#+title: Bibliographie pseudogène #+date: [2024-07-16 mar. 10:49] #+filetags: :projet:pseudogene:meta:auragen: #+identifier: 20240716T104934 * TODO liste gènes - PMS2 and NF1 * Contexte - [cite:@cheetham2019] définition pseudogène et la découverte de leurs rôle - [cite:@yang24loss] revue de bactérie mais donne les types de pseudogene, algos <3 et base de données - [cite:@chen2020rerecognition] idéal pour l'intro (utiliser la conclusion), inutible pour les pipeline (pas de mise à jour) - [cite:@blueprint2020] court et accessible * État de l'art ** KILL Découverte de pseudogène : hors du scope ! CLOSED: [2024-07-23 Tue 15:26] À tester - [cite:@abrahamsson2022ppsifinder] intéressant, python, récent - [cite:@syber2022pseudofinder] bactéries + archées. Comparaison génome-base de données protéines ou autre génome - utilisé par gencode (voir [cite:@pei2012gencode] qui combine curation manuelle (ex-HAVANA) avec pseudopipe et rétrofinder) - [cite:@zhang2006pseudopipe] vieux, code disponible, utilisé par gencode (voir ci-dessous) - [cite:@baertsch2008retrofinder] code disponible, utilise ARN messageisé par gencode (voir ci-dessous) - [cite:@boer2023processen] récent, code disponible, processed seulement Doute - [cite:@miller2021sideretro] sideRETRO code disponible mais seulement les polymorphiques et "somatically inserted" -> pas pour nous ? - [cite:@cabanac2023p] à tester ??? seulement validé sur plante et github marqué WIP Identification - détection de perte de gène: à tester ?? - https://github.com/hillerlab/GeneLossPipe - remplacé par https://github.com/hillerlab/TOGA (nextflow): annote gène, marque orthologue et processed pseudègen Non - [cite:@zheng2007pseudogenes] idem [cite:@pei2012gencode] mais avec pseudofinder en plus, qui n'est pas disponible - [cite:@solovyev2006automatic] historique, ENCODE, 2006, code payant/non dispo - [cite:@zou2009evolutionary] sur les plante, utilise pseudopipe 2006 - [cite:@mascagni2021structural; @camiolo2018identification] inspiré de pseudopipe, plante (le premier article utilise les résultats du second) - [cite:@cooke2014processed] méthode déjà vue ailleur et c'est du cancer ** KILL Base de données CLOSED: [2024-07-23 Tue 15:26] voir [cite:@yang24loss] pour les ref - psidR par GENCODE (intégration de plusieurs pipeline) - pseudoMap - pseudoFam - pseudogene - pseudoFuN - Dreambase * Related - [cite:@van2006ppfinder] idée intéressante, non maintenu depuis 2006 (?) *** KILL Peu utile CLOSED: [2024-07-23 Tue 15:26] - [cite:@ijms17121991] mini-comparaison de 3 vieux pipeline mais mal écrit et vieux - https://github.com/kelkar/Discover_pseudogenes non maintenu > 7 ans, - https://github.com/SBCSnicholsLab/pseudogene_quantification Proportion d'ADN vagrand (extra-nucléaire) : pas le scope * Méthode - Biblio - https://github.com/topics/pseudogenes - recherche google