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#+title: Hatem2013

Vieil article mais plus exhaustif

Méthodes
- Bowtie, Bowtie2, BWA, SOAP2, MAQ, RMAP, GSNAP, Novoalign, and mrsFAST (mrFAST)
- données génomiques de synthèse: wgsim (erreur de distirbution uniforme) et ART (biais illumina)
- données RNA-seq
- génome de souris ("similair behaviour" que sur le génome humain

Résultat:
- performance = taux de reads alignés
- throughput (bp mappé par seconde)
- SNP: GSNAP > bowtie2 = bwa
- comparaison autre génomes animaux : performances semblables entre les outils
- sensibilité : taux de reads aligné correctement : bowtie (93)>BWA > bowtie2 (85%)
- scalabilité :
  - 8 threads : bowtie < bowtie2 > bwa
  - 8 coeurs : bowtie = bwa = SOA = FANGS

Conclusion : pas de meilleur aligneur pour toutes les métriques. Bowtie = meilleur throughput. BWA = meilleur pour reads plus long