* Variants interprétés
:PROPERTIES:
:CATEGORY: excel
:END:
*** TODO Écrire tutorial confluence
SCHEDULED: <2024-08-16 ven.>
/Entered on/ [2024-05-21 mar. 11:18]
*** KILL Vérifier diag RNU42 rendus
CLOSED: [2024-07-04 jeu. 11:12] SCHEDULED: <2024-07-08 lun.>
/Entered on/ [2024-05-28 mar. 10:40]
À voir avec Nicolas, Virginie envoie un mail
** DONE Rattraper retard
CLOSED: [2024-07-09 mar. 11:13] SCHEDULED: <2024-07-09 mar.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-07-09 mar. 11:00]--[2024-07-09 mar. 11:15]
:END:
** WAIT 15 variants
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-07-18 Thu 11:16]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-18 Thu 11:16]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-17 mer. 11:15]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-16 mar. 11:15]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-09 mar. 11:00]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-08 lun. 16:12]
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-07-09 mar. 08:45]--[2024-07-09 mar. 11:00] => 2:15
CLOCK: [2024-07-08 lun. 15:54]--[2024-07-08 lun. 16:12] => 0:18
CLOCK: [2024-07-08 lun. 09:05]--[2024-07-08 lun. 09:41] => 0:36
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-01 lun. 15:02]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-27 jeu. 14:39]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-25 mar. 10:55]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-24 lun. 16:57]
/Entered on/ [2024-06-24 lun. 16:20]
** DONE Prototype Couchdb
CLOSED: [2024-07-02 mar. 11:09] SCHEDULED: <2024-07-02 mar.>
/Entered on/ [2024-07-02 mar. 11:09]
** DONE Script pour vérifier colonnes bien remplies
CLOSED: [2024-07-15 lun. 11:16] SCHEDULED: <2024-07-15 lun.>
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 09:22]
** DONE Rajouter héritabilité + gènes manquant (check-variant/check.py)
CLOSED: [2024-07-23 Tue 11:15] SCHEDULED: <2024-07-19 ven.>
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 09:22]
* Curagen2
:PROPERTIES:
:CATEGORY: curagenv2
:END:
*** DONE Regarder variants non vus "en aveugle" [15/15]
CLOSED: [2024-06-26 mer. 15:01] SCHEDULED: <2024-06-26 mer.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-06-11 mar. 11:27]--[2024-06-11 mar. 12:38] => 1:11
CLOCK: [2024-06-10 lun. 14:37]--[2024-06-10 lun. 15:01] => 0:24
CLOCK: [2024-05-27 lun. 16:43]--[2024-05-27 lun. 17:15] => 0:32
CLOCK: [2024-05-27 lun. 13:51]--[2024-05-27 lun. 16:00] => 2:47
CLOCK: [2024-05-27 lun. 10:47]--[2024-05-27 lun. 11:51] => 1:04
:END:
**** DONE MR-2102170 -> pas d'accès seqone
. 1er variant intronique profond (mais clinique pouvait coller !)
**** DONE MR-2200237 : rien trouvé
Note: aurapport : le variant chr12:g.111347618_111347619insAC n'est pas dans IGV ?
attente seqone
**** DONE MR-2201162 : rien trouvé
Aurapport
VOUS- SON
**** DONE MR-2201495 htz composite SPATA5L1 3+ ?
CLOSED: [2024-06-10 lun. 14:33]
**** DONE MR-2202491 GBA -> pas dans VCF
**** DONE MR-2202512 attente seqone -> pas dans VCF !
Gène SBDS
chaque parent htz -> htz composite chez patient
variant mosaïque VAF18%
**** DONE MR-2201470 LEF1 classe 3 -> plutôt 4 en fait
CLOSED: [2024-06-10 lun. 14:45]
publi 2020 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32022899/
**** DONE MR-2203331 RERE ? 3 -> FOXI3 en fait
CLOSED: [2024-06-10 lun. 14:54]
**** DONE MR-2203418 rien trouvé
aurapport
****** ATRX : intronique profond avec spliceai DG 20, pas d'élément régulateur ucsc ?
****** XRCC4 = récessif sans 2e variant dans seqone. clinique + clinvar patho mais hérité mère
seqone
****** HNRNPU: encéphalopathie épiletique : bof
**** DONE MR-2203508 SRNBP ? pas de score -> oui
CLOSED: [2024-06-10 lun. 16:44]
**** DONE MR-2203533 seqone échec
DEADLINE: <2024-07-02 mar.> SCHEDULED: <2024-06-25 mar.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-07-01 lun. 15:02]--[2024-07-01 lun. 15:03] => 0:01
:END:
**** DONE MR-2301965 NSD2
DEADLINE: <2024-06-28 ven.>
NSD2 : frameshift pLI 1 clinique colle
framshift INLS3 ? bof
ok cryptorchidie mais gène plI = 0
**** DONE MR-2303770 idem
DEADLINE: <2024-07-02 mar.> SCHEDULED: <2024-06-26 mer.>
POU3F3 VOUS-
CACNA1E VOUS-
**** DONE MR-2400054 mauvaise qualité reads !
IKB
Mais un read avec deletion ok ne s'aligne pas si mal. Avec BLAT:
149 1 150 150 100.0% chrX - 154643828 154643979 152
149 1 150 150 100.0% chrX + 154560459 154560610 152
28 3 47 150 83.4% chrX - 130249297 130249341 45
23 110 133 150 100.0% chr9 + 134170923 134170948 26
22 106 135 150 69.6% chr6_GL000251v2_alt + 1408511 1408533 23 What is chrom_alt?
