**** TODO Fusionner les tsv pour Paul
#+begin_src python :results output
import pandas as pd
from pathlib import Path
root = Path("/mnt/c/Users/alexi/Documents/mustard")
dna= pd.read_csv(root /
                      "DNAThèque_2022-02-02_11-46-28.tsv",
                      sep="\t")
e = pd.read_csv(root /
"Suivi exomes_2022-02-02_12-34-15.tsv",
                sep= "\t")
# Merge exome and sample
d = dna.set_index("sampleID").join(e.set_index("specimenID"),
                                  lsuffix="dna", rsuffix="exome")
# print(e.columns)
# print(dna.columns)
# Clean column name
d.columns = d.columns.str.replace('dataSetsPatients', '')
cols = ['patientIDdna', 'nom', 'nom_marital', 'prenom',
       'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut', 'clinicien_referent',
       'clinicien_referentinstitution', 'pathologie',
        'commentaires',
        'date_de_prelevement', 'sampleIDdate_de_reception',
        'sampleIDorigine_de_l_echantillon',
        'gene_individuel',
        'panel_de_gene', 'exome',
        'confirmation_pour_diag',
        'commentairesdna',
        'sequenceNumexome',
        'presta', 'capture', 'sequencage', 'date_envoi_presta',
        'date_reception', 'date_analyse',
        'resultat', 'incidental',
        'commentairesexome', 'runName']
print(d[cols][0:2])
print(d.columns)
d[cols].to_csv(root / "test.csv")
# p = pd.read_csv(root /
#                 "Patients_2022-02-02_11-44-03.tsv",
#                 sep= "\t")
#+end_src
#+RESULTS:
#+begin_example
     patientIDdna     nom  ...  commentairesexome       runName
105     PED0105.1  Bouche  ...                NaN           NaN
1001    PED1001.1  Legros  ...                NaN  dijex224-238
[2 rows x 32 columns]
Index(['patientIDdna', 'sequenceNumdna', 'nom', 'nom_marital', 'prenom',
       'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut', 'clinicien_referent',
       'clinicien_referentinstitution', 'cohortedna', 'pathologie',
       'flag_de_revision', 'commentaires', 'sampleIDnumero_autre',
       'date_de_prelevement', 'sampleIDdate_de_reception', 'sampleIDADN',
       'sampleIDorigine_de_l_echantillon', 'sampleIDtype', 'categoriedna',
       'projet_recherche', 'concordance_sample', 'urgent', 'gene_individuel',
       'panel_de_gene', 'exome', 'genome', 'cgh', 'autre',
       'confirmation_pour_diag', 'cr_a_faire', 'flag_de_revision',
       'commentairesdna', 'sampleIDcommentaires_reception', 'urgentchoix',
       'modified', 'modifiedBy', 'created', 'createdBy', 'patientIDexome',
       'sequenceNumexome', 'dijexID', 'aliasID', 'categorieexome', 'statut',
       'presta', 'capture', 'sequencage', 'numero_envoi', 'date_envoi_presta',
       'bioinfo', 'date_reception', 'date_analyse', 'lecture1',
       'date_lecture1', 'lecture2', 'date_lecture2', 'lecture3',
       'date_lecture3', 'date_rcp', 'resultat', 'incidental',
       'commentairesexome', 'runName', 'runComments', 'cohorteexome'],
      dtype='object')
#+end_example