#+title:      Rétrotranscription de transcrits (GRIPS)
#+date:       [2024-07-25 Thu 09:29]
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#+identifier: 20240725T092957

GRIPS = Retrocopy insertion polymorphism

définition: insertion d'ADN médiée par ARN messager
Le gène rétrotranscrit est fonctionnellement actif (contraiment au pseudogène)

On le voit avec des reads qui sont sur l'exon d'un autre chromosome avec l'autre extrémité du paired-end sur des zones communes (en blue ci-dessous)
Image:
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2013-14-3-r22

Source : https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2013-14-3-r22

* Y penser si
Pendant l'interprétation, on soupçone ça si il y a une poly-Tail (plein d'adénosine) avec des BLAT sur des intervalles énormes

[[http://172.25.219.90:8080/help/mroc/faq/slides/PasAPas_grips.pdf][Exemple]] : ARN messager de KYAT3 (chr1) inséré sur le chormosome 6
 - augmentation de la profondeur sur les exons d'un gènes
 - soft-clip aux jonction introns/exons
 - le dernier exon s'aligne à la foir sur le chrome 1 (+ queue poly-A) et sur le chromosome 6