*** Notes
Quelle version du génome ? Il y a 2 notations pour les chrosome: Refseq (NC_0001) ou chr1, chr2...
dbSNP utilise Refseq
pour le fasta, 2 solutions
- refseq : "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/annotation/${genome}_latest/refseq_identifiers/${fna}.gz"
  -> nécessite d'indexer le fichier (long !)
- chromosome https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/
  -> nécessite d'annoter les chromosomes pour corriger (avec le fichier gff)
  On utilise la version chromosome donc on annote dbSNP (à faire)

**** TODO Alignement avec NC
- [ ] Changer le génome de référence
- [ ] Passer en chr seulement à la fin (ce qui est déjà fait)

**** TODO Alignement avec chr
Corriger dbSNP

** Patcher
#+begin_src
    nixpkgs.overlays = [
      # Patch to avoid out-of-memory errors in nix
      (final: prev: {
        nix = prev.nix.overrideAttrs (old: {
          patches = (old.patches or []) ++ [./0001-don-t-read-outputs-into-memory-for-output-rewriting.patch ];
        });
      })
      ] ;
#+end_src