Preparing for merge with zettelkasten
KFLC4I2NGCBQBKP52BGLJWATUBZTXA3NAFD4R4T7V3VBPRWCY7AQC
A5NGFG4O46S7XNR3DSZTEKPGEY4KC7IMJYF2TGGNFIEZ2P2NEF6QC
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JGMCSDW663DQSK7XSWDBPVYQE57ZBP7ZVZLSEXUJOQVE7KY6BB4QC
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BJRB4ISJOCIDQLMAZLR6HTZX7KZNZKNFV7S4E25H3FN763O3H7CAC
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KO3RU6L7MHCO7HXKBV2HVVA6JGOO35S5WCNKW345EN5LWCPNWTVQC
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XMAC6HVHQCBCT73FMEVC3C2TQUYQYV2EKDVVY2MBYJ74527TSS2AC
CDKGYS7FKMQ66TFMBK4PLCU5DLJKKJMAIHM7PTOW4P7CNSSROE6AC
FVH3VQNINM6QESOEO5BIBBE4OUPE2YB5UVXB52OFRBMOKWY4HMKQC
RWZ457JG7GN4JJKPRNLB22OHOGYSKR756OQUWLJDAEXRCHFBK42AC
#jap
On utilise ibus et anthy. Après installation, rajouter dans `.xinitrc`
```sh
export GTK~IMMODULE~=ibus
export XMODIFIERS=@im=ibus
export QT~IMMODULE~=ibus
ibus-daemon -drx
```
Éditeur
- Emacs : Ne fonctionne pas ?? On peut changer set-input-method et mettre en japonaisEmacs:
- Hélix : Fonctionne mais quelques soucis avec zellik
## Neovim
Japanese SKK est une possibilité mais en pratique, ne fonctionne pas bien pour les verbes (de mon expérience). Le plus simple est d\'utiliser ibus et un terminal qui supporte ça (st par exemple).
Pour kitty, il faut démarry kitty avec
``` example
sh -c "GLFW_IM_MODULE=ibus kitty"
```
cf <https://github.com/kovidgoyal/kitty/issues/469>
```{=org}
#+filetags: personal
```
Site: fdfmm.com/fdfmm1/video-1-bonus/
Il faut chercher dans les requêtes les fichier .ts. Ex:
vz-XXX-cdn.net/YY/1920x1080/video1.ts\' Puis on boucle sur les numéro de
vidéo for i in \$(seq 1 700); do curl
\'vz-XXX-cdn.net/YY/1920x1080/video\'\$i\'.ts\' PARAM~ADDITIONEL~ end
ls \*.ts \| sort -V \| xargs cat \> video.ts
Pour automatiser
1. GET sur l\'url de base
2. Extraire l\'url iframe
3. GET sur iframe (point) mediadeliver ...
4. Extraire la playlist dans le HTML de la réponse (mpeg-URL)
5. GET sur la playlist pour la liste des url de chaque morceau de la
video
6. GET sur chaque .ts
```{=org}
#+filetags: personal
```
# Freeze avec cat, less, vim...
Changer le MTU avec doas ifconfig XXX mtu 1300
#gentoo:w
Avec wayland, pas réussi à faire marcher nvidia.
Avec xorg, on suit la configuration de (gentoo)[https://wiki.gentoo.org/wiki/NVIDIA/Optimus] avec le /etc/X11/xorg.conf
https://wiki.gentoo.org/wiki/NVIDIA/Optimus/EDID_Xorg.conf_Example
Attention, le log est dans .local/share/xorg/xorg.log !
# 2023-07 Lac majeur
# 2020-09 Espagne
- San Francisco 2 December
- Yosemite 3 December
- Death Valley 4 December
- Las Vegas 6 December
---
title: Voyages
---
# 2012 Croatie
# 2015 Japon
Laure
# 2016 New York
Post-doc puis visite de New-York
Restaurant :
- New YorkRamen (ROKC)
- Éthiopien (assibybian)
- Soulfood (Jacob restaurant)
- Ukrainien (velsetska)
- Pizza (NY supreme pizza)
- Okonomiyaki (otafuku)
- Doughnut (doughnut plant)
- Chinese (dim sum palace)
- Vietnamien (Saigon shack)
- West African (B&B)
- Cheesecake (Eileen)
- Tacos (Los tacos 1)
- Vegan burger (by Chloe)
- Bagel (Murray's bagel )
- Caribbean (Freda's - Caribbean)
- BBQ (dinosaur BBQ)
- Pastramini (katz's)
- Indonesian (Java)
# 2016-12 États-Unis
tags: voyage
# Mazda 5
- [x] Embrayage \~70 000km
- [x] Amortisseurs \~80 000km
- [x] Vidange 84 800km
- [x] Filtre à air 96 900km
- [x] Injecteurs à \~105k
- [x] Vidange 115 000km
- [x] courrier de distribution 145 000km
```{=org}
#+filetags: pc
```
Raspberry:
- disque dur externe en ZFS monté sur /media
- torrents : books, music
- nzbget data dans nzbget, movies
- git-annex data dans data.git (besoin de cloner)
Fixe
- 1 disque FreeBSD en ZFS (zroot) dupliqué sur 2 disques
- 1 disque pour la musique en ZFS (data)
- 1 disque Gentoo
Git-annex
- dépôt central sur le raspberry
- 2 remotes : disque Gentoo and disque FreeBSD
#nix
https://github.com/NixOS/nixpkgs/blob/master/pkgs/README.md
## Bonnes pratiques
- Formatteur officiel (en cours d'adoption le 28 mars 2024, https://discourse.nixos.org/t/call-for-testing-nix-formatter/39179/5)
```sh
nix profile install nixpkgs#nixfmt-rfc-style
nixfmt package.nix
```
- éviter `rec` : `finalAttrs` plutôt https://nixos.org/manual/nixpkgs/unstable/#mkderivation-recursive-attributes
- Source
- mettre`pname` en dur dans `fetchFromGithub` https://github.com/nix-community/nixpkgs-lint/issues/21
- utiliser `hash` plutôt que `sha256` https://nixos.org/manual/nixpkgs/stable/#fetchurl
## Tests
- version = "unstable-YYYY-MM-DD" s'il n'y a pas de version
## Variables
- nativeBuildInput : si exécuté durant le build (ex: cmake)
- buildInputs : si utilisé à l'exécution ou ajouté dans la sortie (ex: zlib). Attention, il peut falloir ajouter aux 2 !
Les nouveaux paquets sont dans pkg/by-name
Tester dans nixpkgs qu'il compile
```
nix-build -A mypackage
```
Tester les dépendances
```
nix-shell -p nixpkgs-review --run "nixpkgs-review rev HEAD"
```
Regarder les variables d\'environement :
```
env
```
# Débugger un paquet
# Astuces
Utiliser nixGL https://github.com/nix-community/nixGL si l'on n'utilise pas nixos.
## Problèmes de drivers graphiques
[Débugger un paquet nix](Débugger%20un%20paquet%20nix.md)
# Nouveau paquet
+++
title = "Japonais"
date = 2021-09-30
+++
# 2021-09-30 Aya-sensei : Intro
# 2021-10-08 Aya-sensei : Leçon 9 (JFBP II)
## Vocabulaire
- 友人(ゆうじん): ami
- 募集(ぼしゅう): recruter
- 経験(けいけん): expérience
- 間に合う: être à l\'heure
- 遺伝学 (いでんがく): genetique
- 医大 (いだい): faculté de médecine
## Grammaire
### Modifier avec des clauses
- 雨ではない日: un jour sans pluie
- 経験が長い人: une personne avec beaucoup d\'expérience
# 2021-10-15 Leçon 6 (JFBP II)
## Vocabulaire
- 顔色: visage (ex: 顔色がよくありませんんね = tu n\'as pas l\'air
bien)
- 膝(ひざ): genou
- 蜂蜜(はちみつ): miel
- 賑やか(にぎやか): animé (ville)
- むりをする: en faire trop, むり(な): impossible (むりできる ne pas
pouvoir)
## Grammaire
### Adverbes
- 早く起きました
- ーてきます: Partir faire quelque chose et revenir rapidement
- 本を借りてきて
- ーた ほうがいいですよ: il serait bien que tu +++ Attention, forme en
ーた!
- 風邪をですか。じゃあ、家に帰って休んだほうがいいですよ Attention, la
forme négative n\'utilise pas la forme en ーた
- 煙草(たばこ)を吸わないほうがいいですよ
# 2021-10-21 Leçon 3
## Vocabulaire
- 頭(あたま)/歯/喉 がいたい(あたま): mal à la tête/dent/gorge
- 気分(きぶん)/調子(ちょうし) がわるいんです: je ne me sens pas très
bien (調子 semble être plus général) =\> おなかの調子がわるいんです
- 怪我(けが):blessure =\> 手/足(あし)/指(ゆび)に怪我をしたんです
- 風邪をひく Marche aussi pour インフルエンザ mais pas pour le
covid+++
- 二日酔い(ふつかよい): hangover (\"2eme jour\")
- 寝不足(ねぶそく):insomnie
- 時差ぼけ(じさぼけ): jet lag
- ーができます:
- 嚔(くしゃみ)ができます: éternuer
- 咳(せき)ができます: tousser
- 鼻水(はなみず)ができます: avoir le nez qui coule
- 欠伸ができます: bailler
- アレルギー: allergie
- 花粉症(かふんしょう): rhinite allergique
- covoiturage: ライドシェリン(?aya-sensein) 相乗り(wiki)
- 犬がきらい: détester les chiens
## Grammaire
### ーていません: Pas encore:
まだ書いていません (je suis en train) レポートは書きません (je ne le
ferais pas \[c\'est facultatif !\])
- ーんです: expliquer
まだ書いていないんです (je suis en train)
# 2021-11-06 Quizz + Leçon 7
Solution du quizz
I. 1. に 2. に 3. に 4. が 5. で(?) II. 1. これから 2. そろそろ (まだ =
OK) まだ 3. 実は これから III. 1. もってくる+んです。2。帰った 行く した
買った
## Vocabulaire
- さっき: il y a un moment
- こんど: cette fois
- それから: \"après ça\" (pour faire la jonction entre 2 parties
d\'une phrase ex: 熱(ねつ)があるんです。それから病院に行ってきました
- これから: à partir de maintenant
- 浴びる(あ): se laver (douche), se baigner
- 洗う(らあ): nettoyer (ex une cabine de douche)
- お大事に(おだいじ): prenez soin de vous\
- 用事(ようじ): tâches à faire
- つごう: pratique
- きかい: opportunité
- 薬(くすり): médicament (attention, ressemble à たのしい)
- 昼休(ひるやすみ): la pause déjeuner
- 会議(かいぎ): réunion (différent de 会話(かいわ): discussion)
- ボックスを開く(ひらく): ouvrir des boites (carton)
- ポスターを貼る(はる): accrocher un poster
## Grammaire
- V + 前に(まえ) : avant de \~ Attention, pas de passé ni de négatif
! Ex: 日本に来る前に、日本語の勉強を始めました \~ てから: après
# 2021-11-13 Fin leçon 7
## Vocabulaire
- 卒業(そつぎょう)
- X と遊び: jouer avec quelqu\'un (ou un animal) Mais X で遊び: jouer
avec un objet
- メールをチェックする: vérifir ses mails
- 化粧(けしょう): se maquiller
- 他(ほか):autre (ex: personnes)
- éducation au Japon:
- 小学校(しょうがっこう):école primaire
- 中学校(ちゅうがっこう): junior high school \~ collège en
France
- 高等学校(こうとうがっこう): senior high school\~ lycée en
France
- 狩猟(しゅりょう): chasse
- 猟師(りょうし): chasseur
## Grammaire
- \~てから: 2 sens
- succession d\'action, ex: 食べてから、飲んて、読んて (note: plus
de から après la première action)
- depuis \~, ex:
日本に来てから、ずっと日本語の勉強をしています=j\'étudie le
japonais depuis que je suis arrivé au japon)
- \~前に: avant \~ (forme du dictionnaire, cf leçon précédente)
- の時(とき)/ adjectif en i い時/adjectif en na な時 = quand ex:
3さいのとき、: quand j\'avais 3 ans
# 2021-11-27 Fin leçon 7
## Vocabulaire
- 熊に注意(くまにちゅうい): attention à l\'ours !
- 転職(てんしょく) changer de travail
- 就職(しゅうしょく) trouver un travail
- 退学(たいがく) être viré de l\'unversité
- 子供ができるêtre enceinte
- 婚約する(こんやく)se fiancer
- しりあう: apprendre à connaître quelqu\'un
- 生まれる(うまれる): être né
- 試験を受ける(うける):passer un examen
- 離婚する(りこん): divorce
- ずっと仕事を続ける(つづける): continuer à travailler
- 受験」(じゅけん): examen d\'entrée à l\'université
- 高2のとき(こうに) : (abrégé) quand j\'étais en 2ème année de
lycée (senior high school)
- Alex とよんでください: vous pouvez m\'appeller Alex
- 経済(けいざい): économie (matière)\
- 二年後(ご): 2 ans après
- X 前と後に半年ずつ : 6 mois (1/2 année) avant et 6 mois après X
(ずつ = chacun)
- 営業部(えいぎょうぶ): le département des ventes d\'une entreprise
## Grammaire
- bien que : ときも、~ ex: bien que j\'aie attrapé froid, je dois
travailler 風邪を引くときも、働かなければなりません (NB: il y a
aussi のに et ても)
# 2021-12-11 Leçon 8
## Vocabulaire
- 塾(じゅく): cours du soir au Japon
- 辺り(あたり): (dans) le voisinage
- ずいぶん: très
- 2中(ちゅう): 2e année de junior high school (= collège)
- 2日前(ふつかまえ): il y a 2 jours (attention à la lecture !)
- 登り降り(のぼりおり): montée et descente = \"altitude\" d\'une
course
- 一位(いちい) la première personne d\'une course, etc
- 大勢(おおぜい)の人が+++ : comme il y avait beaucoup de monde
- 人前(いちにんまえ)) : portion pour 1 personne
- 3人前(さんにんまえ): portion pour 3 personne
- 届ける(とどける): délivrer
- 休暇中(きょうかちゅう): en vacances
- 小さなマラソン:course
## Grammaire
- ~になります Ajectif en -i : remplacer i par く+ なります
忙しい 忙し くなります(いそがしい) Ajectif en -na et nom : ajout
de に 有名になります 教師になりたい(きょうし)
- Rappel : forme en -て de なります : ないて On peut combiner donc :
春(はる)にないて、あたたかくなりました
- ここに来るとき: sur le chemin, en venant ici
# 2021-12-18 Leçon 9
## Vocabulaire
- 預かる(あずかる):garder, s\'occuper de
- 設計図(せっけいず):plan (de construction)
- 吹き出す(ふきだす):exploser, éparpiller
- スキー場(じょう): une station de ski
- 売店(ばいてん): petite boutique (ex: en gare+++)
- 拾う(ひろう): ramasser
- 席(せき): siège
- 書く(かく): écrire (un sms)
- 過ごす(すごす): passer (du temps) ex: クリスマス誰と過ごすの: avec
qui vas-tu passer Noel ?
## Grammaire
- A とき、B: \"quand\" A, B (A = forme du dictionnaire) Si A est au
passé, A est \"fini\". Sinon. A est en cours Cela explique les
différentes nuances :
- A et B sont présent ou passé = A puis B: ex:
新聞を読むとき、眼鏡をかけます しんぶん めがね
享年ドイツに行ったとき、ビールをたくさん飲み成した
- A au présent et B au passé : avant A, j\'ai fait B ex:
日本に来るとき、空港で買いました (くうこう) avant de venir au
japon, je l\'ai acheté
- A au passé et B au présent : futur ? ex:
日本に来たとき、空港で買います (くうこう) Subtilité :
新幹線に乗るとき、ビールを買いました = avant de monter, il a
achéte de la bière (= sur le chemin)
新幹線に乗るとき、ビールを買います = action habituelle (il
achète de la bière avant d\'y monter)
しんかんせん
- citation \~林さんは「教徒に行きます」といっていました= directe
\~林さんは教徒に行くといっていました = indirecte
# 2022-01-08 Lecon 9
## Vocabulaire
- 陰性(いんせい): négatif (test, ex: covid)
- 陽性 (ようせい): positif (test, ex: covid)
- 駅(えき): gare peut aussi être utilisée pour le métro, si le
contexte est clair
- 転ぶ(転ぶ):tomber de sa hauteur
- 落ちる(おちる) :tomber (mais de haut) Nature
- 木(き): arbre
- 森(もり): forêt
- 林(はやし): forêt
- 緑(みどり): verdure
- 池(いけ): mare
- 空気(くうき): ciel
- 畑(はたけ) : champ
- 田んぼ(たんぼ): rizière Urban life
- マンション: immeuble
- 道路(どうろ) 道(みち): route
- 橋(はし): pont
- 工場(こうじょう): usine
- 駐車場(ちゅうしゃじょう): parking
- 商店街(しょうてんがい): rue commerciale
- ガソリンスタンド: pompe à essence CHange:
- できる: être construit
- なくなる: démolir
- かわる: changer
- (きれいになる: rénover - 汚くなる(きた): se dégrader
- 広くなる(ひろ)devenir plus large - 狭くなる(せま): devenir plus
étroit
## Grammaire {#grammaire-7}
- ~ と思います:je pense que X Verbe と思います na-ajectif +
だ/ではない と思います i-ajectif と思います A は~と思っています: A
pense que X (attention !)
- いい -\> よくない(négatif) NB: よかった(passé), よくなかった (passé
négatif)
# 2022-01-16 Lecon 9
## Vocabulaire (cf Anki)
## Grammaire {#grammaire-8}
Transforner une phrase en nom avec の
明日の会議にでるのは、かどうさんです
Attention, il faut mieux mettre が ミルズさんが出張に行くのは 来週です
# 2022-01-29 Leçon 9
## Vocabulaire
Cf Anki
## Grammaire {#grammaire-9}
Nominalisation (suite) Rappel : マリアさんは出張に行くのは来週です On
peut également utiliser のが (qui s\'apparente à ことがあります)
子供ど遊ぶのがすきです お菓子を作るのがじょうずです ou のを selon le
bsoin お金を払うのをわすれました メール返事だすのをわれれました
# 2022-02-13 Leçon 10
- ので = \"donc\". Comme から mais plus poli - -いので - nom/adjectif
en
- na+なので On utilie la plain form ! - ありません-\>ない
- お金がないので、何も買いません - です-\>な - でした-\>だった
- 雨だったので、どこにもでかけませんでした
# 2022-02-27 Lecon 10
Discussion surtout + ので
# 2022-03-20 Leçon 10
## Grammaire {#grammaire-10}
Potentialité: on peut utiliser できます ou la forme potentielle
### forme potentielle
- Verbes réguliers I : う-\> える
- 合う ー>会える
- 話す ー>話せる
- Verbes réguliers II : る-\> られる
- 食べる ー>食べられる
- 見るー>見られる
- irréguliers 来るー>来られる(こ) する ー>できる
# 2022-03-20 Leçon 10
Discussion surtout
# 2022-03-27 Leçon 10
Vocab surtout
# 2022-04-10 Leçon 11
Discussion surtout
## Grammaire {#grammaire-11}
X よう: \"volitionel\" = \"faisons X\"
- る de la forme du dictionnaire -\> よう ex: 見るー>見よう
- pour les regular I : う-\> おう 飲むー>飲もう
X ようと思います: je pense faire X ex:
# 2022-04-24 Leçon 11
## Grammaire {#grammaire-12}
ことになりました : il a été décidé pour moi (c\'est un évènement
unique). Ex: il a été décidé que je déménage ことになっている : il est
convenu = c\'est une habitude ! Ex: il est convenu de ne pas fumer ici
# 2022-06-12
## Grammaire : questions indirecte
Je ne sais pas si
- quesion oui/non : verbe/ajectif + どうか
- 予約できるか どうか わかりません = je ne sais pas si je peux
faire une réservation
(よやく)
- 便利かどうかわかりません
- question \"quoi, qui+++\": pas besoin de どうか
- 何の医者なるか わかりません = = je ne sais pas quel sorte de
médecin je veux être
- どこに 行くか おしえてください : dis moi ou aller
Il y a une subtile différence entre どうか et か : premier =
\"whether\", second = si
# 2023-02-26 - Aya-sensei : discussion
Grammaire -ta koto ga arimasu : déjà fait
- ちゃんと : suffisamment
- 飼う(ka): avoir un animal
- いがくせいぶつがく 医学生物学 = biologie médicale
- sample = sample
- かんじゃ 患者 patient
- けんきゅう 研究 recherche
- けっか 結果 résultat
- はんしょくき 繁殖期 saison de reproduction
# 2023-03-12 - Aya-sensei: lecmon 11
## Vocabulaire
- zenkai : la dernière fois
- compter des verre = \"pai\" ippai = 1 verre, nippai = 2 verres
- saikin = bactéries
- sakkinn = stériliser
- c'était plus loin que ce qu'il mavait dit = ita yori mo+++
- chuushiki = seringue
- doggu = outil
- けっか 結果 : hépatite B
TODO: vocab sur skype + skilled
## Grammaire {#grammaire-13}
forme en -ou + to omoimasu
nakerebanarimasen NB: -nasai = injonction (bossy !)
# 2023-03-25
## Vocabulaire
- 雪は山の上に行かないとないですか = il faut aller en haut de la
montagne pour avoir de la neighe (double négatiionidiomatic)
- 夜勤 j(やきん) = garde (tochaku = plutôt pour les gens de la
sécurité+++)
- 能力(のうりょく) = capacité à faire qqc
- 認める(みとめる) = reconnaître
- 能力が認められれば色々な仕事をすることができます。
- 教わる = apprendre
- 子供のような態度(たいど) = se comporter comme un enfant
- 〜だと言われました = il a été dit que +++
- 落ち着く = se calme
- びっくりします = être surpris
- あんしんします = être soulagé
- がっかりします = être décu
- こまります = avoir des diffculté, être troublé
- さびしい = se sentir seul
- うれしい = être content
- かなしい = être triste
- はずかしい = être embarasssé
- きもちがいい/わるい
- ざんねん\[な\]. = regretter (une situation)
- しんぱい\[な\]
## Grammaire {#grammaire-14}
-te vs -node -te = pour décrire un sentiment, une sensation -node =
demander une permission, être poli
\'can we use Feeling+て+++, not only 〜て feeling+++?\' Yes, for
example:
ロキくんがいなくなってさびしくて、ごはんが食べられません。仕事のことがしんぱいで、ねむれません。
These work with feeling+て (giving a reason) as it\'s followed by
potential verbs.
# 2023-04-02 Listening comprehension 「日本のおもしろい経験」
## Vocabulaire
- 経験(けいけん) expérience
- 特に(とくに) particulièrement
- 珍しい(めずらしい) rare
- 不味い(まずい) ayant mauvais goût (nourriture)
- 何でも : totu
- ニヤニヤする : sourire, grimacer
- 不安な(ふあんな) : se faire du souci (\"non\" + \"sécurité\")
- 体にいい(からだ) : être bon pour la santé
- 一生に一度(いっしょうにいちど) : une foi dans sa vie
- もう\~ない : après tout
- 焼き(やき) : grillé (ex: yakiniku)
- 興味(きょうみ) : intérêt
- 野菜(やさい) : légume
- ムール貝(がい) : moules
- 城(しろ) : château
- 蜘蛛(くも ) : araignée
# 2023-04-11 Tue\> Listening comprehension 「満員電車」
Travail sur comprehension
- 満員電車(まんいんでんしゃ): un train bondé (NB: bondé peut
s'utiliser pour d'autres type de transport)
- 第一ン章(だいいちいんしょう): première impression
- 込む(こむ) : être bondé
- 空港(くうこう): avion
- 医学生物学 (いがくせいぶつがく) : biologie médicale
- 民間研究所(でよかったです) laboratoir privé
- 救急医療室(きゅうきゅういりょうしつ) : urgence
- 単語(たんご ) : vocabulaire
- 昼(ひる ) : midi
- ある日(ひ) : un jour
- 〜に限らず(かぎらず): ne pas se limiter à (forme en -zu)
- 国民( こくみん) : citoyen
- 引退 (いんたい): retraite
- 選(えらぶ) : choisir
- いきなり
- 〜みたいです
Note: 「いつも同じ電車に乗ります」= Always, I ride on the same train.
「いつもと同じ電車に乗ります」= I ride on a train that I always use/ride
le premier = plus l'accent sur \"toujours\"
# 2023-04-22
## Vocabulaire
- 泊まる(と) : rester (à un hôtel)
- 翻訳(ほんやく): traduction
- 時給(じきゅう): salaire horaire
- いいアイデアです: une bonne idée
- 編み物(あみもの) : couture
- 衛生検査所(えいせいけんさじょ): laboratoire de biologie
- ベルトコンベアう: tapis roulant
- 看護師(かんごし): infirmière
- コンサルタント: consultant
- 医者は貧血の検査をするためサンプルを分析した : le doctor a fait une
analyse de sang sur un échantillon pour anémie
いしゃ ひんけつ けんさ ぶんせき
## Grammaire {#grammaire-15}
Voir [*Grammaire : questions indirecte*]{.spurious-link
target="*Grammaire : questions indirecte"} Prochaine leçon : travailler
questions indirecte
# 2023-05-06
## Vocabulaire
- 助けられるかどうかわかりませんでした : je ne sais pas si je peux
aider (attention à la possibilét)
- 審査員(しんさいん): jury (ex: de thèse)
- 方向( ほうこう): direction
- 質問というより、会話のようでした: c'était plus une conversation que
des questions
- 国民の休日( こくみんきゅうじつ): jour férié national
- 修理(しゅうり): réparer
- おの : hache
- 刃(は): lame
# 2023-05-29
## Vocabulaire
Microbiologie
- 半日(はんにち) : une demie journée
- 一日(いちにち) : un jour
- 一日中(じゅう)toute la journée
- 二週間に一度の日曜日: le samedi d\'il y a 2 semaines
(にじゅうかん) (いちど) (にちようび)
- 選ぶ(えらぶ)choisir
- 人権(じんけん)droit de l\'homme
- 細菌(さいきん)bactérie
- 結果(けっか)résultat, conséquence
- カビ moisissure
- 生ぬるい(な)tiède
- 細菌(さいきん) を 培養します(ばいようします) : les bactéries
poussent
- 決める(き)décider
大阪(おおさか)に残って(のこって)好きな仕事を続けましょう(つづ):
reste à Osaka et continue à faire le travail que tu aimes
- 悩み(なやみ) souci
- アドバイス: conseil (donner) != 相談(そうだん)= conseil
(demander)
- 年上(としうえ): être plus agé
- 付き合う(つきあう): sortir avec
- 愛す(あいす) aimer
- どうしたらいい: que faire
- 急に(きゅうに): soudainement
- 場合(ばあい): cas, situtation
# 2023-06-04
## Grammaire {#grammaire-16}
V-といいです: Il faudrait que tu V ex:
「頭が痛いです」「水を飲むといいですよ」
v-たらどうですか: il serait bien que tu V ex:
「水の飲んだらどうですか。」
ne rien X nanino tabemasu nanio hanusu koto ga arimasu
nogaku narimasu = ?? nariso ???
## Vocabulaire
- 自動( じどう ): automatic
- 何日間: how many days
togaru = avoir très envie de
# 2023-06-25
## Vocabulaire
- 法的 ( ほうてき ) : légal
- 法的にギリギリ ( ほうてき ) : être dans une zone grise lélagement
- 法的にどうかはわかりません : je ne sais pas si c\'est légal
- 医学書(いがくしょ): livre de médecine
- 温暖化(おんだんか ): réchauffement climatique
- 晴れています(は): il fait beau (noter la forme en -te imasu)
-木工(もっこう) : menuiserie
- 解決(かいけつ) : résolution
- 諦める (あきら ) : abandonner
## Grammaire {#grammaire-17}
Rappel
- 〜たことがありません : ne jamais avoir fait
- 〜たことがありませんでした : ne jamais avoir fait (mais maintenant
c\'est fait !)
\~にくい: difficile de
- 行きにくい : difficile à atteindre
# 2023-07-09
## Vocabulaire
- 傷つく(きず ): être blessé
- 水流(すいりゅう): courant de la rivière
- 体力 (たいりょく ): endurance mais aussi force physique (selon
contexte)
- 初心者(しょしんしゃ): débutant
- 処方箋(しょほうせん): prescription médicale
- 出張 (しゅっちょう ) : voyage d\'affaire
- 危険 (きけん) : danger
- 渓谷 (いこく ) : gorge (canyon)
- 沢登り (さわのぼ ) : remonter un canyon
- 懸垂下降( けんすいかこう ) : rappel (escalade)
- 水泳 (すいえい ) : nage
- 飛び込み (と-こ-) : saut
# 2023-07-23
## Vocabulaire
- 埋め立て地 (う た ち): décharge (déchet)
- その当時(とうじ): à ce moment (passé)
- 成功(せいこう): réussite
- 大成功
- スタジオ: studio de cinéma
- 〜作品 ( さくひん ): compteur pour les films
- 普通は(ふつう は): d\'habitude (?)
- 一度(いちど): une fois
- 〜が待ち遠しいです: avoir hâte de +++
- トビ: milan noir
- 主題 しゅだい : sujet, thème (film, composition..)
- 試験に合格する(しねん ごうかく) : réussir un examen
- 試験に 落る(おち) : échouer à un examen
- 試合に勝つ(しあい かつ) : gagner un match
- 試合に 負ける(ま): predre un match
- 鞄をを忘れる(わ): perdre son sac
- 財布を落す(さいふ おと): perdre un portefeuille
- 寝坊する (ねぼう): trop dormir
- 会議 送れる(かいぎ おく): être en retard pour une réunion
## Grammaire {#grammaire-18}
décrire un état: verbes + te, emotion
- 嬉しかった(うれ): être content
- 驚きました(おどろ): être surpris
- 悔しかったです(くやし): être déçu/fustré
- がっかりしました: être indifférent
- 困りました(こま): être embêté
- 大変 たいへん: c\'est horrible
- 恥ずかしかった(は)Ê: être embarassé
Ex: 試験に合格して、嬉しかったです
# 2023-08-06
- 早めに(はや) : en avance, rapidement
- 地方(ちほう): région (adminstratif)
- 朝型 (あさがた): être une personne matinale
- 夜型 (よるがた): être un personne du soir
- 瞑想(めいそう): méditation
- メディテーション: méditation
- 機能しません(きのう):ne pas être fonctionnel i.e ne pas être
réveillé
- 運動する(うんどう): faire du sport
- 朝起ききたごの2時間 (あさおき ご): 2 here après s\'être levé
tôt
- 絶食(ぜっしょく): jeûne (mais ne marche pas pour le jeûne
intermittent)
- 担当(たんとう): être responsable de
- 苦になりません(く): faire disparaître les soucis
- 何もする気になれない(なに き): n\'avoir rien envie de faire
- 最初(さいしょ): début
- 向上が見られない(こうじょう): être sur un plateau (\"ne plus voir
de progrès\")
- 集中(しゅうちゅう)できます: puvoir se concentrer
- やる気(き): la motivation, volonté
- 遅刻(ちこく) : retard (être en retard+++)
- 必須(ひっす) : obligatoire, indispensable (ex: un cours)
- 必須科目(ひっすかもく) : une matière obligatoire (école)
# 2023-09-17
## Vocabulaire
- 観光(かんこう): tourisme
- 検査技師 (けんさぎし): technicien de laboratoire
- すべる : glisser
## Grammaire {#grammaire-19}
- verb + づらい: difficile de faire V
- ex: 辛い つらい
- ex: 一緒に仕事しづらいです
- \~ぶりに : depuis \~ (idée que beaucoup de temps s\'est écoulé)
四年ぶりにパラグライダーをまた始めました。
# 2023-10-01
## Vocabulaire
- 空(から): vide
- ほとんど : la plupart
- 蒸します(むします) : cuire à la vapeur
- 蒸し器(むしき): un cuit-vapeur
- ボツリヌス中毒(ちゅうどく): empoisoinnement par botulisme
- 何日後(なにちこ): il y a combien de jours ?
- 少々 お待ちください(しょうしょう おまち): attendez un peu
- 用意します (ようい):
- 連絡(れんらく) : contact
- 連絡先(れんらくさき): contactio informatdion
- ガスボンベ: bouteille de gaz
- 一日(いちにち)
- 目玉焼き(めだまやき)
- ミディアムレア : saignant (cuisson)
- レア : bleu (cuisson)
- 焼く(やく) : griller
- 目玉焼き(めだまや ): oeufs au plat
- 18 000 = まん はち せん 4月 一日と2日、3名
なんんですが。。。(しがつ ついたち ふつか): une réservation du 1er
au 2 avril (2 nuit). Attention à la lecture
## Grammaire {#grammaire-20}
- \~かもしれません: peut-être
- ーたら vs ーとき:
- ーたら : si \~, alors +++
- ーとき: quand \~, alors..
La différence vient du faire que tara est une période de temps assez
flou (i.e pas tout de suite)
# 2023-11-19
## Vocabulaire
- 住んでいる (す) = habiter
- 人口は 5 万人 ( じんこう ) (ごまんにん) : une population de 50 000
- へきち( 僻地 )= arrière-pays
- びょういん hopital
- 突き崩す (つきくずしました) = razer
- A と B の間にを建てました (あいだ) (た) : construire entre A et B
- 貸す(かす) = prêter
- 家賃が安い (やちん やすい): le loyer n\'est pas cher
- シェアアパー = coloc
- 借りる(か ) = louer
今の病院のあまりよくない所(点)は緊急医療室の忙しさです。
- 寮(りょう) : internat (\"dormitory\")
- 洪水(こうすい) inondation
- 泥(どろ) : boue
- どろどろ boueux
- 体操 たいそう gymnastique
- 体全体 (からだ ぜんたい) : tout le corps
- 健康 けんこう santé
- 普通 ふつう normal, ordinaire
- 内科 ないか : médecine interne
- 外科 げか chirurgie. Ne pas confondre 料 (matériale, ex: cuisine
りょうり 料理 avec 科 (département)
- いい人 une bonne personne
- 悪夢 あくむ un cauchemar
- いい所 (ところ) : un point positif. Exemple
今の病院の方がいい所がたくさんあります。 il y a beaucoup de points
positifs par rapport à mon hôpital actuel
## Grammaire {#grammaire-21}
Nominaliser un adjectif
- en -i -\> remplacer par -sa. いそがしい -\> いそがしさ
- en -na -\> remplacer par -sa へんな -\> へんさ
今の病院のあまりよくない所(点)は緊急医療室の忙しさです。
après X: -てから. Exemple : après être allé : きってから
# 2023-12-17
## Vocabulaire
- おゆがわく:mettre de l'eau à bouillir (passif)
- おゆをわかす : faire bouillir de l'eau (actif)
- 肉をやく: mettre de la viande à cuire
- 肉がにえる : faire cuire de la viande
- やすいを入れる : mettre des légumes
- ダンボール箱: carton (de déménagement)
- 食用(しょしょう): comestible
- 役に立たない: être inutile
- 説明する(せつめい): expliquer
- 美術館(びじゅつかん): musée d'art
- 自由時間: moment pour soi
- 過ごします: passer du temps
- 食堂(しょくどう: catine
- 集まる: rassembler
- 怖がり(こわい): timide, peureux (forme en -gari)
-ポット: thermos (attention, faux ami)
- 着く(つ ): arriver
- 2時すぎ: un peu après 2h
- 旅館: ryokan
一れつに おならびくあさい: faites une line (= queue) svp
## Grammaire {#grammaire-22}
- らしい
- Révision -たら
- compter les animaux : pikki
- petit animaux (chien, chat): 匹 (ひき
- lapins, oiseaux : 羽 (wa)
# 2024-01-21
## Vocabulaire
- sorekara = pour succession d'action
- sorenara = dans ce cas (propose une solution alternative)
- 毎月 (まいつき) = tous les mois
- 電話代 (でんわだい ) = facture de téléphone
- 電話料金 ( でんわりょうきん ) = frais de téléphone
- 月額 ( げつがく ) : somme mensuelle
- データ通信量(つうしんりょう): débit internet
- プランを変えました : forfait téléphonique
- お年寄り(としよ) : personne âgée
- 観光 ( かんこう ): touriste ("celui qui voit la lumière")
- 説明 : explication
## Grammaire
- Il n'est pas obligatoire de : ~ なくてもいいです
- Ex. もうワクチンは受けなくてもいいです
# 2024-01-28
## Vocabulaire
- 避けます(さけます) : éviter
- 健康 (けんこう) : santé
- 味 (あじ) : goût (nourriture)
- あまり好きではない : ne pas trop aimer quelque chose
- 神の雫 (かみのしずく) : les gouttes de Dieu (manga)
- 旅館 (りょかん)
- 旅行 (りょこう) : voyage
- 図書館 (としょかん ): bibliothèque
- 一日中 (いちにちじゅう) : toute la journée
- 早い話が (はやい) (はないしが) : pour faire court+++ (expression)
- 曲げます (ま) : se déformer sous (ex: subir la pression (en société par exemple))
- この席 空いていました 席 (おいて)
- そうだん になります: je vais te conseiller (on va regarder ça ensemble)
- たすかります : je vais t'aider (formule de politesse)
- 用意ができたら 、出かける 予定です (ようい) (ようてい): je prévois de sortir quand je serai prêt
# 2024-03-09
## Vocabulaire
- くわしい :
- 老人ホーム : maison de reraite
- 日程を決める : réserver une date
- 下書き : brouillon
- 自信がある : have confiance
- 地震 : tremblement de terre
- 夜の12時ごろ : vers minuit
- 脳の体力 : "endurance mentale"
- 選択の余地がない : je n'ai pas le choix
- 選択ができません : je n'ai pas le choix
- 〜しないわけにはいかない : je n'ai pas le choix (être obligé de )
- 明日遅れることが一番 : il vaut mieux être en retard demain
- 明日送れることが一番 : il vaut mieux l'envoyer demain
- まったく知らないわけではない : ce n'est pas comme s'il ne savait pas (= il sait faire)
## Grammaire
- あまり〜ていない: peu de ...
# 2024-03-31
## Vocabulaire
- 海外旅行 (かいがいりょこう): voyage à l'étranger
- リメイク : remake
- 同じレストランに二度行くようなこと : c'est comme aller deux fois de suite dans le même restaurant
(ふたたび)
## Grammaire
ーてきます pour exprimer un changement. Ex: 人工(じんこう)がふえてきました = la population a augmentée
# 2024-04-28
## Vocabulaire
- さしぶり est composé du préfixe ぶり, qui peut être utilisé avec d'autres durée. Ex 一年ぶり = cela fait un an que l'on ne s'est vu
- 宣誓する (せんせいする): prêter serment
- 婚約(こんやく): fiançiailles
- プレゼンテーション : présentation
- 留守(るす)する: être absent de la maison
- ちょうど良い : être exactement (de la bonne taille, longueur...)
## Grammaire
- -たら = si. On utilise la forme en -た en rajoutant ら. Ex: さむかったら、。。。
directory.default.set = \~/downloads schedule2 =
watch.directory,5,5,load.start=\~/downloads/watch/rtorrent/\*.torrent
network.port~range~.set = YYYYY network.port~random~.set =no
pieces.hash.on~completion~.set = no pieces.hash.on~completion~.set = no
trackers.use~udp~.set = yes encryption =
allow~incoming~,enable~retry~,try~outgoing~ dht.mode.set = disable
protocol.pex.set = no network.http.ssl~verifypeer~.set = 0 encoding.add
= UTF-8 network.xmlrpc.size~limit~.set = 2097152
system.file.max~size~.set = -1 session.path.set = ZZZ
network.bind~address~.set = XXXX network.scgi.open~port~ = XXXX execute2
= YYYY
Configuration Rtorrent
* Décembre 2023
Dermato :
- finastéride : efficacité tès modeste (+10% densité cheveux) : préféer minoxidil
Hépato-gastro :
- éviter argiles car polluées par le plomb (Smecta) pour diarrhée, RGO. RGO non compliqué : Gaviscon (antiacide sans argile)
- neuroleptique antiémétique : métoclopramide (Primpéran) plutôt que dompérindone, dropérido, métopimazine (Vogalène)
Pneumo
- éviter Toplexil pour la toux (anthistaminique H1, EI disproportionné). Au pire, dextrométhorphane (opiode)
- éviter décongestionnaire (vasoconstricteurs, eg éphédrine)
- éviter bupropione pour sevrage (nicotine faute de mieux)
Avantages
- Avec l\'interface via Julia, on génère rapidement une figure (plus )
- utile pour les site web
- permet la modification des données
- milieu académique d\'une équipe qui travaille sur la visualisation
de données
Inconvénients
- la version \"native\" n\'est pas pratique pour automatiser la
création de graphe
- orienté statistiques donc affichage de fonctions (ex: sinus)
possible mais un peu moins pratique
- impossible pour le moment d\'avoir la même légene pour des lignes et
point : <https://github.com/vega/vega-lite/issues/3797>
- utilise d3 donc dans le navigateur
- par défaut, les graphes sont très petit
#plot
Générer un VCf minimal
##fileformat=VCFv4.2
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT sample
chr1 8516 rsXXX C T 247.71 . . . .
Remplacer les espaces par des tabs si besoin puis indexer le fichier pour avoir les contig
sed 's/\s\+/\t/g' sanger.vcf -i
bgzip sanger.vcf
tabix -p sanger.vcf.gz
bcftools view sanger.vcf.gz
#bioinfo
# Backbone
- tweaknews (30€ pour 1 an en promo black friday) =\> assez utile pour érie
(Elementary)
- Newdemon (10€ pour 6mois en promo black friday) =\> eu
utile ?
# Indexer
- NZBgeek (5€ pour 6 mois) =\> plutôt utile NZBplanet (10€ pour 1 an) =\>
eu utile pour le moment
- DrunkenSlug (version gratuite) =\> limité 10 / our mais complète bien
- Dognzb : redondant avec drunkenslug ? Cher à 20€ mois
- nzb.su : ont le monde diplomatique mais
# Logiciels
- [[NZBget]]
- nzbhydra2 = aggrégateur. Attention à bien le sécuriser pour certains sites privés...
- sonarr pour séries
- radarr pour films
- bazarr pour sous-titres
# UTF8 et Bytestring en Haskell
(From \@Melissa on discord #haskell-beginners)
Un `Text` (et String) correspondent à une séquence de *codepoint* unicode. Ils sont des nombres avec une propriété.
Par exemple U+0065 est `e` (LATIN SMALL LETTER e).
Le problème est qu'un fichier ne contient que des octets. Il faut donc les traduire, ce sont des encodages.
UTF-8 est le plus populaire. Il a pour propriété que tous les caractères ASCII tiennent sur un octets qui est exactement leur représentation ASCII.
Pour les autres, ils peuvent prendre plusieurs octets. Par exemple, `é` correspond à 195 162 (donc 2 octets).
# Écrire des caractères sous Linux
Activer ibus et définir un raccourci dans "Emoji" -> "Unicode set point". Ex: Ctrl-Shift-U
Puis l'utiliser et taper 2245 (pour U+2245) et faire "espace". On aura un signe approximatif.
#encoding #haskell
Alternative à latex en beta début 2024 mais avec un client en ligne fonctionnel. Attention, pas plus de 100 fichiers dans la version gratuite.
Pas encore de version payant en mars 2024
# Astuces
Découper un document en plusieurs fichier
```typst
#include "lol.typ"
```
Par contre, ce n'est pas du preprocessing. Donc si on veut définir des variables, il faut les mettre dans un fichier template.typ and faire
```typst
#import "template.typ": *
```
Définir un style global
```typst
#set figure(kind: table)
```
Pour les packages, il faut pra contre définir des fonctions
```typst
#let cooltable = tablex.with(stroke: red)
```
# Librairies
- Cetz: alternative à tikz
- fletcher : utilisé pendant la thèse pour des flowchart. Assez pratique
#typography
--------- -------- ----------- ----------------- ------------------------ ------------ ------
Repo Taille Archivage Sauvegarde
(Gb) /annex laptop:\~/annex raspberry:/media/annex drive Mega
papers oui oui oui
public 8 oui oui oui oui oui
private 0.8 oui oui oui oui oui
data oui oui oui
--------- -------- ----------- ----------------- ------------------------ ------------ ------
NB: hubic n\'existe plus.
## Maintenance
Dans chaque dossier
rsync -avz raspberry:Downloads/torrents private/
cd public ; git annex sync --content ; cd ..
cd private ; git annex sync --content ; cd ..
cd data ; git annex sync --content ; cd ..
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-private)
restic -r rclone:gdrive:restic-private backup private
restic -r rclone:mega:restic-private backup private
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-public)
restic -r rclone:gdrive:restic-public backup public
restic -r rclone:mega:restic-public backup public
```
## Configuration
### Papers
cd papers
git init
git annex init
git annex add
git annex initremote github-lfs type=git-lfs url=git@github.com:apraga/papers.git encryption=none
git lfs track "*.pdf"
git annex sync --content
```
### Configuration des remote avec rclone (public + private)
Installer
<https://github.com/git-annex-remote-rclone/git-annex-remote-rclone>
(copier exécutable dans \$PATH)
cd public
git init
git annex init
git annex add
```
Suivre les indications pour ajouter un remote nommé mega de type Mega
(29)
rclone config
rclone lsd mega:
```
Créer un remote megaremote qui pointe vers le remote mega dans rclone.
Pas d\'encryption:
git annex initremote megaremote type=external externaltype=rclone target=mega prefix=annex-public chunk=50MiB encryption=none rclone_layout=lower
```
Pour googledrive, il faut un client id et un client secret selon les
consignes ici : <https://rclone.org/drive/#making-your-own-client-id>.
On encrypte mais avec la clé dans le dépôt git donc ne pas mettre les
dépôts n\'importe où !
git annex initremote gdriveremote type=external externaltype=rclone target=gdrive prefix=annex-private chunk=50MiB encryption=shared rclone_layout=lower
```
### Archivage local
Pour /annex (ZFS pool)
cd /annex
doas git clone ~/annex/private
doas git clone ~/annex/public
doas git clone ~/annex/data
doas git clone ~/annex/papers
doas chown -R alex private public/ papers/ data
cd private; git annex init
cd data ; git annex init ; cd ...
cd papers ; git annex init
```
Puis on ajoute les remote dans \~/annex
cd ~/annex
git remote add zfs /annex/private
cd data ; git remote add zfs /annex/data; cd ..
cd private ; git remote add zfs /annex/private; cd ..
cd public ; git remote add zfs /annex/public; cd ..
cd papers ; git remote add zfs /annex/papers; cd ..
```
On synchronize avec
cd private
git annex sync --content
Ne pas oublier de le faire dans l\'autre sens !
cd /annex/public
git annex add remote ~/annex/public
git annex sync --content
```
Idem pour private, data
### Sauvegarde restic sur google drive et mega
Cf configuration rclone puis
``` nu
cd ~/annex
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-private)
restic -r rclone:gdrive:restic-private init
restic -r rclone:mega:restic-private init
restic -r rclone:gdrive:restic-private backup private
restic -r rclone:mega:restic-private backup private
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-public)
restic -r rclone:gdrive:restic-public init
restic -r rclone:mega:restic-public init
restic -r rclone:gdrive:restic-public backup public
restic -r rclone:mega:restic-public backup public
```
## Freebsd
Voir [[Configuration freebsd]]
# Configuration
## Gentoo
Un dépôt git pour /etc/portage
## Mots de passe
Stratégie : une partie est gérée par Pass mais on utilise maintenant proton
```sh
```sh
```sh
```sh
```sh
```sh
```sh
Note: les articles sont sur sourcehut aussi mais sans lfs.
```sh
```nu
- git-annex pour les disque durs locaux (voir [Discussion sur git-annex](Git-annex.md) )
- sauvegarde avec restic sur google drive/mega (voir [restic vs borg](Restic vs Borg))
- Attention, pour que restic prennent les symlink dans la sauvegarde, on fait plusieurs dépoots
Stratégie
# Restic vs borg
[Comparaison](https://www.reddit.com/r/BorgBackup/comments/v3bwfg/why_should_i_switch_from_restic_to_borg/)
Pas un audito mais le [créateur de la librairie crypto a regardé rapidement](https://words.filippo.io/restic-cryptography/)
Notes :
- restic supporte facilement les remote rclone !
- borg utilise plus de place
- borg est plus mature
# Charger un script
``` python
exec(open("test.py").read())
```
#python
# Démarrer un projet
- [Nix](Environnement%20Python%20avec%20nix.md)
#rust #dataframes
Ajouter "strings" dans les features pour pouvoir utiliser .str() sur un colonne...
Conclusion: makie pour le moment
- [Gnuplot](Gnuplot.md)
- [Makie](Makie.md)
- [Vega-lite](Vega-lite.md)
#plot
#gentoo
Pourquoi ? Mieux que pulseaudio.
1. Suivre le guide sur gentoo
2. Pour changer l'entrée
❯ pactl get-default-sink
alsa_output.pci-0000_00_1b.0.iec958-stereo
❯ pactl list short sinks
49 alsa_output.pci-0000_01_00.1.hdmi-stereo PipeWire s32le 2ch 48000Hz SUSPENDED
50 alsa_output.pci-0000_00_1b.0.iec958-stereo PipeWire s32le 2ch 48000Hz SUSPENDED
❯ pactl set-default-sink 49
❯ pactl get-default-sink
alsa_output.pci-0000_01_00.1.hdmi-stereo
Augmenter le volume
pactl set-sink-volume @DEFAULT_SINK@ +5%
#medecine #embauche
# Questions oral
- Inscrit en P1 ? Retrait admin
- Qu\'avez-vous retenu de votre doctorat ?
- Et la bio informatique ?
- Qu\'est-ce qui vous a intéressé dans le contact avec le patient ?
- Cette \"enquête\" sur le patients, vous l\'avez déjà eu dans vos études ?
- Donc vous abandonnez les mathématiques et la rigueur pour l'irrationalité ?
- Quelle spé ?
- Plutôt des questions pour
comprendre. Jury bienveillant, plutôt attentif. Certains souriants
#nix #bisonex
Dépendences non présentes nix (mais peuvent être désactivées avec --skip_assembly)
- fermi2: facile, se compile juste avec make
- ropebwt2: idem compile facilement
Autres dépendences
- python3 (=> 3.8)
- cython
- pysam
- Numpy.
#nix #bisonex
Semble très compliqué. Installable depuis docker ou script ubuntu
Il faut bazel et tensorflow...
- dépendences : https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/run-prereq.sh
- puis https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/build-prereq.sh
3 possibilités d\'avoir une bibliographie annotée
## Avec citar:
Il faut un fichier bibtex contenant les citations. Lorsqu\'on insère une
citation, on peut créer une note (dans citar-notes-paths) pour cet
article avec \"entrée\" S\'il y a un asticle correspondant dans
citar-library-paths, on peut également l\'ouvrir. Exemple
``` org
\* Research1
- [cite:@saffari2001] Best review
- [cite:@adang200] First review
```
Inconvénient: pour chercher les notes, il faut un fichier org qui
regroupe les citations par catégories.
Configuration
``` {.commonlisp org-language="lisp"}
(after! citar
(setq! citar-bibliography '("~/roam/research/biblio.bib" "~/roam/research/bisonex/thesis/biblio.bib")
citar-library-paths '("~/papers/bisonex")
citar-notes-paths '("~/roam/research/references")
citar-org-roam-subdir "~/roam/research/references/")))
```
Dans le fichier, il faut
``` org
#+bibliography: memoire.bib
```
## Org-mode tangle
Voir
<https://cachestocaches.com/2020/3/org-mode-annotated-bibliography/>
## Org-mode directement avec org-bibtex
On récupère le bibtex avec notre function. Puis il faut couper le bloc
bibtex (d% avec evil) et le transformer en entrée \"org-mode\" avec
org-bibtex-yank Il faut exporter le tout en bibtex avec org-bibtex
+: formattage org-mode
# Dired
( pour voir les détails ) pour voir les infos git
# Latex export
Utiliser :booktabs t pour avoir des jolies tableaux. Apparement, il
suffit de rajouter le package dans les header
``` org
#+latex_header: \usepackage{booktabs}
#+ATTR_LATEX: :booktabs t
| Disease | Gene | Onset | Symptoms | MRI |
|---------+------+-------+----------+-----|
| lol | | | | |
```
[Org-mode](id:ed20c9d9-423f-4430-8eb8-d22b3ba14980)
#emacs
# Bibliographie annotée
# Utilisation
Lister nom de colonnes
open lol.csv | columns
# Intégration
## Emacs et tramp
Pour forcer tramp à utiliser bash
SHELL="/bin/bash" ~/.emacs.d/bin/doom env
## Python avec virtual env
Installer virtualenv, exemple avec \`emerge virtualenv\` puis
virtualenv myenv
overlay use myenv/bin/activate.nu
pip install osmnx
# Exemples de scripts
## Pandoc sur une liste de fichier
org -\> markdown
``` nu
ls *.org | each {|e| pandoc $e.name -o $"($e.name | path parse | get stem).md"}
```
## Lister tous les IDs des csv et faire l'intersection avec les ID des pdfs
``` nu
ls excel = (ls S:genetique\commun\Centogene_variants\excel | get name | path basename | path parse | get stem | parse "{id}_{s}" | get id)
let patho = (open patho.csv | get id)
$excel | append $patho | uniq -d
```
## Génerer une liste de fastq en les groupant par nom de dossier
List all fastq, then generate a column containing the file and dirname.
Groupy by directory, extract record values input a table. Filter folders
with less than 2 files. Concatenante the files and save the result into
a txt file (.csv does not work)
``` {.bash org-language="sh"}
ls fastq/*/*.fastq.gz | select name | insert dir { $in.name | path dirname } | group-by dir | values | where ($in | length) > 1 | each { $in.name | str join ',' } | save input.txt
```
Version plus évoluée:
``` {.bash org-language="sh"}
def annotate [] { insert dir { $in.name | path dirname | path basename } | insert file { $in.name | path basename } | insert id { $in.name | patientID }}
def patientID [] { path basename | split row '_R' | first }
def toCSV [d] { $d.name | insert 0 ($d.dir | first) | insert 1 ($d.id | first) | str join ',' }
ls fastq/*/*.fastq.gz | select name | annotate | group-by dir | values | where ($in | length) > 1 | each { toCSV $in } | save -f input.txt
```
Générer une liste de tâches à partir d'un alphabet et d'un index
seq char E Z | enumerate | each {|it| t add pro:seedbox.seedhost $"Ajouter ancient torrents ($it.item)" $"wait:+($it.index + 1)d" $"sched:+($it.index + 1)d" }
#nix
- [[NixOS]]
## Configuration
- Activer les flakes (experimental) ! Meilleure expérience utilisateur
### WSL2
changer /nix/store
Pour accéder à un lecteur US:, rajouter dans /etc/fstabl
``` {.bash org-language="sh"}
E: /mnt/e drvfs defaults,uid=1000,gid=1000,metadata 0 0
```
`metadata` est important car cela nous permet de changer les permissions ! Puis
```sh
mount --bind /mnt/e/nix /nix
```
## Utilisation (nix profile)
Chercher et installer un programme
```sh
nix profile search nixpkgs#zoxide
nix profile install nixpkgs#zoxide
```
NB: Avec nushell, Il faut parfois mettre des guillemets, ex:
```sh
nix profile install "nixpkgs#cabal-install"
```
Tout supprimer
``` {.bash org-language="sh"}
nix profile remove '.*'
```
### Améliorer la recherche de paquets
`nix-env` est lent. `nix search` avec les flakes ne fonctionne pas bien pour certains packages (récursif mais certains paquets désactivent l'évalution).
Meilleures solution :
- search.nixos.org
- `nix-index` : installer puis `nix-indx` puis chercher par nom de ficher. Ex: `nix-locate bin/R`
## Développer un package
- Le hash peut être calculé avec `nix-prefetch-url --unpack https://...tar.gz`. Ou bien, ne pas mettre de hash et copier le résultat de l'erreur !
### Débugger
Voir [Débugger un paquet nix](Débugger%20un%20paquet%20nix.md)
### Installer une seule dérivation
nix-shell -p 'with import <nixpkgs>{}; callPackage pkgs/GenomeRef.nix {}'
Ne pas oublier {}
### Ajout d'un patch
```nix
nixpkgs.overlays = [
# Patch to avoid out-of-memory errors in nix
(final: prev: {
nix = prev.nix.overrideAttrs (old: {
patches = (old.patches or []) ++ [./0001-don-t-read-outputs-into-memory-for-output-rewriting.patch ];
});
})
] ;
```
# Avertissements
Ne jamais modifier les fichiers dans /nix/store
# Langage
- [Python avec nix](Environnement%20Python%20avec%20nix.md)
- [Haskell avec Nix](Environnement%20Haskell%20avec%20Nix.md)
- [R avec Nix](Environnement%20R%20avec%20Nix.md)
## Vérifier les dépendences à l\'exécution
Il faut les mettre dans propagatedBuildInputs (buildInputs ne suffit
pas). On vérifie avec :
``` {.bash org-language="sh"}
$ nix-instantiate -E "with import <nixpkgs> {}; callPackage pkgs/hap-py.nix {}"
/nix/store/scbx1aiadh24qwwjhskp7jdqngsm31x7-hap.py.drv
$ nix-store -r /nix/store/scbx1aiadh24qwwjhskp7jdqngsm31x7-hap.py.drv
(...installation...)
/nix/store/kgxqmk7jdi91jwbrj4qz5q5c4qhh8qzb-hap.py
$ nix-store -q --references /nix/store/kgxqmk7jdi91jwbrj4qz5q5c4qhh8qzb-hap.py
```
Si le program en a besoin, wrapper le programme en rajoutant dans
nativeBuildInputs makeWrapper :
``` {.bash org-language="sh"}
nativeBuildInputs = [ pkgs.makeWrapper ];
postBuild = with lib; with pkgs; ''
wrapProgram $out/bin/test.sh\
--prefix PATH : ${makeBinPath [ bcftools samtools]}
'';
}
```
# Aide
## Paquet non trouvé \"attribute is missing\"
Ex: nix-shell -p rPackages.BSgenome~HsapiensUCSChs1~ error: attribute
\'BSgenome~HsapiensUCSChs1~\' missing
1. Mettre à jour le channel
2. Sinon attention à la différence entre le channel de l\'utiliser et
du root. Par défaut, le channel de l\'utilisateur n\'est pas utilisé
sauf si la configuration utilise \<stable\>. Le channel par défaut
est nixpkgs (sinon nixos) !!
## Linux
[Voir ici pour installation](https://wiki.archlinux.org/index.php/NZBGet)
En pratique, ça ne marche pas avec systemd. On fait donc un home pour l\'utiliser nzbget, qui
va contenir la configuration et les fichiers. Le fichier systemd contiendra donc
ExecStart=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -D
ExecStop=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -Q
ExecReload=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -O
Mettre \"media\" comme group au lieu de nzbget (cf Permissions)
Le service est activé au démarrage de l\'ordinateur
## Systèmes linéaires
$$Ax = b$$ Pour des systèmes pleins, méthodes directes.
### Décomposition LU
Cout total en $O(\frac{2}{3}n^3)$.\
### Méthode de Cholesky
Si le système est creux, méthodes itératives. On décompose $A=M-N$ :
$$M x_{k+1} = N x_k + b$$
### Méthode de Jacobi
$M=D$ et $N=A-D$ où D est la diagonale de A.\
Peu utilisée.
### Méthode de Gauss-Seidel
$M=D+L$ et $N=-U$ où D est la diagonale de A, L triangulaire inférieure,
Peu utilisée.
### Méthode SOR
Gauss-Seidel avec un paramètre de relaxation $\omega$.\
$M=\frac{1}{\omega}D+L$ et $N=\frac{1-\omega}{\omega}D-U$\
Si A est symétrique, définie positive, convergence ssi
$\omega \in [0,2]$
## Fonctions non linéaires
### Méthode de Newton
Permet de trouver les racines de $f(x)=0$
$$x_{k+1} = x_k-Df^{-1}(x_k) f(x_k)$$ Convergence quadratique mais
calcul de la jacobienne couteux.
### Méthode de Broyden
Quasi newton : on approche la jacobienne par
$$J_n(x_n-x_{n-1}) = F(x_n)-F(x_{n-1})$$ Peut être sous déterminé.
D'autres méthodes de calcul de $J_n$ existent.
## Méthodes d'optimisations
Les deux premières méthodes avec le gradient s'appliquent pour des
fonctions $C^1$. Le gradient conjugué s'utilise pour des fonctions
$C^2$.
### Gradient à pas constant
$x_{k+1} = x_k - \rho \nabla f(x_k)$ avec $\rho > 0$ fixé.\
Peu utilisée à cause d'instabilités numériques.
### Méthode de plus grande descente
$$x_{k+1} = x_k - \rho_k \nabla f(x_k)$$ $\rho_k$ est adapté à chaque
étape en minimisant $$\phi(\rho)=f(x_k - \rho_k \nabla f(x_k))$$ Si f
est convexe, on peut utiliser la méthode de Newton pour résoudre
$\phi'(\rho)=0$. On peut aussi procédér par dichotomie : sur $[a,b]$, f
doit être unimodale[^1] Convergence linéaire.
### Gradient conjugué
Pour une fonction quadratique $f(x)=\frac{1}{2} x^t A x - x^t b$.\
Soit $r k=Ax_k-b$. Itération : $x_{k+1}=x_k-\rho_k \omega_k$ avec
$$\left\{
\begin{array}{l}
\omega_k =r_k+\theta_k \omega_{k-1} \text{ et }
\theta_k=\frac{||r_k||_2^2}{||r_{k-1}||_2^2}\\
\rho_k =\frac{||r_k||_2^2}{w_k^t A w^k}
\end{array}
\right.$$
# EDP
## EDP linéaires d'ordre 1
On veut résoudre $$\nabla \phi(X)\cdot F(x)+g(X)\phi(X) = h(X)$$ Les
caractéristiques sont données par $$\frac{dX}{ds}=F(X)$$ Sur les
caractéristiques, cela revient à résoudre une EDP d'ordre 1
$$\frac{d \phi(X(s))}{ds}=-g(X(s)) \phi(X(s)) + h(X(s))$$
## EDP linéaires d'ordre 2
$$a(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial x^2}+
b(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial x \partial y}+
c(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial y^2}+
f(x,y,\frac{\partial u}{\partial x}, \frac{\partial u}{\partial y})=0$$
On fait une discussion sur le type d'EDP sur un domaine D.
### Cas hyperbolique
Si $b^2-4ac > 0$, on fait un changement de coordonnées pour avoir 2
équations de transports : $$\left\{
\begin{array}{l}
2a \xi_x+(b-\sqrt{b^2-4ac}) \xi_x = 0\\
2a \eta_x+(b-\sqrt{b^2-4ac}) \eta_x = 0\\
\end{array}
\right.$$
Forme canonique :
$$\frac{\partial^2 v}{\partial \xi \partial \eta}=G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})$$
### Cas parabolique
Si $b^2-4ac = 0$, on fait un changement de coordonnées pour avoir 2
équations de transports : $$\left\{
\begin{array}{l}
2a \xi_x+ b \xi_x=0\\
\eta \text{ est choisi tel que } \phi \text{ est un } C^2 \text{-diff\'eomorphisme}
\end{array}
\right.$$
Forme canonique : $$\frac{\partial^2 v}{\partial \eta^2}=G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})$$
### Cas elliptique
Forme canonique : $$\frac{\partial^2 v}{\partial \xi^2}
+\frac{\partial^2 v}{\partial \eta^2}+G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})=0$$
A COMPLETER
## Schémas numériques
### Consistance, convergence, stabilité
Discrétisation : $u_{n+1}=C(\Delta t,\Delta x) u_n$\
Consistance d'un schéma : caractérise l'erreur de troncature.
$$\lim_{(\Delta t,\Delta x)\rightarrow 0}
\sup_{t_n} ||\frac{u(t_n+\Delta t)-C(\Delta t,\Delta x)u(t_n)}{\Delta t}||=0$$
Schéma d'ordre r en espace et q en temps
$$\sup_{t_n} ||u(t_n+\Delta t)-C(\Delta t,\Delta x)u(t_n)||=
O(|\Delta t|^{q+1}+
|\Delta t| |\Delta x |^r)$$ Stabilité d'un schéma : Il existe une
constante $K_T$ telle que $\forall \Delta x, \Delta t, n \Delta t \le T$
$$|| C(\Delta t,\Delta x)^n|| \le K_T$$ Convergence d'un schéma :
L'écart entre la solution approchée et la solution exacte tend vers 0
quand le pas de discrétisation tend vers 0.\
Théorême de Lax : soit un schéma consistant. Alors il est convergent ssi
il est stable.\
Analyse de von Neumann : prendre la transformée de Fourier
$$\hat{U}^{n+1}(\lambda)=G(\Delta x, \Delta t, 2\pi \lambda) \hat{U}^n$$
Stabilité : Il existe une constante $K_T$ telle que
$\forall \Delta x, k, \Delta t, n \Delta t \le T$
$$|| G(\Delta t,\Delta x,k)^n|| \le K_T$$ Soit $\lambda_i$ les valeurs
propres de G.\
Théoreme de von Neumann :\
CN de stabilité $$\sup_k \max_i |\lambda_i| \le 1+O(|\Delta t|)$$ Si G
est normale, c'est une CNS.
### Types de schémas
Exemple de l'équation de transport.
#### Schéma euler explicite décentré
Aval :
$$\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +c \frac{u_j^n- u_{j-1}^n}{\Delta x}=0$$
Ordre 1 en espace et 1 en temps pour l'équation de transport.\
Toujours instable\
Amont : Stable si $c \frac{\Delta x}{\Delta t} \le 1$
#### Schéma euler explicite centré
$$\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +
c \frac{u_{j+1}^n- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}=0$$ Ordre 2 en espace et 1 en
temps pour l'équation de transport.\
Instable si $\frac{\Delta x}{\Delta t}$ reste constant.
#### Schéma de Lax Wendrof
$$\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +
c \frac{u_{j+1}^n- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}-
\frac{c^2}{2}\frac{\Delta t}{\Delta x^2}
\frac{u_{j+1}^n+2 u_j- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}=0$$ Ordre 2 en temps et en
espace.\
Stable si $|c| \frac{\Delta x}{\Delta t} \le 1$
U triangulaire supérieure.
Converge ssi à diagonale strictement dominante ($a_{ii} > 0$)
Si la matrice A est symétrique définie positive, elle peut se mettre sous la forme $T T^t$ avec T triangulaire inférieure.
Cout total en $O(\frac{1}{3}n^3)$.
*Attention:* Si le pivot est trop petit, les approximations numériques peuvent donner de résultats faux. Pivot partiel : on choisit la ligne de coefficient maximal.
Si A est inversible, on peut appliquer le pivot de Gauss pour avoir une décomposition
$A = LU$ , L triangulaire inférieure U triangulaire supérieure
#maths #mathsappl
Avantages
- avec algebraofgraphics, on a une grammaire pour les visulation + la
puissance de calcula
- makie est très puissant, notamment pour la disposition
- légendes possibles avec latex
Inconvénients
- temps pour la première figure encore long avec 1.9 (10s ?)
- algebraofgraphics est encore expérimental avec certaines
visualisation non disponibles (ex: histogramme horizontal : voir
<https://github.com/MakieOrg/AlgebraOfGraphics.jl/issues/355> =
attente modification make)
- makie est assez bas-inveau
À utiliser avec dataframesmeta
#plot
```
julia> ]
(@v1.9) pkg> develop /home/alex/code/XAMScissors.jl
Supprimer une liste de colonnes
``` julia
@select d $(Not([:"Stade d'avancement analyse", :"Mnémo analyse", :"Unité", :"Anomalie"]))
```
Filtrer selon des valeurs dans une liste
``` julia
@subset d (in.(:"Code analyse", Ref(["GMQKIT", "GMQDAT", "GMQDOS", "GMQRAT"]))
```
Négation
``` julia
@subset d .!(in.(:"Code analyse", Ref(["GMQKIT", "GMQDAT", "GMQDOS", "GMQRAT"])))
```
# Librairies
## DataFramesMeta
```
julia> using XAMScissors
```
Puis il suffit d\'utiliser le paquet. En cas de changement, la precompilation sera refait à chaque fois
```
# Tester un paquet localement
# CNRS
Regarder dates. Grilles prédéfinies mais dépendent peu du candidat.
Montrer qu\'on coche toutes les cases. On a une chance face aux
candidats locaux. Ne pas contacter l\'équipe (?)
## IR inria (concours externe, SED)
Examen écrit. Sur projet pendant 5 ans puis changement d\'équipe.
Contacter l\'équipe
## IR université
Site spécialise. Mieux payé mais pas de mobilité. Contacter l\'équipe
#embauche
Pour pouvoir faire des git clone, crééer le fichier suivant pour activer "usafe legacy renegociation" (ne marche pas toujours)
```~/.unsafe-ssl-hnfc.cnf
openssl_conf = openssl_init
[openssl_init]
ssl_conf = ssl_sect
[ssl_sect]
system_default = system_default_sect
[system_default_sect]
Options = UnsafeLegacyRenegotiation
```
puis
$env.OPENSSL_CONF = /home/alex/.unsafe-ssl-hnfc.cnf
## Git clone
Note: il y a régulièrement des erreurs de transfert...
- Navigateur : ajouter le certificat
- Mise à jour gentoo , merge
- yt-dlp `yt-dlp https://www.youtube.com/watch?v=Uqvt985SI0A --legacy-server-connect --no-check-certificates`
Avantages
- cross-platform
- rapide
- adapté au format multi-colonnes (et non au format \"stacked\" avec
une colonne pour le type et une pour la valeur)
Inconvénient
- moche par défaut (mais ok avec une peu de customization)
- ne fait pas de transformation de données
- syntaxe peu lisible
- peu adapté aux variables par catégories (voir
<https://stackoverflow.com/questions/77385452/scatter-plot-with-3-categorical-variables-in-gnuplot>)
# Julia
Avantages
- avec algebraofgraphics, on a une grammaire pour les visulation + la
puissance de calcula
- makie est très puissant, notamment pour la disposition
- légendes possibles avec latex
Inconvénients
- temps pour la première figure encore long avec 1.9 (10s ?)
- algebraofgraphics est encore expérimental avec certaines
visualisation non disponibles (ex: histogramme horizontal : voir
<https://github.com/MakieOrg/AlgebraOfGraphics.jl/issues/355> =
attente modification make)
- makie est assez bas-inveau
À utiliser avec dataframesmeta
#plot
Inconvénients pour la sauvegarde
- très très lent pour de multiples fichiers sur google drive/mega (\>
6h pour copier la moitié de public)
- archive mais ne fait pas de vraies sauvegardes
- on ne peut pas accéder directement au fichier depuis le cloud (a
minima, il faut le lien, qui pourrait être sur un dépôt git)
- encryption=hybrid ne marche pas
# Synchronisation des pdfs
On utilise git-annex. Il faut
- git-annex
- git-lfs
- git-lfs
- rclone
## Configuration
### Google drive
- Create a rclone google drive remote
- Copy the executable git-annex-remote-rclone here into \$PATH
<https://github.com/DanielDent/git-annex-remote-rclone>
- Add a remote
```sh
git annex initremote gdrive type=external externaltype=rclone target=gdrive encryption=shared
```
### Git LFS
- Create a git repo and set it up for git-lfs (apraga/papers) <https://git-lfs.github.com/>
- Add a remote
```sh
git annex initremote lfstest type=git-lfs url=git@github.com:apraga/papers.git encryption=none
```
## Utilisation
```sh
git-annex init
git-annex enableremote lfs
git-annex enableremote gdrive
git-annex sync --content
```
Synchronisation: `git annex sync --content`
Copier les données depuis un remote
```sh
git annex get . --from gdrive
git annex copy . --to lfs
```
On a initialement utilisé [emacs avec citar](Bibliographie%20avec%20emacs.md)
Avec le changement à helix, on utilise [papis](Bibliographie%20avec%20papis.md)
#bibliographie
# Astuces
## Wiki
[Créer une page sur son espace personnal](https://wiki.gentoo.org/index.php?title=User:Alexdarcy/Buku)
puis "move" pour la publier
## Police
Inspiration: http://kev009.com/wp/2009/12/getting-beautiful-fonts-in-gentoo-linux/
J'ai juste utilisé eselect fontconfig + la configuration recommandée
## Portage avec git
/etc/portage/repos.conf/gentoo.conf
[DEFAULT]
main-repo = gentoo
[gentoo]
location = /var/db/repos/gentoo
sync-type = git
sync-uri = https://github.com/gentoo-mirror/gentoo
auto-sync = yes
sync-depth = 1
Développer des ebuilds : [Gentoo packaging](Gentoo%20packaging.md)
---
# Guru
Tester avec ` pkgcheck scan `
Commiter avec ` git commit -S -m "lol" `
#gentoo #packaging
# Contact
- Dominic Mills-Howells (DMills27) : nix enthousiast, left academia, "specializs in nix, haskell, rust, python"
- Nicola Brisotto : interested in bioinformatics
### Daniel Firth
- Contact après présentation FOSDEM Travaille sur Haskell en journée, intéressé pour contribuer en Haskell en bioinformatique
- mise à jour des paquets bioinformatique sur hackage pour compiler avec dernière version GHC via Horizon Haskell (équivalent en nix de stack) [1] https://horizon-haskell.net [2] https://gitlab.horizon-haskell.net/package-sets/horizon-biohaskell
- Cherche à contribuer à des projets
- Présentation nextflow, nf-core, bionix Haskell : recommande Zuriach (conf informelle ) 2024. https://zfoh.ch/zurihac202, https://www.novadiscovery.com/ utilise haskell, https://github.com/BioHaskell/hPDB format PDB (protein data bank)
- ngless : syntaxe pour définir un workflow
- Suggestions de projets
- remplacement hap.py (intéressé)
- nouveau format de fichier ?
- nouveau site/BDD ?
- Moyennement interessé pour FOSDEM2025 bioinfo (va déjà présenter dans chambre haskell)
- Contact : Matrix
### Simon Tournier
Ingénieur de recherche en bioinformatique côté recherche.
Travaille avec Guix. Contact par mail :
Au cas où tu serais passé à côté, du côté de Guix, il y a eu cette tentative : https://guixwl.org/
L'idée était de mettre Guix au coeur et d'écrire au dessus un langage de "workflow". Cela fonctionne mais difficile de lutter contre Snakemake, CWL, etc.
Du coup, il y a une autre direction : https://hpc.guix.info/blog/2022/01/ccwl-for-concise-and-painless-cwl-workflows/
Et Bistro (OCaml) ou Funflow (Haskell) sont aussi des approches intéressantes.
Puis il y a des patches pour avoir Guix comme gestionnaire de paquets dans Snakemake (à la place de Conda).
Pour finir, je pense que le plus viable est la génération d'image Docker (ou Singularity) avec Guix ou Nix. Avec Guix, c'est "guix pack -f docker'. Autrement dit, toute la partie "environnement logiciel" et sa reproductibilité (et surtout tracabilité) est gérée par Guix.
Contact: mail
- Matthiew Croughan: nix enthusiasts
- Freek van Hemert (mairix: freekvh) PhD, worked at Philips, now started his own company for bioinformatics
- ?? (mairix: zolfa ?) : PhD in biophysics in Institut Curie
#conference
# Astuces
## Evil
Sortir du mode \"insert\" en bepo : \"gq\" après un espace (important )
## Accent issues when pasting from clipboard (Windows)
C-x RET x (set-selection-coding-system) and choose utf-16-le
## Jump to and from function definition
M-. (xref-pop-marker-stack): jump to definition M-?
(xref-find-references): find all occurences M-, (xref-find-definitions):
q
## Override completion
C-j pour ne pas utiliser le premier résultat
# SSH, FTP, sudo
`SPC f f`{.verbatim} then
``` {.bash org-language="sh"}
/protocol:user@host:/file.txt
```
For SSH (with an alias)
``` {.bash org-language="sh"}
/ssh:myalias:
```
Without an alias
``` {.bash org-language="sh"}
/ssh:john@myhost:/home/john/
```
## With fish shell
ssh can hang so I follewed [this
advice](https://github.com/oh-my-fish/theme-bobthefish/issues/148) ) and
set in \~/.config/fish/fish.config
``` example
if test "$TERM" = "dumb"
exec sh
end
```
For faster access, set a bookmark to the folder \<3 Otherwise it\'s a
bit annoying to type
# Eshell
C-c M-b pour completer un buffer (utile pour redirection)
``` example
rga "test" lol.pdf >
```
# Grep + sed
Search and edit with ripgrep directly in the result !
1. search with ripgrep, for example with \`SPC s p\`
2. Put the results in a buffer with \`C-c C-o\` (\`ivy-occur\`)
3. Edit the buffer with \`i\` (\`ivy-wgrep-change-to-wgrep\`)
# Calc
Embedded-mode : évalue formule sous le curseur
# Mail with mbsync
! Got several \"duplicate ID\" after using a systemd service. It\'s due
to moving files (my version of archiving) and the naming scheme. We must
use the \"alternate\" naming scheme to avoid duplicates. Seems to work
NB: we should explain with gmail
Mbsync is really faster when fetching mails the first time.Afterwards,
I\'m not sure the gain is worth it
# Écrire en japonais {#post-config-en-jap-sur-emacs}
mozc is too slow in doom emacs =\> activate japanese instead
# Torrents with emacs
## What works
Nginx + URL
``` example
server {
listen 8000;
server_name localhost;
access_log /var/log/nginx/rtorrent_access.log;
error_log /var/log/nginx/rtorrent_error.log;
location /RPC2 {
root /torrents;
# auth_basic "Restricted";
# auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
scgi_pass 127.0.0.1:5000;
# scgi_pass unix:/torrents/rtorrent.sock;
include scgi_params;
}
```
And for rtorrent
``` example
network.scgi.open_port = 127.0.0.1:5000
```
And in emacs
``` example
(setq mentor-rtorrent-external-rpc "http://127.0.0.1:8000/RPC2")
```
## More secure : with a socket
We create a group to be able to write the socket
``` example
sudo groupadd rtorrent-socket
sudo gpasswd -a alex rtorrent-socket
sudo gpasswd -a nginx rtorrent-socket
sudo chown -R nginx:rtorrent-socket /torrents/
sudo chmod 775 -R /torrents/
su - alex # To be able to start
```
Rtorrent : hack we need to change both ownership and permissions +
daemon mode
``` example
# For use with emacs with the mentor package
network.scgi.open_local = /torrents/rtorrent.sock
# Change ownership to propergroup
schedule2 = scgi_permission1, 0, 0, "execute.nothrow=chown,alex:rtorrent-socket,/torrents/rtorrent.sock"
# Make SCGI socket group-writable and secure
schedule2 = scgi_permission2, 2, 0, "execute.nothrow=chmod,770,/torrents/rtorrent.sock"
system.daemon.set = true
```
Emacs
``` example
(setq mentor-rtorrent-external-rpc "/torrents/rtorrent.sock")
```
Update : it seems to work without nginx with a socket ??
# Org mode
## Wrap selection into an org-block
org-insert-structure-template C-c C-, s
## Latex :
Bibliography: Ajouter dans le header
``` org
#+bibliography: memoire.bib
```
Glossaries: Avec latexmk, il faut une configuration spéciale dans
.latexmkrc
``` {.bash org-language="sh"}
add_cus_dep( 'acn', 'acr', 0, 'makeglossaries' );
add_cus_dep( 'glo', 'gls', 0, 'makeglossaries' );
$clean_ext .= " acr acn alg glo gls glg";
sub makeglossaries {
my ($base_name, $path) = fileparse( $_[0] );
my @args = ( "-q", "-d", $path, $base_name );
if ($silent) { unshift @args, "-q"; }
return system "makeglossaries", "-d", $path, $base_name;
}
```
## lulatex {#utiliser-lulatex}
; lualatex preview (setq org-latex-pdf-process \'(\"lualatex
-shell-escape -interaction nonstopmode %f\" \"lualatex -shell-escape
-interaction nonstopmode %f\")) (Attention à l\'ordrer)
# Haskell
Mode mal documenté (avec lsp) C-c C-l pour charger code dans ghci C-c
C-z si on perd le popup
# Misc
yas-describe-tables to see snippets
# Presentation
## org mode -\> beamer
## org-mode -\> reveal.js
``` example
REVEAL_TRANS
#+OPTIONS: toc:nil
#+OPTIONS: reveal_width:2100 reveal_height:1000
#+REVEAL_TRANS: nil
\****** TODO DP 1
\****** DP1
\****** homme de 54 ans, tabagique au long cours et hypertendu depuis 12 ans (traitement par inhibiteur calcique), consulte
\****** n médecin traitant pour un épisode isolé d'hématurie macroscopique totale, sans caillot. Il a pour autre antécédent une
\****** pendicectomie dans l'enfance. L'hémogramme est le suivant : Hb 10,4 g/dL (VGM 78 µm3), GB 8 G/L, plaquettes 247
```
Puis SPC m e v b
# Tramp
SSH + sudo : /<ssh:you@remotehost%7Cdoas>:: ou
/<ssh:you@remotehost%7Csudo>::
Sauvegarder session :
<https://emacs.stackexchange.com/questions/26560/bookmarking-remote-directories-trampsudo>
(add-to-list \'tramp-default-proxies-alist \'(\"\\\\\`mydomain\\\\\'\"
\"\\\\\`root\\\\\'\" \"/sshx:user@%h:\"))
## Difficulté avec projectile
Il faut les executabs sur la machirne distance (fd et rg) Pour nix, on
peut éditer le bashrc distant et ajouter
``` {.commonlisp org-language="lisp"}
(after! tramp
(add-to-list 'tramp-remote-path 'tramp-own-remote-path))
```
En cas de couleur \"intempestive\", on peut forcer fd à ne pas utiliser
de couleurs:
(setq projectile-git-fd-args \"-0 -H --color=never --type file --exclude
.git --strip-cwd-prefix\")
Puis vider le cache avec SPC p i
# Useful shortcuts (doom emacs) {#useful-shortcuts id="57421762-b8ef-46dd-9145-5152551b81c3"}
- SPC c d jump to definition
- C-o to go back after jumping
- C-x C-q in dired to edit the buffer as text \<3
# Useful shortcut (vanilla emacs )
- C-x z to repeat last command, then z (like vim \".\")
Not so useful
- C-x right/left arrow to switch buffer (I\'m not really using it)
# Post sur facebook messenger inside emacs
Requirements
- bitlbee
- erc
- bitlbee-facebook
Config
``` {.commonlisp org-language="lisp"}
;; ---- ERC
;; A helper function to auto-start bitlbee
(defun bitlbee-start ()
(interactive)
(erc :server "localhost" :port 6667 :nick "alex" :password "sharingan"))
;; Here we start ERC at boot, with the password here for minimal coding
(use-package! erc
;; Bitlbee by default
:commands (bitlbee-start)
:config
;; Autojoin must be done inside bitlbee directly
(setq erc-hide-list '("JOIN" "PART" "QUIT" "NICK"))
)
```
LISP
Result
M-x bitlbee-start start bitlbee. You need to follow these instuctions
<https://wiki.bitlbee.org/HowtoFacebookMQTT> \> account add facebook
\<email\> \<password\> \> account facebook on \> fbjoin facebook
\<index\> \<channel\> The index is given either by fbchats facebook or
must be copying manually from facebook
If you want to autojoin a channel, it must be done in bitlbee direcly
channel blabla set auto~join~ true NB the config file are most likely in
/var/lib/bitlbee/\$USER.xml
# IRC
Doom-emacs utilise circe, à démarrer avec `=irc` (et non circe)
# Emacs et EDITOR
EDITOR=\"emacsclient -c\" Ne pas utiliser l\'option -n
## Org-roam
Transformer un titre en noeud SPC m I ou org-id-create
Gérer plusieurs dossiers (privé + public)
1. Plusieurs dossier avec .dirs.el (cf documentation officielle)
2. Faire des liens symbolique dans un dossier `roam` et utiliser des
tags + des capture pour chaque
#éditeur
#nix
## 1. Démarrer un shell.
### Nixpkgs
```sh
cd nixpkgs
mkdir lol
cd lol
nix-shell ../ -A kent
```
### Paquet local
Sans flakes
```sh
nix-shell -E 'with import <nixpkgs> {}; callPackage ./default.nix {}'
```
Avec Flakes
```sh
nix develop .#my-package
```
## 2. Débug
Le plus simple est d'utiliser genericBuild avec les différentes phases,
exemple :
``` {.bash org-language="sh"}
phases="checkPhase installPhase" genericBuild
```
Liste des phases : unpackPhase patchPhase configurePhase buildPhase
checkPhase installPhase fixupPhase installCheckPhase distPhase
Puis
``` nix
$ export out=~/tmpdev/bc-build/out
$ source $stdenv/setup
$ genericBuild
```
Pour faire une seule phase
``` nix
phases="buildPhase checkPhase" genericBuild
```
NB: on peut faire aussi
``` nix
[nix-shell]$ eval ${unpackPhase:-unpackPhase}
[nix-shell]$ cd source
[nix-shell]$ eval ${configurePhase:-configurePhase}
[nix-shell]$ eval ${buildPhase:-buildPhase}
```
## Ressources
- [Source](https://nixos.wiki/wiki/Nixpkgs/Create_and_debug_packages)
- <https://nixos.wiki/wiki/Packaging/Tutorial>
- [[nixpkgs]]
<https://github.com/rakshasa/rtorrent/wiki/RPC-Setup-XMLRPC>
XMLrpc est dans tools/ si on compile xmlrpc-c
2. WAIT Python <https://pyrocore.readthedocs.io/en/latest/> Pas
besoin de serveur web
1. TODO Script d\'install ne fonction pas sous freebsd
Installer coreutils Installer python2 TODO: remplacer md5sum
par gmd5sum Changer appels à test Utiliser avec bash ...sh
python2
3. Haskell
API payante donc on fait un fichier texte contenant toutes les
descriptions.
`et d̊eviennent \ n et \ r donc il faut les remplacer. Format:`{.verbatim}
``` example
--- test1.json: $description
--- test2.json: $description
```
Haskel
### Pour info: editer
GET sur edit.php?id=XXX Puis POST sur takeedit.php
Attention, limite de téléchargement de PDF par heure
# KILL Que sais-je (Cairn)
Déjà disponible
Liste ici : 1773 livres
<https://www-cairn-info.bases-doc.univ-lorraine.fr/liste-des-ouvrages.php?editeur=&discipline=3>
52 livres
<https://www-cairn-info.bases-doc.univ-lorraine.fr/liste-des-ouvrages.php?searchTermAccess=all&editeur=PUF&collection=PUF_NOCLI&discipline=3&orderby=titre>
Exemple de requete
-\> ok jusque e-christianisme-de-constantin-a-la-conquete-arabe
1. DONE Récupérer HTML
2. DONE Conversion epub
3. TODO Canada et États-Unis depuis 1770 - Claude Fohlen
4. TODO Conquête et exploitation des nouveaux mondes - Pierre Chaunu
5. TODO Enfance de l\'Europe. Aspects économiques et sociaux - Robert
Fossier
6. TODO Enfance de l\'Europe. Aspects économiques et sociaux. - Robert
Fossier
7. TODO États, sociétés et cultures du Monde musulman médiéval -
Jean-Claude Garcin
8. TODO Expansion européenne et décolonisation - Jean-Louis Miège
9. TODO Guerre et société à l\'époque moderne - Jean Chagniot
10. TODO Histoire d\'Angleterre - Bernard Cottret
11. TODO Histoire de l\'URSS - Andrea Graziosi
12. TODO Histoire de la civilisation romaine - Hervé Inglebert
13. TODO Histoire des techniques - Liliane Hilaire-Pérez
14. TODO L\'Afrique noire, de 1800 à nos jours - Catherine
Coquery-Vidrovitch
15. TODO L\'Amérique latine de l\'Indépendance à nos jours - François
Chevalier
16. TODO L\'Asie orientale et méridionale aux XIX - Hartmut O. Rotermund
17. TODO L\'Égypte et la vallée du Nil. Tome 2 - Claude Vandersleyen
18. TODO L\'Égypte et la vallée du Nil. Tome 3 - Frédéric Payraudeau
19. TODO L\'Europe celtique à l\'âge du Fer - Olivier Buchsenschutz
20. TODO L\'Europe culturelle et religieuse de 1815 à nos jours - Paul
Gerbod
21. TODO L\'Europe du Nord-Ouest et du Nord - Pierre Jeannin
22. TODO L\'expansion européenne - Frédéric Mauro
23. TODO L\'expansion européenne du XIII - Pierre Chaunu
24. TODO L\'expansion musulmane - Robert Mantran
25. TODO La préhistoire dans le monde - José Garanger
26. TODO La protohistoire de l\'Europe - Jan Lichardus
27. TODO La Russie impériale - Pierre Gonneau
28. TODO Le catholicisme entre Luther et Voltaire - Jean Delumeau
29. TODO Le christianisme de Constantin à la conquête arabe - Pierre
Maraval
30. TODO Le christianisme des origines à Constantin - Simon Claude
Mimouni
31. TODO Le judaïsme ancien du VI - Simon Claude Mimouni
32. TODO Le judaïsme et le christianisme antique - André Benoit
33. TODO Le monde byzantin I - Cécile Morrisson
34. TODO Le monde byzantin II - Jean-Claude Cheynet
35. TODO Le monde byzantin III - Angeliki Laiou
36. TODO Le monde grec aux temps classiques. Tome 2 - Pierre Brulé
37. TODO Le monde hellénistique. Tome 1 - Claire Préaux
38. TODO Le monde hellénistique. Tome 2 - Claire Préaux
39. TODO Le Proche-Orient Asiatique. Tome 1 - Paul Garelli
40. TODO Le XIII - Léopold Genicot
41. TODO Les Grecs et la Méditerranée orientale - Claude Baurain
42. TODO Les invasions - les vagues germaniques - Lucien Musset
43. TODO Les Latins en Orient - Michel Balard
44. TODO Les Pays nordiques aux XIXe et XXe siècles - Jean-Jacques Fol
45. TODO L\'Europe au XVIe siècle - Alain Tallon
46. TODO L\'Europe de 1815 à nos jours - Georges-Henri Soutou
47. TODO Mentalités médiévales - Hervé Martin
48. TODO Mentalités médiévales. Tome 2 - Hervé Martin
49. TODO Naissance et affirmation de la Réforme - Jean Delumeau
50. TODO Rome et l\'intégration de l\'Empire - Tome 2 - Claude Lepelley
51. TODO Rome et l\'intégration de l\'Empire (44 av. J.-C.-260 ap.
J.-C.). Tome 1 - François Jacques
52. TODO Rome et la conquête du monde méditerranéen (264-27 av. J.-C.).
Tome 1 - Claude Nicolet
53. TODO Rome et la conquête du monde méditerranéen (264-27 av. J.-C.).
Tome 2 - Claude Nicolet
54. TODO Rome et la Méditerranée occidentale jusqu\'aux guerres
puniques - Jacques Heurgon
101 ouvrages
<https://www-cairn-info.bases-doc.univ-lorraine.fr/liste-des-ouvrages.php?searchTermAccess=all&editeur=&collection=ARCO_U&discipline=3&orderby=titre&offset=100>
1. DONE Récupérer HTML
2. DONE Générer ebook
3. TODO [Citoyenneté, République et Démocratie en
France](https://www.cairn.info/citoyennete-republique-et-democratie-en-france--9782200294045.htm)
4. TODO [Croisades et Orient latin : XIe-XIVe
siècle](https://www.cairn.info/croisades-et-orient-latin--9782200264987.htm)
1. DONE Corriger
2. TODO Uploader
3. TODO Notes
4. DONE Uploader
5. TODO [Droit de conquête et droits des
Indiens](https://www.cairn.info/droit-de-conquete-et-droits-des-indiens--9782200293055.htm)
6. TODO [Église et société en
Occident](https://www.cairn.info/eglise-et-societe-en-occident--9782200355876.htm)
7. TODO [Église et société en
Occident](https://www.cairn.info/eglise-et-societe-en-occident-xiiie-xve-siecles--9782200267636.htm)
8. TODO [Famille et société dans le monde grec et en
Italie](https://www.cairn.info/famille-et-societe-dans-le-monde-grec-et-en-italie--9782200625627.htm)
9. TODO [Film et
histoire](https://www.cairn.info/film-et-histoire--9782200345570.htm)
10. TODO [Géohistoire de la
11. TODO [Histoire culturelle de la France au XIXe
siècle](https://www.cairn.info/histoire-culturelle-de-la-france-au-xixe-siecle--9782200353278.htm)
12. TODO [Histoire de
l\'art](https://www.cairn.info/histoire-de-l-art--9782200622350.htm)
13. TODO [Histoire de
l\'Autriche](https://www.cairn.info/histoire-de-l-autriche--9782200355906.htm)
14. TODO [Histoire de l\'Espagne
contemporaine](https://www.cairn.info/histoire-de-l-espagne-contemporaine--9782200614607.htm)
15. TODO [Histoire de l\'Europe de
l\'Est](https://www.cairn.info/histoire-de-l-europe-de-l-est--9782200248994.htm)
16. TODO [Histoire de l\'Italie depuis 1943 à nos
jours](https://www.cairn.info/histoire-de-l-italie-depuis-1943-a-nos-jours--9782200262150.htm)
17. TODO [Histoire de
l\'Océanie](https://www.cairn.info/histoire-de-l-oceanie--9782200601300.htm)
18. TODO [Histoire de la globalisation
financière](https://www.cairn.info/histoire-de-la-globalisation-financiere--9782200355388.htm)
19. TODO [Histoire de la presse en
France](https://www.cairn.info/histoire-de-la-presse-en-france--9782200613327.htm)
20. TODO [Histoire de la République Populaire de
Chine](https://www.cairn.info/histoire-de-la-republique-populaire-de-chine--9782200614881.htm)
21. TODO [Histoire des
bibliothèques](https://www.cairn.info/histoire-des-bibliotheques--9782200616250.htm)
22. TODO [Histoire des
États-Unis](https://www.cairn.info/histoire-des-etats-unis--9782200618094.htm)
23. TODO [Histoire des pays
d\'Islam](https://www.cairn.info/histoire-des-pays-d-islam--9782200618421.htm)
24. TODO [Histoire des sciences à l\'époque
moderne](https://www.cairn.info/histoire-des-sciences-epoque-moderne--9782200345211.htm)
25. TODO [Histoire du christianisme en
France](https://www.cairn.info/histoire-du-christianisme-en-france--9782200290665.htm)
26. TODO [Histoire du livre en
Occident](https://www.cairn.info/histoire-du-livre-en-occident--9782200277512.htm)
27. TODO [Histoire économique de l\'Afrique
tropicale](https://www.cairn.info/histoire-economique-de-l-afrique-tropicale--9782200602642.htm)
28. TODO [Histoire politique de la Ve
République](https://www.cairn.info/histoire-politique-de-la-v-e-republique--9782200346935.htm)
29. TODO [Histoire
romaine](https://www.cairn.info/histoire-romaine--9782200622909.htm)
30. TODO [Hommes et femmes d\'Égypte
(IV](https://www.cairn.info/hommes-et-femmes-d-egypte-ive-siecle-av-n-e--9782200346454.htm)
31. TODO [Impérialisme et démocratie à
Athènes](https://www.cairn.info/imperialisme-et-democratie-a-athenes--9782200269289.htm)
32. TODO [L\'Afrique du 20e siècle à nos
jours](https://www.cairn.info/l-afrique-du-20-e-siecle-a-nos-jours--9782200285074.htm)
33. TODO [L\'Allemagne de 1870 à nos
jours](https://www.cairn.info/l-allemagne-de-1870-a-nos-jours--9782200285050.htm)
34. TODO [L\'Amérique
ibérique](https://www.cairn.info/l-amerique-iberique--9782200625641.htm)
35. TODO [L\'Anatolie
hellénistique](https://www.cairn.info/l-anatolie-hellenistique--9782200268329.htm)
36. TODO [L\'aristocratie
médiévale](https://www.cairn.info/l-aristocratie-medievale--9782200262938.htm)
37. TODO [L\'armée
romaine](https://www.cairn.info/l-armee-romaine--9782200276539.htm)
38. TODO [L\'éducation physique de 1945 à nos
jours](https://www.cairn.info/education-physique-de-1945-a-nos-jours--9782200600686.htm)
39. TODO [L\'Égypte grecque et
romaine](https://www.cairn.info/l-egypte-grecque-et-romaine--9782200262884.htm)
40. TODO [L\'Empire
austro-hongrois](https://www.cairn.info/l-empire-austro-hongrois--9782200248888.htm)
41. TODO [L\'Europe](https://www.cairn.info/l-europe--9782200601386.htm)
42. TODO [L\'Europe au
19](https://www.cairn.info/l-europe-au-19-e-siecle--9782200622565.htm)
43. TODO [L\'Europe centrale et
orientale](https://www.cairn.info/l-europe-centrale-et-orientale--9782200602635.htm)
44. TODO [L\'héritage ambigu de la
colonisation](https://www.cairn.info/l-heritage-ambigu-de-la-colonisation--9782200281335.htm)
45. TODO [L\'histoire
immédiate](https://www.cairn.info/l-histoire-immediate--9782200277390.htm)
46. TODO [La construction de
l\'Europe](https://www.cairn.info/la-construction-de-l-europe--9782200353056.htm)
47. TODO [La culture matérielle de la
France](https://www.cairn.info/la-culture-materielle-de-la-france--9782200286569.htm)
48. TODO [La famille en France à l\'époque
moderne](https://www.cairn.info/la-famille-en-france-a-l-epoque-moderne--9782200244170.htm)
49. TODO [La France à l\'époque
moderne](https://www.cairn.info/la-france-a-l-epoque-moderne--9782200626181.htm)
50. TODO [La France au
XIX](https://www.cairn.info/la-france-au-xix-e-siecle--9782200622596.htm)
51. TODO [La France et l\'Europe de
Napoléon](https://www.cairn.info/la-france-et-l-europe-de-napoleon--9782200265335.htm)
52. TODO [La Grande-Bretagne et le
monde](https://www.cairn.info/la-grande-bretagne-et-le-monde--9782200244576.htm)
53. TODO [La guerre dans le monde
grec](https://www.cairn.info/la-guerre-dans-le-monde-grec--9782200600297.htm)
54. TODO [La péninsule Ibérique aux
époques romaines](https://www.cairn.info/la-peninsule-iberique-aux-epoques-romaines--9782200268336.htm)
55. TODO [La République romaine et son
empire](https://www.cairn.info/la-republique-romaine-et-son-empire--9782200622053.htm)
56. TODO [La Révolution
française](https://www.cairn.info/la-revolution-francaise--9782200627690.htm)
57. TODO [La Révolution française et l\'histoire du
monde](https://www.cairn.info/La-revolution-francaise-et-l-histoire-du-monde--9782200257699.htm)
58. TODO [La société du haut Moyen
Âge](https://www.cairn.info/la-societe-du-haut-moyen-age--9782200265779.htm)
59. TODO [La société française de 1945 à nos
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- [ ] [Histoire de la conquête de l\'Angleterre par les Normands. Livres I-III](https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-i-iii-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Histoire de la conquête de l\'Angleterre par les Normands. Livres IV-VII](https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-iv-vii-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Histoire de la conquête de l\'Angleterre par les Normands. Livres VIII-X](https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-viii-x-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Histoire de la conquête de l\'Angleterre par les Normands. Livre XI](https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livre-xi-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Essai sur l\'histoire de la formation et des progrès du Tiers-État](https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-essai-sur-l-histoire-de-la-formation-et-des-progres-du-tiers-etat-oeuvres-completes-4.html>)
## TODO Barbey d\'Aurevilly
- [ ] [L\'Ensorcelée](https://classiques-garnier.com/l-ensorcelee-1.html>)
## TODO Baruch Spinoza
- [ ] [Œuvres. Tome II](https://classiques-garnier.com/spinoza-baruch-oeuvres-tome-ii-traite-theologico-politique.html>)
- [ ] [Œuvres. Tome III](https://classiques-garnier.com/spinoza-baruch-oeuvres-tome-iii-traite-politique-et-lettres.html>)
- [ ] [Œuvres. Tome I](https://classiques-garnier.com/spinoza-baruch-oeuvres-tome-i.html>)
## TODO Benjamin Constant
- [ ] [Adolphe](https://classiques-garnier.com/adolphe-anecdote-trouvee-dans-les-papiers-d-un-inconnu.html>)
## TODO Benoît Santiano
- [ ] [La Monnaie, le Prince et le Marchand](https://classiques-garnier.com/la-monnaie-le-prince-et-le-marchand-une-analyse-economique-des-phenomenes-monetaires-au-moyen-age-1.html>)
## TODO Benvenuto Cellini
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/cellini-benvenuto-oeuvres-completes-tome-ii-memoires-livres-vi-viii-traite-de-l-orfevrerie-et-de-la-sculpture-discours-sur-le-dessin-et-l-architecture.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/cellini-benvenuto-oeuvres-completes-tome-i-memoires-livres-i-v.html>)
## TODO Bernard Pingaud
- [ ] [L\'Occupation des oisifs](https://classiques-garnier.com/l-occupation-des-oisifs-precis-de-litterature-et-textes-critiques-1.html>)
## TODO Bernardin de Saint-Pierre
- [ ] [Paul et Virginie](https://classiques-garnier.com/paul-et-virginie-1.html>)
- [ ] [Paul et Virginie](https://classiques-garnier.com/paul-et-virginie.html>)
## TODO Blaise Pascal
- [ ] [Les Provinciales](https://classiques-garnier.com/les-provinciales-1.html>)
- [ ] [Pensées opuscules et lettres](https://classiques-garnier.com/pensees-opuscules-et-lettres-1.html>)
## TODO Bonaventure des Périers
- [ ] [Contes ou Nouvelles Récréations et joyeux devis suivis du Cymbalum Mundi](https://classiques-garnier.com/contes-ou-nouvelles-recreations-et-joyeux-devis-suivis-du-cymbalum-mundi.html>)
## TODO Bono Giamboni
- [ ] [Le Livre des vices et des vertus](https://classiques-garnier.com/le-livre-des-vices-et-des-vertus-2.html>)
## TODO Brantôme
- [ ] [Les Dames galantes](https://classiques-garnier.com/les-dames-galantes.html>)
- [ ] [Vies des dames illustres, françoises et étrangères](https://classiques-garnier.com/vies-des-dames-illustres-francoises-et-etrangeres.html>)
## TODO Carolina Armenteros
- [ ] [L\'Idée française de l\'histoire](https://classiques-garnier.com/l-idee-francaise-de-l-histoire-joseph-de-maistre-et-sa-posterite-1794-1854-1.html>)
## TODO Casimir Delavigne
- [ ] [Œuvres complètes. Tome III](https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-iii-poesies.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-i-theatre.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-ii-theatre.html>)
## TODO Charles Coypeau d\' Assoucy
- [ ] [Aventures burlesques](https://classiques-garnier.com/aventures-burlesques.html>)
## TODO Charles Dickens
- [ ] [Les Aventures d\'Olivier Twist](https://classiques-garnier.com/les-aventures-d-olivier-twist.html>)
## TODO Charles Millevoye
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/millevoye-charles-oeuvres.html>)
## TODO Charles Nodier
- [ ] [Contes](https://classiques-garnier.com/contes-4.html>)
## TODO Charles Sorel
- [ ] [Histoire comique de Francion](https://classiques-garnier.com/histoire-comique-de-francion.html>)
## TODO Charles-Albert Demoustier
- [ ] [Lettres à Émilie sur la mythologie](https://classiques-garnier.com/lettres-a-emilie-sur-la-mythologie.html>)
## TODO Charles-Augustin Sainte-Beuve
- [X] [Chateaubriand et son groupe littéraire sous l\'Empire. Tome I](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-et-son-groupe-litteraire-sous-l-empire-tome-i-cours-professe-a-liege-en-1848-1849.html>)
- [X] [Volupté](https://classiques-garnier.com/volupte.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du Moyen Âge](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-moyen-age-villehardouin-joinville-froissart-villon-commynes-charles-d-orleans.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIe siècle Les prosateurs](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xvie-siecle-les-prosateurs-marguerite-de-navarre-rabelais-montluc-amyot-pasquier-la-boetie-montaigne-charron-agrippa-d-aubigne.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIe siècle Les poètes](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xvie-siecle-les-poetes-ronsard-du-bellay-louise-labe-du-bartas-desportes.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIe siècle Écrivains et orateurs religieux](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-ecrivains-et-orateurs-religieux-saint-francois-de-sales-bossuet-flechier-bourdaloue-fenelon-massillon.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les poètes](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-poetes-malherbe-racan-maynard-mathurin-regnier-theophile-de-viau-saint-amant-voiture-la-fontaine-boileau.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIe siècle Mémorialistes, épistoliers, romanciers](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-memorialistes-epistoliers-romanciers-le-cardinal-de-retz-madame-de-sevigne-madame-de-la-fayette-hamilton-saint-simon.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Auteurs dramatiques et poètes](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-auteurs-dramatiques-et-poetes-beaumarchais-florian-andre-chenier.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Philosophes et savants. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-philosophes-et-savants-tome-i-fontenelle-montesquieu-buffon-diderot.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Philosophes et savants. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-philosophes-et-savants-tome-ii-jean-jacques-rousseau-bernardin-de-saint-pierre.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Voltaire](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-voltaire-sa-vie-et-sa-correspondance.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Romanciers et moralistes](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-romanciers-et-moralistes-lesage-marivaux-l-abbe-prevost-vauvenargues-chamfort-rivarol.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-poetes-tome-i-lamartine-vigny.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-poetes-tome-ii-hugo-musset-theophile-gautier.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome III](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-poetes-tome-iii-marceline-desbordes-valmore-sainte-beuve-leconte-de-lisle-banville-baudelaire-sully-prudhomme.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Les romanciers. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-romanciers-tome-i-xavier-de-maistre-benjamin-constant-senancour-stendhal-balzac.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Les romanciers. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-romanciers-tome-ii-merimee-george-sand-fromentin-flaubert-edmond-et-jules-de-goncourt.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-i-joseph-de-maistre-joubert-de-bonald-paul-louis-courier.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-ii-la-mennais-victor-cousin-jouffroy.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes. Tome III](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-iii-lacordaire-montalembert-louis-veuillot-renan-taine.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Chateaubriand](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-chateaubriand.html>)
- [ ] [Les Grands Écrivains français du XIXe siècle Mme de Stael](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-madame-de-stael.html>)
- [X] [Chateaubriand et son groupe littéraire sous l\'Empire. Tome II](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-et-son-groupe-litteraire-sous-l-empire-tome-ii-cours-professe-a-liege-en-1848-1849.html>)
- [X] [Pages choisies de Port-Royal. Tome I](https://classiques-garnier.com/pages-choisies-de-port-royal-tome-i.html>)
- [X] [Pages choisies de Port-Royal. Tome II](https://classiques-garnier.com/pages-choisies-de-port-royal-tome-ii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome I](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-i.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome II](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-ii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome III](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-iii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome IV](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-iv.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome IX](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-ix.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome V](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-v.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome VI](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-vi.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome VII](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-vii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome VIII](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-viii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome X](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-x.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XI](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xi.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XII](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XIII](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xiii.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XIV](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xiv.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XV](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xv.html>)
- [X] [Causeries du lundi. Tome XVI](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xvi-table-generale-et-analytique.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les poètes dramatiques](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-poetes-dramatiques-corneille-moliere-racine-regnard.html>)
- [X] [Les Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les philosophes et moralistes](https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-philosophes-et-moralistes-descartes-saint-evremond-la-rochefoucault-pascal-la-bruyere-pierre-bayle.html>)
- [ ] [Portraits de femmes](https://classiques-garnier.com/portraits-de-femmes.html>)
- [ ] [Portraits littéraires. Tome I](https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-i.html>)
- [ ] [Portraits littéraires. Tome II](https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-ii.html>](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xvi-table-generale-et-analytique.html>)
- [ ] [Portraits littéraires. Tome III](https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-iii.html>)
## TODO Chevalier de Mouhy
- [ ] [La Mouche ou les Aventures de M. Bigand](https://classiques-garnier.com/la-mouche-ou-les-aventures-de-m-bigand.html>)
## DONE Choderlos de Laclos
- [X] [Les Liaisons dangereuses](https://classiques-garnier.com/les-liaisons-dangereuses.html>)
## TODO Christie McDonald
- [ ] [French Global](https://classiques-garnier.com/french-global-une-nouvelle-perspective-sur-l-histoire-litteraire-1.html>)
## TODO Christophe Martin
- [ ] []« Éducations négatives »](https://classiques-garnier.com/educations-negatives-fictions-d-experimentation-pedagogique-au-xviiie-siecle.html>)
## TODO Chrétien de Troyes
- [ ] [Le Chevalier de la charrette](https://classiques-garnier.com/le-chevalier-de-la-charrette-lancelot-1.html>)
## TODO Claude Crébillon
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-i.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-ii.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome III](https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-iii.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome IV](https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-iv.html>)
## TODO Clément Marot
- [ ] [Œuvres poétiques complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/marot-clement-oeuvres-poetiques-completes-tome-i.html>)
- [ ] [Œuvres poétiques complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/marot-clement-oeuvres-poetiques-completes-tome-ii.html>)
## DONE Condorcet
- [X] [Écrits sur les États-Unis](https://classiques-garnier.com/ecrits-sur-les-etats-unis-1.html>)
## DONE Confucius
- [X] [Doctrine ou les Quatre Livres de philosophie morale et politique de la Chine](https://classiques-garnier.com/doctrine-ou-les-quatre-livres-de-philosophie-morale-et-politique-de-la-chine.html>)
## TODO Cyrano de Bergerac
- [ ] [Œuvres diverses](https://classiques-garnier.com/cyrano-de-bergerac-oeuvres-diverses.html>)
- [ ] [L\'Autre Monde ou les États et empires de la lune et du soleil](https://classiques-garnier.com/l-autre-monde-ou-les-etats-et-empires-de-la-lune-et-du-soleil.html>)
## TODO Daniel Defoe
- [ ] [Robinson Crusoé](https://classiques-garnier.com/robinson-crusoe.html>)
## TODO Dante Alighieri
- [ ] [La Divine Comédie](https://classiques-garnier.com/la-divine-comedie.html>)
- [ ] [Vie nouvelle](https://classiques-garnier.com/vie-nouvelle-1.html>)
## TODO David Herbert Lawrence
- [ ] [Nouvelles complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/nouvelles-completes-tome-i.html>)
- [ ] [Nouvelles complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/nouvelles-completes-tome-ii.html>)
## TODO Delphine Nicolas-Pierre
- [ ] [Simone de Beauvoir, l\'existence comme un roman](https://classiques-garnier.com/simone-de-beauvoir-l-existence-comme-un-roman-1.html>)
## TODO Denis Diderot
- [ ] [Mémoires pour Catherine II](https://classiques-garnier.com/memoires-pour-catherine-ii.html>)
- [ ] [Œuvres philosophiques](https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-philosophiques.html>)
- [ ] [Œuvres esthétiques](https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-esthetiques.html>)
- [ ] [Œuvres politiques](https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-politiques.html>)
- [ ] [Œuvres romanesques](https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-romanesques.html>)
## TODO Donald Frame
- [ ] [Montaigne](https://classiques-garnier.com/montaigne-une-vie-une-oeuvre.html>)
## TODO E.T.A. Hoffmann
- [ ] [Contes nocturnes](https://classiques-garnier.com/contes-nocturnes-1.html>)
- [ ] [Contes, récits et nouvelles choisis](https://classiques-garnier.com/contes-recits-et-nouvelles-choisis.html>)
## TODO Edgar Allan Poe
- [ ] [Contes policiers et autres](https://classiques-garnier.com/contes-policiers-et-autres-1.html>)
- [ ] [Nouvelles Histoires extraordinaires](https://classiques-garnier.com/nouvelles-histoires-extraordinaires.html>)
- [ ] [Histoires extraordinaires](https://classiques-garnier.com/histoires-extraordinaires.html>)
- [ ] [Histoires grotesques et sérieuses suivies des Derniers contes](https://classiques-garnier.com/histoires-grotesques-et-serieuses-suivies-des-derniers-contes.html>)
## TODO Edme Boursault
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/boursault-edme-theatre-choisi.html>)
## TODO Elsa de Lavergne
- [ ] [La Naissance du roman policier français](https://classiques-garnier.com/la-naissance-du-roman-policier-francais-du-second-empire-a-la-premiere-guerre-mondiale-1.html>)
## TODO Emily Brontë
- [ ] [Hurlemont](https://classiques-garnier.com/hurlemont-wuthering-heights.html>)
## TODO Eugène Fromentin
- [ ] [Les Maîtres d\'autrefois](https://classiques-garnier.com/les-maitres-d-autrefois.html>)
- [ ] [Dominique](https://classiques-garnier.com/dominique-1.html>)
## TODO Eugène-Melchior de Vogüé
- [ ] [Le Roman russe](https://classiques-garnier.com/le-roman-russe-1.html>)
## TODO Fiodor Dostoïevski
- [ ] [Les Frères Karamazov](https://classiques-garnier.com/les-freres-karamazov.html>)
## TODO Florence Prudhomme
- [ ] [Cahiers de mémoire, Kigali, 2019](https://classiques-garnier.com/cahiers-de-memoire-kigali-2019-1.html>)
- [ ] [Cahiers de mémoire, Kigali, 2014](https://classiques-garnier.com/cahiers-de-memoire-kigali-2014-1.html>)
## TODO Florent Carton Dancourt
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/dancourt-florent-carton-theatre-choisi.html>)
## TODO Fontenelle
- [ ] [Digression sur les Anciens et les Modernes et autres textes philosophiques](https://classiques-garnier.com/digression-sur-les-anciens-et-les-modernes-et-autres-textes-philosophiques-1.html>)
- [ ] [Éloges](https://classiques-garnier.com/eloges.html>)
## TODO Francesco Orlando
- [ ] [Les Objets désuets dans l\'imagination littéraire](https://classiques-garnier.com/les-objets-desuets-dans-l-imagination-litteraire-ruines-reliques-raretes-rebuts-lieux-inhabites-et-tresors-caches-1.html>)
## TODO Francisco Luís Gomes
- [ ] [Les Brahmanes](https://classiques-garnier.com/les-brahmanes-1.html>)
## TODO François Béroalde de Verville
- [ ] [Le Moyen de parvenir](https://classiques-garnier.com/le-moyen-de-parvenir-oeuvre-contenant-la-raison-de-tout-ce-qui-a-ete-est-et-sera.html>)
## TODO François Maynard
- [ ] [Poésies (1646)](https://classiques-garnier.com/poesies-1646.html>)
## TODO François Pétrarque
- [ ] [Le Chansonnier](https://classiques-garnier.com/le-chansonnier-canzoniere.html>)
- [ ] [Œuvres amoureuses](https://classiques-garnier.com/petrarque-francois-oeuvres-amoureuses-sonnets-et-triomphes.html>)
## TODO François Rabelais
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/rabelais-francois-oeuvres-completes-tome-ii.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/rabelais-francois-oeuvres-completes-tome-i.html>)
## TODO François Vidocq
- [ ] [Mémoires. Tome I](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-i-chapitres-i-xxx.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome II](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii-chapitres-xxxi-lxxvii.html>)
## TODO François Villon
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/villon-francois-oeuvres-1.html>)
## TODO François de Malherbe
- [ ] [Poésies](https://classiques-garnier.com/poesies-5.html>)
## TODO François-René de Chateaubriand
- [ ] [Atala suivi de René et des Aventures du dernier Abencérage](https://classiques-garnier.com/atala-suivi-de-rene-et-des-aventures-du-dernier-abencerage.html>)
- [ ] [Mémoires d\'outre-tombe. II](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-ii-oeuvres-completes-13.html>)
- [ ] [Mémoires d\'outre-tombe. IV](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-iv-oeuvres-completes-13.html>)
- [ ] [Les Martyrs ou le Triomphe de la religion chrétienne](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-les-martyrs-ou-le-triomphe-de-la-religion-chretienne-oeuvres-completes-4.html>)
- [ ] [Génie du christianisme. I](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-i-oeuvres-completes-2.html>)
- [ ] [Génie du christianisme. II](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-ii-oeuvres-completes-2.html>)
- [ ] [Génie du christianisme suivi de la Défense du génie du christianisme. III](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-suivi-de-la-defense-du-genie-du-christianisme-iii-oeuvres-completes-2.html>)
- [ ] [Itinéraire de Paris à Jérusalem](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-itineraire-de-paris-a-jerusalem-oeuvres-completes-5.html>)
- [ ] [Le Paradis perdu (de John Milton)](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-le-paradis-perdu-de-john-milton-oeuvres-completes-11.html>)
- [ ] [Mémoires d\'outre-tombe. I](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-i-oeuvres-completes-13.html>)
- [ ] [Mémoires d\'outre-tombe. III](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-iii-oeuvres-completes-13.html>)
- [ ] [Études historiques suivies des Mélanges historiques](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-etudes-historiques-suivies-des-melanges-historiques-oeuvres-completes-9.html>)
- [ ] [Voyages en Amérique, en Italie, au Mont-Blanc suivis des Mélanges littéraires](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-voyages-en-amerique-en-italie-au-mont-blanc-suivis-des-melanges-litteraires-oeuvres-completes-6.html>)
- [ ] [Histoire de France suivie des Quatre Stuarts et de la Vie de Rancé](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-histoire-de-france-suivie-des-quatre-stuarts-et-de-la-vie-de-rance-oeuvres-completes-10.html>)
- [ ] [Mélanges politiques suivis de Polémique (préface)](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-melanges-politiques-suivis-de-polemique-preface-oeuvres-completes-7.html>)
- [ ] [Congrés de Vérone suivi de la Guerre d\'Espagne](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-congres-de-verone-suivi-de-la-guerre-d-espagne-oeuvres-completes-12.html>)
- [ ] [Polémique suivie des Opinions et discours politiques et de fragments divers](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-polemique-suivie-des-opinions-et-discours-politiques-et-de-fragments-divers-oeuvres-completes-8.html>)
- [ ] [Essai sur les révolutions anciennes et modernes](https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-essai-sur-les-revolutions-anciennes-et-modernes-oeuvres-completes-1.html>)
## TODO Françoise de Graffigny
- [ ] [Lettres d\'une Péruvienne](https://classiques-garnier.com/lettres-d-une-peruvienne-1.html>)
## TODO Friedrich von Schiller
- [ ] [Œuvres dramatiques. Tome I](https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-tome-i-etude-sur-la-vie-de-schiller-les-brigands-la-conjuration-de-fiesque-et-intrigue-et-amour.html>)
- [ ] [Œuvres dramatiques. Tome II](https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-tome-ii-don-carlos-wallenstein-le-misanthrope-et-semele.html>)
- [ ] [Œuvres dramatiques suivies de plans et fragments. Tome III](https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-suivies-de-plans-et-fragments-tome-iii-marie-stuart-la-pucelle-d-orleans-la-fiancee-de-messine-et-guillaume-tell.html>)
## TODO Félicité de Lamennais
- [ ] [De l\'Art et du Beau](https://classiques-garnier.com/de-l-art-et-du-beau.html>)
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/lamennais-felicite-de-oeuvres-paroles-d-un-croyant-livre-du-peuple-une-voix-de-prison-melanges-du-passe-et-de-l-avenir-du-peuple-de-l-esclavage-moderne.html>)
- [ ] [De la Société première et de ses lois ou de la Religion](https://classiques-garnier.com/de-la-societe-premiere-et-de-ses-lois-ou-de-la-religion.html>)
- [ ] [Affaires de Rome](https://classiques-garnier.com/affaires-de-rome-des-maux-de-l-eglise-et-de-la-societe.html>)
- [ ] [Essai sur l\'indifférence en matière de religion. Tome I](https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-i-parties-i-et-ii.html>)
- [ ] [Essai sur l\'indifférence en matière de religion. Tome II](https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-ii-parties-iii-et-iv.html>)
- [ ] [Essai sur l\'indifférence en matière de religion. Tome III](https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-iii-partie-iv-suite.html>)
- [ ] [Essai sur l\'indifférence en matière de religion. Tome IV](https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-iv-partie-iv-suite-et-fin.html>)
## TODO Fénelon
- [ ] [Dialogues sur l\'éloquence](https://classiques-garnier.com/dialogues-sur-l-eloquence.html>)
- [ ] [Lectures spirituelles sur la vie intérieure](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-la-vie-interieure.html>)
- [ ] [De l\'existence de Dieu et autres œuvres choisies](https://classiques-garnier.com/de-l-existence-de-dieu-et-autres-oeuvres-choisies.html>)
- [ ] [Les Aventures de Télémaque](https://classiques-garnier.com/les-aventures-de-telemaque.html>)
## TODO Georg Luck
- [ ] [Arcana Mundi](https://classiques-garnier.com/arcana-mundi-magie-et-occulte-dans-les-mondes-grec-et-romain-1.html>)
## TODO George Sand
- [ ] [Indiana](https://classiques-garnier.com/indiana.html>)
- [ ] [Les Maîtres sonneurs](https://classiques-garnier.com/les-maitres-sonneurs.html>)
- [ ] [La Petite Fadette](https://classiques-garnier.com/la-petite-fadette.html>)
- [ ] [La Mare au diable suivie de François le Champi](https://classiques-garnier.com/la-mare-au-diable-suivie-de-francois-le-champi.html>)
## TODO Georges Feydeau
- [ ] [Théâtre complet. Tome II](https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-ii.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome III](https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-iii.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome IV](https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-iv.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome I](https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-i.html>)
## TODO Gottfried Wilhelm Leibniz
- [ ] [Œuvres choisies](https://classiques-garnier.com/leibniz-gottfried-wilhelm-oeuvres-choisies.html>)
## TODO Gregorio Martínez Sierra
- [ ] [Jardin ensoleillé](https://classiques-garnier.com/jardin-ensoleille.html>)
## TODO Gustave Flaubert
- [ ] [La Tentation de saint Antoine](https://classiques-garnier.com/la-tentation-de-saint-antoine.html>)
- [ ] [Salammbô](https://classiques-garnier.com/salammbo.html>)
- [ ] [Trois Contes](https://classiques-garnier.com/trois-contes-un-coeur-simple-la-legende-de-saint-julien-l-hospitalier-et-herodias.html>)
- [ ] [Bouvard et Pécuchet](https://classiques-garnier.com/bouvard-et-pecuchet.html>)
- [X] [Madame Bovary](https://classiques-garnier.com/madame-bovary-moeurs-de-province.html>)
- [ ] [L\'Éducation sentimentale](https://classiques-garnier.com/l-education-sentimentale-histoire-d-un-jeune-homme.html>)
## TODO Guy de Maupassant
- [ ] [Le Horla et autres Contes cruels et fantastiques](https://classiques-garnier.com/le-horla-et-autres-contes-cruels-et-fantastiques.html>)
- [ ] [La Parure et autres contes parisiens](https://classiques-garnier.com/la-parure-et-autres-contes-parisiens.html>)
- [ ] [Boule de suif et autres contes normands](https://classiques-garnier.com/boule-de-suif-et-autres-contes-normands.html>)
- [ ] [Bel-Ami](https://classiques-garnier.com/bel-ami.html>)
- [ ] [Pierre et Jean](https://classiques-garnier.com/pierre-et-jean.html>)
## TODO Gédéon Tallemant des Réaux
- [ ] [Les Historiettes. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-i.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-ii.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome III](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-iii.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome IV](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-iv.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome V](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-v.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome VI](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-vi.html>)
- [ ] [Les Historiettes. Tome VII](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-vii.html>)
- [ ] [Les Historiettes suivies de la table générale. Tome VIII](https://classiques-garnier.com/les-historiettes-suivies-de-la-table-generale-tome-viii.html>)
## TODO Gérard de Nerval
- [ ] [Les Nuits d\'octobre suivi de Contes et Facéties](https://classiques-garnier.com/les-nuits-d-octobre-suivi-de-contes-et-faceties.html>)
- [ ] [Les Filles du feu](https://classiques-garnier.com/les-filles-du-feu.html>)
- [ ] [Scènes de la vie orientale. Tome 1](https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-orientale-tome-1-les-femmes-du-caire.html>)
- [ ] [Scènes de la vie orientale. Tome 2](https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-orientale-tome-2-les-femmes-du-liban.html>)
- [ ] [Aurélia ou le Rêve et la Vie](https://classiques-garnier.com/aurelia-ou-le-reve-et-la-vie.html>)
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/nerval-gerard-de-oeuvres.html>)
## TODO Hans Christian Andersen
- [ ] [Contes danois. Tome IV](https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-iv.html>)
- [ ] [Contes danois. Tome V](https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-v.html>)
- [ ] [Contes danois. Tome I](https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-i.html>)
- [ ] [Contes danois. Tome II](https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-ii.html>)
- [ ] [Contes danois. Tome III](https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-iii.html>)
## TODO Harriet Beecher Stowe
- [ ] [La Case de l\'oncle Tom ou la Vie des nègres en Amérique](https://classiques-garnier.com/la-case-de-l-oncle-tom-ou-la-vie-des-negres-en-amerique.html>)
## TODO Heinrich Heine
- [ ] [Le Livre des chants](https://classiques-garnier.com/le-livre-des-chants.html>)
## TODO Henri Beyle, dit Stendhal
- [ ] [De l\'amour](https://classiques-garnier.com/de-l-amour.html>)
- [ ] [La Chartreuse de Parme](https://classiques-garnier.com/la-chartreuse-de-parme.html>)
- [ ] [Armance](https://classiques-garnier.com/armance.html>)
- [ ] [Vie de Henry Brulard](https://classiques-garnier.com/vie-de-henry-brulard.html>)
- [ ] [L\'Abbesse de Castro suivie de Vittoria Accoramboni, Les Cenci, La Duchesse de Palliano, Vanina Vanini, Le Coffre et le Revenant, Le Philtre](https://classiques-garnier.com/l-abbesse-de-castro-suivie-de-vittoria-accoramboni-les-cenci-la-duchesse-de-palliano-vanina-vanini-le-coffre-et-le-revenant-le-philtre.html>)
- [ ] [Le Rouge et le Noir](https://classiques-garnier.com/le-rouge-et-le-noir-chronique-du-xixe-siecle.html>)
## TODO Henri de Régnier
- [ ] [Correspondance (1893-1936)](https://classiques-garnier.com/correspondance-1893-1936-1.html>)
## TODO Henri-Dominique Lacordaire
- [ ] [Sainte Marie-Madeleine](https://classiques-garnier.com/sainte-marie-madeleine.html>)
- [ ] [Vie de saint Dominique précédée du Mémoire pour le rétablissement en France de l\'Ordre des Frères prêcheurs](https://classiques-garnier.com/vie-de-saint-dominique-precedee-du-memoire-pour-le-retablissement-en-france-de-l-ordre-des-freres-precheurs.html>)
- [ ] [Conférences de Notre-Dame de Paris. Tome I](https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-i-annees-1835-1836-et-1843.html>)
- [ ] [Conférences de Notre-Dame de Paris. Tome II](https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-ii-annees-1844-1845.html>)
- [ ] [Conférences de Notre-Dame de Paris. Tome III](https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-iii-annees-1846-1848.html>)
- [ ] [Conférences de Notre-Dame de Paris. Tome IV](https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-iv-annees-1849-1850.html>)
- [ ] [Conférences de Notre-Dame de Paris suivies des Conférences de Toulouse. Tome V](https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-suivies-des-conferences-de-toulouse-tome-v-annees-1851-1854.html>)
- [ ] [Notices et panégyriques](https://classiques-garnier.com/notices-et-panegyriques.html>)
## TODO Henry Fielding
- [ ] [Histoire de Tom Jones, ou l\'Enfant trouvé (1750)](https://classiques-garnier.com/histoire-de-tom-jones-ou-l-enfant-trouve-1750.html>)
## TODO Henry Murger
- [ ] [Le Bonhomme Jadis](https://classiques-garnier.com/le-bonhomme-jadis.html>)
- [ ] [Le Pays latin suivi des Buveurs d\'Eau et de La Scène du Gouverneur](https://classiques-garnier.com/le-pays-latin-suivi-des-buveurs-d-eau-et-de-la-scene-du-gouverneur.html>)
- [ ] [Scènes de la vie de bohème](https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-de-boheme.html>)
## TODO Honorat de Bueil de Racan
- [ ] [Les Bergeries et autres poésies lyriques](https://classiques-garnier.com/les-bergeries-et-autres-poesies-lyriques.html>)
## TODO Honoré de Balzac
- [ ] [Histoire des treize](https://classiques-garnier.com/histoire-des-treize-ferragus-la-duchesse-de-langeais-la-fille-aux-yeux-d-or.html>)
- [ ] [L\'Illustre Gaudissart suivi de La Muse du département](https://classiques-garnier.com/l-illustre-gaudissart-suivi-de-la-muse-du-departement.html>)
- [ ] [Les Petits Bourgeois](https://classiques-garnier.com/les-petits-bourgeois.html>)
- [ ] [Le Curé de Tours suivi de Pierrette](https://classiques-garnier.com/le-cure-de-tours-suivi-de-pierrette.html>)
- [ ] [La Rabouilleuse](https://classiques-garnier.com/la-rabouilleuse.html>)
- [ ] [Illusions perdues](https://classiques-garnier.com/illusions-perdues.html>)
- [ ] [Le Cousin Pons](https://classiques-garnier.com/le-cousin-pons.html>)
- [ ] [La Cousine Bette](https://classiques-garnier.com/la-cousine-bette.html>)
- [ ] [Le Colonel Chabert suivi de Honorine et de L\'Interdiction](https://classiques-garnier.com/le-colonel-chabert-suivi-de-honorine-et-de-l-interdiction.html>)
- [ ] [La Femme de trente ans](https://classiques-garnier.com/la-femme-de-trente-ans.html>)
- [ ] [Le Lys dans la vallée](https://classiques-garnier.com/le-lys-dans-la-vallee.html>)
- [ ] [La Peau de chagrin](https://classiques-garnier.com/la-peau-de-chagrin.html>)
- [ ] [Eugénie Grandet](https://classiques-garnier.com/eugenie-grandet.html>)
- [ ] [Le Père Goriot](https://classiques-garnier.com/le-pere-goriot.html>)
- [ ] [Béatrix](https://classiques-garnier.com/beatrix.html>)
- [ ] [Le Cabinet des Antiques](https://classiques-garnier.com/le-cabinet-des-antiques.html>)
- [ ] [Les Chouans](https://classiques-garnier.com/les-chouans.html>)
- [ ] [L\'Envers de l\'histoire contemporaine suivi d\'un fragment inédit Les Précepteurs en Dieu](https://classiques-garnier.com/l-envers-de-l-histoire-contemporaine-suivi-d-un-fragment-inedit-les-precepteurs-en-dieu.html>)
- [ ] [Le Médecin de campagne](https://classiques-garnier.com/le-medecin-de-campagne.html>)
- [ ] [Splendeurs et misères des courtisanes](https://classiques-garnier.com/splendeurs-et-miseres-des-courtisanes.html>)
- [ ] [Histoire de la grandeur et de la décadence de César Birotteau](https://classiques-garnier.com/histoire-de-la-grandeur-et-de-la-decadence-de-cesar-birotteau.html>)
- [ ] [La Maison du chat-qui-pelote suivie du Bal de Sceaux et de La Vendetta](https://classiques-garnier.com/la-maison-du-chat-qui-pelote-suivie-du-bal-de-sceaux-et-de-la-vendetta.html>)
- [ ] [La Vieille Fille](https://classiques-garnier.com/la-vieille-fille.html>)
- [ ] [Les Paysans](https://classiques-garnier.com/les-paysans.html>)
- [ ] [Ursule Mirouët](https://classiques-garnier.com/ursule-mirouet.html>)
## TODO Hégésippe Moreau
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/moreau-hegesippe-oeuvres-le-myosotis-et-contes-en-prose.html>)
## TODO Hélène Vérin
- [ ] [Entrepreneurs, entreprise](https://classiques-garnier.com/entrepreneurs-entreprise-histoire-d-une-idee-1.html>)
## TODO Jacob et Wilhelm Grimm
- [ ] [Contes](https://classiques-garnier.com/contes-3.html>)
## TODO Jacques Bénigne Bossuet
- [ ] [Oraisons funèbres et panégyriques. Tome II](https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres-et-panegyriques-tome-ii.html>)
- [ ] [Oraisons funèbres et panégyriques. Tome I](https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres-et-panegyriques-tome-i.html>)
- [ ] [De la connaissance de Dieu et de soi-même](https://classiques-garnier.com/de-la-connaissance-de-dieu-et-de-soi-meme.html>)
- [ ] [Élévations à Dieu sur tous les mystères de la religion chrétienne](https://classiques-garnier.com/elevations-a-dieu-sur-tous-les-mysteres-de-la-religion-chretienne.html>)
- [ ] [Sermons. Tome I](https://classiques-garnier.com/sermons-tome-i.html>)
- [ ] [Sermons. Tome II](https://classiques-garnier.com/sermons-tome-ii.html>)
- [ ] [Sermons. Tome III](https://classiques-garnier.com/sermons-tome-iii.html>)
- [ ] [Méditations sur l\'Évangile. Tome I](https://classiques-garnier.com/meditations-sur-l-evangile-tome-i.html>)
- [ ] [Méditations sur l\'Évangile. Tome II](https://classiques-garnier.com/meditations-sur-l-evangile-tome-ii.html>)
- [ ] [Sermons. Tome IV](https://classiques-garnier.com/sermons-tome-iv.html>)
- [ ] [Discours sur l\'histoire universelle](https://classiques-garnier.com/discours-sur-l-histoire-universelle.html>)
- [ ] [Lectures spirituelles pour la préparation au carême](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-la-preparation-au-careme.html>)
- [ ] [Histoire des variations des églises protestantes. Tome I](https://classiques-garnier.com/histoire-des-variations-des-eglises-protestantes-tome-i-livres-i-ix.html>)
- [ ] [Histoire des variations des églises protestantes. Tome II](https://classiques-garnier.com/histoire-des-variations-des-eglises-protestantes-tome-ii-livres-x-xv.html>)
- [ ] [Traité de la concupiscence suivi des Lettre, maximes et réflexions sur la comédie, de La Logique et du Traité du libre arbitre](https://classiques-garnier.com/traite-de-la-concupiscence-suivi-des-lettre-maximes-et-reflexions-sur-la-comedie-de-la-logique-et-du-traite-du-libre-arbitre.html>)
## TODO Jacques Casanova de Seingalt
- [ ] [Mémoires. Tome I](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-i.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome II](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome III](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-iii.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome IV](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-iv.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome V](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-v.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome VI](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-vi.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome VII](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-vii.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome VIII](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-viii.html>)
## TODO Jacques Grévin
- [ ] [Théâtre complet et Poésies choisies](https://classiques-garnier.com/grevin-jacques-theatre-complet-et-poesies-choisies.html>)
## TODO Jacques Jasmin
- [ ] [Las Papilhôtos. Tome II](https://classiques-garnier.com/las-papilhotos-tome-ii-les-satires-et-les-epitres.html>)
- [ ] [Las Papilhôtos. Tome I](https://classiques-garnier.com/las-papilhotos-tome-i-les-poemes-et-les-odes.html>)
## TODO Jacques Ninet
- [ ] [Taux d\'intérêt négatifs](https://classiques-garnier.com/taux-d-interet-negatifs-le-trou-noir-du-capitalisme-financier.html>)
## TODO Jacques de Voragine
- [ ] [La Légende dorée](https://classiques-garnier.com/la-legende-doree-2.html>)
## TODO James Macpherson
- [ ] [Œuvres d\'Ossian](https://classiques-garnier.com/macpherson-james-oeuvres-d-ossian-1.html>)
## TODO Janina Hescheles Altman
- [ ] [Les Cahiers de Janina](https://classiques-garnier.com/les-cahiers-de-janina.html>)
## TODO Jean Anthelme Brillat-Savarin
- [ ] [Physiologie du goût ou méditations de gastronomie transcendante](https://classiques-garnier.com/physiologie-du-gout-ou-meditations-de-gastronomie-transcendante.html>)
## TODO Jean Boccace
- [ ] [Le Décaméron](https://classiques-garnier.com/le-decameron.html>)
## TODO Jean Racine
- [ ] [Théâtre complet](https://classiques-garnier.com/racine-jean-theatre-complet-1.html>)
## TODO Jean Second
- [ ] [Les Baisers suivis de l\' Épithalame, des Odes et des Élégies](https://classiques-garnier.com/les-baisers-suivis-de-l-epithalame-des-odes-et-des-elegies.html>)
## TODO Jean Vauquelin de la Fresnaye
- [ ] [L\'Art poétique](https://classiques-garnier.com/l-art-poetique-texte-conforme-a-l-edition-de-1605.html>)
## TODO Jean de Joinville
- [ ] [Vie de saint Louis](https://classiques-garnier.com/vie-de-saint-louis-1.html>)
## TODO Jean de La Bruyère
- [ ] [Les Caractères ou les Mœurs de ce siècle précédés des Caractères de Théophraste](https://classiques-garnier.com/les-caracteres-ou-les-moeurs-de-ce-siecle-precedes-des-caracteres-de-theophraste.html>)
## TODO Jean de La Fontaine
- [ ] [Fables choisies](https://classiques-garnier.com/fables-choisies.html>)
- [ ] [Contes et nouvelles en vers](https://classiques-garnier.com/contes-et-nouvelles-en-vers.html>)
- [ ] [Théâtre](https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-theatre-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Poèmes et poésies diverses](https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-poemes-et-poesies-diverses-oeuvres-completes-4.html>)
- [ ] [Les Amours de Psyché suivies des Opuscules en prose et des lettres](https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-les-amours-de-psyche-suivies-des-opuscules-en-prose-et-des-lettres-oeuvres-completes-5.html>)
## TODO Jean de Rotrou
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/rotrou-jean-de-theatre-choisi.html>)
## TODO Jean-Baptiste Massillon
- [ ] [Petit Carême suivi de sermons divers](https://classiques-garnier.com/petit-careme-suivi-de-sermons-divers.html>)
- [ ] [Lectures spirituelles pour le temps du carême](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-le-temps-du-careme.html>)
- [ ] [Oraisons funèbres](https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres.html>)
## TODO Jean-Baptiste-Louis Gresset
- [ ] [Œuvres choisies](https://classiques-garnier.com/gresset-jean-baptiste-louis-oeuvres-choisies.html>)
## TODO Jean-Christophe Igalens
- [ ] [Casanova](https://classiques-garnier.com/casanova-l-ecrivain-en-ses-fictions-1.html>)
## TODO Jean-François Collin d\'Harleville
- [ ] [Théâtre suivi de poésies fugitives](https://classiques-garnier.com/collin-d-harleville-jean-francois-theatre-suivi-de-poesies-fugitives.html>)
## TODO Jean-François Regnard
- [ ] [Théâtre](https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-theatre.html>)
- [ ] [Œuvres. Tome I](https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-oeuvres-tome-i.html>)
- [ ] [Œuvres. Tome II](https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-oeuvres-tome-ii.html>)
## TODO Jean-Jacques Rousseau
- [ ] [Œuvres politiques](https://classiques-garnier.com/rousseau-jean-jacques-oeuvres-politiques.html>)
- [ ] [Rousseau juge de Jean Jaques](https://classiques-garnier.com/rousseau-juge-de-jean-jaques-manuscrit-condillac-avec-les-variantes-ulterieures.html>)
- [ ] [Les Rêveries du promeneur solitaire, cartes à jouer](https://classiques-garnier.com/les-reveries-du-promeneur-solitaire-cartes-a-jouer.html>)
- [ ] [Les Rêveries du promeneur solitaire Édition augmentée des Lettres à Malesherbes](https://classiques-garnier.com/les-reveries-du-promeneur-solitaire-edition-augmentee-des-lettres-a-malesherbes.html>)
- [ ] [Émile ou de l\'éducation](https://classiques-garnier.com/emile-ou-de-l-education.html>)
- [ ] [Lettre à d\'Alembert sur les spectacles](https://classiques-garnier.com/lettre-a-d-alembert-sur-les-spectacles.html>)
- [ ] [Julie ou la Nouvelle Héloïse](https://classiques-garnier.com/julie-ou-la-nouvelle-heloise-1.html>)
- [ ] [Les Confessions](https://classiques-garnier.com/les-confessions.html>)
## TODO Jean-Joseph Vadé
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/vade-jean-joseph-oeuvres.html>)
## TODO Jean-Pierre Camus
- [ ] [Les Spectacles d\'horreur](https://classiques-garnier.com/les-spectacles-d-horreur-1.html>)
## TODO Jean-Pierre Claris de Florian
- [ ] [Fables et théâtre](https://classiques-garnier.com/fables-et-theatre.html>)
## TODO Joachim Du Bellay
- [ ] [La Défense et Illustration de la langue française suivie De la Précellence du langage françois par Henri Estienne](https://classiques-garnier.com/la-defense-et-illustration-de-la-langue-francaise-suivie-de-la-precellence-du-langage-francois-par-henri-estienne.html>)
- [ ] [Œuvres poétiques. Tome I](https://classiques-garnier.com/du-bellay-joachim-oeuvres-poetiques-tome-i-l-olive-l-anterotique-vers-lyriques-recueil-de-poesie-oeuvre-de-l-invention-de-l-autheur.html>)
- [ ] [Œuvres poétiques. Tome II](https://classiques-garnier.com/du-bellay-joachim-oeuvres-poetiques-tome-ii-les-antiquitez-le-songe-les-regrets-le-poete-courtisan-divers-jeux-rustiques.html>)
## TODO Joaquim Maria Machado de Assis
- [ ] [Histoires diverses](https://classiques-garnier.com/histoires-diverses.html>)
- [ ] [Mémoires posthumes de Braz Cubas](https://classiques-garnier.com/memoires-posthumes-de-braz-cubas.html>)
- [ ] [Quelques Contes](https://classiques-garnier.com/quelques-contes.html>)
## TODO Johan Ludvig Runeberg
- [ ] [Œuvres suivies de poésies détachées](https://classiques-garnier.com/runeberg-johan-ludvig-oeuvres-suivies-de-poesies-detachees-le-porte-enseigne-stole-la-veillee-de-noel-hanna-et-le-roi-fialar.html>)
## TODO Johann Wolfgang von Gœthe
- [ ] [Faust suivi du Second Faust](https://classiques-garnier.com/faust-suivi-du-second-faust.html>)
- [ ] [Werther suivi de Hermann et Dorothée](https://classiques-garnier.com/werther-suivi-de-hermann-et-dorothee.html>)
## TODO John Gay
- [ ] [Trivia et autres vues urbaines](https://classiques-garnier.com/trivia-et-autres-vues-urbaines-1.html>)
## TODO Jonathan Swift
- [ ] [Voyages de Gulliver](https://classiques-garnier.com/voyages-de-gulliver.html>)
## TODO Joris-Karl Huysmans
- [ ] [À rebours](https://classiques-garnier.com/a-rebours-1.html>)
## TODO Joseph de Maistre
- [ ] [Les Soirées de Saint-Pétersbourg ou Entretiens sur le gouvernement temporel de la providence. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-soirees-de-saint-petersbourg-ou-entretiens-sur-le-gouvernement-temporel-de-la-providence-tome-i.html>)
- [ ] [Les Soirées de Saint-Pétersbourg ou Entretiens sur le gouvernement temporel de la providence. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-soirees-de-saint-petersbourg-ou-entretiens-sur-le-gouvernement-temporel-de-la-providence-tome-ii.html>)
- [ ] [Du Pape](https://classiques-garnier.com/du-pape.html>)
## TODO Jules Amédée Barbey d\'Aurevilly
- [ ] [Les Diaboliques](https://classiques-garnier.com/les-diaboliques.html>)
## TODO Jules Michelet
- [ ] [Pages littéraires](https://classiques-garnier.com/pages-litteraires.html>)
- [ ] [Pages historiques](https://classiques-garnier.com/pages-historiques.html>)
## TODO Julie de Lespinasse
- [ ] [Lettres](https://classiques-garnier.com/lettres-1.html>)
## TODO Jérôme Blanc
- [ ] [Les Pensées monétaires dans l\'histoire](https://classiques-garnier.com/les-pensees-monetaires-dans-l-histoire-l-europe-1517-1776-1.html>)
## TODO La Rochefoucauld
- [ ] [Maximes suivies des Réflexions diverses](https://classiques-garnier.com/maximes-suivies-des-reflexions-diverses.html>)
## TODO Laurence Campa
- [ ] [Poètes de la Grande Guerre](https://classiques-garnier.com/poetes-de-la-grande-guerre-experience-combattante-et-activite-poetique-1.html>)
## TODO Laurence Sterne
- [ ] [Voyage sentimental](https://classiques-garnier.com/voyage-sentimental-1.html>)
- [ ] [Tristram Shandy. Tome I](https://classiques-garnier.com/tristram-shandy-tome-i-chapitres-i-cciv.html>)
- [ ] [Tristram Shandy suivi du Voyage sentimental. Tome II](https://classiques-garnier.com/tristram-shandy-suivi-du-voyage-sentimental-tome-ii-chapitres-ccv-cccliii.html>)
## TODO Le Pogge
- [ ] [Les Facéties suivies de la Description des bains de Bade au XVe siècle et du dialogue Un vieillard doit-il se marier ?](https://classiques-garnier.com/les-faceties-suivies-de-la-description-des-bains-de-bade-au-xve-siecle-et-du-dialogue-un-vieillard-doit-il-se-marier.html>)
## TODO Le Tasse
- [ ] [La Jérusalem délivrée](https://classiques-garnier.com/la-jerusalem-delivree.html>)
## TODO Lord Byron
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-i.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-ii.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome III](https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-iii.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome IV](https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-iv.html>)
## TODO Louis Bourdaloue
- [ ] [Sermons choisis](https://classiques-garnier.com/sermons-choisis.html>)
- [ ] [Chefs-d\'œuvre oratoires suivis d\'opuscules](https://classiques-garnier.com/chefs-d-oeuvre-oratoires-suivis-d-opuscules.html>)
- [ ] [Lectures spirituelles pour le temps de l\'avent](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-le-temps-de-l-avent.html>)
## TODO Louis Petit de Bachaumont
- [ ] [Mémoires secrets (1762-1771)](https://classiques-garnier.com/memoires-secrets-1762-1771.html>)
## TODO Louis-Benoît Picard
- [ ] [Théâtre. Tome I](https://classiques-garnier.com/picard-louis-benoit-theatre-tome-i.html>)
- [ ] [Théâtre. Tome II](https://classiques-garnier.com/picard-louis-benoit-theatre-tome-ii.html>)
## TODO Louise Michel
- [ ] [La Chasse aux loups](https://classiques-garnier.com/la-chasse-aux-loups-1.html>)
## TODO Louvet de Couvray
- [ ] [Les Amours du chevalier de Faublas. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-amours-du-chevalier-de-faublas-tome-i.html>)
- [ ] [Les Amours du chevalier de Faublas. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-amours-du-chevalier-de-faublas-tome-ii.html>)
## TODO Ludovic Tournès
- [ ] [Sciences de l\'homme et politique](https://classiques-garnier.com/sciences-de-l-homme-et-politique-les-fondations-philanthropiques-americaines-en-france-au-xxe-siecle-1.html>)
## TODO Ludwig Tieck
- [ ] [La Barbe bleue suivie des Sept Femmes de Barbe-Bleue](https://classiques-garnier.com/la-barbe-bleue-suivie-des-sept-femmes-de-barbe-bleue.html>)
## TODO Luis de Camoëns
- [ ] [Les Lusiades](https://classiques-garnier.com/les-lusiades.html>)
## TODO L\' Arioste
- [ ] [Roland furieux. Tome I](https://classiques-garnier.com/roland-furieux-tome-i-chants-i-xxiii.html>)
- [ ] [Roland furieux. Tome II](https://classiques-garnier.com/roland-furieux-tome-ii-chants-xxiv-xlvi.html>)
## TODO Madame de Lafayette
- [ ] [Romans et nouvelles](https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-la-princesse-de-montpensier-zaide-la-princesse-de-cleves-et-la-comtesse-de-tende.html>)
## TODO Madame de Maintenon
- [ ] [Proverbes dramatiques](https://classiques-garnier.com/proverbes-dramatiques-1.html>)
## TODO Madame de Murat
- [ ] [Journal pour Mademoiselle de Menou](https://classiques-garnier.com/journal-pour-mademoiselle-de-menou-1.html>)
## TODO Madame de Staël
- [ ] [De la littérature considérée dans ses rapports avec les institutions sociales](https://classiques-garnier.com/de-la-litterature-consideree-dans-ses-rapports-avec-les-institutions-sociales.html>)
- [ ] [Corinne ou l\'Italie](https://classiques-garnier.com/corinne-ou-l-italie.html>)
- [ ] [De l\'Allemagne. Tome I](https://classiques-garnier.com/de-l-allemagne-tome-i.html>)
- [ ] [De l\'Allemagne. Tome II](https://classiques-garnier.com/de-l-allemagne-tome-ii.html>)
- [ ] [Delphine](https://classiques-garnier.com/delphine.html>)
## TODO Madame de Sévigné
- [ ] [Lettres choisies](https://classiques-garnier.com/lettres-choisies.html>)
## TODO Manuel Ugarte
- [ ] [Contes de la Pampa](https://classiques-garnier.com/contes-de-la-pampa-2.html>)
- [ ] [Contes de la Pampa](https://classiques-garnier.com/contes-de-la-pampa-1.html>)
## TODO Marc-Antoine Désaugiers
- [ ] [Théâtre](https://classiques-garnier.com/desaugiers-marc-antoine-theatre.html>)
## TODO Marcel Proust
- [ ] [La Prisonnière](https://classiques-garnier.com/la-prisonniere.html>)
## TODO Marceline Desbordes-Valmore
- [ ] [Poésies choisies](https://classiques-garnier.com/poesies-choisies.html>)
## TODO Marguerite de Navarre
- [ ] [L\'Heptaméron](https://classiques-garnier.com/l-heptameron.html>)
## TODO Marguerite de Valois
- [ ] [Album de poésies (Manuscrit français 25455 de la BNF)](https://classiques-garnier.com/album-de-poesies-manuscrit-francais-25455-de-la-bnf.html>)
## TODO Marivaux
- [ ] [Journaux et œuvres diverses](https://classiques-garnier.com/journaux-et-oeuvres-diverses.html>)
- [ ] [La Vie de Marianne ou les Aventures de Madame la comtesse de **\***](https://classiques-garnier.com/la-vie-de-marianne-ou-les-aventures-de-madame-la-comtesse-de.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome II](https://classiques-garnier.com/marivaux-theatre-complet-tome-ii.html>)
- [ ] [Le Paysan parvenu](https://classiques-garnier.com/le-paysan-parvenu.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome I](https://classiques-garnier.com/marivaux-theatre-complet-tome-i.html>)
## TODO Marquise de Créquy
- [ ] [Souvenirs de 1710 à 1803. Tomes I et II](https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-i-et-ii.html>)
- [ ] [Souvenirs de 1710 à 1803. Tomes III et IV](https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-iii-et-iv.html>)
- [ ] [Souvenirs de 1710 à 1803. Tomes V et VI](https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-v-et-vi.html>)
- [ ] [Souvenirs de 1710 à 1803. Tomes VII et VIII](https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-vii-et-viii.html>)
- [ ] [Souvenirs de 1710 à 1803. Tomes IX et X](https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-ix-et-x.html>)
## TODO Mary Shelley
- [ ] [Les Aventures de Perkin Warbeck](https://classiques-garnier.com/les-aventures-de-perkin-warbeck-1.html>)
## TODO Mathurin Régnier
- [ ] [Œuvres complètes](https://classiques-garnier.com/regnier-mathurin-oeuvres-completes-satyres-epitres-elegies-poesies-diverses-et-spirituelles.html>)
## TODO Maurice Scève
- [ ] [Microcosme](https://classiques-garnier.com/microcosme.html>)
- [ ] [Œuvres poétiques complètes](https://classiques-garnier.com/sceve-maurice-oeuvres-poetiques-completes-delie-arion-saulsaye-microcosme-poesies-diverses-et-latines.html>)
- [ ] [Délie](https://classiques-garnier.com/delie-objet-de-plus-haute-vertu.html>)
## TODO Maurice de Guérin
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/guerin-maurice-de-oeuvres-le-cahier-vert-pages-sans-titre-poemes-lettres-a-barbey-d-aurevilly.html>)
## TODO Michel Lutfalla
- [ ] [Une histoire de la dette publique en France](https://classiques-garnier.com/une-histoire-de-la-dette-publique-en-france-1.html>)
## TODO Michel de Montaigne
- [ ] [Essais. Tome I](https://classiques-garnier.com/essais-tome-i-livre-i-livre-ii-chapitres-i-xii.html>)
- [ ] [Essais. Tome II](https://classiques-garnier.com/essais-tome-ii-livre-ii-chapitres-xiii-a-xxxvii-livre-iii.html>)
- [ ] [Journal de voyage en Italie par la Suisse et l\'Allemagne en 1580 et 1581](https://classiques-garnier.com/journal-de-voyage-en-italie-par-la-suisse-et-l-allemagne-en-1580-et-1581.html>)
## TODO Michel-Jean Sedaine
- [ ] [Théâtre](https://classiques-garnier.com/sedaine-michel-jean-theatre.html>)
## TODO Miguel de Cervantès
- [ ] [Don Quichotte de la Manche](https://classiques-garnier.com/don-quichotte-de-la-manche.html>)
- [ ] [Les Nouvelles exemplaires](https://classiques-garnier.com/les-nouvelles-exemplaires.html>)
## TODO Mirabeau
- [ ] [Lettres d\'amour](https://classiques-garnier.com/lettres-d-amour.html>)
## TODO Molière
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/moliere-oeuvres-completes-tome-i.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/moliere-oeuvres-completes-tome-ii.html>)
## TODO Montesquieu
- [ ] [Correspondance choisie](https://classiques-garnier.com/correspondance-choisie-avec-respect-et-l-amitie-la-plus-tendre-1.html>)
- [ ] [Considérations sur les causes de la grandeur des Romains et de leur décadence](https://classiques-garnier.com/considerations-sur-les-causes-de-la-grandeur-des-romains-et-de-leur-decadence.html>)
- [ ] [L\'Esprit des lois. Tome I](https://classiques-garnier.com/l-esprit-des-lois-tome-i-livres-i-xix.html>)
- [ ] [L\'Esprit des lois. Tome II](https://classiques-garnier.com/l-esprit-des-lois-tome-ii-livres-xx-xxxi.html>)
- [ ] [Lettres persanes](https://classiques-garnier.com/lettres-persanes.html>)
## TODO Nathaniel Hawthorne
- [ ] [L\'Élixir de vie](https://classiques-garnier.com/l-elixir-de-vie-1.html>)
## TODO Nicholas Wiseman
- [ ] [Fabiola ou l\'Église des catacombes](https://classiques-garnier.com/fabiola-ou-l-eglise-des-catacombes.html>)
## TODO Nicolas Boileau
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/boileau-nicolas-oeuvres.html>)
## TODO Nicolas Joseph Florent Gilbert
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/gilbert-nicolas-joseph-florent-oeuvres.html>)
## TODO Nicolas Machiavel
- [ ] [Le Prince précédé des premiers écrits politiques](https://classiques-garnier.com/le-prince-precede-des-premiers-ecrits-politiques.html>)
## TODO Nicolas de Malebranche
- [ ] [Conversations chrétiennes dans lesquelles on justifie la vérité de la religion et de la morale de Jésus-Christ](https://classiques-garnier.com/conversations-chretiennes-dans-lesquelles-on-justifie-la-verite-de-la-religion-et-de-la-morale-de-jesus-christ.html>)
- [ ] [De la recherche de la vérité. Tome I](https://classiques-garnier.com/de-la-recherche-de-la-verite-tome-i-livres-i-v.html>)
- [ ] [De la recherche de la vérité. Tome II](https://classiques-garnier.com/de-la-recherche-de-la-verite-tome-ii-livre-vi.html>)
## TODO Nikolaï Leskov
- [ ] [La Lady Macbeth de Mtsensk](https://classiques-garnier.com/la-lady-macbeth-de-mtsensk.html>)
## TODO Ninon de Lenclos
- [ ] [Lettres](https://classiques-garnier.com/lettres-2.html>)
## TODO Noël Du Fail
- [ ] [Propos rustiques suivis des Baliverneries](https://classiques-garnier.com/propos-rustiques-suivis-des-baliverneries.html>)
## TODO Olivier Basselin
- [ ] [Vaux-de-Vire suivis d\'anciennes chansons normandes choisies](https://classiques-garnier.com/vaux-de-vire-suivis-d-anciennes-chansons-normandes-choisies.html>)
## TODO Olivier Goldsmith
- [ ] [Le Vicaire de Wakefield](https://classiques-garnier.com/le-vicaire-de-wakefield.html>)
## TODO Patrick Gibert
- [ ] [La Modernisation de l\'État](https://classiques-garnier.com/la-modernisation-de-l-etat-une-promesse-trahie-1.html>)
## TODO Paul Scarron
- [ ] [Le Virgile travesti](https://classiques-garnier.com/le-virgile-travesti.html>)
- [ ] [Théâtre complet](https://classiques-garnier.com/scarron-paul-theatre-complet.html>)
- [ ] [Le Roman comique](https://classiques-garnier.com/le-roman-comique-1.html>)
## TODO Paul Verlaine
- [ ] [Œuvres poétiques](https://classiques-garnier.com/verlaine-paul-oeuvres-poetiques.html>)
## TODO Paul-Louis Courier
- [ ] [Œuvres. Tome I](https://classiques-garnier.com/courier-paul-louis-oeuvres-tome-i-pamphlets-politiques-pamphlets-litteraires-oeuvres-diverses.html>)
- [ ] [Œuvres. Tome II](https://classiques-garnier.com/courier-paul-louis-oeuvres-tome-ii-daphnis-et-chloe-lettres-inedites-de-france-et-d-italie.html>)
## TODO Percy Bysshe Shelley
- [ ] [Odes, Poèmes et fragments lyriques choisis](https://classiques-garnier.com/odes-poemes-et-fragments-lyriques-choisis.html>)
## TODO Philippe Gilles
- [ ] [L\'Actualité des textes fondateurs](https://classiques-garnier.com/l-actualite-des-textes-fondateurs-adam-smith-karl-marx-et-john-maynard-keynes-1.html>)
## TODO Philippe Néricault Destouches
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/destouches-philippe-nericault-theatre-choisi.html>)
## TODO Philippe Quinault
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/quinault-philippe-theatre-choisi.html>)
## TODO Pierre Abélard
- [ ] [Lettres complètes](https://classiques-garnier.com/lettres-completes-1.html>)
## TODO Pierre Commelin
- [ ] [Mythologie grecque et romaine](https://classiques-garnier.com/mythologie-grecque-et-romaine.html>)
## TODO Pierre Corneille
- [ ] [Théâtre complet. Tome I](https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-i.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome III](https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-iii.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome II](https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-ii.html>)
## TODO Pierre Dockès
- [ ] [Le Capitalisme et ses rythmes, quatre siècles en perspective. Tome I](https://classiques-garnier.com/le-capitalisme-et-ses-rythmes-quatre-siecles-en-perspective-tome-i-sous-le-regard-des-geants-1.html>)
## TODO Pierre Le Moyne
- [ ] [Entretiens et lettres poétiques](https://classiques-garnier.com/entretiens-et-lettres-poetiques-1.html>)
## TODO Pierre de Ronsard
- [ ] [Poésies choisies](https://classiques-garnier.com/poesies-choisies-1.html>)
- [ ] [Œuvres en prose Texte de 1578 suivies des appendices, index et glossaire](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-oeuvres-en-prose-texte-de-1578-suivies-des-appendices-index-et-glossaire-oeuvres-completes-6.html>)
- [ ] [Les Odes Texte de 1578](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-odes-texte-de-1578-oeuvres-completes-2.html>)
- [ ] [Les Poèmes Texte de 1578](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-poemes-texte-de-1578-oeuvres-completes-3.html>)
- [ ] [Les Élégies, Églogues et Mascarades Texte de 1578](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-elegies-eglogues-et-mascarades-texte-de-1578-oeuvres-completes-4.html>)
- [ ] [Les Hymnes suivis des Discours et de La Franciade Texte de 1578](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-hymnes-suivis-des-discours-et-de-la-franciade-texte-de-1578-oeuvres-completes-5.html>)
- [ ] [Les Amours Texte de 1578. Tome II](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-amours-texte-de-1578-tome-ii-oeuvres-completes-1.html>)
- [ ] [Les Amours Texte de 1578. Tome I](https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-amours-texte-de-1578-tome-i-oeuvres-completes-1.html>)
## TODO Pierre-Augustin Caron de Beaumarchais
- [ ] [Théâtre](https://classiques-garnier.com/beaumarchais-pierre-augustin-caron-de-theatre-le-barbier-de-seville-le-mariage-de-figaro-la-mere-coupable.html>)
- [ ] [Mémoires dans l\'affaire Goëzman](https://classiques-garnier.com/memoires-dans-l-affaire-goezman.html>)
## TODO Pierre-Jean de Béranger
- [ ] [Ma biographie Ouvrage posthume](https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-ma-biographie-ouvrage-posthume-oeuvres-completes-2.html>)
- [ ] [Chansons. I](https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-i-oeuvres-completes-1.html>)
- [ ] [Chansons. II](https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-ii-oeuvres-completes-1.html>)
- [ ] [Chansons anciennes et posthumes avec accompagnement de piano](https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-anciennes-et-posthumes-avec-accompagnement-de-piano-oeuvres-completes-3.html>)
## TODO Prosper Jolyot de Crébillon
- [ ] [Théâtre complet. Tome I](https://classiques-garnier.com/crebillon-prosper-jolyot-de-theatre-complet-tome-i-idomenee-atree-et-thyeste-electre-rhadamisthe-et-zenobie-xerces-1.html>)
## TODO Prosper Mérimée
- [ ] [Romans et nouvelles. Tome I](https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-tome-i.html>)
- [ ] [Romans et nouvelles. Tome II](https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-tome-ii.html>)
- [ ] [Carmen](https://classiques-garnier.com/carmen.html>)
- [ ] [Colomba suivie de La Vénus d\'Ille et des Âmes du purgatoire](https://classiques-garnier.com/colomba-suivie-de-la-venus-d-ille-et-des-ames-du-purgatoire.html>)
- [ ] [Théâtre de Clara Gazul, comédienne espagnole suivi de La Famille de Carvajal](https://classiques-garnier.com/merimee-prosper-theatre-de-clara-gazul-comedienne-espagnole-suivi-de-la-famille-de-carvajal.html>)
- [ ] [Chronique du règne de Charles IX](https://classiques-garnier.com/chronique-du-regne-de-charles-ix.html>)
## TODO Ramón del Valle-Inclán
- [ ] [Sonates](https://classiques-garnier.com/sonates-memoires-du-marquis-de-bradomin-et-autres-textes-inedits-1.html>)
## TODO Remy de Gourmont
- [ ] [Le Problème du style](https://classiques-garnier.com/le-probleme-du-style-questions-d-art-de-litterature-et-de-grammaire-1.html>)
## TODO René Descartes
- [ ] [Œuvres philosophiques. Tome I -- 1618-1637](https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-i-1618-1637-1.html>)
- [ ] [Œuvres philosophiques. Tome II -- 1638-1642](https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-ii-1638-1642-1.html>)
- [ ] [Œuvres philosophiques. Tome III -- 1643-1650](https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-iii-1643-1650-1.html>)
## TODO Robert Challe
- [ ] [Les Illustres Françaises](https://classiques-garnier.com/les-illustres-francaises-1.html>)
## TODO Robert Garnier
- [ ] [Hippolyte (1573) La Troade (1579)](https://classiques-garnier.com/hippolyte-1573-la-troade-1579.html>)
- [ ] [Bradamante suivie des Juifves](https://classiques-garnier.com/bradamante-suivie-des-juifves.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome I](https://classiques-garnier.com/garnier-robert-oeuvres-completes-tome-i-theatre-et-poesies.html>)
- [ ] [Œuvres complètes. Tome II](https://classiques-garnier.com/garnier-robert-oeuvres-completes-tome-ii-theatre-et-poesies.html>)
## TODO Rodolphe Töpffer
- [ ] [Premiers Voyages en zigzag ou excursions d\'un pensionnat en vacances dans les cantons suisses et sur le revers italien des Alpes. Tome I](https://classiques-garnier.com/premiers-voyages-en-zigzag-ou-excursions-d-un-pensionnat-en-vacances-dans-les-cantons-suisses-et-sur-le-revers-italien-des-alpes-tome-i-vallee-d-aoste-saint-gervais-valais-saint-gothard-schwitz-milan-come-splugen.html>)
- [ ] [Nouvelles genevoises](https://classiques-garnier.com/nouvelles-genevoises.html>)
- [ ] [Le Presbytère](https://classiques-garnier.com/le-presbytere.html>)
- [ ] [Rosa et Gertrude](https://classiques-garnier.com/rosa-et-gertrude.html>)
- [ ] [Premiers Voyages en zigzag ou excursions d\'un pensionnat en vacances dans les cantons suisses et sur le revers italien des Alpes. Tome II](https://classiques-garnier.com/premiers-voyages-en-zigzag-ou-excursions-d-un-pensionnat-en-vacances-dans-les-cantons-suisses-et-sur-le-revers-italien-des-alpes-tome-ii-chamounix-l-oberland-le-rihi-le-tour-du-lac-de-geneve-venise.html>)
- [ ] [Nouveaux Voyages en zigzag. Tome I](https://classiques-garnier.com/nouveaux-voyages-en-zigzag-tome-i-voyage-a-la-grande-chartreuse-et-autour-du-mont-blanc.html>)
- [ ] [Nouveaux Voyages en zigzag. Tome II](https://classiques-garnier.com/nouveaux-voyages-en-zigzag-tome-ii-voyage-dans-les-vallees-d-herens-de-zermatt-au-grimsel-a-genes-et-a-la-corniche.html>)
## TODO Roger de Bussy-Rabutin
- [ ] [Histoire amoureuse des Gaules suivie de La France galante. Tome I](https://classiques-garnier.com/histoire-amoureuse-des-gaules-suivie-de-la-france-galante-tome-i.html>)
- [ ] [Histoire amoureuse des Gaules suivie de La France galante (suite). Tome II](https://classiques-garnier.com/histoire-amoureuse-des-gaules-suivie-de-la-france-galante-suite-tome-ii.html>)
## TODO Roland Breeur
- [ ] [Autour de la bêtise](https://classiques-garnier.com/autour-de-la-betise-1.html>)
## TODO Romain Rolland
- [ ] [Correspondance (1912-1942)](https://classiques-garnier.com/correspondance-1912-1942-1.html>)
## TODO Rétif de la Bretonne
- [ ] [La Vie de mon père](https://classiques-garnier.com/la-vie-de-mon-pere.html>)
## TODO Saint-Amant
- [ ] [Œuvres poétiques](https://classiques-garnier.com/saint-amant-oeuvres-poetiques-poemes-raillerie-a-part-pieces-diverses-les-caprices-et-moyse-sauve.html>)
## TODO Saint-Évremond
- [ ] [Œuvres choisies](https://classiques-garnier.com/saint-evremond-oeuvres-choisies.html>)
## TODO Silvio Pellico
- [ ] [Mes Prisons suivies des Devoirs des hommes](https://classiques-garnier.com/mes-prisons-suivies-des-devoirs-des-hommes.html>)
## TODO Stéphane Mallarmé
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/mallarme-stephane-oeuvres.html>)
## TODO Tabarin
- [ ] [Œuvres](https://classiques-garnier.com/tabarin-oeuvres.html>)
## TODO Teodor de Wyzewa
- [ ] [Valbert ou les Récits d\'un jeune homme](https://classiques-garnier.com/valbert-ou-les-recits-d-un-jeune-homme-1.html>)
## TODO Teofilo Folengo
- [ ] [Histoire maccaronique de Merlin Coccaie ou est traicté Les Ruses de Cingar, Les Tours de Boccal, Les Aventures de Léonard, Les Forces de Fracasse, Les Enchantements de Gelfore et Pandrague, Les Rencontres heureuses de Balde](https://classiques-garnier.com/histoire-maccaronique-de-merlin-coccaie-ou-est-traicte-les-ruses-de-cingar-les-tours-de-boccal-les-aventures-de-leonard-les-forces-de-fracasse-les-enchantements-de-gelfore-et-pandrague-les-rencontres-heureuses-de-balde.html>)
## TODO Thomas Corneille
- [ ] [Théâtre choisi](https://classiques-garnier.com/corneille-thomas-theatre-choisi.html>)
## TODO Théodore Agrippa d\'Aubigné
- [ ] [Les Tragiques](https://classiques-garnier.com/les-tragiques-1.html>)
## TODO Théophile Gautier
- [ ] [Mademoiselle de Maupin](https://classiques-garnier.com/mademoiselle-de-maupin-texte-complet-1835.html>)
- [ ] [Le Capitaine Fracasse](https://classiques-garnier.com/le-capitaine-fracasse-texte-complet-1863.html>)
- [ ] [Le Roman de la momie précédé de trois contes antiques Une Nuit de Cléopâtre, Le Roi Candaule, Arria Marcella](https://classiques-garnier.com/le-roman-de-la-momie-precede-de-trois-contes-antiques-une-nuit-de-cleopatre-le-roi-candaule-arria-marcella.html>)
- [ ] [Émaux et Camées Texte définitif (1872) suivi de Poésies choisies](https://classiques-garnier.com/emaux-et-camees-texte-definitif-1872-suivi-de-poesies-choisies.html>)
- [ ] [Souvenirs romantiques](https://classiques-garnier.com/souvenirs-romantiques-hugo-nerval-balzac-lamartine-heine-madame-de-girardin-les-cenacles-1830-baudelaire.html>)
- [ ] [Fortunio et autres nouvelles](https://classiques-garnier.com/fortunio-et-autres-nouvelles-textes-complets-1833-1849.html>)
- [ ] [L\'Œuvre fantastique. Tome I](https://classiques-garnier.com/l-oeuvre-fantastique-tome-i-nouvelles-1.html>)
- [ ] [L\'Œuvre fantastique. Tome II](https://classiques-garnier.com/l-oeuvre-fantastique-tome-ii-romans-1.html>)
- [ ] [Théâtre de poche](https://classiques-garnier.com/gautier-theophile-theatre-de-poche-1.html>)
## TODO Théophile de Viau
- [ ] [Œuvres poétiques suivies des Amours tragiques de Pyrame et Thisbé](https://classiques-garnier.com/viau-theophile-de-oeuvres-poetiques-suivies-des-amours-tragiques-de-pyrame-et-thisbe.html>)
## TODO Timothy D. Allman
- [ ] [La Floride](https://classiques-garnier.com/la-floride-coeur-revelateur-des-etats-unis-1.html>)
## TODO Toussaint Louverture
- [ ] [Mémoires](https://classiques-garnier.com/memoires.html>)
## TODO Tristan L\'Hermite
- [ ] [Les Amours et autres poésies choisies](https://classiques-garnier.com/les-amours-et-autres-poesies-choisies.html>)
## TODO Victor Hugo
- [ ] [Les Contemplations](https://classiques-garnier.com/les-contemplations.html>)
- [ ] [La Légende des siècles](https://classiques-garnier.com/la-legende-des-siecles.html>)
- [ ] [Les Misérables. Tome II](https://classiques-garnier.com/les-miserables-tome-ii.html>)
- [ ] [Les Misérables. Tome I](https://classiques-garnier.com/les-miserables-tome-i.html>)
- [ ] [Notre-Dame de Paris 1482](https://classiques-garnier.com/notre-dame-de-paris-1482.html>)
- [ ] [Quatre-vingt-treize](https://classiques-garnier.com/quatre-vingt-treize.html>)
- [ ] [Les Feuilles d\'automne suivies des Chants du crépuscule](https://classiques-garnier.com/les-feuilles-d-automne-suivies-des-chants-du-crepuscule.html>)
- [ ] [Les Voix intérieures suivies de Les Rayons et les Ombres](https://classiques-garnier.com/les-voix-interieures-suivies-de-les-rayons-et-les-ombres.html>)
## TODO Volney
- [ ] [Les Ruines ou Méditation sur les révolutions des empires suivies de La Loi naturelle et de l\'Histoire de Samuel](https://classiques-garnier.com/les-ruines-ou-meditation-sur-les-revolutions-des-empires-suivies-de-la-loi-naturelle-et-de-l-histoire-de-samuel.html>)
## TODO William Shakespeare
- [ ] [Théâtre complet. Tome I](https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-i.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome II](https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-ii.html>)
- [ ] [Théâtre complet. Tome III](https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-iii.html>)
## TODO Xavier de Maistre
- [ ] [Œuvres complètes](https://classiques-garnier.com/maistre-xavier-de-oeuvres-completes.html>)
## TODO Xénophon
- [ ] [Helléniques](https://classiques-garnier.com/helleniques-1.html>)
- [ ] [L\'Anabase ou l\'Expédition des Dix-Mille](https://classiques-garnier.com/l-anabase-ou-l-expedition-des-dix-mille-1.html>)
## TODO cardinal de Retz
- [ ] [Mémoires précédés de La Conjuration du comte de Fiesque. Tome I](https://classiques-garnier.com/memoires-precedes-de-la-conjuration-du-comte-de-fiesque-tome-i-1613-1649.html>)
- [ ] [Mémoires. Tome II](https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii-1650-1655.html>)
## TODO saint Bernard de Clairvaux
- [ ] [Lectures spirituelles sur la vie chrétienne](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-la-vie-chretienne.html>)
## TODO saint François de Sales
- [ ] [Introduction à la vie dévote](https://classiques-garnier.com/introduction-a-la-vie-devote.html>)
- [ ] [Lettres choisies. Tome I](https://classiques-garnier.com/lettres-choisies-tome-i-lettres-1-131-lettres-i-cxxxi.html>)
- [ ] [Lettres choisies. Tome II](https://classiques-garnier.com/lettres-choisies-tome-ii-lettres-132-320-lettres-cxxxii-cccxx.html>)
- [ ] [Lectures spirituelles sur la piété](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-la-piete.html>)
## TODO saint Louis de Grenade
- [ ] [Lectures spirituelles sur les fêtes de la très sainte Vierge](https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-les-fetes-de-la-tres-sainte-vierge.html>)
## TODO Émile Zola
- [ ] [Nana](https://classiques-garnier.com/nana.html>)
- [ ] [Germinal](https://classiques-garnier.com/germinal.html>)
## TODO Éric Thierry
- [ ] [La France de Henri IV en Amérique du Nord](https://classiques-garnier.com/la-france-de-henri-iv-en-amerique-du-nord-de-la-creation-de-l-acadie-a-la-fondation-de-quebec-1.html>)
## TODO Étienne Jodelle
- [ ] [L\'Eugène](https://classiques-garnier.com/l-eugene.html>)
## TODO Évariste de Parny
- [ ] Œuvres
# TODO Classiques Jaunes (638)
# TODO Upload
## TODO Cairn
### TODO Upload automatique ??
### TODO Translation par batch
- [ ] Passer tout en Text
TODO:
- [ ] Scripter rtorrent
1. Shell <https://elektito.com/2016/02/10/rtorrent-xmlrpc/>
# TODO Script
## TODO Classiques jaunes
Haskell
[Guide](https://gist.github.com/avonmoll/e435f0e478fbdc6c1eee7557b221a7e2)
Pour ajouter un article, il vaut mieux utiliser le DOI que l'url (éviter des problèmes sur le type d'article et de ne pas avoir la date )
Ajouter un pdf et un DOI
```sh
papis add ~/Downloads/vcfeval.pdf --from doi 10.1101/023754
```
Pour vérifier avant l'export bibtex
```sh
papis doctor --explain --check bibtex-type <QUERY>
```
Exporter en bibtex
```sh
papis export --all --format bibtex project:pterodactyl-migration > bibliography.bib
```
Voir la citation au format bibtex pour l'entrée "guix"
```
papis list --format '{doc[ref]}' guix
```
#bibliographie #cli
Note: on utilise maintenant papis en ligne de commande. Sauvegardé pour raisons historiques.
