:PROPERTIES:
:ID:       baeadc69-3352-4f3f-8d87-0b74ad9c920f
:END:
#+title: Fichiers BAM
#+filetags: bioinfo

* Astuces
** Couper un BAM par chromosome
#+begin_src sh
 bamtools split -in 2200519525-63060439-GRCh38.recal.bam -reference
#+end_src
*Attention* Ne pas utiliser =samtools view= peut causer des soucis car les @SQ vont contenire des références aux autres chromosomes

** Convertir un SAM en BAM
#+begin_src sh
samtools view test.sam -o test.bam
#+end_src