****** TODO Utiliser les filtre pour éliminer FP
On a déjà des DP à éliminer
reads
******* DP_over_30_not_SNP_consensual_sequence.vcf
déplorable
Type Filter TRUTH.TOTAL TRUTH.TP TRUTH.FN QUERY.TOTAL QUERY.FP QUERY.UNK FP.gt FP.al METRIC.Recall METRIC.Precision METRIC.Frac_NA METRIC.F1_Score TRUTH.TOTAL.TiTv_ratio QUERY.TOTAL.TiTv_ratio TRUTH.TOTAL.het_hom_ratio QUERY.TOTAL.het_hom_ratio
INDEL ALL 519 16 503 1579 1032 531 2 2 0.030829 0.015267 0.336289 0.020421 NaN NaN 1.775956 4.768382
INDEL PASS 519 16 503 1579 1032 531 2 2 0.030829 0.015267 0.336289 0.020421 NaN NaN 1.775956 4.768382
SNP ALL 22131 1191 20940 4346 2342 813 4 1 0.053816 0.337107 0.187069 0.092815 2.971834 1.967235 1.579776 1.492828
SNP PASS 22131 1191 20940 4346 2342 813 4 1 0.053816 0.337107 0.187069 0.092815 2.971834 1.967235 1.579776 1.492828
******* KILL On réessaye en filtran sur les exons fournis par hap.py
seulement sur le 21...
CLOSED: [2023-02-23 Thu 00:14]
mieux mais beaucoup de FN