245NIQ5D2RXAMRBKA7MA4PWZBNEUGO6HZZB46YZHI7TERUEX2E7QC AZYRMLWV65VAHND5G3SXGB6DLWR2DO64T7H6C3NIFHW2EBXP3KTQC Y2SHXHEPVYTZSL3ZW222W7E76VCBHEVZLFLPAMW6Y5CKAHPK6RPAC M6GJ5MQ7PKVD5SKOL3VMTZAEGONBDDRQIXW3LGTJAVCQX77ADRCQC 2QF7HCG5CLNOBSZUKSHRI2MR4FHHXWY22ZP7JMWD52ZSO2LO2DLAC D7C6HJBOMSGMIVHXWDTYRK5GJ2LWWPKQKI3GFQLHN3XHGH4KEKXQC EXXDISQ3I67ZY3JZP7BFBDXLHLL5YIPQMXYMN4IPTNYJFOFPLOPAC VF7UKNIF73KICCJULRNI4TBTFIRQDFXIP2SEFXPK7NX5H3B4XMCQC #+title: Friday 26 July 2024 11:59#+date: [2024-07-26 Fri 11:59]#+filetags: :journal:#+identifier: 20240726T115901* Biblio pseudogène- méthode simple pour rattrapager sur les shortread [cite:@ebbert2019systematic]
#+title: Systematic analysis of paralogous regions in 41,755 exomes uncovers clinically relevant variation#+date: [2024-07-26 Fri 09:52]#+filetags: :bib:chameleolyser:pseudogène:#+identifier: 20240726T095249#+reference: steyaert2023systematicIdentification SNVV,indel, CNV et "ectopic gene conversion" en exome sur région homologues* Contexte:PROPERTIES::CUSTOM_ID: h:0637a6fa-b137-434c-94d7-b08c4caba476:END:- région paralogues- 17000 gènes codant ont une séquence fortement identiques à d’autres régions du génome (=paralogue)- origin : duplication/rétro-transcription dans l’évolution- divergence avec accumulation de mutation -> parfois perte de fonction -> paralogue non codant (pseudogene) ou codant mais différente fonction- ectopic gene conversion- copie d’une séquence homologue d’ADN (donneur) sur une autre (accepteur). Mécanisme = erreur pendant recombinaison homologue duran ala méoiose- 1% des gènes impliqués maladies héritées- problème :1. gene conversion non indentifié en exome/genome- les reads sur la région "acceptrice" sont aligné sur la région "donneuse" -> peu de reads sur la région acceptrice -> pas de SNVs appelé- identifié comme délétion lors de l’appel de CNV2. les régions identiques à 100% auront une qualité d’alignement de 0 (car multiple endroits possibles)- Méthodes existantes- CNV:- utilisation de profondeur sur des nucléotides uniques : inconvénient : génome (pas un problème pour nous...) et ne fonctionne pas pour les gene conversion- *rien pour les SNVs/indel sur paralogue identique*- [cite:@ebbert2019systematic] : caractérisation mais pas de solution concrète d’après les auteurs.* Algorithme1. extraction des reads (3.5% exomes) affecté par l’homologie de séqueunce2. ré-aligné sur génome de référence en masquant les régions homologues3. appels de variantPour différence délétion homozygote et ectopic gene conversion1. analyse de la couverture dans l’alignement initial :- les reads du site accepteur seront aligné sur le site donner -> pas de reads à cet pas de reads sur le site et 2x sur le donneur* Validation- Long-read Pacbio sur 20 échantillions- sur 769 SNV/indel non du à une gene conversion -> 678 confirmé- 8 gene conversion homozygotes -> toutes retrouvées- 15 délétion homozygotes -> 13/15 confirmée- 5 patients GIAB : NA12878 HG002-5- attention: il faut le meme kit, donc ils n’ont regardé que les SNV/indel ne résultant pas d’un gene- 118SNV/indel non résultat d’un gene conversion -> 98 concordent** Données disponible- pacbio maison: accès restreint, à demander- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001009109 6 trio + 1 proband en HiF 30X- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001011305 STRPC1 sur cohorte- giab [[https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-023-42531-9/MediaObjects/41467_2023_42531_MOESM11_ESM.xlsx][Liste des variants]] disponible mais à revoir* Résultats autres** Comparaison avec autres appels de variants- SNV et indel non dépendant gene conversion- GTK et deepvariant
#+title: Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human disease#+date: [2024-07-26 Fri 12:09]#+filetags: :bib:pseudogène:#+identifier: 20240726T120945#+reference: robert2015errorsCité par [cite:@ebbert2019systematic] mais pas de stratégie pour les multi-map en RNAseq, si ce n’est les grouper
#+title: Systematic analysis of dark and camouflaged genes reveals disease-relevant genes hiding in plain sight#+date: [2024-07-26 Fri 10:52]#+filetags: :bib:pseudogène:#+identifier: 20240726T105257#+reference: ebbert2019systematicJuste lu les méthodes pour "rattraper" variantsDéfinition- dark = nombre insuffisant de reads ou qualité d’alignement insuffisante pour appel de variant- seuil retenu : <= 5 reads ou >= 90% ont MAPQ < 10- camouflaged : région "dark" à cause de duplication (seuil retenu : simularité de 98% avec BLAT)* Rattrapage- long-read- short-read si aligement >= 2 régions, BWA va aligner au hasard et mettre une qualité à 0. Rattrapage1. extraction des redas des régions "camouflée"2. masquer les régions similaires du génome de référence sauf 13. ré-aligner4. appel de variantDit s’inspirer de[cite:@robert2015errors] mais ils ne font que grouper les reads mal alignés
