nix-shell -E "with import <nixpkgs> {}; callPackage /Work/Users/apraga/bisonex/pkgs/hap-py.nix {}"

Procédure pour tester
#+begin_src
nix develop .#hap-py
$ genericBuild
#+end_src

**** TODO Faire fonctionner Tests
Problème avec chemin python pour pysam : Tools/__init__.py échoue mais on peut utilise build/bin/hap.py
#+begin_src
nix develop .#hap-py
$ genericBuild
#+end_src
On lance donc les tests à la main (trop d'erreurs sur les chemins)
#+begin_src
# OK !
HCDIR=build/bin build/bin/test_haplotypes

# OK !
bash src/sh/make_hg19.sh
HCDIR=build/bin HG19=hg19.fa bash src/sh/run_multimer
ge_test.sh
#+end_src
Écheck sur
$ HCDIR=build/bin bash src/sh/run_hapenum_test.sh
Traceback (most recent call last):
  File "build/bin/hap.py", line 26, in <module>
    import pysam
  File "/nix/store/3w2v5cl4x6ddq4281awcab9412r5gkaw-python3-3.10.9-env/lib/python3.10/site-packages/pysam/__init__.py", line 4, in <module>
    from pysam.libchtslib import *
ImportError: No module named libchtslib
IL faut commenter detect var

****** hap.py  sans vcfeval (utilisé pour le challenge) : echec

****** DONE sans vcfeval (utilisé pour le challenge) : echec
CLOSED: [2023-02-09 Thu 21:55]

****** Avec chr originels + génome de référence

****** DONE Avec chr originels + génome de référence : idem
CLOSED: [2023-02-09 Thu 21:55]

segmentation fault... On essaie d’unzip le fasta

segmentation fault... Il faut unzip le fasta

#+begin_src slurm
#!/bin/bash
#SBATCH -c 4
#SBATCH -p smp
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --mem=32G
module load nix/2.11.0
dir=/Work/Groups/bisonex/data/NA12878/
truth=${dir}/GRCh38/HG001_GRCh38_1_22_v4.2.1_benchmark.vcf.gz
#ref=script/files/vcf/NA12878_NIST7035.vcf
ref=${dir}/precisionChallenge/0GOOR_HG002_chr.vcf.gz
bed=${dir}/GRCh38/HG001_GRCh38_1_22_v4.2.1_benchmark.bed
fasta=/Work/Groups/bisonex/data/genome/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta
hap.py $truth $ref -f $bed -r $fasta -o test
#+end_src
Même résultats
 Type Filter  TRUTH.TOTAL  TRUTH.TP  TRUTH.FN  QUERY.TOTAL  QUERY.FP  QUERY.UNK  FP.gt  FP.al  METRIC.Recall  METRIC.Precision
INDEL    ALL       467684    174199    293485      1156702    358998     622785  90229  99609       0.372472          0.327615
INDEL   PASS       467684    174199    293485      1156702    358998     622785  90229  99609       0.372472          0.327615
  SNP    ALL      3254352   1410388   1843964      5666020   1953278    2302401 735823  36239       0.433385          0.419293
  SNP   PASS      3254352   1410388   1843964      5666020   1953278    2302401 735823  36239       0.433385          0.419293
****** Vérifier FN

****** KILL avec conda
CLOSED: [2023-02-09 jeu. 16:00]
Impossible de crééer un nouvel environemment

****** TODO avec conda
******* Gentoo: regex_error sur test...
Ok avec bash !
#+begin_src

anaconda3/bin/conda create --name py2 python=2.7
conda activate py2
conda install -c bioconda hap.py
#+end_src
******** Faire tourner les tests.
Il faut remplace bin/test_haplotypes par test_haplotypes dans src/sh/run_tests.sh
#+begin_src sh
 HGREF=../genome/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta HCDIR=~/anaconda3/envs/py2/bin bash src/sh/run_tests.sh
#+end_src
Echec:
test_haplotypes: /opt/conda/conda-bld/work/hap.py-0.3.7/src/c++/lib/tools/Fasta.cpp:81: MMappedFastaFile::MMappedFastaFile(const string&): Assertion `fd != -1' failed.
unknown location(0): fatal error in "testVariantPrimitiveSplitter": signal: SIGABRT (application abort requested)
/opt/conda/conda-bld/work/hap.py-0.3.7/src/c++/test/test_align.cpp(298): last checkpoint
******** Chr21
HGREF=../genome/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta hap.py        example/happy/PG_NA12878_chr21.vcf.gz       example/happy/NA12878_chr21.vcf.gz       -f example/happy/PG_Conf_chr21.bed.gz       -o test
******* Helios
échec
****** avec docker

https://nixos.wiki/wiki/Packaging/Tutorial