* TODO Trisomie 13
* TODO Monosomie X

* Caryo
** TODO Transloc Robertsonien
* Principales techniques d’analyse des anormalies génétiques à l’échelle du gène (Collège)
** Extraction
- ADN: tissu frais, congelés (Guthrie, frottis, cheveuxx..). Habituellement : leucocycte du sang sur tube anticoagulant
- NARN: cellules en culture, tissus à -80 ou tissus frais
  Phénol/chloroforme = référence
  Conservation
  - ADN purifié : 4°
  - ARN : -80
    Qualité : éléctrophorèse (2 bandes pour ARN, 1 bande pour ADN)
** Enzymes de restriction
Coupe ADN double brin sur séquences spécifiques
** Polymérases
*** ADN polymérases
3 types de réactions
1. construit ADN à partir d’un brin d’ADN +  extrémité 3’OH libre
2. proofreading (sens inverse)
3. élimine fragment appariés
*** ARN dépendantes (transcriptase inverse)
ARNm -> ADN complétentaire
** Électrophorèse
Aciden nucléique = macromolécule chargées -> migrent dans un champ électrique
Plus le fragment d’ADN est petit, plus il migre haut
** Southern blot
Étude d’un fragment d’ADN -> semi-quantitatif -> peut mettre en évidence
- délétions/insertions > 150-300pb
- inversions
- cartographies de restrictions
*** Méthode
ADN digéré par des enzymes de restrictions
Fragments séparés par du gel d’agarose
Ajout sonde spécifique puis lavage pour enlever les séquences non spécifiques
** Northern Blot
Southern Blot mais sur ARN
Montre
- absence/diminution ARNm (réarrangements majeurs, mutation promoteur, anomalies transcription/transcrit instable)
- taille
- transcrits alternatifs
** PCR
Amplification d’une courte séquence d’ADN pour avoir une grande quantité de matériel nucléique
*** Méthode
1. Dénaturation : en chauffant, ADN double brin -> simble brin
2. Hybridation amorces complémentaires (identifie la région à amplifier)
3. Polymérisation: avec ADN polymérase ADN dépendantes, on reconstitue ADN double brin
   On répéte la technique pour avoir $N_0 (1+\epsilon)˰n$ matériel où $\epsilon$ est le rendement
   Vérification de la qualité par électrophorèse
*** RT-PCR
Idem mais pour ARN. Permet
- transcript anormaux (mutation l’épissage)
** Sanger
On part d’un ADN simple brin. Puis synthèse du brin complémentaire mais en remplacant les dNTP par des ddNTP.
Les ddNTP sont intégrés au hasard et arrḙtent la formation de la chaine.
On obtient des fragments de différentes tailles, séparés par électrophorèse.
Les ddNTP sont couplés à des molécules fluorescentes -> chaque bande aura une couleur spécifique du nucléotide
Avantages: séquences plus longues que le NGS (700pb) avec très peu d’erreur
-> utilisé pour valider résultat

#+title: Td Variants
#+author: Dr Svetlana
#+date:<2022-07-01 Fri>
c.-13-12
On peut avoir ATG (5’) dans un exon... donc on serait en introninque avant l’exon contenant ATG
Interprétation des variants
1. Recommandation sécifique à mon gène ? Regarder sur cspec.genome.network/cpec/ui/svi
   Si oui, OK
   Sinon, recos ACMG
2. Faux-sens ?
   - Regarder si PP3 (prédt patho)
   - PM1 (hotpsot fonctionnel -> voir avec labo pour )
3. Perte de fonction
   peut en pas ḙtre pathogène
   NMD: protection contre les transcript aberrants
   Si codon stop prématuré, dégrade le transcrit
   Règle : épissage -> colle les exons mais il reste des marqueurs entre les exon
   -> si codon stop mais qu’il reste encore des "marqueurs" entre les exons, dégrade le transcrit
   Se fait pas le ribosome
   Le NMD escape est du à la taille du ribosome !
   NB: Pour les variants frameshift, nmdprecition.shinyapps prédit le codon stop
   Transcript physiologique/pertinent = de référence : activer MANE dans les tracks UCSC (coorde ENSEMBL et Re)
4. Ségrégation
* NB
- Feinte : attention au sens de lecture
- REVEL ou cadd sur UCSC <3

