* 2024-05-04
** 22:00 Dragmap
Correction PR

- compliation ne fonctionne plus avec glibc : explique nixpkgs review.
  Mise àjour glibc
  https://github.com/bminor/glibc/commit/64b1a44183a3094672ed304532bedb9acc707554
  fait le 16 mai donc il faut <= glibc-2.37.9000. On patche simplement
  la ligne fautive, en supprimant le pclose -> OK
- test fonctionnel

1. il faut générer hash du génome qui doit être décompressé

#+begin_src sh
cd ~/code/human_genome_assets/sequence/GRCH38
gunzip GRCH38_full_analysis_set.fna.gz
#+end_src

On extrait à la main seulement le chr1 et renomme en chr1.fna

#+begin_src nu
dragen-os --build-hash-table true --ht-reference chr1.fna
dragen-os -r sequence/GRCH38/ -1 SRR1518158_1.fastq.gz -2 SRR1518158_2.fastq.gz | save test.sam
#+end_src

Après tri du bam correspondant, ok