21 39 61 150 95.7% chr8 + 66429131 66429153 23
20 15 34 150 100.0% chr10 + 72875848 72875867 20
18 31 48 150 100.0% chr16 + 47049679 47049696 18
**** DONE MR-2400402 RBPJ ? g.26415496T>G
EXT1 connu (hygen)
Seqone
- RBPJ faux sens avec clinique en faveur (retard psychomot et raccourissement doigts), score patho, mais hérité du père.
*** TODO Vérifier variants non vus avec mon intérprétations
SCHEDULED: <2024-08-16 ven.>
*** WAIT Comprendre nouveaux filtres
/Entered on/ [2024-05-21 mar. 11:04]
*** PROJ Présenter les trous de Curagen aux bios
/Entered on/ [2024-05-27 lun. 10:00]
** DONE Relire newsletter
CLOSED: [2024-06-12 mer. 14:17] SCHEDULED: <2024-06-12 mer.>
/Entered on/ [2024-06-12 mer. 14:08]
* Projets
** Pseudo-gènes (ou régions répétées)
:PROPERTIES:
:CATEGORY: pseudogene
:END:
*** TODO Biblio
*** TODO Exécuter code existant en hg19
*** Récupérer données de référence
*** WAIT FastQ sur cluster CHU par Julien
/Entered on/ [2024-07-30 Tue 10:07]
*** TODO Vérifier concordances
**** TODO GIAB [cite:@steyaert2023systematic]
- giab [[https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-023-42531-9/MediaObjects/41467_2023_42531_MOESM11_ESM.xlsx][Liste des variants]] disponible
**** KILL Accès données pacbio : voir avec Julien [cite:@steyaert2023systematic]
CLOSED: [2024-07-30 Tue 16:50]
- pacbio maison: accès restreint, à demander
- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001009109 6 trio + 1 proband en HiF 30X
- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001011305 STRPC1 sur cohorte
GIAB suffit
*** TODO Liftover des intervalles en hg38 directement ?
SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
*** TODO Porter script en hg38
/Entered on/ [2024-05-21 mar. 11:07]
*** TODO Regarder si on peut utiliser seulement Genecode
SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
*** TODO Porter python
**** DONE Extraction pseudogene gencode
CLOSED: [2024-07-31 Wed 16:50] SCHEDULED: <2024-07-31 Wed>
/Entered on/ [2024-07-31 Wed 16:48]
** Facebook
:PROPERTIES:
:CATEGORY: facebook
:END:
*** WAIT Contact BM Knopper
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 15:37]
*** WAIT Contact Heidi Howard (ESHGH, chaire éthique)
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 15:38]
*** DONE Chercher méthodologie decipher
CLOSED: [2024-07-16 mar. 09:52] SCHEDULED: <2024-07-16 mar.>
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 15:38]
*** DONE Lire GDPDR
CLOSED: [2024-07-15 lun. 16:39] SCHEDULED: <2024-07-15 lun.>
/Entered on/ [2024-07-15 lun. 15:38]
*** DONE Présentation CAD biblio
CLOSED: [2024-07-16 mar. 09:52] SCHEDULED: <2024-07-15 lun. 17:00>
Entered on [2024-07-15 lun. 15:40]
*** DONE Mise à jour draft1
CLOSED: [2024-07-24 Wed 13:58] SCHEDULED: <2024-07-23 Tue>
Fusionner notes
- [[denote:20240722T095640][Monday 22 July 2024 09:56]] surtout
- [[denote:20240716T172506][Tuesday 16 July 2024 17:25]]
- [[denote:20240718T153145][Thursday 18 July 2024 15:31]]
- [[denote:20240719T093836][Friday 19 July 2024 09:38]]
*** TODO Finir revue de [cite:@xie2024statistical] :stat:
SCHEDULED: <2024-08-09 ven.>
/Entered on/ [2024-07-22 Mon 17:17]