#+title: Td Prenatal
* Cas 2
TODO
1/27 : faussement augmenté du à l’˰age
1/500 équilibré: DPNI (NB: si porteur transloc)
* Cas 3
** Muco
Récupérer les résultat de la nièce rapidement
Si on a les mutations, on cherche l’htz d’abord chez le mari, puis la femme (si on n’a pas le temps, on fait les 2 en mḙme temps). Si les 2 ont la mutation, diag prénatal avec prélèvement invasif
** Transloc équilibrée
Biopsie trophoblaste : foetus porteur transloc équilibrée
Ordo: acte + analyses (biopsie trophoplaste + caryo)
** T16
Transloc équilibré -> peut donner 2 chr normaux
Contr˰ole pour voir si limité au placenta
Vu le retard de croissance, ponction liquide amniotique : 46XX
On vérifie qu’il n’y a pas de contamination maternelle
Suivi écho : si d’autres signes, ACPA !
** T13 , retard de croissance
T13 en mosaïque -> grave, discussion IMG avec CPDPN
Expliquer risque de récurrence: très faible
* Cas 6
T21 et X fra causes les plus fréquentes de DI
- Compliqué d’avoir l’oncle mais on peut récupérer le max d’information (photos...)
Ne pas passer à ˰oté d’un syndrome d’X fragile (non vu en exome, et en ACPA)
- Grand-père : FXTAS ? (tremblements, mouvements non contr˰ollés)
- voir le fils atteint en consultation
- grossesse en cours
  CAT selon clinique : X fra si en faveur.
  Sinon ACPA + Xfra selon la clinique (fils +/- mère)
  Faire rapidement ACPA chez fils et mère
  NB: conseil : phénotype compliqué à prévoir chez la fille
* Cas 7
malfo chez enfant -> ACPA
- arbre (fentes, malfo)
- mère : doigts longs et fin (di george), voix nasonnées
- phénotype du fils ()
chercher del22
NB:  père peut ḙtre asymptomatique et porteur
* Cas 8
Fente labiopalatine en prénat
nuc (noyau) ish (FISH)
sondes 13 18 21 X Y: 1X et 1 Y (DXZ1, DYZ3)
RB1 = rétinoblastome, chr13
D18S887 = chr18
DSCR4 (downsyndrome) 21
Ici 60/100 noyau normaux, autres = t13 ()
Pas de contamination car tous XY
** Autre demande
Ici XX -> contamination ?
Mosaïque = à n’importe quel stade de la grossesse
** Caryo père
Transloc robertsonienne 13-14
Risque de récurrence prochaine grossese : transloc, T13, T14
Refaire enquḙte familiale du c˰oté du père !!!
Et il faut l’accord du père
* 8bis
Patiente ne doit pas recevoir le résultat génétique !
Suspicion T13
Toujours confirmer DPNI avec geste invasif !!
Amnio normale ->_suivi écho seule
T15 sur biopsie trophoblaste ->_proposer IMG. Si refus, suivi
* 9
46XXY
3 chr 13, 18, 21
-> triploidie (non vu à l’ACP)
Peuvent arriver à terme, développement peut ḙtre tardif
* 10
Fragment de cordon
FLP, microphtalmie, hexadyctaly -> T13
*Syndrome anténatal à connaitre : T13, 18, 21, monosomie X*
Gain à l’ACPA: duplication, chr surnuméraire ? ->_toujours demander caryotype
* 11
manque un X
petit chromosome appelé un "marqueur"
Hyperclarté nucale -> proablement issue de l’X
À confirmer par FISH ou ACPA
Anneau de l’X : mal vu en FISH
Risque de DI par rapport au Tuner
Chercher également SRY pour risque de gonadoblastome
* 12
3 FCS
Caryo chez les 2 (toujours)
Transloc réciproque (par opposition à robertsonienne)
Explique les FCS
Fragment de petite taille = à risque car grossesse possible (contrairement aux 2 autres possibilités)
* 12bis
ACPA : dup 22q, del 17q
Penser à déséquilibre (trisomie partielle, monosomie partielle)
* 13
+mar = chr en plus
ACPA pour aller plus loin
- résultat N
- résultat anormal : hétérochromatine sur marqueur -> regarder les parent
Caryo anormal, ACP N : transloc réciproque, inversion péricentrique équilibrée
Si signe d’appels écho avec inversion péricentrique de novo -> regarder les points de cassure avec un exome voire génome (mais problème de qualité d’ADN)
NB:  pour les CR: ACPA = p à q (linéaire)
caryo = depuis le centromère
** ex ACPA
transloc entre bras q des chr10 et 12
terminale = évoque dérivé transloc
** Gain
Cause : TODO
NB: Rendu d’ACPA en prénat : seuil = 1Mb
Regardé hérité. Si hérité parent sain, compliqué -> biblio, bien refaire le phénotype
Penser pénétrance incomplète, expressivité variable
** Délétion
Faire caryo parents -> regardere si insertion parentale car peut expliquer patho et change le conseil génétique
parent peut trnasmettre
- chr deleté
- chromosome avec insertion et chr N
  ! Insertion non vue en PCR !
  FISH impossible pour deletion trop petite
* 14
Muco -> mḙme cas que tout à l’heure
* 15
Hutington
Mère porteuse ? Veut-elle savoir ?
- veut savoir -> pré-sympto
- proposition pré-implantatoire sans dire à la mère si porteuse
* 16 hémophilie
Lié à l’X -> on peut proposer sexe foetal (9-10SA)
DPNI à partir de 12SA
Si plus tardif, sexe peut ḙtre vu à l’écho
Garçon -> 50% risque -> prélèvement invasif
Homozygote -> pas compatible avec le sexe -> 2e prélèvement
Hypothèse :
- contamination maternelle
- homme XX
- Klinefelter
- erreur de prélèvement
- mosaïque
47XXY
* 17
Del interstitielle chez foetus 5p, retrouvée chez mère
Littérature
Formule féminine : contamination maternelle ?
Vérifier 2e prélèvement
* 18
Observation: maman transmettre Steinert
Biophyse trophoblaste 46XX et 45X après culture
Vérifier qu’il n’y a pas de Turner
* 19
4 FCS, conjoint transloc robertsonienne 13,14
On propose un DPI (indication majeure = rob(13,14))
DPI très lourd mais rapide pour 13,14 (connu)
* 20
Mutation délétère famille avec plusierus patients décédés
Proposer DPI

