theme: frankfurt

theme: academic

author: Alexis Praga

coverAuthor: Alexis Praga

date: 18/04/2024

coverDate: 18/04/2024

CHU Minjoz, Besançon

Laboratoire de Génétique, CHU Minjoz, Besançon

# Plan

#  Plan

# Contexte

# 1. Contexte

# Contexte

# 1. Contexte

# Pipeline

# 1. Pipeline

# Reproductibilité

# 2. Reproductibilité

# Reproductibilité

# 2. Reproductibilité

- 6 logiciels "empaquetés" + 3 dépendences

- 6 logiciels + 3 dépendences

# Portabilité 

# 2. Portabilité 

# Performances

# 2. Performances

# Validation  

# 3. Validation  

# Séquencage et pipeline

# 3. Validation: séquencage et pipeline

- ADN commandé à Corriel

- ADN commandé à Coriell

# Pipeline

# 3. Validation

- Séquencage par Google (Baid et al. 202) :

- Google (Baid et al. 2022)

```mermaid
flowchart LR
  A[Exomes \n 1178] --> B[Données brutes \n 248]
  B --> C[Réanalyse] --> D1[Négatifs \n 153] & D[Positifs \n 98]
  D --> E[Retrouvés \n 94] & F[Filtré \n 4] 
  F --> G[Confirmés Sanger \n 4]
  style G fill:#ff7b7b
  style E fill:#aeca7d
```
<v-click>
- 3 variants filtré sur la profondeur (*CHD3*, *GABRA5*, *RRAS2*)
- 1 variant sur le nombre de reads porteurs (*PITX3*)
</v-click>
<!--
Gène      Profondeur  Reads porteurs 
*CHD3*    **27**          22             
*PITX3*   34          **8**              
*GABRA5*  **15**          6              
*RRAS2*   **29**          14             
-->

layout: two-cols

1 Variant de Signification Indéterminé sur *SPEN*
- Foetus avec malformation cardiaque
- Radio-Tartaglia syndrome 
  - malformation cardiaque possible
  - pas de foetus décrit
::right::
#
<img src="/img/spen.png" width=60%>
<img src="/img/spen-decipher.png" width=40%>
<!--
Stratégie : nouveau "clinical synopsis" dans OMIM sur exome neg
1 fois dans clinvar, vous
non présent dans gnomad4 genome et < 1e-5 dans gnomadexome
qq score bioinfo en faveur (CADD)
probablement pas d'atteinte de l'épissage (spip, spliceai)
a neurodevelopmental disorder characterized by global developmental delay with impaired intellectual development, speech delay, and variable behavioral abnormalities. Affected individuals show 
hypotonia, mild motor difficulties, and craniofacial dysmorphism. Brain imaging may show nonspecific defects; rare patients have seizures or pyramidal signs. A subset of individuals may have congenital heart defects, precocious puberty, and obesity in  
Syndrome décrit en 2021
- trouble du neurodeveloppement, dysmorphie craniofaciale
- certains ont une malformation cardique
Abnormal plantar dermatoglyphics; Antenatal onset; Hypoplastic right heart; Increased nuchal translucency;
Plagiocephaly; Tricuspid stenosis
Ségrégation en cours...
-->
---
layout: center
---
# Conclusion

- Reproductible
- Portable
- Performant
- Validation à affiner
- Recherche nouveaux diagnostics en cours
<v-click>
**Merci de votre attention !**
</v-click>
<!--
Nombreuses améliorations possibles
Validation: faire passer tous les tests
Nouveaux diag à creuser
Étude impact du génome de réference
-->