked row :
 - 3+2
 - 3+2
 - 3+2
** Pistols :
 - 4
 - 4
 - 4
** Planche tucked push-up:
- 3+2+2+1
- 3+2+2+1
- 3+2+2+1
** Compression:
 - 10
 - 10
 - 10
** Norwegian roll
 - 4
 - 4
 - 4

* DONE Awk
CLOSED: [2023-03-12 Sun 22:12]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2023-03-12 Sun 22:19
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects/bisonex.org
:ARCHIVE_OLPATH: Tests/Validation : NA12878/GIAB/Exons seuls/D'où vient la différence ?/Statistiques
:ARCHIVE_CATEGORY: GIAB
:ARCHIVE_TODO: DONE
:END:
NB: awk car bcftools query ne semble pas prendre en compte les nouvelles colonnes
On confirnme le nombre de SNP:
❯ awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $10~/SNP/' test-allchr.vcf  | wc -l
6665

Une minorité concerne des problème d'haploides
❯ awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $11!~/NOCALL/ && $10~/SNP/' test-allchr.vcf
304
avec 1/3 où l'exome manque une allèles
❯ awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $11!~/NOCALL/ && $10~/SNP/ && $10~/homalt/' test-allchr.vcf  | wc -l
101
et 2/3 où il y a une allèle "en trop"
La majorité ne sont pas vu
❯ awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $11~/NOCALL/ && $10~/SNP/' test-allchr.vcf  | wc -l
6361
Nombre de reads pour chaque position en bash (!)
#+begin_src bash
 awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $11~/NOCALL/ && $10~/SNP/ {print $1":"$2"-"$2}' test-allchr.vcf  |  xargs -I {} sh -c 'echo -n {}";"; samtools view ../NA12878_NIST.b
am {} | wc -l' > count.csv
#+end_src

******* DONE Awk
CLOSED: [2023-03-12 Sun 22:12]

******* TODO Julia
#+begin_src julia
using GeneticVariation
reader = VCF.Reader(open("../out/test-bed/test-allchr.vcf", "r"))
fn = 0
notSeen = 0
missingAllel = 0
surnumAllel = 0
for record in reader
    global fn, notSeen
    global missingAllel, surnumAllel
    if VCF.genotype(record)[1][2] == "FN" && VCF.genotype(record)[1][5] == "SNP"
        # println(record)
        # println("$(VCF.chrom(record))  $(VCF.pos(record))")
        fn = fn +1
        if VCF.genotype(record)[2][5] == "NOCALL"
            notSeen = notSeen + 1
        else
            if VCF.genotype(record)[1][6] == "homalt"
                missingAllel = missingAllel + 1
            elseif VCF.genotype(record)[2][6] == "homalt"
                surnumAllel = surnumAllel + 1
            end
        end
    end
end
close(reader)
println("SNP: false negative $fn")
println("SNP: not seen $notSeen")
println("SNP: missing allel $missingAllel")
println("SNP: surnumeraries allel $surnumAllel")
#+end_src
SNP: false negative 6665
SNP: not seen 6361
SNP: missing allel 101
SNP: surnumeraries allel 203
1. On confirme le nombre de SNP.
2. Une minorité concerne des problème d'haploides avec
   - 1/3 où l'exome manque une allèles
   - 2/3 où il y a une allèle "en trop"
3. La majorité ne sont pas vu (6361)
Nombre de reads pour chaque position en bash (!)
#+begin_src bash
 awk '!/^#/ && $10~/:FN:/ && $11~/NOCALL/ && $10~/SNP/ {print $1":"$2"-"$2}' test-allchr.vcf  |  xargs -I {} sh -c 'echo -n {}";"; samtools view ../NA12878_NIST.b
am {} | wc -l' > count.csv