*** TODO Bien le modèle stats [cite:@samocha2014framework] :stat:
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
*** TODO Regarder quand des variants sont indépendants en terme de distance
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
*** TODO Probabilité que des variants proches (probab conditionelle ?)
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
*** TODO Revoir consentement decipher
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
*** DONE Plan détaillé (gdocs) voir [[denote:20240730T094857][Tuesday 30 July 2024 09:48]]
CLOSED: [2024-08-05 lun. 09:52] DEADLINE: <2024-08-02 ven.> SCHEDULED: <2024-08-01 Thu>
*** KILL Retrouver heatmap Shendure avec score par variant
CLOSED: [2024-07-26 Fri 09:51] SCHEDULED: <2024-07-25 Thu>
/Entered on/ [2024-07-24 Wed 12:23]
*** DONE Exemple de données identifiantes sur forum maladie rare
CLOSED: [2024-07-24 Wed 17:47] SCHEDULED: <2024-07-24 Wed>
/Entered on/ [2024-07-24 Wed 14:29]
** Case report CHD7 :article:
:PROPERTIES:
:CATEGORY: chd7
:END:
*** DONE Mail Marine pour suivi Nanopore
CLOSED: [2024-06-24 lun. 11:51] SCHEDULED: <2024-06-21 ven.>
/Entered on/ [2024-06-21 ven. 16:48]
*** DONE Mail Dr Frédérique Bilan CHU Poitiers pour détails MLPA
CLOSED: [2024-06-24 lun. 11:51] SCHEDULED: <2024-06-21 ven.>
/Entered on/ [2024-06-21 ven. 16:48]
*** DONE Mail Xavier Nanopore
CLOSED: [2024-06-24 lun. 14:49] SCHEDULED: <2024-06-24 lun.>
/Entered on/ [2024-06-24 lun. 14:48]
*** DONE Demande à Pauline si prélèvement possible
CLOSED: [2024-06-24 lun. 15:57] SCHEDULED: <2024-06-24 lun.>
/Entered on/ [2024-06-24 lun. 14:48]
Mail envoyé <2024-06-24 lun.>
*** DONE Revoir avec Gaelle pour transfert ADN
CLOSED: [2024-06-25 mar. 12:00] SCHEDULED: <2024-06-25 mar.>
/Entered on/ [2024-06-25 mar. 10:56]
*** DONE Répondre MLPA
CLOSED: [2024-06-25 mar. 12:00] SCHEDULED: <2024-06-25 mar.>
/Entered on/ [2024-06-25 mar. 10:56]
*** WAIT Bon de demande + prescription + consentement (voir avec Pauline)
/Entered on/ [2024-06-25 mar. 13:56]
*** DONE Vérifier absence dup liste CNV non filtré
CLOSED: [2024-06-25 mar. 16:05] SCHEDULED: <2024-06-25 mar.>
/Entered on/ [2024-06-25 mar. 13:57]
Rien vu sur IGV probant
Attente quentin
*** DONE Récupérer ADN parents
CLOSED: [2024-07-02 mar. 12:08]
/Entered on/ [2024-06-25 mar. 13:57]
*** DONE Envoi ADN biomnis (parent + cas index)
CLOSED: [2024-08-08 jeu. 14:45] SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
Discuté avec Pauline [2024-07-26 Fri] : ok pour envoi par Marine la semaine prochaine
*** DONE Vérifier consentement pour envoi "recherche"
CLOSED: [2024-07-26 Fri 13:58] SCHEDULED: <2024-07-26 Fri>
/Entered on/ [2024-07-26 Fri 13:31]
** ARID4A
:PROPERTIES:
:CATEGORY: ARID4A
:END:
*** DONE Genematcher ARID4A
CLOSED: [2024-07-24 Wed 17:47] SCHEDULED: <2024-07-24 Wed>
Julien intéressé pour que cela reste à Grenoble car une de ses équipes travaille sur l’épigénétique.
4 patients candidats sur auramatcher :
2 faux sens en 620 et 621
2 tronquants
1 autre de novo moins évident à priori
sur la fonction du domaine tuudor-knot où sont les résidus 620 et 621 et sur l’importance de cette région pour la reconnaissance de marques épigénétiques
https://europepmc.org/article/MED/22247551
/Entered on/ [2024-07-24 Wed 10:37]
*** DONE Genematcher : contacter Clementina
CLOSED: [2024-07-30 Tue 10:34] SCHEDULED: <2024-07-30 Tue>
*** DONE Mail GeneDx: attente relecture julien
CLOSED: [2024-07-25 Thu 08:57] SCHEDULED: <2024-07-25 Thu>
*** DONE Mail Marjolaine pour accord genematcher
CLOSED: [2024-07-24 Wed 14:10] SCHEDULED: <2024-07-24 Wed>
*** DONE Demander à Jérémie de contacter les coordonnateurs
CLOSED: [2024-07-31 Wed 10:01] SCHEDULED: <2024-07-30 Tue>
Pour proposer de les rendre
/Entered on/ [2024-07-30 Tue 11:02]
*** TODO Regarder VAF autres variants (clones hématopoièse)
SCHEDULED: <2024-08-13 mar.>
/Entered on/ [2024-07-30 Tue 17:53]
