:PROPERTIES:
:ID:       ee261ae7-3511-46e0-8c9a-ad4318850104
:END:
#+title: Appel de variant

- SNV et petits indel <= 50bp : haplotypecaller
  - taille des indel : haplotypecaller semble monter jusque 108bp ?
  - +genotypevcf = appel par groupe après hapolytpecaller
- [[id:7c2aae7d-c1a3-4ff5-91f4-14888c6fd590][Délétion et duplications 50bp - 21kb]]
- [[id:6ee24af9-f9fd-4046-8c3a-3b0d077123b3][Gains et pertes > 21kb]]
- [[id:325fe1c2-98c7-4636-8d9f-72135a566bc7][Variants structurels]]
- STR :[[id:e4568e0f-e9e1-4432-9b56-c2cece9d9d11][Expansionhunter]]

[[id:2228958a-bcde-4256-819d-00237877e5e5][Limite appels de variants]]