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#+title: Humbert, Mathias and Ayday, Erman and Hubaux, Jean-Pierre and Telenti, Amalio :: Addressing the concerns of the lacks family: quantification of kin genomic privacy

* Définitions
Linkage desequilibrium = corrélation entre paries de SNP -> on peut inféreur la position d'un SNP à partir d'autre

Belief propagation : calcule des distributions marginale de variables non observées vs opbséervé
- cette technique utilise un graph bipartite (une partie des noeuds = variables d'intéreête et l'autre les fonction , une arête correspond à un argument d'une fonction))
- permet d'avoir une bonne approximation (le calcul est exponentiel sinon)
* Objectif
Inférer des SNPs d'une cible dans une famille ciblée
L'attaquant connaît
- les SNP d' >= 1 apparente
- la généalogie (réseaux sociaux...)
- les lois mendelienne de tranmission des SNPs entre père, mère et fils
- les MAF des SNPs
- une matrice des linkage disequilibriam entre SNP
* Métrique
 - correctness = Distance entre SNP estimé et vrai SNP
 - incertitude = entropie des probabilite
*
* Résultat
** ADN partiel de 17 apparente CEPH UTA
On utilise 5 enfants sur les 11 (pour être dans la moyenne et cela n'augmente pas la force de l'inférence et peut limiter convergence)
80k SNP sur chromosome 1
erreur estimée :
 - sans LD: 0.3 pour grand-père, 0.05 pour le père, 0.2 pour fils
Avec 50SNP
 - avec LD amélioré: 0.2, 0.05, 0.05 resp
** Famille pour 6 personne (OpenSNP + facebook)
2 individus identivié, 11 et 9 apparentés retrouvés respectivement

Même emsure:
- chr1 Incertitude entre 0.65 et 0.55
- 50SNP: incertitude plus éleevé 0.73-0.58 environ