*** WAIT Interpréter autres génomes ?
SCHEDULED: <2024-08-09 ven.>
Jérémie doit contacter les coordonnateurs
SCHEDULED: <2024-08-07 Wed>
/Entered on/ [2024-07-31 Wed 10:02]
*** WAIT Envoyer renseignement Dr Rio
SCHEDULED: <2024-08-20 mar.>
/Entered on/ [2024-07-31 Wed 10:01]
** Génomes péruvien
:PROPERTIES:
:CATEGORY: pérou
:END:
*** TODO Biblio julien
SCHEDULED: <2024-08-20 mar.>
*** WAIT Biblio M1
** Journée «dry» pour les internes
:PROPERTIES:
:CATEGORY: journéedry
:END:
*** DONE Mail Claire
CLOSED: [2024-08-09 ven. 10:49] SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
/Entered on/ [2024-08-05 lun. 10:54]
*** DONE Prévoir journée internes avec Virginie
CLOSED: [2024-08-05 lun. 11:00] SCHEDULED: <2024-08-06 mar.>
/Entered on/ [2024-08-02 ven. 13:43]
** Disomie uniparentale
:PROPERTIES:
:CATEGORY: upd
:END:
*** Achropuce 2024 :achropuce2024:
**** DONE Mail Charles
CLOSED: [2024-08-05 lun. 11:32] SCHEDULED: <2024-08-05 lun.>
**** DONE Page Confluence
CLOSED: [2024-08-05 lun. 16:12] SCHEDULED: <2024-08-05 lun.>
/Entered on/ [2024-08-05 lun. 12:08]
**** TODO Refaire le point avec Charles fin août
SCHEDULED: <2024-08-26 lun.>
/Entered on/ [2024-08-05 lun. 13:46]
**** TODO Demander à Jérémie son avis
SCHEDULED: <2024-08-12 lun.>
/Entered on/ [2024-08-05 lun. 13:47]
*** TODO Regarder dossier louche MR-2201814: voir avec Julien et Christine
SCHEDULED: <2024-08-27 mar.>
/Entered on/ [2024-08-07 mer. 14:29]
VAF ok, nombreux de novo, rendu un classe 4 déjà attente avis Lucas
16507 variants hérités du père et 45402 de la mère (x3 donc)
pas de conta bioinfo
match pair ok
variants sur l'X, herité de la mère, avec une VAF à 100%. La VAF devrait être abaissé du fait de la conta'
Lukas demande demain en réunion wet -> RAS
On est au-dessus du seuil qu'on a fixé pour les de novo (12k pour un seuil à 10k) donc maintenant on aurait généré un warning
Mais la biologiste aurait du tiquer
Variant hémizygote OPHN1 rendu classe 4
*** TODO Interpréter premiers dossiers Virginie
SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
/Entered on/ [2024-08-07 mer. 14:31]
*** DONE Réfléchir explication du plot
CLOSED: [2024-08-07 mer. 16:12] SCHEDULED: <2024-08-07 mer.>
/Entered on/ [2024-08-07 mer. 14:32]
*** TODO Regarder autres cas pointés par Virgini<2024-08-08 jeu.>e
/Entered on/ [2024-08-08 jeu. 10:43]
*** TODO Biblio pour seuil de détection des mosaïque<2024-08-08 jeu.>s
/Entered on/ [2024-08-08 jeu. 12:19]
* Divers
** KILL Compte admin sur DELL
CLOSED: [2024-07-11 jeu. 10:07]
/Créé le/ [2024-05-16 jeu. 11:11]
Échec: besoin d'un adaptateur
auradmin
axetrois
** WAIT Vérifier CR corrigé MR-2304760 Hygen
/Entered on/ [2024-07-08 lun. 08:40]
Mail envoyé <2024-07-10 mer.>
** Downgrader nom de gène pour OMIM :pipeline:omim:
**** Notes
Problème: certains variants ne sont pas flaggés OMIM.
Cause: vieille version de GENCODE (utilisé pour l'annotation par VEP)
Idéalement il faudrait obtenir le nom de gène depuis ID hgnc avant annot OMIM.
Cela sera "corrigé" avec la mise à jour GENCODE.
On utilise GENCODE32 qui est en septembre 2019 ([[https://www.gencodegenes.org/human/releases.html][source]])
Algorithme : pour les gène ayant été modifié >= septembre 2019, on remplace le nom du gène par les anciennes versions (donc dpublication des lignes)
Tests
- KIFBP -> downgrader KIF1BP
- GBA -> ?
**** WAIT Mettre à jour https://auragen.atlassian.net/wiki/spaces/~7120201ca2598be5ef4936a1110033f28f4fed/pages/1524924423/Suggestions+d+am+liorations
SCHEDULED: <2024-08-22 Thu>
Test
KIFBP -> KIF1BP
**** DONE Récupérer données OMIM + fichier HGNC avec identifiant
SCHEDULED: <2024-05-28 mar.>
**** DONE Script python pour downgrade noms de gènes
CLOSED: [2024-06-11 mar. 10:34] SCHEDULED: <2024-06-17 lun.> DEADLINE: <2024-08-01 jeu.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-05-31 ven. 09:37]--[2024-05-31 ven. 10:00] => 0:23
:END:
envoyé quentin
/Entered on/ [2024-05-27 lun. 13:38]
**** DONE Envoyer code virginie pour review
CLOSED: [2024-06-11 mar. 10:57] SCHEDULED: <2024-06-11 mar.>
**** DONE Utiliser la date de GENCOD32
**** DONE Vérifier sur KIF1BP et GBA
GBA1 -> GBA antérieur
** TODO Pubmatcher sur variants sans clinvar ni HPO
SCHEDULED: <2024-08-20 mar.>
/Entered on/ [2024-06-11 mar. 10:30]
** DONE Discussion Julien (Facebook)
CLOSED: [2024-07-15 lun. 16:39] SCHEDULED: <2024-07-15 lun. 13:30>
/Entered on/ [2024-07-02 mar. 15:49]
Ne pas parler de couchdb, ni des internes de Lyon.
faire point Facebook +/- pseudogene
Interne lyon: 2 à 5 avec présentatino bioinfo virginie + moi le matin et solvathon l'après-midi
** TODO 30 variants
SCHEDULED: <2024-08-10 sam. +1d>
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-08-09 ven. 10:33]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-09 ven. 10:33]
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-08 jeu. 15:16]
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-08 jeu. 09:08]
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-07 mer. 15:54]
** WAIT Voir avec virginie del(5)(q35.3q35.3)(?177249773_?177257478)dn manqué
MR-2400262
Rendu par N. Chatron “à l’oeil” sur la tlinique
Suggestion de N. Chatron “sauver les CNVs de CNVnator inférieur au seuil mais qui sont dans des gènes ranké par PhenoGenius. Ou a minima ceux qui touchent de la séquence codante.”
