**** TODO Reproduire les performances precisionchallenge

**** TODO Reproduire les performances precisionchallenge NA12878
https://www.nist.gov/programs-projects/genome-bottle

***** TODO réinstaller hap.py
****** python 2
****** vceval

curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/ReferenceSamples/giab/release/references/GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fasta.gz /Work/Groups/bisonex/data/genome/GRCh38/
segmentation fault...
***** TODO Avec python2
****** KILL avec conda
CLOSED: [2023-02-09 jeu. 16:00]
Impossible de crééer un nouvel environemment
****** TODO avec nix
conda create -n python2 python=2.7 anaconda

Acidose -> Hyperventilation -> diminution CO_2 -> diminution H^+ -> alcalose. Doublement de la fréquence respiratoire = pH + 0.23
Alaclose -> hypoventilation mais moins efficace car l’hypoxémie active les chémorecpeteurs qui vont stimuler la respiration

Hyperventilation -> diminution CO_2 -> diminution H^+ -> alcalose. Doublement de la fréquence respiratoire = pH + 0.23

La réponse respiratoire est efficace à 50-70%
Elle este 1 à 2x plus efficace que les tampons extra-cellulaire
Évidemment, réponse diminuée par une anomalie de la fonction respiratoire (emphysème...)
** Rénal
Production d’acides non volatiles (protéines surtout) qui ne sont pas éliminables par la respiration
Le rein doit également éviter la perte de bicarbonates -> quasiment tout est réabsorbé. Pour ceal, il faut une excrétion de H^+ poru réabsorber le HCO_3^- filtré
Alcalose -> diminution sécrétion H^+ donc diminue réabsorption bicarbonates
Acidose -> augmenation sécrétion H^+, réabsorbe plus de bicarbonates et en produit plus
*** sécrétion H^+ et réabsorption bicarbonates
*Pour chaque bicarbonates réabsorbé, il faut produit un H^+*
90% tubule proximal
Sécrétion H^+ va se combiner au HCO_3- pour former du H_2 CO_3, décomposé en CO_2 et H_2O. Le CO2 va être réabsorbé. Au total, bicarbonates réabsorbé dans le sang f:
#+name: Sécrétion H^+ tubuluaire
[[../images/biochimie/tubule-secretion-proton.png]]
* Acides biliaires
** Naissance
Les hépatocytes synthétisent les acides biliaires primitifs (acide cholique, acide chénodésoxycholique) à partir du cholestérol, qui sont conjugée avec la taurine et glycine puis sécréts dans la vésicule bilaire.
** Vie
Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relarugé dans l’intestiné au moment de la digestion.
** Mort
Ils peuvent être réabsorbé et retourner dans le foie via la veine porte, ou excrété dans les salles ou métabolisés par les bactéries intestinales (acides biliaire secondaire).
** Effet
Dans le foie, ils participent à la formation de la bile.
dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du chostérole et des phospholipides.
Au niveau intestinale, ils  agisessent comment émulsifiant sur les lipides (triglyceride, cholesterol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.
** Indication
- exploration fonctionnelle du foie (cholestase hépatique, ictère, insuffisance hépatocellulaire)
- exploration lithiase après une colique ou complication
- suivi cholestase chez la femme enceinte
- exploration prurit inexplique
** Dosage

** Vie

** Naissance

** Vie

** Mort

** Mort

#+title: Trou anionique (cobas)
#+author: Alexis Praga
#+setupfile: ./fiche.setup
* Localisation, rôle physiologique
Sérum.
* Valeurs de référence (adulte)
Normalement, il y a autant d’anions que de cations. En pratique, tous les électrolytes ne sont pas mesurés donc le TA (trou anionique) est de 16 \pm 4 mmol/L
* Principe analytique de mesure
C’est un paramètre calculé selon
$[Na]^+ [K]^+ - [Cl]^- - [HCO_3]^-$
NA, K et Cl sont mesuré par une électrode sélective d’ion.
* Principales interactions analytiques
- hémolyse sur le potassium
- pseudohyponatrémie si lipidémie
- pseudo hypo/hyper-natrémie selon le taux de protides
- chlore augmenté pour patients sous perchlorate
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
* Augmentation et diminution
Le trou anionique permet d’orienter les étiologies d’acidose métabolique. La perte en bicarbonates est compensée soit par
- l’augmentation du chlore (TA normal)
  - accumulation aigüe d’acide : intoxication (chlorure d’ammonium, HCL)
  - perte de bicarbonate : diarrhées, anastomose urétéro-intestinales, acidose tubulaire proximale
  - diminution de l’excrétion rénale d’acide : acidose tubulaire distale
- l’augmentation d’un autre anion indosé (protéines plasmatiques, phosphase, sulfates...) donc TA augmenté > 20mmol/L)
  - accumulation aigüe d’acide : acidose lactique, acidocétose, intoxication au méthonal, éthylène glycole
  - diminution de l’excrétion rénale d’acide : insuffisance rénale

#+title: pH
par

#+title: Acides bilaires (cobas)

Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relarugé dans l’intestiné au moment de la digestion.

Stockés dans la vésicule biliaire, ils sont relargué dans l’intestiné au moment de la digestion.

dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du chostérole et des phospholipides.
Au niveau intestinale, ils  agisessent comment émulsifiant sur les lipides (triglyceride, cholesterol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.

dans la bile, ils évitent la formation de calculs biliaires en permettant la solubilisation du cholestérol et des phospholipides.
Au niveau intestinale, ils  agissent comment émulsifiant sur les lipides (triglycéride, cholestérol...) pour favoriser leur réabsorption par la muqueuse.

1/6 \mu mol/L

* Vigilance pré-analytiques et analytiques

* Vigilance pré-analytiques et analytique

Augmentation de cholestase

Augmentation en cas de cholestase

*.docx