* <2023-02-06 Mon> Parkour
Extérieur, solo
Wall-climb mais très en force

Article décrivant
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.24.212712v5.full.pdf

**** TODO Comprendre pourquoi il y a beaucoup trop de faux négatifs

**** TODO beaucoup trop de faux négatifs -> trop d'intronique probablement !

***** TODO Utiliser les vcf d’autres pipeline pour vérifier

***** Génome au lieu d’xome ???

**** TODO Utiliser seulement exons
***** Utiliser les coordonnées des exons
UCSC knownGene : list des positions des exons par gene selon GENCODE [[http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/knownGene.txt.gz][Fichier]] [[http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgta_doSchemaDb=hg18&hgta_doSchemaTable=knownGene][Détail]]
inspiré de https://www.nature.com/articles/srep17875
Autre solution: aller directement dans GENCODE (1.5Go non compressé)
#+begin_src sh
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/latest_release/gencode.v42.annotation.gtf.gz
gunzip gencode.v42.annotation.gtf.gz
grep exon gencode.v42.annotation.gtf | awk '{print $1" "$4" "$5} > exons.csv
#+end_src
73Mo au total
À vérifier (sinon refseq)

doi:10.1101/gr.210500.116