#+title:      Estimating the number of diseases – the concept of rare, ultra-rare, and hyper-rare
#+date:       [2024-07-19 Fri 16:47]
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#+identifier: 20240719T164742
#+reference:  smith2022estimating

Concept de maladie ultra-rare < 1/108

Quelques info intéressantes pour notre projet (survolé le reste)
- importance de la taille du gène : plus il est petit, moins il y a de chance d'avoir un variation (ex: MIR140 = miRs)
- polygénisme
  - soit vrai variants causals -> problème de la consanguinité
    - et les variants s'influencent entre eux
  - soit polymorphismes (difficile)
- Figure 3 >= gènes impliqué avec fréquence et nombre de malaidie estimées
  - hypothèse : pas de consanguinité
  - ajustement pour la non-interférence des phénotype entre-eux (donc pas de nouveau phénotype résultat de la combinaison des 2): on suppose que seul 1/3 sont concernén ()

- calcul théorique du nombre de maladies
  - estimation ~100 variant LOF dans le génome humain en moyenne [cite:@macarthur2012systematic]
    - ~20 gènes complètement inactivé
    - de nombreux variant ne causent pas de maladie (mme source)
  - 10k estimé par[cite:@haendel2019how]
  - si on considère que des SNV de la moitié des gènes causes des maladies, en théorie 12 000 ! (factorielle) possibilités TODO pourquoi 12 000 ?
    - moins si on considère des morts foetales
    - plus si on considère les facteurs exogènes
    - NB: les gains de fonctions ont le potentiel de faire plus de phénotype que LOF