On utilise citar
- définir
```lisp
(setq citar-library-paths \'(\"\~/papers/bisonex\"))
```
Pour ouvrir les pdfs, citar-open-files va les ouvrir s'ils sont només $key.pdf.
Pour annotater la bibliographie, on a testé un seul fichier org-mode, [comme ceci](http://www.cachestocaches.com/2020/3/org-mode-annotated-bibliography/)
Le fichier .bib est généré avec `org-tangle`
Dans un second temps, org-roam + citar. `SPC m @` permet
- de créer une note org-roam
- d'ouvrir le pdf (s'il est dans citar-library-paths et nommé $key.pdf)
#emacs #bibliographie
Title Author Cycle Category
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------------- --------------------- ---------------------
All The Weyrs of Pern Anne McCaffrey Pern fantasy
Armée romaine sous le Haut-Empire history
A tale of two cities classic
At the mountains of madness Lovecraft horror
Belle du seigneur classic
[Benefits of Old Law](id:8390a6b1-eee6-411d-8ebd-28839ece073f) fanfic Harry Potter
Candide Voltaire classic
Dr Norrel and Mr Strange S. Clarke thriller
Crime and punishment classic
[Croisades et Orient latin - XIe-XIVe siècle](id:b5971189-6e5e-4a59-89bd-5f21e303f378) history
Cyrano de bergerac classic
Death\'s end C. Liu livres
Une histoire du monde aux temps modernes J. Delumeau history
Dragondrums Anne McCaffrey Pern fantasy
Dragonflight Anne McCaffrey Pern fantasy
Dragonquest Anne McCaffrey Pern fantasy
Dragonsinger Anne McCaffrey Pern fantasy
Dragonsong Anne McCaffrey Pern fantasy
Dreams of Steel Glen Cook The Black Company livres
Dubliners livres
Fortress in the Eye of Time C. J. Cherry Fortress livres
Fortress of Dragons C. J. Cherry Fortress livres
Fortress of Eagles C. J. Cherry Fortress livres
Fortress of Owls C. J. Cherry Fortress livres
Foucault\'s pendulum livres
Gargantua Rabelais livres
Germinal livres
Gombrich, E. H. (1995): The story of art livres
Grousset, Renée (1942): Histoire de la chine livres
Harry Potter and the Sorcerer's Stone J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Chamber of Secrets J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Prisoner of Azkaban J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Goblet of Fire J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Order of the Phoenix J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Half-Blood Prince J. K. Rowling Harry Potter fantasy
Harry Potter and the Deathly Hallows J. K. Rowling Harry Potter fantasy
[Harry Potter and the Methods of Rationality](id:e625c7ac-3871-403e-ba12-cfca773e5365) fanfic Harry Potter livres
Histoire Polybe livres
Histoire romaine - Livre I à V Tite-Live livres
Histoire romaine - Livres vi à x Tite-Live livres
Histoire romaine - Livres xli à xlv livres
Histoire Romaine - Livres Xxi à Xxv Tite-Live livres
Histoire romaine - Livres xxi à xxv Tite-Live livres
Histoire romaine - Livres xxvi à xxx Tite-Live livres
Histoire romaine - Livres xxxi à xxxv Tite-Live livres
Histoire romaine - livres xxxxvi à xl Tite-Live livres
[Iliade](id:e7a523f6-137f-433b-b95f-094292aae338) Homère livres
[Odyssée](id:e7a523f6-137f-433b-b95f-094292aae338) Homère livres
[Les Travailleurs de la mer](books/travailleurs_de_la_mer.md) -- [Notre-Dame de Paris](id:108a57a9-0ed5-424a-88b8-cfc6766700cb) Victor Hugo livres
I, Claudius livres
Illusions : The Adventures of a Reluctant Messiah livres
Jane Eyre livres
La peste livres
Le Coran livres
Histoire romaine M. Le Glay livres
[Le Livre du Graal](id:70429fa2-ebc2-4c04-a81b-283f48e7b0a1) livres
Le Petit Prince livres
[Les Mille et une nuits](id:a7dec4cd-0f5b-4451-a058-9b9f1336aa18) livres
Les Olmèques: des origines au mythe C. Magni livres
Lolita livres
[Oeuvres](id:4a9a1a38-d2b9-4b4c-817a-a5ba69978290) George Duby livres
Pantagruel Rabelais livres
Plutarch, (2001): Plutarch\'s lives livres
The Color of Magic Terry Pratchett Discworld fantasy
The light fantastic Terry Pratchett Discworld fantasy
The color of magic Terry Pratchett Discworld fantasy
Pride and Prejudice and Zombies by Jane Austen livres
Pride and Prejudice Jane Austen livres
A Song of Ice and Fire Georges R. R. Martin livres
[Sacrifice Arc](id:0d316f80-4048-4e71-89ca-69ac46addc50) fanfic Harry Potter livres
Shadow Games Glen Cook The Black Company livres
Shadows Linger Glen Cook The Black Company livres
Si c\'est un homme Primo Levi livres
[The Arithmancer](id:887326ae-71d3-4025-8b5c-40db7aa4c3ec) fanfic Harry Potter livres
The Black Company Glen Cook The Black Company livres
The dark forest C. Liu livres
The fall of the house of usher livres
The hound of the baskervilles livres
The Lost Apothecary livres
The name of the rose livres
The Skies of Pern (2001) livres
The three-body problem C. Liu livres
The Time Machine H. G. Wells livres
The War of the Worlds H. G. Wells livres
The White Dragon Anne McCaffrey Pern livres
The White Rose Glen Cook The Black Company livres
Tiers livre Rabelais livres
Lord of the Rings 3/3 J. R. R. Tolkien livres
The hobbit, or, there and back again J. R. R. Tolkien livres
The Silmarillion J. R. R. Tolkien livres
Guerre et paix Tolstoi livres
Une Histoire Du Monde Aux Temps Modernes livres
Violet Evergarden livres
- [ ] 1. BAUDELAIRE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 2. POE, Œuvres en prose.
- [ ] 3. VOLTAIRE, Romans et contes.
- [ ] 4. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 5. RACINE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 6. LACLOS, Les Liaisons dangereuses. Œuvres complètes.
- [ ] 7. BAUDELAIRE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 8. MOLIÈRE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 9. MOLIÈRE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 10. LA FONTAINE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 11. ROUSSEAU, Œuvres complètes, I.
- [ ] 12. MUSSET, Poésies complètes.
- [ ] 13. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 14. MONTAIGNE, Les Essais.
- [ ] 15. RABELAIS, Œuvres complètes.
- [ ] 16. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 17. MUSSET, Théâtre complet.
- [ ] 18. CERVANTÈS, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 19. CORNEILLE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 20. CORNEILLE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 21. MÉRIMÉE, Théâtre de Clara Gazul -- Romans et nouvelles.
- [ ] 22. BEAUMARCHAIS, Œuvres.
- [ ] 23. LA BRUYÈRE, Œuvres complètes.
- [ ] 24. LA ROCHEFOUCAULD, Œuvres complètes.
- [ ] 25. DIDEROT, Contes et romans.
- [ ] 26. BALZAC, La Comédie humaine, I.
- [ ] 27. BALZAC, La Comédie humaine, II.
- [ ] 28. LAS CASES, Le Mémorial de Sainte-Hélène, I.
- [ ] 29. LAS CASES, Le Mémorial de Sainte-Hélène, II.
- [ ] 30. BALZAC, La Comédie humaine, III.
- [ ] 31. BALZAC, La Comédie humaine, IV.
- [ ] 32. BALZAC, La Comédie humaine, V.
- [ ] 33. BOSSUET, Œuvres.
- [ ] 34. PASCAL, Œuvres complètes, I.
- [ ] 35. BALZAC, La Comédie humaine, VI.
- [ ] 36. FLAUBERT, Œuvres complètes, II (1845-1851).
- [ ] 37. FLAUBERT, Œuvres complètes, III (1851-1862).
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- [ ] 39. BALZAC, La Comédie humaine, VIII.
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- [ ] 41. BALZAC, La Comédie humaine, IX.
- [ ] 42. BALZAC, La Comédie humaine, X.
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- [ ] 44. PLUTARQUE, Les Vies des hommes illustres, II.
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- [ ] 46. RONSARD, Œuvres complètes, II.
- [ ] 47. VERLAINE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 48. HISTORIENS ET CHRONIQUEURS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 49. MUSSET, Œuvres complètes en prose.
- [ ] 50. SHAKESPEARE, Tragédies, I \[Œuvres complètes, I\].
- [ ] 51. SHAKESPEARE, Tragédies II \[Œuvres complètes, II\].
- [ ] 52. POÈTES ET ROMANCIERS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 53. RETZ (cardinal de), Œuvres.
- [ ] 54. GIDE, Journal, I.
- [ ] 55. MICHELET, Histoire de la Révolution française, I.
- [ ] 56. MICHELET, Histoire de la révolution française, II.
- [ ] 57. CHÉNIER, Œuvres complètes.
- [ ] 58. PLATON, Œuvres complètes, I.
- [ ] 59. COURIER, Œuvres complètes.
- [ ] 60. PÉGUY, Œuvres poétiques et dramatiques.
- [ ] 61. JEUX ET SAPIENCE DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 62. LA FONTAINE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 63. GOETHE, Théâtre complet.
- [ ] 64. PLATON, Œuvres complètes, II.
- [ ] 65. MALLARMÉ, Œuvres complètes, I.
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- [ ] 67. CHATEAUBRIAND, Mémoires d\'outre-tombe, I.
- [ ] 68. RIMBAUD, Œuvres complètes.
- [ ] 69. SAINT-SIMON, Mémoires, I. 70. MALRAUX, Œuvres complètes, I.
- [ ] 71. CHATEAUBRIAND, Mémoires d\'outre-tombe, II.
- [ ] 72. CLAUDEL, Théâtre, I.
- [ ] 73. CLAUDEL, Théâtre, II.
- [ ] 74. VIGNY, Œuvres complètes, I.
- [ ] 75. GIDE, Anthologie de la poésie française.
- [ ] 76. VIGNY, Œuvres complètes, II.
- [ ] 77. SAINT-SIMON, Mémoires, II.
- [ ] 78. MARIVAUX, Romans -- Récits, contes et nouvelles.
- [ ] 79. MARIVAUX, Théâtre complet, I.
- [ ] 80. SAINTE-BEUVE, Œuvres, I.
- [ ] 81. MONTESQUIEU, Œuvres complètes, I.
- [ ] 82. HUGO, La Légende des siècles -- La Fin de Satan -- Dieu.
- [ ] 83. DOSTOÏEVSKI, Crime et Châtiment.
- [ ] 84. SAINT-SIMON, Mémoires, III.
- [ ] 85. HUGO, Les Misérables.
- [ ] 86. MONTESQUIEU, Œuvres complètes, II.
- [ ] 87. TOLSTOÏ, Anna Karénine.
- [ ] 88. SAINTE-BEUVE, Œuvres, II.
- [ ] 89. NERVAL, Œuvres complètes, I.
- [ ] 90. RACINE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 91. DOSTOÏEVSKI, Les Frères Karamazov.
- [ ] 92. MACHIAVEL, Œuvres complètes.
- [ ] 93. SAINTE-BEUVE, Port-Royal, I.
- [ ] 94. DOSTOÏEVSKI, L\'Idiot.
- [ ] 95. SAINT-SIMON, Mémoires, IV. e
- [ ] 96. POÈTES DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 97. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, I.
- [ ] 98. SAINT-EXUPÉRY, Œuvres complètes, I.
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- [ ] 102. PROUST, À la recherche du temps perdu, III.
- [ ] 103. GOETHE, Romans.
- [ ] 104. GIDE, Journal, II.
- [ ] 105. DICKENS, Souvenirs intimes de David Copperfield -- De
grandes espérances.
- [ ] 106. MONTHERLANT, Théâtre.
- [ ] 107. SAINTE-BEUVE, Port-Royal, III.
- [ ] 108. SPINOZA, Œuvres complètes.
- [ ] 109. STENDHAL, Œuvres intimes, I.
- [ ] 110. SAINT-SIMON, Mémoires, V.
- [ ] 111. DOSTOÏEVSKI, Les Démons -- Les Pauvres Gens.
- [ ] 112. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, II.
- [ ] 113. MARTIN DU GARD, Œuvres complètes, I.
- [ ] 114. MARTIN DU GARD, Œuvres complètes, II.
- [x] 115. HOMÈRE, Iliade -- Odyssée.
- [ ] 116. ALAIN, Propos, I.
- [ ] 117. NERVAL, Œuvres complètes, II.
- [ ] 118. DICKENS, Dossier de la maison Dombey et fils -- Temps
difficiles.
- [ ] 119. DOSTOÏEVSKI, L\'Adolescent.
- [ ] 120. LA BIBLE. L\'Ancien Testament, I.
- [ ] 121. APOLLINAIRE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 122. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, I.
- [ ] 123. CONSTANT, Œuvres.
- [ ] 124. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, III.
- [ ] 125. CLAUDEL, Œuvre poétique.
- [ ] 126. LARBAUD, Œuvres.
- [ ] 127. VALÉRY, Œuvres, I.
- [ ] 128. VOLTAIRE, Œuvres historiques.
- [ ] 129. ALAIN, Les Arts et les Dieux.
- [ ] 130. SAINT-SIMON, Mémoires, VI.
- [ ] 131. ROMANCIERS DU e XVII SIÈCLE.
- [ ] 132. CASANOVA, Histoire de ma vie, I.
- [ ] 133. DICKENS, Les Papiers posthumes du Pickwick-Club -- Les
Aventures d\'Olivier Twist.
- [ ] 134. ROMANS GRECS ET LATINS.
- [ ] 135. GIDE, Romans et récits. Œuvres lyriques et dramatiques, I.
- [ ] 136. MONTHERLANT, Romans, I.
- [ ] 137. CASANOVA, Histoire de ma vie, II.
- [ ] 138. DEFOE, Romans, I.
- [ ] 139. LA BIBLE, L\'Ancien Testament, II.
- [ ] 140. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, II.
- [ ] 141. BALZAC, La Comédie humaine, XI.
- [ ] 142. TALLEMANT DES RÉAUX, Historiettes, I.
- [ ] 143. ALAIN, Les Passions et la Sagesse.
- [ ] 144. ROMANCIERS e DU XVIII SIÈCLE, I.
- [ ] 145. RENARD, Journal.
- [ ] 146. ZOLA, Les Rougon-Macquart, I.
- [ ] 147. CASANOVA, Histoire de ma vie, III.
- [ ] 148. VALÉRY, Œuvres, II.
- [ ] 149. TOLSTOÏ, Souvenirs et récits.
- [ ] 150. SAINT-SIMON, Mémoires, VII.
- [ ] 151. TALLEMANT DES RÉAUX, Historiettes, II.
- [ ] 152. VOLTAIRE, Mélanges.
- [ ] 153. ROUSSEAU, Œuvres complètes, II.
- [ ] 154. ZOLA, Les Rougon-Macquart, II.
- [ ] 155. BERNANOS, Œuvres romanesques complètes suivi de Dialogues
des carmélites, I.
- [ ] 156. LES STOÏCIENS.
- [ ] 157. CÉLINE, Romans, I.
- [ ] 159. DUMAS, Les Trois Mousquetaires -- Vingt ans après.
- [ ] 160. TRAGIQUES GRECS : EURIPIDE, Théâtre complet.
- [ ] 161. CAMUS, Œuvres complètes, I.
- [ ] 162. VOLTAIRE, Correspondance, I.
- [ ] 163. DICKENS, Le Magasin d\'antiquités -- Barnabé Rudge.
- [ ] 164. MARX, Œuvres, I (Économie).
- [ ] 165. LAMARTINE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 166. HUGO, Théâtre complet, I. 167. MONTHERLANT, Essais.
- [ ] 168. ROMANTIQUES ALLEMANDS, I.
- [ ] 169. ROUSSEAU, Œuvres complètes, III.
- [ ] 170. HUGO, Théâtre complet, II.
- [ ] 171. HUGO, Œuvres poétiques, I.
- [ ] 172. FIELDING, Romans.
- [ ] 173. ZOLA, Les Rougon-Macquart, III.
- [ ] 174. MONLUC, Commentaires.
- [ ] 175. BARBEY D\'AUREVILLY, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 176. HÉRODOTE -- THUCYDIDE, Œuvres complètes.
- [ ] 177. CONTEURS FRANÇAIS e DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 178. ROMANCIERS DU XVIIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 179. CLAUDEL, Œuvres en prose.
- [ ] 180. SWIFT, Œuvres.
- [ ] 181. VOLTAIRE, Correspondance, II.
- [ ] 182. DANTE, Œuvres complètes.
- [ ] 183. CAMUS, Œuvres complètes, II.
- [ ] 184. BARBEY D\'AUREVILLY, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 185. GOGOL, Œuvres complètes.
- [ ] 186. DICKENS, La Vie et les aventures de Nicolas Nickleby --
Livres de Noël.
- [ ] 187. ZOLA, Les Rougon-Macquart, IV.
- [ ] 188. BOILEAU, Œuvres complètes.
- [ ] 189. HEMINGWAY, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 190. LE CORAN.
- [ ] 191. HÖLDERLIN, Œuvres.
- [ ] 192. LESKOV -- SALTYKOV-CHTCHÉDRINE, Œuvres.
- [ ] 193. TRAGIQUES GRECS : ESCHYLE -- SOPHOCLE.
- [ ] 194. ZOLA, Les Rougon-Macquart, V.
- [ ] 195. HUGO, Œuvres poétiques, II.
- [ ] 196. Voir no 158.
- [ ] 197. TCHÉKHOV, Œuvres, I.
- [ ] 198. ROMANS PICARESQUES ESPAGNOLS.
- [ ] 199. Voir no 158. 200. ÉLUARD, Œuvres complètes, I.
- [ ] 200
- [ ] 201. ÉLUARD, Œuvres complètes, II.
- [ ] 202. HISTORIENS ROMAINS : Historiens de la République, I.
- [ ] 203. HISTORIENS ROMAINS : Historiens de la République, II.
- [ ] 204. MARX, Œuvres, II (Économie, suite).
- [ ] 205. CLAUDEL, Journal, I.
- [ ] 206. AUBIGNÉ (d\'), Œuvres.
- [ ] 207. HEMINGWAY, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 208. ROUSSEAU, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 209. CHATEAUBRIAND, Œuvres romanesques et voyages, I.
- [ ] 210. CHATEAUBRIAND, Œuvres romanesques et voyages, II.
- [ ] 211. DOSTOÏEVSKI, Récits, chroniques et polémiques.
- [ ] 212. FRANÇOIS DE SALES (saint), Œuvres.
- [ ] 213. CLAUDEL, Journal, II.
- [ ] 214. DEFOE, Romans, II.
- [ ] 215. SAND, Œuvres autobiographiques, I.
- [ ] 216. DICKENS, La Petite Dorrit -- Un conte de deux villes.
- [ ] 217. ALAIN, Propos, II.
- [ ] 218. LAUTRÉAMONT, Œuvres complètes.
- [ ] 219. POLYBE, Histoire.
- [ ] 220. TCHÉKHOV, Œuvres, II.
- [ ] 221. CROS -- CORBIÈRE, Œuvres complètes.
- [ ] 222. RENARD, Œuvres, I.
- [ ] 223. TCHÉKHOV, Œuvres, III.
- [ ] 224. PLAUTE -- TÉRENCE, Œuvres complètes.
- [ ] 225. RENARD, Œuvres, II.
- [ ] 226. LA BIBLE, Le Nouveau Testament.
- [ ] 227. SAND, Œuvres autobiographiques, II.
- [ ] 228. PROUST, Jean Santeuil, précédé de Les Plaisirs et les
Jours.
- [ ] 229. PROUST, Contre Sainte-Beuve, précédé de Pastiches et
mélanges et suivi d\'Essais et articles.
- [ ] 230. GIONO, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 231. MALHERBE, Œuvres.
- [ ] 232. BERNANOS, Essais et écrits de combat, I.
- [ ] 233. MARIVAUX, Œuvres de jeunesse.
- [ ] 234. DOSTOÏEVSKI, Journal d\'un écrivain.
- [ ] 235. GREEN, Œuvres complètes, I.
- [ ] 236. JARRY, Œuvres complètes, I.
- [ ] 237. GIONO, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 238. GOLDONI, Théâtre.
- [ ] 239. VERLAINE, Œuvres en prose complètes.
- [ ] 240. SAINT-JOHN PERSE, Œuvres complètes.
- [ ] 241. THÉÂTRE DU XVIII SIÈCLE, I.
- [ ] 242. VALÉRY, Cahiers, I.
- [ ] 243. GREEN, Œuvres complètes, II.
- [ ] 244. FLAUBERT, Correspondance, I.
- [ ] 245. GRIBOÏÈDOV -- POUCHKINE -- LERMONTOV, Œuvres.
- [ ] 246. ROMANTIQUES ALLEMANDS, II.
- [ ] 247. BAUDELAIRE, Correspondance, I.
- [ ] 248. BAUDELAIRE, Correspondance, II.
- [ ] 249. STENDHAL, Voyages en Italie.
- [ ] 250. GREEN, Œuvres complètes, III. e
- [ ] 251. THÉÂTRE DU XVIII SIÈCLE, II.
- [ ] 252. CÉLINE, Romans, II.
- [ ] 253. MAUPASSANT, Contes et nouvelles, I.
- [ ] 254. VALÉRY, Cahiers, II.
- [ ] 255. HUGO, Œuvres poétiques, III.
- [ ] 256. GIONO, Œuvres romanesques complètes, III. e
- [ ] 257. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, I.
- [ ] 258. VALLÈS, Œuvres, I.
- [ ] 259. VOLTAIRE, Correspondance, III.
- [x] 260. Hugo, Notre-Dame de Paris -- Les Travailleurs de la mer.
- [ ] 261. GREEN, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 262. ZOLA, Contes et nouvelles.
- [ ] 263. MALRAUX, Œuvres complètes, III.
- [ ] 264. KAFKA, Œuvres complètes, I.
- [ ] 265. GREEN, Œuvres complètes, V.
- [ ] 266. PIRANDELLO, Théâtre complet, I.
- [ ] 267. APOLLINAIRE, Œuvres en prose complètes, I.
- [ ] 268. GIONO, Œuvres romanesques complètes, IV.
- [ ] 269. FAULKNER, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 270. VOLTAIRE, Correspondance, IV.
- [ ] 271. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, I.
- [ ] 272. CHATEAUBRIAND, Essai sur les révolutions -- Génie du
christianisme.
- [ ] 273. SHI NAI-AN -- LUO GUAN- ZHONG, Au bord de l\'eau, I.
- [ ] 274. SHI NAI-AN -- LUO GUAN- ZHONG, Au bord de l\'eau, II.
- [ ] 275. MAUPASSANT, Contes et nouvelles, II.
- [ ] 276. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, I.
- [ ] 277. MALEBRANCHE, Œuvres, I.
- [ ] 278. DICKENS, La Maison d\'Âpre- Vent -- Récits pour Noël et
autres.
- [ ] 279. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, II.
- [ ] 280. VOLTAIRE, Correspondance, V.
- [ ] 281. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, II.
- [ ] 282. KAFKA, Œuvres complètes, II.
- [ ] 283. PHILOSOPHES TAOÏSTES, I.
- [ ] 284. FLAUBERT, Correspondance, II.
- [ ] 285. GIONO, Œuvres romanesques complètes, V.
- [ ] 286. KANT, Œuvres philosophiques, I.
- [ ] 287. VOLTAIRE, Correspondance, VI.
- [ ] 288. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, III.
- [ ] 289. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, I.
- [ ] 290. DUMAS, Le Comte de Monte- Cristo.
- [ ] 291. GARCÍA LORCA, Œuvres complètes, I.
- [ ] 292. BALZAC, La Comédie humaine, XII.
- [ ] 293. CAO XUEQIN, Le Rêve dans le pavillon rouge, I.
- [ ] 294. CAO XUEQIN, Le Rêve dans le pavillon rouge, II.
- [ ] 295. SARTRE, Œuvres romanesques.
- [ ] 296. VOLTAIRE, Correspondance, VII.
- [ ] 297. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, II.
- [ ] 298. MARX, Œuvres, III (Philosophie).
- [ ] 299. CONRAD, Œuvres, I.
- [ ] 300. JOYCE, Œuvres, I.
- [ ] 301. MONTHERLANT, Romans, II.
- [ ] 302. GIRAUDOUX, Théâtre complet.
- [ ] 303. YOURCENAR, Œuvres romanesques.
- [ ] 304. STENDHAL, Œuvres intimes, II.
- [ ] 305. THÉÂTRE ESPAGNOL e DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 306. GOBINEAU, Œuvres, I.
- [ ] 307. FÉNELON, Œuvres, I.
- [ ] 308. CHAR, Œuvres complètes.
- [ ] 309. VOLTAIRE, Correspondance, VIII.
- [ ] 310. MARTIN DU GARD, Maumort.
- [ ] 311. GOBINEAU, Œuvres, II.
- [ ] 312. GIONO, Œuvres romanesques complètes, VI.
- [ ] 313. FROMENTIN, Œuvres complètes.
- [ ] 314. COLETTE, Œuvres, I.
- [ ] 315. FRANCE, Œuvres, I.
- [ ] 316. KAFKA, Œuvres complètes, III.
- [ ] 317. KANT, Œuvres philosophiques, II.
- [ ] 318. CONRAD, Œuvres, II.
- [ ] 319. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, III.
- [ ] 320. JIN PING MEI (Fleur en fiole d\'or), I.
- [ ] 321. JIN PING MEI, II.
- [ ] 322. VOLTAIRE, Correspondance, IX.
- [ ] 323. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, IV.
- [ ] 324. PIRANDELLO, Théâtre complet, II.
- [ ] 325. VOLTAIRE, Correspondance, X.
- [ ] 326. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, III.
- [ ] 327. COLETTE, Œuvres, II.
- [ ] 328. VILLIERS DE L\'ISLE-ADAM, Œuvres complètes, I.
- [ ] 329. VILLIERS DE L\'ISLE-ADAM, Œuvres complètes, II.
- [ ] 330. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, II.
- [ ] 331. COHEN, Belle du Seigneur.
- [ ] 332. KANT, Œuvres philosophiques, III.
- [ ] 333. DAUDET, Œuvres, I.
- [ ] 334. DICKENS, Esquisses de Boz -- Martin Chuzzlewit.
- [ ] 335. VOLTAIRE, Correspondance, XI.
- [ ] 336. GOBINEAU, Œuvres, III.
- [ ] 337. LA BIBLE, Écrits intertestamentaires.
- [ ] 338. SAGAS ISLANDAISES.
- [ ] 339. MAUPASSANT, Romans.
- [ ] 340. CORNEILLE, Œuvres complètes, III.
- [ ] 341. FRANCE, Œuvres, II.
- [ ] 342. JARRY, Œuvres complètes, II.
- [ ] 345. LES PRÉSOCRATIQUES.
- [ ] 346. BRETON, Œuvres complètes, I.
- [ ] 347. JARRY, Œuvres complètes, III.
- [ ] 348. KIPLING, Œuvres, I.
- [ ] 349. CÉLINE, Romans, III.
- [ ] 350. SAINT-SIMON, Mémoires, VIII.
- [ ] 351. GIONO, Récits et essais.
- [ ] 352. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 353. KAFKA, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 354. GRACQ, Œuvres complètes, I.
- [ ] 355. ORATEURS DE LA RÉVOLUTION FRANÇAISE, I.
- [ ] 356. PROUST, À la recherche du temps perdu, IV.
- [ ] 357. CONRAD, Œuvres, IV.
- [ ] 358. QUENEAU, Œuvres poétiques (Œuvres complètes, I).
- [ ] 359. RÉTIF DE LA BRETONNE, Monsieur Nicolas, I.
- [ ] 360. RÉTIF DE LA BRETONNE, Monsieur Nicolas, II.
- [ ] 361. TACITE, Œuvres complètes.
- [ ] 362. VALLÈS, Œuvres, II.
- [ ] 363. PASTERNAK, Œuvres.
- [ ] 364. BALZAC, Œuvres diverses, I.
- [ ] 365. CARROLL, Œuvres.
- [ ] 366. GREEN, Œuvres complètes, VI.
- [ ] 367. MAURIAC, Œuvres autobiographiques.
- [ ] 389. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, III.
- [ ] 390. MALEBRANCHE, Œuvres, II.
- [ ] 391. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, III.
- [ ] 392. BRETON, Œuvres complètes, II.
- [ ] 393. MORAND, Nouvelles complètes, II.
- [ ] 394. ANDERSEN, Œuvres, I.
- [ ] 395. VOLTAIRE, Correspondance, XIII.
- [ ] 396. RILKE, Œuvres en prose.
- [ ] 397. NERVAL, Œuvres complètes, III.
- [ ] 398. CONTEURS ITALIENS DE LA RENAISSANCE.
- [ ] 399. APOLLINAIRE, Œuvres en prose complètes, III.
- [ ] 400. BORGES, Œuvres complètes, I.
- [ ] 401. ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ALLEMANDE.
- [ ] 402. COHEN, Œuvres.
- [ ] 403. CÉLINE, Romans, IV.
- [ ] 404. GIRAUDOUX, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 405. MARIVAUX, Théâtre complet, II.
- [ ] 406. FRANCE, Œuvres, IV.
- [ ] 407. THÉÂTRE ESPAGNOL e DU XVII SIÈCLE, I.
- [ ] 408. CHRÉTIEN DE TROYES, Œuvres complètes.
- [ ] 409. MARX, Œuvres, IV (Politique).
- [ ] 430. SPECTACLES CURIEUX D\'AUJOURD\'HUI ET D\'AUTREFOIS, Jingu
qiguan (Contes chinois des Ming).
- [ ] 431. SAINT-SIMON, Traités politiques et autres écrits.
- [ ] 432. SARRAUTE, Œuvres complètes.
- [ ] 433. MELVILLE, Taïpi -- Omou -- Mardi \[Œuvres, I\].
- [ ] 434. TANIZAKI, Œuvres, I.
- [ ] 435. NOUVELLES e DU XVII SIÈCLE.
- [ ] 436. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 437. FÉNELON, Œuvres, II.
- [ ] 438. SOMADEVA, Océan des rivières de contes.
- [ ] 439. BOULGAKOV, La Garde blanche -- Nouvelles, récits, articles
de variétés \[Œuvres, I\].
- [ ] 440. RILKE, Œuvres poétiques et théâtrales.
- [ ] 441. ARISTOPHANE, Théâtre complet.
- [ ] 442. ÉCRITS APOCRYPHES CHRÉTIENS, I.
- [ ] 443. FLAUBERT, Correspondance, IV.
- [ ] 444. MICHAUX, Œuvres complètes, I.
- [ ] 445. LE ROMAN DE RENART.
- [ ] 446. GREEN, Œuvres complètes, VIII.
- [ ] 447. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 469. AUSTEN, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 470. BRECHT, Écrits sur le théâtre.
- [ ] 471. NIETZSCHE, Œuv res, I.
- [ ] 472. ROMANCIERS LIBERTINS e DU XVIII SIÈCLE, I.
- [ ] 473. GIDE, Souvenirs et voyages.
- [ ] 474. STEVENSON, L\'Île au trésor -- Dr Jekyll et M. Hyde
\[Œuvres, I\].
- [ ] 475. MICHAUX, Œuvres complètes, II.
- [ ] 477. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 478. KIPLING, Œuvres, IV.
- [ ] 479. FLAUBERT, Œuvres complètes, I (Œuvres de jeunesse).
- [ ] 480. CERVANTÈS, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 481. COLETTE, Œuvres, IV.
- [ ] 482. PESSOA, Œ uvres poétiques.
- [ ] 483. AUGUSTIN (saint), Philosophie, catéchèse, polémique
(Œuvres, III).
- [ ] 484. NOUVELLES DU XVIII e SIÈCLE.
- [ ] 485. QUENEAU, Romans, I (Œuvres complètes, II).
- [ ] 486. BRONTË, Wuthering Heights et autres romans (1847-1848).
- [ ] 487. PONGE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 488. GAUTIER, Romans, contes et nouvelles, I.
- [ ] 489. GAUTIER, Romans, contes et nouvelles, II.
- [ ] 490. IBN KHALDÛN, Le Livre des Exemples, I.
- [ ] 491. GENET, Théâtre complet.
- [ ] 492. SCOTT, Waverley et autres romans.
- [ ] 493. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 494. PHILOSOPHES TAOÏSTES, II. 495. SIMENON, Romans, I.
- [ ] 496. SIMENON, Romans, II.
- [ ] 497. MALLARMÉ,
- [x] Le Livre du Graal
- [ ] 499. LEIRIS, La Règle du jeu.
- [ ] 500. COCTEAU, Théâtre complet.
- [ ] 501. JAMES, Nouvelles complètes, I.
- [ ] 502. JAMES, Nouvelles complètes, II.
- [ ] 503. TOCQUEVILLE, Œuvres, III.
- [ ] 504. LA LÉGENDE DORÉE de Jacques de Voragine.
- [ ] 505. BOULGAKOV, Le Maître et Marguerite et autres romans --
Théâtre (Œuvres, II).
- [ ] 506. MICHAUX, Œuvres complètes, III.
- [ ] 507. MELVILLE, Redburn -- Vareuse-Blanche \[Œuvres, II\].
- [ ] 508. MALRAUX, Œuvres complètes, IV (Écrits sur l\'a rt, I).
- [ ] 509. MALRAUX, Œuvres complètes, V (Écrits sur l\'art, II).
- [ ] 510. LIBERTINS DU XVIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 511. BATAILLE, Romans et récits. 512. SARTRE, Théâtre complet.
- [ ] 513. STEVENSON, Le Maître de Ballantrae et autres romans
\[Œuvres, II\].
- [ ] 514. MORAND, Romans.
- [x] Les Mille Et Une Nuits
- [ ] 516. ÉCRITS APOCRYPHES CHRÉTIENS, II.
- [ ] 517. RAMUZ, Romans, I.
- [ ] 518. RAMUZ, Romans, II.
- [ ] 519. ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ANGLAISE.
- [ ] 520. ROMANCIERS LIBERTINS DU XVIIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 521. GORKI, Œuvres.
- [ ] 522. SIMON, Œuvres.
- [ ] 523. THÉÂTRE DE L\'INDE ANCIENNE.
- [ ] 524. COCTEAU, Œuvres romanesques complètes.
- [ ] 525. MELVILLE, Moby-Dick -- Pierre ou les Ambiguïtés \[Œuvres,
III\].
- [ ] 528. BALZAC, Correspondance, I.
- [ ] 529. IBSEN, Théâtre.
- [ ] 530. QUENEAU, Romans, II \[Œuvres complètes, III\].
- [ ] 531. SCOTT, Ivanhoé et autres romans.
- [ ] 532. BUFFON, Œuvres.
- [ ] 533. ARAGON, Œuvres poétiques complètes, I.
- [ ] 534. ARAGO N, Œuvres poétiques complètes, II.
- [ ] 535. FAULKNER, Œuvres romanesques, IV.
- [ ] 536. ANOUILH, Théâtre, I.
- [ ] 537. ANOUILH, Théâtre, II.
- [ ] 538. ÉCRITS GNOSTIQUES.
- [ ] 539 FLAUBERT, bis. Index général de la Correspondance.
- [ ] 539. FLAUBERT, Correspondance, V.
- [ ] 540. JÜNGER, Journaux de guerre, I.
- [ ] 541. JÜNGER, Journaux de guerre, II.
- [ ] 542. BRONTË, Jane Eyre précédé de Œuvres de jeunesse
(1826-1847).
- [ ] 543. LÉVI-STRAUSS, Œuvres.
- [ ] 544. BRETON, Œuvres complètes, IV (Écrits sur l\'art et autres
textes).
- [ ] 545. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, IV.
- [ ] 546. SHAKESPEARE, Histoires, I \[Œuvres complètes, III\].
- [ ] 547. SHAKESPEARE, Histoires, II \[Œuvres complètes, IV\].
- [ ] 548. CAMUS, Œuvres complètes, III.
- [ ] 549. CAMUS, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 550. PAZ, Œuvres.
- [ ] 551. GIDE, Romans et récits. Œuvres lyriques et dramatiques, II.
- [ ] 552. CALVIN, Œuvres.
- [ ] 553. SIMENON, Pedigree et autres romans.
- [ ] 555. THÉÂTRE ÉLISABÉTHAIN, I.
- [ ] 556. THÉÂTRE ÉLISABÉTHAIN, II.
- [ ] 557. PHILOSOPHES CONFUCIANISTES.
- [ ] 558. CÉLINE, Lettres.
- [ ] 559. MELVILLE, Bartleby le scribe -- Billy Budd, marin et autres
romans \[Œuvres, IV\].
- [ ] 560. SARTRE, Les Mots et autres écrits autobiographiques.
- [ ] 561. NABOKOV, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 562. VIAN, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 563. VIAN, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 564. LES ÉPICURIENS.
- [ ] 565. DIDEROT, Œuvres philosophiques.
- [ ] 566. MALRAUX, Œuvres complètes, VI (Essais).
- [ ] 567. KUNDERA, Œuvre, I.
- [ ] 568. KUNDERA, Œuvre, II.
- [ ] 569. DE QUINCEY, Œuvres.
- [ ] 570. JAMES, Nouvelles complètes, III.
- [ ] 571. JAMES, Nouvelles complètes, IV.
- [ ] 572. DURAS, Œuvres complètes, I.
- [ ] 573. DUR AS, Œuvres complètes, II.
- [ ] 574. CIORAN, Œuvres. 575. BALZAC, Correspondance, II.
- [ ] 576. WOOLF, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 577. WOOLF, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 578. DRIEU LA ROCHELLE, Romans, récits, nouvelles.
- [ ] 579. VERNE, Voyages extraordinaires : Les Enfants du capitaine
Grant -- Vingt mille lieues sous les mers.
- [ ] 580. VERNE, Voyages extraordinaires : L\'Île mystérieuse -- Le
Sphinx des glaces.
- [ ] 581. FITZGERALD, Romans, nouvelles et récits, I.
- [ ] 582. FITZGERALD, Romans, nouvelles et récits, II.
- [ ] 583. THÉRÈSE D\'AVILA -- JEAN DE LA CROIX, Œuvres.
- [ ] 584. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, V.
- [ ] 585. IBN KHALDÛN, Le Livre des Exemples, II.
- [ ] 586. SIMON, Œuvres, II.
- [ ] 587. ZWEIG, Romans, nouvelles et récits, I.
- [ ] 588. ZWEIG, Romans, nouvelles et récits, II.
- [ ] 589. CENDRARS, Œuvres autobiographiques complètes, I.
- [ ] 590. CENDRARS, Œuvres autobiographiques complètes, II.
- [ ] 591. SHAKESPEARE, Comédies, I \[Œuvres complètes, V\].
- [ ] 592. AUSTEN, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 593. PLINE L\'ANCIEN, Histoire naturelle.
- [ ] 594. JACCOTTET, Œuvres.
- [ ] 595. LAFAYETTE (Mme de), Œuvres complètes.
- [ ] 596. DURAS, Œuvres complètes, III.
- [ ] 597. DURAS, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 598. VILLON, Œuvres complètes.
- [ ] 599. FRANKENSTEIN ET AUTRES ROMANS GOTHIQUES.
- [ ] 600. LEIRIS, L\'Âge d\'homme précédé de L\'Afrique fantôme.
- [ ] 601. ARISTOTE, Œuvres, I.
- [ ] 602. ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE CHINOISE.
- [ ] 603. VIRGILE, Œuvres complètes.
- [ ] 604. TWAIN, Œuvres.
- [ ] 605. D\'ORMESSON, Œuvres, I.
- [ ] 606. BERNANOS, Œuvres romanesques complètes, II, suivies de
Dialogues des carmélites.
- [ ] 607. FOUCAULT, Œuvres, I. .
- [ ] 608. FOUCAULT, Œuvres, II.
- [ ] 609. JAMES, Un portrait de femme es et autres romans.
- [ ] 610. VARGAS LLOSA, Œuvres romanes ques, I.
- [ ] 611. VARGAS LLOSA, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 612. VERNE, Voyages extraordinaires : Voyage au centre de la
terre et autres romans.
- [ ] 613. SHAKESPEARE, Comédies, II \[Œuvres complètes, VI\].
- [ ] 614. SHAKESPEARE, Comédies, III \[Œuvres complètes, VII\].
- [ ] 615. LONDON, Romans, récits et nouvelles, I.
- [ ] 616. LONDON, Romans, récits et nouvelles, II.
- [ ] 617. PREMIERS ÉCRITS CHRÉTIENS.
- [ ] 618. FAULKNER, Œuvres romanesques, V.
- [ ] 619. TOURNIER, Romans suivis de Le Vent Paraclet.
- [ ] 620. FAULKNER, Nouvelles.
- [ ] 621. STAËL (Mme de), Œuvres.
- [ ] 622. LUTHER, Œuvres, II.
- [ ] 623. PEREC, Œuvres, I.
- [ ] 624. PEREC, Œuvres, II.
- [ ] 625. ROTH, Romans et nouvelles (1959-1977).
- [ ] 626. VERNE, Voyages extraordinaires : Michel Strogoff et autres
romans.
- [ ] 627. BALZAC, Correspondance, III
- [ ] 628. CENDRARS, Œuvres romanesques, I, précédées d Poésies
complètes.
- [ ] 629. CENDRARS, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 630. STEV ENSON, Veillées des îles -- Derniers romans \[Œuvres,
III\].
- [ ] 631. KIERKEGAARD, Œuvres, I.
- [ ] 632. KIERKEGAARD, Œuvres, II.
- [ ] 633. BEAUVOIR, Mémoires, I.
- [ ] 634. BEAUVOIR, Mémoires, II.
- [ ] 635. D\'ORMESSON, Œuvres, II.
- [ ] 636. LAIS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 637. NIETZSCHE, Œuvres, II.
- [ ] 638. DRACULA ET AUTRES ÉCRITS VAMPIRIQUES.
- [ ] 639. GARY, Romans et récits, I.
- [ ] 640. GARY, Romans et récits, II.
- [x] 641. Duby, Oeuvres
- [ ] 642. HUYSMANS, Romans et nouvelles.
- [ ] 643. ÉCRITS SPIRITUELS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 644. SAND, Romans, I.
- [ ] 645. SAND, Romans, II.
- [ ] 646. ALAIN-FOURNIER, Le Grand Meaulnes suivi de Choix de
lettres, de documents et d\'esquisses.
- [ ] 647. ELIOT, Middlemarch précédé de Le Moulin sur la Floss.
- [ ] 648. NABOKOV, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 649. KESSEL, Romans et récits, I.
- [ ] 650. KESSEL, Romans et récits, II.
- [ ] ANTHOLOGIES
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ALLEMANDE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ANGLAISE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ESPAGNOLE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ITALIENNE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE LATINE
- [ ] ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE CHINOISE
- [ ] ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE FRANÇAISE
- [ ] Œuvres complètes, II.
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title: La pléiade
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#bisonex #articles
# JOSS
Objectifs:
- fournir dépendences de sarek *constit*
- fournir données de réference humaine (génome, dbsnp) avec scidataflow
## Dépendences dans nix
- [ ] Aligneur
- [x] (BWA-mem/mem2 : déjà disponibles)
- [x] (Sentieon : payant)
- [ ] Dragmap : PR soumis
- [x] mosdepth
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- [x] (CNVkit : déjà disponible)
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- [x] (freebayes : déjà disponible)
- [x] GATK HaplotypeCaller: fait
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```sh
wget https://raw.githubusercontent.com/alacritty/alacritty/master/extra/alacritty.info && tic -xe alacritty,alacritty-direct alacritty.info && rm alacritty.info
Trouvé sur <https://github.com/alacritty/alacritty/issues/2838>
Sinon TERM=xterm ssh ...
```
#cli
## Astuces
# Desserts
(Patisserie, Leçons pas-à-pas) : 12min environ 3 blanc 75g sucre 55g
farine37g fécule 4 jaunes
## RETRY Biscuit de Savoie
[meilleur du
chef](https://www.meilleurduchef.com/cgi/mdc/l/fr/recette/biscuit-savoie.html))
: cuire vraiment plus longtemps en bas du four. Bien beurrer et fariner.
### Ingredients
- Cake
- Unsalted butter, room temperature (for pans)
- 75g Dutch-processed cocoa powder, plus more for pans
- 180g all-purpose flour
- 1.5 teaspoons baking soda
- 0.75 teaspoon baking powder
- 1 large egg, room temperature
- 1 large egg yolk, room temperature
- 306g (packed) dark brown sugar
- 170g sour cream, room temperature
- 5 tablespoons vegetable oil
- 2 teaspoons vanilla extract
- 0.75 teaspoon kosher salt
- Pudding and Assembly
- 33g Dutch-processed cocoa powder
- 5 tablespoons cornstarch
- 283g heavy cream
- 4 large egg yolks, beaten to blend
- 283g whole milk
- 140g dark brown sugar
- 0.75 teaspoon kosher salt
- 114g milk chocolate, chopped
- 1 teaspoon vanilla extract
- Frosting
- 227 cup heavy cream
- 3 tablespoons golden syrup (such as Lyle\'s Golden Syrup)
- 0.1 teaspoon kosher salt
- 340g bittersweet chocolate, chopped
- 170g sour cream, room temperature
- 2 tablespoons unsalted butter, room temperature
### Instructions
1. Cake Arrange a rack in center of oven; preheat to 350°. Line two
8x2\"-deep round cake pans with parchment paper. Grease with butter,
then dust with cocoa powder, tapping out excess.
Sift flour, baking soda, baking powder, and remaining ¾ cup cocoa
powder into a medium bowl, then whisk to combine. Whisk egg, egg
yolk, brown sugar, sour cream, oil, vanilla, salt, and ¾ cup hot
water in a large bowl until smooth. Whisk in dry ingredients until
just combined.
Divide batter between prepared pans. Bake cake until a tester
inserted into the center comes out clean, 25--35 minutes. Transfer
pans to a wire rack; let cake cool completely in pan. Invert onto a
plate, then invert again.
Do Ahead: Cake can be baked 2 days ahead. Store tightly wrapped at
room temperature.
2. Pudding and Assembly Whisk cocoa powder and cornstarch in a large
saucepan. Whisk in cream until smooth and no lumps remain. Add egg
yolks, milk, brown sugar, and salt; whisk to combine. Bring to a
boil over medium-high heat, whisking occasionally, then reduce heat
to low. Continue to cook, whisking, until thick and smooth, 1--2
minutes.
Remove from heat and add chocolate and vanilla, stirring until
chocolate is melted and mixture is smooth. Strain through a
fine-mesh sieve into a medium bowl. Cover with plastic wrap,
pressing directly onto surface of hot pudding to prevent a skin from
forming. Chill until cold, at least 2 hours.
Using a serrated knife and sawing in long, even strokes, carefully
halve cakes lengthwise. Set aside the 3 prettiest layers for
assembly. Crumble remaining layer with your fingers into fine crumbs
(or push through a wire rack set inside a rimmed baking sheet).
Place 1 layer, cut side up, on a platter or cake stand.
Remove plastic from chilled pudding and vigorously whisk until
smooth. Using a rubber spatula, spread half of pudding over cake
layer on stand, spreading to edges. Top with another cake layer, cut
side down, and spread remaining pudding over cake. Top with third
cake layer cut side down (leave top bare). Chill cake 1 hour and up
to 8 to let pudding firm up.
Do Ahead: Pudding can be made 1 day ahead. Keep chilled.
3. Frosting Bring cream, syrup, and salt to a boil in a large saucepan
over medium-high heat. Remove from heat and stir in chocolate, sour
cream, and butter. Let sit, stirring occasionally, until chocolate
and butter are melted and mixture is smooth and no streaks of white
remain. Transfer to a medium bowl. Let frosting sit at room
temperature, stirring every 30 minutes or so, until thickened and
spreadable (it will look like a broken chocolate sauce at first, but
magically, about 1½ hours later, it will start to thicken). Stir
until smooth. (If your kitchen is warmer than 72°, chill frosting 5
minutes. Stir to combine cooler outer edges with warmer center, then
chill another 5 minutes. It should be the consistency of sour cream;
if not, chill another 5 minutes and stir.)
Spread frosting all over top and sides of chilled cake. The frosting
on top should be as smooth and level as possible, but it\'s okay if
the sides look messy; the crumbs will hide any mistakes you make.
Place cake stand on a sheet tray. Take a handful of cake crumbs and
press into sides of cake. Repeat, turning cake as you go, to
completely cover sides in crumbs. Sprinkle crumbs on outside edges
of top layer.
Do Ahead: Cake can be assembled 1 day ahead. Chill uncovered.
### Notes :
Avec un cercle 20cm, on peut faire un gâteau. 50min de cuisson à 190. On
peut couper le bord supérieur pour avoir quelques miettes puis 3
tranches. Un peu trop de glacage et pudding (10%) Résultat OK
## RETRY Bounty
[750g](http://www.750g.com/bounty-maison-r97803.htm)) : prendre du bon
chocolat
- noix de coco
- lait concentré sucré
- chocolat noir
## RETRY Brioche
### \[\[<http://www.enviedebienmanger.fr/fiche-recette/recette-brioche-pur-beurre>)\]\[Enviedebienmanger
\]\] Bonne consistance et bon aspect. Attention, 30min est un maximum.
- 250 g de beurre gastronomique (+30 g pour beurrer les moules)
- 10 cl de lait entier
- 500 g de farine T45
- 18 g de levure fraîche
- 100 g de sucre
- 4 oeufs
- 1 jaune d\'oeuf
- 12 g de sel (+ 1 pincée)
### Au levain
1. Ingredients
- 225 grammes de levain actif
- 500 grammes de farine T45
- 110 grammes de cassonade sucre blond de canne
- 8 grammes de sel
- 3 gros oeufs
- 200 grammes de beurre doux mou
- lait \~50g
2. Notes 50min de cuisson à 180° 5h de pousse le lendemain Brioche
moelleuse et aérée mais goût au levain trop fort Après avoir regardé
d\'autres recettes : =\> Augmenter le ratio farine/levain à 2/1 (au
lieu de 0.5) pour le \"starter\" Exemple
<https://homegrownhappiness.co.nz/sourdough-brioche/>
## RETRY Brownie
<https://tasty.co/recipe/ultimate-brownies>
### Notes
- 2/3 quantités -\> ok pour moule à tarte
- café en poudre ok mais 1 seul petit sachet !
- 2 sachets d\'expresso en poudre : ok, ne se sentent pas après
cuisson
- cuisse 30min 180° dans plat à tarte
- bien respecter la dose de cacao en poudre, bien battre++
### LOVEIT Serious eats
<https://www.seriouseats.com/recipes/2018/02/bravetart-glossy-fudge-brownies.html>
### diviser quantité par 2 : brownie fin dans un plat à tarte. \*\*
20-25min à 180 degré (30min = un peu trop cuit). Cuisson homogène
12 ounces unsalted butter (about 3 sticks; 340g) 6 ounces finely chopped
dark chocolate, about 72% (about 1 cup; 170g) 16 ounces white sugar
(about 2 1/4 cups; 450g) 2 ounces light brown sugar (about 1/4 cup,
packed; 55g) 1 3/4 teaspoons (4g) Diamond Crystal kosher salt; for table
salt, use about half as much by volume or the same weight 6 large eggs,
straight from the fridge (about 10 1/2 ounces; 295g) 1/2 ounce vanilla
extract (about 1 tablespoon; 15g) 1 teaspoon instant espresso powder,
such as Medaglia d\'Oro (optional) 4 1/2 ounces all-purpose flour, such
as Gold Medal (about 1 cup, spooned; 125g) 4 ounces Dutch-process cocoa
powder, such as Cacao Barry Extra Brute (about 1 1/3 cups, spooned;
115g)
Directions
- différences entre les 2 : un peu plus de beurre pour SE, un peu plus
de chocolat (normal + poudre) pour tasty
## [TODO]{.todo .TODO} Cookies {#cookies}
<https://www.seriouseats.com/the-food-lab-best-chocolate-chip-cookie-recipe>
### Ingredients
8 ounces unsalted butter (2 sticks; 225g) 1 standard ice cube (about 2
tablespoons; 30mL frozen water) 10 ounces all-purpose flour (about 2
cups; 280g) 3/4 teaspoon (3g) baking soda 2 teaspoons Diamond Crystal
kosher salt or 1 teaspoon table salt (4g) 5 ounces granulated sugar
(about 3/4 cup; 140g) 2 large eggs (100g) 2 teaspoons (10mL) vanilla
extract 5 ounces dark brown sugar (about 1/2 tightly packed cup plus 2
tablespoons; 140g) 8 ounces (225g) semisweet chocolate, roughly chopped
with a knife into 1/2- to 1/4-inch chunks Coarse sea salt, for garnish
### Recette
10-11min cuisson 180
## RETRY Carrot cake
<https://www.seriouseats.com/recipes/2017/10/carrot-cake-recipe.html>
- un peu trop trop humide
- glacage non fait (version rapide = beurre + cream cheese + sucre
glace)
## RETRY Cheesecake japonais
### Ingredients {#ingredients-1}
- 3 tablespoons/45 grams unsalted butter, at room temperature, plus
more for greasing
- 5 large eggs, at room temperature
- 1 cup/225 grams cream cheese
- ½ cup/120 grams crème fraîche
- 1 teaspoon grated lemon zest
- 1 teaspoon vanilla extract
- ¼ teaspoon kosher salt
- ½ cup/100 grams plus 1 tablespoon superfine sugar
- ½ cup/65 grams cake flour
- 1 tablespoon confectioners\' sugar, for garnish
### Directions
1. Place rack in the center of the oven and heat to 400 degrees. Line
bottom of an 8-by-3-inch round cake pan with parchment paper and
butter only the bottom of the pan (so the cheesecake can rise). You
can also use a springform pan; just wrap the bottom and sides with a
double layer of foil, so the seams are covered.
2. Separate eggs. Place whites in the bowl of an electric mixer fitted
with the whisk attachment; place yolks in a small bowl.
3. Place cream cheese in a large metal bowl or double boiler insert and
place over a pot filled with 1 inch of simmering water. Stir until
cream cheese is melted and smooth. Whisk in crème fraîche and 3
tablespoons butter until well combined and smooth. Remove from heat
and whisk in lemon zest, vanilla and salt. Whisk in egg yolks and 3
tablespoons/40 grams superfine sugar. Sprinkle cake flour evenly
over the top, then whisk it in.
4. Beat the egg whites on medium speed until you start to see the wires
of the whisk leave a trail in the whites. Slowly add the remaining 6
tablespoons superfine sugar, a tablespoon at a time while beating.
Continue to beat until whites are fluffy and hold a soft peak when
beaters are lifted. Gently fold about one-quarter of the whites into
the yolk mixture to lighten it. Then gently fold in remaining
whites, taking care not to deflate batter. Pour into prepared pan.
5. Place cake pan in a roasting pan or other pan that is at least as
deep as the cake pan; transfer to the oven. Fill the larger pan with
enough hot tap water to come one-quarter of the way up the sides of
the cake pan. (The cake is really light, so if you pour in too much
water it may float.)
6. Bake until top of the cake is golden and doesn\'t give when you
press it gently in the middle, 35 to 40 minutes.
7. Turn off oven and crack the oven door so that it cools off. Leave
cheesecake in the cooling-off oven for 2 hours so it cools slowly,
which keeps the top from cracking.
8. Lift cheesecake pan out of water and place on a wire rack. Let cool
for another 2 hours. Cheesecake will deflate slightly.
9. Run a knife around the edges of the cheesecake to loosen it from
sides of pan. Remove sides of springform pan. If you used a regular
cake pan, invert the cake onto a plate, lift off pan, peel off
parchment, then invert it right side up on a serving plate.
10. Chill cake for at least 2 hours before serving. Cake can be stored,
well wrapped, for up to 4 days in the refrigerator. Sift
confectioners\' sugar over top of cake just before serving.
### Notes {#notes-1}
- Temps de cuisson : 25-30min à 200° = sommet doré et gâteau plutôt
ferme. Au goût semble OK
- Diminué les temps de repos : 1h30 au four, 1h dehors et mangé
directement
- Levée pendant la cuisson (30%) mais retombé par la suite au niveau
initial (voire moins sur un côté !)
- Un peu d\'eau a l\'air d\'être rentrée sous des coins du gâteau
Conclusion
- Globablement bon mais attention à l\'étanchéité ! =\> mieux mettre
de papier alu
- pas de beurre sur les côté du moule a priori (possibilité de mettre
du papier sulfurisé : cf
<https://www.youtube.com/watch?v=adXmM-eqwz8>)
- bien mélanger la pâte (cf les 2vidéos)
- idéalement, on veux un dôme et que le gâteau ne dégonfle pas en
dessous de la taille initiale. La recette du NYT mentionne qu\'un
dégonflement est inévitable
- Essayer d\'autre méthode de cuisson pour avoir un gâteau qui
\"tient\" mieux ? (plus longtemps et moins fort)
## RETRY Chocolate lavae cake
### MEH Uncooked
<https://cooking.nytimes.com/recipes/1019957-chocolate-lava-cake-for-two>
13min au four : très coulant à l\'intérieur mais un petit goûte de pâte
non cuite. =\> recette de John Favreau avec une ganache congelée à
l\'intérieur avant de cuire
### LOVEIT Frozen ganache
<https://www.bonappetit.com/recipe/bas-best-molten-chocolate-cake>
Meilleur que la version uncooked. 2/3 des quantités = sert environ 2
gros ramequins
## RETRY Cinnamon rolls
[de
Babish](https://www.bingingwithbabish.com/recipes/cinnamonrolls?rq=cinnamon)
- Le glacage est trop lourd (et seulement testé avec fromage frais +
sucre) en soi !
- Soit réessayer la recette de babish (en petite quantités), soit
simplement nature.
## RETRY Clafoutis aux pommes
[ptitecuisinedepauline](http://www.ptitecuisinedepauline.com/article-clafoutis-aux-pommes-122364862.html))
- Avec un peu plus de farine, on a un clafoutis bien compact.
## RETRY Cornbread (salé)
[Seriouseats](https://www.seriouseats.com/recipes/2015/11/southern-unsweetened-cornbread-recipe.html)
Bien moelleux mais très mietteux. Probablement pas assez mélangé
## RETRY Crepes
### Marmiton
<https://www.marmiton.org/recettes/recette_pate-a-crepes-simple_27121.aspx>
2.5 oeufs 250 g de farine 500g l de lait demi-écrémé 1.5 cuillères à
soupe d\'huile 1 cuillère à café de rhum =\> décent
### LOVEIT Raymond Oliver
1. Ingredients Recette initiale : [source](youtube:FUO2zmDnSe8)
- 200g farine
- 4 oeufs (suffisament pour absorper la farine)
- 250mL de lait
- 50g beurre
- bière en quantité suffisante pour \"napper\" (400mL ??)
- 1 CS huile
- 4 CS de sucre
- 2 pincées de sel
- rhum (2/3) + anis (1/3) pour un total de 125mL soit 80mL de
rhumé et 40mL d\'anis
Mon 1er essai pour 11 crepes moyennement fines :
- 1 pincées de sel
- 10cl lait
- 3 oeufs
- 3 CS sucre
- vanille
- 30g beurre
- 130g farine
- bière 15cl (le double dans la recette a priori) brune 6%
- rhum 50g
Au final : addictives, très molles, odeur du rhum, petit
arrière-goût de bière après-coup
2eme essai avec les quantités initiales et \~250mL de bière : petite
amertume de la bière et pâte très très liquide. Il faut faire les
crèpes très fines et bien les cuire pour éviter d\'avoir le goût
d\'alcool Attention: quasi-impossible de les retoruner à la main, il
faut utiliser une spatule. Ne pas avoir peur ed bien les cuire,
elles ramolissent un peu \~15 crèpes fines
2. Instructions
- Faire bouiller le lait avec sel + sucre + vanillet
- Ajouter le beurre pour le faire fondre hors feu
- Mélanger farine + oeufs (rajouter oeufs si besoin)
- Ajouter mélange lait-beurre et mélanger
- Ajouter les liqueurs
- Ajouter bière jusqu\'à \"napper\" la louche (texture très
liquide, presque de l\'eau)
- Ne pas beurre la poêle et ne pas faire sauter les crèpes
(retourner à la main)
### MEH Au levain (Epicurious) sourdough
<https://www.epicurious.com/recipes/food/views/sourdough-crepes>
- 6 Tbsp. (100 g) sourdough starter
- 2 cups (250 g) all-purpose flour, divided
- 2 large eggs
- ¾ cup plus 1 Tbsp. (or more) milk
- 3 Tbsp. granulated sugar
- ½ tsp. baking soda
- ½ tsp. kosher salt
- 3 Tbsp. unsalted butter, melted, plus more room temperature
- Grapeseed or vegetable oil (for pan)
- Jam, crème fraîche, demerara sugar, and/or lox, (for serving;
optional)
1. Notes
- On ne sent pas le goût du levain
- Crêpes classiques, sans plus
- Pâte trop épaisse
## RETRY Croissants
(PPAP). Pas encore ça... Remarques après plusieurs essais :
- 45min à 190° = trop !! pas assez cuits++ à l\'intérieur mais un peu
trop à l\'extérieur. 180° était trop, essayer 160° ? Changer la
position dans le four ?
- Bien laisser pousser avant d\'enfourner (45min n\'est pas assez !)
- Beurre qui s\'échappe = pâte trop malmenée ?
- essayer cette recette :
<https://www.weekendbakery.com/posts/classic-french-croissant-recipe/>
## RETRY Forêt noire
Recette de PPAP avec des framboises surgelées à la place des cerises
### Notes {#notes-2}
Résultat final bon. Mais
- ne pas pocher les framboises, elles sont trop fragiles
- avec disque de diamètre 20cm, seulement 2 niveaux de génoise
- crème chantilly vanille tout juste pour la déco
- le chocolat fondu \"serre\" effectivement la chantilly (montée à 80%
environ). Fondu au micro-ondes
- Le lendemaine, encore ok
- test de congélation
## RETRY Framboisier :
### Recette de PPAP :
- Bon mais pas assez de crème =\> 500g de crème liquide = tout juste
assez de crème
- Problème principal = comment intégrer la gélatine ? =\> ne pas
mettre la crème au frigo, attendre qu\'elle refroidisse un peu et
intégrer directement à la chantilly. Celle-ci va \"dégonfler\" un
peu, mais après un passage au frigo, elle sera ferme
- Framboise surgelées : trop humide, il vaut mieux utiliser des
fraîches pour la présentation
## RETRY Galette des rois
[de Conticini](https://www.youtube.com/watch?v=ETkk7QXbtlw)
Pour **deux** crème frangipane (diviser par 2 pour une galette !!) • 110
gr de beurre • 190 gr de poudre d'amandes • 130 gr de sucre glace • 114
gr d'œufs • 25 gr de rhum brun • 300 gr de crème pâtissière
### Notes {#notes-3}
- Pâte feuilletée inversée plus intéressante que la simple =\> prendre
la recette de PPAP
- Attention à mettre suffisament d\'eau dans la pâte feuilletée : trop
dure sinon (et se déchire)
- Frangipane sortie de la galette (alors qu\'il en manquait) =\> bien
souder
- le rhum après avoir cuit la crème patissière n\'est pas trop fort
(mais ne pas mélanger à la crème d\'amande pour ne pas la faire
trancher)
## RETRY Gâteau au chocolat
[recette de Tasty](https://tasty.co/recipe/the-ultimate-chocolate-cake)
### Notes {#notes-3}
attention, bien cuire le gâteau et **bien** attendre qu\'il soit froid
(sinon tombe en morceaux) !! Pas de bière mais la moitié en eau chaude.
Bien dilueer le café en poudre avant. Pour le glacage, quantité de sucre
divisée par 2, ok. Pas assez de glacage ?
## RETRY Gaufres
pas de souci de cuisson avec [cette
recette](https://www.hervecuisine.com/recette/gaufres-croustillantes-ultra-legeres/).
Temps de repos qui fait la différence ? (Souvent pas assez cuite dans
les essais précédents)
## RETRY Glace
### RETRY [Recette de Babish](https://basicswithbabish.co/basicsepisodes/icecream)
Avec +50% des quantités dans notre congélateur : pas de solidification
en 30min... Plutôt compter 1 à 2h ! Inutile de mélanger si c\'est
liquide... Pour un premier essai, correct mais ne vaut pas le coup de
s\'embêter autant ?
## RETRY Guimauve
[jujube-en-cuisine](http://www.jujube-en-cuisine.fr/marshmallow-ou-guimauve-maison/)):
trop sucré mais bonne texture
## [TODO]{.todo .TODO} Ile flottante
<https://cooking.nytimes.com/recipes/1017447-ile-flottante-with-fresh-cherries>
Problèmes :
- sauce trop liquide après qq minutes de cuisson et malgré 2h au frais
après. Goût un peu curieux avec la cardamone (diminuer dose ?)
- meringue aplatie après la cuisson à la vapeur =\> au four la
prochaine fois
## [TODO]{.todo .TODO} Lebkuchen
1er essai avec une recette de 750g il y a quelques années 2eme essai
avec cette recette :
<https://www.bbcgoodfood.com/recipes/1941/lebkuchen> mais plusieurs
modifications : Ajout : 1 oeufs, 25g sucre roux, orange confite,
noisettes concassées Globalement : plus de farine que mentionné Glacage
= 200g chocolat + huile de coco mais pas assez pour tous les gâteaux.
Important : couper cuisson quand les bords commencent à brûnir (10min à
180% max) =\> résultat : pas mal
3eme essai \"free style\" 200g farine blanche 50 farine complète 250g
miel de chataîgnier 100g beurre 90g poudre d\'amandes levure
- cannelle, girofle, sirop d\'érable, farine de sarrasin
Glacage : 200g chocolat + beurre + lait (un peu \"granuleux\"
visuellement)
9mm d\'épaisseur : limite trop cuit à 15min à 170° ! Miel de chataîgner
trop fort, un peu atténué avec une glacage chocolat.
## RETRY Macarons
Pour 30 macarons Coque =
- 125g poudre d\'amandes
- 125g sucre glace
- 1.5 blanc
Meringue
- 125g sucre semoule
- 35g eau
- 1.5 blanc
Temps de cuisson \~18min à 155° (après préchauffage à 175°) Ganache
- 80g lait
- 20g crème
- 150g chocolat 64%
- 30g beurre
### Notes {#notes-4}
- Le plus important = Macaronage =\> mélanger jusqu\'à pouvoir faire
des \"8\"
- Recette de LPAP = valeur sûre. Faisable avec 2 plaques mais celle du
bas (plaque pâtisserie) est moins jolie (parfois correct...), en
mode chaleur tournante
- Pour la meringue italienne, on peut verser doucement 30s puis tout
d\'un coup en mélangeant à fond (cf recette de Raymon Oliver pour sa
mousse de fruits)
- Recette de Felden avec du cacao en poudre : pâte d\'amande trop
épaisse mais résultant décevant malgré tout (plus un cookie) =\> des
doutes à réessayer...
- Essayer avec meringue française
- Pas de sucre roux !
## RETRY Madeleine
Sans cacao : attention à la cuisson : pour des 2/3 de cuillère à soupe,
trop cuites en 7min à 215°... Bien remplir les moules (1 grosse cuillère
à soupe) et 10-12min de cuisson à 210 Un peu sèche/farineuse =\>
Comparer à LPAP
### [TODO]{.todo .TODO} LPAP
Refaire, mais recette de référence normalement
## RETRY Mille-feuille
[de
Conticini](https://www.facebook.com/PhConticini/photos/a.108115932681384.17237.101025623390415/713491585477146/?type=3) :
bien mettre un poids sur la pâte feuilletée pendant la cuisson. Trop de
gélatine (crème un peu trop gélatineuse)
## RETRY Millionaire short-bread / Twix familial
### Notes {#notes-5}
- Ne pas trop étaler la pâte.
- Quantité pour avoir autant de caramel de que shortbread... Peut-être
diminuer un
peu les doses de caramel ?
- J\'ai utilisé 250g de chocolat, un peu juste sinon
### Ingredients {#ingredients-2}
### Directions
## RETRY Moka
### Ingrédients
Felder sirop 12cl eau, 70g sucre, 20g rhum biscuit 120g farine, 30g
maizena, 1/2 sachet levure 5 oeufs, 150g scure 500g crème beurre (x2
pour quantité crème ?)
- 2.5 jaunes
- 120g sucre
- 50g eau 180g beurre
- meringue : 20g eau, 50g sucre, 35g blanc 13g sucre (x2 pour plus
áeration ?)
café soluble/expresso 100g amandes effilées
### Notes {#notes-6}
Felder plutôt que PPAP :
- le biscuit est plus simple chez Felder et plus aéré
- doubler la dose de crème... =\> au final, un gâteau avec une légère
couche de crème donc pas trop lourd
- beaucoup trop de sirop dans la recette, diviser au moins par 3
- le plus difficile (dans les 2 recettes ) : bien gérer le beurre
- le prendre bien pommade
- quand on le mélange aux oeufs encore chaud, refroidir les oeufs
avant ... et y aller par petite quantités avec le beurre (NB:
possible de recongeler si c\'est trop liquide mais éviter...)
## RETRY Mousse au chocolate
### Philippe Conticini : éviter une ganache trop liquide. Ne pas lésiner
sur les blancs. Pour 5 parts :
- 37 g de sucre roux
- 250 g de blancs d\'oeuf
- 70 g de lait demi-écrémé
- 150 g de crème liquide
- 180 g de chocolat noir (68%)
- 60 g de chocolat au lait
### Au jus de pois chiches
- <https://tasty.co/recipe/vegan-chocolate-mousse> Pendant la
préparation :: goût encore fort, légere nausée. 3h plus tard : ok
Monte en neige comme des blancs normaux. Pour améliorer le goût :
- Tester avec du jus maison ?
- Meringue italienne ?
- Plus de vanille ?
## RETRY Mousse de fruit
Recette meilleur du chef
## RETRY Napolitain
### Ingrédients {#ingrédients}
Pour un gâteau de 16cm x 6.5cm x 8cm (longueur x largeur x hauteur)
- Beurre 200g
- Farine
- Levure 1 sachet
- 4 oeufs
- 200g de sucre environ
Ganache (diminuer les doses car il reste 1/4)
- 150g chocolat
- 100g crème 30%
### Instructions
- Bien mélanger jaunes d\'oeuf avec le sucre puis ajouter le beurre
fondu
- Ajouter la farine et levure en poudre
- Séparer 2/3 et 1/3. Vanille dans le premier et poudre de cacao dans
le second
- Meringue française avec 50g de sucre puis mélanger au reste
- 15min de cuisson à 180%
- Montage
## RETRY Oreo
### Bravetart
1. Ingrédients For the Chocolate Wafers: 4 ounces unsalted butter
(about 8 tablespoons; 115g), creamy and soft, about 68°F (20°C) 3
1/2 ounces sugar (about 1/2 cup; 100g) 2 ounces golden syrup (about
3 tablespoons; 55g), such as Lyle\'s 1/2 teaspoon baking soda 1/4
teaspoon (1g) Diamond Crystal kosher salt; for table salt, use about
half as much by volume or the same weight 1/4 teaspoon coconut
extract (optional) 5 3/4 ounces bleached all-purpose flour (about 1
1/4 cups, spooned; 165g), such as Gold Medal 1 1/4 ounces
Dutch-process cocoa powder (about 1/3 cup plus 1 tablespoon; 35g),
such as Cacao Barry Extra Brute, plus more for dusting For the
Filling: 6 ounces unsalted butter (about 12 tablespoons; 170g) 1
teaspoon vanilla extract 1/8 teaspoon Diamond Crystal kosher salt 8
1/2 ounces powdered sugar (about 2 cups plus 1 tablespoon; 240g)
2. Notes
- Ne pas faire les oreo trop large (3cm suffit)
- La ganache est vraiment trop sucrée
- Le biscuit passe avec du caco non sucré
## RETRY Pain au lait
[750g](https://www.youtube.com/watch?v=wAKaJRl3Ieg)) : bon mais levée
sur la nuit semble préférable
## RETRY Pancake
### America test kitchen recipe. Pas mal et pas prise de tête
### Levain sourdough
<https://www.kingarthurflour.com/recipes/classic-sourdough-waffles-or-pancakes-recipe>
Avec \"restes\" de levain. Pancake moelleux mais bien cuire l\'intérieur
(mettre à feu doux++)... Quantité pour 12 pancakes
## RETRY Paris-Brest
### PPAP
crème au beurre toujours un peu trop liquide. Vient du praliné
\"maison\" (loupé par ailleurs) ?
### Felden
Sans praliné, crème se tient bien
## RETRY Pâte à chou
(Patisserie, Leçons pas-à-pas) : 45-50min de cuisson
## RETRY Peanut Butter Pie
### Ingredients {#ingredients-3}
- 6 tablespoons/85 grams unsalted butter, melted, plus more for the
pan
- ¾ cup/150 grams granulated sugar
- ¾ cup/75 grams unsweetened cocoa powder (not Dutch-processed)
- ½ cup/60 grams all-purpose flour
- ½ teaspoon kosher salt
- 1 ¼ cups/300 milliliters heavy cream
- 1 ½ cup/405 grams smooth, sweetened peanut butter, like Jif or
Skippy
- 1 8-ounce/226 grams block full-fat cream cheese, at room temperature
- ⅔ cup/133 grams light brown sugar
- 1 teaspoon pure vanilla extract
- ½ teaspoon kosher salt
- 2 ounces/57 grams semisweet chocolate, chopped (optional)
- 1 tablespoon/14 grams unsalted butter (optional)
### Directions
1. Make the crust: Heat the oven to 350 degrees. Have a nonstick
standard 9-inch pie plate ready, or generously butter a 9-inch
standard pie plate. In a medium bowl, whisk together the sugar,
cocoa powder, flour and salt. Add butter, stirring and mashing with
a fork, until the crumbs are evenly moistened.
2. Transfer the crumbs to the prepared pan and press them evenly into
the bottom and sides until crust is about 1/4-inch thick. Bake crust
until it looks dry and set, 10 to 12 minutes. Transfer the pan to a
rack to cool completely, about 30 minutes.
3. Make the filling: In a large bowl, whip the cream to stiff peaks
using an electric mixer at medium-high speed. Set aside. In another
large bowl, beat the peanut butter, cream cheese, brown sugar,
vanilla and salt on medium speed until fluffy, about 2 minutes. Use
a large rubber spatula to gently fold the whipped cream into the
peanut butter mixture. Transfer the mixture to the prepared pan and
smooth the top. Chill uncovered for at least 4 to 6 hours, until
filling is set.
4. Make the topping, if using: In a microwave-safe bowl, melt the
chocolate and the butter together in short bursts, stirring often.
Transfer the chocolate mixture to a small plastic bag, and cut a
1/8-inch hole in one corner. Drizzle the chocolate over the top to
make a decorative pattern. (You may have some left over depending on
your taste.) Serve immediately.
### Modif
- Pas de crème fouettée donc remplacée par une meringue française avec
4 blancs
d\'oeufs =\> résultat correct mais pas aussi \"fluffy\" que sur la photo
- Attention: la pâte à tarte ne durcira qu\'à la sortie du four. 30min
à 180% est vraiment un maximum...
## RETRY Soufflé (Bocuse)
Echec ! Souffé redescend au bout de 15min de cuisson et clairement pas
assez cuit après 20min à 210°. Après 35min, extérieur trop cuit et
intérieur limite sous-cuit (mangeable mais sans plus)... 2/3 des
quantité = 4 ramequins
## RETRY Tarte au chocolat
[750g](https://www.youtube.com/watch?v=ZISKki8AcE0)) : pas mal mais plus
avec une texture de mousse au chocolat
- 1 pâte sablée
- 300g de chocolat pâtissier
- 500g de crème fraîche liquide
- lait ? (donne plus une )
- 2 oeufs
### NYT
1. Ingredients
2. Directions
3. Notes
- Quantités pour 1 grande tarte + 2 tartelettes
- La pâte a un peu attaché au papier cuisson
- Au goût OK mais caramel trop liquide =\> ressayer en allant
jusqu\'au point ou ça sent légèrement le cramé
## RETRY Tarte aux pommes
### RETRY PPAP
Recette de la PPAP : pommes un peu crues, pâte ok. Mieux choisir les
pomme la prochaine fois et couper **très** fin
### RETRY [Recette de babish (double pie crust)](https://basicswithbabish.co/basicsepisodes/pies)
Pâte trop farineuse au goût (seule) mais ok avec les pommes Cuisson : 1h
à 180° pour 4 pommes Pâtes très fragile après la cuisson (ne tient pas
au service) Pâte \"inférieure\" assez humide malgré la cuisson à blanc
mais après un passage au frigo, se conserve jusqu\'au lendemain
### [TODO]{.todo .TODO} Bon appetit
<https://www.bonappetit.com/recipe/bas-best-deep-dish-apple-pie> Par
rapport à la version de Babish : cuisson longue (1h30-2h) et plus de
pommes
## RETRY Tiramisu
1. <https://www.seriouseats.com/2017/06/how-to-make-the-best-tiramisu.html>
=\> échec, pâte trop liquide car
2. Mieux avec 3 jaune + sucre en sabayon. Ajouter 200g mascarpone battu
au fouet et battre le tout. Ajout 20cl crème fouettée délicatement.
=\> au final, pas de prise au frigo, consistence crème fouettée
molle.
## RETRY Yaourt à la yaourtière
5 yaourts = 1L de lait entier + 1 yaourt (avec ferments) avec 10h
- Un peu liquide au fond =\> essayer avec du lait entier en poudre
- lait de brebis : 1L + 3 CC de lait en poudre + 12h de fermentation =
bien ferme. Diminuer lait en poudre
## RETRY Banana bread
<https://www.bonappetit.com/recipe/banana-bread> Essai avec
- seulement 2 bananes trop mûres (important)
- crème remplacé par du lait
- sucre blanc au lieu du roux.
Au final, gâteau moelleux. 50min à 180°
# Plat principal
## RETRY Bolognaise
### Ingredients {#ingredients-4}
- 1 tablespoon vegetable oil
- 3 tablespoons butter plus 1 tablespoon for tossing the pasta
- ½ cup chopped onion
- ⅔ cup chopped celery
- ⅔ cup chopped carrot
- ¾ pound ground beef chuck (or you can use 1 part pork to 2 parts
beef)
- Salt
- Black pepper, ground fresh from the mill
- 1 cup whole milk
- Whole nutmeg
- 1 cup dry white wine
- 1 ½ cups canned imported Italian plum tomatoes, cut up, with their
juice
- 1 ¼ to 1 ½ pounds pasta
- Freshly grated parmigiano-reggiano cheese at the table
### Directions
1. Put the oil, butter and chopped onion in the pot and turn the heat
on to medium. Cook and stir the onion until it has become
translucent, then add the chopped celery and carrot. Cook for about
2 minutes, stirring vegetables to coat them well.
2. Add ground beef, a large pinch of salt and a few grindings of
pepper. Crumble the meat with a fork, stir well and cook until the
beef has lost its raw, red color.
3. Add milk and let it simmer gently, stirring frequently, until it has
bubbled away completely. Add a tiny grating -- about 1/8 teaspoon --
of nutmeg, and stir.
4. Add the wine, let it simmer until it has evaporated, then add the
tomatoes and stir thoroughly to coat all ingredients well. When the
tomatoes begin to bubble, turn the heat down so that the sauce cooks
at the laziest of simmers, with just an intermittent bubble breaking
through to the surface. Cook, uncovered, for 3 hours or more,
stirring from time to time. While the sauce is cooking, you are
likely to find that it begins to dry out and the fat separates from
the meat. To keep it from sticking, add 1/2 cup of water whenever
necessary. At the end, however, no water at all must be left and the
fat must separate from the sauce. Taste and correct for salt.
5. Toss with cooked drained pasta, adding the tablespoon of butter, and
serve with freshly grated Parmesan on the side.
### Notes {#notes-6}
Pas mal (ajouté concentré de tomate + feuille basilic). Manque un peu de
tomate à la fin ?
## RETRY Cassoulet
Recette <http://www.confrerieducassoulet.com/la-recette.html> Fait avec
:
- lard (gros morceaux)
- canard non confit (erreur)
- épaule de porc
- 2 saucisses de toulouse
Au final : 1h30 pour les haricots blancs (sans trempage) et 2h30 au four
pour commencer à avoir une croûte à 170°. =\> au final, le lard n\'est
pas tout à fait bien mélangé donc peut-être le faire fondre avant /
couper en tout petit morceaux ? Sinon, pas mal mais bouillon un peu
fade. Essayer
<https://foodwishes.blogspot.com/2016/03/cassoulet-worlds-most-complex-simple.html>
## RETRY Choux de bruxelles frais rôtis
45min à 195° = fondant mais trop cuit à l\'extérieur Cuits entiers +
huile + sel
## RETRY Coq au vin
### Ingredients {#ingredients-5}
- 3 pounds chicken legs and thighs
- 2 ½ teaspoons kosher salt, more as needed
- ½ teaspoon freshly ground black pepper, more to taste
- 3 cups hearty red wine, preferably from Burgundy
- 1 bay leaf
- 1 teaspoon chopped fresh thyme leaves
- 4 ounces lardons, pancetta or bacon, diced into 1/4-inch pieces
(about 1 cup)
- 3 tablespoons extra-virgin olive oil, more as needed
- 1 large onion, diced
- 1 large carrot, peeled and diced
- 8 ounces white or brown mushrooms, halved if large, and sliced
(about 4 cups)
- 2 garlic cloves, minced
- 1 teaspoon tomato paste
- 1 tablespoon all-purpose flour
- 2 tablespoons brandy
- 3 tablespoons unsalted butter
- 8 ounces peeled pearl onions (about 12 to 15 onions)
- Pinch sugar
- 2 slices white bread, cut into triangles, crusts removed
- ¼ cup chopped parsley, more for serving
### Directions
1. Season chicken with 2 1/4 teaspoons salt and 1/2 teaspoon pepper. In
a large bowl, combine chicken, wine, bay leaf and thyme. Cover and
refrigerate for at least 2 hours or, even better, overnight.
2. In a large Dutch oven or a heavy-bottomed pot with a tightfitting
lid, cook lardons over medium-low heat until fat has rendered, and
lardons are golden and crisp, 10 to 15 minutes. Using a slotted
spoon, transfer lardons to a paper-towel-lined plate, leaving
rendered fat in pot.
3. Remove chicken from wine, reserving the marinade. Pat chicken pieces
with paper towels until very dry. Heat lardon fat over medium heat
until it\'s just about to smoke. Working in batches if necessary,
add chicken in a single layer and cook until well browned, 3 to 5
minutes per side. (Add oil if the pot looks a little dry.) Transfer
chicken to a plate as it browns.
4. Add diced onion, carrot, half the mushrooms and the remaining 1/4
teaspoon salt to pot. Cook until vegetables are lightly browned,
about 8 minutes, stirring up any brown bits from the pot, and
adjusting heat if necessary to prevent burning.
5. Stir in garlic and tomato paste and cook for 1 minute, then stir in
flour and cook for another minute. Remove from heat, push vegetables
to one side of pot, pour brandy into empty side, and ignite with a
match. (If you\'re too nervous to ignite it, just cook brandy down
for 1 minute.) Once the flame dies down, add reserved marinade,
bring to a boil, and reduce halfway (to 1 1/2 cups), about 12
minutes. Skim off any large pockets of foam that form on the
surface.
6. Add chicken, any accumulated juices and half the cooked lardons to
the pot. Cover and simmer over low heat for 1 hour, turning halfway
through. Uncover pot and simmer for 15 minutes to thicken. Taste and
add salt and pepper, if necessary.
7. Meanwhile, melt 1 tablespoon butter and 2 tablespoons oil in a
nonstick or other large skillet over medium-high heat. Add pearl
onions, a pinch of sugar and salt to taste. Cover, reduce heat to
low and cook for 15 minutes, shaking skillet often to move onions
around. Uncover, push onions to one side of skillet, add remaining
mushrooms, and raise heat to medium-high. Continue to cook until
browned, stirring mushrooms frequently, and gently tossing onions
occasionally, 5 to 8 minutes. Remove onions and mushrooms from
skillet, and wipe it out.
8. In same skillet, melt 2 tablespoons butter and 1 tablespoon oil over
medium heat until bubbling. Add bread and toast on all sides until
golden, about 2 minutes per side. (Adjust heat if needed to prevent
burning.) Remove from skillet and sprinkle with salt.
9. To serve, dip croutons in wine sauce, then coat in parsley. Add
pearl onions, mushrooms and remaining half of the cooked lardons to
the pot. Baste with wine sauce, sprinkle with parsley and serve with
croutons on top.
### Notes {#notes-7}
Testé avec rhum : pas senti. Sans le surplus de sauce, ni crouton. Bonne
sauce mais riche.
## RETRY Cornbread
<https://www.bonappetit.com/recipe/buttermilk-cornbread> Bien moelleux
mais quantité approximative de farine et de lait (+50% ?). Trop de
levure (1 sachet) ?
## RETRY Couscous :
[recette de semoule
traditionnelle](http://www.ptitecuisinedepauline.com/article-clafoutis-aux-pommes-122364862.html)
### Graine
- Huile (6 CS pour 1Kg) + humidifier. 30min de cuisson
- huile + eau puis cuisson 20min
- Eau si besoin + cuisson 15min
### viande
- curcuma 1CC
- gingembre poudre
- sel
- ras al nout++
- safran
- +/- tomates (concentré de tomate marche) Cuisson : pour des cuisses
de poulet et de l\'épaule d\'agneau en morceaux, 2H30 dont 1h45 à la
pression donne une viande très fondante
### Légumes
Carottes, potiron, navets, courgettes
## RETRY Crevettes
### Notes {#notes-8}
Pas mal, très rapide à faire. Je mets les crevettes dans la sauce
directement
### Ingredients {#ingredients-6}
- 4 tablespoons unsalted butter
- 1 large clove garlic, minced
- Juice of two large limes
- 1 tablespoon Indonesian sambal (preferably sambal oelek, by Huy
Fong, though sriracha will work as well)
- Kosher salt
- freshly ground black pepper to taste
- 1 pound large, fresh, shell-on shrimp
- 1 teaspoon jalapeño, seeded and chopped (optional)
- 2 tablespoons chopped cilantro
### Directions
1. In a small saucepan set over low heat, melt 1 tablespoon of butter.
Add the garlic and cook, stirring for 2 minutes.
2. Add remaining 3 tablespoons butter to saucepan. When it melts, stir
in the lime juice, chili sauce, salt and pepper. Turn off the heat
and allow the sauce to rest.
3. Bring a large pot of well-salted water to a boil. Add the shrimp and
cook for 2 minutes or until they are just firm and pink. Do not
overcook. Drain into a colander and shake over the sink to remove
excess moisture.
4. In a large bowl, toss the shrimp and chili sauce. Add jalapeño, if
desired, sprinkle with cilantro and toss again.
## Haricots blancs
### RETRY NYT: haricots blancs crémeux
<https://cooking.nytimes.com/recipes/1019385-creamy-white-beans-with-herb-oil>
1 citron entier pour 1Kg haricots blancs : je trouve que le citron est
trop agressif et ne va pas avec... Testé avec persil + menthe + basilic
## RETRY Falafels (traditionnels) :
3 échecs successifs... Réssayer en
- mixant bien, bien la pâte
- mettre au frais pour éviter qu\'ils ne se détachent dans la friture
OK avec ces 2 modifications !
## RETRY Kebab
### Grilled Chicken Pita With Yogurt Sauce and Arugula
1. Ingredients
2. Directions
3. Notes Cuisse de poulet = mauvaise idée. Très long à couper et la
flemm d\'enlever les tendons... Et difficile à griller ? Sauce :
crème fraîche + menthe + persil + olive : pas convaincu par les
olives. À refaire proprement
## RETRY Lablabi (Tunisian Chickpea Soup)
### Ingredients {#ingredients-7}
- 1 ¾ cup cooked chickpeas, or 1 (15-ounce) can chickpeas, drained and
rinsed
- 2 teaspoons extra-virgin olive oil
- ½ teaspoon kosher salt, plus more to taste
- 1 teaspoon za\'atar, plus more to taste
- 1 ½ cups dried chickpeas, soaked overnight and drained
- ¼ cup plus 3 tablespoons extra-virgin olive oil, plus more for
serving
- 2 bay leaves
- 1 ½ teaspoon kosher salt, plus more to taste
- ½ loaf hearty rustic bread (about 8 ounces)
- 1 cup chopped onion, from 1 medium onion
- 6 garlic cloves, minced or finely grated
- 1 tablespoon ground cumin, plus more for serving
- 1 tablespoon tomato paste
- 1 tablespoon harissa paste, plus more for serving
- 3 tablespoons fresh lemon juice
- 1 tablespoon finely grated lemon zest, for serving
- ½ cup chopped flat-leaf parsley, for serving
### Directions
1. Prepare the crispy chickpeas: Transfer chickpeas to a rimmed baking
sheet lined with a clean dish towel or paper towels. Cover with
another towel (or paper towels) on top, rubbing gently to dry.
Remove top towel and let air-dry for at least 30 minutes and
preferably 1 hour.
2. As chickpeas dry, start preparing the soup: In a Dutch oven or heavy
stockpot, combine soaked chickpeas, 5 cups water, 1 tablespoon olive
oil, bay leaves and 1/2 teaspoon salt over high heat. Bring to a
boil for 2 to 3 minutes, then reduce heat to a simmer, cover and
cook until chickpeas are tender, about 1 to 2 hours.
3. Heat oven to 400 degrees. While chickpeas are cooking, cut bread
into thick slices, then tear slices into bite-size pieces. Place
bread in one layer on large rimmed baking sheet and toast until
crisp and light brown, about 10 minutes. Let cool on pan and set
aside.
4. Finish the crunchy chickpeas: Raise oven temperature to 425 degrees.
Remove the towels from baking sheet with the chickpeas, and toss the
chickpeas with 2 teaspoons olive oil, 1/2 teaspoon salt and za\'atar
until well coated. Roast until golden and crispy, about 13 to 18
minutes, tossing halfway through. When chickpeas are still hot,
sprinkle lightly more salt. Taste and add more salt or za\'atar, or
both, if you\'d like.
5. When the chickpeas for the soup are tender, discard bay leaves.
Using a slotted spoon, transfer 2 cups of chickpeas, 1/2 cup of
chickpea cooking liquid and 1/4 cup olive oil to a blender or food
processor, and purée until smooth. (Alternatively, you can use an
immersion blender to blitz half the chickpeas into a rough purée.
Add the olive oil before puréeing. The broth won\'t be as silky as
it would be puréed in a regular blender, but it will taste just as
good.)
6. In a large skillet over medium-high, heat the remaining 2
tablespoons oil until shimmering. Add the onion and cook, stirring
occasionally, until softened, about 5 minutes. Add garlic and cook
until golden, about 2 minutes. Add the remaining 1 teaspoon salt, 1
tablespoon cumin and tomato paste and cook, stirring, until
fragrant, 1 minute. Add a splash of the chickpea cooking liquid to
the pan, and bring to a simmer to deglaze, scraping up the browned
bits on the bottom of the pan. Turn off heat.
7. Add chickpea purée and onion mixture to soup, along with harissa and
lemon juice, and stir well. Add a little water if soup seems too
thick, and more salt, if needed.
8. To serve, divide toasted bread pieces among soup bowls, then ladle
in soup. Garnish with lemon zest, parsley, olive oil, more cumin and
some of the crispy chickpeas --- you\'ll have leftovers. Serve hot,
with more harissa on the side.
### Notes {#notes-9}
- version sans harissa et oublié le citron
- J\'ai utilisé le jus des pois chiches pour la cuisson =\> mauvaise
idée
- À refaire correctement
## RETRY Beef Stroganoff
### Ingredients {#ingredients-8}
Kosher salt and freshly ground black pepper 1 ½ pounds sirloin roast, or
beef tenderloin, if you\'re feeling fancy 2 tablespoons all-purpose
flour 1 ½ teaspoons hot paprika 1 tablespoon neutral oil, such as canola
or grapeseed 4 tablespoons unsalted butter ½ pound button mushrooms,
cleaned and cut into quarters 2 small shallots, thinly sliced 12 ounces
wide egg noodles ¼ cup dry white wine 1 cup heavy cream or crème fraîche
1 ½ teaspoons Worcestershire sauce 1 ½ teaspoons Dijon mustard Chopped
fresh parsley, for garnish
### Directions
Preparation
Bring a large pot of salted water to a boil. Cut the beef against the
grain into 1/2-inch slices, pound lightly, then cut those slices into
1-inch-wide strips. Add the flour, paprika, 1 1/2 teaspoons salt and 1
1/2 teaspoons pepper to a large shallow bowl and toss to combine. Dredge
the strips of meat in the flour mixture, shake them to remove excess
flour, then transfer them to a rimmed baking sheet. Place a large
skillet over high heat and swirl in the oil. When the oil begins to
shimmer, sauté the beef slices, in two batches, until they are well
browned on both sides but rare inside, 3 to 4 minutes per batch.
Transfer the seared meat to the baking sheet. Turn the heat down
slightly. Add 1 tablespoon of the butter to the pan. When it has melted
and started to foam, add the mushrooms, toss to coat them with the fat,
and season with salt and pepper. Cook, stirring frequently, until the
mushrooms have released their moisture and are a deep, dark brown, 12 to
15 minutes. About halfway into the process, add the sliced shallots and
1 tablespoon butter and stir to combine. While the mushrooms cook, add
the noodles to the boiling water, and cook until just done, about 10
minutes. Drain the noodles, and toss with the remaining 2 tablespoons
butter. Set aside. When the mushrooms and shallots are soft and
caramelized, deglaze the pan with the wine, scraping at all the stuck-on
bits on the pan\'s surface. When the wine has reduced by about half,
slowly stir in the cream, followed by the Worcestershire and mustard.
Add the meat, along with any accumulated juices, and stir to combine.
Cook, stirring occasionally, until the dish is hot and the beef is
medium-rare, 2 to 3 minutes. Taste, and adjust the seasonings. Serve the
noodles under or alongside the stroganoff; sprinkle stroganoff with
parsley.
### Notes {#notes-10}
Pas mal
Bien cuire la sauce tomate 10min avant d\'ajouter le reste
<https://www.thecookierookie.com/white-beans-recipe/>
## Kluski na parze
### Ingrédients : {#ingrédients-1}
500 g de farine 1 verre de lait 3 oeufs 3 cuillères à soupe de beurre
fondu 30 gr de levure de boulangerie 1 pincée de sel
### Préparation :
Délayez la levure dans un peu de lait tiède. Mélangez la avec un peu de
farine. Laissez reposer dans un endroit tiède. Quand elle a grossi de
moitié, ajoutez la farine, le sel, les oeufs et le beurre. Pétrissez à
la main. Remettez la pâte à lever dans un endroit tiède (couvrir d\'un
linge humide ) . Formez avec la pâte des boules ressemblant à de
beignets. ( un verre à moutarde peut servir d\'emporte pièces pour
découper la pate ) Laissez à nouveau lever la pâte et pour la cuisson,
prenez deux marmites, remplissez l\' une à moitié d\'eau, recouvrez-la
d\'un linge propre et serrez le linge autour des bords avec de la
ficelle, portez l\' eau à ébullition. Faites cuire les beignets à la
vapeur sur le linge pendant 10 minutes en recouvrant d\' une marmite de
même diamètre. (Plus simple utiliser un couscoussier si vous en avez
un... ou un cuit-vapeur en adaptant la durée de la cuisson)
Les \" kluski na parze \"accompagnent un plat en sauce tel que des \"
Rolades \" le tout servi avec du chou rouge .
## RETRY Lasagnes
<https://www.bonappetit.com/recipe/ba-best-lasagna> =\> ok mais
- bien saler béchamel et viande sinon un peu fade
- cuisson avec 1h four et 1h à la cocotte =\> meilleur au four ?
- NB : sauce = viande + un peu de liquide à côté. Je regrette de ne
pas avoir une texture plus crémeuse
- on ne sent pas le parmesan
- la couche supérieure de pâte n\'a pas cuite malgré le papier alu =\>
supprimer ?
## RETRY Porc fondant
### Oignon rouge, ail chemisé, curry, porc à braiser. Le tout cuit
pendant 2h au moins avec couvercle
### Pulled pork
1. Ingredients
- 1 tablespoon garlic powder
- 1 tablespoon onion powder
- 2 teaspoons hot or sweet smoked paprika
- 2 teaspoons salt, plus more to taste
- 1 teaspoon black pepper, plus more to taste
- 3 to 4 pound boneless pork shoulder or pork butt, trimmed of
most of its excess fat
- 2 tablespoons vegetable oil, plus additional for greasing
- 1 yellow onion, chopped (optional)
- 1 (12-ounce) can dark soda, like Dr Pepper, root beer, cola or
birch beer
- ½ to 1 ½ cups homemade or store-bought barbecue sauce
- Hot sauce (optional)
2. Directions
1. In a small bowl, combine the garlic and onion powders, smoked
paprika, salt and black pepper. Rub the spice mixture all over
the pork. If you have time, cover with plastic wrap and
refrigerate for 2 hours or up to overnight. If you don\'t, no
worries; proceed to Step 2.
2. Lightly grease the crock of a slow cooker. Heat 2 tablespoons
vegetable oil in a large skillet over medium-high. Sear the pork
until golden brown on all sides, about 2 minutes each side. Add
onion, if using, to the slow cooker. Add the pork on top of the
onion. Pour soda over the pork and set the slow cooker to low
for 6 to 8 hours, until the meat has collapsed and shreds
easily.
3. Drain most of the liquid from the slow cooker and shred the meat
directly in the pot. Add about 1/2 cup of the barbecue sauce and
stir to combine. (At this point, if you like crisp bits in your
pulled pork, you can spread the shredded pork on a sheet pan and
place under a broiler for a couple minutes then return to the
slow cooker.) Taste and add more barbecue sauce, hot sauce, salt
or pepper, if desired. Serve with soft rolls and extra sauce on
the side.
3. Notes 6 heures à 160% avec \"searing\". Écrasé à la fourchette au
bout de 3h pour permettre d\'absorber le gras. Bien en burger avec
sauce BBQ
### RETRY Rouelle de porc
Au four 160° 5h <http://www.auxdelicesdemanue.com/-02>
## RETRY Poulet cocotte (Bocuse)
Cuisson : 15min au gaz et 45min au four (pas assez cuit sinon) Pdt :
bonnes Poulet : un peu sec
## RETRY Poulet glacage soja-miel-gingembre
### Notes {#notes-11}
Cuisson à 1950 45min avec poulets non décongelés : ok, manque un peu de
crispiness À ressayer avec du gingembre
### Ingredients {#ingredients-9}
- 2 tablespoons canola oil
- 1 tablespoon minced garlic
- 1 tablespoon minced ginger
- 6 tablespoons low-sodium soy sauce (see tip)
- 5 tablespoons mild honey, such as clover, acacia or orange blossom
- 3 tablespoons unsalted butter
- Kosher salt and black pepper
- 8 bone-in, skin-on chicken thighs (about 3 pounds)
- Lemon wedges, for serving
### Directions
1. Heat the oven to 425 degrees. Heat 1 tablespoon oil in a small
saucepan over low heat. Add the garlic and ginger and cook, stirring
occasionally, until softened, 3 minutes. Add the soy sauce and honey
and simmer, stirring occasionally, until reduced and slightly
thickened, about 10 minutes. Turn off the heat then whisk in the
butter. Season with salt and pepper.
2. On an aluminum foil-lined rimmed baking sheet, season the chicken
all over with salt and pepper. Add half the glaze and the remaining
1 tablespoon oil and toss the chicken to coat. Arrange in an even
layer, skin side up, and roast until browned, 15 minutes. Brush the
chicken all over with 2 tablespoons of the remaining glaze. Roast
until golden and cooked through, about 10 minutes.
3. Drizzle the chicken with the remaining glaze and serve with lemon
wedges.
## RETRY Quiche
Bien cuire le fond de tarte avant (15-20min). Les bords doivent être
parfaitement cuits !
## RETRY Soupe maïs-lait de coco (Des soupes qui nous font du bien)
Même en diminuant le ratio lait de coco/maïs à 40/60 au lieu de 60/40,
encore très riche. Essayer 70/30
## OK Soupe haricots verts-aspergs
Filtrer pour les fibres !
## RETRY Tortilla
### Ingredients {#ingredients-10}
- 4 cups all-purpose flour
- 1 teaspoon salt
- 2 teaspoons baking powder
- 2 tablespoons lard
- 1 1/2 cups water
### Directions
1. Whisk the flour, salt, and baking powder together in a mixing bowl.
Mix in the lard with your fingers until the flour resembles
cornmeal. Add the water and mix until the dough comes together;
place on a lightly floured surface and knead a few minutes until
smooth and elastic. Divide the dough into 24 equal pieces and roll
each piece into a ball.
2. Preheat a large skillet over medium-high heat. Use a well-floured
rolling pin to roll a dough ball into a thin, round tortilla. Place
into the hot skillet, and cook until bubbly and golden; flip and
continue cooking until golden on the other side. Place the cooked
tortilla in a tortilla warmer; continue rolling and cooking the
remaining dough.
### Notes {#notes-12}
1er essai échec (recette de Chef John): trop dure, trop farineuse. Avec
cette recette ok mais :
- pâte bien hydratée++
- important de chauffer fort la poêle mais de cuire à feu moyen. 30s
par côté x2 donc 2min au total
- étaler le plus fin possible
- si bulles = OK
- bulles !
### Misc
- <https://www.reddit.com/r/AskCulinary/comments/1euuvv/why_do_my_homemade_tortillas_get_brittlehard_so/>)
- <https://cooking.nytimes.com/recipes/1019621-sonoran-style-flour-tortillas>
- <https://www.seriouseats.com/recipes/2015/05/soft-chewy-flour-tortillas-recipe.html>
## RETRY Vegan burger
Pois chiches 500g + 1 oeuf + assaissonnement + 150g de farine de
sarrasin = texture à la poêle OK. On peut probablement diminuer les
doses de farine à 100g Le plus important est d\'avoir une pôle qui
n\'attache pas. Source
<https://www.bbcgoodfood.com/recipes/chickpea-coriander-burgers> Avec du
yaourt grec : moins sec mais une petite amertume
## RETRY Agneau Biryani
### Ingredients {#ingredients-11}
- 4 green finger chiles (or serrano chiles), stems removed
- 8 garlic cloves, peeled
- 1 (4-inch) piece fresh ginger, peeled
- 2 medium yellow onions, peeled and quartered
- 2 Roma tomatoes, quartered
- 1 cup full-fat yogurt
- 1 cup fresh mint leaves
- 1 cup fresh cilantro leaves
- 1 tablespoon ground coriander
- 1 tablespoon ground cumin
- 1 teaspoon Kashmiri chile powder, plus more as needed
- ½ teaspoon ground turmeric
- 2 teaspoons kosher salt, plus more as needed
- 2 ½ to 3 pounds lamb chops (or boneless or bone-in lamb shoulder
pieces)
- 3 (1/2-inch) Indian cinnamon sticks, or 1 large cinnamon stick
- 12 whole black peppercorns
- 6 cloves
- 6 green cardamom pods
- 1 tablespoon garam masala
- 1 cup neutral oil, such as grapeseed or canola
- 2 yellow onions, thinly sliced
- ½ teaspoon kosher salt
- Kosher salt
- 3 cups basmati rice
- 6 tablespoons whole milk
- ½ teaspoon saffron threads
- 2 cups mixed fresh cilantro and mint leaves
- 6 tablespoons unsalted butter, sliced
### Directions
1. Prepare the lamb marinade: Add the finger chiles, garlic and ginger
to a food processor and process until finely chopped. Add the onions
and tomatoes, process until smooth, and scrape into a bowl that will
hold all the lamb and fit in your fridge. Add the yogurt, mint,
cilantro, coriander, cumin, chile powder, turmeric and salt, and
stir to combine. Add the lamb to the bowl and toss to coat in the
marinade, then cover and refrigerate overnight.
2. Prepare the fried onions: In a Dutch oven or heavy pot, heat the oil
over medium. Add the onions, season with salt, and sauté until
browned, stirring occasionally, 25 to 30 minutes. Using a slotted
spoon, transfer fried onions to a paper towel-lined plate. Using
your hands, pull apart the fried onions to separate to prevent them
from sticking together, and set aside.
3. Add the cinnamon, peppercorns, cloves and cardamom to the remaining
hot oil, and fry over medium until fragrant, about 1 minute. Stir in
the meat, its marinade and 1 cup water, and bring to a simmer over
medium heat. Cook, stirring occasionally, until the meat is tender
and the sauce is very thick and dark, about 2 1/2 hours, adjusting
the heat as needed to maintain a low simmer. Stir in the garam
masala and taste, adjusting with salt and chile powder as needed.
Set aside.
4. Heat the oven to 350 degrees. Prepare the rice: Bring a large pot of
lightly salted water to a boil and add the rice. Stir well and cook
for 3 minutes, transfer to a colander in the sink to drain. Run some
cool water on top to cool the rice; set aside.
5. Prepare the saffron milk for assembly: Warm the milk in a small
saucepan over medium heat just until it steams. Remove from heat and
add the saffron, crumbling it with your fingertips as you drop it
into the milk. Set aside.
6. In a large, heavy, lidded pot, add about a third of the meat mixture
in an even layer covering the bottom of the pot. Sprinkle the meat
with a third of the herbs and a third of the rice, assembling
lightly without packing the layers. Drizzle 2 tablespoons saffron
milk over the rice and add about a third of the fried onions. Build
two more layers of meat, herbs, rice, saffron milk and onions. Top
with pats of butter and cover the pot with foil.
7. Put the lid on the pot of rice, transfer to the oven and bake until
piping hot, about 1 hour. Let rest for about 10 minutes, then serve
hot, digging all the way to the bottom of the pot with the serving
spoon. To reheat, warm the biryani covered in the oven, or
microwave.
### Notes {#notes-13}
- Pas de coriandre... Fais avec de la menthe et du basilic
- Problème : que faire des clous de girofle + grains de poivre dans la
sauce ? Je les ai enlevé à la main mais pas pratique...
- Couche supérieure de riz est un peu sèche et bien moins bonne que le
fond (sauce++)
- Fait sans le beurre (cf commentaires), ni les oignons frits
- Temps de cuisson : 2h30 à la cocotte-minute pour 1kg700 d\'épaule
d\'agneau entière = fondant. 1h au four + 10 min = riz cuit
Au total: réessayer avec de la coriandre, hydrater plus la couche
supérieur de riz
# Pains
Pour une croûte : augmenter la vapeur
## Homemade Pita Bread
### Ingredients {#ingredients-12}
### Directions
### Notes {#notes-14}
Ne pas trop étaler sinon ne gonfle pas. Ok avec 3min + 3min de cuisson à
250° sur plaque à pizza
## Levain sourdough
### RETRY Overnight country blonde (Flour, water, salt, yeast)
1. Problèmes :
- pâte difficile à façonner
- colle au torchon malgré beaucoup de farine
- résultat trop plat
Solutions possibles
- plus de folds/meilleure technique pour augmenter la \"tenue\"
<https://www.youtube.com/watch?v=vmb0wWKITBQ>
- torchon de lin et farine de riz pour éviter que ça ne colle
- acheter un \"coupe-pâte\" pour façonner (cf \"high hydratation
technique\"
- diminuer l\'hydratation sinon
Source : <https://www.youtube.com/watch?v=BJEHsvW2J6M>
THIS RECIPE MAKES 2 LOAVES, EACH ABOUT 1½ POUNDS, OR 1 BIG LOAF (SEE
THE VARIATION). BULK FERMENTATION: 12 to 15 hours PROOF TIME: About
4 hours SAMPLE SCHEDULE: Feed the levain at 9 a.m., mix the final
dough at 5 p.m., shape into loaves at 8 a.m. the next morning, and
bake at noon. Levain
2. Ingrédients INGREDIENT QUANTITY Mature, active levain 100 g White
flour 400 g Whole wheat flour 100 g Water 400 g, 85ºF to 90ºF (29ºC
to 32ºC)
Final Dough Baker\'s Formula INGREDIENT FINAL DOUGH White flour 804
g 90% Whole wheat flour 26 g 5% Rye flour 50 g5% Water 684 g,78%
Fine sea salt 22 g 2.2%
3. Instuctions
1. a\. Feed the levain About 24 hours after your previous feeding
of the levain, discard all but 100 grams of levain, leaving the
remainder in your 6-quart tub.
Add 400 grams of white flour, 100 grams of whole wheat flour, and
400 grams of water at 85°F to 90°F (29°C to 32°C) and mix by hand
just until incorporated. Cover and let rest at room temperature for
7 to 9 hours before mixing the final dough.
1. b\. Autolyse After 7 to 9 hours, mix the 804 grams of white
flour, the 50 grams of rye flour, and the 26 grams of whole
wheat flour by hand in a 12-quart round tub. Add the 684 grams
of 90°F to 95°F (32°C to 35°C) water and mix by hand just until
incorporated. Cover and let rest for 20 to 30 minutes.
2. Mix the final dough Sprinkle the 22 grams of salt evenly over
the top of the dough.
Put a container with about a finger\'s depth of warm water on your
scale so you can easily remove the levain after it\'s weighed. With
wet hands, transfer 216 grams (or more if your kitchen is cool; see
\"Seasonal Variations\") of levain into the container. Transfer the
weighed levain to the 12-quart dough tub, minimizing the amount of
water transferred with it. Mix by hand, wetting your working hand
before mixing so the dough doesn\'t stick to you. Use the pincer
method alternating with folding the dough to fully integrate the
ingredients. The target dough temperature at the end of the mix is
77°F to 78°F (25°C to 26°C).
1. Fold This dough needs three or four folds (see Step 3: Fold the
Dough). Because overnight levain dough expands very slowly, it
can be folded anytime that\'s convenient before you go to bed,
perhaps doing two or three folds during the first hour and the
final fold whenever convenient that evening.
When the dough is nearly triple its original volume, or possibly a
bit less in winter, 12 to 15 hours after mixing, it\'s ready to be
divided.
1. Divide With floured hands, gently ease the dough out of the tub
and onto a lightly floured work surface. With your hands still
floured, pick up the dough and ease it back down onto the work
surface in a somewhat even shape. Use a bit of flour to dust the
area in the middle where you\'ll cut the dough, then cut it into
2 equal-size pieces with a dough knife or plastic dough scraper.
2. Shape the dough Dust 2 proofing baskets with flour. Shape each
piece of dough into a medium-tight ball following these
instructions. Place each seam side down in its proofing basket.
3. Proof Set the baskets side by side and cover with a kitchen
towel, or place each basket in a nonperforated plastic bag.
Proofing time should be about 4 hours, assuming a room
temperature of about 70°F (21°C). Use the finger-dent test to
determine when they are perfectly proofed and ready to bake.
4. Preheat At least 45 minutes prior to baking, put a rack in the
middle of the oven and put 2 Dutch ovens on the rack with their
lids on. Preheat the oven to 475°F (245°C). If you only have 1
Dutch oven, put the second loaf into the refrigerator about 20
minutes before baking the first loaf and bake the loaves
sequentially, giving the Dutch oven a 5-minute reheat after
removing the first loaf.
5. Bake For the next step, please be careful not to let your hands,
fingers, or forearms touch the extremely hot Dutch oven.
Invert the proofed loaf onto a lightly floured countertop, keeping
in mind that the top of the loaf will be the side that was facing
down while it was rising---the seam side. Remove the preheated Dutch
oven from your kitchen oven, remove the lid, and carefully place the
loaf in the Dutch oven seam side up. Cover and bake for 30 minutes,
then uncover and bake for 20 to 25 minutes, until medium dark brown
to very dark brown all around the loaf. Check after 15 minutes of
baking uncovered in case your oven runs hot. Remove the Dutch oven
and carefully tilt it to turn the loaf out. Let cool on a rack or
set the loaf on its side so air can circulate around it. Let the
loaf rest for at least 20 minutes before slicing.
## Pain à burger
### Ingredients {#ingredients-13}
- 1 (.25 ounce) package active dry yeast (such as Fleischmann\'s
ActiveDry Yeast®)
- 450g all-purpose flour, or as needed - divided
- 260g warm water (105 degrees F/41 degrees C)
- 1 large egg
- 3 tablespoons butter, melted
- 3 tablespoons white sugar
- 1 1/4 teaspoons salt
- 1 teaspoon olive oil
- 1 egg, beaten
- 1 tablespoon milk
- 1 teaspoon sesame seeds, or as needed
### Directions
1. Line a baking sheet with a silicone mat or parchment paper.
2. Place yeast into bowl of a large stand mixer; whisk in 1/2 cup flour
and warm water until smooth. Let stand until mixture is foamy, 10 to
15 minutes.
3. Whisk 1 egg, melted butter, sugar, and salt thoroughly into yeast
mixture. Add remaining flour (about 3 cups).
4. Fit a dough hook onto stand mixer and knead the dough on low speed
until soft and sticky, 5 to 6 minutes. Scrape sides if needed. Poke
and prod the dough with a silicone spatula; if large amounts of
dough stick to the spatula, add a little more flour.
5. Transfer dough onto a floured work surface; dough will be sticky and
elastic but not stick to your fingers. Form the dough lightly into a
smooth, round shape, gently tucking loose ends underneath.
6. Wipe out stand mixer bowl, drizzle olive oil into the bowl, and turn
dough over in the bowl several times to coat surface thinly with
oil. Cover bowl with aluminum foil. Let dough rise in a warm place
until doubled, about 2 hours.
7. Transfer dough to a floured work surface and pat to flatten bubbles
and form into a slightly rounded rectangle of dough about 5x10
inches and about 1/2 inch thick. Dust dough lightly with flour if
needed. Cut dough into 8 equal pieces. Form each piece into a round
shape, gently tucking ends underneath as before.
8. Use your hands to gently pat and stretch the dough rounds into flat
disc shapes about 1/2 inch thick. Arrange buns about 1/2 inch apart
on prepared baking sheet. Dust buns very lightly with flour. Drape a
piece of plastic wrap over the baking sheet (do not seal tightly).
Let buns rise until doubled, about 1 hour.
9. Preheat oven to 375 degrees F (190 degrees C).
10. Beat 1 egg with milk in a small bowl, using a fork, until mixture is
thoroughly combined. Very gently and lightly brush tops of buns with
egg wash without deflating the risen dough. Sprinkle each bun with
sesame seeds.
11. Bake in the preheated oven until lightly browned on top, 15 to 17
minutes. Buns will stick together slightly where they touch. Let
cool completely, tear the buns apart, and slice in half crosswise to
serve.
### Notes {#notes-15}
Bonne recette, rappelle la brioche. Levée dans un four tiède : 2h et
30min respectivement. Cuisson 35min à 190° Façonner plus \"en boule\"
pour éviter qu\'ils ne soient trop plats
## Pain au sarrasin
### 1/3 sarassin, 2/3 farine complète : goût curieux, un peu lourd
## Pain blanc
### Recette du NYT \"No-Knead\" fonctionne bien, avec 1/2 CC de levure
pour 500g
## Pain complet
<http://bakeryaddict.canalblog.com/archives/2012/07/24/24767223.html>
### Sans moule, pas mal
### [Breadeducation](http://www.abreaducation.com/wholewheat.php) lève
mais un peu
costaud
- seulement de la farine complète !
## Pain de seigle
### Majoritairement farine de seigle, avec un peu de farine de blé au
début +
pendant processus
- 1h pour première levée, 1h (?) seconde levée : n\'a pas assez levé
- 30min premiere levée, retravaillé 10min après, 1h15 seconde levée,
cuisson 50min à 200° : pas levé, juste étalé.
## Pain pita
## Pizza
### Overnight pizza from \"Flour, yeast, water, salt\"
Bonne pâte, difficulté est d\'enfourner. Faire la pizza sur la pelle
directement... 10min à 250 + 3 min gril !
### Overnight pizza avec levain from \"Flour, yeast, water, salt\"
Temps de cuisson identiques, on sent un peu le levain au niveau de la
croûte. Bonne pâte également
## Grissini
<https://www.wildyeastblog.com/grissini-revisited/>
### Ingredients {#ingredients-14}
340 g flour 200 g water 9 g (1.5 t.) salt 23 g olive oil 228 g mature
100%-hydration sourdough starter (doit flotter)
### Notes {#notes-16}
Cuisson \~15min à 200°
## Foccacia sourdough
Recette de \"flour, water, yeast, salt\"
### Notes {#notes-17}
- Pâte un peu humide avec temps de cuisson x2
## DONE Haricots blancs à la tomate
### DONE Recette de Felder: au chocolat
## DONE [Blackout cake](https://www.bonappetit.com/recipe/blackout-cake)
## DONE Biscuit cuiller
---
title: Cuisine
tags: cooking
---
## Classical
1. TODO Red Retagger avec les fichiers envoyé : fonctionne avec :
metaflac --remove-all-tags (conserve le vendor~string~,
important) metaflac --import-tags-from=lol.txt Attention, il
faut uneligne vide à la fin, sinon il va manquer le dernier tag.
L\'ordre est important. Il faut donc un parser qui convertisse
la re-taggé =\> message envoyé Vérifier si avec les nouveau tags
on a le meme hash
2. DONE OPS
- RED LISTENED Workin\'
- RED Steamin\'
- RED Relaxin\'
- RED Cookin\'
- RED Sketches of Spain
- RED Porgy and Bess
- RED Birth of the Cool
- RED Seven Steps to Heaven and Sorcerer (maybe ESP, too)
- RED A Tribute to Jack Johnson and In a Silent Way
- RED Miles Davis In Europe (1964).
- RED Monk in Newport
- RED My Funny Valentine
Tchaikovsky
- KILL LSO & Gergiev - 2012 - Tchaikovsky Symphonies 1-3 (WEB) (FLAC)
The smithsonian anthology
Miles Davis
Bartok
- RED Violin concertos, ehnes TODO Orchestral work: upload ?
Boulez
- TODO Intégrale: OPS seulement, sera uploadé sur Red
Brahms
- RED Marlow - The Motets TODO Intégrale
Britten
- KILL Concerto piano + violon
Debussy
- RED Fischer-Diesktrau - Mélodies RED Rodd - Mélodies
Fauré
- DONE Collard - 13 barcarolles DONE La Chapelle du Québec - Intégrale de la musique sacrée
Liszt
- DONE Leslie Howard - Complete
- Malher
- KILL Ferrier, Walter - Das Lied von der Erder
Misc
- TODO Celibidache (OPS?)
- DONE Henry Madin - Te Deum pour les victoires de Louis XV (OPS)
- DONE Céline Frisch - Die Quellen Des Jungen Bach (RED)
- DONE Tedi Papavrami - Violon seul
- DONE Ledroit - Charpentier - Orphée, Arias, Sonate à Huite
- DONE Véronique Gens - Tragédiennes
- DONE Jonas Kaufman - Romantic arias (OPS)
- DONE Hendricks, Sir Davis - Berlioz - Les Nuits d\'été, Britten -
- DONE Well-tempered musician KILL The art of Seiji Ozama
- DONE Duchable : Ravel:Concertos, Debussy: Fantaisie
Mendelssohn
- DONE Jacques Amade - Préludes et Fugues
Mozart
- KILL Mozart intégrale
Poulenc
- DONE Stutzmann - Montparnasse
Schubert
- TODO Masterworks uploader normalement
1. DONE Renommer fichiers
2. TODO MAJ tags
1. DONE Compositeur
On enlève PERFORMER et ajout de COMPOSER pour tous les flac:
fd flac -x metaflac --remove-tag=PERFORMER {}
fd flac -x metaflac --set-tag=\"COMPOSER=Franz Schubert\" {} \#
Vérification fd flac -x metaflac --list --block-type=VORBIS~COMMENT~ {}
2. DONE Artiste par album + album title + discnumber -\> CD 27 3. TODO
Numéro du mouvement par track Ok sauf CD27: mettre nom à la main...
3. TODO Vérifier spectrogram
Albeniz
- DONE The music of isaac albeniz
Alkan
- TODO Organ works: Vérifier
Bruckner
- BOTH Corydon Singers - Bruckner Motets
Bach
- OPS Bachakademie
- TODO Bach 2000
---
title: À partager
tags: red,music
---
#jap
On utilise ibus et anthy. Après installation, rajouter dans =.xinitrc=
#+begin_src sh
export GTK~IMMODULE~=ibus
export XMODIFIERS=@im=ibus
export QT~IMMODULE~=ibus
ibus-daemon -drx
#+end_src
Éditeur - Emacs : Ne fonctionne pas ?? On peut changer set-input-method
et mettre en japonaisEmacs: - Hélix : Fonctionne mais quelques soucis
avec zellik ## Neovim Japanese SKK est une possibilité mais en pratique,
ne fonctionne pas bien pour les verbes (de mon expérience). Le plus
simple est d'utiliser ibus et un terminal qui supporte ça (st par
exemple). Pour kitty, il faut démarry kitty avec
#+begin_example
sh -c "GLFW_IM_MODULE=ibus kitty"
#+end_example
cf [[https://github.com/kovidgoyal/kitty/issues/469]]
#+filetags: personal
Site: fdfmm.com/fdfmm1/video-1-bonus/
Il faut chercher dans les requêtes les fichier .ts. Ex:
vz-XXX-cdn.net/YY/1920x1080/video1.ts' Puis on boucle sur les numéro de
vidéo for i in $(seq 1 700); do curl
'vz-XXX-cdn.net/YY/1920x1080/video'$i'.ts' PARAM_{ADDITIONEL} end
ls *.ts | sort -V | xargs cat > video.ts
Pour automatiser
1. GET sur l'url de base
2. Extraire l'url iframe
3. GET sur iframe (point) mediadeliver ...
4. Extraire la playlist dans le HTML de la réponse (mpeg-URL)
5. GET sur la playlist pour la liste des url de chaque morceau de la
video
6. GET sur chaque .ts
#gentoo:w
Avec wayland, pas réussi à faire marcher nvidia.
Avec xorg, on suit la configuration de
(gentoo)[https://wiki.gentoo.org/wiki/NVIDIA/Optimus] avec le
/etc/X11/xorg.conf
https://wiki.gentoo.org/wiki/NVIDIA/Optimus/EDID_Xorg.conf_Example
Attention, le log est dans .local/share/xorg/xorg.log !
* 2018-07-18 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout
:END:
Frog Stand 3x5s Wall HeSPU 3x1 Muscle Up négatives 3x3 (1/3 de la
descente) Advanced back lever 7+8+15s Advanced tuck Front lever
12+13+14s
* 2018-07-22 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout
:END:
Jul 22 11:19:47 CEST 2018 Frog Stand : plus la force Wall HeSPU 0 Muscle
Up négatives 3+2+2 (1/3 de la descente) Advanced back lever 10x3
Advanced tuck Front lever 10x3
* 2018-07-25 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-1
:END:
Jul 25 10:00:13 CEST 2018 Frog Stand 3x2s Wall HeSPU 2 Muscle Up
négatives 3x3 (1/2 de la descente) Advanced back lever 3x5s Advanced
Front lever 3x5s
* 2018-08-13 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout
:END:
Aug 13 14:24:09 CEST 2018 Short-term goals (5 sets of 6-8s for static, 5
sets of 9-12 repeats):
- Free Handstand 10s (ATM: 3x3s max)
- L-sits 6s (ATM: 3x4s)
- Negative muscle-up (ATM: 0)
- Straddle planche (ATM : advanced tuck planche 3x3s)
- Back lever advanced tuck (ATM: tuck)
- Front lever advanced tuck (ATM: tuck/advanced tuck)
- Pull-over (ATM : weak L-pull-ups, 3x3)
Programme : (Negative muscle-up x1 - 2.5min - L-sit x1 - 2.5min)x 3
(planche x1 - 2.5min - front lever x1 - 2.5min)x 3 Negative muscle-up :
3x5 but failed L-sit 3x6s SA frog stand : 6-5-4s back lever : 3x5s
* 2018-08-23 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout
:END:
Aug 23 19:39:30 CEST 2018 Negative muscle-up : 3x3, knee at 100 degree
Lsit 6-7-7-7-6s Advanced tuck back lever : 4-3-1 s but bad form, go back
on tuck Wall HeSPU : during breaks (1). 2 at once Tuck planche : 8-7-8s
Advanced tuck front lever : 6-8-9-5
* 2018-08-29 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-2
:END:
Aug 29 20:15:55 CEST 2018 Negative muscle-up : 4 avec genou à 90 degré,
4 à 45 degré, 3 avec anneaux au niveau triceps mais besoin des pieds
L-sit 8-7-7-7-5 Wall HeSPU 5x1 + 1x2 Tuck back lever 15s Advanced tuck
back lever 2x6s (work on form) Tuck planche 9-8-8
* 2018-09-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-1
:END:
Sep 2 22:14:06 CEST 2018 Negative muscle-up : 3-4-4 avec aideavec genou
à 90 degré, 4 à 45 degré, 3 avec anneaux au Lsit : 8-8-8 Wall HeSPU 6x1
Advanced tuck back lever : 3-7-7 (90) Front lever : 8-8-7
* 2018-09-07 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout
:END:
Sep 7 19:45:50 CEST 2018 Negative muscle-up : 3-7-5-5 en partant
accroupi + aidee jambes Lsit : 9-8-8-7 Wall HeSPU 6x1. 1x2 Advanced tuck
back lever : 7-7-6 Advanced front lever : 7-9-8 Advanced tuck Planche
8-7-6
* 2018-09-10 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-1
:END:
Negative muscle-up : 3 simple-3x3 montée+descente en partant accroupi,
anneaux aux épules (cf FitnessFAQ) aidee jambes Lsit : 10-8-7 Wall HeSPU
5x1 Advanced tuck back lever : 2x6 (un peu plus propre) Advanced front
lever : 8-10-10 Advanced tuck Planche : 9-8-9
* 2018-09-13 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-1
:END:
Negative muscle-up : 3x5 Lsit : 10-10-10 Wall HeSPU 5x1 Advanced tuck
back lever : 10
* 2018-09-18 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout
:END:
- Negative muscle-up : 3x5 (avec l'aide de al pointe des pieds)
Lsit :: 10-9-9 Wall HeSPU : 6x1 Advanced tuck back lever : 3x10
Advanced tuck planche : 3x7
* 2018-09-19 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-3
:END:
Stretch : splits
* 2018-09-20 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-2
:END:
Stretch : splits Negative muscle-up : 5-4-3-2 Lsit : 10-10-9 Wall
HeSPU 6x1 Advanced tuck back lever : 11-10 Advanced tuck planche : 9-5
* 2018-09-24 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-2
:END:
2x10s pancake split 1x10s toe touch Shoulder
* 2018-09-25 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-1
:END:
Negative muscle-up : 3x5 Lsit : 11-9-6 Wall HeSPU : 7x1 Advanced tuck
back lever : 7-8-8 Advanced tuck planche : 9-7-6 Advanced tuck front
lever : 8 Shoulder 3 (cf reddit) 10s each 1x90s pancake split
* 2018-09-27 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-3
:END:
Pancake split 60s Split routine 1x10s each Toe-touching
* 2018-09-28 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-1
:END:
Pancake split 90s
* 2018-09-30 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-2
:END:
Équilibre x5
* 2018-09-30 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-3
:END:
Pancake 80-55-40 Assis doit droit avec radiateur Splits : avec des
tabourets pour avoir le dos droit. 15s de chaque : 2xhip flexor et split
(cf routine d'Antranik) Negative muscle-up : 5-2-4-83 Lsit : 9-9-8 Wall
HeSPU 7x1 Advanced tuck back lever : 8-7-7 Advanced tuck planche : 9-8-9
* 2018-10-01 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-3
:END:
Pancake : 60
* 2018-10-03 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-4
:END:
Pancake : 80-60 Split : 20s pour 3 échauffement et 40s de splits de
chaque côté
* 2018-10-04 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-4
:END:
Équilibre
* 2018-10-05 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-2
:END:
Équilibre Pancake : douleur au dos assis au sol en tiran sur le
radiateur. Progression de Tom Maverick à la place. 2x70 sur une chaise
(ok) puis 65 sur une marche (seuil actuel). Pas de douleurs
* 2018-10-06 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout
:END:
Negative muscle-up : 4.5-4.5-3-3 Lsit : 3x9 Wall HeSPU 6x1 (plus
exigeant sur la forme !) Tuck back lever : 3x7 (dos rond...) Advanced
tuck planche : 3x9 Pancake : 90 sur une chaise, 2x60 sur une marche
* 2018-10-07 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-4
:END:
****Objectifs**** étirement à 2 semaines : handstand 10s, pancake assis
au sol 30s, split 60
* 2018-10-08 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-4
:END:
Splits : 30s (3 échauffement et split) Pancake 60s chaise 60s marche
* 2018-10-09 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-2
:END:
Handstand : max = 8s Toe-touching x1
* 2018-10-11 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-5
:END:
Handstand : 11s une fois ! Pancake : 1x chaise, 1x marche, non chrono
* 2018-10-12 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-3
:END:
Negative muscle-up : 4-5-3 Lsit : 3x9 Wall HeSPU 11x1 + 2 Tuck back
lever : 2x7-8 Advanced tuck planche : 9-9-7
* 2018-10-24 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-5
:END:
Pushup planche 6-3 Negative muscle-up : 4-4-3 Lsit : 8-6-7 (jambe quasi
tendu) Handstand pushup lvl 2 : 3-4-3 (new progression, see
[[https://www.youtube.com/watch?v=h0HjqYRlXYg]]) Advanced tuck back
lever : 5-5 Planche : 6x1 passages (rapide) tuck - genou écartés - tuck
([[http://gmb.io/planche/]] "straddle open tuck hold").
* 2018-11-12 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-5
:END:
Negative muscle-up : 5-4-4 L-sit 6-6-6 Handstand pushup lvl 2 : 4-4-4
Tuck back : 4-5-4
* 2018-11-19 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-6
:END:
Negative muscle-up : 4-3-3 Lsit : 5-5 (jambes tendues) Handstand pushup
lvl 2 : 4-4 Advanced tuck back lever : 5-4 (dos droits, jambe 90 ?)
Planche : 4x1 passages (rapide)
* 2018-11-26 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-7
:END:
Muscle-up : 4-2 (réussi ???)-0 Lsit : 7-5-5 (jambes tendues) Advanced
tuck back lever : 5 (fesse hautes)-5 (dos droit !)-5
Handstand pushup lvl 2 : 4-4-5 (dernier quasi sans appuis) Planche : 1x2
passages (rapide)
* 2018-11-30 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-4
:END:
Muscle-up : 1.5-2-1 (assis, bras tendus) Lsit : 7-6-5 Wall HeSPU : 4-4
Advanced tuck back lever : 5-6-5 Tucked planche (outside-inside) 2-3-3
* 2018-12-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-5
:END:
Muscle-up : 2-1-1 (L-sit sans toucher le sol !) Lsit : 6-6-6 Wall
HeSPU : 4-4-4 Advanced tuck back lever : 6-6-5 Tucked planche
(outside-inside) 3-3-4
* 2018-12-07 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-5
:END:
Muscle-up (L-sit) : 0 (6 tentatives)-2-1 Lsit : 7-5-6 Wall HeSPU : 5-4-4
Advanced tuck back lever : 8-8-7 Tucked planche (outside-inside) 5-4-2
* 2018-12-11 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-3
:END:
Muscle-up : (3 tentatives)-1-1 Lsit : 7-7-7 Wall HeSPU : 5-4-4 Advanced
tuck back lever : 7-7-7 Tuck - one-leg : 3x1s
* 2018-12-15 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-1
:END:
Muscle-up : 1-2-2 Lsit : 9-5-6 Wall HeSPU 4-4-4 (les pieds "sautent")
Advanced tuck back lever : 8-5-6 Tuck - one-leg : 3x0.5s (2 pieds l'un
après l'autre)
* 2018-12-20 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-6
:END:
Muscle-up : 2-0-1 Lsit : 9-9-8 Wall HeSPU 4-3-2 Advanced tuck back lever
: 4-6-4 Tuck - one-leg : 2x1s
* 2018-12-30 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-6
:END:
Muscle-up : 0-1.5-1:5 Lsit : 10-9-7 Advanced tuck back lever : 4-6-6
Tuck - one-leg : 11
* 2018-10-19 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand
:END:
* 2018-10-20 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand
:END:
* 2018-10-21 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand
:END:
* 2018-10-24 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand
:END:
Un peu de travail de changement position ("banane"-"droit"). Super dur
* 2018-10-25 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand
:END:
* 2018-10-28 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-1
:END:
* 2018-10-29 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand
:END:
* 2018-10-30 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand
:END:
* 2018-11-01 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-1
:END:
* 2018-11-02 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-1
:END:
* 2018-11-03 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-1
:END:
* 2018-11-05 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-1
:END:
* 2018-11-09 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-2
:END:
* 2018-11-11 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-2
:END:
* 2018-11-12 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-2
:END:
* 2018-11-13 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-1
:END:
* 2019-01-02 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-6
:END:
Wall straddle press eccentrics : moitié du mouvement Straddle L-sit (
[[https://www.youtube.com/watch?v=FAkSQE9cLDM]] ) seated : 2x10 (jambes
mi-pliées...) Muscle-up : 0-2x0.5-1.5 PLanche pull-up : 5-4-4 L-sit
(rings, jambes pliées) : 3x3 Advanced tuck back lever : 7-6-6
* 2019-01-04 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-6
:END:
Wall straddle press eccentrics : 2x4 (demi en remontée) Straddle L-sit
seated : 2x10 (jambes mi-pliées...) Muscle-up : 1.5-2-2 L-sit (rings,
jambes tendues à 80%) : 2x3 Advanced tuck back lever : 6-6-5 Handstand
push-up : 3x3 Tuck - one-leg : 4x1s (2 jambes à la fois, extension
complète !)
* 2019-01-07 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-8
:END:
Wall straddle press eccentrics : 2x2 (demi en remontée) Straddle L-sit
seated : 2x10 (jambes mi-pliées...) Muscle-up : 3x2 :) Advanced tuck
back lever : 6-6-6 Handstand push-up : 2 (sans "sauter" avec les pieds)
Tuck - one-leg : 3x1s
* 2019-01-10 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-7
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-2 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 2-1.5-(0.5x2) L-sit (rings, jambes tendues à 80%) : 4-4
Advanced tuck back lever : 7-6(jambe 45° !)-5 Handstand push-up : 3x3
Tuck - one-leg : 3x1
* 2019-01-12 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-2
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3x2 (bras tendu ! et false grip) L-sit (rings, jambes non
parallèles au sol) : 3x3s Advanced tuck back lever : 3x6s Handstand
push-up : 3x3 Tuck - one-leg : 4x1s
* 2019-01-19 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-3
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-1 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 4x3 (que du négatif, impossible d'en refaire normalement
ajourd'hui) L-sit (rings, jambes non parallèles au sol) : 2x3 Advanced
tuck back lever : 5-4-3 Handstand push-up : 3x4 Tuck - one-leg : 3x1
* 2019-01-23 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-7
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3-3-2 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3 (négatif) - 3 avec appui - 3 (appui) L-sit (rings, jambes
non parallèles au sol) : 3x1s Advanced tuck back lever : 3x3s Handstand
push-up : 3-3-2.5 (plus en avant) Tuck - one-leg : 3x1
* 2019-01-25 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-7
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3-5-5 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 4x3 (avec pied pour travailler technique) L-sit : 3-2-2
Advanced tuck back lever : 5-6-4 (dernier = jambe mi pliées) Handstand
push-up : 1.5-3 Tuck : 8-6 -4-4(retour dos droit en statique, 30° avec
le sol, 2 derniers avec jambes pliées)
* 2019-01-30 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-8
:END:
Wall straddle press eccentrics : 5-4-4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 4-3-3 (appui) L-sit : 5-3-4 (au sol) Advanced tuck back
lever : 5-5-5 Handstand push-up : 4-3-2 Tuck : 4-4-2s
* 2019-02-03 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-7
:END:
all straddle press eccentrics : 4-5-4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 6x3 (test, pour l'instant anneau niveaau épaule) L-sit :
6-5-3 (au sol) Advanced tuck back lever : 3x3 Handstand puss-up : 4-1-3
Tuck : 4-s
* 2019-02-07 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-8
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3x3 L-sit : 4-4-4 Advanced tuck back lever : 4-4-4 Handstand
puss-up : 3-3-1 Tuck : 3x4
* 2019-02-12 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-4
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-3-5 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3 debout épaule, 3 debout tiers nuque, 3 machoire, 3 oreille
L-sit : 4-4-4 Advanced tuck back lever : 6-6-6 Handstand push-up : 3-3-3
Tuck : 5-5-5
* 2019-02-17 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-8
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-3-3 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3 (machoire, accroupi) 2x3 (milieu cou, idéal pour ne pas
s'aider des pieds) L-sit : 4-4-4 Advanced tuck back lever : 7-7-5
(jambes sous thorax encore) Handstand push-up : 3x3 Tuck : 6-5-5
* 2019-02-20 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-9
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3-3-2-2-1 (mi cou) L-sit : 6-6-5 Advanced tuck back lever :
7-7-5 Handstand push-up :3-2-3 (plus dur si plus en vanat) Tuck : 6-6-5
* 2019-02-22 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-8
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3-4-6 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3-3-2-2 (base cou pour technique) L-sit : 6-3-4-5 Advanced
tuck back lever : 7-7-6 Handstand push-up : 3-3-3 Tuck : 6-4-5
* 2019-02-27 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-10
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x10 Straddle L-sit seated : 3x3
Muscle-up : 3-3 L-sit : 4-5-4 Advanced tuck back lever : 7-7-7 Handstand
push-up : 3-3-2 Tuck : 6-5-4
* 2019-02-02 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-2
:END:
* 2019-02-03 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-3
:END:
Travail de changement de position. Difficile mais semble super utile
* 2019-02-07 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-2
:END:
Pieds joints en changeant de position
* 2019-03-02 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-4
:END:
Wall straddle press eccentrics : 2-2-7 Straddle L-sit seated : Muscle-up
3-3-2-2 L-sit : 4-4-4 (jambes bien droite mais un peu bas) Advanced
tuck back lever : 6-6-5 (plus à angle droit) Handstand push-up : 3-2-2
(peut-être plus droit) Tuck : 3x5
* 2019-03-10 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-9
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x10 Straddle L-sit seated : 6-6-5
Muscle-up : 3-3-3 L-sit : 4-5-4 Advanced tuck back lever : 6-6-5
Handstand push-up : 3-2-3 Tuck : 5-5-5
* 2019-03-13 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-11
:END:
Wall straddle press eccentrics : 6-3-3 Straddle L-sit seated : 3x10s
Muscle-up : 3-3-3 (niveau épaule pour technique) L-sit : 4-4-5 Advanced
tuck back lever : 6-6 Handstand push-up : 3-3-2 Tuck : 6
* 2019-03-25 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-9
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-4-2 Straddle L-sit seated : 3x3
Muscle-up : 3-3-3 L-sit : 4-4-5 Advanced tuck back lever :6-7-6
Handstand push-up : 2.5-2-2 Tuck : 6-5-5
* 2019-03-29 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-9
:END:
Wall straddle press eccentrics : 6-6-5 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3-2-2-2 L-sit : 5-5-4
* 2019-04-01 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-10
:END:
Wall straddle press eccentrics : 6-5-5 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3-3-2 L-sit : 3x4 Advanced tuck back lever : 7-7-6 Handstand
push-up : 3-2-3 Tuck : 5-4-4
* 2019-04-03 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-12
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x5 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3-3-3 L-sit : 5-4-5 Advanced tuck back lever : 6-6 Handstand
push-up : 3-3-3
* 2019-04-09 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-5
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x4 Straddle L-sit seated : 3x10
Muscle-up : 3x3 L-sit : 3x4 Advanced tuck back lever : 3x6 Handstand
push-up : 3-3 Tuck : 4-4-4
* 2019-04-11 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-9
:END:
Floor to hEADstand : 1-2-2 Straddle L-sit seated (lent) : 5-5 Muscle-up
: 3-2-3 Tucked planche (retour aux bases) : 10s-10
* 2019-04-17 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-13
:END:
Wall straddle press eccentrics : 5-5-3 Straddle L-sit seated : 3x5
(lent) Muscle-up : 3x3 (rings au niveau des épaules, usage de la pointe
des pieds encore) L-sit : 5-5-4 Advanced tuck back lever : 6s-6
Handstand push-up : 3-3-2 Straddle Open Tuck Hold: 1-2s
* 2019-04-24 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-14
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3-3-4 Straddle L-sit seated : 2x5
Muscle-up : 3-3-2 L-sit : 4 (crampe...)-2-3 Advanced tuck back lever :
6-6-6 Handstand push-up : 3-3-2 Straddle Open Tuck Hold: 1-2-2s
* 2019-04-27 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-5
:END:
Wall straddle press eccentrics : 5-6-7 Straddle L-sit seated : 6-6-6
Muscle-up : 3-3-3 L-sit : 5-4-5 Tuck back lever : 6-7 Handstand push-up
3-3-3 Tuck : 0-1
* 2019-04-23 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-2
:END:
1. Handstand
* 2019-04-24 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-1
:END:
* 2019-05-01 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-15
:END:
Straddle L-sit seated : 5-5-5 Muscle-up : 3-2-2-1 L-sit : 4-4 Tuck back
lever : 4-5 Tuck : 2-1-3
* 2019-05-09 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-10
:END:
Wall straddle press eccentrics : 4-5-3 (3 quasi complets)7 Straddle
L-sit seated : 5-5-5 Muscle-up : 3-3-3 L-sit : 5-4-4 Handstand push-up :
3-3-3 Tuck : 2-2
* 2019-05-17 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-10
:END:
Wall straddle press eccentrics : 1 (entier, négatif)-2-2 Straddle L-sit
seated : 3x3 Muscle-up : 3x3 L-sit : 5 Advanced tuck back lever : 7-6
Handstand push-up : 3x3 Tuck : 3-4
* 2019-05-23 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-11
:END:
Wall straddle press eccentrics : 2-3-3 (negative) Straddle L-sit seated
3x5 Muscle-up : 3x3 L-sit : 5-5-4 Tuck back lever : 6-5-5 Handstand
push-up : 3x3 (travailler forme) Tuck to single leg (each leg) :
0.5(sic)x3
* 2019-05-29 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-16
:END:
Wall straddle press eccentrics : 3x3 Straddle L-sit seated : 3x5
Muscle-up : 3x3
* 2019-05-01 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-2
:END:
* 2019-05-07 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-3
:END:
* 2019-05-08 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-3
:END:
* 2019-05-09 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-3
:END:
* 2019-05-10 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-3
:END:
* 2019-05-15 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-4
:END:
* 2019-05-16 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-4
:END:
* 2019-05-17 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-4
:END:
* 2019-05-20 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-3
:END:
* 2019-05-21 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-4
:END:
* 2019-05-23 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-5
:END:
* 2019-05-24 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-5
:END:
* 2019-05-25 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-3
:END:
* 2019-05-26 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-4
:END:
* 2019-05-27 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-4
:END:
* 2019-05-28 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-5
:END:
* 2019-05-29 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-5
:END:
* 2019-05-30 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-6
:END:
* 2019-05-31 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-6
:END:
* 2019-06-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-10
:END:
- Straddle L-sit seated : 3x5 Muscle-up : 3-3-2 (2 complet !!!)
L-sit :: 5-5-5 Advanced tuck back lever : 5-5-3 Handstand push-up :
3x3 Tuck (un peu tendu): 2-2
* Revisiting goals (2019-06) Workoutgoals:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: revisiting-goals-2019-06-workoutgoals
:END:
Pushing vs pulling
1. Workout
Muscle-up : vertical pushing, extension Back lever : horizontal
pulling, extension Planche : horizontal pushing, flexion V-sit :
pulling, extension
Handstand pushup : vertical pushing, flexion Front lever : horizontal
pulling, flexion
Next levels
2. Workout
Advance if : 6s for static or 3 clean repetitions for dynamics
Goals
3. Workout
Note :
- handstand + manna are mandataroy fo S. Low and very interesting to
combine
- straitght arm press handstand is mandatory and useful for planche
| Exercice | Current level |
| andstand | |
| L-sit/V-sit/manna | |
| Press handstand | |
| Back lever | |
| Planche | |
| Muscle-up | |
Routine
4. Workout
3x5-8 4-5x9-12s (Muscle-up, rest 2.5min, Back lever, rest 2.5min) x3
(Planche, rest 2.5min, V-sit, rest 2.5min) x3
Warmup : static hold on rings 2. Skill work : L-sit, handstand,
tumbling, core compression 3. Power/eccentrics/isometrics 4. Flexibility
* 2019-06-09 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-11
:END:
NB: pairs with resting 2.5min L-sit: 5-4-4 Compression: 1-5-3s (1cm ...)
Straddle L-sit: fail Muscle-up: 1tentative avec appui-1 réussi-2 avec
appui Tuck planche: 3x7
* 2019-06-13 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-12
:END:
NB: pairs with resting 2.5min L-sit: 3x1s Compression: 5-8 Straight-arm
rings: 10-17-10 Straddle L-sit: fail Muscle-up: 3-3-2 (avec pieds.
Frayeur car barre de traction tombée...) Tuck planche: 3-5
* 2019-06-16 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-12
:END:
Straight arms rings : 20-17-15 Pull-up 3-2 Compression 3x8 Muscle-up +
L-sit : 3x3 (2'30 de repos, L-sit entre 3s et 1s (à la fin)) Plank on
rings + back lever + front lever: 1-1-1 (~3s chaque, mais mauvaise
position)
* 2019-06-20 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-13
:END:
Compression 8-6-6 Muscle-up + L-sit : 3.5#3s-2.5#2s-2#2s Tuck planche on
rings + tuck front lever + tuck back lever: 3s#3s#5s-5s#11s#7s-6s#12s#6s
* Setting goals (2019-06-22)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: setting-goals-2019-06-22
:END:
Workoutgoals:
| Now | Date | Goal |
|-----------------------------+------------+---------------------|
| Muscle-up with feet | +3 months | Strict muscle-up |
| Tuck back lever 7s | +1 year | Full back lever 1s |
| Avanced tuck front lever 1s | +1 year | Full front lever 1s |
| Semi-straddle planche 1s | +3 months | Straddle planche 5s |
| andstand 3s + | 6 months H | andstand 30s |
| L-sit 7s | +6 months | Straddle L-sit 3s |
* 2019-06-22 Sat Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-parkour
:END:
Essai des exercices pour le wall climb : - position chat x3 - "pull-up"
en position chat - knee raises (à droite) - extension de la jambe en
position chat (x2, jambe non complètement tendue)
* 2019-06-23 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-13
:END:
Compression 8-6-6 Straigth arms RTO : 19-20-13 Extension (lower-back) :
10-9-10 L-sit (ground) : 3-4-4-2 Muscle-up + tuck planche : 4#2s-3#2s
tuck front lever + tuck back lever: 12#12-10#10-12#12-10#6 *2019-06-29
Compression 8-6-6 Straigth arms RTO : 20-19-19 Extension (lower-back) :
20-20 L-sit (ground) : 6-5-4 Muscle-up + tuck planche : 5#1s-5#1-5#1
tuck front lever + tuck back lever: 6#58+7#6+7#6
* 2019-06-09 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-5
:END:
* 2019-06-10 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-5
:END:
* 2019-06-11 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-6
:END:
* 2019-06-15 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-4
:END:
* 2019-06-16 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-6
:END:
* 2019-06-17 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-6
:END:
* 2019-06-18 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-7
:END:
* 2019-06-20 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-7
:END:
* 2019-06-21 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-7
:END:
* 2019-06-22 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-5
:END:
* 2019-06-24 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-7
:END:
* 2019-06-25 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-8
:END:
* 2019-06-26 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-6
:END:
* 2019-06-28 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-8
:END:
* 2019-06-30 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-7
:END:
* 2019-07-01 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour
:END:
Rambarde trop glissante...
1. Parkour
Toujours des difficultés pour le wall-climb : est-ce de la force
brute pour les bras ? Impossible de pousser avec les jambes et
envoyer vers le haut...
2. Parkour
3. Handstand
* 2019-07-02 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-9
:END:
* 2019-07-03 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-17
:END:
Compression 3x8 Planch (sol + bras bien tendus cette fois !!) : 3x8
Straigth arms RTO : 17-15-12-10 Extension (lower-back) : 15 Muscle-up +
L-sit : 3#1s-3#1-4#1-4#1 (jabmes presques horizontales) advanced tuck
front lever + advanced tuck back lever: 10#5 (dos courbé en back)-6#5
(fesse trop basses, dos droit)-6#5s (bonne position, maintenant arriver
à avoir jambes à 90°)-6#5-3#3
1. Handstand
* 2019-07-04 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-8
:END:
* 2019-07-07 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-8
:END:
* 2019-07-08 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-11
:END:
Compression 8-8-7 Planch (sol + bras bien tendus cette fois !!) : 4-4-3
Straigth arms RTO : 20-20-17-8 Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up +
L-sit : 3x3#1-2#1 (mais jambes à 90° quasi tendues, bras tendus au
début) advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 4x4#4 (dos
toujours courbé sur le back... mais front ok sur la forme)
1. Handstand
* 2019-07-09 Tue Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tue
:END:
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3x2
- cat hang pull-up 3x2
- cat hang shimmy 3x1
- top out
- 2 négatifs !!! Le problème est le placement des mains (que l'on ne
travaille
pas en courant...) Handstand
* 2019-07-11 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-14
:END:
- Burpee : 5-5 Skin the cat : 3-2 Compression 8-8-8 Straigth arms
RTO :: 21-20-16 Planch (sol + bras bien tendus cette fois !!) : 5-3-4
Extension (lower-back) : 21-21-15 Muscle-up + L-sit : 4#1-4#1-3#1-4#1
(dernière répétition pas terrible en forme) advanced tuck front lever
+ advanced tuck back lever: 5#5-6#3 (dos droit pour back lever)
* 2019-07-12 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-9
:END:
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3x3
- cat hang pull-up 3-3-2
- cat hang shimmy 3x1
- top out
- 4 négatifs
* 2019-07-13 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-6
:END:
1. Running
20min à allure moyenne. 3x10 burpee pour "couper la course", à la
Spartan race
* 2019-07-14 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-9
:END:
1. Workout
Compression 8-7-8 Straigth arms RTO : 22-20-17 Planch (sol + bras
bien tendus cette fois !!) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x22
Muscle-up + L-sit : 4#1-4#1-4#1-3#1 (15! mais forme un peu limite)
advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 4x6#5
* 2019-08-07 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-7
:END:
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3x3
- cat hang pull-up 3-3-2
- cat hang shimmy 3x1
- top out
2. Parkour
- 3 négatifs
3. Parkour
* 2019-08-06 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-10
:END:
* 2019-08-08 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-15
:END:
Compression 3x8 Straigth arms RTO : 17-17-17-10 Planche tucked (sol +
bras bien tendus cette fois !!) : 2x7s et 3 tentatives sur anneaux
Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 4#1-3#1-3#1-2#1
advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 6#6-8#8
* 2019-08-09 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-10
:END:
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3x2
- cat hang pull-up 3-3
- cat hang shimmy 3x1
- top out
- 7 négatifs (!) dont 2 combiné à des top out
* 2019-08-12 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-12
:END:
Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 3x3#1 advanced tuck
front lever + advanced tuck back lever:
* 2019-08-14 Wed Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-wed
:END:
1. Running
rythme constant, essayer d'accéler. 30s marche, 15s trot
* 2019-08-15 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-9
:END:
1. Parkour
Petite session technique avec Yvain 5 négatifs. Essayer en marchant
avec changement de main
* 2019-08-16 Fri Fri
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-fri
:END:
1. Running
* 2019-08-17 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-7
:END:
* 2019-08-18 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-10
:END:
1. Workout
Compression : 3x8 Straigth arms RTO : 20-20-17 Planche tucked : 1-1-1
(anneau) Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit :
3#1-3#2-3#2-3#2 (jambes pliées) Advanced tuck front lever + advanced
tuck back lever: 10#8-10#8-11#9
* 2019-08-19 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-8
:END:
* 2019-08-21 Wed Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-wed-1
:END:
1. Running
Marche
* 2019-08-22 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour
:END:
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3-2-2
- cat hang shimmy 3x1
- top out
- 3 négatifs
- knee-raises : 9 => presque !!
* 2019-08-23 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-11
:END:
Compression : 3x8 Straigth arms RTO : 22-22-20 Planche tucked : 4x1
(commence à venir) Extension (lower-back) : 24-23-21 Muscle-up + L-sit :
4x3#3 Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 7#7-5#5-10#5
(dos courbé....)
* 2019-08-24 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-8
:END:
1. Running
Rythme moyen sans pauses (objectif = 20min)
* 2019-08-25 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour
:END:
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3x3
- cat hang pull-up 3x3
- cat hang shimmy 3x1
- top out 3
- 5 négatifs
- knee raises : 5. On pose maintenant les mains à plat, mais pas encore
le ventre...
* 2019-08-30 Fri Fri
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-fri-1
:END:
1. Running
rythme moyen sans pauses (objectif = 20min)
* 2019-09-01 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-11
:END:
* 2019-09-02 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-13
:END:
Compression : 3x8 Straigth arms RTO : 3x20 Planche tucked : 3x1
Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 3x4#3 Advanced tuck
front lever + advanced tuck back lever: 3x7#3
* 2019-09-03 Tue Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tue-1
:END:
1. Running
Tentative d'augmenter la fréquence
* 2019-09-05 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-1
:END:
Passe-muraille :
- cat hang leg press 3-2-2
- cat hang pull-up 3x3
- cat hang shimmy 3x1
- top out 3
- 3 négatifs
- knee raises 8
* 2019-09-11 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-18
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat : 3 Planche tucked : 3x1 Extension
(lower-back) : 3x20 Muscle-up + L-sit : 3x4#3 Advanced tuck front lever
+ advanced tuck back lever: 5#5-7#5-8#5 (attention au dos)
* 2019-09-15 Sun Sun
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-sun
:END:
1. Running
Medium
* 2019-09-22 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-14
:END:
Compression : 3x8 German : 3-2 Active hang : 2min30 avec repos (max =
10s) Passive hang : 1min Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit
: 4#3-4#3-4#1 Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever:
7#4-7#5-7#3 (dos rond....)
* 2019-09-25 Wed Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-wed-2
:END:
1. Running
Medium
* 2019-09-30 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-14
:END:
Compression : 3x8 Straigth arms RTO : 2 Planche tucked : 3x1 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 3x4#3 (sauf dernier, 1seconde en
L-sit) Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 7#5 5#5 5#5
(attention dos rond...)
* 2019-10-01 Tue Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tue-2
:END:
1. Running
* 2019-10-03 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-2
:END:
Douleur IPP 4 donc brève séance : travail flux
* 2019-10-04 Fri Fri
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-fri-2
:END:
1. Running
Moyenne : 9min30 + 2min30
* 2019-10-07 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-1
:END:
Entorse au doigts toujours. Échauffement, equilibre et side vault du
côté gauche OK.
1. Handstand
* 2019-10-08 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-6
:END:
Compression : 3x8 German hang : 2-2-2 Planche tucked : 3x4 (au sol,
jambes pliées, bras tendus) Extension (lower-back) : 3x23 Muscle-up +
L-sit : 4#3-2x4#{3-2-1} Advanced tuck front lever + advanced tuck back
lever: 5#2 (dos rond :/)
* 2019-10-13 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour-1
:END:
Underbar, equilibre
* 2019-10-14 Mon Mon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-mon
:END:
1. Running
Medium
* 2019-10-15 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-11
:END:
1. Workout
Compression : 3x8 Skin the cat x3 Planche tucked : 4-3-3 au sol
Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 4#3-4#3-2
(fixationo cassée...) Advanced tuck front lever + advanced tuck back
lever: Front sur une branche d'arbre : 4s max sur 10 essais
* 2019-10-16 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-8
:END:
* 2019-10-17 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-10
:END:
1. Running
* 2019-10-18 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour
:END:
Travail de l'enchaînement
* 2019-10-19 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-6
:END:
Compression : 3x8 Straigth arms RTO : Planche tucked : 3x5 (sol, jambes
pliées) Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 5#3-4#3-4#3
Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever: 5#3-4#3
* 2019-10-25 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-12
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat: 3-2-2 Planche tucked : 3x5 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 3x{4#3} Advanced tuck front
lever + advanced tuck back lever: 5#5-5#5-5#4
* 2019-10-26 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-9
:END:
* 2019-10-27 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-12
:END:
* 2019-10-28 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-9
:END:
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang 3x10s
- top out 3
- cat hang pull-up 3x3
- knee raises 3x2
* 2019-10-29 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-7
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat : 3x1 Planche tucked : 3x5 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 3x{4#3} Advanced tuck front
lever + advanced tuck back lever: 3x{5#3} (dos toujours rond)
* 2019-10-07 Mon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon
:END:
* 2019-11-11 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-10
:END:
1. Workout
Compression : 3x8 Skin the cat : 3-2-2 Planche tucked : 3x4 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 4#3-4#3-4#1 Advanced tuck
front lever + advanced tuck back lever: 6#4-6#5-6#5 (travail dos
droit... mais à confirmer)
* 2019-11-16 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-7
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat : 3x2 Planche tucked : 3x4 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 4#3-4#2-4#2 Advanced tuck front
lever + advanced tuck back lever: 6#5 - 6#5-6#5 (dos droit si jambes
pliées)
* 2019-11-18 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-15
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat : 0 Planche tucked : 3x6 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 6#3-6#3-3#2 (anneau mi pectoral
=> à travailler comme ça) Advanced tuck front lever + advanced tuck back
lever: 3x7#5
* Weekly-routine goals
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: weekly-routine-goals
:END:
1. Goals Workout
#+begin_example
- Long term : 5 muscle up, 2s levers complets
#+end_example
- Short-term : 1 muscle-up reussi avec anneau mi-pectoral, 10s front
lever (jambes 90°) et 10s back (jambes pliées)
1. Running
- Long term : 12km
- Short-term : 1h de course
[[https://www.reddit.com/r/running/comments/3bckeh/base_training_a_guide_to_your_foundation_to/]]
2. Trampoline
- Short-term : Front-flip propre, backflip
3. Parkour
- Long-term : wall-climb, 10 enchaînements
- Short-term : wall-climb, 5 echaînements faciles, lazy vault sans
pause
2. Routine routine
Tous les jours : trampoline, handstand Lundi : sprints (10min
échauffement, 6x sprints de 100m à 95% avec 2min de pauses) Mardi :
parkour (technique, endurance) Mercredi : muscu haut du cours Jeudi :
squats, course 30min tranquille Vendredi : parkour (muscu, technique)
Samedi : muscu Dimanche : squats, course 1h
* 2019-11-21 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-11
:END:
1. Parkour
Lazy vault : continue travail Climb-up : toujours travail à l'arrêt
mais avec élan sur un pied. Pas de négatifs réussis.
* 2019-11-22 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-11
:END:
1. Running
* 2019-11-23 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-10
:END:
3x3s, 2x4s, 1x5s
* 2019-11-24 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-13
:END:
1. Parkour
Nouveau circuit : 2x2 cat hang shimmy, 2x3 pull-up, 3xnegatif, 2x2
knee raises, 2xtop out en jumpant Aujourd'hui : 2 circuit + 0.2
* 2019-11-25 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-11
:END:
3x3 23x3
* 2019-11-26 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-12
:END:
1. Running
* 2019-11-27 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-9
:END:
2-4-5-6-8
1. Workout
Compression : 8-8-7 Skin the cat : 0 Planche tucked : 3x6 Extension
(lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 5#5-4#5-4#3 Advanced tuck
front lever + advanced tuck back lever: 10#4 - 10#4 - 11#5 (2eme =
dos droit mais bien surveiller)
* 2019-11-28 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-12
:END:
2-3x3-3x4-5
1. Parkour
Musculation, surtout jambes : pull-up : 5x3 sur poteaux blancs
(épais...) knee-shoulder : 3x4 Kipping : 3 tentatives Precision jump
#+begin_example
0 Stair jump : 1x10, 4 marches Squat : 2x25 Rail squat : 2 lunge :
#+end_example
4x6+1 Step up : 3x10 (de chaque côté) Box jamp : 3x5 Rail plank : 3
Rail push-up: 2 de chaque côté
* 2019-11-29 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour-1
:END:
3 endurance (courts) 2 circuits passe-muraille :
- cat hang shimmy 2x2
- cat hang pull-up 4x2
- knee raises 3x2
* 2019-11-30 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-11
:END:
2+3x3-4-4-5
1. Handstand
* 2019-12-01 Sun Sun
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-sun-1
:END:
1. Running
* 2019-12-02 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-12
:END:
3-2x4-2x5-8-10
* 2019-12-05 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-3
:END:
2x26 squats 2x10 burpee Tentative de circuits passe-muraille mais
fatigue ++:
- cat hang shimmy 0
- cat hang pull-up 2x{2x2}
- knee raises 2x2
- négatifs 0
- assistance avec jambe : 6 essais
* 2019-12-06 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-12
:END:
2x2-2x3-5-2x8
1. Parkour
2 circuits : 2 shimmy - 2 pull up - 3 leg press Négatifs avec le pied
gauche en appui Pseudo climb-up en appui sur le sol. Même sur petits
obstacles, non validé...