/Entered on/ [2024-07-19 Fri 12:13]
** WAIT Virginie Pourquoi variant KCNB1 chr20:g.49374327del non rendu v7 et v8 ?
MR-2304498-t
Mis sur "variants manqué" confluence
/Entered on/ [2024-07-19 Fri 12:15]
* Formation
:PROPERTIES:
:CATEGORY: formation
:END:
** WAIT Améliorations slides bioinfo :bioinfo:
*** Général
- EBV: bien précisé qu'il est gardé dans le génome et non masqué (faire une liste sur la diapo)
- [X] contrôle qualité progressif : 20x -> 10x (1.1 et 4.1) représentation trompeuse car on a plus de résultat en 10x qu'en 20x -> corrigé par virginie
- différence aurapport-curagen-seqone n'est pas du tout claire, notamment rôle de curagenène. Il faudrait rajouter cette figure dans la présentation générale (voir
[[https://auragen.atlassian.net/wiki/spaces/~7120201ca2598be5ef4936a1110033f28f4fed/overview][Vue d'ensemble du pipeline]]
*** TODO Refaire le point avec Virginie sur commentaires
SCHEDULED: <2024-09-01 dim.>
** WAIT Figure curagen
/Créé le/ [2024-05-16 jeu. 16:22]
Attendre la v2
** TODO Vidéos pas-à-pas [[https://app.videas.fr/v/6dbbf878-740f-4e31-9587-76202736c9ae/][IGV]] :faq:
SCHEDULED: <2024-08-22 jeu.>
/Entered on/ [2024-05-27 lun. 10:00]
** TODO [[https://anpgm.fr/media/documents/BP-NGSDiag_001_Interpretation_Variants_v2.pdf][Recos NGS-diag SNV]]
/Entered on/ [2024-05-27 lun. 14:18]
** TODO Compléter FAQ bio : un même variant peut sur plusieurs gènes :faq:
/Entered on/ [2024-05-28 mar. 12:02]
On peut avoir plusieures lignes pour un variant : présenter un cas (découvert sur mais MR-2305018 pas assez propre (VAF=28=))
Attention: pour clinvar, on utilise la position donc on peut flagger sur le mauvais gènes...
Mettre à jour https://auragen.atlassian.net/wiki/spaces/~7120201ca2598be5ef4936a1110033f28f4fed/pages/1524695047/Questions
* Kalilab
:PROPERTIES:
:CATEGORY: kalilab
:END:
* Réunions
:PROPERTIES:
:CATEGORY: réunion
:END:
** Projet Facebook :facebook:
** RVI Montpellier :montpellier:rvi:
*** TODO RVI
SCHEDULED: <2024-08-15 jeu. 10:00 +7d>
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-08-08 jeu. 09:08]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-08 jeu. 09:08]
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-01 jeu. 16:21]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-25 Thu 14:27]
*** TODO Clinico-biologique
SCHEDULED: <2024-08-16 ven. 00:00 +1w>
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-08-09 ven. 09:25]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-09 ven. 09:25]
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-05 lun. 10:35]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-26 Fri 09:35]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-19 Fri 09:31]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-15 lun. 11:14]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-28 ven. 16:15]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-24 lun. 11:51]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-21 ven. 11:43]
Entered on [2024-06-18 mar. 09:53]
** RVI Grenoble :grenoble:rvi:
** TODO Laboratoire
SCHEDULED: <2024-08-22 Thu 13:30 +1w>
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-07-11 jeu. 14:41]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-11 jeu. 14:41]
- State "KILLED" from "WAIT" [2024-07-04 jeu. 11:05]
- State "KILL" from "TODO" [2024-06-27 jeu. 14:40]
- State "DONE" from "TODO" [2024-06-20 jeu. 12:03]
- State "KILL" from "TODO" [2024-06-13 jeu. 16:43]
- State "KILL" from "TODO" [2024-06-06 jeu. 15:16]
- State "DONE" from "TODO" [2024-05-30 jeu. 17:48]
Entered on [2024-05-30 jeu. 13:30]
** TODO Axe 3
SCHEDULED: <2024-08-22 jeu. 09:00 +2w>
:PROPERTIES:
:LAST_REPEAT: [2024-08-08 jeu. 09:19]
:END:
- State "DONE" from "TODO" [2024-08-08 jeu. 09:19]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-25 Thu 14:27]
- State "DONE" from "TODO" [2024-07-11 jeu. 10:05]
*** DONE Présentation axe3 absplice
CLOSED: [2024-07-25 Thu 08:57] SCHEDULED: <2024-07-24 Wed> DEADLINE: <2024-07-25 Thu 09:00>
/Entered on/ [2024-07-24 Wed 13:59]
** Réunion biologistes Auragen :bio:auragen:
** DONE Julien
CLOSED: [2024-07-23 Tue 09:53] SCHEDULED: <2024-07-22 lun. 13:30>
Entered on [2024-07-16 mar. 09:53]
** DONE Julien :facebook:
CLOSED: [2024-07-30 Tue 09:11] SCHEDULED: <2024-07-29 lun. 14:00>
Facebook
- présenter résultats sur forum
- modèle stats (si fini)
Pseudogène
- demander accès pacbio ? validation faite sur 6 patient GIAB mais ils ont fait du long read hifi. Il faut passer par une commission
- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001009109 6 trio + 1 proband en HiF 30X
- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001011305 STRPC1 sur cohorte
** DONE Philippe Jean (heure approx) :facebook:
CLOSED: [2024-07-30 Tue 09:11] SCHEDULED: <2024-07-29 lun. 17:00>
Entered on [2024-07-16 mar. 09:53]
* Interprétation génomes
:PROPERTIES:
:CATEGORY: génomes
:END:
** Montpellier :montpellier:
*** WAIT RVI MR-2302861 MYH10 vous+: attente CR jérémne
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
BAZB1: compris dans la microdel du sd williams mais rien de plus. Touche épissage ??
