apraga/org - Change NEU45XWLRZO7ZWW7QW2PMILLG5KHA3ZBBIEK7TPNSOOBINCUDVKQC

Bisonex : aligner save

Created by Alexis Praga on October 13, 2023

NEU45XWLRZO7ZWW7QW2PMILLG5KHA3ZBBIEK7TPNSOOBINCUDVKQC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Replacement in projects.org at line 127 [4.123895]

B:BD[3.1606] → [2.15:93]

*** TODO Passe 2: cours non tobmé avec interro + révision + interro [10/35]

[3.1606]

[5.4058]

*** TODO Passe 2: cours non tobmé avec interro + révision + interro [20/35]

Replacement in projects.org at line 130 [4.123895]

B:BD[3.1717] → [3.1717:1896]

  - [ ] <(Antibiogramme - Enterobacteries)>
  - [ ] <(Antibiogramme - Staphylocoques)>
  - [ ] <(Antibiogramme - Streptococoque, enterocoque, Listeria)>
  - [ ] <(Antibiogramme)>

[3.1717]

[3.1896]

  - [X] <(Antibiogramme - Enterobacteries)>
  - [X] <(Antibiogramme - Staphylocoques)>
  - [X] <(Antibiogramme - Streptococoque, enterocoque, Listeria)>
  - [X] <(Antibiogramme)>

Replacement in projects.org at line 138 [4.123895]

∅:D[6.278] → [3.1992:2065]

B:BD[3.1992] → [3.1992:2065]

  - [ ] <(Concentrations critiques)>
  - [ ] <(Conseil anti-infectieux)>

[6.278]

[2.94]

  - [X] <(Concentrations critiques)>
  - [X] <(Conseil anti-infectieux)>

Replacement in projects.org at line 141 [4.123895]
∅:D[2.130] → [3.2101:2152]
B:BD[3.2101] → [3.2101:2152]
```
  - [ ] <(Diagnostic moleculaire - Bacteriologie)>
```
[2.130]
[3.2152]
```
  - [X] <(Diagnostic moleculaire - Bacteriologie)>
```
Replacement in projects.org at line 147 [4.123895]
∅:D[6.301] → [3.2299:2353]
B:BD[3.2299] → [3.2299:2353]
```
  - [ ] <(Hemocultures 1)>
  - [ ] <(Hemocultures 2)>
```
[6.301]
[3.2353]
```
  - [X] <(Hemocultures 1)>
  - [X] <(Hemocultures 2)>
```

Replacement in projects.org at line 159 [4.123895]

B:BD[3.2663] → [3.2663:2718]

  - [ ] <(Tests rapides antigeniques et moleculaires)>

[3.2663]

[3.2718]

  - [X] <(Tests rapides antigeniques et moleculaires)>

Insertion in projects.org at line 942 [4.123895]

[7.3493]

*** TODO 24 days of haskell
**** TODO <[Hackage 2015]> - "https://conscientiousprogrammer.com/blog/2015/11/30/haskell-tidbits-24-days-of-hackage-2015-day-1-introduction-and-stack/"
**** TODO <[GHC extensions]> - "https://blog.ocharles.org.uk/pages/2014-12-01-24-days-of-ghc-extensions.html"

Replacement in projects.org at line 991 [4.123895]

B:BD[6.1970] → [6.1970:2072]

- [ ] <yt-play "-C7Zbh6UTgk">
- [ ] <[machine learing for biological data]> - <yt-play "Q9eYgwvJfWE">

[6.1970]

[6.2072]

- [ ] <[Biomakie.jl]> - <yt-play "-C7Zbh6UTgk">
- [X] <[machine learing for biological data]> - <yt-play "Q9eYgwvJfWE">

Replacement in projects/bisonex.org at line 27 [9.35]

B:BD[8.3336] → [8.3336:5177]

