* 2024-07-03 ** 13:05 Bioinfodiag Julien Gganeur Litérature : edgeR, deseq2 = analyse différentielle entre 2 maladies Ici: on cherche un outlier dans une distribution. Pour un ensemble d'échantillons, stats pour identifier le gèneavec une expression aberrante ! *** Outrider Input = matrixe nb d'échantillions par gène -> on retient 10-14k gènes dans la cohorte Sttatsu Sortie pour chaque échantillons et un gène : fold change <5 gènes outlier par échantillons ! *** Fraser regarde l'épissage: anomalies ? Une seule métrique pour couvrir tous les cas d'épissages alternatif (Jaccard index) matrice en entéeée on compte les redas "split" et ceux on split à chaque conjuction. Matrice d'index de Jaccard Sttas Sortie taux de fausse découverte et valeur quantitative ΔJaccard < 10 gènes par échantillons *** DROP = pipeline intégrant les 2 - input: BAM (RNAseq) et VCF (DNA) + génome référence + annotation par gène - modules : exrpession aberrante, épissage aberrante, expression monoallélic Dispo github https://github.com/gagneurlab/drop Contrôle qualité : - vérifier variants dans transcrit sont bien dans le génome - profondeur de séquencage - expression des gènes Sortie: pour un ARN et un gène : AbEx, AbSp, MAE *** Reco pour annotation des résultat Il en faut 43 - ARN : vérifie plot (pas de bruit) - ADN : y a-t-il des variants qui supportent le mécanisme ? Douteux si : pas de avariant rare, pas de génome, mécanisme non clair ou non retrouvé en laboratoire - clinique: similarité HPO - ségrégation: Excl si ségrégation non en faveur, évenement non clear, non retrouvé en fonctionnel, phénotpe très différent *** Cas clinique 1. del 9Mb. NB: 60% gènes OMIM sont exprimés dans le sang !! 2. deletion 1bp mais manque 2e varant. Expression diminuée FRASER: nouveel exon créé ? Vérifié IGV Où est le second variant : 2e variant dans ce nouvel exon 3. Cohorte : étude ARN : parmis les 5 outliers qui collent le plus à la clinique un gène retrouvé (NOP56) avec STR récemment connu 4. Étude de cas : DI + cardio -> rien de conclusif dans ADN ** 14:48 Discussion Maelle couchdb ok pour héberger sur un VM "proche" couchdb ok pour faire un minisite web Sera seulement accessible aux gens avec URL (+ compte ?) Clément: faire des specs pour Alain Problème : comment faire des backup ?