FH = donnée incidente ? (cancer) "Hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer is an autosomal dominant tumor predisposition syndrome"
MYH10: site accepteur, non connu, non présent gnomAD. Article récent avce clinique overlap
cnv dup chr1 800kb, pas de gène codant
seqone : NOTCH2 chr1:g.120069404C>T : avis Jérémy ?
DDR2 bof
Relancé [2024-08-05 lun.]
*** DONE MR-2400087 : faire courrier
CLOSED: [2024-08-07 mer. 11:08] SCHEDULED: <2024-08-06 mar.>
- DYM pas de 2e allele
- ANO5: tronquant mais pli 0, clinique différente (récessif = dystrophie musculaire, dominant = sd osseux mais pas de pied bot
#+begin_quote
"fibro-osseous lesions of jawbones and sclerosis of tubular bones (Andreeva et al., 2016). In this skeletal syndrome, a phenotype of bone fragility as well as lesions in the mandible can be observed, which can result in facial deformities and susceptibility to purulent osteomyelitis (" https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mgg3.2004
#+end_quote
hérité de la mère asympto
- RAI1 mauvaise qualité
- /NOTCH3/ clinique ne colle pas vraiment (méningocèle) mais 1 patient avec dysplasie valve, sino score bioinfo rouges, gènes nb faux-sens patho
- del 36kb prenant dernier exon *GPC3*: colle mais récessif, qq del plus petites DGV
*** DONE MR-2303166
CLOSED: [2024-06-28 ven. 16:20]
*** DONE MR-2304637 Remplir CR hygen
CLOSED: [2024-07-11 jeu. 10:05] SCHEDULED: <2024-07-11 jeu.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-07-08 lun. 10:19]--[2024-07-08 lun. 11:04] => 0:45
:END:
Le séquençage du génome du patient en duo n'a pas permis d'identifier de variant clairement pathogène pouvant expliquer le phénotype de la patiente.
Cependant, une variation hétérozygote faux-sens de signification incertaine dans l'exon 13 du gène CACNA1C a été identifiée.NM_000719.7:c.1736G>A p.(Gly579Asp). Cette variation est héritée de la mère dans un génome en duo. Cette variation est absente de la base de données populationnelles gnomAD v4.0. Les différents scores de prédiction bio-informatique appliqués soutiennent un impact fonctionnel.Elle n'est pas dans un domaine fonctionnel mais l'acide aminé est très conservé.
Le gain de fonction du gène CACNA1C est lié à un allongement du QT chez quasiment tous-les patients avant l'âge de 4 ans, ainsi que de manière fréquente à un trouble du spectre autistique et parfois des malformations cardiaques et un retard de devéloppement (Napolitano et al, 2006 Genereviews). Cependant, un phénotype extra-cardiaque prédominant a été également décrit avec des trouble du neurodéveloppement (OMIM #620029). Celui-ci comprend une hypotonie, retard de language et déficience intellectuelle avec trouble du comportement. Les atteintes cardiaques sont rares (PMID: 34163037).
L'étude de la ségrégation de cette variation dans la famille avec l'analyse du père et la confrontation aux phénotypes permettraient d'affiner l'interprétation de cette variation. La
confirmation de ce résultat sur un second prélèvement indépendant est recommandée.
*Une consultation de génétique est nécessaire pour expliquer ce résultat.*
*** DONE MR-2302630
CLOSED: [2024-06-28 ven. 16:20]
*** WAIT MR-2304058 : rendre neg, poussé hygenf attente avis jérémie
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
/Entered on/ [2024-06-24 lun. 11:39]
SRCAP: fréquent cohorte, qq score bioinfo, fin de gène, 71x gnomad, clinvar conflicting
PKD2 bof sur score,
NUP85 score bioinfo
recql4 récessif
trnbc6 non bionfo
GTF2IRD1 = VOUS- neurodev (sd wiliams), peu connu (1 faux sens patho decihpre))
ZBTB10 tronquant pli=1 mais non connu rien dans la biblio, vu en exome
FREM1 VOUS- : pas de score binfo in faveur
Exome avait déjà retrouvée ADCY10 rendu probablement patho : bilan phoshpocalciurie non fait
RYR1 vous
ZBTB10 VOUS
SV: MAGI2 ?? perte de fonction patho mais décrit récessiif
RICB:
- MAGI2 transloc 3,7 mais 1 seul à allèle a priori alors que récessif (syndrome néphrotique). 2017 hmz ou htzc avec 2 codon stop prématuré https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27932480/
- ZBTB10 à genematcher si non fait mais déjà connu et VOUS. Tronquant, de novo non présent gnomad, non OMIM, rien pubmed
- ADCY10: clinvar patho2x, hypercalciurie, tronquant, gène assez peu connu, qq tronqunt mais pLI 0, héritèr père
- NAV3 del mais pas très clair (bruit ?)