B:BD[8.5177] → [6.11078:17429]

|
| Number | of | sites:   | 9322 |
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/out/annotate
~/.nix-profile/bin/filter_vep -i vep/NA12878-sanger-all-GRCh38/NA12878-sanger-all-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' | bcftools +counts
#+end_src
| Number | of | samples: |    1 |
| Number | of | SNPs:    | 6293 |
| Number | of | INDELs:  | 1515 |
| Number | of | MNPs:    | 1588 |
| Number | of | others:  |    0 |
| Number | of | sites:   | 9322 |
***** DONE Test NA12878 + variants sanger: vérifier sortie avec julia : ok
CLOSED: [2023-08-29 Tue 10:21] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
143 variants/146 comme avant
***** DONE Relancer en T2T pour vérifier compatibilité :T2T:
CLOSED: [2023-08-29 Tue 11:03] SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
**** DONE Repasser les tests sanger sur NA12878
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
2 variants manquants après filter vep
**** DONE Choisir le meilleur transcript nous-meme
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-09-01 Fri>
**** DONE Vérifier T2T passe
CLOSED: [2023-08-31 Thu 22:10] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
**** DONE Revoir choix du transcrit + filtre  avec paul
CLOSED: [2023-09-08 Fri 22:46] SCHEDULED: <2023-09-06 Wed>
**** DONE Filtrer les variants selon les filtres d'Alexis et garder tous les résultat
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:39] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
**** DONE Ajout colonne MANE SELECT et garder les autres
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:39] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
**** DONE v1.0
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
***** DONE Branche prod
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:44] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
Merge depuis debug
***** DONE Mail alexis
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
***** DONE Relancer test sanger
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHED
ULED: <2023-09-10 Sun>
***** DONE Mail Paul pour validation
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHEDULED: <2023-09-10 Sun>
**** DONE Utiliser spliceAI >= 0.2 pour filtre au lieu de spip
CLOSED: [2023-09-11 Mon 21:48] SCHEDULED: <2023-09-11 Mon>
**** DONE Repasser tests sanger avec spliceAI
CLOSED: [2023-09-14 Thu 22:45] SCHEDULED: <2023-09-11 Mon>
**** DONE Corriger colonne récessive
CLOSED: [2023-09-14 Thu 22:57] SCHEDULED: <2023-09-14 Thu>
soit 1/1, soit 1/2
soit 0/1 avec 2 variants par gene
*** KILL Comparer les annotations sur 63003856
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:28]
**** Relancer le nouveau pipeline
*** KILL Ancienne version
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL HGVS
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Filtrer après VEP
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL OMIM
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL clinvar
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL ACMG incidental
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Grantham
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** KILL Gnomad
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
*** DONE Réordonner les colonnes :annotation:
CLOSED: [2023-08-31 Thu 10:38] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
Pas d'OMIM, pas de CADD, pas de spliceAI
*** DONE Ajouter gnomAD v3 :gnomadv3:
CLOSED: [2023-10-01 Sun 15:34] SCHEDULED: <2023-09-29 Fri>
/Entered on/ [2023-09-29 Fri 22:38]
