:PROPERTIES:
:ID:       923cc8ea-eb7e-424d-989e-062b943d281e
:END:
#+title: Filtres

[[https://auragen.atlassian.net/wiki/spaces/~7120201ca2598be5ef4936a1110033f28f4fed/overview][Vue d'ensemble du pipeline]]

#+BEGIN_SRC dot :file images/test-dot.png :exports results
    digraph TD {
    F1[label="Filtres primaires\n(big list)"]
    A2[label="Annotation Curagen\n(tight list)"]
     F[label="Filtres Curagène"]
    VEP -> F1
    F1 -> SeqOne
    F1 -> A2
        A2 ->  F -> Rapport
          }

#+END_SRC

#+RESULTS:
[[file:images/test-dot.png]]

* Filtres primaires
- (probablement) patho clinvar
- ou (AF < 5 % gnomad v3 et (AF < 1% gnomad et < 10% cohorte Auragen)

Attention, on ne filtre plus sur (VAF > 10% et au moins 2 reads avec variation) pour seqone
* [[id:94038e1b-de4f-48f2-acc4-0ee0e75cf197][Curagen]]

* SNV