#+title:      Appel de variants
#+date:       [2024-07-25 Thu 09:22]
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#+identifier: 20240725T092233

- SNV et petits indel <= 50bp : haplotypecaller
  - taille des indel : haplotypecaller semble monter jusque 108bp ?
  - +genotypevcf = appel par groupe après hapolytpecaller
- [[denote:20240725T092255][Délétion et duplications 50pb-21kb]]
- [[denote:20240725T092541][Gains et pertes > 21kb]]
- [[denote:20240725T092901][Variants structurels]]

- STR : [[denote:20240725T093303][ExpansionHunter]]
[[denote:20240725T092157][Limites appel de variant]]