****** Erreur dans le paramètre : -f au lieu de -R !!
Il faut supprimer les overlap (et trier avant)
 bedtools sort -i illumina_exons.bed > illumina_exons.bed.sorted
 bedtools merge -i illumina_exons.bed.sorted > HG001_GRCh38_1_22_v4.2.1_benchmark_illumina_exons.be

****** TODO -f, -R ou -T ?
Selon la doc : -f avec le bed fourni et -T pour filtrer sor les exons

******** Étude
NC_000001.11:924024 :
- bed d’illumina : pas correct
- bed refseq : meux
- bam :  exon non ciblé, probablement parce que Mane select n’a pas été utilisé mais refseq (https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:28706)
NC_000001.11:924310: idem
NC_000001.11:924321: idem
NC_000001.11:924533: idem
NC_000001.11:966227: le bed ne couvre pas le bon exon !
https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&lastVirtModeType=default&lastVirtModeExtraState=&virtModeType=default&virtMode=0&nonVirtPosition=&position=chr1%3A965863%2D966591&hgsid=295298291_vhDbIv5YIckCKLpGB7UUaZi2cAkr
NC_000001.11:966272
******* TODO Relancer avec les bons paramètres
******* TODO Utiliser VEP pour filtrer sur les exons
5h45 pour VEP
filter_vep pour trier dans un second temps

*** DONE Fonction intestinale
CLOSED: [2023-02-21 mar. 16:30]

* Bilirubine
#+attr_html: :width 400px
[[../images/biochimie/bilirubin.jpg]]

  - vomissement intestinale  = perte bicarbonates

  - vomissement intestinal  = perte bicarbonates

  - inhibiteun anhydrase carbonique

  - inhibiteur anhydrase carbonique

* Fonction intestinale (Bonnefont)
** Calprotectine fécale
- Présence : polynucléaire neutrophique, macrophages, certaines cellules épithéliales des muqueuses
- Proportionnel à l’*inflammation de la muqueuse*
Algorithme :
- < 50\mu{}g/g : pas d’inflammation, trouble fonctionnel
- 50-150\mu{}g/g : zone grise
- > 150\mu{}g/g : inflammation
** Tests respiratoire
- Mesure hydrogène/méthanase après une fermentation anaérobie intestinale
- Contexte :
  - intolérance aux glucides : non absorbé dans le grêle donc fermentation (retardée)
  - pullulation microbienne : fermentation précoce
** Stéatorrhée, élastate, acitivté chymotrypsique fécale
Stéatorrhée : > 7g/27
- défaut d’absorption (coeliaque, MICI) -> acides gras à la microscopie
- défaut de digestion (insuffisance pancréatique exocrine...) -> triglycéride à chaînes longues
 Élastase fécale : témoin de l’insuffisance pancréatique : sévère si < 50\mu{}g/g
** Ionogramme fécal
- augmentation débit Na^{+} ou K^{+}: diarrhée hydroélectrolytique
- trou osmolaire
  - < 50mOsmol/L : diarrhée sécrétoire (colite microsocpie, viopem...)
  - > 125 50mOsmol/L : diarrhée osmotique (laxatif...) ou malabsorption glucidique (déficit en lactase...)
  - normal : diarrhée motrice, pathologie mixte
** Clairance fécale de l’\alpha{}antitrypsine
- Fuite intestinale physiolique de protéine. Si augmenté: entéropathie exusidatione, souvent associée à des maladies érosive (MICI), non érosive (coeliaque),  (hypo)
- \alpha{}antitrypsine: inhibe l’activité catalytique de sérines protéases. Marqueur de fuite protéique intestinale
- Interprétation :
  - oedème ou hypoprotidémie avec hypoalbuminémie et hypogammaglobulinémie non explique par dénutrition/protéinurie/syndrome inflammatoire -> la clairance de l’\alpha{x-antitrypsine diagnostique une gastroentéropathie exsudative}

