+++ title = "Virologie" date = 2023-08-01 +++ * Clinique :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: clinique :END: ** Uvéite :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: uvéite :END: HSV chez l'enfant ** Pneumopathie :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: pneumopathie :END: Expectoration plus rentable que LAB ** Péricardite :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: péricardite :END: cause virales - *entérovirus* surtout - CMV, EBV, HHV6 - +/- parvovirus B19 mais discuté car 75% ** Hépatite :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: hépatite :END: Parentérale : B,D,C féco-oral : A, E Bilan séro EBV, CMV *pas* PCR * Virus :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: virus :END: Oncogénicité : si virus pousse pour la phase S (donc pas si apport polymérase par le virus+++) ** Adénovirus :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: adénovirus :END: - Spectre étendu d'infection aigüe - Persistance possible intestin (asymptomatique) -> si immunodépression, sympto - très fréquent en population générale : pas de diag virologique ! - résistant dans l'environnement, transmission souvent manuportée +/- épidémie nosocomiale - Diag: PCR - Transplanté (receveur CSH en pédia): infection sévère -> suivi des réaction dans les selles - test antigénique (gastro-entérite): ne détectent pas toutes les espèces - ttt = ténofovir - y penser si cystite hémorragique chez greffé rénal ** Anelloviridae (adn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: anelloviridae-adn :END: - virus nu, ADN circulaire simple brin, polarité négative - forte prévalence population générale - nombreux fluides biologiques et tissus - non pathogène pour humain - potientiel biomarqueur immunitaire chez patients transplantés ** Arboviroses :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: arboviroses :END: ** BK :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: bk :END: - Latence rein/urothelium - Néphropathies chez transplanté rénal -> tester urine : risque si *> 7 log* - risque virémie puis fibrose - Cystite hémorragique chez allogreffé - Suivi : PCR urine/plasma/sang total - Ttt : diminuer immunosuppression ** CMV :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: cmv :END: 100% afrique, 50% france - tout organe peut être touché - nombreuses stratégies pour échapper au système immunitaire - infection latente à vie (ttt antiviral inefficaces) - virose opportunistes - primo/réactivation = bénigne si immunocompétent - sévère chez immunodéprime => surveillance - *infection congénitale virale la plus répandue* - si primo chez mère - ou réactivation/infection autre souche - diagnostic + surveillance : PCR - ttt : valganciclovir Définition: - maladie à CMV = test CMV+ et symptomatique => ttt curatif - infection à CMV = test CMV+ et asymptomatique => ttt anticipé Stades 1. Primoinfection : symptomatique ou non, disséminaton hématogène 2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans les monocytes, macrophages, cellules endotéliales 3. Récurrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon Femme enceinte : Note - greffe : rique si solide : CMV- recoit CMV+ ou réactivation receveur => primo infection, pneumopathie - VIH : récurrence CMV (rétinien, digestique, pulmonaire+++) Traitement: ganciclovir (ou prodrogue valganciclovir) Pas de grosse concentration dans le sang (3-4log) *** Diagnostic :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: diagnostic :END: - Primoinfection postnatale : IgM, IgG +/- CMV - Foetus : PCR CMV liquide amniotique - Congénitale : PCR urine/salive pour distinguer d'une inféction périnalae (sans conséquence mais excrétion virale J21) - Surveillance immunodéprimé : VIH+ et lymphocytes T CD4 < 100/mm^{3} - fond d'oeil si positive ! (choriorétinine) - atteinte SNC: PCR LCS - digestive: biopsie digestive ** Dengue :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: dengue :END: - zone tropicale/substropicale - La plus fréquente (flavirius) *** Clinique :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: clinique-1 :END: - si arthralgie, possible rash associé - TODO: *** traitement :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: traitement :END: symptomatique ** EBV (ADN) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: ebv-adn :END: - Infection lytique et latente - ubiquitaire, transmis voie salivaire - > 95% adultes - immortale et induit prolifération lymphocytes B - latence: 4 profiles d'expression cancers EBV: a minima expression EBNA Adulte et > 4 log - lymphome Burkitt (cellules B) chez enfant afrique - lymphmoe Hogdkin - cancer nasopharynx - VIH : lymphome non hodgkinien (malin), *post-greffe : syndrome lymphoprolifératif*, MNI Stades 1. Primoinfection : symptomatique ou non, dans muqueues oropharynix (cellules épithéliales et lymphocytes B). disséminaton hématogène 2. Latence/persistence : pas de réplication virale et persistance dans les lymphocytes B mémoire 3. Récuerrence : gravité selon status immunitaire : atteinte tissulaire si VIH, transplantation+++ Asymptomatique sinon Diagnostic : Traitement: rituximab (anti CD20) *** Validation :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: validation :END: IgM + sans IgG : immunodépression ? ** Encéphalite japonaise :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: encéphalite-japonaise :END: Très peu de cas par voyageur : vaccination si > 3 semaine en zone rurale ** HHV6/7 :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: hhv67 :END: - Infection chronique persistante - Quasi totalité population - Intégration chomosomique 1% population et transmis cellules germinale - Infection : lymphocytes T, monocyte, macrophages, cellules gliales SNC, hématopoétique - Infection activation (primo/réactivation): asympto/bénin (exantème subit = primo HHV6) - Encéphalite possible, surtout immunodéprimé - Rôle débatut pour SEP, myocardities, SIDA+++ - Diagnostic : PCR (attention iciHHV6, suspecté si 6log -> *confirmation bulbe de cheveux*) - Ttt gaciclovir+++ - DRESS: V7 - ID: réactivation: syndrome pseudogrippal +/- défaillance d'organe Clinique - Exanthème subit/roséole infantile - réactivation si dRESS (toxidermie grave) - fièvre, convulsion, infection respiratoire/digestive, syndrome mononucléosique ** HHV8 :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: hhv8 :END: ** HPV :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: hpv :END: - HPV à haut risque : cancer col utérus, majorité cancers anaux, une partie des cancers anogénitaux et oropharynx - infection col utérin = très fréquente (surtout avant 30 ans) mais transitoire dans la majorité des cas -> ne pas traiter en l'absence de virus ! - pas d'infection persistante par un HPV haut risque : risque quasi-nul de cancer de col de l'utérus - persistance de l'infection et risque de progression supérieurs si infection par HPV16 - recherche HVP haut risque = plus sensible que cyto pour détecter le slésions de haut grade au niveau du col utérin. - choix de la méthoed biomol = selon recos internationales - vaccin prophylactique = protège contre la majorité des cancers attribuables aux HPV *** Algorithme :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: algorithme :END: - 25-30 ans = cyto seule (sinon on détecterait trop de HPV car pic à l'activité sexuelle) - > 30ans : PCR - positive -> cyto: si anomalie, colposcopie, sinon test à 1 an *** PCR :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: pcr :END: rendue positive si > seuil détection et > seuil clinique *** Prévalence :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: prévalence :END: - HPV16+++ quelque soit le cancer - HPV18 cancer col utérus *** Génotype :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: génotype :END: 3 tests possibles - détection HPV sans génotype - 16 et 18 - 16, 18, 45 autres - HPV ** HSV (adn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: hsv-adn :END: - Dermotrope et neurotrope - Phase latente : persiste à vie dans les ganqlions nerveaux sensitifs. - Réactivation de fréquence variable +/- clinique - Phase latente : antiviraux inefficaces => éradication impossible - Formes grave chez nouveau-né, nourisson eczémateux, immunodéprimé *ou* oeil, encéphale, fois - Diagnostic: - autres cas : PCR = la plus utilisé mais ne signifie pas qu'il y a du virus infectieux+++ - méningoencéphalite herpétique = PCR sur LCS - - TTT : aciclovir. Si forme grave, instaurer en probabiliste Intubé > 5log = possible implication ** HTLV :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: htlv :END: Clinique - leucémie à cellules T - paraparésie spastique tropicale = neuromyélopathie chronique 40-55ans Transmission mère-enfant (*allaitement*) ** JC virus :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: jc-virus :END: Immunodépression : leucoencéphalopathie mulitofocale progressive (LEMP) = foyers de démyélinisation -> y penser si VIH avec déficit CD4+ - patients VIH ou immunosuppreuse - Pas de traitement - évolution généralement fatale ** Polyomavirus: BK, JC, MC, TS :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: polyomavirus-bk-jc-mc-ts :END: - Ubiquitaire - Pouvoir pathègen seulement chez immunodéprimé - BK: attente rénale et vésicales chez les transplantés - JC : LEMP si immunodéprimé - MC: carcinome neuroendocrite des cellules de Merkel (âgé ou immunodéprimé) - TS: dysplasie sévère des follicules pileux chez les immunodéprimés - Pas de traitement antiviral -> restauration immune ou diminution de l'immunosuppression ** Parvovirus :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: parvovirus :END: - tropisme précurseurs médullaire lignée érythroïde - précoce : anémie, crise érythroblastopénie aigüe. 