* 2019-12-07 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-12
:END:
2x2-2x3-2x4-5-11
1. Parkour
30 squat 15 burpee Technique : 5 répétitions de simple, saut de chat,
side vault (G + D, grosse difficultés à gauche, travail de 0) 3x3
pull up, travail muscle-up avec balancé
* 2019-12-08 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-14
:END:
3x2-3-4-2x5
1. Running
* 2019-12-09 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-16
:END:
Compression : 3x8 Burpee : 10 Skin the cat : 3-2 Planche tucked : 5-5-3
Extension (lower-back) : 3x22 Muscle-up + L-sit : 5#5 - 4#4.8 - 4#5 -
4#4 - 3#4 Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever:
10#5-10#5-10#5
* 2019-12-10 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-13
:END:
2x2-3-5-6-10
1. Parkour
15 burpees 30 side squat 2 circuits où 1 circuit =
- cat hang shimmy x2
- top out x3 (sauf 2eme ciruit)
- négatifs 3 avec 1 pied au sol
- cat hang pull-up 2x3
- knee raises 2x3
- climb-up avec appui au sol Bilan : hauteur ok, maintenant poser le
ventre (ou plutôt tenir la position)
2. L-sit
3x2-3-3
* 2019-12-11 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-10
:END:
2-3-4-5-6-2x8
* 2019-12-10 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-14
:END:
2x2-3-5-6-10
1. Running
* 2019-12-12 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-13
:END:
3-4-2x5
1. L-sit
4x4-2
* 2019-12-13 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-13
:END:
Compression : 3x8 Skin the cat : Tentative de forward roll = échec
Planche tucked : 6-6-5 Extension (lower-back) : 3x23 Muscle-up + L-sit :
5#5-4#3-4#2-3#1 Advanced tuck front lever + advanced tuck back lever :
10#6 - 10#6 - 5#3
* 2019-12-14 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-13
:END:
* 2019-12-14 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running
:END:
* 2019-12-14 Sat L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-l-sit
:END:
* 2019-12-15 Sun
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun
:END:
1. Goals
Motivation :
- Not enough progress on the muscle-up => remove L-sit.
- Isometrics : steven low recommadns dynamic moves for parkour =>
stop back lever.
Categories
- Vertical pushing : handstand
- Vertical pulling : muscle-up
- Horizontal pushing : planche push-up
- Horizontal pulling
- Core : L-sit
2. Goals (short-term)
5 tuck planche push-up (with good form) L-sit 30s (many sets as
needed) 3x15 Tuck FL pull-ups
3. Routine (workout only)
Pairs :
- Planche (dynamic) : 3x5 pseudo planche push-up, 3x5 tuck L-sit
push-up 3x5 Tuck Front-lever pull-up
- 3x5 Muscle-up (with eccentrics !!!) 3x5 Pistols
- L-sit
Compression 3x10s
* 2019-12-15 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour-2
:END:
2 circuits :
- cat hang hold 2x10
- négatifs 3
- cat hang pull-up 2x3 (sauf 2eme passage, 1x3)
- knee raises 2x3
- leg assisted : 2x3 (sauf 2eme passage, 1x3) Bilan : peu de progressif,
fatigue
* 2019-12-16 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-13
:END:
3x2-4x3-4-5
1. Workout
Muscle-up : 5-4 (dont 3 vrais !!) - 4 (dont 3 vrais) Pistols (each
side): 5 (Léger appui 1 main, 75% de la descente) - 2x5 (95% mais
plus difficile jambe gauche) Push-up tucked planche : 3x2 (bras a
priori tendu) Pull-up front lever tucked 3x3 (attention position du
bassin !!) L-sit 0 Compression :0 Extension (lower-back) :0
* 2019-12-18 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-11
:END:
5-5-7
1. Parkour
2 circuits :
- cat hang hold 2x10
- négatifs 4
- cat hang pull-up 2x3
- knee raises 2x3
- leg assisted : 2x3 Bilan : fatiguee
* 2019-12-19 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-14
:END:
2x2-2x3-2x5-6
1. Workout
Muscle-up : 3 vrais, 2 aidés - 3 vrais, 2 aidés - 3 vrais, 2 aidés
Pistols (each side): 5 (sans appui , 80% amplitude) - 5 avec appui -
5 avec appui à 100% Push-up tucked planche : 2x3(avec pauses) - 2.5
Pull-up front lever tucked : 3x3 L-sit 3x4 Compression : 3x9
Extension (lower-back) : 3x22
2. Running
* 2020-01-02 Thu Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-thu
:END:
1. Running
2. L-sit
4-3 (mains vers le côté)-2-2-2
3. Handstand
3x2-4x3-4-5
* 2020-01-03 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-13
:END:
2x2-3-2x4-7-8
1. Workout
Lazy vault à gauche en progression Wall turn ok à gauche ! Wall climb
#+begin_example
knee-up x3 de chaque côté x2. Essai de diminuer la difficulté :
#+end_example
- jumping OK mais négatif à travailler
- aide d'une jambe : échec, à retravailler.
* 2020-01-07 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-15
:END:
StW 45-40-35 BtW 3x2-3x3-4
1. Running
* 2020-01-08 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-12
:END:
StW 40-39 BtW 3-4-5-6-11
1. Workout
Warm-up : 5 burpee Muscle-up : 3 faux, 4 vrais avec 3 pauses - 5
vrais avec 1 pause (anneaux plus haut : 2cm au-dessus du mamelon)-4
vrais Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 3x4 Planche
tucked push-up: 4 avec pauses - 4 (dont 2 consécutifs) - 4 (dont 2
consécutifs) Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit
(jambes presque tendues) : 6-6-5
* 2020-01-09 Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu
:END:
1. L-sit
2x10
2. Handstand
StW 45-25-30 BtW 3x3-5-22 (!!!)
3. L-sit
3x10
4. Running
(nouveau record de vitesse mais 2 pauses aux feux)
* 2020-01-11 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-14
:END:
StW 42-35-35 BtW 2-3x3-4-5-6
1. L-sit
2x10
* 2020-01-13 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-14
:END:
StW 35-35-25
1. Workout
Demi-session Muscle-up : 7-6-3 (vrais ! et anneau mi-épaule !)
Pistols (assisted) : 3x5
* 2020-01-18 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-15
:END:
StW 40-37-32 BtW 2-3-4-7-8
1. Workout
Warm-up : Muscle-up : 5-3-3 (vrais, 1cm au dessus de l'épaule)
Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 3x3 Planche
tucked push-up: 2+1+1 - 2-2 - 1 Extension (lower-back) : 3x22
Compression : 3x10 L-sit: 3x3
* 2020-01-19 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-15
:END:
StW 40-40-30 BtW 2x2-3-2x4-5-13
* 2020-01-20 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-15
:END:
StW 33-28-28 BtW 2-3x4-5
1. Parkour
Échauffement + circuit
* 2020-01-21 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-16
:END:
StW 35-32-25
1. Workout
Warm-up : 5 burpee Muscle-up : 3-4-3 (anneau mi-cou) Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : »x3 Planche tucked
push-up: 2+2-2+2-2+# Extension (lower-back) : 3x22 Compression :
10-9-10
* 2020-01-30 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-15
:END:
StW 30-30-25
1. Workout
Warm-up : 5 burpee Muscle-up : 4-3-3 (anneau milieu coup) Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 3x3 Planche tucked
push-up: 3+2 - 1-2-2 + 3-1 Extension (lower-back) : 3x22 Compression
#+begin_example
3x10 L-sit : 3s
#+end_example
* 2020-01-31 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour-2
:END:
Workout :
- crawl (front + back) x2
- knee-raises : 3x15 (each side)
- lunges : 3x10
- pull-up: 5+3 - 3+3 - 3+2
- dips : 3x6
* 2020-02-01 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-16
:END:
StW 35-35-30 BtW 2x2-3-4-5-8
1. Running
* 2020-02-02 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-16
:END:
StW 35-30-35 BtW 4-5-6
1. Workout
- Muscle-up : 3-3-2 Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked)
:: 3x3 Planche tucked push-up: 3+2 - 3+1 - 3+1 Extension
(lower-back) 3x22 Compression : 3x10 L-sit: 3x2
* 2020-02-15 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-17
:END:
StW 45-32-33 BtW 3x2-2x4-2x5
* 2020-02-16 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-17
:END:
StW 48-38-40 BtW 2x2-2x3-4-3x5
1. Workout
Warm-up : 3-2 skin the cat Muscle-up : 0-2-3 Pistols (assisted) : 3x5
Front-lever row (tucked) : 3x3 Planche tucked push-up: 3+2 - 3+2 -
1+1+1 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit : 2-2-1
* 2020-02-17 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-16
:END:
StW 50 (scissors) -30 (close to wall)-35 BtW 2-3-4-2x5-10
1. Running
* 2020-02-18 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-17
:END:
StW 43-40-25-25 BtW 2x2 - 3x3 - 4-5
* 2020-02-20 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-16
:END:
StW 47-32-32 BtW 4x3-4-2x5-6
1. Workout
Warm-up : 2 skin the cat Muscle-up : 0-2-4 (milieu du cou à
travailler...) Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) :
3+2 - 3+2 -2+1 Planche tucked push-up: 3x3 Extension (lower-back) :
22 Compression : L-sit : 2
* 2020-02-21 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-14
:END:
StW 45-33-32 BtW 5x3-5-6-9
* 2020-02-22 Sat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat
:END:
1. Running
* 2020-02-23 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-18
:END:
StW 43-37-33 BtW 3x2-2x3-2x4-5
1. Workout
Warm-up : 3 skin the cat Muscle-up : 3-6-3 (on revient aux épaules
pour travailler le grip => ne pas mettre sur l'ulna...) Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 4-3-3 Planche tucked
push-up: 3+2 - 3+2 - 2+1 Extension (lower-back) : 3x22 Compression :
3x10 (jambes enfin tendues !) L-sit : 3-2-2
* 2020-02-25 Tue Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-parkour
:END:
Circuit : par tranches de 3 exercices
- crawl back + front x3
- knee drive 3x15
- dips 3x5
- pull-up 3x5
- lunges 3x10
* 2020-02-26 Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed
:END:
1. Running
* 2020-02-27 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-17
:END:
StW 35-35-30 BtW 3x2-3x3-5-2x7
1. Workout
Warm-up : Muscle-up : 3 - 2 - 3 - 2 (en intérieur, position "assise"
mais pieds en l'air) Pistols (assisted) : 4-2-3 (appui sur radiateur,
plus dur qu'avec les anneaux !) Front-lever row (tucked) : 4-4-3
Planche tucked push-up: 3x{3+2+1} Extension (lower-back) : 3x22
Compression : 3x10 L-sit: 3x2
* 2020-02-29 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-18
:END:
StW 35-32-28 BtW 3x2-4x3-4-2x8
* 2020-03-01 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-19
:END:
StW 35-30-30 BtW 2x2-2x3-4-2x5-6
1. Parkour
2x5 pompes 3x4 dips 3x16 lunges 3x17 knee raises 3x3 pull -up
(conditions météo difficiles)
* 2020-03-02 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-17
:END:
StW 32-31-25 BtW 2x3-4x4-6
* 2020-03-03 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-18
:END:
StW 37-33-25 BtW 3x2-2x3-2x4
1. Workout
Warm-up : 2 skin the cat, 3 burpee Muscle-up : 3-5-3 (épaule) Pistols
(assisted) : 5-3-3 (plus dur avec un point d'appui bas) Front-lever
row (tucked) : 4-4-3 Planche tucked push-up: 4+3 - 1+2 - 2+1
Extension (lower-back) : 22 Compression : 10 L-sit: 3
* 2020-03-04 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-13
:END:
StW 42-30-24 BtW 2-3-4x4-5-7
1. Parkour
Passe-muraille : 2 circuits avec 1 circuit =
- cat hang shimmy 8s x2
- top out 3 x2
- cat hang pull-up 3x2
- knee raises 4 x2
- pied au sol 4
* 2020-03-05 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-18
:END:
StW 32-28-28 BtW 3x3-3x4
1. Running
* 2020-03-06 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-14
:END:
(NB fatigue++) Warm-up : 4 burpee Muscle-up : 3-4-3 Pistols (assisted) :
5-4-4 Front-lever row (tucked) : 5-3-3 Planche tucked push-up: 2+2+1 -
3+2 - 2+1 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit : 3x3
* 2020-03-07 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-19
:END:
StW 30-27-31 BtW 2x3-3x4-5-2x6-8
* 2020-03-09 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-18
:END:
StW 41-35-30 BtW 3x2-3x3-3x4-6
1. Parkour
échauffement 2x5 burpees (dos droit pour pompes) endurance : 5
mouvements x 3 knee-drive : 4 de chaque côté
* 2020-03-10 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-19
:END:
StW 20-20-18 BtW
1. Workout
Warm-up : 2x5 burpees, 2 skin the cat Muscle-up : 3x4 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 4-4 Planche tucked
push-up: 2+2 - 3+2 - 2+2 Extension (lower-back) : 3x22 Compression :
3x10 L-sit: 3-3-2
* 2020-03-12 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-19
:END:
StW 35-23-23 BtW 3x2-3-5-7
1. Workout
Warm-up : Skin the cat 2-1 et Burpee 2x6 Muscle-up : 3x4 Pistols
(assisted) : 5-4-4 Front-lever row (tucked) : 4-4 Planche tucked
push-up: 3+2 - 3+2 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10
L-sit : 2-2
* 2020-03-14 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-20
:END:
StW 35-28 BtW 2-2x3-2-4-5-6
* 2020-03-15 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour-3
:END:
Kong large : ok mais seulement milieu de la rampe. Endurance : 4
obstacle x 3
* 2020-03-16 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-19
:END:
StW 37-37-30 BtW 3x2-5-2x6
1. Workout
Warm-up : Trampoline Muscle-up : 5-4-4 Pistols (assisted) : 3x4
Front-lever row (tucked) : 3x4 Planche tucked push-up: 2+2 - 3+2 -
3+2 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit : 3-2-2
* 2020-03-18 Wed Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-parkour
:END:
Lazy vault x5 Underbar x5 Kong : presque ok au 1/3 latéral Knee raise x4
de chaque côté
* 2020-03-19 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-20
:END:
StW 32-33-27 BtW 6x3-4-2x5
1. Running
* 2020-03-20 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-15
:END:
StW 23-23 (on économise le poignet) BtW 2-5x3-3x4-2x5
1. Workout
Warm-up : Trampoline Muscle-up : 1-3-3 (difficile ajourd'hui) Pistols
(assisted) : 3x3 (plus difficile si on descend à 90% seulement)
Front-lever row (tucked) : 3x4 Planche tucked push-up: 3+3 - 3+2 -
2+2+1 Extension (lower-back) : 3x4 Compression : 3x10 L-sit : 3x3
* 2020-03-21 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-21
:END:
StW 32-10 BtW 3x2-5x3-2-4-5-8
1. Parkour
Kong : plateau Knee -up : too tired Underbar : need another place to
train
* 2020-03-22 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-20
:END:
StW 40-35-35 BtW 3x2-4x3-6
1. Running
* 2020-03-23 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-20
:END:
StW 15-30-35 (fesses serrées !) BtW 3x3-4-2x5
1. Workout
Warm-up : Trampoline Muscle-up : 4-4-3 Pistols (assisted) : 3-3(-1) -
3 Front-lever row (tucked) : 5-3-3 Planche tucked push-up: 4+2 -
4+1 - 3+1 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit :
3-3-4
* 2020-03-24 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-20
:END:
StW 37-30 BtW 2x3-2x5-7
* 2020-03-25 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-14
:END:
StW 42-30-25 BtW 2x3-4-2x5-8
* 2020-03-26 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-21
:END:
StW 43-32-30 BtW 4x3-4-2x5+6
1. Workout
Warm-up : Trampoline Muscle-up : 1 (+4 avec appui) - 2(+4) - 1(+4) !
Bien retravailler la descente Pistols (assisted) : 3x3 (bien
travailler la forme) Front-lever row (tucked) : 3-4 Planche tucked
push-up: 2+1 - 3+2 - 3+2 Extension (lower-back) : 2x2 Compression :
2x9 L-sit : 2x3
* 2020-03-28 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-22
:END:
StW 37-42-30 BtW 2x2-4x3-2x4-2x5-10
* 2020-03-29 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-21
:END:
StW 40-35-32 BtW 4x2-3x3-4-2x5
1. Parkour
Kong, à retravailler Reverse passe muraille, idem Lazy vault à
continuer Demi-tour ok, à maintenir
* 2020-03-30 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-21
:END:
StW 45-30-25 BtW 3x3-3x4-5
1. L-sit
7-7-6 (jambes pliées)
2. Workout
Warm-up : RTO 2x15, trampoline, skin the cat x2 Muscle-up : 1(+4) -
3(+2) - 3(+1) Pistols (assisted) : 4-4 (dont 1 sans appui à jambe
gauche !) - 5D+2G (sans appui à G) Front-lever row (tucked) : 5-4-5
Planche tucked push-up: 3+3 - 4+1 - 3+2 Extension (lower-back) :
Compression :
* 2020-03-31 Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue
:END:
1. Running
* 2020-04-02 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-22
:END:
StW 35-35-25 BtW 5x2-3x3-4-7
1. L-sit
7-7
* 2020-04-03 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour-3
:END:
Léger progres en lazy vault D. Constant à gauche Régression en kong
* 2020-04-04 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-8
:END:
Warm-up : RTO 17x2-10, trampoline, skin the cat x2 Muscle-up : 1(+4
assisté) - 1(+4) sans toucher le sol Pistols (assisted) : 3x5 (appui)
Front-lever row (tucked) : 5-5-3 Planche tucked push-up: 4+4 - 4+3 - 3+1
Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x9 L-sit : 3x2
* 2020-04-05 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-22
:END:
StW 35-35-30 BtW 3x2-3x3-2x4
1. L-sit
3x7
2. Parkour
Workout (sans pause sur une série, 20m ?) Quadrupédie avant + sprint : 5
puis 2 min pause Quadrupédie arrière + sprint : 3 puis 2 min pause Kong
avant : 3 puis 2 min pause Kong arrière : 1
* 2020-04-07 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-21
:END:
StW 25 BtW 2x2-2x3-2x4-6
1. L-sit
7-6-7
2. Workout
Warm-up : RTO 20-20-7 Muscle-up : 0(+5 avec appui bout du pied) -
2(+3) - 1(+4) Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) :
5-5-5 Planche tucked push-up: 4+3 - 4+1 - 3+1 Extension (lower-back)
#+begin_example
3x22 Compression : 10-9-10
#+end_example
* 2020-04-09 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-4
:END:
Stride : à peaufiner
Passe-muraille :
- négatifs 3-3
- pull-up 3 chaque chote
- top out 4
- cat hold
- cat move sideway
- knee up 4
- with help
* 2020-04-10 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-16
:END:
StW 37-32-33 BtW 5x3-3x4-2x5
1. L-sit
3x7
* 2020-04-11 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-9
:END:
NB: début de torticolis Warm-up : RTO : 6x10 Burpee : 4 Muscle-up :
0(+5) - 1(+4) - 1(+3) Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked)
: 5-4-3 Planche tucked push-up: 4+2 - 3+2 - 4+1 Extension (lower-back) :
2x22 Compression : 9-10 L-sit : 3-4
* 2020-04-13 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-22
:END:
StW 37-37-36 BtW 2x2-2x3-4
1. L-sit
3x7
2. Parkour
Burpee 7+4+5 Side vault : légère progression (trottine à droite,
contact à gauche...) Kong : 2 validés Demi tour ok
* 2020-04-15 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-19
:END:
Warm-up : RTO 20-10-10 (dos droit = dur++) Muscle-up : 0(+5) - 1(+4) -
2(+3) Pistols (assisted) : 3x5 Front-lever row (tucked) : 4-4 Planche
tucked push-up: 2+2+1 - 3+2 Extension (lower-back) : 2x22 Compression :
3x10
* 2020-04-16 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-23
:END:
StW 20-37-30 BtW 4x4-2x5-7
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang 8s de chaque côté x2
- cat hang shimmy 3 de chaque côté
- top out 4 (dont 3 combiné avec un négatif = fatiguant++)
- négatifs
- cat hang leg press 3 de chaque côté
- cat hang pull-up 3 de chaque côté
- knee raises 4 de chaque côté x2
- wall climb avec appui au sol : 4 x 2
* 2020-04-17 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-17
:END:
StW 41-31-33 BtW 2-2x3-2x4-2x5
1. L-sit
3x7
2. Running
* 2020-04-18 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-23
:END:
StW 37-30-31 (quasiment main au bas du mur mais difficile !) BtW
2x2-4x3-3x4-5-8
1. Workout
Warm-up : RTO 3x10 Muscle-up : 2(+3) - 4 - 2(+2) Attention à ne pas
tricher et garder les bras le plus tendus Pistols (assisted) : 3x5
Front-lever row (tucked) : 5-5-4 Planche tucked push-up: 4+4 - 4+2 -
5+1 Extension (lower-back) : Compression : L-sit :
* 2020-04-19 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-23
:END:
StW 30-30-25 BtW 3x3-2x4-2x7-8
* 2020-04-21 Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-1
:END:
1. Running
* 2020-04-22 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-15
:END:
StW 35-28-26 BtW 2-2x3-4x4-2x5
1. Workout
Warm-up : RTO 3x10, burpee 3x5 Muscle-up : 5-6-4 (dont 3 répétitions
enchaînées ! Bras pas assez tendu mais impression de franchir un
plateau) Pistols (assisted) : 3x4 Front-lever row (tucked) : 2x4
Planche tucked push-up: 4+2 - 4+2 Extension (lower-back) : 3x22
Compression : 2x9 L-sit :
* 2020-04-23 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-5
:END:
Side vault : à retravailler Kong vault : enfin la sensation d'un kong
sur une barrière ! désormais, travailler la distance Passe-muraille :
2x4 knee drive, 10 negative
* 2020-04-24 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-18
:END:
StW 36-27-27 BtW 7x3-3x4
1. Running
* 2020-04-25 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-10
:END:
Warm-up : Burpee 2x6, RTO 4x10 Muscle-up : 3x3 (négatifs complets !
Jambes tendues mais bras encore pliés) Pistols (assisted) : 3x5
Front-lever row (tucked) : 5-5 Planche tucked push-up: 5+2 - 3+1 - 3+1+1
Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit : 3x3
* 2020-04-26 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-24
:END:
StW 35-35-30 BtW 2x2-2x3-4-5-3x6
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang shimmy : 3 moves
- top out : 3
- negative : 2x4 (assisted)
- cat hang leg press : 3 (each side)
- cat hang pull-up 3 (each side)
- knee raises : 4 (each side)
- assisted (1 foot down) 2x4
2. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 30s
Front split : 30s Frog pose (dynamic) : 30s Horse stance : 15s-15s
Standing pancake : 1min
* 2020-04-27 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-23
:END:
StW 40-30-25 BtW 2-2x3-4x4-4x6
1. Running
2. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 0 Low lunge : 30s
Front split : 2x30s Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 2x30s
Standing pancake : 2x1min
* 2020-04-28 Tue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-2
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 2x30 Wall calf : Low lunge : 2x30s
Front split : 1min Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 2x30s
Standing pancake : 1min
* 2020-04-29 Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-1
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 40s Standing pancake :
1min10 Front split : 1min
2. Parkour
Kong workout : 20m + 20m sprint + 40m marche 5 quadrupédie 5 reverse
kong 5 quadrupédie à l'enverse
* 2020-04-30 Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-1
:END:
1. Running
* 2020-05-01 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-19
:END:
StW 35-30-30 BtW 4x2-2x3-4-5-6-7
* 2020-05-02 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-24
:END:
StW 40-32-30 BtW 5x2-2x3-2x4-7
1. Workout
Warm-up : 4x10 RTO Muscle-up : 0(+4 avec bras plus tendus) - 1+(3) -
2+(2 mais négatifs avec appui Pistols (assisted) : 3-2-3 (appui avec
barre mais difficile de se relever) Front-lever row (tucked) : 4-4
Planche tucked push-up: 1+1+1 - 3+2 Extension (lower-back) : 3x22
Compression : 3x10 L-sit : 3x3
2. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 40s Wall calf : 10s Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 5+10-10-5 Standing pancake
#+begin_example
1min25 Front split : 1min
#+end_example
* 2020-05-03 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-25
:END:
StW 32-29-29 BtW 3x3-3x4-2x5
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : Low lunge : 50s Frog
pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
2. Parkour
15 burpee avec 1 pause Kong : 3 validés Passe-muraille :
- 3x5 négatifs (avec appui
- 4 kip up
- avec appui : 5
! Je pense avoir compris comment poser le pied !
* 2020-05-04 Mon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-1
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 20s Low lunge : 1min
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
* 2020-05-05 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-22
:END:
StW 43-37-33
1. Workout
Warm-up : trampoline Muscle-up : 4 (en tendant de plus en plus les
bras : mieux. Et descendant au maximum) - 1 (douleur)-4 Pistols
(assisted) : 3x4 Front-lever row (tucked) : 5-6-6 (Dos un peu rond
mais on valide quand même => niveau supérieur !) Planche tucked
push-up: 6+3 (!!) - 6+2 - 6+2 (On peut passer au niveau supérieur !)
Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10 L-sit : 3x3
2. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 0 Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
3. Notes
Augmenter la difficulté pour FL row : commencer à tendre les jambes
Idem pour le planche push-up
* 2020-05-06 Wed Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-parkour-1
:END:
fatigue++ Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 10s
- top out (each side) : 3
- negative : 3x5
- cat hang leg press (each side) : 3
- cat hang pull-up (each side) : 4
- knee raises (each side) : 2x4
* 2020-05-07 Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-2
:END:
1. Running
* 2020-05-08 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-20
:END:
StW BtW 2x2-2x3
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : Wall calf : 15s Low lunge : Frog pose
(dynamic) : Horse stance : Standing pancake : 1min Front split :
2. Handstand
StW 35-35-32 BtW 2x2-4x3-4x4
3. Workout
Warm-up : 5x10s RTO Muscle-up (négatifs lents) : 7-5-5 Pistols
(assisted) : 5-5-3 Front-lever row (advanced tuck) : 0-1-1 Planche
push-up (advanced tuck : 0-0-0 (que des négatifs)
* 2020-05-09 Sat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-1
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 10s Low lunge : 50s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 45s
Front split : 45s
2. Handstand
StW 32-32-32-31 BtW 2x2-4x3-3x4-2x5
* 2020-05-10 Sun Sunday
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-sunday
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15 Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
2. Parkour
Side vault, endurance training (low intensity)
* 2020-05-11 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-24
:END:
StW 35-35-32 BtW
1. Workout
Warm-up : 20-20-19 RTO Muscle-up (négatifs lents) : 7-5-4 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (advanced tuck) : 0-0-0 Planche
push-up (advanced tuck): 0-0-0 Extension (lower-back) : 3x14
(dynamique) Compression : 3x10 L-sit : 3-1-2
* 2020-05-12 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-23
:END:
StW 35-38-30 BtW 5x2-3x3-3x4
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
2. Running
* 2020-05-13 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-16
:END:
StW 47-32-33 BtW 3x3-6-10
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 1min
* 2020-05-16 Sat Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-parkour-1
:END:
Quadrupédie avant + sprint x10
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : Frog
pose (dynamic) : 30s Horse stance : 20s Standing pancake : 30s Front
split :
2. Handstand
StW 27-36-37-27 BtW 5x2-3-2x4-5
* 2020-05-17 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour-4
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 10s
- top out (each side) : 5 (avec 1 négatif à chaque fois)
- negative : 2x5
- cat hang leg press (each side) : 3
- cat hang pull-up (each side) : 4
- knee raises (each side) : 4
- avec appui : 2.5 x 4 (2 côtés)
Progression sur le passe-muraille avec appui. Bien pousser avec les
jambes
* 2020-05-18 Mon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-2
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15 Low lunge : 45s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 20s
Front split : 30s
2. Running
Les sprint précédents étaient plus longs que prévus... Essayé de
forcer plus aujourd'hui sur la distance mais diminution des distances
à la moitié
3. Handstand
StW 37-27-26 BtW 2x2-3x3
* 2020-05-19 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-8
:END:
Warm-up : RTO 17x3 Muscle-up (négatifs lents) : 5 Pistols (assisted) :
5-5-4 Front-lever row (advanced tuck) : 3x2 tentatives. À la 3eme dos
droit mais difficile. Pas d'amplitude encore (1cm max) Planche push-up
(advanced tuck): 3x2 négatifs Extension (lower-back) : 3x22 (dynamique)
Compression : 3x10 L-sit : 2-3-2
1. Splits
* 2020-05-20 Wed Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-parkour-2
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3 déplacements
- top out (each side) : 3
- negative : 3x5
- cat hang leg press (each side) : 3
- cat hang pull-up (each side) : 4
- knee raises (each side) : 4
- avec appui : 4
1. Handstand
Freestanding : 12 essais
2. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 10s Low lunge : 30s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 30s Standing pancake : 1min
Front split : 30s
* 2020-05-21 Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-3
:END:
1. Running
-
* 2020-05-22 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-21
:END:
StW BtW 2-3x3-4
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 30s
Frog pose (dynamic) : 40s Horse stance : 30s Standing pancake : 30
Front split : 35
2. Handstand
StW 40-35-32 BtW 2-3-5x4-2x5
3. Workout
Warm-up : RTO 17-15-10-9 Muscle-up (négatifs lents) : 3x5 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (advanced tuck) : 3x3 tentatives.
dos droit mais 1mm amplitude Planche push-up (advanced tuck): 3x2
négatifs Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10
* 2020-05-23 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-25
:END:
StW 30-27-25 BtW 3x3-4-2x5-6
* 2020-05-25 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-25
:END:
StW 39-33-27-25 BtW 3x2-3-4-2x6
* 2020-05-27 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-17
:END:
StW 32-30-25
1. Workout
Warm-up : RTO 17-7 (mais combiné au muscle-up))) Muscle-up (négatifs
lents) : 3x5 Pistols (assisted) : 5-4-3 Front-lever row (advanced
tuck) : 3x3 tentative (1cm max mais dos droit) Planche push-up
(advanced tuck): 3-2-2 négatifs Extension (lower-back) : 2x22
Compression : 2x10 L-sit : 3x4 (échauffement)
* 2020-05-28 Thu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-4
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40s
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : Standing pancake : 1min
Front split : 55s
2. Handstand
StW 35-35-25 BtW 7x3-2x4-5
3. Running
* 2020-05-29 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour-4
:END:
Passe-muraille :
- cat hang : 10
- top out (each side) : 5 (un seul côté)
- negative : 2x5 (toujours avec appui)
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 3
- knee raises (each side) : 4
- avec appui : 4
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40S
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 15s Standing pancake : 40s
Front split : 40s
* 2020-05-31 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-26
:END:
StW 39-30-25-25 BtW 3x2-3-3x4-5
1. Workout
Warm-up : RTO 18-18-15 Muscle-up (négatifs lents) : 3x5 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (advanced tuck) : 3x3 tentatives
(fesses un peu hautes) Planche push-up (advanced tuck): 3x2 négatifs
Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 3x10
* 2020-06-01 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-26
:END:
StW 38-28-24 (mains plus prèss = max, avec pieds qui décollent du mur
légèrement => semble bien aider !!) BtW 4x3-2x4-6-9
1. Running
* 2020-06-03 Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-2
:END:
1. Splits
Standing splits (2-5s + rest) : 30s Wall calf : 15s Low lunge : 40S
Frog pose (dynamic) : 1min Horse stance : 15s Standing pancake : 40s
Front split : 40s
2. Handstand
StW 37-39-32-28-24 (main au max) BtW 4-5-6-7
* 2020-06-05 Fri
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri
:END:
1. Running
* 2020-06-06 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-26
:END:
StW 40-37-27 BtW 2-3x3-4-2x5-6
1. Workout
Warm-up : RTO 19-15-15 Muscle-up (négatifs lents) : 3x5 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (advanced tuck) : 3 x 3 tentatives
(dos droit, 1cm amplitude max) Planche push-up (advanced tuck): 3x3
tentatives en négatif Extension (lower-back) : 3x22 Compression :
3x10 L-sit : 2-3-2
* 2020-06-08 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-2
:END:
Passe-muraille :
- cat hang (each side) : 10s
- top out : 5
- negative : 3x5
- cat hang leg press (each side) : 5
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- assisted : 4
* 2020-06-09 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-24
:END:
StW 35-30-30-23 (en quasi équilibre !)
* 2020-06-11 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-24
:END:
StW 31-37-25 BtW 3x2-3-2x4-2x6
1. Handstand
StW 33-23-21
* 2020-06-13 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-27
:END:
StW 10-10-26-23 BtW 5x3-2x5
* 2020-06-14 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-27
:END:
StW 32-25 BtW
* 2020-06-17 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-18
:END:
StW
- 29-25-34
- 23-32-26
BtW 2-6x3-2x4
1. Workout
Warm-up : RTO 23-21 Muscle-up (négatifs lents) : 3x5 Pistols
(assisted) : 3x5 Front-lever row (advanced tuck) : 3 tentatives
Planche push-up (advanced tuck): 3 tentatives Extension (lower-back)
#+begin_example
3x22 Compression : 3x10 L-sit : 4x4
#+end_example
* 2020-06-18 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-25
:END:
StW 20-33-32 BtW 5x3-4-2x5-6
* 2020-06-19 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-22
:END:
StW 48-35-31 BtW 2x3-3x4-5-7
* 2020-06-20 Sat Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-parkour-2
:END:
Passe-muraille :
- cat hang hold (each side) : 10s
- top out assisted (each side) : 2x4 (en mettant le coude pour retenir
le mouvement)
- negative : 3x5
- cat hang leg press (each side) : 4 (jambes bien tendues !)
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4 (sans pause !)
* 2020-06-21 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-28
:END:
StW : 3 répétitions filéme : ok BtW : 6 essai filmé : non aligné !!
Après 3 essais, aligné mais ne tient pas la position
1. Workout
RTO-up : 2x23 L-sit : 3x4 Muscle-up (négatifs lents) : 5-5-4
(transitiont très lente !) Pistols (assisted) : 3x5 (sensation de
plus contrôler) Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row
(advanced tuck) : 3x{2(+1)} tentatives (attention à ne pas bouger que
les fesses... pas de triche) Planche push-up (advanced tuck): 4-3-3
tentatives Norwegian curls: 3x3 (15° ? douloureux...) Compression :
9-10
* 2020-06-22 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-27
:END:
StW 40-37-25 BtW 5 (travailler la posture en filmant depuis hier)
1. Running
* 2020-06-23 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-25
:END:
StW 45-39-33) BtW 4x2-4x3-2x5
* 2020-06-24 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-19
:END:
StW 46-32-35-30 (jambes pas assez droites et pieds trop en avant !
travailler plus près du mur) BtW 2x2-2x3-4-6-8
* 2020-06-25 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-26
:END:
StW 47-41-25 BtW 2-2x4-5-6
* 2020-06-26 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-15
:END:
RTO-up : 20-19-17 L-sit : 3x4 Muscle-up (négatifs lents) : 5-5-4 (ok
pour le false grip ! descendre plus bas) Pistols (assisted) : 3x5
Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (advanced tuck) : 3 essais
(1er = 1cm) Planche push-up (advanced tuck): 3 essais avec début de
remontée Norwegian curls: 4 Compression : 9
1. Handstand
StW 37-32-31
* 2020-06-27 Sat Tricks
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricks
:END:
Goals
- front flip propre sur trampoline
- front flip sur matelas
- back flip sur trampoline
- front handspring
- kip up (utile pour back handstring)
Tricks
Front flip plutôt propre sur trampoline Kip up : essai méthode de pigme
mais pas encore ça Back flip : encore latéral. Selon Thibault, rester
désaxé pour le moment mais travailler plus le tuck Front handscsrip :
handstand + roll pour le moment
* 2020-06-28 Sun Tricks
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricks
:END:
Kip up Back flip Front handspring
* 2020-06-29 Mon Tricks
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricks
:END:
Kip up : 2 réussis Back flip Front flip : ok à mi-hauteur Front
handspring : toujours pas
* 2020-06-29 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-28
:END:
StW 45-45-38 BtW 2-3x3-3x4-6-7
* 2020-06-30 Tue Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-parkour-1
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3
- top out (un côté) : 5
- assisted : 7-2
- negative : 2x5
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
1. Tricks
Kip up : 4 réussis Front handspring : toujours pas
* 2020-07-01 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-20
:END:
StW 55 (!) - 45 BtW 2-2x3-5-7
1. Running
2. Tricks
Kip up : aucun réussi Back flip : 3 essais mais trop fatigué Front
flip : 0 Front handspring : : avec un peu d'élan, atterissage sur les
fesses (attention au dos)
* 2020-07-02 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-27
:END:
StW 50-37-32 BtW 4-4x5-9
* 2020-07-03 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-16
:END:
RTO : 23-23-17 (!) L-sit : 3x5 (!) Muscle-up (négatifs lents) : 4-5-4
(descente trop rapide...) Pistols (assisted) : 3x4 (jambe tendue = pluse
difficile) Extension (lower-back) : 22-30 Front-lever row (advanced
tuck) : 3x3 tentatives Planche push-up (advanced tuck): 3x3 tentatives
Norwegian curls: 3-4-4 Compression : 3x10
* 2020-07-04 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-28
:END:
StW 45-36-27 BtW plusieurs tentatives non chronométrées
* 2020-07-06 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-29
:END:
StW 47-35-30 BtW 3 essais filmés
1. Tricks
Kip up : 5, semble bon la moitié du temps ! Back flip : Trop sur le
côté... Front flip : OK assez bas avec peu d'élan ! Front handspring
#+begin_example
: au mieux, on arrive sur les fesses
#+end_example
2. Running
* 2020-07-07 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-26
:END:
StW 40-30 BtW 2 essais filmés
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 4
- top out (each side) : 5
- negative : 3x5
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- assited : 4 dont 3 avec passage complet en haut du mur !!!!
2. Tricks
Kip up : travail avec moins d'élan Back flip : oui Front flip : oui,
avec peu de hauteur Front handspring : : travail transition
équilibre - pont
* 2020-07-08 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-20
:END:
RTO-up : 27-20 Muscle-up (négatifs lents) : 3x5 (essai de non négatifs
mais bof sur 2 essais) Pistols (assisted) : 3x5 Extension (lower-back) :
3x22 Front-lever row (advanced tuck) : 3x3 (qq mm en plus ?) Planche
push-up (advanced tuck): 3x3 Norwegian curls: 3-4-3 Compression : 3x10
1. Tricks
Kip up : 5 Back flip : 3 Front flip : 0 Front handspring : : travail
lent
* 2020-07-09 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-28
:END:
StW 34-15-30 BtW 3 essais
* 2020-07-10 Fri
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-1
:END:
1. Running
2. Tricks
- Kip up : contine travail avec moins d'élan Back flip : 0 Front flip
:: 0 Front handspring : : j'atteris en position accroupie. Pousser
plus avec les bras
* 2020-07-13 Mon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-3
:END:
1. Running
* 2020-07-14 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-27
:END:
StW 25-32 BtW 3 essais filmés
1. Tricks
Kip up : 4 Back flip : 3 Front flip : 0 Front handspring : : à
l'arrêt et avec élan, pas de progrès
2. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3
- top out (each side) : 5
- negative : 2x5
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) :
- assisted : 4+2 avec arrivée sur le mur !
* 2020-07-15 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-21
:END:
StW 20-30 (mains encore plus proches) BtW 0
1. Tricks
Kip up : 5 Back flip : 5 Front flip : 0 Front handspring : : 5
* 2020-07-16 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-16
:END:
RTO-up : 18-8-13 L-sit : 3x4 Muscle-up (négatifs lents) : 5-5-4 + 1
positif Pistols (assisted) : 3 (pied gauche *sans* aide) / 3 (droite
avec aide) - 1/3 - 2/3 Extension (lower-back) : 3x22s Front-lever row
(advanced tuck) : 2+2 - 3+1 - 3 essais Planche push-up (advanced tuck):
3x2 Norwegian curls: 4-4-3 Compression : 3x10
* 2020-07-17 Fri Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-running
:END:
* 2020-07-17 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-23
:END:
StW BtW 3 essais de 2
* 2020-07-17 Fri Tricks
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricks
:END:
Kip up : 4 Back flip : 3 Front flip : 0 Front handspring : : 3
* 2020-07-18 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-29
:END:
StW 33-32-19 BtW 4 essais
1. Tricks
Kip up : 5 Back flip : 9 Front flip : Front handspring : :
2. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 4
- top out (each side) : 5
- negative : 2x5
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- assisted : 2+2 (mais avec un seul bras)
* 2020-07-19 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-15
:END:
RTO-up : 2x17 L-sit : 5-4 Essai de circuit : notation = 1ere passe #
2eme passe # 3eme passe Muscle-up (négatifs lents) : 3 # 5 # 5 Pistols
(assisted) : 3x5 # 3x5 (avec aide) Extension (lower-back) : 22 # 22
Front-lever row (advanced tuck) : 2 # 3 Planche push-up (advanced tuck):
2 # 3 Norwegian curls: 3 # 3 Compression : 10
* 2020-07-21 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-28
:END:
StW BtW 4 essais
1. Tricks
Kip up : 5 Back flip : 5 Front flip : Front handspring : :
2. Running
* 2020-07-22 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-22
:END:
StW 40-35-25 BtW
1. Workout
RTO-up : 20-19 L-sit : 5-4 Muscle-up (montée avec appui (genou pliés,
anneau hauteur cour + négatifs lents en descente) : 2-3-3 Pistols
(assisted) : 3#4 - 3#4 - 3#4 (non assité à gauche, assisté à droite
mais presque bon) Extension (lower-back) : 3x22 (bien contracter et
mouvement d'arcs de cercle) Front-lever row (advanced tuck) : 3x3
tentatives Planche push-up (advanced tuck): 3x3 tentatives Norwegian
curls: 3x4 Compression : 3x10
* 2020-07-26 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-16
:END:
Warm-up : 25-21 Muscle-up (négatifs lents) : 3x3 (normaux, jambes
tendues inclinées au sol) Pistols (assisted) : 3x5 (assisté) Front-lever
row (advanced tuck) : 3x3 (3 répétitions identiques) Planche push-up
(advanced tuck): 3x3 Extension (lower-back) : 3x22 Compression : 9-10-9
L-sit : 2x5
* 2020-08-09 Sun Sunday
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-sunday-1
:END:
1. Running
* 2020-08-10 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-17
:END:
RTO-up : 2x17 (douleur en essayant de mettre les épaules en arrière ...)
Muscle-up : 3-4 (courbatures dans les pectoraux...) Pistols (assisted) :
2x5 Extension (lower-back) : 2x21
* 2020-08-11 Tue Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-parkour-2
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3
- top out (each side) : 5
- negative : 3
- cat hang leg press (each side) : 3
- cat hang pull-up (each side) : 4
- knee raises (each side) : 4
- assisted : 2-2 (!)
* 2020-08-12 Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-3
:END:
1. Running
* 2020-08-15 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-11
:END:
- Demi-sessions RTO-up : 11-13 L-sit : 2x4 Muscle-up (négatifs
lents) :: 4-4-2 Pistols (assisted) : 3x5 Compression : 3x9
* 2020-08-17 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-30
:END:
BtW 5 essais
1. Workout
RTO-up : 18-20 L-sit : 6-5 (nouveau record !) Muscle-up (négatifs
lents) : Pistols (assisted) : Extension (lower-back) : 3x22
Front-lever row (advanced tuck) : 3+1 - 2+1 - 2 (presque la moitié !,
peut-être parce que demi-session ?) Planche push-up (advanced tuck):
3x3 tentatives, début remontée Norwegian curls: 3x4
2. Running
* 2020-08-17 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-31
:END:
StW BtW 3 essais
1. Running
* 2020-08-18 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-29
:END:
StW BtW 3 essais
1. Parkour
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 4 (nouveau record)
- top out (each side) : 5
- negative :
- cat hang leg press (each side) : 5
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- assisted : 5 (nouveau record !)
- non-assisted : 2 (!!!!! enfin !!!!!! Mais trop de brute force, plus
s'aider des pieds)
* 2020-08-20 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-29
:END:
StW BtW 4 essais
1. Workout
RTO : 13-15 Skin-the-cat : 2 L-sit : 2x5 Muscle-up : 3-3-2 (quasiment
sans pause sur une série, le temps de reprendre la bonne position)
Pistols (assisted) : 6/2 - 6/6 - 5/3 (gauche/droit) avec appui fort)
Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (advanced tuck) : 2+1 -
2+1 (plus difficile en fin de session...) Planche push-up (advanced
tuck): 2x3 tentatives (idem) Norwegian curls: 2x4 Compression : 2x9
* 2020-08-30 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-29
:END:
StW 37-19 BtW 2 tentatives
* 2020-08-30 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-17
:END:
RTO : 25/17 Skin-the-cat : 2 L-sit : 2x5 Muscle-up : 3x3 (plus facile
avec les pieds sous les anneaux) Pistols (assisted) : 3x6 (assisté)
Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (advanced tuck) : 2+1 -
2 - 2 Planche push-up (advanced tuck): 3x3 Norwegian curls: 3x4
Compression : 9-10-10
* 2020-09-19 Sat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-2
:END:
1. Running
* 2020-09-22 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-9
:END:
Reprise très tranquille RTO : ok Skin-the-cat : ok Muscle-up : 2x2 avec
appui sur jambe + impulsion bras Pistols (assisted) : 3#3 en moyenne
Extension (lower-back) : ok Front-lever row (advanced tuck) : 80%
Planche push-up (advanced tuck): 70% Norwegian curls: ok Compression :
ok
* 2020-09-23 Wed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-4
:END:
1. Running
* 2020-09-25 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-17
:END:
RTO : 13-15 Skin-the-cat : 2+1.5 L-sit : 2 tentatives sur anneaux
Muscle-up : 2-4-2 (descente avec appui !) Pistols (assisted) : 3x4
Extension (lower-back) : 3x22 (bras tendus) Front-lever row (advanced
tuck) : 3-2-2 tentaives Planche push-up (advanced tuck): 2-2 (+1
tentative straddle mais échec) Norwegian curls: 3x3 Compression : 3x10
* 2020-09-26 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-30
:END:
StW 35-24 BtW 1-2x2-3x3-5
* 2020-09-27 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-30
:END:
StW 35-20 BtW 2x3-4-2x5-6-10
1. Goals : éviter les plateaux
- Front lever pull-up : descendre d'un niveau (tucked) et augmenter
jusque 3x15
- Planche push-up : descendre d'un niveau (tucked) et sur barres
parallèles
- L-sit: viser 60min au total
2. Workout
RTO : 18+18 Skin-the-cat : 2.5 normaux L-sit : 3x8 + 5 (rings +
tucked) Muscle-up : 2-3-3 (seul la première série a des négatifs en
plus) Pistols (assisted) : 4-4-3 Extension (lower-back) : 3x22
Front-lever row (tuck) : 7+2 - 5+2 - 4+3 Planche push-up (tuck): 0
(douleur à l'essai sur les barres) Norwegian curls: 3x3 Compression :
3x10
* 2020-09-29 Tue ning
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-ning
:END:
* 2020-09-30 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-23
:END:
StW 30-23 BtW 5x2-3-4-5-2x6
* 2020-10-01 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-17
:END:
RTO : 2x18 Skin-the-cat : 2 L-sit : 3x6+3 Muscle-up : 3x3 (+ négatifs !)
Pistols (assisted) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row
(tuck) : 3+3 - 3+3 + 3-2 Planche push-up (tuck): 3x{2+1+1} Norwegian
curls: 3x3 Compression : 3x10
* 2020-10-03 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-31
:END:
StW 40-18 BtW 2-3x3-4
* 2020-10-04 Sun Sunday
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-sunday-2
:END:
1. Running
* 2020-10-05 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-18
:END:
RTO : 20-17-17 Skin-the-cat : 2-1 L-sit : 3x6 Muscle-up : 3x3 (négatifs)
Pistols (assisted) : 3x5 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row
(tuck) : 3x{5+3) Planche push-up (tuck): 3x{3+2} Norwegian curls: 3x3
Compression : 3x10
* 2020-10-06 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-30
:END:
StW 35-25 BtW 3x3-5
* 2020-10-07 Wed Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-parkour-3
:END:
- Side vault : travailler fluidité (G) + sans pied (D)
Passe-muraille :: 3 avec appui et 5 sans appuis !!! -> Travailler
maintenant de l'autre côté (pente) et en mettant les 2 bras
* 2020-10-10 Sat Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-parkour-3
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 5
- top out (each side) : 5
- cat hang leg press (each side) : 3
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 2
- 4 assisted
- 3 non assisted
Continuer le travail (assisté + non-asisstié)
* 2020-10-13 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-31
:END:
StW 32-25-22 BtW 2x2-3x3-5-6
* 2020-10-14 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-21
:END:
Skin-the-cat : 2+1 L-sit : 4x6s Muscle-up : 2-4-4 (sans descente sauf
les 2 premiers) Pistols (assisted) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x22
Front-lever row (tuck) : 2x{5+3} - 4+4 Planche push-up (tuck): 2+2+1 -
3+2+1 - 3+271 Norwegian curls: 3x4 Compression : 3x10
* 2020-10-16 Fri Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-running-1
:END:
* 2020-10-18 Sun Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-parkour-5
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3
- top out (each side) : 5
- cat hang leg press (each side) : 4
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- avec appui : 5 pour bien saisir le mouvement et du côté gauche
- sans appui : 3
* 2020-10-19 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-32
:END:
StW 15-20 BtW 2x2-3x4-7-8-11 (!)
* 2020-10-19 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-19
:END:
(Anneau un peu plus écartés) Skin-the-cat : 1.5-1.5 L-sit :
6-6-3-3-5-5-2-2 Muscle-up : 3(+3neg) - 4(+2neg) - 4(+2neg) Pistols
(assisted) : 3x5 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (tuck) :
8+2 - 5+2 Planche push-up (tuck): 4+3+1 - 4+2 Norwegian curls: 2-4
Compression : 10-9 (forcant plus)
* 2020-10-20 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running
:END:
* 2020-10-22 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-6
:END:
Passe-muraille :
- cat hang shimmy (each side) : 3(0 autre côté)
- top out (each side) : 4
- negative :
- cat hang leg press (each side) :
- cat hang pull-up (each side) : 3
- knee raises (each side) : 4
- assisted : 6 (trop glissant pour normal)
* 2020-10-24 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-12
:END:
RTO : Skin-the-cat : 2.5 L-sit : 4x7 Muscle-up : 3-4-3 (bras plus tendus
et négatifs à chaque fois !) Pistols (assisted) : 3x5 Extension
(lower-back) : 3x22 Front-lever row (tuck) : 5+2 - 1+2 - 4+2 Planche
push-up (tuck): 3+2+1 - 2+1 - 3+1 Norwegian curls: 3x3 Compression :
3x10
* 2020-11-06 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-18
:END:
RTO : Skin-the-cat : 2 L-sit : 2 essais Muscle-up : 2-4-4 Pistols
(assisted) : 4-5-4 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (tuck)
: 2+2 - 4+2 - 3+2 Planche push-up (tuck): 3+2 - 2+2 - 2+2 Norwegian
curls: 3x3 Compression : 9-10-9
* 2021-08-27 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-24
:END:
StW 44-42-25 BtW 2-2x3-4
* 2021-08-28 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-32
:END:
StW 13-2)-33-39-42 BtW 3-2x8
1. L-sit (half-tucked)
11s-11-11
* 2021-08-29 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-18
:END:
RTO : 7-13 Skin-the-cat : 2-2 Forward roll : 3 essais L-sit : 5-7
Muscle-up L-sit : 2x1-4x1 (dernier sans négatif) - 4x1 (idem) Pistols
(assisted) : 3x1 - 3x1 -3x1 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever
row (tuck) : 2x2 - 3+1 - 3+2 Planche on rings (tuck): 2x4 - 4+3+3 - 6 -
3 essais de pompes ! Norwegian curls: 4-3 (crampe)-3 Compression :
10-5-7
* 2021-09-02 Thu Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-parkour-7
:END:
Passe-muraille : 10 Technique
* 2021-09-04 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-1
:END:
* 2021-09-04 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-33
:END:
StW 51-41 BtW
* 2021-09-04 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-13
:END:
RTO : 22-21 Skin-the-cat : 2-1 L-sit : 9-8 Muscle-up L-sit : 3x1 - 4x1 -
5x1 (!) Pistols (assisted) : 3x3 Extension (lower-back) : 3x22
Front-lever row (tuck) : 3+2 - 3+2 - 3+2 Planche on rings (tuck +
push-up): 3x1 + 2x1 + 2x1 Norwegian curls: 3x4 Compression : 3x9
* 2021-09-05 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-31
:END:
StW 53-38
* 2021-09-05 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running
:END:
* 2021-09-07 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-10
:END:
Routine: haut: 2x1 + 1muscle-up et 1 pompe en tucked planche bas: 4
pistols, 22 extensions, 10 compressions, 4 curls
haut: 2 bas: idem haut: 2 bas: idem
* 2021-09-09 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-18
:END:
RTO : 23-23 Skin-the-cat : 2-1 L-sit : 9-9 Muscle-up L-sit : 1+1.99+2
(!!) - 2(!!)+1 - 2(!!)+1 Pistols (assisted) : 3x4 Extension (lower-back)
: 3x22 Front-lever row (tuck) : Planche on rings (tuck): Norwegian
curls: Compression :
* 2021-09-11 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-2
:END:
* 2021-09-13 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-3
:END:
Passe-murail avec appui glissant Underbar
* 2021-09-13 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-20
:END:
Routine: haut = 2x1 bas : 22 extension - 3 curl - 3 pistols haut 3x1 (!)
bas : 22 extension - 3 curl - 3 pistols haut 2x1 bas : 22 extension - 3
curl - 3 pistols
* 2021-09-15 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-24
:END:
StW 15-42-10 BtW
* 2021-09-16 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-19
:END:
RTO : 28-18 Skin-the-cat : 2 L-sit : 9-7 Muscle-up L-sit : 3x1 - 2+2x1 -
2+2x1 Pistols (assisted) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever
row (tuck) : 3+3+ - 3+3 - 3+2 Planche on rings (tuck): 2+2 - 2+2 - 2+2
Norwegian curls: 3x4 Compression : 3x10
* 2021-10-01 Fri Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-handstand-25
:END:
StW 13-28-35-33 BtW 4x4
* 2021-10-03 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-32
:END:
StW 45-38 BtW
* 2021-10-03 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-19
:END:
RTO : 2-1 Skin-the-cat : 2-2 L-sit : 9-8 Muscle-up L-sit : 3x1 - 2+1+1 -
2+1+1 Pistols (assisted) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x25 Front-lever
row (tuck) : 3+2 - 2x2-2+2 Planche on rings (tuck): 3x1 - 2+1 - 3x1
Norwegian curls: 3x4 Compression : 3x10
* 2021-10-15 Fri Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-parkour-5
:END:
Passe-muraille :
- cat hang (each side) : 10
- top out (each side) : 5
- cat hang leg press (each side) : 4 (jambes presques tendues)
- cat hang pull-up (each side) : 5
- knee raises (each side) : 4
- passe-muraille: 10 (élan correct)
* 2021-10-16 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-14
:END:
RTO : 28-18 Skin-the-cat : 1-1 L-sit : 8-7 Muscle-up L-sit : 4x1 -
2+1+1-3x1 Pistols (assisted) : 3x4#3 Extension (lower-back) : 2x22
Front-lever row (tuck) : 3+2 - 3+2 - 2+2 Planche on rings (tucked
pushed-up): 3x1 -2x1 - 3x1 Compression : 3x10
* 2021-10-19 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-11
:END:
RTO : 2-2 Skin-the-cat : 2-2 L-sit : 9-5 (jambes semi-tendues)
Routine: Muscle-up L-sit - Tucked planche - RTO - L-sit - FL row 2x1 2x1
Pistols (assisted) - Extension - Compression 3-22-9 3-22-10
* 2021-10-26 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-12
:END:
(à l'arrache) Pull-up L-sit Tucked front lever Pistols Compression
* 2021-10-26 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-32
:END:
Back to wall : 45-35-30 Stomach to wall : 3x2
* 2021-10-26 Tue Jump rope
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-jump-rope
:END:
* 2021-11-01 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-33
:END:
Back to wall : 40-39 Stomach to wall : 11 ## 2021-11-01 L-sit tucked
5-6s
* 2021-11-04 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-20
:END:
Tout enchainé RTO : 20-15 Skin-the-cat : 2-1+1 L-sit : 6-4 (jambes
semi-tendues) Muscle-up L-sit : 3x1-2+1+1-1+1 Pistols (assisted) : 3x3
Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (tuck) : 3+2 - 3+2 - 2+1
Planche on rings (tuck): 3x{3x1} Norwegian curls: 3x3 Compression : 3x10
* 2021-11-06 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-3
:END:
20min en montée la moitié du temps
* 2021-11-07 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-20
:END:
RTO : 30-20 Skin-the-cat : 2-1+1 Pull-up (milieu poitrine) : 5x1 L-sit :
6-4 (jambes semi-tendues) Muscle-up L-sit : 3x1-2+1=1-2+1 Pistols
(assisted) : 3x4 Extension (lower-back) : 3x22 Front-lever row (tuck) :
3+2 - 3+2 - 2+1 Planche on rings (tuck): 2+1 - 2+2 - 2+1 Norwegian
curls: 3x4 Compression : 3x10
* 2021-12-08 Wed Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-running
:END:
10km, 400m de dénivelé De nuit, dans la boue, 1000 personnes 1h40
* 2021-12-12 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-1
:END:
25min, moderate
* 2021-12-20 Mon Jump rope
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-jump-rope
:END:
* 2021-12-21 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-13
:END:
Routine sur barre : pull-up - negative pull-up - planche - extension -
compression - L-sit - FL - nordic curl
* 2022-01-08 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-15
:END:
Routine sur anneaux (3x2 pour haut)
* 2022-01-13 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-21
:END:
Muscu sur anneaux (avec muscle-up négatifs à la fin)
* 2022-01-14 Fri Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-running-2
:END:
Sprint : 7x30s 2min de pause # 2022-01-15 Workout Routine sur barre avec
muscle-up en négatif seulement Retravailler le L-sit !!
* 2022-01-23 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-21
:END:
RTO: 2 fois L-sit: 3s - 2s Muscle-up : 1-2x1 - 3x1 (difficile !) PLanche
on rings: 2+1+1 - 3+1 - 1+1 Compression: 3x10 Curl: 4x3
Pistol: 3x{3#4} Extension: 3x22 FL row: 3+2 - 2+1
* 2022-01-24 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running
:END:
15min de nuit, rythme rapide au retour
* 2022-01-27 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-22
:END:
Routine avec x2 en haut
* 2022-02-05 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-16
:END:
Muscle-up intro avec movement athlete
* 2022-02-07 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-21
:END:
Handstand avec movement
* 2022-02-09 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-22
:END:
Full body avec movement athlete mais fait seulement la moitié (covid)
* 2022-02-11 Fri Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-running-3
:END:
15 minutes
* 2022-02-13 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-2
:END:
46min
* 2022-02-14 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-22
:END:
40min mais peu satisfait des exercices
* 2022-02-24 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking
:END:
Tricking : 1ere fois - Butterfly Kick - Roundhouse Kick - Hook Kick -
Macaco - Scoot
Parkour
* 2022-02-26 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking
:END:
10min, régression - cartwheel
* 2022-02-27 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking
:END:
Tricking : comme avant Workout 45 min
* 2022-02-28 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking
:END:
Butterfly kick Macaco Kicks
* 2022-03-08 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking
:END:
Inner et outer kick Macaco
* 2022-03-09 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking
:END:
* 2022-03-12 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-17
:END:
* 2022-03-13 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-1
:END:
inner 1x15 outer 2x 15 back 1x15 butterfly 1x15 + 1x15 avec demitour
tornado 1x15 + 1x15 avec demitour combo 1x2
* 2022-03-27 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-22
:END:
45min
* 2022-03-28 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-1
:END:
Essai Fei-Lin +/- bkick Bckick pas assez bas !
* 2022-03-29 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-14
:END:
* 2022-03-30 Wed Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-running-1
:END:
20min montée + descente
* 2022-03-31 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-23
:END:
demi-workout, trop fatigué
* 2022-04-09 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-4
:END:
50min au total avec de nombreuses pauses à la montée Perte d'orientation
dans la forêt !
* 2022-04-08 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-19
:END:
Appli. 40min au lieu de 50 car vent + pluie !
* 2022-04-07 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-1
:END:
B-kick surtout et Feilong. Bkick commence à décoller Feilong /= saut !
* 2022-04-10 Sun Tricking, tir à l'arc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-tir-à-larc
:END:
Bkick, petite session car courbature Foret : perdu 1 flèches, cassés 4
* 2022-04-12 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-1
:END:
12min montée douche puis 3min plat puis descente Total 25min
* 2022-04-13 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-1
:END:
* 2022-04-14 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-24
:END:
* 2022-04-16 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-1
:END:
Bkick : commence un peu à venir Feilong : bof Bkick aerial Tornado kick
* 2022-04-17 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-23
:END:
* 2022-04-18 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running-1
:END:
50min avec 6 min de montéé
* 2022-04-19 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-15
:END:
<2022-04-27 Wed> Tricking <2022-04-28 Thu> Workout
* 2022-04-23 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-18
:END:
Échauffement : 10min tricking Demi-session car appli a crashée puis
15min planche avec quelques tractions et pompes en mode planche
* 2022-04-25 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running-2
:END:
7min échauffement tricking 15min course
* 2022-05-02 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-2
:END:
20min, peu de progrès
* 2022-05-03 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-2
:END:
5min montée pentue 12min total
* 2022-05-04 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-23
:END:
Rings :
- warmup : RTO: 5-15-17-8 skin the cat (avec descente lente pour abdo)
L-sit x3 negative muscle-up x3
- muscle-up : 3x1 - 1
- extension 22s
- compression 9s pas plus à cause de la fatigue
* Workout: objectifs d'ici 1 mois
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout-objectifs-dici-1-mois
:END:
Muscle-up : 3x2 FL tucked row : 3x10 Pistols : 3x1 sans appuis Planche
tucked push-up: 3x8
* 2022-05-05 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-2
:END:
Roundkick 15 Reverse roundkick 15 Bkick 15 Tornado kick 15 Fei long 15
* 2022-05-06 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-20
:END:
Handstand : 1 min avec appui, 40s et 30 avec essai décollement L-sit :
5x10 + 3 + 2 RTO 18 15 Muscle-up (anneau sur arbre donc bas) 1+1 - 2+1 -
2 Pistols 3x4 (pause) FL tucked row : 4+2+1 - 5+3+1 - 5+2 Extension 3x22
(pause) Planch tucked push-up 3+2+1 - 4+2+1 Compression 3x9
* 2022-05-07 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-5
:END:
Trail 11km 300m dénivelé ~1h22
* 2022-05-16 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-3
:END:
* 2022-05-19 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-25
:END:
Muscle-up 1 - 2+3x1 - 2+2x1 Pistols Novergian curl
* 2022-05-20 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking
:END:
Bkick 180kick fei long
* 2022-05-22 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-2
:END:
15min seulement
* 2022-05-22 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-24
:END:
- RTO: 40-18
L-sit: 2 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1+1 - 2+1 - 2+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 5+2+1 - 2x{5+3+1}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3x {4+3+1}
Compression: 3x9
* 2022-05-31 Tue Jumprope
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-jumprope
:END:
15min
* 2022-06-01 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-24
:END:
Routine: 3x{1+1} Muscle-upx1 - RTO 1s - Tucked pushed-upx1 - L-sit
(halfway) - negative muscle-up - skin the cat - negative FL
- Compression x3
* 2022-06-02 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-3
:END:
Essai combo
* 2022-06-07 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-3
:END:
Hills run : 1min sprint, 1min descente, 2min repo x5
* 2022-06-09 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-26
:END:
- RTO: 30-10
L-sit: 2-2 Skin-the-cat (avec descente): 2
- Muscle-up 2+1 - 2+1+1 - 2+1+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 7+3+1 - 6+3+1 - 5+3+1
Pistols : 3x4 Planche tucked push-up: 4+1+1 - 4+2 - 3+1+1 Compression:
3*10
* 2022-06-11 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-6
:END:
11km, 1h40. Gennes -> Yamana 3 pause dans la montées, 4 en ville à cause
de la chaleur
* 2022-06-12 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-25
:END:
Haut seulement.
- RTO: ?-?
L-sit: 2x2 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2+1 - 3+1 !! - 3+1 !!
- FL tucked row : 7+3+1 - 6+3+1 - 5+3+1
- Planche tucked push-up: 4+3 -4+3 - 4+2
* Workout: objectifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout-objectifs
:END:
Muscle-up 3x2 validé une fois -> 3x3
* 2022-06-15 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-25
:END:
- RTO: 30-12
L-sit: 12 Skin-the-cat (avec descente): Routine x 3
- 2x{Muscle-up - RTO - planched tucked - L-sit - skin the cat - dragon
flag negative}
Extension- Pistols - Compression:
* 2022-06-19 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-33
:END:
Back to wall x2 Stomach to wall x2
* 2022-06-19 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-26
:END:
- RTO: 30-20
L-sit: 2x2 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2+1 - 2+1+1 - 3+1 !
Extension: 3x22
- FL tucked row : 8+4+1 ! - 7+3+1 - 7+3
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 5+1 ! - 5+1 - 4+1
Compression: 3x10
* 2022-06-22 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-26
:END:
- RTO: 30-20
L-sit: 2x1 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2+1 - 3+1 - 3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x10 !
Pistols : 3x4 Planche tucked push-up: 6+3 - 4+3 - 4+2 Compression:
10-10-9
* 2022-07-07 Thu Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-running
:END:
20min, 10 en montée
* 2022-07-09 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-2
:END:
Basics : kicking
* 2022-07-10 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-27
:END:
RTO 28-18
- Muscle-up 2+1 3+1 3+1 Pistols 3x4 L-sit 2+1 - 1 - 0
- FL 90° 2+2+1 3+2 Planche tucked pushup 4+3 - 5+3 - 6+1 Compression:
10-10-9
* 2022-07-11 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-4
:END:
Basics : kicking
* 2022-07-16 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-3
:END:
30min, basic kicks
* 2022-07-14 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-27
:END:
- RTO: 17-22
L-sit: 3x1 x2 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2+1 - 3+1 - 3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3+2 - 3+1 - 3+1
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 6+1 - 4+2 - 2+2
Compression: 3x9
* 2022-07-17 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-3
:END:
15min jusqu'à la colline, exploration 10min de descente
* 2022-07-18 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-23
:END:
Circuit 3x {2xhaut} - bas
* 2022-07-20 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-2
:END:
Kicks + raize + bkick
* 2022-07-23 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-4
:END:
Kicks + raize + bkick
* 2022-07-24 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-4
:END:
30min avec 8min de montée + 2min Peut augmenter l'intensitée à la montée
!
* 2022-07-25 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-24
:END:
- RTO: 4x1
Skin-the-cat (avec descente): 4x1
- Muscle-up 2+1 - 3+1 - 3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 2+2 - 2+2 - 2+2
Pistols : 4-2-2
- Planche tucked push-up: 5+1 - 5+1 - 5+1
Compression: 3x10
* 2022-07-26 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-1
:END:
Kicks surtout
* 2022-07-31 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-5
:END:
Sprint en montée 2min - 1m10 recup puis 4x1min avec 1min10 récup
* 2022-08-01 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-5
:END:
Kicks
* 2022-08-18 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-4
:END:
Kicks
* 2022-08-19 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-1
:END:
Capoiera intro
* 2022-08-20 sam. Running + parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sam.-running-parkour
:END:
Kong + turn vault Course: 1m30 de sprint sur pente raide, 3min repos,
puis 2x45s avec 2min de repos
* 2022-08-21 dim. Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dim.-workout
:END:
Routine avec 3x3 pistols
* 2022-08-25 jeu. Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: jeu.-workout
:END:
- RTO: 32-20
L-sit: 0 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2-3-3
Extension: 3x22
- FL tucked row : 2+2+1 - 3x2 - 2+2
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3+1 - 3+1+1 - 3+1
Compression: 3x10
* 2022-08-29 lun. Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lun.-tricking
:END:
Front sweep x10 Round front sweep x10 B-kick x5 B-kick aerial x5 Kick
x10 Backup flix x5 Raiz x10
* 2022-09-02 ven. Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ven.-tricking
:END:
Courte session tardive 10 kicks 5 bkicks
* 2022-09-03 sam. Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sam.-tricking
:END:
session difficile... b-kick, b-kick aerial + usual kicks. Max 10 par
type
* 2022-09-04 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-6
:END:
10min + 7min uphill + 10min
* 2022-09-07 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-3
:END:
Kicks, b-kick surtout
* 2022-09-11 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-7
:END:
8min côte sans pause ! +28 min plat et descente
* 2022-09-12 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-6
:END:
kick front, reverse x10 backflip x10 aerial bkick x10 bkick x10
* 2022-09-12 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-7
:END:
kick front, reverse x10 backflip x10 tornado kick x10 raiz x10
* 2022-10-01 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-34
:END:
Walk to HS: 5 Heel puls 1x10 Top puls 1x10 Standalone Kicks: 2x5 (each
side)
* 2022-10-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-28
:END:
Anneau un peu écartés
- RTO: 3x5 - 3x5 Dragon-flag : 3x2 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2 - 2+1 - 2+1 Extension: 3x20
- FL tucked row : 3x{2+2} Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3x{3+3} Compression: 3x9
* 2022-10-01 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-5
:END:
Front 10 Back 10 Bkick 5 Aerial bkick 5 Tornado 10 "Raiz" 10
* 2022-10-05 Wed Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-running-2
:END:
24min dont 8 en côte, intensité moyenne
* 2022-10-06 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-28
:END:
Échauffement 2
Circuit 2x2 muscle-up
- vertical + l-sit + push-up tucked + negative muscle-up + tucked
pulled-up negative dragonflag
* 2022-10-07 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-2
:END:
5 back 5 bkick 5 bkick-aerial 10 front 10 reverse 10 tornado 10
roundabout
* 2022-10-20 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-5
:END:
Bkick 5 Aerial 2x5 Cartwheel 2x5 for aerial Tornado x10 Back x10 Front
x10 Raiz-like x10
* 2022-10-22 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-19
:END:
- RTO: 23-20
L-sit: 0 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1+1 - 2+1 - 3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+1}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3 au sol, 3 anneaux x3
Compression: 3x10
* 2022-10-23 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-8
:END:
8min de montée douce + 59min de course sur du plat (sommet de la
colline)
* 2022-10-25 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-16
:END:
- RTO: 30-20
L-sit: 2x1 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 2+1-3+2-3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x(3+1)
Pistols : 3x5
- Planche tucked push-up: 3x{3+2)
Compression: 3x10 (assis + lever)
* 2022-11-01 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-4
:END:
3min + 45s + 50s + 50s modéré en montée
* 2022-11-04 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-3
:END:
Bkick Aerial x10 Front, back, tornado, raizx10
* 2022-11-05 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-6
:END:
Travaial aerial 20min avec essai progression
[[https://www.youtube.com/watch?v=bf0Wt3H5s6Y&t=36s]]
* 2022-11-06 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-3
:END:
Travail aérial avec progression : quelques progrès Travail macaco
(début)
* 2022-11-07 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-25
:END:
- RTO: 20-16
L-sit: 0 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 3x1 - 2+1+1 - 2+1+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3+1-3+1-1+1
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3x{3+1}
Compression: 3x10 (levé)
* 2022-11-08 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-2
:END:
Aerial progression Bkick x10
* 2022-11-09 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-27
:END:
- RTO: 2
L-sit: 1 Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1+1+1 - 2+1 - 2+1
- FL tucked row : 2+1- 2+1 - 1+1
- Planche tucked push-up: 3+1 - 3+1 - 2+1
* 2022-11-14 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-26
:END:
Circuit 3x{2 haut + bas} NB: première série sans skin the cat ni dragon
flag négative
* 2022-11-20 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-29
:END:
Barre :
- Pull-up : 5 fractionné - 2x6 fractionné
- Handstand en L 3x10
- Dragon flag négative 3x5 fractionné
- Push-up 3x6 fractionné
Puis course : 20min intensité modérée
* 2022-11-21 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-8
:END:
Aerial
* 2022-11-22 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-17
:END:
- RTO: 20-15
L-sit: Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1+1 - 2+1+1 - 3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+1}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 6+3+1 - 5+3+1 - 5+3+1
Compression: 3x10
* 2022-11-24 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-30
:END:
Chest-to-wall 60s 1 leg assisted hold 30s 1 leg switch 45s + 35 Negative
(slow descente) 5-5 Heel pull 8+7 - 7+10 L freestand : 10 essais
* 2022-11-26 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-20
:END:
- RTO: 28-13
Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1-1+1-3+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+1}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 5+3+2 - 5+3+1 - 5+2+2
Compression: 3x10
* Goals
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: goals
:END:
Handstand + press handstand preparation 5min x2 par jour
* 2022-11-27 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-34
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Toe pull 12
- Negative 5
- Heel pull 10
- L freestand 6
* 2022-11-28 Mon Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-handstand-34
:END:
- Chest-to-wall 50s
- Toe pull 10
- Negative 5
- Heel pull 10
* 2022-11-28 Mon Press handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-press-handstand
:END:
- Pancake split 5x5
- Compression: 5x1s
* 2022-11-28 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-9
:END:
Bkick x10 Gumby x5 Roue x5 Tornado x10 Roundhouse x6
* 2022-11-30 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-25
:END:
- Chest-to-wall 47
- Toe pullk 22
- Negative
- Heel pull 20
* 2022-11-30 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-28
:END:
- RTO: 18-13
Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 1+1+1-2+1-2+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 2+1-3+1-3+1
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 2+2+3+2 - 5+2+3-5+2+2+1
Compression: 3x10
* 2022-12-03 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-35
:END:
- Chest-to-wall 60s-47s
- Toe pull 10-13
- Negative 5-5
- Heel pull 6+7 - 11
#+begin_html
<!-- -->
#+end_html
- L handstand 10-10
* 2022-12-03 Sat Press handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-press-handstand
:END:
- Pancake split 5x3 (coin du lit)
- Legs raise 5x3
* 2022-12-04 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-9
:END:
49min : 9min montée, descente puis 7 (?) min de montée. 2min de pause et
redescente
* 2022-12-04 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-35
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Toe pull 18
- Heel pull 15
* 2022-12-05 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-27
:END:
- RTO: 20+10+10+10+10
Skin-the-cat (avec descente): 4
- Muscle-up 1-2+1-2+1-2+1-1+1
Extension: 0
- FL tucked row : 3+1-2+1-2+1
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3+3+3+1 - 3+3+3+1 - 4+3+3
Compression: 3x10
* 2022-12-07 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-4
:END:
Aerial, bkick
* 2022-12-08 Thu Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-handstand-31
:END:
- Chest-to-wall 30s-40s
- Toe pull 12
- Negative 5
- Heel pull 14
- L freestand 3
* 2022-12-11 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-10
:END:
58min, 10min de montée
* 2022-12-10 Sat Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-handstand-36
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Toe pull 10
- Negative 5
- Heel pull 10
- L freestand 10
* 2022-12-11 Sun Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-handstand-36
:END:
- Chest-to-wall
- Toe pull
- Negative
- Heel pull 14
- L freestand
* 2022-12-13 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-33
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Toe pull 12
- Negative 5
- Heel pull 13
- L freestand 10
* 2022-12-13 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-18
:END:
- RTO: 2-8-12-12
Skin-the-cat (avec descente): 4
- Muscle-up (8 neg)-2+(3)-2+1+(3)+1+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+1}
Pistols : 0
- Planche tucked push-up: 4+3+2+1 - 3+2+2+2+1 + 3+3+2+1
Compression: 3x22
* 2022-12-14 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-26
:END:
- Chest-to-wall 60-43
- Toe pull 14 -9+8
- Negative 5 -5
- Heel pull 6+10 - 15
- L freestand 10-10
L-sit x5
* 2022-12-21 Wed Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-handstand-27
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Negative 5
- Heel pull 10x2
* 2022-12-21 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-5
:END:
Travail bkick + aerial + routine
* 2022-12-22 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-29
:END:
- RTO: 30+20+15
Skin-the-cat (avec descente): 3x1
- Muscle-up (négatif) 3x5
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+1}
Pistols : 4-5-4
- Planche tucked push-up: 3x{3+3+2+2}
Compression: 3x10
* 2023-01-03 Tue Handstand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-handstand-34
:END:
- Chest-to-wall 60s
- Toe pull 10+7
- Negative 5
- Heel pull
- L freestand 5
* 2023-01-03 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-5
:END:
Sprint : 8x40s avec 2min repos
* 2023-01-04 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-29
:END:
- RTO: 32-15-13
Skin-the-cat (avec descente): 3
- Muscle-up (négatifs) 3x5
Extension: 3x10
- FL tucked row : 3x{3+1}
Pistols : 4-5-5
- Planche tucked push-up: 3x{5+3+2}
Compression: 3x22
* 2023-01-09 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-4
:END:
Saut de chat, tic-tac
* 2023-01-07 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-7
:END:
Fort de brégille + beauregard. Course en montée pour le premier avec
pauses
* 2023-01-08 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-30
:END:
Circuit 3x2
* 2023-01-09 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-5
:END:
Débloqué tic-tac + atterissage sur mur, kong
* 2023-01-14 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-7
:END:
Traavil enchaînement : font, tornado, b-kick
* 2023-01-18 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-6
:END:
B-kick, aerial, roundhouse
* 2023-01-20 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-21
:END:
- RTO: 30-10-10-10
Skin-the-cat (avec descente): 2-2
- Muscle-up 2x1-3x1-3x1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 2x2 - 2x2 - 3+1
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 4+4+2 - 5+5 - 5+5
Compression: 3x10
* 2023-01-22 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-11
:END:
44min, 10min montée moyenne
* 2023-01-24 Tue Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-parkour-3
:END:
1h30, chat
* 2023-01-25 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-7
:END:
Comboo: scoot + bkick, scoot + aerial
* 2023-02-02 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-30
:END:
Circuit haut du corps seul
- RTO: 30-19-10
Skin-the-cat u: 2+2
- Muscle-up : 3x1-2+1+1-2+1+1-2
- Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{2+2}
- Planche tucked push-up: 5+4+1 + 2{5+5}
* 2023-02-02 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-6
:END:
scoop + bkick scoop + aerial new kick
* 2023-02-03 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-22
:END:
- RTO: 20-10-10
Skin-the-cat (avec descente): 2-2
- Muscle-up 3x1 - 2+1+1 - 2+1+1+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{3+2}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 3x{6+4} !
Compression: 3x9
* 2023-02-06 Mon Parkour
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-parkour-6
:END:
Extérieur, solo Wall-climb mais très en force
* 2023-02-07 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-19
:END:
- RTO: 30-14-14
Skin-the-cat (avec descente): 2x2
- Muscle-up 3x1 - 2+1+1 - 2+1+1
Extension: 3x22
- FL tucked row : 3x{3+2}
Pistols : 3x4
- Planche tucked push-up: 5+5 - 5+4+1 - 5+5
Compression: 3x9
* 2023-02-09 jeu. Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: jeu.-workout-1
:END:
Nouvelle stratégie : on complète les muscle-up par des négatif pour
atteindre 8 répétitions
** Échauffement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: échauffement
:END:
- RTOx3
- Skin-the-cat (avec descente)x2
- Skin-the-cat (avec descente)x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up
:END:
- 1-1-1 + 5 négatif
- 2-1-1 + 4 négatif
- 1-1-1 + 5 négatif
** FL tucked row
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row
:END:
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Planche tucked push-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up
:END:
- 5-4-1
- 5-3-2
- 5-3-2
** Compression
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression
:END:
- 9
- 9
- 9
* 2023-02-13 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-28
:END:
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-1
:END:
- 8 neg
- 3x1
- 5 neg
- 3x1+ 5 neg
** Compression
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-1
:END:
- 1x9
- 1x9
- 1x9
* 2023-02-16 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-31
:END:
** Circuit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: circuit
:END:
Oubilé le tucked pull-up Haut: Muscle-up - Droit - L-sit - Tucked
pushed - Muscle negative - Skin-the-cat - Straddle negative Bas:
pistolsx4 - norwegian curlsx4 - extension x22s - compression x9
- Hautx1 - Basx1
- Hautx1 - Basx1
- Hautx1 - Basx1
* 2023-02-18 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-21
:END:
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-2
:END:
Progrès !
- 4x1 + 4 neg
- 2-1-1-1 + 4 neg
- 2-1-1-1 + 4 neg
** Norwegian curl
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-curl
:END:
- 4
- 4
- 4
** Compression
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-2
:END:
- 1x9
- 1x9
- 1x9
** Push-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: push-up
:END:
- 5-3-2
- 5-3-2
- 5-3-2
** Pull-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pull-up
:END:
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Extension
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension
:END:
- 22
- 22
- 22
* 2023-02-19 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-12
:END:
1h25 ! Jusqu'aux ruines du château de Gennes. Environ 10km
* 2023-02-18 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-22
:END:
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-3
:END:
Progrès !
- 4x1 + 4 neg
- 2-1-1-1 + 3 neg
- 2-1-1-1 + 3 neg
** Compression
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-3
:END:
- 1x9
- 1x9
- 1x9
** Push-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: push-up-1
:END:
- 5-4-1
- 5-5-5
- 5-5-5
** Pull-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pull-up-1
:END:
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Extension
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-1
:END:
- 22
- 22
- 22
* 2023-02-22 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-8
:END:
Cf dernière séance
* 2023-02-24 Fri Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-running-4
:END:
25min
* 2023-02-26 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-31
:END:
** RTO:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto
:END:
20-10-10 (peu de motivation)
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit
:END:
- 5
- 5
- 5
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-4
:END:
- 1-1-1 - 5 négatif
- 2-1-1 - 4 négatif
- 1-1-1 - 4 négatif
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-2
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-1
:END:
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-1
:END:
- 5-5
- 5-5
- 5-5
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-4
:END:
Jambes jointes en pensant à rapproche les genoux = difficile !
- 4-4
- 4-4
- 4-4
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-03-02 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-32
:END:
** RTO:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-1
:END:
10-20-10-10 (peu de motivation)
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-1
:END:
- 5
- 5
- 5
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-5
:END:
- 1-1 - 6 négatif
- 2-1-1 - 4 négatif
- 1-1-1-1 - 4 négatif
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-3
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-2
:END:
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-1
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-2
:END:
- 6-4
- 6-4
- 6-4
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-5
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-1
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-03-07 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-3
:END:
Bkick 5 Aerial 5 front kick 7 aerial + front kick 5 scoot + bkick 5
tornado 5 scoot + aerial 5 feilong 6
* 2023-03-08 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-30
:END:
** Circuit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: circuit-1
:END:
Haut: Muscle-up - Droit - L-sit - Tucked pushed - Muscle negative -
tucked pull up - Skin-the-cat - Straddle negative Bas: pistolsx4 -
norwegian curlsx4 - extension x22s - compression x9 3x1
* 2023-03-10 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-23
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-2
:END:
- 32 23 5
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-2
:END:
- 3x1
- 3x1
- 3x1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-6
:END:
- 2+1+1 + 4 neg
- 2+1+1 + 4 neg
- 2+1+1 + 4 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-4
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-3
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-2
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-3
:END:
- 3+2+2+1
- 3+2+2+1
- 3+2+2+1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-6
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-2
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-03-10 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-24
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-3
:END:
- 16 16 16
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-7
:END:
- 1+1+1 + 5 neg
- 2+1+1 + 4 neg
- 2+1+1+1 + 3 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-5
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-4
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-3
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-4
:END:
- 4+3+2+1
- 4+3+2+1
- 4+2+2+1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-7
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-3
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-03-28 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-4
:END:
Bkick 10 Aerial 10 front kick 10 tornado 10 720 10 940 10 feilong 10
* 2023-03-10 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-25
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-4
:END:
- 28-14-14
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-8
:END:
- 2+1+1 + 4 neg
- 2+1+1 + 4 neg
- 2+1+1 + 3 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-6
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-5
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-4
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-5
:END:
- 1+4x8
- 1+2+2x3
- 1+3x3
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-8
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-4
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-04-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-32
:END:
**lol ;; - - lol
- test
- 3
* 2023-03-31 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-4
:END:
- bkick 5
- aerial 5
- tornado 5
- preparation 540 x5 pour 3 exercices
- frontside 900 x5
- frontside 720 x5
Combo x3 : bkick - tornado - aerial - 720 - raiz
* 2023-04-01 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-23
:END:
Circuit x3
- 1 muscle-up, 1 RTO, 1 L-sit, 1 push-up, 1 negative, 1 pull-up, 1 skin
the cat, 1 straddle
- 4 pistols, 4 norwegian curl
* 2023-04-02 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-13
:END:
45min, 2 montées
* 2023-04-15 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-8
:END:
Trail "Trail'n Loue" 10km 600M de dénivelé 1h30. Pas de pause sur la
montée !! Assez douce
* 2023-04-18 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-5
:END:
- bkick 5
- aerial 5
- tornado 10
- tornado alternative 5
- frontside 720 x5
- backflip 4
* 2023-04-21 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-5
:END:
5 de chaque
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-5
:END:
- 28-15-13
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-3
:END:
- 0
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-9
:END:
- 2+1 - 5 neg
- 2+2 - 4 neg
- 2+1+1- 4 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-7
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-6
:END:
- 3+2 x3
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-5
:END:
- 4x3
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-6
:END:
- 3+3+3+1
- 3+3+2+2
- 3+3+3+1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-9
:END:
- 3x10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-5
:END:
- 3x4
* 2023-04-25 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-6
:END:
Tornado kick x5 Raiz (essai) x 15 -> lever haut le geno u Aerial x 10
avec progression Bkick x10
* 2023-04-26 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-31
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-6
:END:
- 28-15-13
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-4
:END:
- 3x1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-10
:END:
- 2+1+1 - 4neg
- 2+2 - 4neg
- 2+2 - 4neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-8
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-7
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-6
:END:
- 3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-7
:END:
- 3+3+3+1
- 3+3+2+2
- 3+3+3+1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-10
:END:
- 3x10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-6
:END:
- 3x5
* 2023-04-30 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-33
:END:
Circuit : haut seulement 3x2
* 2023-05-01 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-10
:END:
Tornado 10 Raiz 15 Bkick 5 Aerial 5 Combo 4
* 2023-05-02 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-20
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-7
:END:
- 28
- 13
- 13
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-5
:END:
3x1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-11
:END:
- 3x1 + 4 neg
- 3+1 (!) + 4 neg
- 3+1 (!) + 4 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-9
:END:
3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-8
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-7
:END:
3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-8
:END:
- 3x3+1
- 3x3+1
- 4+4+2
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-11
:END:
-3x10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-7
:END:
- 3x4
* 2023-05-15 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-11
:END:
Film :
- bkick : jambe non tendue!!
- tornado kick: mettre pied plus parallèle au sol
- raiz
* 2023-05-16 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-21
:END:
Circuit 3x3 !
* 2023-05-17 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-9
:END:
Travail Bkick + aerial Bkick: jambe pliée...
* 2023-05-18 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-7
:END:
Progression de MasteringTricking (youtube) Bkick =
- bridge
- "superman"
- saut à 1 pied
Aerial = "blaster scoop"
- essai sans les mains mais non concluant
* 2023-05-19 Fri Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-workout-26
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-8
:END:
30-15-15
** Skin-the-cat (avec descente): 3x3
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: skin-the-cat-avec-descente-3x3
:END:
** Muscle-up (!)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-12
:END:
- 2x2+4 neg
- 2x2+4 neg
- 2x2+4 neg
** Extension
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-10
:END:
3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-9
:END:
3+2 3+2 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-8
:END:
3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-9
:END:
2x4+2 2x4+2 2x4+2
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-12
:END:
3x10
* 2023-05-22 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running-3
:END:
35min, modéré
* 2023-05-24 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-32
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-9
:END:
15-27-15-15
** Skin-the-cat (avec descente): 3x3
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: skin-the-cat-avec-descente-3x3-1
:END:
** Muscle-up (!)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-13
:END:
- 2x2+1 + 4 neg
- 2x2+4 neg
- 2x1+4 neg
** Extension
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-11
:END:
3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-10
:END:
3+2 3+2 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-9
:END:
3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-10
:END:
2x4+2 2x4+2 2x4+2
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-13
:END:
3x10
* 2023-05-27 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-9
:END:
55min. 2 pauses dans la 2eme montée
* 2023-05-28 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-34
:END:
Barre de traction
** Pull-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pull-up-2
:END:
- 4+2 + 4 neg
- 5+3 + 4 neg
- 5+2@1 + 4 neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-12
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-11
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-10
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-11
:END:
- 5+4+1
- 5+5
- 5+5
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-14
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-8
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-05-29 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-12
:END:
Bkick : 20 sauts 1 pied Aerial : 10 entraineemt + 10 sur herbe 5 tornado
* 2023-05-30 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-22
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-10
:END:
- 30
15 15
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-6
:END:
- 3x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-14
:END:
- 2+1+1+1 3 neg
- 2+1+1 4neg
- 2+1+1 4neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-13
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-12
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-11
:END:
- 3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-12
:END:
- 5+5
5+5 5+3+2 (contrôle forme)
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-15
:END:
- 3x10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-9
:END:
- 3x4
* 2023-06-03 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-8
:END:
Warmup :
- 2x3 bridges
- raising a single leg x3
- 2x15 leg raises
Bkick: 10 single leg jump, 5 tries of "crossing the lges" 10x aerial +
10 wheel
* 2023-06-04 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-14
:END:
6 sprint intensité modée en montée Temps de repos = temps de course
2min - 1m15 - 4x1min
- descent
* 2023-06-13 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-23
:END:
Circuit 3x3 !!
* 2023-06-19 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-29
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-11
:END:
- 30
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-7
:END:
- 3x1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-15
:END:
- 3x8 (négatif)
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-14
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-13
:END:
- 3x{3+2}
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-12
:END:
- 3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-13
:END:
- 5+3+2
- 4+3+3
- 4+3+3
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-16
:END:
- 7-10-12
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-10
:END:
- 3x4
* 2023-06-24 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-24
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-12
:END:
- 30
- 15
- 15
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-16
:END:
- 3x{2+2 + 4neg)}
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-15
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-14
:END:
- 3x{3+2}
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-13
:END:
- 3x4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-14
:END:
- 3+3+3+1
- 4⁺4+2
- 4⁺4+2
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-17
:END:
- 3x10
* 2023-06-26 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-30
:END:
Circuit : oublie pompe mais forme correcte sinon 3x2 Jambes
* 2023-07-02 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-35
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-13
:END:
- 30
- 20
- 15
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-8
:END:
- 3x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-17
:END:
- 2x2 + 4
- 2x2 + 4
- 2x2 + 4
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-16
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-15
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-14
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-15
:END:
- 5
- 5
- 5
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-18
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-11
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-07-10 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-31
:END:
Circuit x2 (complet)
* 2023-07-20 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-33
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-14
:END:
- 28-15-13
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-18
:END:
- 2+2 + 4neg
- 2+2 + 4neg
- 2+2 + 4neg
>>>>>>> c5617e91d4ddc0df3f9d79ae8b159f2f1b21e284
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-17
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-16
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-15
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-16
:END:
- 5+5
- 5+5
- 5+5
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-19
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-12
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-07-22 Sat Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-running-10
:END:
1h10
* 2023-07-23 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-36
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-15
:END:
- 30
- 15
- 15
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-9
:END:
- 3x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-19
:END:
- 2x2 + 4neg
- 2x2 + 4neg
- 2x2 + 4neg
* 2023-07-27 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-34
:END:
Circuit x3 haut + bas. Pour 2e et 3e répétion essai
- RTO 3s
- L-Sit 2S
- push-up x2
* 2023-07-31 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-32
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-16
:END:
- 30
- 15
- 15
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-20
:END:
- 2+2 - 4neg
- 2+2 - 4neg
- 2+2 - 4neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-18
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-17
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-16
:END:
- 4
- 4
- 4
Essai: moins tenir la barre
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-17
:END:
- 5+5
- 5+5
- 5+5 Style à travailler
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-20
:END:
- 10
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-13
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-08-06 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-37
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-17
:END:
- 30-16-16
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-21
:END:
- 2+2 - 4neg
- 2+2 - 4neg
- 2+2 - 4neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-19
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-18
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-17
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-18
:END:
- 5+5
- 5+5
- 5+5
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-21
:END:
- 9
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-14
:END:
- 4
* 2023-08-08 Tue Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-tricking-7
:END:
kick 25x2 roundhouse kick x2 each side x25 cartwheel x15
* 2023-08-12 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-9
:END:
- 25 tornado (each side)
- 25 hook kick (each side)
- 10 cartwheel
* 2023-08-13 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-38
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-18
:END:
- 30
-16
- 15
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-22
:END:
- 2+2+1 - 3neg
- 2+2+1 - 3neg
- 2+2+1 - 3neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-20
:END:
- 22
- 22
- 22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-19
:END:
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-18
:END:
- 4
- 4
- 4
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-19
:END:
- 5+5 avec meilleure forme
- 5+5 avec meilleure forme
- 5+5 avec meilleure forme
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-22
:END:
- 9
- 10
- 10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-15
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-08-13 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-4
:END:
Front kick 25x2 Side kick 25 Macaco x5 Travail tornado kick (début)
* 2023-08-15 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-6
:END:
Sprint: 8x40s, 2min repos
* 2023-08-15 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-24
:END:
Circuit 3x{1+1} Position : 2s (sauf RTO = 5), répétitions x1
* 2023-08-16 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-10
:END:
25 front kick 15 crescend (font + back) 26 hook kick, 5+5 tornado kick
progression 10 cartwheel
* 2023-09-04 Mon Core
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-core
:END:
- gainage face 60s
- gainage côté 60s
- gainage 1 bras 60s
- hollow hold 36+25
- superman 60S
- tuck+pike+saddle :
- 8
- 4+4
* 2023-09-04 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running-4
:END:
25min easy
* 2023-09-06 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-11
:END:
2x: Front kick 25 Side kik 25 Sweep 25 Roundhouse 15
* 2023-09-07 Thu Core
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-core
:END:
- gainage face 60s
- gainage côté 60s
- gainage 1 bras 40s
- hollow hold 40+20
- superman 60
- tuck+pike+saddle :
- 8
- 8
* 2023-09-07 Thu Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-running-1
:END:
30min, facile
* 2023-09-09 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-10
:END:
Side kick : 25 Tornado kick : 25 round kick 25 Hook kick : 25
* 2023-09-10 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-15
:END:
48min + 10marche/cours dans le noir + 2min.
* 2023-09-11 Mon Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-tricking-13
:END:
Enchainement side kick-tornado-sweep-front-pack
* 2023-09-12 Tue Core
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-core
:END:
- gainage face 60s
- gainage côté 60s
- gainage 1 bras 40s
- hollow hold 30+15+20
- superman 60
- tuck+pike+saddle :
- 8
- 5+3
* 2023-09-12 Tue Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-running-7
:END:
30min
* 2023-09-16 Sat Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-tricking-11
:END:
Side kick 25 Roundhouse + back 25 (!) Jumped front : 7 Tornado 25
Crochet 25
* 2023-09-17 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-16
:END:
1h35 ! (Gennes-Château)
* 2023-09-22 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-6
:END:
Side 25 Back and roundabout 25 Tornado 25 Jump front 15 Hook 25
* 2023-10-01 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-17
:END:
46min + 5min de pause
* 2023-10-02 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-33
:END:
Circuit pour reprise
- Negative muscle up x5
- pistol x5
- tucked (!) 3+2
- supermain 22s
- compression x10
* 2023-10-05 Thu Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-tricking-8
:END:
- Side kick x25
- Bkick (jump single leg) 12+13
- Roundhous kick (back+front) 12+13
* 2023-10-05 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-35
:END:
Muscle-up :
- negatif x5
- negatif x5
- negatif x5
Pistols
- 4
- 4
- 4
Norwegian roll
- 3
- 4
- 4
* 2023-10-07 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-25
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-19
:END:
- 33-15-15
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-10
:END:
- 0
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-23
:END:
- 3x1+2neg
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-21
:END:
- 3x22
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-20
:END:
- 3x{3+2}
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-19
:END:
- 3 (avec peu d'appui)
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-20
:END:
- 3x2 (travail forme)
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-23
:END:
- 3x10
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-16
:END:
- 3x3 (en forçant)
* 2023-10-08 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-18
:END:
medium 35min (+5marche dans les ronces)
* 2023-10-10 Tue Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-workout-25
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-20
:END:
- 35
- 20
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-24
:END:
- 2+1+1
- 2+1+1
- 2+1+1
- 2+1+1
- 2+1+1
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-20
:END:
- 3
- 3
- 3
- 3
- 3
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-17
:END:
- 3
- 3
- 3
- 3
- 3
* 2023-10-11 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-12
:END:
Bkick (amélioration avec exercices) + crampes
* 2023-10-15 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-19
:END:
Sprint 7x30s 2min repos
* 2023-10-19 Thu Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-workout-36
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-21
:END:
- 30
- 27
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-22
:END:
- 25
- 25
- 25
- 25
- 25
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-21
:END:
- 2+2+1
- 2+2+1
- 2+2+1
- 2+2+1
- 2+2+1
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-21
:END:
- 3x2+1+1
- 2+2+2+1
- 3+2+2+1
- 3x2+1+1
- 4x2+1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-24
:END:
- 10
- 10
- 10
- 10
- 10
* 2023-10-20 Fri Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fri-tricking-7
:END:
Tornado 20 Bkick front only 20 Side kick 25 Front 20
* 2023-10-22 Sun Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-workout-39
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-22
:END:
- 33-24
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-11
:END:
-
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-25
:END:
- 1
- 2-1-1
- 2-1-1
- 1-1-1
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-21
:END:
- 3
- 3
- 3
** Norwegian roll
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norwegian-roll-18
:END:
- 3
- 3
- 3
* 2023-11-04 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-26
:END:
Plus espacés, sur arbre (nouveau logement)
** RTO 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-10-1
:END:
- 10-10-10
- 10-10-10
- 10-10-10
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-12
:END:
- 1
- 1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-26
:END:
- 1-1-1
- 1-1-1
- 1-1
- 1-1-1
- 1-1-1
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-22
:END:
- 4
- 4
- 4
- 4
- 4
* 2023-11-06 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-34
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-23
:END:
- 13-13
- 13-13
- 12-10
** Extension:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extension-23
:END:
- 25
- 25
- 25
- 25
- 25
** FL tucked row :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fl-tucked-row-22
:END:
- 3-2
- 3-2+1
- 3-2
- 3-2
- 3-2
** Planche tucked push-up:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: planche-tucked-push-up-22
:END:
- 2-2-2-2-2
- 3-2-2-2-1
- 3-2-2-2-1
- 3-2-2-2-1
- 3-2-2-2-1
** Compression:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: compression-25
:END:
- 10
- 10
- 10
- 10
- 10
-
* 2023-11-13 Mon Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-workout-35
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-24
:END:
- 14
- 14
- 14
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-13
:END:
- 1-1
- 1-1
- 1-1
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-27
:END:
- 3x1
- 3x1
- 3x1
- 3x1
- 3x1
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-23
:END:
- 4
- 4
- 4
- 4
- 4
* 2023-11-14 Tue Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics
:END:
- Trampoline: travail position droite + position en l'air Cheval
d'arçon :: 3/4 tour sur champignon Bar asymétrique : travail balancer
* 2023-11-14 Tue Gymnastics - Goals (1 month)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics---goals-1-month
:END:
- Cheval d'arçon : 2 tour champignon
- barre asymétrique : balancier 180°
- trampoline : front + backfilp propre
* 2023-11-14 Tue Gymnastics - Goals (5 month)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics---goals-5-month
:END:
- Cheval d'arçon : 1 tour anneau
- barre asymétrique : soleil
- trampoline : double front + double backflip propre
* 2023-11-16 Thu Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-gymnastics
:END:
- Cheval d'arçon : 3/4 tour !
- Barre asymétrique : "enroulement" arrière ok (mais style à travailler)
- Trampoline : travail salto à hauteur maximale
* 2023-11-18 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-27
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-25
:END:
- 26
- 16
- 16
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-14
:END:
- 3x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-28
:END:
Négatif
- 10
- 10
- 10
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-24
:END:
- 4
- 4
- 4
* 2023-11-19 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-20
:END:
ih10, faible inclinaison, forêt. Arrêt pour cause d'ampoule
* 2023-11-21 Tue Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics-1
:END:
2h.
- Barre asymétrique :
- travail balancé très doux pour ne pas de faire mal à l'épaule
- front flip : 80% rotation
- trampoline: déclencher salto au sommet du saut : travail saut de côté,
tombé en arrir
- Champignon: 1 tour complet !
* 2023-11-25 Sat Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sat-workout-28
:END:
** RTO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rto-26
:END:
- 20
- 15
- 15
** L-sit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: l-sit-15
:END:
- 3x2
** Muscle-up
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: muscle-up-29
:END:
- 1-1-1
- 1-1
- 1-1-1
- 1-1-1
- 1-1-1 (avec un peu de kipping...)
** Pistols :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pistols-25
:END:
- 3x4
* 2023-11-26 Sun Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-running-21
:END:
53min avec 1 petite montée
* 2023-11-29 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-13
:END:
540: travail cheat setup (20) et tornado (20) b-kick : jeté jambe 20
* 2023-11-30 Thu Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-gymnastics-1
:END:
- "Roulade" avant barre symétrique : plutôt en force mais commence à
passer
- 540 : travail
- trampoline : travail exercices de base
- champignon: 1 tour !
* 2023-12-03 Sun Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sun-tricking-5
:END:
- B-kick
- Tornado kick
* 2023-12-05 Tue Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics-2
:END:
- Cheval d'arçon: 1 tour
- Barre: 2 tour en avant ~ ok
- trampoline
* 2023-12-06 Wed Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-workout-33
:END:
Circuit avec pause à la fin d'un cycle. 3x le cycle suivant =
- Muscle-up (avec un peu de kipping et pas de négatif) 3x1
- Pistols 4
- Tucked planche 3+2
- extension 25
- compression 10
- push-up tucked: 1+2+2+2
* 2023-12-07 Thu Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-gymnastics-2
:END:
- Cheval d'arcon : 1 tour+epsilon
- Barre: roulade avant ok avec elan
- Trampiline : mal nuque
* 2023-12-11 Mon Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mon-running-5
:END:
37min, 2 montées
* 2023-12-12 Tue Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-gymnastics-3
:END:
- Barre : 2 tours ~ OK
- Cheval d'arçon : 1tour +
- Trampoline
* 2023-12-13 Wed Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wed-tricking-14
:END:
Tornado: 15 saut + 5 tornado Bkick 10
* 2023-12-14 Thu Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thu-gymnastics-3
:END:
- Cheval d'arçon: 1 tour max
- Barre: travail roulade avant
- Trampoline : techniqe backflip (progression)
* 2024-01-28 Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout
:END:
- Muscle-up :
- 2+1+1 + 2neg
- 2+1+1 + 2neg
- 2+1+1+1 +1neg
- Pistols 3x4
- tucked planche 3x{3+2}
- pushed-up tucked : 3x{5x2}
- extension 3x22
- compression 3x10
* 2024-02-05
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section
:END:
Tricking - bkick - aerial - tornado
* 2024-02-10 Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout-1
:END:
- Muscle-up :
- 2+1+1
- 2+1+1
- 2+1+1
- Pistols 3x4
- tucked planche 3x{3+2}
- pushed-up tucked : 3x{3+3+3+1}
- extension 3x22
- compression 3x10
* 2024-02-11 Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: running
:END:
1h10
* 2024-02-24 Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout-2
:END:
- Muscle-up :
- 1+1+1+ 5 neg
- 2+1+ 5neg
- 2+1+1 + 4neg
- Pistols 3x4
- tucked planche 3x{3+2}
- pushed-up tucked : 2x{3+3+3+1} - 1+3+3+2+1
- extension 3x22
- compression 3x10
* 2024-02-25 Running
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: running-1
:END:
1h12 course
* 2024-03-07 Gymnastics
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gymnastics
:END:
Front flip Barre asymétrique Cheval d'arçon: pas de progrès
* 2024-03-08 Tricking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tricking
:END:
Travail aériel à partir d'une roue... Juste une roue en fait :/
* 2024-04-13 Workout
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: workout-3
:END:
It has been a long time... - Muscle-up : - 2+1+1+ 4 neg - 2+1+1+ 4 neg -
2+1+1+ 4 neg - Pistols 3x4 - tucked planche - 3+2 - 3+3 - 3+3 -
pushed-up tucked : - 2+2+3+3 - 2+3+3+3 - 4+3+3 - extension 3x22 -
compression 3x10 (plus haut que d'habitude)
* 2024-05-05 Bike + walking
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bike-walking
:END:
- 54min vélo : les bons -> parking fort de la batterie
- 25min marche parking -> fort
#+filetags: personal
* Freeze avec cat, less, vim...
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: freeze-avec-cat-less-vim
:END:
Changer le MTU avec doas ifconfig XXX mtu 1300
* 2012 Croatie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: croatie
:END:
* 2015 Japon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: japon
:END:
Laure
* 2016 New York
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: new-york
:END:
Post-doc puis visite de New-York Restaurant : - New YorkRamen (ROKC) -
Éthiopien (assibybian) - Soulfood (Jacob restaurant) - Ukrainien
(velsetska) - Pizza (NY supreme pizza) - Okonomiyaki (otafuku) -
Doughnut (doughnut plant) - Chinese (dim sum palace) - Vietnamien
(Saigon shack) - West African (B&B) - Cheesecake (Eileen) - Tacos (Los
tacos 1) - Vegan burger (by Chloe) - Bagel (Murray's bagel ) - Caribbean
(Freda's - Caribbean) - BBQ (dinosaur BBQ) - Pastramini (katz's) -
Indonesian (Java)
* 2016-12 États-Unis
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: états-unis
:END:
- San Francisco 2 December
- Yosemite 3 December
- Death Valley 4 December
- Las Vegas 6 December
* 2020-09 Espagne
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: espagne
:END:
* 2023-07 Lac majeur
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lac-majeur
:END:
* Mazda 5
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mazda-5
:END:
- [X] Embrayage ~70 000km
- [X] Amortisseurs ~80 000km
- [X] Vidange 84 800km
- [X] Filtre à air 96 900km
- [X] Injecteurs à ~105k
- [X] Vidange 115 000km
- [X] courrier de distribution 145 000km
#+filetags: pc
Raspberry:
- disque dur externe en ZFS monté sur /media
- torrents : books, music
- nzbget data dans nzbget, movies
- git-annex data dans data.git (besoin de cloner)
Fixe
- 1 disque FreeBSD en ZFS (zroot) dupliqué sur 2 disques
- 1 disque pour la musique en ZFS (data)
- 1 disque Gentoo
Git-annex
- dépôt central sur le raspberry
- 2 remotes : disque Gentoo and disque FreeBSD
Configuration Rtorrent
directory.default.set = ~/downloads schedule2 =
watch.directory,5,5,load.start=~/downloads/watch/rtorrent/*.torrent
network.port_{range}.set = YYYYY network.port_{random}.set =no
pieces.hash.on_{completion}.set = no pieces.hash.on_{completion}.set =
no trackers.use_{udp}.set = yes encryption =
allow_{incoming},enable_{retry},try_{outgoing} dht.mode.set = disable
protocol.pex.set = no network.http.ssl_{verifypeer}.set = 0 encoding.add
= UTF-8 network.xmlrpc.size_{limit}.set = 2097152
system.file.max_{size}.set = -1 session.path.set = ZZZ
network.bind_{address}.set = XXXX network.scgi.open_{port} = XXXX
execute2 = YYYY
```
# Gentoo + sway
Installer proton-mail-bridge
Configurer pass
Installer gnome-keyring ??
* Gentoo + sway
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gentoo-sway
:END:
Installer proton-mail-bridge Configurer pass Installer gnome-keyring ??
Group protonmail
Channel pm-inbox
Channel pm-sent
* Synchronisation des mails avec mBsync
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synchronisation-des-mails-avec-mbsync
:END:
#+begin_example
IMAPAccount protonmail
Host 127.0.0.1
Port 1143
User MYUSER
Pass BRIDGEPASS
SSLType STARTTLS
# Export it with the cli and "export-tils" followwed by a path to a directory
CertificateFile \~/.config/protonmail/bridge-v3/cert.pem
IMAPAccount proton
Host 127.0.0.1
Port 1143
User USER
Pass PASSWD
SSLType STARTTLS
SSLVersions TLSv1.2
CertificateFile \~/.config/protonmail/bridge/cert.pem
IMAPStore proton-remote
Account proton
MaildirStore proton-local
Subfolders Verbatim
>
Path \~/mail/proton/
>
Channel proton Far :proton-remote: Near :proton-local: Patterns \*
Create Both Expunge Both SyncState \*
IMAPStore pm-remote
Account protonmail
Échec de la configuration de SMTP directement dans aerc ou neomutt. Le plus simple est d'utiliser msmtp
IMAPAccount proton
Host 127.0.0.1
Port 1143
User USER
Pass PASSWD
SSLType STARTTLS
SSLVersions TLSv1.2
CertificateFile \~/.config/protonmail/bridge/cert.pem
account proton
host 127.0.0.1
port 1025
from USER@proton.me
user USER@proton.me
password BRIDGEPASS
auth login
* Client mail
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: client-mail
:END:
Échec de la configuration de SMTP directement dans aerc ou neomutt. Le
plus simple est d'utiliser msmtp
[Proton]
source = notmuch://~/mail
query-map = ~/.config/aerc/map.conf
outgoing = msmtp
default = INBOX
from = "Alexis Praga" <alexis.praga@proton.me>
copy-to = Sent
cache-headers = true
start-tls = false
** Aerc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aerc
:END:
Activer le flag notmuch lors de l'installation (gentoo). Configuration :
suivre le tutorial et éditer ~/.config/aerc/account.conf
#+begin_example
[Proton]
source = notmuch://~/mail
query-map = ~/.config/aerc/map.conf
outgoing = msmtp
default = INBOX
from = "Alexis Praga" <alexis.praga@proton.me>
copy-to = Sent
cache-headers = true
start-tls = false
#+end_example
- Décembre 2023 Dermato :
- finastéride : efficacité tès modeste (+10% densité cheveux) : préféer
minoxidil Hépato-gastro :
- éviter argiles car polluées par le plomb (Smecta) pour diarrhée, RGO.
RGO non compliqué : Gaviscon (antiacide sans argile)
- neuroleptique antiémétique : métoclopramide (Primpéran) plutôt que
dompérindone, dropérido, métopimazine (Vogalène) Pneumo
- éviter Toplexil pour la toux (anthistaminique H1, EI disproportionné).
Au pire, dextrométhorphane (opiode)
- éviter décongestionnaire (vasoconstricteurs, eg éphédrine)
- éviter bupropione pour sevrage (nicotine faute de mieux)
#nix # Nouveau paquet
https://github.com/NixOS/nixpkgs/blob/master/pkgs/README.md
** Bonnes pratiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bonnes-pratiques
:END:
- Formatteur officiel (en cours d'adoption le 28 mars 2024,
https://discourse.nixos.org/t/call-for-testing-nix-formatter/39179/5)
#+begin_src sh
nix profile install nixpkgs#nixfmt-rfc-style
nixfmt package.nix
#+end_src
- éviter =rec= : =finalAttrs= plutôt
https://nixos.org/manual/nixpkgs/unstable/#mkderivation-recursive-attributes
- Source
- mettre=pname= en dur dans =fetchFromGithub=
https://github.com/nix-community/nixpkgs-lint/issues/21
- utiliser =hash= plutôt que =sha256=
https://nixos.org/manual/nixpkgs/stable/#fetchurl
- version = "unstable-YYYY-MM-DD" s'il n'y a pas de version ##
Variables
- nativeBuildInput : si exécuté durant le build (ex: cmake)
- buildInputs : si utilisé à l'exécution ou ajouté dans la sortie (ex:
zlib). Attention, il peut falloir ajouter aux 2 ! ## Tests Les
nouveaux paquets sont dans pkg/by-name Tester dans nixpkgs qu'il
compile
#+begin_example
nix-build -A mypackage
#+end_example
Tester les dépendances
#+begin_example
nix-shell -p nixpkgs-review --run "nixpkgs-review rev HEAD"
#+end_example
Regarder les variables d'environement :
#+begin_example
env
#+end_example
* Débugger un paquet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: débugger-un-paquet
:END:
[[file:Débugger%20un%20paquet%20nix.md][Débugger un paquet nix]]
* Astuces
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: astuces
:END:
** Problèmes de drivers graphiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: problèmes-de-drivers-graphiques
:END:
Utiliser nixGL https://github.com/nix-community/nixGL si l'on n'utilise
pas nixos.
# Acide-base
3 mécanisme de défense :
- tampon = quelques secondes (combine à une acide ou base)
- poumon = quelques minutes (supprimer CO~2~)
- rein = quelques heures/jours (excrète urine acide/alcaline)
## Tampon
Buffer + H^+^ ↔ H Buffer
### Bicarbonate
$CO_2 + H_2O \leftrightarrow H_2 CO_3 \leftrightarrow H^{+} + HCO_3^{-}$
avec carbonic anhydrase (alvéoles pulmonaires, )
- Acidose : tampon du H^+^ de l'acide avec HCO~3~^-^ pour produire
CO~2~ et H~2O~. Le CO~2~ est éliminé par le poumon. Exemple : HCl
-\> H^+^ + Cl^-^
- alcalose : tampon du OH^-^ avec H~2~ CO~3~ pour former du HCO~3~^-^,
qui sera excrété au niveau rénal
*NB*: le CO~2~ dans le sang est proportionnel à la pCO~2~: CO~2~ =
0.03 p~CO~2~~
**C'est le tampon extracellulaire le plus important.** En effet,
l'efficacité est maximale pour pH = pK mais le pK est à 6.1 pour un pH
extracellulaire de 7.4. Ce paradoxe est résolu par la régulation du pH
extracellulaire par les reins et les poumons.
### Phosphate
- Si acidose : acide remplacé par NaH~2~ PO4 (acide plus faible)
- Si alcalose : base remplacé par Na2H PO4 (base plus faible)
Le pK est proche du pH 6.8 vs 7.4 mais la concentration extracellulaire
est faible donc la capacité de tampon est moindre que celle des
bicarbonates. **Il est très important dans les tubules rénaux** :
concentration impportante de phosphate à cet endroit et le pH est
nettement diminué (proche du pK donc idéale)
### Protéines
60-70% du tampon total se fait dans le cellules et la plupart vient des
protéines intracellulaire
Le pH intracellulaire \"suit\" le pH extracellulaire dans les heures qui
suivent (diffusion lentes H^+^ et HCO~3~-)
## Respiration
Le CO~2~ est formé de manière continue par les processus métaboliques
intracellulaires. Il va ensuite diffuser dans le sang et liquides
interstitiels puis transporté dans les alvéoles. La ventilation
pulmonaire va le transférer dans l'atomosphère.
- Acidose -\> Hyperventilation -\> diminution CO~2~ -\> diminution
H^+^ -\> alcalose. Doublement de la fréquence respiratoire = pH +
0.23
- Alcalose -\> hypoventilation mais moins efficace car l'hypoxémie
active les chémorecepteurs qui vont stimuler la respiration
La réponse respiratoire est efficace à 50-70%. Elle este 1 à 2x plus
efficace que les tampons extra-cellulaire. Évidemment, réponse diminuée
par une anomalie de la fonction respiratoire (emphysème...)
## Rénal
Production d'acides non volatiles (protéines surtout) qui ne sont pas
éliminables par la respiration Le rein doit également éviter la perte de
bicarbonates -\> quasiment tout est réabsorbé. Pour cela, il faut une
excrétion de H^+^ pour réabsorber le HCO~3~^-^ filtré
Alcalose -\> diminution sécrétion H^+^ -\> diminution réabsorption
bicarbonates Acidose -\> augmentation sécrétion H^+^ -\> augmentation
réabsorption et production des bicarbonates
### Sécrétion H^+^ et réabsorption bicarbonates
**Pour chaque bicarbonates réabsorbé, il faut produire un H^+^**
90% tubule proximal
Pour réabsorber les bicarbonates, ils vont être combinés aux H^+^
sécrétes,form ant du H~2~ CO~3~, décomposé en CO~2~ et H~2O~. Le CO2 va
pouvoir passer la membrane tubulaire et converti en HCO~3~^-^ qui va
être réabsorbé dans le sang: via le Na+ - HCO~3~- (tubule proximal) ou
Cl- HCO 3\^- (autres parties)
![](../images/biochimie/tubule-secretion-proton.png "Sécrétion H^{+} et réabsorption bicarbonates : tubule"){#Sécrétion H^{+} et réabsorption bicarbonates : tubule}
**Le bilan net d'une excrétion d' H^+^ est donc seulement la
réabsorption de HCO~3~^-^** En temps normal, il y a un légèr excès
d'excrétion H^+^ sur HCO~3~^-^ dans les tubules. H^+^ est combiné avec
les phosphates et l'ammoniaque.o Si HCO~3~^-^ \> H^+^ dans les urines,
il est excrété. Si H^+^ \> HCO~3~^-^ dans les urines, il est excrété
avec phosphate et ammionaque.
Il y a un second type de cellule qui permet d'excréter du H^+^ avec une
pompe \"active\" plutôt qu'un contre-transport. Ce mécanisme produit peu
de quantité d'H^+^ mais permet de concentrer forcement les ions H^+^
![](../images/biochimie/tubule-secretion-active.png "Sécrétion active H^{+} : tubule"){#Sécrétion active H^{+} : tubule}
### Génération de HCO~3~^-^
Une fois que tous le HCO~3~^-^ a été réabsorbé, l'excès de H^+^ se
combine avec le phosphate HPO~4~\^=
![](../images/biochimie/tubule-phosphate.png) **Quand un H^+^
supplémentaire se combine avec autre chose qu'un bicarbonate, il y a un
gain net d'un bicarbonate**
La plupart du phosphate est réabsorbé donc le tampon se fait surtout via
l'ammoniaque (NH3 et ion NF3)
Dans le tubule proximale, NH~4~^+^+ est synthétisé depuis la glutamine
(métabolisme des acide aminés dans le foie) selon : glutamine -\>
2NH~4~^+^ + 2 HCO~3~^-^ Les 2 NH~4~^+^+ sont sécrétés et les 2
bicarbonate sont réabsorbés, **créant de nouveaux bicarbonates**
![](../images/biochimie/tampon-ammoniaque.png)
Dans le tubule collecteur, le H^+^ va se combiner avec NH~3~ pour former
du NH~4~^+^
**Pour l'acidose chronique, l'excrétion de NH~4~^+^ est le mécanisme
dominant**
### Calcul net
Excrétion d'acide par le rein = excrétion NH~4~^+^ + buffer non
bicarbonate et non ammonique - réabsorbtion H^+^ dans le sang =
excrétion NH~4~^+^+ {buffer autre que les bicarbonate et l'ammoniaque} -
excrétion HCO~3~^-^
- Acide = excrétion \> 0
- Alcalose = excrétion \< 0
### Régulation sécrétion H^+^
Il en faut suffisament pour réabsorber le HCO~3~^-^ filtrer et excréter
NH~4~^+^+ (acide non volatide)
- Alcalose : diminution sécrétion H^+^ pour réabsorber moins de
HCO~3~^-^
- Acidose : augmentation sécrétion H^+^ pour réabsorber tout le
HCO~3~^-^ et pouvoir excréter des H^+^ (donc augmenter les
HCO~3~^-^)
Sécrétion H^+^ augmentée par
1. augmentation pCO~2~
2. diminution \[H^+^\] extracellulaire
3. hypersécrétion aldostérone (donc alcalose en pratique)
4. Stimulation réabsorbtion sodium (réabsorbé en même temps):
hypovolymie, diminution angiotensine
5. Hypokaliémie
Diminuée par l'inverse
### Cause et correction
Acidose
- métabolique : du à diminution \[HCO~3~^-^ extracellulaire\]
- respiratoire : augmentation pCO2 extracellulaire (stimule sécrétion
H^+^)
-\> chronique: augmentation production NH~4~^+^+ (donc augmentation
excrétion H^+^ et ajout HCO~3~^-^ sang). si métabolique, les poumons
aident à corriger
Alcalose =
- respiratoire : causé par diminution pCO~2~ plasmatique
(hyperventilation). Réponse: diminution sécrétion H^+^ -\>
augmentation excrétion rénale HCO~3~^-^ car ne peut être réabsorbé
- métabolique : diminution \[H\^+\] causé par une augmentation de
\[HCO~3~\^+\]. Réponse : hypoventilation (dimine partiellement pH) +
augmentation filtration HCO~3~^-^
### Étiologies
- Acidose respiratoire : hypoventilation (obtsruction respiratoire,
atteinte centre respiratoire...)
- Alcalose respiratoire : hyperventilation (psy, altitude)
- Acidose métabolique:
- acidose rénale tubulaire : diminution de la réabsorbtion rénale
de bicarbonates, diminution excrétion H^+^
- diarrhée : perte de bicarbonates dans les selles
- vomissement intestinal = perte bicarbonates
- diabète : formation acide acido-acétique à partir de lipides
- ingestion acide (aspirine)
- insuffisance rénale chronique (anions des acides faibles non
excrétés, diminution excrétion phosphates NH~4~^+^)
Trou anonionique :
- augmenté (chlorémie normale)
- diabète
- insuffisance rénale chronique
- Aspirine, méthanol, éthylène glycol,
- acidose lactique,
- normal (hyperchlorémie)
- diarrhée
- Addison
- inhibiteur anhydrase carbonique
- acidose rénale tubulaire
- Alcalose métabolique:
- diurétique : réabsorption sodium (lié à excrétion H^+^,
aldostérone et angiontensione par réduction volume
extracellulaire)
- excès aldostérone (stimule sécrétion H^+^ et réabsorption
HCO~3~^-^)
- vomissement gastrique = perte acide (HCL), à différence de
vomissements intestinaux
- médicaments alcalins
### Traitement
- acidose = sodium bicarbonate oral, sodium lactate/gluconate IV
(moins dangereux que bicarbonates en IV)
- alcaloe : chloride ammonium oral (pas en IV !)
#biochimie
# Description
Méthode servant à séparer les différentes protéines dans le sang ou les
urines avec un champ électrique. La vitesse de déplacement dépend des
caractéristiques de la protéine et du milieu.
L'électrophorèse peut se faire sur capillaire (automatisée) ou sur gel
d'ascarose (semi-automatisée). Pour cette dernière, les protéines sont
séparées en 5 fractions et analysées par densitométrie après coloration.
# Points forts
- séparation rapide des protéines
- excellente résolution et reproductibilité
# Points faibles
- technique semi-quantitative
- impossibilité de différencier 2 pics superposés
# Interférences
- Hémoglobine: hémolyse intra-vasculaire
- Fibrinogène : prélèvement sur anticoagulant ou insuffisamment
coagulé (pic en γ précoce).
- CRP \> 100 à 150 mg/L
Sur capillaire uniquement : antibiotique, produits de contraste,
produits de remplissage
# Paramètres représentatifs
- sang : albumine, apha-1-globulines, alpha-2-globulines,
bêta-globulines et gamma-globulines
- urines: Albumine, microprotéines, transferrine et globulines
Sur le sang, l\'objectif est de chercher une dysglobulinémie
monoclonale.
# Immunofixation
Elle complète l\'électrophorèse des protéines résique pour la détection
d\'une immunoglobuline monoclonale.
IL s\'agit d\'une technique par immunoprécicipitation sur un gel
contenant des pistes prédéfinies contentant des échantillons de
dilutions différentes. L\'immunoglobune va précipiter sur le gel et être
mise en évidence par une coloration et un lavage.
Les difficultés d\'interprétation sont les excès d\'antigène ou
anticorps, la présence d\'immunoglobuline polymérisées, de
cryoglobuline.
#biochmie
# Description
Il s'agit d'un processus d'émission de lumière à l'aide d'une réaction
électro-chimique. Pour les tests immunologiques, un complexe
antigène-anticorps va être formé avec la fixation de
rutheinum(II)-tris(bipyridyl). Avec l'ajout de tripropylamine, une
réaction d'oxydo-réduction démarrée de manière électrique va entraîner
l'émission d'un photon et donc la détection d'un signal.
![](./electrochimiluminescence.png)
# Points forts
- temps d'analyse court
- plage de mesure étendue
- faible volume d'échantillon
- bonne précision et sensibilité
# Points faibles
- durée de vie réduite des électrodes
# Interférences
- diminution du signal en cas de forte concentration d\'antigène
(effet \"crochet\")
- anti-immunoglobuline se liant à l\'anticorps (contact avec les
animaux, maladies auto-immunes)
- facteur rhumatoïde
- cryoglobuline
- réaction croisée avec un autre antigène
- Influence sur la liaison antigène-anticorps (pH, température,
concentration antigène, protéine...)
- biotine via une intérfrénce sur le système avidine-biotine
(grossesse, dialyse, sclérose en plaque, maladie métabolique,
dermatite, complément vitaminique.)
- mauvaise reconnaissance des antigène (variabilité
inter/intra-individuelle)
# Paramètres représentatifs
- ACE
- ACTH
- α-foetoprotéine
- anticorps anti-thyroperoxydase
- FSH
- NT-pro BNP
#biochimie
#biochimie
## Naissance
2 sources
- synthèse à partir des rayonnements UV sur la peau et d'un stéroïde
- alimentation (vitamine D2 \[végétal\] et D3 \[animal\])
## Vie
1. Accumulation dans le foie
2. première hydroxylation conduit à 25-OH-vitamine D (calcidiol).
3. Transport via le sang dans le rein puis une seconde hydroxylation
rein conduit à 1,25-dihydroxy vitamine D (calcitriol = forme active
de la vitamine D)
Le calcidiol est peu controlé mais la seconde est régulée par la PTH et
phosphatémie :
- augmenté par PTH, hypophosphatémie, hypocalcémie (via PTH)
- inhibé par hyperphosphatémie, hypercalcémie
![](../images/biochimie/vitaminD.png "vitamine D"){#vitamine D}
## Mort
Dégradation par oxidation/hydroxylation et excrétion dans les
urines/selles
## Effet
Calcitriol:
- stimule l\'absorbtion intestinale du calcium et phosphose
- os: favorise la minéralisation (en augmentant la calcémie)
- rein : stimule la réabsorption tubulaire du phosphore et calcium
- diminue PTH
## Indication
- 25-hydroxy-D = forme circulante prépondérante. Reflète les réserve
-\> dosé si possibilité de carenc
- 1,25-dihydroxy-vitamine D (calcitriol) = ne reflète **pas** les
stock : réservé à une anomalie de 1-α hydroxylation
## Dosage
# Description
# Points forts
- Rapide
- Simple à mettre en oeuvre
- Non invasif pour l\'échantillon
# Points faibles
- Meilleure sensibilité avec la néphélométrie
# Interférences
- Hémolyse, ictère, lactescence
- Anticorps hétérophiles, cryoglobuline, facteur rhumatoïde
- Excès d\'antigène : les complexes antigène-anticorps se dissocient
(effet \"crochet\")
- lipoprotéine, fibrine
# Paramètres représentatifs
Inflammation Dénutrition Immunitaire
--------------------- -------------- -------------
CRP albumine IgG
haptoglobine pré-albumine IgM
*α*2-macroglobuline RBP IgA
complément C3 C3
orosomucoïde
transferrine
albumine
En immunologie, les antigènes à doser vont être mis au contact d\'anticorps créant des complexes antigènes-anticorps. Ces complexes vont être analysés de la même manière.
La turbidimétrie mesure la lumière transmise, alors que la néphélométrie mesure la lumière diffusée par l\'échantillon.
Il s\'agit d\'une technique de photométrie en milieu trouble. Elle mesure la diminution de l\'absorbance d\'un rayon lumineux de longeur d\'onde connue au travers de la solution. Les particules en solution vont diffuser le rayon lumineux et ce, en fonction de la concentration de la solution et de la taille des particules.
#biochimie
# Localisation, rôle physiologique
Sérum.
# Valeurs de référence (adulte)
Normalement, il y a autant d'anions que de cations. En pratique, tous
les électrolytes ne sont pas mesurés donc le TA (trou anionique) est de
16 ± 4 mmol/L
# Principe analytique de mesure
C'est un paramètre calculé selon $[Na]^+ [K]^+ - [Cl]^- - [HCO_3]^-$ NA,
K et Cl sont mesuré par une électrode sélective d'ion.
# Principales interactions analytiques
- hémolyse sur le potassium
- pseudohyponatrémie si lipidémie
- pseudo hypo/hyper-natrémie selon le taux de protides
- chlore augmenté pour patients sous perchlorate
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
# Augmentation et diminution
Le trou anionique permet d'orienter les étiologies d'acidose
métabolique. La perte en bicarbonates est compensée soit par
- l'augmentation du chlore (TA normal)
- accumulation aigüe d'acide : intoxication (chlorure d'ammonium,
HCL)
- perte de bicarbonate : diarrhées, anastomose
urétéro-intestinales, acidose tubulaire proximale
- diminution de l'excrétion rénale d'acide : acidose tubulaire
distale
- l'augmentation d'un autre anion indosé (protéines plasmatiques,
phosphase, sulfates...) donc TA augmenté \> 20mmol/L)
- accumulation aigüe d'acide : acidose lactique, acidocétose,
intoxication au méthonal, éthylène glycole
- diminution de l'excrétion rénale d'acide : insuffisance rénale
#biochimie
#bacterio #ist
*Treponema pallidum*
## Primaire
- transmission sexuelle
- incubation 10-90 non contagieuse
- **chancre** ulcération en général unique, base indurée, fond propre,
non douloureux (organes génitaux, ORL, anal)
## Secondaire
- dans l\'année
- latente précoce = asymptomatique
- symptomatique = secondaire : succession d\'éruption cutanées +/-
neuro, oculaire mais **grande simulatrice**
## Tertiaire
- latente tardive = asymptomatique
- tertaire = tous les organes, grandes diversité
## Diagnostic biologique
- **état frais** (pas de coloration)
- **non colorable au gram**, bacilles hélicoïdaaux moblise
- **non cultivable**
- **sérologie**
- classique (TT ou TPHA) = anticorps contre une protéine de
membrane (TPHA, imunmuno-enzymatique) = spécifique mais
cicatrice sérologique...
- non spécifique (TNT = non trépnoméique ou VDRL): antigène de
type phospholipdes (membrane mais aussi mitochrondries) par
agglutintation -\> infection active mais **peu spécifique**
TT+ TT -
------ ---------------------------- --------------
TNT+ active ou récemment traité faux positif
TNT- traité et guérie trop précoce
## Cas particuliers
- dépistage 1er trimestre de la grosses (dramatique foetus)
- neurosyphilis : PCR (passage naturel IgG spécifique donc le test
classique a peu d\'intérêt)
#bacterio
Infections graves = *pyogenes*, *pneumoniae*. Commensal mais
opportunistes (immunodépression) : oraux (**endocardite**, SDRA)
### Classification
- Hémolyse : α partielle, β = totale.
- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne
(polyoside C) avec mise en évidence de l\'antigène par
agglutination.
En première approximation :
- α-hémolyse = non-groupable
- *pneumoniae* résistance par chimérisme PLP (acquis)
- autres anginosus, mitis, sanguinis, bovis, salivarius, mutans
- β-hémolyse = groupable. Les plus importants
- Groupe A = S. pyogenes.
- Groupe B = S. agalactiae
- C : *dysagalactia* (rarement *equi*)
- G : *dysgalactia*, *canis*
*Note*: certaines sous-espèce de Lancefield peuvente être
alpha-hémolytique
### Résistances
- α-hémolytique : dépistage disque péniG: si résistant, CMI d'une
β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)
- **β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine**
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité
diminuée)
- pas de β-lactamase
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification
cible++, efflux, protection ribosomale
- glycopeptide, linézolide : pas de résistance
### Classification d'Ambler
A. BLSE
- résistance pénicilline, C1, C2, C3G
- sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
- détecté par ceftazidime + acide clavulanique
B. Métallo-beta-lactamases
- résistance comme B. + carbapénème
C. ampC céphalosporinase
- résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
- sensible carbapénème
- détecté céfoxitine
D. oxacillinase
- sensible β-lactamase
### Streptococcocus pyogenes
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée,
accouchement.
1. Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l'invasion
tissulaire)
- exotoxine : activation et prolifération d'une sous population
lymphocytes T -\> cytokine proinflammatoires
- Streptolysine = hémolyse β-complète
- toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
2. Habitat
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin+++ Pyogène =
responsiable d'infections suppurées
3. Clinique
- non invasive = **angine** érythémateuse/érythémato-pultacée,
otite moyenne aigüe de l'enfant, scalratine, infection cutanée
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie,
choc toxique streptococcique
- complications post-streptococciques (rare) = immunologique :
- rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème
noueux
4. Diagnostic
- bactérie exigeante -\> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance optochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -
5. Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d'efflux,
modiifcation cible ARN23S
### Strepto agalactiae
-Pathogène n.1 des **infections materno-foetales** des pays
développement.
- périphérique = infection probable
- dans le sang ou lCR = infection certaines
- Mortalité 10%, séquelle 20-30%
1. Bactério
- c+ diplococque/chaînette
- aérobie-ana facultative
- catalase négative, **β-hémolytique**
- groupe B lancefield
2. Pathogènicité
- commensale digestif, génital 10-30%
- adulte : infection sujets à risque
- grossese : chorioamniotite, endométrite
- nouveau-né: infection néonat précoce \<7 j, tardive \> 7 jour
- transmission : sang (mère avec bactériémie -\> enfant), vaginal
(+/- rupture membrane)
- 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
- pneumopathie
- septicémie, méningite (20%)
3. Résistance
- **Naturellement sensible β-lactamine** = 1ere intention
- Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
- 30% macrolide et clinda
4. Diagnostic
- Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
- Mère : hémoc si \> 38°, PV
- ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec \< 24h
habituellement)
- MALDI/sérogroupage de lancefield
- PCR possible (LCR++, respi)
5. Prévention
- Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -\> antibio si +
- ATB per-partum péni-G/amox
- note: l'antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais
seulement pour les infections avant 7 jours)
### Strepto. pneumoniae
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
1. Habitat
Voie respiratoire supérieure Transmission goutelette, interhumaine
2. Pathogénicité
- adhérence cellules épithélium rhinopharynx
- facteurs de virulence non capsulaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
3. Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d'ulitiser les inhibiteurs
de betalactamase)
- sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
- Gènes mosaïque avec PLP chimérique
- 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité
diminué pénicilline)
4. Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe,
bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d'un foyer pulmonaire
#bacterio
### Résistances
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)\> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative \>\> aureus) via
- la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) \[= zone
génomique comprenant *mecA* qui code pour la protéine PLP2a
- Nouveau gène mecC: code PLP2c
- S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK) : modification
de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
- phénotype MLS~B~: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique =
5% SAMS mais 80-90% SARM)
- glycopeptide : exceptionnel
### Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non
sporulé
1. Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
- **coagulase** liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi
bactérienne -\> diag (test d\'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la
phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -\> embole
septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S.
epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- **toxine** :
- leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -\> leucotoxique
dermonécrotique
- toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -\> activation
lymphocytes T)
- exfoliatines -\> érythrodermie bulleuses
- entérotoxines thermostables -\> TIAC
2. Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement
(vêtements+++)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané
(aisselles)
3. Clinique
- Porte d\'entrée = cutanée \<-\> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
- LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
- TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale
ou cutanée
- exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d\'exfoliation
généralisée
- entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
- cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou
profondre (abcèse, fasciite)
- bactériémie, endocardite
- infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie,
neuroméningées (abcès)
4. Diagnostic
- Culture : non exigeante
- gélose sang 24h: **beta-hemolytique** (hémolyse total)
- Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -\> jaune avec NaCl
- catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à
coagulase négative)
5. Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l'hôpital
- β-lactamines :
- phénotype sauvage sensible
- pénicilinase \> 90% des souches (disque FOX de pénicilline
g): résistance pénicilline G, V, A -\> ajout d'inhibiteur de
β-lactamase
- SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -\> résistance à
toutes les β-lactamines **et imipénème**. Souvent
multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
- vancomycine en 1ere intention
- C4G possible mais pas en france
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par
inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec
sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
6. Traitement habituellement actifs
oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
### Staphylococcus non aureus
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l\'hôpital : matériel (prothèse,
valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S.
ludgunensis (infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
1. Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase
négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification
spectromètre de masse/biochimiue
- Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
# Description
# Points forts
- facile à mettre en oeuvre
- spectre d\'application large en biochimie
- ne modifie pas l\'échantillon
- permet de mesure une concentration ou une activité enzymatique
# Points faibles
- sensible à la lumière
- sensible aux modifications de l\'absorbance de l\'échantillon
(impureté, température...)
# Interférences
Une autre substance absorbant à la même longueur d\'onde va modifier le
dosage. Pour l\'hémolyse, ictère et lactescence, il y aura une
surestimation.
# Paramètres représentatifs
------------------------------------- --------------------------------- ------------------------- ------------------------
Colorimétrique Enzymatique (absorbance propre) Enzymatique (cofacteur) Synthèse d'un colorant
albumine acide urique Urée Cholestérol total
bilirubine conjuguée, non conjugée) phosphatase alcaline ammoniac HDL
calcium γ-GT ALAT, ASAT LDL
créatine lipase CPK Tryglycérides
fer α-amylase LDH
magnésium Glucose
phosphore inorganique Lactates
Bicarbonate
Ethanol
------------------------------------- --------------------------------- ------------------------- ------------------------
En biochimie, on va s'intéresser aux longueurs d'ondes UV et dans le domaine visible soit $100-800 nm$.
$$A_\lambda = \epsilon \times c \times L$$ où ϵ est une constante dépendant de la température, longueur d'onde, solvant et soluté, $L$ la longueur de la cuve.
La spectrophotométrie mesure de manière quantitative l'absorption de composé colorés au travers d'un matériel en fonction de la longueur d'onde. On calcule l'absorbance $A_\lambda$ qui va être le logarithme en base 10 de l'intensité de lumière incidente sur la lumière transmise, qui peut également s'écrire selon la loi de Beer-Lambert en fonction de la concentraction $c$ du soluté en solution :
#biochimie
#bacterio
- Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time Of Flight
- bombardement du dépôt par un rayonnement laser, séparation des ions
et tdétection (tube de vol sous vide)
- sensibiiilté 95%, spécificité 98%
- temps d'analyse court, analyse simple, petit volume
Limites:
- mauvaise identification : **strepto pneumoniae/mitis-oralis** \[acide formique\], **escherischia coli/shigelli**, espèce pour citrobacter, enterobacter
- identification difficile sur certains milieu, impossible si colonie non pure
# Localisation, rôle physiologique
Cation extracellulaire le plus abondant
# Tissus/organes de production et d\'élimination
Régulé par les rein. Une très faible partie est éléminée par les peau.
L'aldostérone et l'ADH modifient, via le rein, l'équilibre du sodium
(réabsorption de sodium et d'eau respectivement)
# Valeurs de référence (adulte)
135-145mmol/L
# Principe analytique de mesure
Potentiométrie
# Principales interactions analytiques
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- tube approprié (interactions anticoagulants autre)
# Augmentation et diminution
- Hyponatrémie :
- hypertonique : hyperglycémie majeure, intoxication
méthanol/éthanol
- hypototonique :
- osmolalité urinaire diminuée : polydipse
- sinon: excès relatif en eau (d'origine rénale ou non), excès
d'eau pur (SIADH, hyperthyroïdie, hypocortisolisme), excès
d'eau \> excès de sodium (insuffisance cardiaque, syndrome
néphrotique, cirrhose)
- Hypernatrémie : déficit en eau \> déficit sodium (origine rénale ou
non \[sueurs, pertes digestives\]), déficit en eau (diabète
insipide, pertes extra-rénale), gain en sodium \> gain eau (apport
excessif NaCl)
#biochimie
## Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides
**Opportuniste** : 10% des infections en hospitalisation
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine Facteur
d\'adhésion Forte capacité à former des biofilms
### Quand réaliser un antibiogramme
- suspicion responsable d\'infection
- colonisation de patients fragile (ID, intbués)
- pulmonaire isolé de patients muco, BPCO, DDB
### Diagnostic {#diagnostic-1}
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -\> test rapide pour
différencier les 2
### Résistance
Naturellement plus résistante que d\'autres Bacille gram -
- Catalase positif - lactose négatif
1. Résistance naturelle :
- amox
- C1G, C2G, **céfotaxime** (*! utilisé pour mécanisme*),
ceftriaxone, **ertapénème**
- anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
- cotrimoxazole
- nitrofurantoine
- macrolides
- azithromycine
Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
- β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
- enzyme modificatrice aminoside
- effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
- imperméabilité (porine OpriF)
2. Résistance acquise
- Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine+++
- gène codant β-lactamase
- Attention: certaines souches accumulent des résultats
- β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase
Quand chercher BLSE ?
- synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
- synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide
clavulanique
Quand chercher carbapénémase ? (\> 90% cabarpénème)
3. Antibiotique
- β-lactamine:
- ceftazidime +/- avibactame
- ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
- céfépime
- ceftolozane + tazobactame
- imipénème, méropénème
- Aminoside
- FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
- colistine
# Prélèvement vaginal
Score de Nugent =
- flore normale = prédominance lactobacilles +/- autres bactéries en
petite quantité
- flore intermédiaire = lactobacille peu abondant + bactéries en
petite quantité =\> altéré mais pas de vaginose
- vaginose = pas de lactobaccile, flore anaérobie abondante et
polymorphe
# Urines
- Milieu de jet pour ECBU
- 1er jet pour IST
# Infection due à une bactéries
- IST: urine premier jet (homme), écouvillon vaginal (femme) -\>
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae (PCR)
- Tuberculose : sécrétions respiratoire =\> recherche Mycobacterium
tuberculosis
- diarrhée aigüe : sello -\> C. difficile toxinogène, Yersinia
enterocolitica
# Prévention
- Materno-foetale : écouvillon vaginal =\> strepto groupe b (S.
agalactiae), Eschericia coli 1
- Staph aureus résistant méticilline : écouvillon nasal/aisselle,
inguinale, anal
- entérobactérie productrie de BSLE/carbapénémase/résistant
vancomycine ou glycopetite : écouvillon rectal
# Diagnostic indirect (serum)
- brucellose : rose Bengale, sérodiagnostic de Wright
- syphilis : TPHA
- Lyme : sérologie
- infection tuberculeuse: stimulation des lymphicates par des antigene
(interferon gamma release)
#bacterio
#bacterio
## Proteus mirabilis
- Bacille gram négatif, **mobile**, oxydase négatif, nitrate-réductase
positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase
négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut
niveau, carbapénémase
# Description
$$ E = E^0 + \frac{0.006}{n} \log{\frac{\textrm{Ox}^a}{\textrm{Red}^b}}$$
selon la réaction d'oxydoréaction
$a \textrm{Ox} + n \textrm{e}^{-} \longleftrightarrow b \textrm{Red}$ Il
faut une électrode sélective pour chaque ion dosé ($\textrm{Na}^{+}$,
$\textrm{K}^{+}$ , $\textrm{Cl}^{-}$).
# Points forts
- peu coûteux
- facile d\'utilisation
- précision
- rapide
# Points faibles
- une électrode par type d\'ion est nécessaire
- certains ions peuvent passer la membrane malgré la sélectivité
- en cas de solution très concentrée, la concentration mesurée à la
membrane peut être sous-estimée
# Interférences
# Paramètres représentatifs
Indirect/direct Direct
----------------- ----------------
Kaliémie Brome
Natrémie Calcium ionisé
Chlorémie
Pour la potentiométrie indirecte, il y a un risque de pseudo-hyponatrémie en cas d\'hyperprotidémie ou hyperlipidémie. En effet, le volume plasmatique contient alors moins d\'eau et plus de lipides/protéines. La concentration est mesurée sur le volume plasmatique mais rendue sur l\'eau plasmatique. Le volume d\'eau plasmatique étant diminué, la concentration sera donc sous-estimée.
La potentiométrie **directe** va mesurer directement dans le volume de la solution. La potentiométrie **indirecte** va s\'effecture sur volume plasmatique, qui va être dilué à 1/10e.
Deux électrodes sont plongées dans la solution pour laquelle la concentration est recherchée. Une électrode est saturée et sert de référence. La seconde est à membrane de verre et va permettre le passage des ions en solution. Ce déplacement va induire une différence de potentiel par rapport à l'électrode de référence. Cette différence permet de calculer la concentration avec la loi de Nernst:
#biochimie
# Localisation, rôle physiologique
Principalement cation intracellulaire. Il sert à maintenir le potentiel
de membrane cellulaire dans les tissus neuromuscualaire. Il est donc
nécessaire à la contraction musculaire.
# Tissus/organes de production et d\'élimination
Apport par l'alimentation. Excrétion rénale majoritaire, et dans les
selles Une partie est réabsorbée par le rein.
# Valeurs de référence (adulte)
3.5 - 5.1mmol/L
# Principe analytique de mesure
Potentiométrie
# Principales interactions analytiques
- hémolyse
- erreur de tube (hépariné++)
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
# Augmentation et diminution
- Augmentation : insuffisance rénale, diurétique, maladie hémolytique,
écrasement musculaire, acidose, déficit en aldostérone, excès
d'insuline
- Diminution : perte gastro-intestinale, insuffisance d'aport,
diurétique, alcalose, aldostérone, insuline
#biochimie
#biochimie
## Intérêt (Guyton)
Régulation fine calcémie
- contraction musculaire (squelettique, cardiaque, muscle lisse)
- coagulation
- transmission nerveuse
Hypocalcémie= hyperexcitation (tétanie, épilepsie) car augmentation la
perméabilité membrane neuronale au sodium Hypercalcémie= hypoexcitation,
## Calcium
### Métabolisme calcium
99% squelette
Calcémie totale =
- no diffusible (40%) liée aux protéines (surtout albumine)
- diffusible = calcium ionisé (50%) \[=biologiquement active\] +
calcium complexé (10%) \[sels de phosphate, oxalate, citatre,
bicarbonate\]
*NB: calcémie diminue avec le pH* Rénal: Ca^2+^ et calciul soluble no
ionié est filtré mais la quasi-totalité est réabsorbé
![](../images/biochimie/calcium.png "calcium"){#calcium}
### Régulation
PTH = hypercalcémiant
- stimulée par le phosphate
- inhibée par le calcitriol
![](../images/biochimie/pth.png) Vitamine D = hypercalcémiant
- absorption intestinale
- résorption osseuses
- rétroncontrôle négatif PTH
![](../images/biochimie/vitaminD.png "vitamine D"){#vitamine D}
calcitonine = effet opposé PTH mais moindre
### Résumé
1. Os = 1ere ligne de défense via des sels de calcium dans les os
(0.5-1%)
- hypercalcémie -\> dépôts de ces sels
- hypocalcémie -\> asbsorption 50% de l'excès de calcium peut être
absorbé en 70%
Mitochondriea (foie, intestant) = tampon additional
2. Hormonal : diminution PTH dans 3min après hypercalcémie,
augmentation calcitonine
## Phosphore
### Métabolisme
85% os Le phosphore sanguin = 90 hématies. Dans le plasma :
- organique (15%) = phospholipides
- minérale = ions de l'acide orthophosphorique
Élimination selles et surtout dans les urines (réabsorbtion partielle
dans le tubule proximal) Régulation = équilibre absorption intestninale,
réabsorbtion rénale, échange os \<-\> extracellulaire
- FGF-23 = augmente excrétunio urinaire
- diminue réabsorbtion rénale
- synthèse calcitriol
- stimule inactivation calcitriol, 25-OH-D
## Magnésium
nécessaire à la sécrétion de PTH par parathyroïde
## Dosage
référence = calcium ionisé mais augmenté si acidose, diminué si
hypophosphatémie
- Hypo/hypercalciméie : dosier calcémie, et phosphate
- fragilité osseuse/lithiases rénale/néphrocalcinose : calcémie,
phosphatémie, créatininémie, PTH, 25OH vitamine D, calciurie 24h
### Calcémie
- à jeun
- très sensible à l'albumine : plusieurs formules (imparfaites)
- corrigé = total + 0.02 × (4\*-albuminémie) si albuminémie \<
40g/L
- liaison Ca^2+^ - albumine fortement dépendant du pH
(proportionnel)
### Calciurie
- à adapter selon le poids, apport (alimentaire + médicament)
- plus élevée chez femmes ménoposée
### Calcium/créat urinaire
= dégradationosseuse
### Phosphate
0.80-1.45mmol/L chez l'adulte hémolyse = augmentation phosphotaes (GR
riches en phosphase)
Capacité du rein à réabsorber le phosphate
- Taux de réabsorption du phosphate = 1 -
`\frac{phosphaturie \times créatininémie}{phosphatémie \times créatininurie}`{=latex})
- TmP/DFG = seuil maximum de rabosorption du phosphate -\> calculé à
partir du TRP, phosphatémie et abaque
### PTH
immunoenzymatique. ne dose pas la PTHrp
### Vitamine D
- 25OHD =routine
- 1,2)OH~2~ D = difficulie, 2e indication
## Pathologies
### Parathyroïde
1. Hyperparathyroïdie primaire
- Production inappropriée PTH.
- Fréquent, surtout féminin, asymptomatique/aspécifique
- Étiologies : adénome(s) parathyroïdes, hyperplasie autonomisée
des 4 glandes parathyroïde, carcinome parathyroïdien (rare), NEM
(1 surtout, 2)
- Diagnostic = biologique +/- scinti/échographie
- hypercalcémie, hypercalciuire
- +/- hypophosphatémie
- 1,25(OH)2 D + marqueur remodelage ossex
- attention: PTH peut être normale haute. On peur avoir une HPP
normocalcémique
- Diagnostic différentiel = hypercalcémie-hypocalciurie familiale
bénignie (*CaSR*, *AP2S1*, *GNA11*) : hypocalciurie relative
- Traitement : chirurgical mais non systémiatique
2. (Pseudo)Hypoparathyroïdie
- Hypoparathyroïdie = défaut synthèse PTH avec hypocalcémie, PTH
basse/normale basse, phosphatémie haute/normale haut, calciurie
le plus souven normale
- Pseudo-hypoparathyroïdie = résistance = hypocalcémie,
hyperphospatméie mais PTH élevée
- microdel chr22 (di george), chirirguie, hypomangésémie
chronique
### AVitamine D
Surcharge
- intox vitamine D = très rares mais sévère. Génère hypercalcémie, que
le rein essaye de compenser en augmentant la calciurie.
L'hypercalcémie apparaït qand le rein est débordé 25OHd \> 150ng/mL
- granulomatose (sarcoïdose): les cellulels du granulome (=
macrophages + descendants) peuvent hydroxyler la 25OHD circulante et
relarger la 1,25OH2D
- hypercalcémie, PTH basse, hypercalciurie, 25OHD normale et
1,25OHd élevé, enzyme de conversion angiotensine élevée
- hypersensibilité vitamine D : récessive, *CYP24A1*
Carence = rachitismie, ostémalacie
- défaut d'absorption calcium, phosphore -\> hypercalcémie avec
augmentation PTH -\> calcium normal mais tensadance à
hypophosphatémie -\> défaut de minéralisation avec élévation PAL
Également, stimulation production éranle de 1,25OHD2, mais s'arrête
quand il n'y a plus de 25OHD -\> grave !
- alimntation très riche en fibres /phytate (inhibe absorption
intestinale calcium !!)
- situation de résisstance : type 1, 2, 3
### Hyperparathyroïde secondaier IRC
- PTH élevée, hyperphosatémie, hypocalcémie, déficit calcitriol
- Mécanisme : IRC -\>
- diminution synthèse rénale calcitriol
- dimination absorption intestinale phosphate + calcium
- rétentation phosphates -\> aumentation FGGH23 -\> augmente
excrétion urinaire phosphate + diminution synthèse réranle
calcitriol (cf supra)
### trouble réabsorbtion rénale duphosphate : diabète phosphaté
hypophosphatémie, calcémie normale
- rachitisme héréditaire hypophoshatémique = fuite rénale de phosphate
(Tmp/DFG bas) avec PTH normale / légèmenet élevée. Déficite relative
en calcitriol qui aggrave hypophosahtémie
- ostémolacalie tumorale hypophosathméique = production FGh23 par
dtumeux mésenchymateusebénignise : cf supra pour la biologie avec
1,25OH2D normale/basse donc inadaptée
### tumorale
sécrétion d'une substance analogue PTH = pepite apparénté PTH -\> se
fixe sur les récepteur PTHR1 et induit effet biochimique PTH -\>
diminution PTH
#biochimie
- physiologiques : augmentation à partir de la 20e smaine de
grossesses, **augmenté chez enfants/adolescents** (activité des
ostéoblastes en croissance osseuse)
- iatrogènes : augmentation pour anticoagulants oraux,
antiépileptiques, hypogylcémiants oraux, érythromycine,
ciclosporine, phénothiazine; diminution pour hypolipémiant,
corticoïdes, oestrogène
- patholoqiques :
- obésité ou malnutrition
- maladies hépato-biliaires cholestatiques
- maladies osseuse avec régénération ostéoblastique
- cholestase gravidique
- maladies intestinales (certaines)
- suivi de tumeurs des os et cancers du foie (primitifs ou
secondaires),
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- tube héparinate de lithium
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
Adulte Âge Garçons Filles
-------- ----------- ------------------- ------------- -------------
Hommes 40-129U/L 0 -- 14 jours 83‑248 U/L 83‑248 U/L
Femmes 35-104U/L 15 jours \< 1 an 122‑469 U/L 122‑469 U/L
1 -- \< 10 ans 142‑335 U/L 142‑335 U/L
10 -- \< 13 ans 129‑417 U/L 129‑417 U/L
13 -- \< 15 ans 116‑468 U/L 57‑254 U/L
15 -- \< 17 ans 82‑331 U/L 50‑117 U/L
17 -- \< 19 ans 55‑149 U/L 45‑87 U/L
# Principales interactions analytiques
- gammapathie de type IgM
- hémolyse si \> 200mg/dL
Test colorimétrique. Mesure par photométrie à 450 nm de la quantité de
p-nitrophénol, qui est proportionnelle à l'activité catalytique de la
phosphatase alcaline
# Valeurs de référence [@abicht2001multicenter] [@estey2013clsi]
# Principe analytique de mesure
L\'altération de la membrane cellulaire va libérer les enzymes. Leur répartition est variable : placenta, intestin, cellules rénales, ostéoblastes, cellules hépatiques.
Ces enzymes permettent le passage des métabolites à travers les membranes cellulaires. Cela se fait via une catalyse de l\'hydrolyse d\'esters monophosphorique à pH alcalin, qui va libérer du phosphate.
Les isoenzymes ont la même activité et ont une spécificité plus ou moins variables.
# Production
# Localisation, physiologie [@biomnis]
#bacterio
## Neisseria meningitidis
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
- 2 pics : nourisson \< 1 an (système immunitaire immature),
ado/jeune adulte (socialisation)
- ceinture de la méningite (Afrique sahel + subusaharienne)
### Habitat
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par
goutelettes Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) -\>
seulement souches
#biochimie
Osmolalité = \$2 × \[*N**A*^+^\] + \[Gly\] ≈ 285 \$ mOsm/kg d'eau
On veut éviter que le sang ne soit trop dilué, ou on contraire pas assez
dilué.
Or les mouvements d\'eau (entre le secteur intra- et extracellulaire) vont dépendre des concentrations ! Par exemple, il y a surtout du sodium en extra-cellulaire. Donc s\'il y est très concentré, l\'eau va sortir des cellules pour équilibrer tout ça.
Comme c\'est compliqué de calculer la quantité de sodium, on va regarder
sa concentration, la natrémie.
## Déshydratation extracellulaire = perte de sodium
Pure si iso-osmolaire (l'eau \"suit\")
Étiologie :
- perte extrarénale : bonne réponse du rein donc oligurie, natriurièse
effondrée, urines concentrées
- perte rénale : pas de réponse du rein donc diurièse normale,
natriurièse élevée, urines non concentrées
## Hyperhydratation extracellulaire = excès de sodium
Iso-osmolaire (l'eau \"suit\")
Étiologies : insuffisance cardiaque, cirrhose ascitique, syndrome
néphrotique surtout
## Déshydratation intracellulaire = perte d'eau
Donc hyperosmolalité plasmatique avec appel d'eau intra-cellulaire
Étiologie :
- hypernatrémie =
- déficit en eau seul (DIC) =
- perte extra-rénale en eau =
- perte rénale en eau = diabète insipide
- déficit en eau \> déficit en sodium (DIC + DEC) =
- natriurèse adaptée (basse): sueurs, pertes digestives
- natriurèse inadaptée (normale): diurèse osmotique
- gain eau \> gain sodium = apport excessif NaCl
- natrémie normale mais soluté osmotiquement actif : mannitole,
éthylène glycol... -\> \"trou anionique\" entre osmolalité mesurée
et calculée
## Hyperhydratation intracellulaire = excès d'eau
1. Éliminer ****fausse**** hyponatrémie
- hyperprotidémie et hyperlipidémie (dilution)
- hypertonique : hyperglycémie important, méthanol, éthanol
2. Hypoosmolaire = hyponatrémie vraie
- osmolalité urinaire diminué : apport augmenté (polydipsie,
apport faible en solutié)
- osmolalité urinaire augmenté : extracellulaire
- diminué : déficit sodium \> déficit eau
- natriurièse adaptée (diminuée) : perte cutanées,
digestive, 3e secteur
- natriurièse inadaptée (augmentée) : perte rénale :
diurétique, insuffisance surrénale..
- normal : excès d'eau : SIADH++, hypothyroïdie,
hypocortisolisme
- augmenté : excès d'eau \> excès sodium : insuffisance
cardiaque, cirrhose hépatique, syndrome néphrotique,
insuffisance rénale
Une natrémie basse = augmentation du volume plasmatique ? Pas toujours...
- si la glycémie est très haute, cela va forcer un déplacement d\'eau
en dehors des cellules. Donc le sodium sera dilué mais ce sera
simplement un **transfert** !
- s\'il y a trop de protéines, la machine qui mesure la natrémie va
les compter aussi dans le volume. Donc **fausse dilution**
Sinon oui ! (**vraie hyponatrémie**) Dans ce cas, on réfléchit sur la
diminution de la concentration du sodium = quantité de sodium / volume.
On a 3 situations
1. Augmentation du volume seule : c\'est la version facile. Ça peut
être du à :
- trop de boisson !
- l\'hormonone anti-diurétique qui est sécrétée en excès
- autres
2. Le sodium et le volume diminuent mais le sodium diminue nettement
plus : on a donc des **pertes de sel**
- soit par le rein (diurétique...)
- soit ailleurs (vomissement, diarrhés...)
3. Le sodium et le volume augmentent mais le volume augmenet nettement
plus : pour simplifier, il faut imaginer qu\'il y a des oedèmes.
L\'eau s\'accumule en interstitiel, donc la pression artérielle
diminue. En réaction, l\'hormnone antidiurétiqe est stimullée pour
corriger tout ça. D\'où **réabsorption de sodium et d\'eau** !
- insuffisance cardiaque
- insuffisance hépatocellulaire
- insuffisance rénale (mécanisme différent)
## Traitement
- HEC: gain de sodium (isoosmolaire) -\> éliminer le sel (apport ou
diurétique)
- DEC: perte de sodium (et d'eau car isomolaire) -\> apport sel (oral
ou IV isotonique)
- DIC : perte en eau
- pure -\> apport oral d'oeau (pas d'IV)
- global (perte en perte et sodium) -\> soluté hypoosmolaire
- avec HIC (perte en eau et gain sodium) -\> hypotonique +
diurétique
- HIC : excès d'eau -\> restriction hydrique et
- si DEC (excès d'eau, perte de sodium) -\> soluté isoosmolaire
- si HIC (excès d'eau et sodium) -\> restriction sodée
# Description
# Points forts
- Bonne sensibilité et spécificité
- Peu coûteux
- Processus simple
# Points faibles
- Préparation manuelle
- Difficulté de préparer des anticorps spécfiques
- Faux positifs
# Interférences
- diminution du signal en cas de forte concentration d\'antigène
(effet \"crochet\")
- anti-immunoglobuline se liant à l\'anticorps (contact avec les
animaux, maladies auto-immunes)
- facteur rhumatoïde
- cryoglobuline
- réaction croisée avec un autre antigène
- Influence sur la liaison antigène-anticorps (pH, température,
concentration antigène, protéine...)
- biotine via une intérfrénce sur le système avidine-biotine
(grossesse, dialyse, sclérose en plaque, maladie métabolique,
dermatite, complément vitaminique.)
- mauvaise reconnaissance des antigène (variabilité
inter/intra-individuelle)
# Paramètres représentatifs
- histamine, IgE spécifique
- Interleukine
- Methotrexate
- Phenobarbital
- Phényalalanine
- Protéine τ
- TNF-alpha
Le dosage peut être direct avec un signal sera proportionnel à la quantité d\'antigène ou indirect avec un signal inversement proportionnel à la quantité d\'antigène (compétiton des anticorps).
Le principe consiste à doser un antigène via des anticorps spécifiques selon le principe général d\'immunoanalyse. Dans le cadre du dosage immuno-enzymatique, les anticorps sont liés à une enzyme. Après l\'ajout d\'un substrat, la réaction va produire un signal qui va permettre la détection.
#biochimie
#bacterio #viro
Étiologie
- virale = 90%, entérovirus 70-90%, bénigne, arrêt des traitements
antibactériens
- bactérienne : 1300cas/an, selon âge/terrain, grave, diagnostic et
traitement **urgent**
### Bactérienne
- Envahissement LCR par bactéries
- Virale sans encéphalite = habituellement bénin, guérit spontanément
- Bactérien = pronostic vital engagé à court term +/- séquelle neuro
- Ttt = ATB IV forte dose
1. Physiopathologie
- passage dans le sang : depuis
- oropharynx (enfant, adulte)
- tube digestif (E. coli, strepot agalactiae) (néonat \> 72h)
-ou via placenta si bactériémie par la mère \[Listeria\]
(néonat)
- autres : brèche ostéoméningée, complication infection systémique
(borréliose..)
2. Clinique
- Communautaire = \> 39° + syndrome méningé (céphalé, raideur
nuque, vomissement, photophobie)
- Néonat : non spécifique =\> PL si fièvre sans cause évidente
- Méningoencéphalitue : +signe neuro/psy
3. Épidémiologie
- enfant, adulte : **Neisseria, Strepto pneumo** +/-- H.
influenza, strepto pyogenes, agalactiae, listeria
- néonat : **Strepto agalactia**, E.coli,
- Autres : Lyme, leptospirose, syphilis, immunodéprimé
### Virale
Diag différentiel =
- bactériennes~~+~~, parasitaire, fongique
- néoplasique, inflammatoire, dysimmunitaire, toxique
1. Détection génomique spécifique
2. Étiologies
- **Entérovirus= 90% des cas**
- été, automne
- 70% sont des enfants
- tous les types peuvent être respnsable de méningite mais
certains types peuvent être associés à des formes sévère
- bénignes mais formes graves possible (nouveau-né,
immunodéprimé)
- diag = RT-PCR entérovirus dans LCS. Si négatif : gorge,
selles, aspiration (attention à l\'excrétion prolongée..)
- parechovirus : enfant \< 2ans
- RT-PCR LCS, sang
- traitement sympto
- HSV2: éruption génitale, ATCD
- PCR spécifique CLS
- traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- VZV : zona, paralysie faciale
- PCR spécifique
- traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- autres:
- oreillons (parotidite, vaccins): RT-PCR dans LCS, ttt
symptomatique
- primo infection VIH (prise de risque): 10% primo-ifection.
Diag = séro +/- charge virale
- LCMV (rongeur), arbovirus (voyage - West nile)
3. Herpétique
- **mortelle dans 70%** =\> urgence thérapeutique
- la plus fréquente des encéphalite sporadiques Diagnostic = PCR
sur lCS
1. Physiopath
- muqueuses de la fac -\> lance ganglion trijumeau. Rarement
accès SNC (via muqueuse nasale ?)
- lésions cérébrales : focales (temporales, uni -\>
bilatérales)
- éncéphalite pure -\> méningo-encéphalite
2. Clinique
- Début progressif, fière \> 48h
- Céphalées, nausées vomissement
- Aphasie, désorientation, conscience
- Crises convulsives focale -\> génralisé
- Déficit neuro focalisé. **Cherche signe HTIC =
contre-indication PL**
3. Biologique
- PL: 5-5000 élément, majoritairement lymphocytaire;
glycorachie normale, protéinorache modérément élevée
(\<1.5g/L)
- **PCR HSV** si encéphalite + méningite lymphocytaire. La PCR
doit pouvoir différencier HSV1 et 2 (2 = exceptionnel sauf
nouveau-né)
- **PCR peut être négative initialement** : répétér à
48/72h
- Sérologive : utile chez l'enfant (sang + LCS)
4. Autre
- EEG = focal (temporal), imagerie = focal (temporal),
nécroto-hémorragique
5. Traitement
- **Après la PL, sans attendre**: aciclovir IV 15 jours
- contrôle par PL : seulement si non amélioration clinique :
si PCR positiv, poursuite 7j
### Examens
- Cytologie :
- bactérienne \> 500/mm^3^ (rares cas sans pléiocytose en début
d\'infection)
- virale = pléiocytose modérée (500 en moyenne)
- MGG après centri :
- bactérie = majorité de PNN
- virus, mycobactérie = majorité mononuclé/lympho
- virus, listeria, brucella = mixte (panaché)
- Biochimie :
- bactérie: CRP, PCT élevé, protéinorachie \> 1G/L,
glycorachie/glycémie \< 0.5
- virale : protéinorachie normale/modérément éleée,
glycorachie/glcyémie normale \> 0.6 (attention: **absence de
pléocytose parfois**)
- Gélose sang cuit + vitamine sous CO~2~ +/- anaérobie, bouillon
d\'enirchissement
- Gram:
- Cocci G+ diplocoque/chainette : strepto pneumonia, agalactiae
- Cocci G- diplococque : Neisseria meningitidis
- Bacille G+ : listeria monocytogenes
- Bacille G- : Haemophilus, E.coli, Brucella, salmonella Attention
: culture peut être négative si ne pousse pas sur milieu usules
(Tuberculose) ou décapité ATB
1. Neisseria meningitidis
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP) 25 =\> **CMI péni G,
amox, céfotaxime**
- Aérobie strict. Fragile. Commensal oropharynx. Humain
- C3G IV, **déclaration obligatoire**, **rifampicine cas contact**
+/- vaccins
- Prévention : vaccin sérogorupe C mais pas pour le B+++. Voyage :
A,C,Y,W
2. Streptococcus pneumoniae
- Aéro/anaérobie, fragile, commensal oropharynx
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP) 30-60% =\> **CMI péni G,
amox, céfotaxime**
- C3G IV + cortico. Pas de prophylaxie.
- Vaccin 13 sérotype
3. Néonatal
- maternofoetal ou transmission tardive (\>72h) par
IU/translocation digestive
- Amox si strepto agalactia, céfotaxime si E.coli (50%
pénicillinase), amox si listéria (résistance céphalo)
#bacterio #ist
### Mycoplasmes urogénitaux
4 espèce
- *ureaplasma* spp = commensal tracture urogénital
- *mycoplasma genitalium* = IST, non commensal
1. Clinique
- Infection urogénitale basse/haut: **urétrite** (homme),
**cervicite** (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération
génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare (uértrire masculine, salpingite, grossesse,
immunodépression)
2. Diagnostic
Myc. genitalium
- **direct** non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
- test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
- pas de culture (fastidien)
Myc. hominis, Ureaplasma spp
- **direct**: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de
gram car pas de paroi)
- TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
Prélèvement:
- pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis
! (commensal)
- site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN =
endotrachéal, liquide gastrique
3. Résistances
- naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine,
rifampicine
- Ureaplasma : lincosamide
- homiis : certains macrolife
- acquise :
- M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène *tet*) surtout
+/- fluoroquinolones (3%)
- M. genitalium : macrolides++ !traitement de première
intention!, fluoroquinolones
4. Traitement
Myc. genitalium
- non compliqué : azithromycine
- sinon : moxifloxacine
- **dépister IST**, traiter partener, rapport protégé
Myc. hominis, Ureaplasma
- infection urogénitale: tétracycline
- néonat/grosses : macrolide
- immunodépression: tétra + fluoroquinolones
#bacterio
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation
10-14jours en anaérobie) → prélèvement profonds, IO
- Chromogène urinaire = non sélectif
- rose = activité β-galactosidase
- bleue = activité β-glucotosidase
- violet = les 2
- brun = tryptophane désaminase
## Autres
- BCSA : inhibe gram+ → Burkholderia
- BCYE : Legionnella
- CAP (colistine + aztreonam) = inhibe Gram - → streptocoque+++,
listeria, corynebacterie, uropathogène émergents NB: aztreonam
inhibe pousse proteus, pseudomonas
- Cétrimide (ammonium) → P. aeruginosa (production pycyanine)
- Chapman : NaCL, mannitol
- jaune = fermente mannitol → S. aureus
- Chocolat enrichi : bactéries exigeantes (prélèvement profond)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose →
- jaunes = BGN fermentant lactose = escherichia, citrobacter,
enterobacter, klebsiella
- bleu = BGN ne fermentant pas le lactose = serratia, salmonella,
shigella, proteus, yersinia, pseudomonas
- Granada (MTX) : inhibe Gram - → S. agalactiae
- HAE2 : inhibe bactéries gram + → Haemophilus spp. Prélèvements
respiratoires et génitaux
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas une bactérie va
d'abord fermenter le glucose (en bas) puis le lactose (en haut).
