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Bisonex : chromosome rename

Created by Alexis Praga on February 9, 2023

RVN6OJTPXQQ7FTXHEB3DE3GSGUYPY4LSJV6SCYSTREQMTVBZ7F7AC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Replacement in projects/bisonex.org at line 856 [4.35]

B:BD[3.693] → [3.693:2133]

| Type  | Filter | TRUTH.TOTAL | TRUTH.TP | TRUTH.FN | QUERY.TOTAL | QUERY.FP | QUERY.UNK | FP.gt | FP.al | METRIC.Recall | METRIC.Precision | METRIC.Frac_NA | METRIC.F1_Score | TRUTH.TOTAL.TiTv_ratio | QUERY.TOTAL.TiTv_ratio | TRUTH.TOTAL.het_hom_ratio | QUERY.TOTAL.het_hom_ratio |   |
| INDEL | ALL    |        8937 |     7839 |     1098 |       11812 |      343 |      3520 |    45 |   283 |      0.877140 |         0.958635 |       0.298002 |        0.916079 |                    NaN |                    NaN |                  1.357991 |                  1.457627 |   |
| INDEL | PASS   |        8937 |     7550 |     1387 |        9971 |      283 |      1964 |    30 |   242 |      0.844803 |         0.964656 |       0.196971 |        0.900760 |                    NaN |                    NaN |                  1.357991 |                  1.239305 |   |
| SNP   | ALL    |       52494 |    52125 |      369 |       90092 |      582 |     37348 |   107 |   354 |      0.992971 |         0.988966 |       0.414554 |        0.990964 |               2.082614 |               1.745874 |                  1.594335 |                  3.132586 |   |
| SNP   | PASS   |       52494 |    46920 |     5574 |       48078 |      143 |       992 |     8 |    97 |      0.893816 |         0.996963 |       0.020633 |        0.942576 |               2.082614 |               2.089282 |                  1.594335 |                  1.487599 |   |

[3.693]

[3.2133]

| Type  | Filter | TRUTH.TOTAL | TRUTH.TP | TRUTH.FN | QUERY.TOTAL | QUERY.FP | QUERY.UNK | FP.gt | FP.al | METRIC.Recall | METRIC.Precision |
| INDEL | ALL    |        8937 |     7839 |     1098 |       11812 |      343 |      3520 |    45 |   283 |      0.877140 |         0.958635 |
| INDEL | PASS   |        8937 |     7550 |     1387 |        9971 |      283 |      1964 |    30 |   242 |      0.844803 |         0.964656 |
| SNP   | ALL    |       52494 |    52125 |      369 |       90092 |      582 |     37348 |   107 |   354 |      0.992971 |         0.988966 |
| SNP   | PASS   |       52494 |    46920 |     5574 |       48078 |      143 |       992 |     8 |    97 |      0.893816 |         0.996963 |

Replacement in projects/bisonex.org at line 931 [4.35]
B:BD[5.4199] → [5.4199:4225]
```
****** Avec chr originels
```
[5.4199]
[5.4225]
```
****** Avec chr originels + génome de référence
```
Replacement in projects/bisonex.org at line 941 [4.35]
B:BD[5.4470] → [5.4470:4511]
```
****** Avec même génome de référence
```
[5.4470]
[2.133]
```
#+begin_src
```
Insertion in projects/bisonex.org at line 943 [4.35]
[2.318]
[2.318]
```
#+end_src
```

Replacement in projects/bisonex.org at line 945 [4.35]

B:BD[2.319] → [2.319:341]

segmentation fault...

[2.319]

[2.341]

segmentation fault... On essaie d’unzip le fasta
#+begin_src
cd  /Work/Groups/bisonex/data/genome/GRCh38/
 gunzip GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta.gz
 samtools faidx GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta
#+end_src

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 1 [6.118]
B:BD[6.118] → [2.4768:4801]
```
#+title: Acides bilaires (cobas)
```
[6.118]
[6.135]
```
#+title: Acides biliaires (cobas)
```

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 6 [6.118]

B:BD[6.223] → [2.4802:4905]

Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relargué dans l’intestiné au moment de la digestion.

[6.223]

[6.326]

Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relargués dans l’intestin au moment de la digestion.

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 9 [6.118]

B:BD[6.385] → [2.4906:5196]

dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du cholestérol et des phospholipides.
Au niveau intestinale, ils  agissent comment émulsifiant sur les lipides (triglycéride, cholestérol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.

[6.385]

[6.674]

Dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du cholestérol et des phospholipides.
Au niveau intestinal, ils  agissent comme émulsifiants sur les lipides (triglycéride, cholestérol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 13 [6.118]

B:BD[6.724] → [6.724:947]

Les hépatocytes synthétisent les acides biliaires primitifs (acide cholique, acide chénodésoxycholique) à partir du cholestérol, qui sont conjugée avec la taurine et glycine puis sécréts dans la vésicule bilaire.

[6.724]

[6.947]

Les hépatocytes synthétisent les acides biliaires primitifs (acide cholique, acide chénodésoxycholique) à partir du cholestérol, qui sont conjugés avec la taurine et glycine puis sécrété dans la vésicule biliaire.

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 15 [6.118]

B:BD[6.948] → [6.948:1132]

Ils peuvent être réabsorbé et retourner dans le foie via la veine porte, ou excrété dans les salles ou métabolisés par les bactéries intestinales (acides biliaire secondaire).

[6.948]

[6.1132]

Ils peuvent être réabsorbés et retourner dans le foie via la veine porte, ou excrétés dans les salles ou métabolisés par les bactéries intestinales (acides biliaires secondaires).

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 17 [6.118]
B:BD[6.1166] → [2.5197:5211]
```
1/6 \mu mol/L
```
[6.1166]
[6.1166]
```
1-6 \mu mol/L
```

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 20 [6.118]

B:BD[6.1275] → [6.1275:1365]

acide biliraie -> acide biliaire oxydée consomment de Thio-NAD et formation de thio-NADH

[6.1275]

[6.1365]

acide biliarie -> acide biliaire oxydée consomment de Thio-NAD et formation de thio-NADH

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 23 [6.118]

B:BD[6.1487] → [6.1487:1563]

B:BD[6.1563] → [2.5212:5255]

- Écart < 10% avec triglycéride, acide ascobique, biliurbie, hémoglobine
* Vigilance pré-analytiques et analytique

[6.1487]

[6.1607]

- Écart < 10% avec triglycéride, acide ascorbique, bilirubine, hémoglobine

Replacement in notes/biochimie/parametres/acides-biliaires.org at line 27 [6.118]
∅:D[2.5290] → [6.1750:1814]
B:BD[6.1750] → [6.1750:1814]
```
- extra-hépatique : blocage mécanique (malformatio, obstacle)
```
[2.5290]
[6.1814]
```
- extra-hépatique : blocage mécanique (malformation, obstacle)
```

Bisonex : chromosome rename

Dependencies

In channels

Change contents

Replacement in projects/bisonex.org at line 856 [4.35]

Replacement in projects/bisonex.org at line 931 [4.35]

Replacement in projects/bisonex.org at line 941 [4.35]

Insertion in projects/bisonex.org at line 943 [4.35]