#+title:      Loss to gain: pseudogenes in microorganisms, focusing on eubacteria, and their biological significance
#+date:       [2024-07-17 Wed 16:10]
#+filetags:   :bib:pseudogène:
#+identifier: 20240717T161021
#+reference:  yang24loss

Revue, axée bactério mais fait le travail

Types de pseudogène (image décente)
- dupliqué ("unprocessed")
- rétropseudogene ("processed")
- et pour les mamifère : dérivé d'ARN circulaire

Identification
- pseudopipe [cite:@zhang2006pseudopipe]
- pseudofinder [cite:@zhang2006pseudopipe]
- rétrofinder [cite:@baertsch2008retrofinder]
- sideRETRO [cite:@miller2021sideretro]
- psyfinder [cite:@abrahamsson22ppsifinder]
- pseudofinder [cite:@syber2022pseudofinder] (2022)

Base de données
- psidR par GENCODE (intégration de plusieurs pipeline)
- pseudoMap
- pseudoFam
- pseudogene
- pseudoFuN
- Dreambase