Donc lactose+ et glucose- n'est pas possible. Passe au jaune si
acide. Exemple:
| |Bas |Haut
|------------|-------------------|------------------
|Shigella |glucose+ (jaune ) |lactose- (rouge)
|Pyo |glucose-(rouge) |lactose-
|Salmonelle |noir (H2S) |noir
|E.col |glucose+ |glucose+
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine,
Triméthoprime)
### Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
- centre noir = formation de H2S →~Salmonelle~
- vert/bleu = pas de fermetation → Salmonelle/Shigelle
- jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour
Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shigelle : inhibiteur gram+, _lactose_
- centre noir = H2S → Salmonelle
- jaune = pas de fermentation → Salmonelle/Shigelle
- rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont
Pseudomonas aeruginosa)
- rouge = fermente mannitol → Yersinia
#bacterio
## Physiopathologie
- Inhalation d\'aérosole depuis source hydrotellurique
- Homme = hôte accidentel avec multiplication intracellulaire
- Facteurs de risque:
- eau contaminée Légionella + aérosol (sanitaire+++)
- eau chaude insuffisament chaude ou froide mais pas assez
## Importance
- peu fréquente
- risque épidémique
- β-lactamine insuffisante
## Clinique {#clinique-5}
Non spécifique mais y penser si
- hyponatrémie + insuffisance rénale +cytolyse hépatique +
rhabdomyolyse + CRP élèvée
- extra-pulmonaire : neuro (confusion), diarrhée, insuf rénale
- pas d\'amélioration sous β-lactamine
## Diagnostique
1. antigénurie
- si positive = confirmé : culture échantillon respiratoire
(épidémio)
- sinon : PCR échantillion respiratoir (immunodéprimé++)
Attention: Antigénurie =
- seulement type 1 (85%) -\> PCR si négatif/suspicion
- persiste (parfois 1 an !)
Culture = croissance lente (3-5 jours), sur BCYE
## Antibiotique {#antibiotique-1}
- macrolide (azithromycine) si peu sévère 7-14 jours
- sinon FQ ou assoication 2 parmi macrolide, FQ, rifampicine
- pas de résistance décrite !
## Déclaration obligatoire !
#bacterio
## Listeria monocytègene
Résiste à 4° ! \^
### Clinique {#clinique-4}
- non invasive = gastro
- invasive: **bactériémie**, neurolistériose, infection
materno-foetale avec forme néonatale précoce ou \> 7j
### Diagnostic {#diagnostic-5}
- hémoc, PL
- non exigeant
### Résistance {#résistance-4}
- résistance naturelle **C3G**, fosfomycine, quinolone
### Traitement {#traitement-2}
- amox + genta
#biochimie
Valeur normales :
- triglycéride \< 1.5g/L (ou 1.7 mmol/L)
- LDL (calculé mais valable si TG \< 3.4 g/L ou 3.9mmol/L): selon les
facteur de risque : \< 2.20g/L (5.7 mmol/L si 0)
- HDL : protecteur si \> 0.60g/L
# Localisation, physiologie
Cette enzyme hydrolyse les liaisons ester des triglycérides avec une
co-lipase et des sels biliaires. Libérée par le tube digestif, elle
serts à la digestion des graisses.
Elle est présente en faible quantité dans la muqueuse gastrique,
leucocytes et érythrocytes.
# Production
Pancréas.
# Principe analytique de mesure
Test colorimétrique enzymatique. L\'intensité de coloration est mesurée
par photométrie et est proportionnelle à l\'activité de la lipase.
# Valeurs de référence [@junge1999evaluation]
- adulte : 13-60U/L
# Principales interactions analytiques
- gammapathie de type IgM
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- héparinate de lithium
# Variations [@biomnis]
- physiologique : légère augmentation après 60 ans
- pathologique :
- pancréatite aigüe
- pancréatite chronique, cancers du pancréas
- inflammation, obstruction d\'organes proches du pancréas
(occlusion intestinale haute....), insuffisance rénale
- alcool
- diabète avec acido-cétose
#biochimie
# Localisation, rôle physiologique
C'est le produit final de la glycolyse anaérobie dans le cytoplasme
cellulaire. Il s'agit d'une impasse métabolique et peut s'accumule de
manière importante lors de la dégradation anaérobie du glucose.
# Tissus/organes de production et d\'élimination
L'acide l'actique résultat de la transformation du pyruvate catalysé par
la lacticodéshydrogénase dans le muscle, cerveau, érytrocyte, intestin
et peau. Le foie et le rein sont les principaux organes consommateurs :
à jeun, il est transformé en glucose (rein foie). Après un repas, il est
oxydé au niveau des mitochondries.
# Valeurs de référence (adulte)
0-2mmol/L
# Principe analytique de mesure
Ampérométrie (mesure de l'oxydation d'hydrogène en oxygène)
****c503 (roche)**** : test colorimétique avec la peroxydase
# Principales interactions analytiques
****c503 (roche)**** :
- diminué si N-acétylcystéine, métabolite du **paracétamol**
- dobésitale de calcium, interféresnce si métamizole, glycolate
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Acheminement rapide : agumentation du lactates au cours du temps et
selon la température : 0,1 mM/heure à 4°C et de 1,0 mM/heure à 37°C
# Augmentation et diminution
- Pathologique :
- anoxie par hypoperfusion tissulaire : choc (endotoxine,
cardiogénique, hémorragique), anémie sévère, insuffisance
vetriculaire gauche, état de mal convulsif, asthmie sévère,
insuffisance respiratoire sévère, méthémoglobinémie, intoxicaito
au CO ou cyanure
- systémique : diabète, insuffisance rénale/hépatocellulaire,
hémopathie, cancer
- toxique et médicamenteux (éthanol, méthanol....)
- déficits enzymatiques
- Physiologique : effort physique, post-prandial, alcoolisme,
nutrition parentérale, jeune
#biochimie
#biochimie
## Protéines
source <https://www.memobio.fr/html/immu/im_el_pr.html> DIMINUTIONS
PROTEINES TOTALES
- Défaut d'apport alimentaire : malnutrition, kwashiorkor
- Défaut d'absorption : insuffisance pancréatique
- Défaut de synthèse hépatique : insuffisance hépato-cellulaire,
inflammation aiguë sévère, subaiguë ou chronique
- Fuite de protéines : hémorragie, fuite urinaire, fuite digestive
(entérocolite, maladie de Crohn), fuite cutanée (brûlure)
AUGMENTATIONS
- Déshydratation extracellulaire : cf hydro-électrolytique
```{=html}
<!-- -->
```
- Hypergammaglobulinémie
- polyclonale : parasitose, maladies auto-immunes (LES, hépatite
auto-immune), sarcoïdose, purpura hypergammaglobulinémique
- m
## Kaliémie
### Hyperkaliémie
- excès d'apport (rare)
- transfert IC -\> EC :
- acidoe métabolique à trou anionique normale
- hyperosmolarité
- destruction tissulaire aigùe massive
- exercice physique
- β-bloquant, digitalique, again α-adrénergique
- diminution excrétion rénale
### Hypo
- carence apport (exceptionnelle)
- transfert EC -\> IC
- alcalose métabolique/respiratoire (entrée K+ en échange de
proton reglaré par les tampons)
- insuline
- β-adrénergique : stress, sablutamole
- stimulation hématopo̤è,se : vitamine B~12~, acide folique, anémie
mégaloblastique
- perte :
- rénale (fuite urinaire K\^+):
- HTA : hyperaldstéronésmie (activation SRAA, adénome
surrénale), hyperminéralocorticisme (Cushing)
- HTA normale
- acidose tubulaire rénale, acidocétose métabolique
- alcalose métaboli: diurétique thiazidique/anse
(chlorurie élevée), vomissement abondant (chlorurie
basse)
- digestives (kaliurèse adaptée = diminuées) : diarrhée
aigüe/chroniqu
## Ferritine
- HFE
- Syndrome métabolique
- cytolyse hépatique (hépatite aigïue) : augmentation CST
- syndrome inflammation (fe sérique et CST diminué)
- alcoolisme chronique
- surchrage fer
- cytolyse msculaire (cardiqaue/périph)
## Liquide d'ascite
Si inflammation, protéines passent la membrane -\> doit diminuer avec la
diminution de l'inflammation TG: suivi post-op pour chylotorax
(accumulation de lymphe) afin de suivre également le réatbilssement
#bacterio
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l'urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l'urètre (ascendant), plus
rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate,
malformation voie urinaire, grossesse, diabète+++
### Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir
; échec traitement; \> 4 épisodes par an -\> EBCU (bactérie +
antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez
la famme, VPP chez l'homme
1. ECBU: préanalytique
- Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d'urine +\*/ cathéter/ponctio
sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après
désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
- Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour
culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
2. Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d'identifier
une contamination, d'orienter les milieux d'ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif,
levures+++. 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
### Groupes
_Groupe 1_ : **Seuil = 10^3^**. Critères majeurs de
pathogénicité (e.g adhésion à l'épithelium urinaire) -\> responsable si
urine non contaminé, même en petite quantité
- **E. coli** (75%-80% des cystites simples)
- **S. saprophyticus** (cystites aigües communautaires chez femme de
15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = **Seuil = 10^3^ homme, 10^4^ femme**. Plutôt IU
associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter,
Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: **Seuil 10^5^**. Implication discutée. Nécessite
bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre
de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas
maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : **Seuil: non**. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
### Étiologie
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme
jeune
### Virulence
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
### Interprération
|Dispositif |Clinique|Leucotyurie|Bactéurie |IU |Antibiogramme
|-----------|--------|-----------|-----------|---------------------|---------------
|Non |oui |oui |cf seuils |oui |oui
| |non |oui/non |\>= 10^3^ |colonisation |non
| |oui |non |cf tableau |débutant/neutropénie |oui
|Oui |oui |NC |\>= 10^5^ |oui |oui
| |non |NC |\>= 10^3^ |colonisation |non
- **colonisation** femme **enceinte** avec bactérurie \>= 10^5^
groupes 1 à 3\* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si \> seuil
Clinique \> biologique (décapité par antibio, croissance lente)
### Uropathogènes emergents
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L.
delbrueckii
- chez \> 65 ans, \< 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et
prostate) -\> à chercher dans ce contexte
#bacterio
Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon,
dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
Primaire -\> secondaire
- folliculite/furoncle -\> 0
- abcès cutané primaire -\> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -\> impétigination
Germes = **Staph aureus**, **Strepto. pyogenes**
### Érysipèle
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour **S. pogenes**
- adulte obèse, porte d\'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, **sans nécroise**
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement **oui**, amox orale ambulatoire, pas d\'AINS ni cortico
### Furoncle, anthra, furonculose
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- **S. aureus producteur de LPV**
- diag clinique = nodlle inflammatoire avec nécrose au centre
- cemplication = abcès secondaire, **staphyloccice maligne de la
face** (thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV **inutile**
- traitement: pas d\'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC
si fièvre, \> 5cm+++
### Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccoqiue
- INfection aigǜe de la main la plus fréquence (pule doig,
sousungéulaire+++)
- **S. Aureus**
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d\'antibio si inflammation local, **chirurgie** si
abcès (douleur intense, pulsatile)
### Impétigo
- Dermo-épidermite superficielle
- **S. aureus** pays développés, **S. pyogènes** pays à faible
ressources
- **contagieux**, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pygenes)
- prélvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
- local si peu étendu et crouteux : antiseptique, aicde fusidique
- systémique si bulleux, étendu : β-lactamine
#biochimie
## Localisation, rôle physiologique
L'hémoglobine sert à transporter l'oxygène des poumons aux tissus et du CO~2~ des tissus vers le poumon. C'est une protéine avec 4 sous-unités, chacune comportant une molécule d'hème avec un atome de fer. Chaque hème peut fixer une molécule d'oxygène.
L'hémoglobine totale est la somme de tous les fractions d'hémoglobine mesurées : oxyhémoglobine, désoxyhémoglobine, méthémoglobine, carboxyhémoglobine (voir fiches idoines).
## Tissus/organes de production et d\'élimination
Les chaînes de globine sont synthétisées dans les érythroblastes. Après
la lyse des hématies vieilles, les hémoglobines sont catabolisées dans
le système réticulo-histiocytaire dans la rate, foie et moelle osseuse.
les macrophages du foie vont libérer l'hémoglobine qui va perdre des
molécules d'hème, qui seront oxydées avec une transformation de
porphyrine. Une partie sera conjuguée pour être éliminée dans la bile.
## Valeurs de référence (adulte)
Adulte 12-18 g/dL
## Principe analytique de mesure
Chaque dérivé de l'hémoglobine a un spectre d'asorption spécifique. On mesure donc l'absorbance aux longueurs d'onde caractéristique.
## Principales interactions analytiques
- hyperlipémie (augmentation)
- émulsions lipidiques (augmentation)
- congélation avec de l'azote liquide
## Augmentation et diminution
- Diminution : anémie par perte de sang, destruction de globules
rouges, incapacité à en produire de nouveau
- Augmentation = polycthémie primaire ou secondaire (hypoxie,
déshydratation, complication de transfusion)
# Autres hémoglobines
## Méthémoglobine
Cette dyshémoglobine a son fer oxydé en Fe^3+^. Eelle est donc incapable de se lier à l'oxygène.
Valeurs de référence (adulte): \< 2%
## Hémoglobine réduite
Cette dyshémoglobine peut apporter plus d'oxygène aux tissus cellulaire si l'oxygénation pulmonaire a été améliorée.
Valeurs de référence (adulte) \< 5%
## Oxyhémoglobine
Fraction de l'hémoglobine saturée en oxygène qui apporte effectivement de l'oxygène aux tissus
Valeurs de référence (adulte) 94 - 97 %.
## Sulfhémoglobine
Cette dyshémoglobine est un composé stable d'hémoglobnie et de sulfure. Elle ne peut pas apporter d'oxygène aux tissus cellulaires.
Valeurs de référence (adulte) \< 22%
## Mesure
Absorption spectrale
#bacterio
## Contamination ?
Probable si
- positivé lente, cathé (50% réa),
- espèce = staph épi, stap coagulase négative (sauf lugdu !), coryne,
strepto α-hémolytique, cutibacte, bacillus
Règle :
- 1 positif parmi 3 paires \[prélèvement unique/multiple\] = probable
faux positif
- \>= 2 positifs parmi 3 paires \[prélèvement multiple\] = vrai
positif si clinique non expliquée par autre infection, matériel
- \>= 4 positifs parmi 3 paires \[prélèvement unique\] = idem
- autre = difficile
## Négative
- volume insuffisant, antibiothérapie
- non cultivae : mycobactérie, candida, filmanteux, intracellulaire
(rickettsia, coxiella)
## Bacille gram négatif
penser
- bacillus
- corynebacterie
- listeria
- si ana: campylo
## Résultat intermédiaire
- pyo = ceftazidime
- polymicrobine = revoir antibio
- entérobacter groupe 3 = céfépime car risque élevé de
céphalosporinase hyperproduite
#biochimie
[Ammoniaque](Ammoniaque.md)
## Ammionaque : Clinique
Cycle de l\'Urée = fondamental pour garder ammoniémie basse
Détoxication impactée si cirrhose, IRA, shunt portal... -\> accumulation
toxique -\> encéphalopathie hépatique (trouble neuropsy + coma)
symptômes non spécifiques en période néonatale : mauvaise alimentation,
vomissements, somnolence, irritabilité, tachypnée
Partiel : mmois ou des années après la naissance et est souvent
déclenchée par une maladie ou un stress catabolique.
- perte d\'appétit, des vomissements cycliques, une léthargie ou des
anomalies comportementales
- tendance à éviter spontanément les protéines, en particulier les
femmes présentant un déficit en ornithine transcarbamylase (OTC)
(Scaglia et al 2002). Le r
2 premières année de vie : si prolongée, dommages irréversibles
(atrophie cérébrale, dilatation ventriculation, démyélination,
hypondensité) -\> épilepsize, troubles cognitifs important,
## Toxicité cérébrale
- entrée dans les cellules de l\'amonniac -\> modification du tampon
potassium (homéostasie électrolytique)
- Protection contre hyperammoniémie : détoxication par conversion en
glutamine
- stress osmotique -\> gonflement des astrocytes (mais n\'explique
pas tout)
- mitochondrie astrocytes : glutamine -\>~glutamate~ + ammoniac
-\> modification du pH, potentiel de mmebrane, ... modification
de nombreux transportseux production de radicaux libre etc =\>
avec modification du ca2+, effondrement du potentiel de membrane
intérieure , diminution synthèse ATP -\> perte des
mitochondrie + morts cellulaire
- cascade inflammation
- modification métabolisme mitochondrial
- perturbation du cycle de Krebs
- stimulation de glycose + inhibiton oxidation du pyrhuvate -\>
produciton de lactate dans le c-eraux
- Neurotransmission altérée :glutamine -\> désaminé en glutamate qui
va activer récepteur NMDA. Excès de glutamate -\> aptoptose
neuronale.
- modification neurotransimssion GACAergique
## Maladies congénitales : cycle de l\'urée
Une des 6 enzyme ou 2 transporteux défectueux -\> accumulation
Néonataal : pas d\'activité enzymatique (ou très faible)
- symptômes à 24h de vie
- impact cognitif, comportemental important
Plus tardif : activité résiduelle
- déclenché par catabolisme protéqiue, IR, augmentation d\'ammoniac
(sport, maladie, sepsis...)
taux de mortalité importante par encéphaloapathie
### Déficit CPS1
AR, 1/1 300 000 Non traité : encéphalopathie, épilepsie, coma, décès Bio
: hyperammoniémie + glutamine, diminution citruliline + arginine
(logique)
### Déficit NAAGS
AR \> 1/3 500 000 Seul à être traité Bio : hyperammoniémie + glutamine +
glutamate, diminution citrulline (logique) Non traité : détérioration
neuro heures/mois
### Déficit OTC
Le plus fréquent 1/56 500 transmission liée à l\'X !! oedème cérébrale,
épilespsie, coma Plus grave chez homme (variable chez femme) Bio :
hyperammoniémie + glutamine + alanine, diminution citrulline (logique)
troubles cogniif
### Déficit ASS1
clinique variable (parfois asymptomatique force tardive) Arginine
diminuée, citrulline augmentée plasma et urine et acide orotique dans
les urines (diminution activité onithine transcarbamylase ?)
### Déficit transport citrin
AR 3 formes
1. néonatale : cholestase intrahépatique,
2. Adulte : hyperamméniomé récurrente (début brutal adulte)
3. enfant : dyslipidémie, troubles croissance Bio : hyperammoniémie et
citrulline
Clinique : neuropsy, délire, coma
### ASL
après 24h forme néonat : létharie, convulsion, coma, mort 2e plus
fréquent toruble de l\'urée : 1/70 0000.AR Acide argininosuccinique
élevé dans les urine + ammoniaque et citrulline augmenté
### Arginase 1
1/950 0000 Arginine augmentée, psasticité, régression mentale + moteur,
épilepsie
Si hyperammoniméie : atxaie
### ORNT1
Triple H (hyperonirthinémie-hyperammonémie-homocitrullinurie)
accumulation cytoplastimce ornithine + lysine Bio : hyperammoniméie
+ronthinie + homocitrulline dans les urine
## Maladie congénitale : acidurie organique
\> 65 maladies, AR 1/3 000
Néonat: décompensation métabolique = grave+++ vomissement, convulsion,
léthargie, hypotonie, acidose métabolique, lactate, kétonurie,
hypoglycémie
Bloc métabloique -\> accumulation d\'acide organieque dans les
tissus/fluides. Ex
- acide propionique
- acide méthylmalonique
- acide isovalérique
Hyperammonémie = souvent dans les fornme classique. Lié à une
modification des cycles de krbes et de l\'urée ? Déficit en carnitine
qui accompagne ces maladies ?
## Oxidation des acides gras
a lieu dans les mitochondries, essential pour fournir de l\'énergie
quand il n\'y a pas de glucose AR 1/9000 Clinique variable, SNC souvent
affecté (hypoglycémie/hyperammoniémie)
Acide gras insuffisament utilisés Hypermamménion = très souvent
retrouvé, not. chez patients avec hypoglycémie, encéphaloathie,
insuffisance hépatique
## Dosage
Photométrie Interférence : hémolyse, pyruvate Pré-analytique : tube
vert, glace
## Traitement
- dialyse
- si rein rormal : \"scavenger\" (sodium benzoate, sodium
phenylacetate...) SP = augmente crxtrétuion rénale de glutamine
- supplémentation selon cause : arginine (CPS1, ...), citrulline
#bacterio #ist
Neisseria gonorrhoeae
- Cocci gram négatif
- **Fragile** sensiblite variation températiure =\> gélose sang
cuit/chocolate supplémenta
- Aérobie stricte mais **enrichi CO~2~**
- Pathogène strict home
## Épidémio
- adulte jeunes 43%
- home 2.2x
- augmenation HSH
## Pathogénicité
- homme : bruyant, urétrite aigǜe
- complication : épididymite aigüe +/-/ bactériémie
- femme : souvent asympto
- urétrie avec cervicie, leucorrhé
- complication: salpingitue aigüe, bartholinite
- pharyngé, anorectal = souvent asympto
- fellation non protégée
## Diagnostic
- ED:sensible pus uréthral homme sympto
- culture **\> 2j** si symptomatique
- **biologie moléculaire**
- autoprélèvement vaginal, 1er jet urine
- anal, gorge (PCR plus sensible que la culture)
## Dépistage
- symptomatique: culture + TAAN
- asymptomatique: TAAN puis culture si positif
## Antibiotiques
- CMI: E-test : péniG, cefixime, ceftriaxen, cipro/pfloxacine,
azithromycine, tétracycline
- résistance
- très fréquente : **péni-G**, FQ, tétracycline
- C3G : PLP mosaïque
- vanco = résistance naturelle
## Traitement
- **ceftriaxone + azitromicine**
# Localisation, rôle physiologique
# Tissus/organes de production et d\'élimination
# Valeurs de référence (adulte)
-------- ------------------ --------------------
Plasma jeun 4.11 - 6.05 mmol/L
enfant 3.3 - 5.55
nouveau-né \> 1j 2.78 - 4.44
Urines matin 0.3 - 1.1 mmol/L
24h 0.3 - 0.96 mmol/L
-------- ------------------ --------------------
# Principe analytique de mesure
Méthode enzymatique par photométrie mesurant la vitesse d'augmentation
du NAPDH selon les réaction :
glucose + ATP → G-6-P + ADP
G-6-P + NADP^+^ → gulconate-6-P + NADPH + H^+^
# Principales interactions analytiques
- LCR : contamination bactérienne
- urines : diminution si tétracycline
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Acheminement rapide pour éviter la consommation de glucose dans
l'échantillon
- conservation des urines dans la glace
- LCR : analyse immédiate ou conservé à -4 ou -20°
- Centrifugation si précipité
- Taux de glucose dans le LCR doit être 60% de celui dans le sang et
comparé à un échantillon de plasma analysé en parallèle
# Augmentation et diminution
- Hyperglycémie : diabète (1, 2, MODY), atteinte du pancréas
(pancréatite, néoplasie, traumatisme...), endocrine
(hypercortisolisme, acromégalie, phéochromocytome, hyperthyroidie),
médicaments, toxique, T12, Klinefelter, Turner
- Hypoglycémie : traitement du diabète (sulfamide, insuline), alcool,
médicaments, insuffisance hépatique/surrénale/hypophysaire/rénale,
malnutrition, tumeur mésenchymateuse, auto-immune, chirurgie
bariatrique, insulinome
### Néoglucogenèse
Àpartir de non-glucide Permet apport glucose au cerveau en cas de jeune
notamment Principalement dans le foie, mais aussi rein
Conversion depuis
- acide aminé : surtout alanine, glutamine
- lactate
- glycerol Formation de pyruvate -\> glucose (approx. inverse de la
glycolyse)
### Glycogénolyse
Glycogène -\> glucose
## Vie
Intestin -\> cellule épithéliale (NA^+^-glucose) -\> sang (GLUT5)
![](file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucose-transport.png)
- Foie = stockage (glycogène) + buffer + production glucose
- Muscle = stockage (glycègen)
- autres organes consommose
- Sang = transport
![](file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/hyperglycemie.png)
![](file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/hypoglycemie.png)
## Mort
![](file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucose.png)
### Glycolyse
1. glucose -\> pyruvate selon
glucose + 2ADP + 2PO~4~^3-^ ← 2 Pyruvic acid + 2ATP + 4H
1. acide pyruvique + coenzyme A → acetyl-CoA + 2CO~2~+ 4H
2. Si aérobie, oxydé dans le cycle de Krebs pour former de l'ATP
2 Acetyl-CoA + 6H~2O~ + 2ADP → 4CO~2~ + 16H + 2CoA + 2ATP
Si anaérobie, conversion du NADH et H^+^ pour éviter que la glycolyse ne
s'assrête : acide pyruvique + NADH + H^+^ ↔ acide lactique + NAD^+^
*NB: le fructose entre dans la glycolyse en aval du glucose*
![](file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucides.png) A lieu
dans quaisemnt toutes les cellules vivantes. Objectif :
- fournir de l'énergie (2 mol d'ATP pour 1 mol de glucose)
- fournir du NADH (sert à générer de l'ATP en aérobie ou est consommé)
- convertit les glucoses en acetyl-CoA (cycle de Krebs ou synthèse
d'acide gras/cholestérol), glycerol
### Glycogenèse
Glucose -\> glycogène Plupart des cellules mais surtout foie (5-8% du
poids) et muscles (1-3%) NB: activé épinphrine, glucagon
La formation de glucose peut se faire à partir d'acide aminés et le glycérol des acides gras , principalement dans le foie par néoglucogenèse. Le glucose peut également être généré à partir du glycogène par glycogénolyse. Pour fournir de l'énergie, la glycolyse convertit le glucose en pyruvate puis en acetyl coenzyme A. L'Acetol -CoA va servir 1. à synthétiser des triglycérides et 2. à générer de l'hydrogène et du CO~2~ (cycle de Krebs). L'oxidation de l'hydrogène fournira alors de l'énergie. À noter que la glycolyse peut être anaérobie avec une efficacité fortement diminuée et conversion du pyruvate en acide lactique. Une voie alternative de dégradation du glucoe peut se faire via la voie du pentose phosphate (30% des réactions dans le foie et important dans les cellules adipeuse).
Les glucides provenant de l'alimentation sont transformées en glucose pour être transporté dans le sang (avec conversion fructose et galactose -\> glucose dans le foie). Celui-ci va être transporté au travers de la membrane des différentes cellules du corps. Le glucose y sera utilisé pour pour générer de l'énergie (glycose) ou y être stocké sous forme de glycogène (foie surtout, muscle).
#biochimie
- artériel : 35 - 46 mmHg (4.7 - 6.1 kPa)
# Principe analytique de mesure
Ampérométrie par mesure du courant généré entre 2 électrodes suite à la
réaction d'oxydation du CO2
# Principales interactions analytiques
- Dilution si prélèvement sur cathéter
- Tube EDTA, citrate, fluorure **proscrits**
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Vérifier que la température est renseignée
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si \< 0.5, choisir une analyse),
100μL pour un capillaire
# Augmentation et diminution
La pO2 reflète l'état respiratoire général.
- Une pCO2 faible traduit une hyperventilation
- Une pCO2 élevée révèle une hypoventilation ou insuffisance
respiratoire
- soit d'origine pulmonaire
- BPCO sévère
- Emphysème pulmonaire sévère
- Résection chirurgical
- Pneumopathie inflammatoires
- soit d'origine non pulmonaire
- défalliance du Contrôle ventilatoire
- origine cérébrale : infections, traumatismes, tumeurs,
AVC
- centres respiratoire :
- perte de contrôle (sédatifs, Parkinson, tétanos...)
- lésions voies afférentes/éfférente (traumatisme
médullaire cervical, sclérose en plaque)
- récepteurs périphériques : syryngomyiélie,
neuropathie diabétique
- Pompe ventilatoire
- neuromusculaire : SLA, Guillairn-Barré, toxique,
myasthénie hypokalémiée, hypophosphatémie
- cage thoracique : Cyphoscolioase, fibrose,
obésité...
Valeurs
Le CO2 est produit lors du métabolisme cellulaire normal de manière continue et libéré dans le sang. Il est ensuite transporté dans les poumons, où aura lieu une diffusion des capillaires pulmonaires dans les alvéoles. Il sera ensuite expiré.
Valeurs de référence (adulte)
- artériel : 7.38 - 7.42
- veineux : 7.32 - 7.38
## CO2
Le CO2 transporté dans le sang est sous 2 formes : dissous dans le plasma et le cytoplasme des globules rouges et combinés sous forme de bicarbonate, ainsi que lié à l'hémoglobine.
## pO2
Dans les poumons, l'oxygène diffuse au niveau des alvéoles via le sang.
Il y est combiné à l'hémoglobine des globules rouges et transporté vers
les cellules dans les artères. Il est ensuite libéré dans les tissus.
L'oxygène est consommé pour la respiration cellulaires par les
mitochondries afin de générer de l'énergie sous forme d'ATP
Valeurs de référence (adulte)
- pO2 artériel : 70 - 100 mmHg (9.5 - 13.3 kPa)
- Production: nombreuxs métabolismes (acides aminées, protéines...) ou issus de substances toxiques (méthanole, acide oxalique, acide formique)
- Élimination: principalement par les poumons +/- reins, estomacs (vomissements...), intestin (diarrhée)
Le pH représente l'activité de l'ion hydrogène, qui reflète l'équilibre acide-base dans le sang. Il doit être régulé dans des marges étroites car des variations importantes peuvent rapidement avoir des conséquences délétères pour le métabolisme cellulaire, notamment sur le plan
vasculaire.
#biochimie
## pH
#bacterio #viro
Principale complication = déshydratation
### Virale
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine) ou indirecte
(aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l'acadidé gastrique
- toutes tranches d'aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- multiplication dans les entérocytes de l'intesting grêle
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo,
vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire),
PCR temps réel
- immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et
astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -\>
technique plus sensible
1. Rotavirus
- Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
- Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets
contaminés par des feces/vomissure. NB: perte de son
infectiosité en milieu humide
1. Structure
Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
2. Épidémiologie
- groupe A:
- France, enfant \< 5 ans 140 000 consultations, 18 000
hospitalisaiton, décès exceptionnel
- **1ere cause de diarrhée aigùe de l'enfant \< 5 ans**
- 1ere cause d'infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32%
nosocomiales selon les pays
- monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères,
600 000 morts/an (pays bas/moyens revenus)
- adulte/enfant plus gế : réinfetion commune mais clinique
très modérée. Surtout un vecteur de transmission
3. Physiopathologie
Lésions des entérocytes matures de l'intesting grêle
(multiplication du virus) : dérégulation puis destruction.
Mécanismes :
1. sécrétion eau, électrolytique -\> diarhée sécrétoire
2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique -\>
diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique
dans l'intestin)
4. Clinique
- variable : asymptomatique - diarrhées
malabsorption/sécrétoire
- incubation \< 48h
- symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut
précèder de quelques jours et persister 8-10 jours
- infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois
(immunité maternelle) (NB : immunité secondaire chez
adulte)
- diarrhée
- aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive),
vomissement, douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
- intensité = variable
- consistance variable (molle - liquide)
5. Diagnostic
- Test immo-chromatographique
- Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans
les selles (anticorps monoclonaux)
- RT-PCR, RT-qPCR
2. Norovirus
1. Structure
Capside, non enveloppé, **simple brin** (≈ ARN messager)s
2. Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++),
souillures, projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
3. Épidémiologie
- Souvent sous forme d\'épidémie.
- Surtout en hiver
- **\> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit
l'âge**
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
- **Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC** (eau
souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
Attention: persistance excrétion virale semaine après la
guérison
4. Physiopathologie
- Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire -\>
malabsorption transitoire (altération système enzymatique
des entérocyte)
- invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
5. Clinique
- Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement
déshydratation)
- Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que
rotavirus)
- Incubation 4-77heures
- Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur
abdominale
- Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
- mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé,
immunodéprimé)
- Infections chroniques parfois sévère chez l\'immundodéprimé
(perte de poids, déshydrataition+++)
6. Diagnostic
- test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
- standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
7. Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène
du voyage, hôpital = idem
- Pas de vaccin
3. Adénovirus
- Transmission féco-orale, **respiratoire**
- Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
- Endémie avec pics (hivers, printemps)
1. Structure
Capside, non enveloppé, double brin
2. Épidémio
- toute l'année (épidémique ou sporadique)
- **3-6% GEA infectieuses du nourrisson**
3. Physiopatho
- Largement répandu dans la population mais pas d'immunité
- Lyse cellule
4. Clinique
- Immunocompétent : **oculaire** (conjonctivite,
kérato-conjoctivite), **respiratoire** (ppharyngite,
bronchite, pneumotahie), **digestif** (gastro)
- Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie,
méningoencéphalite, héptatie) ! potentiellement mortel !
5. Diagnostic
- Formes graves chez l'immunocompétent, dépistage chez
immunodéprimé
- PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
6. Traitement
Cifodovir = IV, nombreux effets indésirable
7. Prophylaxie
4. Astrovirus
1. Épidémio
- épidémies en hiver, surtout nourrisson
- 1-4% GEA enfant et adulte
2. Physiopatho
Entérocytes matures , sommets des villosités
3. Diagnostic
ELISA RT-qPCR
5. Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
- forme sévère de l'enfant: recherche rotavirus
- porteur asymptomatique en pédiatrie
- enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation +
symptôme (prévenir infection nosocomiale)
6. Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
- immunodétection ou PCR temps réel -\> noro, rota, adéno,
sapovirus, adénovirus
- Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent -\>
recherche norovirus
7. Principales mesures d'hygiène permettant de lutter contre une
épidémie de GEA
Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
- Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
- norovirus :
- règle d'hygiène en voyage
- lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus,
prélèvement régulé, isolement des patients à risque
# Localisation, physiologie
# Production
La version circulante est du à une destruction cellulaire, surtout
d'origine hépatique.
# Principe analytique de mesure
Test colorimétrique enzymatique.
Il mesure par photométrie à 415nm (absorbance) de la quantité d'amino-5
nitro-2 benzoate, qui est proportionnelle à l'activité de la γ-GT.
# Valeurs de référence [@thomas2005consensus]
- homme \< 60U/L
- femme \< 40U/L
# Principales interactions analytiques
- Hémolyse \>200mg/dL
- Gammapathie IgM (très rare)
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- tube hépariné (lithium, dipotassique)
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- physiologique : population africaine, nouveau-né (augmentation)
[@van2019davis]
- iatrogènes : tricyclique, contraceptifs oraux, phénobarbital
- Augmentation pathologique
- alcool
- affection hépatobiliaire (cholestase notamment)
- hyperthyroïdie, parasite (distomatose, larva migrans)
La γ-glutamyltranspeptidase est impliquée dans le transfert des acides aminés au travers de la membrane cellulaire et dans le métablosme du glutathione. Elle se trouve dans le foie, pancréas, reins, rate, poumons, prostate.
#biochimie
#biochimie
## Calprotectine fécale
- Présence : polynucléaire neutrophique, macrophages, certaines
cellules épithéliales des muqueuses
- Proportionnel à l'\*inflammation de la muqueuse\*
Algorithme :
- \< 50μg/g : pas d'inflammation, trouble fonctionnel
- 50-150μg/g : zone grise
- \> 150μg/g : inflammation
## Tests respiratoire
- Mesure hydrogène/méthanase après une fermentation anaérobie
intestinale
- Contexte :
- intolérance aux glucides : non absorbé dans le grêle donc
fermentation (retardée)
- pullulation microbienne : fermentation précoce
## Stéatorrhée, élastate, acitivté chymotrypsique fécale
Stéatorrhée : \> 7g/27
- défaut d'absorption (coeliaque, MICI) -\> acides gras à la
microscopie
- défaut de digestion (insuffisance pancréatique exocrine...) -\>
triglycéride à chaînes longues
Élastase fécale : témoin de l'insuffisance pancréatique : sévère si
\< 50μg/g
## Ionogramme fécal
- augmentation débit Na^+^ ou K^+^: diarrhée hydroélectrolytique
- trou osmolaire
- \< 50mOsmol/L : diarrhée sécrétoire (colite microsocpie,
viopem...)
- \> 125 50mOsmol/L : diarrhée osmotique (laxatif...) ou
malabsorption glucidique (déficit en lactase...)
- normal : diarrhée motrice, pathologie mixte
## Clairance fécale de l'αantitrypsine
- Fuite intestinale physiolique de protéine. Si augmenté: entéropathie
exusidatione, souvent associée à des maladies érosive (MICI), non
érosive (coeliaque), (hypo)
- αantitrypsine: inhibe l'activité catalytique de sérines protéases.
Marqueur de fuite protéique intestinale
- Interprétation :
- oedème ou hypoprotidémie avec hypoalbuminémie et
hypogammaglobulinémie non explique par
dénutrition/protéinurie/syndrome inflammatoire -\> la clairance
de
l'*α**x* − *a**n**t**i**t**r**y**p**s**i**n**e**d**i**a**g**n**o**s**t**i**q**u**e**u**n**e**g**a**s**t**r**o**e**n**t**é**r**o**p**a**t**h**i**e**e**x**s**u**d**a**t**i**v**e*
#biochimie
## Physiologie
Énergie:
- stocke glucose
- libère le glucose stocké, le produit par néoglucogenèse
- synthèse des corps cétonique: oxydé pour être utilisé comme énergie
par muscle squelettique, cardaque, cortex rénal
Synthèse majeure partie des protéines sauf immunoglobulines
- albumine
- transport (transferrine...)
- coagulation
- inflammation (CRP, partie du complément)
Synthèse du cholestéral Épuration :
- déchet du métabolisme = amoniaque sous forme d'urée (catabolisme
azotée), bilirubine ,
- hormones (stéroïdes)
Transforme médicaments, toxique.... par modification (ex: cytochrome
P450) puis conjugaison
### Bilirubine
Production
- 20% catabolisme dans le foie des autres composants de l'hème ou
destruction érythroblastes moelle
- 80% hémoglobine par destruction des hématies
Cycle:
- Bilirubine libre/non conjuguée = circule dans le plasma liée à
l'albumine
- conjugée dans le foie
- bilirubine conjugée secrétée dans le duodenom par voies biliaires
- oxydation qui va donner la couleurs aux selles. Une partie passe
dans les urines
Patho:
- excès des capacité de transport de la bilirubine libre (exemple =
préma) on a alors bilirubine libre non liée à l'albumine
- bilirubine conjugée dans le plasma -\> urines foncées (diag
d'ictère)
### Fonction biliaire
- élimination métabolite
- absorption lipides
Patho: sursaturation du cholestérol -\> cristaux -\> calcul
## Marqueurs
### Cytolyse:
- [ALAT]{.underline} \> 40 U/L = cytosol (foie +/- muscles)
- [ASAT]{.underline} \> 35 U/L = cytosol + mitochondrie (foie,
muscles, coeurs, rein, pancréas, cerveau)
Attention :
- hémolyse = ininterprétable (aminotransferase globules rouges\>
plasma )
- ASAT \< ALAT car demi-vie inférieure (sauf alcool chronique car
grosses mitochrondrie)
- Aigü : normalisation en 6 mois
- seulement souffrance cellulaire et non état fonctionnel du foie
NB: LDH (lyse cellulaire) non spécifique mais très marqué pour métastase
hépatique NB: peuvent être augménte si stéatose, inlammation modérée,
obstruction des voie billaire, cirrohse, exercice musculaire violent
### Synthèse
- [Coagulation]{.underline} : complexe prothrombinique diminué
- non spécifique des insuffisance hépatocellulaire (cholestase
avec défaut absorption vitamine K)
- si \< 60%, doser facteur V pour confirmer IHC
- attention: fibrose dès \<90% dans patho chronique
- [Albumine]{.underline} : produit par l'hépatocyte
- important mais non spécifique de l'IHC (malnutrition,
malabsorption, rénal)
### Épuration
- [Urée]{.underline} = diminué si IHC (genèse hépatique)
- [Ammoniac]{.underline} = augmenté si ICH -\> suivi des IHC et foie
(toxicité système nerveux central)
### Sécrétion bilaire
Surtout défaut d'excrétion [bilirubine conjugée]{.underline} +
augmentation bilirubine totale
### Cholestase
Diminution/arrêt sécrétion biliaire. 3 atteintes :
1. synthèse
2. Sécrétion intrahépatique
3. extrahépatique
Marqueurs
- bilirubine : augmentation totale + conjuguée (attention, ictère
retardé : conjonctive si \> 50µmol/L)
- enzyme :
- [phosphatase alcaline]{.underline} (PAL) augmentée mais non
spécifique (patho. osseuses, cancers). Active dans foie, os,
rein, intestin, placenta \[Attention âge, grossesse\]
- [gamma-glutamyl transférase]{.underline} (γGT): origine
hépatique pour l'enzyme circulante (+ pancréas, reins, rate,
poumon, prostate). Augmenté sensible mais peu spécifique
(alcool, contraceptique, phénoparbital) \[Attention population
africaine\]
Coagulation: Diminution du TP avec facteur V normal
Autres
- Augmentation acides biliaire totaux = cholestase
- Pigments
- biliaire dans urines (+produits transformations)
- Selles décolorées = cholestase
- IgM = cirrhose biliaire primitive
### Inflammation
CRP, vitesse sédimentatino érythrocytaire, électrophorèse ptoténies
sériques
### Fibrose hépatique
- ponction biopsie, Fibroscan (non invasif)
- acide hyaluronique = surtout valeur prédictive négative
- scores : Fibrotest, Fibromètre, Hépascore
## Interprétation
Augmentation ALAT/ASAT
- aigue \> 10N: hépatite virale aigüe A, B, médicaments (IMAO,
méthyldopa...), toxique (paracétamol, champignon), lithiase de la
voie biliaire principale, ischémie hépatique aigue
- aigüe modérée 3-10N: hépatite virale A, B, autre infections (EBV,
cmv, HSV, toxoplasmose), alcool, surcharge pondérale, atteinte
hépatobiliaire chronique
- chronique \< 3: VHC, VHB chronique, stéatose hépatique du
diabote/dyslipidémie,/obésite, alcoolisme (rappport inversé), autres
médicaments (isoniazide...), autto-immun, surcharge (hméocromatose,
Wilson) NB: élimiier une nécrose musculaire/myocardique, pancréate
NB: cherche un risque d'hépatite fulminante : TP, facteur v,
ammionémie
Bilan enzymatique anormal
γ GT PAL ALAT,ASAT Interprétation Étiologies
---------- ---------- ------------------- ---------------------------- --------------------------------------------
augmenté augmenté augmenté hépatopathie cytolytique hépatite virale, alcool, médicaments
augmenté augmenté N ou peu augmenté hépatopathie cholestatique \- médicaments (antidépresseurs),
\- biliaire, pancréas, foie
augmenté N N alcool, médicaments inducteurs
enzymatique, stéaotose, sucharge pondérale
+/- hyperthyoroïdies, parasite
Cholestase : PAL \> 1.5N (plutôt extra hépatique), γGT \> 3N (plutôt
intra-hépatique), ALAT, AST \< 2N Ictère : augmentation bilirubine
----------------- -------------------- ---------------------------------------------------------------------------
non conjuguée : \- extra-hépatique hémolyse (nouveau-né, constit, acquis)
\- hépatique : Gilbert, Criggler-Najjar, ictère transitoire du nouveau-né
conjuguée \- intra-hépatique : médicaments, hépatite virale/parasitaire, autoimmun,
carcinome, cirrhose biliaire primitive, septicémie, cholestase gravidique
\- extra-hépatique lithiase cholédoque, cancer pancréas, pancréatite chronique
, cholangite sclérosante, sténose/carcinome des voies biliaires
----------------- -------------------- ---------------------------------------------------------------------------
## Cirrhose
- IHC: TP, facteur V, dosage albumine (ou EPS)
- inflammatoire : bloc β-γ, augmentation α2 globuline
- score Child-Pugh (ascite, encéphalopathie, albuminméue,
bilirubinémie, TP)
## Dépistage carcinome hépatocellulaire
αfoetoproténie = suivi et non iagnostic. régérénration des hépatocyttes
## Grossesse
- Physiologique : diminution albuminémie possible, augmenation PAL
- cholestase gravidique : prurit, augmenation acide biliarie sérique :
10-40 modéré,, sérève si \> 40
- ALAT = 2-10N \>\> ictère 10%, bili augmentée et γGt
No/augmentée: 30%, stéatorrhéie (déficit en vitamine K visible
sur TP)
# Reference
Bonnefont
#biochimie
## Physiopatho
### Cycle
![](../images/biochimie/fer.png) NB: *apo-* est utilisé quand il n'y a pas de fer (ex: apotransferrine = transferrine sans fer)
1. Stockage
Surtout dans le foie et la rate, sous forme de Fe^3+^ contenu dans soit
- ferritine : macrophages, hépatocyte
- hémosidérine (libération lente)
Le $Fe^3+$ est oxydé en $Fe^2+$, se retrouve dans le plasma où il va
être oxydé afin d'être transporté par la transferrine (oxydation
réalisé par la céruléoplasmine) NB: Les macrophages sont mobilisé en
premier pour l'érythropoïèse
2. Production et transport
Production de Fe^2+^
- Absorption intestinale de Fe^2+^
- Dégradation de l'hémoglobine par les macrophage avec production
de bilirubine et Fe^2+^
Évolution du Fe^2+^ (intestinale ou macrophage): 2 possibilités
- stocké dans la cellule sous forme de *ferritine* (en se liant à
l'apoferritine),
- ou pris en charge par la *ferroportine* et largué dans la
circulation sanguine
Dans le sang Fe^2+^ oxydé en Fe^3+^ qui est transporté par la
*transferrine*. Il va y avoir ensuite des échanges entre la moelle
osseuse, le foie et le système réticulohistocytaire
### Régulation
- HFE: diminue l'affinité du récepteur de la transferrine -\>
- hepcidine : dégradation de la ferroportine -\> fer \"bloqué\" dans les entérocytes -\> hyposidérémiant
## Patholologiques
### Surcharges
1. Hémochromatoses héréditaires
- Type 1 = 80% des adultes = autosomale récessive sur *HFE* : affinité excessive du fer pour réticulohistocytaire et cellules parenchymateuse hépatique
Atteinte hépatique (hépatomégalie, cirrhose),pancréatique, cardiaque
- Forme juvénile également
- traitement = saignée (oral si juvénile)
2. Secondaires
- excès supplémentation martiale/transfusion
- Anémies hémolytique, dysérothropoïèse, thalassémie, hémoglobinopathies
- dysmétabolique : biologique = syndrome métabolique
d'insulinorésistance
### Autres
- Anémie inflammatoire (infection sévère, chronique, néoplasie): le fer provenant de l'hémolyse physiolique est mal recyclé
- autres affection génétique microcytaire hypochromes avec sidérémie normale/augmentée: OMIM 209300 604290 206100
- Carences martiales (saignements chronique, maladie de Wilson, carence vitamine C, malabsorption...)
## Exploration
- Ferritine circulante = le plus sensible et le plus précoce, ≈ stock de fer
- Fer sérique : augmenté si surcharge en fer, cytolyse hématique, diminué si carence martial, inflammation
- transferrine : augmenté si carence en fer, diminué si malnutrition attente hépatique grave, syndrome inflammatoire
- Capacité totale de fixation de la transférrine = 25 × transferrine
- Coefficient de saturation de la transferrine = fer sérique / CTF × 100
- Autres :
- fer non lié à la transferrine = spécialisé
- récepteur soluble de la transferrine = diagnostic des carences en fer pendant état inflammatoire
- protoporphyrine libre : augmenté dans les urines si carence en fer, cancer, affection chronique
- Ahepcidine = anémie hypochrome microcytaire avec suspicion génétique, suivi hémochromatoses héréditairesc IRC et inflammation chronique
Génétique: 1. p.Cys282Tyr de *HFE*. 2. si non homoygote, coefficiente de saturation (diminué si hétérozygote)
## Arbre
ferritine normale
------------------ ------------------- -------------- ----------- ---------- ---------------
Ferritine Transferrine CTF CST Autres
carence martiale diminuée augmentée augmentée diminuée
inflammation normale/augmentée diminué diminuée normale CRP augmentée
thalassémie etc CRP normale
------------------ ------------------- -------------- ----------- ---------- ---------------
ferritine augmentée
- CTF et CRP normale : surcharge acquise, maladie de Gaucher
- CS augmentée : hémochromatose type 1 ou surcharge secondaire
# Référence
Bonnefont
#bacterio
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
### Habitat {#habitat-3}
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène
possible.
Commensal gastrointestinal + génital chez les femmes Augmentation des
infections avec les années
### Facteurs de virulence {#facteurs-de-virulence-1}
- Pas d'exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -\> adhère à l'endocarde et l'urothelium -\>
endocardite et infections urinaire
### Résistance {#résistance-3}
- Naturelle : **céphalosporine**
- faecalis = résistance oxacilline, C3G, ertapénème, lincomycine,
acide fusidique
- **E. faecalis = sensible amox**. E. faecium = résistant 80-90%\*
- multi-résistance chez E. faecium
- aminoside (bas niveau)
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique
sur \> 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine,
glycopepited, lipopetide) = synergie
- glycopeptide
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification
cible++, efflux, protection ribosomale
- en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
- attention aux entérococques résistant vancomycine (surtout E.
faecium): *vancA* *vancB*
### Clinique {#clinique-3}
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
#bacterio
### Résistances et groupe
Groupe selon la résistance **naturelle** β-lactamine
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella (pneumonia, oxytoca),
Citrobacer koseri, Shigella (!)
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella,
Providencia, Citrobacter freundii, *Klebsiella aerogenes*
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
### Escherichia coli
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase
positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
- Groupe 1 :
- céphalosporinase chromosomique de très bas niveau.
- Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à
spectre étendues, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
### KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia
Vert (β-glucosidase +)
### Salmonelle, Shigelle
- Bacille gram négatif, non sporulé, aéro-anaérobie facultatif
- non exigeat
- catalase, nitrate réductase
- pas dans le microbite digestf normal de l\'homme
- porte d\'entrée digestive
- responsible de
- maladie du péril fécal (pays en voie de développement :
Salmonelle typique et non typqiue, Shigelle)
- TIAC : salmonelle non typhique \>\> shigelle
- rappel: TIAC\>= 2 cas, déclaration opligatoire
1. Pouvoir pathègene
- salmonelle :
- strictement humain = sér. Typhi, paratyphi =\> fièvre
(para)typhoïde
- animale = non typhique: gastroentérite
- shigelle : dysenteria+++ strictement humain =\> dysentérie
bacillaire, gastroentérite sanglante
2. Physiopath
**Entéro-invasif**
- shigelle : envahissement + destruction cellules épithéliales
(syndrome dysentérique)
- salmonelle : envahissement sans destruction de la muqueuse (sd
gastroentéritiques) +/- production de toxique
Clinique:
- salmonelle typhique: 1-2semaine incubation, fièvre continue
élevée 40\`, bactériémie, tuphos, diarrhée/constipation\`
- salmonelle non typhique: incubation 12-36h, diarrhée fébrile,
vomissement
- shigelle: incubation 1-3j, fièvre élevée, selle avec sang,
glaire, pus, douleurs abdominales violentes
3. Diagnostic
- selles +/- sang pour salmonelle (para)typhique
- diag moléculaire
- culture:
- \"SS\" (salmonelle/shigelle): salmonelle = lactose - et SH2+
- Hektoen, Drigalski (BG-) : lactos-, h2s+
- pour salmonelle : bouillon d\'enrichissement
- identification: **salmonelle non différencie d\'e. coli**
- shigelle = immobile
- shigelle = fermentation manitol ( sauf s. dysenteria )
- BG-
4. Traitement
- diarrhée infectieuse aigue = symptom
- antipyrétique,
- maintien hydro-élecrique
- régime sans résidu
- ! contre-indication ralentisseur du transite (lopéramique)
- +/- antibio si forme grave \> 3 ours, ID+++ :
FQ/azithromycique
- bactériémie : FQ/azithromycine,/ceftriaxone
Déclaration obligatoire : TIAC, fièvre (para)typhoïde Vaccination en
prévention salmonelle typfique
#bacterio
- Rare (5cas/million), grave (20% décès)
- Souvent iatrogène
- Traitement difficile (biofilm)
- **Gram positif**
- staph aureus/coag négative : cutané, cathéter, toxico IV
- strepto : bucco-dentaire, digestif
- entérocoque = digestif, urinaire
- HACCEK = bucco-dentaire \[Bacille gram neg croissance lente +
physio = Haemophilus, Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium
hominis, capnocytophaga, Kingella kingae\]
- candida = cathéter, toxico
- Diag: critère de duke pour hémoculture : 2 positive à germe typique
ou \>2 à germe atypique
- négative dans 5-10% E
I
#bacterio #viro
### Clostridium difficile
- Bacille gram positif à bout carré, spores subterminales
- Anaérobie strict
- 1re cause diarrhées associées aux soins
### Préanaytique
- seulement si diarrhée et \>= 3 ans
### Pathologies associée
- diarrhées : 10% nosocomiale, 10-25% post-antibio
- colite pseudo-membraneuse 95%
- complications: mégacôlin toxiuqe, perforation, choc toxique
- portage **asymptomatique**: 20-70% **nourrissons jusque 3 ans**,
adulte \< 3%
### Facteur de virulence
- **toxines** A, B, adhésien, enzymes, spores
### Diagnostic {#diagnostic-12}
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène
- ou colite pseudo-membraneuse
- référence (fastidieux) = culture toxigénique, test de toxicité en
culture
- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne
VPN =\> souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou
immunoenzymatique (spécifique)
=\> (GDH + ou PCR+) et toxine immuno + = diag
### Post-analytique
- pas de contrôle
- 6 jours redondance
### Traitement {#traitement-7}
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction
hydroélectrique
- **pas d'antibiogramme** = sensible métronidazole + vanco
- hygène = **contact**, isolement, lavage **mécanique** des mains,
**Javel**. Isolement levé 48h après arrêt des diarrhées
### Virale
GEA Adulte : norovirus \> rotavirus \> adénovirus \> astrovirus
### Rotavirus {#rotavirus-1}
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l\'**enfant** \< 5 ans.
Touche également adulte (ID, voyageur, contact enfant)
- Épidémies hivernales 6-24mois
- pas de vaccin
### Norovirus {#norovirus-1}
- 1ere cause de diarréhes virale chez l\'**adulte**, 2e cause enfant
\< 5 ans
- Clinique:
- début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2
jours)
- immunodéprimé : risque diarrhée chronique
- épidémies++ (collectivités)
- critères de Kaplan = vomissement \> 50% sujet, incubation moyenne
1-2 j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour
conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après
symptômes
- vaccin: 6semaine-6mois de vie
### Autre {#autre-1}
- Astrovirus : GEA modérée, tous les âges
- Adénovirus (40-41) : test rapide/RT-pcr, ttt sympto
#biochimie
La clairance de la créatinine est estimée par le Débit de Filtration Glomérulaire. Évaluation DFG à partir de la créatininémie
- Cockroft et Gault: age, **poids**, créatinimie. Mauvaises
performances si obèse, \> 75 ans.
- MDRD, CKD-EPI : **sexe**, age, créatininémie, **ethnie**. **pas le
poids**
-\> CKD-EPI. recommandé par la HAS. Aussi plus précise que MDRD pour
valeur basse
- Schwartz : enfant
- recos HAS:
- MDRD non validé si
- CKD-EPI si dosage enzymatique, MDRD si colorimétrique
Attention : formules non utilisable chez l'enfant (formule du Schwartz),
variation aigüe de la fonction rénale, cirrhose hépatique décompensée,
gabarit hors norme, amyotrophie important, grossese
Dans ce cas, utiliser clairance urinaire sur urines de 24h = créat
urinaire\*débit/créat sanguine
Permet d'éliminer l'ammoniaque et l'urée
## Initialisation
le $CO_2$ passe du cytosol dans la mitochondrie puis :
$CO_2 + H_2 O \leftarrow HCO_3^{-} + H^{+}$ Puis
$HCO_3^{-} + ATP \rightarrow NH_3 + ADP$
Le $NH_3$ est converti en carbamate -> carbamoyl-P (catalysé par N-acetyl glutamate, qui entre dans le cycle
## Cyle
1. Le Carbamoyl phosphate est converti en citrulline (raction de condensation avec l'orinithine).
2. La citrulline sort de la mitochonrie et va se condense avec l'aspartate. Le \"cleavage\" va créée de l'arginine et du fumarate.
3. L'arginine est clivée par l'arignase, libérant de l'urée et reconstituant de l'orinithine, qui retourne dans la mitochondrie.
#biochimie
## Naissance
Pour excrétion dans les urine, la [*créatine*]{.spurious-link
target="Créatine"} est tansformée en créatinine
## Vie
Libérée par le muscle
## Mort
Éliminée par le rein par filtration glomérulaire et excrétion dans le
tubule proximal
## Effet
Pas de rôle physiologique
## Indication
Pas de réabsorption par le rein, donc marqueur de fonction rénale
## Dosage
La clairance de la créatinine sert d'approximation pour le débit de
filtration glomérulaire (voir [*DFG*]{.spurious-link target="*DFG"})
#biochimie
## Naissance
Il s'agit d'un produit de l'arginine (transformation en glycine par la
glycine amdinotransferase, qui va générer du guanidinoacetate et de
l'ornithine. Cette première est méthylée en créatine). Ces réactions ont
lieu dans le foie, rein et cerveau.
## Vie
La créatine est transportée dans les muscles squelettique La
phosphorylation de la créatine sert à faire la phosphocréatine, qui est
un réservoir d'énergie (muscle squelettique, cerveau surtout) car la
déphosphorylation permet de créer de l'ATP. \$creatine + ATP ↔
phosphocreatine + ADP \$
## Mort
Pour l'excrétion dans l'urine, la créatine est convertie en créatinine.
#bacterio
## Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-\> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l\'éthanol de laver la
coloration
Aérobies
![](../../images/microbiologie/aerobies.png)
![](../../images/microbiologie/anaerobies.png)
![](../../images/microbiologie/autres.png)
## Catalase
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par
le peroxyde d'oxygène
| |Catalase + |Catalase -
|----------------|-------------------|---------------
| |aérobies strictes |
|Cocci gram+ |staph |strepto
|Bacille Gram + |Listeria |Lactobacillus
| |Corynebacterium |
| |Propionobacterium |
## Oxydase
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la
plupart des cellules vivante)
|Oxydase + |Oxydase -
|---------------|-----------
|Aeromonas |
|Bordetella |
|Branhamella |
|Brucella |
|Burkholderia |
|Campylobacter |
|Flavobacterium |
|Moraxella |
|Neisseria |staph
|Pasteurella |
|Plesiomonas |
|Pseudomonas |
|Vibrio |
## Mobile :
- Monotriche = 1 cil (triche = poil) -\> va dans une direction à
l'examen direct **pseudomonas**
- Céphalotriches: un cil à chaque extrémités
- Lophotriches: un cil à chaque extrémités
- Péritriches : cils tout autour -\> mouvement désordonné
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum;
Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
- Vibrio, Aeromonas
- Legionella
- **Entérobactéries** : sauf Shigella, Klebsiella
## Fermentant
BGN:
- non fermentant = environnement (pyo)
- fermenant le lactose = entéro (commensal)
# Description
L'objectif est de séparér un solution en ses différents composants. La
solution est dissoute dans un solvant (gazeux ou liquide) qui va être
transporté dans une colonne, un capillaire ou autre. Les composants vont
se déplacer à des vitesses différentes ce qui va causer la séparation.
Cette technique doit être couplée à un détecteur, par exemple un
spectromètre de masse..
# Points forts
- faible volume d'éhantillon
- bonne précision
- rapide
# Points faibles
- personnel qualifié
- coût
- difficulté de séparer des éléments de même composition chimique
# Interférences
Celles du détecteur
# Paramètres représentatifs
- Toxiques sanguins et urinaires
- Acides aminés
#biochimie
# Localisation, rôle physiologique
Le chlore est le principal anion extracellulaire. Il sert à maintenir la
neutralité électrique, l'osmolalité et l'équilibre acido-basique.
# Tissus/organes de production et d\'élimination
La régulation est princiaplement rénale.
# Valeurs de référence (adulte)
98-107 mmol/L
# Principe analytique de mesure
Potentiométrie (électrode de chlorure)
**c503 Roche** Électrode sélective d'ion (mesure indirecte)
# Principales interactions analytiques
- Traitement par perchlorate : augmentation (automate Roche)
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Vérifier que la température est renseignée
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si \< 0.5, choisir une analyse),
100μL pour un capillaire
# Augmentation et diminution
- Le dosage sert à distinguer les acidoses à trou anionique élevé des
acidose hyperchlorémiques (voir fiches bicarbonate) selon la formule
TA = Na^+^ + K^+^ - (Cl^-^ + HCO~3~^+^)
- En situation physiologique, la concentration de chlore plasmatique
suit la natrémie donc augmente en cas de déshydratation et diminue
en cas d'hyperhydratation
#bacterio #ist
### Chlamydia trachomatis
- 19 génovars
Trachome oculaire Infection urogénitale sexuellement transmissilbse
**1ere cause d'IST**
1. Clinique
- Infection urogénitale basse/haut: **urétrite** (homme),
**cervicite** (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération
génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare (grossesse, immunodépression)
2. Résistances
- naturelle = amonisode, glycopeptitde
3. Traitement
- Doxycycline (ou azithromycine pour IST non compliqué)
- infection génitale haute : doxycycline + autre
- **dépister IST**, traiter partener, rapport protégé
4. Diagnostic
- **Direct** = PCR, Transcription-Mediation-Amplification
- remboursé, sensbilité \> 95%
- Sérologie : biland infertilité, LGV (immunofluorescence, ELISA)
- culture peu sensible, antigène non recommandé, pas de test de
sensibilité antibio en routine
# Localisation, rôle physiologique
Dyshémoglobine liée par covalence aux monoxyde de carbone. Son affinité
pour le monoxyde de carbone est très supérieures à celle pour l'oxygène.
L'hémoglobine liée au monoxyde de carbone n'est donc pas disponible pour
le transport d'oxygène
# Tissus/organes de production et d\'élimination
Voir fiche hémoglobine
# Valeurs de référence (adulte)
0-1.5%
# Principe analytique de mesure
Méthode d'absorption spectrale : l'absorbance de chaque substance est
proportionnelle à sa concentration. La mesure sera donc faite pour une
longueur d'onde donnée.
# Principales interactions analytiques
- Hyperlipémie
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- tabagisme
# Augmentation et diminution
- augmenté si anémie hémolytique, état sepsis sévère
- pollution de l'air
- exposition professionnelle au monoxyde de carbone
#bacteirio
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses
bactériennes communautaires
- Microbiote digestive de nombreux animaux : *jejuni* = oisaux, /coli=
porc
- transmission animale -\> homme par **alimentation** : surtout
**jejuni**, **coli**, **fetus**
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
### Pouvoir pathogène
- douleur abdo
- **gastro-entérique aigue fébrile** : (diarrhées aqueuse voire
mucosanglange, fièvre , vomissement)
- bactériémie
- syndrome de l\'intestin irritable
- syndrome de Guillan-barré
### Diagnostic bactério
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
- examen direct : en forme de S, non sporulé, en \"vol de
moucheron\"
- culture : sélectif en microaérobie
- **oxydase+**, catalase souvent +
- MALDI-TOF
### ATBgramme
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M,
céphalosporine, triméthoprime, streptogramine B
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
### Traitement
- déshydratation
- si fièvre \> 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée,
femmes enceintes: **azithromycine**
- systémique : aminoside + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
### Prévention: hygiène (eau, alimentation)
# Localisation, rôle physiologique
99% du calcium est dans le squelette sous forme d'hydroxyapatite. Le
calcium non osseux est directement échangeable avec le tissus. Le
calcium participe à la minéralisation du squelette et à de nombreux
processus biologiques.
La calcémie totale est réparite en une fraction non diffusible liée aux
protéines plasmatiques (40%) dont l'albumine et une fraction diffusible,
elle-même composée d'une fraction ionisée (50%) et complexé (10%). La
fraction ionisée est celle biologiquement active.
Le métabolisme est régulé par la vitamine D et la parathormone.
# Tissus/organes de production et d\'élimination
La régulation du remodelage osseux (et donc la calcémie) est influencée
par de nombreux facteurs (endocrinoe = PTH, calcitriol, paracrine =
facteur de croissance) La fraction ultafiltrable est filtrée par le
glomérule. La quasi-totalité est réabsorbé au niveau du tubule. Il y a
également une sécrétion intestinale de calcium.
# Valeurs de référence (adulte)
1.15 - 1.29 mmol/L
# Principe analytique de mesure
Potentiométrie (électrode de calcium). Le calcium est corrigé selon le
pH avec la formule (validée seulement pour pH entre 7.2 et 7.7)
$Ca^{++} (7,4) = Ca^{++} \times 10^{-0,178 \times (7,40 - pH(37))}$
**c530 ROCHE** Contrairement aux 1265 / RP500 qui donnent le calcium
ionisé, l'automate Roche rende le calcium total, qui doit être corrigé
en fonction de l'albuminémie en cas d'hypercalcémie. La mesure est par
photométrie.
# Principales interactions analytiques
- Protidémie (albumine) car une fraction importante du calcium total y
est liées
- pH par compétition avec les ions H^+^: augmentation en cas d'acidose
- Irenat (perchlorate de sodium, [^1]): diminution de la calcémie
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Température, absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné avec 1mL minimum pour une seringue (si
\< 0.5, choisir une analyse), 100μL pour un capillaire
# Augmentation et diminution
- Hypercalcémie : vérifier si prise de thiazidique, calcium, lithium
- PTH haute ou normale haute : calciurie haute ou normale haute ?
hyperparathyroïdie primaire, sinon hypercalcémie/hypocalciurie
familiale bénigne
- PTH basse / normale basse :
- phosphatémie haute/normalee haute : myéolome, métastases
osseusx, granulomatoes, hyperthyroïde, intoxication vitamine
D, autres (acromégalie...)
- sinon sécrétion de PTHrP (à doser), chondrodysplasie de
Janssen
- Hypocalcémie : prise de furosémide, biphosphonates, corticoïdes
- insuffisance rénale ? sinon : PTH haute normale haute ? si
phosphatémie élevée : pseudo-hypoparathyroïdie, sinon
hyperparathyroïdie secondaire -\> calciurie augmentée (fuite
rénale) ou basse : déficite en vitamine D doser 25OHd por
orienter (carence d'apport, rachitisme vitaminorésistant)
# Footnotes
[^1]: utilisé en prévention de l'hypothyroïdie en cas d'injection de
produit de contraste pour les rayons X
#biochimie
## Naissance
Enzyme dans le cytosol ou mitochondrie des cellule : muscles
squelettiques++ et cardiaque, cerveau, rein, gastrointestinal
- CK-MM (95%) = muscle strié squelettique
- CK-MB = muscle cardiaque
- CK-BB (= cerveau, gastro-interdsstinal
## Vie
Catalyse la phosphorylation de la créatine en créatine phosphate par
l\'ATP (avec production ADP) Voir [*Vie de la créatine*]{.spurious-link
target="*Vie"}
## Effet
contraction musculaire
## Indication
- Infarctus du myocarde, myopathie, myosite
- Certains cancers, affection du système nerveux central
On la trouve principalement dans les muscles squelettique et cardiaque,
mais aussi dans le cerveau, rein, tracus gastro-intestinale. Il existe 3
isoenzymes : CB-BB (cerveau, tractus respiratoire, foetus...), CK-MB
(muscle cardiaque), CK-MM (muscle strié squelettique)
## Valeurs de référence (adulte)
hommes \< 190 U/L
femmes \< 170 U/L (Thoas et al 2005)
## Principe analytique de mesure
La CPK totale est mesurée par spectrophotométrie via la vitesse de
production de NADPH
ATP + D-glucose → ADP + G6P
G6P + NAPD^+^+ → D-6-phosphogluconate + NADPH + H^+^+
## Vigilance pré-analytiques et analytiques
Conservation : 24h à température ambiante
## Augmentation et diminution
Physiologique :
- augmentation: nouveau-né, enfants, sujets noirs/caucasien, hommes,
excercice physique (+50%), médicaments par voie intra-musculaire
- diminution si masse musculaire faible (âgé, alité...), grosssess
Pathologique :
- infarctus du myocarde, mypopathie (Duchenne)
## Tissus/organes de production et d\'élimination
Elle sert à catalayser la réaction de phosphorylation créatine + ATP → créatine-phosphate + ADP
Physiopathologie
[Équilibre acido-basique](Équilibre%20acido-basique.md)
[[DFG]]
[[Fer]]
[[Foie]]
[[Fonction intestinale]]
[[Natrémie]]
[[Phosphatase alcaline]]
[[Phospho-calcique]]
Dosage
[Acides aminés](Acides%20aminés.md)
[Acides biliaires](Acides%20biliaires.md)
[Albumine](Albumine.md)
[CPK](CPK)
[[Creatine]]
[[Créatinine]]
[[Cycle de l'urée]]
[[Lipides]]
[[PTH]]
[[Vitamine D]]
[[Inteprétation biochimie]]
Techniques
[Chromatographie](Chromatographie.md)
[Électrochimiluminescence](Électrochimiluminescence.md)
[Électrophorese des protéines](Électrophorese%20des%20protéines.md)
[Méthode immuno-enzymatique](Méthode%20immuno-enzymatique.md)
[Potentiometrie](Potentiometrie.md)
[Spectrophotometrie](Spectrophotometrie.md)
[Turbidimetrie](Turbidimetrie.md)
[[Hyperammoniémie]]
[Calcium](Calcium.md)
[Carboxyhemoglobine](Carboxyhemoglobine.md)
[Hémoglobine](Hémoglobine.md)
[[ASAT]]
[[Ammoniaque]]
[[BNP]]
[Gamma-gt](Gamma-gt.md)
[Lipase](Lipase.md)
[Lactates](Lactates.md)
[Potassium](Potassium.md)
[Trou anionique](Trou%20anionique.md)
[Sodium](Sodium.md)
[Glucose](permanent/medecine/Glucose.md)
[Amylase](Amylase.md)
[Bicarbonates](Bicarbonates.md)
[Bilirubine](permanent/medecine/Bilirubine.md)
[Bilirubine](permanent/medecine/Bilirubine.md)
[ALAT](ALAT.md)
Lors de la destructions des hématies âgées, l\'hémoglobine est transformé par protéolyse en hème. Celle-ci est, suite à la libération de l\'atome de fer, transformée par l\'hème oxygénase en biliverdine, qui est réduite en bilirubine. La bilirubine va ensuite circuler dans le plasma en étant liée à l\'albumine: il s\'agit de la bilirubine libre. Après captation par l\'hépatocyte, elle est conjuguée et deviens hydrosoluble et atoxique (voir fiche bilirubine directe). À la sortie des voies biliaire, la bilirubine est déconjuguée et réduite en stercobilinogène et urobilinogène. Celles-ci sont oxydées dans l\'iléon et caecum en stercobiline et urobiline qui donnent leur couleur aux selles. À noter qu\'une partie de l\'urobilinogène va repasser dans le foie et qu\'une petite partie va être éliminée par le rein dans les urines.
La bilirubine totale est la somme de la bilirubine conjuguée et la bilirubine libre.
# Production
Pour 80%, la bilirubine provient des hématies dans la rate par les macrophages. 20% viennent du catabolisme hépatique des autres composés de l\'hème, de la destruction des érythroblastes dans la moelle.
# Principe analytique de mesure
Test colorimétrique diazo. Mesure par photométrie à 546 nm de l'azobilirubine rouge qui est proportionnelle à la concentration de la bilirubine totale.
# Valeurs de référence [@thomas2008labor]
- hommes ≤ 21μmol/L
- femmes ≤ 17μmol/L
Risque cliniquement significatif chez les nouveau-nés
[@american2004management] : ≥ 137 μmol/L à 24h, ou 222μmol/L à 48h ou
≥ 290μmol/L à 84h ou ≥ 95e percentile
# Principales interactions analytiques
- immunoglobuline \> 28g/L
- diminué si B12 (hydroxycobalamine)
- augmenté si myélome multiple
- gammapathie IgM (très rare)
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- âge du patient
- tube hépariné (lithium, EDTA di- ou tri-potassique)
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- physiologique : nouveau né
- une augmentation pathologique doit prendre en compte la bilirubine
conjuguée pour orienter le diagnostic:
- augmentation de la bilirubine non conjuguée:
- augmentation de l'hémolyse qui va saturer les capacité de
conjugaison du foie
- immaturité hépatique (ex: nouveau-né)
- augmentation de la bilirubine conjuguée : voir fiche bilirubine
directe
#biochimie
Voir aussi
- [Bilirubine directe](Bilirubine%20directe.md)
- [Bilirubine conjuguee](Bilirubine%20conjuguee.md)
# Localisation, physiologie
# Localisation, physiologie
# Principe analytique de mesure
Test colorimétrique par méthode diazo. Mesure par photométrie à 540 nm
de l'azobilirubine rouge qui est proportionnelle à la concentration en
bilirubine directe.
# Valeurs de référence [@mcpherson2007]
\< 5μmol/L
# Principales interactions analytiques
- **hémolyse si \> 25mg/dL**
- phénylbutazone (taux très bas)
- gammapathie IgM (très rare)
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- tube hépariné (lithium, di- ou tri-potassique)
- si la concentration en bilirubine totale dépend de la conjuguée,
cela peut entrainer une valeur pour la conjugée supérieure à la
bilirubine totale
- une hématocrite élevée peut diminuer les résultats
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- physiologique : possiblement ≥ 10μmol/L pour le nouveau-né
[@soldin2005pediatric]
- Augmentation pathologique
- intra-hépatique (médicament, viral, parasite, cirrhose...)
- extra-hépatique (obstruction des voies biliaire : lithiase,
compression externe \[tumeur pancréas\]...)
La bilirubine libre est captée par le pôle vasculaire de l\'hépatocyte. Elle y est conjugée par glucuryonyl-transferiase ou bilirubine-UDP-glucuronosyl-transférase. La bilirubine conjuguée est ensuite transférée dans la bile via la membrane du canalicule, puis sécrétée dans le duodenum par les voies biliaries. Elle est également déconjuguée par la flore intestinale (voir fichie bilirubine).
#biochimie
- Principe analytique : méthode diazo
- mesure par photométrie à 540 nm de l'azobilirubine rouge qui est
proportionnelle à la concentration en bilirubine directe
- Augmentation
- intra-hépatique (médicament, viral, parasite, cirrhose...)
- extra-hépatique (obstruction des voies biliaire : lithiase,
compression externe \[tumeur pancréas\]...)
- Valeurs de référence : \< 5μmol/L
- Type échantillon : sérum, plasma (héparinate, EDTA)
- Volume échantillon : 4.4μL
- Domaine de mesure : 1.5-291μmol/L
- Limite :
- interférence : **hémolyse si \> 25mg/dL**, lipémie si \> 750
- phénylbutazone : diminue résultat
- si la concentration en bilirubine totale dépend de la conjuguée,
cela peut entrainer une valeur pour la conjugée supérieure à la
bilirubine totale
- Type échantillon : sérum (tube standard), plasma (héparinate de
lithium, EDTA)
#biochimie
- Physiologie : la bilirubine est conjuguée dans le foie pour la rendre soluble et améliorer son transport. Elle est transportée dans le canal biliaire et éliminée au niveau digestif.
# Localisation, rôle physiologique
Les ions bicarbonates sont le tampon extracellulaire le plus important
pour contrôler le pH sanguin, selon la réaction:
$CO_2 + H_2O \leftrightarrow H_2CO_3 \leftrightarrow H^{+} + HCO_3^-$
# Tissus/organes de production et d\'élimination
Un excès d'ions $H^+$ va se traduire selon la formule précédente par la
formation de $CO_2$ et $H_2O$.
Au contraire, un excès de base, par exemple $NaOH$ va aboutir à la
formation de bicarbonates :
$NaOH + H_2CO_3 \leftrightarrow NaHCO_3 + H_2O$
# Valeurs de référence (adulte)
22-24mmol/L
# Principe analytique de mesure
On rend le bicarbonate réel, **calculé** à partir de la pCO2 et du pH
$$HCO3_{act} = 0,0307 \times pCO2 \times 10^{pH(37) - 6.105}$$
**Bicarbonates Roche c503** la mesure se fait par photométrie par
méthode enzymatique selon la double réaction
$$PEP + HCO_3^- \rightarrow oxaloacétate + H_2PO_4^-$$
$$Oxaloacétate + analogue NADH \rightarrow malate + analogue NAD + H^+$$
# Principales interactions analytiques
- Dilution si prélèvement sur cathéter
- Tube EDTA, citrate, fluorure **proscrits**
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si \< 0.5, choisir une analyse),
100μL pour un capillaire
# Augmentation et diminution
L'orientation se fait selon le trou anionique,
$[Na^+] - [Cl^- + HCO_3^-]$, qui correspond au anions ou cations
indosés.
Une acidose métabolique correspond à une diminution du pH due à une
diminution des bicarbonates
- trou anionique \> 16 : excès d'anion indosés due à :
- une accumulation aigüe d'acide : acidose lactique, acidocétose
- une excrétion rénale d'acide diminuée : insuffisance rénale
- trou anionique normal :
- une accumulation aigüe d'acide : intoxication chlorure
d'ammonium
- perte de bicarbonante : diarrhée, anastomose urtéré-intestinale,
acide tubulaire proxmilae
- une excrétion rénale d'acide diminuée : acide tubulaire distale
(défaut de productionde $NH_4^+$ ou défaut de produiction
distale d'$H^+$)
Uen alcalose métabolique est due à :
- une contraction vélomique : extrarénale , perte en sel rénale
(diurétique++, syndrome de Bartter), perte en sel d'origine mixte
(vomissement, aspiratio+++)
- une expansion volémique : hyperaldstéronisme primaire, secondaire ou
pseudo-hypealdostéronisme
- post-hypercapnique
- excès d'apport alcalin
#biochimie
[[Antibiotiques]]
Bactéries
[[Staphylocoques]]
[[Campylobacter]]
[[Proteus]]
[[Pseudomonas]]
[[Streptocoque]]
[[Entérobactéries]]
[[Entérocoques]]
[[Neisseria]]
[[Listeria]]
[[Haemophilus]]
[Classification bactéries](Classification%20bactéries.md)
Techniques
[[Milieux de culture]]
[[Hémocultures]]
[Prélèvements bactério](Prélèvements%20bactério.md)
[Spectrométrie MALDI-TOF](Spectrométrie%20MALDI-TOF.md)
Maladies infectieuses
[[Légionelle]]
[IST](IST.md)
[[Angines]]
[[Méningite]]
[[Infections urinaires]]
[[Gastro-entérites]]
[[Diarrhées]]
[[Endocardite infectieuse]]
[[Infections cutanées]]
#biochimie
## Naissance
synthétisé par myocyte du ventricule gauche (et droit) en réponse à une
surcharge volémique
## Vie
- Form de réserve = pré-proBNP, clivé en pro-BPN, clivé en NT-proBNP
(inactif) et BNP (actif).
Se fixe sur les récepteurs de type A sur endothélium vasculaire
- Stockage : non
## Mort:
- BNP: demi-vie de 20min puis dégradé endothéliium
- Nt-proBNP = éliminé dans tous les tissus où le débit est élevé.
Demi-vie : 1-2h pour NT-proBNP, 20min pour BPN,
## Effet
compense la surcharge volémique par
- vasodilatation périphérique
- natriurétique (d'où le nom)
- augmentation filtration glomérulaire (**diurétique**)
- diminution réabsorption du sodium (\*natriurétique)
- inhibition du système Rénine-Angiotensive-Aldostérone
## Indication
marqueur global de l'issufisance cardiaque (diagnostic, pronostic,
suivi)
## Dosage
## Valeurs
- < 100: forte probabilité d'absence d'insuffisance cardiaque
- 100 - 500 : zone grise
- > 500: forte probabilité d'insuffisance cardiaque
#bacterio
## Cibles
- inhibition synthèse de la paroi bactérienne = β-lactamine,
glycopeptides, fosfomycine
- synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
- synthène ARN : rifampicine
- synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
![](/images/microbiologie/antibio-action.png)
## Mécanisme de résistance
- enzymatique
- modification de la cible
- impermeabilité
- efflux
![](../../images/microbiologie/antibio-resistance.png) Résistance
naturelle
- colistine: bactérie gram+
- vancomycine : bactérie gram -
- aminoside: anaérobie
### Synthèse paroi
1. β-lactamase
- Les β-lactamine inhibent la synthèse de la paroi bactérienne
(peptidoglycane)
- se fixent sur les PLP (protéine de liaison des pénicillines)
- mécanisme de compétition
- toutes les β-lactamines ont un cycle commun (β-lactame)
- les β-lactamase vont hydrolyse ce cycle et désactiver les
β-lactamines
2. Modification de cible : PLP
- S. aureus : mutation dans le gène mecA : la PLP mutée (=PLP2a)
ne permet plus aux β-lactamine de s\'y fixer
- Idem pour les PLP mosaïques des pneumocoque
- Idem pour les entérocoque (PLP5)
### Synthèse protéine bactérienne
![](../../images/microbiologie/antibio-ribosome.png)
- aminoside: mauvaise reconnaissance de l\'ARN messager (modification
de la cible)
- linezolide : mauvaise position de l\'ARNt (apporte les acides
aminés) (modification de la cible)
- macrolides : bloque la formation du peptide (\"tunnel\") (enzyme)
### Synthèse acide nucléique
- ADN gyrase va \"détordre\" la double hélice pour la transcription et
traduction
- quinolones vont empêcher cette action (modification de la cible)
## Notes
- β-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont
une membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie β-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque :
destruction de la paroi par les β-lactamine pour que l\'aminoside
accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides,
fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les
bactéries \"intracellulaires \" (Chlamydia, Coxiella burnetti,
Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella
)
## Résumé
| |Péni G/V |Péni A |Peni A + inhib βlactamase |Peni M
| --------------------|----------------------------|--------------------------------------------|---------------------------------|---------------------
| Utile |Streptocoque |idem + pneumocoque péniS |idem + Staphylocoque metiS |Staphylocoque metiS
| |Corynebacterium |E. faecalis, Listeria monocytogenes |H. influenza + pénicillinase |
| |Diphteria |Neisseria menigitidis |Enterobactéries + pénicillinase |
| | |Entérobactéries groupe 1 |BNG anaérobies |
| Résistance nat |BGN |Entérobactéries groupe 2, 3; P. aeruginosa | |BGN
| Résistance acquise |Staphylocoque, pneumocoque |Staphylocoque +/- pneumocoque | |Staphylocoque metiR
| | |H. influenza, N. gonorrhea | |
| | |N. mengitidis | |
PéniM = oxacilline, cloxacilline PéniA = amox
| |C2G |C3G orale (1) |C3G injectable
|-------------|----------------------------------|--------------------|---------------------------------
| Utile |Streptocoque, Staphylocoque metS |Streptocoque |Streptocoque (dont pneumocoque)
| |Entérobactérie groupe 1 |entérobactérie 1,2 |Neisseria spp, entérobactérie
| | | |Haemophilus
| Résistance |Listeria, entérocoque |idem |idem
| |Staphylocoque metiR | |
| |P. aeruginosa, intracellaire | |
\(1\) limité car mauvais biodisponibilité
| |Carbapénème |FQ |Aminoside (2)
| ----------------------|------------------------------------------|---------------------------|--------------------------------------
| Utile |Entérobactérie, P. aeruginosa |Entérobactérie |Staphylocoque metiS
| |Entérocoque, Staphylocoque metiS |Intracellulaire |Listeria monocytogenes
| |Anaérobie |Staphylocoque metiS |BGN
| | |P. aeruginosa : ciproflox |Streptocoque, pneumocoque
| Résistance naturelle |P. aeruginosa, entérocoque: ertapénème ! |entérocoque, L. monocyt |strepto, pneumo: **bithérapie amox**
| | |anaérobie |anaérobie stricte
| Résistance acquise |carbapénémase |SAMR, gonocoque (1) |
\(1\) Pas de monothérpaie pour P. aeruginosa et Staphylocoque aureus
(risque mutants) (2) amikacine, gentamicine
| |Macrolides (1) |Lincosamide (2) |Métronidazole |Glycopeptide (3)
|---------------------|-------------------------------|------------------|-----------------------------------------|----------------------------
|Utile |Intracellulaire, streptocoque |Strepocoque |Anaérobie (sauf Acineto, cutibacterium) |Streptocoque, pneumocoque
| |Staphylocoque metiS |Staphylocoque |Parasite |Entérocoque, staphylocoque
| | | | |metiS/metiR
| | | | |Clostri
|Résistace naturelle |entérobactérie, P. aeruginosa |BGN, E. faecalis |Autres |BGN
|résistance acquise |staph, pneumocoque, strepo A |staph, strepto |
\(1\) erythro, azithromycine, clarithromycine (2) clindamycine (3)
vancomycine
## Interprétation
Entérobactéries
- Groupe 1: TRI = résistance amox/ticar/pipe + inhibiteur β-lactamase
- **Céphalosporinase** = **inhibée oxacilline**
- **BLSE** = inhibée par acide clavulanique =\> **\"bouchon de
champagne\"**
- synergie C3G/C4G - ticar + acide clavulanique
- ne touche pas les carbapénèmes
- cefoxitine non touchée =\> permet de différencer d\'une
céphalosporinase déréprimée (voir tableau)
| |Pénicillinase |Pénicillinase déréprimée |Céphalo sporinase |Céphalo. déréprimée |BLSE |Carba pénémase
|---------------|---------------|--------------------------|------------------|---------------------|-----------|----------------
|amoxicilline |R |R |R |R |R |R
|ticarcilline |R |R | |R |R |R
|piperacilline |I/R |R | |R |R |R
|amox+inhib β | |I/R |R |R |**S/I/R** |R
|pipe/ticar | |I/R | |I/R |**S/I/R** |R
|\+ inhib β | | | | | |
|C1G | |I/R |R |I/R |R |R
|C2G | | |I/R |I/R | |I/R
|C3G | | |I/R |I/R |I/R |S (OXA-48)/I/R
|C4G | | | | |I/R |S (OXA-48)/I/R
|carbapénème | | | | | |I/R
- AMX = amoxicilline
- TIC = ticarcilline
- PIP = piperacilline
- AMC = amox - acide clavulanique
- C1G = céfalotine (CF)
- C2G = céfoxitine (FOX)
- C3G = céfixime (CFM), céfotaxime (CTX), ceftazidime (CAZ)
- C4G = céfépime (FEP)
### MSLB
Résistance à l\'érythromicine
- sensible pristinamycine : regarder si induction (\"interaction\"),
si oui, MSLB inductible donc possible sélection de mutant.
- résistant pristinamycine : MSLB constitutif
## Piège
- SAUR sensible oxa mais résistance peni G =\> pénicillinase -\>
résistance à toute les pénicillines
- SARM = résistance à toutes les βlactamanes dont imipénème
- Aminoside
- résistance gentamicine =\> forcément résistant tobramycine,
amikacine, kanamycine
- résistance amikacine =\> forcément résistant kanamycine
- FQ : résistance à ofloxacine =\> forcément toutes les quinolones
## Aminosides
Action = bactéricide, concentration dépendant. Perturbe la synthèse des
protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes) Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques,
entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport
nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
*NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi
bactérienne*
## Sulfamide
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient
bactéricide Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d\'acide folique
## Fluoroquinolone
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -\> large
et homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble
nerveur, inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
- quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes
chez l\'adulte
- 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
- 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation
pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus
mous
Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli,
Klebsiella)
## Métronidazole
Pour anaérobie strictes
## Infection ostéo-articulaires
- Rifampicine, quinolone pour diffusion
- dapto : activité antibiofilm
#bacterio
- Virale 60-80%
- Bactérie: S. pyogenes surtout (strepto β-hémolytique)
- Test rapide : positif = en faveur strepto
- Possible de faire un prélèvement de gorge
- culture milieu enrichi 48h: β-hémolyse + MALDI TOF
- antibiogramme: sensible β-lactamines
- Cause rare :
- angine ulcéro-nécrotique : ED = fusiofrme + bactéries spiralées
- pseudomembraneuse (Corynebacteium diphteria: culture gélose
enrichie + CNR)
# Localisation, physiologie
# Production
# Principe analytique de mesure
# Valeurs de référence [@junge2001development]
- Plasma: hommes et femmes : 28-100U/L
- Urines :
- hommes : 16-491/L
- femmes : 21-447/L
# Principales interactions analytiques
- citrate, fluorure, EDTA
- icodextrine
- gammapathie de type IgM
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- héparinate de lithium
- éviter le contact du réactif avec la peau (amylase dans la salive et
la sueur)
- sang ou urine possible
# Variations [@biomnis]
- physiologique : diminué chez le nouveau-né par immaturité
pancréatique et le jeune enfant jusque 5 ans, parfois augmenté lors
de la grossesse et chez les personnes âgées, ainsi que chez les
sujts d\'origine africaine ou asiatique
- iatrogène : acide valproïque, morphine, agoniste cholinergique,
diurétiques thiazidique, aspirine, corticostéro\\\'\'ides,
contraceptifs oraux...
- pathologique :
- augmenté en cas de pancréatite aigüe
- mais aussi : alcool, pathologies salivaires, oreillons,
affections du tractus génital féminin, grossesses extr-utérines,
certains cancers (poumon, prostate, ovaire)
- également : insuffisance rénale, macroamylasémie
Test colorimétrique enzymatique. Mesure de la coloration de p-nitrophénol, qui est proportionnel à l\'activité de l\'α-amylase.
Type P: pancréas. Type S: glandes salivaires, larmes, sueur, lait maternel, liquide amniotique,poumons, testicules, trompes de fallope.
Son rôle principal est l\'hydrolyse de l\'amidon provenant de l\'alimentation afin de générer glucose, maltose et dextrine.
L\'amylase est composé pour moitié des isoenzymes P (d\'origine pancréatique) et pour moitié des isoenzymes S (d\'origine salivaire) dans la circulation.
#biochimie
## Dosage
- 2 formes : NH~3~ (gaz), NH~4~^+^ (majoritaire)
- Hautement toxique en excès -\> élimination sous formne d\'urée
## Ammionac : Fonction
- source de nitrogène pour la synthèse des protéines + composés
essentiels
- maintien du pH
## Ammionac : Production
- Intestin : digestion des protéine + désamination
- Rein : excrété dans les urine / sang (désamination de glutamine)
Dégradation des acides aminés (pour énergie ou stockage sous forme de
graisse/glycogène) -\> désamination dans le foie
Transamination : le groupe amine est transféré vers l\'acide
α-ketaglutarique qui devient l\'acide glutamique
![](../images/biochimie/transamination.png)
L\'acide glutamique peut transférer son groupe amine également ou le
largue sous forme d\'ammoniac NH~3~
## Ammionaque : Vie
Introduit dans les acides aminés par la glutamine synthetase ou
glutamate dehydrogenase Sous forme de glutamine, va être transporté dans
le sang Glutamate + ATP + NH3 = glutamine + ADP+ P Principal moyen
d\'échanger des groupes amines entre les différents organes
## Ammionaque : Vie : pH
Tubule collecteur : H^+^ sécrété va se combiner à NH~3~ pour excréter
ion ammoniaque. Un ion biocarbonate va retourner dans le sang
![](../images/biochimie/tampon-ammoniaque.png)
Acide : augmentnation de la sécrétion d\'ion ammoniaque
## Ammionaque : Mort
1. Extra-hépatique : Formation de glutamine : ammonia + glutamate -\>
glutamine (enzyme = glutamine synthetase) qui sera transportée dans
le foie Note: dans le cerveau, pas de formation d\'urée donc c\'est
le même mécanisme !
2. Intra-hépatique : cycle de l\'urée = converti en urée
## Ammionaque : Mort : cycle de l\'urée
![](../images/biochimie/cycle-uree.png)
Mitochondrie foie : ammoniac + bicarbonate catalés par cPS1
(carbamylphosphate synthase 1) (Celle-ci provient du glutamate +
acetylco) Le produit est transformé en citrulline avec l\'ornithine
Dans le cytosole hépatique : convertin en acide aminé (arginine)o à
l\'aide de 2 cataliste : ASS1 (argininosuccinate synthase 1) et ASL
(argininonsuccinate lyase)
Arginine est clivée en urée et ornithine et regénère ornithine qui
permet de redémarrer le cycle
## Naissance
Synthèse par les hépatocytes
## Vie
60% secteur interstitiel, 40% vasculaire (=2/3 protéines circulantes)
## Mort
Demi-vie 20 jours. **Non-excrété** par le glomérule (taille et charge
négative)
## Effet
- Maintien de la pression oncotique vasculaire
- Protéine de transport pour des substances inactives mais rapidement
mobilisables : homornes, acides aminés, acide gras, vitamine,
médicament
## Indication
- Syndrome inflammatoire chronique
- Fuites protéiques (entéropathies exsudatives, syndrome néphrotique)
- Dénutrition chronique
## Dosage
#biochimie
## Naissance
## Vie
## Mort
## Effet
## Indication
- exploration fonctionnelle du foie (cholestase hépatique, ictère,
insuffisance hépatocellulaire)
- exploration lithiase après une colique ou complication
- suivi cholestase chez la femme enceinte
- exploration prurit inexplique
## Valeurs de référence (adulte)
1-6 μ mol/L
## Principe analytique de mesure
Mesure par photométrie du taux de formation de thio-NADH selon la réaction acide biliarie -\> acide biliaire oxydée consomment de Thio-NAD et formation de thio-NADH
- extra-hépatique : blocage mécanique (malformation, obstacle)
- intra-hépatique : atteinte du métabolisme des acides biliaires au
niveau des hépatocytes
## Principales interactions analytiques
- ne doivent pas être utilisé en cas de traitement par acide ursodésoxycholique
- Écart \< 10% avec triglycéride, acide ascorbique, bilirubine, hémoglobine
## Augmentation et diminution
Physiologique : augmente après les repas, en cas de grossesse, nutrition
parentérale Augmentation en cas de cholestase
Dans le foie, ils participent à la formation de la bile. dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du chostérole et des phospholipides. Au niveau intestinal, ils agissent comment émulsifiants sur les lipides (triglyceride, cholesterol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.
Ils peuvent être réabsorbés et retourner dans le foie via la veine porte, ou excrétés dans les salles ou métabolisés par les bactéries intestinales (acides biliaire secondaire).
Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relargé dans l'intestin au moment de la digestion.
Les hépatocytes synthétisent les acides biliaires primitifs (acide cholique, acide chénodésoxycholique) à partir du cholestérol, qui sont conjugés avec la taurine et glycine puis sécrétés dans la vésicule bilaire.
#biochimie
Doivent être apporté par l'alimentation:
- histidine, isoleucine, leucine, lysine, methionine, phenylalanine,
threonine, tryptophan, valine
Non-essentiels
- alanine, arginine, asparagine, aspartate, cysteine, glutamate,
glutamine, glycine, proline, serine, tyrosine
## Utilisé par la néoglucogenèse : glutamate, glutamine, alanine, aspartate, asparagine
Le glutamate sert à convertir ces acides aminé entre eux.
## Formé depuis l'aspartate : lysine, thréoine, méthionine, cystéine
## Proline
NB: la proline a une structure en anneau rigide et va donc contraindre
fortement la structure de la protéine
## Sérine, glycine
Non essentiels, dérive de 3-phosphoglycérate
## Leucine, isoleucine, valine
Essentiels. Squelette carboné venant du pyruvate
## Phenylaaline, tyrosine, tryptophan
\"Aromatique\".
#biochimie
# Localisation, physiologie
aspartate + acide α-cétoglutarique ↔ oxaloacétate + glutamate
# Production
Il existe 2 isoenzymes : une dans le cytoplasme et une dans les
mitochondries. Une cytolyse va conduire à une libération dans le sang.
# Principe analytique de mesure
Test enzymatique.
L\'absorbance est mesurée par photométrie qui reflète la vitesse de
formation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
l\'équation : oxaloacétate + NADH + H^+^ → malate + NAD^+^
# Valeurs de référence [@thomas2005consensus]
- homme \< 50U/L
- femme \< 35U/L
# Principales interactions analytiques
- hémolyse
- gammapathie IgM (très rare)
*Note: les carences en vitamine B~6~ ne sont plus une interaction*
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Prélèvement non hémolysé
- tube hépariné (lithium, di- ou tri-potassique)
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- physiologiques: augmentation à la naissance puis diminution jusque 6
ans [@van2019davis], surcharge pondérale, exercice musculaire
violent
- iatrogène: aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane; chronique
: isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique
- hépatite virale, autoimmune
- infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
- alcoolisme aigü/chronique
- inflammation modérée
- obstruction voie biliaire, cirrhose
Elle se trouve principalement dans les cellules hépatiques et cardiaques, et dans une moindre mesure dans les muscles squelettiques, reins, pancréas, globules rouges et cerveau.
L\'ASAT est le point de départ de nombreuses réactions métaboliques (ex: pyrimidine) et le glutamate est impliqué dans le cycle glucose-alanine.
L\'aspartate transférase est une enzyme transaminase qui va transférer un groupement amine depuis un acide aminé (aspartate) vers un acide cétonique (acide α-cétoglutarique) selon la réaction
#biochimie
# Localisation, physiologie
L\'alanine transférase est une enzyme transaminase qui va transférer un
groupement amine depuis un acide aminé (alanine) vers un acide cétonique
(acide α-cétoglutarique) selon la réaction
alanine + acide α-cétoglutarique ↔ pyruvate + glutamate
Le pyruvate sera utilisé dans la voie glycolytique et le glutamate dans
le cycle glucose-alanine.
L\'ALAT se trouve dans le cytosol des cellules hépatiques et dans une
moindre mesure musculaires.
# Production
La cytolyse de cellules hépatiques va relarguer l\'ALAT.
# Principe analytique de mesure
Test enzymatique.
L\'absorbance est mesurée par photométrie qui reflète la vitesse de
formnation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
l\'équation :
pyruvate + NADH + H^+^ → lactate + NAD^+^
# Valeurs de référence [@thomas2005consensus]
- homme \< 50U/L
- femme \< 35U/L
# Principales interactions analytiques
- hémolyse
- hydroxycobalamine (vitamine B12) (diminution)
- sulfasalazine (anti-inflammatoire intestinal: Crohn...)
- gammapathie IgM (très rare)
*Note: les carences en vitamine B~6~ ne sont plus une interaction*
# Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Prélèvement non hémolysé
- tube hépariné (lithium, di potassique)
# Variations [@bonnefont2019explorations]
- physiologiques: grossesses (diminution modérée), surcharge pondérale
- iatrogène:
- aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane
- chronique : isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique par **cytolyse hépatique**:
- hépatite virale, autoimmune
- infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
- alcoolisme aigü/chronique
- obstruction voie biliaire, cirrhose
- inflammation modérée
#biochimie
#biochimie # Acide-base
3 mécanisme de défense :
- tampon = quelques secondes (combine à une acide ou base)
- poumon = quelques minutes (supprimer CO_{2})
- rein = quelques heures/jours (excrète urine acide/alcaline)
** Tampon
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tampon
:END:
Buffer + H^{+} ↔ H Buffer
*** Bicarbonate
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bicarbonate
:END:
\(CO_2 + H_2O \leftrightarrow H_2 CO_3 \leftrightarrow H^{+} + HCO_3^{-}\)
avec carbonic anhydrase (alvéoles pulmonaires, )
- Acidose : tampon du H^{+} de l'acide avec HCO_{3}^{-} pour produire
CO_{2} et H_{2O}. Le CO_{2} est éliminé par le poumon. Exemple : HCl
-> H^{+} + Cl^{-}
- alcalose : tampon du OH^{-} avec H_{2} CO_{3} pour former du
HCO_{3}^{-}, qui sera excrété au niveau rénal
/NB/: le CO_{2} dans le sang est proportionnel à la pCO_{2}: CO_{2} =
0.03 p_{CO}2~~
*C'est le tampon extracellulaire le plus important.* En effet,
l'efficacité est maximale pour pH = pK mais le pK est à 6.1 pour un pH
extracellulaire de 7.4. Ce paradoxe est résolu par la régulation du pH
extracellulaire par les reins et les poumons.
*** Phosphate
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phosphate
:END:
- Si acidose : acide remplacé par NaH_{2} PO4 (acide plus faible)
- Si alcalose : base remplacé par Na2H PO4 (base plus faible)
Le pK est proche du pH 6.8 vs 7.4 mais la concentration extracellulaire
est faible donc la capacité de tampon est moindre que celle des
bicarbonates. *Il est très important dans les tubules rénaux* :
concentration impportante de phosphate à cet endroit et le pH est
nettement diminué (proche du pK donc idéale)
*** Protéines
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: protéines
:END:
60-70% du tampon total se fait dans le cellules et la plupart vient des
protéines intracellulaire
Le pH intracellulaire "suit" le pH extracellulaire dans les heures qui
suivent (diffusion lentes H^{+} et HCO_{3}-)
** Respiration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: respiration
:END:
Le CO_{2} est formé de manière continue par les processus métaboliques
intracellulaires. Il va ensuite diffuser dans le sang et liquides
interstitiels puis transporté dans les alvéoles. La ventilation
pulmonaire va le transférer dans l'atomosphère.
- Acidose -> Hyperventilation -> diminution CO_{2} -> diminution H^{+}
-> alcalose. Doublement de la fréquence respiratoire = pH + 0.23
- Alcalose -> hypoventilation mais moins efficace car l'hypoxémie active
les chémorecepteurs qui vont stimuler la respiration
La réponse respiratoire est efficace à 50-70%. Elle este 1 à 2x plus
efficace que les tampons extra-cellulaire. Évidemment, réponse diminuée
par une anomalie de la fonction respiratoire (emphysème...)
** Rénal
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rénal
:END:
Production d'acides non volatiles (protéines surtout) qui ne sont pas
éliminables par la respiration Le rein doit également éviter la perte de
bicarbonates -> quasiment tout est réabsorbé. Pour cela, il faut une
excrétion de H^{+} pour réabsorber le HCO_{3}^{-} filtré
Alcalose -> diminution sécrétion H^{+} -> diminution réabsorption
bicarbonates Acidose -> augmentation sécrétion H^{+} -> augmentation
réabsorption et production des bicarbonates
*** Sécrétion H^{+} et réabsorption bicarbonates
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sécrétion-h-et-réabsorption-bicarbonates
:END:
*Pour chaque bicarbonates réabsorbé, il faut produire un H^{+}*
90% tubule proximal
Pour réabsorber les bicarbonates, ils vont être combinés aux H^{+}
sécrétes,form ant du H_{2} CO_{3}, décomposé en CO_{2} et H_{2O}. Le CO2
va pouvoir passer la membrane tubulaire et converti en HCO_{3}^{-} qui
va être réabsorbé dans le sang: via le Na+ - HCO_{3}- (tubule proximal)
ou Cl- HCO 3^- (autres parties)
[[../images/biochimie/tubule-secretion-proton.png]]{#Sécrétion H^{+} et
réabsorption bicarbonates : tubule}
*Le bilan net d'une excrétion d' H^{+} est donc seulement la
réabsorption de HCO_{3}^{-}* En temps normal, il y a un légèr excès
d'excrétion H^{+} sur HCO_{3}^{-} dans les tubules. H^{+} est combiné
avec les phosphates et l'ammoniaque.o Si HCO_{3}^{-} > H^{+} dans les
urines, il est excrété. Si H^{+} > HCO_{3}^{-} dans les urines, il est
excrété avec phosphate et ammionaque.
Il y a un second type de cellule qui permet d'excréter du H^{+} avec une
pompe "active" plutôt qu'un contre-transport. Ce mécanisme produit peu
de quantité d'H^{+} mais permet de concentrer forcement les ions H^{+}
[[../images/biochimie/tubule-secretion-active.png]]{#Sécrétion active
H^{+} : tubule}
*** Génération de HCO_{3}^{-}
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: génération-de-hco3-
:END:
Une fois que tous le HCO_{3}^{-} a été réabsorbé, l'excès de H^{+} se
combine avec le phosphate HPO_{4}^=
[[../images/biochimie/tubule-phosphate.png]] *Quand un H^{+}
supplémentaire se combine avec autre chose qu'un bicarbonate, il y a un
gain net d'un bicarbonate*
La plupart du phosphate est réabsorbé donc le tampon se fait surtout via
l'ammoniaque (NH3 et ion NF3)
Dans le tubule proximale, NH_{4}^{+}+ est synthétisé depuis la glutamine
(métabolisme des acide aminés dans le foie) selon : glutamine ->
2NH_{4}^{+} + 2 HCO_{3}^{-} Les 2 NH_{4}^{+}+ sont sécrétés et les 2
bicarbonate sont réabsorbés, *créant de nouveaux bicarbonates*
[[../images/biochimie/tampon-ammoniaque.png]]
Dans le tubule collecteur, le H^{+} va se combiner avec NH_{3} pour
former du NH_{4}^{+}
*Pour l'acidose chronique, l'excrétion de NH_{4}^{+} est le mécanisme
dominant*
*** Calcul net
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calcul-net
:END:
Excrétion d'acide par le rein = excrétion NH_{4}^{+} + buffer non
bicarbonate et non ammonique - réabsorbtion H^{+} dans le sang =
excrétion NH_{4}^{+}+ {buffer autre que les bicarbonate et
l'ammoniaque} - excrétion HCO_{3}^{-}
- Acide = excrétion > 0
- Alcalose = excrétion < 0
*** Régulation sécrétion H^{+}
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: régulation-sécrétion-h
:END:
Il en faut suffisament pour réabsorber le HCO_{3}^{-} filtrer et
excréter NH_{4}^{+}+ (acide non volatide)
- Alcalose : diminution sécrétion H^{+} pour réabsorber moins de
HCO_{3}^{-}
- Acidose : augmentation sécrétion H^{+} pour réabsorber tout le
HCO_{3}^{-} et pouvoir excréter des H^{+} (donc augmenter les
HCO_{3}^{-})
Sécrétion H^{+} augmentée par
1. augmentation pCO_{2}
2. diminution [H^{+}] extracellulaire
3. hypersécrétion aldostérone (donc alcalose en pratique)
4. Stimulation réabsorbtion sodium (réabsorbé en même temps):
hypovolymie, diminution angiotensine
5. Hypokaliémie
Diminuée par l'inverse
*** Cause et correction
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cause-et-correction
:END:
Acidose
- métabolique : du à diminution [HCO_{3}^{-} extracellulaire]
- respiratoire : augmentation pCO2 extracellulaire (stimule sécrétion
H^{+})
-> chronique: augmentation production NH_{4}^{+}+ (donc augmentation
excrétion H^{+} et ajout HCO_{3}^{-} sang). si métabolique, les poumons
aident à corriger
Alcalose =
- respiratoire : causé par diminution pCO_{2} plasmatique
(hyperventilation). Réponse: diminution sécrétion H^{+} ->
augmentation excrétion rénale HCO_{3}^{-} car ne peut être réabsorbé
- métabolique : diminution [H^+] causé par une augmentation de
[HCO_{3}^+]. Réponse : hypoventilation (dimine partiellement pH) +
augmentation filtration HCO_{3}^{-}
*** Étiologies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: étiologies
:END:
- Acidose respiratoire : hypoventilation (obtsruction respiratoire,
atteinte centre respiratoire...)
- Alcalose respiratoire : hyperventilation (psy, altitude)
- Acidose métabolique:
- acidose rénale tubulaire : diminution de la réabsorbtion rénale de
bicarbonates, diminution excrétion H^{+}
- diarrhée : perte de bicarbonates dans les selles
- vomissement intestinal = perte bicarbonates
- diabète : formation acide acido-acétique à partir de lipides
- ingestion acide (aspirine)
- insuffisance rénale chronique (anions des acides faibles non
excrétés, diminution excrétion phosphates NH_{4}^{+})
Trou anonionique :
- augmenté (chlorémie normale)
- diabète
- insuffisance rénale chronique
- Aspirine, méthanol, éthylène glycol,
- acidose lactique,
- normal (hyperchlorémie)
- diarrhée
- Addison
- inhibiteur anhydrase carbonique
- acidose rénale tubulaire
- Alcalose métabolique:
- diurétique : réabsorption sodium (lié à excrétion H^{+}, aldostérone
et angiontensione par réduction volume extracellulaire)
- excès aldostérone (stimule sécrétion H^{+} et réabsorption
HCO_{3}^{-})
- vomissement gastrique = perte acide (HCL), à différence de
vomissements intestinaux
- médicaments alcalins
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- acidose = sodium bicarbonate oral, sodium lactate/gluconate IV (moins
dangereux que bicarbonates en IV)
- alcaloe : chloride ammonium oral (pas en IV !)
#biochmie # Description
Méthode servant à séparer les différentes protéines dans le sang ou les
urines avec un champ électrique. La vitesse de déplacement dépend des
caractéristiques de la protéine et du milieu.
L'électrophorèse peut se faire sur capillaire (automatisée) ou sur gel
d'ascarose (semi-automatisée). Pour cette dernière, les protéines sont
séparées en 5 fractions et analysées par densitométrie après coloration.
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- séparation rapide des protéines
- excellente résolution et reproductibilité
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- technique semi-quantitative
- impossibilité de différencier 2 pics superposés
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
- Hémoglobine: hémolyse intra-vasculaire
- Fibrinogène : prélèvement sur anticoagulant ou insuffisamment coagulé
(pic en γ précoce).
- CRP > 100 à 150 mg/L
Sur capillaire uniquement : antibiotique, produits de contraste,
produits de remplissage
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
- sang : albumine, apha-1-globulines, alpha-2-globulines,
bêta-globulines et gamma-globulines
- urines: Albumine, microprotéines, transferrine et globulines
Sur le sang, l'objectif est de chercher une dysglobulinémie monoclonale.
* Immunofixation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: immunofixation
:END:
Elle complète l'électrophorèse des protéines résique pour la détection
d'une immunoglobuline monoclonale.
IL s'agit d'une technique par immunoprécicipitation sur un gel contenant
des pistes prédéfinies contentant des échantillons de dilutions
différentes. L'immunoglobune va précipiter sur le gel et être mise en
évidence par une coloration et un lavage.
Les difficultés d'interprétation sont les excès d'antigène ou anticorps,
la présence d'immunoglobuline polymérisées, de cryoglobuline.
#biochimie # Description
Il s'agit d'un processus d'émission de lumière à l'aide d'une réaction
électro-chimique. Pour les tests immunologiques, un complexe
antigène-anticorps va être formé avec la fixation de
rutheinum(II)-tris(bipyridyl). Avec l'ajout de tripropylamine, une
réaction d'oxydo-réduction démarrée de manière électrique va entraîner
l'émission d'un photon et donc la détection d'un signal.
[[./electrochimiluminescence.png]]
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- temps d'analyse court
- plage de mesure étendue
- faible volume d'échantillon
- bonne précision et sensibilité
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- durée de vie réduite des électrodes
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
- diminution du signal en cas de forte concentration d'antigène (effet
"crochet")
- anti-immunoglobuline se liant à l'anticorps (contact avec les animaux,
maladies auto-immunes)
- facteur rhumatoïde
- cryoglobuline
- réaction croisée avec un autre antigène
- Influence sur la liaison antigène-anticorps (pH, température,
concentration antigène, protéine...)
- biotine via une intérfrénce sur le système avidine-biotine (grossesse,
dialyse, sclérose en plaque, maladie métabolique, dermatite,
complément vitaminique.)
- mauvaise reconnaissance des antigène (variabilité
inter/intra-individuelle)
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
- ACE
- ACTH
- α-foetoprotéine
- anticorps anti-thyroperoxydase
- FSH
- NT-pro BNP
+++
title = "Virologie"
date = 2023-08-01
+++
# Clinique
## Uvéite
HSV chez l'enfant
## Pneumopathie
Expectoration plus rentable que LAB
## Péricardite
cause virales
- **entérovirus** surtout
- CMV, EBV, HHV6
- +/- parvovirus B19 mais discuté car 75%
## Hépatite
Parentérale : B,D,C féco-oral : A, E Bilan séro EBV, CMV **pas** PCR
# Virus
Oncogénicité : si virus pousse pour la phase S (donc pas si apport
polymérase par le virus+++)
## Adénovirus
- Spectre étendu d'infection aigüe
- Persistance possible intestin (asymptomatique) -\> si
immunodépression, sympto
- très fréquent en population générale : pas de diag virologique !
- résistant dans l'environnement, transmission souvent manuportée +/-
épidémie nosocomiale
- Diag: PCR
- Transplanté (receveur CSH en pédia): infection sévère -\> suivi des
réaction dans les selles
- test antigénique (gastro-entérite): ne détectent pas toutes les
espèces
- ttt = ténofovir
- y penser si cystite hémorragique chez greffé rénal
## Anelloviridae (adn)
- virus nu, ADN circulaire simple brin, polarité négative
- forte prévalence population générale
- nombreux fluides biologiques et tissus
- non pathogène pour humain
- potientiel biomarqueur immunitaire chez patients transplantés
## Arboviroses
## BK
- Latence rein/urothelium
- Néphropathies chez transplanté rénal -\> tester urine : risque si
**\> 7 log**
- risque virémie puis fibrose
- Cystite hémorragique chez allogreffé
- Suivi : PCR urine/plasma/sang total
- Ttt : diminuer immunosuppression
## CMV
100% afrique, 50% france
- tout organe peut être touché
- nombreuses stratégies pour échapper au système immunitaire
- infection latente à vie (ttt antiviral inefficaces)
- virose opportunistes
- primo/réactivation = bénigne si immunocompétent
- sévère chez immunodéprime =\> surveillance
- **infection congénitale virale la plus répandue**
- si primo chez mère
- ou réactivation/infection autre souche
- diagnostic + surveillance : PCR
- ttt : valganciclovir
Définition:
- maladie à CMV = test CMV+ et symptomatique =\> ttt curatif
- infection à CMV = test CMV+ et asymptomatique =\> ttt anticipé
Stades
1. Primoinfection : symptomatique ou non, disséminaton hématogène
2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans
les monocytes, macrophages, cellules endotéliales
3. Récurrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire
si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon
Femme enceinte : Note
- greffe : rique si solide : CMV- recoit CMV+ ou réactivation receveur
=\> primo infection, pneumopathie
- VIH : récurrence CMV (rétinien, digestique, pulmonaire+++)
Traitement: ganciclovir (ou prodrogue valganciclovir)
Pas de grosse concentration dans le sang (3-4log)
### Diagnostic
- Primoinfection postnatale : IgM, IgG +/- CMV
- Foetus : PCR CMV liquide amniotique
- Congénitale : PCR urine/salive pour distinguer d'une inféction
périnalae (sans conséquence mais excrétion virale J21)
- Surveillance immunodéprimé : VIH+ et lymphocytes T CD4 \< 100/mm^3^
- fond d'oeil si positive ! (choriorétinine)
- atteinte SNC: PCR LCS
- digestive: biopsie digestive
## Dengue
- zone tropicale/substropicale
- La plus fréquente (flavirius)
### Clinique
- si arthralgie, possible rash associé
- TODO:
### traitement
symptomatique
## EBV (ADN)
- Infection lytique et latente
- ubiquitaire, transmis voie salivaire
- \> 95% adultes
- immortale et induit prolifération lymphocytes B
- latence: 4 profiles d'expression cancers EBV: a minima expression
EBNA
Adulte et \> 4 log
- lymphome Burkitt (cellules B) chez enfant afrique
- lymphmoe Hogdkin
- cancer nasopharynx
- VIH : lymphome non hodgkinien (malin), **post-greffe : syndrome
lymphoprolifératif**, MNI
Stades
1. Primoinfection : symptomatique ou non, dans muqueues oropharynix
(cellules épithéliales et lymphocytes B). disséminaton hématogène
2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans
les lymphocytes B mémoire
3. Récuerrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire
si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon
Diagnostic : Traitement: rituximab (anti CD20)
### Validation
IgM + sans IgG : immunodépression ?
## Encéphalite japonaise
Très peu de cas par voyageur : vaccination si \> 3 semaine en zone
rurale
## HHV6/7
- Infection chronique persistante
- Quasi totalité population
- Intégration chomosomique 1% population et transmis cellules
germinale
- Infection : lymphocytes T, monocyte, macrophages, cellules gliales
SNC, hématopoétique
- Infection activation (primo/réactivation): asympto/bénin (exantème
subit = primo HHV6)
- Encéphalite possible, surtout immunodéprimé
- Rôle débatut pour SEP, myocardities, SIDA+++
- Diagnostic : PCR (attention iciHHV6, suspecté si 6log -\>
**confirmation bulbe de cheveux**)
- Ttt gaciclovir+++
- DRESS: V7
- ID: réactivation: syndrome pseudogrippal +/- défaillance d'organe
Clinique
- Exanthème subit/roséole infantile
- réactivation si dRESS (toxidermie grave)
- fièvre, convulsion, infection respiratoire/digestive, syndrome
mononucléosique
## HHV8
## HPV
- HPV à haut risque : cancer col utérus, majorité cancers anaux, une
partie des cancers anogénitaux et oropharynx
- infection col utérin = très fréquente (surtout avant 30 ans) mais
transitoire dans la majorité des cas -\> ne pas traiter en l'absence
de virus !
- pas d'infection persistante par un HPV haut risque : risque
quasi-nul de cancer de col de l'utérus
- persistance de l'infection et risque de progression supérieurs si
infection par HPV16
- recherche HVP haut risque = plus sensible que cyto pour détecter le
slésions de haut grade au niveau du col utérin.
- choix de la méthoed biomol = selon recos internationales
- vaccin prophylactique = protège contre la majorité des cancers
attribuables aux HPV
### Algorithme
- 25-30 ans = cyto seule (sinon on détecterait trop de HPV car pic à
l'activité sexuelle)
- \> 30ans : PCR
- positive -\> cyto: si anomalie, colposcopie, sinon test à 1 an
### PCR
rendue positive si \> seuil détection et \> seuil clinique
### Prévalence
- HPV16~~+~~ quelque soit le cancer
- HPV18 cancer col utérus
### Génotype
3 tests possibles
- détection HPV sans génotype
- 16 et 18
- 16, 18, 45 autres
- HPV
## HSV (adn)
- Dermotrope et neurotrope
- Phase latente : persiste à vie dans les ganqlions nerveaux
sensitifs.
- Réactivation de fréquence variable +/- clinique
- Phase latente : antiviraux inefficaces =\> éradication impossible
- Formes grave chez nouveau-né, nourisson eczémateux, immunodéprimé
**ou** oeil, encéphale, fois
- Diagnostic:
- autres cas : PCR = la plus utilisé mais ne signifie pas qu'il y
a du virus infectieux+++
- méningoencéphalite herpétique = PCR sur LCS
-
- TTT : aciclovir. Si forme grave, instaurer en probabiliste
Intubé \> 5log = possible implication
## HTLV
Clinique
- leucémie à cellules T
- paraparésie spastique tropicale = neuromyélopathie chronique
40-55ans
Transmission mère-enfant (**allaitement**)
## JC virus
Immunodépression : leucoencéphalopathie mulitofocale progressive (LEMP)
= foyers de démyélinisation -\> y penser si VIH avec déficit CD4+
- patients VIH ou immunosuppreuse
- Pas de traitement
- évolution généralement fatale
## Polyomavirus: BK, JC, MC, TS
- Ubiquitaire
- Pouvoir pathègen seulement chez immunodéprimé
- BK: attente rénale et vésicales chez les transplantés
- JC : LEMP si immunodéprimé
- MC: carcinome neuroendocrite des cellules de Merkel (âgé ou
immunodéprimé)
- TS: dysplasie sévère des follicules pileux chez les
immunodéprimés
- Pas de traitement antiviral -\> restauration immune ou diminution de
l'immunosuppression
## Parvovirus
- tropisme précurseurs médullaire lignée érythroïde
- précoce : anémie, crise érythroblastopénie aigüe. 2eme phase =
production anticorps (éruption, arthralgie)
- mégalérythème épidémique, arthralgique -\> diag clinique
- sauf si compliqué ou contact femme enceinte
- anomalie constitutive globule rouge -\> crise aigüe -\> transfusion
culots
- immunodépréssion : anémie chronique -\> Ig polyvalente
- foetus: anémie profonde + myoc'ardite virale +/- anasarque
foetaplacentaire -\> transfusion pour éviter mort in utero
### Physiopatho
- Moelle osseuse -\> infection + lyse des précurseurs érythroïdes -\>
**anémie centrale**
### Clinique
- Bénigne che l'enfant
- **Grave** si **anomalie globule, rouge, immunodéprimé foetus**
- Enfant: mégalérythème épidémique (5eme maladie)
- Atteinte cardiaque
- Adulte (30%): polyarthralgie bilatérale symétrique extrémité
- Atteinte érythroblastes: problème si diminution de la vie des
globules rouges car l'érythropoièse ne compense plus l'hémolyse
périphérise
- anomalie de l'hémoglobine : drépanocytose, thalassémie
- protéine membrane : sphérocytose , Minkowski-Chauffard
- métabolisem G6PD =
-\> crise (anémie brutale et profonde) mais transifoire
- **Attention femme enceinte** ! GR immatures
- mort foetale
- anasarque (lyse GR = modification pression osmotique)
## Prévalence
- EBV, HHV6, VZV 95%
- HSV2 60-80%
- CMV 50% (plus dans les pays du sud)
- HSV1 10-50
- HHV8 \< 10
## Puumala
- Clinique
- Fièvre hémorragique avec insuffisance rénale
- +/- myopie transitoire
- Géographie \~ forêts : pays nordiques, Franche-Comte et
Champagne-Ardennes
- Fait partie des Hanta virus
- Transmission par les excréments des rats
## VCH
Charge virale: augmente vite et fort mais diminue à 0 sous traitement
### Traitement
2 antiviraux d\'action directe (ex: sofosbuvir + veplatasvir)
## VHA (arn)
- petite taille, ARN simple brin, polarité positive
- excrété sous forme nue dans les selles mais circule dans le sang
sous forme quasi enveloppé
- multiplication dans les hépatocytes (sans effet cytopathique)
- Lésions résultatns des réponses immuntaires (inné et adaptative) de
l'hôte qui détruisent les hépatocytes affectés
- maladie aigüe fréquente
- diagnostic : IgM spécifique
- clinique selon âge : asympto avant 5 ans, le plus souvent
symptomatique après
- **pas d'infection chronique**
- vaccin (qui peut servir de prophylaxie avant et après exposition)
- risque épidémique dans population âgée par amélioration condition
d'hygiène, diminution circulation et baisse séroprévalence
(paradoxal !)
### Notes
- Trasmission: hautement résistant + écrétion dans les selles
- risque : hygiène précaire, traitement eaux usé inefficace
- proximité VHA
- HSH
- zone d'endémie
- Clinique
- 4 semaine incubation
- prodrome pseudogripal
- état: hépatite bioloqique : asymptomatique chez l'enfant,
bruyant adulte, rare hépatite fulminante
- attention à la prise de paracétamol
- **pas de portage chronique**
- Diagnostic = sérologie : **IgM antiVHA seulement si hépatite
aigùe**, IgG antiVHA = passé ou vaccination
- **Déclaration obligatoire**
- Vaccin + rappel = protection à vie
## VHB (adn)
- enveloppé ADn circulaire partiellement bicaténaire et extrêmement
compact
- multiplication dans hépatocytes (pénétration via récepteur NTPC)
sans effet cytopathique
- cytolyse lié à la réponse immunitaire
- toute infection peut promouvoir le développement d'un
hépatocarcinome
- 1ere étpa : formation cccDNA inta-hépatique (persiste à vie !) +/-
intégration génome humaine (facultatif)
- multiplication virale via un intermédiaire ARN avec une
transcriptase inversée portée par la polymérase virale et
responsable de l'émergence de nombreux variants génétique
- plupart de liquides biologique avec concentation importante
- contamination: sexuelle et toxico IV (pays industrialisé),
mère-enfant -\> enfant (pays ressource limité)
- complications: asymptomatique - cytolitique sévère voire fulminante
- persistance \> 6 mois : risque hépatite chronique avec évolution
possible cirrhose/cancer foie
- dépistage AgHBs, Ac antiHBs, Ac antiHBc
- AgHBs positif : chercher coinfection VHD, sérologie HBe, charge
virale, atteinte hépatiqiue
- vaccin VHB = seule prévention possible HVB, HVD, hépatocarcinome
- traitement : IFN (interféron pégylé), analogue nucléositique mais
éliminent rarement AgHBs
### Notes
Transmission: percutané, muqueuses, salive, sécrétion vaginale.
Évolution: 10% porteur asympto ou hépatite chroniqu (+/- cirrhose/cancer
du foie)
Structure : enveloppe extérieure (Ag HBs) et nucléocapside (Ag HBc)
Charge virale: évolution en \"vague\", moins élevée que VHC. Sauf pour
infection congénital avec très fortce réplication virale asymptomatique
jusque 25-30 ans, puis réponse immunitaire (symptômes variables)
**C'est la réaction immunitaire** qui abime le foie et non la
réplication.
### Sérologie
- Ac anti Ag HBc = témoin d'une infection mais persiste après
guérison+++
- Ag HBe = en général, réplication virale active. Disparait avant Ag
HBs. Séroconversion Ag -\> Ac antBHC = résolution ou rémission
Attention: AgHBe, Ac antiHBe: utilisé seulement pour classification.
réplication. Ne pas utiliser pour distinguer infection aigüe (ex: Ac
antiHBc)
Sérologie
- Ac antiHBc: compétition. Négatif si \> 1. Sensibilité/spécificite
100%
### Cinétique des marqueurs
- Hépatite aigüe guérie : AgHBs+ 1 à 3 mois avant clinique/bio, puis
Ac antiHBc
- NB: AgHBe souvent associé à réplication virale, disparaît avant
AgHBs
- fulminante
- stade aigu : **IgM anti HBc** constant mais attention, **AgHBs
et AgHBe peuvent être négatifs**
- réaction*chimio-induite* surinfection hépatite D: ?
- hépatite chronique : AgHBs \> 6 mois, AgHBe et Ac antiHBc positif
- séroconversion (= négativation)
- HBe = négativation AgHBe et Ac-antiHBe positif = évolution
favorable
- HBs = négativation AgHBs et Ac-antiHBs = objectif ultime
- charge virale = suivi chronique car corrélé risque fibrose/cancer
foie
NB: charge virale peut être négative avec AgHBs + car il y a une
éxcrétion d'AgHBs \"vides\" par le réticulum endoplasmisque alors que
les antiviraux vont agir sur la formation \"complète\" du virus
### Interprétation
AgHBs Ac AntiHBs Ac AntiHBc Interpretation
------- ------------ ------------ -------------------------------------------
\+ \+ Infecion évolutive (récente ou chronique)
-\> IgM, évolution à 6 mois
\+ Hépatite aigüe, post vacin
faux positif
\+ Vacciné ou immunoglobuline
\+ \+ Infection guérie
\+ Faux positif, contact
hépatite aigùe, mutant AgHBs (Asie)
Pas de contact
**AcHBc isolé** =\> - IgM HBcpour différencier phase aigùe, ADN VHB et
acVCH
- possible sous traitement
- possible si réplication VHC en parallèle (notion d'équilibre)
### Traitement
**tenofovir**, (ancien: lamivudine, emtricitabine)
## VHC (arn)
- ARN simple brin de polarité positive. capside icosaédrique et
enveloppe
- hépatotrope -\> infection aiqüe e chronique
- aigüe = généralement asymptomatique et évolue vers chronocitié
dans la majorité
- chronique : activité nécrotico-inflammatoire et fibrose
hépatique (gravité variable)
- hépatite chronique = 2e cause de cirrose et de carcinome
hépatocellulaire après l'alcool. 2500 décès/an
- curable par traitement antiviral avec diminution/éradication lésions
et régression fibrose
- révolution avec nouveaux traitement sans IFN avec \> 95% efficacité
(inhibiteur de protéase+++)
- importance du dépistage
## VHD (arn)
- Virus défectif, seulement chez individus infectés par VHB. Utilise
les protéines d'enveloppe du VHB pour former les particules virales
infectieuses.
- ORF -\> 2 isoformes proténiques : la petite (s-HDAg) activate la
réplication du génome, la grande (L-HDAg) fait inhibent la
réplication
- CoinfectionVHB VHD non négligeable (10-20 millions) -\> maladie plus
sévère (aigüe et chronique)
- diagnostic : Ac anti-BHV et charge virale plasmatique
- Traitement : INF α-pégylé mais peu efficace
- vaccination VHB protège aussi contre VHD
## VHE
- Pays à ressources limités : grandes épidémies, mortalité élevée chez
femmes enceinte
- Pays industrialisés : transmission zoonotique, transfusion,
chronique chez l'ummindéprimé, formes sévère si atteinte chronique
du foie, atteinte neurologie
- Diagnostic : IgM anti-VHE (+ ARN viral sang/selles chez
l'immunodéprimé)
- Ribavirine si chronique
## VIH
Patient connu: western blot peut être négatif ! Épidémio: VIH2 = 2%
primo: objectif
- -2Log à ??
- \< 400/mm^3^
- \< 50 copies/mL à 6mois
### Diagnostic
Ac-anti VIH1 et 1 et Agp42
- négatitf: pas d'infection si exposition \> 3 semaines
- positif: western-blot
- positif: contrôle 2e prélèvement pour éviter erreur
d'identification + Déclaration Obligatoire (quand ??)
- négatif/douteux: primo-infection ? Ag p42 et ARN VIH1
- négatif = réaction non spécifique en l'absence de traitement
ou exposition VIH2
- positif = primo-infection probable
confirmation par Western blot: obligatoire pour ne pas passer à côté
d'une co-infection VIH2 !!
IgG contre
- glycoprotéine transmembranaire (gène *env*): gp160,gp120,gp41
- capside/matrice/core : p55, p24,p18 (gène *gag*)
- enzyme virale (p66, gène *pol*)
- intégrase : p34
-\> 2 bandes *env* et 1 bande *gag* pour *pol*
- Plutot précoce : glycoprotéine, p55,p24
- Plutôt tardif : p34
### Bila initial
Séro EBV, CMV
### Traitement
1 ou 2 inhibiteur nucléosidique transcriptase inverse + 1 non nuléo ou 1
intégrase
- 1ere ligne :
- dulotegravir + 2 inhibiteur nucléosidique.
- Attention: abacavir : contre indiqué HLAB\*5701 risque
d'hypersensibilité
- Sinon efavirenz - 2 INTI
- Enfant : raltégravir + 2INTi
Primo:
- objectif = diminuer contagiosité.
- Utiliser traitement avec forte barrière génétique
- Si possible, traitement par ?? pour faire chuter la charge virale
EI: tenofovir = nephrotoxique, sauf forme alafénamide daru = pb
cardio vasculaire
Note: bithérapie possible dès début. Sinon allègement avec CV
indétectable depuis 2 ans
### Résistance
Lamivudine, emtricitabine = mutation M134 V/I
- codong ATG donne soit ATA (I) sout GTA (V): le premier est plus
fréquent à cause d'APOBEC
APOBEC= enzyme qui protège des infection virale : édition ARN C-\> U
qui rend la réplication quasi-impossible. Le VIH a ViF qui désactive
cette enzyme. NB: APOBEC peut éditer le génome intégrer (peu d'effet
? contrairement à EBV)
## VZV (adn)
- Dermotrope et neurotrope
- Latence ganglion nerveux sensitifs -\> éradication impossible par le
sytème immunitaire ou antirétroviraux
- Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant.
- presque toujours symptomatique.
- formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir
- augmentation nombre cas au printemps
- femme enceinte: risque
- avant 20SA: risque congénital
- 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur
à J-5 et J+2)
- Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome
- pas d'épidémie
- algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans
=\> valaciclovir en prophylaxie
- vaccin ! (varicelle + zona)
## VZV (adn)
- Dermotrope et neurotrope
- Latence ganglion nerveux sensitifs -\> éradication impossible par le
sytème immunitaire ou antirétroviraux
- Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant.
- presque toujours symptomatique.
- formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir
- augmentation nombre cas au printemps
- femme enceinte: risque
- avant 20SA: risque congénital
- 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur
à J-5 et J+2)
- Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome
- pas d'épidémie
- algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans
=\> valaciclovir en prophylaxie
- vaccin ! (varicelle + zona)
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title = "Immuno-hématologie"
date = 2024-01-20
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# Fiches
- IgM : anticorps froid (optimum 4°), ne passent pas la barrière hématoplacentaire, agglutation spontanée, fixe le complément
- Ig : optimium 37`, peut passer la barrière hématoplacentaire
![TIA](/images/hematologie/coombs-indirect.png)
![TIA](/images/hematologie/coombs-direct.png)
- Test indirect antiglobuline (RAI): plasma patient + globules rouges connus + antiglobuline
- Test direct antiglobuline (TDA): globules rouges patient avec Ac + antiglobuline
- ABO, Lewis, P1, MN = tissulaire, glucidique, non propre à l'Homme, anticorps naturels
- RH, Duffy (FY), Kiddl, Ss : propre aux GR, Homme, proétique, pas d'anticorps naturels
- Rare : Lu (b-) (0.1% Lu (a+, b-) et exceptionnel Lu(a-,b-))
- Antigène public (>= 99.9%) : H, LU2, KEL2, LEK4
- Attention : un c+ en France est probablement D+
# Phénotypage érythrocytaire
Antigènes des groupes sanguins :
- portés par glycolipides ou glycoprotéines
Classification
1. ABO et associés = tissulaires
- GR mais pas que
- pas propres à l'homme
- naturels
- synthétisent enzymes qui vont produire les antigènes (pas de production directe par les gnes)
2. Rhésus et autres = inverse
Anticorps
- naturels = apparait spontanément, présent milieu extérieur, stimule système immunitaire
- immuns = après grossesse, transfusion, greffe incompatible
- réguliers = toujours présent si antigène absent (ex: antiA)
- irrégulier = peut être absent malgré antigène (ex anti-D)
- 1 seul échantillon, 1 seule détermination si automatique (2 techniciens si manuelle)
- Groupe sanguin = ABO, Réhus (RH2,3,4,5), KEL1
- Indications limitées : transfusion, grossesses (pour transfusion)
- Choix pour transfusion :
- toujours ABO
- protocole RH-KEL1 : femmes de la naissance à fin période procréatrice, RAI positive, hémoglobinopathie, transfusion itératives, groupe sanguin rare
- Pour un groupe valide : 2 déterminations, 2 prélèvements indépendants, étiquettage et identité stricte du patient (risque vital !!)
## Notation
Exemple pour A+ Cc ee
1. A CcDee
2. A RH 1,2,-3,4,-5 (car 1=D, 2=C, 3=E, 4=c, 5=e)
3. A+ E- (on ne rend que les négatifs)
## ABO et associé
### ABO
Le plus important des groupes.
Nature glucidique : ABO -> glycosyl transférase
- groupe A = antigène A, anticorps antiB
- groupe O = pas d'antigène A ni B, anticorps anti A et B
- Génétique: A et B co-dominant, O récessif, code pour une enzyme et non l'antigène dircetement
1 gène ABO
- allèle A et B : forte homologie, enzyme codée ont le même substrat (sustance H), codominant
- allèle A avec délétion : enzyme est inactivée
- donc
- groupe A => 1 allèle A, 0 allèle B
- groupe B => 1 allèle B, 0 allèle A
Substance du base (tous les individus) -> enzyme H (codée par gène H chez la plupart des individus)
- individu O = rien de plus
- individu A: +enzyme A
- individu B: +enzyme B
Substance H = produite par substrat H
Groupe Bombay = pas de gène H donc anticorps antiA, B et **H**
Donc
- que du H = groupe A
- que du A = groupe A1 (fort)
- majoritairement A = groupe A2 (faible)
- idem B
2 épreuves (il faut ja concordance !!)
1. antigènes A et B sur les globules rouges (mis avec sérum Ac antiA et B)
2. anticorps anti A et B dans plasma (avec hématies test A B)
Note: sous-groupe A1 et A2 mais pas d'intérêt en transfusion
#### Variants ABO
![](/images/hematologie/groupe-a.png)
A1 (80%) :
- enzyme A1 : convertit tous les antigène H en A -> *Anticorps naturel irrégulier anti-H* (dangereux si actif 37%)
- Ag A1
A2 : enzyme A2 : convertit tous les antigène H en A
- pas d'Ag A1 -> anticorps antiA1
- pas d'anticorps antiH
#### Phénotype rares
- Phénotype bombay : absence d'antigène A, B et H -> anticorps anti-A,B et H très puissant !
- phénotypes H déficient :
- non sécréteur : Bombay (h/h se/e), Bombay réunion (un peu d'antigène H)
- sécréteur (paraBombay) : AgH absent des globules rouges mais dans sécrétions
- NB: -> anticorps antiH moins puissent pour Bombay réunion ou para-Bombay
- faible expression antigène A B
- cis-AB : 2 allèles transmis comme un (d'ou le cis-)
- B(A): les hématies du sujet B peuvent être agglutinées par des anticorps anti-A. Idem pour A(B)
- acquis: B, A, perte expression partielle chez patients hémato
#### Anticorps
Attention, il y a bien 2 types d'anticorps en ABO !
- naturels : réguliers, surtout IgM, ne passent pas la barrière hémato-placentaire, 3 à 6 mois après la naissance
- immuns : irrégulier : après allo-immunisation (grosesse), hétéro (vaccins), IgG, passent la barrière hémato-placentaire
Antiènes dans le milieu extérieur (bactéries) -> immunisation
- Recherche antigène A, B (à partir d'anticorps)
- Recherche anticorps antiA, antiB (à partir hématie tests)
#### Régles
Incompatibilité :
- donner des GR à un patient ayant dans le plasma des anticorps contre cet antigène
- donner du plasma avec des anticorps à un patient qui a des antigène sur le GR
Sinon hémolyse intra-vasculaire par activation du complément
- libration des cytokines, protéines inflammatoirre -> état de choc + arrêt cardiaque
### Hh et SEse
- Gènes H et SE -> haplotypes HSE, Hse, hSE, hse
- codent pour la même enzyme mais sur des cellules différentes (H = érythroblaste, SE = muqueux, épithélial) avec production antigène H
- h et se = silencieux ("non sécréteur")
- Phénotype H déficients : pas d'antigène H, mais anti-H plus ou moins intense (exemple du phénotype Bombay qui a un anti-H très puissant ("receveur dangereux"))
- Anticorps antiH: dangereux chez sujet Bombay, Ah ou Bh
#### LE (ancien. Lewis)
- Peu utile pour transfusion
- Pas un vrai système de groupe sanguin mais sécrétion/tissulaire (existence d'une substance LE1 ou LE2 mais seule la second est dans les globules rouges).
- Enzyme produit antigene seulement dans cellules sécréteuses (muqueuse de glande salivaire, cellules inconnues)
- antigène adsorbé par le globule rouge et non produit
- Anticorps : anti-LE1, LE1, LebH, LebL+++.
- dépend du gène sécréteur (SE) et du gène Lewis (Le)
- se/se et le/le : pas de sécrétion, pas de Lewis dans la cellule sécrétantes = reste tel quel (précurseurs type)
- se/se et LE : enzyme -> antigène Lewis a
- SE et LE : antigène H d'abord puis antigène Lewis b (action successive des 2 enzymes)
- défini à 2 ans donc pas d'impact obstrétrical
- chez la femme enceinte, les antigènes vont se décrocher
Anticorps :
- naturels et irréguliers
- hémolysant dans certains cas
- anti Le^a : /jamais chez les Le^a négatif
- anti Le^b : le plus sovuent chez Le (a-,b-), très rarement chez /jamais chez les Le^a négatif
#### P1PK et globoside
- P1PK =
- 3 antigènes (P1, Pk, NOR)
- anticorps :
- anti-P1 : fréquent, pas utile en transfusion ou obstétrique
- anti-PP1PK = naturel, régulier, **attention transfusion**, **fausses couches précoces, à répétition**
- Globoside=
- 1 antigène P (très rarement absent)
- allo anti-P = hémolyse transfusion
- autoantiB = hémoglobinurie a frigorue
### Système LU
Gène LU
- 20 antigènes
- 4 couples d'antigènes dits antithétiques car il faut au moins l'un des 2 (a ou b) (sinon très rare)
- 12 ag fréquents
- Lutheran b = rare (impasse transfusionnelle)
- anticorps
- anti LU1 = rare
- anti LU2 = très rare, actif à 37° donc *attention transfusion*
- antiLU3 = receveur dangereux
### Antigène I et i
Ag i se transforme en I (sinon extrêmement rare -> avec anticorps anti I: **pas de transfusion possible**)
## RH1/D et RH-KEL1/Rh-Kell
### RH1/D
- Propre à l'homme et GR
- 5
- Recherche antigène RH1/D (avec anticorps)
- 5 antigène majeurs C, E, c, e Kell (RH2, 3, 4, 5 et KEL1 resp.)
- le plus immunogènes
- accidents transfusionnels graves, maladies hémolytique du nouveau-né parfois graves
- 2 gènes étroitement lié sur chromosome 1
- RHD : présent -> code protéine D -> D+, sinon D-
- RHCE : 4 allèles possible pour une protéine RHCE Ce,CE, cE, ce
- C/c et E/e sont antithétique (si absent, autre présent en double dose: ex: C- -> c+)
- e 98% ! (quasiment public)
Transmission: D = dominant
Nomenclature : D+ C+ e- E- par exemple, RH 1,2,-3,-4
Variants :
- soit moins de sites antigèniques (Ag faible) -> pas d'alloimmunisation
- soit épitopse normaux (sites antigénique normaux, diminués) (Ag partiel) -> allo-immunisation possible avec anticorps antiD "sauvage"
- recherche biomol si hémoglobinopathie, femme subsaharienne < 50 ans, femme caucasienne < 50 ans si C-, E- (les D partiels y sont associé)
#### Anticorps
- Immun : induit par grossesse/transfusion incompatible
- IgG, traversent la barrière
- le plus immunogène : RH1 (D) surtout, puis RH4 (c)
### KELL
- Précurseurs précurseurs lignée érythroiide
- KEL1 = pouvoir immunogène important
- Antigènes
- 2 principaux et antithétique : K (KELL1,), k (KELL2 ou cellano) = antigène public en france
- autre : Kbpa, Kpb (KEL3 et KEL4)
- Anticorps : IgG, traversent la barrière hémato-placentaire
- antiKEL1 = fréquent
- antiKEL2 et 4 = **impasse transfusionnel**
### Impact délivrance
RAI positive avec allo-immunisation : anti RH1,2,3,4,4 et KEL1 -> phénotype négatif pour l'antigène et respect de tout le phénotype RH KEL
Femme de la naissance à la fin de l'âge de procréation : respect de tout le phénotype RH KEL
## Système FY JK MNS
- Les plus important en transfusion avec Rhesus et Kell
- antigènes propres aux globules rouges
- antigènes propres à l'homme aux
- bien développé à la naissance
- le plus souvent immun (IgG)
- **accident transfusionnel très graves**
### Duffy
- 2 antigènes : FY1 et FY2 (Fya et b resp.)
- Population caucasienne : 3 phénotypes : (a+,b-), (a+,b+) et (a-,b-)
- *Pop. africaine : le plus répandu (a-,-b)* !
Public : prévalence > 99.8%
- Ag FY3 : absence (a-,b-)
#### Génétique
- Chr 1-
- gène /DARC/ et protéine DARC
- porte d'entrée du plasmodium dans globule rouge
- exprimé rein, rate, poumoin+++ (attention aux greffe)
- nb de site antigénique plus faible si hétérozygote qu'homozygote (effet-dose)
- enzyme protéolytique : utile pour identification (ex: papaïne : détruit antigène FY1 et FY2, trypsine pour anticorps anti FY1 et FY25
- FY*A et FY*B codominant
- FY*A produit Ag FY1 et FY2
- FY*B produit Ag FY2 et FY2
- polymorphisme
- allle FY*X : produit antigèn FY2 d'expression affaiblie -> FY*A/Fy*B de phénotype apparent (a+, b-) mais en réalité (a+,b+)
- allèle, FY*B_null : silencieux mais uniquement dans globule rouge. Récessife : phénotype (a-,b-) dans gR mais (a-,b+) dans autres cellules
- mutation promoteur gène: facteur de transcription ne se fixe pas HGAT1 donc pas de transcription du gène dans lignée GR
- FY*0 : très rare, pas d'expression DARC donc pas d'antigène FY sur globules rouges et autre cellules -> vrai phénotype null (a-,b-)
- très courant afrincain, très rare caucasien:
- **receveur dangereux** car produit antiFY1, 2 et surtout **3**
- plasmodium vivaux et knowlesi utilige l'atigène FY pour traverser la membrane -> sujet (a-,b-) sont protégé
#### Anticorsp
- Immun IgG
- fixe parfois complément -> **grave**
- antiFY1, antiFY2 : **GCR phénotypé FY typés négatif**
- anti FY3 : immuns, origine transfusionelle (fréquent drépanocytaire)
- risque d'hémolyse : **hyperhémolyse** chez drépanocytaire
### Kidd (JK)
- 2 antigènes principaux JK1 et 2 (a et b), *antithétique*
- exprimé aussi dans rein (attention refjet geffe)
- 2 allèles codominant JK*01 et 02 produisant antigèn JK1 et 2.
- (a-, -b) très rare
- Ag JK3 fréquent
- Gène : rôle transport urée
- Effet-dose (variant nb site antigénique) mais pour *certains* antiJK1 et JK2
#### Anticorps
- IgG fixant le complément (hémolyse intravasculaire)
- antiJK1 *perfide et dangereux* car difficile à identifier (limite de détection) et très hémolysant, se réactive rapidement
- **accidents hémolytiques graves**, rejet greffe rénale
- antiJK1 et 2 positif -> **CGR phénotypés négatifs et comptabilisés**
- **épreuve de compatibilité peut être négative**malgré des anticorps présents en faible quantité donc on transfuse du JK négatif
- JK3 = (a-,b-) : attention car anticorps anti JK1 et 2..
- auto-anticorps possible
### MNS
- 48 antigènes dont 35 fable prévalence
- 4 antigènes principamux : MNS 1 et 2 (M et N) (antithétiques), 3 et 4 (antithétiques, S et s)
- antigène U = exprimé si S ou s (sinon peu ou pas exprimé)
- 3 gènes : GYPA, B et E -> code pour glycophorine A et B
- Phénotype rare : S- s- U-
- exceptionnel caucasion, 2% afroantilons
- phénotype U- : délétion gène : déficit total GPA, **anti-U très puissant**
- phénotype Uvar : U faible et partiel (qualitatif et quantitaf)
- attention les 2 ne sont pas incompatibles+++ -> **génotypage obligatoire S- s-** cr les U- peuvent s'immuniser contre Uvar
#### Anticorps
- AntiMSN1 : naturel, régulier, stimulé par transfusion, infection batérienne -> pas d'incidence sur transfusion **sauf drépanocytaire : risque hémolyse**
- antiMSN2 = très rare
-> sang compatiblisé mais non phénotypé *sauf drépanocytaire*
- antiMSN3 et 4 : donner du négatif, réaction très sévère
## Autres
Grande fréquence (public: > 99.9% en pop générale)
- attention si absence Ag public : production anticorps anti-public -> *receveur dangereux
Ag Faible fréquence (privé < 1%)
- ac anti privé : transfusion, grossesse.
- Pas d'impasse transfusionnelle.
- Pb en obstétrique (dangereux pour foetus)
Panel non obligatoire : DO, YT, CO, X
# Anticorps anti-érythrocytaire (RAI)
Autre anticorps que ABO
## Dépistage
Principe: 3 hématies de phénotype O détectants anticorps contre antigènes
- RH a minima : D,C,c, e
- Kel: Kell, k, p
- FY: Fy^a, Fy^b
- JK: Jk^a, Jk^b
- MNS: M, N, S, s
- LE: Le^a, Le^b
- P_1
- Lu^b
## Épreuve de compatibilité
Test plasma/sérum receveur avec hématies de la tubulure du produit à transfuser
## Titrage anticorps anti-érythrocytaires autres qu'ABO
Test indirect
## Examen direct à l'antiglobuline
Montre sensibilisation des hématies avec anticorps antiIgG et antiC3d
# Technique IH
Applications IH
- transfusion
- suivi femmes enceintes
- anémie hémolytique auto-immune (Coombs direct)
Principe = agglutation hématies
2 types
## Agglutination - Immunologique (mais pas tojours)
1. Fixation antigène-anticorps mais réversible
2. +/- agglutination (selon le type d'anticorsp: ##IgM est agglutinant##, IgG nécessite un "artificie")
- Hématies = charge négative => se repoussent
- Spontané = IgM surtout, grosses molécules, "froid" (optimin (+4%)), ne passent pas la barrière placentaire, - activent complément (jusqu'à destruction de l'hématie, ex de l'accident ABO)
- Agglutination artificielle : IgG, "chaud" (37°), passent barrière placentaire (plus petits),
- -> problème de grossesse, ! **Ac anti JK** peut fixer le complément -> hémolyse intra-vasculaire comme accident ABO
- test indirect (ex RAI) : plasma patient + globules rouges + antiglobuline
- Test direct anitglobuline : GR patient porteur anticorps + antiglobuline
Techniques:tube d'hémolyse, gel ou microplaques
- gel : automatisable (agglutination = reste au sommet)
- Phénotypage : Délai 1h sur gel ou tube
Applications
- Phénotype : ABO, Rhésus, Kell
- RAI
- Coombs direct (le patient a-t-il des anticorps fixés sur GR ?)
- recherche agglutinine froide
Tube prélevé sur anticoagulant (EDTA) + centrifugé -> plasma (Ac) ou GR (antigènes)
## Recherche d'agglutinines irrégulières
- Allo-anticorps contre autre que antigènes autres que A et B (not. après transfusion+++)
- EDTA, **frais**, plasma après centrification
- Dépistage: plasma du patient + 3 hématies tests connues + antiglobuline (semi-quantitatif : 1 à 4 croix)
- Identification : sur 11 hématies tests + témoin autologue
- regle des 3+/3- : 3 hématies positives pour l'antigène et 3 négatives
- Résultat
- Si positive , alloanticorps donc identification sur 11 hématies test (avec témoin autologue)
- vérifier absence de l'antigène correspondant (phénotype étendu)
- culot à transfuser phénotypé
- épreuve directe de compatibilité (plasma patient + hématies à transfuser)
- nouvelle carte de groupe (refaire groupe)
- Si négative :
- **un anticorps un jour, un anticorps toujours** (non détecté ? concentration variable dans le temps)
- valide 3 jours (21 jours si négatif et pas de transfusion, grosse, greffe+++)
- Indication:
- **obligatoire avant toute transfusion** (sauf urgence vitale immédiate)
- après transfusion
- accident hémolytique après transfusion
- suivi grossesse
## Test direct à l'antiglobuline
- Montrer qu'il y a des anticorps (ou fraction du complément) présents sur hématies du patient
- ajout antiglobuline humaine : agglutine si les anticorps existent
Technique
- Antiglobuline polyvalente (IgG + complémenta)
- Antiglobuline spécifique (IgG et IgM)
Indication
- anémie hémolytique auto-immune
- maladie hémolytique néonatale : anticorps maternels sur antigènes foetaux (obligatoire sur tous les nouveaux nés)
- accident transfusionnel (anticorps du patient sur globules rouges transfusés)
TDA positifs
- IgG : élution
- C3d : recherche agglutinines froides
## Élution directe
Détache ("lave") les anticorps des globules rouges.
Puis test indirect (RAI) pour regarder les spécificités de ces anticorps
## Transition
Sensibiité pour allo-immunisation : éluat > TDA > RAI
- élution positive dans un premier temps car anticorps sont sur les globules rouges seuls (ex. d'une transfusion avec anticorps contre GR ) -> **RAI négative** !
- puis TDA+ (besoin de plus d'anticorps car l'élution fait une concentration)
# Norme 15189 (Patrick Joubaud)
Cf [cofrac]
Attention au IgG+ ou C3d+ en TDA
# Présentations
## Complications transfusionnelles 2
leucémie aigue : phénotype RH-K, irradiation si greffe cellules souche ou ID profondeur
Tumeur solutique : pas d'irradiation
pour les 2, seuil 80
Patient âgé : transfusion lente (2h en moyenne)
Indications
- Phénotypé : transfu répétées, maladie hémato, groupe rare, *femme de la naissance à la fin de période procréatrice*, hémoglobinopathie
- Compatibilté : RAI+, drépano
- Irradié:
- indications: don intrafamiliale (quelque soit degré parenté !), déficit immunitaire congénitale, avant/pendant prélovement CSH, *autogreffe CSH* (au moins 3 mois), *allogreffe* (au moins 1 an)
- prévenir GvH (lymphocytes du donneur attaquent tissus hôte, moelle) Note: immunocompétent, les LT sont censé les détruirer
RAI valide 3j (21 si négative sans transfus, grossesse ou transplantation)
Effets indésirables grave d'imputabilité forte
- allergie 56%
- 40% pulmonaire (oedeme pulmonaire de surcharge surtout)
### TACO = OAP de surcharge (transfusion acute circulatory overload)
- 1ere cause de décès transfu
- sous déclaro
- recos :
- à risque si > 70A avec comordbidité cardio
- (pseudoobstruction d'aval = accumulation sang donc surtout eau en amont: hypertension oreillette gauche donc alvéole in fine )
- altération FEVGE, rétrécisseent aortique, HEC, IRC (déficit élimintation)
- prévention : transfu lente (1 CGR en 2H) + surveillance *TA* (premier signe de surcharge) : furosémide ? (pas de reco)
### TRALI * transfusion acute lung injury
SDRA: altération membrane alvéolo capillaire par PNN
hypoxémie + oedème pulmonaire bilat à la radio + *absence* insuf cardiaque gauche (donc furosémide inefficace)
Étiologie : agression membrane
- directe = infection, trauma thoracique
- indirecte : choc septique, pancréatite, CIVD
Physio : lié au PNN surtout (réponse inflammatoire dérégulée -> chimiotactinsme jusque dans alvéoles puis production de cytokine et destruction membrane). Pronostic ~ infiltrat
Clinique : dyspnée d'aggravation rapide dans les 6h (voire 12-24h), crépitants, infiltrat pulmonaire bilatérale mais *pas de signe de surcharge* contrairement à OAP
Évolution favoirable sous VNI dans la majorité des cas (O2 pousse l'eau dans les vaisseaux)
Fièvre : plutôt tralie, hypertension plutôt TACO
BNP, echocardio : plutôt TACO
## Anémies hémolytique auto-immunes
GR: 120j
Destruction macrophage : hb -> Fer (réuitilsé), globine (décomposé AA), hème (bilirbuine non configuée puis fixée almbunie -> bili conjugée -> 85% stercobiblinogène)
Classiication
- corpusculaire: membrane (sphérocyytose), Hb, déficit enzymatique (G6PD), hémoglobinurie paroxistique nocturne
- extracorpusculaire : mécanique, toxqiue, infection, auto-immune
Autoimmune : Ac contre Ag GR
- plutôt âgé, un peu plus femme
- mortalité 8-15%
- mécanisme : fixation du fragment FC sur macrophages tissulaires ou activation complément (plutôt intravasc)
Étiologie
- idiopathique 50%
- secondaire : infection (MNI, CMV, parvo, syphilis, turberucoles), traitement, associé autominnu (lupus, SAPL), associé hémopathie lymphoïde
Selon type auto-ac
- chaud : adulte, plutôt intratissulaire, IgG 37%
- agglu froide : > 50A, intratissulaire ou vasculaire, IgM, plutôt chronique , plutôt chronique
- froid autre (infectieux)
- hémoglobinurie paroxistique a frigorie : aîgu, enfant. Attention aux mycoplasme aussi
- autre (large amplitude thermique)
Intravasculaire : brutal, fièvre, douleur lobmaire, urine "rouge porto", ictère
Extravasc : progressif, discret (subictère conjonctival)
Diag :
- clinique + bio (anémie normochromoe normocytaire, pas de schizoytes (!= mécanique), sd hémolytique)
- IH: Coombis direct : hématies avec Ac déjà fixées + antiglobuline -> agglu
- Penser à chercher des IgA si neg
- IgG+ : élution (détacher Ac sur hématie et déterminer leur spécifique en TIA) puis Coombs anticiderct (éluta sur panel connu avec antigolbuline)
- C3+ : agglu froide
Tttt :
- autoanticorps chaud : cortico, folates
- froid : MAF: pas d'exposition au froid
NB: **tout positif (panagglu + témoin autologue positif)** -> adsorption (soit le plasma du patient sur hématies du donneur, soit sur ses hématies (l'idéal))
# Suivi immuno-hémato femmes enceintes
Objectifs
- Prévenir immunisation
- Sinon diagnostic + suivi :
- suivi cinétique anticorps, suivi clinique
- sécurité transfusionnelle (femme + nouveau-né)
## Allo-immunisation érythrocytaire
- Alloanticorps dans plasma mère contre Ag présent hématies foetus
- Origine : hétéro (Ag ABO), transfu, hémarragie foeta-maternelle (hématies foetus passent circulation maternelle)
- dépendent de l'immunogénécité de l'Ag (= capacité à induire la sinthèse Ac): **D > K** (ABO faible), quantité GR foetux, individu
2 types
- ABO: exprimés tardivement donc /pas d'impact fœtus/ (expression après naissance), les plus fréquentes, habituellement bénin
- non ABO (vraie alloimmunisation foetomaternelle): tous les systèmes. Plus fréquente RH KEL FY JK, dès vie embryonnaire
### ABO
Mère O : IgM antiA naturels (ne passent pas la barrière hématoplacentaire), IgG antiA immuns (ictère)
NN type A: aura des IgG antiA maternel dans le sang
*RAI chez la mère*, **TDA Chez l'enfant** : si positif, élution pour antiA et antiB
Transfu **CGR groupe O RHKell mais non compatibilisé**
Bénin sauf certaines population (AFrique subsaharienne)
### Alloimmunisation
- 1ere grossesse incompatible : IgM ne passant pas la barrière hématoplacentaire puis switch IgG. Souvent moins d'impact mais possible néanmoins.
- 2e grossesse incompatible : réactivation à la moindre stimulation du ystème immunaire : production massive IgG **passage placenta**
- dès 1er trimestre
- destruction GR fœtus : anémie + hyperproduction bilirubine (impact nouveau-né car éliminé par la mère au stade fœtal)
Impact clinique:
1. anémie sévère (difficile à détecter à l'échographie)
2. accumulation bilirubine système nerveux (mort/séquelle neuro)
### Diagnostic
- *RAI*
- dangerosité selon spécificité anticorps :
- hémolyse GR matures : **antiRH**, JK, FY, MNS3,4, antiMNS1
- GR mature + précurseurs érythroides **antiKEL**
Les plus sévères : **anti RH1, RH4, KEL1**
- bien développés chez foetus (4 SA)
- risque anémie fœtale/néotal
- suivi maternité 3 (sauf si titre faible)
Les plus fréquents : *RH 1 , 3, 4 KEL1*
- antiRH1: Prophylaxie diminue incidence de 80%
### Divers
Ac anti public
- Anti U, public RH, public KEL
- risque d'anémie sévère
- transfert échantillon CNRGS + équivalent obstétrical (CNRHP)
Ac antiprivé
- non détecté RAI chez la mère (pas sur le panel)
- risque anémie fœtale/néonat
- pas de difficulté transfusionnelle
- y penser si hémolyse inexpliquée chez fœtus
- TDA chez foetus +/- compatibilité GR mère et GR fœtus
Autoanticorps ou HLA : pas d'impact
### Suivi biologique
Évalue le risque d'anémie fœtale sévère pour suivi clinique/écho
1. confirmer incompatibilité : phénotype érythrocytaire procréateur, génotypage fœtal non invasif
limiter gestes invasif qui peut aggraver
2. spécificité Ac : RAI
3. affinité de l'anticorps : titrage
4. Concentration : dosage pondéral (seulement antiRhésus)
Génotypage fœtal
- CNRHP
- ADN fœtal libre dans plasma femme (10% ADN forme acellulaire)
- RH1, 3, 4, KEL1
- négatif : confirmer sur 2e prélèvement
- positif/indéterminé : suivi
Titrage
- TIA tube+++ (seuils) ou gel
- comparer avec plasma prélèvement précédent (technique opérateur-dépendant)
- dilution de 2 en 2 : titre = 1/dernière dilution +
- seuil à 8 pour anti-D
Dosage pondéral
- EFS Lille, CNRHP
- si > seuil : maternité 3 et suivi écho (vélocimétrie artère cérébrale moyenne)
- seuil 1υg/mL pour anti-D
### Suivi clinique
- Échographie : trop tardif pour suivi anasarque !
- Rythme cardiaque fœtal : trop tardif, peu sensible
- *doppler cérébral*: anémie augment débit cardiaque et diminue viscosité donc augment vélocité sanguine
- obligation d'informer le prescripteur en cas d'alloimmunisation
- éviter méthodes invasives (réactive immunisation)
Anasarque = pas d'adaptation à l'anémie : urgence vitale (risque de mort fœtal)
Objectif : maintenir la grossesse jusqu'à un terme viable
Transfusion fœtal :
- 2-3% mort fœtale, à partir de 17SA
- **Onegatif sauf si c-**(les O négatifs sont c+ (phénotype rares sinon))
### Prise en chare nouveau-né
- surveillance clinique + bio : peut apparaître plusieurs semaines après !
- groupage sanguin (*interprétable si transfusion in utero*)
- examen direct antiglobuline (attendu positif)
- élution
- NFS, biliburine
- transfusion à partir de *RAI de la mère* et Coombs direct (Ac maternels sur GR du nouveau-né) +/- épreuve compatibilité avec *plasma maternel* (valide 120j)
Tous les labos privés doivent transmettre à l'EFS une RAI positive
### Cas clinique
Ag Kpa = toujours négatif sur panel donc attention
## Suivi réglementaire grossesse de toutes les femmes enceintes
- Détecter et dépister à temps
- Recommandations HAS + décret 1992 :
1. **toutes les femmes** dès 1er trimestre : 2 déterminations de groupe (si non fait) et RAI
2. Puis
- D+ sans antécédent transfu : RAI 1er trimestre et à l'accouchement
- D+ sans antécédent transfu : RAI 1er trimestre et 6e, 8e et 9e et à l'accouchement
- V- : RAI1 trimestre, phénotype GR géniteur, génotype foetal 11SA
- foetus D+: RAI 6+, 8+, 9/
- accouchement
- c- sont **toujours D+** : RAI1er trimestre à l'accouchement mais il faudrait faire 3e trimestre pour ne pas passer à côté de certains cas
### Préventir alloimmunisation antiRH1
- Pour les autres : seulement en transfusion CGR (phénotype RHKell) (25% incompatibilité)+/- rophylac avant transfusion plaquettaire
- Génotypage RH foetal :
- non invasif, >= 11 SA
- si négatif, confirmer 2e prélèvement : Rophylac inutile
- si positif ou indéterminé (souvent des variants), justifie Rophylac en ciblé selon situation (fausse couche+++) et **systématique 28SA**
- Immonoprophylaxie: Ac anti RH1 pour neutraliser les GR RH+ (non reconnu par système immunitaire)
- dérivé du sang (donc risque infectieux)
- **28SA**: justification = couvrir hémorragie foeta-maternelle du 3e trimestre non apparente
- en ciblé si fausse cocuhe, traumatisme, amniocentèse
- **accouchement** sauf rophylac < 3semain, klehauer négatif, antiD >= 6ng
- **RAI avant Rophylac**
- efficacité : < 72h avant l'évènement, IV (biodisponibilité immédiate), adapté la posologie
- Immunoprophylaxie accompagnée par
- RAI: negative avant
- Kleihauer : à partir de 15SA. Fait à chaque évènement immunisant + accouchement (mais pas 28SA). Adapte la posologie : 220υg ok jusque 24 hématies ofetale /10 000
- microtitrage : permet d'estimer les faibles concentrations d'anticorps (à la différence du titrage) (estimation !)
- pour différence alloAc des antiRH1 résiduel
- concentration résiduelle rophylac pour estimer couverture par rophylac
- on compare intensité par rapport à un témoin à différentes dilutions -> dernière réaction positive
- passif si concentration < attendue
#### Prévention secondaire
Nouvelle grossesse chez femme immunisée:
+++
title = "Hématologie"
date = 2023-11-05
+++
# Physiologie
- Durée de vie
- GR: 120 jours
- plaquette 7 jours
- polynucléaire 24h
- Localisation : sac vitellin (\<= 2 mois), foie/rate (\<= 7 mois)
puis moelle
NB: dans la moelle, mégacaryocyte (normalement non présent dans moelle)
Moelle : progéniteur (non identifiable) -\> précurseurs (identifiable).
Puis cellules différenciées dans le sang
CSH
- CD34+, CD38-
- -\> progéniteur lymphoide ou myéloide
- différentiation restreinte à 1 ou 2 lignées
- CD34~~, CD38~~
- peuvent reconstituer toute l\'hématoiès à long terme !
- multipotente, autorenouvellement
- nombreuses interactions CSH avec micro-environnement (\"niche\"
hématopoïètique)
![lignée myéloide](/images/hematologie/myeloide.png)
Pour lignée lymphocytaire:
- le thymus sert à la différenciation des précurseurs des lymphocytes
**T**
- la moelle sert à la différenciation des précurseurs des lymphocytes
B
- les lymphocytes B matures, après activationo avec antigène, se
différencien en LB mémoire et en plasmocytes qui produisent les
anticorps circulants.