**** DONE Auramatcher zbtb10
CLOSED: [2024-07-19 Fri 16:14]
1 tronquant de novo
- MR-2303393: trouble neuroved, TSA. Pas au mme endroit. Pas dans le seul domaine fonctionnel
**** DONE Genematcher ZBT10 2303393 ːMR-2304058ː
CLOSED: [2024-08-05 lun. 14:23] SCHEDULED: <2024-08-06 mar.>
fait.
Doute sur TND pour notre patient.
TND et TSɑ sur dossier Toulouse MR-2303393 -> Jérémie va le lire
Demande avis ʍarjolaine pour la suite si ɡenematcher
**** WAIT MR-2303393 pour ZBT10 : attente 2e lecture
SCHEDULED: <2024-08-19 lun.>
/Entered on/ [2024-08-05 lun. 14:20]
VOUS ZBTB10
Avis dup 1Mb SMARC1
*** DONE MR-2400693 attente hygen + faire CR
CLOSED: [2024-07-04 jeu. 11:04] SCHEDULED: <2024-07-04 jeu.>
/Entered on/ [2024-06-24 lun. 11:50]
- NF1 = diag (suspi clinique, clinivarpatho)
n'explique pas le reste de la clinique. Surdité possible ? pas dans genereviews mais https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36583617/. Pectus excatavum peut être retrouvé dans le phénotype nf1-noonan (genereviews)
- GJB2 clinvar bénin, sans 2e allèle
- AILP1= dystrophie rétinienne, clinique ne colle pas, hérité mère mais bien rouge, gène plutôt lof
forme plutôt récessive ?
i
OK CR à préparer avec mention IRM selon modèle Jérémie
chr17(GRCh38):g.31221401A>G Gène NF1
NM_001042492.3:c.1642-449A>G
p.?, hétérozygote, De novo, Pathogène
MR-2102480
Mise en évidence d’une variation pathogène hétérozygote dans le gène NF1, survenue de novo (absente chez les parents).
Cette variation hétérozygote intronique profond est prédite comme ayant un effet sur l’épissage (spliceAI AG=0.88, SPiP=69.33%) avec possiblement la création d'un pseudo-exon. Cette variation est absente de la base de données populationnelles gnomAD v4.0.
Elle a été décrite 4 fois comme pathogène dans Clinvar (ID:216394), dont une fois pour la neurofibromatose de type 1.
Les variations pathogènes dans le gène NF1 sont associées à la neurofibromatose de type 1 (NF1) de transmissione autosomique dominante (OMIM *182390). À noter que le phénotype du syndrome NF1-Noonan, retrouvé dans 12% des patients atteints de NF1, comporte des anomalies du pectus (Genereviews). La présence de neurofibromes plexiformes à la base du crâne peut entraîner une déficience auditive (PMID: 36583617)
Cette variation est considérée comme pathogène (classe 4, critères ACMG: PM2, PS2, PS4).
La présence de cette variation pathogène hétérozygote peut expliquer le phénotype observé chez la patiente. IL serait souhaitable de réaliser une IRM pour évaluer la presence de neurofibromes plexiformes pouvant expliquer la surdité. Ce résultat doit être confronté au contexte clinique et aux données familiales. La confirmation de ce résultat sur un second prélèvement indépendant est recommandée.
Une consultation de génétique est nécessaire pour expliquer ce résultat.
*** WAIT MR-2301158
*** DONE Auramatcher MYH10 MR-2302861
CLOSED: [2024-07-10 mer. 14:09] SCHEDULED: <2024-07-08 lun.>
/Entered on/ [2024-07-02 mar. 15:47]
1 faux-sens de novo poussé Hygen . Reste = non lu ou hérité. Jamais rendu apparement
*** DONE Écrire formule remaniement MR-2402030
CLOSED: [2024-07-08 lun. 15:54] SCHEDULED: <2024-07-08 lun.>
:LOGBOOK:
CLOCK: [2024-07-08 lun. 13:56]--[2024-07-08 lun. 15:54] => 1:58
CLOCK: [2024-07-08 lun. 13:39]--[2024-07-08 lun. 13:47] => 0:08
CLOCK: [2024-07-08 lun. 11:07]--[2024-07-08 lun. 12:07] => 1:00
:END:
seq[GRCh38]inv(8)(q12.2)inv(8)(q12.2)del(8)(q12.2)dn
NC_000008.11:g.60859596_60862961inv
NC_000008.11:g.60862561_60863010inv
NC_000008.11:g.60862564_60866381del
Présence d'un remaniement complexe en 8q12.2 d'environ 6.7kbp, de novo. Il contient les 3 derniers exons de CHD7. 5 points de cassures ont été identifiés, dont une probable délétion comprenant les deux derniers exons. Il n'est pas possible d'exclure le caractère en mosaïque de cette délétion.
L'haploinsuffisance de CHD7 est associée au syndrome CHARGE (OMIM #214800). Ce remaniement est donc pathogène (classe 5) et explique le phénotype.
Un conseil génétique est souhaitable.
La caractérisation précise de ce variant structurel nécessiterait une technique complémentaire (long-read).
