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#+title: Musich2021

Méthodes
- Alignement sur génome de champignon
- BWA, Bowtie2, MUMmer4, STAR, HiSAt2
- Dual Xeon E5-2643 (six cores and 12 threads for each processor) with 512 GB of RAM
- timed as CPU time (user + system).
- données RNA-seq

RésultatS
- Qualité:
  - taux d'alignement : BWA et bowtie2 = meilleur. MUMmer, STAR intermédiaire
  - runtime par read : HISAT2 = le plus rapide, intermédiaire = BWA, bowtie2, star
  - parallisésation: bowtie2 (0.999) et MUMmer4 (0.981= meilleur, bwa correcte avec (0.833), hisat 0.876
Utile pour scaleup