* 2024-06-13
** 09:19 Réunion axe 3
*** Quentin
NovaseqX : trop de faux positifs sur les SNV avec VAF en gaussienne à 0.25.
Chimie a priori non changée.
Conséquence probable : +30% variants rendus
TODO:
- il faudrait revoir les filtres sur la qualité du basecalling pour enlever le bruit.
- vérifier si certains filtres sortent plus

*** Alain
Volumétrie : limite sur isilon1 → ménage en cours. Pour les dossiers non rendus, on garde les bam
Normalement transparent avec autolaunch-upgrade : il convertit les CRAM en BAM si nécessaire puis supprime les BAM.