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:ROAM_REFS: @Baertsch_2008
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#+title: Baertsch, Robert and Diekhans, Mark and Kent, W James and Haussler, David and Brosius, Jürgen :: Retrocopy contributions to the evolution of the human genome

Code récemment uploadé sur github https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/RetroFinder

Parmis les rétrocopies (ARN messagé épissé dans le génome), étude des rétrogènes (=rétrocopies fonctionnelles)

Méthode :
- Alignement de tous les ARN messager sur le génome humain
- score pour la probabilité d'une rétrotransposition récente (nombre d'introns, l'absenc de site d'épissage conservé...)
  - comparaison avec Vega pour le score
- filtre >= 5 ESTs et 1 ARNm ou 1 gène dans refseq ou UCSC

Types d'évènement
1. acquisition d'un exon (inclus dans un transcrit existant)
2. duplication d'un gène (nécessite le recrutement de région régulatrice)
3. nouveaux gènes : contribution d'une séquence en dehors du cadre de lecture (UTR, sens oppés)

4. 12k candidats pour gènes dérivés rétropcopies dont 726