* <2023-05-22 Mon> Running
35min, modéré

*** WAIT Ebuild pour adapteur wifi TBW-108B

*** DONE Ebuild pour adapteur wifi TBW-108B
CLOSED: [2023-05-22 Mon 22:50]

*** WAIT Ebuild hut
sur dev

r qu'on retrouve les variants
CLOSED: [2023-05-19 Fri 18:41] SCHEDULED: <2023-05-18 Thu>
****** TODO Corrigier position pour avoir une bonne VAF
SCHEDULED: <2023-05-19 Fri>
POS POS+1 VAF ALT
Attention, la base corrigée est à POS+1...
****** DONE Comparaison manuelle avec julia (VAF = 1...)
CLOSED: [2023-05-19 Fri 21:58]
552 found over 585
***** TODO del
***** TODO ins
*** TODO Julia : Bamscissors :bamscissors:
Modification de la séquence dans BAM.
*Pas de mise à jour de CIGAR*
On convertit en fastq et on lance le pipeline pour "corriger"
#+begin_src sh
cd /home/alex/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped
samtools view 63003856_S135.bam NC_000022.11 -o 63003856_S135_chr22.bam
cd /home/alex/recherche/bisonex/code/BamScissors.jl
cp ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135_chr22.bam .
samtools index 63003856_chr22.bam
#+end_src
Le script va modifier le bam, le trier et générer le fastq. !!!
Attention: ne pas oublier l'option -n !!!
#+begin_src sh
time julia --project=.. insertVariant.jl
scp 63003856_S135_chr22_{1,2}.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors/
#+end_src
**** TODO Phase 1 : chr22, VAF=1
***** DONE 1 SNV  : ok !
CLOSED: [2023-05-20 Sat 19:35] SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
#+begin_src
 make run READS="tests/bamscissors/corrected_{1,2}.fq.gz"
Puis on lance le pipeline sur correct_1
- [X] Variant visible dans IGV
- [X] Variant visible après alignement
- [X] Variant visible après appel de variant
***** TODO Tous les SNV du chromosome
SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
**** TODO PHase 2 : chr22, VAF variable: de nombreux reads sont perdus
Après l'alignement donc soit à cause de bam2fq, soit à cause de l'alignement.
Plutôt bam2fq ?
ex: chr22:42,202,582-42,223,574
SCHEDULED: <2023-05-22 Mon>
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]

r qu'on retrouve les variants
CLOSED: [2023-05-19 Fri 18:41] SCHEDULED: <2023-05-18 Thu>
****** TODO Corrigier position pour avoir une bonne VAF
SCHEDULED: <2023-05-19 Fri>
POS POS+1 VAF ALT
Attention, la base corrigée est à POS+1...
****** DONE Comparaison manuelle avec julia (VAF = 1...)
CLOSED: [2023-05-19 Fri 21:58]
552 found over 585
***** TODO del
***** TODO ins
*** TODO Julia : Bamscissors :bamscissors:
Modification de la séquence dans BAM.
*Pas de mise à jour de CIGAR*
On convertit en fastq et on lance le pipeline pour "corriger"
#+begin_src sh
cd /home/alex/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped
samtools view 63003856_S135.bam NC_000022.11 -o 63003856_S135_chr22.bam
cd /home/alex/recherche/bisonex/code/BamScissors.jl
cp ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135_chr22.bam .
samtools index 63003856_chr22.bam
#+end_src
Le script va modifier le bam, le trier et générer le fastq. !!!
Attention: ne pas oublier l'option -n !!!
#+begin_src sh
time julia --project=.. insertVariant.jl
scp 63003856_S135_chr22_{1,2}.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors/
#+end_src
**** TODO Phase 1 : chr22, VAF=1
***** DONE 1 SNV  : ok !
CLOSED: [2023-05-20 Sat 19:35] SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
#+begin_src
 make run READS="tests/bamscissors/corrected_{1,2}.fq.gz"
Puis on lance le pipeline sur correct_1
- [X] Variant visible dans IGV
- [X] Variant visible après alignement
- [X] Variant visible après appel de variant
***** TODO Tous les SNV du chromosome
SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
**** TODO PHase 2 : chr22, VAF variable: de nombreux reads sont perdus
Problème dansr le BAM car sans les insertion
FOUND:Found 16662 unpaired mates
	at htsjdk.samtools.SAMUtils.processValidationError(SAMUtils.java:470)
	at picard.sam.SamToFastq.doWork(SamToFastq.java:224)
	at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:308)
	at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:103)
	at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:113)
ex: chr22:42213078
On essaie
samtools view ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135.bam NC_000022.11  -hf 0x2 -o 63003856_chr22.bam
Ne rale pas...
SCHEDULED: <2023-05-22 Mon>
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]

:PROPERTIES:
:ID:       f23e284b-d9d9-4dbe-8ad1-f4246c755d89
:END:
#+title: GPG
* "gpg fails to write commit object"
#+begin_src sh
GIT_TRACE=1 EDITOR="nvim" git commit -sS
22:39:12.392297 git.c:460               trace: built-in: git commit -sS
hint: Waiting for your editor to close the file... 22:39:12.448510 run-command.c:655       trace: run_command: GIT_INDEX_FILE=.git/index nvim /home/alex/code/guru/.git/COMMIT_EDITMSG
22:39:14.234635 run-command.c:655       trace: run_command: gpg --status-fd=2 -bsau 130315A4D85A4D58
error: gpg failed to sign the data
fatal: failed to write commit object
#+end_src
Solution: export GPG_TTY=$(tty)

#+filetags: cs

#+filetags: cs gentoo

:PROPERTIES:
:ID:       590b7a4c-3bed-4d9d-93db-78ef1f673f96
:END:

* Écrire un ebuild
:PROPERTIES:
:ID:       a02f8422-149b-4bba-8042-664d7699a7d9
:END:
Attention, le package doit être installé dans /usr et non /usr/local ! Sinon avertissement
Étapes
- ebuild manifest
- ebuild compile
- ebuild install : localement
- ebuild merge : dans le système
Pour les pacquets Go
https://wiki.gentoo.org/wiki/Writing_go_Ebuilds
Il faut héberger une archive avec les dépendences. On peut faire un dépot Git avec juste une LICENSE et créer une "release" manuellement contenant cette archive.