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:ROAM_REFS: @syberg2022pseudofinder
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#+title: Syberg-Olsen, Mitchell J and Garber, Arkadiy I and Keeling, Patrick J and McCutcheon, John P and Husnik, Filip :: Pseudofinder: detection of pseudogenes in prokaryotic genomes

Bactéries et archées ici
Très peu de pseudogène mais il en existe

En générale, annotation
- manuelle
- ou script maison
- pou pipeline (PGAP en 2016, DFAST en 2018) -> utilisép our annotation fonctionnelle

  Outils récents
  - génome de mammifère (20): le plus récent et Alsve 2020 avec un outil en ligne mais non accesible le <2024-06-24 lun.>
  - pour les prokaryotic, plusieurs outils : plus récent = PEPPAN (Zhou  2020) mais fait ud pangénoème. Et apparement ils ne sont pas open-source, fait pour du pangénome ou les paramètres ne sont pas modifable

Algorithme: annotation d'un génome en comparaison avec une base de donnée de protéine ou un génome "proche"

Validation:
- génération aléatoire de pseudogène dans un génome de Shigella flexneri
- comparaison avec PGAP et DFAST