![lignée lymphocytaire](/images/hematologie/lymphoide.png)
# Cytométrie en flux
Identification des cellules hématopoïetique par glycoprotéines (surface/cytoplasme) = antigènes de différentiation
- anticorps monoclonaux + fluorochrome
- regroupés en cluster de différenciation (CD) -> sous-populations
Sur sang (EDTA), fluide (tube sec), tissu (enzyme)
Principe : cellule "s'allume" (via fluorochrome) en passant devant un laser
Indication en hémato: hémopathies malignes
- leucémie, lymphome
- leucocytose (hyperéosinophilie, infection (neutro, mono)), neutropénie, LGL
- anémie : HPN, sphérocytose, GF foetaux
- plaquettes : numération, déficit
# Hémostase
- Facteurs dépendant vitamine K: II, VII, IX, X
- déficit en fibrinogène : le plus souvent acquis mais congénital
possible
## Variation TP, TCA
Diminution TP
![](/images/tp-diminue.png)
Augmentation isolée TCA sans traitement
![](/images/tca-diminue.png)
Variations physiologiques
- Grossesse :
- augmentation facteur VIII, Willebrand **fibrinogène**,
diminution XI
- augmentation TP (VII, X, fibrinogène)
- Nouveau-né : carence en vitamine K (donc doser TP, TCA)
## Facteurs
- VIII: 50-150%, évolue parallèlement au willebrand (augmenté
grossesse/inflammation mais aussi cirrhose hépatique par synthèse
endothéliale)
- IX : 50-150% : diminué avant 3 mois
- XI: 60-140% : diminué avec 1 ans, diminué si IHC
## D-dimère
Produit de dégradation de la fibrine
- augmenté si CIVD
- bonne VPN pour thrombose/embolie pulmonaire (\<450-550)
## Principaux réactifs
### TP
- TQ = II,V,VII,X et fibrinogène
- insensible héparine dose thérapeutique et fibrinogène \> 0.6 ou \< 6
- temps de coagulation d\'un plasma citraté avec facteur tissulaire +
phospholipides en excès + calcium
- conversion en % avec droite de Thivolle -\> TP
- TP : spécifique seulement pour VII
- Réactif := thromboplastine
- phospholipides
- facteur tissulaire
- calcium
- inhibiteur héparine
- forte concentration en phospholipides donc TP peu sensible aux lupes
anticoagulants
- modifié par debigatran et rivaroxaban surtout (moins apixaban)
### TCA
- TCA : mesure temps malade / temps témoin (ref \< 1.2)
- Calcul temps témoins à chaque changement de lot, validation de
réactif sur 30 sujets sains
- Réactif : céphaline : phospholipides + activateur (kaolin)
- Allongement variable par HNF en curatif variable
- Choisir le réactif selon indication :
- dépistage risque hémorragique en pré-op
- dépistage lupus anticoagulant
- Peu sensible au antiXa, sensible anti IIa
Dosage fibrinogène avec thrombine calcique en excès + inhibiteur
héparine : mesure du temps et conversion en g/L avec droite
d\'étalonnage
## Fibrinolyse
- Dégradation de la fibrine (une fois le caillot stabilisé)
- Fibrinogène -> (thrombine) monomère de fibrine -> (facteur XIIIa) fibrine insoluble -> (plasmine) D-dimère, produit dégradation fibrine
### Spécificité
Plasminogène
- Activé par t-PA (tissular Plasminogen Activator) et u-PA (urokinase, non fibrinospécifique)
- t-PA : exercice, stress, stase veineuse. Soit lié à la fibrine, soit complexe avec PAI(Plasminogen activator inhibitor type)-1 et éliminé par le foie
- u-PA : protéolyse tissulaire surtout -> dégradation de la matrice extra-cellulaire, activation cytokines+++
- Digestion de la fibrine par liaison plasminogène et t-PA (plasmine) [NB: l'acide tranexamique inhibe l'intercaction du plasminogène]
### Régulation
- \alpha_2 antiplaslmine : inhibe plasmine libre donc un déficit = hémorragie grave
- PAI-1 : inhibe t-PA et u-PA (thérapeutique : modification du t-PA recombinant pour le rendre moins sensibleau PAI-1)
- TAFI (Thrombin activatable fibrinolysis inhibitor) = inhibe liason plasminogène-fibrine
- fibrine elle-même (rend la réaction spécifique)
- architecture de la fibrine (plus ou moins résistante à la fibrinolyse)
### Pahtologies
- hyperfibrinolyse = risque hémorragique :
- plasmine libre en circulation (déficit alpha2 antiplamsione, chirurgie, déficit PAI1, certaines leucémines aigües)
- hypofibrinolyse = risque de thrombose : déficit plasminogène, augmentation PAI1
### Exploration
- Global : thromboélastrogramme
- D-dimères, protéines fibrinolyse
- Si syndrome hémorragique (chir, post-partum), syndrome de consommation, exclure TVP/EP, thrombose récidivante
# Fonctionnement des automates d'hémostase
- Méthode : chronométrique (coagulante), enzymatiques (chromogénique), immuno
- Automates : Stago : starmaxo, Sysmex/Siemes: CS
## Techniques en hémostase
### Chromonétrique
- Ex: TP,TCA, facteur coagulation
- Principe : plasma pauvre en plaquettes : + phopsholipides, activateur +Ca2+ avec déclenchement de la coagulation à 37° -> chronomètre el temps de formation du caillot de fibrine
### Electromécanique (viscosimétrie)
- Technique : oscillation d'une bille (champ électromagnétique). Avec la formation de la fibrine, augmentation de la viscosité et ralentissement du mouvement de la bille
- Avantages : pas d'interférence optique
- Inconvénient : moyenne d'amplitude trop faible
### Photo-optique
- Technique : détection signal diffracté (néphélémétrie) ou transmis (turbidimétrie) modifié par le caillot
- Avantages : voir la formation du caillot
- Inconvénients : détecte mal les petits caillots transparents, interférence si lipémie, hémolyse, hyperbilirubinémie -> lecture à 671nm pour minimiser c ou à plusieurs longueurs d'onde
- CS5100 : TP,TCA, fibrinogène
### Enzymatique : Chromogénique
- Mesure activité protéolytiques des : facteurs/inhibiteurs coag/acttivité AOD ou hépariné
- Principe : susbtrat chromogène + oligopetite spécifique enzyme à doser (qui va couper le petite et libérer le substrat chromogène) -> intensité dus signal proportionnel à l'activité
- Avantages : très spécfiques, mesure activité
- Inconvénients : interférence lipémie, hémolyse hyperbilirubinémie, réactifs couteux
- CS5100 antithrombine, protéine C
### Immuno à détection photo-optique (immunoturbidimétrie)
- Dosage quantitatif Ddimères, monomèes de fibrine, facteur/inhib coag
- Réaction Ag-Ac
- Avantages : très sensible et spécfique
- Inconvénient : réactif couteux, nb tests disponibles limités
- CS5100 : D-dimères
## Examens de biologie médical délocalisés
- Resoponsable = laboratoire
- hHémosatse : attention préanalytique et analytique
- Activated clotting time = chir cardique, radiologie interventionnelle -> surveillance anticoagulation par héparine (chronométrique, sans total)
- TP/INR : INR bien validé surveillance AVK, TP moins validé (guide transfusioin, dépistage coaguliopathies)
- Fonction plaquettaire après ttt anti plaquettaire : résistance, hémorragie -> pas de recommandation, recherche
- Verify now= mesure agrégation par turbidimétrie optique
- Fonction plaquettaire par impédiance
- Thromboélastographie : ROTM et TEG
- étude viscosité et élasticité du sang pendant coag -> calcul temps initiation coagulation, vitesse formation caillot, stabilité (fibrinolyse)
- péri-opératoire (trauma sév-ère, hémorragie post-partum+++)
# Maladies
## Maladie de Willebrand
Suspicion clinique : 1ere intention
- activité facteur VIII
- activité vWF (vWF:Act) : technique de référence agrégométrie/turbidimétrie avec ristocétine (induit liaison vWF-GpIb des plaquettes = glycoprotéine intervenant dans l'agrégation)
- antigénique vWF : immunologique, concentration plasmatique
- Hemogramme
- NB : TCA normal ou allongé (allongé type 2N et 3)
- +/- temps d'occlusion plaquettaire sur PFA = dépistage simple et rapide : *in vitro* par mesure du temps de passage du sang dans capillaires (collagène + activateur plaquettaire jusqu'à occlusion) -> très sensible aux anomalies du vWF 'sauf trype 2N)
Type 1 = déficit quantitatif
Type 2 = déficit qualitatif (2A = déficit vWF, 2B = gain de fonction avec déplétion multimere de haut poids moléculaire (HMW), 2M = qualitatif, 2N seulement binding FVIII)
Type 3 = quasi-absence vWF
Interprétation
- FVIII:c/vWF:Ag > 0.7 sauf type 2N
- taux VWF (antigène ?) :
- diminué si groupe O -> recherche groupe
- augmenté si âge, grossesse, stress, exercice physique, oestroprogestatif, syndrome inflammatoire, insuffisance hépatique -> CRP et fibrinogène pour écarter syndrome inflammatoire
Interprétation activité vWF
- activité vWF 30-50% = déficit modéré
- activité vWF < 30%
- vWF:act/Ag > 0.7 : type 1 ?
- sinon : type 2 ?
- FVIIIc/vWF:Ag <= 0.7 : type 2N ? hémophilie A ?
- Ag < 5% : type 3 ?
![](/images/hematologie/willebrand.svg)
## Thalassémies
Définition : anomalie génétique avec diminution/absence synthèse de chaine alpha ou beta globine
### Beta-thalassémie
Gène HBB (chr 11). AR donc en général
- hétérozygote : peu sévère
- homozygote : le plus souvent sévère (forme mineure)
Avantage sélectif sur paludisme -> méditarrénée, afrique, inde, ase sud-est, *sud de la france*
Forme mineure : diag biologique (peu signe clinique), pas de traitement, conseil génétique
- "syndrome thalassémique" *microcytose, hypochromie, pseudo-polyglobulie* +/- anémie, arégénératif
- étude hémoglobine : (chromatographie liquide haute pression, electrophorèse capillaire car faible fraction) : Hb A_2 >= 3.5% (augmentée)
Forme majeure :
- clinique :
- début nourrison/enfant avec diminution Hb foetale : anémie profonde dépendant de la transfusion
- HMG, SMG, ictère, infeciton à répétition, retard staturo pondérale
- surcharge en fer (transfusion)
- diag biologique : **Hb < 7g microcytaire hypochrome + microcytose**, hypochrile, anisocytose, po%ikylocytose, erythroblaste
- étude Hb *avant* transfusion : absence HbA avec HbF majoritaire
- NB : autre forme ; Hb E, autres variant Hb
Forme intermédiaire : définition clinique : anémie moins sévère, transfusion si nécessaire, complication surtout à la surcharge en fer
Prévention ; dépister les hétérozygots (couples à risque, hémogramme)
DPN ou DPI possible
Traitement :
- symptomatique : transfusion (selon forme), chélation martiale dans les 2 cas
- curatif : greffe moelle osseuse, thérapie génétique (essai thérapeutique)
### Alpha-thalassémie
Ubuquitaires mais extrème-orient, asie pour les formes sévères
Gènes HBA1 et HBA2
- 3 gènes fonctionnels : silencieuse
- 2 : mineure
- 1 ou 0 : sévère : hémoglobinose H et hydrops foetalis resp
Diag biologique :
- silencieuse : microcytose très modérée hypochromie sans anémie, ferritine et etude Hb normales
- mineuse : pseudo polyglobulie, microcytose, hypochromie +/- anémie, etude hémoglobine ormale/HbA2 légèrement diminué
Hydrops foetalis : mort in utero/naissance le plus souvent + risque mère toxémie gravidique
Génétique : si une allèle avec double deletion : risque hydrops foetalis !
Hémoglobinose H :
- **hyperhémolyse** (anémie, ictère, SMG) parfois en crises (fièvre médic), surcharhe en fer
- anémie microcyaires hypochrome +/- thrombopénie avec hémolyse (bili libre augmentée, hapto diminuée, LDH augmenée) et surcharge en fer (ferritine N ou augmentée)
- etude Hb : HbH ou bart, Ae2 diminuée
- coloration bleu de cr&syl ; hématies en balles de golf
## Anémie microcytaire
Définition:
- microcytoraire :VGM < 80 fL (adulte), 72fl (enfant). NB: élevé chez l'enfant
NB : la microcytose est habituellemment associée à une anémie mais pas toujours.
NB: l'anémie microcytaire est habituellement hypochrome (diminution CCMH et TCMH)
Physiopathologie : microcytose = défaut de synthèse de l'hémoglobine donc divisions supplémentaires
Diagnostic initial: hémogramme (nb GR, plaquette, leuco, formule sanguine) (réticulocytes inutiles en première intention)
- frottis : hypochromie, dysérythropoïèes
Causes principales : carence martiale, thalassémie, inflammation
### 1. carence martiale (fer)
- la plus fréquente
- centrale
- diminution synthèse hème par manque de fer
- clinique :
- anémie (asthénie, paleur+++), cutanéo-muquex (fer sert au renouvvellement : peau sèche, ongles cassants), *pas* de fièvre, ADP, SMG, purpura
- troubles du comportement, retard psychomot, atteinte défense immunitaire
- bilan: **ferritine diminuée** (stockage fer), autres = inutiles
- si pas de carence fer : bilan inflammatoire + étude hémoglobine
- cause
1. carence apport (interrogatoire !)
2. perte par saignement : digestif chronique (ex: cancer colon), gynéco (ménorragie, trouble coag))
- traitement : cause ++, fer per os en 1ere intention 2-3 mois (attention tolérance)
- interrogatoire : ration protéique, hémorragies (digestives, gynéco), médicaments
- +/- bilan coagulation, exploration digestive/gynéco
### 2. syndrome thalassémiques (globine)
Cf cours
### 3. Syndrome inflammatoires chroniques (fer séquestré)
- Infection, cancer, maladies inflammatoires chroniques..
- Rétention fer dans les macrophages, sécrétion cytokine (bloque progéniteur érythroïde)
- Anémie normo- puis microcytaire, *ferritine normale/augmenté* (diminue l'inflammation en séquestrant le fer pour diminuer le stress oxydant)
- traitement = celui de l'inflammation
### 4. Causes rares
Myélograme et perls, étude génétique:
- anémie sidéroblastiques constit (hème)
- génétique rare : acéruloplasminémie, atransférrinémie congénitale, déficit DMT1+++
## Myélome
- prolifération plasmocytaire maligne avec soit une Ig entier soit une
chaîne légère libre
- Rare chez sujet jeune (âge médian 70ans)
- Conséquences de la prolifération tumorale
- activation ostéoclastes -\> hypercalcémie, fragilisation os
- suppression hématopoièse normale (GR)
- déficit immunitaire humorale (hypogammaglobulinémie car
plamocytes normaux sont inhibé par clone)
- rénal: accumulation de chaînes légères libres/Ig entière
(néphropathies à cyclindre), hypercalcémie+++
- prolifération: B puis moelle (MGUS -\> myélome) puis sang (leucémie
aigüe à plasmocytes)
- formes biologiques :
- Ig monoclonaire entières (surtout IgG) 80-85%
- chaîne légère libre isolée
- non sécrétant
- autres: plasmocytome solitairee, leucémie à plasmocytes (pronostic
sombre)
### Diagnostic (2014)
- {plasmocytes médullaires \> 10% ou plasmocytome extramédulaire} et 1
parmi
- signes CRAB (hyperCacémie, insuffisance Rénale, Anémie, Bone)
- nouveau marqueur
- plasmocytose médullaire clonale \>= 60%
- chaine légres impliquée/non impliqué \>= 100
- \> 1 lésion focale IRM
NB:
- myélome indolent : pas de CRAB, pas de nouveau marqueur et
{IgG/IgA \>= 30 ou dans les urines \>= 500mg/24hou plasmocytose
médullaire entre 10 et 60%}
- MGUS : tout négatif (pas de CRAB, pas de marqeur, Ig \< 30,
médullaire \< 10%)
### Pronostic et traitement
- myélome multiple = incurable
- score ISS
- réponse au traitement : disparation monoclonale, plasmocytaire
monoclonaires
- surveillance : EPS +/- dosage chaine légère
### Bilan initial
- EPS (pic β, γ ou α; ou hypogamma isolée \[suspicion chaine légre
monoclonale\]
- immunofixation
- chaînes légres libres κ et λ sérum
- uraines 24h: EPS et immunofixation: chaîne lére monoclonaire
(protéinuire Bence-Jones)
- hémogramme (hémoaties en rouleau \[hyperprotidémie\], anémie
normochromoe, normocytaire, arégénératives)
- myélogramme
## Polyglobulie de Vaquez
Diagnostic : A1 + A2 + {A3 ou B}
A1 : Hb \> 16.5 (16 femmes) ou Hct \> 0.49 (0.48) ou masse globulaire
totale \> 125% A2 : biopsie méudllaire : hypercellularité, panmyélose,
mégacaryocytes mature pléiomorphe A3: mutation JAK2 (V617F) B :
diminution EPO
NB: on peut éviter la biopsie osseuse si Hb \> 18.5 avec JAK2 et EPO
mais elle permet de voir une fibrose initiale (permet de dépister
myelofibrose)
Risque :
- vasculaire (court terme) : thromobse art/vein, hémorragie (!)
- hémato (long terme) : myélofibrose, myélodysplasie, leucémie aigue
Traitement :
1. aspirine/saignée
2. si haut risque : hydroxyurée ou ropeginterferon
## Thrombocytose
### Fausses thrombocytoses
Séparation GR
- plaquette se faire sur la taille -> éléments de grande taille peuvent être comptées comme plaquettes par excès
- hématies fragmentées : scitzo, microcytes (brulûres sévères font éclater les GR) -> sysmesx en fluorescence est censé les différencier
- fragments cytopaslmes de leucocytes (blastes, lymphome)
- cryoglobuline, cryofibrinogène
- lipides : hyperlipédmie, prélèvement près d'une perfusion lipides (formation de "micelles" lipidiques perturbant la numération)
- bactéries, candida
## Thrombopénie
- < 150G/L
- Périphérique : mégacaryocytes normaux/éleves, destruction/consomation/séquestration
- Central : mégacaryocytes diminuné, congénital/acquis
- Myélogramme non obligatoire
### Central
- défaut de production (qualitatif/quantitaf): aplasie, carence B9, B12, alcool, médicament, radiot
- envahissement : LA, lymphome, myélome, LLC, LMC, métastases
### Constit (rare)
- nénat, enfance, adulte
- dysmorphie, cardiopathi, IR, surdité, cataracte, anomalie osseuse
- pas/peu de réponse au traitements
- signes hémorragiques inconstants
### périphérique
- destructio immuno:
- PTI (cf plus loins)
- médicaments (vanco, pénicilline+++)
- infection : virus (VIH, hépatite B/C, MNI, CMV, dengue), palu, sepsis grave
- lupus, SAPL
- thyroïde (Basedow, Hashimoto)
- hémato : Biermer, AHAI, lymphome, lymphoïde chronique
- allo-anticoprs (purpura post-transfu, foetal/néotal)
- consommation:
- CIVD : TPdiminué, TCA augmenté, fibriongne diminué, D-dimère augmenté -> choc, obstitqiu, **LAM3**
- microangiopathie thrombotique: anémie hémolytique, *schizocyte* -> SHU, PTT, HELLP (hemolysis, Elevetad liver enzym, Low Platelet )
- trouble de la répartition : hypersplénisme (séquestration) , transfusion massive, cirrhose, grossesse (dilution)
- secondaire
### PTI
- Enfant : contexte viral, plaquette < 5G, *numération et frottis RAS par ailleurs*, pas d'antécédent
- myélogramme inutile
- Adulte = élimination (myélogramme)
### Démarche
Confirmer
- < 150G
- frottis pour éliminer fausse thrombopénie, sous-estimation (plaquette de grande taille)
- recherche microcaillot
Cherche schizo (MAT), hyperlympho (viral), neutropénie/anémie (central), cellules anormales (blastes)
### Fausses diminution :
- agrégabilité
- des plaquettes entre elles (surtout EDTA probablement par exposition d'un site antigénique normalement caché avex ) -> frottis
- des plaquettes autour des neutrophiles (EDTA) : rare, signification clinique non connue
- agrégats mixtes plaquettes/neutro (EDTA) : rare, *in vitro* -> frottis (extrémités)
- Plaquettes géantes ( > seuil les différenciant des GR) -> frottis, canal optique
- pé-ana : perfusion, coagulation partielle, tube pas assez rempli (trop d'anticoagulant), trop rempli (difficulté d'homogénéisation), trop vieux (démarrage de la coagulation)
### Examens systématiques
- NFS sur tube citraté si date
- frottis
- EPS
- séro VIH, VHB, VHC
- bilan hépatique
- anticorps antinucléaire
- créatinine, hémature
- TP, TCA, fibrinogne
- groupe sanguin, RAI si sévère
# Hémogramme
## Lymphocytes
- Pancytopénie :
- périphérique : hypersplénisme, hémodilutation (auto-immun)
- central :
- moelle riche : carenceB12/folates, syndrome d'activaition macrophagiques, myélodyspasie, envahissement (leucémie, lymphome)
- moelle pauvree : aplasie (chimio, parvoris B19, Fanconi), myélofibrose
- Hyperlymphocytose : enfant = coqueluche, viral. Adulte = LLC, lymphoprolifératif autre
- Lymphopénie :
- iatrogène (immunosuppresseur, lithium, cortico),
- viral, VIH
- cancer, lymphome, radiothérapie
- auto-immun : lupus, sarcoidose
- IRC
- Polynucléose neutrophile
- physiologique (grossesse, effort, post-op)
- infection bactérienne
- inflammation chronique
- nécrose tissulaire aigüe
- iatrogène : corticoïdes, lithium, splénectomie
- hémopathie avec myélémie
- tabac
- cancer
- Neutropénie (< 0.5 G/L)
- centrale
- iatrogène
- infection : typhoïde, brucellose, hépatite virale
- aplasie, hémopathie malignes
- périphérique : hypersplénisme, trouble margination
- Monocytose (> 1G/L)
- réactionnelle : infection, inflammation (cancer..), régénération médullaire
- primitive : leucémie myélomonocytaire chronique/juvénile, leucémie aigüe monoblastique
- Myélémie : > 2%
- transitoire : infection grave, hémolyse, régénération (hémorragie, postchimio)
- chronique : SMP, métastase médullaire
## Erythrocytes
Cf anémie, polyglobulie
## Plaquettes
- Thrombocytose : inflammation, carence martiale, splénectomie/asplénie, post-chir, SMP
- cf thrombopénie
+++
title = "COFRAC"
date = 2024-01-15
+++
# Norme (version 2022, Patrick Joubaud)
## Contexte
- EBMD désormais dans la norme
- Reconnaissance par pair (= qualiticien et bio)
- Un organisme par pays (en Europe)
- COFRAC = association à but non lucratif (1994) avec salariés et personnes missionnées (400 qualité, 1400 technique)
- 4 sections dont santé humaine
- Début 2010 : ordonnance = un labo ne peut réaliser un examen de bio médicale sans accréditation (anapath aussi) selon 15189
- Loi 2013 : 100% des examens devaient être accrédités d'ici novembre 2020
- Loi 2020 : ce ne sont pas les examens mais les lignes de portées qui doivent être accréditées
- Ligne de portée
- découpage en domaine (bio med), famille (microbio, hémato, biochimi-génétique), sous-domaine (biochimie, génétique, hémato, imuno, bdr, micro) et sous-famille (pharmaco, génétique constit+++)
- dans une sous-famille, il y a des examens avec même nature examen et principe de méthode = ligne de portée
- ex hemato : recherche Ag (ABO) par hémmaglutination (ligne 1), recherche anticorps par hémagglutination (ligne 2)
- il peut y avoir plusieurs examens : ex en HLA où il y a plusieurs techniques (recherche anticorps HLA, phénotypage, HLA, crossmatch)
- pour chaque ligne, il y a un examen représentatif (arrêté 2021)
- Date limite dépôt demande accréditation : novembre 2021
## Nouvelle version = 2022
- transition : début évaluation octobre 2023 - fin mai 2025
- envoyer SHFORM 03
- envoyer plan de transition = analyse d'impact du changement
## Chap. 4 = exigences générales
- Impartialité :
- objectif, pas de conflit d'intérêt ->
- pour personnel, direction+++
- menaces : intimidation du fournisseur, manque d'objectivité (patient), pas d'indépendance pour audit
- analyse de risque à faire
- actions: signer document
- Confidentialité : personnel interne, mais aussi pour le directeur, SAV externe labo (signature contrat)
- Coût des examens à charge du patient
## Chap. 5 : structurel et gouvernance
- Directeur labo : peut déléguer mais à documenter. Garde la responsabilité ultime
### Prestation de conseil
- par le biologiste
- clinique, interprétation selon contexte, communiquer les bons résultats
Prescription :
- Loi : examen de biologie médicale sur une prescription avec des éléments cliniques pertinents
- Loi (2010) : peut faire d'autres examens que ceux prescrits ou une partie (sauf si prescription claire)
- Maintenant : n'a plus à en informer le prescripteur
- Loi : Il faut être le plus économe dans les ajouts
Pré-analytique
- non-conformité : majeur = non fait (problème d'identité en hémato), mineur = attente jusqu'à régularisation (heure du prélèvement en hémato), minime = fait sans correction
Analytique
- ex: recherche agglutinine froide (cyanose des extrémités+++) :
- si absence de renseignement, Coombs direct en 1ere intention. Si positif C3D, recherche agglutinines froides.
- basé sur bibliographie
- ex: RAI si daratumumab (interférence) = traitement par DTT
Post-analytique : interprétation, communication résultat
- notamment examens urgents (ex: groupe sanguin rare)
Traçabilité : compte-rendu, fiche-individu (EFS), mail, entretien téléphonique
## Chap. 6 : matériel, main-d'œuvre, personnel
Revue périodique des procédures mises en place
## Chap 7 : processus
Préanalytique : commence avec la *prescription* puis recueil données +/- consentement, prélèvement du patient, transport, réception, prélèvement, transport, réception, prélèvement
- Prescription :
- demande acceptée = contrat
- que faire si prescription orale
- examens complémentaires = demande écrite non obligatoire
- délai acceptable pour ajout
- absence de renseignement cliniques : le laboratoire doit les rechercher
Analytique
- fait selon recommandations fournisseur ou publié dans une revue scientifique (portée A) -> vérification de méthode
- écrire la procédure définissant les performances que l'on doit être capable d'atteindre
- étendue de la vérification suffisante d'un point de vue clinique
- ou faite maison (portée B) -> validation de méthode
- à justifier (besoin des patients, marché)
- ex de l'IH de l'EFS à Besançon (utilisation de tubulure de donneurs)
Vérification (portée A)
- Répétabilité : évolution d'un CIQ sur une journée (évolution du coefficient de variation) -> comparé par celui donné par le fournisseur ou sinon avec RICOS (publications)
- Reproductibilité : jour/condition différente avec un CIQ -> idem
- +++ cf GH GTA04
https://tools.cofrac.fr/documentation/sh-gta-04
- moyenne +/- 2DS sur une population de référence (95%) -> attention : si on prend une population de donneur de sangs, sont légèrement carencés
Validation méthode (portée B)
- si méthode maison, ou en dehors périmètre prévue
Garantie qualité : CIQ, EEG, comparabilité des résultats (si différente méthode ou machine)
## SH REF 02
- Complète et explique la norme
- Opposable
#biochimie #nephro
Physiopathologie
- Sténose de l\'artère rénale : rein hypoperfusé =\> activation du système rénine angiotensine =\> augmentation rénine et par conséquent aldostérone, hypokaliémie
- Coarctaion de l\'aorte : hypoperfusion =\> activation du système rénine angiotensine
- Phéochromocytome : tumeur de la médullosurrénale =\> produit (nor)adrénaline
- Adénome de Conn : tumeur des surrénale =\> produit aldostérone =\> hypokaliémie et diminution rénine en réaction
- Syndrome de Cushing : compliqué mais augmentation résistance vasculaire et du débit cardiaque =\> aldostérone, rénine basse
- Acromégalie : rétention de sodium, expansion volémique
- Hyperthyroïdie : augmentation volume sanguin, débit cardiaque
# Cecil-goldman
## 147 Hematopoiese
Clinique : EPO et facteur de croissance “safe” pour anémie en cas d’IR, chimio… mais attention au risque de dialyse, rémission de cancer
TPO non car anticorps entraînant thrombopénie! Plutôt des molécules stimulant le récepteur. Semblent modifier le système immunitaire avec arrêt ttt. Indication : immuno thrombopénie, ou secondaire ttt interféron VHC
## 148 peripherical blood test
## 149 Anemia
Diminution volume GR
GR délivre oxygène des poumons vers tissus et rapatrie CO2. 120j durée de vie
hématocrite (calculé) : nombre de GR x volume corpusculaire moyen
Concentration hemoglobin : mesuré donc préféré en clinique
### Physiopathologie
Affinité de l'hémoglobine pour O2 est diminué si anémie, hypercapnie, hyperthermie : O2 plus facilement relarge tissus
anémie sévère : organes importants sont privilégiés par rapport périphérie
hémoglobine : 2 chaînes \alpha et \beta. Fer sous forme Fe2+. Si Fe3+ méthémoglobine (ne peut plus capter O2). Si trop important , 02 doigt peut être faux ! Traitement = bleu méthylène
anémie -> hypoxie rein -> EPO
### clinique
pica, sd jambes sans repos
### Diag
penser parvovirus si aplasie
### 1. reticulocytes augmenté
#### perte de sang
attention : perte de sang aiguë : perte de plasma et GR donc l'hémoglobine et hématocrite ne vont pas baisser avant remplissage/autre
#### hemolyse
Diminution survie des GR
Haptoglobine diminue, bilirubine augmentée
causes :
* Extérieur GR : infection, immuno, MAT, mécanique, toxique
* Deficit membrane GR (HPN, spherocyrose)
* deficit interne GR : hémoglobine (drepano), metabo (G6PD)
### reticulocytes inapproprié
* Microcytaire : deficit heme ou globine
* normocytaire : défaut production moelle, associé trouble systémique autre
* macrocytaire : artefact (inflammation), ADN (déficit B12)
attention : déficit en fer normocytaire puis micro. Inflammation : normo ou légèrement macro
### Specifique
* Origine rénale : déficit EPO. normocytaire. Ttt = EPO recombinant ou analogue
* Atteinte hépatique : diminution survie (probablement anomalie membrane). A noter augmentation volume sang. Macrocytaire. Cellules cibles
* endocrino : hypothyroidism, déficit adrenal ou andro -> diminution mécanisme basal. Éliminer autres causes avant
* grossesse : dilution. >= 11g 1er tri, 10 second
* âge : déficit folate/B12, inflammation, autre
## 349 **HPV**
**IST la plus courante**
genital: transmission contact avec lésion
Col : 16 et 18 surtout
Cancer col (adenocarcinome,cellules squameuses) liée a infection récurrente des HPV a risque onco
Infection = necessaire mais non suffisant (majorité infection chronique n’en ont pas)
16 : le plus oncogene
diag : clinique avec acide acétique
traitement : plupart des lésions résolvent spontanément. Verrues : acide salicylique. Col : selon le stade (peut résorber spontanément)
prevention : vaccin (safe, efficacité jusque 10 ans), chaussettes, préservatif
+++ title = "Virologie" date = 2023-08-01 +++
* Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique
:END:
** Uvéite
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: uvéite
:END:
HSV chez l'enfant
** Pneumopathie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pneumopathie
:END:
Expectoration plus rentable que LAB
** Péricardite
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: péricardite
:END:
cause virales
- *entérovirus* surtout
- CMV, EBV, HHV6
- +/- parvovirus B19 mais discuté car 75%
** Hépatite
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hépatite
:END:
Parentérale : B,D,C féco-oral : A, E Bilan séro EBV, CMV *pas* PCR
* Virus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virus
:END:
Oncogénicité : si virus pousse pour la phase S (donc pas si apport
polymérase par le virus+++)
** Adénovirus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: adénovirus
:END:
- Spectre étendu d'infection aigüe
- Persistance possible intestin (asymptomatique) -> si immunodépression,
sympto
- très fréquent en population générale : pas de diag virologique !
- résistant dans l'environnement, transmission souvent manuportée +/-
épidémie nosocomiale
- Diag: PCR
- Transplanté (receveur CSH en pédia): infection sévère -> suivi des
réaction dans les selles
- test antigénique (gastro-entérite): ne détectent pas toutes les
espèces
- ttt = ténofovir
- y penser si cystite hémorragique chez greffé rénal
** Anelloviridae (adn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anelloviridae-adn
:END:
- virus nu, ADN circulaire simple brin, polarité négative
- forte prévalence population générale
- nombreux fluides biologiques et tissus
- non pathogène pour humain
- potientiel biomarqueur immunitaire chez patients transplantés
** Arboviroses
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: arboviroses
:END:
** BK
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bk
:END:
- Latence rein/urothelium
- Néphropathies chez transplanté rénal -> tester urine : risque si *> 7
log*
- risque virémie puis fibrose
- Cystite hémorragique chez allogreffé
- Suivi : PCR urine/plasma/sang total
- Ttt : diminuer immunosuppression
** CMV
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cmv
:END:
100% afrique, 50% france
- tout organe peut être touché
- nombreuses stratégies pour échapper au système immunitaire
- infection latente à vie (ttt antiviral inefficaces)
- virose opportunistes
- primo/réactivation = bénigne si immunocompétent
- sévère chez immunodéprime => surveillance
- *infection congénitale virale la plus répandue*
- si primo chez mère
- ou réactivation/infection autre souche
- diagnostic + surveillance : PCR
- ttt : valganciclovir
Définition:
- maladie à CMV = test CMV+ et symptomatique => ttt curatif
- infection à CMV = test CMV+ et asymptomatique => ttt anticipé
Stades
1. Primoinfection : symptomatique ou non, disséminaton hématogène
2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans
les monocytes, macrophages, cellules endotéliales
3. Récurrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire
si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon
Femme enceinte : Note
- greffe : rique si solide : CMV- recoit CMV+ ou réactivation receveur
=> primo infection, pneumopathie
- VIH : récurrence CMV (rétinien, digestique, pulmonaire+++)
Traitement: ganciclovir (ou prodrogue valganciclovir)
Pas de grosse concentration dans le sang (3-4log)
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic
:END:
- Primoinfection postnatale : IgM, IgG +/- CMV
- Foetus : PCR CMV liquide amniotique
- Congénitale : PCR urine/salive pour distinguer d'une inféction
périnalae (sans conséquence mais excrétion virale J21)
- Surveillance immunodéprimé : VIH+ et lymphocytes T CD4 < 100/mm^{3}
- fond d'oeil si positive ! (choriorétinine)
- atteinte SNC: PCR LCS
- digestive: biopsie digestive
** Dengue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dengue
:END:
- zone tropicale/substropicale
- La plus fréquente (flavirius)
*** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-1
:END:
- si arthralgie, possible rash associé
- TODO:
*** traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
symptomatique
** EBV (ADN)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ebv-adn
:END:
- Infection lytique et latente
- ubiquitaire, transmis voie salivaire
- > 95% adultes
- immortale et induit prolifération lymphocytes B
- latence: 4 profiles d'expression cancers EBV: a minima expression EBNA
Adulte et > 4 log
- lymphome Burkitt (cellules B) chez enfant afrique
- lymphmoe Hogdkin
- cancer nasopharynx
- VIH : lymphome non hodgkinien (malin), *post-greffe : syndrome
lymphoprolifératif*, MNI
Stades
1. Primoinfection : symptomatique ou non, dans muqueues oropharynix
(cellules épithéliales et lymphocytes B). disséminaton hématogène
2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans
les lymphocytes B mémoire
3. Récuerrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire
si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon
Diagnostic : Traitement: rituximab (anti CD20)
*** Validation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: validation
:END:
IgM + sans IgG : immunodépression ?
** Encéphalite japonaise
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: encéphalite-japonaise
:END:
Très peu de cas par voyageur : vaccination si > 3 semaine en zone rurale
** HHV6/7
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hhv67
:END:
- Infection chronique persistante
- Quasi totalité population
- Intégration chomosomique 1% population et transmis cellules germinale
- Infection : lymphocytes T, monocyte, macrophages, cellules gliales
SNC, hématopoétique
- Infection activation (primo/réactivation): asympto/bénin (exantème
subit = primo HHV6)
- Encéphalite possible, surtout immunodéprimé
- Rôle débatut pour SEP, myocardities, SIDA+++
- Diagnostic : PCR (attention iciHHV6, suspecté si 6log -> *confirmation
bulbe de cheveux*)
- Ttt gaciclovir+++
- DRESS: V7
- ID: réactivation: syndrome pseudogrippal +/- défaillance d'organe
Clinique
- Exanthème subit/roséole infantile
- réactivation si dRESS (toxidermie grave)
- fièvre, convulsion, infection respiratoire/digestive, syndrome
mononucléosique
** HHV8
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hhv8
:END:
** HPV
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hpv
:END:
- HPV à haut risque : cancer col utérus, majorité cancers anaux, une
partie des cancers anogénitaux et oropharynx
- infection col utérin = très fréquente (surtout avant 30 ans) mais
transitoire dans la majorité des cas -> ne pas traiter en l'absence de
virus !
- pas d'infection persistante par un HPV haut risque : risque quasi-nul
de cancer de col de l'utérus
- persistance de l'infection et risque de progression supérieurs si
infection par HPV16
- recherche HVP haut risque = plus sensible que cyto pour détecter le
slésions de haut grade au niveau du col utérin.
- choix de la méthoed biomol = selon recos internationales
- vaccin prophylactique = protège contre la majorité des cancers
attribuables aux HPV
*** Algorithme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: algorithme
:END:
- 25-30 ans = cyto seule (sinon on détecterait trop de HPV car pic à
l'activité sexuelle)
- > 30ans : PCR
- positive -> cyto: si anomalie, colposcopie, sinon test à 1 an
*** PCR
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pcr
:END:
rendue positive si > seuil détection et > seuil clinique
*** Prévalence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévalence
:END:
- HPV16+++ quelque soit le cancer
- HPV18 cancer col utérus
*** Génotype
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: génotype
:END:
3 tests possibles
- détection HPV sans génotype
- 16 et 18
- 16, 18, 45 autres
- HPV
** HSV (adn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hsv-adn
:END:
- Dermotrope et neurotrope
- Phase latente : persiste à vie dans les ganqlions nerveaux sensitifs.
- Réactivation de fréquence variable +/- clinique
- Phase latente : antiviraux inefficaces => éradication impossible
- Formes grave chez nouveau-né, nourisson eczémateux, immunodéprimé *ou*
oeil, encéphale, fois
- Diagnostic:
- autres cas : PCR = la plus utilisé mais ne signifie pas qu'il y a du
virus infectieux+++
- méningoencéphalite herpétique = PCR sur LCS
-
- TTT : aciclovir. Si forme grave, instaurer en probabiliste
Intubé > 5log = possible implication
** HTLV
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: htlv
:END:
Clinique
- leucémie à cellules T
- paraparésie spastique tropicale = neuromyélopathie chronique 40-55ans
Transmission mère-enfant (*allaitement*)
** JC virus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: jc-virus
:END:
Immunodépression : leucoencéphalopathie mulitofocale progressive (LEMP)
= foyers de démyélinisation -> y penser si VIH avec déficit CD4+
- patients VIH ou immunosuppreuse
- Pas de traitement
- évolution généralement fatale
** Polyomavirus: BK, JC, MC, TS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: polyomavirus-bk-jc-mc-ts
:END:
- Ubiquitaire
- Pouvoir pathègen seulement chez immunodéprimé
- BK: attente rénale et vésicales chez les transplantés
- JC : LEMP si immunodéprimé
- MC: carcinome neuroendocrite des cellules de Merkel (âgé ou
immunodéprimé)
- TS: dysplasie sévère des follicules pileux chez les immunodéprimés
- Pas de traitement antiviral -> restauration immune ou diminution de
l'immunosuppression
** Parvovirus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: parvovirus
:END:
- tropisme précurseurs médullaire lignée érythroïde
- précoce : anémie, crise érythroblastopénie aigüe. 2eme phase =
production anticorps (éruption, arthralgie)
- mégalérythème épidémique, arthralgique -> diag clinique
- sauf si compliqué ou contact femme enceinte
- anomalie constitutive globule rouge -> crise aigüe -> transfusion
culots
- immunodépréssion : anémie chronique -> Ig polyvalente
- foetus: anémie profonde + myoc'ardite virale +/- anasarque
foetaplacentaire -> transfusion pour éviter mort in utero
*** Physiopatho
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: physiopatho
:END:
- Moelle osseuse -> infection + lyse des précurseurs érythroïdes ->
*anémie centrale*
*** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-2
:END:
- Bénigne che l'enfant
- *Grave* si *anomalie globule, rouge, immunodéprimé foetus*
- Enfant: mégalérythème épidémique (5eme maladie)
- Atteinte cardiaque
- Adulte (30%): polyarthralgie bilatérale symétrique extrémité
- Atteinte érythroblastes: problème si diminution de la vie des globules
rouges car l'érythropoièse ne compense plus l'hémolyse périphérise
- anomalie de l'hémoglobine : drépanocytose, thalassémie
- protéine membrane : sphérocytose , Minkowski-Chauffard
- métabolisem G6PD =
-> crise (anémie brutale et profonde) mais transifoire
- *Attention femme enceinte* ! GR immatures
- mort foetale
- anasarque (lyse GR = modification pression osmotique)
** Prévalence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévalence-1
:END:
- EBV, HHV6, VZV 95%
- HSV2 60-80%
- CMV 50% (plus dans les pays du sud)
- HSV1 10-50
- HHV8 < 10
** Puumala
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: puumala
:END:
- Clinique
- Fièvre hémorragique avec insuffisance rénale
- +/- myopie transitoire
- Géographie ~ forêts : pays nordiques, Franche-Comte et
Champagne-Ardennes
- Fait partie des Hanta virus
- Transmission par les excréments des rats
** VCH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vch
:END:
Charge virale: augmente vite et fort mais diminue à 0 sous traitement
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-1
:END:
2 antiviraux d'action directe (ex: sofosbuvir + veplatasvir)
** VHA (arn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vha-arn
:END:
- petite taille, ARN simple brin, polarité positive
- excrété sous forme nue dans les selles mais circule dans le sang sous
forme quasi enveloppé
- multiplication dans les hépatocytes (sans effet cytopathique)
- Lésions résultatns des réponses immuntaires (inné et adaptative) de
l'hôte qui détruisent les hépatocytes affectés
- maladie aigüe fréquente
- diagnostic : IgM spécifique
- clinique selon âge : asympto avant 5 ans, le plus souvent
symptomatique après
- *pas d'infection chronique*
- vaccin (qui peut servir de prophylaxie avant et après exposition)
- risque épidémique dans population âgée par amélioration condition
d'hygiène, diminution circulation et baisse séroprévalence (paradoxal
!)
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes
:END:
- Trasmission: hautement résistant + écrétion dans les selles
- risque : hygiène précaire, traitement eaux usé inefficace
- proximité VHA
- HSH
- zone d'endémie
- Clinique
- 4 semaine incubation
- prodrome pseudogripal
- état: hépatite bioloqique : asymptomatique chez l'enfant, bruyant
adulte, rare hépatite fulminante
- attention à la prise de paracétamol
- *pas de portage chronique*
- Diagnostic = sérologie : *IgM antiVHA seulement si hépatite aigùe*,
IgG antiVHA = passé ou vaccination
- *Déclaration obligatoire*
- Vaccin + rappel = protection à vie
** VHB (adn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vhb-adn
:END:
- enveloppé ADn circulaire partiellement bicaténaire et extrêmement
compact
- multiplication dans hépatocytes (pénétration via récepteur NTPC) sans
effet cytopathique
- cytolyse lié à la réponse immunitaire
- toute infection peut promouvoir le développement d'un hépatocarcinome
- 1ere étpa : formation cccDNA inta-hépatique (persiste à vie !) +/-
intégration génome humaine (facultatif)
- multiplication virale via un intermédiaire ARN avec une transcriptase
inversée portée par la polymérase virale et responsable de l'émergence
de nombreux variants génétique
- plupart de liquides biologique avec concentation importante
- contamination: sexuelle et toxico IV (pays industrialisé), mère-enfant
-> enfant (pays ressource limité)
- complications: asymptomatique - cytolitique sévère voire fulminante
- persistance > 6 mois : risque hépatite chronique avec évolution
possible cirrhose/cancer foie
- dépistage AgHBs, Ac antiHBs, Ac antiHBc
- AgHBs positif : chercher coinfection VHD, sérologie HBe, charge
virale, atteinte hépatiqiue
- vaccin VHB = seule prévention possible HVB, HVD, hépatocarcinome
- traitement : IFN (interféron pégylé), analogue nucléositique mais
éliminent rarement AgHBs
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-1
:END:
Transmission: percutané, muqueuses, salive, sécrétion vaginale.
Évolution: 10% porteur asympto ou hépatite chroniqu (+/- cirrhose/cancer
du foie)
Structure : enveloppe extérieure (Ag HBs) et nucléocapside (Ag HBc)
Charge virale: évolution en "vague", moins élevée que VHC. Sauf pour
infection congénital avec très fortce réplication virale asymptomatique
jusque 25-30 ans, puis réponse immunitaire (symptômes variables)
*C'est la réaction immunitaire* qui abime le foie et non la réplication.
*** Sérologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sérologie
:END:
- Ac anti Ag HBc = témoin d'une infection mais persiste après
guérison+++
- Ag HBe = en général, réplication virale active. Disparait avant Ag
HBs. Séroconversion Ag -> Ac antBHC = résolution ou rémission
Attention: AgHBe, Ac antiHBe: utilisé seulement pour classification.
réplication. Ne pas utiliser pour distinguer infection aigüe (ex: Ac
antiHBc)
Sérologie
- Ac antiHBc: compétition. Négatif si > 1. Sensibilité/spécificite 100%
*** Cinétique des marqueurs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cinétique-des-marqueurs
:END:
- Hépatite aigüe guérie : AgHBs+ 1 à 3 mois avant clinique/bio, puis Ac
antiHBc
- NB: AgHBe souvent associé à réplication virale, disparaît avant
AgHBs
- fulminante
- stade aigu : *IgM anti HBc* constant mais attention, *AgHBs et AgHBe
peuvent être négatifs*
- réaction/chimio-induite/ surinfection hépatite D: ?
- hépatite chronique : AgHBs > 6 mois, AgHBe et Ac antiHBc positif
- séroconversion (= négativation)
- HBe = négativation AgHBe et Ac-antiHBe positif = évolution favorable
- HBs = négativation AgHBs et Ac-antiHBs = objectif ultime
- charge virale = suivi chronique car corrélé risque fibrose/cancer foie
NB: charge virale peut être négative avec AgHBs + car il y a une
éxcrétion d'AgHBs "vides" par le réticulum endoplasmisque alors que les
antiviraux vont agir sur la formation "complète" du virus
*** Interprétation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interprétation
:END:
| AgHBs | Ac AntiHBs | Ac AntiHBc | Interpretation |
|-------+------------+------------+-------------------------------------------|
| + | | + | Infecion évolutive (récente ou chronique) |
| | | | -> IgM, évolution à 6 mois |
| + | | | Hépatite aigüe, post vacin |
| | | | faux positif |
| | + | | Vacciné ou immunoglobuline |
| | + | + | Infection guérie |
| | | + | Faux positif, contact |
| | | | hépatite aigùe, mutant AgHBs (Asie) |
| | | | Pas de contact |
*AcHBc isolé* => - IgM HBcpour différencier phase aigùe, ADN VHB et
acVCH
- possible sous traitement
- possible si réplication VHC en parallèle (notion d'équilibre)
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-2
:END:
*tenofovir*, (ancien: lamivudine, emtricitabine)
** VHC (arn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vhc-arn
:END:
- ARN simple brin de polarité positive. capside icosaédrique et
enveloppe
- hépatotrope -> infection aiqüe e chronique
- aigüe = généralement asymptomatique et évolue vers chronocitié dans
la majorité
- chronique : activité nécrotico-inflammatoire et fibrose hépatique
(gravité variable)
- hépatite chronique = 2e cause de cirrose et de carcinome
hépatocellulaire après l'alcool. 2500 décès/an
- curable par traitement antiviral avec diminution/éradication lésions
et régression fibrose
- révolution avec nouveaux traitement sans IFN avec > 95% efficacité
(inhibiteur de protéase+++)
- importance du dépistage
** VHD (arn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vhd-arn
:END:
- Virus défectif, seulement chez individus infectés par VHB. Utilise les
protéines d'enveloppe du VHB pour former les particules virales
infectieuses.
- ORF -> 2 isoformes proténiques : la petite (s-HDAg) activate la
réplication du génome, la grande (L-HDAg) fait inhibent la réplication
- CoinfectionVHB VHD non négligeable (10-20 millions) -> maladie plus
sévère (aigüe et chronique)
- diagnostic : Ac anti-BHV et charge virale plasmatique
- Traitement : INF α-pégylé mais peu efficace
- vaccination VHB protège aussi contre VHD
** VHE
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vhe
:END:
- Pays à ressources limités : grandes épidémies, mortalité élevée chez
femmes enceinte
- Pays industrialisés : transmission zoonotique, transfusion, chronique
chez l'ummindéprimé, formes sévère si atteinte chronique du foie,
atteinte neurologie
- Diagnostic : IgM anti-VHE (+ ARN viral sang/selles chez
l'immunodéprimé)
- Ribavirine si chronique
** VIH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vih
:END:
Patient connu: western blot peut être négatif ! Épidémio: VIH2 = 2%
primo: objectif
- -2Log à ??
- < 400/mm^{3}
- < 50 copies/mL à 6mois
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-1
:END:
Ac-anti VIH1 et 1 et Agp42
- négatitf: pas d'infection si exposition > 3 semaines
- positif: western-blot
- positif: contrôle 2e prélèvement pour éviter erreur d'identification
+ Déclaration Obligatoire (quand ??)
- négatif/douteux: primo-infection ? Ag p42 et ARN VIH1
- négatif = réaction non spécifique en l'absence de traitement ou
exposition VIH2
- positif = primo-infection probable
confirmation par Western blot: obligatoire pour ne pas passer à côté
d'une co-infection VIH2 !!
IgG contre
- glycoprotéine transmembranaire (gène /env/): gp160,gp120,gp41
- capside/matrice/core : p55, p24,p18 (gène /gag/)
- enzyme virale (p66, gène /pol/)
- intégrase : p34
-> 2 bandes /env/ et 1 bande /gag/ pour /pol/
- Plutot précoce : glycoprotéine, p55,p24
- Plutôt tardif : p34
*** Bila initial
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bila-initial
:END:
Séro EBV, CMV
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-3
:END:
1 ou 2 inhibiteur nucléosidique transcriptase inverse + 1 non nuléo ou 1
intégrase
- 1ere ligne :
- dulotegravir + 2 inhibiteur nucléosidique.
- Attention: abacavir : contre indiqué HLAB*5701 risque
d'hypersensibilité
- Sinon efavirenz - 2 INTI
- Enfant : raltégravir + 2INTi
Primo:
- objectif = diminuer contagiosité.
- Utiliser traitement avec forte barrière génétique
- Si possible, traitement par ?? pour faire chuter la charge virale
EI: tenofovir = nephrotoxique, sauf forme alafénamide daru = pb cardio
vasculaire
Note: bithérapie possible dès début. Sinon allègement avec CV
indétectable depuis 2 ans
*** Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance
:END:
Lamivudine, emtricitabine = mutation M134 V/I
- codong ATG donne soit ATA (I) sout GTA (V): le premier est plus
fréquent à cause d'APOBEC
APOBEC= enzyme qui protège des infection virale : édition ARN C-> U
qui rend la réplication quasi-impossible. Le VIH a ViF qui désactive
cette enzyme. NB: APOBEC peut éditer le génome intégrer (peu d'effet ?
contrairement à EBV)
** VZV (adn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vzv-adn
:END:
- Dermotrope et neurotrope
- Latence ganglion nerveux sensitifs -> éradication impossible par le
sytème immunitaire ou antirétroviraux
- Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant.
- presque toujours symptomatique.
- formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir
- augmentation nombre cas au printemps
- femme enceinte: risque
- avant 20SA: risque congénital
- 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur à J-5
et J+2)
- Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome
- pas d'épidémie
- algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans =>
valaciclovir en prophylaxie
- vaccin ! (varicelle + zona)
** VZV (adn)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vzv-adn-1
:END:
- Dermotrope et neurotrope
- Latence ganglion nerveux sensitifs -> éradication impossible par le
sytème immunitaire ou antirétroviraux
- Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant.
- presque toujours symptomatique.
- formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir
- augmentation nombre cas au printemps
- femme enceinte: risque
- avant 20SA: risque congénital
- 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur à J-5
et J+2)
- Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome
- pas d'épidémie
- algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans =>
valaciclovir en prophylaxie
- vaccin ! (varicelle + zona)
+++ title = "Immuno-hématologie" date = 2024-01-20 +++
* Fiches
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fiches
:END:
- IgM : anticorps froid (optimum 4°), ne passent pas la barrière
hématoplacentaire, agglutation spontanée, fixe le complément
- Ig : optimium 37`, peut passer la barrière hématoplacentaire
[[/images/hematologie/coombs-indirect.png]]
[[/images/hematologie/coombs-direct.png]]
- Test indirect antiglobuline (RAI): plasma patient + globules rouges
connus + antiglobuline
- Test direct antiglobuline (TDA): globules rouges patient avec Ac +
antiglobuline
- ABO, Lewis, P1, MN = tissulaire, glucidique, non propre à l'Homme,
anticorps naturels
- RH, Duffy (FY), Kiddl, Ss : propre aux GR, Homme, proétique, pas
d'anticorps naturels
- Rare : Lu (b-) (0.1% Lu (a+, b-) et exceptionnel Lu(a-,b-))
- Antigène public (>= 99.9%) : H, LU2, KEL2, LEK4
- Attention : un c+ en France est probablement D+
* Phénotypage érythrocytaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phénotypage-érythrocytaire
:END:
Antigènes des groupes sanguins : - portés par glycolipides ou
glycoprotéines
Classification
1. ABO et associés = tissulaires
- GR mais pas que
- pas propres à l'homme
- naturels
- synthétisent enzymes qui vont produire les antigènes (pas de
production directe par les gnes)
2. Rhésus et autres = inverse
Anticorps
- naturels = apparait spontanément, présent milieu extérieur, stimule
système immunitaire
- immuns = après grossesse, transfusion, greffe incompatible
- réguliers = toujours présent si antigène absent (ex: antiA)
- irrégulier = peut être absent malgré antigène (ex anti-D)
- 1 seul échantillon, 1 seule détermination si automatique (2
techniciens si manuelle)
- Groupe sanguin = ABO, Réhus (RH2,3,4,5), KEL1
- Indications limitées : transfusion, grossesses (pour transfusion)
- Choix pour transfusion :
- toujours ABO
- protocole RH-KEL1 : femmes de la naissance à fin période procréatrice,
RAI positive, hémoglobinopathie, transfusion itératives, groupe
sanguin rare
- Pour un groupe valide : 2 déterminations, 2 prélèvements indépendants,
étiquettage et identité stricte du patient (risque vital !!)
** Notation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notation
:END:
Exemple pour A+ Cc ee
1. A CcDee
2. A RH 1,2,-3,4,-5 (car 1=D, 2=C, 3=E, 4=c, 5=e)
3. A+ E- (on ne rend que les négatifs)
** ABO et associé
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: abo-et-associé
:END:
*** ABO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: abo
:END:
Le plus important des groupes. Nature glucidique : ABO -> glycosyl
transférase
- groupe A = antigène A, anticorps antiB
- groupe O = pas d'antigène A ni B, anticorps anti A et B
- Génétique: A et B co-dominant, O récessif, code pour une enzyme et non
l'antigène dircetement
1 gène ABO - allèle A et B : forte homologie, enzyme codée ont le même
substrat (sustance H), codominant - allèle A avec délétion : enzyme est
inactivée - donc - groupe A => 1 allèle A, 0 allèle B - groupe B => 1
allèle B, 0 allèle A
Substance du base (tous les individus) -> enzyme H (codée par gène H
chez la plupart des individus) - individu O = rien de plus - individu A:
+enzyme A - individu B: +enzyme B Substance H = produite par substrat H
Groupe Bombay = pas de gène H donc anticorps antiA, B et *H*
Donc - que du H = groupe A - que du A = groupe A1 (fort) -
majoritairement A = groupe A2 (faible) - idem B
2 épreuves (il faut ja concordance !!)
1. antigènes A et B sur les globules rouges (mis avec sérum Ac antiA et
B)
2. anticorps anti A et B dans plasma (avec hématies test A B)
Note: sous-groupe A1 et A2 mais pas d'intérêt en transfusion
**** Variants ABO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variants-abo
:END:
[[/images/hematologie/groupe-a.png]]
A1 (80%) :
- enzyme A1 : convertit tous les antigène H en A -> /Anticorps naturel
irrégulier anti-H/ (dangereux si actif 37%)
- Ag A1
A2 : enzyme A2 : convertit tous les antigène H en A - pas d'Ag A1 ->
anticorps antiA1 - pas d'anticorps antiH
**** Phénotype rares
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phénotype-rares
:END:
- Phénotype bombay : absence d'antigène A, B et H -> anticorps anti-A,B
et H très puissant !
- phénotypes H déficient :
- non sécréteur : Bombay (h/h se/e), Bombay réunion (un peu d'antigène
H)
- sécréteur (paraBombay) : AgH absent des globules rouges mais dans
sécrétions
- NB: -> anticorps antiH moins puissent pour Bombay réunion ou
para-Bombay
- faible expression antigène A B
- cis-AB : 2 allèles transmis comme un (d'ou le cis-)
- B(A): les hématies du sujet B peuvent être agglutinées par des
anticorps anti-A. Idem pour A(B)
- acquis: B, A, perte expression partielle chez patients hémato
**** Anticorps
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorps
:END:
Attention, il y a bien 2 types d'anticorps en ABO !
- naturels : réguliers, surtout IgM, ne passent pas la barrière
hémato-placentaire, 3 à 6 mois après la naissance
- immuns : irrégulier : après allo-immunisation (grosesse), hétéro
(vaccins), IgG, passent la barrière hémato-placentaire
Antiènes dans le milieu extérieur (bactéries) -> immunisation
- Recherche antigène A, B (à partir d'anticorps)
- Recherche anticorps antiA, antiB (à partir hématie tests)
**** Régles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: régles
:END:
Incompatibilité : - donner des GR à un patient ayant dans le plasma des
anticorps contre cet antigène - donner du plasma avec des anticorps à un
patient qui a des antigène sur le GR
Sinon hémolyse intra-vasculaire par activation du complément - libration
des cytokines, protéines inflammatoirre -> état de choc + arrêt
cardiaque
*** Hh et SEse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hh-et-sese
:END:
- Gènes H et SE -> haplotypes HSE, Hse, hSE, hse
- codent pour la même enzyme mais sur des cellules différentes (H =
érythroblaste, SE = muqueux, épithélial) avec production antigène H
- h et se = silencieux ("non sécréteur")
- Phénotype H déficients : pas d'antigène H, mais anti-H plus ou moins
intense (exemple du phénotype Bombay qui a un anti-H très puissant
("receveur dangereux"))
- Anticorps antiH: dangereux chez sujet Bombay, Ah ou Bh
**** LE (ancien. Lewis)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: le-ancien.-lewis
:END:
- Peu utile pour transfusion
- Pas un vrai système de groupe sanguin mais sécrétion/tissulaire
(existence d'une substance LE1 ou LE2 mais seule la second est dans
les globules rouges).
- Enzyme produit antigene seulement dans cellules sécréteuses (muqueuse
de glande salivaire, cellules inconnues)
- antigène adsorbé par le globule rouge et non produit
- Anticorps : anti-LE1, LE1, LebH, LebL+++.
- dépend du gène sécréteur (SE) et du gène Lewis (Le)
- se/se et le/le : pas de sécrétion, pas de Lewis dans la cellule
sécrétantes = reste tel quel (précurseurs type)
- se/se et LE : enzyme -> antigène Lewis a
- SE et LE : antigène H d'abord puis antigène Lewis b (action
successive des 2 enzymes)
- défini à 2 ans donc pas d'impact obstrétrical
- chez la femme enceinte, les antigènes vont se décrocher
Anticorps : - naturels et irréguliers - hémolysant dans certains cas -
anti Le^a : /jamais chez les Le^a négatif - anti Le^b : le plus sovuent
chez Le (a-,b-), très rarement chez /jamais chez les Le^a négatif
**** P1PK et globoside
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: p1pk-et-globoside
:END:
- P1PK =
- 3 antigènes (P1, Pk, NOR)
- anticorps :
- anti-P1 : fréquent, pas utile en transfusion ou obstétrique
- anti-PP1PK = naturel, régulier, *attention transfusion*, *fausses
couches précoces, à répétition*
- Globoside=
- 1 antigène P (très rarement absent)
- allo anti-P = hémolyse transfusion
- autoantiB = hémoglobinurie a frigorue
*** Système LU
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: système-lu
:END:
Gène LU - 20 antigènes - 4 couples d'antigènes dits antithétiques car il
faut au moins l'un des 2 (a ou b) (sinon très rare) - 12 ag fréquents -
Lutheran b = rare (impasse transfusionnelle) - anticorps - anti LU1 =
rare - anti LU2 = très rare, actif à 37° donc /attention transfusion/ -
antiLU3 = receveur dangereux
*** Antigène I et i
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: antigène-i-et-i
:END:
Ag i se transforme en I (sinon extrêmement rare -> avec anticorps anti
I: *pas de transfusion possible*)
** RH1/D et RH-KEL1/Rh-Kell
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rh1d-et-rh-kel1rh-kell
:END:
*** RH1/D
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rh1d
:END:
- Propre à l'homme et GR
- 5
- Recherche antigène RH1/D (avec anticorps)
- 5 antigène majeurs C, E, c, e Kell (RH2, 3, 4, 5 et KEL1 resp.)
- le plus immunogènes
- accidents transfusionnels graves, maladies hémolytique du nouveau-né
parfois graves
- 2 gènes étroitement lié sur chromosome 1
- RHD : présent -> code protéine D -> D+, sinon D-
- RHCE : 4 allèles possible pour une protéine RHCE Ce,CE, cE, ce
- C/c et E/e sont antithétique (si absent, autre présent en double dose:
ex: C- -> c+)
- e 98% ! (quasiment public)
Transmission: D = dominant Nomenclature : D+ C+ e- E- par exemple, RH
1,2,-3,-4
Variants :
- soit moins de sites antigèniques (Ag faible) -> pas d'alloimmunisation
- soit épitopse normaux (sites antigénique normaux, diminués) (Ag
partiel) -> allo-immunisation possible avec anticorps antiD "sauvage"
- recherche biomol si hémoglobinopathie, femme subsaharienne < 50 ans,
femme caucasienne < 50 ans si C-, E- (les D partiels y sont associé)
**** Anticorps
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorps-1
:END:
- Immun : induit par grossesse/transfusion incompatible
- IgG, traversent la barrière
- le plus immunogène : RH1 (D) surtout, puis RH4 (c)
*** KELL
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: kell
:END:
- Précurseurs précurseurs lignée érythroiide
- KEL1 = pouvoir immunogène important
- Antigènes
- 2 principaux et antithétique : K (KELL1,), k (KELL2 ou cellano) =
antigène public en france
- autre : Kbpa, Kpb (KEL3 et KEL4)
- Anticorps : IgG, traversent la barrière hémato-placentaire
- antiKEL1 = fréquent
- antiKEL2 et 4 = *impasse transfusionnel*
*** Impact délivrance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: impact-délivrance
:END:
RAI positive avec allo-immunisation : anti RH1,2,3,4,4 et KEL1 ->
phénotype négatif pour l'antigène et respect de tout le phénotype RH KEL
Femme de la naissance à la fin de l'âge de procréation : respect de tout
le phénotype RH KEL
** Système FY JK MNS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: système-fy-jk-mns
:END:
- Les plus important en transfusion avec Rhesus et Kell
- antigènes propres aux globules rouges
- antigènes propres à l'homme aux
- bien développé à la naissance
- le plus souvent immun (IgG)
- *accident transfusionnel très graves*
*** Duffy
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: duffy
:END:
- 2 antigènes : FY1 et FY2 (Fya et b resp.)
- Population caucasienne : 3 phénotypes : (a+,b-), (a+,b+) et (a-,b-)
- /Pop. africaine : le plus répandu (a-,-b)/ !
Public : prévalence > 99.8% - Ag FY3 : absence (a-,b-)
**** Génétique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: génétique
:END:
- Chr 1-
- gène /DARC/ et protéine DARC
- porte d'entrée du plasmodium dans globule rouge
- exprimé rein, rate, poumoin+++ (attention aux greffe)
- nb de site antigénique plus faible si hétérozygote qu'homozygote
(effet-dose)
- enzyme protéolytique : utile pour identification (ex: papaïne :
détruit antigène FY1 et FY2, trypsine pour anticorps anti FY1 et FY25
- FY/A et FY/B codominant
- FY*A produit Ag FY1 et FY2
- FY*B produit Ag FY2 et FY2
- polymorphisme
- allle FY/X : produit antigèn FY2 d'expression affaiblie -> FY/A/Fy*B
de phénotype apparent (a+, b-) mais en réalité (a+,b+)
- allèle, FY*B_null : silencieux mais uniquement dans globule rouge.
Récessife : phénotype (a-,b-) dans gR mais (a-,b+) dans autres
cellules
- mutation promoteur gène: facteur de transcription ne se fixe pas
HGAT1 donc pas de transcription du gène dans lignée GR
- FY*0 : très rare, pas d'expression DARC donc pas d'antigène FY sur
globules rouges et autre cellules -> vrai phénotype null (a-,b-)
- très courant afrincain, très rare caucasien:
- *receveur dangereux* car produit antiFY1, 2 et surtout *3*
- plasmodium vivaux et knowlesi utilige l'atigène FY pour traverser la
membrane -> sujet (a-,b-) sont protégé
**** Anticorsp
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorsp
:END:
- Immun IgG
- fixe parfois complément -> *grave*
- antiFY1, antiFY2 : *GCR phénotypé FY typés négatif*
- anti FY3 : immuns, origine transfusionelle (fréquent drépanocytaire)
- risque d'hémolyse : *hyperhémolyse* chez drépanocytaire
*** Kidd (JK)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: kidd-jk
:END:
- 2 antigènes principaux JK1 et 2 (a et b), /antithétique/
- exprimé aussi dans rein (attention refjet geffe)
- 2 allèles codominant JK*01 et 02 produisant antigèn JK1 et 2.
- (a-, -b) très rare
- Ag JK3 fréquent
- Gène : rôle transport urée
- Effet-dose (variant nb site antigénique) mais pour /certains/ antiJK1
et JK2
**** Anticorps
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorps-2
:END:
- IgG fixant le complément (hémolyse intravasculaire)
- antiJK1 /perfide et dangereux/ car difficile à identifier (limite de
détection) et très hémolysant, se réactive rapidement
- *accidents hémolytiques graves*, rejet greffe rénale
- antiJK1 et 2 positif -> *CGR phénotypés négatifs et comptabilisés*
- *épreuve de compatibilité peut être négative*malgré des anticorps
présents en faible quantité donc on transfuse du JK négatif
- JK3 = (a-,b-) : attention car anticorps anti JK1 et 2..
- auto-anticorps possible
*** MNS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mns
:END:
- 48 antigènes dont 35 fable prévalence
- 4 antigènes principamux : MNS 1 et 2 (M et N) (antithétiques), 3 et
4 (antithétiques, S et s)
- antigène U = exprimé si S ou s (sinon peu ou pas exprimé)
- 3 gènes : GYPA, B et E -> code pour glycophorine A et B
- Phénotype rare : S- s- U-
- exceptionnel caucasion, 2% afroantilons
- phénotype U- : délétion gène : déficit total GPA, *anti-U très
puissant*
- phénotype Uvar : U faible et partiel (qualitatif et quantitaf)
- attention les 2 ne sont pas incompatibles+++ -> *génotypage
obligatoire S- s-* cr les U- peuvent s'immuniser contre Uvar
**** Anticorps
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorps-3
:END:
- AntiMSN1 : naturel, régulier, stimulé par transfusion, infection
batérienne -> pas d'incidence sur transfusion *sauf drépanocytaire :
risque hémolyse*
- antiMSN2 = très rare -> sang compatiblisé mais non phénotypé /sauf
drépanocytaire/
- antiMSN3 et 4 : donner du négatif, réaction très sévère
** Autres
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autres
:END:
Grande fréquence (public: > 99.9% en pop générale) - attention si
absence Ag public : production anticorps anti-public -> *receveur
dangereux
Ag Faible fréquence (privé < 1%) - ac anti privé : transfusion,
grossesse. - Pas d'impasse transfusionnelle. - Pb en obstétrique
(dangereux pour foetus)
Panel non obligatoire : DO, YT, CO, X
* Anticorps anti-érythrocytaire (RAI)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anticorps-anti-érythrocytaire-rai
:END:
Autre anticorps que ABO
** Dépistage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dépistage
:END:
Principe: 3 hématies de phénotype O détectants anticorps contre
antigènes - RH a minima : D,C,c, e - Kel: Kell, k, p - FY: Fy^a, Fy^b -
JK: Jk^a, Jk^b - MNS: M, N, S, s - LE: Le^a, Le^b - P_1 - Lu^b
** Épreuve de compatibilité
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: épreuve-de-compatibilité
:END:
Test plasma/sérum receveur avec hématies de la tubulure du produit à
transfuser
** Titrage anticorps anti-érythrocytaires autres qu'ABO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: titrage-anticorps-anti-érythrocytaires-autres-quabo
:END:
Test indirect
** Examen direct à l'antiglobuline
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: examen-direct-à-lantiglobuline
:END:
Montre sensibilisation des hématies avec anticorps antiIgG et antiC3d
* Technique IH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: technique-ih
:END:
Applications IH - transfusion - suivi femmes enceintes - anémie
hémolytique auto-immune (Coombs direct)
Principe = agglutation hématies 2 types
** Agglutination - Immunologique (mais pas tojours)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: agglutination---immunologique-mais-pas-tojours
:END:
1. Fixation antigène-anticorps mais réversible
2. +/- agglutination (selon le type d'anticorsp: ##IgM est
agglutinant##, IgG nécessite un "artificie")
- Hématies = charge négative => se repoussent
- Spontané = IgM surtout, grosses molécules, "froid" (optimin (+4%)), ne
passent pas la barrière placentaire, - activent complément (jusqu'à
destruction de l'hématie, ex de l'accident ABO)
- Agglutination artificielle : IgG, "chaud" (37°), passent barrière
placentaire (plus petits),
- -> problème de grossesse, ! *Ac anti JK* peut fixer le complément ->
hémolyse intra-vasculaire comme accident ABO
- test indirect (ex RAI) : plasma patient + globules rouges +
antiglobuline
- Test direct anitglobuline : GR patient porteur anticorps +
antiglobuline
Techniques:tube d'hémolyse, gel ou microplaques - gel : automatisable
(agglutination = reste au sommet) - Phénotypage : Délai 1h sur gel ou
tube
Applications - Phénotype : ABO, Rhésus, Kell - RAI - Coombs direct (le
patient a-t-il des anticorps fixés sur GR ?) - recherche agglutinine
froide
Tube prélevé sur anticoagulant (EDTA) + centrifugé -> plasma (Ac) ou GR
(antigènes)
** Recherche d'agglutinines irrégulières
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: recherche-dagglutinines-irrégulières
:END:
- Allo-anticorps contre autre que antigènes autres que A et B (not.
après transfusion+++)
- EDTA, *frais*, plasma après centrification
- Dépistage: plasma du patient + 3 hématies tests connues +
antiglobuline (semi-quantitatif : 1 à 4 croix)
- Identification : sur 11 hématies tests + témoin autologue
- regle des 3+/3- : 3 hématies positives pour l'antigène et 3 négatives
- Résultat
- Si positive , alloanticorps donc identification sur 11 hématies test
(avec témoin autologue)
- vérifier absence de l'antigène correspondant (phénotype étendu)
- culot à transfuser phénotypé
- épreuve directe de compatibilité (plasma patient + hématies à
transfuser)
- nouvelle carte de groupe (refaire groupe)
- Si négative :
- *un anticorps un jour, un anticorps toujours* (non détecté ?
concentration variable dans le temps)
- valide 3 jours (21 jours si négatif et pas de transfusion, grosse,
greffe+++)
- Indication:
- *obligatoire avant toute transfusion* (sauf urgence vitale
immédiate)
- après transfusion
- accident hémolytique après transfusion
- suivi grossesse
** Test direct à l'antiglobuline
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: test-direct-à-lantiglobuline
:END:
- Montrer qu'il y a des anticorps (ou fraction du complément) présents
sur hématies du patient
- ajout antiglobuline humaine : agglutine si les anticorps existent
Technique
- Antiglobuline polyvalente (IgG + complémenta)
- Antiglobuline spécifique (IgG et IgM)
Indication
- anémie hémolytique auto-immune
- maladie hémolytique néonatale : anticorps maternels sur antigènes
foetaux (obligatoire sur tous les nouveaux nés)
- accident transfusionnel (anticorps du patient sur globules rouges
transfusés)
TDA positifs
- IgG : élution
- C3d : recherche agglutinines froides
** Élution directe
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: élution-directe
:END:
Détache ("lave") les anticorps des globules rouges. Puis test indirect
(RAI) pour regarder les spécificités de ces anticorps
** Transition
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: transition
:END:
Sensibiité pour allo-immunisation : éluat > TDA > RAI - élution positive
dans un premier temps car anticorps sont sur les globules rouges seuls
(ex. d'une transfusion avec anticorps contre GR ) -> *RAI négative* ! -
puis TDA+ (besoin de plus d'anticorps car l'élution fait une
concentration)
* Norme 15189 (Patrick Joubaud)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norme-15189-patrick-joubaud
:END:
Cf [cofrac]
Attention au IgG+ ou C3d+ en TDA
* Présentations
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: présentations
:END:
** Complications transfusionnelles 2
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: complications-transfusionnelles-2
:END:
leucémie aigue : phénotype RH-K, irradiation si greffe cellules souche
ou ID profondeur Tumeur solutique : pas d'irradiation pour les 2, seuil
80
Patient âgé : transfusion lente (2h en moyenne)
Indications
- Phénotypé : transfu répétées, maladie hémato, groupe rare, /femme de
la naissance à la fin de période procréatrice/, hémoglobinopathie
- Compatibilté : RAI+, drépano
- Irradié:
- indications: don intrafamiliale (quelque soit degré parenté !),
déficit immunitaire congénitale, avant/pendant prélovement CSH,
/autogreffe CSH/ (au moins 3 mois), /allogreffe/ (au moins 1 an)
- prévenir GvH (lymphocytes du donneur attaquent tissus hôte, moelle)
Note: immunocompétent, les LT sont censé les détruirer
RAI valide 3j (21 si négative sans transfus, grossesse ou
transplantation)
Effets indésirables grave d'imputabilité forte
- allergie 56%
- 40% pulmonaire (oedeme pulmonaire de surcharge surtout)
*** TACO = OAP de surcharge (transfusion acute circulatory overload)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: taco-oap-de-surcharge-transfusion-acute-circulatory-overload
:END:
- 1ere cause de décès transfu
- sous déclaro
- recos :
- à risque si > 70A avec comordbidité cardio
- (pseudoobstruction d'aval = accumulation sang donc surtout eau en
amont: hypertension oreillette gauche donc alvéole in fine )
- altération FEVGE, rétrécisseent aortique, HEC, IRC (déficit
élimintation)
- prévention : transfu lente (1 CGR en 2H) + surveillance /TA/
(premier signe de surcharge) : furosémide ? (pas de reco)
*** TRALI * transfusion acute lung injury
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: trali-transfusion-acute-lung-injury
:END:
SDRA: altération membrane alvéolo capillaire par PNN hypoxémie + oedème
pulmonaire bilat à la radio + /absence/ insuf cardiaque gauche (donc
furosémide inefficace)
Étiologie : agression membrane - directe = infection, trauma
thoracique - indirecte : choc septique, pancréatite, CIVD
Physio : lié au PNN surtout (réponse inflammatoire dérégulée ->
chimiotactinsme jusque dans alvéoles puis production de cytokine et
destruction membrane). Pronostic ~ infiltrat
Clinique : dyspnée d'aggravation rapide dans les 6h (voire 12-24h),
crépitants, infiltrat pulmonaire bilatérale mais /pas de signe de
surcharge/ contrairement à OAP Évolution favoirable sous VNI dans la
majorité des cas (O2 pousse l'eau dans les vaisseaux)
Fièvre : plutôt tralie, hypertension plutôt TACO BNP, echocardio :
plutôt TACO
** Anémies hémolytique auto-immunes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anémies-hémolytique-auto-immunes
:END:
GR: 120j Destruction macrophage : hb -> Fer (réuitilsé), globine
(décomposé AA), hème (bilirbuine non configuée puis fixée almbunie ->
bili conjugée -> 85% stercobiblinogène) Classiication - corpusculaire:
membrane (sphérocyytose), Hb, déficit enzymatique (G6PD), hémoglobinurie
paroxistique nocturne - extracorpusculaire : mécanique, toxqiue,
infection, auto-immune
Autoimmune : Ac contre Ag GR - plutôt âgé, un peu plus femme - mortalité
8-15% - mécanisme : fixation du fragment FC sur macrophages tissulaires
ou activation complément (plutôt intravasc)
Étiologie - idiopathique 50% - secondaire : infection (MNI, CMV, parvo,
syphilis, turberucoles), traitement, associé autominnu (lupus, SAPL),
associé hémopathie lymphoïde
Selon type auto-ac - chaud : adulte, plutôt intratissulaire, IgG 37% -
agglu froide : > 50A, intratissulaire ou vasculaire, IgM, plutôt
chronique , plutôt chronique - froid autre (infectieux) - hémoglobinurie
paroxistique a frigorie : aîgu, enfant. Attention aux mycoplasme aussi -
autre (large amplitude thermique)
Intravasculaire : brutal, fièvre, douleur lobmaire, urine "rouge porto",
ictère Extravasc : progressif, discret (subictère conjonctival)
Diag : - clinique + bio (anémie normochromoe normocytaire, pas de
schizoytes (!= mécanique), sd hémolytique) - IH: Coombis direct :
hématies avec Ac déjà fixées + antiglobuline -> agglu - Penser à
chercher des IgA si neg - IgG+ : élution (détacher Ac sur hématie et
déterminer leur spécifique en TIA) puis Coombs anticiderct (éluta sur
panel connu avec antigolbuline) - C3+ : agglu froide
Tttt : - autoanticorps chaud : cortico, folates - froid : MAF: pas
d'exposition au froid
NB: *tout positif (panagglu + témoin autologue positif)* -> adsorption
(soit le plasma du patient sur hématies du donneur, soit sur ses
hématies (l'idéal))
* Suivi immuno-hémato femmes enceintes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: suivi-immuno-hémato-femmes-enceintes
:END:
Objectifs
- Prévenir immunisation
- Sinon diagnostic + suivi :
- suivi cinétique anticorps, suivi clinique
- sécurité transfusionnelle (femme + nouveau-né)
** Allo-immunisation érythrocytaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: allo-immunisation-érythrocytaire
:END:
- Alloanticorps dans plasma mère contre Ag présent hématies foetus
- Origine : hétéro (Ag ABO), transfu, hémarragie foeta-maternelle
(hématies foetus passent circulation maternelle)
- dépendent de l'immunogénécité de l'Ag (= capacité à induire la
sinthèse Ac): *D > K* (ABO faible), quantité GR foetux, individu
2 types
- ABO: exprimés tardivement donc /pas d'impact fœtus/ (expression après
naissance), les plus fréquentes, habituellement bénin
- non ABO (vraie alloimmunisation foetomaternelle): tous les systèmes.
Plus fréquente RH KEL FY JK, dès vie embryonnaire
*** ABO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: abo-1
:END:
Mère O : IgM antiA naturels (ne passent pas la barrière
hématoplacentaire), IgG antiA immuns (ictère) NN type A: aura des IgG
antiA maternel dans le sang /RAI chez la mère/, *TDA Chez l'enfant* : si
positif, élution pour antiA et antiB
Transfu *CGR groupe O RHKell mais non compatibilisé*
Bénin sauf certaines population (AFrique subsaharienne)
*** Alloimmunisation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: alloimmunisation
:END:
- 1ere grossesse incompatible : IgM ne passant pas la barrière
hématoplacentaire puis switch IgG. Souvent moins d'impact mais
possible néanmoins.
- 2e grossesse incompatible : réactivation à la moindre stimulation du
ystème immunaire : production massive IgG *passage placenta*
- dès 1er trimestre
- destruction GR fœtus : anémie + hyperproduction bilirubine (impact
nouveau-né car éliminé par la mère au stade fœtal)
Impact clinique: 1. anémie sévère (difficile à détecter à
l'échographie) 2. accumulation bilirubine système nerveux (mort/séquelle
neuro)
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic
:END:
- /RAI/
- dangerosité selon spécificité anticorps :
- hémolyse GR matures : *antiRH*, JK, FY, MNS3,4, antiMNS1
- GR mature + précurseurs érythroides *antiKEL*
Les plus sévères : *anti RH1, RH4, KEL1*
- bien développés chez foetus (4 SA)
- risque anémie fœtale/néotal
- suivi maternité 3 (sauf si titre faible)
Les plus fréquents : /RH 1 , 3, 4 KEL1/
- antiRH1: Prophylaxie diminue incidence de 80%
*** Divers
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: divers
:END:
Ac anti public
- Anti U, public RH, public KEL
- risque d'anémie sévère
- transfert échantillon CNRGS + équivalent obstétrical (CNRHP)
Ac antiprivé
- non détecté RAI chez la mère (pas sur le panel)
- risque anémie fœtale/néonat
- pas de difficulté transfusionnelle
- y penser si hémolyse inexpliquée chez fœtus
- TDA chez foetus +/- compatibilité GR mère et GR fœtus
Autoanticorps ou HLA : pas d'impact
*** Suivi biologique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: suivi-biologique
:END:
Évalue le risque d'anémie fœtale sévère pour suivi clinique/écho
1. confirmer incompatibilité : phénotype érythrocytaire procréateur,
génotypage fœtal non invasif limiter gestes invasif qui peut aggraver
2. spécificité Ac : RAI
3. affinité de l'anticorps : titrage
4. Concentration : dosage pondéral (seulement antiRhésus)
Génotypage fœtal
- CNRHP
- ADN fœtal libre dans plasma femme (10% ADN forme acellulaire)
- RH1, 3, 4, KEL1
- négatif : confirmer sur 2e prélèvement
- positif/indéterminé : suivi
Titrage
- TIA tube+++ (seuils) ou gel
- comparer avec plasma prélèvement précédent (technique
opérateur-dépendant)
- dilution de 2 en 2 : titre = 1/dernière dilution +
- seuil à 8 pour anti-D
Dosage pondéral
- EFS Lille, CNRHP
- si > seuil : maternité 3 et suivi écho (vélocimétrie artère cérébrale
moyenne)
- seuil 1υg/mL pour anti-D
*** Suivi clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: suivi-clinique
:END:
- Échographie : trop tardif pour suivi anasarque !
- Rythme cardiaque fœtal : trop tardif, peu sensible
- /doppler cérébral/: anémie augment débit cardiaque et diminue
viscosité donc augment vélocité sanguine
- obligation d'informer le prescripteur en cas d'alloimmunisation
- éviter méthodes invasives (réactive immunisation)
Anasarque = pas d'adaptation à l'anémie : urgence vitale (risque de mort
fœtal)
Objectif : maintenir la grossesse jusqu'à un terme viable
Transfusion fœtal : - 2-3% mort fœtale, à partir de 17SA - *Onegatif
sauf si c-*(les O négatifs sont c+ (phénotype rares sinon))
*** Prise en chare nouveau-né
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prise-en-chare-nouveau-né
:END:
- surveillance clinique + bio : peut apparaître plusieurs semaines après
!
- groupage sanguin (/interprétable si transfusion in utero/)
- examen direct antiglobuline (attendu positif)
- élution
- NFS, biliburine
- transfusion à partir de /RAI de la mère/ et Coombs direct (Ac
maternels sur GR du nouveau-né) +/- épreuve compatibilité avec /plasma
maternel/ (valide 120j)
Tous les labos privés doivent transmettre à l'EFS une RAI positive
*** Cas clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cas-clinique
:END:
Ag Kpa = toujours négatif sur panel donc attention
** Suivi réglementaire grossesse de toutes les femmes enceintes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: suivi-réglementaire-grossesse-de-toutes-les-femmes-enceintes
:END:
- Détecter et dépister à temps
- Recommandations HAS + décret 1992 :
1. *toutes les femmes* dès 1er trimestre : 2 déterminations de groupe
(si non fait) et RAI
2. Puis
- D+ sans antécédent transfu : RAI 1er trimestre et à
l'accouchement
- D+ sans antécédent transfu : RAI 1er trimestre et 6e, 8e et 9e et
à l'accouchement
- V- : RAI1 trimestre, phénotype GR géniteur, génotype foetal 11SA
- foetus D+: RAI 6+, 8+, 9/
- accouchement
- c- sont *toujours D+* : RAI1er trimestre à l'accouchement mais il
faudrait faire 3e trimestre pour ne pas passer à côté de certains
cas
*** Préventir alloimmunisation antiRH1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: préventir-alloimmunisation-antirh1
:END:
- Pour les autres : seulement en transfusion CGR (phénotype RHKell) (25%
incompatibilité)+/- rophylac avant transfusion plaquettaire
- Génotypage RH foetal :
- non invasif, >= 11 SA
- si négatif, confirmer 2e prélèvement : Rophylac inutile
- si positif ou indéterminé (souvent des variants), justifie Rophylac
en ciblé selon situation (fausse couche+++) et *systématique 28SA*
- Immonoprophylaxie: Ac anti RH1 pour neutraliser les GR RH+ (non
reconnu par système immunitaire)
- dérivé du sang (donc risque infectieux)
- *28SA*: justification = couvrir hémorragie foeta-maternelle du 3e
trimestre non apparente
- en ciblé si fausse cocuhe, traumatisme, amniocentèse
- *accouchement* sauf rophylac < 3semain, klehauer négatif, antiD >=
6ng
- *RAI avant Rophylac*
- efficacité : < 72h avant l'évènement, IV (biodisponibilité
immédiate), adapté la posologie
- Immunoprophylaxie accompagnée par
- RAI: negative avant
- Kleihauer : à partir de 15SA. Fait à chaque évènement immunisant +
accouchement (mais pas 28SA). Adapte la posologie : 220υg ok jusque
24 hématies ofetale /10 000
- microtitrage : permet d'estimer les faibles concentrations
d'anticorps (à la différence du titrage) (estimation !)
- pour différence alloAc des antiRH1 résiduel
- concentration résiduelle rophylac pour estimer couverture par
rophylac
- on compare intensité par rapport à un témoin à différentes
dilutions -> dernière réaction positive
- passif si concentration < attendue
**** Prévention secondaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévention-secondaire
:END:
Nouvelle grossesse chez femme immunisée:
+++ title = "Hématologie" date = 2023-11-05 +++
* Physiologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: physiologie
:END:
- Durée de vie
- GR: 120 jours
- plaquette 7 jours
- polynucléaire 24h
- Localisation : sac vitellin (<= 2 mois), foie/rate (<= 7 mois) puis
moelle
NB: dans la moelle, mégacaryocyte (normalement non présent dans moelle)
Moelle : progéniteur (non identifiable) -> précurseurs (identifiable).
Puis cellules différenciées dans le sang
CSH
- CD34+, CD38-
- -> progéniteur lymphoide ou myéloide
- différentiation restreinte à 1 ou 2 lignées
- CD34+, CD38+
- peuvent reconstituer toute l'hématoiès à long terme !
- multipotente, autorenouvellement
- nombreuses interactions CSH avec micro-environnement ("niche"
hématopoïètique)
#+caption: lignée myéloide
[[/images/hematologie/myeloide.png]]
Pour lignée lymphocytaire:
- le thymus sert à la différenciation des précurseurs des lymphocytes
*T*
- la moelle sert à la différenciation des précurseurs des lymphocytes B
- les lymphocytes B matures, après activationo avec antigène, se
différencien en LB mémoire et en plasmocytes qui produisent les
anticorps circulants.
#+caption: lignée lymphocytaire
[[/images/hematologie/lymphoide.png]]
* Cytométrie en flux
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cytométrie-en-flux
:END:
Identification des cellules hématopoïetique par glycoprotéines
(surface/cytoplasme) = antigènes de différentiation
- anticorps monoclonaux + fluorochrome
- regroupés en cluster de différenciation (CD) -> sous-populations
Sur sang (EDTA), fluide (tube sec), tissu (enzyme)
Principe : cellule "s'allume" (via fluorochrome) en passant devant un
laser
Indication en hémato: hémopathies malignes
- leucémie, lymphome
- leucocytose (hyperéosinophilie, infection (neutro, mono)),
neutropénie, LGL
- anémie : HPN, sphérocytose, GF foetaux
- plaquettes : numération, déficit
* Hémostase
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hémostase
:END:
- Facteurs dépendant vitamine K: II, VII, IX, X
- déficit en fibrinogène : le plus souvent acquis mais congénital
possible ## Variation TP, TCA Diminution TP [[/images/tp-diminue.png]]
Augmentation isolée TCA sans traitement [[/images/tca-diminue.png]]
Variations physiologiques
- Grossesse :
- augmentation facteur VIII, Willebrand *fibrinogène*, diminution XI
- augmentation TP (VII, X, fibrinogène)
- Nouveau-né : carence en vitamine K (donc doser TP, TCA)
** Facteurs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: facteurs
:END:
- VIII: 50-150%, évolue parallèlement au willebrand (augmenté
grossesse/inflammation mais aussi cirrhose hépatique par synthèse
endothéliale)
- IX : 50-150% : diminué avant 3 mois
- XI: 60-140% : diminué avec 1 ans, diminué si IHC
** D-dimère
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: d-dimère
:END:
Produit de dégradation de la fibrine
- augmenté si CIVD
- bonne VPN pour thrombose/embolie pulmonaire (<450-550)
** Principaux réactifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principaux-réactifs
:END:
*** TP
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tp
:END:
- TQ = II,V,VII,X et fibrinogène
- insensible héparine dose thérapeutique et fibrinogène > 0.6 ou < 6
- temps de coagulation d'un plasma citraté avec facteur tissulaire +
phospholipides en excès + calcium
- conversion en % avec droite de Thivolle -> TP
- TP : spécifique seulement pour VII
- Réactif := thromboplastine
- phospholipides
- facteur tissulaire
- calcium
- inhibiteur héparine
- forte concentration en phospholipides donc TP peu sensible aux lupes
anticoagulants
- modifié par debigatran et rivaroxaban surtout (moins apixaban)
*** TCA
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tca
:END:
- TCA : mesure temps malade / temps témoin (ref < 1.2)
- Calcul temps témoins à chaque changement de lot, validation de réactif
sur 30 sujets sains
- Réactif : céphaline : phospholipides + activateur (kaolin)
- Allongement variable par HNF en curatif variable
- Choisir le réactif selon indication :
- dépistage risque hémorragique en pré-op
- dépistage lupus anticoagulant
- Peu sensible au antiXa, sensible anti IIa
Dosage fibrinogène avec thrombine calcique en excès + inhibiteur
héparine : mesure du temps et conversion en g/L avec droite d'étalonnage
** Fibrinolyse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fibrinolyse
:END:
- Dégradation de la fibrine (une fois le caillot stabilisé)
- Fibrinogène -> (thrombine) monomère de fibrine -> (facteur XIIIa)
fibrine insoluble -> (plasmine) D-dimère, produit dégradation fibrine
### Spécificité Plasminogène
- Activé par t-PA (tissular Plasminogen Activator) et u-PA (urokinase,
non fibrinospécifique)
- t-PA : exercice, stress, stase veineuse. Soit lié à la fibrine, soit
complexe avec PAI(Plasminogen activator inhibitor type)-1 et éliminé
par le foie
- u-PA : protéolyse tissulaire surtout -> dégradation de la matrice
extra-cellulaire, activation cytokines+++
- Digestion de la fibrine par liaison plasminogène et t-PA (plasmine)
[NB: l'acide tranexamique inhibe l'intercaction du plasminogène] ###
Régulation
- \alpha_2 antiplaslmine : inhibe plasmine libre donc un déficit =
hémorragie grave
- PAI-1 : inhibe t-PA et u-PA (thérapeutique : modification du t-PA
recombinant pour le rendre moins sensibleau PAI-1)
- TAFI (Thrombin activatable fibrinolysis inhibitor) = inhibe liason
plasminogène-fibrine
- fibrine elle-même (rend la réaction spécifique)
- architecture de la fibrine (plus ou moins résistante à la fibrinolyse)
### Pahtologies
- hyperfibrinolyse = risque hémorragique :
- plasmine libre en circulation (déficit alpha2 antiplamsione,
chirurgie, déficit PAI1, certaines leucémines aigües)
- hypofibrinolyse = risque de thrombose : déficit plasminogène,
augmentation PAI1 ### Exploration
- Global : thromboélastrogramme
- D-dimères, protéines fibrinolyse
- Si syndrome hémorragique (chir, post-partum), syndrome de
consommation, exclure TVP/EP, thrombose récidivante # Fonctionnement
des automates d'hémostase
- Méthode : chronométrique (coagulante), enzymatiques (chromogénique),
immuno
- Automates : Stago : starmaxo, Sysmex/Siemes: CS
** Techniques en hémostase
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: techniques-en-hémostase
:END:
*** Chromonétrique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chromonétrique
:END:
- Ex: TP,TCA, facteur coagulation
- Principe : plasma pauvre en plaquettes : + phopsholipides, activateur
+Ca2+ avec déclenchement de la coagulation à 37° -> chronomètre el
temps de formation du caillot de fibrine ### Electromécanique
(viscosimétrie)
- Technique : oscillation d'une bille (champ électromagnétique). Avec la
formation de la fibrine, augmentation de la viscosité et
ralentissement du mouvement de la bille
- Avantages : pas d'interférence optique
- Inconvénient : moyenne d'amplitude trop faible
*** Photo-optique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: photo-optique
:END:
- Technique : détection signal diffracté (néphélémétrie) ou transmis
(turbidimétrie) modifié par le caillot
- Avantages : voir la formation du caillot
- Inconvénients : détecte mal les petits caillots transparents,
interférence si lipémie, hémolyse, hyperbilirubinémie -> lecture à
671nm pour minimiser c ou à plusieurs longueurs d'onde
- CS5100 : TP,TCA, fibrinogène ### Enzymatique : Chromogénique
- Mesure activité protéolytiques des : facteurs/inhibiteurs
coag/acttivité AOD ou hépariné
- Principe : susbtrat chromogène + oligopetite spécifique enzyme à doser
(qui va couper le petite et libérer le substrat chromogène) ->
intensité dus signal proportionnel à l'activité
- Avantages : très spécfiques, mesure activité
- Inconvénients : interférence lipémie, hémolyse hyperbilirubinémie,
réactifs couteux
- CS5100 antithrombine, protéine C ### Immuno à détection photo-optique
(immunoturbidimétrie)
- Dosage quantitatif Ddimères, monomèes de fibrine, facteur/inhib coag
- Réaction Ag-Ac
- Avantages : très sensible et spécfique
- Inconvénient : réactif couteux, nb tests disponibles limités
- CS5100 : D-dimères
** Examens de biologie médical délocalisés
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: examens-de-biologie-médical-délocalisés
:END:
- Resoponsable = laboratoire
- hHémosatse : attention préanalytique et analytique
- Activated clotting time = chir cardique, radiologie interventionnelle
-> surveillance anticoagulation par héparine (chronométrique, sans
total)
- TP/INR : INR bien validé surveillance AVK, TP moins validé (guide
transfusioin, dépistage coaguliopathies)
- Fonction plaquettaire après ttt anti plaquettaire : résistance,
hémorragie -> pas de recommandation, recherche
- Verify now= mesure agrégation par turbidimétrie optique
- Fonction plaquettaire par impédiance
- Thromboélastographie : ROTM et TEG
- étude viscosité et élasticité du sang pendant coag -> calcul temps
initiation coagulation, vitesse formation caillot, stabilité
(fibrinolyse)
- péri-opératoire (trauma sév-ère, hémorragie post-partum+++)
* Maladies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: maladies
:END:
** Maladie de Willebrand
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: maladie-de-willebrand
:END:
Suspicion clinique : 1ere intention
- activité facteur VIII
- activité vWF (vWF:Act) : technique de référence
agrégométrie/turbidimétrie avec ristocétine (induit liaison vWF-GpIb
des plaquettes = glycoprotéine intervenant dans l'agrégation)
- antigénique vWF : immunologique, concentration plasmatique
- Hemogramme
- NB : TCA normal ou allongé (allongé type 2N et 3)
- +/- temps d'occlusion plaquettaire sur PFA = dépistage simple et
rapide : /in vitro/ par mesure du temps de passage du sang dans
capillaires (collagène + activateur plaquettaire jusqu'à occlusion) ->
très sensible aux anomalies du vWF 'sauf trype 2N)
Type 1 = déficit quantitatif Type 2 = déficit qualitatif (2A = déficit
vWF, 2B = gain de fonction avec déplétion multimere de haut poids
moléculaire (HMW), 2M = qualitatif, 2N seulement binding FVIII) Type 3 =
quasi-absence vWF
Interprétation
- FVIII:c/vWF:Ag > 0.7 sauf type 2N
- taux VWF (antigène ?) :
- diminué si groupe O -> recherche groupe
- augmenté si âge, grossesse, stress, exercice physique,
oestroprogestatif, syndrome inflammatoire, insuffisance hépatique ->
CRP et fibrinogène pour écarter syndrome inflammatoire
Interprétation activité vWF
- activité vWF 30-50% = déficit modéré
- activité vWF < 30%
- vWF:act/Ag > 0.7 : type 1 ?
- sinon : type 2 ?
- FVIIIc/vWF:Ag <= 0.7 : type 2N ? hémophilie A ?
- Ag < 5% : type 3 ?
[[/images/hematologie/willebrand.svg]]
** Thalassémies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thalassémies
:END:
Définition : anomalie génétique avec diminution/absence synthèse de
chaine alpha ou beta globine
*** Beta-thalassémie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: beta-thalassémie
:END:
Gène HBB (chr 11). AR donc en général
- hétérozygote : peu sévère
- homozygote : le plus souvent sévère (forme mineure)
Avantage sélectif sur paludisme -> méditarrénée, afrique, inde, ase
sud-est, /sud de la france/
Forme mineure : diag biologique (peu signe clinique), pas de traitement,
conseil génétique
- "syndrome thalassémique" /microcytose, hypochromie,
pseudo-polyglobulie/ +/- anémie, arégénératif
- étude hémoglobine : (chromatographie liquide haute pression,
electrophorèse capillaire car faible fraction) : Hb A_2 >= 3.5%
(augmentée)
Forme majeure :
- clinique :
- début nourrison/enfant avec diminution Hb foetale : anémie profonde
dépendant de la transfusion
- HMG, SMG, ictère, infeciton à répétition, retard staturo pondérale
- surcharge en fer (transfusion)
- diag biologique : *Hb < 7g microcytaire hypochrome + microcytose*,
hypochrile, anisocytose, po%ikylocytose, erythroblaste
- étude Hb /avant/ transfusion : absence HbA avec HbF majoritaire
- NB : autre forme ; Hb E, autres variant Hb
Forme intermédiaire : définition clinique : anémie moins sévère,
transfusion si nécessaire, complication surtout à la surcharge en fer
Prévention ; dépister les hétérozygots (couples à risque, hémogramme)
DPN ou DPI possible
Traitement :
- symptomatique : transfusion (selon forme), chélation martiale dans les
2 cas
- curatif : greffe moelle osseuse, thérapie génétique (essai
thérapeutique)
*** Alpha-thalassémie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: alpha-thalassémie
:END:
Ubuquitaires mais extrème-orient, asie pour les formes sévères Gènes
HBA1 et HBA2
- 3 gènes fonctionnels : silencieuse
- 2 : mineure
- 1 ou 0 : sévère : hémoglobinose H et hydrops foetalis resp
Diag biologique :
- silencieuse : microcytose très modérée hypochromie sans anémie,
ferritine et etude Hb normales
- mineuse : pseudo polyglobulie, microcytose, hypochromie +/- anémie,
etude hémoglobine ormale/HbA2 légèrement diminué
Hydrops foetalis : mort in utero/naissance le plus souvent + risque mère
toxémie gravidique
Génétique : si une allèle avec double deletion : risque hydrops foetalis
!
Hémoglobinose H :
- *hyperhémolyse* (anémie, ictère, SMG) parfois en crises (fièvre
médic), surcharhe en fer
- anémie microcyaires hypochrome +/- thrombopénie avec hémolyse (bili
libre augmentée, hapto diminuée, LDH augmenée) et surcharge en fer
(ferritine N ou augmentée)
- etude Hb : HbH ou bart, Ae2 diminuée
- coloration bleu de cr&syl ; hématies en balles de golf
** Anémie microcytaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anémie-microcytaire
:END:
Définition:
- microcytoraire :VGM < 80 fL (adulte), 72fl (enfant). NB: élevé chez
l'enfant
NB : la microcytose est habituellemment associée à une anémie mais pas
toujours. NB: l'anémie microcytaire est habituellement hypochrome
(diminution CCMH et TCMH)
Physiopathologie : microcytose = défaut de synthèse de l'hémoglobine
donc divisions supplémentaires
Diagnostic initial: hémogramme (nb GR, plaquette, leuco, formule
sanguine) (réticulocytes inutiles en première intention) - frottis :
hypochromie, dysérythropoïèes
Causes principales : carence martiale, thalassémie, inflammation
*** 1. carence martiale (fer)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: carence-martiale-fer
:END:
- la plus fréquente
- centrale
- diminution synthèse hème par manque de fer
- clinique :
- anémie (asthénie, paleur+++), cutanéo-muquex (fer sert au
renouvvellement : peau sèche, ongles cassants), /pas/ de fièvre,
ADP, SMG, purpura
- troubles du comportement, retard psychomot, atteinte défense
immunitaire
- bilan: *ferritine diminuée* (stockage fer), autres = inutiles
- si pas de carence fer : bilan inflammatoire + étude hémoglobine
- cause
1. carence apport (interrogatoire !)
2. perte par saignement : digestif chronique (ex: cancer colon),
gynéco (ménorragie, trouble coag))
- traitement : cause ++, fer per os en 1ere intention 2-3 mois
(attention tolérance)
- interrogatoire : ration protéique, hémorragies (digestives, gynéco),
médicaments
- +/- bilan coagulation, exploration digestive/gynéco
*** 2. syndrome thalassémiques (globine)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: syndrome-thalassémiques-globine
:END:
Cf cours
*** 3. Syndrome inflammatoires chroniques (fer séquestré)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: syndrome-inflammatoires-chroniques-fer-séquestré
:END:
- Infection, cancer, maladies inflammatoires chroniques..
- Rétention fer dans les macrophages, sécrétion cytokine (bloque
progéniteur érythroïde)
- Anémie normo- puis microcytaire, /ferritine normale/augmenté/ (diminue
l'inflammation en séquestrant le fer pour diminuer le stress oxydant)
- traitement = celui de l'inflammation
*** 4. Causes rares
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: causes-rares
:END:
Myélograme et perls, étude génétique:
- anémie sidéroblastiques constit (hème)
- génétique rare : acéruloplasminémie, atransférrinémie congénitale,
déficit DMT1+++
** Myélome
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: myélome
:END:
- prolifération plasmocytaire maligne avec soit une Ig entier soit une
chaîne légère libre
- Rare chez sujet jeune (âge médian 70ans)
- Conséquences de la prolifération tumorale
- activation ostéoclastes -> hypercalcémie, fragilisation os
- suppression hématopoièse normale (GR)
- déficit immunitaire humorale (hypogammaglobulinémie car plamocytes
normaux sont inhibé par clone)
- rénal: accumulation de chaînes légères libres/Ig entière
(néphropathies à cyclindre), hypercalcémie+++
- prolifération: B puis moelle (MGUS -> myélome) puis sang (leucémie
aigüe à plasmocytes)
- formes biologiques :
- Ig monoclonaire entières (surtout IgG) 80-85%
- chaîne légère libre isolée
- non sécrétant
- autres: plasmocytome solitairee, leucémie à plasmocytes (pronostic
sombre)
*** Diagnostic (2014)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-2014
:END:
- {plasmocytes médullaires > 10% ou plasmocytome extramédulaire} et 1
parmi
- signes CRAB (hyperCacémie, insuffisance Rénale, Anémie, Bone)
- nouveau marqueur
- plasmocytose médullaire clonale >= 60%
- chaine légres impliquée/non impliqué >= 100
- > 1 lésion focale IRM
NB:
- myélome indolent : pas de CRAB, pas de nouveau marqueur et {IgG/IgA
>= 30 ou dans les urines >= 500mg/24hou plasmocytose médullaire
entre 10 et 60%}
- MGUS : tout négatif (pas de CRAB, pas de marqeur, Ig < 30,
médullaire < 10%)
*** Pronostic et traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pronostic-et-traitement
:END:
- myélome multiple = incurable
- score ISS
- réponse au traitement : disparation monoclonale, plasmocytaire
monoclonaires
- surveillance : EPS +/- dosage chaine légère
*** Bilan initial
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bilan-initial
:END:
- EPS (pic β, γ ou α; ou hypogamma isolée [suspicion chaine légre
monoclonale]
- immunofixation
- chaînes légres libres κ et λ sérum
- uraines 24h: EPS et immunofixation: chaîne lére monoclonaire
(protéinuire Bence-Jones)
- hémogramme (hémoaties en rouleau [hyperprotidémie], anémie
normochromoe, normocytaire, arégénératives)
- myélogramme
** Polyglobulie de Vaquez
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: polyglobulie-de-vaquez
:END:
Diagnostic : A1 + A2 + {A3 ou B}
A1 : Hb > 16.5 (16 femmes) ou Hct > 0.49 (0.48) ou masse globulaire
totale > 125% A2 : biopsie méudllaire : hypercellularité, panmyélose,
mégacaryocytes mature pléiomorphe A3: mutation JAK2 (V617F) B :
diminution EPO
NB: on peut éviter la biopsie osseuse si Hb > 18.5 avec JAK2 et EPO mais
elle permet de voir une fibrose initiale (permet de dépister
myelofibrose)
Risque :
- vasculaire (court terme) : thromobse art/vein, hémorragie (!)
- hémato (long terme) : myélofibrose, myélodysplasie, leucémie aigue
Traitement :
1. aspirine/saignée
2. si haut risque : hydroxyurée ou ropeginterferon
** Thrombocytose
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thrombocytose
:END:
*** Fausses thrombocytoses
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fausses-thrombocytoses
:END:
Séparation GR
- plaquette se faire sur la taille -> éléments de grande taille peuvent
être comptées comme plaquettes par excès
- hématies fragmentées : scitzo, microcytes (brulûres sévères font
éclater les GR) -> sysmesx en fluorescence est censé les différencier
- fragments cytopaslmes de leucocytes (blastes, lymphome)
- cryoglobuline, cryofibrinogène
- lipides : hyperlipédmie, prélèvement près d'une perfusion lipides
(formation de "micelles" lipidiques perturbant la numération)
- bactéries, candida
** Thrombopénie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: thrombopénie
:END:
- < 150G/L
- Périphérique : mégacaryocytes normaux/éleves,
destruction/consomation/séquestration
- Central : mégacaryocytes diminuné, congénital/acquis
- Myélogramme non obligatoire
*** Central
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: central
:END:
- défaut de production (qualitatif/quantitaf): aplasie, carence B9, B12,
alcool, médicament, radiot
- envahissement : LA, lymphome, myélome, LLC, LMC, métastases
*** Constit (rare)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: constit-rare
:END:
- nénat, enfance, adulte
- dysmorphie, cardiopathi, IR, surdité, cataracte, anomalie osseuse
- pas/peu de réponse au traitements
- signes hémorragiques inconstants
*** périphérique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: périphérique
:END:
- destructio immuno:
- PTI (cf plus loins)
- médicaments (vanco, pénicilline+++)
- infection : virus (VIH, hépatite B/C, MNI, CMV, dengue), palu,
sepsis grave
- lupus, SAPL
- thyroïde (Basedow, Hashimoto)
- hémato : Biermer, AHAI, lymphome, lymphoïde chronique
- allo-anticoprs (purpura post-transfu, foetal/néotal)
- consommation:
- CIVD : TPdiminué, TCA augmenté, fibriongne diminué, D-dimère
augmenté -> choc, obstitqiu, *LAM3*
- microangiopathie thrombotique: anémie hémolytique, /schizocyte/ ->
SHU, PTT, HELLP (hemolysis, Elevetad liver enzym, Low Platelet )
- trouble de la répartition : hypersplénisme (séquestration) ,
transfusion massive, cirrhose, grossesse (dilution)
- secondaire
*** PTI
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pti
:END:
- Enfant : contexte viral, plaquette < 5G, /numération et frottis RAS
par ailleurs/, pas d'antécédent
- myélogramme inutile
- Adulte = élimination (myélogramme)
*** Démarche
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarche
:END:
Confirmer
- < 150G
- frottis pour éliminer fausse thrombopénie, sous-estimation (plaquette
de grande taille)
- recherche microcaillot
Cherche schizo (MAT), hyperlympho (viral), neutropénie/anémie (central),
cellules anormales (blastes)
*** Fausses diminution :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fausses-diminution
:END:
- agrégabilité
- des plaquettes entre elles (surtout EDTA probablement par exposition
d'un site antigénique normalement caché avex ) -> frottis
- des plaquettes autour des neutrophiles (EDTA) : rare, signification
clinique non connue
- agrégats mixtes plaquettes/neutro (EDTA) : rare, /in vitro/ ->
frottis (extrémités)
- Plaquettes géantes ( > seuil les différenciant des GR) -> frottis,
canal optique
- pé-ana : perfusion, coagulation partielle, tube pas assez rempli (trop
d'anticoagulant), trop rempli (difficulté d'homogénéisation), trop
vieux (démarrage de la coagulation)
*** Examens systématiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: examens-systématiques
:END:
- NFS sur tube citraté si date
- frottis
- EPS
- séro VIH, VHB, VHC
- bilan hépatique
- anticorps antinucléaire
- créatinine, hémature
- TP, TCA, fibrinogne
- groupe sanguin, RAI si sévère # Hémogramme
** Lymphocytes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lymphocytes
:END:
- Pancytopénie :
- périphérique : hypersplénisme, hémodilutation (auto-immun)
- central :
- moelle riche : carenceB12/folates, syndrome d'activaition
macrophagiques, myélodyspasie, envahissement (leucémie, lymphome)
- moelle pauvree : aplasie (chimio, parvoris B19, Fanconi),
myélofibrose
- Hyperlymphocytose : enfant = coqueluche, viral. Adulte = LLC,
lymphoprolifératif autre
- Lymphopénie :
- iatrogène (immunosuppresseur, lithium, cortico),
- viral, VIH
- cancer, lymphome, radiothérapie
- auto-immun : lupus, sarcoidose
- IRC
- Polynucléose neutrophile
- physiologique (grossesse, effort, post-op)
- infection bactérienne
- inflammation chronique
- nécrose tissulaire aigüe
- iatrogène : corticoïdes, lithium, splénectomie
- hémopathie avec myélémie
- tabac
- cancer
- Neutropénie (< 0.5 G/L)
- centrale
- iatrogène
- infection : typhoïde, brucellose, hépatite virale
- aplasie, hémopathie malignes
- périphérique : hypersplénisme, trouble margination
- Monocytose (> 1G/L)
- réactionnelle : infection, inflammation (cancer..), régénération
médullaire
- primitive : leucémie myélomonocytaire chronique/juvénile, leucémie
aigüe monoblastique
- Myélémie : > 2%
- transitoire : infection grave, hémolyse, régénération (hémorragie,
postchimio)
- chronique : SMP, métastase médullaire
** Erythrocytes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: erythrocytes
:END:
Cf anémie, polyglobulie
** Plaquettes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: plaquettes
:END:
- Thrombocytose : inflammation, carence martiale, splénectomie/asplénie,
post-chir, SMP
- cf thrombopénie
+++ title = "COFRAC" date = 2024-01-15 +++
* Norme (version 2022, Patrick Joubaud)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norme-version-2022-patrick-joubaud
:END:
** Contexte
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: contexte
:END:
- EBMD désormais dans la norme
- Reconnaissance par pair (= qualiticien et bio)
- Un organisme par pays (en Europe)
- COFRAC = association à but non lucratif (1994) avec salariés et
personnes missionnées (400 qualité, 1400 technique)
- 4 sections dont santé humaine
- Début 2010 : ordonnance = un labo ne peut réaliser un examen de bio
médicale sans accréditation (anapath aussi) selon 15189
- Loi 2013 : 100% des examens devaient être accrédités d'ici novembre
2020
- Loi 2020 : ce ne sont pas les examens mais les lignes de portées qui
doivent être accréditées
- Ligne de portée
- découpage en domaine (bio med), famille (microbio, hémato,
biochimi-génétique), sous-domaine (biochimie, génétique, hémato,
imuno, bdr, micro) et sous-famille (pharmaco, génétique
constit+++)
- dans une sous-famille, il y a des examens avec même nature examen
et principe de méthode = ligne de portée
- ex hemato : recherche Ag (ABO) par hémmaglutination (ligne 1),
recherche anticorps par hémagglutination (ligne 2)
- il peut y avoir plusieurs examens : ex en HLA où il y a plusieurs
techniques (recherche anticorps HLA, phénotypage, HLA, crossmatch)
- pour chaque ligne, il y a un examen représentatif (arrêté 2021)
- Date limite dépôt demande accréditation : novembre 2021
** Nouvelle version = 2022
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nouvelle-version-2022
:END:
- transition : début évaluation octobre 2023 - fin mai 2025
- envoyer SHFORM 03
- envoyer plan de transition = analyse d'impact du changement
** Chap. 4 = exigences générales
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chap.-4-exigences-générales
:END:
- Impartialité :
- objectif, pas de conflit d'intérêt ->
- pour personnel, direction+++
- menaces : intimidation du fournisseur, manque d'objectivité
(patient), pas d'indépendance pour audit
- analyse de risque à faire
- actions: signer document
- Confidentialité : personnel interne, mais aussi pour le directeur, SAV
externe labo (signature contrat)
- Coût des examens à charge du patient
** Chap. 5 : structurel et gouvernance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chap.-5-structurel-et-gouvernance
:END:
- Directeur labo : peut déléguer mais à documenter. Garde la
responsabilité ultime
*** Prestation de conseil
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prestation-de-conseil
:END:
- par le biologiste
- clinique, interprétation selon contexte, communiquer les bons
résultats
Prescription :
- Loi : examen de biologie médicale sur une prescription avec des
éléments cliniques pertinents
- Loi (2010) : peut faire d'autres examens que ceux prescrits ou une
partie (sauf si prescription claire)
- Maintenant : n'a plus à en informer le prescripteur
- Loi : Il faut être le plus économe dans les ajouts
Pré-analytique
- non-conformité : majeur = non fait (problème d'identité en hémato),
mineur = attente jusqu'à régularisation (heure du prélèvement en
hémato), minime = fait sans correction
Analytique
- ex: recherche agglutinine froide (cyanose des extrémités+++) :
- si absence de renseignement, Coombs direct en 1ere intention. Si
positif C3D, recherche agglutinines froides.
- basé sur bibliographie
- ex: RAI si daratumumab (interférence) = traitement par DTT
Post-analytique : interprétation, communication résultat
- notamment examens urgents (ex: groupe sanguin rare)
Traçabilité : compte-rendu, fiche-individu (EFS), mail, entretien
téléphonique
** Chap. 6 : matériel, main-d'œuvre, personnel
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chap.-6-matériel-main-dœuvre-personnel
:END:
Revue périodique des procédures mises en place
** Chap 7 : processus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chap-7-processus
:END:
Préanalytique : commence avec la /prescription/ puis recueil données +/-
consentement, prélèvement du patient, transport, réception, prélèvement,
transport, réception, prélèvement
- Prescription :
- demande acceptée = contrat
- que faire si prescription orale
- examens complémentaires = demande écrite non obligatoire
- délai acceptable pour ajout
- absence de renseignement cliniques : le laboratoire doit les
rechercher
Analytique
- fait selon recommandations fournisseur ou publié dans une revue
scientifique (portée A) -> vérification de méthode
- écrire la procédure définissant les performances que l'on doit être
capable d'atteindre
- étendue de la vérification suffisante d'un point de vue clinique
- ou faite maison (portée B) -> validation de méthode
- à justifier (besoin des patients, marché)
- ex de l'IH de l'EFS à Besançon (utilisation de tubulure de donneurs)
Vérification (portée A)
- Répétabilité : évolution d'un CIQ sur une journée (évolution du
coefficient de variation) -> comparé par celui donné par le
fournisseur ou sinon avec RICOS (publications)
- Reproductibilité : jour/condition différente avec un CIQ -> idem
- +++ cf GH GTA04 https://tools.cofrac.fr/documentation/sh-gta-04
- moyenne +/- 2DS sur une population de référence (95%) -> attention :
si on prend une population de donneur de sangs, sont légèrement
carencés
Validation méthode (portée B)
- si méthode maison, ou en dehors périmètre prévue
Garantie qualité : CIQ, EEG, comparabilité des résultats (si différente
méthode ou machine)
** SH REF 02
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sh-ref-02
:END:
- Complète et explique la norme
- Opposable
#bacterio [[file:Chlamydia.md][Chlamydia]]
[[file:Mycoplasmes.md][Mycoplasmes]] [[Gonocoque]]
[[Syphilis]]
#biochimie #nephro Physiopathologie
- Sténose de l'artère rénale : rein hypoperfusé => activation du système
rénine angiotensine => augmentation rénine et par conséquent
aldostérone, hypokaliémie
- Coarctaion de l'aorte : hypoperfusion => activation du système rénine
angiotensine
- Phéochromocytome : tumeur de la médullosurrénale => produit
(nor)adrénaline
- Adénome de Conn : tumeur des surrénale => produit aldostérone =>
hypokaliémie et diminution rénine en réaction
- Syndrome de Cushing : compliqué mais augmentation résistance
vasculaire et du débit cardiaque => aldostérone, rénine basse
- Acromégalie : rétention de sodium, expansion volémique
- Hyperthyroïdie : augmentation volume sanguin, débit cardiaque
* Cecil-goldman
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cecil-goldman
:END:
** 147 Hematopoiese
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hematopoiese
:END:
Clinique : EPO et facteur de croissance "safe" pour anémie en cas d'IR,
chimio... mais attention au risque de dialyse, rémission de cancer
TPO non car anticorps entraînant thrombopénie! Plutôt des molécules
stimulant le récepteur. Semblent modifier le système immunitaire avec
arrêt ttt. Indication : immuno thrombopénie, ou secondaire ttt
interféron VHC
** 148 peripherical blood test
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: peripherical-blood-test
:END:
** 149 Anemia
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: anemia
:END:
Diminution volume GR
GR délivre oxygène des poumons vers tissus et rapatrie CO2. 120j durée
de vie
hématocrite (calculé) : nombre de GR x volume corpusculaire moyen
Concentration hemoglobin : mesuré donc préféré en clinique
*** Physiopathologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: physiopathologie
:END:
Affinité de l'hémoglobine pour O2 est diminué si anémie, hypercapnie,
hyperthermie : O2 plus facilement relarge tissus
anémie sévère : organes importants sont privilégiés par rapport
périphérie
hémoglobine : 2 chaînes \alpha et \beta. Fer sous forme Fe2+. Si Fe3+
méthémoglobine (ne peut plus capter O2). Si trop important , 02 doigt
peut être faux ! Traitement = bleu méthylène
anémie -> hypoxie rein -> EPO
*** clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique
:END:
pica, sd jambes sans repos
*** Diag
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diag
:END:
penser parvovirus si aplasie
*** 1. reticulocytes augmenté
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: reticulocytes-augmenté
:END:
**** perte de sang
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: perte-de-sang
:END:
attention : perte de sang aiguë : perte de plasma et GR donc
l'hémoglobine et hématocrite ne vont pas baisser avant remplissage/autre
**** hemolyse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hemolyse
:END:
Diminution survie des GR
Haptoglobine diminue, bilirubine augmentée
causes :
- Extérieur GR : infection, immuno, MAT, mécanique, toxique
- Deficit membrane GR (HPN, spherocyrose)
- deficit interne GR : hémoglobine (drepano), metabo (G6PD)
*** reticulocytes inapproprié
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: reticulocytes-inapproprié
:END:
- Microcytaire : deficit heme ou globine
- normocytaire : défaut production moelle, associé trouble systémique
autre
- macrocytaire : artefact (inflammation), ADN (déficit B12)
attention : déficit en fer normocytaire puis micro. Inflammation : normo
ou légèrement macro
*** Specifique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: specifique
:END:
- Origine rénale : déficit EPO. normocytaire. Ttt = EPO recombinant ou
analogue
- Atteinte hépatique : diminution survie (probablement anomalie
membrane). A noter augmentation volume sang. Macrocytaire. Cellules
cibles
- endocrino : hypothyroidism, déficit adrenal ou andro -> diminution
mécanisme basal. Éliminer autres causes avant
- grossesse : dilution. >= 11g 1er tri, 10 second
- âge : déficit folate/B12, inflammation, autre
** 349 *HPV*
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hpv
:END:
*IST la plus courante*
genital: transmission contact avec lésion
Col : 16 et 18 surtout
Cancer col (adenocarcinome,cellules squameuses) liée a infection
récurrente des HPV a risque onco
Infection = necessaire mais non suffisant (majorité infection chronique
n'en ont pas)
16 : le plus oncogene
diag : clinique avec acide acétique
traitement : plupart des lésions résolvent spontanément. Verrues : acide
salicylique. Col : selon le stade (peut résorber spontanément)
prevention : vaccin (safe, efficacité jusque 10 ans), chaussettes,
préservatif
#biochimie
** Naissance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: naissance
:END:
2 sources
- synthèse à partir des rayonnements UV sur la peau et d'un stéroïde
- alimentation (vitamine D2 [végétal] et D3 [animal])
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
1. Accumulation dans le foie
2. première hydroxylation conduit à 25-OH-vitamine D (calcidiol).
3. Transport via le sang dans le rein puis une seconde hydroxylation
rein conduit à 1,25-dihydroxy vitamine D (calcitriol = forme active
de la vitamine D)
Le calcidiol est peu controlé mais la seconde est régulée par la PTH et
phosphatémie :
- augmenté par PTH, hypophosphatémie, hypocalcémie (via PTH)
- inhibé par hyperphosphatémie, hypercalcémie
[[../images/biochimie/vitaminD.png]]{#vitamine D}
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
Dégradation par oxidation/hydroxylation et excrétion dans les
urines/selles
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
Calcitriol:
- stimule l'absorbtion intestinale du calcium et phosphose
- os: favorise la minéralisation (en augmentant la calcémie)
- rein : stimule la réabsorption tubulaire du phosphore et calcium
- diminue PTH
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
- 25-hydroxy-D = forme circulante prépondérante. Reflète les réserve ->
dosé si possibilité de carenc
- 1,25-dihydroxy-vitamine D (calcitriol) = ne reflète *pas* les stock :
réservé à une anomalie de 1-α hydroxylation
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
#biochimie # Description
Il s'agit d'une technique de photométrie en milieu trouble. Elle mesure
la diminution de l'absorbance d'un rayon lumineux de longeur d'onde
connue au travers de la solution. Les particules en solution vont
diffuser le rayon lumineux et ce, en fonction de la concentration de la
solution et de la taille des particules.
La turbidimétrie mesure la lumière transmise, alors que la néphélométrie
mesure la lumière diffusée par l'échantillon.
En immunologie, les antigènes à doser vont être mis au contact
d'anticorps créant des complexes antigènes-anticorps. Ces complexes vont
être analysés de la même manière.
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- Rapide
- Simple à mettre en oeuvre
- Non invasif pour l'échantillon
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- Meilleure sensibilité avec la néphélométrie
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
- Hémolyse, ictère, lactescence
- Anticorps hétérophiles, cryoglobuline, facteur rhumatoïde
- Excès d'antigène : les complexes antigène-anticorps se dissocient
(effet "crochet")
- lipoprotéine, fibrine
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
| Inflammation | Dénutrition | Immunitaire |
|---------------------+--------------+-------------|
| CRP | albumine | IgG |
| haptoglobine | pré-albumine | IgM |
| /α/2-macroglobuline | RBP | IgA |
| complément C3 | | C3 |
| orosomucoïde | | |
| transferrine | | |
| albumine | | |
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
Sérum.
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
Normalement, il y a autant d'anions que de cations. En pratique, tous
les électrolytes ne sont pas mesurés donc le TA (trou anionique) est de
16 ± 4 mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
C'est un paramètre calculé selon \([Na]^+ [K]^+ - [Cl]^- - [HCO_3]^-\)
NA, K et Cl sont mesuré par une électrode sélective d'ion.
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- hémolyse sur le potassium
- pseudohyponatrémie si lipidémie
- pseudo hypo/hyper-natrémie selon le taux de protides
- chlore augmenté pour patients sous perchlorate
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
Le trou anionique permet d'orienter les étiologies d'acidose
métabolique. La perte en bicarbonates est compensée soit par
- l'augmentation du chlore (TA normal)
- accumulation aigüe d'acide : intoxication (chlorure d'ammonium, HCL)
- perte de bicarbonate : diarrhées, anastomose urétéro-intestinales,
acidose tubulaire proximale
- diminution de l'excrétion rénale d'acide : acidose tubulaire distale
- l'augmentation d'un autre anion indosé (protéines plasmatiques,
phosphase, sulfates...) donc TA augmenté > 20mmol/L)
- accumulation aigüe d'acide : acidose lactique, acidocétose,
intoxication au méthonal, éthylène glycole
- diminution de l'excrétion rénale d'acide : insuffisance rénale
#bacterio #ist /Treponema pallidum/
** Primaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: primaire
:END:
- transmission sexuelle
- incubation 10-90 non contagieuse
- *chancre* ulcération en général unique, base indurée, fond propre, non
douloureux (organes génitaux, ORL, anal)
** Secondaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: secondaire
:END:
- dans l'année
- latente précoce = asymptomatique
- symptomatique = secondaire : succession d'éruption cutanées +/- neuro,
oculaire mais *grande simulatrice*
** Tertiaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tertiaire
:END:
- latente tardive = asymptomatique
- tertaire = tous les organes, grandes diversité
** Diagnostic biologique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-biologique
:END:
- *état frais* (pas de coloration)
- *non colorable au gram*, bacilles hélicoïdaaux moblise
- *non cultivable*
- *sérologie*
- classique (TT ou TPHA) = anticorps contre une protéine de membrane
(TPHA, imunmuno-enzymatique) = spécifique mais cicatrice
sérologique...
- non spécifique (TNT = non trépnoméique ou VDRL): antigène de type
phospholipdes (membrane mais aussi mitochrondries) par
agglutintation -> infection active mais *peu spécifique*
| | TT+ | TT - |
|------+----------------------------+--------------|
| TNT+ | active ou récemment traité | faux positif |
| TNT- | traité et guérie | trop précoce |
** Cas particuliers
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cas-particuliers
:END:
- dépistage 1er trimestre de la grosses (dramatique foetus)
- neurosyphilis : PCR (passage naturel IgG spécifique donc le test
classique a peu d'intérêt)
#bacterio Infections graves = /pyogenes/, /pneumoniae/. Commensal mais
opportunistes (immunodépression) : oraux (*endocardite*, SDRA)
*** Classification
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: classification
:END:
- Hémolyse : α partielle, β = totale.
- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne
(polyoside C) avec mise en évidence de l'antigène par agglutination.
En première approximation :
- α-hémolyse = non-groupable
- /pneumoniae/ résistance par chimérisme PLP (acquis)
- autres anginosus, mitis, sanguinis, bovis, salivarius, mutans
- β-hémolyse = groupable. Les plus importants
- Groupe A = S. pyogenes.
- Groupe B = S. agalactiae
- C : /dysagalactia/ (rarement /equi/)
- G : /dysgalactia/, /canis/
/Note/: certaines sous-espèce de Lancefield peuvente être
alpha-hémolytique
*** Résistances
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistances
:END:
- α-hémolytique : dépistage disque péniG: si résistant, CMI d'une
β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)
- *β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine*
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité
diminuée)
- pas de β-lactamase
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification
cible++, efflux, protection ribosomale
- glycopeptide, linézolide : pas de résistance
*** Classification d'Ambler
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: classification-dambler
:END:
A. BLSE
- résistance pénicilline, C1, C2, C3G
- sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
- détecté par ceftazidime + acide clavulanique
B. Métallo-beta-lactamases
- résistance comme B. + carbapénème
C. ampC céphalosporinase
- résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
- sensible carbapénème
- détecté céfoxitine
D. oxacillinase
- sensible β-lactamase
*** Streptococcocus pyogenes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: streptococcocus-pyogenes
:END:
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée,
accouchement.
1. Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l'invasion
tissulaire)
- exotoxine : activation et prolifération d'une sous population
lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
- Streptolysine = hémolyse β-complète
- toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
2. Habitat
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin+++ Pyogène =
responsiable d'infections suppurées
3. Clinique
- non invasive = *angine* érythémateuse/érythémato-pultacée, otite
moyenne aigüe de l'enfant, scalratine, infection cutanée
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc
toxique streptococcique
- complications post-streptococciques (rare) = immunologique :
- rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
4. Diagnostic
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance optochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -
5. Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d'efflux,
modiifcation cible ARN23S
*** Strepto agalactiae
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: strepto-agalactiae
:END:
-Pathogène n.1 des *infections materno-foetales* des pays développement.
- périphérique = infection probable
- dans le sang ou lCR = infection certaines
- Mortalité 10%, séquelle 20-30%
1. Bactério
- c+ diplococque/chaînette
- aérobie-ana facultative
- catalase négative, *β-hémolytique*
- groupe B lancefield
2. Pathogènicité
- commensale digestif, génital 10-30%
- adulte : infection sujets à risque
- grossese : chorioamniotite, endométrite
- nouveau-né: infection néonat précoce <7 j, tardive > 7 jour
- transmission : sang (mère avec bactériémie -> enfant), vaginal (+/-
rupture membrane)
- 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
- pneumopathie
- septicémie, méningite (20%)
3. Résistance
- *Naturellement sensible β-lactamine* = 1ere intention
- Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
- 30% macrolide et clinda
4. Diagnostic
- Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
- Mère : hémoc si > 38°, PV
- ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec < 24h
habituellement)
- MALDI/sérogroupage de lancefield
- PCR possible (LCR++, respi)
5. Prévention
- Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -> antibio si +
- ATB per-partum péni-G/amox
- note: l'antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais
seulement pour les infections avant 7 jours)
*** Strepto. pneumoniae
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: strepto.-pneumoniae
:END:
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
1. Habitat
Voie respiratoire supérieure Transmission goutelette, interhumaine
2. Pathogénicité
- adhérence cellules épithélium rhinopharynx
- facteurs de virulence non capsulaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
3. Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d'ulitiser les inhibiteurs de
betalactamase)
- sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
- Gènes mosaïque avec PLP chimérique
- 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité diminué
pénicilline)
4. Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe,
bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d'un foyer pulmonaire
#bacterio ### Résistances
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative >> aureus) via
- la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) [= zone génomique
comprenant /mecA/ qui code pour la protéine PLP2a
- Nouveau gène mecC: code PLP2c
- S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK) : modification
de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
- phénotype MLS_{B}: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique =
5% SAMS mais 80-90% SARM)
- glycopeptide : exceptionnel
*** Staphylococcus aureus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: staphylococcus-aureus
:END:
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non
sporulé
1. Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
- *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi
bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la
phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole
septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S.
epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* :
- leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique
dermonécrotique
- toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation
lymphocytes T)
- exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
- entérotoxines thermostables -> TIAC
2. Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement
(vêtements+++)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané
(aisselles)
3. Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
- LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
- TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou
cutanée
- exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
- entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
- cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou
profondre (abcèse, fasciite)
- bactériémie, endocardite
- infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie,
neuroméningées (abcès)
4. Diagnostic
- Culture : non exigeante
- gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
- Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
- catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à
coagulase négative)
5. Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l'hôpital
- β-lactamines :
- phénotype sauvage sensible
- pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g):
résistance pénicilline G, V, A -> ajout d'inhibiteur de
β-lactamase
- SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les
β-lactamines *et imipénème*. Souvent multirésistance aminoside,
macrolide, fluoroquinolonie
- vancomycine en 1ere intention
- C4G possible mais pas en france
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation
enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec
sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
6. Traitement habituellement actifs
oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
*** Staphylococcus non aureus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: staphylococcus-non-aureus
:END:
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l'hôpital : matériel (prothèse,
valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S. ludgunensis
(infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
1. Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre
de masse/biochimiue
- Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
#biochimie # Description
La spectrophotométrie mesure de manière quantitative l'absorption de
composé colorés au travers d'un matériel en fonction de la longueur
d'onde. On calcule l'absorbance \(A_\lambda\) qui va être le logarithme
en base 10 de l'intensité de lumière incidente sur la lumière transmise,
qui peut également s'écrire selon la loi de Beer-Lambert en fonction de
la concentraction \(c\) du soluté en solution :
\[A_\lambda = \epsilon \times c \times L\] où ϵ est une constante
dépendant de la température, longueur d'onde, solvant et soluté, \(L\)
la longueur de la cuve.
En biochimie, on va s'intéresser aux longueurs d'ondes UV et dans le
domaine visible soit \(100-800 nm\).
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- facile à mettre en oeuvre
- spectre d'application large en biochimie
- ne modifie pas l'échantillon
- permet de mesure une concentration ou une activité enzymatique
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- sensible à la lumière
- sensible aux modifications de l'absorbance de l'échantillon (impureté,
température...)
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
Une autre substance absorbant à la même longueur d'onde va modifier le
dosage. Pour l'hémolyse, ictère et lactescence, il y aura une
surestimation.
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
| Colorimétrique | Enzymatique (absorbance propre) | Enzymatique (cofacteur) | Synthèse d'un colorant |
| albumine | acide urique | Urée | Cholestérol total |
| bilirubine conjuguée, non conjugée) | phosphatase alcaline | ammoniac | HDL |
| calcium | γ-GT | ALAT, ASAT | LDL |
| créatine | lipase | CPK | Tryglycérides |
| fer | α-amylase | LDH | |
| magnésium | | Glucose | |
| phosphore inorganique | | Lactates | |
| | | Bicarbonate | |
| | | Ethanol | |
#bacterio - Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time Of Flight -
bombardement du dépôt par un rayonnement laser, séparation des ions et
tdétection (tube de vol sous vide) - sensibiiilté 95%, spécificité 98% -
temps d'analyse court, analyse simple, petit volume
#+begin_example
Limites:
- mauvaise identification : **strepto pneumoniae/mitis-oralis** \[acide formique\], **escherischia coli/shigelli**, espèce pour citrobacter, enterobacter
- identification difficile sur certains milieu, impossible si colonie non pure
#+end_example
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
Cation extracellulaire le plus abondant
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
Régulé par les rein. Une très faible partie est éléminée par les peau.
L'aldostérone et l'ADH modifient, via le rein, l'équilibre du sodium
(réabsorption de sodium et d'eau respectivement)
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
135-145mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Potentiométrie
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- tube approprié (interactions anticoagulants autre)
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Hyponatrémie :
- hypertonique : hyperglycémie majeure, intoxication méthanol/éthanol
- hypototonique :
- osmolalité urinaire diminuée : polydipse
- sinon: excès relatif en eau (d'origine rénale ou non), excès d'eau
pur (SIADH, hyperthyroïdie, hypocortisolisme), excès d'eau > excès
de sodium (insuffisance cardiaque, syndrome néphrotique, cirrhose)
- Hypernatrémie : déficit en eau > déficit sodium (origine rénale ou non
[sueurs, pertes digestives]), déficit en eau (diabète insipide, pertes
extra-rénale), gain en sodium > gain eau (apport excessif NaCl)
** Pseudomonas aeruginosa
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pseudomonas-aeruginosa
:END:
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides *Opportuniste*
: 10% des infections en hospitalisation
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine Facteur
d'adhésion Forte capacité à former des biofilms
*** Quand réaliser un antibiogramme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: quand-réaliser-un-antibiogramme
:END:
- suspicion responsable d'infection
- colonisation de patients fragile (ID, intbués)
- pulmonaire isolé de patients muco, BPCO, DDB
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-1
:END:
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier
les 2
*** Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance
:END:
Naturellement plus résistante que d'autres Bacille gram -
- Catalase positif - lactose négatif
1. Résistance naturelle :
- amox
- C1G, C2G, *céfotaxime* (/! utilisé pour mécanisme/), ceftriaxone,
*ertapénème*
- anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
- cotrimoxazole
- nitrofurantoine
- macrolides
- azithromycine
Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
- β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
- enzyme modificatrice aminoside
- effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
- imperméabilité (porine OpriF)
2. Résistance acquise
- Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine+++
- gène codant β-lactamase
- Attention: certaines souches accumulent des résultats
- β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase
Quand chercher BLSE ?
- synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
- synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide clavulanique
Quand chercher carbapénémase ? (> 90% cabarpénème)
3. Antibiotique
- β-lactamine:
- ceftazidime +/- avibactame
- ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
- céfépime
- ceftolozane + tazobactame
- imipénème, méropénème
- Aminoside
- FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
- colistine
#bacterio # Prélèvement vaginal
Score de Nugent =
- flore normale = prédominance lactobacilles +/- autres bactéries en
petite quantité
- flore intermédiaire = lactobacille peu abondant + bactéries en petite
quantité => altéré mais pas de vaginose
- vaginose = pas de lactobaccile, flore anaérobie abondante et
polymorphe
* Urines
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: urines
:END:
- Milieu de jet pour ECBU
- 1er jet pour IST
* Infection due à une bactéries
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: infection-due-à-une-bactéries
:END:
- IST: urine premier jet (homme), écouvillon vaginal (femme) ->
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae (PCR)
- Tuberculose : sécrétions respiratoire => recherche Mycobacterium
tuberculosis
- diarrhée aigüe : sello -> C. difficile toxinogène, Yersinia
enterocolitica
* Prévention
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévention
:END:
- Materno-foetale : écouvillon vaginal => strepto groupe b (S.
agalactiae), Eschericia coli 1
- Staph aureus résistant méticilline : écouvillon nasal/aisselle,
inguinale, anal
- entérobactérie productrie de BSLE/carbapénémase/résistant vancomycine
ou glycopetite : écouvillon rectal
* Diagnostic indirect (serum)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-indirect-serum
:END:
- brucellose : rose Bengale, sérodiagnostic de Wright
- syphilis : TPHA
- Lyme : sérologie
- infection tuberculeuse: stimulation des lymphicates par des antigene
(interferon gamma release)
#bacterio
** Proteus mirabilis
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: proteus-mirabilis
:END:
- Bacille gram négatif, *mobile*, oxydase négatif, nitrate-réductase
positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut
niveau, carbapénémase
#biochimie # Description
Deux électrodes sont plongées dans la solution pour laquelle la
concentration est recherchée. Une électrode est saturée et sert de
référence. La seconde est à membrane de verre et va permettre le passage
des ions en solution. Ce déplacement va induire une différence de
potentiel par rapport à l'électrode de référence. Cette différence
permet de calculer la concentration avec la loi de Nernst:
\[ E = E^0 + \frac{0.006}{n} \log{\frac{\textrm{Ox}^a}{\textrm{Red}^b}}\]
selon la réaction d'oxydoréaction
\(a \textrm{Ox} + n \textrm{e}^{-} \longleftrightarrow b \textrm{Red}\)
Il faut une électrode sélective pour chaque ion dosé
(\(\textrm{Na}^{+}\), \(\textrm{K}^{+}\) , \(\textrm{Cl}^{-}\)).
La potentiométrie *directe* va mesurer directement dans le volume de la
solution. La potentiométrie *indirecte* va s'effecture sur volume
plasmatique, qui va être dilué à 1/10e. # Points forts
- peu coûteux
- facile d'utilisation
- précision
- rapide
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- une électrode par type d'ion est nécessaire
- certains ions peuvent passer la membrane malgré la sélectivité
- en cas de solution très concentrée, la concentration mesurée à la
membrane peut être sous-estimée
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
Pour la potentiométrie indirecte, il y a un risque de
pseudo-hyponatrémie en cas d'hyperprotidémie ou hyperlipidémie. En
effet, le volume plasmatique contient alors moins d'eau et plus de
lipides/protéines. La concentration est mesurée sur le volume
plasmatique mais rendue sur l'eau plasmatique. Le volume d'eau
plasmatique étant diminué, la concentration sera donc sous-estimée.
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
| Indirect/direct | Direct |
|-----------------+----------------|
| Kaliémie | Brome |
| Natrémie | Calcium ionisé |
| Chlorémie | |
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
Principalement cation intracellulaire. Il sert à maintenir le potentiel
de membrane cellulaire dans les tissus neuromuscualaire. Il est donc
nécessaire à la contraction musculaire.
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
Apport par l'alimentation. Excrétion rénale majoritaire, et dans les
selles Une partie est réabsorbée par le rein.
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
3.5 - 5.1mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Potentiométrie
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- hémolyse
- erreur de tube (hépariné++)
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Augmentation : insuffisance rénale, diurétique, maladie hémolytique,
écrasement musculaire, acidose, déficit en aldostérone, excès
d'insuline
- Diminution : perte gastro-intestinale, insuffisance d'aport,
diurétique, alcalose, aldostérone, insuline
#biochimie ## Intérêt (Guyton)
Régulation fine calcémie
- contraction musculaire (squelettique, cardiaque, muscle lisse)
- coagulation
- transmission nerveuse
Hypocalcémie= hyperexcitation (tétanie, épilepsie) car augmentation la
perméabilité membrane neuronale au sodium Hypercalcémie= hypoexcitation,
** Calcium
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calcium
:END:
*** Métabolisme calcium
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: métabolisme-calcium
:END:
99% squelette
Calcémie totale =
- no diffusible (40%) liée aux protéines (surtout albumine)
- diffusible = calcium ionisé (50%) [=biologiquement active] + calcium
complexé (10%) [sels de phosphate, oxalate, citatre, bicarbonate]
/NB: calcémie diminue avec le pH/ Rénal: Ca^{2+} et calciul soluble no
ionié est filtré mais la quasi-totalité est réabsorbé
[[../images/biochimie/calcium.png]]
*** Régulation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: régulation
:END:
PTH = hypercalcémiant
- stimulée par le phosphate
- inhibée par le calcitriol
[[../images/biochimie/pth.png]] Vitamine D = hypercalcémiant
- absorption intestinale
- résorption osseuses
- rétroncontrôle négatif PTH
[[../images/biochimie/vitaminD.png]]{#vitamine D}
calcitonine = effet opposé PTH mais moindre
*** Résumé
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résumé
:END:
1. Os = 1ere ligne de défense via des sels de calcium dans les os
(0.5-1%)
- hypercalcémie -> dépôts de ces sels
- hypocalcémie -> asbsorption 50% de l'excès de calcium peut être
absorbé en 70%
Mitochondriea (foie, intestant) = tampon additional
2. Hormonal : diminution PTH dans 3min après hypercalcémie, augmentation
calcitonine
** Phosphore
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phosphore
:END:
*** Métabolisme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: métabolisme
:END:
85% os Le phosphore sanguin = 90 hématies. Dans le plasma :
- organique (15%) = phospholipides
- minérale = ions de l'acide orthophosphorique
Élimination selles et surtout dans les urines (réabsorbtion partielle
dans le tubule proximal) Régulation = équilibre absorption intestninale,
réabsorbtion rénale, échange os <-> extracellulaire
- FGF-23 = augmente excrétunio urinaire
- diminue réabsorbtion rénale
- synthèse calcitriol
- stimule inactivation calcitriol, 25-OH-D
** Magnésium
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: magnésium
:END:
nécessaire à la sécrétion de PTH par parathyroïde
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
référence = calcium ionisé mais augmenté si acidose, diminué si
hypophosphatémie
- Hypo/hypercalciméie : dosier calcémie, et phosphate
- fragilité osseuse/lithiases rénale/néphrocalcinose : calcémie,
phosphatémie, créatininémie, PTH, 25OH vitamine D, calciurie 24h
*** Calcémie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calcémie
:END:
- à jeun
- très sensible à l'albumine : plusieurs formules (imparfaites)
- corrigé = total + 0.02 × (4*-albuminémie) si albuminémie < 40g/L
- liaison Ca^{2+} - albumine fortement dépendant du pH (proportionnel)
*** Calciurie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calciurie
:END:
- à adapter selon le poids, apport (alimentaire + médicament)
- plus élevée chez femmes ménoposée
*** Calcium/créat urinaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calciumcréat-urinaire
:END:
= dégradationosseuse
*** Phosphate
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phosphate
:END:
0.80-1.45mmol/L chez l'adulte hémolyse = augmentation phosphotaes (GR
riches en phosphase)
Capacité du rein à réabsorber le phosphate
- Taux de réabsorption du phosphate = 1 -
\frac{phosphaturie \times créatininémie}{phosphatémie \times créatininurie})
- TmP/DFG = seuil maximum de rabosorption du phosphate -> calculé à
partir du TRP, phosphatémie et abaque
*** PTH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pth
:END:
immunoenzymatique. ne dose pas la PTHrp
*** Vitamine D
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vitamine-d
:END:
- 25OHD =routine
- 1,2)OH_{2} D = difficulie, 2e indication
** Pathologies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pathologies
:END:
*** Parathyroïde
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: parathyroïde
:END:
1. Hyperparathyroïdie primaire
- Production inappropriée PTH.
- Fréquent, surtout féminin, asymptomatique/aspécifique
- Étiologies : adénome(s) parathyroïdes, hyperplasie autonomisée des
4 glandes parathyroïde, carcinome parathyroïdien (rare), NEM (1
surtout, 2)
- Diagnostic = biologique +/- scinti/échographie
- hypercalcémie, hypercalciuire
- +/- hypophosphatémie
- 1,25(OH)2 D + marqueur remodelage ossex
- attention: PTH peut être normale haute. On peur avoir une HPP
normocalcémique
- Diagnostic différentiel = hypercalcémie-hypocalciurie familiale
bénignie (/CaSR/, /AP2S1/, /GNA11/) : hypocalciurie relative
- Traitement : chirurgical mais non systémiatique
2. (Pseudo)Hypoparathyroïdie
- Hypoparathyroïdie = défaut synthèse PTH avec hypocalcémie, PTH
basse/normale basse, phosphatémie haute/normale haut, calciurie le
plus souven normale
- Pseudo-hypoparathyroïdie = résistance = hypocalcémie,
hyperphospatméie mais PTH élevée
- microdel chr22 (di george), chirirguie, hypomangésémie chronique
*** AVitamine D
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: avitamine-d
:END:
Surcharge
- intox vitamine D = très rares mais sévère. Génère hypercalcémie, que
le rein essaye de compenser en augmentant la calciurie.
L'hypercalcémie apparaït qand le rein est débordé 25OHd > 150ng/mL
- granulomatose (sarcoïdose): les cellulels du granulome (= macrophages
+ descendants) peuvent hydroxyler la 25OHD circulante et relarger la
1,25OH2D
- hypercalcémie, PTH basse, hypercalciurie, 25OHD normale et 1,25OHd
élevé, enzyme de conversion angiotensine élevée
- hypersensibilité vitamine D : récessive, /CYP24A1/
Carence = rachitismie, ostémalacie
- défaut d'absorption calcium, phosphore -> hypercalcémie avec
augmentation PTH -> calcium normal mais tensadance à hypophosphatémie
-> défaut de minéralisation avec élévation PAL
Également, stimulation production éranle de 1,25OHD2, mais s'arrête
quand il n'y a plus de 25OHD -> grave !
- alimntation très riche en fibres /phytate (inhibe absorption
intestinale calcium !!)
- situation de résisstance : type 1, 2, 3
*** Hyperparathyroïde secondaier IRC
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hyperparathyroïde-secondaier-irc
:END:
- PTH élevée, hyperphosatémie, hypocalcémie, déficit calcitriol
- Mécanisme : IRC ->
- diminution synthèse rénale calcitriol
- dimination absorption intestinale phosphate + calcium
- rétentation phosphates -> aumentation FGGH23 -> augmente excrétion
urinaire phosphate + diminution synthèse réranle calcitriol (cf
supra)
*** trouble réabsorbtion rénale duphosphate : diabète phosphaté
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: trouble-réabsorbtion-rénale-duphosphate-diabète-phosphaté
:END:
hypophosphatémie, calcémie normale
- rachitisme héréditaire hypophoshatémique = fuite rénale de phosphate
(Tmp/DFG bas) avec PTH normale / légèmenet élevée. Déficite relative
en calcitriol qui aggrave hypophosahtémie
- ostémolacalie tumorale hypophosathméique = production FGh23 par
dtumeux mésenchymateusebénignise : cf supra pour la biologie avec
1,25OH2D normale/basse donc inadaptée
*** tumorale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tumorale
:END:
sécrétion d'une substance analogue PTH = pepite apparénté PTH -> se fixe
sur les récepteur PTHR1 et induit effet biochimique PTH -> diminution
PTH
#biochimie # Localisation, physiologie [cite:@biomnis]
Ces enzymes permettent le passage des métabolites à travers les
membranes cellulaires. Cela se fait via une catalyse de l'hydrolyse
d'esters monophosphorique à pH alcalin, qui va libérer du phosphate. Les
isoenzymes ont la même activité et ont une spécificité plus ou moins
variables.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
L'altération de la membrane cellulaire va libérer les enzymes. Leur
répartition est variable : placenta, intestin, cellules rénales,
ostéoblastes, cellules hépatiques.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test colorimétrique. Mesure par photométrie à 450 nm de la quantité de
p-nitrophénol, qui est proportionnelle à l'activité catalytique de la
phosphatase alcaline
* Valeurs de référence [cite:@abicht2001multicenter] [cite:@estey2013clsi]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-abicht2001multicenter-estey2013clsi
:END:
| Adulte | | Âge | Garçons | Filles |
|--------+-----------+------------------+-------------+-------------|
| Hommes | 40-129U/L | 0 -- 14 jours | 83‑248 U/L | 83‑248 U/L |
| Femmes | 35-104U/L | 15 jours < 1 an | 122‑469 U/L | 122‑469 U/L |
| | | 1 -- < 10 ans | 142‑335 U/L | 142‑335 U/L |
| | | 10 -- < 13 ans | 129‑417 U/L | 129‑417 U/L |
| | | 13 -- < 15 ans | 116‑468 U/L | 57‑254 U/L |
| | | 15 -- < 17 ans | 82‑331 U/L | 50‑117 U/L |
| | | 17 -- < 19 ans | 55‑149 U/L | 45‑87 U/L |
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- gammapathie de type IgM
- hémolyse si > 200mg/dL
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- tube héparinate de lithium
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologiques : augmentation à partir de la 20e smaine de grossesses,
*augmenté chez enfants/adolescents* (activité des ostéoblastes en
croissance osseuse)
- iatrogènes : augmentation pour anticoagulants oraux, antiépileptiques,
hypogylcémiants oraux, érythromycine, ciclosporine, phénothiazine;
diminution pour hypolipémiant, corticoïdes, oestrogène
- patholoqiques :
- obésité ou malnutrition
- maladies hépato-biliaires cholestatiques
- maladies osseuse avec régénération ostéoblastique
- cholestase gravidique
- maladies intestinales (certaines)
- suivi de tumeurs des os et cancers du foie (primitifs ou
secondaires),
#biochimie
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
- libéraction de calcium à partir de l'os (ostéoclastes)
- réabsorbtion rénale calcium
- via la vitamine D : absorption intestinale
#bacterio ## Neisseria meningitidis
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
- 2 pics : nourisson < 1 an (système immunitaire immature), ado/jeune
adulte (socialisation)
- ceinture de la méningite (Afrique sahel + subusaharienne)
*** Habitat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: habitat
:END:
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par
goutelettes Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) ->
seulement souches
#biochimie Osmolalité = $2 × [*N**A*^{+}] + [Gly] ≈ 285 $ mOsm/kg
d'eau
On veut éviter que le sang ne soit trop dilué, ou on contraire pas assez
dilué.
Or les mouvements d'eau (entre le secteur intra- et extracellulaire)
vont dépendre des concentrations ! Par exemple, il y a surtout du sodium
en extra-cellulaire. Donc s'il y est très concentré, l'eau va sortir des
cellules pour équilibrer tout ça.
Comme c'est compliqué de calculer la quantité de sodium, on va regarder
sa concentration, la natrémie.
** Déshydratation extracellulaire = perte de sodium
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déshydratation-extracellulaire-perte-de-sodium
:END:
Pure si iso-osmolaire (l'eau "suit")
Étiologie :
- perte extrarénale : bonne réponse du rein donc oligurie, natriurièse
effondrée, urines concentrées
- perte rénale : pas de réponse du rein donc diurièse normale,
natriurièse élevée, urines non concentrées
** Hyperhydratation extracellulaire = excès de sodium
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hyperhydratation-extracellulaire-excès-de-sodium
:END:
Iso-osmolaire (l'eau "suit")
Étiologies : insuffisance cardiaque, cirrhose ascitique, syndrome
néphrotique surtout
** Déshydratation intracellulaire = perte d'eau
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déshydratation-intracellulaire-perte-deau
:END:
Donc hyperosmolalité plasmatique avec appel d'eau intra-cellulaire
Étiologie :
- hypernatrémie =
- déficit en eau seul (DIC) =
- perte extra-rénale en eau =
- perte rénale en eau = diabète insipide
- déficit en eau > déficit en sodium (DIC + DEC) =
- natriurèse adaptée (basse): sueurs, pertes digestives
- natriurèse inadaptée (normale): diurèse osmotique
- gain eau > gain sodium = apport excessif NaCl
- natrémie normale mais soluté osmotiquement actif : mannitole, éthylène
glycol... -> "trou anionique" entre osmolalité mesurée et calculée
** Hyperhydratation intracellulaire = excès d'eau
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hyperhydratation-intracellulaire-excès-deau
:END:
1. Éliminer ****fausse**** hyponatrémie
- hyperprotidémie et hyperlipidémie (dilution)
- hypertonique : hyperglycémie important, méthanol, éthanol
2. Hypoosmolaire = hyponatrémie vraie
- osmolalité urinaire diminué : apport augmenté (polydipsie, apport
faible en solutié)
- osmolalité urinaire augmenté : extracellulaire
- diminué : déficit sodium > déficit eau
- natriurièse adaptée (diminuée) : perte cutanées, digestive, 3e
secteur
- natriurièse inadaptée (augmentée) : perte rénale : diurétique,
insuffisance surrénale..
- normal : excès d'eau : SIADH++, hypothyroïdie, hypocortisolisme
- augmenté : excès d'eau > excès sodium : insuffisance cardiaque,
cirrhose hépatique, syndrome néphrotique, insuffisance rénale
Une natrémie basse = augmentation du volume plasmatique ? Pas
toujours...
- si la glycémie est très haute, cela va forcer un déplacement d'eau en
dehors des cellules. Donc le sodium sera dilué mais ce sera simplement
un *transfert* !
- s'il y a trop de protéines, la machine qui mesure la natrémie va les
compter aussi dans le volume. Donc *fausse dilution*
Sinon oui ! (*vraie hyponatrémie*) Dans ce cas, on réfléchit sur la
diminution de la concentration du sodium = quantité de sodium / volume.
On a 3 situations
1. Augmentation du volume seule : c'est la version facile. Ça peut être
du à :
- trop de boisson !
- l'hormonone anti-diurétique qui est sécrétée en excès
- autres
2. Le sodium et le volume diminuent mais le sodium diminue nettement
plus : on a donc des *pertes de sel*
- soit par le rein (diurétique...)
- soit ailleurs (vomissement, diarrhés...)
3. Le sodium et le volume augmentent mais le volume augmenet nettement
plus : pour simplifier, il faut imaginer qu'il y a des oedèmes. L'eau
s'accumule en interstitiel, donc la pression artérielle diminue. En
réaction, l'hormnone antidiurétiqe est stimullée pour corriger tout
ça. D'où *réabsorption de sodium et d'eau* !
- insuffisance cardiaque
- insuffisance hépatocellulaire
- insuffisance rénale (mécanisme différent)
** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- HEC: gain de sodium (isoosmolaire) -> éliminer le sel (apport ou
diurétique)
- DEC: perte de sodium (et d'eau car isomolaire) -> apport sel (oral ou
IV isotonique)
- DIC : perte en eau
- pure -> apport oral d'oeau (pas d'IV)
- global (perte en perte et sodium) -> soluté hypoosmolaire
- avec HIC (perte en eau et gain sodium) -> hypotonique + diurétique
- HIC : excès d'eau -> restriction hydrique et
- si DEC (excès d'eau, perte de sodium) -> soluté isoosmolaire
- si HIC (excès d'eau et sodium) -> restriction sodée
#biochimie # Description
Le principe consiste à doser un antigène via des anticorps spécifiques
selon le principe général d'immunoanalyse. Dans le cadre du dosage
immuno-enzymatique, les anticorps sont liés à une enzyme. Après l'ajout
d'un substrat, la réaction va produire un signal qui va permettre la
détection.
Le dosage peut être direct avec un signal sera proportionnel à la
quantité d'antigène ou indirect avec un signal inversement proportionnel
à la quantité d'antigène (compétiton des anticorps).
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- Bonne sensibilité et spécificité
- Peu coûteux
- Processus simple
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- Préparation manuelle
- Difficulté de préparer des anticorps spécfiques
- Faux positifs
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
- diminution du signal en cas de forte concentration d'antigène (effet
"crochet")
- anti-immunoglobuline se liant à l'anticorps (contact avec les animaux,
maladies auto-immunes)
- facteur rhumatoïde
- cryoglobuline
- réaction croisée avec un autre antigène
- Influence sur la liaison antigène-anticorps (pH, température,
concentration antigène, protéine...)
- biotine via une intérfrénce sur le système avidine-biotine (grossesse,
dialyse, sclérose en plaque, maladie métabolique, dermatite,
complément vitaminique.)
- mauvaise reconnaissance des antigène (variabilité
inter/intra-individuelle)
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
- histamine, IgE spécifique
- Interleukine
- Methotrexate
- Phenobarbital
- Phényalalanine
- Protéine τ
- TNF-alpha
#bacterio #viro Étiologie
- virale = 90%, entérovirus 70-90%, bénigne, arrêt des traitements
antibactériens
- bactérienne : 1300cas/an, selon âge/terrain, grave, diagnostic et
traitement *urgent*
*** Bactérienne
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bactérienne
:END:
- Envahissement LCR par bactéries
- Virale sans encéphalite = habituellement bénin, guérit spontanément
- Bactérien = pronostic vital engagé à court term +/- séquelle neuro
- Ttt = ATB IV forte dose
1. Physiopathologie
- passage dans le sang : depuis
- oropharynx (enfant, adulte)
- tube digestif (E. coli, strepot agalactiae) (néonat > 72h)
-ou via placenta si bactériémie par la mère [Listeria] (néonat)
- autres : brèche ostéoméningée, complication infection systémique
(borréliose..)
2. Clinique
- Communautaire = > 39° + syndrome méningé (céphalé, raideur nuque,
vomissement, photophobie)
- Néonat : non spécifique => PL si fièvre sans cause évidente
- Méningoencéphalitue : +signe neuro/psy
3. Épidémiologie
- enfant, adulte : *Neisseria, Strepto pneumo* +/-- H. influenza,
strepto pyogenes, agalactiae, listeria
- néonat : *Strepto agalactia*, E.coli,
- Autres : Lyme, leptospirose, syphilis, immunodéprimé
*** Virale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virale
:END:
Diag différentiel =
- bactériennes+++, parasitaire, fongique
- néoplasique, inflammatoire, dysimmunitaire, toxique
1. Détection génomique spécifique
2. Étiologies
- *Entérovirus= 90% des cas*
- été, automne
- 70% sont des enfants
- tous les types peuvent être respnsable de méningite mais certains
types peuvent être associés à des formes sévère
- bénignes mais formes graves possible (nouveau-né, immunodéprimé)
- diag = RT-PCR entérovirus dans LCS. Si négatif : gorge, selles,
aspiration (attention à l'excrétion prolongée..)
- parechovirus : enfant < 2ans
- RT-PCR LCS, sang
- traitement sympto
- HSV2: éruption génitale, ATCD
- PCR spécifique CLS
- traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- VZV : zona, paralysie faciale
- PCR spécifique
- traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- autres:
- oreillons (parotidite, vaccins): RT-PCR dans LCS, ttt
symptomatique
- primo infection VIH (prise de risque): 10% primo-ifection. Diag =
séro +/- charge virale
- LCMV (rongeur), arbovirus (voyage - West nile)
3. Herpétique
- *mortelle dans 70%* => urgence thérapeutique
- la plus fréquente des encéphalite sporadiques Diagnostic = PCR sur
lCS
1. Physiopath
- muqueuses de la fac -> lance ganglion trijumeau. Rarement accès
SNC (via muqueuse nasale ?)
- lésions cérébrales : focales (temporales, uni -> bilatérales)
- éncéphalite pure -> méningo-encéphalite
2. Clinique
- Début progressif, fière > 48h
- Céphalées, nausées vomissement
- Aphasie, désorientation, conscience
- Crises convulsives focale -> génralisé
- Déficit neuro focalisé. *Cherche signe HTIC = contre-indication
PL*
3. Biologique
- PL: 5-5000 élément, majoritairement lymphocytaire; glycorachie
normale, protéinorache modérément élevée (<1.5g/L)
- *PCR HSV* si encéphalite + méningite lymphocytaire. La PCR doit
pouvoir différencier HSV1 et 2 (2 = exceptionnel sauf
nouveau-né)
- *PCR peut être négative initialement* : répétér à 48/72h
- Sérologive : utile chez l'enfant (sang + LCS)
4. Autre
- EEG = focal (temporal), imagerie = focal (temporal),
nécroto-hémorragique
5. Traitement
- *Après la PL, sans attendre*: aciclovir IV 15 jours
- contrôle par PL : seulement si non amélioration clinique : si
PCR positiv, poursuite 7j
*** Examens
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: examens
:END:
- Cytologie :
- bactérienne > 500/mm^{3} (rares cas sans pléiocytose en début
d'infection)
- virale = pléiocytose modérée (500 en moyenne)
- MGG après centri :
- bactérie = majorité de PNN
- virus, mycobactérie = majorité mononuclé/lympho
- virus, listeria, brucella = mixte (panaché)
- Biochimie :
- bactérie: CRP, PCT élevé, protéinorachie > 1G/L,
glycorachie/glycémie < 0.5
- virale : protéinorachie normale/modérément éleée,
glycorachie/glcyémie normale > 0.6 (attention: *absence de
pléocytose parfois*)
- Gélose sang cuit + vitamine sous CO_{2} +/- anaérobie, bouillon
d'enirchissement
- Gram:
- Cocci G+ diplocoque/chainette : strepto pneumonia, agalactiae
- Cocci G- diplococque : Neisseria meningitidis
- Bacille G+ : listeria monocytogenes
-
- Bacille G- : Haemophilus, E.coli, Brucella, salmonella
Attention :: culture peut être négative si ne pousse pas sur
milieu usules (Tuberculose) ou décapité ATB
1. Neisseria meningitidis
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP) 25 => *CMI péni G, amox,
céfotaxime*
- Aérobie strict. Fragile. Commensal oropharynx. Humain
- C3G IV, *déclaration obligatoire*, *rifampicine cas contact* +/-
vaccins
- Prévention : vaccin sérogorupe C mais pas pour le B+++. Voyage :
A,C,Y,W
2. Streptococcus pneumoniae
- Aéro/anaérobie, fragile, commensal oropharynx
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP) 30-60% => *CMI péni G, amox,
céfotaxime*
- C3G IV + cortico. Pas de prophylaxie.
- Vaccin 13 sérotype
3. Néonatal
- maternofoetal ou transmission tardive (>72h) par IU/translocation
digestive
- Amox si strepto agalactia, céfotaxime si E.coli (50%
pénicillinase), amox si listéria (résistance céphalo)
#bacterio #ist ### Mycoplasmes urogénitaux
4 espèce
- /ureaplasma/ spp = commensal tracture urogénital
- /mycoplasma genitalium/ = IST, non commensal
1. Clinique
- Infection urogénitale basse/haut: *urétrite* (homme), *cervicite*
(asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération
génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare (uértrire masculine, salpingite, grossesse,
immunodépression)
2. Diagnostic
Myc. genitalium
- *direct* non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
- test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
- pas de culture (fastidien)
Myc. hominis, Ureaplasma spp
- *direct*: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de gram car
pas de paroi)
- TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
Prélèvement:
- pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis !
(commensal)
- site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN =
endotrachéal, liquide gastrique
3. Résistances
- naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine, rifampicine
- Ureaplasma : lincosamide
- homiis : certains macrolife
- acquise :
- M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène /tet/) surtout +/-
fluoroquinolones (3%)
- M. genitalium : macrolides++ !traitement de première intention!,
fluoroquinolones
4. Traitement
Myc. genitalium
- non compliqué : azithromycine
- sinon : moxifloxacine
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
Myc. hominis, Ureaplasma
- infection urogénitale: tétracycline
- néonat/grosses : macrolide
- immunodépression: tétra + fluoroquinolones
#bacterio - Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique - Bouilon
Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en
anaérobie) → prélèvement profonds, IO - Chromogène urinaire = non
sélectif - rose = activité β-galactosidase - bleue = activité
β-glucotosidase - violet = les 2 - brun = tryptophane désaminase
** Autres
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autres
:END:
- BCSA : inhibe gram+ → Burkholderia
- BCYE : Legionnella
- CAP (colistine + aztreonam) = inhibe Gram - → streptocoque+++,
listeria, corynebacterie, uropathogène émergents NB: aztreonam inhibe
pousse proteus, pseudomonas
- Cétrimide (ammonium) → P. aeruginosa (production pycyanine)
- Chapman : NaCL, mannitol
- jaune = fermente mannitol → S. aureus
- Chocolat enrichi : bactéries exigeantes (prélèvement profond)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose →
- jaunes = BGN fermentant lactose = escherichia, citrobacter,
enterobacter, klebsiella
- bleu = BGN ne fermentant pas le lactose = serratia, salmonella,
shigella, proteus, yersinia, pseudomonas
- Granada (MTX) : inhibe Gram - → S. agalactiae
- HAE2 : inhibe bactéries gram + → Haemophilus spp. Prélèvements
respiratoires et génitaux
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas une bactérie va d'abord
fermenter le glucose (en bas) puis le lactose (en haut). Donc lactose+
et glucose- n'est pas possible. Passe au jaune si acide. Exemple:
| | Bas | Haut |
|------------+-------------------+------------------|
| Shigella | glucose+ (jaune ) | lactose- (rouge) |
| Pyo | glucose-(rouge) | lactose- |
| Salmonelle | noir (H2S) | noir |
| E.col | glucose+ | glucose+ |
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine,
Triméthoprime)
*** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: coproculture-salmonelle-shigelles-campylobacter
:END:
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
- centre noir = formation de H2S →_{Salmonelle}
- vert/bleu = pas de fermetation → Salmonelle/Shigelle
- jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour
Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shigelle : inhibiteur gram+, /lactose/
- centre noir = H2S → Salmonelle
- jaune = pas de fermentation → Salmonelle/Shigelle
- rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont
Pseudomonas aeruginosa)
- rouge = fermente mannitol → Yersinia
#bacterio ## Physiopathologie
- Inhalation d'aérosole depuis source hydrotellurique
- Homme = hôte accidentel avec multiplication intracellulaire
- Facteurs de risque:
- eau contaminée Légionella + aérosol (sanitaire+++)
- eau chaude insuffisament chaude ou froide mais pas assez
** Importance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: importance
:END:
- peu fréquente
- risque épidémique
- β-lactamine insuffisante
** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-5
:END:
Non spécifique mais y penser si
- hyponatrémie + insuffisance rénale +cytolyse hépatique + rhabdomyolyse
+ CRP élèvée
- extra-pulmonaire : neuro (confusion), diarrhée, insuf rénale
- pas d'amélioration sous β-lactamine
** Diagnostique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostique
:END:
1. antigénurie
- si positive = confirmé : culture échantillon respiratoire
(épidémio)
- sinon : PCR échantillion respiratoir (immunodéprimé++)
Attention: Antigénurie =
- seulement type 1 (85%) -> PCR si négatif/suspicion
- persiste (parfois 1 an !)
Culture = croissance lente (3-5 jours), sur BCYE
** Antibiotique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: antibiotique-1
:END:
- macrolide (azithromycine) si peu sévère 7-14 jours
- sinon FQ ou assoication 2 parmi macrolide, FQ, rifampicine
- pas de résistance décrite !
** Déclaration obligatoire !
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déclaration-obligatoire
:END:
#bacterio ## Listeria monocytègene
Résiste à 4° ! ^
*** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-4
:END:
- non invasive = gastro
- invasive: *bactériémie*, neurolistériose, infection materno-foetale
avec forme néonatale précoce ou > 7j
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-5
:END:
- hémoc, PL
- non exigeant
*** Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance-4
:END:
- résistance naturelle *C3G*, fosfomycine, quinolone
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-2
:END:
- amox + genta
#biochimie Valeur normales :
- triglycéride < 1.5g/L (ou 1.7 mmol/L)
- LDL (calculé mais valable si TG < 3.4 g/L ou 3.9mmol/L): selon les
facteur de risque : < 2.20g/L (5.7 mmol/L si 0)
- HDL : protecteur si > 0.60g/L
#biochimie # Localisation, physiologie
Cette enzyme hydrolyse les liaisons ester des triglycérides avec une
co-lipase et des sels biliaires. Libérée par le tube digestif, elle
serts à la digestion des graisses.
Elle est présente en faible quantité dans la muqueuse gastrique,
leucocytes et érythrocytes.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
Pancréas.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test colorimétrique enzymatique. L'intensité de coloration est mesurée
par photométrie et est proportionnelle à l'activité de la lipase.
* Valeurs de référence [cite:@junge1999evaluation]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-junge1999evaluation
:END:
- adulte : 13-60U/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- gammapathie de type IgM
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- héparinate de lithium
* Variations [cite:@biomnis]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-biomnis
:END:
- physiologique : légère augmentation après 60 ans
- pathologique :
- pancréatite aigüe
- pancréatite chronique, cancers du pancréas
- inflammation, obstruction d'organes proches du pancréas (occlusion
intestinale haute....), insuffisance rénale
- alcool
- diabète avec acido-cétose
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
C'est le produit final de la glycolyse anaérobie dans le cytoplasme
cellulaire. Il s'agit d'une impasse métabolique et peut s'accumule de
manière importante lors de la dégradation anaérobie du glucose.
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
L'acide l'actique résultat de la transformation du pyruvate catalysé par
la lacticodéshydrogénase dans le muscle, cerveau, érytrocyte, intestin
et peau. Le foie et le rein sont les principaux organes consommateurs :
à jeun, il est transformé en glucose (rein foie). Après un repas, il est
oxydé au niveau des mitochondries.
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
0-2mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Ampérométrie (mesure de l'oxydation d'hydrogène en oxygène)
****c503 (roche)**** : test colorimétique avec la peroxydase
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
****c503 (roche)**** :
- diminué si N-acétylcystéine, métabolite du *paracétamol*
- dobésitale de calcium, interféresnce si métamizole, glycolate
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Acheminement rapide : agumentation du lactates au cours du temps et
selon la température : 0,1 mM/heure à 4°C et de 1,0 mM/heure à 37°C
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Pathologique :
- anoxie par hypoperfusion tissulaire : choc (endotoxine,
cardiogénique, hémorragique), anémie sévère, insuffisance
vetriculaire gauche, état de mal convulsif, asthmie sévère,
insuffisance respiratoire sévère, méthémoglobinémie, intoxicaito au
CO ou cyanure
- systémique : diabète, insuffisance rénale/hépatocellulaire,
hémopathie, cancer
- toxique et médicamenteux (éthanol, méthanol....)