#+title: TD Cardio
#+author: Dr Hermida (cardio)
#+date: <2022-06-30 Thu>
* Cas clinique 1
** Questions
Contexte (effort, nuit [canalopathie]), ˰age, ATCD cardio/extra-cardio, autopsie classique, chocable ?
** Cause morts subituqe
   - Avant 40A: penser CMH, séquelle myocardite, dysplasie ventricule droit, canalopathies [Brugada, QT long congénital, tachy ventriculaire cholinéregique]
   - après 40A: penser ischémie
Brugada: repos, sommeil
** Pour débuter
Patiente : examen clinique, arbre, bilan cardio (ECG, echo, Holter, effort)
Frère décédé : analyse génétique postmortem
NB: toujours le mḙme bilan
30% mort subite inexpliqué : causes génétique dans moins de 50%
- QT long
- dysplasie (peut ne pas ḙtre vu à l’autopsie)
- Brugada
** ECG
  V1, V2: sus-ST (Brugada type 2 ?)
  test provocation à l’Ajmaline (ambulatoire, fait appara˰itre type 1 de Brugada. Parfois réponse explosive donc peut-ḙtre dangereux)
  ECG post-ajmaline : V1-V2: Brugada -> diagnostic
** Cause du frère:
Brugada
** Bilan génétique ?
oui
20-25% causes génétiques retrouvées dans Brugada !
NB: canalopathie : 16 gènes -> si négatif, génome
cardiomyopathie : 72 gènes
** Analyse génétique négative
Ne remet pas en cause le diagnostic
Conseil à la famille: ECG +/- tet ajmaline pour apparenté 1er degré après 15 ans, écho dès 1 an à renouveller tous les 4-5 ans
Soeur : suivi cardio seul (car asympto). Si sympto, reveal (moniteur implantable)
** Projet de grossesse
DPN non accepté (pas de mutation, discutable pour patho)
Grossesse non contre-indiqué: risque mal connu mais probablement faible
50% transmission
Expression très variable
* Cas clinique 2
**  Examens
Prendre le maximaum d’info
Récup CR anapath , CR pré-transplantation
Histoire familiale: mort subite, problème musculaire (syndrome)
Génétique : on peut réorienter vers LMNA = très fréquent, cardiopathie avec "un peu de tout" (ventriculaire, trouble du rythme)
on peut demander LMNA en urgence en attendant le reste du panel
** Mutation LMNA trouvée
AD
** Chez frère
ttt insuf cardiaque, bilan pré-transplantation à anticiper, discussion DAI
DAI = important pour laminopathies *en préventif* car TdR fréquents
tronquant -> FR  plus sévère
** Apparentés
Bilan cardio à partir de 10 ans
* Cas clinique 3 (CMH)
Suspicion Fabry sur , IR, angiokératome, sensation brulure, cardiomyopathie dilatée
surcharge lysosomale progressive
liée X
Dosage enzyme α galactosidase (indication CMH après 30 ans chez les hommes) car déficit
Étiologie importante pour ttt, et type de mutations également (change le ttt)
Compléter le bilan avec : analyse /GLA/
Discussion ttt enzymothérapie
Apparentés : test ciblé
NB: petits signes chez les femmes

#+title: Td Bioinfo
Deletion visible
* UCSC
Conservation = important si conservé au travers de l’évolution
GTex = RNAseq sur plusieurs tissus
Transcrit de référence = ENSEMBL (ENST...), RefSeq (NM... )