#+title:      IGV
#+date:       [2024-07-23 Tue 11:38]
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#+identifier: 20240723T113800

* Translocation
- read avec softclip
- alignement sur un aute chromosome (couleur)
- vérifier qu'il n'y a pas eu de perte de matériel avec BLAT : on doit retrouver les régions correspondant au point de cassure
- vériifer absence d'inversion dans BLAT: un read doit être aligné dans le même sens sur les différents chromosomes (+ sur chX et + sur ch10 par exemple)
* Astuces
- voir reads de mauvaise qualité : "tag" -> "MQ0" et mettre softclip
- (spécifique auragene) : pour basculer en mode CNV, "igv-mr.hmtl" -> "igv-mr-cnv.html"