- déficits enzymatiques
- Physiologique : effort physique, post-prandial, alcoolisme, nutrition
parentérale, jeune
#biochimie ## Protéines
source [[https://www.memobio.fr/html/immu/im_el_pr.html]] DIMINUTIONS
PROTEINES TOTALES
- Défaut d'apport alimentaire : malnutrition, kwashiorkor
- Défaut d'absorption : insuffisance pancréatique
- Défaut de synthèse hépatique : insuffisance hépato-cellulaire,
inflammation aiguë sévère, subaiguë ou chronique
- Fuite de protéines : hémorragie, fuite urinaire, fuite digestive
(entérocolite, maladie de Crohn), fuite cutanée (brûlure)
AUGMENTATIONS
- Déshydratation extracellulaire : cf hydro-électrolytique
#+begin_html
<!-- -->
#+end_html
- Hypergammaglobulinémie
- polyclonale : parasitose, maladies auto-immunes (LES, hépatite
auto-immune), sarcoïdose, purpura hypergammaglobulinémique
- m
** Kaliémie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: kaliémie
:END:
*** Hyperkaliémie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hyperkaliémie
:END:
- excès d'apport (rare)
- transfert IC -> EC :
- acidoe métabolique à trou anionique normale
- hyperosmolarité
- destruction tissulaire aigùe massive
- exercice physique
- β-bloquant, digitalique, again α-adrénergique
- diminution excrétion rénale
*** Hypo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hypo
:END:
- carence apport (exceptionnelle)
- transfert EC -> IC
- alcalose métabolique/respiratoire (entrée K+ en échange de proton
reglaré par les tampons)
- insuline
- β-adrénergique : stress, sablutamole
- stimulation hématopo̤è,se : vitamine B_{12}, acide folique, anémie
mégaloblastique
- perte :
- rénale (fuite urinaire K^+):
- HTA : hyperaldstéronésmie (activation SRAA, adénome surrénale),
hyperminéralocorticisme (Cushing)
- HTA normale
- acidose tubulaire rénale, acidocétose métabolique
- alcalose métaboli: diurétique thiazidique/anse (chlorurie
élevée), vomissement abondant (chlorurie basse)
- digestives (kaliurèse adaptée = diminuées) : diarrhée aigüe/chroniqu
** Ferritine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ferritine
:END:
- HFE
- Syndrome métabolique
- cytolyse hépatique (hépatite aigïue) : augmentation CST
- syndrome inflammation (fe sérique et CST diminué)
- alcoolisme chronique
- surchrage fer
- cytolyse msculaire (cardiqaue/périph)
** Liquide d'ascite
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: liquide-dascite
:END:
Si inflammation, protéines passent la membrane -> doit diminuer avec la
diminution de l'inflammation TG: suivi post-op pour chylotorax
(accumulation de lymphe) afin de suivre également le réatbilssement
#bacterio - Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l'urètre
colonisé - Pénétration des bactéries : à partir de l'urètre (ascendant),
plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie - Facteurs prédisposants
: calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire,
grossesse, diabète+++
*** Démarche
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarche
:END:
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ;
échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie +
antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la
famme, VPP chez l'homme
1. ECBU: préanalytique
- Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d'urine +*/ cathéter/ponctio
sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après
désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
- Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour
culture
- tube borate: 48h si /bien rempli/
2. Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d'identifier une
contamination, d'orienter les milieux d'ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif,
levures+++. 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: groupes
:END:
/Groupe 1/ : *Seuil = 10^{3}*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g
adhésion à l'épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé,
même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de
15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
/Groupe 2/ = *Seuil = 10^{3} homme, 10^{4} femme*. Plutôt IU associées
aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter,
Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
/Groupe 3/: *Seuil 10^{5}*. Implication discutée. Nécessite bactériurie
élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de
S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas
maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
/Groupe 4/ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
*** Étiologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: étiologie
:END:
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme jeune
*** Virulence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virulence
:END:
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
*** Interprération
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interprération
:END:
| Dispositif | Clinique | Leucotyurie | Bactéurie | IU | Antibiogramme |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Non | oui | oui | cf seuils | oui | oui |
| | non | oui/non | >= 10^{3} | colonisation | non |
| | oui | non | cf tableau | débutant/neutropénie | oui |
| Oui | oui | NC | >= 10^{5} | oui | oui |
| | non | NC | >= 10^{3} | colonisation | non |
- *colonisation* femme *enceinte* avec bactérurie >= 10^{5} groupes 1 à
3* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si > seuil
Clinique > biologique (décapité par antibio, croissance lente)
*** Uropathogènes emergents
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: uropathogènes-emergents
:END:
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L.
delbrueckii
- chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et
prostate) -> à chercher dans ce contexte
#bacterio
Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon,
dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
Primaire -> secondaire
- folliculite/furoncle -> 0
- abcès cutané primaire -> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -> impétigination
Germes = *Staph aureus*, *Strepto. pyogenes*
*** Érysipèle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: érysipèle
:END:
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour *S. pogenes*
- adulte obèse, porte d'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, *sans nécroise*
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement *oui*, amox orale ambulatoire, pas d'AINS ni cortico
*** Furoncle, anthra, furonculose
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: furoncle-anthra-furonculose
:END:
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- *S. aureus producteur de LPV*
- diag clinique = nodlle inflammatoire avec nécrose au centre
- cemplication = abcès secondaire, *staphyloccice maligne de la face*
(thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV *inutile*
- traitement: pas d'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC si
fièvre, > 5cm+++
*** Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccoqiue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: panaris-onyxis-péri-onyxis-staphyloccoqiue
:END:
- INfection aigǜe de la main la plus fréquence (pule doig,
sousungéulaire+++)
- *S. Aureus*
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d'antibio si inflammation local, *chirurgie* si abcès
(douleur intense, pulsatile)
*** Impétigo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: impétigo
:END:
- Dermo-épidermite superficielle
- *S. aureus* pays développés, *S. pyogènes* pays à faible ressources
- *contagieux*, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pygenes)
- prélvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
- local si peu étendu et crouteux : antiseptique, aicde fusidique
- systémique si bulleux, étendu : β-lactamine
#biochimie ## Localisation, rôle physiologique
L'hémoglobine sert à transporter l'oxygène des poumons aux tissus et du
CO_{2} des tissus vers le poumon. C'est une protéine avec 4 sous-unités,
chacune comportant une molécule d'hème avec un atome de fer. Chaque hème
peut fixer une molécule d'oxygène.
L'hémoglobine totale est la somme de tous les fractions d'hémoglobine
mesurées : oxyhémoglobine, désoxyhémoglobine, méthémoglobine,
carboxyhémoglobine (voir fiches idoines).
** Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
Les chaînes de globine sont synthétisées dans les érythroblastes. Après
la lyse des hématies vieilles, les hémoglobines sont catabolisées dans
le système réticulo-histiocytaire dans la rate, foie et moelle osseuse.
les macrophages du foie vont libérer l'hémoglobine qui va perdre des
molécules d'hème, qui seront oxydées avec une transformation de
porphyrine. Une partie sera conjuguée pour être éliminée dans la bile.
** Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
Adulte 12-18 g/dL
** Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Chaque dérivé de l'hémoglobine a un spectre d'asorption spécifique. On
mesure donc l'absorbance aux longueurs d'onde caractéristique.
** Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- hyperlipémie (augmentation)
- émulsions lipidiques (augmentation)
- congélation avec de l'azote liquide
** Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Diminution : anémie par perte de sang, destruction de globules rouges,
incapacité à en produire de nouveau
- Augmentation = polycthémie primaire ou secondaire (hypoxie,
déshydratation, complication de transfusion)
* Autres hémoglobines
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autres-hémoglobines
:END:
** Méthémoglobine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthémoglobine
:END:
Cette dyshémoglobine a son fer oxydé en Fe^{3+}. Eelle est donc
incapable de se lier à l'oxygène.
Valeurs de référence (adulte): < 2%
** Hémoglobine réduite
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: hémoglobine-réduite
:END:
Cette dyshémoglobine peut apporter plus d'oxygène aux tissus cellulaire
si l'oxygénation pulmonaire a été améliorée.
Valeurs de référence (adulte) < 5%
** Oxyhémoglobine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: oxyhémoglobine
:END:
Fraction de l'hémoglobine saturée en oxygène qui apporte effectivement
de l'oxygène aux tissus Valeurs de référence (adulte) 94 - 97 %.
** Sulfhémoglobine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sulfhémoglobine
:END:
Cette dyshémoglobine est un composé stable d'hémoglobnie et de sulfure.
Elle ne peut pas apporter d'oxygène aux tissus cellulaires. Valeurs de
référence (adulte) < 22% ## Mesure Absorption spectrale
#bacterio ## Contamination ?
Probable si
- positivé lente, cathé (50% réa),
- espèce = staph épi, stap coagulase négative (sauf lugdu !), coryne,
strepto α-hémolytique, cutibacte, bacillus
Règle :
- 1 positif parmi 3 paires [prélèvement unique/multiple] = probable faux
positif
- >= 2 positifs parmi 3 paires [prélèvement multiple] = vrai positif si
clinique non expliquée par autre infection, matériel
- >= 4 positifs parmi 3 paires [prélèvement unique] = idem
- autre = difficile
** Négative
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: négative
:END:
- volume insuffisant, antibiothérapie
- non cultivae : mycobactérie, candida, filmanteux, intracellulaire
(rickettsia, coxiella)
** Bacille gram négatif
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bacille-gram-négatif
:END:
penser
- bacillus
- corynebacterie
- listeria
- si ana: campylo
** Résultat intermédiaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résultat-intermédiaire
:END:
- pyo = ceftazidime
- polymicrobine = revoir antibio
- entérobacter groupe 3 = céfépime car risque élevé de céphalosporinase
hyperproduite
#biochimie [[file:Ammoniaque.md][Ammoniaque]]
** Ammionaque : Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionaque-clinique
:END:
Cycle de l'Urée = fondamental pour garder ammoniémie basse
Détoxication impactée si cirrhose, IRA, shunt portal... -> accumulation
toxique -> encéphalopathie hépatique (trouble neuropsy + coma)
symptômes non spécifiques en période néonatale : mauvaise alimentation,
vomissements, somnolence, irritabilité, tachypnée
Partiel : mmois ou des années après la naissance et est souvent
déclenchée par une maladie ou un stress catabolique.
- perte d'appétit, des vomissements cycliques, une léthargie ou des
anomalies comportementales
- tendance à éviter spontanément les protéines, en particulier les
femmes présentant un déficit en ornithine transcarbamylase (OTC)
(Scaglia et al 2002). Le r
2 premières année de vie : si prolongée, dommages irréversibles
(atrophie cérébrale, dilatation ventriculation, démyélination,
hypondensité) -> épilepsize, troubles cognitifs important,
** Toxicité cérébrale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: toxicité-cérébrale
:END:
- entrée dans les cellules de l'amonniac -> modification du tampon
potassium (homéostasie électrolytique)
- Protection contre hyperammoniémie : détoxication par conversion en
glutamine
- stress osmotique -> gonflement des astrocytes (mais n'explique pas
tout)
- mitochondrie astrocytes : glutamine ->_{glutamate} + ammoniac ->
modification du pH, potentiel de mmebrane, ... modification de
nombreux transportseux production de radicaux libre etc => avec
modification du ca2+, effondrement du potentiel de membrane
intérieure , diminution synthèse ATP -> perte des mitochondrie +
morts cellulaire
- cascade inflammation
- modification métabolisme mitochondrial
- perturbation du cycle de Krebs
- stimulation de glycose + inhibiton oxidation du pyrhuvate ->
produciton de lactate dans le c-eraux
- Neurotransmission altérée :glutamine -> désaminé en glutamate qui va
activer récepteur NMDA. Excès de glutamate -> aptoptose neuronale.
- modification neurotransimssion GACAergique
** Maladies congénitales : cycle de l'urée
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: maladies-congénitales-cycle-de-lurée
:END:
Une des 6 enzyme ou 2 transporteux défectueux -> accumulation
Néonataal : pas d'activité enzymatique (ou très faible)
- symptômes à 24h de vie
- impact cognitif, comportemental important
Plus tardif : activité résiduelle
- déclenché par catabolisme protéqiue, IR, augmentation d'ammoniac
(sport, maladie, sepsis...)
taux de mortalité importante par encéphaloapathie
*** Déficit CPS1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déficit-cps1
:END:
- AR, 1/1 300 000 Non traité : encéphalopathie, épilepsie, coma, décès
Bio :: hyperammoniémie + glutamine, diminution citruliline + arginine
(logique)
*** Déficit NAAGS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déficit-naags
:END:
AR > 1/3 500 000 Seul à être traité Bio : hyperammoniémie + glutamine +
glutamate, diminution citrulline (logique) Non traité : détérioration
neuro heures/mois
*** Déficit OTC
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déficit-otc
:END:
Le plus fréquent 1/56 500 transmission liée à l'X !! oedème cérébrale,
épilespsie, coma Plus grave chez homme (variable chez femme) Bio :
hyperammoniémie + glutamine + alanine, diminution citrulline (logique)
troubles cogniif
*** Déficit ASS1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déficit-ass1
:END:
clinique variable (parfois asymptomatique force tardive) Arginine
diminuée, citrulline augmentée plasma et urine et acide orotique dans
les urines (diminution activité onithine transcarbamylase ?)
*** Déficit transport citrin
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: déficit-transport-citrin
:END:
AR 3 formes
1. néonatale : cholestase intrahépatique,
2. Adulte : hyperamméniomé récurrente (début brutal adulte)
3. enfant : dyslipidémie, troubles croissance Bio : hyperammoniémie et
citrulline
Clinique : neuropsy, délire, coma
*** ASL
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: asl
:END:
après 24h forme néonat : létharie, convulsion, coma, mort 2e plus
fréquent toruble de l'urée : 1/70 0000.AR Acide argininosuccinique élevé
dans les urine + ammoniaque et citrulline augmenté
*** Arginase 1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: arginase-1
:END:
1/950 0000 Arginine augmentée, psasticité, régression mentale + moteur,
épilepsie
Si hyperammoniméie : atxaie
*** ORNT1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ornt1
:END:
Triple H (hyperonirthinémie-hyperammonémie-homocitrullinurie)
accumulation cytoplastimce ornithine + lysine Bio : hyperammoniméie
+ronthinie + homocitrulline dans les urine
** Maladie congénitale : acidurie organique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: maladie-congénitale-acidurie-organique
:END:
> 65 maladies, AR 1/3 000
Néonat: décompensation métabolique = grave+++ vomissement, convulsion,
léthargie, hypotonie, acidose métabolique, lactate, kétonurie,
hypoglycémie
Bloc métabloique -> accumulation d'acide organieque dans les
tissus/fluides. Ex
- acide propionique
- acide méthylmalonique
- acide isovalérique
Hyperammonémie = souvent dans les fornme classique. Lié à une
modification des cycles de krbes et de l'urée ? Déficit en carnitine qui
accompagne ces maladies ?
** Oxidation des acides gras
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: oxidation-des-acides-gras
:END:
a lieu dans les mitochondries, essential pour fournir de l'énergie quand
il n'y a pas de glucose AR 1/9000 Clinique variable, SNC souvent affecté
(hypoglycémie/hyperammoniémie)
Acide gras insuffisament utilisés Hypermamménion = très souvent
retrouvé, not. chez patients avec hypoglycémie, encéphaloathie,
insuffisance hépatique
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
Photométrie Interférence : hémolyse, pyruvate Pré-analytique : tube
vert, glace
** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- dialyse
- si rein rormal : "scavenger" (sodium benzoate, sodium
phenylacetate...) SP = augmente crxtrétuion rénale de glutamine
- supplémentation selon cause : arginine (CPS1, ...), citrulline
#bacterio ## Haemophilus influenza
Résistance : regarder penicilline G
- suspicion beta lactamase, tester par cefinase
- PLP3 : faire CMI
#bacterio #ist Neisseria gonorrhoeae
- Cocci gram négatif
- *Fragile* sensiblite variation températiure => gélose sang
cuit/chocolate supplémenta
- Aérobie stricte mais *enrichi CO_{2}*
- Pathogène strict home
** Épidémio
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: épidémio
:END:
- adulte jeunes 43%
- home 2.2x
- augmenation HSH
** Pathogénicité
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pathogénicité
:END:
- homme : bruyant, urétrite aigǜe
- complication : épididymite aigüe +/-/ bactériémie
- femme : souvent asympto
- urétrie avec cervicie, leucorrhé
- complication: salpingitue aigüe, bartholinite
- pharyngé, anorectal = souvent asympto
- fellation non protégée
** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic
:END:
- ED:sensible pus uréthral homme sympto
- culture *> 2j* si symptomatique
- *biologie moléculaire*
- autoprélèvement vaginal, 1er jet urine
- anal, gorge (PCR plus sensible que la culture)
** Dépistage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dépistage
:END:
- symptomatique: culture + TAAN
- asymptomatique: TAAN puis culture si positif
** Antibiotiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: antibiotiques
:END:
- CMI: E-test : péniG, cefixime, ceftriaxen, cipro/pfloxacine,
azithromycine, tétracycline
- résistance
- très fréquente : *péni-G*, FQ, tétracycline
- C3G : PLP mosaïque
- vanco = résistance naturelle
** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- *ceftriaxone + azitromicine*
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
Les glucides provenant de l'alimentation sont transformées en glucose
pour être transporté dans le sang (avec conversion fructose et galactose
-> glucose dans le foie). Celui-ci va être transporté au travers de la
membrane des différentes cellules du corps. Le glucose y sera utilisé
pour pour générer de l'énergie (glycose) ou y être stocké sous forme de
glycogène (foie surtout, muscle).
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
La formation de glucose peut se faire à partir d'acide aminés et le
glycérol des acides gras , principalement dans le foie par
néoglucogenèse. Le glucose peut également être généré à partir du
glycogène par glycogénolyse. Pour fournir de l'énergie, la glycolyse
convertit le glucose en pyruvate puis en acetyl coenzyme A. L'Acetol
-CoA va servir 1. à synthétiser des triglycérides et 2. à générer de
l'hydrogène et du CO_{2} (cycle de Krebs). L'oxidation de l'hydrogène
fournira alors de l'énergie. À noter que la glycolyse peut être
anaérobie avec une efficacité fortement diminuée et conversion du
pyruvate en acide lactique. Une voie alternative de dégradation du
glucoe peut se faire via la voie du pentose phosphate (30% des réactions
dans le foie et important dans les cellules adipeuse).
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
| Plasma | jeun enfant nouveau-né > 1j matin 24h | 4.11 - 6.05 mmol/L 3.3 - 5.55 2.78 - 4.44 0.3 - 1.1 mmol/L 0.3 - 0.96 mmol/L |
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Méthode enzymatique par photométrie mesurant la vitesse d'augmentation
du NAPDH selon les réaction :
glucose + ATP → G-6-P + ADP
G-6-P + NADP^{+} → gulconate-6-P + NADPH + H^{+}
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- LCR : contamination bactérienne
- urines : diminution si tétracycline
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Acheminement rapide pour éviter la consommation de glucose dans
l'échantillon
- conservation des urines dans la glace
- LCR : analyse immédiate ou conservé à -4 ou -20°
- Centrifugation si précipité
- Taux de glucose dans le LCR doit être 60% de celui dans le sang et
comparé à un échantillon de plasma analysé en parallèle
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Hyperglycémie : diabète (1, 2, MODY), atteinte du pancréas
(pancréatite, néoplasie, traumatisme...), endocrine
(hypercortisolisme, acromégalie, phéochromocytome, hyperthyroidie),
médicaments, toxique, T12, Klinefelter, Turner
- Hypoglycémie : traitement du diabète (sulfamide, insuline), alcool,
médicaments, insuffisance hépatique/surrénale/hypophysaire/rénale,
malnutrition, tumeur mésenchymateuse, auto-immune, chirurgie
bariatrique, insulinome
*** Néoglucogenèse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: néoglucogenèse
:END:
Àpartir de non-glucide Permet apport glucose au cerveau en cas de jeune
notamment Principalement dans le foie, mais aussi rein
Conversion depuis
- acide aminé : surtout alanine, glutamine
- lactate
- glycerol Formation de pyruvate -> glucose (approx. inverse de la
glycolyse)
*** Glycogénolyse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: glycogénolyse
:END:
Glycogène -> glucose
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
Intestin -> cellule épithéliale (NA^{+}-glucose) -> sang (GLUT5)
[[file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucose-transport.png]]
- Foie = stockage (glycogène) + buffer + production glucose
- Muscle = stockage (glycègen)
- autres organes consommose
- Sang = transport
[[file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/hyperglycemie.png]]
[[file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/hypoglycemie.png]]
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
[[file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucose.png]]
*** Glycolyse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: glycolyse
:END:
1. glucose -> pyruvate selon
glucose + 2ADP + 2PO_{4}^{3-} ← 2 Pyruvic acid + 2ATP + 4H
1. acide pyruvique + coenzyme A → acetyl-CoA + 2CO_{2}+ 4H
2. Si aérobie, oxydé dans le cycle de Krebs pour former de l'ATP
2 Acetyl-CoA + 6H_{2O} + 2ADP → 4CO_{2} + 16H + 2CoA + 2ATP
Si anaérobie, conversion du NADH et H^{+} pour éviter que la glycolyse
ne s'assrête : acide pyruvique + NADH + H^{+} ↔ acide lactique + NAD^{+}
/NB: le fructose entre dans la glycolyse en aval du glucose/
[[file:///c:/Users/apraga/org/images/biochimie/glucides.png]] A lieu
dans quaisemnt toutes les cellules vivantes. Objectif :
- fournir de l'énergie (2 mol d'ATP pour 1 mol de glucose)
- fournir du NADH (sert à générer de l'ATP en aérobie ou est consommé)
- convertit les glucoses en acetyl-CoA (cycle de Krebs ou synthèse
d'acide gras/cholestérol), glycerol
*** Glycogenèse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: glycogenèse
:END:
Glucose -> glycogène Plupart des cellules mais surtout foie (5-8% du
poids) et muscles (1-3%) NB: activé épinphrine, glucagon
#biochimie
** pH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ph
:END:
Le pH représente l'activité de l'ion hydrogène, qui reflète l'équilibre
acide-base dans le sang. Il doit être régulé dans des marges étroites
car des variations importantes peuvent rapidement avoir des conséquences
délétères pour le métabolisme cellulaire, notamment sur le plan
vasculaire.
- Production: nombreuxs métabolismes (acides aminées, protéines...) ou
issus de substances toxiques (méthanole, acide oxalique, acide
formique)
- Élimination: principalement par les poumons +/- reins, estomacs
(vomissements...), intestin (diarrhée)
Valeurs de référence (adulte) - artériel : 7.38 - 7.42 - veineux :
7.32 - 7.38
** pO2
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: po2
:END:
Dans les poumons, l'oxygène diffuse au niveau des alvéoles via le sang.
Il y est combiné à l'hémoglobine des globules rouges et transporté vers
les cellules dans les artères. Il est ensuite libéré dans les tissus.
L'oxygène est consommé pour la respiration cellulaires par les
mitochondries afin de générer de l'énergie sous forme d'ATP
Valeurs de référence (adulte) - pO2 artériel : 70 - 100 mmHg (9.5 - 13.3
kPa)
** CO2
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: co2
:END:
Le CO2 transporté dans le sang est sous 2 formes : dissous dans le
plasma et le cytoplasme des globules rouges et combinés sous forme de
bicarbonate, ainsi que lié à l'hémoglobine.
Le CO2 est produit lors du métabolisme cellulaire normal de manière
continue et libéré dans le sang. Il est ensuite transporté dans les
poumons, où aura lieu une diffusion des capillaires pulmonaires dans les
alvéoles. Il sera ensuite expiré.
Valeurs - artériel : 35 - 46 mmHg (4.7 - 6.1 kPa)
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Ampérométrie par mesure du courant généré entre 2 électrodes suite à la
réaction d'oxydation du CO2
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Dilution si prélèvement sur cathéter
- Tube EDTA, citrate, fluorure *proscrits*
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Vérifier que la température est renseignée
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si < 0.5, choisir une analyse), 100μL
pour un capillaire
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
La pO2 reflète l'état respiratoire général.
- Une pCO2 faible traduit une hyperventilation
- Une pCO2 élevée révèle une hypoventilation ou insuffisance
respiratoire
- soit d'origine pulmonaire
- BPCO sévère
- Emphysème pulmonaire sévère
- Résection chirurgical
- Pneumopathie inflammatoires
- soit d'origine non pulmonaire
- défalliance du Contrôle ventilatoire
- origine cérébrale : infections, traumatismes, tumeurs, AVC
- centres respiratoire :
- perte de contrôle (sédatifs, Parkinson, tétanos...)
- lésions voies afférentes/éfférente (traumatisme médullaire
cervical, sclérose en plaque)
- récepteurs périphériques : syryngomyiélie, neuropathie
diabétique
- Pompe ventilatoire
- neuromusculaire : SLA, Guillairn-Barré, toxique, myasthénie
hypokalémiée, hypophosphatémie
- cage thoracique : Cyphoscolioase, fibrose, obésité...
#bacterio #viro Principale complication = déshydratation
*** Virale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virale
:END:
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine) ou indirecte
(aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l'acadidé gastrique
- toutes tranches d'aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- multiplication dans les entérocytes de l'intesting grêle
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo,
vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire), PCR
temps réel
- immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et
astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -> technique
plus sensible
1. Rotavirus
- Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
- Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets
contaminés par des feces/vomissure. NB: perte de son infectiosité
en milieu humide
1. Structure
Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
2. Épidémiologie
- groupe A:
- France, enfant < 5 ans 140 000 consultations, 18 000
hospitalisaiton, décès exceptionnel
- *1ere cause de diarrhée aigùe de l'enfant < 5 ans*
- 1ere cause d'infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32%
nosocomiales selon les pays
- monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères, 600 000
morts/an (pays bas/moyens revenus)
- adulte/enfant plus gế : réinfetion commune mais clinique très
modérée. Surtout un vecteur de transmission
3. Physiopathologie
Lésions des entérocytes matures de l'intesting grêle
(multiplication du virus) : dérégulation puis destruction.
Mécanismes :
1. sécrétion eau, électrolytique -> diarhée sécrétoire
2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique ->
diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique dans
l'intestin)
4. Clinique
- variable : asymptomatique - diarrhées malabsorption/sécrétoire
- incubation < 48h
- symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut précèder
de quelques jours et persister 8-10 jours
- infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois (immunité
maternelle) (NB : immunité secondaire chez adulte)
- diarrhée
- aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive), vomissement,
douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
- intensité = variable
- consistance variable (molle - liquide)
5. Diagnostic
- Test immo-chromatographique
- Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans les
selles (anticorps monoclonaux)
- RT-PCR, RT-qPCR
2. Norovirus
1. Structure
Capside, non enveloppé, *simple brin* (≈ ARN messager)s
2. Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures,
projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
3. Épidémiologie
- Souvent sous forme d'épidémie.
- Surtout en hiver
- *> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit l'âge*
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
- *Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC* (eau
souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
Attention: persistance excrétion virale semaine après la
guérison
4. Physiopathologie
- Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire ->
malabsorption transitoire (altération système enzymatique des
entérocyte)
- invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
5. Clinique
- Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement
déshydratation)
- Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que
rotavirus)
- Incubation 4-77heures
- Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
- Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
- mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé,
immunodéprimé)
- Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé
(perte de poids, déshydrataition+++)
6. Diagnostic
- test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
- standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
7. Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du
voyage, hôpital = idem
- Pas de vaccin
3. Adénovirus
- Transmission féco-orale, *respiratoire*
- Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
- Endémie avec pics (hivers, printemps)
1. Structure
Capside, non enveloppé, double brin
2. Épidémio
- toute l'année (épidémique ou sporadique)
- *3-6% GEA infectieuses du nourrisson*
3. Physiopatho
- Largement répandu dans la population mais pas d'immunité
- Lyse cellule
4. Clinique
- Immunocompétent : *oculaire* (conjonctivite,
kérato-conjoctivite), *respiratoire* (ppharyngite, bronchite,
pneumotahie), *digestif* (gastro)
- Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie, méningoencéphalite,
héptatie) ! potentiellement mortel !
5. Diagnostic
- Formes graves chez l'immunocompétent, dépistage chez
immunodéprimé
- PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
6. Traitement
Cifodovir = IV, nombreux effets indésirable
7. Prophylaxie
4. Astrovirus
1. Épidémio
- épidémies en hiver, surtout nourrisson
- 1-4% GEA enfant et adulte
2. Physiopatho
Entérocytes matures , sommets des villosités
3. Diagnostic
ELISA RT-qPCR
5. Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
- forme sévère de l'enfant: recherche rotavirus
- porteur asymptomatique en pédiatrie
- enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation + symptôme
(prévenir infection nosocomiale)
6. Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
- immunodétection ou PCR temps réel -> noro, rota, adéno, sapovirus,
adénovirus
- Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent ->
recherche norovirus
7. Principales mesures d'hygiène permettant de lutter contre une
épidémie de GEA
Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
- Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
- norovirus :
- règle d'hygiène en voyage
- lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus,
prélèvement régulé, isolement des patients à risque
#biochimie # Localisation, physiologie
La γ-glutamyltranspeptidase est impliquée dans le transfert des acides
aminés au travers de la membrane cellulaire et dans le métablosme du
glutathione. Elle se trouve dans le foie, pancréas, reins, rate,
poumons, prostate. # Production
La version circulante est du à une destruction cellulaire, surtout
d'origine hépatique.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test colorimétrique enzymatique.
Il mesure par photométrie à 415nm (absorbance) de la quantité d'amino-5
nitro-2 benzoate, qui est proportionnelle à l'activité de la γ-GT.
* Valeurs de référence [cite:@thomas2005consensus]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-thomas2005consensus
:END:
- homme < 60U/L
- femme < 40U/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Hémolyse >200mg/dL
- Gammapathie IgM (très rare)
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- tube hépariné (lithium, dipotassique)
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologique : population africaine, nouveau-né (augmentation)
[cite:@van2019davis]
- iatrogènes : tricyclique, contraceptifs oraux, phénobarbital
- Augmentation pathologique
- alcool
- affection hépatobiliaire (cholestase notamment)
- hyperthyroïdie, parasite (distomatose, larva migrans)
#biochimie ## Calprotectine fécale
- Présence : polynucléaire neutrophique, macrophages, certaines cellules
épithéliales des muqueuses
- Proportionnel à l'*inflammation de la muqueuse*
Algorithme :
- < 50μg/g : pas d'inflammation, trouble fonctionnel
- 50-150μg/g : zone grise
- > 150μg/g : inflammation
** Tests respiratoire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tests-respiratoire
:END:
- Mesure hydrogène/méthanase après une fermentation anaérobie
intestinale
- Contexte :
- intolérance aux glucides : non absorbé dans le grêle donc
fermentation (retardée)
- pullulation microbienne : fermentation précoce
** Stéatorrhée, élastate, acitivté chymotrypsique fécale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: stéatorrhée-élastate-acitivté-chymotrypsique-fécale
:END:
Stéatorrhée : > 7g/27
- défaut d'absorption (coeliaque, MICI) -> acides gras à la microscopie
- défaut de digestion (insuffisance pancréatique exocrine...) ->
triglycéride à chaînes longues
Élastase fécale : témoin de l'insuffisance pancréatique : sévère si <
50μg/g
** Ionogramme fécal
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ionogramme-fécal
:END:
- augmentation débit Na^{+} ou K^{+}: diarrhée hydroélectrolytique
- trou osmolaire
- < 50mOsmol/L : diarrhée sécrétoire (colite microsocpie, viopem...)
- > 125 50mOsmol/L : diarrhée osmotique (laxatif...) ou malabsorption
glucidique (déficit en lactase...)
- normal : diarrhée motrice, pathologie mixte
** Clairance fécale de l'αantitrypsine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clairance-fécale-de-lαantitrypsine
:END:
- Fuite intestinale physiolique de protéine. Si augmenté: entéropathie
exusidatione, souvent associée à des maladies érosive (MICI), non
érosive (coeliaque), (hypo)
- αantitrypsine: inhibe l'activité catalytique de sérines protéases.
Marqueur de fuite protéique intestinale
- Interprétation :
- oedème ou hypoprotidémie avec hypoalbuminémie et
hypogammaglobulinémie non explique par
dénutrition/protéinurie/syndrome inflammatoire -> la clairance de
l'*α*x/ − /a*n*t*i*t*r*y*p*s*i*n*e*d*i*a*g*n*o*s*t*i*q*u*e*u*n*e*g*a*s*t*r*o*e*n*t*é*r*o*p*a*t*h*i*e*e*x*s*u*d*a*t*i*v**e*
#biochimie
** Physiologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: physiologie
:END:
Énergie:
- stocke glucose
- libère le glucose stocké, le produit par néoglucogenèse
- synthèse des corps cétonique: oxydé pour être utilisé comme énergie
par muscle squelettique, cardaque, cortex rénal
Synthèse majeure partie des protéines sauf immunoglobulines
- albumine
- transport (transferrine...)
- coagulation
- inflammation (CRP, partie du complément)
Synthèse du cholestéral Épuration :
- déchet du métabolisme = amoniaque sous forme d'urée (catabolisme
azotée), bilirubine ,
- hormones (stéroïdes)
Transforme médicaments, toxique.... par modification (ex: cytochrome
P450) puis conjugaison
*** Bilirubine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bilirubine
:END:
Production
- 20% catabolisme dans le foie des autres composants de l'hème ou
destruction érythroblastes moelle
- 80% hémoglobine par destruction des hématies
Cycle:
- Bilirubine libre/non conjuguée = circule dans le plasma liée à
l'albumine
- conjugée dans le foie
- bilirubine conjugée secrétée dans le duodenom par voies biliaires
- oxydation qui va donner la couleurs aux selles. Une partie passe dans
les urines
Patho:
- excès des capacité de transport de la bilirubine libre (exemple =
préma) on a alors bilirubine libre non liée à l'albumine
- bilirubine conjugée dans le plasma -> urines foncées (diag d'ictère)
*** Fonction biliaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fonction-biliaire
:END:
- élimination métabolite
- absorption lipides
Patho: sursaturation du cholestérol -> cristaux -> calcul
** Marqueurs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: marqueurs
:END:
*** Cytolyse:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cytolyse
:END:
- _ALAT_ > 40 U/L = cytosol (foie +/- muscles)
- _ASAT_ > 35 U/L = cytosol + mitochondrie (foie, muscles, coeurs, rein,
pancréas, cerveau)
Attention :
- hémolyse = ininterprétable (aminotransferase globules rouges> plasma )
- ASAT < ALAT car demi-vie inférieure (sauf alcool chronique car grosses
mitochrondrie)
- Aigü : normalisation en 6 mois
- seulement souffrance cellulaire et non état fonctionnel du foie
NB: LDH (lyse cellulaire) non spécifique mais très marqué pour métastase
hépatique NB: peuvent être augménte si stéatose, inlammation modérée,
obstruction des voie billaire, cirrohse, exercice musculaire violent
*** Synthèse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synthèse
:END:
- _Coagulation_ : complexe prothrombinique diminué
- non spécifique des insuffisance hépatocellulaire (cholestase avec
défaut absorption vitamine K)
- si < 60%, doser facteur V pour confirmer IHC
- attention: fibrose dès <90% dans patho chronique
- _Albumine_ : produit par l'hépatocyte
- important mais non spécifique de l'IHC (malnutrition, malabsorption,
rénal)
*** Épuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: épuration
:END:
- _Urée_ = diminué si IHC (genèse hépatique)
- _Ammoniac_ = augmenté si ICH -> suivi des IHC et foie (toxicité
système nerveux central)
*** Sécrétion bilaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sécrétion-bilaire
:END:
Surtout défaut d'excrétion _bilirubine conjugée_ + augmentation
bilirubine totale
*** Cholestase
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cholestase
:END:
Diminution/arrêt sécrétion biliaire. 3 atteintes :
1. synthèse
2. Sécrétion intrahépatique
3. extrahépatique
Marqueurs
- bilirubine : augmentation totale + conjuguée (attention, ictère
retardé : conjonctive si > 50µmol/L)
- enzyme :
- _phosphatase alcaline_ (PAL) augmentée mais non spécifique (patho.
osseuses, cancers). Active dans foie, os, rein, intestin, placenta
[Attention âge, grossesse]
- _gamma-glutamyl transférase_ (γGT): origine hépatique pour l'enzyme
circulante (+ pancréas, reins, rate, poumon, prostate). Augmenté
sensible mais peu spécifique (alcool, contraceptique, phénoparbital)
[Attention population africaine]
Coagulation: Diminution du TP avec facteur V normal
Autres
- Augmentation acides biliaire totaux = cholestase
- Pigments
- biliaire dans urines (+produits transformations)
- Selles décolorées = cholestase
- IgM = cirrhose biliaire primitive
*** Inflammation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: inflammation
:END:
CRP, vitesse sédimentatino érythrocytaire, électrophorèse ptoténies
sériques
*** Fibrose hépatique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fibrose-hépatique
:END:
- ponction biopsie, Fibroscan (non invasif)
- acide hyaluronique = surtout valeur prédictive négative
- scores : Fibrotest, Fibromètre, Hépascore
** Interprétation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interprétation
:END:
Augmentation ALAT/ASAT
- aigue > 10N: hépatite virale aigüe A, B, médicaments (IMAO,
méthyldopa...), toxique (paracétamol, champignon), lithiase de la voie
biliaire principale, ischémie hépatique aigue
- aigüe modérée 3-10N: hépatite virale A, B, autre infections (EBV, cmv,
HSV, toxoplasmose), alcool, surcharge pondérale, atteinte
hépatobiliaire chronique
- chronique < 3: VHC, VHB chronique, stéatose hépatique du
diabote/dyslipidémie,/obésite, alcoolisme (rappport inversé), autres
médicaments (isoniazide...), autto-immun, surcharge (hméocromatose,
Wilson) NB: élimiier une nécrose musculaire/myocardique, pancréate NB:
cherche un risque d'hépatite fulminante : TP, facteur v, ammionémie
Bilan enzymatique anormal
| γ GT | PAL | ALAT,ASAT | Interprétation | Étiologies |
|----------+----------+-------------------+----------------------------+--------------------------------------------|
| augmenté | augmenté | augmenté | hépatopathie cytolytique | hépatite virale, alcool, médicaments |
| augmenté | augmenté | N ou peu augmenté | hépatopathie cholestatique | - médicaments (antidépresseurs), |
| | | | | - biliaire, pancréas, foie |
| augmenté | N | N | | alcool, médicaments inducteurs |
| | | | | enzymatique, stéaotose, sucharge pondérale |
| | | | | +/- hyperthyoroïdies, parasite |
Cholestase : PAL > 1.5N (plutôt extra hépatique), γGT > 3N (plutôt
intra-hépatique), ALAT, AST < 2N Ictère : augmentation bilirubine
| non conjuguée : | - extra-hépatique | hémolyse (nouveau-né, constit, acquis) |
| | - hépatique | : Gilbert, Criggler-Najjar, ictère transitoire du nouveau-né |
| conjuguée | - intra-hépatique | : médicaments, hépatite virale/parasitaire, autoimmun, |
| | | carcinome, cirrhose biliaire primitive, septicémie, cholestase gravidique |
| | - extra-hépatique | lithiase cholédoque, cancer pancréas, pancréatite chronique |
| | | , cholangite sclérosante, sténose/carcinome des voies biliaires |
** Cirrhose
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cirrhose
:END:
- IHC: TP, facteur V, dosage albumine (ou EPS)
- inflammatoire : bloc β-γ, augmentation α2 globuline
- score Child-Pugh (ascite, encéphalopathie, albuminméue, bilirubinémie,
TP)
** Dépistage carcinome hépatocellulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dépistage-carcinome-hépatocellulaire
:END:
αfoetoproténie = suivi et non iagnostic. régérénration des hépatocyttes
** Grossesse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grossesse
:END:
- Physiologique : diminution albuminémie possible, augmenation PAL
- cholestase gravidique : prurit, augmenation acide biliarie sérique :
10-40 modéré,, sérève si > 40
- ALAT = 2-10N >> ictère 10%, bili augmentée et γGt No/augmentée: 30%,
stéatorrhéie (déficit en vitamine K visible sur TP)
* Reference
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: reference
:END:
Bonnefont
#biochimie ## Physiopatho
*** Cycle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cycle
:END:
[[../images/biochimie/fer.png]] NB: /apo-/ est utilisé quand il n'y a
pas de fer (ex: apotransferrine = transferrine sans fer)
1. Stockage Surtout dans le foie et la rate, sous forme de Fe^{3+}
contenu dans soit
- ferritine : macrophages, hépatocyte
- hémosidérine (libération lente) Le \(Fe^3+\) est oxydé en
\(Fe^2+\), se retrouve dans le plasma où il va être oxydé afin
d'être transporté par la transferrine (oxydation réalisé par la
céruléoplasmine) NB: Les macrophages sont mobilisé en premier pour
l'érythropoïèse
2. Production et transport
Production de Fe^{2+}
- Absorption intestinale de Fe^{2+}
- Dégradation de l'hémoglobine par les macrophage avec production de
bilirubine et Fe^{2+}
Évolution du Fe^{2+} (intestinale ou macrophage): 2 possibilités
- stocké dans la cellule sous forme de /ferritine/ (en se liant à
l'apoferritine),
- ou pris en charge par la /ferroportine/ et largué dans la
circulation sanguine
Dans le sang Fe^{2+} oxydé en Fe^{3+} qui est transporté par la
/transferrine/. Il va y avoir ensuite des échanges entre la moelle
osseuse, le foie et le système réticulohistocytaire
*** Régulation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: régulation
:END:
- HFE: diminue l'affinité du récepteur de la transferrine ->
- hepcidine : dégradation de la ferroportine -> fer "bloqué" dans les
entérocytes -> hyposidérémiant
** Patholologiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: patholologiques
:END:
*** Surcharges
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: surcharges
:END:
1. Hémochromatoses héréditaires
- Type 1 = 80% des adultes = autosomale récessive sur /HFE/ :
affinité excessive du fer pour réticulohistocytaire et cellules
parenchymateuse hépatique
Atteinte hépatique (hépatomégalie, cirrhose),pancréatique, cardiaque
- Forme juvénile également
- traitement = saignée (oral si juvénile)
2. Secondaires
- excès supplémentation martiale/transfusion
- Anémies hémolytique, dysérothropoïèse, thalassémie,
hémoglobinopathies
- dysmétabolique : biologique = syndrome métabolique
d'insulinorésistance
*** Autres
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autres
:END:
- Anémie inflammatoire (infection sévère, chronique, néoplasie): le fer
provenant de l'hémolyse physiolique est mal recyclé
- autres affection génétique microcytaire hypochromes avec sidérémie
normale/augmentée: OMIM 209300 604290 206100
- Carences martiales (saignements chronique, maladie de Wilson, carence
vitamine C, malabsorption...) ## Exploration
- Ferritine circulante = le plus sensible et le plus précoce, ≈ stock de
fer
- Fer sérique : augmenté si surcharge en fer, cytolyse hématique,
diminué si carence martial, inflammation
- transferrine : augmenté si carence en fer, diminué si malnutrition
attente hépatique grave, syndrome inflammatoire
- Capacité totale de fixation de la transférrine = 25 × transferrine
- Coefficient de saturation de la transferrine = fer sérique / CTF × 100
- Autres :
- fer non lié à la transferrine = spécialisé
- récepteur soluble de la transferrine = diagnostic des carences en
fer pendant état inflammatoire
- protoporphyrine libre : augmenté dans les urines si carence en fer,
cancer, affection chronique
- Ahepcidine = anémie hypochrome microcytaire avec suspicion
génétique, suivi hémochromatoses héréditairesc IRC et inflammation
chronique
Génétique: 1. p.Cys282Tyr de /HFE/. 2. si non homoygote, coefficiente de
saturation (diminué si hétérozygote)
** Arbre
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: arbre
:END:
ferritine normale
| | Ferritine | Transferrine | CTF | CST | Autres |
| carence martiale | diminuée | augmentée | augmentée | diminuée | |
| inflammation | normale/augmentée | diminué | diminuée | normale | CRP augmentée |
| thalassémie etc | | | | | CRP normale |
ferritine augmentée - CTF et CRP normale : surcharge acquise, maladie de
Gaucher - CS augmentée : hémochromatose type 1 ou surcharge secondaire #
Référence Bonnefont
#bacterio Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des
streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
*** Habitat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: habitat-3
:END:
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène
possible.
Commensal gastrointestinal + génital chez les femmes Augmentation des
infections avec les années
*** Facteurs de virulence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: facteurs-de-virulence-1
:END:
- Pas d'exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -> adhère à l'endocarde et l'urothelium ->
endocardite et infections urinaire
*** Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance-3
:END:
- Naturelle : *céphalosporine*
- faecalis = résistance oxacilline, C3G, ertapénème, lincomycine,
acide fusidique
- *E. faecalis = sensible amox*. E. faecium = résistant 80-90%*
- multi-résistance chez E. faecium
- aminoside (bas niveau)
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique sur
> 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine,
glycopepited, lipopetide) = synergie
- glycopeptide
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification
cible++, efflux, protection ribosomale
- en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
- attention aux entérococques résistant vancomycine (surtout E.
faecium): /vancA/ /vancB/
*** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-3
:END:
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
#bacterio ### Résistances et groupe
Groupe selon la résistance *naturelle* β-lactamine
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella (pneumonia, oxytoca),
Citrobacer koseri, Shigella (!)
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella,
Providencia, Citrobacter freundii, /Klebsiella aerogenes/
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
*** Escherichia coli
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: escherichia-coli
:END:
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase
positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
- Groupe 1 :
- céphalosporinase chromosomique de très bas niveau.
- Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à
spectre étendues, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
*** KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: kes-klebsiella-enterobacter-serratia
:END:
Vert (β-glucosidase +)
*** Salmonelle, Shigelle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: salmonelle-shigelle
:END:
- Bacille gram négatif, non sporulé, aéro-anaérobie facultatif
- non exigeat
- catalase, nitrate réductase
- pas dans le microbite digestf normal de l'homme
- porte d'entrée digestive
- responsible de
- maladie du péril fécal (pays en voie de développement : Salmonelle
typique et non typqiue, Shigelle)
- TIAC : salmonelle non typhique >> shigelle
- rappel: TIAC>= 2 cas, déclaration opligatoire
1. Pouvoir pathègene
- salmonelle :
- strictement humain = sér. Typhi, paratyphi => fièvre
(para)typhoïde
- animale = non typhique: gastroentérite
- shigelle : dysenteria+++ strictement humain => dysentérie
bacillaire, gastroentérite sanglante
2. Physiopath
*Entéro-invasif*
- shigelle : envahissement + destruction cellules épithéliales
(syndrome dysentérique)
- salmonelle : envahissement sans destruction de la muqueuse (sd
gastroentéritiques) +/- production de toxique
Clinique:
- salmonelle typhique: 1-2semaine incubation, fièvre continue élevée
40`, bactériémie, tuphos, diarrhée/constipation`
- salmonelle non typhique: incubation 12-36h, diarrhée fébrile,
vomissement
- shigelle: incubation 1-3j, fièvre élevée, selle avec sang, glaire,
pus, douleurs abdominales violentes
3. Diagnostic
- selles +/- sang pour salmonelle (para)typhique
- diag moléculaire
- culture:
- "SS" (salmonelle/shigelle): salmonelle = lactose - et SH2+
- Hektoen, Drigalski (BG-) : lactos-, h2s+
- pour salmonelle : bouillon d'enrichissement
- identification: *salmonelle non différencie d'e. coli*
- shigelle = immobile
- shigelle = fermentation manitol ( sauf s. dysenteria )
- BG-
4. Traitement
- diarrhée infectieuse aigue = symptom
- antipyrétique,
- maintien hydro-élecrique
- régime sans résidu
- ! contre-indication ralentisseur du transite (lopéramique)
- +/- antibio si forme grave > 3 ours, ID+++ : FQ/azithromycique
- bactériémie : FQ/azithromycine,/ceftriaxone
Déclaration obligatoire : TIAC, fièvre (para)typhoïde Vaccination en
prévention salmonelle typfique
#bacterio - Rare (5cas/million), grave (20% décès) - Souvent iatrogène -
Traitement difficile (biofilm) - *Gram positif* - staph aureus/coag
négative : cutané, cathéter, toxico IV - strepto : bucco-dentaire,
digestif - entérocoque = digestif, urinaire - HACCEK = bucco-dentaire
[Bacille gram neg croissance lente + physio = Haemophilus,
Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium hominis, capnocytophaga,
Kingella kingae] - candida = cathéter, toxico - Diag: critère de duke
pour hémoculture : 2 positive à germe typique ou >2 à germe atypique -
négative dans 5-10% E
I
#bacterio #viro ### Clostridium difficile
- Bacille gram positif à bout carré, spores subterminales
- Anaérobie strict
- 1re cause diarrhées associées aux soins
*** Préanaytique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: préanaytique
:END:
- seulement si diarrhée et >= 3 ans
*** Pathologies associée
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pathologies-associée
:END:
- diarrhées : 10% nosocomiale, 10-25% post-antibio
- colite pseudo-membraneuse 95%
- complications: mégacôlin toxiuqe, perforation, choc toxique
- portage *asymptomatique*: 20-70% *nourrissons jusque 3 ans*, adulte <
3%
*** Facteur de virulence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: facteur-de-virulence
:END:
- *toxines* A, B, adhésien, enzymes, spores
*** Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-12
:END:
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène
- ou colite pseudo-membraneuse
- référence (fastidieux) = culture toxigénique, test de toxicité en
culture
- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN
=> souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou
immunoenzymatique (spécifique)
=> (GDH + ou PCR+) et toxine immuno + = diag
*** Post-analytique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: post-analytique
:END:
- pas de contrôle
- 6 jours redondance
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-7
:END:
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction
hydroélectrique
- *pas d'antibiogramme* = sensible métronidazole + vanco
- hygène = *contact*, isolement, lavage *mécanique* des mains, *Javel*.
Isolement levé 48h après arrêt des diarrhées
*** Virale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virale
:END:
GEA Adulte : norovirus > rotavirus > adénovirus > astrovirus
*** Rotavirus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rotavirus-1
:END:
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche
également adulte (ID, voyageur, contact enfant)
- Épidémies hivernales 6-24mois
- pas de vaccin
*** Norovirus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norovirus-1
:END:
- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5
ans
- Clinique:
- début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2
jours)
- immunodéprimé : risque diarrhée chronique
- épidémies++ (collectivités)
- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2
j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour
conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après
symptômes
- vaccin: 6semaine-6mois de vie
*** Autre
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autre-1
:END:
- Astrovirus : GEA modérée, tous les âges
- Adénovirus (40-41) : test rapide/RT-pcr, ttt sympto
#biochimie
La clairance de la créatinine est estimée par le Débit de Filtration
Glomérulaire. Évaluation DFG à partir de la créatininémie - Cockroft et
Gault: age, *poids*, créatinimie. Mauvaises performances si obèse, > 75
ans. - MDRD, CKD-EPI : *sexe*, age, créatininémie, *ethnie*. *pas le
poids*
-> CKD-EPI. recommandé par la HAS. Aussi plus précise que MDRD pour
valeur basse
- Schwartz : enfant
- recos HAS:
- MDRD non validé si
- CKD-EPI si dosage enzymatique, MDRD si colorimétrique
Attention : formules non utilisable chez l'enfant (formule du Schwartz),
variation aigüe de la fonction rénale, cirrhose hépatique décompensée,
gabarit hors norme, amyotrophie important, grossese
Dans ce cas, utiliser clairance urinaire sur urines de 24h = créat
urinaire*débit/créat sanguine
Permet d'éliminer l'ammoniaque et l'urée
** Initialisation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: initialisation
:END:
le \(CO_2\) passe du cytosol dans la mitochondrie puis :
\(CO_2 + H_2 O \leftarrow HCO_3^{-} + H^{+}\) Puis
\(HCO_3^{-} + ATP \rightarrow NH_3 + ADP\)
Le \(NH_3\) est converti en carbamate -> carbamoyl-P (catalysé par
N-acetyl glutamate, qui entre dans le cycle
** Cyle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cyle
:END:
1. Le Carbamoyl phosphate est converti en citrulline (raction de
condensation avec l'orinithine).
2. La citrulline sort de la mitochonrie et va se condense avec
l'aspartate. Le "cleavage" va créée de l'arginine et du fumarate.
3. L'arginine est clivée par l'arignase, libérant de l'urée et
reconstituant de l'orinithine, qui retourne dans la mitochondrie.
#biochimie ## Naissance
Pour excrétion dans les urine, la /créatine/ est tansformée en
créatinine
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
Libérée par le muscle
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
Éliminée par le rein par filtration glomérulaire et excrétion dans le
tubule proximal
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
Pas de rôle physiologique
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
Pas de réabsorption par le rein, donc marqueur de fonction rénale
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
La clairance de la créatinine sert d'approximation pour le débit de
filtration glomérulaire (voir /DFG/)
#biochimie ## Naissance
Il s'agit d'un produit de l'arginine (transformation en glycine par la
glycine amdinotransferase, qui va générer du guanidinoacetate et de
l'ornithine. Cette première est méthylée en créatine). Ces réactions ont
lieu dans le foie, rein et cerveau.
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
La créatine est transportée dans les muscles squelettique La
phosphorylation de la créatine sert à faire la phosphocréatine, qui est
un réservoir d'énergie (muscle squelettique, cerveau surtout) car la
déphosphorylation permet de créer de l'ATP. $creatine + ATP ↔
phosphocreatine + ADP $
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
Pour l'excrétion dans l'urine, la créatine est convertie en créatinine.
#bacterio ## Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l'éthanol de laver la
coloration
Aérobies
[[../../images/microbiologie/aerobies.png]]
[[../../images/microbiologie/anaerobies.png]]
[[../../images/microbiologie/autres.png]]
** Catalase
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: catalase
:END:
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par
le peroxyde d'oxygène
| | Catalase + | Catalase - |
|----------------+-------------------+---------------|
| | aérobies strictes | |
| Cocci gram+ | staph | strepto |
| Bacille Gram + | Listeria | Lactobacillus |
| | Corynebacterium | |
| | Propionobacterium | |
** Oxydase
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: oxydase
:END:
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la
plupart des cellules vivante)
| Oxydase + | Oxydase - |
|----------------+-----------|
| Aeromonas | |
| Bordetella | |
| Branhamella | |
| Brucella | |
| Burkholderia | |
| Campylobacter | |
| Flavobacterium | |
| Moraxella | |
| Neisseria | staph |
| Pasteurella | |
| Plesiomonas | |
| Pseudomonas | |
| Vibrio | |
** Mobile :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mobile
:END:
- Monotriche = 1 cil (triche = poil) -> va dans une direction à l'examen
direct *pseudomonas*
- Céphalotriches: un cil à chaque extrémités
- Lophotriches: un cil à chaque extrémités
- Péritriches : cils tout autour -> mouvement désordonné
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum;
Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
- Vibrio, Aeromonas
- Legionella
- *Entérobactéries* : sauf Shigella, Klebsiella
** Fermentant
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fermentant
:END:
BGN:
- non fermentant = environnement (pyo)
- fermenant le lactose = entéro (commensal)
#biochimie # Description
L'objectif est de séparér un solution en ses différents composants. La
solution est dissoute dans un solvant (gazeux ou liquide) qui va être
transporté dans une colonne, un capillaire ou autre. Les composants vont
se déplacer à des vitesses différentes ce qui va causer la séparation.
Cette technique doit être couplée à un détecteur, par exemple un
spectromètre de masse..
* Points forts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-forts
:END:
- faible volume d'éhantillon
- bonne précision
- rapide
* Points faibles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: points-faibles
:END:
- personnel qualifié
- coût
- difficulté de séparer des éléments de même composition chimique
* Interférences
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interférences
:END:
Celles du détecteur
* Paramètres représentatifs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paramètres-représentatifs
:END:
- Toxiques sanguins et urinaires
- Acides aminés
* Localisation, rôle physiologique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: localisation-rôle-physiologique
:END:
Le chlore est le principal anion extracellulaire. Il sert à maintenir la
neutralité électrique, l'osmolalité et l'équilibre acido-basique.
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
La régulation est princiaplement rénale.
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
98-107 mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Potentiométrie (électrode de chlorure)
*c503 Roche* Électrode sélective d'ion (mesure indirecte)
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Traitement par perchlorate : augmentation (automate Roche)
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Vérifier que la température est renseignée
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si < 0.5, choisir une analyse), 100μL
pour un capillaire
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Le dosage sert à distinguer les acidoses à trou anionique élevé des
acidose hyperchlorémiques (voir fiches bicarbonate) selon la formule
TA = Na^{+} + K^{+} - (Cl^{-} + HCO_{3}^{+})
- En situation physiologique, la concentration de chlore plasmatique
suit la natrémie donc augmente en cas de déshydratation et diminue en
cas d'hyperhydratation
#bacterio #ist ### Chlamydia trachomatis
- 19 génovars
Trachome oculaire Infection urogénitale sexuellement transmissilbse
*1ere cause d'IST*
1. Clinique
- Infection urogénitale basse/haut: *urétrite* (homme), *cervicite*
(asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération
génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare (grossesse, immunodépression)
2. Résistances
- naturelle = amonisode, glycopeptitde
3. Traitement
- Doxycycline (ou azithromycine pour IST non compliqué)
- infection génitale haute : doxycycline + autre
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
4. Diagnostic
- *Direct* = PCR, Transcription-Mediation-Amplification
- remboursé, sensbilité > 95%
- Sérologie : biland infertilité, LGV (immunofluorescence, ELISA)
- culture peu sensible, antigène non recommandé, pas de test de
sensibilité antibio en routine
* Localisation, rôle physiologique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: localisation-rôle-physiologique
:END:
Dyshémoglobine liée par covalence aux monoxyde de carbone. Son affinité
pour le monoxyde de carbone est très supérieures à celle pour l'oxygène.
L'hémoglobine liée au monoxyde de carbone n'est donc pas disponible pour
le transport d'oxygène
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
Voir fiche hémoglobine
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
0-1.5%
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Méthode d'absorption spectrale : l'absorbance de chaque substance est
proportionnelle à sa concentration. La mesure sera donc faite pour une
longueur d'onde donnée.
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Hyperlipémie
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- tabagisme
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- augmenté si anémie hémolytique, état sepsis sévère
- pollution de l'air
- exposition professionnelle au monoxyde de carbone
#bacteirio
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses
bactériennes communautaires
- Microbiote digestive de nombreux animaux : /jejuni/ = oisaux, /coli=
porc
- transmission animale -> homme par *alimentation* : surtout *jejuni*,
*coli*, *fetus*
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
*** Pouvoir pathogène
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pouvoir-pathogène
:END:
- douleur abdo
- *gastro-entérique aigue fébrile* : (diarrhées aqueuse voire
mucosanglange, fièvre , vomissement)
- bactériémie
- syndrome de l'intestin irritable
- syndrome de Guillan-barré
*** Diagnostic bactério
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-bactério
:END:
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
- examen direct : en forme de S, non sporulé, en "vol de moucheron"
- culture : sélectif en microaérobie
- *oxydase+*, catalase souvent +
- MALDI-TOF
*** ATBgramme
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: atbgramme
:END:
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M, céphalosporine,
triméthoprime, streptogramine B
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
*** Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement
:END:
- déshydratation
- si fièvre > 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée, femmes
enceintes: *azithromycine*
- systémique : aminoside + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
*** Prévention: hygiène (eau, alimentation)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: prévention-hygiène-eau-alimentation
:END:
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
99% du calcium est dans le squelette sous forme d'hydroxyapatite. Le
calcium non osseux est directement échangeable avec le tissus. Le
calcium participe à la minéralisation du squelette et à de nombreux
processus biologiques.
La calcémie totale est réparite en une fraction non diffusible liée aux
protéines plasmatiques (40%) dont l'albumine et une fraction diffusible,
elle-même composée d'une fraction ionisée (50%) et complexé (10%). La
fraction ionisée est celle biologiquement active.
Le métabolisme est régulé par la vitamine D et la parathormone.
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
La régulation du remodelage osseux (et donc la calcémie) est influencée
par de nombreux facteurs (endocrinoe = PTH, calcitriol, paracrine =
facteur de croissance) La fraction ultafiltrable est filtrée par le
glomérule. La quasi-totalité est réabsorbé au niveau du tubule. Il y a
également une sécrétion intestinale de calcium.
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
1.15 - 1.29 mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Potentiométrie (électrode de calcium). Le calcium est corrigé selon le
pH avec la formule (validée seulement pour pH entre 7.2 et 7.7)
\(Ca^{++} (7,4) = Ca^{++} \times 10^{-0,178 \times (7,40 - pH(37))}\)
*c530 ROCHE* Contrairement aux 1265 / RP500 qui donnent le calcium
ionisé, l'automate Roche rende le calcium total, qui doit être corrigé
en fonction de l'albuminémie en cas d'hypercalcémie. La mesure est par
photométrie.
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Protidémie (albumine) car une fraction importante du calcium total y
est liées
- pH par compétition avec les ions H^{+}: augmentation en cas d'acidose
- Irenat (perchlorate de sodium, [fn:1]): diminution de la calcémie
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Température, absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné avec 1mL minimum pour une seringue (si <
0.5, choisir une analyse), 100μL pour un capillaire
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
- Hypercalcémie : vérifier si prise de thiazidique, calcium, lithium
- PTH haute ou normale haute : calciurie haute ou normale haute ?
hyperparathyroïdie primaire, sinon hypercalcémie/hypocalciurie
familiale bénigne
- PTH basse / normale basse :
- phosphatémie haute/normalee haute : myéolome, métastases osseusx,
granulomatoes, hyperthyroïde, intoxication vitamine D, autres
(acromégalie...)
- sinon sécrétion de PTHrP (à doser), chondrodysplasie de Janssen
- Hypocalcémie : prise de furosémide, biphosphonates, corticoïdes
- insuffisance rénale ? sinon : PTH haute normale haute ? si
phosphatémie élevée : pseudo-hypoparathyroïdie, sinon
hyperparathyroïdie secondaire -> calciurie augmentée (fuite rénale)
ou basse : déficite en vitamine D doser 25OHd por orienter (carence
d'apport, rachitisme vitaminorésistant)
* Footnotes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: footnotes
:END:
[fn:1] utilisé en prévention de l'hypothyroïdie en cas d'injection de
produit de contraste pour les rayons X
** Naissance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: naissance
:END:
Enzyme dans le cytosol ou mitochondrie des cellule : muscles
squelettiques++ et cardiaque, cerveau, rein, gastrointestinal
- CK-MM (95%) = muscle strié squelettique
- CK-MB = muscle cardiaque
- CK-BB (= cerveau, gastro-interdsstinal
Elle sert à catalayser la réaction de phosphorylation créatine + ATP →
créatine-phosphate + ADP ## Vie
Catalyse la phosphorylation de la créatine en créatine phosphate par
l'ATP (avec production ADP) Voir /Vie de la créatine/
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
contraction musculaire
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
- Infarctus du myocarde, myopathie, myosite
- Certains cancers, affection du système nerveux central
** Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
On la trouve principalement dans les muscles squelettique et cardiaque,
mais aussi dans le cerveau, rein, tracus gastro-intestinale. Il existe 3
isoenzymes : CB-BB (cerveau, tractus respiratoire, foetus...), CK-MB
(muscle cardiaque), CK-MM (muscle strié squelettique)
** Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
hommes < 190 U/L
femmes < 170 U/L (Thoas et al 2005)
** Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
La CPK totale est mesurée par spectrophotométrie via la vitesse de
production de NADPH
ATP + D-glucose → ADP + G6P
G6P + NAPD^{+}+ → D-6-phosphogluconate + NADPH + H^{+}+
** Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
Conservation : 24h à température ambiante
** Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
Physiologique :
- augmentation: nouveau-né, enfants, sujets noirs/caucasien, hommes,
excercice physique (+50%), médicaments par voie intra-musculaire
- diminution si masse musculaire faible (âgé, alité...), grosssess
Pathologique :
- infarctus du myocarde, mypopathie (Duchenne)
Physiopathologie [[file:Équilibre%20acido-basique.md][Équilibre
acido-basique]] [[DFG]] [[Fer]] [[Foie]] [[Fonction intestinale]]
[[Natrémie]] [[Phosphatase alcaline]] [[Phospho-calcique]]
Dosage [[file:ALAT.md][ALAT]] [[file:Acides%20aminés.md][Acides aminés]]
[[file:Acides%20biliaires.md][Acides biliaires]]
[[file:Albumine.md][Albumine]] [[file:Amylase.md][Amylase]]
[[file:Bicarbonates.md][Bicarbonates]]
[[file:permanent/medecine/Bilirubine.md][Bilirubine]]
[[file:permanent/medecine/Bilirubine.md][Bilirubine]] [[file:CPK]]
[[file:Calcium.md][Calcium]]
[[file:Carboxyhemoglobine.md][Carboxyhemoglobine]]
[[file:permanent/medecine/Glucose.md][Glucose]]
[[file:Hémoglobine.md][Hémoglobine]] [[file:Lactates.md][Lactates]]
[[file:Potassium.md][Potassium]] [[file:Trou%20anionique.md][Trou
anionique]] [[file:Sodium.md][Sodium]] [[ASAT]]
[[file:Gamma-gt.md][Gamma-gt]] [[file:Lipase.md][Lipase]] [[Ammoniaque]]
[[BNP]] [[Creatine]] [[Créatinine]] [[Cycle de l'urée]]
[[Hyperammoniémie]] [[Lipides]] [[PTH]] [[Vitamine D]]
Techniques [[file:Chromatographie.md][Chromatographie]]
[[file:Méthode%20immuno-enzymatique.md][Méthode immuno-enzymatique]]
[[file:Potentiometrie.md][Potentiometrie]]
[[file:Spectrophotometrie.md][Spectrophotometrie]]
[[file:Turbidimetrie.md][Turbidimetrie]]
[[file:Électrochimiluminescence.md][Électrochimiluminescence]]
[[file:Électrophorese%20des%20protéines.md][Électrophorese des
protéines]] [[Inteprétation biochimie]]
#biochimie Voir aussi - [[file:Bilirubine%20directe.md][Bilirubine
directe]] - [[file:Bilirubine%20conjuguee.md][Bilirubine conjuguee]] #
Localisation, physiologie
Lors de la destructions des hématies âgées, l'hémoglobine est transformé
par protéolyse en hème. Celle-ci est, suite à la libération de l'atome
de fer, transformée par l'hème oxygénase en biliverdine, qui est réduite
en bilirubine. La bilirubine va ensuite circuler dans le plasma en étant
liée à l'albumine: il s'agit de la bilirubine libre. Après captation par
l'hépatocyte, elle est conjuguée et deviens hydrosoluble et atoxique
(voir fiche bilirubine directe). À la sortie des voies biliaire, la
bilirubine est déconjuguée et réduite en stercobilinogène et
urobilinogène. Celles-ci sont oxydées dans l'iléon et caecum en
stercobiline et urobiline qui donnent leur couleur aux selles. À noter
qu'une partie de l'urobilinogène va repasser dans le foie et qu'une
petite partie va être éliminée par le rein dans les urines.
La bilirubine totale est la somme de la bilirubine conjuguée et la
bilirubine libre.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
Pour 80%, la bilirubine provient des hématies dans la rate par les
macrophages. 20% viennent du catabolisme hépatique des autres composés
de l'hème, de la destruction des érythroblastes dans la moelle. #
Principe analytique de mesure
Test colorimétrique diazo. Mesure par photométrie à 546 nm de
l'azobilirubine rouge qui est proportionnelle à la concentration de la
bilirubine totale.
* Valeurs de référence [cite:@thomas2008labor]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-thomas2008labor
:END:
- hommes ≤ 21μmol/L
- femmes ≤ 17μmol/L
Risque cliniquement significatif chez les nouveau-nés
[cite:@american2004management] : ≥ 137 μmol/L à 24h, ou 222μmol/L à 48h
ou ≥ 290μmol/L à 84h ou ≥ 95e percentile
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- immunoglobuline > 28g/L
- diminué si B12 (hydroxycobalamine)
- augmenté si myélome multiple
- gammapathie IgM (très rare)
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- âge du patient
- tube hépariné (lithium, EDTA di- ou tri-potassique)
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologique : nouveau né
- une augmentation pathologique doit prendre en compte la bilirubine
conjuguée pour orienter le diagnostic:
- augmentation de la bilirubine non conjuguée:
- augmentation de l'hémolyse qui va saturer les capacité de
conjugaison du foie
- immaturité hépatique (ex: nouveau-né)
- augmentation de la bilirubine conjuguée : voir fiche bilirubine
directe
#biochimie # Localisation, physiologie
La bilirubine libre est captée par le pôle vasculaire de l'hépatocyte.
Elle y est conjugée par glucuryonyl-transferiase ou
bilirubine-UDP-glucuronosyl-transférase. La bilirubine conjuguée est
ensuite transférée dans la bile via la membrane du canalicule, puis
sécrétée dans le duodenum par les voies biliaries. Elle est également
déconjuguée par la flore intestinale (voir fichie bilirubine).
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test colorimétrique par méthode diazo. Mesure par photométrie à 540 nm
de l'azobilirubine rouge qui est proportionnelle à la concentration en
bilirubine directe.
* Valeurs de référence [cite:@mcpherson2007]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-mcpherson2007
:END:
< 5μmol/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- *hémolyse si > 25mg/dL*
- phénylbutazone (taux très bas)
- gammapathie IgM (très rare)
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- tube hépariné (lithium, di- ou tri-potassique)
- si la concentration en bilirubine totale dépend de la conjuguée, cela
peut entrainer une valeur pour la conjugée supérieure à la bilirubine
totale
- une hématocrite élevée peut diminuer les résultats
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologique : possiblement ≥ 10μmol/L pour le nouveau-né
[cite:@soldin2005pediatric]
- Augmentation pathologique
- intra-hépatique (médicament, viral, parasite, cirrhose...)
- extra-hépatique (obstruction des voies biliaire : lithiase,
compression externe [tumeur pancréas]...)
#biochimie - Physiologie : la bilirubine est conjuguée dans le foie pour
la rendre soluble et améliorer son transport. Elle est transportée dans
le canal biliaire et éliminée au niveau digestif. - Principe analytique
: méthode diazo - mesure par photométrie à 540 nm de l'azobilirubine
rouge qui est proportionnelle à la concentration en bilirubine directe -
Augmentation - intra-hépatique (médicament, viral, parasite,
cirrhose...) - extra-hépatique (obstruction des voies biliaire :
lithiase, compression externe [tumeur pancréas]...) - Valeurs de
référence : < 5μmol/L - Type échantillon : sérum, plasma (héparinate,
EDTA) - Volume échantillon : 4.4μL - Domaine de mesure : 1.5-291μmol/L -
Limite : - interférence : *hémolyse si > 25mg/dL*, lipémie si > 750 -
phénylbutazone : diminue résultat - si la concentration en bilirubine
totale dépend de la conjuguée, cela peut entrainer une valeur pour la
conjugée supérieure à la bilirubine totale - Type échantillon : sérum
(tube standard), plasma (héparinate de lithium, EDTA)
#biochimie # Localisation, rôle physiologique
Les ions bicarbonates sont le tampon extracellulaire le plus important
pour contrôler le pH sanguin, selon la réaction:
\(CO_2 + H_2O \leftrightarrow H_2CO_3 \leftrightarrow H^{+} + HCO_3^-\)
* Tissus/organes de production et d'élimination
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tissusorganes-de-production-et-délimination
:END:
Un excès d'ions \(H^+\) va se traduire selon la formule précédente par
la formation de \(CO_2\) et \(H_2O\).
Au contraire, un excès de base, par exemple \(NaOH\) va aboutir à la
formation de bicarbonates :
\(NaOH + H_2CO_3 \leftrightarrow NaHCO_3 + H_2O\)
* Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
22-24mmol/L
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
On rend le bicarbonate réel, *calculé* à partir de la pCO2 et du pH
\[HCO3_{act} = 0,0307 \times pCO2 \times 10^{pH(37) - 6.105}\]
*Bicarbonates Roche c503* la mesure se fait par photométrie par méthode
enzymatique selon la double réaction
\[PEP + HCO_3^- \rightarrow oxaloacétate + H_2PO_4^-\]
\[Oxaloacétate + analogue NADH \rightarrow malate + analogue NAD + H^+\]
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- Dilution si prélèvement sur cathéter
- Tube EDTA, citrate, fluorure *proscrits*
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si < 0.5, choisir une analyse), 100μL
pour un capillaire
* Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
L'orientation se fait selon le trou anionique,
\([Na^+] - [Cl^- + HCO_3^-]\), qui correspond au anions ou cations
indosés.
Une acidose métabolique correspond à une diminution du pH due à une
diminution des bicarbonates
- trou anionique > 16 : excès d'anion indosés due à :
- une accumulation aigüe d'acide : acidose lactique, acidocétose
- une excrétion rénale d'acide diminuée : insuffisance rénale
- trou anionique normal :
- une accumulation aigüe d'acide : intoxication chlorure d'ammonium
- perte de bicarbonante : diarrhée, anastomose urtéré-intestinale,
acide tubulaire proxmilae
- une excrétion rénale d'acide diminuée : acide tubulaire distale
(défaut de productionde \(NH_4^+\) ou défaut de produiction distale
d'\(H^+\))
Uen alcalose métabolique est due à :
- une contraction vélomique : extrarénale , perte en sel rénale
(diurétique++, syndrome de Bartter), perte en sel d'origine mixte
(vomissement, aspiratio+++)
- une expansion volémique : hyperaldstéronisme primaire, secondaire ou
pseudo-hypealdostéronisme
- post-hypercapnique
- excès d'apport alcalin
[[Antibiotiques]]
Bactéries [[Staphylocoques]] [[Campylobacter]] [[Proteus]]
[[Pseudomonas]] [[Streptocoque]] [[Entérobactéries]] [[Entérocoques]]
[[Neisseria]] [[Listeria]] [[Haemophilus]]
[[file:Classification%20bactéries.md][Classification bactéries]]
Techniques [[Milieux de culture]] [[Hémocultures]]
[[file:Prélèvements%20bactério.md][Prélèvements bactério]]
[[file:Spectrométrie%20MALDI-TOF.md][Spectrométrie MALDI-TOF]]
Maladies infectieuses
[[Légionelle]] [[file:IST.md][IST]] [[Angines]] [[Méningite]]
[[Infections urinaires]] [[Gastro-entérites]] [[Diarrhées]]
[[Endocardite infectieuse]] [[Infections cutanées]]
#biochimie
** Naissance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: naissance
:END:
synthétisé par myocyte du ventricule gauche (et droit) en réponse à une
surcharge volémique ## Vie - Form de réserve = pré-proBNP, clivé en
pro-BPN, clivé en NT-proBNP (inactif) et BNP (actif). Se fixe sur les
récepteurs de type A sur endothélium vasculaire - Stockage : non ##
Mort: - BNP: demi-vie de 20min puis dégradé endothéliium - Nt-proBNP =
éliminé dans tous les tissus où le débit est élevé. Demi-vie : 1-2h pour
NT-proBNP, 20min pour BPN,
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
compense la surcharge volémique par - vasodilatation périphérique -
natriurétique (d'où le nom) - augmentation filtration glomérulaire
(*diurétique*) - diminution réabsorption du sodium (*natriurétique) -
inhibition du système Rénine-Angiotensive-Aldostérone
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
marqueur global de l'issufisance cardiaque (diagnostic, pronostic,
suivi)
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
** Valeurs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs
:END:
- < 100: forte probabilité d'absence d'insuffisance cardiaque
- 100 - 500 : zone grise
-
#+begin_quote
500: forte probabilité d'insuffisance cardiaque
#+end_quote
#bacterio ## Cibles
- inhibition synthèse de la paroi bactérienne = β-lactamine,
glycopeptides, fosfomycine
- synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
- synthène ARN : rifampicine
- synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
[[/images/microbiologie/antibio-action.png]]
** Mécanisme de résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mécanisme-de-résistance
:END:
- enzymatique
- modification de la cible
- impermeabilité
- efflux
[[../../images/microbiologie/antibio-resistance.png]] Résistance
naturelle
- colistine: bactérie gram+
- vancomycine : bactérie gram -
- aminoside: anaérobie
*** Synthèse paroi
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synthèse-paroi
:END:
1. β-lactamase
- Les β-lactamine inhibent la synthèse de la paroi bactérienne
(peptidoglycane)
- se fixent sur les PLP (protéine de liaison des pénicillines)
- mécanisme de compétition
- toutes les β-lactamines ont un cycle commun (β-lactame)
- les β-lactamase vont hydrolyse ce cycle et désactiver les
β-lactamines
2. Modification de cible : PLP
- S. aureus : mutation dans le gène mecA : la PLP mutée (=PLP2a) ne
permet plus aux β-lactamine de s'y fixer
- Idem pour les PLP mosaïques des pneumocoque
- Idem pour les entérocoque (PLP5)
*** Synthèse protéine bactérienne
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synthèse-protéine-bactérienne
:END:
[[../../images/microbiologie/antibio-ribosome.png]]
- aminoside: mauvaise reconnaissance de l'ARN messager (modification de
la cible)
- linezolide : mauvaise position de l'ARNt (apporte les acides aminés)
(modification de la cible)
- macrolides : bloque la formation du peptide ("tunnel") (enzyme)
*** Synthèse acide nucléique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synthèse-acide-nucléique
:END:
- ADN gyrase va "détordre" la double hélice pour la transcription et
traduction
- quinolones vont empêcher cette action (modification de la cible)
** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes
:END:
- β-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont une
membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie β-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque :
destruction de la paroi par les β-lactamine pour que l'aminoside
accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides,
fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les
bactéries "intracellulaires " (Chlamydia, Coxiella burnetti,
Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella )
** Résumé
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résumé
:END:
| | Péni G/V | Péni A | Peni A + inhib βlactamase | Peni M |
|--------------------+----------------------------+--------------------------------------------+---------------------------------+---------------------|
| Utile | Streptocoque | idem + pneumocoque péniS | idem + Staphylocoque metiS | Staphylocoque metiS |
| | Corynebacterium | E. faecalis, Listeria monocytogenes | H. influenza + pénicillinase | |
| | Diphteria | Neisseria menigitidis | Enterobactéries + pénicillinase | |
| | | Entérobactéries groupe 1 | BNG anaérobies | |
| Résistance nat | BGN | Entérobactéries groupe 2, 3; P. aeruginosa | | BGN |
| Résistance acquise | Staphylocoque, pneumocoque | Staphylocoque +/- pneumocoque | | Staphylocoque metiR |
| | | H. influenza, N. gonorrhea | | |
| | | N. mengitidis | | |
PéniM = oxacilline, cloxacilline PéniA = amox
| | C2G | C3G orale (1) | C3G injectable |
|------------+----------------------------------+--------------------+---------------------------------|
| Utile | Streptocoque, Staphylocoque metS | Streptocoque | Streptocoque (dont pneumocoque) |
| | Entérobactérie groupe 1 | entérobactérie 1,2 | Neisseria spp, entérobactérie |
| | | | Haemophilus |
| Résistance | Listeria, entérocoque | idem | idem |
| | Staphylocoque metiR | | |
| | P. aeruginosa, intracellaire | | |
(1) limité car mauvais biodisponibilité
| | Carbapénème | FQ | Aminoside (2) |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Utile | Entérobactérie, P. aeruginosa | Entérobactérie | Staphylocoque metiS |
| | Entérocoque, Staphylocoque metiS | Intracellulaire | Listeria monocytogenes |
| | Anaérobie | Staphylocoque metiS | BGN |
| | | P. aeruginosa : ciproflox | Streptocoque, pneumocoque |
| Résistance naturelle | P. aeruginosa, entérocoque: ertapénème ! | entérocoque, L. monocyt | strepto, pneumo: *bithérapie amox* |
| | | anaérobie | anaérobie stricte |
| Résistance acquise | carbapénémase | SAMR, gonocoque (1) | |
(1) Pas de monothérpaie pour P. aeruginosa et Staphylocoque aureus
(risque mutants) (2) amikacine, gentamicine
| | Macrolides (1) | Lincosamide (2) | Métronidazole | Glycopeptide (3) |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| Utile | Intracellulaire, streptocoque | Strepocoque | Anaérobie (sauf Acineto, cutibacterium) | Streptocoque, pneumocoque |
| | Staphylocoque metiS | Staphylocoque | Parasite | Entérocoque, staphylocoque |
| | | | | metiS/metiR |
| | | | | Clostri |
| Résistace naturelle | entérobactérie, P. aeruginosa | BGN, E. faecalis | Autres | BGN |
| résistance acquise | staph, pneumocoque, strepo A | staph, strepto | | |
(1) erythro, azithromycine, clarithromycine (2) clindamycine (3)
vancomycine
** Interprétation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interprétation
:END:
Entérobactéries
- Groupe 1: TRI = résistance amox/ticar/pipe + inhibiteur β-lactamase
- *Céphalosporinase* = *inhibée oxacilline*
- *BLSE* = inhibée par acide clavulanique => *"bouchon de champagne"*
- synergie C3G/C4G - ticar + acide clavulanique
- ne touche pas les carbapénèmes
- cefoxitine non touchée => permet de différencer d'une
céphalosporinase déréprimée (voir tableau)
| | Pénicillinase | Pénicillinase déréprimée | Céphalo sporinase | Céphalo. déréprimée | BLSE | Carba pénémase |
|---------------+---------------+--------------------------+-------------------+---------------------+---------+----------------|
| amoxicilline | R | R | R | R | R | R |
| ticarcilline | R | R | | R | R | R |
| piperacilline | I/R | R | | R | R | R |
| amox+inhib β | | I/R | R | R | *S/I/R* | R |
| pipe/ticar | | I/R | | I/R | *S/I/R* | R |
| + inhib β | | | | | | |
| C1G | | I/R | R | I/R | R | R |
| C2G | | | I/R | I/R | | I/R |
| C3G | | | I/R | I/R | I/R | S (OXA-48)/I/R |
| C4G | | | | | I/R | S (OXA-48)/I/R |
| carbapénème | | | | | | I/R |
- AMX = amoxicilline
- TIC = ticarcilline
- PIP = piperacilline
- AMC = amox - acide clavulanique
- C1G = céfalotine (CF)
- C2G = céfoxitine (FOX)
- C3G = céfixime (CFM), céfotaxime (CTX), ceftazidime (CAZ)
- C4G = céfépime (FEP)
*** MSLB
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mslb
:END:
Résistance à l'érythromicine
- sensible pristinamycine : regarder si induction ("interaction"), si
oui, MSLB inductible donc possible sélection de mutant.
- résistant pristinamycine : MSLB constitutif
** Piège
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: piège
:END:
- SAUR sensible oxa mais résistance peni G => pénicillinase ->
résistance à toute les pénicillines
- SARM = résistance à toutes les βlactamanes dont imipénème
- Aminoside
- résistance gentamicine => forcément résistant tobramycine,
amikacine, kanamycine
- résistance amikacine => forcément résistant kanamycine
- FQ : résistance à ofloxacine => forcément toutes les quinolones
** Aminosides
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aminosides
:END:
Action = bactéricide, concentration dépendant. Perturbe la synthèse des
protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes) Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques,
entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport
nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies /NB:
penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
** Sulfamide
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sulfamide
:END:
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient
bactéricide Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d'acide folique
** Fluoroquinolone
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fluoroquinolone
:END:
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -> large et
homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble nerveur,
inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
- quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes chez
l'adulte
- 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
- 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation
pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus mous
Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli,
Klebsiella)
** Métronidazole
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: métronidazole
:END:
Pour anaérobie strictes
** Infection ostéo-articulaires
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: infection-ostéo-articulaires
:END:
- Rifampicine, quinolone pour diffusion
- dapto : activité antibiofilm
#bacterio
- Virale 60-80%
- Bactérie: S. pyogenes surtout (strepto β-hémolytique)
- Test rapide : positif = en faveur strepto
- Possible de faire un prélèvement de gorge
- culture milieu enrichi 48h: β-hémolyse + MALDI TOF
- antibiogramme: sensible β-lactamines
- Cause rare :
- angine ulcéro-nécrotique : ED = fusiofrme + bactéries spiralées
- pseudomembraneuse (Corynebacteium diphteria: culture gélose enrichie
+ CNR)
#biochimie # Localisation, physiologie
L'amylase est composé pour moitié des isoenzymes P (d'origine
pancréatique) et pour moitié des isoenzymes S (d'origine salivaire) dans
la circulation.
Son rôle principal est l'hydrolyse de l'amidon provenant de
l'alimentation afin de générer glucose, maltose et dextrine.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
Type P: pancréas. Type S: glandes salivaires, larmes, sueur, lait
maternel, liquide amniotique,poumons, testicules, trompes de fallope.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test colorimétrique enzymatique. Mesure de la coloration de
p-nitrophénol, qui est proportionnel à l'activité de l'α-amylase.
* Valeurs de référence [cite:@junge2001development]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-junge2001development
:END:
- Plasma: hommes et femmes : 28-100U/L
- Urines :
- hommes : 16-491/L
- femmes : 21-447/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- citrate, fluorure, EDTA
- icodextrine
- gammapathie de type IgM
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- héparinate de lithium
- éviter le contact du réactif avec la peau (amylase dans la salive et
la sueur)
- sang ou urine possible
* Variations [cite:@biomnis]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-biomnis
:END:
- physiologique : diminué chez le nouveau-né par immaturité pancréatique
et le jeune enfant jusque 5 ans, parfois augmenté lors de la grossesse
et chez les personnes âgées, ainsi que chez les sujts d'origine
africaine ou asiatique
- iatrogène : acide valproïque, morphine, agoniste cholinergique,
diurétiques thiazidique, aspirine, corticostéro\''ides, contraceptifs
oraux...
- pathologique :
- augmenté en cas de pancréatite aigüe
- mais aussi : alcool, pathologies salivaires, oreillons, affections
du tractus génital féminin, grossesses extr-utérines, certains
cancers (poumon, prostate, ovaire)
- également : insuffisance rénale, macroamylasémie
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
- 2 formes : NH_{3} (gaz), NH_{4}^{+} (majoritaire)
- Hautement toxique en excès -> élimination sous formne d'urée
** Ammionac : Fonction
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionac-fonction
:END:
- source de nitrogène pour la synthèse des protéines + composés
essentiels
- maintien du pH
** Ammionac : Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionac-production
:END:
- Intestin : digestion des protéine + désamination
- Rein : excrété dans les urine / sang (désamination de glutamine)
Dégradation des acides aminés (pour énergie ou stockage sous forme de
graisse/glycogène) -> désamination dans le foie
Transamination : le groupe amine est transféré vers l'acide
α-ketaglutarique qui devient l'acide glutamique
[[../images/biochimie/transamination.png]]
L'acide glutamique peut transférer son groupe amine également ou le
largue sous forme d'ammoniac NH_{3}
** Ammionaque : Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionaque-vie
:END:
Introduit dans les acides aminés par la glutamine synthetase ou
glutamate dehydrogenase Sous forme de glutamine, va être transporté dans
le sang Glutamate + ATP + NH3 = glutamine + ADP+ P Principal moyen
d'échanger des groupes amines entre les différents organes
** Ammionaque : Vie : pH
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionaque-vie-ph
:END:
Tubule collecteur : H^{+} sécrété va se combiner à NH_{3} pour excréter
ion ammoniaque. Un ion biocarbonate va retourner dans le sang
[[../images/biochimie/tampon-ammoniaque.png]]
Acide : augmentnation de la sécrétion d'ion ammoniaque
** Ammionaque : Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionaque-mort
:END:
1. Extra-hépatique : Formation de glutamine : ammonia + glutamate ->
glutamine (enzyme = glutamine synthetase) qui sera transportée dans
le foie Note: dans le cerveau, pas de formation d'urée donc c'est le
même mécanisme !
2. Intra-hépatique : cycle de l'urée = converti en urée
** Ammionaque : Mort : cycle de l'urée
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ammionaque-mort-cycle-de-lurée
:END:
[[../images/biochimie/cycle-uree.png]]
Mitochondrie foie : ammoniac + bicarbonate catalés par cPS1
(carbamylphosphate synthase 1) (Celle-ci provient du glutamate +
acetylco) Le produit est transformé en citrulline avec l'ornithine
Dans le cytosole hépatique : convertin en acide aminé (arginine)o à
l'aide de 2 cataliste : ASS1 (argininosuccinate synthase 1) et ASL
(argininonsuccinate lyase)
Arginine est clivée en urée et ornithine et regénère ornithine qui
permet de redémarrer le cycle
#biochimie ## Naissance
Synthèse par les hépatocytes
** Vie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vie
:END:
60% secteur interstitiel, 40% vasculaire (=2/3 protéines circulantes)
** Mort
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mort
:END:
Demi-vie 20 jours. *Non-excrété* par le glomérule (taille et charge
négative)
** Effet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: effet
:END:
- Maintien de la pression oncotique vasculaire
- Protéine de transport pour des substances inactives mais rapidement
mobilisables : homornes, acides aminés, acide gras, vitamine,
médicament
** Indication
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indication
:END:
- Syndrome inflammatoire chronique
- Fuites protéiques (entéropathies exsudatives, syndrome néphrotique)
- Dénutrition chronique
** Dosage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dosage
:END:
#biochimie
** Naissance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: naissance
:END:
Les hépatocytes synthétisent les acides biliaires primitifs (acide
cholique, acide chénodésoxycholique) à partir du cholestérol, qui sont
conjugés avec la taurine et glycine puis sécrétés dans la vésicule
bilaire. ## Vie Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relargé dans
l'intestin au moment de la digestion. ## Mort Ils peuvent être
réabsorbés et retourner dans le foie via la veine porte, ou excrétés
dans les salles ou métabolisés par les bactéries intestinales (acides
biliaire secondaire). ## Effet Dans le foie, ils participent à la
formation de la bile. dans la bile, ils évitent la formation de calculs
biliaires en permettant la solubilisation du chostérole et des
phospholipides. Au niveau intestinal, ils agissent comment émulsifiants
sur les lipides (triglyceride, cholesterol...) pour favoriser leur
réabsorption par la muqueuse. ## Indication - exploration fonctionnelle
du foie (cholestase hépatique, ictère, insuffisance hépatocellulaire) -
exploration lithiase après une colique ou complication - suivi
cholestase chez la femme enceinte - exploration prurit inexplique
** Valeurs de référence (adulte)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-adulte
:END:
1-6 μ mol/L
** Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Mesure par photométrie du taux de formation de thio-NADH selon la
réaction acide biliarie -> acide biliaire oxydée consomment de Thio-NAD
et formation de thio-NADH
** Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- ne doivent pas être utilisé en cas de traitement par acide
ursodésoxycholique
- Écart < 10% avec triglycéride, acide ascorbique, bilirubine,
hémoglobine
** Augmentation et diminution
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: augmentation-et-diminution
:END:
Physiologique : augmente après les repas, en cas de grossesse, nutrition
parentérale Augmentation en cas de cholestase
- extra-hépatique : blocage mécanique (malformation, obstacle)
- intra-hépatique : atteinte du métabolisme des acides biliaires au
niveau des hépatocytes
#biochimie Doivent être apporté par l'alimentation:
- histidine, isoleucine, leucine, lysine, methionine, phenylalanine,
threonine, tryptophan, valine
Non-essentiels
- alanine, arginine, asparagine, aspartate, cysteine, glutamate,
glutamine, glycine, proline, serine, tyrosine
** Utilisé par la néoglucogenèse : glutamate, glutamine, alanine, aspartate, asparagine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utilisé-par-la-néoglucogenèse-glutamate-glutamine-alanine-aspartate-asparagine
:END:
Le glutamate sert à convertir ces acides aminé entre eux.
** Formé depuis l'aspartate : lysine, thréoine, méthionine, cystéine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: formé-depuis-laspartate-lysine-thréoine-méthionine-cystéine
:END:
** Proline
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: proline
:END:
NB: la proline a une structure en anneau rigide et va donc contraindre
fortement la structure de la protéine
** Sérine, glycine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sérine-glycine
:END:
Non essentiels, dérive de 3-phosphoglycérate
** Leucine, isoleucine, valine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leucine-isoleucine-valine
:END:
Essentiels. Squelette carboné venant du pyruvate
** Phenylaaline, tyrosine, tryptophan
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phenylaaline-tyrosine-tryptophan
:END:
"Aromatique".
#biochimie # Localisation, physiologie
L'aspartate transférase est une enzyme transaminase qui va transférer un
groupement amine depuis un acide aminé (aspartate) vers un acide
cétonique (acide α-cétoglutarique) selon la réaction
aspartate + acide α-cétoglutarique ↔ oxaloacétate + glutamate
L'ASAT est le point de départ de nombreuses réactions métaboliques (ex:
pyrimidine) et le glutamate est impliqué dans le cycle glucose-alanine.
Elle se trouve principalement dans les cellules hépatiques et
cardiaques, et dans une moindre mesure dans les muscles squelettiques,
reins, pancréas, globules rouges et cerveau.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
Il existe 2 isoenzymes : une dans le cytoplasme et une dans les
mitochondries. Une cytolyse va conduire à une libération dans le sang.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test enzymatique.
L'absorbance est mesurée par photométrie qui reflète la vitesse de
formation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
l'équation : oxaloacétate + NADH + H^{+} → malate + NAD^{+}
* Valeurs de référence [cite:@thomas2005consensus]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-thomas2005consensus
:END:
- homme < 50U/L
- femme < 35U/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- hémolyse
- gammapathie IgM (très rare)
/Note: les carences en vitamine B_{6} ne sont plus une interaction/
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Prélèvement non hémolysé
- tube hépariné (lithium, di- ou tri-potassique)
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologiques: augmentation à la naissance puis diminution jusque 6
ans [cite:@van2019davis], surcharge pondérale, exercice musculaire
violent
-
- iatrogène: aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane;
chronique :: isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique
- hépatite virale, autoimmune
- infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
- alcoolisme aigü/chronique
- inflammation modérée
- obstruction voie biliaire, cirrhose
#biochimie # Localisation, physiologie
L'alanine transférase est une enzyme transaminase qui va transférer un
groupement amine depuis un acide aminé (alanine) vers un acide cétonique
(acide α-cétoglutarique) selon la réaction
alanine + acide α-cétoglutarique ↔ pyruvate + glutamate
Le pyruvate sera utilisé dans la voie glycolytique et le glutamate dans
le cycle glucose-alanine.
L'ALAT se trouve dans le cytosol des cellules hépatiques et dans une
moindre mesure musculaires.
* Production
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: production
:END:
La cytolyse de cellules hépatiques va relarguer l'ALAT.
* Principe analytique de mesure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principe-analytique-de-mesure
:END:
Test enzymatique.
L'absorbance est mesurée par photométrie qui reflète la vitesse de
formnation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
l'équation :
pyruvate + NADH + H^{+} → lactate + NAD^{+}
* Valeurs de référence [cite:@thomas2005consensus]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: valeurs-de-référence-thomas2005consensus
:END:
- homme < 50U/L
- femme < 35U/L
* Principales interactions analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: principales-interactions-analytiques
:END:
- hémolyse
- hydroxycobalamine (vitamine B12) (diminution)
- sulfasalazine (anti-inflammatoire intestinal: Crohn...)
- gammapathie IgM (très rare)
/Note: les carences en vitamine B_{6} ne sont plus une interaction/
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vigilance-pré-analytiques-et-analytiques
:END:
- Prélèvement non hémolysé
- tube hépariné (lithium, di potassique)
* Variations [cite:@bonnefont2019explorations]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variations-bonnefont2019explorations
:END:
- physiologiques: grossesses (diminution modérée), surcharge pondérale
- iatrogène:
- aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane
- chronique : isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique par *cytolyse hépatique*:
- hépatite virale, autoimmune
- infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
- alcoolisme aigü/chronique
- obstruction voie biliaire, cirrhose
- inflammation modérée
* TODO Script
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-script
:END:
** TODO Classiques jaunes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-classiques-jaunes
:END:
Haskell
TODO: - [ ] Scripter rtorrent 1. Shell
[[https://elektito.com/2016/02/10/rtorrent-xmlrpc/]]
[[https://github.com/rakshasa/rtorrent/wiki/RPC-Setup-XMLRPC]] XMLrpc
est dans tools/ si on compile xmlrpc-c 2. WAIT Python
[[https://pyrocore.readthedocs.io/en/latest/]] Pas besoin de serveur
web 1. TODO Script d'install ne fonction pas sous freebsd Installer
coreutils Installer python2 TODO: remplacer md5sum par gmd5sum Changer
appels à test Utiliser avec bash ...sh python2 3. Haskell - [ ] Passer
tout en Text
** TODO Cairn
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-cairn
:END:
*** TODO Upload automatique ??
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-upload-automatique
:END:
*** TODO Translation par batch
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-translation-par-batch
:END:
API payante donc on fait un fichier texte contenant toutes les
descriptions.
=et d̊eviennent \ n et \ r donc il faut les remplacer. Format:=
#+begin_example
--- test1.json: $description
--- test2.json: $description
#+end_example
Haskel
*** Pour info: editer
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pour-info-editer
:END:
GET sur edit.php?id=XXX Puis POST sur takeedit.php
* TODO Upload
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-upload
:END:
* TODO Classiques Jaunes (638)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-classiques-jaunes-638
:END:
Attention, limite de téléchargement de PDF par heure
** TODO No author
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-no-author
:END:
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/dictionnaire-des-philosophes-francais-du-xviie-siecle-volume-i-ii-acteurs-et-reseaux-du-savoir.html%3E][Dictionnaire
des philosophes français du xviie siècle. Volume I - II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/tristan-et-yseut-les-tristan-en-vers-1.html%3E][Tristan
et Yseut]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/dictionnaire-montaigne.html%3E][Dictionnaire
Montaigne]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-nef-des-folles-1.html%3E][La
Nef des folles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/dictionnaire-economique-de-l-entrepreneur-1.html%3E][Dictionnaire
économique de l'entrepreneur]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-chevalier-aux-deux-epees-roman-arthurien-anonyme-du-xiiie-siecle-1.html%3E][Le
Chevalier aux deux épées]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-cheval-volant-en-bois.html%3E][Le
Cheval volant en bois]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-coran.html%3E][Le Coran]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-cent-nouvelles-nouvelles.html%3E][Les
Cent Nouvelles nouvelles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-art-de-la-conversation-anthologie.html%3E][L'Art
de la conversation]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-evangiles.html%3E][Les
Évangiles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-fleur-de-la-prose-francaise-depuis-les-origines-jusqu-a-la-fin-du-xvie-siecle-textes-choisis.html%3E][La
Fleur de la prose française depuis les origines jusqu'à la fin du XVIe
siècle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-fleur-de-la-poesie-francaise-depuis-les-origines-jusqu-a-la-fin-du-xve-siecle-textes-choisis.html%3E][La
Fleur de la poésie française depuis les origines jusqu'à la fin du XVe
siècle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/anthologie-poetique-francaise-du-xvie-siecle-tome-i-poemes-choisis.html%3E][Anthologie
poétique française du XVIe siècle. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/anthologie-poetique-francaise-du-xvie-siecle-tome-ii-poemes-choisis.html%3E][Anthologie
poétique française du XVIe siècle. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chrestomathie-du-moyen-age-morceaux-choisis-d-auteurs-francais.html%3E][Chrestomathie
du Moyen Âge]]
- [X] [[https://classiques-garnier.com/la-chanson-de-roland.html%3E][La
Chanson de Roland]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-satires-francaises-du-xvie-siecle-tome-i.html%3E][Les
Satires françaises du XVIe siècle. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-satires-francaises-du-xvie-siecle-tome-ii.html%3E][Les
Satires françaises du XVIe siècle. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-satires-francaises-du-xviie-siecle-tome-i.html%3E][Les
Satires françaises du XVIIe siècle. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-satires-francaises-du-xviie-siecle-tome-ii.html%3E][Les
Satires françaises du XVIIe siècle. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/satyre-menippee-de-la-vertu-du-catholicon-d-espagne-et-de-la-tenue-des-estatz-de-paris-mdxciii.html%3E][Satyre
Ménippée de la vertu du catholicon d'Espagne et de la tenue des estatz
de Paris MDXCIII]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-theatre-inedit-du-xixe-siecle-tome-i.html%3E][Le
Théâtre inédit du XIXe siècle. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-theatre-inedit-du-xixe-siecle-tome-ii.html%3E][Le
Théâtre inédit du XIXe siècle. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/theatre-de-la-foire-recueil-de-pieces-representees-aux-foires-saint-germain-et-saint-laurent.html%3E][Théâtre
de la foire]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/theatre-de-la-revolution.html%3E][Théâtre
de la Révolution]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/anthologie-poetique-francaise-du-xviie-siecle-tome-i-poemes-choisis.html%3E][Anthologie
poétique française du xviie siècle. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/anthologie-poetique-francaise-du-xviie-siecle-tome-ii-poemes-choisis.html%3E][Anthologie
poétique française du xviie siècle. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/anthologie-poetique-francaise-du-xviiie-siecle-poemes-choisis.html%3E][Anthologie
poétique française du xviiie siècle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-imitation-de-jesus-christ.html%3E][L'Imitation
de Jésus-Christ]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-chefs-d-oeuvre-du-theatre-espagnol-ancien-et-moderne-tome-i-lope-de-vega-tirso-de-molina-augustin-moreto.html%3E][Les
Chefs-d'œuvre du théâtre espagnol ancien et moderne. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-chefs-d-oeuvre-du-theatre-espagnol-ancien-et-moderne-tome-ii-calderon-alarcon.html%3E][Les
Chefs-d'œuvre du théâtre espagnol ancien et moderne. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-mille-et-un-jours-contes-orientaux.html%3E][Les
Mille et Un Jours]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chansons-de-geste-roland-aimeri-de-narbonne-et-le-couronnement-de-louis-1.html%3E][Chansons
de geste]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/recueil-de-farces-soties-et-moralites-du-xve-siecle-1.html%3E][Recueil
de farces, soties et moralités du XVe siècle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/tragedies-et-recits-de-martyres-en-france-fin-xvie-debut-xviie-siecle-1.html%3E][Tragédies
et récits de martyres en France (fin xvie -- début xviie siècle)]] ##
TODO Abbé de Voisenon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-suivis-des-poesies-fugitives.html%3E][Contes
suivis des Poésies fugitives]] ## TODO Adam Mickiewicz
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/pan-tadeusz.html%3E][Pan
Tadeusz]] ## TODO Alain-Fournier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-grand-meaulnes-precede-de-miracles-alain-fournier-par-jacques-riviere.html%3E][Le
Grand Meaulnes précédé de Miracles, Alain-Fournier par Jacques
Rivière]] ## TODO Alain-René Lesage
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-gil-blas-de-santillane-tome-i.html%3E][Histoire
de Gil Blas de Santillane. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-gil-blas-de-santillane-tome-ii.html%3E][Histoire
de Gil Blas de Santillane. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-guzman-d-alfarache.html%3E][Histoire
de Guzman d'Alfarache]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-diable-boiteux.html%3E][Le
Diable boîteux]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lesage-alain-rene-theatre-turcaret-crispin-rival-de-son-maitre-la-tontine.html%3E][Théâtre]]
## TODO Alessandro Manzoni
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-fiances-tome-i-chapitres-i-xix.html%3E][Les
Fiancés. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-fiances-tome-ii-chapitres-xx-xxxviii.html%3E][Les
Fiancés. Tome II]] ## TODO Alexandre Pouchkine
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-dame-de-pique-et-autres-nouvelles.html%3E][La
Dame de Pique et autres nouvelles]] ## TODO Alexis Piron
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/piron-alexis-oeuvres-choisies.html%3E][Œuvres
choisies]] ## TODO Alfred de Musset
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/contes-5.html%3E][Contes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-premieres-poesies-1829-1835-oeuvres-completes-1.html%3E][Premières
Poésies 1829-1835]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-la-confession-d-un-enfant-du-siecle-oeuvres-completes-6.html%3E][La
Confession d'un enfant du siècle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-comedies-et-proverbes-i-oeuvres-completes-3.html%3E][Comédies
et proverbes. I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-comedies-et-proverbes-ii-oeuvres-completes-3.html%3E][Comédies
et proverbes. II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-poesies-nouvelles-suivies-des-poesies-complementaires-et-des-poesies-posthumes-oeuvres-completes-2.html%3E][Poésies
nouvelles suivies des Poésies complémentaires et des Poésies
posthumes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-melanges-de-litterature-et-de-critique-i-oeuvres-completes-7.html%3E][Mélanges
de littérature et de critique. I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-melanges-de-litterature-et-de-critique-ii-oeuvres-completes-7.html%3E][Mélanges
de littérature et de critique. II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/musset-alfred-de-nouvelles-oeuvres-completes-4.html%3E][Nouvelles]]
## TODO Alfred de Vigny
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/servitude-et-grandeur-militaires.html%3E][Servitude
et grandeur militaires]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/stello-suivi-de-daphne.html%3E][Stello
suivi de Daphné]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/poesies-completes.html%3E][Poésies
complètes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vigny-alfred-de-theatre-complet-en-vers-compositions-d-apres-shakespeare-tome-i-le-more-de-venise-shylock-romeo-et-juliette.html%3E][Théâtre
complet en vers (compositions d'après Shakespeare). Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vigny-alfred-de-theatre-complet-en-prose-tome-ii-la-marechale-d-ancre-quitte-pour-la-peur-chatterton.html%3E][Théâtre
complet en prose. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cinq-mars-ou-une-conjuration-sous-louis-xiii.html%3E][Cinq-Mars
ou une Conjuration sous Louis XIII]] ## TODO Alphonse Daudet
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/tartarin-de-tarascon.html%3E][Tartarin
de Tarascon]] ## TODO Alphonse de Lamartine
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/meditations.html%3E][Méditations]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/recueillements-poetiques.html%3E][Recueillements
poétiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/graziella-suivie-de-raphael.html%3E][Graziella
suivie de Raphaël]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/jocelyn-episode-journal-trouve-chez-un-cure-de-village.html%3E][Jocelyn
Épisode]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/harmonies-poetiques-et-religieuses.html%3E][Harmonies
poétiques et religieuses]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-la-revolution-de-1848-tome-ii-livres-ix-xv.html%3E][Histoire
de la Révolution de 1848. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cours-familier-de-litterature-tome-i-extraits.html%3E][Cours
familier de littérature. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cours-familier-de-litterature-tome-ii-extraits.html%3E][Cours
familier de littérature. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-la-revolution-de-1848-tome-i-livres-i-viii.html%3E][Histoire
de la Révolution de 1848. Tome I]] ## TODO André Chénier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chenier-andre-oeuvres-poetiques-tome-i-bucoliques-epigrammes-poesies-diverses-elegies.html%3E][Œuvres
poétiques. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chenier-andre-oeuvres-poetiques-tome-ii-epitres-poemes-theatre-hymnes-odes-iambes-poesies-diverses.html%3E][Œuvres
poétiques. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chenier-andre-oeuvres-en-prose-oeuvres-politiques-correspondance-et-pieces-justificatives.html%3E][Œuvres
en prose]] ## TODO André Suarès
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-premiers-ecrits-documents-et-manuscrits-1.html%3E][Les
Premiers Écrits : documents et manuscrits]] ## TODO Ann Radcliffe
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-roman-de-la-foret-1.html%3E][Le
Roman de la forêt]] ## TODO Anne Cadin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-moment-americain-du-roman-francais-1945-1950-1.html%3E][Le
Moment américain du roman français (1945-1950)]] ## TODO Antoine
Furetière
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-roman-bourgeois.html%3E][Le
Roman bourgeois]] ## TODO Antoine Galland
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-mille-et-une-nuits-contes-arabes-tome-i.html%3E][Les
Mille et Une Nuits Contes arabes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-mille-et-une-nuits-contes-arabes-tome-ii.html%3E][Les
Mille et Une Nuits Contes arabes. Tome II]] ## TODO Antoine Hamilton
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-du-comte-de-gramont.html%3E][Mémoires
du comte de Gramont]] ## TODO Antoine de La Sale
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-quinze-joyes-de-mariage-1.html%3E][Les
Quinze Joyes de mariage]] ## TODO Antonio Rocco
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/amour-est-un-pur-interet-suivi-de-de-la-laideur-1.html%3E][Amour
est un pur intérêt suivi de De la laideur]] ## TODO Antonio de Guevara
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/du-mespris-de-la-court-de-la-louange-de-la-vie-rustique-1.html%3E][Du
mespris de la court & de la louange de la vie rustique]] ## TODO
Arthur de Gobineau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-mouchoir-rouge-et-autres-nouvelles.html%3E][Le
Mouchoir rouge et autres nouvelles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouvelles-asiatiques.html%3E][Nouvelles
asiatiques]] ## TODO Astolphe de Custine
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-russie-en-1839.html%3E][La
Russie en 1839]] ## TODO Auguste Barthélemy
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/nemesis.html%3E][Némésis]] ##
TODO Auguste Brizeux
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/brizeux-auguste-oeuvres-tome-i-marie-telen-arvor-furnez-breiz.html%3E][Œuvres.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/brizeux-auguste-oeuvres-tome-ii-les-bretons.html%3E][Œuvres.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/brizeux-auguste-oeuvres-tome-iii-la-fleur-d-or-histoires-poetiques-livres-i-ii.html%3E][Œuvres.
Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/brizeux-auguste-oeuvres-tome-iv-histoires-poetiques-livres-iii-vii-poetique-nouvelle-suivies-d-oeuvres-inedites.html%3E][Œuvres.
Tome IV]] ## TODO Auguste Comte
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cours-de-philosophie-positive-tome-i-discours-sur-l-esprit-positif.html%3E][Cours
de philosophie positive. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cours-de-philosophie-positive-tome-ii-discours-sur-l-esprit-positif.html%3E][Cours
de philosophie positive. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/catechisme-positiviste-ou-sommaire-exposition-de-la-religion-universelle.html%3E][Catéchisme
positiviste ou sommaire exposition de la religion universelle]] ##
TODO Auguste de Villiers de l'Isle-Adam
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-cruels-suivis-des-nouveaux-contes-cruels.html%3E][Contes
cruels suivis des Nouveaux Contes cruels]] ## TODO Augustin Thierry
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-recits-des-temps-merovingiens-precedes-des-considerations-sur-l-histoire-de-france-i-oeuvres-completes-5.html%3E][Récits
des temps mérovingiens précédés des Considérations sur l'histoire de
France. I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-recits-des-temps-merovingiens-precedes-des-considerations-sur-l-histoire-de-france-ii-oeuvres-completes-5.html%3E][Récits
des temps mérovingiens précédés des Considérations sur l'histoire de
France. II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-lettres-sur-l-histoire-de-france-oeuvres-completes-1.html%3E][Lettres
sur l'histoire de France]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-dix-ans-d-etudes-historiques-oeuvres-completes-2.html%3E][Dix
ans d'études historiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-i-iii-oeuvres-completes-3.html%3E][Histoire
de la conquête de l'Angleterre par les Normands. Livres I-III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-iv-vii-oeuvres-completes-3.html%3E][Histoire
de la conquête de l'Angleterre par les Normands. Livres IV-VII]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livres-viii-x-oeuvres-completes-3.html%3E][Histoire
de la conquête de l'Angleterre par les Normands. Livres VIII-X]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-histoire-de-la-conquete-de-l-angleterre-par-les-normands-livre-xi-oeuvres-completes-3.html%3E][Histoire
de la conquête de l'Angleterre par les Normands. Livre XI]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/thierry-augustin-essai-sur-l-histoire-de-la-formation-et-des-progres-du-tiers-etat-oeuvres-completes-4.html%3E][Essai
sur l'histoire de la formation et des progrès du Tiers-État]] ## TODO
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- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-ensorcelee-1.html%3E][L'Ensorcelée]]
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- [ ]
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Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/spinoza-baruch-oeuvres-tome-iii-traite-politique-et-lettres.html%3E][Œuvres.
Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/spinoza-baruch-oeuvres-tome-i.html%3E][Œuvres.
Tome I]] ## TODO Benjamin Constant
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/adolphe-anecdote-trouvee-dans-les-papiers-d-un-inconnu.html%3E][Adolphe]]
## TODO Benoît Santiano
- [ ]
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Monnaie, le Prince et le Marchand]] ## TODO Benvenuto Cellini
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complètes. Tome I]] ## TODO Bernard Pingaud
- [ ]
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des oisifs]] ## TODO Bernardin de Saint-Pierre
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/paul-et-virginie-1.html%3E][Paul
et Virginie]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/paul-et-virginie.html%3E][Paul et
Virginie]] ## TODO Blaise Pascal
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-provinciales-1.html%3E][Les
Provinciales]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/pensees-opuscules-et-lettres-1.html%3E][Pensées
opuscules et lettres]] ## TODO Bonaventure des Périers
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-ou-nouvelles-recreations-et-joyeux-devis-suivis-du-cymbalum-mundi.html%3E][Contes
ou Nouvelles Récréations et joyeux devis suivis du Cymbalum Mundi]] ##
TODO Bono Giamboni
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-livre-des-vices-et-des-vertus-2.html%3E][Le
Livre des vices et des vertus]] ## TODO Brantôme
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-dames-galantes.html%3E][Les
Dames galantes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vies-des-dames-illustres-francoises-et-etrangeres.html%3E][Vies
des dames illustres, françoises et étrangères]] ## TODO Carolina
Armenteros
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-idee-francaise-de-l-histoire-joseph-de-maistre-et-sa-posterite-1794-1854-1.html%3E][L'Idée
française de l'histoire]] ## TODO Casimir Delavigne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-iii-poesies.html%3E][Œuvres
complètes. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-i-theatre.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/delavigne-casimir-oeuvres-completes-tome-ii-theatre.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]] ## TODO Charles Coypeau d' Assoucy
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/aventures-burlesques.html%3E][Aventures
burlesques]] ## TODO Charles Dickens
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-aventures-d-olivier-twist.html%3E][Les
Aventures d'Olivier Twist]] ## TODO Charles Millevoye
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/millevoye-charles-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Charles Nodier
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/contes-4.html%3E][Contes]] ##
TODO Charles Sorel
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-comique-de-francion.html%3E][Histoire
comique de Francion]] ## TODO Charles-Albert Demoustier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lettres-a-emilie-sur-la-mythologie.html%3E][Lettres
à Émilie sur la mythologie]] ## TODO Charles-Augustin Sainte-Beuve
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-et-son-groupe-litteraire-sous-l-empire-tome-i-cours-professe-a-liege-en-1848-1849.html%3E][Chateaubriand
et son groupe littéraire sous l'Empire. Tome I]]
- [X] [[https://classiques-garnier.com/volupte.html%3E][Volupté]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-moyen-age-villehardouin-joinville-froissart-villon-commynes-charles-d-orleans.html%3E][Les
Grands Écrivains français du Moyen Âge]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xvie-siecle-les-prosateurs-marguerite-de-navarre-rabelais-montluc-amyot-pasquier-la-boetie-montaigne-charron-agrippa-d-aubigne.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIe siècle Les prosateurs]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xvie-siecle-les-poetes-ronsard-du-bellay-louise-labe-du-bartas-desportes.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIe siècle Les poètes]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-ecrivains-et-orateurs-religieux-saint-francois-de-sales-bossuet-flechier-bourdaloue-fenelon-massillon.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIe siècle Écrivains et orateurs
religieux]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-poetes-malherbe-racan-maynard-mathurin-regnier-theophile-de-viau-saint-amant-voiture-la-fontaine-boileau.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les poètes]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-memorialistes-epistoliers-romanciers-le-cardinal-de-retz-madame-de-sevigne-madame-de-la-fayette-hamilton-saint-simon.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIe siècle Mémorialistes, épistoliers,
romanciers]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-auteurs-dramatiques-et-poetes-beaumarchais-florian-andre-chenier.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Auteurs dramatiques et
poètes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-philosophes-et-savants-tome-i-fontenelle-montesquieu-buffon-diderot.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Philosophes et savants.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-philosophes-et-savants-tome-ii-jean-jacques-rousseau-bernardin-de-saint-pierre.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Philosophes et savants.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-voltaire-sa-vie-et-sa-correspondance.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Voltaire]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviiie-siecle-romanciers-et-moralistes-lesage-marivaux-l-abbe-prevost-vauvenargues-chamfort-rivarol.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIIe siècle Romanciers et moralistes]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-poetes-tome-i-lamartine-vigny.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome I]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-poetes-tome-ii-hugo-musset-theophile-gautier.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome II]]
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Grands Écrivains français du XIXe siècle Les poètes. Tome III]]
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[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-romanciers-tome-i-xavier-de-maistre-benjamin-constant-senancour-stendhal-balzac.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Les romanciers. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-les-romanciers-tome-ii-merimee-george-sand-fromentin-flaubert-edmond-et-jules-de-goncourt.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Les romanciers. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-i-joseph-de-maistre-joubert-de-bonald-paul-louis-courier.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-ii-la-mennais-victor-cousin-jouffroy.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-philosophes-et-essayistes-tome-iii-lacordaire-montalembert-louis-veuillot-renan-taine.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Philosophes et essayistes.
Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-chateaubriand.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Chateaubriand]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xixe-siecle-madame-de-stael.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XIXe siècle Mme de Stael]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-et-son-groupe-litteraire-sous-l-empire-tome-ii-cours-professe-a-liege-en-1848-1849.html%3E][Chateaubriand
et son groupe littéraire sous l'Empire. Tome II]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/pages-choisies-de-port-royal-tome-i.html%3E][Pages
choisies de Port-Royal. Tome I]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/pages-choisies-de-port-royal-tome-ii.html%3E][Pages
choisies de Port-Royal. Tome II]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-i.html%3E][Causeries
du lundi. Tome I]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-ii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome II]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-iii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome III]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-iv.html%3E][Causeries
du lundi. Tome IV]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-ix.html%3E][Causeries
du lundi. Tome IX]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-v.html%3E][Causeries
du lundi. Tome V]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-vi.html%3E][Causeries
du lundi. Tome VI]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-vii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome VII]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-viii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome VIII]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-x.html%3E][Causeries
du lundi. Tome X]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xi.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XI]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XII]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xiii.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XIII]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xiv.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XIV]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xv.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XV]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xvi-table-generale-et-analytique.html%3E][Causeries
du lundi. Tome XVI]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-poetes-dramatiques-corneille-moliere-racine-regnard.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les poètes dramatiques]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-grands-ecrivains-francais-du-xviie-siecle-les-philosophes-et-moralistes-descartes-saint-evremond-la-rochefoucault-pascal-la-bruyere-pierre-bayle.html%3E][Les
Grands Écrivains français du XVIIe siècle Les philosophes et
moralistes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/portraits-de-femmes.html%3E][Portraits
de femmes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-i.html%3E][Portraits
littéraires. Tome I]]
- [ ] [Portraits littéraires. Tome
II](https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-ii.html>](https://classiques-garnier.com/causeries-du-lundi-tome-xvi-table-generale-et-analytique.html>)
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/portraits-litteraires-tome-iii.html%3E][Portraits
littéraires. Tome III]] ## TODO Chevalier de Mouhy
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-mouche-ou-les-aventures-de-m-bigand.html%3E][La
Mouche ou les Aventures de M. Bigand]] ## DONE Choderlos de Laclos
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/les-liaisons-dangereuses.html%3E][Les
Liaisons dangereuses]] ## TODO Christie McDonald
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/french-global-une-nouvelle-perspective-sur-l-histoire-litteraire-1.html%3E][French
Global]] ## TODO Christophe Martin
- [ ] []« Éducations négatives
»](https://classiques-garnier.com/educations-negatives-fictions-d-experimentation-pedagogique-au-xviiie-siecle.html>)
## TODO Chrétien de Troyes
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-chevalier-de-la-charrette-lancelot-1.html%3E][Le
Chevalier de la charrette]] ## TODO Claude Crébillon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-i.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-ii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-iii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/crebillon-claude-oeuvres-completes-tome-iv.html%3E][Œuvres
complètes. Tome IV]] ## TODO Clément Marot
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/marot-clement-oeuvres-poetiques-completes-tome-i.html%3E][Œuvres
poétiques complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/marot-clement-oeuvres-poetiques-completes-tome-ii.html%3E][Œuvres
poétiques complètes. Tome II]] ## DONE Condorcet
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/ecrits-sur-les-etats-unis-1.html%3E][Écrits
sur les États-Unis]] ## DONE Confucius
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/doctrine-ou-les-quatre-livres-de-philosophie-morale-et-politique-de-la-chine.html%3E][Doctrine
ou les Quatre Livres de philosophie morale et politique de la Chine]]
## TODO Cyrano de Bergerac
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cyrano-de-bergerac-oeuvres-diverses.html%3E][Œuvres
diverses]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-autre-monde-ou-les-etats-et-empires-de-la-lune-et-du-soleil.html%3E][L'Autre
Monde ou les États et empires de la lune et du soleil]] ## TODO Daniel
Defoe
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/robinson-crusoe.html%3E][Robinson
Crusoé]] ## TODO Dante Alighieri
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-divine-comedie.html%3E][La
Divine Comédie]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/vie-nouvelle-1.html%3E][Vie
nouvelle]] ## TODO David Herbert Lawrence
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouvelles-completes-tome-i.html%3E][Nouvelles
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouvelles-completes-tome-ii.html%3E][Nouvelles
complètes. Tome II]] ## TODO Delphine Nicolas-Pierre
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/simone-de-beauvoir-l-existence-comme-un-roman-1.html%3E][Simone
de Beauvoir, l'existence comme un roman]] ## TODO Denis Diderot
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-pour-catherine-ii.html%3E][Mémoires
pour Catherine II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-philosophiques.html%3E][Œuvres
philosophiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-esthetiques.html%3E][Œuvres
esthétiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-politiques.html%3E][Œuvres
politiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/diderot-denis-oeuvres-romanesques.html%3E][Œuvres
romanesques]] ## TODO Donald Frame
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/montaigne-une-vie-une-oeuvre.html%3E][Montaigne]]
## TODO E.T.A. Hoffmann
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-nocturnes-1.html%3E][Contes
nocturnes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-recits-et-nouvelles-choisis.html%3E][Contes,
récits et nouvelles choisis]] ## TODO Edgar Allan Poe
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-policiers-et-autres-1.html%3E][Contes
policiers et autres]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouvelles-histoires-extraordinaires.html%3E][Nouvelles
Histoires extraordinaires]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoires-extraordinaires.html%3E][Histoires
extraordinaires]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoires-grotesques-et-serieuses-suivies-des-derniers-contes.html%3E][Histoires
grotesques et sérieuses suivies des Derniers contes]] ## TODO Edme
Boursault
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/boursault-edme-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Elsa de Lavergne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-naissance-du-roman-policier-francais-du-second-empire-a-la-premiere-guerre-mondiale-1.html%3E][La
Naissance du roman policier français]] ## TODO Emily Brontë
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/hurlemont-wuthering-heights.html%3E][Hurlemont]]
## TODO Eugène Fromentin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-maitres-d-autrefois.html%3E][Les
Maîtres d'autrefois]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/dominique-1.html%3E][Dominique]]
## TODO Eugène-Melchior de Vogüé
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-roman-russe-1.html%3E][Le
Roman russe]] ## TODO Fiodor Dostoïevski
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-freres-karamazov.html%3E][Les
Frères Karamazov]] ## TODO Florence Prudhomme
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cahiers-de-memoire-kigali-2019-1.html%3E][Cahiers
de mémoire, Kigali, 2019]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/cahiers-de-memoire-kigali-2014-1.html%3E][Cahiers
de mémoire, Kigali, 2014]] ## TODO Florent Carton Dancourt
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/dancourt-florent-carton-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Fontenelle
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/digression-sur-les-anciens-et-les-modernes-et-autres-textes-philosophiques-1.html%3E][Digression
sur les Anciens et les Modernes et autres textes philosophiques]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/eloges.html%3E][Éloges]] ## TODO
Francesco Orlando
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-objets-desuets-dans-l-imagination-litteraire-ruines-reliques-raretes-rebuts-lieux-inhabites-et-tresors-caches-1.html%3E][Les
Objets désuets dans l'imagination littéraire]] ## TODO Francisco Luís
Gomes
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-brahmanes-1.html%3E][Les
Brahmanes]] ## TODO François Béroalde de Verville
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-moyen-de-parvenir-oeuvre-contenant-la-raison-de-tout-ce-qui-a-ete-est-et-sera.html%3E][Le
Moyen de parvenir]] ## TODO François Maynard
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/poesies-1646.html%3E][Poésies
(1646)]] ## TODO François Pétrarque
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-chansonnier-canzoniere.html%3E][Le
Chansonnier]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/petrarque-francois-oeuvres-amoureuses-sonnets-et-triomphes.html%3E][Œuvres
amoureuses]] ## TODO François Rabelais
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/rabelais-francois-oeuvres-completes-tome-ii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/rabelais-francois-oeuvres-completes-tome-i.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]] ## TODO François Vidocq
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-i-chapitres-i-xxx.html%3E][Mémoires.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii-chapitres-xxxi-lxxvii.html%3E][Mémoires.
Tome II]] ## TODO François Villon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/villon-francois-oeuvres-1.html%3E][Œuvres]]
## TODO François de Malherbe
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/poesies-5.html%3E][Poésies]] ##
TODO François-René de Chateaubriand
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/atala-suivi-de-rene-et-des-aventures-du-dernier-abencerage.html%3E][Atala
suivi de René et des Aventures du dernier Abencérage]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-ii-oeuvres-completes-13.html%3E][Mémoires
d'outre-tombe. II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-iv-oeuvres-completes-13.html%3E][Mémoires
d'outre-tombe. IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-les-martyrs-ou-le-triomphe-de-la-religion-chretienne-oeuvres-completes-4.html%3E][Les
Martyrs ou le Triomphe de la religion chrétienne]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-i-oeuvres-completes-2.html%3E][Génie
du christianisme. I]]
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-ii-oeuvres-completes-2.html%3E][Génie
du christianisme. II]]
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-genie-du-christianisme-suivi-de-la-defense-du-genie-du-christianisme-iii-oeuvres-completes-2.html%3E][Génie
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-itineraire-de-paris-a-jerusalem-oeuvres-completes-5.html%3E][Itinéraire
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-memoires-d-outre-tombe-iii-oeuvres-completes-13.html%3E][Mémoires
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littéraires]]
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de France suivie des Quatre Stuarts et de la Vie de Rancé]]
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-melanges-politiques-suivis-de-polemique-preface-oeuvres-completes-7.html%3E][Mélanges
politiques suivis de Polémique (préface)]]
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-congres-de-verone-suivi-de-la-guerre-d-espagne-oeuvres-completes-12.html%3E][Congrés
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[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-polemique-suivie-des-opinions-et-discours-politiques-et-de-fragments-divers-oeuvres-completes-8.html%3E][Polémique
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- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chateaubriand-francois-rene-de-essai-sur-les-revolutions-anciennes-et-modernes-oeuvres-completes-1.html%3E][Essai
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- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lettres-d-une-peruvienne-1.html%3E][Lettres
d'une Péruvienne]] ## TODO Friedrich von Schiller
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-tome-i-etude-sur-la-vie-de-schiller-les-brigands-la-conjuration-de-fiesque-et-intrigue-et-amour.html%3E][Œuvres
dramatiques. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-tome-ii-don-carlos-wallenstein-le-misanthrope-et-semele.html%3E][Œuvres
dramatiques. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/schiller-friedrich-von-oeuvres-dramatiques-suivies-de-plans-et-fragments-tome-iii-marie-stuart-la-pucelle-d-orleans-la-fiancee-de-messine-et-guillaume-tell.html%3E][Œuvres
dramatiques suivies de plans et fragments. Tome III]] ## TODO Félicité
de Lamennais
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/de-l-art-et-du-beau.html%3E][De
l'Art et du Beau]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lamennais-felicite-de-oeuvres-paroles-d-un-croyant-livre-du-peuple-une-voix-de-prison-melanges-du-passe-et-de-l-avenir-du-peuple-de-l-esclavage-moderne.html%3E][Œuvres]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-la-societe-premiere-et-de-ses-lois-ou-de-la-religion.html%3E][De
la Société première et de ses lois ou de la Religion]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/affaires-de-rome-des-maux-de-l-eglise-et-de-la-societe.html%3E][Affaires
de Rome]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-i-parties-i-et-ii.html%3E][Essai
sur l'indifférence en matière de religion. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-ii-parties-iii-et-iv.html%3E][Essai
sur l'indifférence en matière de religion. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-iii-partie-iv-suite.html%3E][Essai
sur l'indifférence en matière de religion. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essai-sur-l-indifference-en-matiere-de-religion-tome-iv-partie-iv-suite-et-fin.html%3E][Essai
sur l'indifférence en matière de religion. Tome IV]] ## TODO Fénelon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/dialogues-sur-l-eloquence.html%3E][Dialogues
sur l'éloquence]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-la-vie-interieure.html%3E][Lectures
spirituelles sur la vie intérieure]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-l-existence-de-dieu-et-autres-oeuvres-choisies.html%3E][De
l'existence de Dieu et autres œuvres choisies]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-aventures-de-telemaque.html%3E][Les
Aventures de Télémaque]] ## TODO Georg Luck
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/arcana-mundi-magie-et-occulte-dans-les-mondes-grec-et-romain-1.html%3E][Arcana
Mundi]] ## TODO George Sand
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/indiana.html%3E][Indiana]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-maitres-sonneurs.html%3E][Les
Maîtres sonneurs]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-petite-fadette.html%3E][La
Petite Fadette]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-mare-au-diable-suivie-de-francois-le-champi.html%3E][La
Mare au diable suivie de François le Champi]] ## TODO Georges Feydeau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-ii.html%3E][Théâtre
complet. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-iii.html%3E][Théâtre
complet. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-iv.html%3E][Théâtre
complet. Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/feydeau-georges-theatre-complet-tome-i.html%3E][Théâtre
complet. Tome I]] ## TODO Gottfried Wilhelm Leibniz
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/leibniz-gottfried-wilhelm-oeuvres-choisies.html%3E][Œuvres
choisies]] ## TODO Gregorio Martínez Sierra
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/jardin-ensoleille.html%3E][Jardin
ensoleillé]] ## TODO Gustave Flaubert
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-tentation-de-saint-antoine.html%3E][La
Tentation de saint Antoine]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/salammbo.html%3E][Salammbô]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/trois-contes-un-coeur-simple-la-legende-de-saint-julien-l-hospitalier-et-herodias.html%3E][Trois
Contes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/bouvard-et-pecuchet.html%3E][Bouvard
et Pécuchet]]
- [X]
[[https://classiques-garnier.com/madame-bovary-moeurs-de-province.html%3E][Madame
Bovary]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-education-sentimentale-histoire-d-un-jeune-homme.html%3E][L'Éducation
sentimentale]] ## TODO Guy de Maupassant
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-horla-et-autres-contes-cruels-et-fantastiques.html%3E][Le
Horla et autres Contes cruels et fantastiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-parure-et-autres-contes-parisiens.html%3E][La
Parure et autres contes parisiens]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/boule-de-suif-et-autres-contes-normands.html%3E][Boule
de suif et autres contes normands]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/bel-ami.html%3E][Bel-Ami]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/pierre-et-jean.html%3E][Pierre et
Jean]] ## TODO Gédéon Tallemant des Réaux
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-i.html%3E][Les
Historiettes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-ii.html%3E][Les
Historiettes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-iii.html%3E][Les
Historiettes. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-iv.html%3E][Les
Historiettes. Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-v.html%3E][Les
Historiettes. Tome V]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-vi.html%3E][Les
Historiettes. Tome VI]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-tome-vii.html%3E][Les
Historiettes. Tome VII]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-historiettes-suivies-de-la-table-generale-tome-viii.html%3E][Les
Historiettes suivies de la table générale. Tome VIII]] ## TODO Gérard
de Nerval
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-nuits-d-octobre-suivi-de-contes-et-faceties.html%3E][Les
Nuits d'octobre suivi de Contes et Facéties]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-filles-du-feu.html%3E][Les
Filles du feu]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-orientale-tome-1-les-femmes-du-caire.html%3E][Scènes
de la vie orientale. Tome 1]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-orientale-tome-2-les-femmes-du-liban.html%3E][Scènes
de la vie orientale. Tome 2]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/aurelia-ou-le-reve-et-la-vie.html%3E][Aurélia
ou le Rêve et la Vie]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nerval-gerard-de-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Hans Christian Andersen
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-iv.html%3E][Contes
danois. Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-v.html%3E][Contes
danois. Tome V]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-i.html%3E][Contes
danois. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-ii.html%3E][Contes
danois. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-danois-tome-iii.html%3E][Contes
danois. Tome III]] ## TODO Harriet Beecher Stowe
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-case-de-l-oncle-tom-ou-la-vie-des-negres-en-amerique.html%3E][La
Case de l'oncle Tom ou la Vie des nègres en Amérique]] ## TODO
Heinrich Heine
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-livre-des-chants.html%3E][Le
Livre des chants]] ## TODO Henri Beyle, dit Stendhal
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/de-l-amour.html%3E][De l'amour]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-chartreuse-de-parme.html%3E][La
Chartreuse de Parme]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/armance.html%3E][Armance]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/vie-de-henry-brulard.html%3E][Vie
de Henry Brulard]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-abbesse-de-castro-suivie-de-vittoria-accoramboni-les-cenci-la-duchesse-de-palliano-vanina-vanini-le-coffre-et-le-revenant-le-philtre.html%3E][L'Abbesse
de Castro suivie de Vittoria Accoramboni, Les Cenci, La Duchesse de
Palliano, Vanina Vanini, Le Coffre et le Revenant, Le Philtre]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-rouge-et-le-noir-chronique-du-xixe-siecle.html%3E][Le
Rouge et le Noir]] ## TODO Henri de Régnier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/correspondance-1893-1936-1.html%3E][Correspondance
(1893-1936)]] ## TODO Henri-Dominique Lacordaire
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sainte-marie-madeleine.html%3E][Sainte
Marie-Madeleine]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vie-de-saint-dominique-precedee-du-memoire-pour-le-retablissement-en-france-de-l-ordre-des-freres-precheurs.html%3E][Vie
de saint Dominique précédée du Mémoire pour le rétablissement en
France de l'Ordre des Frères prêcheurs]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-i-annees-1835-1836-et-1843.html%3E][Conférences
de Notre-Dame de Paris. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-ii-annees-1844-1845.html%3E][Conférences
de Notre-Dame de Paris. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-iii-annees-1846-1848.html%3E][Conférences
de Notre-Dame de Paris. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-tome-iv-annees-1849-1850.html%3E][Conférences
de Notre-Dame de Paris. Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conferences-de-notre-dame-de-paris-suivies-des-conferences-de-toulouse-tome-v-annees-1851-1854.html%3E][Conférences
de Notre-Dame de Paris suivies des Conférences de Toulouse. Tome V]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/notices-et-panegyriques.html%3E][Notices
et panégyriques]] ## TODO Henry Fielding
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-tom-jones-ou-l-enfant-trouve-1750.html%3E][Histoire
de Tom Jones, ou l'Enfant trouvé (1750)]] ## TODO Henry Murger
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-bonhomme-jadis.html%3E][Le
Bonhomme Jadis]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-pays-latin-suivi-des-buveurs-d-eau-et-de-la-scene-du-gouverneur.html%3E][Le
Pays latin suivi des Buveurs d'Eau et de La Scène du Gouverneur]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/scenes-de-la-vie-de-boheme.html%3E][Scènes
de la vie de bohème]] ## TODO Honorat de Bueil de Racan
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-bergeries-et-autres-poesies-lyriques.html%3E][Les
Bergeries et autres poésies lyriques]] ## TODO Honoré de Balzac
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-des-treize-ferragus-la-duchesse-de-langeais-la-fille-aux-yeux-d-or.html%3E][Histoire
des treize]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-illustre-gaudissart-suivi-de-la-muse-du-departement.html%3E][L'Illustre
Gaudissart suivi de La Muse du département]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-petits-bourgeois.html%3E][Les
Petits Bourgeois]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-cure-de-tours-suivi-de-pierrette.html%3E][Le
Curé de Tours suivi de Pierrette]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-rabouilleuse.html%3E][La
Rabouilleuse]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/illusions-perdues.html%3E][Illusions
perdues]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-cousin-pons.html%3E][Le Cousin
Pons]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-cousine-bette.html%3E][La
Cousine Bette]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-colonel-chabert-suivi-de-honorine-et-de-l-interdiction.html%3E][Le
Colonel Chabert suivi de Honorine et de L'Interdiction]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-femme-de-trente-ans.html%3E][La
Femme de trente ans]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-lys-dans-la-vallee.html%3E][Le
Lys dans la vallée]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-peau-de-chagrin.html%3E][La
Peau de chagrin]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/eugenie-grandet.html%3E][Eugénie
Grandet]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-pere-goriot.html%3E][Le Père
Goriot]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/beatrix.html%3E][Béatrix]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-cabinet-des-antiques.html%3E][Le
Cabinet des Antiques]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-chouans.html%3E][Les
Chouans]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-envers-de-l-histoire-contemporaine-suivi-d-un-fragment-inedit-les-precepteurs-en-dieu.html%3E][L'Envers
de l'histoire contemporaine suivi d'un fragment inédit Les Précepteurs
en Dieu]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-medecin-de-campagne.html%3E][Le
Médecin de campagne]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/splendeurs-et-miseres-des-courtisanes.html%3E][Splendeurs
et misères des courtisanes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-de-la-grandeur-et-de-la-decadence-de-cesar-birotteau.html%3E][Histoire
de la grandeur et de la décadence de César Birotteau]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-maison-du-chat-qui-pelote-suivie-du-bal-de-sceaux-et-de-la-vendetta.html%3E][La
Maison du chat-qui-pelote suivie du Bal de Sceaux et de La Vendetta]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-vieille-fille.html%3E][La
Vieille Fille]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-paysans.html%3E][Les
Paysans]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/ursule-mirouet.html%3E][Ursule
Mirouët]] ## TODO Hégésippe Moreau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/moreau-hegesippe-oeuvres-le-myosotis-et-contes-en-prose.html%3E][Œuvres]]
## TODO Hélène Vérin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/entrepreneurs-entreprise-histoire-d-une-idee-1.html%3E][Entrepreneurs,
entreprise]] ## TODO Jacob et Wilhelm Grimm
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/contes-3.html%3E][Contes]] ##
TODO Jacques Bénigne Bossuet
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres-et-panegyriques-tome-ii.html%3E][Oraisons
funèbres et panégyriques. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres-et-panegyriques-tome-i.html%3E][Oraisons
funèbres et panégyriques. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-la-connaissance-de-dieu-et-de-soi-meme.html%3E][De
la connaissance de Dieu et de soi-même]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/elevations-a-dieu-sur-tous-les-mysteres-de-la-religion-chretienne.html%3E][Élévations
à Dieu sur tous les mystères de la religion chrétienne]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/sermons-tome-i.html%3E][Sermons.
Tome I]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/sermons-tome-ii.html%3E][Sermons.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sermons-tome-iii.html%3E][Sermons.
Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/meditations-sur-l-evangile-tome-i.html%3E][Méditations
sur l'Évangile. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/meditations-sur-l-evangile-tome-ii.html%3E][Méditations
sur l'Évangile. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/sermons-tome-iv.html%3E][Sermons.
Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/discours-sur-l-histoire-universelle.html%3E][Discours
sur l'histoire universelle]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-la-preparation-au-careme.html%3E][Lectures
spirituelles pour la préparation au carême]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-des-variations-des-eglises-protestantes-tome-i-livres-i-ix.html%3E][Histoire
des variations des églises protestantes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-des-variations-des-eglises-protestantes-tome-ii-livres-x-xv.html%3E][Histoire
des variations des églises protestantes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/traite-de-la-concupiscence-suivi-des-lettre-maximes-et-reflexions-sur-la-comedie-de-la-logique-et-du-traite-du-libre-arbitre.html%3E][Traité
de la concupiscence suivi des Lettre, maximes et réflexions sur la
comédie, de La Logique et du Traité du libre arbitre]] ## TODO Jacques
Casanova de Seingalt
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-i.html%3E][Mémoires.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii.html%3E][Mémoires.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-iii.html%3E][Mémoires.
Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-iv.html%3E][Mémoires.
Tome IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-v.html%3E][Mémoires.
Tome V]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-vi.html%3E][Mémoires.
Tome VI]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-vii.html%3E][Mémoires.
Tome VII]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-viii.html%3E][Mémoires.
Tome VIII]] ## TODO Jacques Grévin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/grevin-jacques-theatre-complet-et-poesies-choisies.html%3E][Théâtre
complet et Poésies choisies]] ## TODO Jacques Jasmin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/las-papilhotos-tome-ii-les-satires-et-les-epitres.html%3E][Las
Papilhôtos. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/las-papilhotos-tome-i-les-poemes-et-les-odes.html%3E][Las
Papilhôtos. Tome I]] ## TODO Jacques Ninet
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/taux-d-interet-negatifs-le-trou-noir-du-capitalisme-financier.html%3E][Taux
d'intérêt négatifs]] ## TODO Jacques de Voragine
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-legende-doree-2.html%3E][La
Légende dorée]] ## TODO James Macpherson
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/macpherson-james-oeuvres-d-ossian-1.html%3E][Œuvres
d'Ossian]] ## TODO Janina Hescheles Altman
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-cahiers-de-janina.html%3E][Les
Cahiers de Janina]] ## TODO Jean Anthelme Brillat-Savarin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/physiologie-du-gout-ou-meditations-de-gastronomie-transcendante.html%3E][Physiologie
du goût ou méditations de gastronomie transcendante]] ## TODO Jean
Boccace
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-decameron.html%3E][Le
Décaméron]] ## TODO Jean Racine
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/racine-jean-theatre-complet-1.html%3E][Théâtre
complet]] ## TODO Jean Second
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-baisers-suivis-de-l-epithalame-des-odes-et-des-elegies.html%3E][Les
Baisers suivis de l' Épithalame, des Odes et des Élégies]] ## TODO
Jean Vauquelin de la Fresnaye
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-art-poetique-texte-conforme-a-l-edition-de-1605.html%3E][L'Art
poétique]] ## TODO Jean de Joinville
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/vie-de-saint-louis-1.html%3E][Vie
de saint Louis]] ## TODO Jean de La Bruyère
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-caracteres-ou-les-moeurs-de-ce-siecle-precedes-des-caracteres-de-theophraste.html%3E][Les
Caractères ou les Mœurs de ce siècle précédés des Caractères de
Théophraste]] ## TODO Jean de La Fontaine
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/fables-choisies.html%3E][Fables
choisies]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-et-nouvelles-en-vers.html%3E][Contes
et nouvelles en vers]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-theatre-oeuvres-completes-3.html%3E][Théâtre]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-poemes-et-poesies-diverses-oeuvres-completes-4.html%3E][Poèmes
et poésies diverses]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-fontaine-jean-de-les-amours-de-psyche-suivies-des-opuscules-en-prose-et-des-lettres-oeuvres-completes-5.html%3E][Les
Amours de Psyché suivies des Opuscules en prose et des lettres]] ##
TODO Jean de Rotrou
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/rotrou-jean-de-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Jean-Baptiste Massillon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/petit-careme-suivi-de-sermons-divers.html%3E][Petit
Carême suivi de sermons divers]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-le-temps-du-careme.html%3E][Lectures
spirituelles pour le temps du carême]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/oraisons-funebres.html%3E][Oraisons
funèbres]] ## TODO Jean-Baptiste-Louis Gresset
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/gresset-jean-baptiste-louis-oeuvres-choisies.html%3E][Œuvres
choisies]] ## TODO Jean-Christophe Igalens
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/casanova-l-ecrivain-en-ses-fictions-1.html%3E][Casanova]]
## TODO Jean-François Collin d'Harleville
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/collin-d-harleville-jean-francois-theatre-suivi-de-poesies-fugitives.html%3E][Théâtre
suivi de poésies fugitives]] ## TODO Jean-François Regnard
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-theatre.html%3E][Théâtre]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-oeuvres-tome-i.html%3E][Œuvres.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/regnard-jean-francois-oeuvres-tome-ii.html%3E][Œuvres.
Tome II]] ## TODO Jean-Jacques Rousseau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/rousseau-jean-jacques-oeuvres-politiques.html%3E][Œuvres
politiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/rousseau-juge-de-jean-jaques-manuscrit-condillac-avec-les-variantes-ulterieures.html%3E][Rousseau
juge de Jean Jaques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-reveries-du-promeneur-solitaire-cartes-a-jouer.html%3E][Les
Rêveries du promeneur solitaire, cartes à jouer]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-reveries-du-promeneur-solitaire-edition-augmentee-des-lettres-a-malesherbes.html%3E][Les
Rêveries du promeneur solitaire Édition augmentée des Lettres à
Malesherbes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/emile-ou-de-l-education.html%3E][Émile
ou de l'éducation]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lettre-a-d-alembert-sur-les-spectacles.html%3E][Lettre
à d'Alembert sur les spectacles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/julie-ou-la-nouvelle-heloise-1.html%3E][Julie
ou la Nouvelle Héloïse]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-confessions.html%3E][Les
Confessions]] ## TODO Jean-Joseph Vadé
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vade-jean-joseph-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Jean-Pierre Camus
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-spectacles-d-horreur-1.html%3E][Les
Spectacles d'horreur]] ## TODO Jean-Pierre Claris de Florian
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/fables-et-theatre.html%3E][Fables
et théâtre]] ## TODO Joachim Du Bellay
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-defense-et-illustration-de-la-langue-francaise-suivie-de-la-precellence-du-langage-francois-par-henri-estienne.html%3E][La
Défense et Illustration de la langue française suivie De la
Précellence du langage françois par Henri Estienne]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/du-bellay-joachim-oeuvres-poetiques-tome-i-l-olive-l-anterotique-vers-lyriques-recueil-de-poesie-oeuvre-de-l-invention-de-l-autheur.html%3E][Œuvres
poétiques. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/du-bellay-joachim-oeuvres-poetiques-tome-ii-les-antiquitez-le-songe-les-regrets-le-poete-courtisan-divers-jeux-rustiques.html%3E][Œuvres
poétiques. Tome II]] ## TODO Joaquim Maria Machado de Assis
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoires-diverses.html%3E][Histoires
diverses]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-posthumes-de-braz-cubas.html%3E][Mémoires
posthumes de Braz Cubas]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/quelques-contes.html%3E][Quelques
Contes]] ## TODO Johan Ludvig Runeberg
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/runeberg-johan-ludvig-oeuvres-suivies-de-poesies-detachees-le-porte-enseigne-stole-la-veillee-de-noel-hanna-et-le-roi-fialar.html%3E][Œuvres
suivies de poésies détachées]] ## TODO Johann Wolfgang von Gœthe
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/faust-suivi-du-second-faust.html%3E][Faust
suivi du Second Faust]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/werther-suivi-de-hermann-et-dorothee.html%3E][Werther
suivi de Hermann et Dorothée]] ## TODO John Gay
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/trivia-et-autres-vues-urbaines-1.html%3E][Trivia
et autres vues urbaines]] ## TODO Jonathan Swift
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/voyages-de-gulliver.html%3E][Voyages
de Gulliver]] ## TODO Joris-Karl Huysmans
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/a-rebours-1.html%3E][À rebours]]
## TODO Joseph de Maistre
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-soirees-de-saint-petersbourg-ou-entretiens-sur-le-gouvernement-temporel-de-la-providence-tome-i.html%3E][Les
Soirées de Saint-Pétersbourg ou Entretiens sur le gouvernement
temporel de la providence. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-soirees-de-saint-petersbourg-ou-entretiens-sur-le-gouvernement-temporel-de-la-providence-tome-ii.html%3E][Les
Soirées de Saint-Pétersbourg ou Entretiens sur le gouvernement
temporel de la providence. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/du-pape.html%3E][Du Pape]] ##
TODO Jules Amédée Barbey d'Aurevilly
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-diaboliques.html%3E][Les
Diaboliques]] ## TODO Jules Michelet
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/pages-litteraires.html%3E][Pages
littéraires]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/pages-historiques.html%3E][Pages
historiques]] ## TODO Julie de Lespinasse
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/lettres-1.html%3E][Lettres]] ##
TODO Jérôme Blanc
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-pensees-monetaires-dans-l-histoire-l-europe-1517-1776-1.html%3E][Les
Pensées monétaires dans l'histoire]] ## TODO La Rochefoucauld
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/maximes-suivies-des-reflexions-diverses.html%3E][Maximes
suivies des Réflexions diverses]] ## TODO Laurence Campa
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/poetes-de-la-grande-guerre-experience-combattante-et-activite-poetique-1.html%3E][Poètes
de la Grande Guerre]] ## TODO Laurence Sterne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/voyage-sentimental-1.html%3E][Voyage
sentimental]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/tristram-shandy-tome-i-chapitres-i-cciv.html%3E][Tristram
Shandy. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/tristram-shandy-suivi-du-voyage-sentimental-tome-ii-chapitres-ccv-cccliii.html%3E][Tristram
Shandy suivi du Voyage sentimental. Tome II]] ## TODO Le Pogge
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-faceties-suivies-de-la-description-des-bains-de-bade-au-xve-siecle-et-du-dialogue-un-vieillard-doit-il-se-marier.html%3E][Les
Facéties suivies de la Description des bains de Bade au XVe siècle et
du dialogue Un vieillard doit-il se marier ?]] ## TODO Le Tasse
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-jerusalem-delivree.html%3E][La
Jérusalem délivrée]] ## TODO Lord Byron
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-i.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-ii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-iii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/byron-lord-oeuvres-completes-tome-iv.html%3E][Œuvres
complètes. Tome IV]] ## TODO Louis Bourdaloue
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/sermons-choisis.html%3E][Sermons
choisis]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chefs-d-oeuvre-oratoires-suivis-d-opuscules.html%3E][Chefs-d'œuvre
oratoires suivis d'opuscules]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-pour-le-temps-de-l-avent.html%3E][Lectures
spirituelles pour le temps de l'avent]] ## TODO Louis Petit de
Bachaumont
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-secrets-1762-1771.html%3E][Mémoires
secrets (1762-1771)]] ## TODO Louis-Benoît Picard
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/picard-louis-benoit-theatre-tome-i.html%3E][Théâtre.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/picard-louis-benoit-theatre-tome-ii.html%3E][Théâtre.
Tome II]] ## TODO Louise Michel
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-chasse-aux-loups-1.html%3E][La
Chasse aux loups]] ## TODO Louvet de Couvray
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-amours-du-chevalier-de-faublas-tome-i.html%3E][Les
Amours du chevalier de Faublas. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-amours-du-chevalier-de-faublas-tome-ii.html%3E][Les
Amours du chevalier de Faublas. Tome II]] ## TODO Ludovic Tournès
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sciences-de-l-homme-et-politique-les-fondations-philanthropiques-americaines-en-france-au-xxe-siecle-1.html%3E][Sciences
de l'homme et politique]] ## TODO Ludwig Tieck
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-barbe-bleue-suivie-des-sept-femmes-de-barbe-bleue.html%3E][La
Barbe bleue suivie des Sept Femmes de Barbe-Bleue]] ## TODO Luis de
Camoëns
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-lusiades.html%3E][Les
Lusiades]] ## TODO L' Arioste
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/roland-furieux-tome-i-chants-i-xxiii.html%3E][Roland
furieux. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/roland-furieux-tome-ii-chants-xxiv-xlvi.html%3E][Roland
furieux. Tome II]] ## TODO Madame de Lafayette
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-la-princesse-de-montpensier-zaide-la-princesse-de-cleves-et-la-comtesse-de-tende.html%3E][Romans
et nouvelles]] ## TODO Madame de Maintenon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/proverbes-dramatiques-1.html%3E][Proverbes
dramatiques]] ## TODO Madame de Murat
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/journal-pour-mademoiselle-de-menou-1.html%3E][Journal
pour Mademoiselle de Menou]] ## TODO Madame de Staël
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-la-litterature-consideree-dans-ses-rapports-avec-les-institutions-sociales.html%3E][De
la littérature considérée dans ses rapports avec les institutions
sociales]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/corinne-ou-l-italie.html%3E][Corinne
ou l'Italie]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/de-l-allemagne-tome-i.html%3E][De
l'Allemagne. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-l-allemagne-tome-ii.html%3E][De
l'Allemagne. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/delphine.html%3E][Delphine]] ##
TODO Madame de Sévigné
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/lettres-choisies.html%3E][Lettres
choisies]] ## TODO Manuel Ugarte
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-de-la-pampa-2.html%3E][Contes
de la Pampa]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/contes-de-la-pampa-1.html%3E][Contes
de la Pampa]] ## TODO Marc-Antoine Désaugiers
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/desaugiers-marc-antoine-theatre.html%3E][Théâtre]]
## TODO Marcel Proust
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-prisonniere.html%3E][La
Prisonnière]] ## TODO Marceline Desbordes-Valmore
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/poesies-choisies.html%3E][Poésies
choisies]] ## TODO Marguerite de Navarre
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-heptameron.html%3E][L'Heptaméron]]
## TODO Marguerite de Valois
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/album-de-poesies-manuscrit-francais-25455-de-la-bnf.html%3E][Album
de poésies (Manuscrit français 25455 de la BNF)]] ## TODO Marivaux
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/journaux-et-oeuvres-diverses.html%3E][Journaux
et œuvres diverses]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-vie-de-marianne-ou-les-aventures-de-madame-la-comtesse-de.html%3E][La
Vie de Marianne ou les Aventures de Madame la comtesse de ***]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/marivaux-theatre-complet-tome-ii.html%3E][Théâtre
complet. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-paysan-parvenu.html%3E][Le
Paysan parvenu]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/marivaux-theatre-complet-tome-i.html%3E][Théâtre
complet. Tome I]] ## TODO Marquise de Créquy
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-i-et-ii.html%3E][Souvenirs
de 1710 à 1803. Tomes I et II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-iii-et-iv.html%3E][Souvenirs
de 1710 à 1803. Tomes III et IV]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-v-et-vi.html%3E][Souvenirs
de 1710 à 1803. Tomes V et VI]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-vii-et-viii.html%3E][Souvenirs
de 1710 à 1803. Tomes VII et VIII]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-de-1710-a-1803-tomes-ix-et-x.html%3E][Souvenirs
de 1710 à 1803. Tomes IX et X]] ## TODO Mary Shelley
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-aventures-de-perkin-warbeck-1.html%3E][Les
Aventures de Perkin Warbeck]] ## TODO Mathurin Régnier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/regnier-mathurin-oeuvres-completes-satyres-epitres-elegies-poesies-diverses-et-spirituelles.html%3E][Œuvres
complètes]] ## TODO Maurice Scève
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/microcosme.html%3E][Microcosme]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sceve-maurice-oeuvres-poetiques-completes-delie-arion-saulsaye-microcosme-poesies-diverses-et-latines.html%3E][Œuvres
poétiques complètes]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/delie-objet-de-plus-haute-vertu.html%3E][Délie]]
## TODO Maurice de Guérin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/guerin-maurice-de-oeuvres-le-cahier-vert-pages-sans-titre-poemes-lettres-a-barbey-d-aurevilly.html%3E][Œuvres]]
## TODO Michel Lutfalla
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/une-histoire-de-la-dette-publique-en-france-1.html%3E][Une
histoire de la dette publique en France]] ## TODO Michel de Montaigne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essais-tome-i-livre-i-livre-ii-chapitres-i-xii.html%3E][Essais.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/essais-tome-ii-livre-ii-chapitres-xiii-a-xxxvii-livre-iii.html%3E][Essais.
Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/journal-de-voyage-en-italie-par-la-suisse-et-l-allemagne-en-1580-et-1581.html%3E][Journal
de voyage en Italie par la Suisse et l'Allemagne en 1580 et 1581]] ##
TODO Michel-Jean Sedaine
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sedaine-michel-jean-theatre.html%3E][Théâtre]]
## TODO Miguel de Cervantès
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/don-quichotte-de-la-manche.html%3E][Don
Quichotte de la Manche]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-nouvelles-exemplaires.html%3E][Les
Nouvelles exemplaires]] ## TODO Mirabeau
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/lettres-d-amour.html%3E][Lettres
d'amour]] ## TODO Molière
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/moliere-oeuvres-completes-tome-i.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/moliere-oeuvres-completes-tome-ii.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]] ## TODO Montesquieu
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/correspondance-choisie-avec-respect-et-l-amitie-la-plus-tendre-1.html%3E][Correspondance
choisie]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/considerations-sur-les-causes-de-la-grandeur-des-romains-et-de-leur-decadence.html%3E][Considérations
sur les causes de la grandeur des Romains et de leur décadence]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-esprit-des-lois-tome-i-livres-i-xix.html%3E][L'Esprit
des lois. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-esprit-des-lois-tome-ii-livres-xx-xxxi.html%3E][L'Esprit
des lois. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/lettres-persanes.html%3E][Lettres
persanes]] ## TODO Nathaniel Hawthorne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-elixir-de-vie-1.html%3E][L'Élixir
de vie]] ## TODO Nicholas Wiseman
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/fabiola-ou-l-eglise-des-catacombes.html%3E][Fabiola
ou l'Église des catacombes]] ## TODO Nicolas Boileau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/boileau-nicolas-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Nicolas Joseph Florent Gilbert
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/gilbert-nicolas-joseph-florent-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Nicolas Machiavel
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-prince-precede-des-premiers-ecrits-politiques.html%3E][Le
Prince précédé des premiers écrits politiques]] ## TODO Nicolas de
Malebranche
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/conversations-chretiennes-dans-lesquelles-on-justifie-la-verite-de-la-religion-et-de-la-morale-de-jesus-christ.html%3E][Conversations
chrétiennes dans lesquelles on justifie la vérité de la religion et de
la morale de Jésus-Christ]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-la-recherche-de-la-verite-tome-i-livres-i-v.html%3E][De
la recherche de la vérité. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/de-la-recherche-de-la-verite-tome-ii-livre-vi.html%3E][De
la recherche de la vérité. Tome II]] ## TODO Nikolaï Leskov
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-lady-macbeth-de-mtsensk.html%3E][La
Lady Macbeth de Mtsensk]] ## TODO Ninon de Lenclos
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/lettres-2.html%3E][Lettres]] ##
TODO Noël Du Fail
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/propos-rustiques-suivis-des-baliverneries.html%3E][Propos
rustiques suivis des Baliverneries]] ## TODO Olivier Basselin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/vaux-de-vire-suivis-d-anciennes-chansons-normandes-choisies.html%3E][Vaux-de-Vire
suivis d'anciennes chansons normandes choisies]] ## TODO Olivier
Goldsmith
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-vicaire-de-wakefield.html%3E][Le
Vicaire de Wakefield]] ## TODO Patrick Gibert
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-modernisation-de-l-etat-une-promesse-trahie-1.html%3E][La
Modernisation de l'État]] ## TODO Paul Scarron
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-virgile-travesti.html%3E][Le
Virgile travesti]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/scarron-paul-theatre-complet.html%3E][Théâtre
complet]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-roman-comique-1.html%3E][Le
Roman comique]] ## TODO Paul Verlaine
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/verlaine-paul-oeuvres-poetiques.html%3E][Œuvres
poétiques]] ## TODO Paul-Louis Courier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/courier-paul-louis-oeuvres-tome-i-pamphlets-politiques-pamphlets-litteraires-oeuvres-diverses.html%3E][Œuvres.
Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/courier-paul-louis-oeuvres-tome-ii-daphnis-et-chloe-lettres-inedites-de-france-et-d-italie.html%3E][Œuvres.
Tome II]] ## TODO Percy Bysshe Shelley
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/odes-poemes-et-fragments-lyriques-choisis.html%3E][Odes,
Poèmes et fragments lyriques choisis]] ## TODO Philippe Gilles
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-actualite-des-textes-fondateurs-adam-smith-karl-marx-et-john-maynard-keynes-1.html%3E][L'Actualité
des textes fondateurs]] ## TODO Philippe Néricault Destouches
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/destouches-philippe-nericault-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Philippe Quinault
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/quinault-philippe-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Pierre Abélard
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/lettres-completes-1.html%3E][Lettres
complètes]] ## TODO Pierre Commelin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/mythologie-grecque-et-romaine.html%3E][Mythologie
grecque et romaine]] ## TODO Pierre Corneille
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-i.html%3E][Théâtre
complet. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-iii.html%3E][Théâtre
complet. Tome III]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/corneille-pierre-theatre-complet-tome-ii.html%3E][Théâtre
complet. Tome II]] ## TODO Pierre Dockès
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-capitalisme-et-ses-rythmes-quatre-siecles-en-perspective-tome-i-sous-le-regard-des-geants-1.html%3E][Le
Capitalisme et ses rythmes, quatre siècles en perspective. Tome I]] ##
TODO Pierre Le Moyne
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/entretiens-et-lettres-poetiques-1.html%3E][Entretiens
et lettres poétiques]] ## TODO Pierre de Ronsard
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/poesies-choisies-1.html%3E][Poésies
choisies]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-oeuvres-en-prose-texte-de-1578-suivies-des-appendices-index-et-glossaire-oeuvres-completes-6.html%3E][Œuvres
en prose Texte de 1578 suivies des appendices, index et glossaire]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-odes-texte-de-1578-oeuvres-completes-2.html%3E][Les
Odes Texte de 1578]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-poemes-texte-de-1578-oeuvres-completes-3.html%3E][Les
Poèmes Texte de 1578]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-elegies-eglogues-et-mascarades-texte-de-1578-oeuvres-completes-4.html%3E][Les
Élégies, Églogues et Mascarades Texte de 1578]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-hymnes-suivis-des-discours-et-de-la-franciade-texte-de-1578-oeuvres-completes-5.html%3E][Les
Hymnes suivis des Discours et de La Franciade Texte de 1578]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-amours-texte-de-1578-tome-ii-oeuvres-completes-1.html%3E][Les
Amours Texte de 1578. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/ronsard-pierre-de-les-amours-texte-de-1578-tome-i-oeuvres-completes-1.html%3E][Les
Amours Texte de 1578. Tome I]] ## TODO Pierre-Augustin Caron de
Beaumarchais
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/beaumarchais-pierre-augustin-caron-de-theatre-le-barbier-de-seville-le-mariage-de-figaro-la-mere-coupable.html%3E][Théâtre]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-dans-l-affaire-goezman.html%3E][Mémoires
dans l'affaire Goëzman]] ## TODO Pierre-Jean de Béranger
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-ma-biographie-ouvrage-posthume-oeuvres-completes-2.html%3E][Ma
biographie Ouvrage posthume]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-i-oeuvres-completes-1.html%3E][Chansons.
I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-ii-oeuvres-completes-1.html%3E][Chansons.
II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/beranger-pierre-jean-de-chansons-anciennes-et-posthumes-avec-accompagnement-de-piano-oeuvres-completes-3.html%3E][Chansons
anciennes et posthumes avec accompagnement de piano]] ## TODO Prosper
Jolyot de Crébillon
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/crebillon-prosper-jolyot-de-theatre-complet-tome-i-idomenee-atree-et-thyeste-electre-rhadamisthe-et-zenobie-xerces-1.html%3E][Théâtre
complet. Tome I]] ## TODO Prosper Mérimée
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-tome-i.html%3E][Romans
et nouvelles. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/romans-et-nouvelles-tome-ii.html%3E][Romans
et nouvelles. Tome II]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/carmen.html%3E][Carmen]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/colomba-suivie-de-la-venus-d-ille-et-des-ames-du-purgatoire.html%3E][Colomba
suivie de La Vénus d'Ille et des Âmes du purgatoire]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/merimee-prosper-theatre-de-clara-gazul-comedienne-espagnole-suivi-de-la-famille-de-carvajal.html%3E][Théâtre
de Clara Gazul, comédienne espagnole suivi de La Famille de Carvajal]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/chronique-du-regne-de-charles-ix.html%3E][Chronique
du règne de Charles IX]] ## TODO Ramón del Valle-Inclán
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/sonates-memoires-du-marquis-de-bradomin-et-autres-textes-inedits-1.html%3E][Sonates]]
## TODO Remy de Gourmont
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-probleme-du-style-questions-d-art-de-litterature-et-de-grammaire-1.html%3E][Le
Problème du style]] ## TODO René Descartes
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-i-1618-1637-1.html%3E][Œuvres
philosophiques. Tome I -- 1618-1637]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-ii-1638-1642-1.html%3E][Œuvres
philosophiques. Tome II -- 1638-1642]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/descartes-rene-oeuvres-philosophiques-tome-iii-1643-1650-1.html%3E][Œuvres
philosophiques. Tome III -- 1643-1650]] ## TODO Robert Challe
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-illustres-francaises-1.html%3E][Les
Illustres Françaises]] ## TODO Robert Garnier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/hippolyte-1573-la-troade-1579.html%3E][Hippolyte
(1573) La Troade (1579)]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/bradamante-suivie-des-juifves.html%3E][Bradamante
suivie des Juifves]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/garnier-robert-oeuvres-completes-tome-i-theatre-et-poesies.html%3E][Œuvres
complètes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/garnier-robert-oeuvres-completes-tome-ii-theatre-et-poesies.html%3E][Œuvres
complètes. Tome II]] ## TODO Rodolphe Töpffer
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/premiers-voyages-en-zigzag-ou-excursions-d-un-pensionnat-en-vacances-dans-les-cantons-suisses-et-sur-le-revers-italien-des-alpes-tome-i-vallee-d-aoste-saint-gervais-valais-saint-gothard-schwitz-milan-come-splugen.html%3E][Premiers
Voyages en zigzag ou excursions d'un pensionnat en vacances dans les
cantons suisses et sur le revers italien des Alpes. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouvelles-genevoises.html%3E][Nouvelles
genevoises]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/le-presbytere.html%3E][Le
Presbytère]]
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/rosa-et-gertrude.html%3E][Rosa et
Gertrude]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/premiers-voyages-en-zigzag-ou-excursions-d-un-pensionnat-en-vacances-dans-les-cantons-suisses-et-sur-le-revers-italien-des-alpes-tome-ii-chamounix-l-oberland-le-rihi-le-tour-du-lac-de-geneve-venise.html%3E][Premiers
Voyages en zigzag ou excursions d'un pensionnat en vacances dans les
cantons suisses et sur le revers italien des Alpes. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouveaux-voyages-en-zigzag-tome-i-voyage-a-la-grande-chartreuse-et-autour-du-mont-blanc.html%3E][Nouveaux
Voyages en zigzag. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/nouveaux-voyages-en-zigzag-tome-ii-voyage-dans-les-vallees-d-herens-de-zermatt-au-grimsel-a-genes-et-a-la-corniche.html%3E][Nouveaux
Voyages en zigzag. Tome II]] ## TODO Roger de Bussy-Rabutin
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-amoureuse-des-gaules-suivie-de-la-france-galante-tome-i.html%3E][Histoire
amoureuse des Gaules suivie de La France galante. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-amoureuse-des-gaules-suivie-de-la-france-galante-suite-tome-ii.html%3E][Histoire
amoureuse des Gaules suivie de La France galante (suite). Tome II]] ##
TODO Roland Breeur
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/autour-de-la-betise-1.html%3E][Autour
de la bêtise]] ## TODO Romain Rolland
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/correspondance-1912-1942-1.html%3E][Correspondance
(1912-1942)]] ## TODO Rétif de la Bretonne
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/la-vie-de-mon-pere.html%3E][La
Vie de mon père]] ## TODO Saint-Amant
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/saint-amant-oeuvres-poetiques-poemes-raillerie-a-part-pieces-diverses-les-caprices-et-moyse-sauve.html%3E][Œuvres
poétiques]] ## TODO Saint-Évremond
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/saint-evremond-oeuvres-choisies.html%3E][Œuvres
choisies]] ## TODO Silvio Pellico
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/mes-prisons-suivies-des-devoirs-des-hommes.html%3E][Mes
Prisons suivies des Devoirs des hommes]] ## TODO Stéphane Mallarmé
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/mallarme-stephane-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Tabarin
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/tabarin-oeuvres.html%3E][Œuvres]]
## TODO Teodor de Wyzewa
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/valbert-ou-les-recits-d-un-jeune-homme-1.html%3E][Valbert
ou les Récits d'un jeune homme]] ## TODO Teofilo Folengo
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/histoire-maccaronique-de-merlin-coccaie-ou-est-traicte-les-ruses-de-cingar-les-tours-de-boccal-les-aventures-de-leonard-les-forces-de-fracasse-les-enchantements-de-gelfore-et-pandrague-les-rencontres-heureuses-de-balde.html%3E][Histoire
maccaronique de Merlin Coccaie ou est traicté Les Ruses de Cingar, Les
Tours de Boccal, Les Aventures de Léonard, Les Forces de Fracasse, Les
Enchantements de Gelfore et Pandrague, Les Rencontres heureuses de
Balde]] ## TODO Thomas Corneille
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/corneille-thomas-theatre-choisi.html%3E][Théâtre
choisi]] ## TODO Théodore Agrippa d'Aubigné
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-tragiques-1.html%3E][Les
Tragiques]] ## TODO Théophile Gautier
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/mademoiselle-de-maupin-texte-complet-1835.html%3E][Mademoiselle
de Maupin]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-capitaine-fracasse-texte-complet-1863.html%3E][Le
Capitaine Fracasse]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/le-roman-de-la-momie-precede-de-trois-contes-antiques-une-nuit-de-cleopatre-le-roi-candaule-arria-marcella.html%3E][Le
Roman de la momie précédé de trois contes antiques Une Nuit de
Cléopâtre, Le Roi Candaule, Arria Marcella]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/emaux-et-camees-texte-definitif-1872-suivi-de-poesies-choisies.html%3E][Émaux
et Camées Texte définitif (1872) suivi de Poésies choisies]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/souvenirs-romantiques-hugo-nerval-balzac-lamartine-heine-madame-de-girardin-les-cenacles-1830-baudelaire.html%3E][Souvenirs
romantiques]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/fortunio-et-autres-nouvelles-textes-complets-1833-1849.html%3E][Fortunio
et autres nouvelles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-oeuvre-fantastique-tome-i-nouvelles-1.html%3E][L'Œuvre
fantastique. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/l-oeuvre-fantastique-tome-ii-romans-1.html%3E][L'Œuvre
fantastique. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/gautier-theophile-theatre-de-poche-1.html%3E][Théâtre
de poche]] ## TODO Théophile de Viau
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/viau-theophile-de-oeuvres-poetiques-suivies-des-amours-tragiques-de-pyrame-et-thisbe.html%3E][Œuvres
poétiques suivies des Amours tragiques de Pyrame et Thisbé]] ## TODO
Timothy D. Allman
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-floride-coeur-revelateur-des-etats-unis-1.html%3E][La
Floride]] ## TODO Toussaint Louverture
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/memoires.html%3E][Mémoires]] ##
TODO Tristan L'Hermite
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-amours-et-autres-poesies-choisies.html%3E][Les
Amours et autres poésies choisies]] ## TODO Victor Hugo
- [ ] [[https://classiques-garnier.com/les-contemplations.html%3E][Les
Contemplations]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/la-legende-des-siecles.html%3E][La
Légende des siècles]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-miserables-tome-ii.html%3E][Les
Misérables. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-miserables-tome-i.html%3E][Les
Misérables. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/notre-dame-de-paris-1482.html%3E][Notre-Dame
de Paris 1482]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/quatre-vingt-treize.html%3E][Quatre-vingt-treize]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-feuilles-d-automne-suivies-des-chants-du-crepuscule.html%3E][Les
Feuilles d'automne suivies des Chants du crépuscule]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-voix-interieures-suivies-de-les-rayons-et-les-ombres.html%3E][Les
Voix intérieures suivies de Les Rayons et les Ombres]] ## TODO Volney
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/les-ruines-ou-meditation-sur-les-revolutions-des-empires-suivies-de-la-loi-naturelle-et-de-l-histoire-de-samuel.html%3E][Les
Ruines ou Méditation sur les révolutions des empires suivies de La Loi
naturelle et de l'Histoire de Samuel]] ## TODO William Shakespeare
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-i.html%3E][Théâtre
complet. Tome I]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-ii.html%3E][Théâtre
complet. Tome II]]
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/shakespeare-william-theatre-complet-tome-iii.html%3E][Théâtre
complet. Tome III]] ## TODO Xavier de Maistre
- [ ]
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complètes]] ## TODO Xénophon
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ou l'Expédition des Dix-Mille]] ## TODO cardinal de Retz
- [ ]
[[https://classiques-garnier.com/memoires-precedes-de-la-conjuration-du-comte-de-fiesque-tome-i-1613-1649.html%3E][Mémoires
précédés de La Conjuration du comte de Fiesque. Tome I]]
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[[https://classiques-garnier.com/memoires-tome-ii-1650-1655.html%3E][Mémoires.
