:PROPERTIES:
:ID:       98292470-4cac-4d92-976a-f105192dfd8b
:END:
#+title: SNP-array

2 types de plot
- BAF = "B" allel frequence = allèle alternative (non réference)
https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/baf.html
0 ou 0.5 ou 1 pour autosome (cf figure ci-dessous)
0 0.33 0.66 ou 1 si duplication
[[./images/copy-number.png]]

- log R ration = log2((R_A + R_B)/Rexpected) où Rexpected = interpolé. Abondance relative du SNP et est corrélé a nombre de copies

  Isodisomie : 1 seule copie donc homozygote
  Hétérodisomie : 1 copie mais du même parent donc hétérozygote mais "même couleurs"