Après discussion avec Mathieu sur le problème de certaines régions corrigées dans la v3 !
VEP utilise la v2 pour les exomes et v3 pour génomes
Il manquera pour les patients 1-107
On ne l'a pas dans la sortie de VEP jusque là
**** DONE Test sur 1 patient
CLOSED: [2023-09-30 Sat 23:54] SCHEDULED: <2023-09-29 Fri>
**** DONE Reprendre run batch
CLOSED: [2023-10-01 Sun 15:34]
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** KILL Tester version d'alexis avec Nix
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** KILL Filter
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** KILL variant annotation
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
Besoin de vep
*** KILL Variant calling
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
** KILL Tester sarek
CLOSED: [2023-08-12 Sat 15:53]
#+begin_src sh
 module load apptainer/1.1.8
 nextflow run nf-core/sarek -profile test,singularity --outdir test-sarek
#+end_src
Les dépendences ne se téléchargent pas correctement, on les extrait à la main
#+begin_src sh
 rg -IN galaxyproject modules  | sed 's/ //g;s/:$//' | sort | uniq > deps.txt
#+end_src
 Nettoyage à la main
 Puis
 #+begin_src sh
 cat deps.txt | xargs -L1 singularity pull
 #+end_src
** DONE Support pour samplesheet
CLOSED: [2023-08-03 Thu 14:24] SCHEDULED: <2023-08-03 Thu 13:00>
/Entered on/ [2023-08-03 Thu 13:12]
** DONE Petit jeu de données : chr22 sur HG001
CLOSED: [2023-08-05 Sat 14:21] SCHEDULED: <2023-08-05 Sat>
** DONE Corriger OMIM annotation: manquant pour NMNAT1
CLOSED: [2023-09-16 Sat 22:47] SCHEDULED: <2023-09-16 Sat>
/Entered on/ [2023-09-16 Sat 19:32]
** PROJ Regarder la profondeur des variants rendus
/Entered on/ [2023-10-05 Thu 21:44]
* Documentation
:PROPERTIES:
:CATEGORY: doc
:END:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Bibliographie
** DONE Finir[cite:@alser2021]
CLOSED: [2023-09-26 Tue 11:26] SCHEDULED: <2023-09-22 Fri>
* Manuscript
:PROPERTIES:
:CATEGORY: manuscript
:END:
** DONE Flowchart pipeline (avec T2T)
CLOSED: [2023-09-17 Sun 23:15] SCHEDULED: <2023-09-17 Sun>
** DONE Figure: nombre de publication par aligneur
CLOSED: [2023-09-19 Tue 16:54] SCHEDULED: <2023-09-19 Tue>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
** DONE Biblio performance aligneur
CLOSED: [2023-10-06 Fri 16:51] SCHEDULED: <2023-10-01 Sun>
** TODO Biblio appel de variant
SCHEDULED: <2023-10-01 Sun>
** TODO Figure: nombre de publication par appel de variant
SCHEDULED: <2023-10-13 Fri>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
** KILL Figure: nombre d'articles citant les principaux aligneur par année
CLOSED: [2023-10-11 Wed 23:54] SCHEDULED: <2023-10-03 Tue>
Il faudrait utiliser pubmed en local, sinon c'est 10 000 requete par aligner !
** DONE Figure: nombre d'articles citant les principaux aligneur
CLOSED: [2023-10-12 Thu 23:58] SCHEDULED: <2023-10-12 Thu>
Il faudrait utiliser pubmed en local, sinon c'est 10 000 requete par aligner !
On se base sur
** TODO Figure: nombre d'exomes par années
SCHEDULED: <2023-10-18 Wed>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
* Tests :tests:
** KILL Non régression : version prod
CLOSED: [2023-05-23 Tue 08:46]
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > new.txt
$ wc -l new.txt
21174578 new.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref | uniq > ref.txt
$ wc -l ref.txt
21107155 ref.txt
Si on regarde la différence
 comm -23 ref.txt old.txt
rs1052692
rs1057518973
rs1057518973
rs11074121
rs112848754
rs12573787
rs145033890
rs147889095
rs1553904159
rs1560294695
rs1560296615
rs1560310926
rs1560325547
r