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[[https://classiques-garnier.com/lectures-spirituelles-sur-la-vie-chretienne.html%3E][Lectures
spirituelles sur la vie chrétienne]] ## TODO saint François de Sales
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à la vie dévote]]
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choisies. Tome I]]
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France de Henri IV en Amérique du Nord]] ## TODO Étienne Jodelle
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- [ ] Œuvres
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Luther et Voltaire - Jean Delumeau 29. TODO Le christianisme de
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République et Démocratie en France]] 4. TODO
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[[https://www.cairn.info/hommes-et-femmes-d-egypte-ive-siecle-av-n-e--9782200346454.htm][Hommes
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du 20e siècle à nos jours]] 33. TODO
[[https://www.cairn.info/l-allemagne-de-1870-a-nos-jours--9782200285050.htm][L'Allemagne
de 1870 à nos jours]] 34. TODO
[[https://www.cairn.info/l-amerique-iberique--9782200625641.htm][L'Amérique
ibérique]] 35. TODO
[[https://www.cairn.info/l-anatolie-hellenistique--9782200268329.htm][L'Anatolie
hellénistique]] 36. TODO
[[https://www.cairn.info/l-aristocratie-medievale--9782200262938.htm][L'aristocratie
médiévale]] 37. TODO
[[https://www.cairn.info/l-armee-romaine--9782200276539.htm][L'armée
romaine]] 38. TODO
[[https://www.cairn.info/education-physique-de-1945-a-nos-jours--9782200600686.htm][L'éducation
physique de 1945 à nos jours]] 39. TODO
[[https://www.cairn.info/l-egypte-grecque-et-romaine--9782200262884.htm][L'Égypte
grecque et romaine]] 40. TODO
[[https://www.cairn.info/l-empire-austro-hongrois--9782200248888.htm][L'Empire
austro-hongrois]] 41. TODO
[[https://www.cairn.info/l-europe--9782200601386.htm][L'Europe]] 42.
TODO
[[https://www.cairn.info/l-europe-au-19-e-siecle--9782200622565.htm][L'Europe
au 19]] 43. TODO
[[https://www.cairn.info/l-europe-centrale-et-orientale--9782200602635.htm][L'Europe
centrale et orientale]] 44. TODO
[[https://www.cairn.info/l-heritage-ambigu-de-la-colonisation--9782200281335.htm][L'héritage
ambigu de la colonisation]] 45. TODO
[[https://www.cairn.info/l-histoire-immediate--9782200277390.htm][L'histoire
immédiate]] 46. TODO
[[https://www.cairn.info/la-construction-de-l-europe--9782200353056.htm][La
construction de l'Europe]] 47. TODO
[[https://www.cairn.info/la-culture-materielle-de-la-france--9782200286569.htm][La
culture matérielle de la France]] 48. TODO
[[https://www.cairn.info/la-famille-en-france-a-l-epoque-moderne--9782200244170.htm][La
famille en France à l'époque moderne]] 49. TODO
[[https://www.cairn.info/la-france-a-l-epoque-moderne--9782200626181.htm][La
France à l'époque moderne]] 50. TODO
[[https://www.cairn.info/la-france-au-xix-e-siecle--9782200622596.htm][La
France au XIX]] 51. TODO
[[https://www.cairn.info/la-france-et-l-europe-de-napoleon--9782200265335.htm][La
France et l'Europe de Napoléon]] 52. TODO
[[https://www.cairn.info/la-grande-bretagne-et-le-monde--9782200244576.htm][La
Grande-Bretagne et le monde]] 53. TODO
[[https://www.cairn.info/la-guerre-dans-le-monde-grec--9782200600297.htm][La
guerre dans le monde grec]] 54. TODO
[[https://www.cairn.info/la-peninsule-iberique-aux-epoques-romaines--9782200268336.htm][La
péninsule Ibérique aux époques romaines]] 55. TODO
[[https://www.cairn.info/la-republique-romaine-et-son-empire--9782200622053.htm][La
République romaine et son empire]] 56. TODO
[[https://www.cairn.info/la-revolution-francaise--9782200627690.htm][La
Révolution française]] 57. TODO
[[https://www.cairn.info/La-revolution-francaise-et-l-histoire-du-monde--9782200257699.htm][La
Révolution française et l'histoire du monde]] 58. TODO
[[https://www.cairn.info/la-societe-du-haut-moyen-age--9782200265779.htm][La
société du haut Moyen Âge]] 59. TODO
[[https://www.cairn.info/la-societe-francaise-de-1945-a-nos-jours--9782200613082.htm][La
société française de 1945 à nos jours]] 60. TODO
[[https://www.cairn.info/le-christianisme-antique--9782200626914.htm][Le
christianisme antique]] 61. TODO
[[https://www.cairn.info/le-christianisme-occidental-au-moyen-age--9782200251871.htm][Le
christianisme occidental au Moyen Âge]] 62. TODO
[[https://www.cairn.info/le-maghreb-par-les-textes--9782200627294.htm][Le
Maghreb par les textes]] 63. TODO
[[https://www.cairn.info/le-monde-grec-a-l-epoque-classique--9782200614713.htm][Le
monde grec à l'époque classique]] 64. TODO
[[https://www.cairn.info/monde-hellenistique--9782200618179.htm][Le
monde hellénistique]] 65. TODO
[[https://www.cairn.info/le-reich-allemand--9782200262334.htm][Le Reich
allemand]] 66. TODO
[[https://www.cairn.info/saint-empire-1500-1800--9782200617639.htm][Le
Saint-Empire]] 67. TODO
[[https://www.cairn.info/le-second-empire--9782200246075.htm][Le Second
Empire]] 68. TODO
[[https://www.cairn.info/le-xx-e-siecle--9782200271534.htm][Le XX]] 69.
TODO
[[https://www.cairn.info/les-accords-d-evian--9782200249076.htm][Les
accords d'Evian (1962)]] 70. TODO
[[https://www.cairn.info/les-annees-1970--9782200623289.htm][Les années
1970]] 71. TODO
[[https://www.cairn.info/les-decolonisations-au-xxe-siecle--9782200249458.htm][Les
décolonisations au XX]] 72. TODO
[[https://www.cairn.info/les-etats-unis-et-le-monde-au-19e-siecle--9782200266929.htm][Les
États-Unis et le monde au 19e siècle]] 73. TODO
[[https://www.cairn.info/les-femmes-dans-la-france-moderne--9782200601584.htm][Les
femmes dans la France moderne]] 74. TODO
[[https://www.cairn.info/les-femmes-actrices-histoire-de-france--9782200246549.htm][Les
femmes, actrices de l'histoire France, de 1789 à nos jours]] 75. TODO
[[https://www.cairn.info/les-mondes-mediterraneens-au-moyen-age--9782200620288.htm][Les
mondes méditerranéens au Moyen Âge]] 76. TODO
[[https://www.cairn.info/les-ouvriers-en-france--9782200277420.htm][Les
ouvriers en France]] 77. TODO
[[https://www.cairn.info/les-perses-vus-par-les-grecs--9782200270353.htm][Les
Perses vus par les Grecs]] 78. TODO
[[https://www.cairn.info/les-provinces-unies-a-l-epoque-moderne--9782200614515.htm][Les
Provinces-Unies à l'époque moderne]] 79. TODO
[[https://www.cairn.info/les-relations-internationales-dans-l-europe-modern--9782200623005.htm][Les
relations internationales dans l'Europe moderne]] 80. TODO
[[https://www.cairn.info/les-relations-internationales-depuis-1945--9782200622558.htm][Les
relations internationales depuis 1945]] 81. TODO
[[https://www.cairn.info/les-societes-en-guerre--9782200265649.htm][Les
sociétés en guerre]] 82. TODO
[[https://www.cairn.info/les-villes-portuaires-maritimes-dans-la-france--9782200278205.htm][Les
villes portuaires maritimes dans la France moderne]] 83. TODO
[[https://www.cairn.info/l-affaire-dreyfus--9782200244163.htm][L'affaire
Dreyfus]] 84. TODO
[[https://www.cairn.info/l-alimentation-en-europe-a-l-epoque-moderne--9782200244071.htm][L'alimentation
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[[https://www.cairn.info/l-empire-colonial-francais-de-richelieu-a-napoleon--9782200354909.htm][L'empire
colonial français de Richelieu à Napoléon]] 86. TODO
[[https://www.cairn.info/l-enseignement-de-l-histoire-en-france--9782200262754.htm][L'enseignement
de l'Histoire en France]] 87. TODO
[[https://www.cairn.info/l-italie-fasciste--9782200614584.htm][L'Italie
fasciste]] 88. TODO
[[https://www.cairn.info/manuel-d-archeologie--9782200266769.htm][Manuel
d'archéologie]] 89. TODO
[[https://www.cairn.info/manuel-d-archeologie-medievale-et-moderne--9782200281397.htm][Manuel
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d'histoire globale]] 91. TODO
[[https://www.cairn.info/naissance-de-litalie-contemporaine--9782200267926.htm][Naissance
de l'Italie contemporaine]] 92. TODO
[[https://www.cairn.info/paysans-et-seigneurs-au-moyen-age--9782200618162.htm][Paysans
et seigneurs au Moyen-Age]] 93. TODO
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histoire de la France]] 94. TODO
[[https://www.cairn.info/pouvoir-et-religion-en-europe--9782200623463.htm][Pouvoir
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[[https://www.cairn.info/pouvoir-royal-et-institutions-dans-la-france-moder--9782200613075.htm][Pouvoir
royal et institutions dans la France moderne]] 96. TODO
[[https://www.cairn.info/precis-d-histoire-europeenne--9782200601188.htm][Précis
d'histoire européenne]] 97. TODO
[[https://www.cairn.info/revoltes-et-repressions-dans-la-france-moderne--9782200274900.htm][Révoltes
et répressions dans la France moderne]] 98. TODO
[[https://www.cairn.info/rome-et-le-monde-provincial--9782200249526.htm][Rome
et le monde provincial]] 99. TODO
[[https://www.cairn.info/rome-paysage-urbain-et-ideologie--9782200263843.htm][Rome.
Paysage urbain et idéologie]] 100. TODO
[[https://www.cairn.info/royaute-et-ideologie-au-moyen-age--9782200249212.htm][Royauté
et idéologie au Moyen Âge]] 101. TODO
[[https://www.cairn.info/sparte--9782200618148.htm][Sparte]] 102. TODO
[[https://www.cairn.info/un-siecle-d-histoire-culturelle-en-france--9782200286637.htm][Un
siècle d'histoire culturelle en France]] 103. TODO
[[https://www.cairn.info/une-histoire-culturelle-des-etats-unis--9782200278588.htm][Une
histoire culturelle des États-Unis]] # TODO Askhistorians ## TODO
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| Title | Author | Cycle | Category |
|------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+----------------------+---------------------+---------------------|
| All The Weyrs of Pern | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Armée romaine sous le Haut-Empire | | | history |
| A tale of two cities | | | classic |
| At the mountains of madness | Lovecraft | | horror |
| Belle du seigneur | | | classic |
| [[id:8390a6b1-eee6-411d-8ebd-28839ece073f][Benefits of Old Law]] | | | fanfic Harry Potter |
| Candide | Voltaire | | classic |
| Dr Norrel and Mr Strange | S. Clarke | | thriller |
| Crime and punishment | | | classic |
| [[id:b5971189-6e5e-4a59-89bd-5f21e303f378][Croisades et Orient latin - XIe-XIVe siècle]] | | | history |
| Cyrano de bergerac | | | classic |
| Death's end | C. Liu | | livres |
| Une histoire du monde aux temps modernes | J. Delumeau | | history |
| Dragondrums | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Dragonflight | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Dragonquest | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Dragonsinger | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Dragonsong | Anne McCaffrey | Pern | fantasy |
| Dreams of Steel | Glen Cook | The Black Company | livres |
| Dubliners | | | livres |
| Fortress in the Eye of Time | C. J. Cherry | Fortress | livres |
| Fortress of Dragons | C. J. Cherry | Fortress | livres |
| Fortress of Eagles | C. J. Cherry | Fortress | livres |
| Fortress of Owls | C. J. Cherry | Fortress | livres |
| Foucault's pendulum | | | livres |
| Gargantua | Rabelais | | livres |
| Germinal | | | livres |
| Gombrich, E. H. (1995): The story of art | | | livres |
| Grousset, Renée (1942): Histoire de la chine | | | livres |
| Harry Potter and the Sorcerer's Stone | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Chamber of Secrets | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Prisoner of Azkaban | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Goblet of Fire | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Order of the Phoenix | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Half-Blood Prince | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| Harry Potter and the Deathly Hallows | J. K. Rowling | Harry Potter | fantasy |
| [[id:e625c7ac-3871-403e-ba12-cfca773e5365][Harry Potter and the Methods of Rationality]] | | fanfic Harry Potter | livres |
| Histoire | Polybe | | livres |
| Histoire romaine - Livre I à V | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - Livres vi à x | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - Livres xli à xlv | | | livres |
| Histoire Romaine - Livres Xxi à Xxv | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - Livres xxi à xxv | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - Livres xxvi à xxx | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - Livres xxxi à xxxv | Tite-Live | | livres |
| Histoire romaine - livres xxxxvi à xl | Tite-Live | | livres |
| [[id:e7a523f6-137f-433b-b95f-094292aae338][Iliade]] | Homère | | livres |
| [[id:e7a523f6-137f-433b-b95f-094292aae338][Odyssée]] | Homère | | livres |
| [[file:books/travailleurs_de_la_mer.md][Les Travailleurs de la mer]] -- [[id:108a57a9-0ed5-424a-88b8-cfc6766700cb][Notre-Dame de Paris]] | Victor Hugo | | livres |
| I, Claudius | | | livres |
| Illusions : The Adventures of a Reluctant Messiah | | | livres |
| Jane Eyre | | | livres |
| La peste | | | livres |
| Le Coran | | | livres |
| Histoire romaine | M. Le Glay | | livres |
| [[id:70429fa2-ebc2-4c04-a81b-283f48e7b0a1][Le Livre du Graal]] | | | livres |
| Le Petit Prince | | | livres |
| [[id:a7dec4cd-0f5b-4451-a058-9b9f1336aa18][Les Mille et une nuits]] | | | livres |
| Les Olmèques: des origines au mythe | C. Magni | | livres |
| Lolita | | | livres |
| [[id:4a9a1a38-d2b9-4b4c-817a-a5ba69978290][Oeuvres]] | George Duby | | livres |
| Pantagruel | Rabelais | | livres |
| Plutarch, (2001): Plutarch's lives | | | livres |
| The Color of Magic | Terry Pratchett | Discworld | fantasy |
| The light fantastic | Terry Pratchett | Discworld | fantasy |
| The color of magic | Terry Pratchett | Discworld | fantasy |
| Pride and Prejudice and Zombies by Jane Austen | | | livres |
| Pride and Prejudice | Jane Austen | | livres |
| A Song of Ice and Fire | Georges R. R. Martin | | livres |
| [[id:0d316f80-4048-4e71-89ca-69ac46addc50][Sacrifice Arc]] | | fanfic Harry Potter | livres |
| Shadow Games | Glen Cook | The Black Company | livres |
| Shadows Linger | Glen Cook | The Black Company | livres |
| Si c'est un homme | Primo Levi | | livres |
| [[id:887326ae-71d3-4025-8b5c-40db7aa4c3ec][The Arithmancer]] | | fanfic Harry Potter | livres |
| The Black Company | Glen Cook | The Black Company | livres |
| The dark forest | C. Liu | | livres |
| The fall of the house of usher | | | livres |
| The hound of the baskervilles | | | livres |
| The Lost Apothecary | | | livres |
| The name of the rose | | | livres |
| The Skies of Pern (2001) | | | livres |
| The three-body problem | C. Liu | | livres |
| The Time Machine | H. G. Wells | | livres |
| The War of the Worlds | H. G. Wells | | livres |
| The White Dragon | Anne McCaffrey | Pern | livres |
| The White Rose | Glen Cook | The Black Company | livres |
| Tiers livre | Rabelais | | livres |
| Lord of the Rings 3/3 | J. R. R. Tolkien | | livres |
| The hobbit, or, there and back again | J. R. R. Tolkien | | livres |
| The Silmarillion | J. R. R. Tolkien | | livres |
| Guerre et paix | Tolstoi | | livres |
| Une Histoire Du Monde Aux Temps Modernes | | | livres |
| Violet Evergarden | | | livres |
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- [x] Deadwood
- [ ] Dexter: saison 1
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* DC
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** Batman
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- [ ] 2. POE, Œuvres en prose.
- [ ] 3. VOLTAIRE, Romans et contes.
- [ ] 4. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 5. RACINE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 6. LACLOS, Les Liaisons dangereuses. Œuvres complètes.
- [ ] 7. BAUDELAIRE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 8. MOLIÈRE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 9. MOLIÈRE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 10. LA FONTAINE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 11. ROUSSEAU, Œuvres complètes, I.
- [ ] 12. MUSSET, Poésies complètes.
- [ ] 13. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 14. MONTAIGNE, Les Essais.
- [ ] 15. RABELAIS, Œuvres complètes.
- [ ] 16. STENDHAL, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 17. MUSSET, Théâtre complet.
- [ ] 18. CERVANTÈS, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 19. CORNEILLE, Œuvres complètes, I.
- [ ] 20. CORNEILLE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 21. MÉRIMÉE, Théâtre de Clara Gazul -- Romans et nouvelles.
- [ ] 22. BEAUMARCHAIS, Œuvres.
- [ ] 23. LA BRUYÈRE, Œuvres complètes.
- [ ] 24. LA ROCHEFOUCAULD, Œuvres complètes.
- [ ] 25. DIDEROT, Contes et romans.
- [ ] 26. BALZAC, La Comédie humaine, I.
- [ ] 27. BALZAC, La Comédie humaine, II.
- [ ] 28. LAS CASES, Le Mémorial de Sainte-Hélène, I.
- [ ] 29. LAS CASES, Le Mémorial de Sainte-Hélène, II.
- [ ] 30. BALZAC, La Comédie humaine, III.
- [ ] 31. BALZAC, La Comédie humaine, IV.
- [ ] 32. BALZAC, La Comédie humaine, V.
- [ ] 33. BOSSUET, Œuvres.
- [ ] 34. PASCAL, Œuvres complètes, I.
- [ ] 35. BALZAC, La Comédie humaine, VI.
- [ ] 36. FLAUBERT, Œuvres complètes, II (1845-1851).
- [ ] 37. FLAUBERT, Œuvres complètes, III (1851-1862).
- [ ] 38. BALZAC, La Comédie humaine, VII.
- [ ] 39. BALZAC, La Comédie humaine, VIII.
- [ ] 40. DESCARTES, Œuvres et lettres.
- [ ] 41. BALZAC, La Comédie humaine, IX.
- [ ] 42. BALZAC, La Comédie humaine, X.
- [ ] 43. PLUTARQUE, Les Vies des hommes illustres, I.
- [ ] 44. PLUTARQUE, Les Vies des hommes illustres, II.
- [ ] 45. RONSARD, Œuvres complètes, I.
- [ ] 46. RONSARD, Œuvres complètes, II.
- [ ] 47. VERLAINE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 48. HISTORIENS ET CHRONIQUEURS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 49. MUSSET, Œuvres complètes en prose.
- [ ] 50. SHAKESPEARE, Tragédies, I [Œuvres complètes, I].
- [ ] 51. SHAKESPEARE, Tragédies II [Œuvres complètes, II].
- [ ] 52. POÈTES ET ROMANCIERS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 53. RETZ (cardinal de), Œuvres.
- [ ] 54. GIDE, Journal, I.
- [ ] 55. MICHELET, Histoire de la Révolution française, I.
- [ ] 56. MICHELET, Histoire de la révolution française, II.
- [ ] 57. CHÉNIER, Œuvres complètes.
- [ ] 58. PLATON, Œuvres complètes, I.
- [ ] 59. COURIER, Œuvres complètes.
- [ ] 60. PÉGUY, Œuvres poétiques et dramatiques.
- [ ] 61. JEUX ET SAPIENCE DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 62. LA FONTAINE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 63. GOETHE, Théâtre complet.
- [ ] 64. PLATON, Œuvres complètes, II.
- [ ] 65. MALLARMÉ, Œuvres complètes, I.
- [X] 66. TOLSTOÏ, La Guerre et la Paix.
- [ ] 67. CHATEAUBRIAND, Mémoires d'outre-tombe, I.
- [ ] 68. RIMBAUD, Œuvres complètes.
- [ ] 69. SAINT-SIMON, Mémoires, I. 70. MALRAUX, Œuvres complètes, I.
- [ ] 71. CHATEAUBRIAND, Mémoires d'outre-tombe, II.
- [ ] 72. CLAUDEL, Théâtre, I.
- [ ] 73. CLAUDEL, Théâtre, II.
- [ ] 74. VIGNY, Œuvres complètes, I.
- [ ] 75. GIDE, Anthologie de la poésie française.
- [ ] 76. VIGNY, Œuvres complètes, II.
- [ ] 77. SAINT-SIMON, Mémoires, II.
- [ ] 78. MARIVAUX, Romans -- Récits, contes et nouvelles.
- [ ] 79. MARIVAUX, Théâtre complet, I.
- [ ] 80. SAINTE-BEUVE, Œuvres, I.
- [ ] 81. MONTESQUIEU, Œuvres complètes, I.
- [ ] 82. HUGO, La Légende des siècles -- La Fin de Satan -- Dieu.
- [ ] 83. DOSTOÏEVSKI, Crime et Châtiment.
- [ ] 84. SAINT-SIMON, Mémoires, III.
- [ ] 85. HUGO, Les Misérables.
- [ ] 86. MONTESQUIEU, Œuvres complètes, II.
- [ ] 87. TOLSTOÏ, Anna Karénine.
- [ ] 88. SAINTE-BEUVE, Œuvres, II.
- [ ] 89. NERVAL, Œuvres complètes, I.
- [ ] 90. RACINE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 91. DOSTOÏEVSKI, Les Frères Karamazov.
- [ ] 92. MACHIAVEL, Œuvres complètes.
- [ ] 93. SAINTE-BEUVE, Port-Royal, I.
- [ ] 94. DOSTOÏEVSKI, L'Idiot.
- [ ] 95. SAINT-SIMON, Mémoires, IV. e
- [ ] 96. POÈTES DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 97. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, I.
- [ ] 98. SAINT-EXUPÉRY, Œuvres complètes, I.
- [ ] 99. SAINTE-BEUVE, Port-Royal, II.
- [ ] 100. PROUST, À la recherche du temps perdu, I.
- [ ] 101. PROUST, À la recherche du temps perdu, II.
- [ ] 102. PROUST, À la recherche du temps perdu, III.
- [ ] 103. GOETHE, Romans.
- [ ] 104. GIDE, Journal, II.
- [ ] 105. DICKENS, Souvenirs intimes de David Copperfield -- De grandes
espérances.
- [ ] 106. MONTHERLANT, Théâtre.
- [ ] 107. SAINTE-BEUVE, Port-Royal, III.
- [ ] 108. SPINOZA, Œuvres complètes.
- [ ] 109. STENDHAL, Œuvres intimes, I.
- [ ] 110. SAINT-SIMON, Mémoires, V.
- [ ] 111. DOSTOÏEVSKI, Les Démons -- Les Pauvres Gens.
- [ ] 112. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, II.
- [ ] 113. MARTIN DU GARD, Œuvres complètes, I.
- [ ] 114. MARTIN DU GARD, Œuvres complètes, II.
- [X] 115. HOMÈRE, Iliade -- Odyssée.
- [ ] 116. ALAIN, Propos, I.
- [ ] 117. NERVAL, Œuvres complètes, II.
- [ ] 118. DICKENS, Dossier de la maison Dombey et fils -- Temps
difficiles.
- [ ] 119. DOSTOÏEVSKI, L'Adolescent.
- [ ] 120. LA BIBLE. L'Ancien Testament, I.
- [ ] 121. APOLLINAIRE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 122. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, I.
- [ ] 123. CONSTANT, Œuvres.
- [ ] 124. SÉVIGNÉ (Mme de), Correspondance, III.
- [ ] 125. CLAUDEL, Œuvre poétique.
- [ ] 126. LARBAUD, Œuvres.
- [ ] 127. VALÉRY, Œuvres, I.
- [ ] 128. VOLTAIRE, Œuvres historiques.
- [ ] 129. ALAIN, Les Arts et les Dieux.
- [ ] 130. SAINT-SIMON, Mémoires, VI.
- [ ] 131. ROMANCIERS DU e XVII SIÈCLE.
- [ ] 132. CASANOVA, Histoire de ma vie, I.
- [ ] 133. DICKENS, Les Papiers posthumes du Pickwick-Club -- Les
Aventures d'Olivier Twist.
- [ ] 134. ROMANS GRECS ET LATINS.
- [ ] 135. GIDE, Romans et récits. Œuvres lyriques et dramatiques, I.
- [ ] 136. MONTHERLANT, Romans, I.
- [ ] 137. CASANOVA, Histoire de ma vie, II.
- [ ] 138. DEFOE, Romans, I.
- [ ] 139. LA BIBLE, L'Ancien Testament, II.
- [ ] 140. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, II.
- [ ] 141. BALZAC, La Comédie humaine, XI.
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- [ ] 143. ALAIN, Les Passions et la Sagesse.
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- [ ] 145. RENARD, Journal.
- [ ] 146. ZOLA, Les Rougon-Macquart, I.
- [ ] 147. CASANOVA, Histoire de ma vie, III.
- [ ] 148. VALÉRY, Œuvres, II.
- [ ] 149. TOLSTOÏ, Souvenirs et récits.
- [ ] 150. SAINT-SIMON, Mémoires, VII.
- [ ] 151. TALLEMANT DES RÉAUX, Historiettes, II.
- [ ] 152. VOLTAIRE, Mélanges.
- [ ] 153. ROUSSEAU, Œuvres complètes, II.
- [ ] 154. ZOLA, Les Rougon-Macquart, II.
- [ ] 155. BERNANOS, Œuvres romanesques complètes suivi de Dialogues des
carmélites, I.
- [ ] 156. LES STOÏCIENS.
- [ ] 157. CÉLINE, Romans, I.
- [ ] 159. DUMAS, Les Trois Mousquetaires -- Vingt ans après.
- [ ] 160. TRAGIQUES GRECS : EURIPIDE, Théâtre complet.
- [ ] 161. CAMUS, Œuvres complètes, I.
- [ ] 162. VOLTAIRE, Correspondance, I.
- [ ] 163. DICKENS, Le Magasin d'antiquités -- Barnabé Rudge.
- [ ] 164. MARX, Œuvres, I (Économie).
- [ ] 165. LAMARTINE, Œuvres poétiques complètes.
- [ ] 166. HUGO, Théâtre complet, I. 167. MONTHERLANT, Essais.
- [ ] 168. ROMANTIQUES ALLEMANDS, I.
- [ ] 169. ROUSSEAU, Œuvres complètes, III.
- [ ] 170. HUGO, Théâtre complet, II.
- [ ] 171. HUGO, Œuvres poétiques, I.
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- [ ] 173. ZOLA, Les Rougon-Macquart, III.
- [ ] 174. MONLUC, Commentaires.
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- [ ] 177. CONTEURS FRANÇAIS e DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 178. ROMANCIERS DU XVIIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 179. CLAUDEL, Œuvres en prose.
- [ ] 180. SWIFT, Œuvres.
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- [ ] 182. DANTE, Œuvres complètes.
- [ ] 183. CAMUS, Œuvres complètes, II.
- [ ] 184. BARBEY D'AUREVILLY, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 185. GOGOL, Œuvres complètes.
- [ ] 186. DICKENS, La Vie et les aventures de Nicolas Nickleby --
Livres de Noël.
- [ ] 187. ZOLA, Les Rougon-Macquart, IV.
- [ ] 188. BOILEAU, Œuvres complètes.
- [ ] 189. HEMINGWAY, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 190. LE CORAN.
- [ ] 191. HÖLDERLIN, Œuvres.
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- [ ] 194. ZOLA, Les Rougon-Macquart, V.
- [ ] 195. HUGO, Œuvres poétiques, II.
- [ ] 196. Voir no 158.
- [ ] 197. TCHÉKHOV, Œuvres, I.
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- [ ] 202. HISTORIENS ROMAINS : Historiens de la République, I.
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- [ ] 208. ROUSSEAU, Œuvres complètes, IV.
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- [ ] 211. DOSTOÏEVSKI, Récits, chroniques et polémiques.
- [ ] 212. FRANÇOIS DE SALES (saint), Œuvres.
- [ ] 213. CLAUDEL, Journal, II.
- [ ] 214. DEFOE, Romans, II.
- [ ] 215. SAND, Œuvres autobiographiques, I.
- [ ] 216. DICKENS, La Petite Dorrit -- Un conte de deux villes.
- [ ] 217. ALAIN, Propos, II.
- [ ] 218. LAUTRÉAMONT, Œuvres complètes.
- [ ] 219. POLYBE, Histoire.
- [ ] 220. TCHÉKHOV, Œuvres, II.
- [ ] 221. CROS -- CORBIÈRE, Œuvres complètes.
- [ ] 222. RENARD, Œuvres, I.
- [ ] 223. TCHÉKHOV, Œuvres, III.
- [ ] 224. PLAUTE -- TÉRENCE, Œuvres complètes.
- [ ] 225. RENARD, Œuvres, II.
- [ ] 226. LA BIBLE, Le Nouveau Testament.
- [ ] 227. SAND, Œuvres autobiographiques, II.
- [ ] 228. PROUST, Jean Santeuil, précédé de Les Plaisirs et les Jours.
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et suivi d'Essais et articles.
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- [ ] 231. MALHERBE, Œuvres.
- [ ] 232. BERNANOS, Essais et écrits de combat, I.
- [ ] 233. MARIVAUX, Œuvres de jeunesse.
- [ ] 234. DOSTOÏEVSKI, Journal d'un écrivain.
- [ ] 235. GREEN, Œuvres complètes, I.
- [ ] 236. JARRY, Œuvres complètes, I.
- [ ] 237. GIONO, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 238. GOLDONI, Théâtre.
- [ ] 239. VERLAINE, Œuvres en prose complètes.
- [ ] 240. SAINT-JOHN PERSE, Œuvres complètes.
- [ ] 241. THÉÂTRE DU XVIII SIÈCLE, I.
- [ ] 242. VALÉRY, Cahiers, I.
- [ ] 243. GREEN, Œuvres complètes, II.
- [ ] 244. FLAUBERT, Correspondance, I.
- [ ] 245. GRIBOÏÈDOV -- POUCHKINE -- LERMONTOV, Œuvres.
- [ ] 246. ROMANTIQUES ALLEMANDS, II.
- [ ] 247. BAUDELAIRE, Correspondance, I.
- [ ] 248. BAUDELAIRE, Correspondance, II.
- [ ] 249. STENDHAL, Voyages en Italie.
- [ ] 250. GREEN, Œuvres complètes, III. e
- [ ] 251. THÉÂTRE DU XVIII SIÈCLE, II.
- [ ] 252. CÉLINE, Romans, II.
- [ ] 253. MAUPASSANT, Contes et nouvelles, I.
- [ ] 254. VALÉRY, Cahiers, II.
- [ ] 255. HUGO, Œuvres poétiques, III.
- [ ] 256. GIONO, Œuvres romanesques complètes, III. e
- [ ] 257. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, I.
- [ ] 258. VALLÈS, Œuvres, I.
- [ ] 259. VOLTAIRE, Correspondance, III.
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- [ ] 261. GREEN, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 262. ZOLA, Contes et nouvelles.
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- [ ] 264. KAFKA, Œuvres complètes, I.
- [ ] 265. GREEN, Œuvres complètes, V.
- [ ] 266. PIRANDELLO, Théâtre complet, I.
- [ ] 267. APOLLINAIRE, Œuvres en prose complètes, I.
- [ ] 268. GIONO, Œuvres romanesques complètes, IV.
- [ ] 269. FAULKNER, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 270. VOLTAIRE, Correspondance, IV.
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- [ ] 272. CHATEAUBRIAND, Essai sur les révolutions -- Génie du
christianisme.
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- [ ] 276. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, I.
- [ ] 277. MALEBRANCHE, Œuvres, I.
- [ ] 278. DICKENS, La Maison d'Âpre- Vent -- Récits pour Noël et
autres.
- [ ] 279. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, II.
- [ ] 280. VOLTAIRE, Correspondance, V.
- [ ] 281. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, II.
- [ ] 282. KAFKA, Œuvres complètes, II.
- [ ] 283. PHILOSOPHES TAOÏSTES, I.
- [ ] 284. FLAUBERT, Correspondance, II.
- [ ] 285. GIONO, Œuvres romanesques complètes, V.
- [ ] 286. KANT, Œuvres philosophiques, I.
- [ ] 287. VOLTAIRE, Correspondance, VI.
- [ ] 288. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, III.
- [ ] 289. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, I.
- [ ] 290. DUMAS, Le Comte de Monte- Cristo.
- [ ] 291. GARCÍA LORCA, Œuvres complètes, I.
- [ ] 292. BALZAC, La Comédie humaine, XII.
- [ ] 293. CAO XUEQIN, Le Rêve dans le pavillon rouge, I.
- [ ] 294. CAO XUEQIN, Le Rêve dans le pavillon rouge, II.
- [ ] 295. SARTRE, Œuvres romanesques.
- [ ] 296. VOLTAIRE, Correspondance, VII.
- [ ] 297. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, II.
- [ ] 298. MARX, Œuvres, III (Philosophie).
- [ ] 299. CONRAD, Œuvres, I.
- [ ] 300. JOYCE, Œuvres, I.
- [ ] 301. MONTHERLANT, Romans, II.
- [ ] 302. GIRAUDOUX, Théâtre complet.
- [ ] 303. YOURCENAR, Œuvres romanesques.
- [ ] 304. STENDHAL, Œuvres intimes, II.
- [ ] 305. THÉÂTRE ESPAGNOL e DU XVI SIÈCLE.
- [ ] 306. GOBINEAU, Œuvres, I.
- [ ] 307. FÉNELON, Œuvres, I.
- [ ] 308. CHAR, Œuvres complètes.
- [ ] 309. VOLTAIRE, Correspondance, VIII.
- [ ] 310. MARTIN DU GARD, Maumort.
- [ ] 311. GOBINEAU, Œuvres, II.
- [ ] 312. GIONO, Œuvres romanesques complètes, VI.
- [ ] 313. FROMENTIN, Œuvres complètes.
- [ ] 314. COLETTE, Œuvres, I.
- [ ] 315. FRANCE, Œuvres, I.
- [ ] 316. KAFKA, Œuvres complètes, III.
- [ ] 317. KANT, Œuvres philosophiques, II.
- [ ] 318. CONRAD, Œuvres, II.
- [ ] 319. TOLSTOÏ, Journaux et carnets, III.
- [ ] 320. JIN PING MEI (Fleur en fiole d'or), I.
- [ ] 321. JIN PING MEI, II.
- [ ] 322. VOLTAIRE, Correspondance, IX.
- [ ] 323. MAURIAC, Œuvres romanesques et théâtrales complètes, IV.
- [ ] 324. PIRANDELLO, Théâtre complet, II.
- [ ] 325. VOLTAIRE, Correspondance, X.
- [ ] 326. TOURGUÉNIEV, Romans et nouvelles complets, III.
- [ ] 327. COLETTE, Œuvres, II.
- [ ] 328. VILLIERS DE L'ISLE-ADAM, Œuvres complètes, I.
- [ ] 329. VILLIERS DE L'ISLE-ADAM, Œuvres complètes, II.
- [ ] 330. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, II.
- [ ] 331. COHEN, Belle du Seigneur.
- [ ] 332. KANT, Œuvres philosophiques, III.
- [ ] 333. DAUDET, Œuvres, I.
- [ ] 334. DICKENS, Esquisses de Boz -- Martin Chuzzlewit.
- [ ] 335. VOLTAIRE, Correspondance, XI.
- [ ] 336. GOBINEAU, Œuvres, III.
- [ ] 337. LA BIBLE, Écrits intertestamentaires.
- [ ] 338. SAGAS ISLANDAISES.
- [ ] 339. MAUPASSANT, Romans.
- [ ] 340. CORNEILLE, Œuvres complètes, III.
- [ ] 341. FRANCE, Œuvres, II.
- [ ] 342. JARRY, Œuvres complètes, II.
- [ ] 345. LES PRÉSOCRATIQUES.
- [ ] 346. BRETON, Œuvres complètes, I.
- [ ] 347. JARRY, Œuvres complètes, III.
- [ ] 348. KIPLING, Œuvres, I.
- [ ] 349. CÉLINE, Romans, III.
- [ ] 350. SAINT-SIMON, Mémoires, VIII.
- [ ] 351. GIONO, Récits et essais.
- [ ] 352. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 353. KAFKA, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 354. GRACQ, Œuvres complètes, I.
- [ ] 355. ORATEURS DE LA RÉVOLUTION FRANÇAISE, I.
- [ ] 356. PROUST, À la recherche du temps perdu, IV.
- [ ] 357. CONRAD, Œuvres, IV.
- [ ] 358. QUENEAU, Œuvres poétiques (Œuvres complètes, I).
- [ ] 359. RÉTIF DE LA BRETONNE, Monsieur Nicolas, I.
- [ ] 360. RÉTIF DE LA BRETONNE, Monsieur Nicolas, II.
- [ ] 361. TACITE, Œuvres complètes.
- [ ] 362. VALLÈS, Œuvres, II.
- [ ] 363. PASTERNAK, Œuvres.
- [ ] 364. BALZAC, Œuvres diverses, I.
- [ ] 365. CARROLL, Œuvres.
- [ ] 366. GREEN, Œuvres complètes, VI.
- [ ] 367. MAURIAC, Œuvres autobiographiques.
- [ ] 389. PÉGUY, Œuvres en prose complètes, III.
- [ ] 390. MALEBRANCHE, Œuvres, II.
- [ ] 391. THÉÂTRE DU XVII SIÈCLE, III.
- [ ] 392. BRETON, Œuvres complètes, II.
- [ ] 393. MORAND, Nouvelles complètes, II.
- [ ] 394. ANDERSEN, Œuvres, I.
- [ ] 395. VOLTAIRE, Correspondance, XIII.
- [ ] 396. RILKE, Œuvres en prose.
- [ ] 397. NERVAL, Œuvres complètes, III.
- [ ] 398. CONTEURS ITALIENS DE LA RENAISSANCE.
- [ ] 399. APOLLINAIRE, Œuvres en prose complètes, III.
- [ ] 400. BORGES, Œuvres complètes, I.
- [ ] 401. ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ALLEMANDE.
- [ ] 402. COHEN, Œuvres.
- [ ] 403. CÉLINE, Romans, IV.
- [ ] 404. GIRAUDOUX, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 405. MARIVAUX, Théâtre complet, II.
- [ ] 406. FRANCE, Œuvres, IV.
- [ ] 407. THÉÂTRE ESPAGNOL e DU XVII SIÈCLE, I.
- [ ] 408. CHRÉTIEN DE TROYES, Œuvres complètes.
- [ ] 409. MARX, Œuvres, IV (Politique).
- [ ] 430. SPECTACLES CURIEUX D'AUJOURD'HUI ET D'AUTREFOIS, Jingu qiguan
(Contes chinois des Ming).
- [ ] 431. SAINT-SIMON, Traités politiques et autres écrits.
- [ ] 432. SARRAUTE, Œuvres complètes.
- [ ] 433. MELVILLE, Taïpi -- Omou -- Mardi [Œuvres, I].
- [ ] 434. TANIZAKI, Œuvres, I.
- [ ] 435. NOUVELLES e DU XVII SIÈCLE.
- [ ] 436. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 437. FÉNELON, Œuvres, II.
- [ ] 438. SOMADEVA, Océan des rivières de contes.
- [ ] 439. BOULGAKOV, La Garde blanche -- Nouvelles, récits, articles de
variétés [Œuvres, I].
- [ ] 440. RILKE, Œuvres poétiques et théâtrales.
- [ ] 441. ARISTOPHANE, Théâtre complet.
- [ ] 442. ÉCRITS APOCRYPHES CHRÉTIENS, I.
- [ ] 443. FLAUBERT, Correspondance, IV.
- [ ] 444. MICHAUX, Œuvres complètes, I.
- [ ] 445. LE ROMAN DE RENART.
- [ ] 446. GREEN, Œuvres complètes, VIII.
- [ ] 447. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 469. AUSTEN, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 470. BRECHT, Écrits sur le théâtre.
- [ ] 471. NIETZSCHE, Œuv res, I.
- [ ] 472. ROMANCIERS LIBERTINS e DU XVIII SIÈCLE, I.
- [ ] 473. GIDE, Souvenirs et voyages.
- [ ] 474. STEVENSON, L'Île au trésor -- Dr Jekyll et M. Hyde [Œuvres,
I].
- [ ] 475. MICHAUX, Œuvres complètes, II.
- [ ] 477. AYMÉ, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 478. KIPLING, Œuvres, IV.
- [ ] 479. FLAUBERT, Œuvres complètes, I (Œuvres de jeunesse).
- [ ] 480. CERVANTÈS, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 481. COLETTE, Œuvres, IV.
- [ ] 482. PESSOA, Œ uvres poétiques.
- [ ] 483. AUGUSTIN (saint), Philosophie, catéchèse, polémique (Œuvres,
III).
- [ ] 484. NOUVELLES DU XVIII e SIÈCLE.
- [ ] 485. QUENEAU, Romans, I (Œuvres complètes, II).
- [ ] 486. BRONTË, Wuthering Heights et autres romans (1847-1848).
- [ ] 487. PONGE, Œuvres complètes, II.
- [ ] 488. GAUTIER, Romans, contes et nouvelles, I.
- [ ] 489. GAUTIER, Romans, contes et nouvelles, II.
- [ ] 490. IBN KHALDÛN, Le Livre des Exemples, I.
- [ ] 491. GENET, Théâtre complet.
- [ ] 492. SCOTT, Waverley et autres romans.
- [ ] 493. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 494. PHILOSOPHES TAOÏSTES, II. 495. SIMENON, Romans, I.
- [ ] 496. SIMENON, Romans, II.
- [ ] 497. MALLARMÉ,
- [X] Le Livre du Graal
- [ ] 499. LEIRIS, La Règle du jeu.
- [ ] 500. COCTEAU, Théâtre complet.
- [ ] 501. JAMES, Nouvelles complètes, I.
- [ ] 502. JAMES, Nouvelles complètes, II.
- [ ] 503. TOCQUEVILLE, Œuvres, III.
- [ ] 504. LA LÉGENDE DORÉE de Jacques de Voragine.
- [ ] 505. BOULGAKOV, Le Maître et Marguerite et autres romans --
Théâtre (Œuvres, II).
- [ ] 506. MICHAUX, Œuvres complètes, III.
- [ ] 507. MELVILLE, Redburn -- Vareuse-Blanche [Œuvres, II].
- [ ] 508. MALRAUX, Œuvres complètes, IV (Écrits sur l'a rt, I).
- [ ] 509. MALRAUX, Œuvres complètes, V (Écrits sur l'art, II).
- [ ] 510. LIBERTINS DU XVIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 511. BATAILLE, Romans et récits. 512. SARTRE, Théâtre complet.
- [ ] 513. STEVENSON, Le Maître de Ballantrae et autres romans [Œuvres,
II].
- [ ] 514. MORAND, Romans.
- [X] Les Mille Et Une Nuits
- [ ] 516. ÉCRITS APOCRYPHES CHRÉTIENS, II.
- [ ] 517. RAMUZ, Romans, I.
- [ ] 518. RAMUZ, Romans, II.
- [ ] 519. ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ANGLAISE.
- [ ] 520. ROMANCIERS LIBERTINS DU XVIIIe SIÈCLE, II.
- [ ] 521. GORKI, Œuvres.
- [ ] 522. SIMON, Œuvres.
- [ ] 523. THÉÂTRE DE L'INDE ANCIENNE.
- [ ] 524. COCTEAU, Œuvres romanesques complètes.
- [ ] 525. MELVILLE, Moby-Dick -- Pierre ou les Ambiguïtés [Œuvres,
III].
- [ ] 528. BALZAC, Correspondance, I.
- [ ] 529. IBSEN, Théâtre.
- [ ] 530. QUENEAU, Romans, II [Œuvres complètes, III].
- [ ] 531. SCOTT, Ivanhoé et autres romans.
- [ ] 532. BUFFON, Œuvres.
- [ ] 533. ARAGON, Œuvres poétiques complètes, I.
- [ ] 534. ARAGO N, Œuvres poétiques complètes, II.
- [ ] 535. FAULKNER, Œuvres romanesques, IV.
- [ ] 536. ANOUILH, Théâtre, I.
- [ ] 537. ANOUILH, Théâtre, II.
- [ ] 538. ÉCRITS GNOSTIQUES.
- [ ] 539 FLAUBERT, bis. Index général de la Correspondance.
- [ ] 539. FLAUBERT, Correspondance, V.
- [ ] 540. JÜNGER, Journaux de guerre, I.
- [ ] 541. JÜNGER, Journaux de guerre, II.
- [ ] 542. BRONTË, Jane Eyre précédé de Œuvres de jeunesse (1826-1847).
- [ ] 543. LÉVI-STRAUSS, Œuvres.
- [ ] 544. BRETON, Œuvres complètes, IV (Écrits sur l'art et autres
textes).
- [ ] 545. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, IV.
- [ ] 546. SHAKESPEARE, Histoires, I [Œuvres complètes, III].
- [ ] 547. SHAKESPEARE, Histoires, II [Œuvres complètes, IV].
- [ ] 548. CAMUS, Œuvres complètes, III.
- [ ] 549. CAMUS, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 550. PAZ, Œuvres.
- [ ] 551. GIDE, Romans et récits. Œuvres lyriques et dramatiques, II.
- [ ] 552. CALVIN, Œuvres.
- [ ] 553. SIMENON, Pedigree et autres romans.
- [ ] 555. THÉÂTRE ÉLISABÉTHAIN, I.
- [ ] 556. THÉÂTRE ÉLISABÉTHAIN, II.
- [ ] 557. PHILOSOPHES CONFUCIANISTES.
- [ ] 558. CÉLINE, Lettres.
- [ ] 559. MELVILLE, Bartleby le scribe -- Billy Budd, marin et autres
romans [Œuvres, IV].
- [ ] 560. SARTRE, Les Mots et autres écrits autobiographiques.
- [ ] 561. NABOKOV, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 562. VIAN, Œuvres romanesques complètes, I.
- [ ] 563. VIAN, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 564. LES ÉPICURIENS.
- [ ] 565. DIDEROT, Œuvres philosophiques.
- [ ] 566. MALRAUX, Œuvres complètes, VI (Essais).
- [ ] 567. KUNDERA, Œuvre, I.
- [ ] 568. KUNDERA, Œuvre, II.
- [ ] 569. DE QUINCEY, Œuvres.
- [ ] 570. JAMES, Nouvelles complètes, III.
- [ ] 571. JAMES, Nouvelles complètes, IV.
- [ ] 572. DURAS, Œuvres complètes, I.
- [ ] 573. DUR AS, Œuvres complètes, II.
- [ ] 574. CIORAN, Œuvres. 575. BALZAC, Correspondance, II.
- [ ] 576. WOOLF, Œuvres romanesques, I.
- [ ] 577. WOOLF, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 578. DRIEU LA ROCHELLE, Romans, récits, nouvelles.
- [ ] 579. VERNE, Voyages extraordinaires : Les Enfants du capitaine
Grant -- Vingt mille lieues sous les mers.
- [ ] 580. VERNE, Voyages extraordinaires : L'Île mystérieuse -- Le
Sphinx des glaces.
- [ ] 581. FITZGERALD, Romans, nouvelles et récits, I.
- [ ] 582. FITZGERALD, Romans, nouvelles et récits, II.
- [ ] 583. THÉRÈSE D'AVILA -- JEAN DE LA CROIX, Œuvres.
- [ ] 584. ARAGON, Œuvres romanesques complètes, V.
- [ ] 585. IBN KHALDÛN, Le Livre des Exemples, II.
- [ ] 586. SIMON, Œuvres, II.
- [ ] 587. ZWEIG, Romans, nouvelles et récits, I.
- [ ] 588. ZWEIG, Romans, nouvelles et récits, II.
- [ ] 589. CENDRARS, Œuvres autobiographiques complètes, I.
- [ ] 590. CENDRARS, Œuvres autobiographiques complètes, II.
- [ ] 591. SHAKESPEARE, Comédies, I [Œuvres complètes, V].
- [ ] 592. AUSTEN, Œuvres romanesques complètes, II.
- [ ] 593. PLINE L'ANCIEN, Histoire naturelle.
- [ ] 594. JACCOTTET, Œuvres.
- [ ] 595. LAFAYETTE (Mme de), Œuvres complètes.
- [ ] 596. DURAS, Œuvres complètes, III.
- [ ] 597. DURAS, Œuvres complètes, IV.
- [ ] 598. VILLON, Œuvres complètes.
- [ ] 599. FRANKENSTEIN ET AUTRES ROMANS GOTHIQUES.
- [ ] 600. LEIRIS, L'Âge d'homme précédé de L'Afrique fantôme.
- [ ] 601. ARISTOTE, Œuvres, I.
- [ ] 602. ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE CHINOISE.
- [ ] 603. VIRGILE, Œuvres complètes.
- [ ] 604. TWAIN, Œuvres.
- [ ] 605. D'ORMESSON, Œuvres, I.
- [ ] 606. BERNANOS, Œuvres romanesques complètes, II, suivies de
Dialogues des carmélites.
- [ ] 607. FOUCAULT, Œuvres, I. .
- [ ] 608. FOUCAULT, Œuvres, II.
- [ ] 609. JAMES, Un portrait de femme es et autres romans.
- [ ] 610. VARGAS LLOSA, Œuvres romanes ques, I.
- [ ] 611. VARGAS LLOSA, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 612. VERNE, Voyages extraordinaires : Voyage au centre de la terre
et autres romans.
- [ ] 613. SHAKESPEARE, Comédies, II [Œuvres complètes, VI].
- [ ] 614. SHAKESPEARE, Comédies, III [Œuvres complètes, VII].
- [ ] 615. LONDON, Romans, récits et nouvelles, I.
- [ ] 616. LONDON, Romans, récits et nouvelles, II.
- [ ] 617. PREMIERS ÉCRITS CHRÉTIENS.
- [ ] 618. FAULKNER, Œuvres romanesques, V.
- [ ] 619. TOURNIER, Romans suivis de Le Vent Paraclet.
- [ ] 620. FAULKNER, Nouvelles.
- [ ] 621. STAËL (Mme de), Œuvres.
- [ ] 622. LUTHER, Œuvres, II.
- [ ] 623. PEREC, Œuvres, I.
- [ ] 624. PEREC, Œuvres, II.
- [ ] 625. ROTH, Romans et nouvelles (1959-1977).
- [ ] 626. VERNE, Voyages extraordinaires : Michel Strogoff et autres
romans.
- [ ] 627. BALZAC, Correspondance, III
- [ ] 628. CENDRARS, Œuvres romanesques, I, précédées d Poésies
complètes.
- [ ] 629. CENDRARS, Œuvres romanesques, II.
- [ ] 630. STEV ENSON, Veillées des îles -- Derniers romans [Œuvres,
III].
- [ ] 631. KIERKEGAARD, Œuvres, I.
- [ ] 632. KIERKEGAARD, Œuvres, II.
- [ ] 633. BEAUVOIR, Mémoires, I.
- [ ] 634. BEAUVOIR, Mémoires, II.
- [ ] 635. D'ORMESSON, Œuvres, II.
- [ ] 636. LAIS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 637. NIETZSCHE, Œuvres, II.
- [ ] 638. DRACULA ET AUTRES ÉCRITS VAMPIRIQUES.
- [ ] 639. GARY, Romans et récits, I.
- [ ] 640. GARY, Romans et récits, II.
- [X] 641. Duby, Oeuvres
- [ ] 642. HUYSMANS, Romans et nouvelles.
- [ ] 643. ÉCRITS SPIRITUELS DU MOYEN ÂGE.
- [ ] 644. SAND, Romans, I.
- [ ] 645. SAND, Romans, II.
- [ ] 646. ALAIN-FOURNIER, Le Grand Meaulnes suivi de Choix de lettres,
de documents et d'esquisses.
- [ ] 647. ELIOT, Middlemarch précédé de Le Moulin sur la Floss.
- [ ] 648. NABOKOV, Œuvres romanesques complètes, III.
- [ ] 649. KESSEL, Romans et récits, I.
- [ ] 650. KESSEL, Romans et récits, II.
- [ ] ANTHOLOGIES
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ALLEMANDE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ANGLAISE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ESPAGNOLE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE ITALIENNE
- [ ] ANTHOLOGIE BILINGUE DE LA POÉSIE LATINE
- [ ] ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE CHINOISE
- [ ] ANTHOLOGIE DE LA POÉSIE FRANÇAISE
- [ ] Œuvres complètes, II.
+++ title = "Japonais" date = 2021-09-30 +++
* 2021-09-30 Aya-sensei : Intro
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aya-sensei-intro
:END:
* 2021-10-08 Aya-sensei : Leçon 9 (JFBP II)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aya-sensei-leçon-9-jfbp-ii
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire
:END:
- 友人(ゆうじん): ami
- 募集(ぼしゅう): recruter
- 経験(けいけん): expérience
- 間に合う: être à l'heure
- 遺伝学 (いでんがく): genetique
- 医大 (いだい): faculté de médecine
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire
:END:
*** Modifier avec des clauses
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: modifier-avec-des-clauses
:END:
- 雨ではない日: un jour sans pluie
- 経験が長い人: une personne avec beaucoup d'expérience
* 2021-10-15 Leçon 6 (JFBP II)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-6-jfbp-ii
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-1
:END:
- 顔色: visage (ex: 顔色がよくありませんんね = tu n'as pas l'air bien)
- 膝(ひざ): genou
- 蜂蜜(はちみつ): miel
- 賑やか(にぎやか): animé (ville)
- むりをする: en faire trop, むり(な): impossible (むりできる ne pas
pouvoir)
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-1
:END:
*** Adverbes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: adverbes
:END:
- 早く起きました
- ーてきます: Partir faire quelque chose et revenir rapidement
- 本を借りてきて
- ーた ほうがいいですよ: il serait bien que tu +++ Attention, forme en
ーた!
- 風邪をですか。じゃあ、家に帰って休んだほうがいいですよ Attention, la
forme négative n'utilise pas la forme en ーた
- 煙草(たばこ)を吸わないほうがいいですよ
* 2021-10-21 Leçon 3
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-3
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-2
:END:
- 頭(あたま)/歯/喉 がいたい(あたま): mal à la tête/dent/gorge
- 気分(きぶん)/調子(ちょうし) がわるいんです: je ne me sens pas très
bien (調子 semble être plus général) => おなかの調子がわるいんです
- 怪我(けが):blessure => 手/足(あし)/指(ゆび)に怪我をしたんです
- 風邪をひく Marche aussi pour インフルエンザ mais pas pour le covid+++
- 二日酔い(ふつかよい): hangover ("2eme jour")
- 寝不足(ねぶそく):insomnie
- 時差ぼけ(じさぼけ): jet lag
- ーができます:
- 嚔(くしゃみ)ができます: éternuer
- 咳(せき)ができます: tousser
- 鼻水(はなみず)ができます: avoir le nez qui coule
- 欠伸ができます: bailler
- アレルギー: allergie
- 花粉症(かふんしょう): rhinite allergique
- covoiturage: ライドシェリン(?aya-sensein) 相乗り(wiki)
- 犬がきらい: détester les chiens
## Grammaire
*** ーていません: Pas encore:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ーていません-pas-encore
:END:
まだ書いていません (je suis en train) レポートは書きません (je ne le
ferais pas [c'est facultatif !])
- ーんです: expliquer
まだ書いていないんです (je suis en train)
* 2021-11-06 Quizz + Leçon 7
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: quizz-leçon-7
:END:
Solution du quizz
I. 1. に 2. に 3. に 4. が 5. で(?) II. 1. これから 2. そろそろ (まだ =
OK) まだ 3. 実は これから III. 1. もってくる+んです。2。帰った 行く した
買った
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-3
:END:
- さっき: il y a un moment
- こんど: cette fois
- それから: "après ça" (pour faire la jonction entre 2 parties d'une
phrase ex: 熱(ねつ)があるんです。それから病院に行ってきました
- これから: à partir de maintenant
- 浴びる(あ): se laver (douche), se baigner
- 洗う(らあ): nettoyer (ex une cabine de douche)
- お大事に(おだいじ): prenez soin de vous\\
- 用事(ようじ): tâches à faire
- つごう: pratique
- きかい: opportunité
- 薬(くすり): médicament (attention, ressemble à たのしい)
- 昼休(ひるやすみ): la pause déjeuner
- 会議(かいぎ): réunion (différent de 会話(かいわ): discussion)
- ボックスを開く(ひらく): ouvrir des boites (carton)
- ポスターを貼る(はる): accrocher un poster
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-2
:END:
- V + 前に(まえ) : avant de ~ Attention, pas de passé ni de négatif !
Ex: 日本に来る前に、日本語の勉強を始めました ~ てから: après
* 2021-11-13 Fin leçon 7
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fin-leçon-7
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-4
:END:
- 卒業(そつぎょう)
- X と遊び: jouer avec quelqu'un (ou un animal) Mais X で遊び: jouer
avec un objet
- メールをチェックする: vérifir ses mails
- 化粧(けしょう): se maquiller
- 他(ほか):autre (ex: personnes)
- éducation au Japon:
- 小学校(しょうがっこう):école primaire - 中学校(ちゅうがっこう):
junior high school ~ collège en France - 高等学校(こうとうがっこう):
senior high school~ lycée en France
- 狩猟(しゅりょう): chasse
- 猟師(りょうし): chasseur
## Grammaire
- ~てから: 2 sens
- succession d'action, ex: 食べてから、飲んて、読んて (note: plus de
から après la première action)
- depuis ~, ex:
日本に来てから、ずっと日本語の勉強をしています=j'étudie le japonais
depuis que je suis arrivé au japon)
- ~前に: avant ~ (forme du dictionnaire, cf leçon précédente)
- の時(とき)/ adjectif en i い時/adjectif en na な時 = quand ex:
3さいのとき、: quand j'avais 3 ans
* 2021-11-27 Fin leçon 7
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fin-leçon-7-1
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-5
:END:
- 熊に注意(くまにちゅうい): attention à l'ours !
- 転職(てんしょく) changer de travail
- 就職(しゅうしょく) trouver un travail
- 退学(たいがく) être viré de l'unversité
- 子供ができるêtre enceinte
- 婚約する(こんやく)se fiancer
- しりあう: apprendre à connaître quelqu'un
- 生まれる(うまれる): être né
- 試験を受ける(うける):passer un examen
- 離婚する(りこん): divorce
- ずっと仕事を続ける(つづける): continuer à travailler
- 受験」(じゅけん): examen d'entrée à l'université
- 高2のとき(こうに) : (abrégé) quand j'étais en 2ème année de lycée
(senior high school)
- Alex とよんでください: vous pouvez m'appeller Alex
- 経済(けいざい): économie (matière)\\
- 二年後(ご): 2 ans après
- X 前と後に半年ずつ : 6 mois (1/2 année) avant et 6 mois après X (ずつ
= chacun)
- 営業部(えいぎょうぶ): le département des ventes d'une entreprise
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-3
:END:
- bien que : ときも、~ ex: bien que j'aie attrapé froid, je dois
travailler 風邪を引くときも、働かなければなりません (NB: il y a aussi
のに et ても)
* 2021-12-11 Leçon 8
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-8
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-6
:END:
- 塾(じゅく): cours du soir au Japon
- 辺り(あたり): (dans) le voisinage
- ずいぶん: très
- 2中(ちゅう): 2e année de junior high school (= collège)
- 2日前(ふつかまえ): il y a 2 jours (attention à la lecture !)
- 登り降り(のぼりおり): montée et descente = "altitude" d'une course
- 一位(いちい) la première personne d'une course, etc
- 大勢(おおぜい)の人が+++ : comme il y avait beaucoup de monde
- 人前(いちにんまえ)) : portion pour 1 personne
- 3人前(さんにんまえ): portion pour 3 personne
- 届ける(とどける): délivrer
- 休暇中(きょうかちゅう): en vacances
- 小さなマラソン:course
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-4
:END:
- ~になります Ajectif en -i : remplacer i par く+ なります
忙しい 忙し くなります(いそがしい) Ajectif en -na et nom : ajout
de に 有名になります 教師になりたい(きょうし)
- Rappel : forme en -て de なります : ないて On peut combiner donc :
春(はる)にないて、あたたかくなりました
- ここに来るとき: sur le chemin, en venant ici
* 2021-12-18 Leçon 9
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-9
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-7
:END:
- 預かる(あずかる):garder, s'occuper de
- 設計図(せっけいず):plan (de construction)
- 吹き出す(ふきだす):exploser, éparpiller
- スキー場(じょう): une station de ski
- 売店(ばいてん): petite boutique (ex: en gare+++)
- 拾う(ひろう): ramasser
- 席(せき): siège
- 書く(かく): écrire (un sms)
- 過ごす(すごす): passer (du temps) ex: クリスマス誰と過ごすの: avec
qui vas-tu passer Noel ?
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-5
:END:
- A とき、B: "quand" A, B (A = forme du dictionnaire) Si A est au passé,
A est "fini". Sinon. A est en cours Cela explique les différentes
nuances :
- A et B sont présent ou passé = A puis B: ex:
新聞を読むとき、眼鏡をかけます しんぶん めがね
享年ドイツに行ったとき、ビールをたくさん飲み成した
- A au présent et B au passé : avant A, j'ai fait B ex:
日本に来るとき、空港で買いました (くうこう) avant de venir au
japon, je l'ai acheté
- A au passé et B au présent : futur ? ex:
日本に来たとき、空港で買います (くうこう) Subtilité :
新幹線に乗るとき、ビールを買いました = avant de monter, il a achéte
de la bière (= sur le chemin) 新幹線に乗るとき、ビールを買います =
action habituelle (il achète de la bière avant d'y monter)
しんかんせん
- citation ~林さんは「教徒に行きます」といっていました= directe
~林さんは教徒に行くといっていました = indirecte
* 2022-01-08 Lecon 9
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lecon-9
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-8
:END:
- 陰性(いんせい): négatif (test, ex: covid)
- 陽性 (ようせい): positif (test, ex: covid)
- 駅(えき): gare peut aussi être utilisée pour le métro, si le
contexte est clair
- 転ぶ(転ぶ):tomber de sa hauteur
- 落ちる(おちる) :tomber (mais de haut) Nature
- 木(き): arbre
- 森(もり): forêt
- 林(はやし): forêt
- 緑(みどり): verdure
- 池(いけ): mare
- 空気(くうき): ciel
- 畑(はたけ) : champ
- 田んぼ(たんぼ): rizière Urban life
- マンション: immeuble
- 道路(どうろ) 道(みち): route
- 橋(はし): pont
- 工場(こうじょう): usine
- 駐車場(ちゅうしゃじょう): parking
- 商店街(しょうてんがい): rue commerciale
- ガソリンスタンド: pompe à essence CHange:
- できる: être construit
- なくなる: démolir
- かわる: changer
- (きれいになる: rénover - 汚くなる(きた): se dégrader
- 広くなる(ひろ)devenir plus large - 狭くなる(せま): devenir plus
étroit
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-7
:END:
- ~ と思います:je pense que X Verbe と思います na-ajectif + だ/ではない
と思います i-ajectif と思います A は~と思っています: A pense que X
(attention !)
- いい -> よくない(négatif) NB: よかった(passé), よくなかった (passé
négatif)
* 2022-01-16 Lecon 9
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lecon-9-1
:END:
** Vocabulaire (cf Anki)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-cf-anki
:END:
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-8
:END:
Transforner une phrase en nom avec の
明日の会議にでるのは、かどうさんです
Attention, il faut mieux mettre が ミルズさんが出張に行くのは 来週です
* 2022-01-29 Leçon 9
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-9-1
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-9
:END:
Cf Anki
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-9
:END:
Nominalisation (suite) Rappel : マリアさんは出張に行くのは来週です On
peut également utiliser のが (qui s'apparente à ことがあります)
子供ど遊ぶのがすきです お菓子を作るのがじょうずです ou のを selon le
bsoin お金を払うのをわすれました メール返事だすのをわれれました
* 2022-02-13 Leçon 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-10
:END:
- ので = "donc". Comme から mais plus poli - -いので - nom/adjectif en
- na+なので On utilie la plain form ! - ありません->ない
- お金がないので、何も買いません - です->な - でした->だった
- 雨だったので、どこにもでかけませんでした
* 2022-02-27 Lecon 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lecon-10
:END:
Discussion surtout + ので
* 2022-03-20 Leçon 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-10-1
:END:
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-10
:END:
Potentialité: on peut utiliser できます ou la forme potentielle
*** forme potentielle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: forme-potentielle
:END:
- Verbes réguliers I : う-> える
- 合う ー>会える
- 話す ー>話せる
- Verbes réguliers II : る-> られる
- 食べる ー>食べられる
- 見るー>見られる
- irréguliers 来るー>来られる(こ) する ー>できる
* 2022-03-20 Leçon 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-10-2
:END:
Discussion surtout
* 2022-03-27 Leçon 10
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-10-3
:END:
Vocab surtout
* 2022-04-10 Leçon 11
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-11
:END:
Discussion surtout
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-11
:END:
X よう: "volitionel" = "faisons X"
- る de la forme du dictionnaire -> よう ex: 見るー>見よう
- pour les regular I : う-> おう 飲むー>飲もう
X ようと思います: je pense faire X ex:
* 2022-04-24 Leçon 11
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: leçon-11-1
:END:
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-12
:END:
ことになりました : il a été décidé pour moi (c'est un évènement unique).
Ex: il a été décidé que je déménage ことになっている : il est convenu =
c'est une habitude ! Ex: il est convenu de ne pas fumer ici
* 2022-06-12
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section
:END:
** Grammaire : questions indirecte
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-questions-indirecte
:END:
Je ne sais pas si
- quesion oui/non : verbe/ajectif + どうか
- 予約できるか どうか わかりません = je ne sais pas si je peux faire
une réservation
(よやく)
- 便利かどうかわかりません
- question "quoi, qui+++": pas besoin de どうか
- 何の医者なるか わかりません = = je ne sais pas quel sorte de médecin
je veux être
- どこに 行くか おしえてください : dis moi ou aller
Il y a une subtile différence entre どうか et か : premier = "whether",
second = si
* 2023-02-26 - Aya-sensei : discussion
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aya-sensei-discussion
:END:
Grammaire -ta koto ga arimasu : déjà fait
- ちゃんと : suffisamment
- 飼う(ka): avoir un animal
- いがくせいぶつがく 医学生物学 = biologie médicale
- sample = sample
- かんじゃ 患者 patient
- けんきゅう 研究 recherche
- けっか 結果 résultat
- はんしょくき 繁殖期 saison de reproduction
* 2023-03-12 - Aya-sensei: lecmon 11
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aya-sensei-lecmon-11
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-10
:END:
- zenkai : la dernière fois
- compter des verre = "pai" ippai = 1 verre, nippai = 2 verres
- saikin = bactéries
- sakkinn = stériliser
- c'était plus loin que ce qu'il mavait dit = ita yori mo+++
- chuushiki = seringue
- doggu = outil
- けっか 結果 : hépatite B TODO: vocab sur skype + skilled
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-13
:END:
forme en -ou + to omoimasu
nakerebanarimasen NB: -nasai = injonction (bossy !)
* 2023-03-25
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-1
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-11
:END:
- 雪は山の上に行かないとないですか = il faut aller en haut de la
montagne pour avoir de la neighe (double négatiionidiomatic)
- 夜勤 j(やきん) = garde (tochaku = plutôt pour les gens de la
sécurité+++)
- 能力(のうりょく) = capacité à faire qqc
- 認める(みとめる) = reconnaître
- 能力が認められれば色々な仕事をすることができます。
- 教わる = apprendre
- 子供のような態度(たいど) = se comporter comme un enfant
- 〜だと言われました = il a été dit que +++
- 落ち着く = se calme
- びっくりします = être surpris
- あんしんします = être soulagé
- がっかりします = être décu
- こまります = avoir des diffculté, être troublé
- さびしい = se sentir seul
- うれしい = être content
- かなしい = être triste
- はずかしい = être embarasssé
- きもちがいい/わるい
- ざんねん[な]. = regretter (une situation)
- しんぱい[な]
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-14
:END:
-te vs -node -te = pour décrire un sentiment, une sensation -node =
demander une permission, être poli
'can we use Feeling+て+++, not only 〜て feeling+++?' Yes, for example:
ロキくんがいなくなってさびしくて、ごはんが食べられません。仕事のことがしんぱいで、ねむれません。
These work with feeling+て (giving a reason) as it's followed by
potential verbs.
* 2023-04-02 Listening comprehension 「日本のおもしろい経験」
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: listening-comprehension-日本のおもしろい経験
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-12
:END:
- 経験(けいけん) expérience
- 特に(とくに) particulièrement
- 珍しい(めずらしい) rare
- 不味い(まずい) ayant mauvais goût (nourriture)
- 何でも : totu
- ニヤニヤする : sourire, grimacer
- 不安な(ふあんな) : se faire du souci ("non" + "sécurité")
- 体にいい(からだ) : être bon pour la santé
- 一生に一度(いっしょうにいちど) : une foi dans sa vie
- もう~ない : après tout
- 焼き(やき) : grillé (ex: yakiniku)
- 興味(きょうみ) : intérêt
- 野菜(やさい) : légume
- ムール貝(がい) : moules
- 城(しろ) : château
- 蜘蛛(くも ) : araignée
* 2023-04-11 Tue> Listening comprehension 「満員電車」
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tue-listening-comprehension-満員電車
:END:
Travail sur comprehension
- 満員電車(まんいんでんしゃ): un train bondé (NB: bondé peut
s'utiliser pour d'autres type de transport)
- 第一ン章(だいいちいんしょう): première impression
- 込む(こむ) : être bondé
- 空港(くうこう): avion
- 医学生物学 (いがくせいぶつがく) : biologie médicale
- 民間研究所(でよかったです) laboratoir privé
- 救急医療室(きゅうきゅういりょうしつ) : urgence
- 単語(たんご ) : vocabulaire
- 昼(ひる ) : midi
- ある日(ひ) : un jour
- 〜に限らず(かぎらず): ne pas se limiter à (forme en -zu)
- 国民( こくみん) : citoyen
- 引退 (いんたい): retraite
- 選(えらぶ) : choisir
- いきなり
- 〜みたいです
Note: 「いつも同じ電車に乗ります」= Always, I ride on the same train.
「いつもと同じ電車に乗ります」= I ride on a train that I always use/ride
le premier = plus l'accent sur "toujours"
* 2023-04-22
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-2
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-13
:END:
- 泊まる(と) : rester (à un hôtel)
- 翻訳(ほんやく): traduction
- 時給(じきゅう): salaire horaire
- いいアイデアです: une bonne idée
- 編み物(あみもの) : couture
- 衛生検査所(えいせいけんさじょ): laboratoire de biologie
- ベルトコンベアう: tapis roulant
- 看護師(かんごし): infirmière
- コンサルタント: consultant
- 医者は貧血の検査をするためサンプルを分析した : le doctor a fait une
analyse de sang sur un échantillon pour anémie
いしゃ ひんけつ けんさ ぶんせき
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-15
:END:
Voir /Grammaire : questions indirecte/ Prochaine leçon : travailler
questions indirecte
* 2023-05-06
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-3
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-14
:END:
- 助けられるかどうかわかりませんでした : je ne sais pas si je peux aider
(attention à la possibilét)
- 審査員(しんさいん): jury (ex: de thèse)
- 方向( ほうこう): direction
- 質問というより、会話のようでした: c'était plus une conversation que
des questions
- 国民の休日( こくみんきゅうじつ): jour férié national
- 修理(しゅうり): réparer
- おの : hache
- 刃(は): lame
* 2023-05-29
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-4
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-15
:END:
Microbiologie
- 半日(はんにち) : une demie journée
- 一日(いちにち) : un jour
- 一日中(じゅう)toute la journée
- 二週間に一度の日曜日: le samedi d'il y a 2 semaines
(にじゅうかん) (いちど) (にちようび)
- 選ぶ(えらぶ)choisir
- 人権(じんけん)droit de l'homme
- 細菌(さいきん)bactérie
- 結果(けっか)résultat, conséquence
- カビ moisissure
- 生ぬるい(な)tiède
- 細菌(さいきん) を 培養します(ばいようします) : les bactéries poussent
- 決める(き)décider
大阪(おおさか)に残って(のこって)好きな仕事を続けましょう(つづ):
reste à Osaka et continue à faire le travail que tu aimes
- 悩み(なやみ) souci
- アドバイス: conseil (donner) != 相談(そうだん)= conseil (demander)
- 年上(としうえ): être plus agé
- 付き合う(つきあう): sortir avec
- 愛す(あいす) aimer
- どうしたらいい: que faire
- 急に(きゅうに): soudainement
- 場合(ばあい): cas, situtation
* 2023-06-04
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-5
:END:
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-16
:END:
V-といいです: Il faudrait que tu V ex:
「頭が痛いです」「水を飲むといいですよ」
v-たらどうですか: il serait bien que tu V ex:
「水の飲んだらどうですか。」
ne rien X nanino tabemasu nanio hanusu koto ga arimasu
nogaku narimasu = ?? nariso ???
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-16
:END:
- 自動( じどう ): automatic
- 何日間: how many days
togaru = avoir très envie de
* 2023-06-25
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-6
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-17
:END:
- 法的 ( ほうてき ) : légal
- 法的にギリギリ ( ほうてき ) : être dans une zone grise lélagement
- 法的にどうかはわかりません : je ne sais pas si c'est légal
- 医学書(いがくしょ): livre de médecine
- 温暖化(おんだんか ): réchauffement climatique
- 晴れています(は): il fait beau (noter la forme en -te imasu)
-木工(もっこう) : menuiserie
- 解決(かいけつ) : résolution
- 諦める (あきら ) : abandonner
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-17
:END:
Rappel
- 〜たことがありません : ne jamais avoir fait
- 〜たことがありませんでした : ne jamais avoir fait (mais maintenant
c'est fait !)
~にくい: difficile de
- 行きにくい : difficile à atteindre
* 2023-07-09
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-7
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-18
:END:
- 傷つく(きず ): être blessé
- 水流(すいりゅう): courant de la rivière
- 体力 (たいりょく ): endurance mais aussi force physique (selon
contexte)
- 初心者(しょしんしゃ): débutant
- 処方箋(しょほうせん): prescription médicale
- 出張 (しゅっちょう ) : voyage d'affaire
- 危険 (きけん) : danger
- 渓谷 (いこく ) : gorge (canyon)
- 沢登り (さわのぼ ) : remonter un canyon
- 懸垂下降( けんすいかこう ) : rappel (escalade)
- 水泳 (すいえい ) : nage
- 飛び込み (と-こ-) : saut
* 2023-07-23
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-8
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-19
:END:
- 埋め立て地 (う た ち): décharge (déchet)
- その当時(とうじ): à ce moment (passé)
- 成功(せいこう): réussite
- 大成功
- スタジオ: studio de cinéma
- 〜作品 ( さくひん ): compteur pour les films
- 普通は(ふつう は): d'habitude (?)
- 一度(いちど): une fois
- 〜が待ち遠しいです: avoir hâte de +++
- トビ: milan noir
- 主題 しゅだい : sujet, thème (film, composition..)
- 試験に合格する(しねん ごうかく) : réussir un examen
- 試験に 落る(おち) : échouer à un examen
- 試合に勝つ(しあい かつ) : gagner un match
- 試合に 負ける(ま): predre un match
- 鞄をを忘れる(わ): perdre son sac
- 財布を落す(さいふ おと): perdre un portefeuille
- 寝坊する (ねぼう): trop dormir
- 会議 送れる(かいぎ おく): être en retard pour une réunion
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-18
:END:
décrire un état: verbes + te, emotion
- 嬉しかった(うれ): être content
- 驚きました(おどろ): être surpris
- 悔しかったです(くやし): être déçu/fustré
- がっかりしました: être indifférent
- 困りました(こま): être embêté
- 大変 たいへん: c'est horrible
- 恥ずかしかった(は)Ê: être embarassé
Ex: 試験に合格して、嬉しかったです
* 2023-08-06
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-9
:END:
- 早めに(はや) : en avance, rapidement
- 地方(ちほう): région (adminstratif)
- 朝型 (あさがた): être une personne matinale
- 夜型 (よるがた): être un personne du soir
- 瞑想(めいそう): méditation
- メディテーション: méditation
- 機能しません(きのう):ne pas être fonctionnel i.e ne pas être
réveillé
- 運動する(うんどう): faire du sport
- 朝起ききたごの2時間 (あさおき ご): 2 here après s'être levé tôt
- 絶食(ぜっしょく): jeûne (mais ne marche pas pour le jeûne
intermittent)
- 担当(たんとう): être responsable de
- 苦になりません(く): faire disparaître les soucis
- 何もする気になれない(なに き): n'avoir rien envie de faire
- 最初(さいしょ): début
- 向上が見られない(こうじょう): être sur un plateau ("ne plus voir de
progrès")
- 集中(しゅうちゅう)できます: puvoir se concentrer
- やる気(き): la motivation, volonté
- 遅刻(ちこく) : retard (être en retard+++)
- 必須(ひっす) : obligatoire, indispensable (ex: un cours)
- 必須科目(ひっすかもく) : une matière obligatoire (école)
* 2023-09-17
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-10
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-20
:END:
- 観光(かんこう): tourisme
- 検査技師 (けんさぎし): technicien de laboratoire
- すべる : glisser
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-19
:END:
- verb + づらい: difficile de faire V
- ex: 辛い つらい
- ex: 一緒に仕事しづらいです
- ~ぶりに : depuis ~ (idée que beaucoup de temps s'est écoulé)
四年ぶりにパラグライダーをまた始めました。
* 2023-10-01
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-11
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-21
:END:
- 空(から): vide
- ほとんど : la plupart
- 蒸します(むします) : cuire à la vapeur
- 蒸し器(むしき): un cuit-vapeur
- ボツリヌス中毒(ちゅうどく): empoisoinnement par botulisme
- 何日後(なにちこ): il y a combien de jours ?
- 少々 お待ちください(しょうしょう おまち): attendez un peu
- 用意します (ようい):
- 連絡(れんらく) : contact
- 連絡先(れんらくさき): contactio informatdion
- ガスボンベ: bouteille de gaz
- 一日(いちにち)
- 目玉焼き(めだまやき)
- ミディアムレア : saignant (cuisson)
- レア : bleu (cuisson)
- 焼く(やく) : griller
- 目玉焼き(めだまや ): oeufs au plat
- 18 000 = まん はち せん 4月 一日と2日、3名
なんんですが。。。(しがつ ついたち ふつか): une réservation du 1er
au 2 avril (2 nuit). Attention à la lecture
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-20
:END:
- ~かもしれません: peut-être
- ーたら vs ーとき:
- ーたら : si ~, alors +++
- ーとき: quand ~, alors..
La différence vient du faire que tara est une période de temps assez
flou (i.e pas tout de suite)
* 2023-11-19
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-12
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-22
:END:
- 住んでいる (す) = habiter
- 人口は 5 万人 ( じんこう ) (ごまんにん) : une population de 50 000
- へきち( 僻地 )= arrière-pays
- びょういん hopital
- 突き崩す (つきくずしました) = razer
- A と B の間にを建てました (あいだ) (た) : construire entre A et B
- 貸す(かす) = prêter
- 家賃が安い (やちん やすい): le loyer n'est pas cher
- シェアアパー = coloc
- 借りる(か ) = louer
今の病院のあまりよくない所(点)は緊急医療室の忙しさです。
- 寮(りょう) : internat ("dormitory")
- 洪水(こうすい) inondation
- 泥(どろ) : boue
- どろどろ boueux
- 体操 たいそう gymnastique
- 体全体 (からだ ぜんたい) : tout le corps
- 健康 けんこう santé
- 普通 ふつう normal, ordinaire
- 内科 ないか : médecine interne
- 外科 げか chirurgie. Ne pas confondre 料 (matériale, ex: cuisine
りょうり 料理 avec 科 (département)
- いい人 une bonne personne
- 悪夢 あくむ un cauchemar
- いい所 (ところ) : un point positif. Exemple
今の病院の方がいい所がたくさんあります。 il y a beaucoup de points
positifs par rapport à mon hôpital actuel
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-21
:END:
Nominaliser un adjectif
- en -i -> remplacer par -sa. いそがしい -> いそがしさ
- en -na -> remplacer par -sa へんな -> へんさ
今の病院のあまりよくない所(点)は緊急医療室の忙しさです。
après X: -てから. Exemple : après être allé : きってから
* 2023-12-17
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-13
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-23
:END:
- おゆがわく:mettre de l'eau à bouillir (passif)
- おゆをわかす : faire bouillir de l'eau (actif)
- 肉をやく: mettre de la viande à cuire
- 肉がにえる : faire cuire de la viande
- やすいを入れる : mettre des légumes
- ダンボール箱: carton (de déménagement)
- 食用(しょしょう): comestible
- 役に立たない: être inutile
- 説明する(せつめい): expliquer
- 美術館(びじゅつかん): musée d'art
- 自由時間: moment pour soi
- 過ごします: passer du temps
- 食堂(しょくどう: catine
- 集まる: rassembler
- 怖がり(こわい): timide, peureux (forme en -gari)
-ポット: thermos (attention, faux ami)
- 着く(つ ): arriver
- 2時すぎ: un peu après 2h
- 旅館: ryokan
一れつに おならびくあさい: faites une line (= queue) svp
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-22
:END:
- らしい
- Révision -たら
- compter les animaux : pikki
- petit animaux (chien, chat): 匹 (ひき
- lapins, oiseaux : 羽 (wa)
* 2024-01-21
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-14
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-24
:END:
- sorekara = pour succession d'action
- sorenara = dans ce cas (propose une solution alternative)
- 毎月 (まいつき) = tous les mois
- 電話代 (でんわだい ) = facture de téléphone
- 電話料金 ( でんわりょうきん ) = frais de téléphone
- 月額 ( げつがく ) : somme mensuelle
- データ通信量(つうしんりょう): débit internet
- プランを変えました : forfait téléphonique
- お年寄り(としよ) : personne âgée
- 観光 ( かんこう ): touriste ("celui qui voit la lumière")
- 説明 : explication
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-6
:END:
- Il n'est pas obligatoire de : ~ なくてもいいです
- Ex. もうワクチンは受けなくてもいいです
* 2024-01-28
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-15
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-25
:END:
- 避けます(さけます) : éviter
- 健康 (けんこう) : santé
- 味 (あじ) : goût (nourriture)
- あまり好きではない : ne pas trop aimer quelque chose
- 神の雫 (かみのしずく) : les gouttes de Dieu (manga)
- 旅館 (りょかん)
- 旅行 (りょこう) : voyage
- 図書館 (としょかん ): bibliothèque
- 一日中 (いちにちじゅう) : toute la journée
- 早い話が (はやい) (はないしが) : pour faire court+++ (expression)
- 曲げます (ま) : se déformer sous (ex: subir la pression (en société
par exemple))
- この席 空いていました 席 (おいて)
- そうだん になります: je vais te conseiller (on va regarder ça
ensemble)
- たすかります : je vais t'aider (formule de politesse)
- 用意ができたら 、出かける 予定です (ようい) (ようてい): je prévois de
sortir quand je serai prêt
* 2024-03-09
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-16
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-26
:END:
- くわしい :
- 老人ホーム : maison de reraite
- 日程を決める : réserver une date
- 下書き : brouillon
- 自信がある : have confiance
- 地震 : tremblement de terre
- 夜の12時ごろ : vers minuit
- 脳の体力 : "endurance mentale"
- 選択の余地がない : je n'ai pas le choix
- 選択ができません : je n'ai pas le choix
- 〜しないわけにはいかない : je n'ai pas le choix (être obligé de )
- 明日遅れることが一番 : il vaut mieux être en retard demain
- 明日送れることが一番 : il vaut mieux l'envoyer demain
- まったく知らないわけではない : ce n'est pas comme s'il ne savait pas
(= il sait faire)
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-23
:END:
- あまり〜ていない: peu de ...
* 2024-03-31
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-17
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-27
:END:
- 海外旅行 (かいがいりょこう): voyage à l'étranger
- リメイク : remake
- 同じレストランに二度行くようなこと : c'est comme aller deux fois de
suite dans le même restaurant (ふたたび)
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-24
:END:
ーてきます pour exprimer un changement. Ex:
人工(じんこう)がふえてきました = la population a augmentée
* 2024-04-28
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: section-18
:END:
** Vocabulaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vocabulaire-28
:END:
- さしぶり est composé du préfixe ぶり, qui peut être utilisé avec
d'autres durée. Ex 一年ぶり = cela fait un an que l'on ne s'est vu
- 宣誓する (せんせいする): prêter serment
- 婚約(こんやく): fiançiailles
- プレゼンテーション : présentation
- 留守(るす)する: être absent de la maison
- ちょうど良い : être exactement (de la bonne taille, longueur...)
** Grammaire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grammaire-25
:END:
- -たら = si. On utilise la forme en -た en rajoutant ら. Ex:
さむかったら、。。。
- Nombreuses guerres avec les [romains](Rome%20antique.md)
- Roi le plus connu: Koshrow I. Nombreuses réformes notamment armées et taxes
- Nombreuses guerres avec les [[file:Rome%20antique.md][romains]]
- Roi le plus connu: Koshrow I. Nombreuses réformes notamment armées et
taxes
* Al-andalus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: al-andalus
:END:
- Wisigoth
- Conquête Omeyyade puis état indépendant
- taida
- almoravide
- taifa
- almohade
- Émirat de Cordoue
## Logseq, obsidien, siyuan ou simple éditeur pour "second brain "
Conclusion : obsidian marche bien, on reste dessus. À compléter par siyuan si besoin
Obsidian : avantages
- fonctionne avec du markdown simple
- mode vim
- mermaid
Logseq : testé rapidement
- liens par bloc plutôt que fichier
Siyuan
- avantages
- formattage plus avancé
- permet la synchronisiation et appli iphone
- export markdown ok
- mindmap disponible
- inconvénient
- problème de liens non mis à jour après déplacement (ok après avoir reconstruit l'index)
- données au format json donc moins portable (export possible)
- mineurs mais embêtant
- pas de mode vim
- ne reconnait pas les liens "locaux" lors import markdown
- import markdown ne reconnaît pas les tags avec hashtask
- faire une formule en math mécessite de passer par l'éditeur (plus long que $x^2$)
Helix
- en dernier recours mais Markdown preview possible https://www.reddit.com/r/HelixEditor/s/hRbs9rIb0V
* faisable avec zk-org/zk pour gestion zettelksten
## Dragmap :
Correction PR
- compliation ne fonctionne plus avec glibc : explique nixpkgs review. Mise àjour glibc
https://github.com/bminor/glibc/commit/64b1a44183a3094672ed304532bedb9acc707554
fait le 16 mai donc il faut <= glibc-2.37.9000.
On patche simplement la ligne fautive, en supprimant le pclose -> OK
- test fonctionnel
1. il faut générer hash du génome qui doit être décompressé
```sh
cd ~/code/human_genome_assets/sequence/GRCH38
gunzip GRCH38_full_analysis_set.fna.gz
```
On extrait à la main seulement le chr1 et renomme en chr1.fna
```nu
dragen-os --build-hash-table true --ht-reference chr1.fna
dragen-os -r sequence/GRCH38/ -1 SRR1518158_1.fastq.gz -2 SRR1518158_2.fastq.gz | save test.sam
```
Après tri du bam correspondant, ok
Version définitive (?) de zettelkasten :
- un dossier "fleeting" pour les notes temporaires
- un dossier "permanent" pour les notes corrigées avec un sous-dossier maximum. Pour le moment, research, history seuls
Obsidian ou logseq ? On essaie obsidian
- obsidiian permet de conserver un structure lisible avec zk (il faut juste rajouter les propriétés)
- obsidian met les liens à jour (plus facile que de rester dans helix !)
- obsidian peut faire des liens markdown
- logseq a sa propre syntaxe pour les tags
-
On peut tout faire en ligne de commande avec zk-org/zk et helix mais moins visual, pas de mise à jour des liens.
Normalement, cette configuration est compatible avec zk-org/zk. Obsidian pousse à ne pas faire de propriétés par défaut cela di.
** Logseq, obsidien, siyuan ou simple éditeur pour "second brain"
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: logseq-obsidien-siyuan-ou-simple-éditeur-pour-second-brain
:END:
Conclusion : obsidian marche bien, on reste dessus. À compléter par
siyuan si besoin
Obsidian : avantages - fonctionne avec du markdown simple - mode vim -
mermaid Logseq : testé rapidement - liens par bloc plutôt que fichier
Siyuan - avantages - formattage plus avancé - permet la synchronisiation
et appli iphone - export markdown ok - mindmap disponible -
inconvénient - problème de liens non mis à jour après déplacement (ok
après avoir reconstruit l'index) - données au format json donc moins
portable (export possible) - mineurs mais embêtant - pas de mode vim -
ne reconnait pas les liens "locaux" lors import markdown - import
markdown ne reconnaît pas les tags avec hashtask - faire une formule en
math mécessite de passer par l'éditeur (plus long que \(x^2\)) Helix -
en dernier recours mais Markdown preview possible
https://www.reddit.com/r/HelixEditor/s/hRbs9rIb0V * faisable avec
zk-org/zk pour gestion zettelksten
** Dragmap :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dragmap
:END:
Correction PR
- compliation ne fonctionne plus avec glibc : explique nixpkgs review.
Mise àjour glibc
https://github.com/bminor/glibc/commit/64b1a44183a3094672ed304532bedb9acc707554
fait le 16 mai donc il faut <= glibc-2.37.9000. On patche simplement
la ligne fautive, en supprimant le pclose -> OK
- test fonctionnel
1. il faut générer hash du génome qui doit être décompressé
#+begin_src sh
cd ~/code/human_genome_assets/sequence/GRCH38
gunzip GRCH38_full_analysis_set.fna.gz
#+end_src
On extrait à la main seulement le chr1 et renomme en chr1.fna
#+begin_src nu
dragen-os --build-hash-table true --ht-reference chr1.fna
dragen-os -r sequence/GRCH38/ -1 SRR1518158_1.fastq.gz -2 SRR1518158_2.fastq.gz | save test.sam
#+end_src
Après tri du bam correspondant, ok
Version définitive (?) de zettelkasten : - un dossier "fleeting" pour
les notes temporaires - un dossier "permanent" pour les notes corrigées
avec un sous-dossier maximum. Pour le moment, research, history seuls
Obsidian ou logseq ? On essaie obsidian - obsidiian permet de conserver
un structure lisible avec zk (il faut juste rajouter les propriétés) -
obsidian met les liens à jour (plus facile que de rester dans helix !) -
obsidian peut faire des liens markdown - logseq a sa propre syntaxe pour
les tags -
On peut tout faire en ligne de commande avec zk-org/zk et helix mais
moins visual, pas de mise à jour des liens. Normalement, cette
configuration est compatible avec zk-org/zk. Obsidian pousse à ne pas
faire de propriétés par défaut cela di.
* Desserts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: desserts
:END:
** DONE Biscuit cuiller
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: done-biscuit-cuiller
:END:
(Patisserie, Leçons pas-à-pas) : 12min environ 3 blanc 75g sucre 55g
farine37g fécule 4 jaunes
** RETRY Biscuit de Savoie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-biscuit-de-savoie
:END:
[[https://www.meilleurduchef.com/cgi/mdc/l/fr/recette/biscuit-savoie.html][meilleur
du chef]]) : cuire vraiment plus longtemps en bas du four. Bien beurrer
et fariner.
** DONE [[https://www.bonappetit.com/recipe/blackout-cake][Blackout cake]]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: done-blackout-cake
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients
:END:
- Cake
- Unsalted butter, room temperature (for pans)
- 75g Dutch-processed cocoa powder, plus more for pans
- 180g all-purpose flour
- 1.5 teaspoons baking soda
- 0.75 teaspoon baking powder
- 1 large egg, room temperature
- 1 large egg yolk, room temperature
- 306g (packed) dark brown sugar
- 170g sour cream, room temperature
- 5 tablespoons vegetable oil
- 2 teaspoons vanilla extract
- 0.75 teaspoon kosher salt
- Pudding and Assembly
- 33g Dutch-processed cocoa powder
- 5 tablespoons cornstarch
- 283g heavy cream
- 4 large egg yolks, beaten to blend
- 283g whole milk
- 140g dark brown sugar
- 0.75 teaspoon kosher salt
- 114g milk chocolate, chopped
- 1 teaspoon vanilla extract
- Frosting
- 227 cup heavy cream
- 3 tablespoons golden syrup (such as Lyle's Golden Syrup)
- 0.1 teaspoon kosher salt
- 340g bittersweet chocolate, chopped
- 170g sour cream, room temperature
- 2 tablespoons unsalted butter, room temperature
*** Instructions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: instructions
:END:
1. Cake Arrange a rack in center of oven; preheat to 350°. Line two
8x2"-deep round cake pans with parchment paper. Grease with butter,
then dust with cocoa powder, tapping out excess.
Sift flour, baking soda, baking powder, and remaining ¾ cup cocoa
powder into a medium bowl, then whisk to combine. Whisk egg, egg
yolk, brown sugar, sour cream, oil, vanilla, salt, and ¾ cup hot
water in a large bowl until smooth. Whisk in dry ingredients until
just combined.
Divide batter between prepared pans. Bake cake until a tester
inserted into the center comes out clean, 25--35 minutes. Transfer
pans to a wire rack; let cake cool completely in pan. Invert onto a
plate, then invert again.
Do Ahead: Cake can be baked 2 days ahead. Store tightly wrapped at
room temperature.
2. Pudding and Assembly Whisk cocoa powder and cornstarch in a large
saucepan. Whisk in cream until smooth and no lumps remain. Add egg
yolks, milk, brown sugar, and salt; whisk to combine. Bring to a boil
over medium-high heat, whisking occasionally, then reduce heat to
low. Continue to cook, whisking, until thick and smooth, 1--2
minutes.
Remove from heat and add chocolate and vanilla, stirring until
chocolate is melted and mixture is smooth. Strain through a fine-mesh
sieve into a medium bowl. Cover with plastic wrap, pressing directly
onto surface of hot pudding to prevent a skin from forming. Chill
until cold, at least 2 hours.
Using a serrated knife and sawing in long, even strokes, carefully
halve cakes lengthwise. Set aside the 3 prettiest layers for
assembly. Crumble remaining layer with your fingers into fine crumbs
(or push through a wire rack set inside a rimmed baking sheet). Place
1 layer, cut side up, on a platter or cake stand.
Remove plastic from chilled pudding and vigorously whisk until
smooth. Using a rubber spatula, spread half of pudding over cake
layer on stand, spreading to edges. Top with another cake layer, cut
side down, and spread remaining pudding over cake. Top with third
cake layer cut side down (leave top bare). Chill cake 1 hour and up
to 8 to let pudding firm up.
Do Ahead: Pudding can be made 1 day ahead. Keep chilled.
3. Frosting Bring cream, syrup, and salt to a boil in a large saucepan
over medium-high heat. Remove from heat and stir in chocolate, sour
cream, and butter. Let sit, stirring occasionally, until chocolate
and butter are melted and mixture is smooth and no streaks of white
remain. Transfer to a medium bowl. Let frosting sit at room
temperature, stirring every 30 minutes or so, until thickened and
spreadable (it will look like a broken chocolate sauce at first, but
magically, about 1½ hours later, it will start to thicken). Stir
until smooth. (If your kitchen is warmer than 72°, chill frosting 5
minutes. Stir to combine cooler outer edges with warmer center, then
chill another 5 minutes. It should be the consistency of sour cream;
if not, chill another 5 minutes and stir.)
Spread frosting all over top and sides of chilled cake. The frosting
on top should be as smooth and level as possible, but it's okay if
the sides look messy; the crumbs will hide any mistakes you make.
Place cake stand on a sheet tray. Take a handful of cake crumbs and
press into sides of cake. Repeat, turning cake as you go, to
completely cover sides in crumbs. Sprinkle crumbs on outside edges of
top layer.
Do Ahead: Cake can be assembled 1 day ahead. Chill uncovered.
*** Notes :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes
:END:
Avec un cercle 20cm, on peut faire un gâteau. 50min de cuisson à 190. On
peut couper le bord supérieur pour avoir quelques miettes puis 3
tranches. Un peu trop de glacage et pudding (10%) Résultat OK
** RETRY Bounty
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-bounty
:END:
[[http://www.750g.com/bounty-maison-r97803.htm][750g]]) : prendre du bon
chocolat
- noix de coco
- lait concentré sucré
- chocolat noir
** RETRY Brioche
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-brioche
:END:
*** [[[[http://www.enviedebienmanger.fr/fiche-recette/recette-brioche-pur-beurre]])][Enviedebienmanger
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: httpwww.enviedebienmanger.frfiche-recetterecette-brioche-pur-beurreenviedebienmanger
:END:
]] Bonne consistance et bon aspect. Attention, 30min est un maximum.
- 250 g de beurre gastronomique (+30 g pour beurrer les moules)
- 10 cl de lait entier
- 500 g de farine T45
- 18 g de levure fraîche
- 100 g de sucre
- 4 oeufs
- 1 jaune d'oeuf
- 12 g de sel (+ 1 pincée)
*** Au levain
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: au-levain
:END:
1. Ingredients
- 225 grammes de levain actif
- 500 grammes de farine T45
- 110 grammes de cassonade sucre blond de canne
- 8 grammes de sel
- 3 gros oeufs
- 200 grammes de beurre doux mou
- lait ~50g
2. Notes 50min de cuisson à 180° 5h de pousse le lendemain Brioche
moelleuse et aérée mais goût au levain trop fort Après avoir regardé
d'autres recettes : => Augmenter le ratio farine/levain à 2/1 (au
lieu de 0.5) pour le "starter" Exemple
[[https://homegrownhappiness.co.nz/sourdough-brioche/]]
** RETRY Brownie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-brownie
:END:
[[https://tasty.co/recipe/ultimate-brownies]]
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-1
:END:
- 2/3 quantités -> ok pour moule à tarte
- café en poudre ok mais 1 seul petit sachet !
- 2 sachets d'expresso en poudre : ok, ne se sentent pas après cuisson
- cuisse 30min 180° dans plat à tarte
- bien respecter la dose de cacao en poudre, bien battre++
*** LOVEIT Serious eats
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: loveit-serious-eats
:END:
[[https://www.seriouseats.com/recipes/2018/02/bravetart-glossy-fudge-brownies.html]]
*** diviser quantité par 2 : brownie fin dans un plat à tarte. **
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diviser-quantité-par-2-brownie-fin-dans-un-plat-à-tarte.
:END:
20-25min à 180 degré (30min = un peu trop cuit). Cuisson homogène
12 ounces unsalted butter (about 3 sticks; 340g) 6 ounces finely chopped
dark chocolate, about 72% (about 1 cup; 170g) 16 ounces white sugar
(about 2 1/4 cups; 450g) 2 ounces light brown sugar (about 1/4 cup,
packed; 55g) 1 3/4 teaspoons (4g) Diamond Crystal kosher salt; for table
salt, use about half as much by volume or the same weight 6 large eggs,
straight from the fridge (about 10 1/2 ounces; 295g) 1/2 ounce vanilla
extract (about 1 tablespoon; 15g) 1 teaspoon instant espresso powder,
such as Medaglia d'Oro (optional) 4 1/2 ounces all-purpose flour, such
as Gold Medal (about 1 cup, spooned; 125g) 4 ounces Dutch-process cocoa
powder, such as Cacao Barry Extra Brute (about 1 1/3 cups, spooned;
115g)
Directions
- différences entre les 2 : un peu plus de beurre pour SE, un peu plus
de chocolat (normal + poudre) pour tasty
** TODO Cookies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cookies
:END:
[[https://www.seriouseats.com/the-food-lab-best-chocolate-chip-cookie-recipe]]
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-1
:END:
8 ounces unsalted butter (2 sticks; 225g) 1 standard ice cube (about 2
tablespoons; 30mL frozen water) 10 ounces all-purpose flour (about 2
cups; 280g) 3/4 teaspoon (3g) baking soda 2 teaspoons Diamond Crystal
kosher salt or 1 teaspoon table salt (4g) 5 ounces granulated sugar
(about 3/4 cup; 140g) 2 large eggs (100g) 2 teaspoons (10mL) vanilla
extract 5 ounces dark brown sugar (about 1/2 tightly packed cup plus 2
tablespoons; 140g) 8 ounces (225g) semisweet chocolate, roughly chopped
with a knife into 1/2- to 1/4-inch chunks Coarse sea salt, for garnish
*** Recette
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: recette
:END:
10-11min cuisson 180
** RETRY Carrot cake
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-carrot-cake
:END:
[[https://www.seriouseats.com/recipes/2017/10/carrot-cake-recipe.html]]
- un peu trop trop humide
- glacage non fait (version rapide = beurre + cream cheese + sucre
glace)
** RETRY Cheesecake japonais
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-cheesecake-japonais
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-1
:END:
- 3 tablespoons/45 grams unsalted butter, at room temperature, plus more
for greasing
- 5 large eggs, at room temperature
- 1 cup/225 grams cream cheese
- ½ cup/120 grams crème fraîche
- 1 teaspoon grated lemon zest
- 1 teaspoon vanilla extract
- ¼ teaspoon kosher salt
- ½ cup/100 grams plus 1 tablespoon superfine sugar
- ½ cup/65 grams cake flour
- 1 tablespoon confectioners' sugar, for garnish
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions
:END:
1. Place rack in the center of the oven and heat to 400 degrees. Line
bottom of an 8-by-3-inch round cake pan with parchment paper and
butter only the bottom of the pan (so the cheesecake can rise). You
can also use a springform pan; just wrap the bottom and sides with a
double layer of foil, so the seams are covered.
2. Separate eggs. Place whites in the bowl of an electric mixer fitted
with the whisk attachment; place yolks in a small bowl.
3. Place cream cheese in a large metal bowl or double boiler insert and
place over a pot filled with 1 inch of simmering water. Stir until
cream cheese is melted and smooth. Whisk in crème fraîche and 3
tablespoons butter until well combined and smooth. Remove from heat
and whisk in lemon zest, vanilla and salt. Whisk in egg yolks and 3
tablespoons/40 grams superfine sugar. Sprinkle cake flour evenly over
the top, then whisk it in.
4. Beat the egg whites on medium speed until you start to see the wires
of the whisk leave a trail in the whites. Slowly add the remaining 6
tablespoons superfine sugar, a tablespoon at a time while beating.
Continue to beat until whites are fluffy and hold a soft peak when
beaters are lifted. Gently fold about one-quarter of the whites into
the yolk mixture to lighten it. Then gently fold in remaining whites,
taking care not to deflate batter. Pour into prepared pan.
5. Place cake pan in a roasting pan or other pan that is at least as
deep as the cake pan; transfer to the oven. Fill the larger pan with
enough hot tap water to come one-quarter of the way up the sides of
the cake pan. (The cake is really light, so if you pour in too much
water it may float.)
6. Bake until top of the cake is golden and doesn't give when you press
it gently in the middle, 35 to 40 minutes.
7. Turn off oven and crack the oven door so that it cools off. Leave
cheesecake in the cooling-off oven for 2 hours so it cools slowly,
which keeps the top from cracking.
8. Lift cheesecake pan out of water and place on a wire rack. Let cool
for another 2 hours. Cheesecake will deflate slightly.
9. Run a knife around the edges of the cheesecake to loosen it from
sides of pan. Remove sides of springform pan. If you used a regular
cake pan, invert the cake onto a plate, lift off pan, peel off
parchment, then invert it right side up on a serving plate.
10. Chill cake for at least 2 hours before serving. Cake can be stored,
well wrapped, for up to 4 days in the refrigerator. Sift
confectioners' sugar over top of cake just before serving.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-1
:END:
- Temps de cuisson : 25-30min à 200° = sommet doré et gâteau plutôt
ferme. Au goût semble OK
- Diminué les temps de repos : 1h30 au four, 1h dehors et mangé
directement
- Levée pendant la cuisson (30%) mais retombé par la suite au niveau
initial (voire moins sur un côté !)
- Un peu d'eau a l'air d'être rentrée sous des coins du gâteau
Conclusion
- Globablement bon mais attention à l'étanchéité ! => mieux mettre de
papier alu
- pas de beurre sur les côté du moule a priori (possibilité de mettre du
papier sulfurisé : cf [[https://www.youtube.com/watch?v=adXmM-eqwz8]])
- bien mélanger la pâte (cf les 2vidéos)
- idéalement, on veux un dôme et que le gâteau ne dégonfle pas en
dessous de la taille initiale. La recette du NYT mentionne qu'un
dégonflement est inévitable
- Essayer d'autre méthode de cuisson pour avoir un gâteau qui "tient"
mieux ? (plus longtemps et moins fort)
** RETRY Chocolate lavae cake
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-chocolate-lavae-cake
:END:
*** MEH Uncooked
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: meh-uncooked
:END:
[[https://cooking.nytimes.com/recipes/1019957-chocolate-lava-cake-for-two]]
13min au four : très coulant à l'intérieur mais un petit goûte de pâte
non cuite. => recette de John Favreau avec une ganache congelée à
l'intérieur avant de cuire
*** LOVEIT Frozen ganache
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: loveit-frozen-ganache
:END:
[[https://www.bonappetit.com/recipe/bas-best-molten-chocolate-cake]]
Meilleur que la version uncooked. 2/3 des quantités = sert environ 2
gros ramequins
** RETRY Cinnamon rolls
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-cinnamon-rolls
:END:
[[https://www.bingingwithbabish.com/recipes/cinnamonrolls?rq=cinnamon][de
Babish]]
- Le glacage est trop lourd (et seulement testé avec fromage frais +
sucre) en soi !
- Soit réessayer la recette de babish (en petite quantités), soit
simplement nature.
** RETRY Clafoutis aux pommes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-clafoutis-aux-pommes
:END:
[[http://www.ptitecuisinedepauline.com/article-clafoutis-aux-pommes-122364862.html][ptitecuisinedepauline]])
- Avec un peu plus de farine, on a un clafoutis bien compact.
** RETRY Cornbread (salé)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-cornbread-salé
:END:
[[https://www.seriouseats.com/recipes/2015/11/southern-unsweetened-cornbread-recipe.html][Seriouseats]]
Bien moelleux mais très mietteux. Probablement pas assez mélangé
** RETRY Crepes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-crepes
:END:
*** Marmiton
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: marmiton
:END:
[[https://www.marmiton.org/recettes/recette_pate-a-crepes-simple_27121.aspx]]
2.5 oeufs 250 g de farine 500g l de lait demi-écrémé 1.5 cuillères à
soupe d'huile 1 cuillère à café de rhum => décent
*** LOVEIT Raymond Oliver
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: loveit-raymond-oliver
:END:
1. Ingredients Recette initiale : [[youtube:FUO2zmDnSe8][source]]
- 200g farine
- 4 oeufs (suffisament pour absorper la farine)
- 250mL de lait
- 50g beurre
- bière en quantité suffisante pour "napper" (400mL ??)
- 1 CS huile
- 4 CS de sucre
- 2 pincées de sel
- rhum (2/3) + anis (1/3) pour un total de 125mL soit 80mL de rhumé
et 40mL d'anis
Mon 1er essai pour 11 crepes moyennement fines :
- 1 pincées de sel
- 10cl lait
- 3 oeufs
- 3 CS sucre
- vanille
- 30g beurre
- 130g farine
- bière 15cl (le double dans la recette a priori) brune 6%
- rhum 50g
Au final : addictives, très molles, odeur du rhum, petit arrière-goût
de bière après-coup
2eme essai avec les quantités initiales et ~250mL de bière : petite
amertume de la bière et pâte très très liquide. Il faut faire les
crèpes très fines et bien les cuire pour éviter d'avoir le goût
d'alcool Attention: quasi-impossible de les retoruner à la main, il
faut utiliser une spatule. Ne pas avoir peur ed bien les cuire, elles
ramolissent un peu ~15 crèpes fines
2. Instructions
- Faire bouiller le lait avec sel + sucre + vanillet
- Ajouter le beurre pour le faire fondre hors feu
- Mélanger farine + oeufs (rajouter oeufs si besoin)
- Ajouter mélange lait-beurre et mélanger
- Ajouter les liqueurs
- Ajouter bière jusqu'à "napper" la louche (texture très liquide,
presque de l'eau)
- Ne pas beurre la poêle et ne pas faire sauter les crèpes (retourner
à la main)
*** MEH Au levain (Epicurious) sourdough
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: meh-au-levain-epicurious-sourdough
:END:
[[https://www.epicurious.com/recipes/food/views/sourdough-crepes]]
- 6 Tbsp. (100 g) sourdough starter
- 2 cups (250 g) all-purpose flour, divided
- 2 large eggs
- ¾ cup plus 1 Tbsp. (or more) milk
- 3 Tbsp. granulated sugar
- ½ tsp. baking soda
- ½ tsp. kosher salt
- 3 Tbsp. unsalted butter, melted, plus more room temperature
- Grapeseed or vegetable oil (for pan)
- Jam, crème fraîche, demerara sugar, and/or lox, (for serving;
optional)
1. Notes
- On ne sent pas le goût du levain
- Crêpes classiques, sans plus
- Pâte trop épaisse
** RETRY Croissants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-croissants
:END:
(PPAP). Pas encore ça... Remarques après plusieurs essais :
- 45min à 190° = trop !! pas assez cuits++ à l'intérieur mais un peu
trop à l'extérieur. 180° était trop, essayer 160° ? Changer la
position dans le four ?
- Bien laisser pousser avant d'enfourner (45min n'est pas assez !)
- Beurre qui s'échappe = pâte trop malmenée ?
- essayer cette recette :
[[https://www.weekendbakery.com/posts/classic-french-croissant-recipe/]]
** RETRY Forêt noire
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-forêt-noire
:END:
Recette de PPAP avec des framboises surgelées à la place des cerises
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-2
:END:
Résultat final bon. Mais
- ne pas pocher les framboises, elles sont trop fragiles
- avec disque de diamètre 20cm, seulement 2 niveaux de génoise
- crème chantilly vanille tout juste pour la déco
- le chocolat fondu "serre" effectivement la chantilly (montée à 80%
environ). Fondu au micro-ondes
- Le lendemaine, encore ok
- test de congélation
** RETRY Framboisier :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-framboisier
:END:
*** Recette de PPAP :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: recette-de-ppap
:END:
- Bon mais pas assez de crème => 500g de crème liquide = tout juste
assez de crème
- Problème principal = comment intégrer la gélatine ? => ne pas mettre
la crème au frigo, attendre qu'elle refroidisse un peu et intégrer
directement à la chantilly. Celle-ci va "dégonfler" un peu, mais après
un passage au frigo, elle sera ferme
- Framboise surgelées : trop humide, il vaut mieux utiliser des fraîches
pour la présentation
** RETRY Galette des rois
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-galette-des-rois
:END:
[[https://www.youtube.com/watch?v=ETkk7QXbtlw][de Conticini]]
Pour *deux* crème frangipane (diviser par 2 pour une galette !!) • 110
gr de beurre • 190 gr de poudre d'amandes • 130 gr de sucre glace • 114
gr d'œufs • 25 gr de rhum brun • 300 gr de crème pâtissière
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-3
:END:
- Pâte feuilletée inversée plus intéressante que la simple => prendre la
recette de PPAP
- Attention à mettre suffisament d'eau dans la pâte feuilletée : trop
dure sinon (et se déchire)
- Frangipane sortie de la galette (alors qu'il en manquait) => bien
souder
- le rhum après avoir cuit la crème patissière n'est pas trop fort (mais
ne pas mélanger à la crème d'amande pour ne pas la faire trancher)
** RETRY Gâteau au chocolat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-gâteau-au-chocolat
:END:
[[https://tasty.co/recipe/the-ultimate-chocolate-cake][recette de
Tasty]]
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-3
:END:
attention, bien cuire le gâteau et *bien* attendre qu'il soit froid
(sinon tombe en morceaux) !! Pas de bière mais la moitié en eau chaude.
Bien dilueer le café en poudre avant. Pour le glacage, quantité de sucre
divisée par 2, ok. Pas assez de glacage ?
** RETRY Gaufres
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-gaufres
:END:
pas de souci de cuisson avec
[[https://www.hervecuisine.com/recette/gaufres-croustillantes-ultra-legeres/][cette
recette]]. Temps de repos qui fait la différence ? (Souvent pas assez
cuite dans les essais précédents)
** RETRY Glace
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-glace
:END:
*** RETRY [[https://basicswithbabish.co/basicsepisodes/icecream][Recette de Babish]]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-recette-de-babish
:END:
Avec +50% des quantités dans notre congélateur : pas de solidification
en 30min... Plutôt compter 1 à 2h ! Inutile de mélanger si c'est
liquide... Pour un premier essai, correct mais ne vaut pas le coup de
s'embêter autant ?
** RETRY Guimauve
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-guimauve
:END:
[[http://www.jujube-en-cuisine.fr/marshmallow-ou-guimauve-maison/][jujube-en-cuisine]]):
trop sucré mais bonne texture
** TODO Ile flottante
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-ile-flottante
:END:
[[https://cooking.nytimes.com/recipes/1017447-ile-flottante-with-fresh-cherries]]
Problèmes :
- sauce trop liquide après qq minutes de cuisson et malgré 2h au frais
après. Goût un peu curieux avec la cardamone (diminuer dose ?)
- meringue aplatie après la cuisson à la vapeur => au four la prochaine
fois
** TODO Lebkuchen
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-lebkuchen
:END:
1er essai avec une recette de 750g il y a quelques années 2eme essai
avec cette recette :
[[https://www.bbcgoodfood.com/recipes/1941/lebkuchen]] mais plusieurs
modifications : Ajout : 1 oeufs, 25g sucre roux, orange confite,
noisettes concassées Globalement : plus de farine que mentionné Glacage
= 200g chocolat + huile de coco mais pas assez pour tous les gâteaux.
Important : couper cuisson quand les bords commencent à brûnir (10min à
180% max) => résultat : pas mal
3eme essai "free style" 200g farine blanche 50 farine complète 250g miel
de chataîgnier 100g beurre 90g poudre d'amandes levure
- cannelle, girofle, sirop d'érable, farine de sarrasin
Glacage : 200g chocolat + beurre + lait (un peu "granuleux"
visuellement)
9mm d'épaisseur : limite trop cuit à 15min à 170° ! Miel de chataîgner
trop fort, un peu atténué avec une glacage chocolat.
** RETRY Macarons
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-macarons
:END:
Pour 30 macarons Coque =
- 125g poudre d'amandes
- 125g sucre glace
- 1.5 blanc
Meringue
- 125g sucre semoule
- 35g eau
- 1.5 blanc
Temps de cuisson ~18min à 155° (après préchauffage à 175°) Ganache
- 80g lait
- 20g crème
- 150g chocolat 64%
- 30g beurre
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-4
:END:
- Le plus important = Macaronage => mélanger jusqu'à pouvoir faire des
"8"
- Recette de LPAP = valeur sûre. Faisable avec 2 plaques mais celle du
bas (plaque pâtisserie) est moins jolie (parfois correct...), en mode
chaleur tournante
- Pour la meringue italienne, on peut verser doucement 30s puis tout
d'un coup en mélangeant à fond (cf recette de Raymon Oliver pour sa
mousse de fruits)
- Recette de Felden avec du cacao en poudre : pâte d'amande trop épaisse
mais résultant décevant malgré tout (plus un cookie) => des doutes à
réessayer...
- Essayer avec meringue française
- Pas de sucre roux !
** RETRY Madeleine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-madeleine
:END:
*** DONE Recette de Felder: au chocolat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: done-recette-de-felder-au-chocolat
:END:
Sans cacao : attention à la cuisson : pour des 2/3 de cuillère à soupe,
trop cuites en 7min à 215°... Bien remplir les moules (1 grosse cuillère
à soupe) et 10-12min de cuisson à 210 Un peu sèche/farineuse => Comparer
à LPAP
*** TODO LPAP
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-lpap
:END:
Refaire, mais recette de référence normalement
** RETRY Mille-feuille
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-mille-feuille
:END:
[[https://www.facebook.com/PhConticini/photos/a.108115932681384.17237.101025623390415/713491585477146/?type=3][de
Conticini]] : bien mettre un poids sur la pâte feuilletée pendant la
cuisson. Trop de gélatine (crème un peu trop gélatineuse)
** RETRY Millionaire short-bread / Twix familial
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-millionaire-short-bread-twix-familial
:END:
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-5
:END:
- Ne pas trop étaler la pâte.
- Quantité pour avoir autant de caramel de que shortbread... Peut-être
diminuer un
peu les doses de caramel ?
- J'ai utilisé 250g de chocolat, un peu juste sinon
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-2
:END:
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-1
:END:
** RETRY Moka
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-moka
:END:
*** Ingrédients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingrédients
:END:
Felder sirop 12cl eau, 70g sucre, 20g rhum biscuit 120g farine, 30g
maizena, 1/2 sachet levure 5 oeufs, 150g scure 500g crème beurre (x2
pour quantité crème ?)
- 2.5 jaunes
- 120g sucre
- 50g eau 180g beurre
- meringue : 20g eau, 50g sucre, 35g blanc 13g sucre (x2 pour plus
áeration ?)
café soluble/expresso 100g amandes effilées
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-6
:END:
Felder plutôt que PPAP :
- le biscuit est plus simple chez Felder et plus aéré
- doubler la dose de crème... => au final, un gâteau avec une légère
couche de crème donc pas trop lourd
- beaucoup trop de sirop dans la recette, diviser au moins par 3
- le plus difficile (dans les 2 recettes ) : bien gérer le beurre
- le prendre bien pommade
- quand on le mélange aux oeufs encore chaud, refroidir les oeufs
avant ... et y aller par petite quantités avec le beurre (NB:
possible de recongeler si c'est trop liquide mais éviter...)
** RETRY Mousse au chocolate
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-mousse-au-chocolate
:END:
*** Philippe Conticini : éviter une ganache trop liquide. Ne pas lésiner
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: philippe-conticini-éviter-une-ganache-trop-liquide.-ne-pas-lésiner
:END:
sur les blancs. Pour 5 parts :
- 37 g de sucre roux
- 250 g de blancs d'oeuf
- 70 g de lait demi-écrémé
- 150 g de crème liquide
- 180 g de chocolat noir (68%)
- 60 g de chocolat au lait
*** Au jus de pois chiches
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: au-jus-de-pois-chiches
:END:
- [[https://tasty.co/recipe/vegan-chocolate-mousse]] Pendant la
préparation :: goût encore fort, légere nausée. 3h plus tard : ok
Monte en neige comme des blancs normaux. Pour améliorer le goût :
- Tester avec du jus maison ?
- Meringue italienne ?
- Plus de vanille ?
** RETRY Mousse de fruit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-mousse-de-fruit
:END:
Recette meilleur du chef
** RETRY Napolitain
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-napolitain
:END:
*** Ingrédients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingrédients
:END:
Pour un gâteau de 16cm x 6.5cm x 8cm (longueur x largeur x hauteur)
- Beurre 200g
- Farine
- Levure 1 sachet
- 4 oeufs
- 200g de sucre environ
Ganache (diminuer les doses car il reste 1/4)
- 150g chocolat
- 100g crème 30%
*** Instructions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: instructions-1
:END:
- Bien mélanger jaunes d'oeuf avec le sucre puis ajouter le beurre fondu
- Ajouter la farine et levure en poudre
- Séparer 2/3 et 1/3. Vanille dans le premier et poudre de cacao dans le
second
- Meringue française avec 50g de sucre puis mélanger au reste
- 15min de cuisson à 180%
- Montage
** RETRY Oreo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-oreo
:END:
*** Bravetart
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bravetart
:END:
1. Ingrédients For the Chocolate Wafers: 4 ounces unsalted butter (about
8 tablespoons; 115g), creamy and soft, about 68°F (20°C) 3 1/2 ounces
sugar (about 1/2 cup; 100g) 2 ounces golden syrup (about 3
tablespoons; 55g), such as Lyle's 1/2 teaspoon baking soda 1/4
teaspoon (1g) Diamond Crystal kosher salt; for table salt, use about
half as much by volume or the same weight 1/4 teaspoon coconut
extract (optional) 5 3/4 ounces bleached all-purpose flour (about 1
1/4 cups, spooned; 165g), such as Gold Medal 1 1/4 ounces
Dutch-process cocoa powder (about 1/3 cup plus 1 tablespoon; 35g),
such as Cacao Barry Extra Brute, plus more for dusting For the
Filling: 6 ounces unsalted butter (about 12 tablespoons; 170g) 1
teaspoon vanilla extract 1/8 teaspoon Diamond Crystal kosher salt 8
1/2 ounces powdered sugar (about 2 cups plus 1 tablespoon; 240g)
2. Notes
- Ne pas faire les oreo trop large (3cm suffit)
- La ganache est vraiment trop sucrée
- Le biscuit passe avec du caco non sucré
** RETRY Pain au lait
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-pain-au-lait
:END:
[[https://www.youtube.com/watch?v=wAKaJRl3Ieg][750g]]) : bon mais levée
sur la nuit semble préférable
** RETRY Pancake
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-pancake
:END:
*** America test kitchen recipe. Pas mal et pas prise de tête
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: america-test-kitchen-recipe.-pas-mal-et-pas-prise-de-tête
:END:
*** Levain sourdough
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: levain-sourdough
:END:
[[https://www.kingarthurflour.com/recipes/classic-sourdough-waffles-or-pancakes-recipe]]
Avec "restes" de levain. Pancake moelleux mais bien cuire l'intérieur
(mettre à feu doux++)... Quantité pour 12 pancakes
** RETRY Paris-Brest
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-paris-brest
:END:
*** PPAP
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ppap
:END:
crème au beurre toujours un peu trop liquide. Vient du praliné "maison"
(loupé par ailleurs) ?
*** Felden
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: felden
:END:
Sans praliné, crème se tient bien
** RETRY Pâte à chou
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-pâte-à-chou
:END:
(Patisserie, Leçons pas-à-pas) : 45-50min de cuisson
** RETRY Peanut Butter Pie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-peanut-butter-pie
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-3
:END:
- 6 tablespoons/85 grams unsalted butter, melted, plus more for the pan
- ¾ cup/150 grams granulated sugar
- ¾ cup/75 grams unsweetened cocoa powder (not Dutch-processed)
- ½ cup/60 grams all-purpose flour
- ½ teaspoon kosher salt
- 1 ¼ cups/300 milliliters heavy cream
- 1 ½ cup/405 grams smooth, sweetened peanut butter, like Jif or Skippy
- 1 8-ounce/226 grams block full-fat cream cheese, at room temperature
- ⅔ cup/133 grams light brown sugar
- 1 teaspoon pure vanilla extract
- ½ teaspoon kosher salt
- 2 ounces/57 grams semisweet chocolate, chopped (optional)
- 1 tablespoon/14 grams unsalted butter (optional)
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-2
:END:
1. Make the crust: Heat the oven to 350 degrees. Have a nonstick
standard 9-inch pie plate ready, or generously butter a 9-inch
standard pie plate. In a medium bowl, whisk together the sugar, cocoa
powder, flour and salt. Add butter, stirring and mashing with a fork,
until the crumbs are evenly moistened.
2. Transfer the crumbs to the prepared pan and press them evenly into
the bottom and sides until crust is about 1/4-inch thick. Bake crust
until it looks dry and set, 10 to 12 minutes. Transfer the pan to a
rack to cool completely, about 30 minutes.
3. Make the filling: In a large bowl, whip the cream to stiff peaks
using an electric mixer at medium-high speed. Set aside. In another
large bowl, beat the peanut butter, cream cheese, brown sugar,
vanilla and salt on medium speed until fluffy, about 2 minutes. Use a
large rubber spatula to gently fold the whipped cream into the peanut
butter mixture. Transfer the mixture to the prepared pan and smooth
the top. Chill uncovered for at least 4 to 6 hours, until filling is
set.
4. Make the topping, if using: In a microwave-safe bowl, melt the
chocolate and the butter together in short bursts, stirring often.
Transfer the chocolate mixture to a small plastic bag, and cut a
1/8-inch hole in one corner. Drizzle the chocolate over the top to
make a decorative pattern. (You may have some left over depending on
your taste.) Serve immediately.
*** Modif
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: modif
:END:
- Pas de crème fouettée donc remplacée par une meringue française avec 4
blancs
d'oeufs => résultat correct mais pas aussi "fluffy" que sur la photo
- Attention: la pâte à tarte ne durcira qu'à la sortie du four. 30min à
180% est vraiment un maximum...
** RETRY Soufflé (Bocuse)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-soufflé-bocuse
:END:
Echec ! Souffé redescend au bout de 15min de cuisson et clairement pas
assez cuit après 20min à 210°. Après 35min, extérieur trop cuit et
intérieur limite sous-cuit (mangeable mais sans plus)... 2/3 des
quantité = 4 ramequins
** RETRY Tarte au chocolat
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-tarte-au-chocolat
:END:
[[https://www.youtube.com/watch?v=ZISKki8AcE0][750g]]) : pas mal mais
plus avec une texture de mousse au chocolat
- 1 pâte sablée
- 300g de chocolat pâtissier
- 500g de crème fraîche liquide
- lait ? (donne plus une )
- 2 oeufs
*** NYT
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nyt
:END:
1. Ingredients
2. Directions
3. Notes
- Quantités pour 1 grande tarte + 2 tartelettes
- La pâte a un peu attaché au papier cuisson
- Au goût OK mais caramel trop liquide => ressayer en allant jusqu'au
point ou ça sent légèrement le cramé
** RETRY Tarte aux pommes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-tarte-aux-pommes
:END:
*** RETRY PPAP
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-ppap
:END:
Recette de la PPAP : pommes un peu crues, pâte ok. Mieux choisir les
pomme la prochaine fois et couper *très* fin
*** RETRY [[https://basicswithbabish.co/basicsepisodes/pies][Recette de babish (double pie crust)]]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-recette-de-babish-double-pie-crust
:END:
Pâte trop farineuse au goût (seule) mais ok avec les pommes Cuisson : 1h
à 180° pour 4 pommes Pâtes très fragile après la cuisson (ne tient pas
au service) Pâte "inférieure" assez humide malgré la cuisson à blanc
mais après un passage au frigo, se conserve jusqu'au lendemain
*** TODO Bon appetit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo-bon-appetit
:END:
[[https://www.bonappetit.com/recipe/bas-best-deep-dish-apple-pie]] Par
rapport à la version de Babish : cuisson longue (1h30-2h) et plus de
pommes
** RETRY Tiramisu
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-tiramisu
:END:
1. [[https://www.seriouseats.com/2017/06/how-to-make-the-best-tiramisu.html]]
=> échec, pâte trop liquide car
2. Mieux avec 3 jaune + sucre en sabayon. Ajouter 200g mascarpone battu
au fouet et battre le tout. Ajout 20cl crème fouettée délicatement.
=> au final, pas de prise au frigo, consistence crème fouettée molle.
** RETRY Yaourt à la yaourtière
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-yaourt-à-la-yaourtière
:END:
5 yaourts = 1L de lait entier + 1 yaourt (avec ferments) avec 10h
- Un peu liquide au fond => essayer avec du lait entier en poudre
- lait de brebis : 1L + 3 CC de lait en poudre + 12h de fermentation =
bien ferme. Diminuer lait en poudre
** RETRY Banana bread
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-banana-bread
:END:
[[https://www.bonappetit.com/recipe/banana-bread]] Essai avec
- seulement 2 bananes trop mûres (important)
- crème remplacé par du lait
- sucre blanc au lieu du roux.
Au final, gâteau moelleux. 50min à 180°
* Plat principal
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: plat-principal
:END:
** RETRY Bolognaise
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-bolognaise
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-4
:END:
- 1 tablespoon vegetable oil
- 3 tablespoons butter plus 1 tablespoon for tossing the pasta
- ½ cup chopped onion
- ⅔ cup chopped celery
- ⅔ cup chopped carrot
- ¾ pound ground beef chuck (or you can use 1 part pork to 2 parts beef)
- Salt
- Black pepper, ground fresh from the mill
- 1 cup whole milk
- Whole nutmeg
- 1 cup dry white wine
- 1 ½ cups canned imported Italian plum tomatoes, cut up, with their
juice
- 1 ¼ to 1 ½ pounds pasta
- Freshly grated parmigiano-reggiano cheese at the table
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-3
:END:
1. Put the oil, butter and chopped onion in the pot and turn the heat on
to medium. Cook and stir the onion until it has become translucent,
then add the chopped celery and carrot. Cook for about 2 minutes,
stirring vegetables to coat them well.
2. Add ground beef, a large pinch of salt and a few grindings of pepper.
Crumble the meat with a fork, stir well and cook until the beef has
lost its raw, red color.
3. Add milk and let it simmer gently, stirring frequently, until it has
bubbled away completely. Add a tiny grating -- about 1/8 teaspoon --
of nutmeg, and stir.
4. Add the wine, let it simmer until it has evaporated, then add the
tomatoes and stir thoroughly to coat all ingredients well. When the
tomatoes begin to bubble, turn the heat down so that the sauce cooks
at the laziest of simmers, with just an intermittent bubble breaking
through to the surface. Cook, uncovered, for 3 hours or more,
stirring from time to time. While the sauce is cooking, you are
likely to find that it begins to dry out and the fat separates from
the meat. To keep it from sticking, add 1/2 cup of water whenever
necessary. At the end, however, no water at all must be left and the
fat must separate from the sauce. Taste and correct for salt.
5. Toss with cooked drained pasta, adding the tablespoon of butter, and
serve with freshly grated Parmesan on the side.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-6
:END:
Pas mal (ajouté concentré de tomate + feuille basilic). Manque un peu de
tomate à la fin ?
** RETRY Cassoulet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-cassoulet
:END:
Recette [[http://www.confrerieducassoulet.com/la-recette.html]] Fait
avec :
- lard (gros morceaux)
- canard non confit (erreur)
- épaule de porc
- 2 saucisses de toulouse
Au final : 1h30 pour les haricots blancs (sans trempage) et 2h30 au four
pour commencer à avoir une croûte à 170°. => au final, le lard n'est pas
tout à fait bien mélangé donc peut-être le faire fondre avant / couper
en tout petit morceaux ? Sinon, pas mal mais bouillon un peu fade.
Essayer
[[https://foodwishes.blogspot.com/2016/03/cassoulet-worlds-most-complex-simple.html]]
** RETRY Choux de bruxelles frais rôtis
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-choux-de-bruxelles-frais-rôtis
:END:
45min à 195° = fondant mais trop cuit à l'extérieur Cuits entiers +
huile + sel
** RETRY Coq au vin
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-coq-au-vin
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-5
:END:
- 3 pounds chicken legs and thighs
- 2 ½ teaspoons kosher salt, more as needed
- ½ teaspoon freshly ground black pepper, more to taste
- 3 cups hearty red wine, preferably from Burgundy
- 1 bay leaf
- 1 teaspoon chopped fresh thyme leaves
- 4 ounces lardons, pancetta or bacon, diced into 1/4-inch pieces (about
1 cup)
- 3 tablespoons extra-virgin olive oil, more as needed
- 1 large onion, diced
- 1 large carrot, peeled and diced
- 8 ounces white or brown mushrooms, halved if large, and sliced (about
4 cups)
- 2 garlic cloves, minced
- 1 teaspoon tomato paste
- 1 tablespoon all-purpose flour
- 2 tablespoons brandy
- 3 tablespoons unsalted butter
- 8 ounces peeled pearl onions (about 12 to 15 onions)
- Pinch sugar
- 2 slices white bread, cut into triangles, crusts removed
- ¼ cup chopped parsley, more for serving
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-4
:END:
1. Season chicken with 2 1/4 teaspoons salt and 1/2 teaspoon pepper. In
a large bowl, combine chicken, wine, bay leaf and thyme. Cover and
refrigerate for at least 2 hours or, even better, overnight.
2. In a large Dutch oven or a heavy-bottomed pot with a tightfitting
lid, cook lardons over medium-low heat until fat has rendered, and
lardons are golden and crisp, 10 to 15 minutes. Using a slotted
spoon, transfer lardons to a paper-towel-lined plate, leaving
rendered fat in pot.
3. Remove chicken from wine, reserving the marinade. Pat chicken pieces
with paper towels until very dry. Heat lardon fat over medium heat
until it's just about to smoke. Working in batches if necessary, add
chicken in a single layer and cook until well browned, 3 to 5 minutes
per side. (Add oil if the pot looks a little dry.) Transfer chicken
to a plate as it browns.
4. Add diced onion, carrot, half the mushrooms and the remaining 1/4
teaspoon salt to pot. Cook until vegetables are lightly browned,
about 8 minutes, stirring up any brown bits from the pot, and
adjusting heat if necessary to prevent burning.
5. Stir in garlic and tomato paste and cook for 1 minute, then stir in
flour and cook for another minute. Remove from heat, push vegetables
to one side of pot, pour brandy into empty side, and ignite with a
match. (If you're too nervous to ignite it, just cook brandy down for
1 minute.) Once the flame dies down, add reserved marinade, bring to
a boil, and reduce halfway (to 1 1/2 cups), about 12 minutes. Skim
off any large pockets of foam that form on the surface.
6. Add chicken, any accumulated juices and half the cooked lardons to
the pot. Cover and simmer over low heat for 1 hour, turning halfway
through. Uncover pot and simmer for 15 minutes to thicken. Taste and
add salt and pepper, if necessary.
7. Meanwhile, melt 1 tablespoon butter and 2 tablespoons oil in a
nonstick or other large skillet over medium-high heat. Add pearl
onions, a pinch of sugar and salt to taste. Cover, reduce heat to low
and cook for 15 minutes, shaking skillet often to move onions around.
Uncover, push onions to one side of skillet, add remaining mushrooms,
and raise heat to medium-high. Continue to cook until browned,
stirring mushrooms frequently, and gently tossing onions
occasionally, 5 to 8 minutes. Remove onions and mushrooms from
skillet, and wipe it out.
8. In same skillet, melt 2 tablespoons butter and 1 tablespoon oil over
medium heat until bubbling. Add bread and toast on all sides until
golden, about 2 minutes per side. (Adjust heat if needed to prevent
burning.) Remove from skillet and sprinkle with salt.
9. To serve, dip croutons in wine sauce, then coat in parsley. Add pearl
onions, mushrooms and remaining half of the cooked lardons to the
pot. Baste with wine sauce, sprinkle with parsley and serve with
croutons on top.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-7
:END:
Testé avec rhum : pas senti. Sans le surplus de sauce, ni crouton. Bonne
sauce mais riche.
** RETRY Cornbread
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-cornbread
:END:
[[https://www.bonappetit.com/recipe/buttermilk-cornbread]] Bien moelleux
mais quantité approximative de farine et de lait (+50% ?). Trop de
levure (1 sachet) ?
** RETRY Couscous :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-couscous
:END:
[[http://www.ptitecuisinedepauline.com/article-clafoutis-aux-pommes-122364862.html][recette
de semoule traditionnelle]]
*** Graine
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: graine
:END:
- Huile (6 CS pour 1Kg) + humidifier. 30min de cuisson
- huile + eau puis cuisson 20min
- Eau si besoin + cuisson 15min
*** viande
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: viande
:END:
- curcuma 1CC
- gingembre poudre
- sel
- ras al nout++
- safran
- +/- tomates (concentré de tomate marche) Cuisson : pour des cuisses de
poulet et de l'épaule d'agneau en morceaux, 2H30 dont 1h45 à la
pression donne une viande très fondante
*** Légumes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: légumes
:END:
Carottes, potiron, navets, courgettes
** RETRY Crevettes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-crevettes
:END:
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-8
:END:
Pas mal, très rapide à faire. Je mets les crevettes dans la sauce
directement
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-6
:END:
- 4 tablespoons unsalted butter
- 1 large clove garlic, minced
- Juice of two large limes
- 1 tablespoon Indonesian sambal (preferably sambal oelek, by Huy Fong,
though sriracha will work as well)
- Kosher salt
- freshly ground black pepper to taste
- 1 pound large, fresh, shell-on shrimp
- 1 teaspoon jalapeño, seeded and chopped (optional)
- 2 tablespoons chopped cilantro
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-5
:END:
1. In a small saucepan set over low heat, melt 1 tablespoon of butter.
Add the garlic and cook, stirring for 2 minutes.
2. Add remaining 3 tablespoons butter to saucepan. When it melts, stir
in the lime juice, chili sauce, salt and pepper. Turn off the heat
and allow the sauce to rest.
3. Bring a large pot of well-salted water to a boil. Add the shrimp and
cook for 2 minutes or until they are just firm and pink. Do not
overcook. Drain into a colander and shake over the sink to remove
excess moisture.
4. In a large bowl, toss the shrimp and chili sauce. Add jalapeño, if
desired, sprinkle with cilantro and toss again.
** Haricots blancs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: haricots-blancs
:END:
*** RETRY NYT: haricots blancs crémeux
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-nyt-haricots-blancs-crémeux
:END:
[[https://cooking.nytimes.com/recipes/1019385-creamy-white-beans-with-herb-oil]]
1 citron entier pour 1Kg haricots blancs : je trouve que le citron est
trop agressif et ne va pas avec... Testé avec persil + menthe + basilic
** RETRY Falafels (traditionnels) :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-falafels-traditionnels
:END:
3 échecs successifs... Réssayer en
- mixant bien, bien la pâte
- mettre au frais pour éviter qu'ils ne se détachent dans la friture
OK avec ces 2 modifications !
** RETRY Kebab
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-kebab
:END:
*** Grilled Chicken Pita With Yogurt Sauce and Arugula
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grilled-chicken-pita-with-yogurt-sauce-and-arugula
:END:
1. Ingredients
2. Directions
3. Notes Cuisse de poulet = mauvaise idée. Très long à couper et la
flemm d'enlever les tendons... Et difficile à griller ? Sauce : crème
fraîche + menthe + persil + olive : pas convaincu par les olives. À
refaire proprement
** RETRY Lablabi (Tunisian Chickpea Soup)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-lablabi-tunisian-chickpea-soup
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-7
:END:
- 1 ¾ cup cooked chickpeas, or 1 (15-ounce) can chickpeas, drained and
rinsed
- 2 teaspoons extra-virgin olive oil
- ½ teaspoon kosher salt, plus more to taste
- 1 teaspoon za'atar, plus more to taste
- 1 ½ cups dried chickpeas, soaked overnight and drained
- ¼ cup plus 3 tablespoons extra-virgin olive oil, plus more for serving
- 2 bay leaves
- 1 ½ teaspoon kosher salt, plus more to taste
- ½ loaf hearty rustic bread (about 8 ounces)
- 1 cup chopped onion, from 1 medium onion
- 6 garlic cloves, minced or finely grated
- 1 tablespoon ground cumin, plus more for serving
- 1 tablespoon tomato paste
- 1 tablespoon harissa paste, plus more for serving
- 3 tablespoons fresh lemon juice
- 1 tablespoon finely grated lemon zest, for serving
- ½ cup chopped flat-leaf parsley, for serving
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-6
:END:
1. Prepare the crispy chickpeas: Transfer chickpeas to a rimmed baking
sheet lined with a clean dish towel or paper towels. Cover with
another towel (or paper towels) on top, rubbing gently to dry. Remove
top towel and let air-dry for at least 30 minutes and preferably 1
hour.
2. As chickpeas dry, start preparing the soup: In a Dutch oven or heavy
stockpot, combine soaked chickpeas, 5 cups water, 1 tablespoon olive
oil, bay leaves and 1/2 teaspoon salt over high heat. Bring to a boil
for 2 to 3 minutes, then reduce heat to a simmer, cover and cook
until chickpeas are tender, about 1 to 2 hours.
3. Heat oven to 400 degrees. While chickpeas are cooking, cut bread into
thick slices, then tear slices into bite-size pieces. Place bread in
one layer on large rimmed baking sheet and toast until crisp and
light brown, about 10 minutes. Let cool on pan and set aside.
4. Finish the crunchy chickpeas: Raise oven temperature to 425 degrees.
Remove the towels from baking sheet with the chickpeas, and toss the
chickpeas with 2 teaspoons olive oil, 1/2 teaspoon salt and za'atar
until well coated. Roast until golden and crispy, about 13 to 18
minutes, tossing halfway through. When chickpeas are still hot,
sprinkle lightly more salt. Taste and add more salt or za'atar, or
both, if you'd like.
5. When the chickpeas for the soup are tender, discard bay leaves. Using
a slotted spoon, transfer 2 cups of chickpeas, 1/2 cup of chickpea
cooking liquid and 1/4 cup olive oil to a blender or food processor,
and purée until smooth. (Alternatively, you can use an immersion
blender to blitz half the chickpeas into a rough purée. Add the olive
oil before puréeing. The broth won't be as silky as it would be
puréed in a regular blender, but it will taste just as good.)
6. In a large skillet over medium-high, heat the remaining 2 tablespoons
oil until shimmering. Add the onion and cook, stirring occasionally,
until softened, about 5 minutes. Add garlic and cook until golden,
about 2 minutes. Add the remaining 1 teaspoon salt, 1 tablespoon
cumin and tomato paste and cook, stirring, until fragrant, 1 minute.
Add a splash of the chickpea cooking liquid to the pan, and bring to
a simmer to deglaze, scraping up the browned bits on the bottom of
the pan. Turn off heat.
7. Add chickpea purée and onion mixture to soup, along with harissa and
lemon juice, and stir well. Add a little water if soup seems too
thick, and more salt, if needed.
8. To serve, divide toasted bread pieces among soup bowls, then ladle in
soup. Garnish with lemon zest, parsley, olive oil, more cumin and
some of the crispy chickpeas --- you'll have leftovers. Serve hot,
with more harissa on the side.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-9
:END:
- version sans harissa et oublié le citron
- J'ai utilisé le jus des pois chiches pour la cuisson => mauvaise idée
- À refaire correctement
** RETRY Beef Stroganoff
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-beef-stroganoff
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-8
:END:
Kosher salt and freshly ground black pepper 1 ½ pounds sirloin roast, or
beef tenderloin, if you're feeling fancy 2 tablespoons all-purpose flour
1 ½ teaspoons hot paprika 1 tablespoon neutral oil, such as canola or
grapeseed 4 tablespoons unsalted butter ½ pound button mushrooms,
cleaned and cut into quarters 2 small shallots, thinly sliced 12 ounces
wide egg noodles ¼ cup dry white wine 1 cup heavy cream or crème fraîche
1 ½ teaspoons Worcestershire sauce 1 ½ teaspoons Dijon mustard Chopped
fresh parsley, for garnish
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-7
:END:
Preparation
Bring a large pot of salted water to a boil. Cut the beef against the
grain into 1/2-inch slices, pound lightly, then cut those slices into
1-inch-wide strips. Add the flour, paprika, 1 1/2 teaspoons salt and 1
1/2 teaspoons pepper to a large shallow bowl and toss to combine. Dredge
the strips of meat in the flour mixture, shake them to remove excess
flour, then transfer them to a rimmed baking sheet. Place a large
skillet over high heat and swirl in the oil. When the oil begins to
shimmer, sauté the beef slices, in two batches, until they are well
browned on both sides but rare inside, 3 to 4 minutes per batch.
Transfer the seared meat to the baking sheet. Turn the heat down
slightly. Add 1 tablespoon of the butter to the pan. When it has melted
and started to foam, add the mushrooms, toss to coat them with the fat,
and season with salt and pepper. Cook, stirring frequently, until the
mushrooms have released their moisture and are a deep, dark brown, 12 to
15 minutes. About halfway into the process, add the sliced shallots and
1 tablespoon butter and stir to combine. While the mushrooms cook, add
the noodles to the boiling water, and cook until just done, about 10
minutes. Drain the noodles, and toss with the remaining 2 tablespoons
butter. Set aside. When the mushrooms and shallots are soft and
caramelized, deglaze the pan with the wine, scraping at all the stuck-on
bits on the pan's surface. When the wine has reduced by about half,
slowly stir in the cream, followed by the Worcestershire and mustard.
Add the meat, along with any accumulated juices, and stir to combine.
Cook, stirring occasionally, until the dish is hot and the beef is
medium-rare, 2 to 3 minutes. Taste, and adjust the seasonings. Serve the
noodles under or alongside the stroganoff; sprinkle stroganoff with
parsley.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-10
:END:
Pas mal
** DONE Haricots blancs à la tomate
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: done-haricots-blancs-à-la-tomate
:END:
Bien cuire la sauce tomate 10min avant d'ajouter le reste
[[https://www.thecookierookie.com/white-beans-recipe/]]
** Kluski na parze
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: kluski-na-parze
:END:
*** Ingrédients :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingrédients-1
:END:
500 g de farine 1 verre de lait 3 oeufs 3 cuillères à soupe de beurre
fondu 30 gr de levure de boulangerie 1 pincée de sel
*** Préparation :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: préparation
:END:
Délayez la levure dans un peu de lait tiède. Mélangez la avec un peu de
farine. Laissez reposer dans un endroit tiède. Quand elle a grossi de
moitié, ajoutez la farine, le sel, les oeufs et le beurre. Pétrissez à
la main. Remettez la pâte à lever dans un endroit tiède (couvrir d'un
linge humide ) . Formez avec la pâte des boules ressemblant à de
beignets. ( un verre à moutarde peut servir d'emporte pièces pour
découper la pate ) Laissez à nouveau lever la pâte et pour la cuisson,
prenez deux marmites, remplissez l' une à moitié d'eau, recouvrez-la
d'un linge propre et serrez le linge autour des bords avec de la
ficelle, portez l' eau à ébullition. Faites cuire les beignets à la
vapeur sur le linge pendant 10 minutes en recouvrant d' une marmite de
même diamètre. (Plus simple utiliser un couscoussier si vous en avez
un... ou un cuit-vapeur en adaptant la durée de la cuisson)
Les " kluski na parze "accompagnent un plat en sauce tel que des "
Rolades " le tout servi avec du chou rouge .
** RETRY Lasagnes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-lasagnes
:END:
[[https://www.bonappetit.com/recipe/ba-best-lasagna]] => ok mais
- bien saler béchamel et viande sinon un peu fade
- cuisson avec 1h four et 1h à la cocotte => meilleur au four ?
- NB : sauce = viande + un peu de liquide à côté. Je regrette de ne pas
avoir une texture plus crémeuse
- on ne sent pas le parmesan
- la couche supérieure de pâte n'a pas cuite malgré le papier alu =>
supprimer ?
** RETRY Porc fondant
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-porc-fondant
:END:
*** Oignon rouge, ail chemisé, curry, porc à braiser. Le tout cuit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: oignon-rouge-ail-chemisé-curry-porc-à-braiser.-le-tout-cuit
:END:
pendant 2h au moins avec couvercle
*** Pulled pork
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pulled-pork
:END:
1. Ingredients
- 1 tablespoon garlic powder
- 1 tablespoon onion powder
- 2 teaspoons hot or sweet smoked paprika
- 2 teaspoons salt, plus more to taste
- 1 teaspoon black pepper, plus more to taste
- 3 to 4 pound boneless pork shoulder or pork butt, trimmed of most
of its excess fat
- 2 tablespoons vegetable oil, plus additional for greasing
- 1 yellow onion, chopped (optional)
- 1 (12-ounce) can dark soda, like Dr Pepper, root beer, cola or
birch beer
- ½ to 1 ½ cups homemade or store-bought barbecue sauce
- Hot sauce (optional)
2. Directions
1. In a small bowl, combine the garlic and onion powders, smoked
paprika, salt and black pepper. Rub the spice mixture all over the
pork. If you have time, cover with plastic wrap and refrigerate
for 2 hours or up to overnight. If you don't, no worries; proceed
to Step 2.
2. Lightly grease the crock of a slow cooker. Heat 2 tablespoons
vegetable oil in a large skillet over medium-high. Sear the pork
until golden brown on all sides, about 2 minutes each side. Add
onion, if using, to the slow cooker. Add the pork on top of the
onion. Pour soda over the pork and set the slow cooker to low for
6 to 8 hours, until the meat has collapsed and shreds easily.
3. Drain most of the liquid from the slow cooker and shred the meat
directly in the pot. Add about 1/2 cup of the barbecue sauce and
stir to combine. (At this point, if you like crisp bits in your
pulled pork, you can spread the shredded pork on a sheet pan and
place under a broiler for a couple minutes then return to the slow
cooker.) Taste and add more barbecue sauce, hot sauce, salt or
pepper, if desired. Serve with soft rolls and extra sauce on the
side.
3. Notes 6 heures à 160% avec "searing". Écrasé à la fourchette au bout
de 3h pour permettre d'absorber le gras. Bien en burger avec sauce
BBQ
*** RETRY Rouelle de porc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-rouelle-de-porc
:END:
Au four 160° 5h [[http://www.auxdelicesdemanue.com/-02]]
** RETRY Poulet cocotte (Bocuse)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-poulet-cocotte-bocuse
:END:
Cuisson : 15min au gaz et 45min au four (pas assez cuit sinon) Pdt :
bonnes Poulet : un peu sec
** RETRY Poulet glacage soja-miel-gingembre
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-poulet-glacage-soja-miel-gingembre
:END:
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-11
:END:
Cuisson à 1950 45min avec poulets non décongelés : ok, manque un peu de
crispiness À ressayer avec du gingembre
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-9
:END:
- 2 tablespoons canola oil
- 1 tablespoon minced garlic
- 1 tablespoon minced ginger
- 6 tablespoons low-sodium soy sauce (see tip)
- 5 tablespoons mild honey, such as clover, acacia or orange blossom
- 3 tablespoons unsalted butter
- Kosher salt and black pepper
- 8 bone-in, skin-on chicken thighs (about 3 pounds)
- Lemon wedges, for serving
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-8
:END:
1. Heat the oven to 425 degrees. Heat 1 tablespoon oil in a small
saucepan over low heat. Add the garlic and ginger and cook, stirring
occasionally, until softened, 3 minutes. Add the soy sauce and honey
and simmer, stirring occasionally, until reduced and slightly
thickened, about 10 minutes. Turn off the heat then whisk in the
butter. Season with salt and pepper.
2. On an aluminum foil-lined rimmed baking sheet, season the chicken all
over with salt and pepper. Add half the glaze and the remaining 1
tablespoon oil and toss the chicken to coat. Arrange in an even
layer, skin side up, and roast until browned, 15 minutes. Brush the
chicken all over with 2 tablespoons of the remaining glaze. Roast
until golden and cooked through, about 10 minutes.
3. Drizzle the chicken with the remaining glaze and serve with lemon
wedges.
** RETRY Quiche
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-quiche
:END:
Bien cuire le fond de tarte avant (15-20min). Les bords doivent être
parfaitement cuits !
** RETRY Soupe maïs-lait de coco (Des soupes qui nous font du bien)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-soupe-maïs-lait-de-coco-des-soupes-qui-nous-font-du-bien
:END:
Même en diminuant le ratio lait de coco/maïs à 40/60 au lieu de 60/40,
encore très riche. Essayer 70/30
** OK Soupe haricots verts-aspergs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ok-soupe-haricots-verts-aspergs
:END:
Filtrer pour les fibres !
** RETRY Tortilla
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-tortilla
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-10
:END:
- 4 cups all-purpose flour
- 1 teaspoon salt
- 2 teaspoons baking powder
- 2 tablespoons lard
- 1 1/2 cups water
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-9
:END:
1. Whisk the flour, salt, and baking powder together in a mixing bowl.
Mix in the lard with your fingers until the flour resembles cornmeal.
Add the water and mix until the dough comes together; place on a
lightly floured surface and knead a few minutes until smooth and
elastic. Divide the dough into 24 equal pieces and roll each piece
into a ball.
2. Preheat a large skillet over medium-high heat. Use a well-floured
rolling pin to roll a dough ball into a thin, round tortilla. Place
into the hot skillet, and cook until bubbly and golden; flip and
continue cooking until golden on the other side. Place the cooked
tortilla in a tortilla warmer; continue rolling and cooking the
remaining dough.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-12
:END:
1er essai échec (recette de Chef John): trop dure, trop farineuse. Avec
cette recette ok mais :
- pâte bien hydratée++
- important de chauffer fort la poêle mais de cuire à feu moyen. 30s par
côté x2 donc 2min au total
- étaler le plus fin possible
- si bulles = OK
- bulles !
*** Misc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: misc
:END:
- [[https://www.reddit.com/r/AskCulinary/comments/1euuvv/why_do_my_homemade_tortillas_get_brittlehard_so/]])
- [[https://cooking.nytimes.com/recipes/1019621-sonoran-style-flour-tortillas]]
- [[https://www.seriouseats.com/recipes/2015/05/soft-chewy-flour-tortillas-recipe.html]]
** RETRY Vegan burger
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-vegan-burger
:END:
Pois chiches 500g + 1 oeuf + assaissonnement + 150g de farine de
sarrasin = texture à la poêle OK. On peut probablement diminuer les
doses de farine à 100g Le plus important est d'avoir une pôle qui
n'attache pas. Source
[[https://www.bbcgoodfood.com/recipes/chickpea-coriander-burgers]] Avec
du yaourt grec : moins sec mais une petite amertume
** RETRY Agneau Biryani
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-agneau-biryani
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-11
:END:
- 4 green finger chiles (or serrano chiles), stems removed
- 8 garlic cloves, peeled
- 1 (4-inch) piece fresh ginger, peeled
- 2 medium yellow onions, peeled and quartered
- 2 Roma tomatoes, quartered
- 1 cup full-fat yogurt
- 1 cup fresh mint leaves
- 1 cup fresh cilantro leaves
- 1 tablespoon ground coriander
- 1 tablespoon ground cumin
- 1 teaspoon Kashmiri chile powder, plus more as needed
- ½ teaspoon ground turmeric
- 2 teaspoons kosher salt, plus more as needed
- 2 ½ to 3 pounds lamb chops (or boneless or bone-in lamb shoulder
pieces)
- 3 (1/2-inch) Indian cinnamon sticks, or 1 large cinnamon stick
- 12 whole black peppercorns
- 6 cloves
- 6 green cardamom pods
- 1 tablespoon garam masala
- 1 cup neutral oil, such as grapeseed or canola
- 2 yellow onions, thinly sliced
- ½ teaspoon kosher salt
- Kosher salt
- 3 cups basmati rice
- 6 tablespoons whole milk
- ½ teaspoon saffron threads
- 2 cups mixed fresh cilantro and mint leaves
- 6 tablespoons unsalted butter, sliced
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-10
:END:
1. Prepare the lamb marinade: Add the finger chiles, garlic and ginger
to a food processor and process until finely chopped. Add the onions
and tomatoes, process until smooth, and scrape into a bowl that will
hold all the lamb and fit in your fridge. Add the yogurt, mint,
cilantro, coriander, cumin, chile powder, turmeric and salt, and stir
to combine. Add the lamb to the bowl and toss to coat in the
marinade, then cover and refrigerate overnight.
2. Prepare the fried onions: In a Dutch oven or heavy pot, heat the oil
over medium. Add the onions, season with salt, and sauté until
browned, stirring occasionally, 25 to 30 minutes. Using a slotted
spoon, transfer fried onions to a paper towel-lined plate. Using your
hands, pull apart the fried onions to separate to prevent them from
sticking together, and set aside.
3. Add the cinnamon, peppercorns, cloves and cardamom to the remaining
hot oil, and fry over medium until fragrant, about 1 minute. Stir in
the meat, its marinade and 1 cup water, and bring to a simmer over
medium heat. Cook, stirring occasionally, until the meat is tender
and the sauce is very thick and dark, about 2 1/2 hours, adjusting
the heat as needed to maintain a low simmer. Stir in the garam masala
and taste, adjusting with salt and chile powder as needed. Set aside.
4. Heat the oven to 350 degrees. Prepare the rice: Bring a large pot of
lightly salted water to a boil and add the rice. Stir well and cook
for 3 minutes, transfer to a colander in the sink to drain. Run some
cool water on top to cool the rice; set aside.
5. Prepare the saffron milk for assembly: Warm the milk in a small
saucepan over medium heat just until it steams. Remove from heat and
add the saffron, crumbling it with your fingertips as you drop it
into the milk. Set aside.
6. In a large, heavy, lidded pot, add about a third of the meat mixture
in an even layer covering the bottom of the pot. Sprinkle the meat
with a third of the herbs and a third of the rice, assembling lightly
without packing the layers. Drizzle 2 tablespoons saffron milk over
the rice and add about a third of the fried onions. Build two more
layers of meat, herbs, rice, saffron milk and onions. Top with pats
of butter and cover the pot with foil.
7. Put the lid on the pot of rice, transfer to the oven and bake until
piping hot, about 1 hour. Let rest for about 10 minutes, then serve
hot, digging all the way to the bottom of the pot with the serving
spoon. To reheat, warm the biryani covered in the oven, or microwave.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-13
:END:
- Pas de coriandre... Fais avec de la menthe et du basilic
- Problème : que faire des clous de girofle + grains de poivre dans la
sauce ? Je les ai enlevé à la main mais pas pratique...
- Couche supérieure de riz est un peu sèche et bien moins bonne que le
fond (sauce++)
- Fait sans le beurre (cf commentaires), ni les oignons frits
- Temps de cuisson : 2h30 à la cocotte-minute pour 1kg700 d'épaule
d'agneau entière = fondant. 1h au four + 10 min = riz cuit
Au total: réessayer avec de la coriandre, hydrater plus la couche
supérieur de riz
* Pains
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pains
:END:
Pour une croûte : augmenter la vapeur
** Homemade Pita Bread
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: homemade-pita-bread
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-12
:END:
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-11
:END:
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-14
:END:
Ne pas trop étaler sinon ne gonfle pas. Ok avec 3min + 3min de cuisson à
250° sur plaque à pizza
** Levain sourdough
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: levain-sourdough-1
:END:
*** RETRY Overnight country blonde (Flour, water, salt, yeast)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: retry-overnight-country-blonde-flour-water-salt-yeast
:END:
1. Problèmes :
- pâte difficile à façonner
- colle au torchon malgré beaucoup de farine
- résultat trop plat
Solutions possibles
- plus de folds/meilleure technique pour augmenter la "tenue"
[[https://www.youtube.com/watch?v=vmb0wWKITBQ]]
- torchon de lin et farine de riz pour éviter que ça ne colle
- acheter un "coupe-pâte" pour façonner (cf "high hydratation
technique"
- diminuer l'hydratation sinon
Source : [[https://www.youtube.com/watch?v=BJEHsvW2J6M]]
THIS RECIPE MAKES 2 LOAVES, EACH ABOUT 1½ POUNDS, OR 1 BIG LOAF (SEE
THE VARIATION). BULK FERMENTATION: 12 to 15 hours PROOF TIME: About 4
hours SAMPLE SCHEDULE: Feed the levain at 9 a.m., mix the final dough
at 5 p.m., shape into loaves at 8 a.m. the next morning, and bake at
noon. Levain
2. Ingrédients INGREDIENT QUANTITY Mature, active levain 100 g White
flour 400 g Whole wheat flour 100 g Water 400 g, 85ºF to 90ºF (29ºC
to 32ºC)
Final Dough Baker's Formula INGREDIENT FINAL DOUGH White flour 804 g
90% Whole wheat flour 26 g 5% Rye flour 50 g5% Water 684 g,78% Fine
sea salt 22 g 2.2%
3. Instuctions
1. a. Feed the levain About 24 hours after your previous feeding of
the levain, discard all but 100 grams of levain, leaving the
remainder in your 6-quart tub.
Add 400 grams of white flour, 100 grams of whole wheat flour, and 400
grams of water at 85°F to 90°F (29°C to 32°C) and mix by hand just
until incorporated. Cover and let rest at room temperature for 7 to 9
hours before mixing the final dough.
1. b. Autolyse After 7 to 9 hours, mix the 804 grams of white flour,
the 50 grams of rye flour, and the 26 grams of whole wheat flour
by hand in a 12-quart round tub. Add the 684 grams of 90°F to 95°F
(32°C to 35°C) water and mix by hand just until incorporated.
Cover and let rest for 20 to 30 minutes.
2. Mix the final dough Sprinkle the 22 grams of salt evenly over the
top of the dough.
Put a container with about a finger's depth of warm water on your
scale so you can easily remove the levain after it's weighed. With
wet hands, transfer 216 grams (or more if your kitchen is cool; see
"Seasonal Variations") of levain into the container. Transfer the
weighed levain to the 12-quart dough tub, minimizing the amount of
water transferred with it. Mix by hand, wetting your working hand
before mixing so the dough doesn't stick to you. Use the pincer
method alternating with folding the dough to fully integrate the
ingredients. The target dough temperature at the end of the mix is
77°F to 78°F (25°C to 26°C).
1. Fold This dough needs three or four folds (see Step 3: Fold the
Dough). Because overnight levain dough expands very slowly, it can
be folded anytime that's convenient before you go to bed, perhaps
doing two or three folds during the first hour and the final fold
whenever convenient that evening.
When the dough is nearly triple its original volume, or possibly a
bit less in winter, 12 to 15 hours after mixing, it's ready to be
divided.
1. Divide With floured hands, gently ease the dough out of the tub
and onto a lightly floured work surface. With your hands still
floured, pick up the dough and ease it back down onto the work
surface in a somewhat even shape. Use a bit of flour to dust the
area in the middle where you'll cut the dough, then cut it into 2
equal-size pieces with a dough knife or plastic dough scraper.
2. Shape the dough Dust 2 proofing baskets with flour. Shape each
piece of dough into a medium-tight ball following these
instructions. Place each seam side down in its proofing basket.
3. Proof Set the baskets side by side and cover with a kitchen towel,
or place each basket in a nonperforated plastic bag. Proofing time
should be about 4 hours, assuming a room temperature of about 70°F
(21°C). Use the finger-dent test to determine when they are
perfectly proofed and ready to bake.
4. Preheat At least 45 minutes prior to baking, put a rack in the
middle of the oven and put 2 Dutch ovens on the rack with their
lids on. Preheat the oven to 475°F (245°C). If you only have 1
Dutch oven, put the second loaf into the refrigerator about 20
minutes before baking the first loaf and bake the loaves
sequentially, giving the Dutch oven a 5-minute reheat after
removing the first loaf.
5. Bake For the next step, please be careful not to let your hands,
fingers, or forearms touch the extremely hot Dutch oven.
Invert the proofed loaf onto a lightly floured countertop, keeping in
mind that the top of the loaf will be the side that was facing down
while it was rising---the seam side. Remove the preheated Dutch oven
from your kitchen oven, remove the lid, and carefully place the loaf
in the Dutch oven seam side up. Cover and bake for 30 minutes, then
uncover and bake for 20 to 25 minutes, until medium dark brown to
very dark brown all around the loaf. Check after 15 minutes of baking
uncovered in case your oven runs hot. Remove the Dutch oven and
carefully tilt it to turn the loaf out. Let cool on a rack or set the
loaf on its side so air can circulate around it. Let the loaf rest
for at least 20 minutes before slicing.
** Pain à burger
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-à-burger
:END:
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-13
:END:
- 1 (.25 ounce) package active dry yeast (such as Fleischmann's
ActiveDry Yeast®)
- 450g all-purpose flour, or as needed - divided
- 260g warm water (105 degrees F/41 degrees C)
- 1 large egg
- 3 tablespoons butter, melted
- 3 tablespoons white sugar
- 1 1/4 teaspoons salt
- 1 teaspoon olive oil
- 1 egg, beaten
- 1 tablespoon milk
- 1 teaspoon sesame seeds, or as needed
*** Directions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: directions-12
:END:
1. Line a baking sheet with a silicone mat or parchment paper.
2. Place yeast into bowl of a large stand mixer; whisk in 1/2 cup flour
and warm water until smooth. Let stand until mixture is foamy, 10 to
15 minutes.
3. Whisk 1 egg, melted butter, sugar, and salt thoroughly into yeast
mixture. Add remaining flour (about 3 cups).
4. Fit a dough hook onto stand mixer and knead the dough on low speed
until soft and sticky, 5 to 6 minutes. Scrape sides if needed. Poke
and prod the dough with a silicone spatula; if large amounts of dough
stick to the spatula, add a little more flour.
5. Transfer dough onto a floured work surface; dough will be sticky and
elastic but not stick to your fingers. Form the dough lightly into a
smooth, round shape, gently tucking loose ends underneath.
6. Wipe out stand mixer bowl, drizzle olive oil into the bowl, and turn
dough over in the bowl several times to coat surface thinly with oil.
Cover bowl with aluminum foil. Let dough rise in a warm place until
doubled, about 2 hours.
7. Transfer dough to a floured work surface and pat to flatten bubbles
and form into a slightly rounded rectangle of dough about 5x10 inches
and about 1/2 inch thick. Dust dough lightly with flour if needed.
Cut dough into 8 equal pieces. Form each piece into a round shape,
gently tucking ends underneath as before.
8. Use your hands to gently pat and stretch the dough rounds into flat
disc shapes about 1/2 inch thick. Arrange buns about 1/2 inch apart
on prepared baking sheet. Dust buns very lightly with flour. Drape a
piece of plastic wrap over the baking sheet (do not seal tightly).
Let buns rise until doubled, about 1 hour.
9. Preheat oven to 375 degrees F (190 degrees C).
10. Beat 1 egg with milk in a small bowl, using a fork, until mixture is
thoroughly combined. Very gently and lightly brush tops of buns with
egg wash without deflating the risen dough. Sprinkle each bun with
sesame seeds.
11. Bake in the preheated oven until lightly browned on top, 15 to 17
minutes. Buns will stick together slightly where they touch. Let
cool completely, tear the buns apart, and slice in half crosswise to
serve.
