#+title:      Re-recognition of pseudogenes: From molecular to clinical applications
#+date:       [2024-07-17 Wed 16:42]
#+filetags:   :bib:pseudogène:
#+identifier: 20240717T164222
#+reference:  chen2020rerecognition

Non lu mais (hormi l'aspect logiciel + conclusion).
Donne beaucoup d'informations sur les pseudogène et leur fonction (ADN, ARN, protéine), idéal intro mais long

* Détection
** ADN
- pseudopipe
- pseudofinder
- retrofindder

Base de données : ENCODE, FANTOM  = construite sur plusieurs pipeline -> gold standard
** ARN
RNA-seq = choix de référence. Nombreux pipeline
qRT-PCR et microarray moins chez mais attentio à la spécificité des sontes
ISH et FISH = distribution des transcripts

* Conclusions de l'article
1. != poubelle car nombreuses fonction (ADN, ARN, protéine) notamment la capacité d'encode des proténies fonctionnelles !
2. produit de mutation dans un gène -> 3 catégories
3. spécificités associés à une cilinuqe notamment une distributuion large et inégale, une expression  avec des motifs spatiotemporels et conservé dans l'évolution -> utilisation possible en diagnostic, pronostic et thérapeutique
4. méthode actuelle améliorées au niveau de l'ADN et ARN mais encore au début