root = Path("/mnt/c/Users/alexi/Documents/mustard")

# root = Path("/mnt/c/Users/alexi/Documents/mustard")
root = Path("/mnt/c/Users/apraga/Documents/mustard")

# print(e.columns)
# print(dna.columns)

cols = ['patientIDdna', 'nom', 'nom_marital', 'prenom',
       'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut', 'clinicien_referent',

# Subset of columns
cols = ['nom', 'prenom',
       'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut',

        'commentaires',
        'date_de_prelevement', 'sampleIDdate_de_reception',

        'sampleIDdate_de_reception',

        'gene_individuel',
        'panel_de_gene', 'exome',
        'confirmation_pour_diag',
        'commentairesdna',
        'sequenceNumexome',
        'presta', 'capture', 'sequencage', 'date_envoi_presta',
        'date_reception', 'date_analyse',

        'capture', 'sequencage',
        'date_reception',

        'commentairesexome', 'runName']
print(d[cols][0:2])
print(d.columns)
d[cols].to_csv(root / "test.csv")

        'commentairesdna',
        'commentairesexome']
d2 = d[cols].rename(columns = {
    'clinicien_referentinstitution': 'provenance',
    'sampleIDorigine_de_l_echantillon': 'Biopsie',
    'sampleIDdate_de_reception': 'Date prélèvement',
    'date_reception': 'Date réception',
    'pathologie': 'Malformation'
})
print(d2.columns)
# Does not work
# d2.applymap(lambda x: "" if str(x) == "Non renseigné" else x)
d2.to_csv(root / "test.tsv", sep="\t")

#+begin_example
     patientIDdna     nom  ...  commentairesexome       runName
105     PED0105.1  Bouche  ...                NaN           NaN
1001    PED1001.1  Legros  ...                NaN  dijex224-238

: Index(['nom', 'prenom', 'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut',
:        'statut', 'provenance', 'Malformation', 'Date prélèvement', 'Biopsie',
:        'gene_individuel', 'panel_de_gene', 'exome', 'capture', 'sequencage',
:        'Date réception', 'resultat', 'incidental', 'commentairesdna',
:        'commentairesexome'],
:       dtype='object')

[2 rows x 32 columns]
Index(['patientIDdna', 'sequenceNumdna', 'nom', 'nom_marital', 'prenom',
       'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut', 'clinicien_referent',
       'clinicien_referentinstitution', 'cohortedna', 'pathologie',
       'flag_de_revision', 'commentaires', 'sampleIDnumero_autre',
       'date_de_prelevement', 'sampleIDdate_de_reception', 'sampleIDADN',
       'sampleIDorigine_de_l_echantillon', 'sampleIDtype', 'categoriedna',
       'projet_recherche', 'concordance_sample', 'urgent', 'gene_individuel',
       'panel_de_gene', 'exome', 'genome', 'cgh', 'autre',
       'confirmation_pour_diag', 'cr_a_faire', 'flag_de_revision',
       'commentairesdna', 'sampleIDcommentaires_reception', 'urgentchoix',
       'modified', 'modifiedBy', 'created', 'createdBy', 'patientIDexome',
       'sequenceNumexome', 'dijexID', 'aliasID', 'categorieexome', 'statut',
       'presta', 'capture', 'sequencage', 'numero_envoi', 'date_envoi_presta',
       'bioinfo', 'date_reception', 'date_analyse', 'lecture1',
       'date_lecture1', 'lecture2', 'date_lecture2', 'lecture3',
       'date_lecture3', 'date_rcp', 'resultat', 'incidental',
       'commentairesexome', 'runName', 'runComments', 'cohorteexome'],
      dtype='object')
#+end_example