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-15
:END:
Bonne recette, rappelle la brioche. Levée dans un four tiède : 2h et
30min respectivement. Cuisson 35min à 190° Façonner plus "en boule" pour
éviter qu'ils ne soient trop plats
** Pain au sarrasin
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-au-sarrasin
:END:
*** 1/3 sarassin, 2/3 farine complète : goût curieux, un peu lourd
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sarassin-23-farine-complète-goût-curieux-un-peu-lourd
:END:
** Pain blanc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-blanc
:END:
*** Recette du NYT "No-Knead" fonctionne bien, avec 1/2 CC de levure
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: recette-du-nyt-no-knead-fonctionne-bien-avec-12-cc-de-levure
:END:
pour 500g
** Pain complet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-complet
:END:
[[http://bakeryaddict.canalblog.com/archives/2012/07/24/24767223.html]]
*** Sans moule, pas mal
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sans-moule-pas-mal
:END:
*** [[http://www.abreaducation.com/wholewheat.php][Breadeducation]] lève
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: breadeducation-lève
:END:
mais un peu
costaud
- seulement de la farine complète !
** Pain de seigle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-de-seigle
:END:
*** Majoritairement farine de seigle, avec un peu de farine de blé au
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: majoritairement-farine-de-seigle-avec-un-peu-de-farine-de-blé-au
:END:
début +
pendant processus
- 1h pour première levée, 1h (?) seconde levée : n'a pas assez levé
- 30min premiere levée, retravaillé 10min après, 1h15 seconde levée,
cuisson 50min à 200° : pas levé, juste étalé.
** Pain pita
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pain-pita
:END:
** Pizza
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pizza
:END:
*** Overnight pizza from "Flour, yeast, water, salt"
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: overnight-pizza-from-flour-yeast-water-salt
:END:
Bonne pâte, difficulté est d'enfourner. Faire la pizza sur la pelle
directement... 10min à 250 + 3 min gril !
*** Overnight pizza avec levain from "Flour, yeast, water, salt"
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: overnight-pizza-avec-levain-from-flour-yeast-water-salt
:END:
Temps de cuisson identiques, on sent un peu le levain au niveau de la
croûte. Bonne pâte également
** Grissini
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grissini
:END:
[[https://www.wildyeastblog.com/grissini-revisited/]]
*** Ingredients
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ingredients-14
:END:
340 g flour 200 g water 9 g (1.5 t.) salt 23 g olive oil 228 g mature
100%-hydration sourdough starter (doit flotter)
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-16
:END:
Cuisson ~15min à 200°
** Foccacia sourdough
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: foccacia-sourdough
:END:
Recette de "flour, water, yeast, salt"
*** Notes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: notes-17
:END:
- Pâte un peu humide avec temps de cuisson x2
# Chap 2
## Linear vs nearest neighbours
- nearest neighbours = precise but unstable
## Bias, variance
### Bias
$$Bias_\theta(\hat{\theta})) = E_{x|\theta}(\hat{\theta}) - \theta$$
Error from erroneous assumptions in the learning algorithm. High bias can cause an algorithm to miss the relevant relations between features and target outputs (underfitting).
### Variance :
Measure the dispersion : $$Variance(X) = E(X - E(X))^2$$
## Curse of dimensionality = sparse sampling in hihg dimensions -\> it's harder to have enough training data
> we saw that squared error loss lead us to the regression function f
> (x) = E(Y \|X = x) for a quantitative response. The class of
> nearest-neighbor methods can be viewed as direct estimates of this
> conditional expectation, but we have seen that they can fail in at
> least two ways: • if the dimension of the input space is high, the
> nearest neighbors need not be close to the target point, and can
> result in large errors; • if special structure is known to exist, this
> can be used to reduce both the bias and the variance of the estimates.
Other models are design to overcome the dimensionality problems
Error from sensitivity to small fluctuations in the training set. High variance may result from an algorithm modeling the random noise in the training data (overfitting).
where $E_{x|\theta}$ is the expected value over \$(x\|θ) (average over all possible observations x with θ fixed)
If the data is a set of tightly lustered Gaussians (theirs means are distributed as Gaussian), the optimal will be nonlinear and disjoint If the data is a mixture of unrelated Gaussian, linear is almost optimal
- linear model fitted by least squared = stable but possibly inaccurate
#stats #books
exemple problème supervisé
* Spam : certains mots sont plus fréquents dans les mails classifiés spam
* PSA en fonction du poids de la prostate, Gleason etc : scatterplot mais non évident (données 1989)
* Reconnaissances chiffres sur image 16x16 bits normalisés
DNA microarray : pour une liste de gènes, on regarde la quantité d'ARN qui s'hybride par rapport à un échantillon vs une référence (par fluorescence, l'un est rouge l'autre vert). Avec plusieurs échantillons, on a donc une matrice. Quels gènes sont prédictifs -> aprentissage non supervisé
2. ## Overview of supervised learning
K-nearest neighbors : pas d'hypothèse sur la distribution ("low bias") mais variabilité importante ("high variance").
Moindres carrés : suppose que ce soit adapté ("high bias") mais stable ("low variance")
#stats #books
exemple problème supervisé
- Spam : certains mots sont plus fréquents dans les mails classifiés
spam
- PSA en fonction du poids de la prostate, Gleason etc : scatterplot
mais non évident (données 1989)
- Reconnaissances chiffres sur image 16x16 bits normalisés
DNA microarray : pour une liste de gènes, on regarde la quantité d'ARN
qui s'hybride par rapport à un échantillon vs une référence (par
fluorescence, l'un est rouge l'autre vert). Avec plusieurs échantillons,
on a donc une matrice. Quels gènes sont prédictifs -> aprentissage non
supervisé
2. [@2]
** Overview of supervised learning
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: overview-of-supervised-learning
:END:
K-nearest neighbors : pas d'hypothèse sur la distribution ("low bias")
mais variabilité importante ("high variance").\\
Moindres carrés : suppose que ce soit adapté ("high bias") mais stable
("low variance")
* Chap 2
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chap-2
:END:
** Linear vs nearest neighbours
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: linear-vs-nearest-neighbours
:END:
- linear model fitted by least squared = stable but possibly inaccurate
- nearest neighbours = precise but unstable
If the data is a set of tightly lustered Gaussians (theirs means are
distributed as Gaussian), the optimal will be nonlinear and disjoint If
the data is a mixture of unrelated Gaussian, linear is almost optimal
** Bias, variance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bias-variance
:END:
*** Bias
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bias
:END:
\[Bias_\theta(\hat{\theta})) = E_{x|\theta}(\hat{\theta}) - \theta\]
where \(E_{x|\theta}\) is the expected value over $(x|θ) (average over
all possible observations x with θ fixed)
Error from erroneous assumptions in the learning algorithm. High bias
can cause an algorithm to miss the relevant relations between features
and target outputs (underfitting). ### Variance :
Measure the dispersion : \[Variance(X) = E(X - E(X))^2\] Error from
sensitivity to small fluctuations in the training set. High variance may
result from an algorithm modeling the random noise in the training data
(overfitting).
** Curse of dimensionality = sparse sampling in hihg dimensions -> it's harder to have enough training data
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: curse-of-dimensionality-sparse-sampling-in-hihg-dimensions---its-harder-to-have-enough-training-data
:END:
#+begin_quote
we saw that squared error loss lead us to the regression function f (x)
= E(Y |X = x) for a quantitative response. The class of nearest-neighbor
methods can be viewed as direct estimates of this conditional
expectation, but we have seen that they can fail in at least two ways: •
if the dimension of the input space is high, the nearest neighbors need
not be close to the target point, and can result in large errors; • if
special structure is known to exist, this can be used to reduce both the
bias and the variance of the estimates.
#+end_quote
Other models are design to overcome the dimensionality problems
[Performances](performances.md)
[Validation](validation.md)
[Tests in silico](insilico.md)
# Guix vs nix
Guix plus utilisé en HPC (France). Nix plus populaire ?
# Outils de gestion de workflow
Nextflow, snakemake, CWL = les plus gros.
Mais d'autres tentatives
- Guix : guixwl mais échec -> ccwl
- Haskell : funflow, ngless
- Ocaml : bistro
# Guix vs nix
Guix plus utilisé en HPC (France). Nix plus populaire ?
# Outils de gestion de workflow
Nextflow, snakemake, CWL = les plus gros.
Mais d'autres tentatives
- Guix : guixwl mais échec -> ccwl
- Haskell : funflow, ngless
- Ocaml : bistro
Pour recoder en rust xamscissors, il nous manque la position des réferences sur lequel le read s'aligne si on utilise la library noodles. Il faudrait recoder dans noodles `get_aligned ` de pysam
https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/cdc0ed12fbe2d7633b8fa47534ab2c2547f66b84/pysam/libcalignedsegment.pyx
# Résumé
- [Performances](performances.md)
- [Validation](validation/summary.md)
- [Configuration](validation/configuration.md)
- [Données réelles](validation/real/summary.md)
- [Inspiration](validation/real/inspiration.md)
- [GIAB](validation/real/giab.md)
- [In silico](validation/insilico/summary.md)
- [Varben](validation/insilico/varben.md)
- [Simuscop](validation/insilico/simuscop.md)
- [Réanalyse](reanalyse/summary.md)
- [Démographie](reanalyse/demographie.md)
- [Comparaison avec cento](reanalyse/compare-cento.md)
- [Résultats](reanalyse/resultat.md)
- [Divers](divers.md)
* Validation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: validation
:END:
# Inspiration
## Bcbio
Schémas de validation par la communauté: https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows
- GIAB: Les génomes sont restreints aux exomes
- NA12878: (Caucasian daughter): 65x NovaSeq TruSeq Nano
- NA24385 (Ashkenazi Jewish son): 50x HiSeq x10 dataset from 10x genomics
- NA24631 (
- GIAB exomes
- NA12878 exome -- From Illumina Basespace Public datasets, 200x NovaSeq S2 using the Illumina TruSeq DNA Library Prep for Enrichment with IDT xGen Exome Research Panel v1.0, trimmed to 2x101 for analysis.
- NA24385 exome -- from Oslo University Hospital's contribution to the Genome in a Bottle Project: 150x Illumina HiSeq 2500 with 150bp paired-end reads, Agilent SureSelect Human All Exon V5 kit
- NA24631 exome -- also from Oslo University Hospital's GiaB contribution, 100x Illumina HiSeq 2500 sequencing.
- CHM : Les génomes sont restreints aux exomes
- structural variant
- somatic
## Autre
Méthodologie https://medium.com/dnanexus/benchmarking-state-of-the-art-secondary-variant-calling-pipelines-5472ca6bace7
We downloaded raw HG001 WES reads from NIST FTP site with ~141X on-target coverage.
Raw WES reads for HG002, HG003, HG004, and HG005 were downloaded from the SRA study, SRP047086
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/index.html?view=study&acc=SRP047086
On a 1 exome pour HG002-HHG004 sur Illumina HiSeq 2500 avec Agilent SureSelect Human All Exon V5 kit.
Ce sont les fichiers disponibles sur le FTP GIAB mais les fastq sont directement accessible sur ENA en avec ces références !
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP047086&f=assay_type_s%3An%3Awxs%3Ac&o=acc_s%3Aa
https://zenodo.org/records/3597727
# GIAB
## Données GIAB
https://github.com/genome-in-a-bottle/giab_data_indexes
Pour HG002,3,4,5, on a seulement les BAM sur le FTP GIAB (cf tableau)
On a pu retrouver les fastq via https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/index.html?view=study&acc=SRP047086, en filtrant sur AssayType = WXS
SRR2962669 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453593 Illumina HiSeq 2500 HG002_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG002 male SRP047086
SRR2962692 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453614 Illumina HiSeq 2500 HG003_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG003 male SRP047086
SRR2962693 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453615 Illumina HiSeq 2500 HG005_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG005 male SRP047086
SRR2962694 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453616 Illumina HiSeq 2500 HG004_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG004 female SRP047086
Si on prend une expérience, on voit que la capture est Agilent SureSelect Human All Exon V5 kit https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1453593
Avec ENA on a directement les FASTQ (non accessible facilement sur SRA).
| Patient | Données | Capture | BED | Séquenceur |_Lien
| HG001 | Fastq |_ Nextera Rapid Capture Exome | ftp, hg19 | HiSeq | https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/NA12878/Garvan_NA12878_HG001_HiSeq_Exome/
| HG002 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG002_NA24385_son/OsloUniversityHospital_Exome/
| HG003 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG003_NA24149_father/OsloUniversityHospital_Exome/
| HG004 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG004_NA24143_mother/OsloUniversityHospital_Exome/
| HG005 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/ChineseTrio/HG005_NA24631_son/OsloUniversityHospital_Exome/
| HG002_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453593
| HG003_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453614
| HG005_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453615
| HG004_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453616
Pas HG006 ni HG007
bcbio utilise le BED en hg19 et le converti en hg38 GIAB : https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows/blob/master/giab-exome/input/get_data.sh
### Autres
| HG001 | hg38 | HiSeq 4000 | Agilent SureSelect v7 | SRX11061486 | https://github.com/kevinblighe/agilent |
| HG001 | hg38 | NovaSeq 6000 | Agilent SureSelect v7 | SRX11061516 | idem |
| HG001 | hg19 | HiSeq2000 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611178 | http://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg19/exomeProbesets/
| HG001 | hg19 | HiSeq2000 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611179 | idem
| HG001 | hg19 | HiSeq2500 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611183 | idem
| HG001 | hg19 | HiSeq2500 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611184 | idem
Pour Agilent, on prend le fichier *Region.bed
https://emea.support.illumina.com/downloads/truseq-exome-product-files.html
Génome de référenec
[GRC38](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.26_GRCh38/GRCh38_major_release_seqs_for_alignment_pipelines/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz)
VCF de référence + bed
- [HG001](https://ftp-trace.ncbi.nih.gov/ReferenceSamples/giab/release/NA12878_HG001/latest/GRCh38/)
## Données Google (Baid et al 2020)
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.11.422022v1.full
Motivation: données de 2016 pour GIAB...
Patients:
- HG002 à HG007
- NA12891-NA12892
| | Agilentv7 | IDT-xGen | Truseq |
| HiSeq 4000 | 50x | 50x, 75x, 100x | 50x 75x |
| Novaseq | 50,75,100 | 50,75,100 | 50,75,100 |
- (Nextera: mentionné mais données non disponibles)
Au total, 42 combinaison (séquenceur + capture avec 50x)
Disponible en téléchargement direct sur
- https://console.cloud.google.com/storage/browser/brain-genomics-public/research/sequencing/fastq?pageState=(%22StorageObjectListTable%22:(%22f%22:%22%255B%255D%22))&prefix=&forceOnObjectsSortingFiltering=false
- via aws cli : aws s3 ls --no-sign-request s3://genomics-benchmark-datasets/google-brain/fastq/
Disponibilité des kit
- agilent = sur leur site (login nécessaire)
- idt : accès libre mais à nettoyer ttps://sfvideo.blob.core.windows.net/sitefinity/docs/default-source/supplementary-product-info/xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.txt?sfvrsn=b6c0e207_2
awk '{print $2"\t"$3"\t"$4}' xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.txt | sed '/^^chr/d' > xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.bed
- truseq :
https://emea.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/downloads/productfiles/truseq/truseq-dna-exome/truseq-dna-exome-targeted-regions-manifest-v1-2-bed.zip
#### Choix de la couverture
Tests refait car moins bonnes performances en novaseq qu'en hiseq4000...
On calcule (cf scripts coverage dans exomevalidator) la couverture des BAM fournis par baid2020 pour gatk4. Pour agilent et truseq (les kit fournis), amélioration par rapport aux bed trouvés sur internet (sauf moyenne et médianne pour agilent). Idem pour bisonex -> ouf !
Résultat des tests
| | >= 30x | médiane | moyenne|
| Agilentv7 à 50x| 82.0% | 63x | 73.8
| Cento | 96% | 62-100%
| Idt 75x | 86% | 64x | 76.6 |
Notes :
- Attention en utilisant mosdepth, il ne faut pas regarder les stats en global mais seulement par région si on restreint à un bed ! Avec le BED dans bisonex, multiqc + mosdepth donne
- Exemple de commande
mosdepth --by agilent-GRCh38.bed --fasta GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38-v2 HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.markedduplicates.bam
nextflow run main.nf -profile standard,helios --input=hg001-hiseq400-idt-75x.csv --genome=GRCh38 -with-trace -with-report --capture=capture/xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.bed -bg
### Également sur NIST ?
Y ressemble suspicieusement : fourni par google, même séquenceur et kit. Par contre, la taille ne correspond pas exactement (50x à 1.4G au lieu de 3 ?)
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?view=study&acc=SRP322567
En filtran sur exome
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP322567&f=assay_type_s%3An%3Awxs%3Ac&o=acc_s%3Aa
On peut télécharger les données dans "metadata" au format CSV
## Données @barbitoff2022
HG001 à 7 avec HiSeq4000 (sauf 1). Tout le monde en agilent sureselect v5 ou v7
BED file disponible en hg19 sur le github, qui contient tous les scripts.
Au final, on a plus de données avec Baid2020...
## Conversion des données bam en fast
bcbio convert le .bed
https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows/blob/master/giab-exome/input/get_data.sh
# Résultats
## NA12878
Command
```bash
hap.py giab/HG001_GRCh38_1_22_v4.2.1_benchmark.vcf.gz ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.haplotypecaller.vcf --false-positive giab/HG001_GRCh38_1_2 2_v4.2.1_benchmark.bed --target-regions ~/code/bisonex/capture/Twist_Exome_Core_Covered_Targets_hg38.bed --reference genome/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --engine=vcfeval --engine-vcfeval-template=genome/sdf -o na12878-bisonex-grch38
```
Résultat: ../../../code/data/na12878-bisonex-grch38
## Baid 2020
hap.py avec rtg eval
Pour HG001 à HG007, les résultats sont générés avec exomevalidator (compare-exome permet d'avoir un.summary.csv pour tous les runs).
Ex pour HG001 hiseq4000 agilentsureselect v7 (BED en GRCH38)
Type,Filter,TRUTH.TOTAL,TRUTH.TP,TRUTH.FN,QUERY.TOTAL,QUERY.FP,QUERY.UNK,FP.gt,FP.al,METRIC.Recall,METRIC.Precision,METRIC.Frac_NA,METRIC.F1_Score,TRUTH.TOTAL.TiTv_ratio,QUERY.TOTAL.TiTv_ratio,TRUTH.TOTAL.het_hom_ratio,QUERY.TOTAL.het_hom_ratio,run
INDEL,ALL,549,489,60,899,62,340,17,9,0.89071,0.889088,0.378198,0.889898,,,1.86096256684492,2.271062271062271,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
INDEL,PASS,549,489,60,899,62,340,17,9,0.89071,0.889088,0.378198,0.889898,,,1.86096256684492,2.271062271062271,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
SNP,ALL,21973,21466,507,26288,562,4266,69,72,0.976926,0.97448,0.162279,0.975702,3.007110300820419,2.7840287769784173,1.5918102430965306,1.8152593227603944,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
## Comparaison avec Baid2020
figure
on utilise leur vcf. Avec plot/giab.pl, on compare avec bisonex.
Résultats assez surprenant car la répartition est différente, même pour bwa-mem + gatk.
2 différences
1. C'est la version no_alt qui est utilisée
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for
_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.gz
2. haplotypecaller utilise -L pour restreindre à la zone de capture
Probablement lié au génome de référence mais on est meilleur en tout cas.
Avec le .bed fourni par baid2020 (agilent + idt), on a des résultats différents pour l'analyse par capture ou séquencer. Mais novaseq n'est pas moins bon
Étude de l'impact de la couverture: ne semble pas améliorer (cf plots/coverage.jl)
Testé sur mean, median, >= 30.
* Données réelles
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-réelles
:END:
* Inspiration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: inspiration
:END:
** Bcbio
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bcbio
:END:
Schémas de validation par la communauté:
https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows - GIAB: Les génomes
sont restreints aux exomes - NA12878: (Caucasian daughter): 65x NovaSeq
TruSeq Nano - NA24385 (Ashkenazi Jewish son): 50x HiSeq x10 dataset from
10x genomics - NA24631 ( - GIAB exomes - NA12878 exome -- From Illumina
Basespace Public datasets, 200x NovaSeq S2 using the Illumina TruSeq DNA
Library Prep for Enrichment with IDT xGen Exome Research Panel v1.0,
trimmed to 2x101 for analysis. - NA24385 exome -- from Oslo University
Hospital's contribution to the Genome in a Bottle Project: 150x Illumina
HiSeq 2500 with 150bp paired-end reads, Agilent SureSelect Human All
Exon V5 kit - NA24631 exome -- also from Oslo University Hospital's GiaB
contribution, 100x Illumina HiSeq 2500 sequencing. - CHM : Les génomes
sont restreints aux exomes - structural variant - somatic
** Autre
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autre
:END:
Méthodologie
https://medium.com/dnanexus/benchmarking-state-of-the-art-secondary-variant-calling-pipelines-5472ca6bace7
#+begin_example
We downloaded raw HG001 WES reads from NIST FTP site with ~141X on-target coverage.
Raw WES reads for HG002, HG003, HG004, and HG005 were downloaded from the SRA study, SRP047086
#+end_example
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/index.html?view=study&acc=SRP047086
On a 1 exome pour HG002-HHG004 sur Illumina HiSeq 2500 avec Agilent
SureSelect Human All Exon V5 kit. Ce sont les fichiers disponibles sur
le FTP GIAB mais les fastq sont directement accessible sur ENA en avec
ces références !
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP047086&f=assay_type_s%3An%3Awxs%3Ac&o=acc_s%3Aa
https://zenodo.org/records/3597727
* GIAB
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: giab
:END:
** Données GIAB
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-giab
:END:
https://github.com/genome-in-a-bottle/giab_data_indexes
Pour HG002,3,4,5, on a seulement les BAM sur le FTP GIAB (cf tableau) On
a pu retrouver les fastq via
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/index.html?view=study&acc=SRP047086,
en filtrant sur AssayType = WXS
SRR2962669 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453593 Illumina HiSeq 2500
HG002_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG002 male SRP047086\\
SRR2962692 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453614 Illumina HiSeq 2500
HG003_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG003 male SRP047086\\
SRR2962693 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453615 Illumina HiSeq 2500
HG005_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG005 male SRP047086\\
SRR2962694 OSLO UNIVERSITY HOSPITAL SRX1453616 Illumina HiSeq 2500
HG004_WES_OUS PAIRED Hybrid Selection HG004 female SRP047086\\
Si on prend une expérience, on voit que la capture est Agilent
SureSelect Human All Exon V5 kit
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1453593
Avec ENA on a directement les FASTQ (non accessible facilement sur SRA).
#+begin_verse
Patient | Données | Capture | BED | Séquenceur |_Lien
HG001 | Fastq |_ Nextera Rapid Capture Exome | ftp, hg19 | HiSeq | https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/NA12878/Garvan_NA12878_HG001_HiSeq_Exome/
HG002 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG002_NA24385_son/OsloUniversityHospital_Exome/
HG003 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG003_NA24149_father/OsloUniversityHospital_Exome/
HG004 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/AshkenazimTrio/HG004_NA24143_mother/OsloUniversityHospital_Exome/
HG005 | BAM | ? | ? | HiSeq | https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/data/ChineseTrio/HG005_NA24631_son/OsloUniversityHospital_Exome/
HG002_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453593
HG003_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453614
HG005_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453615
HG004_ | fastq | Agilent SureSelect All Exon v5 | HiSeq2500 | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRX1453616
#+end_verse
Pas HG006 ni HG007
bcbio utilise le BED en hg19 et le converti en hg38 GIAB :
https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows/blob/master/giab-exome/input/get_data.sh
*** Autres
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autres
:END:
#+begin_verse
HG001 | hg38 | HiSeq 4000 | Agilent SureSelect v7 | SRX11061486 | https://github.com/kevinblighe/agilent |
HG001 | hg38 | NovaSeq 6000 | Agilent SureSelect v7 | SRX11061516 | idem |
HG001 | hg19 | HiSeq2000 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611178 | http://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg19/exomeProbesets/
HG001 | hg19 | HiSeq2000 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611179 | idem
HG001 | hg19 | HiSeq2500 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611183 | idem
HG001 | hg19 | HiSeq2500 | SeqCap EZ Human Exome Lib v3.0 | SRR1611184 | idem
#+end_verse
Pour Agilent, on prend le fichier *Region.bed
https://emea.support.illumina.com/downloads/truseq-exome-product-files.html
Génome de référenec
[[https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.26_GRCh38/GRCh38_major_release_seqs_for_alignment_pipelines/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz][GRC38]]
VCF de référence + bed -
[[https://ftp-trace.ncbi.nih.gov/ReferenceSamples/giab/release/NA12878_HG001/latest/GRCh38/][HG001]]
** Données Google (Baid et al 2020)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-google-baid-et-al-2020
:END:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.11.422022v1.full
Motivation: données de 2016 pour GIAB...
Patients:
- HG002 à HG007
- NA12891-NA12892
#+begin_verse
| Agilentv7 | IDT-xGen | Truseq |
HiSeq 4000 | 50x | 50x, 75x, 100x | 50x 75x |
Novaseq | 50,75,100 | 50,75,100 | 50,75,100 |
#+end_verse
- (Nextera: mentionné mais données non disponibles)
Au total, 42 combinaison (séquenceur + capture avec 50x)
Disponible en téléchargement direct sur -
https://console.cloud.google.com/storage/browser/brain-genomics-public/research/sequencing/fastq?pageState=(%22StorageObjectListTable%22:(%22f%22:%22%255B%255D%22))&prefix=&forceOnObjectsSortingFiltering=false -
via aws cli : aws s3 ls --no-sign-request
s3://genomics-benchmark-datasets/google-brain/fastq/
Disponibilité des kit - agilent = sur leur site (login nécessaire) - idt
: accès libre mais à nettoyer
ttps://sfvideo.blob.core.windows.net/sitefinity/docs/default-source/supplementary-product-info/xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.txt?sfvrsn=b6c0e207_2
#+begin_example
awk '{print $2"\t"$3"\t"$4}' xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.txt | sed '/^^chr/d' > xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.bed
#+end_example
- truseq :
https://emea.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/downloads/productfiles/truseq/truseq-dna-exome/truseq-dna-exome-targeted-regions-manifest-v1-2-bed.zip
**** Choix de la couverture
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: choix-de-la-couverture
:END:
Tests refait car moins bonnes performances en novaseq qu'en hiseq4000...
On calcule (cf scripts coverage dans exomevalidator) la couverture des
BAM fournis par baid2020 pour gatk4. Pour agilent et truseq (les kit
fournis), amélioration par rapport aux bed trouvés sur internet (sauf
moyenne et médianne pour agilent). Idem pour bisonex -> ouf !
Résultat des tests
#+begin_verse
| >= 30x | médiane | moyenne|
Agilentv7 à 50x| 82.0% | 63x | 73.8
Cento | 96% | 62-100%
Idt 75x | 86% | 64x | 76.6 |
#+end_verse
Notes : - Attention en utilisant mosdepth, il ne faut pas regarder les
stats en global mais seulement par région si on restreint à un bed !
Avec le BED dans bisonex, multiqc + mosdepth donne - Exemple de commande
mosdepth --by agilent-GRCh38.bed --fasta
GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna
HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38-v2
HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.markedduplicates.bam nextflow run
main.nf -profile standard,helios --input=hg001-hiseq400-idt-75x.csv
--genome=GRCh38 -with-trace -with-report
--capture=capture/xgen-exome-hyb-panel-v2-targets-manifest-hg38.bed -bg
*** Également sur NIST ?
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: également-sur-nist
:END:
Y ressemble suspicieusement : fourni par google, même séquenceur et kit.
Par contre, la taille ne correspond pas exactement (50x à 1.4G au lieu
de 3 ?)
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?view=study&acc=SRP322567 En
filtran sur exome
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP322567&f=assay_type_s%3An%3Awxs%3Ac&o=acc_s%3Aa
On peut télécharger les données dans "metadata" au format CSV
** Données [cite/t:@barbitoff2022]
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-barbitoff2022
:END:
HG001 à 7 avec HiSeq4000 (sauf 1). Tout le monde en agilent sureselect
v5 ou v7 BED file disponible en hg19 sur le github, qui contient tous
les scripts.
Au final, on a plus de données avec Baid2020...
** Conversion des données bam en fast
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: conversion-des-données-bam-en-fast
:END:
bcbio convert le .bed
https://github.com/bcbio/bcbio_validation_workflows/blob/master/giab-exome/input/get_data.sh
* Résultats
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résultats
:END:
** NA12878
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: na12878
:END:
Command
#+begin_src sh
hap.py giab/HG001_GRCh38_1_22_v4.2.1_benchmark.vcf.gz ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.haplotypecaller.vcf --false-positive giab/HG001_GRCh38_1_2 2_v4.2.1_benchmark.bed --target-regions ~/code/bisonex/capture/Twist_Exome_Core_Covered_Targets_hg38.bed --reference genome/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --engine=vcfeval --engine-vcfeval-template=genome/sdf -o na12878-bisonex-grch38
#+end_src
Résultat: ../../../code/data/na12878-bisonex-grch38 ## Baid 2020 hap.py
avec rtg eval Pour HG001 à HG007, les résultats sont générés avec
exomevalidator (compare-exome permet d'avoir un.summary.csv pour tous
les runs).
Ex pour HG001 hiseq4000 agilentsureselect v7 (BED en GRCH38)
Type,Filter,TRUTH.TOTAL,TRUTH.TP,TRUTH.FN,QUERY.TOTAL,QUERY.FP,QUERY.UNK,FP.gt,FP.al,METRIC.Recall,METRIC.Precision,METRIC.Frac_NA,METRIC.F1_Score,TRUTH.TOTAL.TiTv_ratio,QUERY.TOTAL.TiTv_ratio,TRUTH.TOTAL.het_hom_ratio,QUERY.TOTAL.het_hom_ratio,run
INDEL,ALL,549,489,60,899,62,340,17,9,0.89071,0.889088,0.378198,0.889898,,,1.86096256684492,2.271062271062271,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
INDEL,PASS,549,489,60,899,62,340,17,9,0.89071,0.889088,0.378198,0.889898,,,1.86096256684492,2.271062271062271,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
SNP,ALL,21973,21466,507,26288,562,4266,69,72,0.976926,0.97448,0.162279,0.975702,3.007110300820419,2.7840287769784173,1.5918102430965306,1.8152593227603944,HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.haplotypecaller.summary
** Comparaison avec Baid2020
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: comparaison-avec-baid2020
:END:
figure on utilise leur vcf. Avec plot/giab.pl, on compare avec bisonex.
Résultats assez surprenant car la répartition est différente, même pour
bwa-mem + gatk. 2 différences 1. C'est la version no_alt qui est
utilisée
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for
_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.gz 2.
haplotypecaller utilise -L pour restreindre à la zone de capture
Probablement lié au génome de référence mais on est meilleur en tout
cas. Avec le .bed fourni par baid2020 (agilent + idt), on a des
résultats différents pour l'analyse par capture ou séquencer. Mais
novaseq n'est pas moins bon
Étude de l'impact de la couverture: ne semble pas améliorer (cf
plots/coverage.jl) Testé sur mean, median, >= 30.
# Varben
- Installer bedtools, samtools et bwa
- Code a du être converti en python3 (avec 2to3)
- Validé sur chr20 et un test fournis (cf varben-journal.md)
**Important**
- il faut enlever les "hardclip" du bam (cf varben-journal.md) )
- pour la conversion bam -> fastqc, il faut trier le bam avant (sinon on perd trop de read)
# Variants sanger sur NA12878 bisonex
## Création du BAM
On utilise les données NA12878. Sampleesheet `na12878.csv`
```
patient,sample,fastq1,fastq2
2300346867_63118093,NA12878,/Work/Groups/bisonex/centogene/fastq/2300346867_63118093_NA12878/63118093_S260_R1_001.fastq.gz,/Work/
Groups/bisonex/centogene/fastq/2300346867_63118093_NA12878/63118093_S260_R2_001.fastq.gz
```
Pipeline
```bash
nextflow run main.nf -profile standard,helios --genome=GRCh38 --input=na12878.csv -with-report na12878.report -with-trace -bg
```
Il faut ensuite supprimer les hardclip pour varben
```bash
cd out/preprocessing/recalibrated/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38
samtools view -h 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam | awk '$6 !~ /H/{print}' | samtools view -bS - > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
```
On ajoute les génomes :
```bash
cd /Work/Users/apraga/exomevalidator
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/bwa/* .
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna .
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.fai
```
## Préparation des variants
On utilise `../code/varben/tovarben.nu` pour formatter la liste de variants au format adéquat pour varben `sanger_variants.tsv`.
#### Attention aux duplications
Varben ne supporte pas les duplications en mode mutation (seulement variants structurels). Il faut les écrire sous forme d'insertion.
Ex:
g.169821134dup correspond à la duplication de T en position 169821134.
La notation VCF est correcte 169821133 G GT
Cela correspond à une insertion entre 169821133 et 169821134 d'un T, soit
169821133 169821134 0.5 ins T
Il faut donc bien supprimer le premier nucléotide de la représentation VCF !
## Insertion des variants
Avec
```slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="varben"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 4:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 1 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=16G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix
muteditor -r ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --aligner bwa --alignerIndex ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -o na12878-sanger -m ../sanger_varben.tsv --mindepth 5 -b ../../bisonex/out/preprocessing/recalibrated/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
```
Dans exomevalidator/scripts,
```bash
sbatch varben.slurm
```
59min temps écoulé, 3h50 de temps CPU (mais est-ce vraiment parallélisé).
Un seul variant n'a pas été inséré car 0 read : SNV chr21 43426167
## Conversion en fastq
On utilise initialement bam2fastq, mais après vérification auprès d'Alexis + internet, on passe à samtools fastq.
```
cd na12878-sanger/
cp edit.sorted.bam NA12878-sanger-GRCh38.bam
```
On utilise bam2fastq2.slurm avec 4 threads (~12min au lieu de 50 en séquentiel)
```slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="bam2fastq"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 4:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 4 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=24G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
dir=na12878-sanger
prefix=NA12878-sanger-GRCh38
bam=$dir/$prefix.bam
sorted=$dir/${prefix}-sorted.bam
cores=4
samtools sort -n $bam -o $sorted -@ $cores
samtools fastq -1 $dir/${prefix}_R1_001.fastq -2 $dir/${prefix}_R2_001.fastq -0 /dev/null -s /dev/null -n -@ $cores $sorted
```
## Pipeline
Avec le samplesheet
```sanger-varben.csv
patient,sample,fastq1,fastq2
NA12878,sanger-varben,/Work/Users/apraga/exomevalidator/scripts/na12878-sanger/NA12878-sanger-GRCh38_R1_001.fastq,/Work/Users/apraga/exomevalidator/scripts/na12878-sanger/NA12878-sanger-GRCh38_R2_001.fastq
```
On utilise un script slurm pour lancer nextflow sur helios (voir helios.md)
```slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="bisonex-varben"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 1 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=12G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix/2.11.0
# Otherwise job fails as it cannot write to $HOME/.nextflow
export NXF_HOME=/Work/Users/apraga/.nextflow
# user.name must be forced (again... our fix does not seem to work in nix)
nextflow -Duser.name=apraga run main.nf -profile standard,helios --input=sanger-varben.csv --genome=GRCh38 -resume 8749b270-ca2c-4f72-82d9-69fff6563c56
```
# Comparaison
Pour variants sanger, génération d'un VCF pour utiliser rtg vcfeval. Cf [script nu](../code/varben/tovcf.nu)
vcfeval requiert un champ GT, ajouté par le script en fonction de la zygotie ( `--sample ALT`).
## Test sur chr1:
Threshold True-pos-baseline True-pos-call False-pos False-neg Precision Sensitivity F-measure
----------------------------------------------------------------------------------------------------
94.000 4 4 9508 7 0.0004 0.3636 0.0008
None 10 10 482190 1 0.0000 0.9091 0.0000
Le faux négatif est homozygote mais appelé par erreur hétérozygote. C'est surtout du à un faible nombre de read : 2/12 portent le variant
## Tous les variants
### Appel de variants
```bash
rm -rf sanger-varben
rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotype caller/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz -t genome/sdf -o sanger-varben --output-m ode=annotate
```
- 1 faux négatif qui n'a effectivement pas été inséré par varben par manque de reads `zgrep FN sanger-varben/baseline.vcf.gz | zgrep -v FN_CA`
- 13 négatifs mais sur la zygosity (alors qu'ils ont été bien inséré ) `zgrep FN sanger-varben/baseline.vcf.gz | zgrep FN_CA`
### Filtre après l'appel de variants
Filtre sur la profondeur: une délétion est filtrée en plus car 21 reads seulements en chr6 72622255
```nu
let f = "../bisonex/out/call_variant/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filter.depth
.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t g
enome/sdf -o sanger-varben-filter-depth --output-mode=annotate
```
Filtre sur SNP: idem
```nu
let f = "../bisonex/out/call_variant/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filter.polymormphisms.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t genome/sdf -o sanger-varben-filter-snp --output-mode=annotate
```
### Filtre après annotation
Idem !!
```nu
let f = "../bisonex/out/annotate/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filtervep.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t genome/sdf -o sanger-varben-filter-vep --output-mode=annotate# TODO
```
## TODO
- lancer l'exécution depuis cli en Rust
- télécharger index du genome (.fnai + bwa)
# Test in silico: journal
## Varben
### Tests fournis :
cd examples
xz -d reference/chr*.fna.zx
cd src
Pour illumina
bash 03-spikein_snv_and_indel_Illumina.sh### Données clinvar ?
Sur ce cas test, deletion, insertion et SNV ok. Substitution de toute une séquence aussi "sub"
chr7 55221748 55221748 0.15 del .
chr7 55227923 55227923 0.33 ins TGTTCC
chr7 55242467 55242481 0.03 sub TTC
chr7 55249038 55249038 0.03 snv A
chr7 55249092 55249092 0.05 snv C
chr7 55259515 55259515 0.03 snv G
### chr20 sur HG001
Après packagé avec nix, il faut formatter les données
```nu
cd ~/research/bisonex/code/varben
let df = open ../parsevariants/variants_centogene_final.csv | where "Confirmed in sanger" == "true" and "genomic (hg38)" != "" | insert AF {|e| if ($e.zygosity == "heterozygous") { random float 0.4..0.5 } else { random float 0.8..1 } } | select "genomic (hg38)" chrom pos AF alt | rename genomic`
$df | insert type {|e| if ($e.genomic | str contains ">") { "SNV" } else if ($e.genomic | str contains "del") { "del" } else if ($e.genomic | str contains "ins") { "ins"} else if ($e.genomic | str contains "dup") { "dup"} else { $e.genomic }} | | insert chrom2 {|e| $"chr($e.chrom)" } | insert end {|e| $e.pos} | select chrom2 pos end AF type alt | sort-by chrom2 pos end | to csv -s '\t' | save sanger_varben.tsv -f
```
Et télécharger index + index bwa
Avec
```bash
cd ~/code/exomevalidator
rg chr20 ~/research/bisonex/code/varben/sanger_varben.tsv | save sanger_varben_chr20.tsv -f
```
Puis
```bash
./result/bin/muteditor -r GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -b ~/code/bisonex/out/preprocessing/recalibrated/HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38/HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.recal-chr20.bam --aligner bwa --alignerIndex GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -o chr20 -m sanger_varben_chr20.tsv
```
À noter que l'exécution plante parfois (avec notre version packagée avec nix seulement ?):
samtools sort -n -o chr20/tempDir/edit.sortByName.bam chr20/tempDir/edit.bam
[E::bam_read1] CIGAR and query sequence lengths differ for K00141:389:HGNTWBBXX:3:1209:1479:7855
samtools sort: truncated file. Aborting
Ok en relancant...
Puis conversion en fastq (déjà trié apparement)
```bash
cd chr20
samtools bam2fq -n -@ 4 -1 chr20-snv_1.fq.gz -2 chr20-snv_2.fq.gz -0 chr20-snv_other.fq.gz -s chr20-snv_singleton.fq.gz edit.sorted.bam
```
On teste l'appel de variants
rsync -avz chr20-snv_1.fq.gz chr20-snv_2.fq.gz meso:/Work/Users/apraga/bisonex/test/varben/
Sur meso, faire varben.csv
patient,sample,fastq1,fastq2
varben-sanger,chr20,test/varben/chr20-snv_1.fq.gz,test/varben/chr20-snv_2.fq.gz
nextflow run main.nf -profile standard,helios --genome=GRCh38 --input=varben.csv
On le trouve bien après l'appel de variant :)
bcftools view work/ff/35fa5353da6da53e6914c1d67f7a79/varben-sanger-chr20-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz chr20:46043645-46043645
Mais il est filtré sur la profondeur car 25 reads et le seuil est à 30 :(
Possible car on utilise des données "faible profondeur" de bai2020 50x
NB: spip plante si entrée vide
Test insertion deletion ok. Test duplication: non fait
#### Erreur avec hardclip
Erreur :
```bash
Exception: Cmd Error: samtools sort -n -o na12878-sanger/tempDir/edit.sortByName.bam na12878-sanger/tempDir/edit.bam
```
D'après https://github.com/nccl-jmli/VarBen/issues/18, il faut enlever les "hardclip"
```bash
cd ../../bisonex/out/preprocessing/recalibrated/2300346867_NA12878-63118093_S260-GRCh38/
samtools view -b -F 0x100 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
```
Mais pareil... On essaye la seconde suggestion
```bash
samtools view -h 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam | awk '$6 !~ /H/{print}' | samtools view -bS - > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
```
Ok !
### Dup inséres aux mauvais endroit
3e version : les bornes sont toujours pos et pos+1 et on supprimer le premier nucléotide de ALT.
Vérification des 4 dup
# Tests _in silico_
## Insertion de variants dans un patient
- ExomeValidator.jl: Notre version en Julia. OK pour SNV, testé sur variants confirmés en snager
- [Varben](varben.md)
## Données simulée
- [Simuscop](simuscop) : On utilise simuscope car gère facilement l'exome (sinon il faut filtrer après la génération de données de génome) et rapide.
* Varben
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: varben
:END:
- Installer bedtools, samtools et bwa
- Code a du être converti en python3 (avec 2to3)
- Validé sur chr20 et un test fournis (cf varben-journal.md)
*Important* - il faut enlever les "hardclip" du bam (cf
varben-journal.md) ) - pour la conversion bam -> fastqc, il faut trier
le bam avant (sinon on perd trop de read)
* Variants sanger sur NA12878 bisonex
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variants-sanger-sur-na12878-bisonex
:END:
** Création du BAM
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: création-du-bam
:END:
On utilise les données NA12878. Sampleesheet =na12878.csv=
#+begin_example
patient,sample,fastq1,fastq2
2300346867_63118093,NA12878,/Work/Groups/bisonex/centogene/fastq/2300346867_63118093_NA12878/63118093_S260_R1_001.fastq.gz,/Work/
Groups/bisonex/centogene/fastq/2300346867_63118093_NA12878/63118093_S260_R2_001.fastq.gz
#+end_example
Pipeline
#+begin_src sh
nextflow run main.nf -profile standard,helios --genome=GRCh38 --input=na12878.csv -with-report na12878.report -with-trace -bg
#+end_src
Il faut ensuite supprimer les hardclip pour varben
#+begin_src sh
cd out/preprocessing/recalibrated/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38
samtools view -h 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam | awk '$6 !~ /H/{print}' | samtools view -bS - > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
#+end_src
On ajoute les génomes :
#+begin_src sh
cd /Work/Users/apraga/exomevalidator
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/bwa/* .
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna .
ln -s /Work/Groups/bisonex/data/fasta/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.fai
#+end_src
** Préparation des variants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: préparation-des-variants
:END:
On utilise =../code/varben/tovarben.nu= pour formatter la liste de
variants au format adéquat pour varben =sanger_variants.tsv=.
**** Attention aux duplications
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: attention-aux-duplications
:END:
Varben ne supporte pas les duplications en mode mutation (seulement
variants structurels). Il faut les écrire sous forme d'insertion. Ex:
g.169821134dup correspond à la duplication de T en position 169821134.
La notation VCF est correcte 169821133 G GT Cela correspond à une
insertion entre 169821133 et 169821134 d'un T, soit
#+begin_example
169821133 169821134 0.5 ins T
#+end_example
Il faut donc bien supprimer le premier nucléotide de la représentation
VCF !
** Insertion des variants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: insertion-des-variants
:END:
Avec
#+begin_src slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="varben"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 4:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 1 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=16G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix
muteditor -r ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --aligner bwa --alignerIndex ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -o na12878-sanger -m ../sanger_varben.tsv --mindepth 5 -b ../../bisonex/out/preprocessing/recalibrated/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38/2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
#+end_src
Dans exomevalidator/scripts,
#+begin_src sh
sbatch varben.slurm
#+end_src
59min temps écoulé, 3h50 de temps CPU (mais est-ce vraiment
parallélisé). Un seul variant n'a pas été inséré car 0 read : SNV chr21
43426167
** Conversion en fastq
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: conversion-en-fastq
:END:
On utilise initialement bam2fastq, mais après vérification auprès
d'Alexis + internet, on passe à samtools fastq.
#+begin_example
cd na12878-sanger/
cp edit.sorted.bam NA12878-sanger-GRCh38.bam
#+end_example
On utilise bam2fastq2.slurm avec 4 threads (~12min au lieu de 50 en
séquentiel)
#+begin_src slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="bam2fastq"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 4:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 4 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=24G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
dir=na12878-sanger
prefix=NA12878-sanger-GRCh38
bam=$dir/$prefix.bam
sorted=$dir/${prefix}-sorted.bam
cores=4
samtools sort -n $bam -o $sorted -@ $cores
samtools fastq -1 $dir/${prefix}_R1_001.fastq -2 $dir/${prefix}_R2_001.fastq -0 /dev/null -s /dev/null -n -@ $cores $sorted
#+end_src
** Pipeline
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pipeline
:END:
Avec le samplesheet
#+begin_src sanger-varben.csv
patient,sample,fastq1,fastq2
NA12878,sanger-varben,/Work/Users/apraga/exomevalidator/scripts/na12878-sanger/NA12878-sanger-GRCh38_R1_001.fastq,/Work/Users/apraga/exomevalidator/scripts/na12878-sanger/NA12878-sanger-GRCh38_R2_001.fastq
#+end_src
On utilise un script slurm pour lancer nextflow sur helios (voir
helios.md)
#+begin_src slurm
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="bisonex-varben"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 1 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=12G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix/2.11.0
# Otherwise job fails as it cannot write to $HOME/.nextflow
export NXF_HOME=/Work/Users/apraga/.nextflow
# user.name must be forced (again... our fix does not seem to work in nix)
nextflow -Duser.name=apraga run main.nf -profile standard,helios --input=sanger-varben.csv --genome=GRCh38 -resume 8749b270-ca2c-4f72-82d9-69fff6563c56
#+end_src
* Comparaison
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: comparaison
:END:
Pour variants sanger, génération d'un VCF pour utiliser rtg vcfeval. Cf
[[../code/varben/tovcf.nu][script nu]]
vcfeval requiert un champ GT, ajouté par le script en fonction de la
zygotie ( =--sample ALT=).
** Test sur chr1:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: test-sur-chr1
:END:
#+begin_example
Threshold True-pos-baseline True-pos-call False-pos False-neg Precision Sensitivity F-measure
----------------------------------------------------------------------------------------------------
94.000 4 4 9508 7 0.0004 0.3636 0.0008
None 10 10 482190 1 0.0000 0.9091 0.0000
#+end_example
Le faux négatif est homozygote mais appelé par erreur hétérozygote.
C'est surtout du à un faible nombre de read : 2/12 portent le variant
** Tous les variants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tous-les-variants
:END:
*** Appel de variants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: appel-de-variants
:END:
#+begin_src sh
rm -rf sanger-varben
rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotype caller/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz -t genome/sdf -o sanger-varben --output-m ode=annotate
#+end_src
- 1 faux négatif qui n'a effectivement pas été inséré par varben par
manque de reads
=zgrep FN sanger-varben/baseline.vcf.gz | zgrep -v FN_CA=
- 13 négatifs mais sur la zygosity (alors qu'ils ont été bien inséré )
=zgrep FN sanger-varben/baseline.vcf.gz | zgrep FN_CA=
*** Filtre après l'appel de variants
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: filtre-après-lappel-de-variants
:END:
Filtre sur la profondeur: une délétion est filtrée en plus car 21 reads
seulements en chr6 72622255
#+begin_src nu
let f = "../bisonex/out/call_variant/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filter.depth
.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t g
enome/sdf -o sanger-varben-filter-depth --output-mode=annotate
#+end_src
Filtre sur SNP: idem
#+begin_src nu
let f = "../bisonex/out/call_variant/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filter.polymormphisms.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t genome/sdf -o sanger-varben-filter-snp --output-mode=annotate
#+end_src
*** Filtre après annotation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: filtre-après-annotation
:END:
Idem !!
#+begin_src nu
let f = "../bisonex/out/annotate/filter/NA12878-sanger-varben-GRCh38/NA12878-sanger-varben-GRCh38.filtervep.vcf"
bgzip $f ; tabix -p vcf $"($f).gz" ; rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c $"($f).gz" -t genome/sdf -o sanger-varben-filter-vep --output-mode=annotate# TODO
#+end_src
** TODO
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: todo
:END:
- lancer l'exécution depuis cli en Rust
- télécharger index du genome (.fnai + bwa)
* Test in silico: journal
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: test-in-silico-journal
:END:
** Varben
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: varben
:END:
*** Tests fournis :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tests-fournis
:END:
#+begin_example
cd examples
xz -d reference/chr*.fna.zx
cd src
#+end_example
Pour illumina
#+begin_example
bash 03-spikein_snv_and_indel_Illumina.sh### Données clinvar ?
#+end_example
Sur ce cas test, deletion, insertion et SNV ok. Substitution de toute
une séquence aussi "sub"
#+begin_example
chr7 55221748 55221748 0.15 del .
chr7 55227923 55227923 0.33 ins TGTTCC
chr7 55242467 55242481 0.03 sub TTC
chr7 55249038 55249038 0.03 snv A
chr7 55249092 55249092 0.05 snv C
chr7 55259515 55259515 0.03 snv G
#+end_example
*** chr20 sur HG001
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: chr20-sur-hg001
:END:
Après packagé avec nix, il faut formatter les données
#+begin_src nu
cd ~/research/bisonex/code/varben
let df = open ../parsevariants/variants_centogene_final.csv | where "Confirmed in sanger" == "true" and "genomic (hg38)" != "" | insert AF {|e| if ($e.zygosity == "heterozygous") { random float 0.4..0.5 } else { random float 0.8..1 } } | select "genomic (hg38)" chrom pos AF alt | rename genomic`
$df | insert type {|e| if ($e.genomic | str contains ">") { "SNV" } else if ($e.genomic | str contains "del") { "del" } else if ($e.genomic | str contains "ins") { "ins"} else if ($e.genomic | str contains "dup") { "dup"} else { $e.genomic }} | | insert chrom2 {|e| $"chr($e.chrom)" } | insert end {|e| $e.pos} | select chrom2 pos end AF type alt | sort-by chrom2 pos end | to csv -s '\t' | save sanger_varben.tsv -f
#+end_src
Et télécharger index + index bwa Avec
#+begin_src sh
cd ~/code/exomevalidator
rg chr20 ~/research/bisonex/code/varben/sanger_varben.tsv | save sanger_varben_chr20.tsv -f
#+end_src
Puis
#+begin_src sh
./result/bin/muteditor -r GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -b ~/code/bisonex/out/preprocessing/recalibrated/HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38/HG001-HiSeq4000-Agilentv7-50x-GRCh38.recal-chr20.bam --aligner bwa --alignerIndex GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna -o chr20 -m sanger_varben_chr20.tsv
#+end_src
À noter que l'exécution plante parfois (avec notre version packagée avec
nix seulement ?):
#+begin_example
samtools sort -n -o chr20/tempDir/edit.sortByName.bam chr20/tempDir/edit.bam
[E::bam_read1] CIGAR and query sequence lengths differ for K00141:389:HGNTWBBXX:3:1209:1479:7855
samtools sort: truncated file. Aborting
#+end_example
Ok en relancant...
Puis conversion en fastq (déjà trié apparement)
#+begin_src sh
cd chr20
samtools bam2fq -n -@ 4 -1 chr20-snv_1.fq.gz -2 chr20-snv_2.fq.gz -0 chr20-snv_other.fq.gz -s chr20-snv_singleton.fq.gz edit.sorted.bam
#+end_src
On teste l'appel de variants
rsync -avz chr20-snv_1.fq.gz chr20-snv_2.fq.gz
meso:/Work/Users/apraga/bisonex/test/varben/ Sur meso, faire varben.csv
patient,sample,fastq1,fastq2
varben-sanger,chr20,test/varben/chr20-snv_1.fq.gz,test/varben/chr20-snv_2.fq.gz
nextflow run main.nf -profile standard,helios --genome=GRCh38
--input=varben.csv
On le trouve bien après l'appel de variant :)
bcftools view
work/ff/35fa5353da6da53e6914c1d67f7a79/varben-sanger-chr20-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz
chr20:46043645-46043645
Mais il est filtré sur la profondeur car 25 reads et le seuil est à 30
:( Possible car on utilise des données "faible profondeur" de bai2020
50x
NB: spip plante si entrée vide
Test insertion deletion ok. Test duplication: non fait
**** Erreur avec hardclip
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: erreur-avec-hardclip
:END:
Erreur :
#+begin_src sh
Exception: Cmd Error: samtools sort -n -o na12878-sanger/tempDir/edit.sortByName.bam na12878-sanger/tempDir/edit.bam
#+end_src
D'après https://github.com/nccl-jmli/VarBen/issues/18, il faut enlever
les "hardclip"
#+begin_src sh
cd ../../bisonex/out/preprocessing/recalibrated/2300346867_NA12878-63118093_S260-GRCh38/
samtools view -b -F 0x100 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
#+end_src
Mais pareil... On essaye la seconde suggestion
#+begin_src sh
samtools view -h 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam | awk '$6 !~ /H/{print}' | samtools view -bS - > 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.nohardclip.bam
#+end_src
Ok !
*** Dup inséres aux mauvais endroit
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dup-inséres-aux-mauvais-endroit
:END:
3e version : les bornes sont toujours pos et pos+1 et on supprimer le
premier nucléotide de ALT. Vérification des 4 dup
* Données de synthèse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-de-synthèse
:END:
* Tests /in silico/
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tests-in-silico
:END:
** Insertion de variants dans un patient
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: insertion-de-variants-dans-un-patient
:END:
- ExomeValidator.jl: Notre version en Julia. OK pour SNV, testé sur
variants confirmés en snager
- [[file:varben.md][Varben]]
** Données simulée
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: données-simulée
:END:
- [[file:simuscop][Simuscop]] : On utilise simuscope car gère facilement
l'exome (sinon il faut filtrer après la génération de données de
génome) et rapide.
## Fichiers de configuration
Le fichier définissant les variants doit être séparé par des tabulations.
** Fichiers de configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fichiers-de-configuration
:END:
Le fichier définissant les variants doit être séparé par des
tabulations.
### Variants sangers sur HG001
Fichiers de configurations : reads de 150bp et profondeur de 100 (200 = 11G par fastq alors que notre cible est 3).
*** Variants sangers sur HG001
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: variants-sangers-sur-hg001
:END:
Fichiers de configurations : reads de 150bp et profondeur de 100 (200 =
11G par fastq alors que notre cible est 3).
Le fichier définissant les variants doit être séparé par des tabulations. Il est généré par `~/research/bisonex/code/simuscop/tosimuscop.nu`
Pour les variations: - la position des délétions définit le début de la
délétion exactement et la longueur est le nombre de bases supprimées
(logique...) - l'insertion se fera entre la position définie et celle
d'après (logique aussi)
Pour les variations:
- la position des délétions définit le début de la délétion exactement et la longueur est le nombre de bases supprimées (logique...)
- l'insertion se fera entre la position définie et celle d'après (logique aussi)
F ### Insertion
11 faux négatifs
- 4 "vrais", que des SNVs
- chr10 71741823 : non présent dans bed ?
- chr17 7906605: 3 reads sur 34 dans le BAM donc non logique qu'il ne soit pas détecté
- chr19 42273954 : non présent dans BED ?
- chr21 43426167 : devrait le détecter.
- 7 sur la zygosity: tous SNVS et tous (hormis 1) ont 100% de leur reads porteur de l'allèle alternative... Limite de ce système avec haplotypecaller ?
- chr1 39388062
- chr3 9436861
- chr9 137452819
- chr11 77337387
- chr12 51786689
- chr19 5077400
- chr19 13506173
Études igv
11 faux négatifs - 4 "vrais", que des SNVs - chr10 71741823 : non
présent dans bed ? - chr17 7906605: 3 reads sur 34 dans le BAM donc non
logique qu'il ne soit pas détecté - chr19 42273954 : non présent dans
BED ? - chr21 43426167 : devrait le détecter. - 7 sur la zygosity: tous
SNVS et tous (hormis 1) ont 100% de leur reads porteur de l'allèle
alternative... Limite de ce système avec haplotypecaller ? - chr1
39388062\\
- chr3 9436861 - chr9 137452819\\
- chr11 77337387\\
- chr12 51786689\\
- chr19 5077400 - chr19 13506173
samtools view NA12878-sanger-simuscop-GRCh38.recal.bam chr10:71741823-71741823 chr17:7906605-7906605 chr19:42273954-42273954 chr21:43426167-43426167 -b > simuscop-missed.bam
samtools view 2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam chr10:71741823-71741823 chr17:7906605-7906605 chr19:42273954-42273954 chr21:43426167-43426167 -b > simuscop-missed-ref.bam
Études igv
Région non couverte. On teste les fichier de capture suivant
- hg38_exome_comp_spikein_v2.0.2_targets_sorted.re_annotated.bed
- hg38_exome_v2.0.2_targets_sorted_validated.re_annotated.bed
- Twist_Comprehensive_Exome_Covered_Targets_hg38.bed
- Twist_Exome_Core_Covered_Targets_hg38.bed
- Twist_Exome_RefSeq_targets_hg38.bed
samtools view NA12878-sanger-simuscop-GRCh38.recal.bam
chr10:71741823-71741823 chr17:7906605-7906605 chr19:42273954-42273954
chr21:43426167-43426167 -b > simuscop-missed.bam samtools view
2300346867_63118093-NA12878-GRCh38.recal.bam chr10:71741823-71741823
chr17:7906605-7906605 chr19:42273954-42273954 chr21:43426167-43426167 -b
> simuscop-missed-ref.bam
L'exome core covered ne contient pas (celui qu'on utilise) !! Les autres oui. Il manque
- l'exon 2 de /CIC/ (chr19)
- l'exon 38 de CDH38 (non visible IGV en Refseq)'un gène non connu dans RefSeq
On teste la couverture du BAM pour chacun des BED (voir [configuration](validation/configuration.md): clairement pas le meilleur.
On reste là-dessus vu qu'on n'a pas la specification de Cento.
Région non couverte. On teste les fichier de capture suivant -
hg38_exome_comp_spikein_v2.0.2_targets_sorted.re_annotated.bed -
hg38_exome_v2.0.2_targets_sorted_validated.re_annotated.bed -
Twist_Comprehensive_Exome_Covered_Targets_hg38.bed -
Twist_Exome_Core_Covered_Targets_hg38.bed -
Twist_Exome_RefSeq_targets_hg38.bed
## Notes
La profondeur semble être la profondeur maximale au centre de l'intervalle.
L'exome core covered ne contient pas (celui qu'on utilise) !! Les autres
oui. Il manque - l'exon 2 de /CIC/ (chr19) - l'exon 38 de CDH38 (non
visible IGV en Refseq)'un gène non connu dans RefSeq On teste la
couverture du BAM pour chacun des BED (voir
[[file:validation/configuration.md][configuration]]: clairement pas le
meilleur. On reste là-dessus vu qu'on n'a pas la specification de Cento.
sed '/^#/! s/^/chr/' clinvar_ref.vcf -i.bak
bgzip clinvar_ref.vcf
tabix -p vcf clinvar_ref.vcf.gz
Il manque la colonne GT donc on désactive le sample
rtg vcfeval -b scripts/clinvar/clinvar_ref.vcf.gz -c ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz -t genome/sdf -o clinvar-simuscop --output-mode=annotate --sample ALT
#+begin_example
sed '/^#/! s/^/chr/' clinvar_ref.vcf -i.bak
bgzip clinvar_ref.vcf
tabix -p vcf clinvar_ref.vcf.gz
#+end_example
Résultat : très nombreux avertissements que certaines des zones trop complexes n'ont pas pu être évalée
rtg vcfeval -b scripts/clinvar/clinvar_ref.vcf.gz -c
~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz
-t genome/sdf -o clinvar-simuscop --output-mode=annotate --sample ALT
Threshold True-pos-baseline True-pos-call False-pos False-neg Precision Sensitivity F-measure
----------------------------------------------------------------------------------------------------
None 141609 132069 1306 44081 0.9902 0.7626 0.8616
Résultat : très nombreux avertissements que certaines des zones trop
complexes n'ont pas pu être évalée
Autre test :
bedtools intersect -a clinvar_ref.vcf.gz -b ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz -v | wc -l
42140
Pour
zgrep -v '^#' clinvar_ref.vcf.gz | wc -l
189038
Autre test : bedtools intersect -a clinvar_ref.vcf.gz -b
~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38/NA12878-clinvar-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz
-v | wc -l 42140 Pour zgrep -v '^#' clinvar_ref.vcf.gz | wc -l 189038
../result/bin/simuRead test.config
bwa mem ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna simuscop/test_1.fq simuscop/test_2.fq | samtools sort -o test.sorted.bam -
#+begin_example
../result/bin/simuRead test.config
bwa mem ../GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna simuscop/test_1.fq simuscop/test_2.fq | samtools sort -o test.sorted.bam -
#+end_example
Sur le premier intervalle du bed Twist exome core, simuscop fait une "gaussienne" sur l'exon. Les données Cento ont un trou au milieu de l'exon entre 2 pics...
Sur le premier intervalle du bed Twist exome core, simuscop fait une
"gaussienne" sur l'exon. Les données Cento ont un trou au milieu de
l'exon entre 2 pics...
## Comparaison de variant : sanger sur NA12878
["filter", "haplotypecaller"] | each {|e| rsync -avz $"meso:/Work/Users/apraga/bisonex/run-simuscop/out/call_variant/($e)/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38" $"out/call_variant/($e)/" }
rtg vcfeval -b ~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c ~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz -t genome/sdf -o sanger-simuscop --output-mode=annotate
** Comparaison de variant : sanger sur NA12878
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: comparaison-de-variant-sanger-sur-na12878
:END:
["filter", "haplotypecaller"] | each {|e| rsync -avz
\("meso:/Work/Users/apraga/bisonex/run-simuscop/out/call_variant/(\)e)/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38”
\("out/call_variant/(\)e)/” } rtg vcfeval -b
~/research/bisonex/code/varben/sanger.vcf.gz -c
~/code/bisonex/out/call_variant/haplotypecaller/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38/NA12878-sanger-simuscop-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz
-t genome/sdf -o sanger-simuscop --output-mode=annotate
* Patient synthétique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: patient-synthétique
:END:
# Configuration
## Choix du kit de capture
Dans les compte-rendu, "Twist Human Core Exome Plus"
On utilise la version en ligne https://www.twistbioscience.com/resources/data-files/ngs-human-core-exome-panel-bed-file , qui n'est pas "plus"
Le problème est que cela ne couvre pas un variant rendu et confirmé en Sanger... Plusieurs possibilités
- la version Plus n'est pas disponible en ligne mais la contient -> possible
- le kit a été mis à jour (2021 ?) -> possible
- c'est un problème lié à hg38 -> non, idem en hg19 (et il a l'air lifté du hg38)
* Configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration
:END:
** Choix du kit de capture
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: choix-du-kit-de-capture
:END:
Dans les compte-rendu, "Twist Human Core Exome Plus" On utilise la
version en ligne
https://www.twistbioscience.com/resources/data-files/ngs-human-core-exome-panel-bed-file
, qui n'est pas "plus"
En comparant avec le BAM, il y a clairement des endroits manquants et ce n'est pas le meilleur... En terme de couverture, oui.
Le problème est que cela ne couvre pas un variant rendu et confirmé en
Sanger... Plusieurs possibilités - la version Plus n'est pas disponible
en ligne mais la contient -> possible - le kit a été mis à jour (2021 ?)
-> possible - c'est un problème lié à hg38 -> non, idem en hg19 (et il a
l'air lifté du hg38)
#### Couverture
Source: https://www.twistbioscience.com/resources/technical-resources?twist-pick=-1&products=-1&sub-products=-1&application=411&year=-1
*** Vérification de la qualité
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: vérification-de-la-qualité
:END:
**** Couverture
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: couverture
:END:
Source:
https://www.twistbioscience.com/resources/technical-resources?twist-pick=-1&products=-1&sub-products=-1&application=411&year=-1
Sample Name ≥ 30X Median Mean Cov.
na12878-Twist_Comprehensive_Exome 96.0% 66.0X 69.4X
na12878-Twist_Exome 96.0% 66.0X 69.3X
na12878-Twist_Exome_Core 97.0% 66.0X 69.4X
na12878-hg38_exome_comp_spikein_v2.0 94.0% 65.0X 68.2X
na12878-hg38_exome_v2.0.2 95.0% 65.0X 67.4X
Résultat:
Twist Exome Core a les meilleurs résultats mais il y a des zones qui devraient être couvertes mais qui ne le sont pas.
Sample Name ≥ 30X Median Mean Cov. na12878-Twist_Comprehensive_Exome
96.0% 66.0X 69.4X na12878-Twist_Exome 96.0% 66.0X 69.3X
na12878-Twist_Exome_Core 97.0% 66.0X 69.4X
na12878-hg38_exome_comp_spikein_v2.0 94.0% 65.0X 68.2X
na12878-hg38_exome_v2.0.2 95.0% 65.0X 67.4X
### Par rapport au bam
On utilise [bamtocov](https://github.com/telatin/bamtocov) pour générer un fichier de captuer à partir du bam. (NB: covtobam ne fait pas l'union non plus des intervalles...)
Mais cela donne les couvertures par position alors que covtobed donne l'union des positions >= seuil (pourtant bamtocov est plus récent). On prend le second
*** Par rapport au bam
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: par-rapport-au-bam
:END:
On utilise [[https://github.com/telatin/bamtocov][bamtocov]] pour
générer un fichier de captuer à partir du bam. (NB: covtobam ne fait pas
l'union non plus des intervalles...) Mais cela donne les couvertures par
position alors que covtobed donne l'union des positions >= seuil
(pourtant bamtocov est plus récent). On prend le second
# Réanalyse
## Comment récupérer les gènes récents ?
1. Article d'Alexis : revue manuelle des articles...
2. Via OMIM : on peut réquêter directement sur la date de création ! (Pas besoin de passer par l'API, ni de scraper, d'autant qu'ils bloquent les IPs qui font
a...). Syntaxe : ajouter "*" pour avoir seulement les gènes
date_created:2022/01/01-* entry:*
# Stratégies
Nouvelles entrées d'OMIM https://omim.org/search/advanced/entry
1. soit nouveau gènes (coche "*") : pas de function associée
2. soit nouvelle association sur ancien gènes (cocher "#")
"Download as"
## Phénotypes
Depuis 2021/01/01
https://omim.org/search?index=entry&start=1&search=&sort=score+desc%2C+prefix_sort+desc&limit=10&prefix=%23&date_created_from=2021%2F01%2F01&date_created_to=&date_updated_from=&date_updated_to=
Avec helix on extrait les gènes
```bash
cd ~/research/bisonex/code/reanalaysis
sed 's/\t//g' ~/Downloads/OMIM-Entry-Retrieval.tsv | save phenotypes-2021-01-01.tsv
```
On n'a des résultats que sur une correspondance partielle (\t$GENE)
```nu
open phenotypes-2021-01-01.tsv --raw | from tsv -n | each {|e| rg $"\t($e.column1)" ~/annex/data/bisonex/annotate/full} | str join | save phenotype-result.txt
```
## AFF3
Plusieurs matches pour [AFF3](https://www.omim.org/entry/619297). pLI à 1
Pour analyser tous les variants, on ajoute le nom de fichier pour chaque résultat et le tout est dans un TSV
```nu
open phenotypes-2021-01-01.tsv --raw | from tsv -n | each {|e| rg -H --no-heading $"\t($e.column1)" ~/annex/data/bisonex/annotate/full } | str join | save phenotype-result.tsv -f
```
2 candidats
- VOUS chr2:g.100104415G>A https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577218/browser/ qq scores bioinfo en faveur, clinique colle partiellement (mais non spécifique). Déjà un VOUS sur autre gène
- (*) VOUS- chr2:g.99560401T>C NM_001386135.1:c.3155A>G https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/282096/browser/ -> Clinvar vous, spip élevé mais aucun des autres scores. Clinique lourde, overlap partiel (not. encéphalopathie). Exome rendu nég
Très peu probable
- (*) chr2:g.99707103C>T https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577243/browser/ légère altération splice,. Clinique ne colle pas. Exome neg
- VOUS chr2:g.100006849G>T NM_001386135.1:c.656C>A https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577248/browser/ -> éliminé sur la clinique car diabète + cause génétique retrouvée...
- https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/453600/browser/
- chr2:g.99601569_99601571del https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/115565/browser/
- chr2:g.99601569_99601571del CADD à 18 https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/115565/browser/
- chr2:g.99593527C>T https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577240/browser/
Paul : VOUS- pour les 2
Alexis a vérifié qu'ils sont bien dans les VCFs de centogène.
## Gènes récents
858 nouveaux gènes avec
https://omim.org/search?index=entry&start=1&search=&sort=score+desc%2C+prefix_sort+desc&limit=10&prefix=*&date_created_from=2021%2F01%2F01&date_created_to=&date_updated_from=&date_updated_to=
Pour filter avec seulement les pLI intéressantes
1. nettoyer le fichier omim (header footer) et renommer en OMIM-new-genes.tsv
Puis séparer le nom du gène en une nouvelle colonne
```nu
sd '; ' '\t' OMIM-new-genes.tsv
```
Et rajouter le header gene
2. télécharger scores pLI
```nu
wget https://storage.googleapis.com/gcp-public-data--gnomad/legacy/exac_browser/forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt.gz
gunzip forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt.gz
mv forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.tsv
```
On fait l'intersection en prenant seuls ceux avec pLI > 0.5
```nu
let omim = open OMIM-new-genes.tsv
let pli = open forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.tsv | select gene pLI$omim | join $pli Gene gene | first
$omim | join $pli Gene gene | where pLI > 0.5
```
On a 49 gènes mais pas forcément de clinique associée... On suit plutôt la méthode d'alexis (cf Clinical sypnosis)
Decipher ? pLI différentes de gnomAD car dépend du transcrit
## Clinical synopsis
On cherche tous les synopsis créés après le 1er janvier 2021. Ce ne sont pas forcément des nouveaux gènes ni de nouveaux phénotypes
https://omim.org/search?index=entry&sort=score desc, prefix_sort desc&start=1&limit=200&cs_exists=true&date_created_from=2021/01/01&format=tsv
On utilise un script Rust pour fusionner tous les TSV du pipeline en un seul (voir code/reanalyse/README.md) avec les gènes correspondants :
cargo run --release --bin candidates-phenotypes
Le fichier run_filtered.tsv contient l'intersection. On a 172 entités Omim et environ 3100 varians correspondants.
On filtre par gnomAD exome AF croissant.
Candidats en dominant
- SPEN:
- NM_015001.3:c.10709A>G VOUS 62982227 avec exome neg
- moitié scores bioinfo en faveur, non retrouvé dans gnomAD
- zones relativement intolérante aux missense (decipher), en fin de gène sans hotspot
- clinique : foetus avec malfo cardiaque, colle partielement
- 1 clinvar VOUS
- LMNB2:
- NM_032737.4:c.1634C>T VOUS- ? qq score bionfo, pas de hotspot, clinique colle partiellement sur la DI, exome neg
On suit les conseils d'alexis filtrer si < 1% pour dominant, 5% pour récessif
Pause : on regarde les tronquants en groupant par ID cento pour éviter de faire plusieurs fois le même patient:w
Pas de tronquant intéressant dans SPEN
Problèmes:
- Certains gnomaAD exome AF ont plusieurs valeurs sépares par des virgules
- idem pour CADD PHred
- idem pour spliceai AL AG DL DG
# Démographie
## Clinique
### Extraction
Extraction de la clinique au format HPO depuis les compte-rendus extraits en texte
```checkpipeline -i data -o clinical.csv```
### Nettoyage
1. Nettoyage à la main en découpant les lignes avec des virgules (+ divers)
2. Regarder les données pour corriger les erreurs avec espaces etc :
`open clinical.csv | get Clinical | str downcase | uniq -c | sort-by count`
3. On utilise un script Rust pour comparer les termes à la base de données HPO. Il faut télécharger localement la base et il faut la clinique dans ../data/clinical_nodup.csv.
Pour la base HPO, on va dans ~/code/hpo et il faut avoir téléchargé
data/
├── hp.obo
├── phenotype.hpoa
└── phenotype_to_genes.txt
```bash
cargo run --release --example obo_to_bin data ontology.hpo
cp ontology.hpo ~/research/bisonex/code/hpo
cd /research/bisonex/code/hpo
cabal run --release cleanup
```
Le fichier de sortie est `clinical_corrected.csv` avec une nouvelle colonne correspondant à l'annotation corrigée (`Clinical_corr`).
On regarde ensuite manuellement les termes qui n'ont pas été retrouvés
```nu
open clinical_corrected.csv | where ($it.Clinical_corr | is-empty) | get Clinical | sort | uniq
```
### Catégories
À partir de ../data/clinical_corrected.csv, on va regarder les parents dans la nomenclature HPO qui sont à une distance de 3 de la racine et le résultat est généré dans clinical_main.csv
```bash
cargo run --release --bin clinical_main
```
Puis on regarde les termes les plus courants et les catégories
```nu
open clinical_corrected.csv | get Clinical_corr | uniq -c | sort-by count | to csv
open clinical_main.csv | select major_parent len | sort-by len | to csv
```
### Graphe
Génération d'un fichier pour graphviz (test.dot) partir de clinical_main.csv
```bash
cargo run --release --bin graph
dot -Tsvg test.dot | save test.svg -f
```
### Divers
NB: les dates ont été trouvées avec
`rg "Report date: .*" data/* -o -I | lines | each {|e| $e | str replace "Report date: " "" } | save dates.txt`
et en regardant à la main des dates extrémales
Attention, certains patients sont en double:
```julia
using DataFramesMeta, CSV
d = CSV.read("clinical.csv", DataFrame)
d2 = @by d :Patient :ER :mysum = length(:ER)
ids = : ids = findall(nonunique(@select d2 :Patient))
d2[ids, :]
# 52 Duplicate patients
nrow(unique(d2[ids, :]))
# 911 patients
nrow(unique(@select d :Patient))
```
Si on veut supprimer les doublons, on les a directement. Mais on supprime l'un des doublons au hasard...
```julia
CSV.write("todelete.csv", d2[ids, [:ER]])
```
On enlève "ER " à lmain de ce fichier puis
```
rg -v -f todelete.csv clinical.csv | save clinical_nodup.csv
```
### Résultats
Termes HPO les plus courants (>= 40)
```nu
open ../data/clinical_nodup.csv | get Clinical | uniq -c | sort-by count | where count >= 40 | to csv
```
## Résultats d'exomes
1178 exomes dont 586 négatifs
```nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "patient ID" "genomic (hg38)" | uniq | where "genomic (hg38)" == "negatif" | length
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "patient ID" "genomic (hg38)" | uniq | length 1178
```
1056 patients uniques avec exome
```nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "patient ID" | uniq | length
```
247 données brutes
```nu
ls ~/annex/data/bisonex/call_variant/haplotypecaller/2* | length
```
562 variant uniques:
```nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | where coding != negatif | select "transcript (cento)" conudin g | uniq | length
```
Classification variant (attention, 4 variants en trop, on en enlève 1 partout.): TODO
Type variants
```nu
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ ">" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "del" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "dup" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "ins" | length
```
Zygosity
```nu
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "genomic (hg38)" zygosity | uniq | get zygosity | uniq -c | to csv
```
## Versions
`nix flake show`
git+file:///home/alex/code/bisonex
└───packages
└───x86_64-linux
├───awscli2: package 'awscli2-2.11.20'
├───bcftools: package 'bcftools-1.17'
├───bedtools: package 'bedtools-2.31.0'
├───bwa: package 'bwa-unstable-2022-09-23'
├───default: package 'nextflow-22.10.6'
├───dos2unix: package 'dos2unix-7.4.4'
├───fastqc: package 'fastqc'
├───gatk: package 'gatk-4.4.0.0'
├───hap-py: package 'hap.py'
├───htslib: package 'htslib-1.17'
├───mosdepth: package 'mosdepth-0.3.3'
├───multiqc: package 'multiqc-1.15'
├───picard-tools: package 'picard-tools-3.0.0'
├───python: package 'python3-3.10.12-env'
├───r: package 'R-4.2.3-wrapper'
├───rtg-tools: package 'rtg-tools-3.12.1'
├───samtools: package 'samtools-1.17'
├───spip: package 'spip'
├───sratoolkit: package 'vcftools-0.1.16'
├───vcftools: package 'vcftools-0.1.16'
└───vep: package 'perl5.36.0-ensembl-vep-110'
# Comparaison avec cento
On utilise `code/reanalysis/compare-cento.jl` qui extrait les varians (non négatifs) de `~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv` et les cherche dans les TSV correspnodant à la sortie du pipeline dans `~/annex/data/bisonex/annotate/full/`
```nu
cd code/reanalysis
julia --project=.. compare-to-cento.jl | str join | save compare-to-cento.txt -f
```
153 négatifs
```nu
rg "not in list" compare-to-cento.txt | rg "^6" | wc -l
```
94 retrouvés
```nu
rg -v "not in list" compare-to-cento.txt | rg Found | wc -l
```
Types de variants : 7 del, 4 dup, 1 ins et reste SNV
❯ rg found compare-to-cento.txt -i | rg "del" | wc -l
❯ rg found compare-to-cento.txt -i | rg "dup" | wc -l
❯ rg found compare-to-cento.txt -i | rg "ins" | wc -l
4 échecs
```nu
❯ rg -v "not in list" compare-to-cento.txt | rg FAILED
FAILED to find chr17:g.7884996C>T CHD3
FAILED to find chr10:g.102230760del PITX3
FAILED to find chr15:g.26869324A>T GABRA5
FAILED to find chr11:g.14358800C>A RRAS2
```
"Au total, 4 variants non retrouvés sur 121 positifs, tous VOUS"
NB: Mail 1: erreur : NM_001372044.2:c.3727dup est bien retrouvé alors que dit initialement que non.
- CHD3 : "une horreur à désigner"
- PITX3 : "riche en GC avec un homopolymère de 7G au niveau de la del"
- GABRA5 : "pas particulièremnt difficile"
Pourquoi sont-ils filtrés ? Notre seuil : 30 reads et 10 porteurs
- CHD3: pas assez de reads (22) : `GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:43:507,0,43`
- PITX3 : pas assez de reads avec la variation (8) : attention à la représentation car homopolymère, il est en fait en 102230753 `GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:99:146,0,671`
- GABRA5 : pas assez de reads (15) et pas assez avec variation (6) `GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:103,0,213`
- RRAS2: pas assez de reads mais un seuil à 29 suffirait ! ` GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:310,0,331`
## Profondeur
On extrait les positions et ID avec ~/research/code/bisonex/reanalysis/depth.nu
Les positions au format bed sont convertie en hg19 avec liftover.
Puis on requête les VCF pour avoir la profondeur et les reads porteur avec
` bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %DP [ %AD ]\n' XXX.fboth.pass.vcf.gz chr17:7788314-7788314`
CHROM POS REF ALT DEPTH AD
chr10 103990510 CG C 45 24,8
chr17 7788314 C T 29 5,21
chr15 27114471 A T 78 34,42
chr11 14380346 C A 29 15,14
## Au final
- GABRA5 était du à un FASTQ incomplet : on le retrouve bien en sortie.
- Les 3 autres variants devraient pouvoir être rattrapés en diminuant un peu les filtres
### pIL
1 OTUD5 non
2 FGF13: clinique ne colle qu'à moitié, déjà vu avec paul
3 TFE3 : 3 variants clinvar bénin/probablement bénin
### Clinvar patho
ATTENTION: on a oublié de regarder l'intersection donc beaucoup trop de variants...
Tronquants et omim dominants
- ACAD11 : chr3:g.132659715C>A chez 63037731 non décrit en maladie humaine
- exome neg avec 2 "potential relevant finding". CNOT3 et YY1
- en faveur : tronquant rapporté 1x clinvar et dans région échappant NMD (decipher ?), spip 45%
- en défaveur : pLi = 0, spliceAI normal, pas d'OMIM, Franklin l'annote sur UBA5 et le rend VOUS-
- BTD : VOUS clinvar , exome neg, pLI = 0 63078133, ne correspond pas à la clinique, ne correspond pas à la clinique
Faux-sens
- ACAD11: bof, faux-sens avec prédiction NM_032169.5(ACAD11):c.1129C>T score bioinfo en faveur mais pas de hospot, pas de clinique
## Nouveaux clinical synopsis nettoys
* Réanalyse
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: réanalyse
:END:
** Comment récupérer les gènes récents ?
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: comment-récupérer-les-gènes-récents
:END:
1. Article d'Alexis : revue manuelle des articles...
2. Via OMIM : on peut réquêter directement sur la date de création !
(Pas besoin de passer par l'API, ni de scraper, d'autant qu'ils
bloquent les IPs qui font a...). Syntaxe : ajouter “*” pour avoir
seulement les gènes
date_created:2022/01/01-* entry:*
* Stratégies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: stratégies
:END:
Nouvelles entrées d'OMIM https://omim.org/search/advanced/entry 1. soit
nouveau gènes (coche “*") : pas de function associée 2. soit nouvelle
association sur ancien gènes (cocher"#")"Download as”
** Phénotypes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: phénotypes
:END:
Depuis 2021/01/01
https://omim.org/search?index=entry&start=1&search=&sort=score+desc%2C+prefix_sort+desc&limit=10&prefix=%23&date_created_from=2021%2F01%2F01&date_created_to=&date_updated_from=&date_updated_to=
Avec helix on extrait les gènes
#+begin_src sh
cd ~/research/bisonex/code/reanalaysis
sed 's/\t//g' ~/Downloads/OMIM-Entry-Retrieval.tsv | save phenotypes-2021-01-01.tsv
#+end_src
On n'a des résultats que sur une correspondance partielle (\t$GENE)
#+begin_src nu
open phenotypes-2021-01-01.tsv --raw | from tsv -n | each {|e| rg $"\t($e.column1)" ~/annex/data/bisonex/annotate/full} | str join | save phenotype-result.txt
#+end_src
** AFF3
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aff3
:END:
Plusieurs matches pour [[https://www.omim.org/entry/619297][AFF3]]. pLI
à 1 Pour analyser tous les variants, on ajoute le nom de fichier pour
chaque résultat et le tout est dans un TSV
#+begin_src nu
open phenotypes-2021-01-01.tsv --raw | from tsv -n | each {|e| rg -H --no-heading $"\t($e.column1)" ~/annex/data/bisonex/annotate/full } | str join | save phenotype-result.tsv -f
#+end_src
2 candidats - VOUS chr2:g.100104415G>A
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577218/browser/
qq scores bioinfo en faveur, clinique colle partiellement (mais non
spécifique). Déjà un VOUS sur autre gène - (*) VOUS- chr2:g.99560401T>C
NM_001386135.1:c.3155A>G
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/282096/browser/
-> Clinvar vous, spip élevé mais aucun des autres scores. Clinique
lourde, overlap partiel (not. encéphalopathie). Exome rendu nég
Très peu probable - (*) chr2:g.99707103C>T
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577243/browser/
légère altération splice,. Clinique ne colle pas. Exome neg - VOUS
chr2:g.100006849G>T NM_001386135.1:c.656C>A
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577248/browser/
-> éliminé sur la clinique car diabète + cause génétique retrouvée... -
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/453600/browser/ -
chr2:g.99601569_99601571del
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/115565/browser/ -
chr2:g.99601569_99601571del CADD à 18
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/115565/browser/ -
chr2:g.99593527C>T
https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/api/variant/577240/browser/
Paul : VOUS- pour les 2 Alexis a vérifié qu'ils sont bien dans les VCFs
de centogène.
** Gènes récents
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gènes-récents
:END:
858 nouveaux gènes avec
https://omim.org/search?index=entry&start=1&search=&sort=score+desc%2C+prefix_sort+desc&limit=10&prefix=*&date_created_from=2021%2F01%2F01&date_created_to=&date_updated_from=&date_updated_to=
Pour filter avec seulement les pLI intéressantes 1. nettoyer le fichier
omim (header footer) et renommer en OMIM-new-genes.tsv Puis séparer le
nom du gène en une nouvelle colonne
#+begin_src nu
sd '; ' '\t' OMIM-new-genes.tsv
#+end_src
Et rajouter le header gene 2. télécharger scores pLI
#+begin_src nu
wget https://storage.googleapis.com/gcp-public-data--gnomad/legacy/exac_browser/forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt.gz
gunzip forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt.gz
mv forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.txt forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.tsv
#+end_src
On fait l'intersection en prenant seuls ceux avec pLI > 0.5
#+begin_src nu
let omim = open OMIM-new-genes.tsv
let pli = open forweb_cleaned_exac_r03_march16_z_data_pLI_CNV-final.tsv | select gene pLI$omim | join $pli Gene gene | first
$omim | join $pli Gene gene | where pLI > 0.5
#+end_src
On a 49 gènes mais pas forcément de clinique associée... On suit plutôt
la méthode d'alexis (cf Clinical sypnosis)
Decipher ? pLI différentes de gnomAD car dépend du transcrit
** Clinical synopsis
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinical-synopsis
:END:
On cherche tous les synopsis créés après le 1er janvier 2021. Ce ne sont
pas forcément des nouveaux gènes ni de nouveaux phénotypes
https://omim.org/search?index=entry&sort=score desc, prefix_sort
desc&start=1&limit=200&cs_exists=true&date_created_from=2021/01/01&format=tsv
On utilise un script Rust pour fusionner tous les TSV du pipeline en un
seul (voir code/reanalyse/README.md) avec les gènes correspondants :
#+begin_example
cargo run --release --bin candidates-phenotypes
#+end_example
Le fichier run_filtered.tsv contient l'intersection. On a 172 entités
Omim et environ 3100 varians correspondants.
On filtre par gnomAD exome AF croissant.
Candidats en dominant
- SPEN:
- NM_015001.3:c.10709A>G VOUS 62982227 avec exome neg
- moitié scores bioinfo en faveur, non retrouvé dans gnomAD
- zones relativement intolérante aux missense (decipher), en fin de
gène sans hotspot
- clinique : foetus avec malfo cardiaque, colle partielement
- 1 clinvar VOUS
- LMNB2:
- NM_032737.4:c.1634C>T VOUS- ? qq score bionfo, pas de hotspot,
clinique colle partiellement sur la DI, exome neg
On suit les conseils d'alexis filtrer si < 1% pour dominant, 5% pour
récessif
Pause : on regarde les tronquants en groupant par ID cento pour éviter
de faire plusieurs fois le même patient:w Pas de tronquant intéressant
dans SPEN
Problèmes: - Certains gnomaAD exome AF ont plusieurs valeurs sépares par
des virgules - idem pour CADD PHred - idem pour spliceai AL AG DL DG
* Démographie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démographie
:END:
** Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique
:END:
*** Extraction
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: extraction
:END:
Extraction de la clinique au format HPO depuis les compte-rendus
extraits en texte =checkpipeline -i data -o clinical.csv=
*** Nettoyage
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nettoyage
:END:
1. Nettoyage à la main en découpant les lignes avec des virgules (+
divers)
2. Regarder les données pour corriger les erreurs avec espaces etc :
=open clinical.csv | get Clinical | str downcase | uniq -c | sort-by count=
3. On utilise un script Rust pour comparer les termes à la base de
données HPO. Il faut télécharger localement la base et il faut la
clinique dans ../data/clinical_nodup.csv. Pour la base HPO, on va
dans ~/code/hpo et il faut avoir téléchargé
data/ ├── hp.obo ├── phenotype.hpoa └── phenotype_to_genes.txt
#+begin_src sh
cargo run --release --example obo_to_bin data ontology.hpo
cp ontology.hpo ~/research/bisonex/code/hpo
cd /research/bisonex/code/hpo
cabal run --release cleanup
#+end_src
Le fichier de sortie est =clinical_corrected.csv= avec une nouvelle
colonne correspondant à l'annotation corrigée (=Clinical_corr=).
On regarde ensuite manuellement les termes qui n'ont pas été retrouvés
#+begin_src nu
open clinical_corrected.csv | where ($it.Clinical_corr | is-empty) | get Clinical | sort | uniq
#+end_src
*** Catégories
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: catégories
:END:
À partir de ../data/clinical_corrected.csv, on va regarder les parents
dans la nomenclature HPO qui sont à une distance de 3 de la racine et le
résultat est généré dans clinical_main.csv
#+begin_src sh
cargo run --release --bin clinical_main
#+end_src
Puis on regarde les termes les plus courants et les catégories
#+begin_src nu
open clinical_corrected.csv | get Clinical_corr | uniq -c | sort-by count | to csv
open clinical_main.csv | select major_parent len | sort-by len | to csv
#+end_src
*** Graphe
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: graphe
:END:
Génération d'un fichier pour graphviz (test.dot) partir de
clinical_main.csv
#+begin_src sh
cargo run --release --bin graph
dot -Tsvg test.dot | save test.svg -f
#+end_src
*** Divers
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: divers
:END:
NB: les dates ont été trouvées avec
=rg "Report date: .*" data/* -o -I | lines | each {|e| $e | str replace "Report date: " "" } | save dates.txt=
et en regardant à la main des dates extrémales
Attention, certains patients sont en double:
#+begin_src julia
using DataFramesMeta, CSV
d = CSV.read("clinical.csv", DataFrame)
d2 = @by d :Patient :ER :mysum = length(:ER)
ids = : ids = findall(nonunique(@select d2 :Patient))
d2[ids, :]
# 52 Duplicate patients
nrow(unique(d2[ids, :]))
# 911 patients
nrow(unique(@select d :Patient))
#+end_src
Si on veut supprimer les doublons, on les a directement. Mais on
supprime l'un des doublons au hasard...
#+begin_src julia
CSV.write("todelete.csv", d2[ids, [:ER]])
#+end_src
On enlève "ER" à lmain de ce fichier puis
#+begin_example
rg -v -f todelete.csv clinical.csv | save clinical_nodup.csv
#+end_example
*** Résultats
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résultats
:END:
Termes HPO les plus courants (>= 40)
#+begin_src nu
open ../data/clinical_nodup.csv | get Clinical | uniq -c | sort-by count | where count >= 40 | to csv
#+end_src
** Résultats d'exomes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résultats-dexomes
:END:
1178 exomes dont 586 négatifs
#+begin_src nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "patient ID" "genomic (hg38)" | uniq | where "genomic (hg38)" == "negatif" | length
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "patient ID" "genomic (hg38)" | uniq | length 1178
#+end_src
1056 patients uniques avec exome
#+begin_src nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "patient ID" | uniq | length
#+end_src
247 données brutes
#+begin_src nu
ls ~/annex/data/bisonex/call_variant/haplotypecaller/2* | length
#+end_src
562 variant uniques:
#+begin_src nu
open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | where coding != negatif | select "transcript (cento)" conudin g | uniq | length
#+end_src
Classification variant (attention, 4 variants en trop, on en enlève 1
partout.): TODO
Type variants
#+begin_src nu
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ ">" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "del" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "dup" | length
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | get "genomic (hg38)" | uniq -c | where value =~ "ins" | length
#+end_src
Zygosity
#+begin_src nu
❯ open ~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv | select "genomic (hg38)" zygosity | uniq | get zygosity | uniq -c | to csv
#+end_src
** Versions
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: versions
:END:
=nix flake show= git+file:///home/alex/code/bisonex └───packages
└───x86_64-linux ├───awscli2: package 'awscli2-2.11.20' ├───bcftools:
package 'bcftools-1.17' ├───bedtools: package 'bedtools-2.31.0' ├───bwa:
package 'bwa-unstable-2022-09-23' ├───default: package
'nextflow-22.10.6' ├───dos2unix: package 'dos2unix-7.4.4' ├───fastqc:
package 'fastqc' ├───gatk: package 'gatk-4.4.0.0' ├───hap-py: package
'hap.py' ├───htslib: package 'htslib-1.17' ├───mosdepth: package
'mosdepth-0.3.3' ├───multiqc: package 'multiqc-1.15' ├───picard-tools:
package 'picard-tools-3.0.0' ├───python: package 'python3-3.10.12-env'
├───r: package 'R-4.2.3-wrapper' ├───rtg-tools: package
'rtg-tools-3.12.1' ├───samtools: package 'samtools-1.17' ├───spip:
package 'spip' ├───sratoolkit: package 'vcftools-0.1.16' ├───vcftools:
package 'vcftools-0.1.16' └───vep: package 'perl5.36.0-ensembl-vep-110'
* Comparaison avec cento
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: comparaison-avec-cento
:END:
On utilise =code/reanalysis/compare-cento.jl= qui extrait les varians
(non négatifs) de
=~/annex/data/centogene/variants/variants_centogene_final.csv= et les
cherche dans les TSV correspnodant à la sortie du pipeline dans
=~/annex/data/bisonex/annotate/full/=
#+begin_src nu
cd code/reanalysis
julia --project=.. compare-to-cento.jl | str join | save compare-to-cento.txt -f
#+end_src
153 négatifs
#+begin_src nu
rg "not in list" compare-to-cento.txt | rg "^6" | wc -l
#+end_src
94 retrouvés
#+begin_src nu
rg -v "not in list" compare-to-cento.txt | rg Found | wc -l
#+end_src
Types de variants : 7 del, 4 dup, 1 ins et reste SNV ❯ rg found
compare-to-cento.txt -i | rg "del" | wc -l ❯ rg found
compare-to-cento.txt -i | rg "dup" | wc -l ❯ rg found
compare-to-cento.txt -i | rg "ins" | wc -l
4 échecs
#+begin_src nu
❯ rg -v "not in list" compare-to-cento.txt | rg FAILED
FAILED to find chr17:g.7884996C>T CHD3
FAILED to find chr10:g.102230760del PITX3
FAILED to find chr15:g.26869324A>T GABRA5
FAILED to find chr11:g.14358800C>A RRAS2
#+end_src
"Au total, 4 variants non retrouvés sur 121 positifs, tous VOUS"
NB: Mail 1: erreur : NM_001372044.2:c.3727dup est bien retrouvé alors
que dit initialement que non.
- CHD3 : "une horreur à désigner"
- PITX3 : "riche en GC avec un homopolymère de 7G au niveau de la del"
- GABRA5 : "pas particulièremnt difficile"
Pourquoi sont-ils filtrés ? Notre seuil : 30 reads et 10 porteurs -
CHD3: pas assez de reads (22) :
=GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:43:507,0,43= - PITX3 : pas assez de reads
avec la variation (8) : attention à la représentation car homopolymère,
il est en fait en 102230753 =GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:99:146,0,671= -
GABRA5 : pas assez de reads (15) et pas assez avec variation (6)
=GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:103,0,213= - RRAS2: pas assez de reads
mais un seuil à 29 suffirait !
=GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:310,0,331=
** Profondeur
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: profondeur
:END:
On extrait les positions et ID avec
~/research/code/bisonex/reanalysis/depth.nu Les positions au format bed
sont convertie en hg19 avec liftover. Puis on requête les VCF pour avoir
la profondeur et les reads porteur avec
=bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %DP [ %AD ]\n' XXX.fboth.pass.vcf.gz chr17:7788314-7788314=
CHROM POS REF ALT DEPTH AD chr10 103990510 CG C 45 24,8 chr17 7788314 C
T 29 5,21 chr15 27114471 A T 78 34,42 chr11 14380346 C A 29 15,14
** Au final
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: au-final
:END:
- GABRA5 était du à un FASTQ incomplet : on le retrouve bien en sortie.
- Les 3 autres variants devraient pouvoir être rattrapés en diminuant un
peu les filtres
*** pIL
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pil
:END:
1 OTUD5 non 2 FGF13: clinique ne colle qu'à moitié, déjà vu avec paul 3
TFE3 : 3 variants clinvar bénin/probablement bénin
*** Clinvar patho
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinvar-patho
:END:
ATTENTION: on a oublié de regarder l'intersection donc beaucoup trop de
variants...
Tronquants et omim dominants - ACAD11 : chr3:g.132659715C>A chez
63037731 non décrit en maladie humaine - exome neg avec 2 "potential
relevant finding". CNOT3 et YY1 - en faveur : tronquant rapporté 1x
clinvar et dans région échappant NMD (decipher ?), spip 45% - en
défaveur : pLi = 0, spliceAI normal, pas d'OMIM, Franklin l'annote sur
UBA5 et le rend VOUS- - BTD : VOUS clinvar , exome neg, pLI = 0
63078133, ne correspond pas à la clinique, ne correspond pas à la
clinique
Faux-sens - ACAD11: bof, faux-sens avec prédiction
NM_032169.5(ACAD11):c.1129C>T score bioinfo en faveur mais pas de
hospot, pas de clinique
** Nouveaux clinical synopsis nettoys
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nouveaux-clinical-synopsis-nettoys
:END:
# Performances
* Performances
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: performances
:END:
Statistiques pour tout le pipeline - montrer le timeline report (à
partir du trace report) - regarder execution report
https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html#execution-report
Statistiques pour tout le pipeline
- montrer le timeline report (à partir du trace report)
- regarder execution report https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html#execution-report
** BWA mem
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bwa-mem
:END:
Le plus simple est d'utiliser hyperfine pour lancer des runs successifs
en faisant varier le numbre de threads.
Le plus simple est d'utiliser hyperfine pour lancer des runs successifs en faisant varier le numbre de threads.
#+begin_example
Time (mean ± σ): 13725.110 s ± 42.090 s [User: 13870.522 s, System: 12.543 s]
Range (min … max): 13677.219 s … 13756.226 s 3 runs
#+end_example
Donc un seul run par configuration avec une demande de 32 coeurs et 50G (en prod, 24 coeurs et 50G) de manière décroissante
#SBATCH --job-name="speedup-bwa"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 32 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=50G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="speedup-bwa"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 32 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=50G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix/2.11.0
module load nix/2.11.0
# Requires a working directory by nextflow
cd /Work/Users/apraga/bisonex/work/8c/cf49fd4508404faa6986ca4b211e49
INDEX=`find -L ./ -name "*.amb" | sed 's/\.amb$//'`
# 1 run for each numbers of threads
# JSON output is needed to have the stats for each run
# Don't do all configuration and starts from the more expensive
# Requires a working directory by nextflow
cd /Work/Users/apraga/bisonex/work/8c/cf49fd4508404faa6986ca4b211e49
INDEX=`find -L ./ -name "*.amb" | sed 's/\.amb$//'`
# 1 run for each numbers of threads
# JSON output is needed to have the stats for each run
# Don't do all configuration and starts from the more expensive
hyperfine --export-json hyperfine.json -L threads 32,24,16,8,4,2,1 --runs 1 "bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t {threads} $INDEX k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz"
hyperfine --export-json hyperfine.json -L threads 32,24,16,8,4,2,1 --runs 1 "bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t {threads} $INDEX k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz"
#+end_example
Note : il faut bien avoir le JSON en format de sortie pour avoir le temps de chaque run et pas seulement les statitistiques.
Note : penser à bien remplacer le nombre de threads !
Note : il faut bien avoir le JSON en format de sortie pour avoir le
temps de chaque run et pas seulement les statitistiques. Note : penser à
bien remplacer le nombre de threads !
#+begin_example
Benchmark 1: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 32 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 684.408 s [User: 18007.678 s, System: 115.024 s]
Benchmark 1: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 32 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 684.408 s [User: 18007.678 s, System: 115.024 s]
Benchmark 2: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 24 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 760.921 s [User: 17606.845 s, System: 102.416 s]
Benchmark 3: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 16 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 1115.368 s [User: 17417.684 s, System: 115.360 s]
Benchmark 4: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 8 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 2149.281 s [User: 17083.367 s, System: 91.516 s]
Benchmark 5: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 4 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 4262.605 s [User: 16936.132 s, System: 177.830 s]
Benchmark 6: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 2 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 8313.601 s [User: 16411.816 s, System: 332.537 s]
Benchmark 7: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 1 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 15049.006 s [User: 15075.411 s, System: 134.121 s]
Summary
bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 32 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz ran
1.11 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 24 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
1.63 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 16 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
3.14 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 8 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
6.23 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 4 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
12.15 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 2 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
21.99 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 1 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz## Haplotypecaller
Benchmark 2: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 24 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 760.921 s [User: 17606.845 s, System: 102.416 s]
## Haplotypecaller
Benchmark 3: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 16 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 1115.368 s [User: 17417.684 s, System: 115.360 s]
Pour haplotypecaller, il n'y a plus moyen de spécifier les threads avec la version 4... Est-ce vraiment parallélisé ?
PairHMM au moins est parallélisé avec OpenMP. On teste avec
Benchmark 4: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 8 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 2149.281 s [User: 17083.367 s, System: 91.516 s]
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="speedup-haplo"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 16 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=16G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
Benchmark 5: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 4 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 4262.605 s [User: 16936.132 s, System: 177.830 s]
module load nix/2.11.0
Benchmark 6: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 2 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 8313.601 s [User: 16411.816 s, System: 332.537 s]
cd /Work/Users/apraga/bisonex/work/d4/5b6f4963533a6319c3c67d4731e511
hyperfine --export-json hyperfine-haplo -L threads 12,6,4,2,1 --runs 1 "gatk --java-options \"-Xmx13107M\" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2"
Benchmark 7: bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 1 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
Time (abs ≡): 15049.006 s [User: 15075.411 s, System: 134.121 s]
Summary
bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 32 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz ran
1.11 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 24 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
1.63 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 16 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
3.14 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 8 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
6.23 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 4 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
12.15 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 2 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz
21.99 times faster than bwa mem -R '@RG\tID:sample\tSM:sample\tPL:ILLUMINA\tPM:Miseq\tCN:CHU_Minjoz\tLB:definition_to_add' -t 1 ./bwa/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna k12\:15b90d6813adf03787af0b2b90d708f1.fastq.gz k12\:9c41c3effaeead78e1becee8a49cb0ea.fastq.gz## Haplotypecaller
#+end_example
** Haplotypecaller
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: haplotypecaller
:END:
Pour haplotypecaller, il n'y a plus moyen de spécifier les threads avec
la version 4... Est-ce vraiment parallélisé ? PairHMM au moins est
parallélisé avec OpenMP. On teste avec
#+begin_example
#!/bin/bash -l
# Fichier submission.SBATCH
#SBATCH --job-name="speedup-haplo"
#SBATCH --output=%x.%J.out ## %x=job name, %J=job id
#SBATCH --error=%x.%J.out
# walltime (hh:mm::ss) max is 8 days
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --partition=smp
#SBATCH -c 16 ## request 16 cores (MAX is 32)
#SBATCH --mem=16G ## (MAX is 96G)
#SBATCH --mail-user=apraga@chu-besancon.fr
#SBATCH --mail-type=END,FAIL # notify when job end/fail
module load nix/2.11.0
cd /Work/Users/apraga/bisonex/work/d4/5b6f4963533a6319c3c67d4731e511
hyperfine --export-json hyperfine-haplo -L threads 12,6,4,2,1 --runs 1 "gatk --java-options \"-Xmx13107M\" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2"
#+end_example
#+begin_example
Benchmark 1: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 12)
Time (abs ≡): 14428.832 s [User: 14399.964 s, System: 213.747 s]
Benchmark 1: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 12)
Time (abs ≡): 14428.832 s [User: 14399.964 s, System: 213.747 s]
Benchmark 2: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 6)
Time (abs ≡): 14164.462 s [User: 14128.192 s, System: 198.870 s]
Benchmark 3: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 4)
Time (abs ≡): 14215.604 s [User: 14214.320 s, System: 216.795 s]
Benchmark 4: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 2)
Time (abs ≡): 14308.381 s [User: 14294.416 s, System: 213.043 s]
Benchmark 5: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 1)
Time (abs ≡): 14136.094 s [User: 14064.118 s, System: 175.672 s]
Summary
gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 1) ran
1.00 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 6)
1.01 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 4)
1.01 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 2)
1.02 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 12)# Reproductibilité
Benchmark 2: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 6)
Time (abs ≡): 14164.462 s [User: 14128.192 s, System: 198.870 s]
Benchmark 3: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 4)
Time (abs ≡): 14215.604 s [User: 14214.320 s, System: 216.795 s]
Benchmark 4: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 2)
Time (abs ≡): 14308.381 s [User: 14294.416 s, System: 213.043 s]
Benchmark 5: gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 1)
Time (abs ≡): 14136.094 s [User: 14064.118 s, System: 175.672 s]
Summary
gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 1) ran
1.00 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 6)
1.01 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 4)
1.01 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 2)
1.02 times faster than gatk --java-options "-Xmx13107M" HaplotypeCaller --input HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.recal.bam --output HG001-HiSeq4000-Agilentv7-GRCh38.haplotypecaller.vcf.gz --reference GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna --dbsnp GCF_000001405.40.gz --tmp-dir . --max-mnp-distance 2 (threads = 12)# Reproductibilité
#+end_example
| Logiciels | Version validée |
| --- | --- |
| R | 4.2.3 |
| bwa | unstable |
| rtg-tools | ?s |
| gatk | 4.4.0.0 |
| spip | |
| awscli2 | 2.11.20 |
| fastqc | |
| hap.py | |
| htslib | 1.17 |
| multiqc | 1.15 |
| picard | ? |
| python3 | 3.10.12 |
| zoxide | 0.9.2 |
| bcftools | 1.17 |
| bedtools | 2.31.0 |
| dos2unix | 7.4.4 |
| ensembl | perl5.36.0 + ?
| mosdepth | 0.3.3 |
| nextflow | 22.10.6 |
| samtools | 1.17 |
| spliceai | 1.3.1 |
| vcftools | 0.1.16 |
| ensembl | perl5.36.0 |
| sratoolkit | 2.11.3 |
| Logiciels | Version validée |
|------------+-----------------|
| R | 4.2.3 |
| bwa | unstable |
| rtg-tools | ?s |
| gatk | 4.4.0.0 |
| spip | |
| awscli2 | 2.11.20 |
| fastqc | |
| hap.py | |
| htslib | 1.17 |
| multiqc | 1.15 |
| picard | ? |
| python3 | 3.10.12 |
| zoxide | 0.9.2 |
| bcftools | 1.17 |
| bedtools | 2.31.0 |
| dos2unix | 7.4.4 |
| ensembl | perl5.36.0 + ? |
| mosdepth | 0.3.3 |
| nextflow | 22.10.6 |
| samtools | 1.17 |
| spliceai | 1.3.1 |
| vcftools | 0.1.16 |
| ensembl | perl5.36.0 |
| sratoolkit | 2.11.3 |
[[file:performances.md][Performances]]
[[file:validation.md][Validation]] [[file:insilico.md][Tests in silico]]
* Guix vs nix
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: guix-vs-nix
:END:
Guix plus utilisé en HPC (France). Nix plus populaire ?
* Outils de gestion de workflow
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: outils-de-gestion-de-workflow
:END:
Nextflow, snakemake, CWL = les plus gros. Mais d'autres tentatives -
Guix : guixwl mais échec -> ccwl - Haskell : funflow, ngless - Ocaml :
bistro
* Guix vs nix
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: guix-vs-nix
:END:
Guix plus utilisé en HPC (France). Nix plus populaire ?
* Outils de gestion de workflow
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: outils-de-gestion-de-workflow
:END:
Nextflow, snakemake, CWL = les plus gros. Mais d'autres tentatives -
Guix : guixwl mais échec -> ccwl - Haskell : funflow, ngless - Ocaml :
bistro
Pour recoder en rust xamscissors, il nous manque la position des
réferences sur lequel le read s'aligne si on utilise la library noodles.
Il faudrait recoder dans noodles =get_aligned= de pysam
https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/cdc0ed12fbe2d7633b8fa47534ab2c2547f66b84/pysam/libcalignedsegment.pyx
* Résumé
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résumé
:END:
- [[file:performances.md][Performances]]
- [[file:validation/summary.md][Validation]]
- [[file:validation/configuration.md][Configuration]]
- [[file:validation/real/summary.md][Données réelles]]
- [[file:validation/real/inspiration.md][Inspiration]]
- [[file:validation/real/giab.md][GIAB]]
- [[file:validation/insilico/summary.md][In silico]]
- [[file:validation/insilico/varben.md][Varben]]
- [[file:validation/insilico/simuscop.md][Simuscop]]
- [[file:reanalyse/summary.md][Réanalyse]]
- [[file:reanalyse/demographie.md][Démographie]]
- [[file:reanalyse/compare-cento.md][Comparaison avec cento]]
- [[file:reanalyse/resultat.md][Résultats]]
- [[file:divers.md][Divers]]
** Classical
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: classical
:END:
Albeniz - DONE The music of isaac albeniz Alkan - TODO Organ works:
Vérifier Bruckner - BOTH Corydon Singers - Bruckner Motets Bach - OPS
Bachakademie - TODO Bach 2000 1. TODO Red Retagger avec les fichiers
envoyé : fonctionne avec : metaflac --remove-all-tags (conserve le
vendor_{string}, important) metaflac --import-tags-from=lol.txt
Attention, il faut uneligne vide à la fin, sinon il va manquer le
dernier tag. L'ordre est important. Il faut donc un parser qui
convertisse la re-taggé => message envoyé Vérifier si avec les nouveau
tags on a le meme hash 2. DONE OPS
Bartok - RED Violin concertos, ehnes TODO Orchestral work: upload ?
Boulez - TODO Intégrale: OPS seulement, sera uploadé sur Red Brahms -
RED Marlow - The Motets TODO Intégrale Britten - KILL Concerto piano +
violon Debussy - RED Fischer-Diesktrau - Mélodies RED Rodd - Mélodies
Fauré - DONE Collard - 13 barcarolles DONE La Chapelle du Québec -
Intégrale de la musique sacrée Liszt - DONE Leslie Howard - Complete -
Malher - KILL Ferrier, Walter - Das Lied von der Erder Misc - TODO
Celibidache (OPS?) - DONE Henry Madin - Te Deum pour les victoires de
Louis XV (OPS) - DONE Céline Frisch - Die Quellen Des Jungen Bach
(RED) - DONE Tedi Papavrami - Violon seul - DONE Ledroit - Charpentier -
Orphée, Arias, Sonate à Huite - DONE Véronique Gens - Tragédiennes -
DONE Jonas Kaufman - Romantic arias (OPS) - DONE Hendricks, Sir Davis -
Berlioz - Les Nuits d'été, Britten - - DONE Well-tempered musician KILL
The art of Seiji Ozama - DONE Duchable : Ravel:Concertos, Debussy:
Fantaisie Mendelssohn - DONE Jacques Amade - Préludes et Fugues Mozart -
KILL Mozart intégrale Poulenc - DONE Stutzmann - Montparnasse Schubert -
TODO Masterworks uploader normalement 1. DONE Renommer fichiers 2. TODO
MAJ tags 1. DONE Compositeur On enlève PERFORMER et ajout de COMPOSER
pour tous les flac: fd flac -x metaflac --remove-tag=PERFORMER {} fd
flac -x metaflac --set-tag="COMPOSER=Franz Schubert" {} # Vérification
fd flac -x metaflac --list --block-type=VORBIS_{COMMENT} {} 2. DONE
Artiste par album + album title + discnumber -> CD 27 3. TODO Numéro du
mouvement par track Ok sauf CD27: mettre nom à la main... 3. TODO
Vérifier spectrogram
Tchaikovsky - KILL LSO & Gergiev - 2012 - Tchaikovsky Symphonies 1-3
(WEB) (FLAC) The smithsonian anthology Miles Davis
- RED LISTENED Workin'
- RED Steamin'
- RED Relaxin'
- RED Cookin'
- RED Sketches of Spain
- RED Porgy and Bess
- RED Birth of the Cool
- RED Seven Steps to Heaven and Sorcerer (maybe ESP, too)
- RED A Tribute to Jack Johnson and In a Silent Way
- RED Miles Davis In Europe (1964).
- RED Monk in Newport
- RED My Funny Valentine
#plot
Avantages
- Avec l'interface via Julia, on génère rapidement une figure (plus )
- utile pour les site web
- permet la modification des données
- milieu académique d'une équipe qui travaille sur la visualisation de
données
Inconvénients
- la version "native" n'est pas pratique pour automatiser la création de
graphe
- orienté statistiques donc affichage de fonctions (ex: sinus) possible
mais un peu moins pratique
- impossible pour le moment d'avoir la même légene pour des lignes et
point : [[https://github.com/vega/vega-lite/issues/3797]]
- utilise d3 donc dans le navigateur
- par défaut, les graphes sont très petit
#bioinfo Générer un VCf minimal
#+begin_example
##fileformat=VCFv4.2
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT sample
chr1 8516 rsXXX C T 247.71 . . . .
#+end_example
Remplacer les espaces par des tabs si besoin puis indexer le fichier
pour avoir les contig
#+begin_example
sed 's/\s\+/\t/g' sanger.vcf -i
bgzip sanger.vcf
tabix -p sanger.vcf.gz
bcftools view sanger.vcf.gz
#+end_example
* Backbone
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: backbone
:END:
- tweaknews (30€ pour 1 an en promo black friday) => assez utile pour
érie (Elementary)
- Newdemon (10€ pour 6mois en promo black friday) => eu utile ?
* Indexer
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: indexer
:END:
- NZBgeek (5€ pour 6 mois) => plutôt utile NZBplanet (10€ pour 1 an) =>
eu utile pour le moment
- DrunkenSlug (version gratuite) => limité 10 / our mais complète bien
- Dognzb : redondant avec drunkenslug ? Cher à 20€ mois
- nzb.su : ont le monde diplomatique mais
* Logiciels
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: logiciels
:END:
- [[NZBget]]
- nzbhydra2 = aggrégateur. Attention à bien le sécuriser pour certains
sites privés...
- sonarr pour séries
- radarr pour films
- bazarr pour sous-titres
#encoding #haskell
* UTF8 et Bytestring en Haskell
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utf8-et-bytestring-en-haskell
:END:
(From @Melissa on discord #haskell-beginners)
Un =Text= (et String) correspondent à une séquence de /codepoint/
unicode. Ils sont des nombres avec une propriété. Par exemple U+0065 est
=e= (LATIN SMALL LETTER e). Le problème est qu'un fichier ne contient
que des octets. Il faut donc les traduire, ce sont des encodages.
UTF-8 est le plus populaire. Il a pour propriété que tous les caractères
ASCII tiennent sur un octets qui est exactement leur représentation
ASCII. Pour les autres, ils peuvent prendre plusieurs octets. Par
exemple, =é= correspond à 195 162 (donc 2 octets).
* Écrire des caractères sous Linux
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: écrire-des-caractères-sous-linux
:END:
Activer ibus et définir un raccourci dans "Emoji" -> "Unicode set
point". Ex: Ctrl-Shift-U Puis l'utiliser et taper 2245 (pour U+2245) et
faire "espace". On aura un signe approximatif.
#typography
Alternative à latex en beta début 2024 mais avec un client en ligne
fonctionnel. Attention, pas plus de 100 fichiers dans la version
gratuite. Pas encore de version payant en mars 2024
* Astuces
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: astuces
:END:
Découper un document en plusieurs fichier
#+begin_src typst
#include "lol.typ"
#+end_src
Par contre, ce n'est pas du preprocessing. Donc si on veut définir des
variables, il faut les mettre dans un fichier template.typ and faire
#+begin_src typst
#import "template.typ": *
#+end_src
Définir un style global
#+begin_src typst
#set figure(kind: table)
#+end_src
Pour les packages, il faut pra contre définir des fonctions
#+begin_src typst
#let cooltable = tablex.with(stroke: red)
#+end_src
* Librairies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: librairies
:END:
- Cetz: alternative à tikz
- fletcher : utilisé pendant la thèse pour des flowchart. Assez pratique
Stratégie
- git-annex pour les disque durs locaux (voir
[[file:Git-annex.md][Discussion sur git-annex]] )
- sauvegarde avec restic sur google drive/mega (voir
[[file:Restic%20vs%20Borg][restic vs borg]])
- Attention, pour que restic prennent les symlink dans la sauvegarde, on
fait plusieurs dépoots
| Repo | Taille (Gb) | Archivage /annex oui oui oui oui | laptop:~/annex oui oui oui oui | raspberry:/media/annex oui oui oui oui | Sauvegarde drive | Mega |
NB: hubic n'existe plus.
** Maintenance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: maintenance
:END:
Dans chaque dossier
#+begin_src nu
rsync -avz raspberry:Downloads/torrents private/
cd public ; git annex sync --content ; cd ..
cd private ; git annex sync --content ; cd ..
cd data ; git annex sync --content ; cd ..
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-private)
restic -r rclone:gdrive:restic-private backup private
restic -r rclone:mega:restic-private backup private
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-public)
restic -r rclone:gdrive:restic-public backup public
restic -r rclone:mega:restic-public backup public
#+end_src
** Configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration
:END:
*** Papers
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: papers
:END:
#+begin_src sh
cd papers
git init
git annex init
git annex add
git annex initremote github-lfs type=git-lfs url=git@github.com:apraga/papers.git encryption=none
git lfs track "*.pdf"
git annex sync --content
#+end_src
Note: les articles sont sur sourcehut aussi mais sans lfs.
*** Configuration des remote avec rclone (public + private)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration-des-remote-avec-rclone-public-private
:END:
Installer
[[https://github.com/git-annex-remote-rclone/git-annex-remote-rclone]]
(copier exécutable dans $PATH)
#+begin_src sh
cd public
git init
git annex init
git annex add
#+end_src
Suivre les indications pour ajouter un remote nommé mega de type Mega
(29)
#+begin_src sh
rclone config
rclone lsd mega:
#+end_src
Créer un remote megaremote qui pointe vers le remote mega dans rclone.
Pas d'encryption:
#+begin_src sh
git annex initremote megaremote type=external externaltype=rclone target=mega prefix=annex-public chunk=50MiB encryption=none rclone_layout=lower
#+end_src
Pour googledrive, il faut un client id et un client secret selon les
consignes ici : [[https://rclone.org/drive/#making-your-own-client-id]].
On encrypte mais avec la clé dans le dépôt git donc ne pas mettre les
dépôts n'importe où !
#+begin_src sh
git annex initremote gdriveremote type=external externaltype=rclone target=gdrive prefix=annex-private chunk=50MiB encryption=shared rclone_layout=lower
#+end_src
*** Archivage local
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: archivage-local
:END:
Pour /annex (ZFS pool)
#+begin_src sh
cd /annex
doas git clone ~/annex/private
doas git clone ~/annex/public
doas git clone ~/annex/data
doas git clone ~/annex/papers
doas chown -R alex private public/ papers/ data
cd private; git annex init
cd data ; git annex init ; cd ...
cd papers ; git annex init
#+end_src
Puis on ajoute les remote dans ~/annex
#+begin_src sh
cd ~/annex
git remote add zfs /annex/private
cd data ; git remote add zfs /annex/data; cd ..
cd private ; git remote add zfs /annex/private; cd ..
cd public ; git remote add zfs /annex/public; cd ..
cd papers ; git remote add zfs /annex/papers; cd ..
#+end_src
On synchronize avec
#+begin_example
cd private
git annex sync --content
#+end_example
Ne pas oublier de le faire dans l'autre sens !
#+begin_src sh
cd /annex/public
git annex add remote ~/annex/public
git annex sync --content
#+end_src
Idem pour private, data
*** Sauvegarde restic sur google drive et mega
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: sauvegarde-restic-sur-google-drive-et-mega
:END:
Cf configuration rclone puis
#+begin_src nu
cd ~/annex
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-private)
restic -r rclone:gdrive:restic-private init
restic -r rclone:mega:restic-private init
restic -r rclone:gdrive:restic-private backup private
restic -r rclone:mega:restic-private backup private
$env.RESTIC_PASSWORD = (pass show Backup/restic-public)
restic -r rclone:gdrive:restic-public init
restic -r rclone:mega:restic-public init
restic -r rclone:gdrive:restic-public backup public
restic -r rclone:mega:restic-public backup public
#+end_src
** Mots de passe
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mots-de-passe
:END:
Stratégie : une partie est gérée par Pass mais on utilise maintenant
proton
* Configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration-1
:END:
** Gentoo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gentoo
:END:
Un dépôt git pour /etc/portage
** Freebsd
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: freebsd
:END:
Voir [[Configuration freebsd]]
* Développer un package
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: développer-un-package
:END:
** Test
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: test
:END:
cargo test cargo clippy cargo test
* Restic vs borg
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: restic-vs-borg
:END:
[[https://www.reddit.com/r/BorgBackup/comments/v3bwfg/why_should_i_switch_from_restic_to_borg/][Comparaison]]
Pas un audito mais le
[[https://words.filippo.io/restic-cryptography/][créateur de la
librairie crypto a regardé rapidement]]
Notes :
- restic supporte facilement les remote rclone !
- borg utilise plus de place
- borg est plus mature
#python
* Démarrer un projet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarrer-un-projet
:END:
- [[file:Environnement%20Python%20avec%20nix.md][Nix]] # Charger un
script
#+begin_src python
exec(open("test.py").read())
#+end_src
#rust #dataframes Ajouter "strings" dans les features pour pouvoir
utiliser .str() sur un colonne...
#plot
Conclusion: makie pour le moment
- [[file:Gnuplot.md][Gnuplot]]
- [[file:Makie.md][Makie]]
- [[file:Vega-lite.md][Vega-lite]]
#gentoo Pourquoi ? Mieux que pulseaudio. 1. Suivre le guide sur
gentoo 2. Pour changer l'entrée
❯ pactl get-default-sink alsa_output.pci-0000_00_1b.0.iec958-stereo
❯ pactl list short sinks 49 alsa_output.pci-0000_01_00.1.hdmi-stereo
PipeWire s32le 2ch 48000Hz SUSPENDED 50
alsa_output.pci-0000_00_1b.0.iec958-stereo PipeWire s32le 2ch 48000Hz
SUSPENDED
❯ pactl set-default-sink 49 ❯ pactl get-default-sink
alsa_output.pci-0000_01_00.1.hdmi-stereo
Augmenter le volume pactl set-sink-volume [cite/t:@DEFAULT_SINK]@ +5%
#medecine #embauche # Questions oral
- Inscrit en P1 ? Retrait admin
- Qu'avez-vous retenu de votre doctorat ?
- Et la bio informatique ?
- Qu'est-ce qui vous a intéressé dans le contact avec le patient ?
- Cette "enquête" sur le patients, vous l'avez déjà eu dans vos études ?
- Donc vous abandonnez les mathématiques et la rigueur pour
l'irrationalité ?
- Quelle spé ?
- Plutôt des questions pour comprendre. Jury bienveillant, plutôt
attentif. Certains souriants
#nix #bisonex Dépendences non présentes nix (mais peuvent être
désactivées avec --skip_assembly) - fermi2: facile, se compile juste
avec make - ropebwt2: idem compile facilement Autres dépendences -
python3 (=> 3.8) - cython - pysam - Numpy.
#nix #bisonex Semble très compliqué. Installable depuis docker ou script
ubuntu Il faut bazel et tensorflow...
- dépendences :
https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/run-prereq.sh
- puis https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.6.1/build-prereq.sh
#emacs # Bibliographie annotée
3 possibilités d'avoir une bibliographie annotée
** Avec citar:
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: avec-citar
:END:
Il faut un fichier bibtex contenant les citations. Lorsqu'on insère une
citation, on peut créer une note (dans citar-notes-paths) pour cet
article avec "entrée" S'il y a un asticle correspondant dans
citar-library-paths, on peut également l'ouvrir. Exemple
#+begin_src org
\* Research1
- [cite:@saffari2001] Best review
- [cite:@adang200] First review
#+end_src
Inconvénient: pour chercher les notes, il faut un fichier org qui
regroupe les citations par catégories.
Configuration
#+begin_src lisp
(after! citar
(setq! citar-bibliography '("~/roam/research/biblio.bib" "~/roam/research/bisonex/thesis/biblio.bib")
citar-library-paths '("~/papers/bisonex")
citar-notes-paths '("~/roam/research/references")
citar-org-roam-subdir "~/roam/research/references/")))
#+end_src
Dans le fichier, il faut
#+begin_src org
,#+bibliography: memoire.bib
#+end_src
** Org-mode tangle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-mode-tangle
:END:
Voir
[[https://cachestocaches.com/2020/3/org-mode-annotated-bibliography/]]
** Org-mode directement avec org-bibtex
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-mode-directement-avec-org-bibtex
:END:
On récupère le bibtex avec notre function. Puis il faut couper le bloc
bibtex (d% avec evil) et le transformer en entrée "org-mode" avec
org-bibtex-yank Il faut exporter le tout en bibtex avec org-bibtex
+: formattage org-mode
* Dired
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dired
:END:
( pour voir les détails ) pour voir les infos git
* Latex export
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: latex-export
:END:
Utiliser :booktabs t pour avoir des jolies tableaux. Apparement, il
suffit de rajouter le package dans les header
#+begin_src org
,#+latex_header: \usepackage{booktabs}
,#+ATTR_LATEX: :booktabs t
| Disease | Gene | Onset | Symptoms | MRI |
|---------+------+-------+----------+-----|
| lol | | | | |
#+end_src
[[id:ed20c9d9-423f-4430-8eb8-d22b3ba14980][Org-mode]]
* Utilisation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utilisation
:END:
Lister nom de colonnes
#+begin_example
open lol.csv | columns
#+end_example
* Intégration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: intégration
:END:
** Emacs et tramp
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: emacs-et-tramp
:END:
Pour forcer tramp à utiliser bash
#+begin_example
SHELL="/bin/bash" ~/.emacs.d/bin/doom env
#+end_example
** Python avec virtual env
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: python-avec-virtual-env
:END:
Installer virtualenv, exemple avec `emerge virtualenv` puis
#+begin_example
virtualenv myenv
overlay use myenv/bin/activate.nu
pip install osmnx
#+end_example
* Exemples de scripts
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: exemples-de-scripts
:END:
** Pandoc sur une liste de fichier
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pandoc-sur-une-liste-de-fichier
:END:
org -> markdown
#+begin_src nu
ls *.org | each {|e| pandoc $e.name -o $"($e.name | path parse | get stem).md"}
#+end_src
** Lister tous les IDs des csv et faire l'intersection avec les ID des pdfs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: lister-tous-les-ids-des-csv-et-faire-lintersection-avec-les-id-des-pdfs
:END:
#+begin_src nu
ls excel = (ls S:genetique\commun\Centogene_variants\excel | get name | path basename | path parse | get stem | parse "{id}_{s}" | get id)
let patho = (open patho.csv | get id)
$excel | append $patho | uniq -d
#+end_src
** Génerer une liste de fastq en les groupant par nom de dossier
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: génerer-une-liste-de-fastq-en-les-groupant-par-nom-de-dossier
:END:
List all fastq, then generate a column containing the file and dirname.
Groupy by directory, extract record values input a table. Filter folders
with less than 2 files. Concatenante the files and save the result into
a txt file (.csv does not work)
#+begin_src sh
ls fastq/*/*.fastq.gz | select name | insert dir { $in.name | path dirname } | group-by dir | values | where ($in | length) > 1 | each { $in.name | str join ',' } | save input.txt
#+end_src
Version plus évoluée:
#+begin_src sh
def annotate [] { insert dir { $in.name | path dirname | path basename } | insert file { $in.name | path basename } | insert id { $in.name | patientID }}
def patientID [] { path basename | split row '_R' | first }
def toCSV [d] { $d.name | insert 0 ($d.dir | first) | insert 1 ($d.id | first) | str join ',' }
ls fastq/*/*.fastq.gz | select name | annotate | group-by dir | values | where ($in | length) > 1 | each { toCSV $in } | save -f input.txt
#+end_src
Générer une liste de tâches à partir d'un alphabet et d'un index
#+begin_example
seq char E Z | enumerate | each {|it| t add pro:seedbox.seedhost $"Ajouter ancient torrents ($it.item)" $"wait:+($it.index + 1)d" $"sched:+($it.index + 1)d" }
#+end_example
1. <https://nixpk.gs/pr-tracker.html?pr=188777>
2. <https://status.nixos.org/>
3. Simply clicking on a commit on GitHub shows branches and tags
containing that commit.
1. [[https://nixpk.gs/pr-tracker.html?pr=188777]]
2. [[https://status.nixos.org/]]
3. Simply clicking on a commit on GitHub shows branches and tags
containing that commit.
#nix
- [[NixOS]]
** Configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration
:END:
- Activer les flakes (experimental) ! Meilleure expérience utilisateur
### WSL2 changer /nix/store Pour accéder à un lecteur US:, rajouter
dans /etc/fstabl
#+begin_src sh
E: /mnt/e drvfs defaults,uid=1000,gid=1000,metadata 0 0
#+end_src
=metadata= est important car cela nous permet de changer les permissions
! Puis
#+begin_src sh
mount --bind /mnt/e/nix /nix
#+end_src
** Utilisation (nix profile)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utilisation-nix-profile
:END:
Chercher et installer un programme
#+begin_src sh
nix profile search nixpkgs#zoxide
nix profile install nixpkgs#zoxide
#+end_src
NB: Avec nushell, Il faut parfois mettre des guillemets, ex:
#+begin_src sh
nix profile install "nixpkgs#cabal-install"
#+end_src
Tout supprimer
#+begin_src sh
nix profile remove '.*'
#+end_src
*** Améliorer la recherche de paquets
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: améliorer-la-recherche-de-paquets
:END:
=nix-env= est lent. =nix search= avec les flakes ne fonctionne pas bien
pour certains packages (récursif mais certains paquets désactivent
l'évalution). Meilleures solution : - search.nixos.org - =nix-index= :
installer puis =nix-indx= puis chercher par nom de ficher. Ex:
=nix-locate bin/R=
** Développer un package
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: développer-un-package
:END:
- Le hash peut être calculé avec
=nix-prefetch-url --unpack https://...tar.gz=. Ou bien, ne pas mettre
de hash et copier le résultat de l'erreur ! ### Débugger Voir
[[file:Débugger%20un%20paquet%20nix.md][Débugger un paquet nix]] ###
Installer une seule dérivation nix-shell -p 'with import {};
callPackage pkgs/GenomeRef.nix {}' Ne pas oublier {} ### Ajout d'un
patch
#+begin_src nix
nixpkgs.overlays = [
# Patch to avoid out-of-memory errors in nix
(final: prev: {
nix = prev.nix.overrideAttrs (old: {
patches = (old.patches or []) ++ [./0001-don-t-read-outputs-into-memory-for-output-rewriting.patch ];
});
})
] ;
#+end_src
* Avertissements
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: avertissements
:END:
Ne jamais modifier les fichiers dans /nix/store # Langage -
[[file:Environnement%20Python%20avec%20nix.md][Python avec nix]] -
[[file:Environnement%20Haskell%20avec%20Nix.md][Haskell avec Nix]] -
[[file:Environnement%20R%20avec%20Nix.md][R avec Nix]] ## Vérifier les
dépendences à l'exécution
Il faut les mettre dans propagatedBuildInputs (buildInputs ne suffit
pas). On vérifie avec :
#+begin_src sh
$ nix-instantiate -E "with import <nixpkgs> {}; callPackage pkgs/hap-py.nix {}"
/nix/store/scbx1aiadh24qwwjhskp7jdqngsm31x7-hap.py.drv
$ nix-store -r /nix/store/scbx1aiadh24qwwjhskp7jdqngsm31x7-hap.py.drv
(...installation...)
/nix/store/kgxqmk7jdi91jwbrj4qz5q5c4qhh8qzb-hap.py
$ nix-store -q --references /nix/store/kgxqmk7jdi91jwbrj4qz5q5c4qhh8qzb-hap.py
#+end_src
Si le program en a besoin, wrapper le programme en rajoutant dans
nativeBuildInputs makeWrapper :
#+begin_src sh
nativeBuildInputs = [ pkgs.makeWrapper ];
postBuild = with lib; with pkgs; ''
wrapProgram $out/bin/test.sh\
--prefix PATH : ${makeBinPath [ bcftools samtools]}
'';
}
#+end_src
* Aide
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: aide
:END:
** Paquet non trouvé "attribute is missing"
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paquet-non-trouvé-attribute-is-missing
:END:
Ex: nix-shell -p rPackages.BSgenome_{HsapiensUCSChs1} error: attribute
'BSgenome_{HsapiensUCSChs1}' missing
1. Mettre à jour le channel
2. Sinon attention à la différence entre le channel de l'utiliser et du
root. Par défaut, le channel de l'utilisateur n'est pas utilisé sauf
si la configuration utilise <stable>. Le channel par défaut est
nixpkgs (sinon nixos) !!
** Linux
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: linux
:END:
[[https://wiki.archlinux.org/index.php/NZBGet][Voir ici pour
installation]] En pratique, ça ne marche pas avec systemd. On fait donc
un home pour l'utiliser nzbget, qui va contenir la configuration et les
fichiers. Le fichier systemd contiendra donc
ExecStart=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -D
ExecStop=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -Q
ExecReload=/usr/bin/nzbget -c /home/nzbget/nzbget.conf -O
Mettre "media" comme group au lieu de nzbget (cf Permissions)
Le service est activé au démarrage de l'ordinateur
#maths #mathsappl
** Systèmes linéaires
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: systèmes-linéaires
:END:
\[Ax = b\] Pour des systèmes pleins, méthodes directes.
*** Décomposition LU
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: décomposition-lu
:END:
Si A est inversible, on peut appliquer le pivot de Gauss pour avoir une
décomposition \(A = LU\) , L triangulaire inférieure U triangulaire
supérieure Cout total en \(O(\frac{2}{3}n^3)\).\\
/Attention:/ Si le pivot est trop petit, les approximations numériques
peuvent donner de résultats faux. Pivot partiel : on choisit la ligne de
coefficient maximal.
*** Méthode de Cholesky
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-cholesky
:END:
Si la matrice A est symétrique définie positive, elle peut se mettre
sous la forme \(T T^t\) avec T triangulaire inférieure. Cout total en
\(O(\frac{1}{3}n^3)\). Si le système est creux, méthodes itératives. On
décompose \(A=M-N\) : \[M x_{k+1} = N x_k + b\]
*** Méthode de Jacobi
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-jacobi
:END:
\(M=D\) et \(N=A-D\) où D est la diagonale de A.\\
Converge ssi à diagonale strictement dominante (\(a_{ii} > 0\)) Peu
utilisée.
*** Méthode de Gauss-Seidel
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-gauss-seidel
:END:
\(M=D+L\) et \(N=-U\) où D est la diagonale de A, L triangulaire
inférieure, U triangulaire supérieure. Peu utilisée.
*** Méthode SOR
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-sor
:END:
Gauss-Seidel avec un paramètre de relaxation \(\omega\).\\
\(M=\frac{1}{\omega}D+L\) et \(N=\frac{1-\omega}{\omega}D-U\)\\
Si A est symétrique, définie positive, convergence ssi
\(\omega \in [0,2]\)
** Fonctions non linéaires
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: fonctions-non-linéaires
:END:
*** Méthode de Newton
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-newton
:END:
Permet de trouver les racines de \(f(x)=0\)
\[x_{k+1} = x_k-Df^{-1}(x_k) f(x_k)\] Convergence quadratique mais
calcul de la jacobienne couteux.
*** Méthode de Broyden
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-broyden
:END:
Quasi newton : on approche la jacobienne par
\[J_n(x_n-x_{n-1}) = F(x_n)-F(x_{n-1})\] Peut être sous déterminé.
D'autres méthodes de calcul de \(J_n\) existent.
** Méthodes d'optimisations
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthodes-doptimisations
:END:
Les deux premières méthodes avec le gradient s'appliquent pour des
fonctions \(C^1\). Le gradient conjugué s'utilise pour des fonctions
\(C^2\).
*** Gradient à pas constant
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gradient-à-pas-constant
:END:
\(x_{k+1} = x_k - \rho \nabla f(x_k)\) avec \(\rho > 0\) fixé.\\
Peu utilisée à cause d'instabilités numériques.
*** Méthode de plus grande descente
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: méthode-de-plus-grande-descente
:END:
\[x_{k+1} = x_k - \rho_k \nabla f(x_k)\] \(\rho_k\) est adapté à chaque
étape en minimisant \[\phi(\rho)=f(x_k - \rho_k \nabla f(x_k))\] Si f
est convexe, on peut utiliser la méthode de Newton pour résoudre
\(\phi'(\rho)=0\). On peut aussi procédér par dichotomie : sur
\([a,b]\), f doit être unimodale[^1] Convergence linéaire.
*** Gradient conjugué
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gradient-conjugué
:END:
Pour une fonction quadratique \(f(x)=\frac{1}{2} x^t A x - x^t b\).\\
Soit \(r k=Ax_k-b\). Itération : \(x_{k+1}=x_k-\rho_k \omega_k\) avec
\[\left\{
\begin{array}{l}
\omega_k =r_k+\theta_k \omega_{k-1} \text{ et }
\theta_k=\frac{||r_k||_2^2}{||r_{k-1}||_2^2}\\
\rho_k =\frac{||r_k||_2^2}{w_k^t A w^k}
\end{array}
\right.\]
* EDP
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: edp
:END:
** EDP linéaires d'ordre 1
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: edp-linéaires-dordre-1
:END:
On veut résoudre \[\nabla \phi(X)\cdot F(x)+g(X)\phi(X) = h(X)\] Les
caractéristiques sont données par \[\frac{dX}{ds}=F(X)\] Sur les
caractéristiques, cela revient à résoudre une EDP d'ordre 1
\[\frac{d \phi(X(s))}{ds}=-g(X(s)) \phi(X(s)) + h(X(s))\]
** EDP linéaires d'ordre 2
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: edp-linéaires-dordre-2
:END:
\[a(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial x^2}+
b(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial x \partial y}+
c(x,y) \frac{\partial^2 u}{\partial y^2}+
f(x,y,\frac{\partial u}{\partial x}, \frac{\partial u}{\partial y})=0\]
On fait une discussion sur le type d'EDP sur un domaine D.
*** Cas hyperbolique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cas-hyperbolique
:END:
Si \(b^2-4ac > 0\), on fait un changement de coordonnées pour avoir 2
équations de transports : \[\left\{
\begin{array}{l}
2a \xi_x+(b-\sqrt{b^2-4ac}) \xi_x = 0\\
2a \eta_x+(b-\sqrt{b^2-4ac}) \eta_x = 0\\
\end{array}
\right.\]
Forme canonique :
\[\frac{\partial^2 v}{\partial \xi \partial \eta}=G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})\]
*** Cas parabolique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cas-parabolique
:END:
Si \(b^2-4ac = 0\), on fait un changement de coordonnées pour avoir 2
équations de transports : \[\left\{
\begin{array}{l}
2a \xi_x+ b \xi_x=0\\
\eta \text{ est choisi tel que } \phi \text{ est un } C^2 \text{-diff\'eomorphisme}
\end{array}
\right.\]
Forme canonique : \[\frac{\partial^2 v}{\partial \eta^2}=G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})\]
*** Cas elliptique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cas-elliptique
:END:
Forme canonique : \[\frac{\partial^2 v}{\partial \xi^2}
+\frac{\partial^2 v}{\partial \eta^2}+G(\xi,\eta,v,
\frac{\partial v}{\partial \xi},\frac{\partial v}{\partial \eta})=0\]
A COMPLETER
** Schémas numériques
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: schémas-numériques
:END:
*** Consistance, convergence, stabilité
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: consistance-convergence-stabilité
:END:
Discrétisation : \(u_{n+1}=C(\Delta t,\Delta x) u_n\)\\
Consistance d'un schéma : caractérise l'erreur de troncature.
\[\lim_{(\Delta t,\Delta x)\rightarrow 0}
\sup_{t_n} ||\frac{u(t_n+\Delta t)-C(\Delta t,\Delta x)u(t_n)}{\Delta t}||=0\]
Schéma d'ordre r en espace et q en temps
\[\sup_{t_n} ||u(t_n+\Delta t)-C(\Delta t,\Delta x)u(t_n)||=
O(|\Delta t|^{q+1}+
|\Delta t| |\Delta x |^r)\] Stabilité d'un schéma : Il existe une
constante \(K_T\) telle que
\(\forall \Delta x, \Delta t, n \Delta t \le T\)
\[|| C(\Delta t,\Delta x)^n|| \le K_T\] Convergence d'un schéma :
L'écart entre la solution approchée et la solution exacte tend vers 0
quand le pas de discrétisation tend vers 0.\\
Théorême de Lax : soit un schéma consistant. Alors il est convergent ssi
il est stable.\\
Analyse de von Neumann : prendre la transformée de Fourier
\[\hat{U}^{n+1}(\lambda)=G(\Delta x, \Delta t, 2\pi \lambda) \hat{U}^n\]
Stabilité : Il existe une constante \(K_T\) telle que
\(\forall \Delta x, k, \Delta t, n \Delta t \le T\)
\[|| G(\Delta t,\Delta x,k)^n|| \le K_T\] Soit \(\lambda_i\) les valeurs
propres de G.\\
Théoreme de von Neumann :\\
CN de stabilité \[\sup_k \max_i |\lambda_i| \le 1+O(|\Delta t|)\] Si G
est normale, c'est une CNS.
*** Types de schémas
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: types-de-schémas
:END:
Exemple de l'équation de transport.
**** Schéma euler explicite décentré
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: schéma-euler-explicite-décentré
:END:
Aval :
\[\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +c \frac{u_j^n- u_{j-1}^n}{\Delta x}=0\]
Ordre 1 en espace et 1 en temps pour l'équation de transport.\\
Toujours instable\\
Amont : Stable si \(c \frac{\Delta x}{\Delta t} \le 1\)
**** Schéma euler explicite centré
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: schéma-euler-explicite-centré
:END:
\[\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +
c \frac{u_{j+1}^n- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}=0\] Ordre 2 en espace et 1 en
temps pour l'équation de transport.\\
Instable si \(\frac{\Delta x}{\Delta t}\) reste constant.
**** Schéma de Lax Wendrof
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: schéma-de-lax-wendrof
:END:
\[\frac{u_j^{n+1}- u_j^n}{\Delta t} +
c \frac{u_{j+1}^n- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}-
\frac{c^2}{2}\frac{\Delta t}{\Delta x^2}
\frac{u_{j+1}^n+2 u_j- u_{j-1}^n}{2 \Delta x}=0\] Ordre 2 en temps et en
espace.\\
Stable si \(|c| \frac{\Delta x}{\Delta t} \le 1\)
#plot
Avantages
- avec algebraofgraphics, on a une grammaire pour les visulation + la
puissance de calcula
- makie est très puissant, notamment pour la disposition
- légendes possibles avec latex
Inconvénients
- temps pour la première figure encore long avec 1.9 (10s ?)
- algebraofgraphics est encore expérimental avec certaines visualisation
non disponibles (ex: histogramme horizontal : voir
[[https://github.com/MakieOrg/AlgebraOfGraphics.jl/issues/355]] =
attente modification make)
- makie est assez bas-inveau
À utiliser avec dataframesmeta
* Tester un paquet localement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tester-un-paquet-localement
:END:
#+begin_example
julia> ]
(@v1.9) pkg> develop /home/alex/code/XAMScissors.jl
#+end_example
Puis il suffit d'utiliser le paquet. En cas de changement, la
precompilation sera refait à chaque fois
#+begin_example
julia> using XAMScissors
#+end_example
* Librairies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: librairies
:END:
** DataFramesMeta
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dataframesmeta
:END:
Supprimer une liste de colonnes
#+begin_src julia
@select d $(Not([:"Stade d'avancement analyse", :"Mnémo analyse", :"Unité", :"Anomalie"]))
#+end_src
Filtrer selon des valeurs dans une liste
#+begin_src julia
@subset d (in.(:"Code analyse", Ref(["GMQKIT", "GMQDAT", "GMQDOS", "GMQRAT"]))
#+end_src
Négation
#+begin_src julia
@subset d .!(in.(:"Code analyse", Ref(["GMQKIT", "GMQDAT", "GMQDOS", "GMQRAT"])))
#+end_src
#embauche
* CNRS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: cnrs
:END:
Regarder dates. Grilles prédéfinies mais dépendent peu du candidat.
Montrer qu'on coche toutes les cases. On a une chance face aux candidats
locaux. Ne pas contacter l'équipe (?)
** IR inria (concours externe, SED)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ir-inria-concours-externe-sed
:END:
Examen écrit. Sur projet pendant 5 ans puis changement d'équipe.
Contacter l'équipe
** IR université
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ir-université
:END:
Site spécialise. Mieux payé mais pas de mobilité. Contacter l'équipe
# Démarrer un projet
## Nix
[Environnement Haskell avec Nix](Environnement%20Haskell%20avec%20Nix.md)
## Script en un seul fichier (cabal)
* Démarrer un projet
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarrer-un-projet
:END:
** Nix
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nix
:END:
[[file:Environnement%20Haskell%20avec%20Nix.md][Environnement Haskell
avec Nix]] ## Script en un seul fichier (cabal)
## Data analysis : Frames
### Minimal example
``` haskell
* Librairies
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: librairies
:END:
** Data analysis : Frames
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: data-analysis-frames
:END:
*** Minimal example
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: minimal-example
:END:
#+begin_src haskell
### Lire des fichiers tsv
{-# LANGUAGE DataKinds, FlexibleContexts, QuasiQuotes, TemplateHaskell, TypeApplications, OverloadedStrings #-}
module Main where
import qualified Control.Foldl as L
import qualified Data.Foldable as F
import Frames
import Frames.TH (rowGen, RowGen(..))
import qualified Control.Foldl as L
import qualified Data.Foldable as F
import Frames
import Frames.TH (rowGen, RowGen(..))
tableTypes' (rowGen "ml-100k/u.user")
{ rowTypeName = "U2"
, columnNames = ["index", "age", "sex", "job", "id"]
, separator = "\t"}
tableTypes' (rowGen "ml-100k/u.user")
{ rowTypeName = "U2"
, columnNames = ["index", "age", "sex", "job", "id"]
, separator = "\t"}
Pour se connecter à une base existante, il faut connaître le type de colonnes (avec \`.schema\`). Puis définir un type.
*Important* on n'a pas besoin de remplir les types de toutes les
colonnes. Seulement celles qui nous intéressent !! Exemple: pour
org-roam, on regarde la table files
**Important** on n\'a pas besoin de remplir les types de toutes les colonnes. Seulement celles qui nous intéressent !! Exemple: pour org-roam, on regarde la table files
``` sql
#+begin_src sql
- Navigateur : ajouter le certificat
- Mise à jour gentoo , merge
- yt-dlp
=yt-dlp https://www.youtube.com/watch?v=Uqvt985SI0A --legacy-server-connect --no-check-certificates=
** Git clone
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: git-clone
:END:
Pour pouvoir faire des git clone, crééer le fichier suivant pour activer
"usafe legacy renegociation" (ne marche pas toujours)
#+begin_src ~/.unsafe-ssl-hnfc.cnf
openssl_conf = openssl_init
[openssl_init]
ssl_conf = ssl_sect
[ssl_sect]
system_default = system_default_sect
[system_default_sect]
Options = UnsafeLegacyRenegotiation
#+end_src
puis
#+begin_example
$env.OPENSSL_CONF = /home/alex/.unsafe-ssl-hnfc.cnf
#+end_example
Note: il y a régulièrement des erreurs de transfert...
#plot
Avantages
- cross-platform
- rapide
- adapté au format multi-colonnes (et non au format "stacked" avec une
colonne pour le type et une pour la valeur)
Inconvénient
- moche par défaut (mais ok avec une peu de customization)
- ne fait pas de transformation de données
- syntaxe peu lisible
- peu adapté aux variables par catégories (voir
[[https://stackoverflow.com/questions/77385452/scatter-plot-with-3-categorical-variables-in-gnuplot]])
* Julia
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: julia
:END:
Avantages
- avec algebraofgraphics, on a une grammaire pour les visulation + la
puissance de calcula
- makie est très puissant, notamment pour la disposition
- légendes possibles avec latex
Inconvénients
- temps pour la première figure encore long avec 1.9 (10s ?)
- algebraofgraphics est encore expérimental avec certaines visualisation
non disponibles (ex: histogramme horizontal : voir
[[https://github.com/MakieOrg/AlgebraOfGraphics.jl/issues/355]] =
attente modification make)
- makie est assez bas-inveau
À utiliser avec dataframesmeta
Inconvénients pour la sauvegarde
- très très lent pour de multiples fichiers sur google drive/mega (> 6h
pour copier la moitié de public)
- archive mais ne fait pas de vraies sauvegardes
- on ne peut pas accéder directement au fichier depuis le cloud (a
minima, il faut le lien, qui pourrait être sur un dépôt git)
- encryption=hybrid ne marche pas
#bibliographie
On a initialement utilisé [[file:Bibliographie%20avec%20emacs.md][emacs
avec citar]] Avec le changement à helix, on utilise
[[file:Bibliographie%20avec%20papis.md][papis]]
* Synchronisation des pdfs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: synchronisation-des-pdfs
:END:
On utilise git-annex. Il faut
- git-annex
- git-lfs
- git-lfs
- rclone
** Configuration
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: configuration
:END:
*** Google drive
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: google-drive
:END:
- Create a rclone google drive remote
- Copy the executable git-annex-remote-rclone here into $PATH
[[https://github.com/DanielDent/git-annex-remote-rclone]]
- Add a remote
#+begin_src sh
git annex initremote gdrive type=external externaltype=rclone target=gdrive encryption=shared
#+end_src
*** Git LFS
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: git-lfs
:END:
- Create a git repo and set it up for git-lfs (apraga/papers)
[[https://git-lfs.github.com/]]
- Add a remote
#+begin_src sh
git annex initremote lfstest type=git-lfs url=git@github.com:apraga/papers.git encryption=none
#+end_src
** Utilisation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utilisation
:END:
#+begin_src sh
git-annex init
git-annex enableremote lfs
git-annex enableremote gdrive
git-annex sync --content
#+end_src
Synchronisation: =git annex sync --content= Copier les données depuis un
remote
#+begin_src sh
git annex get . --from gdrive
git annex copy . --to lfs
#+end_src
Développer des ebuilds : [[file:Gentoo%20packaging.md][Gentoo
packaging]]
* Astuces
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: astuces
:END:
** Wiki
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wiki
:END:
[[https://wiki.gentoo.org/index.php?title=User:Alexdarcy/Buku][Créer une
page sur son espace personnal]] puis "move" pour la publier
** Police
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: police
:END:
Inspiration:
http://kev009.com/wp/2009/12/getting-beautiful-fonts-in-gentoo-linux/
J'ai juste utilisé eselect fontconfig + la configuration recommandée
** Portage avec git
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: portage-avec-git
:END:
/etc/portage/repos.conf/gentoo.conf [DEFAULT] main-repo = gentoo
[gentoo] location = /var/db/repos/gentoo sync-type = git sync-uri =
https://github.com/gentoo-mirror/gentoo auto-sync = yes sync-depth = 1
** #gentoo #packaging
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: gentoo-packaging
:END:
* Guru
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: guru
:END:
Tester avec =pkgcheck scan= Commiter avec =git commit -S -m "lol"=
#conference
* Contact
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: contact
:END:
- Matthiew Croughan: nix enthusiasts
- Freek van Hemert (mairix: freekvh) PhD, worked at Philips, now started
his own company for bioinformatics
- ?? (mairix: zolfa ?) : PhD in biophysics in Institut Curie
- Dominic Mills-Howells (DMills27) : nix enthousiast, left academia,
"specializs in nix, haskell, rust, python"
- Nicola Brisotto : interested in bioinformatics
*** Daniel Firth
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: daniel-firth
:END:
- Contact après présentation FOSDEM Travaille sur Haskell en journée,
intéressé pour contribuer en Haskell en bioinformatique
- mise à jour des paquets bioinformatique sur hackage pour compiler
avec dernière version GHC via Horizon Haskell (équivalent en nix de
stack) [1] https://horizon-haskell.net [2]
https://gitlab.horizon-haskell.net/package-sets/horizon-biohaskell
- Cherche à contribuer à des projets
- Présentation nextflow, nf-core, bionix Haskell : recommande Zuriach
(conf informelle ) 2024. https://zfoh.ch/zurihac202,
https://www.novadiscovery.com/ utilise haskell,
https://github.com/BioHaskell/hPDB format PDB (protein data bank)
- ngless : syntaxe pour définir un workflow
- Suggestions de projets
- remplacement hap.py (intéressé)
- nouveau format de fichier ?
- nouveau site/BDD ?
- Moyennement interessé pour FOSDEM2025 bioinfo (va déjà présenter dans
chambre haskell)
- Contact : Matrix
*** Simon Tournier
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: simon-tournier
:END:
Ingénieur de recherche en bioinformatique côté recherche. Travaille avec
Guix. Contact par mail :
#+begin_example
Au cas où tu serais passé à côté, du côté de Guix, il y a eu cette tentative : https://guixwl.org/
L'idée était de mettre Guix au coeur et d'écrire au dessus un langage de "workflow". Cela fonctionne mais difficile de lutter contre Snakemake, CWL, etc.
Du coup, il y a une autre direction : https://hpc.guix.info/blog/2022/01/ccwl-for-concise-and-painless-cwl-workflows/
Et Bistro (OCaml) ou Funflow (Haskell) sont aussi des approches intéressantes.
Puis il y a des patches pour avoir Guix comme gestionnaire de paquets dans Snakemake (à la place de Conda).
Pour finir, je pense que le plus viable est la génération d'image Docker (ou Singularity) avec Guix ou Nix. Avec Guix, c'est "guix pack -f docker'. Autrement dit, toute la partie "environnement logiciel" et sa reproductibilité (et surtout tracabilité) est gérée par Guix.
#+end_example
Contact: mail
#éditeur
* Astuces
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: astuces
:END:
** Evil
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: evil
:END:
Sortir du mode "insert" en bepo : "gq" après un espace (important )
** Accent issues when pasting from clipboard (Windows)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: accent-issues-when-pasting-from-clipboard-windows
:END:
C-x RET x (set-selection-coding-system) and choose utf-16-le
** Jump to and from function definition
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: jump-to-and-from-function-definition
:END:
M-. (xref-pop-marker-stack): jump to definition M-?
(xref-find-references): find all occurences M-, (xref-find-definitions):
q
** Override completion
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: override-completion
:END:
C-j pour ne pas utiliser le premier résultat
* SSH, FTP, sudo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ssh-ftp-sudo
:END:
=SPC f f= then
#+begin_src sh
/protocol:user@host:/file.txt
#+end_src
For SSH (with an alias)
#+begin_src sh
/ssh:myalias:
#+end_src
Without an alias
#+begin_src sh
/ssh:john@myhost:/home/john/
#+end_src
** With fish shell
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: with-fish-shell
:END:
ssh can hang so I follewed
[[https://github.com/oh-my-fish/theme-bobthefish/issues/148][this
advice]] ) and set in ~/.config/fish/fish.config
#+begin_example
if test "$TERM" = "dumb"
exec sh
end
#+end_example
For faster access, set a bookmark to the folder <3 Otherwise it's a bit
annoying to type
* Eshell
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: eshell
:END:
C-c M-b pour completer un buffer (utile pour redirection)
#+begin_example
rga "test" lol.pdf >
#+end_example
* Grep + sed
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: grep-sed
:END:
Search and edit with ripgrep directly in the result !
1. search with ripgrep, for example with `SPC s p`
2. Put the results in a buffer with `C-c C-o` (`ivy-occur`)
3. Edit the buffer with `i` (`ivy-wgrep-change-to-wgrep`)
* Calc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: calc
:END:
Embedded-mode : évalue formule sous le curseur
* Mail with mbsync
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: mail-with-mbsync
:END:
! Got several "duplicate ID" after using a systemd service. It's due to
moving files (my version of archiving) and the naming scheme. We must
use the "alternate" naming scheme to avoid duplicates. Seems to work NB:
we should explain with gmail
Mbsync is really faster when fetching mails the first time.Afterwards,
I'm not sure the gain is worth it
* Écrire en japonais
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: post-config-en-jap-sur-emacs
:END:
mozc is too slow in doom emacs => activate japanese instead
* Torrents with emacs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: torrents-with-emacs
:END:
** What works
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: what-works
:END:
Nginx + URL
#+begin_example
server {
listen 8000;
server_name localhost;
access_log /var/log/nginx/rtorrent_access.log;
error_log /var/log/nginx/rtorrent_error.log;
location /RPC2 {
root /torrents;
# auth_basic "Restricted";
# auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
scgi_pass 127.0.0.1:5000;
# scgi_pass unix:/torrents/rtorrent.sock;
include scgi_params;
}
#+end_example
And for rtorrent
#+begin_example
network.scgi.open_port = 127.0.0.1:5000
#+end_example
And in emacs
#+begin_example
(setq mentor-rtorrent-external-rpc "http://127.0.0.1:8000/RPC2")
#+end_example
** More secure : with a socket
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: more-secure-with-a-socket
:END:
We create a group to be able to write the socket
#+begin_example
sudo groupadd rtorrent-socket
sudo gpasswd -a alex rtorrent-socket
sudo gpasswd -a nginx rtorrent-socket
sudo chown -R nginx:rtorrent-socket /torrents/
sudo chmod 775 -R /torrents/
su - alex # To be able to start
#+end_example
Rtorrent : hack we need to change both ownership and permissions +
daemon mode
#+begin_example
# For use with emacs with the mentor package
network.scgi.open_local = /torrents/rtorrent.sock
# Change ownership to propergroup
schedule2 = scgi_permission1, 0, 0, "execute.nothrow=chown,alex:rtorrent-socket,/torrents/rtorrent.sock"
# Make SCGI socket group-writable and secure
schedule2 = scgi_permission2, 2, 0, "execute.nothrow=chmod,770,/torrents/rtorrent.sock"
system.daemon.set = true
#+end_example
Emacs
#+begin_example
(setq mentor-rtorrent-external-rpc "/torrents/rtorrent.sock")
#+end_example
Update : it seems to work without nginx with a socket ??
* Org mode
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-mode
:END:
** Wrap selection into an org-block
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: wrap-selection-into-an-org-block
:END:
org-insert-structure-template C-c C-, s
** Latex :
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: latex
:END:
Bibliography: Ajouter dans le header
#+begin_src org
,#+bibliography: memoire.bib
#+end_src
Glossaries: Avec latexmk, il faut une configuration spéciale dans
.latexmkrc
#+begin_src sh
add_cus_dep( 'acn', 'acr', 0, 'makeglossaries' );
add_cus_dep( 'glo', 'gls', 0, 'makeglossaries' );
$clean_ext .= " acr acn alg glo gls glg";
sub makeglossaries {
my ($base_name, $path) = fileparse( $_[0] );
my @args = ( "-q", "-d", $path, $base_name );
if ($silent) { unshift @args, "-q"; }
return system "makeglossaries", "-d", $path, $base_name;
}
#+end_src
** lulatex
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: utiliser-lulatex
:END:
; lualatex preview (setq org-latex-pdf-process '("lualatex -shell-escape
-interaction nonstopmode %f" "lualatex -shell-escape -interaction
nonstopmode %f")) (Attention à l'ordrer)
** Org-roam
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-roam
:END:
Transformer un titre en noeud SPC m I ou org-id-create
Gérer plusieurs dossiers (privé + public)
1. Plusieurs dossier avec .dirs.el (cf documentation officielle)
2. Faire des liens symbolique dans un dossier =roam= et utiliser des
tags + des capture pour chaque
* Haskell
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: haskell
:END:
Mode mal documenté (avec lsp) C-c C-l pour charger code dans ghci C-c
C-z si on perd le popup
* Misc
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: misc
:END:
yas-describe-tables to see snippets
* Presentation
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: presentation
:END:
** org mode -> beamer
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-mode---beamer
:END:
** org-mode -> reveal.js
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: org-mode---reveal.js
:END:
#+begin_example
REVEAL_TRANS
,#+OPTIONS: toc:nil
,#+OPTIONS: reveal_width:2100 reveal_height:1000
,#+REVEAL_TRANS: nil
\****** TODO DP 1
\****** DP1
\****** homme de 54 ans, tabagique au long cours et hypertendu depuis 12 ans (traitement par inhibiteur calcique), consulte
\****** n médecin traitant pour un épisode isolé d'hématurie macroscopique totale, sans caillot. Il a pour autre antécédent une
\****** pendicectomie dans l'enfance. L'hémogramme est le suivant : Hb 10,4 g/dL (VGM 78 µm3), GB 8 G/L, plaquettes 247
#+end_example
Puis SPC m e v b
* Tramp
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: tramp
:END:
SSH + sudo : /[[ssh:you@remotehost%7Cdoas]]:: ou
/[[ssh:you@remotehost%7Csudo]]::
Sauvegarder session :
[[https://emacs.stackexchange.com/questions/26560/bookmarking-remote-directories-trampsudo]]
(add-to-list 'tramp-default-proxies-alist '("\\`mydomain\\'"
"\\`root\\'" "/sshx:user@%h:"))
** Difficulté avec projectile
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: difficulté-avec-projectile
:END:
Il faut les executabs sur la machirne distance (fd et rg) Pour nix, on
peut éditer le bashrc distant et ajouter
#+begin_src lisp
(after! tramp
(add-to-list 'tramp-remote-path 'tramp-own-remote-path))
#+end_src
En cas de couleur "intempestive", on peut forcer fd à ne pas utiliser de
couleurs:
(setq projectile-git-fd-args "-0 -H --color=never --type file --exclude
.git --strip-cwd-prefix")
Puis vider le cache avec SPC p i
* Useful shortcuts (doom emacs)
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: 57421762-b8ef-46dd-9145-5152551b81c3
:END:
- SPC c d jump to definition
- C-o to go back after jumping
- C-x C-q in dired to edit the buffer as text <3
* Useful shortcut (vanilla emacs )
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: useful-shortcut-vanilla-emacs
:END:
- C-x z to repeat last command, then z (like vim ".")
Not so useful
- C-x right/left arrow to switch buffer (I'm not really using it)
* Post sur facebook messenger inside emacs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: post-sur-facebook-messenger-inside-emacs
:END:
Requirements
- bitlbee
- erc
- bitlbee-facebook
Config
#+begin_src lisp
;; ---- ERC
;; A helper function to auto-start bitlbee
(defun bitlbee-start ()
(interactive)
(erc :server "localhost" :port 6667 :nick "alex" :password "sharingan"))
;; Here we start ERC at boot, with the password here for minimal coding
(use-package! erc
;; Bitlbee by default
:commands (bitlbee-start)
:config
;; Autojoin must be done inside bitlbee directly
(setq erc-hide-list '("JOIN" "PART" "QUIT" "NICK"))
)
#+end_src
LISP
Result
M-x bitlbee-start start bitlbee. You need to follow these instuctions
[[https://wiki.bitlbee.org/HowtoFacebookMQTT]] > account add facebook
<email> <password> > account facebook on > fbjoin facebook <index>
<channel> The index is given either by fbchats facebook or must be
copying manually from facebook
If you want to autojoin a channel, it must be done in bitlbee direcly
channel blabla set auto_{join} true NB the config file are most likely
in /var/lib/bitlbee/$USER.xml
* IRC
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: irc
:END:
Doom-emacs utilise circe, à démarrer avec ==irc= (et non circe)
* Emacs et EDITOR
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: emacs-et-editor
:END:
EDITOR="emacsclient -c" Ne pas utiliser l'option -n
#nix
** 1. Démarrer un shell.
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarrer-un-shell.
:END:
*** Nixpkgs
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: nixpkgs
:END:
#+begin_src sh
cd nixpkgs
mkdir lol
cd lol
nix-shell ../ -A kent
#+end_src
*** Paquet local
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: paquet-local
:END:
Sans flakes
#+begin_src sh
nix-shell -E 'with import <nixpkgs> {}; callPackage ./default.nix {}'
#+end_src
Avec Flakes
#+begin_src sh
nix develop .#my-package
#+end_src
** 2. Débug
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: débug
:END:
Le plus simple est d'utiliser genericBuild avec les différentes phases,
exemple :
#+begin_src sh
phases="checkPhase installPhase" genericBuild
#+end_src
Liste des phases : unpackPhase patchPhase configurePhase buildPhase
checkPhase installPhase fixupPhase installCheckPhase distPhase Puis
#+begin_src nix
$ export out=~/tmpdev/bc-build/out
$ source $stdenv/setup
$ genericBuild
#+end_src
Pour faire une seule phase
#+begin_src nix
phases="buildPhase checkPhase" genericBuild
#+end_src
NB: on peut faire aussi
#+begin_src nix
[nix-shell]$ eval ${unpackPhase:-unpackPhase}
[nix-shell]$ cd source
[nix-shell]$ eval ${configurePhase:-configurePhase}
[nix-shell]$ eval ${buildPhase:-buildPhase}
#+end_src
** Ressources
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: ressources
:END:
- [[https://nixos.wiki/wiki/Nixpkgs/Create_and_debug_packages][Source]]
- [[https://nixos.wiki/wiki/Packaging/Tutorial]]
- [[[#nixpkgs][nixpkgs]]]
# /boot/loader.conf
kern.geom.label.gptid.enable=\"0\" opensolaris~load~`"YES"
openzfs_{load}`{.verbatim}\"YES\" vboxdrv~load~=\"YES\"
hw.usb.no~bootwait~=1
* /boot/loader.conf
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: bootloader.conf
:END:
kern.geom.label.gptid.enable="0"
opensolaris_{load}="YES" openzfs_{load}="YES" vboxdrv_{load}="YES"
#bibliographie #cli
[[https://gist.github.com/avonmoll/e435f0e478fbdc6c1eee7557b221a7e2][Guide]]
Pour ajouter un article, il vaut mieux utiliser le DOI que l'url (éviter
des problèmes sur le type d'article et de ne pas avoir la date )
Ajouter un pdf et un DOI
#+begin_src sh
papis add ~/Downloads/vcfeval.pdf --from doi 10.1101/023754
#+end_src
Pour vérifier avant l'export bibtex
#+begin_src sh
papis doctor --explain --check bibtex-type <QUERY>
#+end_src
Exporter en bibtex
#+begin_src sh
papis export --all --format bibtex project:pterodactyl-migration > bibliography.bib
#+end_src
Voir la citation au format bibtex pour l'entrée "guix"
#+begin_example
papis list --format '{doc[ref]}' guix
#+end_example
#emacs #bibliographie
Note: on utilise maintenant papis en ligne de commande. Sauvegardé pour
raisons historiques.
On utilise citar - définir
#+begin_src lisp
(setq citar-library-paths \'(\"\~/papers/bisonex\"))
#+end_src
Pour ouvrir les pdfs, citar-open-files va les ouvrir s'ils sont només
$key.pdf.
Pour annotater la bibliographie, on a testé un seul fichier org-mode,
[[http://www.cachestocaches.com/2020/3/org-mode-annotated-bibliography/][comme
ceci]] Le fichier .bib est généré avec =org-tangle=
Dans un second temps, org-roam + citar. =SPC m @= permet - de créer une
note org-roam - d'ouvrir le pdf (s'il est dans citar-library-paths et
nommé $key.pdf)
#bisonex #articles # JOSS Objectifs: - fournir dépendences de sarek
/constit/ - fournir données de réference humaine (génome, dbsnp) avec
scidataflow
** Dépendences dans nix
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: dépendences-dans-nix
:END:
- [ ] Aligneur
- [X] (BWA-mem/mem2 : déjà disponibles)
- [X] (Sentieon : payant)
- [ ] Dragmap : PR soumis
- [X] mosdepth
- [ ] Appel de variants (constit !)
- [X] (CNVkit : déjà disponible)
- [ ] [[Packaging DeepVariant]]
- [X] (freebayes : déjà disponible)
- [X] GATK HaplotypeCaller: fait
- [X] (Manta : déjà disponible)
- [X] (mpileup : déjà disponible dans samtools
- [X] (Sentieon Haplotyper : payant)
- [X] (Strelka2 : déjà disponible)
- [ ] [[Packaging TIDDIT]]
- [ ] Annotation
- [X] (snpeff : déjà disponible)
- [ ] vep : PR soumiss
- [ ] multiqc
#cli ## Astuces Pour se connecter en SSH:
#+begin_src sh
wget https://raw.githubusercontent.com/alacritty/alacritty/master/extra/alacritty.info && tic -xe alacritty,alacritty-direct alacritty.info && rm alacritty.info
#+end_src
Trouvé sur [[https://github.com/alacritty/alacritty/issues/2838]] Sinon
TERM=xterm ssh ...