​#bioinfo Générer un VCf minimal

#+begin_example
##fileformat=VCFv4.2
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  sample
chr1    8516    rsXXX   C   T   247.71  .   .   .   .
#+end_example

Remplacer les espaces par des tabs si besoin puis indexer le fichier
pour avoir les contig

#+begin_example
sed 's/\s\+/\t/g' sanger.vcf -i
bgzip sanger.vcf
tabix -p sanger.vcf.gz
bcftools view sanger.vcf.gz
#+end_example