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#+title: Hu2021


Revue plus courte

Short-read: Illumina (MiSeq, NextSeq, NextSeq...) et Thermofirschser (Ion Torrent).
- amplification clonale = soit avec des "billes" (beads) (Io torrent) our sur des flow cells. L'ampliication se fait par "emulsion PCR" (ion torrent) ou "bridging" (Illumina) ()"solid phase"
- ion torrent: limites = homopolymère mais taux d'erreur par bp < 0.1%
- illumina: taux d'erreur 0.1% mais temps d'exécution long sur miseq, fortement dimunié sur génération suivantes (https://www.illumina.com/systems/sequencing-platforms.html)
# TODO image de [cite:@goodwin2016]
Long-read: > 10kb mais avec des taux d'erreurs initialeent trè élevé.
- Pacbio (Pacific Biosiciences)): + long read (5% > 135kb) (utile pour HLA), données en temps réals, pas d'amplification PCR. Taux d'erreur initialemen très élevé (14%) mais combiné avec du short-read, diminution. Coût.
- Oxford nanopore (ONT)): reads > 1mb, même avantages que PacBio mais moins cher, plus petits et portables.