[8.3336]

[6.17429]

|
| Number | of | sites:   | 9322 |
#+begin_src sh :dir /ssh:meso:/Work/Users/apraga/bisonex/out/annotate
~/.nix-profile/bin/filter_vep -i vep/NA12878-sanger-all-GRCh38/NA12878-sanger-all-GRCh38.vep.vcf.gz  --filter 'PICK' | bcftools +counts
#+end_src
| Number | of | samples: |    1 |
| Number | of | SNPs:    | 6293 |
| Number | of | INDELs:  | 1515 |
| Number | of | MNPs:    | 1588 |
| Number | of | others:  |    0 |
| Number | of | sites:   | 9322 |
***** DONE Test NA12878 + variants sanger: vérifier sortie avec julia : ok
CLOSED: [2023-08-29 Tue 10:21] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
143 variants/146 comme avant
***** DONE Relancer en T2T pour vérifier compatibilité :T2T:
CLOSED: [2023-08-29 Tue 11:03] SCHEDULED: <2023-08-29 Tue>
**** DONE Repasser les tests sanger sur NA12878
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
2 variants manquants après filter vep
**** DONE Choisir le meilleur transcript nous-meme
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-09-01 Fri>
**** DONE Vérifier T2T passe
CLOSED: [2023-08-31 Thu 22:10] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
**** DONE Revoir choix du transcrit + filtre  avec paul
CLOSED: [2023-09-08 Fri 22:46] SCHEDULED: <2023-09-06 Wed>
**** DONE Filtrer les variants selon les filtres d'Alexis et garder tous les résultat
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:39] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
**** DONE Ajout colonne MANE SELECT et garder les autres
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:39] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
**** DONE v1.0
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
***** DONE Branche prod
CLOSED: [2023-09-10 Sun 15:44] SCHEDULED: <2023-09-09 Sat>
Merge depuis debug
***** DONE Mail alexis
CLOSED: [2023-09-01 Fri 10:32] SCHEDULED: <2023-08-31 Thu>
***** DONE Relancer test sanger
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHEDULED: <2023-09-10 Sun>
***** DONE Mail Paul pour validation
CLOSED: [2023-09-11 Mon 19:11] SCHEDULED: <2023-09-10 Sun>
**** DONE Utiliser spliceAI >= 0.2 pour filtre au lieu de spip
CLOSED: [2023-09-11 Mon 21:48] SCHEDULED: <2023-09-11 Mon>
**** DONE Repasser tests sanger avec spliceAI
CLOSED: [2023-09-14 Thu 22:45] SCHEDULED: <2023-09-11 Mon>
**** DONE Corriger colonne récessive
CLOSED: [2023-09-14 Thu 22:57] SCHEDULED: <2023-09-14 Thu>
soit 1/1, soit 1/2
soit 0/1 avec 2 variants par gene
*** KILL Comparer les annotations sur 63003856
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:28]
**** Relancer le nouveau pipeline
*** KILL Ancienne version
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL HGVS
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Filtrer après VEP
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL OMIM
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL clinvar
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL ACMG incidental
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL Grantham
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
**** KILL LRG
CLOSED: [2023-04-18 mar. 17:22] SCHEDULED: <2023-04-18 Tue>
Vu avec alexis, n’est plus à jour
**** KILL Gnomad
CLOSED: [2023-08-28 Mon 17:24]
*** DONE Réordonner les colonnes :annotation:
CLOSED: [2023-08-31 Thu 10:38] SCHEDULED: <2023-08-28 Mon>
Pas d'OMIM, pas de CADD, pas de spliceAI
*** DONE Ajouter gnomAD v3 :gnomadv3:
CLOSED: [2023-10-01 Sun 15:34] SCHEDULED: <2023-09-29 Fri>
/Entered on/ [2023-09-29 Fri 22:38]
Après discussion avec Mathieu sur le problème de certaines régions corrigées dans la v3 !
VEP utilise la v2 pour les exomes et v3 pour génomes
Il manquera pour les patients 1-107
On ne l'a pas dans la sortie de VEP jusque là
**** DONE Test sur 1 patient
CLOSED: [2023-09-30 Sat 23:54] SCHEDULED: <2023-09-29 Fri>
**** DONE Reprendre run batch
CLOSED: [2023-10-01 Sun 15:34]
** DONE Porter exactement la version d'Alexis sur Helios
CLOSED: [2023-01-14 Sat 17:56]
Branche "prod"
** KILL Tester version d'alexis avec Nix
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
*** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
*** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
*** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
*** KILL Filter
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
- [X] depth
- [ ] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** KILL variant annotation
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
