r qu'on retrouve les variants
CLOSED: [2023-05-19 Fri 18:41] SCHEDULED: <2023-05-18 Thu>
****** TODO Corrigier position pour avoir une bonne VAF
SCHEDULED: <2023-05-19 Fri>
POS POS+1 VAF ALT
Attention, la base corrigée est à POS+1...
****** DONE Comparaison manuelle avec julia (VAF = 1...)
CLOSED: [2023-05-19 Fri 21:58]
552 found over 585
***** TODO del
***** TODO ins
*** TODO Julia : Bamscissors :bamscissors:
Modification de la séquence dans BAM.
*Pas de mise à jour de CIGAR*
On convertit en fastq et on lance le pipeline pour "corriger"
#+begin_src sh
cd /home/alex/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped
samtools view 63003856_S135.bam NC_000022.11 -o 63003856_S135_chr22.bam
cd /home/alex/recherche/bisonex/code/BamScissors.jl
cp ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135_chr22.bam .
samtools index 63003856_chr22.bam
#+end_src
Le script va modifier le bam, le trier et générer le fastq. !!!
Attention: ne pas oublier l'option -n !!!
#+begin_src sh
time julia --project=.. insertVariant.jl
scp 63003856_S135_chr22_{1,2}.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors/
#+end_src
**** TODO Phase 1 : chr22, VAF=1
***** DONE 1 SNV : ok !
CLOSED: [2023-05-20 Sat 19:35] SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
#+begin_src
make run READS="tests/bamscissors/corrected_{1,2}.fq.gz"
Puis on lance le pipeline sur correct_1
- [X] Variant visible dans IGV
- [X] Variant visible après alignement
- [X] Variant visible après appel de variant
***** TODO Tous les SNV du chromosome
SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
**** TODO PHase 2 : chr22, VAF variable: de nombreux reads sont perdus
Problème dansr le BAM car sans les insertion
FOUND:Found 16662 unpaired mates
at htsjdk.samtools.SAMUtils.processValidationError(SAMUtils.java:470)
at picard.sam.SamToFastq.doWork(SamToFastq.java:224)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:308)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:103)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:113)
ex: chr22:42213078
On essaie
samtools view ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135.bam NC_000022.11 -hf 0x2 -o 63003856_chr22.bam
Ne rale pas...
SCHEDULED: <2023-05-22 Mon>
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]
r qu'on retrouve les variants
CLOSED: [2023-05-19 Fri 18:41] SCHEDULED: <2023-05-18 Thu>
****** TODO Corrigier position pour avoir une bonne VAF
SCHEDULED: <2023-05-19 Fri>
POS POS+1 VAF ALT
Attention, la base corrigée est à POS+1...
****** DONE Comparaison manuelle avec julia (VAF = 1...)
CLOSED: [2023-05-19 Fri 21:58]
552 found over 585
***** TODO del
***** TODO ins
*** TODO Julia : Bamscissors :bamscissors:
Modification de la séquence dans BAM.
*Pas de mise à jour de CIGAR*
On convertit en fastq et on lance le pipeline pour "corriger"
#+begin_src sh
cd /home/alex/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped
samtools view 63003856_S135.bam NC_000022.11 -o 63003856_S135_chr22.bam
cd /home/alex/recherche/bisonex/code/BamScissors.jl
cp ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135_chr22.bam .
samtools index 63003856_chr22.bam
#+end_src
Le script va modifier le bam, le trier et générer le fastq. !!!
Attention: ne pas oublier l'option -n !!!
#+begin_src sh
time julia --project=.. insertVariant.jl
scp 63003856_S135_chr22_{1,2}.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors/
#+end_src
**** TODO Phase 1 : chr22, VAF=1
***** DONE 1 SNV : ok !
CLOSED: [2023-05-20 Sat 19:35] SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
#+begin_src
make run READS="tests/bamscissors/corrected_{1,2}.fq.gz"
Puis on lance le pipeline sur correct_1
- [X] Variant visible dans IGV
- [X] Variant visible après alignement
- [X] Variant visible après appel de variant
***** TODO Tous les SNV du chromosome
SCHEDULED: <2023-05-20 Sat>
**** TODO PHase 2 : chr22, VAF variable: de nombreux reads sont perdus
Problème dansr le BAM car sans les insertion
***** DONE Filtrer les reads sans pair : idem
CLOSED: [2023-05-23 Tue 00:01]
FOUND:Found 16662 unpaired mates
at htsjdk.samtools.SAMUtils.processValidationError(SAMUtils.java:470)
at picard.sam.SamToFastq.doWork(SamToFastq.java:224)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:308)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:103)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:113)
ex: chr22:42213078
On essaie
samtools view ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135.bam NC_000022.11 -hf 0x2 -o 63003856_chr22.bam
Ne rale pas...
SCHEDULED: <2023-05-22 Mon>
***** TODO Problème de la conversion BAM -> fastq ?
****** TODO Test alignement bamtofastq sur le BAM originel: idem
Dans ~/recherche/code/bisonex/Bamscissors.jl
samtools view ~/code/bisonex/out/63003856/preprocessing/mapped/63003856_S135.bam NC_000022.11 -hf 0x2 -o 63003856_chr22.bam
On trie bien par nom de read
samtools sort 63003856_chr22.bam -o 63003856_chr22_sorted.bam
Conversion en fastq. Attention à bien prendre le *fichier trié* !
samtools bam2fq -1 63003856_chr22_init1.fq.gz -2 63003856_chr22_init2.fq.gz -n 63003856_chr22_sorted.bam
[M::bam2fq_mainloop] discarded 0 singletons
[M::bam2fq_mainloop] processed 2592110 reads
On envoie sur le mésocentre
scp 63003856_chr22_init{1,2}.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors
On démarre un job avec 24 coeurs pour aller vite
srun -c 24 -p smp -t 1:00:00 --pty bash
bwa mem -t 24 /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/bwa/genomeRef 63003856_chr22_init1.fq.gz 63003856_chr22_init2.fq.gz | samtools sort -@24 -o output.bam -
Dans /home/alex/recherche/bisonex/code/BamScissors.jl/aligned
❯ scp meso:/Work/Users/apraga/bisonex/tests/bamscissors/output.bam*
****** TODO Test picard : idem
Dans bisonex/code/BamScissors.jl
❯ picard SamToFastq -I 63003856_chr22_sorted.bam -F testpicard1.fastq -F2 testpicard2.fastq
bwa mem -t 24 /Work/Projects/bisonex/data/genome/GRCh38.p13/bwa/genomeRef testpicard1.fastq.gz testpicard2.fastq.gz | samtools sort -@24 -o testpicard.bam -
*** Divers
**** DONE Vérifier nombre de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]