* Foie

* Fer (Bonnefont)
** Physiopatho
*** Cycle
[[../images/biochimie/fer.png]]
NB: /apo-/ est utilisé quand il n’y a pas de fer (ex: apotransferrine = transferrine sans fer)
**** Production et transport
Production de Fe^{2+}
  - Absorption intestinale de Fe^{2+}
  - Dégradation de l’hémoglobine par les macrophage avec production de bilirubine et Fe^{2+}
Évolution du Fe^{2+} (intestinale ou macrophage): 2 possibilités
  - stocké dans la cellule sous forme de /ferritine/ (en se liant à l’apoferritine),
  - ou pris en charge par la /ferroportine/ et largué dans la circulation sanguine
Dans le sang Fe^{2+} oxydé en Fe^{3+} qui est transporté par la /transferrine/. Il va y avoir ensuite des
échanges entre la moelle osseuse, le foie et le système réticulohistocytaire
**** Stockage
Surtout dans le foie et la rate, sous forme de Fe^{3+} contenu dans soit
- ferritine : macrophages, hépatocyte
- hémosidérine (libération lente)
Le Fe^{3+} est oxydé en Fe^{2+}, se retrouve dans le plasma où il va être oxydé afin d’être transporté par la transferrine (oxydation réalisé par la céruléoplasmine)
NB: Les macrophages sont mobilisé  en premier pour l’érythropoïèse
*** Régulation
- HFE: diminue l’affinité du récepteur de la transferrine ->
- hepcidine : dégradation de la ferroportine -> fer "bloqué" dans les entérocytes -> hyposidérémiant
** Patholologiques
*** Surcharges
**** Hémochromatoses héréditaires
- Type 1 = 80% des adultes = autosomale récessive sur /HFE/ : affinité excessive du fer pour réticulohistocytaire et cellules parenchymateuse hépatique
Atteinte hépatique (hépatomégalie, cirrhose),pancrétaique, cardiaque
- Forme juvénile également
- traitement = saignée (oral si juvénile)
**** Secondaires
 - excès supplémentation martiale/trnasfusion
 - Anémies hémolytique, dysérothropoïèse, thalassémie, hémoglobinopathies
 - dysmétabolique : biologique = syndrome métabolique d’insulinorésistance
*** Autres
- Anémie niflammatoire (infection sévère, chronique, nopélasie): le fer provenant de l’hémolyse physiolique est mal recyclé
- autres affection génétique microcytaire hypochromes avec sidérémie normale/augmentée: OMIM 209300 604290 206100
- Carences martiales (saigements chronique, maladie de Wilson, carence vitamine C, malabsorption...)
** Exploration
- Ferritine circulante = le plus sensible et le plus précoce, \approx stock de fer
- Fer sérique : augemnté si surcharge en fer, cytolyse hématique, diminué si carence martial, inflammation
- transferrine : augmenté si carence en fer, diminué si malnutrition attente hépatique grave, syndrome inflammatoire
- Capacité totale de fixation de la transférrine = 25 \times transferrine
- Coefficient de saturation de la transferrine = fer sérique / CTF àtimes 100
- Autres :
  - fer non lié à la transferrine = spécialisé
  - récepteur soluble de la transferrine = diagnostic des carences en fer pendan téta inflammatoire
  - protoporphyrine libre : augmenté dans les urines si carence en fer, cancer, affection chronique
  - Ahepcidine  = anémie hypochrome microcytaire avec suspicion génétique, suivi hémochromatoses héréditairesc IRC et inflammation chronique
Génétique: 1. p.Cys282Tyr de /HFE/. 2. si non homoygote, coefficiente de saturation (diminué si hétérozygote)
** Arbre
ferritine normale
|                  | Ferritine         | Transferrine | CTF       | CST      | Autres        |
| carence martiale | diminuée          | augmentée    | augmentée | diminuée |               |
| inflammation     | normale/augmentée | augmenté     | diminuée  | normale  | CRP augmentée |
| thalassémie etc  |                   |              |           |          | CRP normale   |
ferriten augmentée
- CTF et CRP normale : surcharge acquise, maladie de Gaucher
- CS augméntée : hémochroçatique type 1 ou autre
* Foie (Bonnefont)

  - ASAT < ALAT (sauf alcool chronique car grosses mitochrondrie)

  - ASAT < ALAT car demi-vie inférieure (sauf alcool chronique car grosses mitochrondrie)

- aigiue > 10N: hépatite virale aigüe A, B, médicaments (IMAO, méthyldopa...), toxique (paracétamol, champignon), lithiase de la voie biliaire prinicpale, ischémie hépatique aigue

- aigiue > 10N: hépatite virale aigüe A, B, médicaments (IMAO, méthyldopa...), toxique (paracétamol, champignon), lithiase de la voie biliaire principale, ischémie hépatique aigue

  | augmenté  | augmenté | augmenté  | hépatopathie cytolytique                                 |

  | augmenté  | augmenté | augmenté  | hépatopathie cytolytique                                |