*** CR anapath Dr Mussini via oncoped : Michaela/secrétariat
SCHEDULED: <2024-06-10 Mon>
*** TODO Appeler Dr Mussini
SCHEDULED: <2024-06-13 Thu>

*** DONE CR anapath Dr Mussini via oncoped : Michaela/secrétariat
CLOSED: [2024-06-12 Wed 21:39] SCHEDULED: <2024-06-10 Mon>
*** DONE Appeler Dr Mussini
CLOSED: [2024-06-12 Wed 21:39] SCHEDULED: <2024-06-13 Thu>

*** DONE Corrections Dr Mussini
CLOSED: [2024-06-12 Wed 21:39] SCHEDULED: <2024-06-12 Wed>

SCHEDULED: <2024-06-09 Sun .+1d>

SCHEDULED: <2024-06-12 Wed .+1d>

- State "DONE"       from "TODO"           [2024-06-11 Tue 10:01]
- State "DONE"       from "TODO"           [2024-06-10 Mon 10:01]
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​#bacterio Infections graves = /pyogenes/, /pneumoniae/. Commensal mais
opportunistes (immunodépression) : oraux (*endocardite*, SDRA)
*** Classification

:CUSTOM_ID: classification

:ID:       7499182a-5937-4e81-9e02-119607120c1c

#+title: Streptocoque
​#+filetags: bacterio
- Infections graves = /pyogenes/, /pneumoniae/.
- Commensal mais opportunistes (immunodépression) : oraux (*endocardite*, SDRA)
* Classification

- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne
  (polyoside C) avec mise en évidence de l'antigène par agglutination.

- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne (polyoside C) avec mise en évidence de l'antigène par agglutination.

*** Résistances
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistances
:END:
- α-hémolytique : dépistage disque péniG: si résistant, CMI d'une
  β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)

* Résistances
- α-hémolytique : dépistage disque péniG:
  - si résistant, CMI d'une β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)

- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité
  diminuée)

- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité diminuée)

- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification
  cible++, efflux, protection ribosomale

- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification cible++, efflux, protection ribosomale

*** Classification d'Ambler
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: classification-dambler
:END:

* Classification d'Ambler

- résistance pénicilline, C1, C2, C3G
- sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
- détecté par ceftazidime + acide clavulanique

   - résistance pénicilline, C1, C2, C3G
   - sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
   - détecté par ceftazidime + acide clavulanique

- résistance comme B. + carbapénème
C. ampC céphalosporinase
- résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
- sensible carbapénème
- détecté céfoxitine
D. oxacillinase
- sensible β-lactamase
*** Streptococcocus pyogenes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: streptococcocus-pyogenes
:END:
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée,
accouchement.

C. résistance comme B. + carbapénème
D. ampC céphalosporinase (TODO vérifier)
   - résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
   - sensible carbapénème
   - détecté céfoxitine
   - oxacillinase
   - sensible β-lactamase

1. Facteurs de pathogénicité

* Streptococcocus pyogenes
- Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
- Réservoire pharyngé.
- Transmission = aérienne, contact plaie infectée, accouchement.

   résistance à la phacogytose

** Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
  - protéine M
  - encapsulation

   - protéine M
   - encapsulation

** Facteurs de virulence
  - enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l'invasion tissulaire)
  - exotoxine : activation et prolifération d'une sous population lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
  - Streptolysine = hémolyse β-complète
  - toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine

   Facteurs de virulence

** Habitat
- Strictement humaine, surtout pharyngé +/- peau, vagin surtout
- Pyogène = responsiable d'infections suppurées

   - enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l'invasion
     tissulaire)
   - exotoxine :  activation et prolifération d'une sous population
     lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
   - Streptolysine = hémolyse β-complète
   - toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
2. Habitat
   Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin+++ Pyogène =
   responsiable d'infections suppurées
3. Clinique
   - non invasive = *angine* érythémateuse/érythémato-pultacée, otite
     moyenne aigüe de l'enfant, scalratine, infection cutanée
   - invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc
     toxique streptococcique
   - complications post-streptococciques (rare) = immunologique :
     - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
4. Diagnostic
   - bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
   - β-hémolyse
   - Résistance optochine, sensbile bacitracine
   - Catalase -, oxydase -

** Clinique
 - non invasive = *angine* érythémateuse/érythémato-pultacée, otite moyenne aigüe de l'enfant, scalratine, infection cutanée
 - invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc toxique streptococcique
 - complications post-streptococciques (rare) = immunologique :
   - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux

5. Sensibilité, résistance

** Diagnostic
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance optochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -

   - β-lactamine : sensible
   - macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d'efflux,
     modiifcation cible ARN23S

** Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d'efflux,
  modiifcation cible ARN23S

*** Strepto agalactiae
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: strepto-agalactiae
:END:

* Strepto agalactiae

1. Bactério
   - c+ diplococque/chaînette
   - aérobie-ana facultative
   - catalase négative, *β-hémolytique*
   - groupe B lancefield
2. Pathogènicité

** Bactério
- c+ diplococque/chaînette
- aérobie-ana facultative
- catalase négative, *β-hémolytique*
- groupe B lancefield

   - commensale digestif, génital 10-30%
   - adulte : infection sujets à risque
   - grossese : chorioamniotite, endométrite
   - nouveau-né: infection néonat précoce <7 j, tardive > 7 jour
   - transmission : sang (mère avec bactériémie -> enfant), vaginal (+/-
     rupture membrane)
   - 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
     - pneumopathie
     - septicémie, méningite (20%)
3. Résistance
   - *Naturellement sensible β-lactamine* = 1ere intention
   - Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
   - 30% macrolide et clinda
4. Diagnostic
   - Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
   - Mère : hémoc si > 38°, PV
   - ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec < 24h
     habituellement)
   - MALDI/sérogroupage de lancefield
   - PCR possible (LCR++, respi)
5. Prévention
   - Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -> antibio si +
   - ATB per-partum péni-G/amox
   - note: l'antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais
     seulement pour les infections avant 7 jours)
*** Strepto. pneumoniae
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: strepto.-pneumoniae
:END:
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)

** Pathogènicité
  - commensale digestif, génital 10-30%
  - adulte : infection sujets à risque
  - grossese : chorioamniotite, endométrite
  - nouveau-né: infection néonat précoce <7 j, tardive > 7 jour
  - transmission : sang (mère avec bactériémie -> enfant), vaginal (+/-
    rupture membrane)
  - 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
    - pneumopathie
    - septicémie, méningite (20%)

1. Habitat

** Résistance
- *Naturellement sensible β-lactamine* = 1ere intention
- Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
- 30% macrolide et clinda

   Voie respiratoire supérieure Transmission goutelette, interhumaine

** Diagnostic
- Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
- Mère : hémoc si > 38°, PV
- ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec < 24h habituellement)
- MALDI/sérogroupage de lancefield
- PCR possible (LCR++, respi)

2. Pathogénicité

** Prévention
- Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -> antibio si positif
- ATB per-partum péni-G/amox
- note: l'antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais
  seulement pour les infections avant 7 jours)

   - adhérence cellules épithélium rhinopharynx
   - facteurs de virulence non capsulaire
   - évasion à la phagocytose
   - actionation complément, cytokien inflammatoire

* Strepto. pneumoniae
- Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
- Classification selon la capsule (vaccins)

3. Résistance

** Habitat
Voie respiratoire supérieure Transmission goutelette, interhumaine

   - β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d'ulitiser les inhibiteurs de
     betalactamase)
   - sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
   - Gènes mosaïque avec PLP chimérique
   - 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité diminué
     pénicilline)

** Pathogénicité
- adhérence cellules épithélium rhinopharynx
- facteurs de virulence non capsulaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire

4. Clinique

** Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d'ulitiser les inhibiteurs de betalactamase)
- sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
- Gènes mosaïque avec PLP chimérique
- 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité diminué pénicilline)

   - Infection neuroméningée
   - Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe,
     bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
   - Rare : purpura fulminas, endocardite
   - Bactérimié, souvent à partir d'un foyer pulmonaire

** Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe,
  bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d'un foyer pulmonaire

:PROPERTIES:
:ID:       ba0e9c3b-1479-40b1-9d29-49e2ae37a0b2
:END:
#+title: Staphylocoques
​#+filetags: bacterio
* Résistances
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative >> aureus) via
  - la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) [= zone génomique comprenant /mecA/ qui code pour la protéine PLP2a
  - Nouveau gène /mecC/: code PLP2c
  - S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK) : modification de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
  - phénotype MLS_{B}: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique = 5% SAMS mais 80-90% SARM)
- glycopeptide : exceptionnel
** Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non sporulé
*** Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
 - *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
 - protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la phagolytose
Excrété
 - hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
 - coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S.
   epidermidis)
 - staphylokinase : libère bactéries des emboles
 - *toxine* :
   - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique dermonécrotique
   - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T)
   - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
   - entérotoxines thermostables -> TIAC
*** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements+++)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
*** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie,
    neuroméningées (abcès)
*** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à
    coagulase négative)
*** Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l'hôpital
- β-lactamines :
  - phénotype sauvage sensible
  - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g): résistance pénicilline G, V, A -> ajout d'inhibiteur de β-lactamase
  - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les β-lactamines *et imipénème*. Souvent multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
    - vancomycine en 1ere intention
    - C4G possible mais pas en france
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
*** Traitement habituellement actifs
 oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
** Staphylococcus non aureus
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l'hôpital : matériel (prothèse, valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S. ludgunensis (infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
*** Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre de masse/biochimiue
- Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine

** Pseudomonas aeruginosa

:CUSTOM_ID: pseudomonas-aeruginosa

:ID:       0e98750e-686d-43c0-b9e1-3cce3750e66a

Bacille Gram négatif, très mobile

#+title: Pseudomonas aeruginosa
#+filetags: bacterio

Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides *Opportuniste*
: 10% des infections en hospitalisation

- Bacille Gram négatif, très mobile
- Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides
- *Opportuniste* : 10% des infections en hospitalisation
  - infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
  - mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique

- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique

- Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine
- Facteur d'adhésion
- Forte capacité à former des biofilms

Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine Facteur
d'adhésion Forte capacité à former des biofilms

- Catalase positif
- lactose négatif

*** Quand réaliser un antibiogramme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: quand-réaliser-un-antibiogramme
:END:

* Quand réaliser un antibiogramme

*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-1
:END:

* Diagnostic

- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier
  les 2

- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier les 2

*** Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance
:END:

* Résistance

- Catalase positif - lactose négatif
1. Résistance naturelle :
   - amox
   - C1G, C2G, *céfotaxime* (/! utilisé pour mécanisme/), ceftriaxone,
     *ertapénème*
   - anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
   - cotrimoxazole
   - nitrofurantoine
   - macrolides
   - azithromycine
   Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
   - β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
   - enzyme modificatrice aminoside
   - effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
   - imperméabilité (porine OpriF)

2. Résistance acquise

   - Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine+++

** Résistance naturelle :
 - amox
 - C1G, C2G, *céfotaxime* (/! utilisé pour mécanisme/), ceftriaxone, *ertapénème*
 - anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
 - cotrimoxazole
 - nitrofurantoine
 - macrolides
 - azithromycine

   - gène codant β-lactamase

Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
 - β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
 - enzyme modificatrice aminoside
 - effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
 - imperméabilité (porine OpriF)

   - Attention: certaines souches accumulent des résultats

** Résistance acquise
- Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine+++
- gène codant β-lactamase
- Attention: certaines souches accumulent des résultats
- β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase

   - β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase

** Quand chercher BLSE ?
- synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
- synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide clavulanique

     Quand chercher BLSE ?
     - synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
     - synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide clavulanique
     Quand chercher carbapénémase ? (> 90% cabarpénème)
3. Antibiotique
   - β-lactamine:
     - ceftazidime +/- avibactame
     - ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
     - céfépime
     - ceftolozane + tazobactame
     - imipénème, méropénème
   - Aminoside
   - FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
   - colistine

* Traitement
- β-lactamine:
  - ceftazidime +/- avibactame
  - ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
  - céfépime
  - ceftolozane + tazobactame
  - imipénème, méropénème
- Aminoside
- FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
- colistine

:PROPERTIES:
:ID:       e13241ae-370c-404e-9b1b-3e8619806dcd
:END:
#+title: Proteus
​#+filetags: bacterio
* Proteus mirabilis
- Bacille gram négatif, *mobile*, oxydase négatif, nitrate-réductase positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase

​#bacterio ### Résistances
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative >> aureus) via
  - la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) [= zone génomique
    comprenant /mecA/ qui code pour la protéine PLP2a
  - Nouveau gène mecC: code PLP2c
  - S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK) : modification
  de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
  - phénotype MLS_{B}: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique =
  5% SAMS mais 80-90% SARM)
- glycopeptide : exceptionnel
*** Staphylococcus aureus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: staphylococcus-aureus
:END:
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non
sporulé
1. Facteurs de virulence
   Associé à la paroi:
   - *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi
     bactérienne -> diag (test d'agglutination)
   - protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la
     phagolytose
   Excrété
   - hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
   - coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole
     septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S.
     epidermidis)
   - staphylokinase : libère bactéries des emboles
   - *toxine* :
     - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique
       dermonécrotique
     - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation
       lymphocytes T)
     - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
     - entérotoxines thermostables -> TIAC
2. Habitat
   - 30% porteur sain (transitoire ou non)
   - Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement
     (vêtements+++)
   - Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané
     (aisselles)
3. Clinique
   - Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
   - Infection communautaires, associées aux soins
   - Infection toxiniques :
     - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
     - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou
       cutanée
     - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
     - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
   - Infections suppurative
     - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou
       profondre (abcèse, fasciite)
     - bactériémie, endocardite
     - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie,
       neuroméningées (abcès)
4. Diagnostic
   - Culture : non exigeante
     - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
     - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
     - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à
       coagulase négative)
5. Sensibilité et résistance
   Résistance fréquent à l'hôpital
   - β-lactamines :
     - phénotype sauvage sensible
     - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g):
       résistance pénicilline G, V, A -> ajout d'inhibiteur de
       β-lactamase
     - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les
       β-lactamines *et imipénème*. Souvent multirésistance aminoside,
       macrolide, fluoroquinolonie
       - vancomycine en 1ere intention
       - C4G possible mais pas en france
   - Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation
     enzymatique
   - Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec
     sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
6. Traitement habituellement actifs
   oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
*** Staphylococcus non aureus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: staphylococcus-non-aureus
:END:
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l'hôpital : matériel (prothèse,
  valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S. ludgunensis
  (infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
1. Staphylococcus saprophyticus
   - Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
   - Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre
     de masse/biochimiue
   - Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
   - Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
   - Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine

​#bacterio
** Proteus mirabilis
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: proteus-mirabilis
:END:
- Bacille gram négatif, *mobile*, oxydase négatif, nitrate-réductase
  positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut
  niveau, carbapénémase

​#bacteirio
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses
  bactériennes communautaires
- Microbiote digestive de nombreux animaux : /jejuni/ = oisaux, /coli=
  porc
- transmission animale -> homme par *alimentation* : surtout *jejuni*,
  *coli*, *fetus*
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
*** Pouvoir pathogène
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pouvoir-pathogène
:END:
- douleur abdo
- *gastro-entérique aigue fébrile* : (diarrhées aqueuse voire
  mucosanglange, fièvre , vomissement)
- bactériémie
- syndrome de l'intestin irritable
- syndrome de Guillan-barré
*** Diagnostic bactério
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-bactério
:END:
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
  - examen direct : en forme de S, non sporulé, en "vol de moucheron"
- culture : sélectif en microaérobie
- *oxydase+*, catalase souvent +
- MALDI-TOF
*** ATBgramme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: atbgramme
:END:
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M, céphalosporine,
  triméthoprime, streptogramine B
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- déshydratation
- si fièvre > 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée, femmes
  enceintes: *azithromycine*
- systémique : aminoside + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
*** Prévention: hygiène (eau, alimentation)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévention-hygiène-eau-alimentation
:END:

:PROPERTIES:
:ID:       b91599e0-badb-4004-a07b-7261a6b33f81
:END:
#+title: Campylobacter
​#+filetags: bacterio
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses bactériennes communautaires
- Microbiote digestive de nombreux animaux : /jejuni/ = oisaux, /coli= porc
- transmission animale -> homme par *alimentation* : surtout *jejuni*, *coli*, *fetus*
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
* Pouvoir pathogène
- douleur abdo
- *gastro-entérique aigue fébrile* : (diarrhées aqueuse voire mucosanglange, fièvre , vomissement)
- bactériémie
- syndrome de l'intestin irritable
- syndrome de Guillan-barré
* Diagnostic bactério
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
  - examen direct : en forme de S, non sporulé, en "vol de moucheron"
- culture : sélectif en microaérobie
- *oxydase+*, catalase souvent +
- MALDI-TOF
* ATBgramme
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M, céphalosporine, triméthoprime, streptogramine B
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
* Traitement
- déshydratation
- si fièvre > 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée, femmes enceintes: *azithromycine*
- systémique : aminoside + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
* Prévention: hygiène (eau, alimentation)

* Old
Bactéries [[Staphylocoques]] [[Campylobacter]] [[Proteus]]
[[Pseudomonas]] [[Streptocoque]] [[Entérobactéries]] [[Entérocoques]]
[[Neisseria]] [[Listeria]] [[Haemophilus]]

- TODO [[id:49cb0f96-854c-4a00-b072-4d98a06d6dda][Bactéries]]

[[file:Classification%20bactéries.md][Classification bactéries]]

* TODO

:PROPERTIES:
:ID:       49cb0f96-854c-4a00-b072-4d98a06d6dda
:END:
#+title: Bactéries
- [[id:ba0e9c3b-1479-40b1-9d29-49e2ae37a0b2][Staphylocoques]]
- [[id:b91599e0-badb-4004-a07b-7261a6b33f81][Campylobacter]]
- [[id:0e98750e-686d-43c0-b9e1-3cce3750e66a][Pseudomonas aeruginosa]]
- [[id:7499182a-5937-4e81-9e02-119607120c1c][Streptocoque]]
TODO
[[Entérobactéries]] [[Entérocoques]]
[[Neisseria]] [[Listeria]] [[Haemophilus]]
[[file:Classification%20bactéries.md][Classification bactéries]]

* TODO Répétition Ben
DEADLINE: <2024-06-09 Sun 16:00>

* DONE Répétition Ben
CLOSED: [2024-06-12 Wed 21:39] DEADLINE: <2024-06-09 Sun 16:00>

* TODO Monter dossier interCHU Biomnis
SCHEDULED: <2024-06-15 Sat>
/Entered on/ [2024-06-12 Wed 23:02]