2eme phase = production anticorps (éruption, arthralgie) - mégalérythème épidémique, arthralgique -> diag clinique - sauf si compliqué ou contact femme enceinte - anomalie constitutive globule rouge -> crise aigüe -> transfusion culots - immunodépréssion : anémie chronique -> Ig polyvalente - foetus: anémie profonde + myoc'ardite virale +/- anasarque foetaplacentaire -> transfusion pour éviter mort in utero *** Physiopatho :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: physiopatho :END: - Moelle osseuse -> infection + lyse des précurseurs érythroïdes -> *anémie centrale* *** Clinique :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: clinique-2 :END: - Bénigne che l'enfant - *Grave* si *anomalie globule, rouge, immunodéprimé foetus* - Enfant: mégalérythème épidémique (5eme maladie) - Atteinte cardiaque - Adulte (30%): polyarthralgie bilatérale symétrique extrémité - Atteinte érythroblastes: problème si diminution de la vie des globules rouges car l'érythropoièse ne compense plus l'hémolyse périphérise - anomalie de l'hémoglobine : drépanocytose, thalassémie - protéine membrane : sphérocytose , Minkowski-Chauffard - métabolisem G6PD = -> crise (anémie brutale et profonde) mais transifoire - *Attention femme enceinte* ! GR immatures - mort foetale - anasarque (lyse GR = modification pression osmotique) ** Prévalence :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: prévalence-1 :END: - EBV, HHV6, VZV 95% - HSV2 60-80% - CMV 50% (plus dans les pays du sud) - HSV1 10-50 - HHV8 < 10 ** Puumala :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: puumala :END: - Clinique - Fièvre hémorragique avec insuffisance rénale - +/- myopie transitoire - Géographie ~ forêts : pays nordiques, Franche-Comte et Champagne-Ardennes - Fait partie des Hanta virus - Transmission par les excréments des rats ** VCH :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vch :END: Charge virale: augmente vite et fort mais diminue à 0 sous traitement *** Traitement :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: traitement-1 :END: 2 antiviraux d'action directe (ex: sofosbuvir + veplatasvir) ** VHA (arn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vha-arn :END: - petite taille, ARN simple brin, polarité positive - excrété sous forme nue dans les selles mais circule dans le sang sous forme quasi enveloppé - multiplication dans les hépatocytes (sans effet cytopathique) - Lésions résultatns des réponses immuntaires (inné et adaptative) de l'hôte qui détruisent les hépatocytes affectés - maladie aigüe fréquente - diagnostic : IgM spécifique - clinique selon âge : asympto avant 5 ans, le plus souvent symptomatique après - *pas d'infection chronique* - vaccin (qui peut servir de prophylaxie avant et après exposition) - risque épidémique dans population âgée par amélioration condition d'hygiène, diminution circulation et baisse séroprévalence (paradoxal !) *** Notes :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: notes :END: - Trasmission: hautement résistant + écrétion dans les selles - risque : hygiène précaire, traitement eaux usé inefficace - proximité VHA - HSH - zone d'endémie - Clinique - 4 semaine incubation - prodrome pseudogripal - état: hépatite bioloqique : asymptomatique chez l'enfant, bruyant adulte, rare hépatite fulminante - attention à la prise de paracétamol - *pas de portage chronique* - Diagnostic = sérologie : *IgM antiVHA seulement si hépatite aigùe*, IgG antiVHA = passé ou vaccination - *Déclaration obligatoire* - Vaccin + rappel = protection à vie ** VHB (adn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vhb-adn :END: - enveloppé ADn circulaire partiellement bicaténaire et extrêmement compact - multiplication dans hépatocytes (pénétration via récepteur NTPC) sans effet cytopathique - cytolyse lié à la réponse immunitaire - toute infection peut promouvoir le développement d'un hépatocarcinome - 1ere étpa : formation cccDNA inta-hépatique (persiste à vie !) +/- intégration génome humaine (facultatif) - multiplication