*** DONE MR-2400512 : courrier VOUS ZFP62 à faire
CLOSED: [2024-08-05 lun. 15:38] SCHEDULED: <2024-08-05 lun.>
/Entered on/ [2024-07-04 jeu. 11:03]
COL6A3: gène plutôt tronquant, 2 fois cohorte, 21 gnomAD génome, domaine fonctionnel, score bioinfo mitigés, présent chez père non en mosaïque, VOUS-clinvar. AD ou AR sans 2e allèl e -> vérif clinique père
*** DONE MR-2401415: négatif poussé hygen
CLOSED: [2024-07-15 lun. 12:15] SCHEDULED: <2024-07-15 lun.>
/Entered on/ [2024-07-08 lun. 16:52]
VOUS+ STAG2 site canonique d'épissage seqone
WNT5A score bionfo non en faveur mais 2x gnomAD, clinique partiellement mais forme dominant plus mild https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ajmg.a.61884peu. hérité de la mère
Deletion qui prend quaisiment tout APOL1 sur gène de néphropathie (pas d'hydropnéphrose associé), non présent DGV
*** DONE MR-2400560: négatif poussé hygen, à transmettre Jérémie
CLOSED: [2024-07-30 Tue 09:11] SCHEDULED: <2024-07-29 Mon>
4x gnomad, tronquants surtout rapporté (mais pLI 0.19), scores bénin sauf CADD
Domain fonctionnel
faux-sens décrit dans la pathologie, colle clinique, clinvar VOUS... -> revoir le père ?
Publi : 11 enfant épilepsie NPRL3 + biblio (88 cas)
- moléculaire : 75% perte de fonction
- clinique : "sleep-related hypermotor epilepsy (SHE), frontal lobe epilepsy (FLE), and temporal lobe epilepsy." surtout, majorité IRM normale
- ici 2 faux-sens conservé Ala134Thr et Val217
*** WAIT MR-2400334 attente Jérémie
/Entered on/ [2024-07-08 lun. 16:53]
*
*** DONE MR-2102277: poussé, transférer Jérémie
CLOSED: [2024-07-30 Tue 09:11] SCHEDULED: <2024-07-29 Mon>
/Entered on/ [2024-07-16 mar. 10:10]
Vérif seqone les récessif
- TALDO1
- USH1C
- USH2A
- NRL/PCK2 (selon source annot)
-> rien
del smpd4 ?
seqone
VOUS intronique ASH1L chr1:g.155410322_155410323del : gène DI + cryptorchidie
**** RVI
- VSI : 2 LOF homozwygote frameshift PLIN3 et del SLC43A1: 0 auramatcher
- ASH1L: framshift dans un transcrit non principal -> non
*** DONE MR-2102278 valider hygen
CLOSED: [2024-07-30 Tue 09:11] SCHEDULED: <2024-07-29 Mon>
/Entered on/ [2024-07-16 mar. 10:10]
Del RAPGEF2 : artefact ? les soft-clips s’alignent
VOUS- SOS1 seqone (noonan)
VOUS- MYH2 seqone (myopathie)
**** RVI
- SOS1: nn
- MYH2 : trop fréquent en dominant gnomad
*** WAIT MR-2200072: attente Jérémie
/Entered on/ [2024-07-16 mar. 10:10]
- VOUS biallélique INST11 pour DI : notre tronquant est rapporté en 2023 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10183469/
- tronquant CNOT3 connu LOF pour trouble neurodev mais hérité
*** DONE Vérifier si génome rendus avec Jérémie non validés
CLOSED: [2024-08-05 lun. 14:26] SCHEDULED: <2024-08-05 lun.>
/Entered on/ [2024-08-02 ven. 15:17]
*** DONE Mail jérémie pour faire le point sur les dossiers
CLOSED: [2024-08-09 ven. 17:56] SCHEDULED: <2024-08-09 ven.>
- MR-2302861 : MYH10 vers Hygen. Rendre en classe 3 ? (Florence Riccardi a dit «pas de TND» mais jeune»)
- MR-2200072 : lu, en attente de ta 2e lecture
- MR-2400512 : neg, courrier pour VOUS ZFP62 mis sur Hygen (dans le bloc de texte)
- MR-2304058 : on avait dit CR négatif. J'ai mis sur Hygen les variants déja connu (ADCY10, ZBTB10) Pour ZBTB10, il y a un tronquant avec Auramatcher MR-2303393 (lu mais pas un dossier facile). Ce n'est pas un dossier facile, voir ci-dessous.
- MR-2400087 : courrier préparé sur Hygen
- MR-2401144 : à valider sur hygen
- MR-2303393 : 2e lecture (beaucoup de bruit j'ai trouvé...), lu suite auramatcher ZBTB10
** WAIT MR-2300938: Attente Jérémie
/Entered on/ [2024-07-25 Thu 11:35]
Suite à auramatcher pour http://172.25.219.90:8080/aurapport/app/#/main/summary?case=MR-2401008-t
TNRC6B diag ?
- clases 4 TNRC6B
- VOUS Faux-sens BCORL1 (DI + TSA + dysmorpho, sévérité variable). Mitzli : score contrdaction, Grantham intermédaire
* Interprétation génomes/Montpellier
** DONE MR-2401144 : rendu négatif, envoyé hygen
CLOSED: [2024-08-01 Thu 09:22] SCHEDULED: <2024-08-01 Thu>
ETV2 seulementd rapporté dans 1 famille (4 foetus non viable) HTZC
SNV,CNV, SV rien d’intéressant
/Entered on/ [2024-07-26 Fri 09:48]