Besoin de vep
*** KILL Variant calling
CLOSED: [2023-06-14 Wed 22:37]
** KILL Tester sarek
CLOSED: [2023-08-12 Sat 15:53]
#+begin_src sh
 module load apptainer/1.1.8
 nextflow run nf-core/sarek -profile test,singularity --outdir test-sarek
#+end_src
Les dépendences ne se téléchargent pas correctement, on les extrait à la main
#+begin_src sh
 rg -IN galaxyproject modules  | sed 's/ //g;s/:$//' | sort | uniq > deps.txt
#+end_src
 Nettoyage à la main
 Puis
 #+begin_src sh
 cat deps.txt | xargs -L1 singularity pull
 #+end_src
** DONE Support pour samplesheet
CLOSED: [2023-08-03 Thu 14:24] SCHEDULED: <2023-08-03 Thu 13:00>
/Entered on/ [2023-08-03 Thu 13:12]
** DONE Petit jeu de données : chr22 sur HG001
CLOSED: [2023-08-05 Sat 14:21] SCHEDULED: <2023-08-05 Sat>
** DONE Corriger OMIM annotation: manquant pour NMNAT1
CLOSED: [2023-09-16 Sat 22:47] SCHEDULED: <2023-09-16 Sat>
/Entered on/ [2023-09-16 Sat 19:32]
** PROJ Regarder la profondeur des variants rendus
/Entered on/ [2023-10-05 Thu 21:44]
* Documentation
:PROPERTIES:
:CATEGORY: doc
:END:
** DONE Procédure d'installation nix + dependences pour VM CHU
CLOSED: [2023-04-22 Sat 15:27] SCHEDULED: <2023-04-13 Thu>
* Bibliographie
** DONE Finir[cite:@alser2021]
CLOSED: [2023-09-26 Tue 11:26] SCHEDULED: <2023-09-22 Fri>
* Manuscript
:PROPERTIES:
:CATEGORY: manuscript
:END:
** DONE Flowchart pipeline (avec T2T)
CLOSED: [2023-09-17 Sun 23:15] SCHEDULED: <2023-09-17 Sun>
** Aligneur
*** DONE Figure: nombre de publication par aligneur
CLOSED: [2023-09-19 Tue 16:54] SCHEDULED: <2023-09-19 Tue>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
*** DONE Biblio performance aligneur <(biblio aligneur)> <(aligneur)>
CLOSED: [2023-10-13 Fri 17:40] SCHEDULED: <2023-10-01 Sun>
*** DONE Figure: nombre d'articles citant les principaux aligneur par année
CLOSED: [2023-10-11 Wed 23:54] SCHEDULED: <2023-10-03 Tue>
Il faudrait utiliser pubmed en local, sinon c'est 10 000 requete par aligner !
*** DONE Figure: nombre d'articles citant les principaux aligneur
CLOSED: [2023-10-12 Thu 23:58] SCHEDULED: <2023-10-12 Thu>
Il faudrait utiliser pubmed en local, sinon c'est 10 000 requete par aligner !
On se base sur
** Appel de variant
*** TODO Biblio <(biblio appel variant)> <(appel variant)>
SCHEDULED: <2023-10-13 Fri>
*** TODO Figure: nombre de publication par appel de variant
SCHEDULED: <2023-10-13 Fri>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
** TODO Figure: nombre d'exomes par années
SCHEDULED: <2023-10-18 Wed>
/Entered on/ [2023-09-19 Tue 08:43]
* Tests :tests:
** KILL Non régression : version prod
CLOSED: [2023-05-23 Tue 08:46]
*** DONE ID common snp
CLOSED: [2022-11-19 Sat 21:36]
#+begin_src
$ wc -l ID_of_common_snp.txt
23194290 ID_of_common_snp.txt
$ wc -l /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
23194290 /Work/Users/apraga/bisonex/database/dbSNP/ID_of_common_snp.txt
#+end_src
*** DONE ID common snp not clinvar patho
CLOSED: [2022-12-11 Sun 20:11]
**** DONE Vérification du problème
CLOSED: [2022-12-11 Sun 16:30]
Sur le J:
21155134 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref
Version de "non-régression"
21155076 database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Nouvelle version
23193391 /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt
Si on enlève les doublons
$ sort database/dbSNP/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > old.txt
$ wc -l old.txt
21107097 old.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt | uniq > new.txt
$ wc -l new.txt
21174578 new.txt
$ sort /Work/Groups/bisonex/data/dbSNP/GRCh38.p13/ID_of_common_snp_not_clinvar_patho.txt.ref | uniq > ref.txt
$ wc -l ref.txt
21107155 ref.txt
Si on regarde la différence
 comm -23 ref.txt old.txt
rs1052692
rs1057518973
rs1057518973
rs11074121
rs112848754
rs12573787
rs145033890
rs147889095
rs1553904159
rs1560294695
rs1560296615
rs1560310926
rs1560325547
r

Insertion in projects/.hypb at line 3 [5.74903]

[5.74920]

("biblio_appel_variant" nil nil link-to-file ("../../research/bisonex/thesis/biblio.org" 55515) "alex@laptop" "20231013:15:40:18" nil nil)
("appel_variant" nil nil link-to-file ("../../research/bisonex/thesis/pipeline.org" 21153) "alex@laptop" "20231013:15:38:35" nil nil)
("aligneur" nil nil link-to-file ("../../research/bisonex/thesis/pipeline.org" 1777) "alex@laptop" "20231013:15:14:20" nil nil)
("biblio_aligneur" nil nil link-to-file ("../../research/bisonex/thesis/biblio.org" 3417) "alex@laptop" "20231013:15:00:34" nil nil)