virale via un intermédiaire ARN avec une transcriptase inversée portée par la polymérase virale et responsable de l'émergence de nombreux variants génétique - plupart de liquides biologique avec concentation importante - contamination: sexuelle et toxico IV (pays industrialisé), mère-enfant -> enfant (pays ressource limité) - complications: asymptomatique - cytolitique sévère voire fulminante - persistance > 6 mois : risque hépatite chronique avec évolution possible cirrhose/cancer foie - dépistage AgHBs, Ac antiHBs, Ac antiHBc - AgHBs positif : chercher coinfection VHD, sérologie HBe, charge virale, atteinte hépatiqiue - vaccin VHB = seule prévention possible HVB, HVD, hépatocarcinome - traitement : IFN (interféron pégylé), analogue nucléositique mais éliminent rarement AgHBs *** Notes :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: notes-1 :END: Transmission: percutané, muqueuses, salive, sécrétion vaginale. Évolution: 10% porteur asympto ou hépatite chroniqu (+/- cirrhose/cancer du foie) Structure : enveloppe extérieure (Ag HBs) et nucléocapside (Ag HBc) Charge virale: évolution en "vague", moins élevée que VHC. Sauf pour infection congénital avec très fortce réplication virale asymptomatique jusque 25-30 ans, puis réponse immunitaire (symptômes variables) *C'est la réaction immunitaire* qui abime le foie et non la réplication. *** Sérologie :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: sérologie :END: - Ac anti Ag HBc = témoin d'une infection mais persiste après guérison+++ - Ag HBe = en général, réplication virale active. Disparait avant Ag HBs. Séroconversion Ag -> Ac antBHC = résolution ou rémission Attention: AgHBe, Ac antiHBe: utilisé seulement pour classification. réplication. Ne pas utiliser pour distinguer infection aigüe (ex: Ac antiHBc) Sérologie - Ac antiHBc: compétition. Négatif si > 1. Sensibilité/spécificite 100% *** Cinétique des marqueurs :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: cinétique-des-marqueurs :END: - Hépatite aigüe guérie : AgHBs+ 1 à 3 mois avant clinique/bio, puis Ac antiHBc - NB: AgHBe souvent associé à réplication virale, disparaît avant AgHBs - fulminante - stade aigu : *IgM anti HBc* constant mais attention, *AgHBs et AgHBe peuvent être négatifs* - réaction/chimio-induite/ surinfection hépatite D: ? - hépatite chronique : AgHBs > 6 mois, AgHBe et Ac antiHBc positif - séroconversion (= négativation) - HBe = négativation AgHBe et Ac-antiHBe positif = évolution favorable - HBs = négativation AgHBs et Ac-antiHBs = objectif ultime - charge virale = suivi chronique car corrélé risque fibrose/cancer foie NB: charge virale peut être négative avec AgHBs + car il y a une éxcrétion d'AgHBs "vides" par le réticulum endoplasmisque alors que les antiviraux vont agir sur la formation "complète" du virus *** Interprétation :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: interprétation :END: | AgHBs | Ac AntiHBs | Ac AntiHBc | Interpretation | |-------+------------+------------+-------------------------------------------| | + | | + | Infecion évolutive (récente ou chronique) | | | | | -> IgM, évolution à 6 mois | | + | | | Hépatite aigüe, post vacin | | | | | faux positif | | | + | | Vacciné ou immunoglobuline | | | + | + | Infection guérie | | | | + | Faux positif, contact | | | | | hépatite aigùe, mutant AgHBs (Asie) | | | | | Pas de contact | *AcHBc isolé* => - IgM HBcpour différencier phase aigùe, ADN VHB et acVCH - possible sous traitement - possible si réplication VHC en parallèle (notion d'équilibre) *** Traitement :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: traitement-2 :END: *tenofovir*, (ancien: lamivudine, emtricitabine) ** VHC (arn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vhc-arn :END: - ARN simple brin de polarité positive. capside icosaédrique et enveloppe - hépatotrope -> infection aiqüe e chronique - aigüe = généralement asymptomatique et évolue vers chronocitié dans la majorité - chronique : activité nécrotico-inflammatoire et fibrose hépatique (gravité variable) - hépatite chronique = 2e cause de cirrose et de carcinome hépatocellulaire après l'alcool. 