**** DONE Systematic analysis of dark and camouflaged genes reveals disease-relevant genes hiding in plain sightCLOSED: [2024-07-26 Fri 12:12] SCHEDULED: <2024-07-26 Fri>:PROPERTIES::TITLE: Systematic analysis of dark and camouflaged genes reveals disease-relevant genes hiding in plain sight:BTYPE: article:CUSTOM_ID: ebbert2019systematic:AUTHOR: Ebbert, Mark TW and Jensen, Tanner D and Jansen-West, Karen and Sens, Jonathon P and Reddy, Joseph S and Ridge, Perry G and Kauwe, John SK and Belzil, Veronique and Pregent, Luc and Carrasquillo, Minerva M and others:JOURNAL: Genome biology:VOLUME: 20:PAGES: 1--23:YEAR: 2019:PUBLISHER: Springer:URL: https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-019-1707-2:END:**** KILL Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human diseaseCLOSED: [2024-07-26 Fri 12:09]:PROPERTIES::TITLE: Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human disease:BTYPE: article:CUSTOM_ID: robert2015errors:AUTHOR: Robert, Christelle and Watson, Mick:JOURNAL: Genome biology:VOLUME: 16:PAGES: 1--16:YEAR: 2015:PUBLISHER: Springer:END:
}@article{ebbert2019systematic,author={Ebbert, Mark TW and Jensen, Tanner D and Jansen-West, Karen and Sens, Jonathon P and Reddy, Joseph S and Ridge, Perry G and Kauwe, John SK and Belzil, Veronique and Pregent, Luc and Carrasquillo, Minerva M and others},title={Systematic analysis of dark and camouflaged genes reveals disease-relevant genes hiding in plain sight},journal={Genome biology},year={2019},volume={20},pages={1--23}}@article{robert2015errors,author={Robert, Christelle and Watson, Mick},title={Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance to human disease},journal={Genome biology},year={2015},volume={16},pages={1--16}
}@article{samocha2014framework,author={Kaitlin E Samocha and Elise B Robinson and Stephan J Sanders and Christine Stevens and Aniko Sabo and Lauren M McGrath and Jack A Kosmicki and Karola Rehnström and Swapan Mallick and Andrew Kirby and Dennis P Wall and Daniel G MacArthur and Stacey B Gabriel and Mark DePristo and Shaun M Purcell and Aarno Palotie and Eric Boerwinkle and Joseph D Buxbaum and Edwin H Cook and Richard A Gibbs and Gerard D Schellenberg and James S Sutcliffe and Bernie Devlin and Kathryn Roeder and Benjamin M Neale and Mark J Daly},title={A framework for the interpretation of de novo mutation in human disease},journal={Nature Genetics},year={2014},volume={46},number={9},pages={944-950},doi={10.1038/ng.3050}
}@article{samocha2014framework,author={Kaitlin E Samocha and Elise B Robinson and Stephan J Sanders and Christine Stevens and Aniko Sabo and Lauren M McGrath and Jack A Kosmicki and Karola Rehnström and Swapan Mallick and Andrew Kirby and Dennis P Wall and Daniel G MacArthur and Stacey B Gabriel and Mark DePristo and Shaun M Purcell and Aarno Palotie and Eric Boerwinkle and Joseph D Buxbaum and Edwin H Cook and Richard A Gibbs and Gerard D Schellenberg and James S Sutcliffe and Bernie Devlin and Kathryn Roeder and Benjamin M Neale and Mark J Daly},title={A framework for the interpretation of de novo mutation in human disease},journal={Nature Genetics},year={2014},volume={46},number={9},pages={944-950},doi={10.1038/ng.3050}
*** TODO Porter script en hg19
*** TODO Vérifier concordances**** TODO GIAB ? [cite:@steyaert2023systematic]Non clair, région masquée ?- giab [[https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-023-42531-9/MediaObjects/41467_2023_42531_MOESM11_ESM.xlsx][Liste des variants]] disponible**** TODO Accès données pacbio : voir avec Julien [cite:@steyaert2023systematic]- pacbio maison: accès restreint, à demander- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001009109 6 trio + 1 proband en HiF 30X- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001011305 STRPC1 sur cohorte*** TODO Porter script en hg38
SCHEDULED: <2024-08-02 ven.>/Entered on/ [2024-06-25 mar. 13:58]
SCHEDULED: <2024-07-31 Wed>Discuté avec Pauline [2024-07-26 Fri] : ok pour envoi par Marine la semaine prochaine*** DONE Vérifier consentement pour envoi "recherche"CLOSED: [2024-07-26 Fri 13:58] SCHEDULED: <2024-07-26 Fri>/Entered on/ [2024-07-26 Fri 13:31]
- présenter résultats sur forum- modèle stats (si fini)Pseudogène- demander accès pacbio ? validation faite sur 6 patient GIAB mais ils ont fait du long read hifi. Il faut passer par une commission- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001009109 6 trio + 1 proband en HiF 30X- https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001011305 STRPC1 sur cohorte
*** WAIT MR-2400560NPRL3 3x gnomad mais score vert... faux-sens décrit dans la pathologie, colle clinique, clinvar VOUS... -> revoir le père ?
*** WAIT MR-2400560: négatif poussé hygen, à transmettre JérémieSCHEDULED: <2024-07-29 Mon>4x gnomad, tronquants surtout rapporté (mais pLI 0.19), scores bénin sauf CADDDomain fonctionnelfaux-sens décrit dans la pathologie, colle clinique, clinvar VOUS... -> revoir le père ?Publi : 11 enfant épilepsie NPRL3 + biblio (88 cas)- moléculaire : 75% perte de fonction- clinique : "sleep-related hypermotor epilepsy (SHE), frontal lobe epilepsy (FLE), and temporal lobe epilepsy." surtout, majorité IRM normale- ici 2 faux-sens conservé Ala134Thr et Val217