2500 décès/an - curable par traitement antiviral avec diminution/éradication lésions et régression fibrose - révolution avec nouveaux traitement sans IFN avec > 95% efficacité (inhibiteur de protéase+++) - importance du dépistage ** VHD (arn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vhd-arn :END: - Virus défectif, seulement chez individus infectés par VHB. Utilise les protéines d'enveloppe du VHB pour former les particules virales infectieuses. - ORF -> 2 isoformes proténiques : la petite (s-HDAg) activate la réplication du génome, la grande (L-HDAg) fait inhibent la réplication - CoinfectionVHB VHD non négligeable (10-20 millions) -> maladie plus sévère (aigüe et chronique) - diagnostic : Ac anti-BHV et charge virale plasmatique - Traitement : INF α-pégylé mais peu efficace - vaccination VHB protège aussi contre VHD ** VHE :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vhe :END: - Pays à ressources limités : grandes épidémies, mortalité élevée chez femmes enceinte - Pays industrialisés : transmission zoonotique, transfusion, chronique chez l'ummindéprimé, formes sévère si atteinte chronique du foie, atteinte neurologie - Diagnostic : IgM anti-VHE (+ ARN viral sang/selles chez l'immunodéprimé) - Ribavirine si chronique ** VIH :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vih :END: Patient connu: western blot peut être négatif ! Épidémio: VIH2 = 2% primo: objectif - -2Log à ?? - < 400/mm^{3} - < 50 copies/mL à 6mois *** Diagnostic :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: diagnostic-1 :END: Ac-anti VIH1 et 1 et Agp42 - négatitf: pas d'infection si exposition > 3 semaines - positif: western-blot - positif: contrôle 2e prélèvement pour éviter erreur d'identification + Déclaration Obligatoire (quand ??) - négatif/douteux: primo-infection ? Ag p42 et ARN VIH1 - négatif = réaction non spécifique en l'absence de traitement ou exposition VIH2 - positif = primo-infection probable confirmation par Western blot: obligatoire pour ne pas passer à côté d'une co-infection VIH2 !! IgG contre - glycoprotéine transmembranaire (gène /env/): gp160,gp120,gp41 - capside/matrice/core : p55, p24,p18 (gène /gag/) - enzyme virale (p66, gène /pol/) - intégrase : p34 -> 2 bandes /env/ et 1 bande /gag/ pour /pol/ - Plutot précoce : glycoprotéine, p55,p24 - Plutôt tardif : p34 *** Bila initial :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: bila-initial :END: Séro EBV, CMV *** Traitement :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: traitement-3 :END: 1 ou 2 inhibiteur nucléosidique transcriptase inverse + 1 non nuléo ou 1 intégrase - 1ere ligne : - dulotegravir + 2 inhibiteur nucléosidique. - Attention: abacavir : contre indiqué HLAB*5701 risque d'hypersensibilité - Sinon efavirenz - 2 INTI - Enfant : raltégravir + 2INTi Primo: - objectif = diminuer contagiosité. - Utiliser traitement avec forte barrière génétique - Si possible, traitement par ?? pour faire chuter la charge virale EI: tenofovir = nephrotoxique, sauf forme alafénamide daru = pb cardio vasculaire Note: bithérapie possible dès début. Sinon allègement avec CV indétectable depuis 2 ans *** Résistance :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: résistance :END: Lamivudine, emtricitabine = mutation M134 V/I - codong ATG donne soit ATA (I) sout GTA (V): le premier est plus fréquent à cause d'APOBEC APOBEC= enzyme qui protège des infection virale : édition ARN C-> U qui rend la réplication quasi-impossible. Le VIH a ViF qui désactive cette enzyme. NB: APOBEC peut éditer le génome intégrer (peu d'effet ? contrairement à EBV) ** VZV (adn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vzv-adn :END: - Dermotrope et neurotrope - Latence ganglion nerveux sensitifs -> éradication impossible par le sytème immunitaire ou antirétroviraux - Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant. - presque toujours symptomatique. - formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir - augmentation nombre cas au printemps - femme enceinte: risque - avant 20SA: risque congénital - 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur à J-5 et J+2) - Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome - pas d'épidémie - algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans => valaciclovir en prophylaxie - vaccin ! (varicelle + zona) ** VZV (adn) :PROPERTIES: :CUSTOM_ID: vzv-adn-1 :END: - Dermotrope et neurotrope - Latence ganglion nerveux sensitifs -> éradication impossible par le sytème immunitaire ou antirétroviraux - Primo = varicelle : généralisée, pendant l'enfant. - presque toujours symptomatique. - formes grave varicelle chez immunodéprimé = (val)aciclovir - augmentation nombre cas au printemps - femme enceinte: risque - avant 20SA: risque congénital - 3 semaines avant accouchement : néonat sévère (risque majeur à J-5 et J+2) - Réactivation (endogène) = zona, limité dermatome - pas d'épidémie - algie post-zostérienne = principale complication après 50 ans => valaciclovir en prophylaxie - vaccin ! (varicelle + zona)